IN’Tech Octobre

2003

des protéines aux gènes...

IN’Tech Octobre 2003

Partie II

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du protéome au génome

Proteome

Genome

gel 2D MS/MS

PepLine

génome annoté

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Malate permease

protéome membranaire bactérien

un exemple

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Malate permease

protéome membranaire bactérien

un exemple

MS/MS

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identification de protéine : approche directe

protéine

fragments trypsiques

spectres MS/MS

SwissProt

P1P2

spectres théoriques

P1

P5

P9

protéines candidates

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identification de protéine : approche indirecte

protéine

fragments trypsiques

spectres MS/MS

P1

P5

P9

protéines candidates

interprétation

GLL[SG]LAGP

SwissProt

P1P2

GLLG LAP [SG]

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Un court fragment peptidique

Deux masses flanquantes de séquence inconnue

PEPTIDESEQUENCETAG

W M P

P M W ? ?

100 200 300 400 500 600 700 800 900 10000

100

%

554.33

685.37

871.46

1000.49

438.2 Da129.1Da

étiquette peptidique (PST)

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« Mapping » d’un PST sur une séquence protéique

...LSEAKISVTSTAESVTASLTDAEKTVNQTAR...

675 916

SwissProt

Protéine 1

Protéine 2

Protéine 3

Protéine N…

Identification de protéines

Taggor + PepMap = PepLine

ESV

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Taggor + PepMappro = PepLinepro

« Mapping » d’un PST sur une séquence protéique

...LSEAKISVTSTAESVTASLTDAEKTVNQTAR...

675 916

SwissProt

Protéine 1

Protéine 2

Protéine 3

Protéine N…

Identification de protéines

ESV

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Spectres MS/MS

1) interprétation partielle des

spectres

PSTs

SéquencesGénomiques

Chr 1

Chr 2

Chr 3

Chr M…

Gene

localisation des gènes

2) Localisation et clusteringdes PSTs

on passe aux gènes...

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+3

-1

PepMapGene

chromosome

+1+2traductions

-2-3

traductions

PST

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PepMapGene

+3

-1

chromosome

+1+2traductions

-2-3

traductions

PST

cluster

procaryote

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PepMapGene

+3

-1

chromosome

+1+2traductions

-2-3

traductions

PST

cluster

eucaryote

exons

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TranslatedChromoso

me(6 frames)

Cluster

Chromosome EXON EXON EXONIntron Intron

Gene

2 – localisation des séquences codantes (PSTs clustering)

EXON EXON EXON

Complete match Partial match

1- localisation des PSTs sur une séquence génomique eucaryote

EXON EXON

No match !

PepMapGene

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LCU0134 (nanoLC-MS/MS analysis)

Frame +1

Frame +2

Frame +3

Frame -2

Frame -1

Frame -3

Arabidopsis thaliana Chromosome 1 11300 PSTs

application

PepLine

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MS/MS spc0300117

MS/MS spc0300222

Intronchloroplast innerenvelope protein

application

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PepLine + GenoStar = GenoMap

JAVA

GenoCore

GenoMap

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Objects organized in collection

List of objects(nanoLC runs)

GenoMap

PepMap task : logical decomposition

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Malate permease

GenoMapPST

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Thierry VERMATMarielle VIGOUROUX

Hélène RIVIERE-ROLLANDYves VANDENBROUCK

Romain CAHUZACMyriam FERRO

Gilles ANDRÉEmmanuelle MOUTON

Christophe BRULEYJérôme GARIN

Erwan RÉGUEREstelle NUGUES

Alain VIARI

Le village