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Volume 6, Numéro 1 1
Département de biochimie, de microbiologie et de bio-informatique - AOÛT 2020 -
TABLE DES MATIÈRES
Mot de la directrice 2
Les gros dossiers! 3
Nouvelles de cet été 4
Le rayonnement des membres du département au cours des dernières semaines 6
Les événements à venir pour le département et ses membres 8
Chronique de la bibliothécaire : Bienvenue, Sofia! 9
Articles publiés par les différentes équipes de recherche du département 10
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MOT DE LA DIRECTRICE
Volume 6, Numéro 1 3
LES GROS DOSSIERS!
C’est la rentrée! Comme chaque année, l'Association des étudiant(e)s en biochimie, microbiologie et bio-informatique de l'Université Laval (AEBBMUL) organise des activités d’intégration des nouveaux étudiants (page Facebook de l’AEBBMUL). Au département, l’accueil des nouvelles étudiantes et des nouveaux étudiants se fera de façon virtuelle comme dans les cours « Profession ». Au niveau de l’ULaval, cette année, les activités de la rentrée se feront par une foire virtuelle. Pour plus de détails, cliquez ici. Les cours débutent le 31 août. Bonne rentrée à tous!
Message pour tous les étudiants utilisateurs du RTC
Si vous comptez utiliser les services du RTC pour vous déplacer vers l’université, notez qu’il existe le Laissez-passer universitaire (LPU). Plus d’info ici.
Pleins de ressources pour vous au Centre d’aide Le Centre d’aide innove avec des ressources sous forme de « balados » et vidéos en plus de ses services habituels. On vous rappelle sa mission : « Le Centre d’aide aux étudiants offre des services de soutien et de consultation aux étudiantes et aux étudiants en matière d’orientation, de réussite scolaire, de bien-être psychologique et de situations de handicap. Attentif au devenir des étudiantes et des étudiants de l’Université Laval, il participe activement à la mise en place de conditions favorables à la persévérance et à la réussite de ces derniers dans leur cheminement à l’université en favorisant leur épanouissement personnel et scolaire ». N’hésitez pas à utiliser leurs ressources et leurs services.
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NOUVELLES DE CET ETE
Bourses d'excellence du département Le département offre chaque année des bourses au mérite de 1000 $ aux étudiants qui réalisent un premier projet de recherche au sein d’une équipe dirigée par un professeur du département. Les récipiendaires 2020 des bourses d'excellence du département sont :
Laurie Doré, groupe de Sylvain Moineau Louis-Jacques Ruel, groupe de Patrick Lagüe
Bravo aux boursiers!
Nos diplômés 2020! Cette année, la cérémonie de remise des diplômes a dû être reportée à cause de la crise de la covid-19 et l’événement précollation du département a dû être annulé. Le département souhaite tout de même souligner la réussite des diplômés 2020 dont on voit ci-dessous la mosaïque. Bravo à tous nos diplômées et diplômés!
N
Tableau d’honneur de la FESP Parmi les diplômés de l’année 2019-2020 aux cycles supérieurs, certains figurent au tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales (FESP) en raison de la qualité exceptionnelle de leur dossier scolaire et de leur mémoire de maîtrise ou de thèse doctorale. Ce sont : Maîtrise :
Angel Fernando Cisneros Caballero, maîtrise en biochimie
Victor Azzi, maîtrise en biophotonique Joanie Lemieux, maîtrise en microbiologie
Ariane Renaud, maîtrise en microbiologie Marie-Ange Massicotte, maîtrise en microbiologie
Doctorat :
Ruggiero Francavilla, doctorat en biochimie Hamza M’Bareche, doctorat en microbiologie Marie-Laurence Lemay, doctorat en microbiologie
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L’équipe iGEM ULaval L'équipe iGEM-ULaval va participer pour une 3e année consécutive en octobre prochain à la plus grosse compétition de biologie synthétique au monde : Le Jamboree iGEM qui se tiendra cette année exceptionnellement de façon virtuelle. Nous vous invitons à suivre les aventures de l'équipe iGEM ULaval via leur page Facebook!
Guide des études graduées On vous rappelle que le Guide de l'étudiante et de l'étudiant (version PDF) peut être consulté à partir de l'Intranet de notre site Web sous l'onglet « Étudiants inscrits à la maîtrise et au doctorat ».
Financement obtenu par nos professeurs Concours Frontières de la découverte du CRSNG Très importante subvention de 4M$ de Caroline Duchaine et ses collaborateurs du programme Frontières de la découverte du CRSNG. Leur projet est intitulé « Antimicrobial resistance genes in bioaerosols in Canadian arctic, rural, and urban environments : sources, profiles, transport and fate ». Pour en apprendre plus, suivre ce lien vers ULaval Nouvelles. Concours FRQNT-équipe Sylvain Moineau, Paul de Koninck et Marie-Ève Paquet : Développement d’un
modèle expérimental pour étudier les interactions microbiote-hôte.
Flavie Lavoie-Cardinal, Paul de Koninck et coll. : Méthodes d’apprentissage automatique pour le développement de la microscopie intelligente des dynamiques cellulaires.
Armen Saghatelyan et Simon Hardy : Étude expérimentale et modélisation biophysique des différentes formes de la plasticité structurale des épines dendritiques dans le bulbe olfactif.
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Opportunité d’études graduées Alexander Culley de notre département et Jesse Greener du département de chimie sont à la recherche d’un étudiant diplômé aventureux qui travaillera avec des outils de recherche spectroscopiques de pointe pour développer un nouveau système de diagnostic viral. Ce projet est financé par une subvention de recherche d'urgence du CRSNG pour aider à résoudre la pandémie de COVID-19 et d'autres, similaires à l'avenir. Vous serez un étudiant de recherche conjoint travaillant dans le groupe de virologie d'Alex Culley et le groupe de biochimie analytique de Jesse Greener. Une forte collaboration avec le groupe de bio-informatique d'Arnaud Droit sera également impliquée. Pour plus d'informations, veuillez contacter Jesse ([email protected]) ou Alex ([email protected]) immédiatement. Les femmes et les minorités visibles sont particulièrement encouragées à postuler.
LE RAYONNEMENT DES MEMBRES DU DEPARTEMENT AU COURS DES
DERNIERES SEMAINES
Trois prix pour l’étudiante au doctorat Moïra Dion! L’étudiante au doctorat en microbiologie, Moïra Dion, a reçu le « CSM Graduate Ambassador award » de la Société Canadienne de microbiologie. Elle s’est également mérité le prix de la Relève étoile Louis-Berlinguet Mai 2020 du FRQNT. Finalement, elle s’est vu décerner le 1er prix pour sa présentation au Symposium Phage Canada I le 19 juin dernier.
Bravo Moïra!
Entrevue à la radio de Radio-Canada pour l’équipe IGEM 2020 L’équipe IGEM 2020 était en entrevue à l’émission Première Heure à la radio de Radio-Canada pour parler de son projet et de solution possible au problème des pertes dans le secteur acéricole.
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Entrevue à Radio-Canada pour Christina Frederick L’étudiante à la maîtrise en microbiologie Christina Frederick a donné une entrevue au Téléjournal Québec de Radio-Canada au sujet de ses travaux de recherche réalisés en Chine et en lien avec la covid-19.
Prix Margaret Dayhoff Mid-career pour le professeur Christian Landry Tout un honneur pour notre collègue Christian Landry qui reçoit le 2020 Margaret Dayhoff Mid-Career Award de la Society for Molecular Biology and Evolution! Cliquez
ici pour consulter le lien vers le fil de nouvelles de la FSG.
Webinaire grand public par le professeur Steve Charette Le 12 juin dernier, notre collègue Steve Charette donnait un webinaire intitulé : Les microbes, d’abord une source de vie!, une activité organisée par la formation continue de la FSG. Bravo Steve pour ton implication soutenue en enseignement!
Témoignage de l’enseignement en réponse à la covid-19
Notre collègue Sylvain Moineau témoigne à propos de l’adaptation qu’il a faite de son
enseignement le printemps dernier pour exploiter des opportunités ouvertes par la crise de la covid-19.
Une histoire fascinante de bière, souche de levure et contexte historique
Si vous vous intéressez à la bière et l'histoire de la ville de Québec, allez lire cet article
publié sur ULaval Nouvelles à propos d’une publication du groupe de Christian Landry.
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Transmission du virus de la covid-19
Entrevue à l’émission 24/60 de Radio-Canada de Caroline Duchaine qui est l'une des
signataires de la lettre des scientifiques à l'OMS au sujet de la transmission du virus de la covid-19 dans l'air.
Au sujet de la collection de phages Félix d’Hérelle
À lire, cette entrevue de Denise Tremblay, professionnelle de recherche du groupe de
Sylvain Moineau, pour en apprendre plus au sujet de la collection de phages Félix d’Hérelle, dont Sylvain est le curateur.
Existe-t-il de bons virus ?
Reportage de Québec Science à propos des travaux de recherche de Sylvain Moineau.
LES EVENEMENTS A VENIR POUR LE DEPARTEMENT ET SES MEMBRES
Table ronde sur le futur des aliments avec l’équipe IGEM 2020 le 19 août L’équipe iGEM ULaval co-organise avec l’équipe iGEM Concordia une table ronde le 19 août de 12 h à 13 h sur le futur des aliments. Ces équipes et leurs conférenciers invités, qui sont des leaders de l’industrie de la production des aliments à partir de l’agriculture cellulaire et les microbes, tiendront une discussion ouverte avec les membres de la communauté à propos de :
La résolution des problèmes de sécurité alimentaire La production durable des aliments (ex. la production des fruits de mer sans
utiliser de la pêche ou de l’aquaculture, ou encore de produits laitiers obtenus à partir de microbes)
La régulation et la sécurité des aliments synthétiques L’adaptation des économies locales pour migrer de méthodes de production
traditionnelles vers ces technologies émergentes
Inscrivez-vous ici.
Vidéo de l’événement.
Webinaire de l’équipe IGEM 2019 le 27 août L’équipe IGEM-2019 vous invite à participer à leur webinaire qui se tiendra le 27 août à midi. Il portera sur la modélisation de structures secondaires d'ARN et les « riboswitch toehold ». L’équipe a été invitée à faire partie d’une série de webinaires organisée par IGEM HQ afin de parler des modèles qu’ils ont utilisés dans leur projet et mis en nomination dans la catégorie « best model ». Pour information et inscription, cliquez ici.
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CHRONIQUE DE LA BIBLIOTHECAIRE : BIENVENUE, SOFIA! Avez-vous entendu la bonne nouvelle? Un nouveau catalogue en ligne a été instauré à
la Bibliothèque de l’Université Laval cet été! En effet, le système intégré de gestion de
bibliothèque (SIGB), un logiciel servant à gérer l’ensemble des tâches en bibliothèque
(acquisitions-catalogage, dossiers d’abonnés, prêts-retours, etc.), était arrivé à la fin de
sa vie utile. Or, cette situation n’était pas unique à l’Université Laval, mais touchait
aussi l’ensemble des bibliothèques universitaires québécoises. C’est pourquoi, dès
2014, sous le leadership de Loubna Ghaouti, Directrice de la Bibliothèque de
l’Université Laval, le Bureau de coopération interuniversitaire (BCI) a collaboré
activement pour trouver une solution de remplacement aux systèmes respectifs
utilisés dans chacune des bibliothèques universitaires québécoises. La solution
privilégiée? Une plateforme partagée de services (PPS), où les collections locales
deviendraient visibles et recherchables grâce à une interface commune. C’est le début
d’un partenariat historique à l’échelle de la province!
Le catalogue ARIANE, ainsi nommé en référence à ce personnage de la mythologie
grecque, aura permis, depuis 19911, de repérer aisément des documents répondant
aux besoins de recherche de la communauté universitaire locale. Or, depuis le 22 juin
2020, le flambeau a été repris par l’outil de recherche SOFIA, dont l’interface
harmonisée entre les dix-huit bibliothèques universitaires québécoises facilite l’accès
à la connaissance (et à la sagesse!) grâce à un ingénieux système de prêt réseau. De
plus, avec leur carte universitaire habituelle, les professeurs et les étudiants de
l’Université Laval peuvent également emprunter gratuitement des documents
imprimés provenant des autres bibliothèques du BCI (y compris McGill), à distance à
l’aide d’un clic rapide ou sur place (en dehors de mesures spéciales dues à la COVID-
19). Finalement, de nouvelles caractéristiques très intéressantes, comme l’affichage de
la couverture d’un livre, le regroupement des éditions d’un même ouvrage dans une
même fiche descriptive et la possibilité de visualiser l’interface en plusieurs langues,
procurent une expérience avantageuse et conviviale des utilisateurs.
Voici donc, un aperçu de la nouvelle interface du nouvel outil de recherche SOFIA :
Pour toute question quant à l’utilisation de ce nouvel outil, contactez-moi!
1 Richard DUFOUR (2018). Bibliothèque de l'Université Laval : 165 ans d'histoire (1852-2017), Québec : Presses de l’Université Laval, p. 205. (Accessible en format livrel via CorpusUL).
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Anne-Marie Duchesneau, M.S.I.
Bibliothécaire-conseil, Sciences et génie
418-656-2131 (poste 405310)
ARTICLES PUBLIES PAR LES DIFFERENTES EQUIPES DE RECHERCHE DU
DEPARTEMENT Voici la liste des articles publiés par les équipes des professeurs réguliers et associés au département pour la période allant du 1er mai au 31 juillet 2020. Si une de vos publications n’apparaît pas dans la liste ci-dessous, merci de nous le signaler et nous la présenterons dans la prochaine publication de l’Infolettre.
1. Shen Y, Campbell RE, Côté DC, Paquet ME. Challenges for Therapeutic Applications
of Opsin-Based Optogenetic Tools in Hum Front Neural Circuits. 2020 Jul 15;14:41. doi: 10.3389/fncir.2020.00041. eCollection 2020. PMID: 32760252.
2. Durocher AF, Gagné-Thivierge C, Charette SJ. Various dictyostelids from the environment can produce multilamellar bodies, Can J Microbiol. 2020 Jul 31. doi: 10.1139/cjm-2020-0187.
3. Lemay ML, Maaß S, Otto A, Hamel J, Plante PL, Rousseau GM, Tremblay DM, Shi R, Corbeil J, Gagné SM, Becher D, Moineau S. A Lactococcal Phage Protein Promotes Viral Propagation and Alters the Host Proteomic Response During Infection, Viruses. 2020 Jul 24;12(8):E797. doi: 10.3390/v12080797. PMID: 32722163.
4. Horianopoulos LC, Gluck-Thaler E, Benoit Gelber I, Cowen LE, Geddes-McAlister J, Landry CR, Schwartz IS, Scott JA, Sellam A, Sheppard DC, Spribille T, Subramaniam R, Walker AK, Harris SD, Shapiro RS, Gerstein A. The Canadian Fungal Research Network: current challenges and future opportunities, Can J Microbiol. 2020 Jul 27. doi: 10.1139/cjm-2020-0263.
5. Lavoie-Cardinal F, Bilodeau A, Lemieux M, Gardner MA, Wiesner T, Laramée G, Gagné C, De Koninck P. Neuronal activity remodels the F-actin based submembrane lattice in dendrites but not axons of hippocampal neurons, Sci Rep. 2020 Jul 20;10(1):11960. doi: 10.1038/s41598-020-68180-2.
6. Azizi D, Larachi F, Garnier A, Lagüe P, Levasseur B. Sorption of aqueous amino acid species on sulfidic mineral surfaces ‐ DFT study and insights on biosourced‐reagent mineral flotation, The Can J Chem Eng 13 July 2020, doi.org/10.1002/cjce.23841.
7. Hallin J, Cisneros AF, Hénault M, Fijarczyk A, Dandage R, Bautista C, Landry CR. Similarities in biological processes can be used to bridge ecology and molecular biology, Evol Appl. 2020 Apr 13;13(6):1335-1350. doi: 10.1111/eva.12961. eCollection 2020 Jul. PMID: 32684962.
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8. Wu BG, Kapoor B, Cummings KJ, Stanton ML, Nett RJ, Kreiss K, Abraham JL, Colby
TV, Franko AD, Green FHY, Sanyal S, Clemente JC, Gao Z, Coffre M, Meyn P, Heguy A, Li Y, Sulaiman I, Borbet TC, Koralov SB, Tallaksen RJ, Wendland D, Bachelder VD, Boylstein RJ, Park JH, Cox-Ganser JM, Virji MA, Crawford JA, Edwards NT, Veillette M, Duchaine C, Warren K, Lundeen S, Blaser MJ, Segal LN. Evidence for Environmental-human Microbiota Transfer at a Manufacturing Facility with Novel Work-related R Am J Respir Crit Care Med. 2020 Jul 16. doi: 10.1164/rccm.202001-0197OC. PMID: 32673495.
9. Volkoff AN, Cusson M, Falabella P. Editorial: Insects at the Center of Interactions With Other Organisms, Front Physiol. 2020 Jun 23;11:616. doi: 10.3389/fphys.2020.00616. eCollection 2020. PMID: 32655406.
10. Tremblay T, Branch DR, Loubaki L. Daudi cell stroma: An alternative to dithiothreitol to resolve daratumumab interference in pretransfusion testing, Transfusion. 2020 Jul 6. doi: 10.1111/trf.15932. PMID: 32632934.
11. Khodadadi F, González JB, Martin PL, Giroux E, Bilodeau GJ, Peter KA, Doyle VP, Aćimović SG. Identification and characterization of Colletotrichum species causing apple bitter rot in New York and description of C. noveboracense sp. Nov, Sci Rep. 2020 Jul 6;10(1):11043. doi: 10.1038/s41598-020-66761-9. PMID: 32632221.
12. Yousfi K, Usongo V, Berry C, Khan RH, Tremblay DM, Moineau S, Mulvey MR, Doualla-Bell F, Fournier E, Nadon C, Goodridge L, Bekal S. Source Tracking Based on Core Genome SNV and CRISPR Typing of Salmonella enterica Serovar Heidelberg Isolates Involved in Foodborne Outbreaks in Québec, 2012, Front Microbiol. 2020 Jun 17;11:1317. doi: 10.3389/fmicb.2020.01317. eCollection 2020. PMID: 32625190.
13. Fijarczyk A, Hénault M, Marsit S, Charron G, Fischborn T, Nicole-Labrie L, Landry CR. The Genome Sequence of the Jean-Talon Strain, an Archeological Beer Yeast from Québec, Reveals Traces of Adaptation to Specific Brewing Conditions, G3 (Bethesda). 2020 Jun 30:g3.401149.2020. doi: 10.1534/g3.120.401149. Online ahead of print. PMID: 32605927.
14. Guet-McCreight A, Skinner FK, Topolnik L. Common Principles in Functional Organization of VIP/Calretinin Cell-Driven Disinhibitory Circuits Across Cortical Areas, Front Neural Circuits. 2020 Jun 9;14:32. doi: 10.3389/fncir.2020.00032. eCollection 2020. PMID: 32581726.
15. Mosterd C, Moineau S. Characterization of a Type II-A CRISPR-Cas System in Streptococcus mutans, mSphere. 2020 Jun 24;5(3):e00235-20. doi: 10.1128/mSphere.00235-20. PMID: 32581075.
16. Prévost J, Gasser R, Beaudoin-Bussières G, Richard J, Duerr R, Laumaea A, Anand SP, Goyette G, Ding S, Medjahed H, Lewin A, Perreault J, Tremblay T, Gendron-Lepage G, Gauthier N, Carrier M, Marcoux D, Piché A, Lavoie M, Benoit A, Loungnarath V, Brochu G, Desforges M, Talbot PJ, Gould Maule GT, Côté M, Therrien C, Serhir B, Bazin R, Roger M, Finzi A. Cross-sectional evaluation of humoral responses against SARS-CoV-2 Spike, bioRxiv. 2020 Jun 10:2020.06.08.140244. doi: 10.1101/2020.06.08.140244. Preprint. PMID: 32577637.
17. Mosterd C, Rousseau GM, Moineau S. A short overview of the CRISPR-Cas adaptation stage, Can J Microbiol. 2020 Jun 19:1-12. doi: 10.1139/cjm-2020-0212. PMID: 32559396.
Volume 6, Numéro 1 12
18. de Melo AG, Rousseau GM, Tremblay DM, Labrie SJ, Moineau S. DNA tandem repeats contribute to the genetic diversity of Brevibacterium aurantiacum phages, Environ Microbiol. 2020 Jun 8. doi: 10.1111/1462-2920.15113. PMID: 32510858.
19. Perkins V, Vignola S, Lessard MH, Plante PL, Corbeil J, Dugat-Bony E, Frenette M, Labrie S. Phenotypic and Genetic Characterization of the Cheese Ripening Yeast Geotrichum candidum, Front Microbiol. 2020 May 7;11:737. doi: 10.3389/fmicb.2020.00737. eCollection 2020. PMID: 32457706.
20. Gao R, Naushad S, Moineau S, Levesque R, Goodridge L, Ogunremi D. Comparative genomic analysis of 142 bacteriophages infecting Salmonella enterica subsp. Enterica, BMC Genomics. 2020 May 26;21(1):374. doi: 10.1186/s12864-020-6765-z. PMID: 32456612.
21. Marcoux E, Lagha AB, Gauthier P, Grenier D. Antimicrobial activities of natural plant compounds against endodontic pathogens and biocompatibility with human gingival fibroblasts, Arch Oral Biol. 2020 Aug;116:104734. doi: 10.1016/j.archoralbio.2020.104734. Epub 2020 May 18. PMID: 32454322. Vornanen-Winqvist C, Järvi K, Andersson MA, Duchaine C, Létourneau V, Kedves O, Kredics L, Mikkola R, Kurnitski J, Salonen H. Exposure to indoor air contaminants in school buildings with and without reported indoor air quality problems, Environ Int. 2020 Aug;141:105781. doi: 10.1016/j.envint.2020.105781. Epub 2020 May 15.PMID: 32417615.
22. Labbé M, Girard C, Vincent WF, Culley AI. Extreme Viral Partitioning in a Marine-Derived High Arctic Lake, Extreme Viral Partitioning in a Marine-Derived High Arctic Lake, mSphere. 2020 May 13;5(3):e00334-20. doi: 10.1128/mSphere.00334-20. PMID: 32404515.
23. Pham VD, To TA, Gagné-Thivierge C, Couture M, Lagüe P, Yao D, Picard MÈ, Lortie LA, Attéré SA, Zhu X, Levesque RC, Charette SJ, Shi R. Structural insights into the putative bacterial acetylcholinesterase ChoE and its substrate inhibition mechanism, J Biol Chem. 2020 Jun 26;295(26):8708-8724. doi: 10.1074/jbc.RA119.011809. Epub 2020 May 5. PMID: 32371400.
