Volume 4, Numéro 8

1

DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE, DE MICROBIOLOGIE ET DE BIO-INFORMATIQUE - MARS-AVRIL 2020 -

TABLE DES MATIERES Mot de la directrice 2

Nouvelles des deux derniers mois 3

Le rayonnement des membres du département au cours des dernières semaines 4

Visibilité : spécial covid-19 6

Nouvelles de nos diplômees et diplomés 7

La chronique de la bibliothécaire 7

Les événements à venir pour le département et ses membres 9

Articles publiés par les différentes équipes de recherche du département 10

Des membres du département en pleine séance Zoom au début de la crise de la covid-19

Volume 4, Numéro 8

2

MOT DE LA DIRECTRICE

Volume 4, Numéro 8

3

NOUVELLES DES DEUX DERNIERS MOIS

Beau succès pour les séminaires hivernaux du département Les 2 et 3 mars avaient lieu les séminaires des étudiants gradués de la session d’hiver du département. Onze présentations nous ont été offertes toutes aussi intéressantes les unes que les autres. Bravo aux présentatrices et présentateurs! Cette activité a de nouveau illustré la diversité et la qualité de la recherche au département. Un sincère mot de remerciement à tous les évaluatrices et évaluateurs.

De gauche à droite : Lei Yang, Alexandre Vaillancourt, Xiaolin Yan, Francis Noël, François Rouleau, Magali-Wen St-Germain, Nathan Dumont-Leblond, Catherine Marois, Maria Lebeuf, Gabriel Byatt (Absente de la photo : Sona Amalyan).

Nouveau conseil administratif de l’ACEBMUL Les nouveaux membres du CA de l’ACEBMUL pour l’année 2020-2021 sont maintenant connus. Ce sont :

Présidente : Moïra Dion

Vice-Président : François Rouleau Vice-Présidente aux archives : Alicia Durocher Vice-Président(e) aux affaires externes : David Jordan

Vice-Président aux finances : Philippe Després Merci pour votre implication! L’ACEBMUL tient aussi à remercier très sincèrement Maria Lebeuf pour son implication dans le CA au cours de la dernière année.

Club d’édition génomique C’est le 26 février dernier que le club d’édition génomique a tenu sa dernière rencontre à l’IBIS (Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes). Cet événement très couru a permis aux participants de s’initier ou d’en apprendre davantage sur le sujet grâce à quatre conférences, dont deux données par des membres du département : Ahmad Saleh, professeur : Synthetic biology approaches for the production of fine oleochemicals in yeast platforms.

Volume 4, Numéro 8

4

Alexandre Dubé, Professionnel de recherche : A deep look at the amino acids involved in SH3 dependent protein interactions in vivo using genome editing.

Ce club d’édition génomique a été mis sur pied par le professeur Christian Landry et deux de ses étudiants au doctorat en biochimie, Philippe Després et Mathieu Hénault. Il est possible de suivre ses activités sur Twitter à l’adresse @GenomeEditingUL ou de vous abonner à la liste de distribution CLUB-EDITION-GENOME-UL. Merci aux membres du labo Landry d’avoir organisé l’activité de février. Restez connectés pour recevoir l’information de la prochaine édition.

Campagne de sociofinancement pour iGEM ULaval La toute nouvelle équipe iGEM ULaval 2020 démarre une activité de financement sur GoFundMe. En participant à leur campagne de financement, vous permettez à la seule équipe francophone canadienne, comptant près de 20 étudiants motivés, de représenter l’excellence académique de leur université et de leur province devant le monde entier. On vous invite à les aider en cliquant ici.

LE RAYONNEMENT DES MEMBRES DU DEPARTEMENT AU COURS DES

DERNIERES SEMAINES

Conférence TED par deux membres de l’équipe IGEM 2018 Catherine Marois et Nathan Dumont-Leblond de l’équipe IGEM 2018, la toute première équipe IGEM au département, ont présenté une conférence au prestigieux événement TedxQuébec en janvier dernier. Ils y ont présenté le projet Adrénayeast qui avait été récompensé d’une médaille de bronze au Jamboree annuel à Boston. Une belle source d'inspiration pour l'équipe qui se met en place pour iGEM ULaval 2020 et tout le département!

Volume 4, Numéro 8

5

Marc Veillette du groupe de Caroline Duchaine à Savoir Média Bravo à Marc Veillette, professionnel de recherche du labo de Caroline Duchaine, qui a participé à une émission visant à expliquer le risque occupationnel des bioaérosols dans les usines de traitement des eaux usées. L’émission est diffusée par Savoir Média.

Sylvain Moineau en entrevue aux Grands Entretiens à Radio-Canada Notre collègue Sylvain Moineau participait à l'émission Les grands entretiens à la radio de Radio-Canada diffusée le 25 mars dernier. C’est une entrevue de 54 minutes enregistrée le 29 mai dernier au congrès de l’ACFAS. Il y raconte entre autres sa contribution et celle de son équipe à la découverte et la compréhension du mécanisme moléculaire par lequel le système Crispr/Cas9 fonctionne et où il partage généreusement des souvenirs de jeunesse qui ont façonné sa carrière de chercheur. Allez l'écouter, c'est super intéressant!

Les travaux du groupe Landry soulignés dans ULaval Nouvelles L'équipe de Christian Landry et collaborateurs a publié une étude qui a paru dans la prestigieuse revue Nature Ecology and Evolution. Leur étude jette un éclairage important sur l'adaptation du champignon causant la maladie hollandaise de l'orme dans de nouveaux environnements.

Volume 4, Numéro 8

6

Les travaux du groupe Landry soulignés dans FSG Nouvelles L’équipe de Christian Landry a séquencé le génome d’une souche de levure prélevée à l’îlot des Palais, un site historique et archéologique de la Ville de Québec, pour en connaître l’origine. Ces travaux « d’archéologie moléculaire » ont permis de montrer que la souche se rapproche davantage des souches des groupes génétiques de la bière et de la boulangerie et des souches industrielles du Royaume-Uni et de Belgique. Elle proviendrait d'activités de brassage qui s’y sont déroulées récemment et non de celles qui auraient pu être domestiquées par les brasseurs d'origine de la Nouvelle-France sur le site archéologique. Pour plus de détails.

Québec sciences consacre un article à notre collègue Sylvain Moineau

Un article publié dans l’édition de mars de Québec Science relate les grands jalons des travaux de Sylvain qui ont mené aux découvertes de son laboratoire du système Crispr. Un autre bel hommage pour notre collègue!

VISIBILITE : SPECIAL COVID-19

Entrevue de Caroline Duchaine à l’émission 24/60

Toujours porter un masque? C’est le sujet de cette entrevue de Anne-Marie Dussault avec la Dre Nîma Machouf et la Dre Caroline Duchaine à l’émission 24/60.

Entrevue de Caroline Duchaine à C’est encore mieux l’après-midi Une autre belle entrevue de notre collègue Caroline qui nous aide à comprendre les meilleures façons de se protéger du virus de la covid-19, cette fois à la radio de Radio-Canada à l'émission C'est encore mieux l'après-midi. Bravo Caroline!

Entrevue de Caroline Duchaine publiée dans Le Soleil Caroline aide à répondre aux interrogations soulevées dans cet article publié par Le Soleil. Attraper la COVID-19 dans l’air? Les lecteurs s’inquiètent d’attraper le virus dans l’air, parce qu’il leur arrive de croiser des gens à moins de deux mètres de distance, ou que l’échangeur d’air des voisins diffuse vers chez eux. Alors qu’est-ce qui est sécuritaire?

Volume 4, Numéro 8

7

NOUVELLES DE NOS DIPLOMEES ET DIPLOMES

Bel honneur pour Marie-Michèle Genois, diplômée 2009 Marie-Michelle Genois, diplômée de 2009 du baccalauréat en biochimie et de 2015 aux études supérieures à l’Université Laval, fait partie du Top 100 des joueuses de basketball féminin du siècle selon U-SPORTS, l’alliance qui réunit tous les sports universitaires au Canada. Marie-Michelle réalise présentement un stage postdoctoral à Harvard. Bravo Marie-Michelle!

LA CHRONIQUE DE LA BIBLIOTHECAIRE L’une des tâches classiques bien connue du Bibliothécaire est, naturellement, l’achat de nouveaux titres pour développer la collection documentaire de la Bibliothèque. Cette responsabilité assez complexe requiert de bien connaître les besoins de sa clientèle estudiantine et professorale, ainsi que les sujets sur lesquels se penchent les chercheurs, les groupes et les chaires de recherche, tout en prenant soin de balancer les différents budgets qui lui sont conférés.

Voici donc quelques nouveautés acquises pour le Département de biochimie, microbiologie et bio-informatique :

Couverture Description du livre Résumé du livre

De l'Antarctique aux espaces interstellaires - Les bactéries du froid

Yvon Michel-Briand

Harmattan, 2018

9782140107740

Les bactéries de l'extrême, datant parfois de 500 000 ans, ont un rôle important dans l'effet de serre. Les enzymes de ces cellules ont acquis une certaine souplesse pour rester actives. La découverte de ces bactéries installées dans des conditions de vie glaçantes a rendu plus crédible la recherche d'une vie en dehors de la Terre.

Protein Folding: An Introduction

Cláudio M. Gomes

Patrícia F.N. Faísca

Springer, 2019

9783319008820

Rédigé de manière concise, ce livre présente les concepts clés du processus de repliement des protéines, tout en donnant un bref aperçu de la littérature pertinente sur le sujet. Les différentes sous-sections identifiées mettent l’accent sur des aspects spécifiques de ce processus, liés aux nouvelles méthodologies ainsi qu’aux tendances émergentes du domaine. (Source : Résumé de l’éditeur)

Volume 4, Numéro 8

8

Cholesterol Modulation of Protein Function: Sterol Specificity and indirect Mechanisms

Avia Rosenhouse-Dantsker

Anna N. Bukiya

Springer, 2019

9783030042783

Ce livre offre un aperçu complet sur la modulation de la fonction des protéines par le cholestérol via des mécanismes qui s'étendent au-delà des interactions directes lipides-protéines. Rédigé par des scientifiques renommés, ce livre introduit notamment l'application des approches techniques couramment utilisées, notamment la spectrométrie de masse et la spectroscopie de transfert par résonance magnétique nucléique. (Source : Résumé de l’éditeur)

Biogenesis of Fatty Acids, Lipids and Membranes

Otto Geiger

Springer, 2019

9783319504308

Toutes les cellules sont délimitées par une membrane lipidique, qui fournit une frontière cruciale dans toute forme de vie connue. Les lecteurs découvriront des chapitres concis sur les biomolécules microbiennes porteuses de lipides et les structures et processus associés aux lipides et aux membranes. (Source : Résumé de l’éditeur)

High value fermentation products. Vol. 1: Human health

Saurabh Saran

Vikash Babu

Asha Chuabey

Wiley, [2019]

9781119460053

Ce livre décrit les aspects de la fermentation à l'échelle industrielle, un domaine d'activité en expansion qui changera radicalement la façon dont nous fabriquons des produits chimiques à long terme futur. Des biocarburants et des acides aminés en vrac, en passant par les anticorps monoclonaux et les cellules souches, tous dépendent de la culture en masse de cellules en suspension dans des bioréacteurs. Aujourd'hui, un large éventail de cellules peut être cultivé de cette manière, et pour la plupart d'entre elles, des outils de génie génétique sont également disponibles. (Source : Résumé de l’éditeur)

Freshwater microbiology: perspectives of bacterial dynamics in lake ecosystems

Suhaib A. Bandh

Sana Shafi

Nowsheen Shameem

Academic Press (Elsevier), 2019

9780128174951

Ce livre fournit une analyse complète et systématique de l'écologie microbienne dans les lacs, notamment sur la façon dont les communautés bactériennes varient selon les milieux ainsi que sur l'évaluation des espèces de bactéries qui agissent à titre de bio-indicateur-clé pour prédire l'état trophique des écosystèmes des lacs. Ce livre aide aussi à identifier les facteurs d'importance dans la structuration des communautés bactériennes des lacs et explore la dynamique et la diversité de la composition des communautés bactériennes en fonction de divers paramètres de qualité de l'eau. (Source : Résumé de l’éditeur)

Volume 4, Numéro 8

9

Atlas français des bactéries du sol

Battle Karimi, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt et al.

Biotope, 2018

9782366622195

Les sols abritent des communautés vivantes microscopiques : dans un seul gramme de sol, on peut distinguer entre 100000 et un million d'espèces de bactéries! Les chercheurs spécialistes de l'écologie microbienne de l'INRA Bourgogne-Franche-Comté ont réalisé un inventaire des communautés bactriennes des sols de France. Basé sur des techniques les plus pointues de séquençage d'ADN, leur travail a débouché sur la réalisation de cet atlas qui, en plus de nous offrir un large panorama sur le sujet, nous sensibilise aussi sur l’importance de la qualité et de la fertilité des sols. (Source : Amazon.ca)

Beginners guide to bioinformatics for high throughput sequencing

Eric Cheng-Yu LEE, Tin Wee TAN

World Scientific, [2019]

9789813230514

La plupart des ouvrages traitant du calcul des données volumineuses sont remplis d'équations et de codes complexes, mais ce livre offre une entrée plus douce en la matière, avec des extraits de code à utiliser tels quels et à exécuter sur Linux, MacOSX ou via un serveur infonuagique. Il fournit également des instructions d'installation étape par étape facile à suivre. Ceux œuvrant dans le domaine du séquençage du génome et déjà familiers avec les procédures d'analyse peuvent également trouver ce livre utile pour combler certaines lacunes techniques. (Source : Résumé de l’éditeur).

Pour être tenus à jour sur l’arrivée de nos nouveautés pour le Département de biochimie, de microbiologie et de bio-informatique, abonnez-vous au fil RSS désigné sur l’espace web disciplinaire de la Bibliothèque.

Anne-Marie Duchesneau

Bibliothécaire-conseil

Pavillon Alexandre Vachon, Bibliothèque (VCH-0010) Bureau 3018-A Téléphone : 418 656-2131, poste 405310 Courriel : anne-marie.duchesneau@bibl.ulaval.ca

Facebook : AM-Duchesneau Bibliothécaire

LES EVENEMENTS A VENIR POUR LE DEPARTEMENT ET SES MEMBRES On ne lâche, pas. Les événements reviendront dans notre vie de l’après-covid. Ça va bien aller!

Volume 4, Numéro 8

10

ARTICLES PUBLIES PAR LES DIFFERENTES EQUIPES DE RECHERCHE DU

DEPARTEMENT Voici la liste des articles publiés par les professeurs réguliers et associés au département pour la période allant du 1er février au 31 mars 2020. Si une de vos publications n’apparaît pas dans la liste ci-dessous, merci de nous le signaler et nous la présenterons dans la prochaine publication de l’Infolettre. 1. Turmel M, Otis C, Vincent AT, Lemieux C. The complete mitogenomes of the green algae Jenufa

minuta and Jenufa perforata (Chlorophyceae, incertae sedis) reveal a variant genetic code previously unrecognized in the Chlorophyceae. Mitochondrial DNA Part B. 2020 5:2, 1516-1518. doi.org/10.1080/23802359.2020.1742229.

2. Nguyen DH, Lemieux C, Turmel M, Pham TB, Nguyen VD, Mouget JL, Tremblay R, Gastineau R. Complete mitogenome of the noble volute Cymbiola nobilis from the Vietnamese Island of Phú Quốc. Mitochondrial DNA Part B. 2020 5:2, 1661-1662. https://doi.org/10.1080/23802359.2020.1747369.

3. Giroux E, Bilodeau GJ. Whole genome sequencing resource of the European Larch Canker pathogen Lachnellula willkommii for molecular diagnostic marker development. Phytopathology. 2020 Mar 16. doi: 10.1094/PHYTO-09-19-0350-A.

4. Mbareche H, Veillette M, Bilodeau G, Duchaine C. Comparison of the performance of ITS1 and ITS2 as barcodes in amplicon-based sequencing of bioaerosols. PeerJ. 2020 Feb 17;8:e8523. doi: 10.7717/peerj.8523. eCollection 2020.

5. Hessenauer P, Fijarczyk A, Martin H, Prunier J, Charron G, Chapuis J, Bernier L, Tanguay P, Hamelin RC, Landry CR. Hybridization and introgression drive genome evolution of Dutch elm disease pathogens. Nat Ecol Evol. 2020 Apr;4(4):626-638. doi: 10.1038/s41559-020-1133-6. Epub 2020 Mar 2.

6. Manenda MS, Picard MÈ, Zhang L, Cyr N, Zhu X, Barma J, Pascal JM, Couture M, Zhang C, Shi R. Structural analyses of the Group A flavin-dependent monooxygenase PieE reveal a sliding FAD cofactor conformation bridging OUT and IN conformations. J Biol Chem. 2020 Apr 3;295(14):4709-4722. doi: 10.1074/jbc.RA119.011212. Epub 2020 Feb 28.

7. Cornuault JK, Moineau S. A Jumbo Formation in the Viral Game Plan. CRISPR J. 2020 Feb;3(1):14-

17. doi: 10.1089/crispr.2020.29082.jco.

8. Luo X, Guet-McCreight A, Villette V, Francavilla R, Marino B, Chamberland S, Skinner FK, Topolnik L. Synaptic Mechanisms Underlying the Network State-Dependent Recruitment of VIP-Expressing Interneurons in the CA1 Hippocampus.Cereb Cortex. 2020 Feb 20. pii: bhz334. doi: 10.1093/cercor/bhz334.

9. Bleuven C, Nguyen GQ, Després PC, Filteau M, Landry CR. Competition experiments in a soil microcosm reveal the impact of genetic and biotic factors on natural yeast populations. ISME J. 2020 Feb 20. doi: 10.1038/s41396-020-0612-8.

10. Salesse C, Charest J, Doucet-Beaupré H, Castonguay AM, Labrecque S, De Koninck P, Lévesque M.Opposite Control of Excitatory and Inhibitory Synapse Formation by Slitrk2 and Slitrk5 on Dopamine Neurons Modulates Hyperactivity Behavior. Cell Rep. 2020 Feb 18;30(7):2374-2386.e5. doi: 10.1016/j.celrep.2020.01.084.

11. Lumley LM, Pouliot E, Laroche J, Boyle B, Brunet BMT, Levesque RC, Sperling FAH, Cusson M. Continent-wide population genomic structure and phylogeography of North America's most

Volume 4, Numéro 8

11

destructive conifer defoliator, the spruce budworm (Choristoneura fumiferana). Ecol Evol. 2020 Jan 7;10(2):914-927. doi: 10.1002/ece3.5950. eCollection 2020 Jan.

12. Dion MB, Oechslin F, Moineau S. Phage diversity, genomics and phylogeny. Nat Rev Microbiol. 2020 Mar;18(3):125-138. doi: 10.1038/s41579-019-0311-5. Epub 2020 Feb 3. Review.

13. Zarrouk K, Pham VD, Piret J, Shi R, Boivin G. Hypersusceptibility of Human Cytomegalovirus to Foscarnet Induced by Mutations in Helices K and P of the Viral DNA Polymerase. Antimicrob Agents Chemother. 2020 Feb 3. pii: AAC.01910-19. doi: 10.1128/AAC.01910-19.

14. Mathieu A, Dion M, Deng L, Tremblay D, Moncaut E, Shah SA, Stokholm J, Krogfelt KA, Schjørring S, Bisgaard H, Nielsen DS, Moineau S, Petit MA. Virulent coliphages in 1-year-old children fecal samples are fewer, but more infectious than temperate coliphages. Nat Commun. 2020 Jan 17;11(1):378. doi: 10.1038/s41467-019-14042-z.