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I/ APPROCHE METHODOLOGIQUE
I-1 SOUCHES BACTERIENNES
Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Haemophilus
influenzae et Moraxella catarrhalis sont des germes fragiles.
Les souches que nous avons étudiées ont été collectées et conservées à
- 70% dans un bouillon nutritif cœur-cervelle, additionné de 10% de glycérol et
de sérum de veau fœtal .
Cette méthode de conservation permet la survie des souches à long terme et
présente beaucoup d’avantages, notamment dans la conservation de
l’authenticité des souches (21).
Après décongélation, une vérification des caractères s’est imposée, pour
s’assurer de la fiabilité des souches testées pour notre étude.
Cette vérification s’est limitée à quelques techniques, selon les souches.
Streptococcus pneumoniae
L’authenticité des souches de Streptococcus pneumoniae s’est limitée à
certaines techniques :
- la culture sur GSC,
- l’examen microscopique après coloration de Gram,
- le test à la catalase
- surtout la sensibilité à l’optochine et la lyse par les sels biliaires.
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La sensibilité à l’optochine a permis d’établir un diagnostic différentiel
avec les streptocoques viridans , qui sont optochine résistants. Cependant, ce test
avait montré ses limites (21, 78).
Aussi nous nous sommes assurés qu’ils ne s’agissait pas de
pneumocoques résistants à l’optochine, grâce au test de lyse par les sels
biliaires, à l’étude des caractères biochimiques et à l’identification de ces
streptocoques alpha-viridans par les microgaleries CSB.
L’étude des caractères biochimiques n’a pas posé de problème majeur,
grâce à l’utilisation des micro-plaques CSB. Ces microplaques sont de
protocoles simples et ont donné des résultats fiables. Le contrôle de qualité de
l’identification a été effectué avec la souche de référence (type ATCC).
Streptococcus pyogenes
La vérification de la conformité des caractères culturaux, morphologiques,
métaboliques et biochimiques a été effectuée par plusieurs techniques : culture
sur GSO, coloration de Gram, test à la catalase, sensibilité à la bacitracine et la
microgalerie CSB system. Le contrôle de qualité a été fait en s’aidant de souches
de référence.
68
Haemophilus influenzae
Après culture sur GSC polyvitex et coloration de Gram, nous avons eu
recours à la mise en évidence de l’exigence en facteur X et V.
Notre choix s’est porté sur l’utilisation de milieux gélosés. En milieu
liquide, le trouble, synonyme de culture bactérienne, était parfois difficile à
apprécier.
Ce phénomène s’explique par le fait que les souches Rough (R)
d’Haemophilus influenzae forment, en milieu liquide, un dépôt granuleux sans
modifier la transparence du milieu, contrairement aux souches Smooth (S) qui
donnent un trouble homogène et un dépôt plus ou moins important (60).
La mise en évidence de l’exigence en facteur en milieu gélosé a donné des
résultats satisfaisants.
Pour la vérification des caractères biochimiques, les galeries API-NH
auxquels nous avons eu recours dans ces cas ont donné de bons résultats.
Toutefois, il faut suivre scrupuleusement le protocole.
Moraxella catarrhalis
Après vérification des caractères culturaux sur GSC polyvitex et coloration
de Gram, les caractères biochimiques ont été mis en évidence par les galeries
API-NH.
Cette microméthode est caractérisée par sa sensibilité, sa spécificité, sa
reproductibilité et la rapidité de ses identifications. Cette technique est d’autant
69
plus efficace qu’elle a permis de faire le diagnostic différentiel avec certaines
espèces de Neisseria apparaissant également sous forme de diplocoques Gram
négatif.
Le contrôle de qualité des tests de sensibilité a été fait avec l’aide de
souches de référence (H. influenzae ATCC 49247).
I-2 TESTS DE SENSIBILITE
I-2-1 L’antibiogramme standard
C’est la technique la plus utilisée et elle est de réalisation simple.
Toutefois, la mesure des zones d’inhibition est peu précise. Dans bien des
cas, nous avons dû reprendre les mesures, surtout pour les diamètres limites. Il
faut reconnaître que la méthode a été tellement employée en routine que les
normes NCCLS ne sont plus respectées : épaisseur de la gélose, nombre de
disques par boîte, conditions d’incubation (44).
De plus, la méthode de l’antibiogramme standard est limitée par la
mauvaise diffusibilité en gélose de certains antibiotiques comme les
glycopeptides (vancomycine). Ces derniers sont en effet des molécules de haut
poids moléculaire, qui diffusent très lentement dans la gélose (4).
En outre, les problèmes de la stabilité de la charge en antibiotique des
disques du groupe des bêta-lactamines rend parfois difficile l’interprétation de
certains diamètres d’inhibition.
70
I-2-2 La méthode de dilution en milieu gélosé et la méthode
E-test
Les résultats ont pu être exprimés en CMI. La volonté d’exprimer les
résultats sous forme de CMI peut s’expliquer par les avantages montrés par
celle-ci et les limites des diamètres d’inhibition.
Si l’antibiogramme standard est la technique la plus utilisée par les
laboratoires de diagnostic, du fait de sa facilité d’exécution et de son coût
moindre par rapport aux autres méthodes, les diamètres d’inhibition ne
fournissent pas des résultats explicites quant au degré d’efficacité des
antibiotiques.
La CMI va donc au-delà de ces possibilités, parce que pour la plupart des
marqueurs de phénotype comme l’érythromycine, elle s’est trouvée plus
explicite pour exprimer l’efficacité des antibiotiques (cf résultats).
En plus de cela, il y a la possibilité d’établir une relation entre l’activité in
vitro d’une molécule et celles d’autres molécules de la même famille sur un
germe donné (14).
Aussi dans notre étude, nous avons utilisé, en fonction de la disponibilité
du matériel, les méthodes de dilution en milieu gélosé ou de E-test pour
déterminer les CMI.
71
� La dilution en milieu gélosé constitue une méthode de référence et permet
de tester plusieurs souches sur un même antibiotique, mais sa réalisation
est lourde.
� Le E-test, par contre, permet de tester simultanément plusieurs
antibiotiques sur une même souche et constitue une technique de
détermination rapide des CMI. Il est fiable et facile en ce qui concerne la
lecture.
Toutefois, ces deux techniques de détermination des CMI exigent un
respect rigoureux du protocole. De plus, elles sont onéreuses.
II/ SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES
II-1 SENSIBILITE DES SOUCHES DE STREPTOCOCCUS
PNEUMONIAE
II-1-1 Sensibilité aux bêta-lactamines
Le test à l’oxacilline (1µg ) a montré que sur les 16 souches de
Streptococcus pneumoniae, 5 souches étaient de sensibilité anormale à la
pénicilline.
Parmi ces souches, une seule est restée résistante à la pénicilline, les 4
autres souches ont eu une sensibilité intermédiaire à la pénicilline.
72
Ce taux, bien qu’inférieur à ceux obtenus en 2000 (35) est supérieur à
ceux de 2003 (64). Ceci confirme une fois de plus l’existence de PSDP à Dakar.
Des études menées un peu partout dans le monde ont révélé des taux
importants de PSDP (5, 16, 36).
En Espagne, une étude portant sur 203 souches de pneumocoques avait
permis de déceler un taux de (34,5%) de souches intermédiaires et 13,8% de
souches résistantes (55).
En Afrique, des taux plus importants de PRP sont rapportés
particulièrement en côte d’ivoire (30), en Afrique du Sud (16, 48) et au Kenya
(46).
Ainsi, cette diffusion des pneumocoques à bas ou à haut niveau de
résistance, crée une situation préoccupante dans le monde.
Face à l’émergence des PRP, les études menées par Garcia-Rey et al.
en Espagne (36) avaient pour but d’établir une relation entre l’augmentation de
la résistance et la consommation d’antibiotiques par la population.
Les résultats ont montré des taux moins élevés à Seville (42,8%) et
Bizcaya (44,4%) qu’en Grenade (66,6%) et à Zaragoza (66,8%).
Parallèlement, une banalisation de la consommation en antibiotiques par
les populations avait été notée, du fait de la forte accessibilité à ces
médicaments.
En comparaison avec les données recensées dans ces pays, le taux du
Sénégal se trouve inférieur.
73
Toutefois, l’augmentation des souches de sensibilité anormale à la
pénicilline, observée depuis quelques années à Dakar (77, 39), pourrait
s’expliquer par une automédication exagérée de la population, ou par une
stratégie thérapeutique limitée.
La sensibilité des souches au céfixime a été bonne pour les souches
sensibles à la pénicilline. Mais pour les pneumocoques de sensibilité anormale à
la pénicilline, il a été peu actif avec 4 souches résistantes et une souche
intermédiaire.
Il a été noté une augmentation des CMI (CM90 = 1) du céfixime en parallèle
avec l’élévation des CMI de la pénicilline. Ceci semble logique, car les CMI de
la pénicilline pourraient permettre de prédire de l’activité antipneumococcique
in vitro d’autres bêta-lactamines (14). La diminution de la sensibilité à la
pénicilline s’accompagne d’une baisse de sensibilité à toutes les bêta-lactamines,
la CMI de chaque molécule augmentant plus ou moins (28).
II-1-2 Sensibilité aux MLSB
La souche PRP a été aussi résistante à l’érythromycine. L’érythromycine
étant un marqueur de résistance, elle a donc été considérée comme une souche
Erythromycine-résistante. Cette résistance pourrait s’expliquer suivant deux
mécanismes : modification des sites de liaison codée par le gène erm B ou un
efflux de l’antibiotique codé par le gène mef A.
74
Dans plusieurs pays, il avait été noté une variation proportionnelle entre le
taux de résistance à la pénicilline et les taux de résistance aux macrolides.
Aux USA, moins de 5% des souches pénicilline sensibles avaient été
résistantes aux macrolides, contre 50% des souches résistantes (36).
Les mêmes variations ont été observées à Hongkong, où 38% des souches
sensibles à la pénicilline avaient été résistantes à l’érythromycine, contre 92%
des souches intermédiaires et résistantes (38).
En se basant sur ces études, une proportionnalité peut s’établir entre la
sensibilité à la pénicilline et la sensibilité aux macrolides.
Seulement, dans certains pays, cette tendance pourrait être inversée.
En Italie il avait été noté un taux de résistance de 45% parmi les souches
pénicillines sensibles (54).
Dans notre étude, toutes les souches de Streptococcus pneumoniae avaient
été sensibles à la clindamycine. Ainsi, nous pouvons affirmer que la souche PRP
isolée, qui était à la fois résistante à l’érythromycine et sensible à la
clindamycine, était de phénotype M. Aussi, le mécanisme de résistance pourrait
être dû à un efflux actif de l’antibiotique vers l’extérieur de la bactérie, lié au
gène mef A (83) .
Les autres souches qui étaient sensibles à la fois à la pénicilline, aux
macrolides et à la clindamycine ont déterminé le phénotype sensible (S).
75
II-1-3 Sensibilité à la Lévofloxacine
La lévofloxacine a eu une bonne activité sur les souches de pneumocoque
(87,5%). Une seule souche a été résistante et une autre intermédiaire.
En 2002, aucune résistance n’a été notée (61). En 2003, un taux de 2% a
été retrouvé (39). Nous observons donc, de plus en plus, l’apparition de souches
résistantes à la lévofloxacine à Dakar.
Ailleurs dans le monde, de faibles taux de résistance sont trouvés : en
Espagne par exemple (57).
L’excellente activité antipneumococcique de la lévofloxacine est établie et
justifie son utilisation dans les infections à pneumocoque, notamment
respiratoires.
Seulement, il faudrait suivre l’épidémiologie de la résistance, afin de
maintenir l’efficacité de cette molécule dans le traitement des infections à
pneumocoque.
II-1-4 Sensibilité à la Télithromycine
La sensibilité à la télithromycine a été bonne : 93,75% (une seule souche
résistante). Cette efficacité de la molécule a été observée dans plusieurs études
en Espagne (57).
Cependant, il a été décrit par certains auteurs d’une émergence de
souches résistantes. Ceci a poussé certains spécialistes à comparer le pouvoir
76
d’induction de multi-résistance de la télithromycine à celui d’autres molécules
actives sur les pneumocoques.
Selon Davies et al, la télithromycine est un faible inducteur de résistance,
comparée à l’érythromycine et à la clindamycine (21).
Néanmoins, dans notre étude, nous avons noté la présence d’une souche
résistante qui pourrait limiter une fois de plus l’activité de la télithromycine.
Aussi, bien que l’induction de résistance de la télithromycine demeure
faible, du fait de la présence de la fonction kéto sur les molécules de Kétolides,
les normes d’utilisation doivent cependant être strictes.
Le respect de la posologie et de la durée du traitement doit être respecté,
pour éviter l’émergence ou la propagation de souches multirésistantes.
II-1-5 Sensibilité à la tétracycline
L’activité de la tétracycline a été moins bonne que celles des autres
antibiotiques testés. Seules 50% des souches sont restées sensibles. Les autres
souches étaient, soit résistantes (6,25%), soit intermédiaires (43,75).
Ce taux de résistance, bien qu’inférieur à celui observé dans les études
précédentes à Dakar (35,39), reste significatif. Il a démontré, une fois de plus,
l’émergence de souches multi-résistantes et de résistance croisée aux
pénicillines à Dakar.
77
II-2 SENSIBILITE DE STREPTOCOCCUS PYOGENES
II-2-1 Sensibilité aux pénicillines
Les souches de Streptococcus pyogenes étudiées ont toutes été sensibles à
la pénicilline.
Seulement, il a été noté une augmentation des (CMI90=0,03).
Cette évolution des CMI a été notée depuis 1985 (17) et devrait pousser à mieux
contrôler la prescription de la pénicilline dans les infections dues à
Streptococcus pyogenes (42).
Une étude antérieure menée à Dakar a révélé le même résultat : sensibilité
à 100% (74). Il en est de même dans des pays comme l’Algérie (31) et le
Portugal (56).
Seulement si les souches de Streptococcus pyogenes sont régulièrement
sensibles à la pénicilline, un échec thérapeutique a été observé chez plus de 20%
des patients, dans une étude menée à Washington.
Ceci nous amène à penser à une potentielle évolution de la résistance à la
pénicilline, qui pourrait s’expliquer par une sécrétion de pénicillinases ou par
une interférence bactérienne.
78
II-2-2 Sensibilité aux MLSB
L’érythromycine a eu une bonne activité : (92,86%) de souches sensibles
et 7,14% de souches intermédiaires. Notre étude n’a révélé aucune résistance et
confirme les résultats des études précédentes (39, 64, 72).
Par contre, des cas de résistance ont été observés dans plusieurs pays,
notamment en France, au Canada, en Espagne et en Suède, à des taux respectifs
de 4,1%, 2,1%, 20%, et 41,3% (10, 20, 32, 37, 73, 79).
Ces effectifs témoignent de l’existence d’un haut niveau de résistance des
Streptocoques du groupe A au macrolide, un peu partout dans le monde.
Cette émergence de la résistance pourrait être imputable à la
consommation accrue d’antibiotiques.
Par exemple, Perez et al ont démontré une relation étroite entre la
consommation d’antibiotiques et l’évolution de la résistance (69).
La clindamycine a eu aussi une très bonne activité. La clindamycine et
l’érythromycine sont des marqueurs de résistance. Aussi, on a pu remarquer que
la plupart des souches étudiées sensibles à l’érythromycine ont été sensibles à la
clindamycine, d’où leur appartenance au phénotype S.
79
II-2-3 Sensibilité à la Levofloxacine
La Lévofloxacine a été active sur les souches de Streptococcus pyogenes.
Seules 2 souches ont été intermédiaires. Notre taux de sensibilité (92,86%) est
ainsi supérieur à celui signalé en 2002 qui était de 78,37% (74).
Des pourcentages comparables à notre étude (90 - 100%) ont été trouvés à
Dakar (39). Ceci fait de la Lévofloxacine une molécule efficace, qu’on pourra
utiliser comme alternative en cas d’hypersensibilité à la pénicilline ou de
résistance aux MLSB.
Toutefois, cet antibiotique devra être utilisé avec modération, pour éviter
toute évolution de la résistance.
II-2-4 Sensibilité aux Kétolides
La télithromycine a eu une efficacité réelle sur les souches de
Streptococcus pyogenes. Toutes les souches (100%) ont été sensibles à cet
antibiotique. Ce taux maximal de sensibilité prévaut à Dakar, depuis 2002
(39, 74).
Avec sa fonction kéto, la télithromycine dérivée des macrolides, a été
active sur ces derniers. Cette suprématie de la télithromycine a été notée lors
des études menées par Nagai et al. (59).
80
En effet, sur 121 souches de Streptococcus pyogenes, la télithromycine et
ses dérivées ont été actives sur toutes les souches sensibles comme résistantes
aux macrolides.
II-2-5 Sensibilité aux cyclines
La sensibilité à la tétracycline a été plutôt mauvaise, 71,43% de souches
résistantes.
Ce taux confirme les résultats des études précédentes effectuées à Dakar en
2002 et en 2003. Dans d’autres pays comme l’Iran, l’Espagne et Taïwan des
taux de résistance compris entre 50 et 100% avaient été observés (69, 67, 41).
Cependant, de faibles taux de résistance (4%) ont été notés aux USA (42)
et au Portugal (56). Toutefois, le taux élevé de la résistance des Streptocoques
du groupe A pourrait s’expliquer par une banalisation de la tétracycline dans les
infections causées par ce germe.
II-3 SENSIBILITE D’HAEMOPHILUS INFLUENZAE
II-3-1 Sensibilité aux bêta-lactamines
Parmi les 33 souches étudiées, 13 ont été productrices de bêta-
lactamases. Cette production de bêta-lactamases s’est traduite par une résistance
81
à l’ampicilline et à l’amoxicilline de ces souches : ce sont des souches bêta-
lactamases positives ampicilline résistantes.
En plus de ces souches productrices de bêta-lactamases, 2 souches
d’Haemophilus influenzae non productrices de bêta-lactamases ont été aussi
résistantes à l’ampicilline. Ce sont des souches béta-lactamases négatives
ampicilline résistantes (BLNAR). Ce même nombre de souches a été trouvé par
Aidara D. en 2003 (1).
Aux USA, Karlowsky et al. (39) ont détecté, sur 65 souches, 9 souches
d’Haemophilus influenzae bêta-lactamases négatives ampicilline résistantes.
De plus , la CMI de l’ampicilline pour toutes ces souches était de 4 µg/ml.
Ceci est en conformité avec nos résultats, car pour les 2 souches BLNAR
trouvées , la CMI était de 4 µg/ml. Pour expliquer ce phénomène, la CASFM
s’est basée sur des mécanismes génétiques (75).
Ainsi, elle décrivait cette résistance comme étant due à l’altération d’une
ou de plusieurs protéines liant la pénicilline (PLP).
Ceci démontre, une fois de plus, que les souches d’Haemophilus
influenzae sont de moins en moins sensibles à l’ampicilline et à l’amoxicilline,
par production de béta-lactamases.
L’association de l’amoxicilline, avec un inhibiteur de bêta-lactamases
(acide clavulanique), a donné des résultats plus satisfaisants que l’amoxicilline
seul. Toutes les souches productrices de bêta-lactamases ont été inhibées par
l’amoxicilline + acide clavulanique.
82
Parmi les céphalosporines, le céfradoxil a été moins actif que le céfixime et
le céfotaxime. Le céfadroxil a été inactif sur les souches BLNAR. L’activité du
céfixime et du céfotaxime a été intermédiaire sur les souches BLNAR, alors que
pour les autres souches, la sensibilité a été totale. Cette forte sensibilité aux
céphalosporines de troisième génération a été confirmée par les études
antérieures faites au Sénégal.
En 2000, une étude menée par Stéphane Francisco SC. avait décelé une
sensibilité du céfixime et du céfotaxime, à des taux respectifs de 96% et de
100% (35).
De même, en Europe de l’Ouest et aux USA , cette sensibilité a été
démontrée à des taux de 100% (34 et 45).
II-3-2 Sensibilité au chloramphénicol
Dans notre étude, la sensibilité au chloramphénicol a été assez bonne sur
les souches ampicilline sensible. La résistance a été de 9,09%, dont les 2
souches BLNAR et une 1 souche productrice de bêta-lactamases. Ce taux est
apparu élevé par rapport aux taux obtenus dans d’autres études menées au
Sénégal (25,84). En 2000, le taux trouvé était de 4% (35).
Cependant, en Europe et aux USA , les taux de résistance sont restés faibles
(20, 27, 43).
83
Tous ces résultats ont permis de mettre en évidence l’existence d’une
résistance au chloramphénicol.
En effet, ces taux, bien que faibles, devraient être pris en compte dans le
traitement par cet antibiotique des infections respiratoires dues à Haemophilus
influenzae.
II-3-3 Sensibilité à la tétracycline
Notre étude a montré qu’un peu moins du tiers des souches a été résistant à
la tétracycline, soit un taux de 30,3%.
Ce taux de résistance a été moins élevé que celui trouvé par Francisco (56%) en
2000 (35).
Toutefois , cette résistance reste élevée , surtout pour les souches BLNAR
(100%). Ceci limite l’utilisation de la tétracycline dans les infections à
Haemophilus influenzae.
II-4 SENSIBILITE DE MORAXELLA CATARRHALIS
II-4-1 Sensibilité aux bêta-lactamines
Des études menées dans plusieurs pays, notamment en France et aux USA,
ont montré des taux élevés (>90%) de souches de Moraxella catarrhalis
productrices de bêta-lactamases (26, 29). Contrairement à notre étude, le taux de
84
souches productrices de bêta-lactamases était de 60% : 3 parmi les 5 souches
isolées.
Cette sécrétion de bêta-lactamases s’est traduite par une résistance de ces
souches à l’amoxicilline et à la pénicilline. Ces résultats ont été confirmés par
une étude menée par Critchley et al.
Cette étude portait sur 3200 souches isolées aux USA. Parmi les souches
testées, 92% étaient productrices de bêta-lactamases et résistantes à
l’amoxicilline (18).
En effet, la sécrétion de bêta-lactamases a entraîné un haut niveau de
résistance à l’amoxicilline et à l’ampicilline, écartant ainsi leur utilisation dans
le traitement des infections à Moraxella catarrhalis.
Toutefois, l’association de l’amoxicilline avec l’acide clavulanique a été
très active sur ces souches, avec des CMI plutôt faibles. Ces résultats ont
confirmé ceux de Francisco S. C. (35).
Ces mêmes observations ont été faites à Paris, ou les tests de sensibilité de
Moraxella catarrhalis aux antibiotiques ont eu tendance à démontrer l’efficacité
de l’amoxicilline + acide clavulanique dans les infections causées par ce germe
(65).
En ce qui concerne les céphalosporines, le céfixime et le céfotaxime ont
eu une efficacité remarquable. En effet, 100% des souches de Moraxella
catarrhalis ont été sensibles à ces antibiotiques. Ce taux observé n’est pas
85
nouveau, car les souches de Moraxella catarrhalis sont régulièrement sensibles
aux céphalosporines de 3ème génération (13, 35, 65).
Ainsi, l’excellente activité des céphalosporines de 3ème génération est
établie et justifie leurs indications dans les infections respiratoires dues à
Moraxella catarrhalis.
II-4-2 Sensibilité aux macrolides
La spiramycine a été la seule molécule de macrolide testée sur
Moraxella catarrhalis. Aussi, elle a été active sur 100% des souches.
En 2000, Francisco a eu le même résultat (35). Cette sensibilité des
moraxelles aux macrolides a été observée un peu partout dans le monde (18).
Toutefois, cela n’exclut nullement un suivi de l’évolution de la sensibilité,
par une détermination régulière de la CMI des macrolides sur ces germes.
II-4-3 Sensibilité au chloramphénicol
Cet antibiotique a été actif sur 4 souches de Moraxella catarrhalis, la seule
souche restante a été intermédiaire.
Toutefois, il a été noté des CMI élevées. Cette même augmentation a été
observée par Francisco (35), d’où l’intérêt de moduler la prescription de cet
86
antibiotique , afin de préserver cet antibiotique et d’éviter l’évolution de la
résistance.
II-4-4 Sensibilité à la tétracycline
Son activité a été bonne .100% des souches sont restées sensibles à la
tétracycline.
Ces résultats sont en concordance avec la tendance mondiale, qui reste
marquée par un taux très faible de résistance à la tétracycline, à côté d’autres
antibiotiques (12) .
