Jacim II.1 Initiation 26 novembre 2009 Aude ANDOUCHE Les bases de données du Muséum 1

Jacim II.1Initiation

26 novembre 2009

Aude ANDOUCHE

Les bases de données du Muséum

1

Les bases de données du Muséum :

Le petit monde de Jacim

JacimInterface de saisie et de consultation

Wiki des collection

sAccès direct à JacimAide en ligne

Collections en ligne

Visualisation des informations

Bases de données sous Oracle

2

http://coldb.mnhn.fr/

Les collections en ligne


3

Les collections en ligneLes bases de données du Muséum :

Recherche sur différents critères

4

Les collections en ligneLes bases de données du Muséum :

Résultats sous forme de fiche

5

http://jacim.mnhn.fr/wiki/


Le wiki des collections

6

http://jacim.mnhn.fr/



Les données


7

Schéma des bases de données

Le wiki des collectionsLes bases de données du Muséum :

8

Jacim

Le wiki des collectionsLes bases de données du Muséum :

9




10



Jacim II.1

Définitions

JACIM = interface

Java Application des Collections pour l’Informatisation des Musées

« Jacim est une application permettant d'accéder à des données stockées dans des bases de données relationnelles (saisie, recherche, modification, importation, exportation) et de mettre en forme ces données (PDF, HTML, impressions...) »

Langage de programmation

un système de gestion de bases de données relationnelles

Java

Oracle


11

http://jacim.mnhn.fr/wiki/Wiki.jsp?page=Base_Donnees_Relationnelle

Jacim II.1

Définitions


Base de données

Système d'organisation de l'information, conçu pour une localisation et une mise à jour rapide et facile des données.Organise l'information qu'elle contient en tables, en champs (les colonnes) et en enregistrements (les lignes).

- Tables

- Champs

Les tables renferment les champs qui renferment les données

un même type d’information

ensemble de données

12

Jacim II.1Les bases de données du Muséum :

Organisation de l’information

Données sur spécimen

Table origineLocalité

pays

Table spécimenÉtat

N° inventairedétermination

Localité X

Pays Y

État du spécimen

N° inventaire

Détermination

informatisation

13

Table ORIGINE

LocalitéPaysContinentDépartementProvinceLatitudeLongitudeoriginePK

Table SPECIMEN

N° inventaireÉtatCollectionnombreSpecimenPKorigine FK

PK: Primary Key (clé primaire): unique

FK: Foreign Key (clé étrangère)


Relation entre les tables

14

Relation de 1 à 11 spécimen vient d’une seule localité


Relation entre les tables

Relation de n à 11 localité regroupe plusieurs spécimens

Spécimen 1localité

Spécimen 1

Spécimen 2

Spécimen 3

Spécimen 4

Spécimen 5

localité

15

16



Connexion

Toujours la dernière version déployée17




Pour la connexion, saisir :

- Le nom d’utilisateur- le mot de passe

• Administrateur

• Utilisateur lambda

• Consultations uniquement

Base test des CrustacésNom utilisateur : CRUSTATESTMot de passe : 26novembre

Connexion

18


Ouvrir

Possibilité d’ouvrir le dernier modèle de document sur lequel nous avons travaillé

19

Tables

ex: table « ORIGINE »contient les champs PAYS, CONTINENT, VILLE, LAT, LONG…

Correspondent à plusieurs tables

environnement de travail avec plusieurs documents

Documents

Contextes


Ouvrir

20


WIKI: « Un modèle de document est un document XML décrivant une perception hiérarchique de la structure d'une base de données relationnelle »

Ouvrir la table ORIGINE

Enregistrer le document

Création d’un modèle de documentAvec une seule table

21

http://jacim.mnhn.fr/wiki/Wiki.jsp?page=Document_XML

http://jacim.mnhn.fr/wiki/Wiki.jsp?page=Base_Donnees_Relationnelle

22


5 modes d’affichage pour les tables et

documents

Disponible à tout moment

23

« Configurateur » permet :– de personnaliser la présentation des tables et des

documents.

« Composeur » permet :– De mettre en forme l’information pour l’impression ou la

visualisation

« Assistant de saisie » permet :– de saisir de nouveaux enregistrements.

« Éditeur » permet :– De visualiser, de corriger, d’ajouter de l’information à des

enregistrements.

« Tableur » permet :– De créer un formulaire ou un tableau pour effectuer de la

recherche, de la saisie ou de l’échange d’information entre Jacim et d’autres applications.


5 modes d’affichage

24

Jacim II.1 : le configurateur


Personnaliser son document

AideCopieFormat de sortieNom des champs

25



Aide


26



Nom des champs


27


Enregistrement des modifications


28

Jacim II.1 : le tableurLes bases de données du Muséum :

Le Tableurpermet de créer des formulaires

Rechercher des données dans la BDD

récupérer des données

sélectionnées

Ajouter des données dans la BDD

29


Le tableur Code couleur Rechercher : Bleu

Ajouter : jaune Charger : vert

Table

Tableur Formulaire

30


La barre d’outils

Enregistrer le tableur

Ouvrir

Importer des données Texte

Exporter des données Excel

Exécuter une action (baguette magique)

Ajouter une ligne de recherche

Retirer une ligne de recherche

Réinitialiser le tableur

Importer des url d’images

Dédoublonner

Outil de gestion des images

Accès aux différents modes31


Créer ou modifier un tableur

Ajouter des champsSupprimer des champsDéplacer les champsMettre à la ligne des champsRéduire ou afficher les

fenêtres

32


Effectuer une requête simple

Exemple : Mauritanie

Pour exécuter l’action

33



34

Jacim II.1 : l’éditeur


Visualisation des résultats de la requêtedans l’éditeur

Formulaire Texte par défaut

35


Utilisation de l’aideClic droit dans le champ (ou aide automatique dans le configurateur)uniquement disponible dans la partie formulaire

36


Utilisation de l’aideUtilisation des opérateurs dans l’aide

Mauritanie

*ritanieMauri**aurit*

37



Exemple : Mauritanie sans la baie du Lévrier

38


Utiliser plusieurs critères de recherche

Ajouter des critères en ajoutant des lignes

Supprimer des critères en supprimant des lignes

39



Changer les critères de recherche

Ou : tout les cas de figureSauf : sans ce critère

40



Changer les critères de recherche

Et : à la fois Mauritanie et Cap blanc

41


Réinitialiser le tableur

42


Exercices

Recherche « PAYS » avec Mexique Indonésie Congo

Recherche avec la ville de « Washington » Navire « Jean Charcot » Mission de l’Astrolabe Origines avec prof max > ou égale à 100m Origines avec prof comprise entre 200 et

500 m

43



Exercices

Recherche « PAYS » avec Mexique 57 Indonésie 178 Congo 28

Recherche avec « Washington » 5 Navire « Jean Charcot » 116 Mission de l’Astrolabe 6 Origines avec prof max > ou égale à 100m 5011 Origines avec prof comprise entre 200 et 500 m

1301



Corrections

Recherche « PAYS » avec Mexique* *ndon* *Congo*

Recherche avec « Washington » Wash* Navire « Jean Charcot » Jean Charcot Mission de l’Astrolabe *strolabe* prof max opérateur supérieur ou égale 100 prof min opérateur supérieur ou égale 200 et prof max opérateur inférieur ou égal 500


Base test de malacologieNom utilisateur : formamalMot de passe : malaco

Création d’un modèle de documentAvec plusieurs tables

44



Création d’un modèle de documentAvec plusieurs tables

45



Document multi-tables

En partant de la table Lot, ajoutez les tables

Détermination, Localité, Statutype et Nom

La 1ère table dite la table « racine » est importante pour le type de requête…Ici ce document va permettre de faire des recherches sur des spécimens

Penser à enregistrer votre modèle de document 46

47

Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur

Requête sur un document multi-tablesEnraciné sur la table Lot

48


Enregistrer le tableurRéouverture lors d’une autre sessionOuverture par défaut de celui-ci s’il porte le même nom que le document

49


Exercices

Holotype en alcool exclusivementTypes en alcool 70 et alcool adn Types en alcool 70 et alcool adn et de Nouvelle-

CalédonieColl LamarckMurex récoltés à plus de 1000mCréer un document basé sur la table « localité » et

faire les mêmes requêtes

50



Exercices

Holotype en alcool exclusivement 61Types en alcool 70 et alcool adn 416Types en alcool 70 et alcool adn et de Nouvelle-Calédonie 8Coll Lamarck 53Murex récoltés à plus de 1000m 1Créer un document basé sur la table « localité » et faire les

mêmes requêtes



Corrections

alcool * *alcool* et *type* *alcool* et *type* et *alédonie* Coll. Lamarck* champ Ngenerique Murex et PROF2 opérateur supérieur

1000Créer un document basé sur la table « localité » et faire les

mêmes requêtesPas même résultats car recherche des localités et non des

spécimens comme dans les exercices précédent


Les bases de données du Muséum :Jacim II.1 : l’éditeur

L’éditeur

va permettre de :

Visualiser les données et de les trier

Ajouter des informations

Changer des informations

Corriger les données

51


La barre d’outils

Enregistrer

Ouvrir

Poubelle pour la sélection

Hiérarchie déployée

Hiérarchie resserrée

Remise à jourTrier

Imprimer

Ouvrir les composeurs associés au document

Exporter en PDF

52


3 modes d’affichage

Le formulaire (affichage par défaut)

53


Le composeur par défaut

Avec aucune mise en page

54


le composeur avec mise en page

55


Développer ou réduire la sélection

Permet de visualiser les différentes tables du document

développer réduire

56


Visualiser les différentes tables du document

57

Jacim II.1 : l’éditeurLes bases de données du Muséum :Jacim II.1 : l’éditeur

Le tri s’effectue dans l’ordre des colonnes sélectionnées (double clic ou sélection et ajouter)Tri ascendant ou descendant (en décochant les cases)

Trier la sélection

58


Si le modèle de tri porte le même nom que le document alors ce tri se fera par défaut

Enregistrer le modèle de tri

59


Attention! Ne pas corriger directement dans les champs car les modifications ne seront pas enregistrées!

Corriger ou compléter des données

Correction de la localité

60



Rechercher sur le tableur

Voir la recherche sur l’éditeur

Se positionner au bon niveau dans la liste

Cliquer sur CORRIGER

Sélectionner la table que nous voulons corriger

Corriger

61


Changer ou corriger des donnéesCe n’est pas la même chose

On peut corriger quand :

une information n’est valable que pour un lot comme l’état, la quantité… ou des fautes d’orthographe

On doit changer quand :

une information peut être valable pour plusieurs lots comme la localité

62


localité 1

Spécimen 1

Spécimen 2

Spécimen 3

Spécimen 4

Spécimen 5

Jacim II.1 : l’éditeur

Changer ou corriger des données

localité 2 Spécimen 8

Spécimen 7

Spécimen 6


Spécimen 7

Spécimen 6

Spécimen 1

Spécimen 2

Spécimen 3

Spécimen 4

Spécimen 5


Spécimen 7

Spécimen 6

localité 1

Spécimen 1

Spécimen 2

Spécimen 3

Spécimen 4

Spécimen 5


Spécimen 7

Spécimen 6

ChangerCorriger

Erreur de localité pour le spécimen 2

63



1er exemple :

n°inventaire A10002, en bon état, 1 exemplaire, 2 valves entières, fossile, holotype, collection Jousseaume

Vous voulez mettre la coll Lamarck à la place de la coll Jousseaume

On peut

corriger

64



2ème exemple :

n°inventaire MOLL0002, en bon état, 1 exemplaire, 2 valves entières, holotype, collection Jousseaume

Vous voulez mettre Lectotype à la place de Holotype

On doit

changer 65


Sur plusieurs enregistrements en même temps


L’information doit être la même pour tous les enregistrements!

Une fenêtre vide apparaît (normal)Les autres informations dans les autres champs ne sont pas effacées

66


Ils seront supprimés de la sélection mais pas dans la base

Effacer des enregistrements de l’éditeur

Clic sur la poubelle

Sélectionner les enregistrements à supprimer

(avec SHIFT ou CTRL)

67


Créer un PDF

68

Les bases de données du Muséum :Jacim II.1 : l’assistant de saisie

L’assistant de saisie

va permettre de rentrer les données étape par étape en recherchant les données déjà inscrites dans la base

L’assistant de saisie va dérouler les différentes tables en fonctions de la table racine et des autres tables qui lui sont associées

69


l’assistant de saisie va à chaque étape proposer de rechercher de l’information existante ou de saisir de l’information

70


Rechercher si la localité est présente dans la base

Taper une informationcomme « Mauritanie »(on peut s’aider de l’aide)

Rechercher pour voir si c’est déjà rentrée

Si oui, une nouvelle fenêtre apparait

Trier la recherche

Choisir, Accepter

71


Si la localité n’est pas présente dans la base

Changement de la couleur de fond du formulaire, bleu en recherche jaune en ajout

72


L’assistant propose ensuite la table lotLa recherche n’est pas disponible pour cette table (fond jaune)

73


L’aide et la copieClic droit sur le champ

74


75


Ajout de données avec le tableur

couleur de fond du formulaire, jaune en ajout

76


Ajout de données avec le tableur Saisir des données avec le tableur: «

AJOUTER »Puis baguette magique pour exécuter le travail

77


Ajout des données table par table

Procédure identique à l’assistant de saisie 78


Exportation de donnéesPeut se faire sous format Excel ou texte

Choisir les champs voulus, dans l’ordrePasser dans l’éditeur

Revenir dans le tableurChargerExporter (baguette magique) 79


Exportation de donnéesCréation du fichier Excel ou

texte

80


En tête des colonnes: NOM BASE.NOM TABLE.NOM CHAMP

Données exportées sous fichier excel

81


Importation de donnéesPeut se faire sous format

texteEn tête des colonnes: NOM BASE.NOM TABLE.NOM CHAMP

82


Importation de données

Le fichier doit être le plus homogène possible,

et respecter le format des champs!! Oe Apostrophe ‘ Guillemet «

Pas de formule Pas de caractère

spéciaux Pas de touche « entrée » Pas de ligne vide

83


Importation de donnéesImporter un fichier texte: « AJOUTER AUTO »

Jacim ne demande pas à chaque table votre accordvérifier qu’il n’y a pas de cellule rouge: mauvais format

84


Importation de donnéesvérifier dans l’éditeur le nb de lignes enregistrées

85


Recherche de données à partir d’un fichier texte

86