Laboratoire de biologie FICHE TECHNIQUE MAN-LAB … · 1 Laboratoire de biologie médicale Pau – Oloron - Orthez FICHE TECHNIQUE Guide pratique des prélèvements de microbiologie

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Laboratoire de biologie médicale

Pau – Oloron - Orthez

FICHE TECHNIQUE

Guide pratique des prélèvements de microbiologie

MAN-LAB FT31 Version : 1 / 2015 Page : 1/22

Ce guide comprend 4 parties :

- Les examens bactériologiques « groupés », classés par groupe de prélèvements de nature proche (ex : prélèvements respiratoires) ou par site de prélèvement (ex : prélèvements ophtalmologique), correspondants aux

recherches de bactéries usuelles en fonction du prélèvement considéré

- Les analyses de bactériologie plus « spécialisées »

- Les analyses de virologie

- Les analyses de mycologie – parasitologie

Au niveau des « examens groupés », des liens hypertextes sont mis en place vers les analyses spécialisées pouvant être effectuées sur le prélèvement considéré. Il suffit de cliquer sur la recherche particulière (texte en violet et

souligné) (ex : BK pour l’examen groupé LCR) pour être directement renvoyé à l’analyse correspondante et aux spécifications s’y rapportant.

De même, des liens vers différents protocoles de prélèvements et/ou fiches de prescription sont disponibles (texte en violet et souligné).

En cas de demande d’analyse non spécifiée dans ce guide, merci de contacter le laboratoire avant d’effectuer le prélèvement pour connaitre les particularités, les supports de prélèvement et les conditions d’acheminement.

Les différents supports de prélèvements sont disponibles dans le guide des Supports de prélèvements de microbiologie. Les supports de prélèvements particuliers (pour PCR notamment) sont à venir récupérer au laboratoire

au coup par coup.

Les conditions de rajout ne sont valables que pour des prélèvements conservés dans notre laboratoire ou pour un laboratoire demandeur. Elles ne peuvent s’appliquer à des prélèvements conservés dans les services

de soins, pour lesquels le laboratoire n’a aucune garantie de la conformité des températures de conservation. Le laboratoire se réserve le droit de refuser ces prélèvements si les conditions pré-analytiques ne sont pas jugées

conformes au rendu d’un résultat correct.

Le délai de rendu de résultat s’entend en jours ouvrables (du lundi au samedi) hors jours fériés et pour les cultures dites « directes ». Pour certains prélèvements, un enrichissement (E) est réalisé en plus. Dans ce cas, les deux

délais de rendu sont notifiés (exemple pour les liquides de ponction : cult nég =>3j / E7j = le rendu des cultures « directes » s’effectue en trois jours en cas de négativité et le rendu du milieu d’enrichissement est de 7j en cas de

négativité). Pour les prélèvements ostéo-articulaires, les ganglions et les prélèvements précieux d’ophtalmologie, les milieux d’enrichissement sont conservés systématiquement 15 jours. En cas de positivité au bout de ce délai, un

nouveau compte-rendu est adressé au prescripteur. « Cult nég » correspond à une culture stérile ou à la présence d’une flore commensale sans germe pathogène isolable.

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Supports-de-prelevement-en-microbiologie.pdf

2

Examens groupés

Prélèvement / Analyse (code

Inlog)

Code Mnémo

Support de prélèvement

Examens de routine

Particularités Conditions

d'acheminement préférentielles

Conditions de refus

Conditions de rajout

Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

Examen bactériologi-que d'un LCR

(liquide céphalo-

rachidien)

Ponction lombaire (PL)

LCR

≥ 3 tubes stériles numérotés dans

l'ordre du prélèvement. Au total, quantité

minimale = 2 ml (adulte). Dans le

cas d'un syndrome méningé fébrile,

prélever systématiquement des hémocultures

en parallèle

Cytologie / formule (si > 10

éléments) / examen direct / ensemencement

Cocher "cytologie du LCR" uniquement en cas de recherche d'hémopathie. Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus.

Immédiat, TA

Aucune. Mais,

résultats de la cytologie potentielle-ment sous-estimés en cas de délai

trop important

bactériologie classique =

aucun rajout. Pour les analyses

spécifiques, voir les

conditions propres à chaque

demande

cyto + formule + gram => 3h // culture

négative => 7 jours

24h/24

Cytologie +/- formule, biochimie,

examen direct

Une formule (exacte ou approchée) sera systématiquement rendue pour toute PL ≥ 10 éléments.

Liquide de dérivation (DER)

La biochimie (protéinorachie et glycorachie) est réalisée en systématique. Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus:

BK, Leptospire, Lyme, Méningocoque, Pneumocoque, Syphilis

Liquide de pompe

implantable (LPI)

Adénovirus, CMV, EBV, Entérovirus, HHV6, HSV, Interféron α, JC virus, VZV

Cryptocoque, Toxoplasmose

Ponction lombaire

pédiatrie = cytologie

prioritaire (PL)

LCRCYT La cytologie et la recherche de cellules blastiques sont réalisées en priorité si le volume de liquide

est faible

Examen bactériologi-

que des urines

Urines par miction (U)

CBU

1 tube à bouchon moucheté

jaune/rouge + 1 tube à bouchon kaki

Les urines sur flacon stérile (bouchon

rouge) peuvent être acceptées, si les conditions pré-

analytiques sont conformes, à

l'appréciation du biologiste

Cytologie / recherche de

cristaux et cylindres /

examen direct / ensemencement

La bandelette urinaire est surtout indiquée dans le cas des cystites aiguës. Une BU négative chez des femmes symptomatiques ne permet pas d'exclure une IU (bactériuries faibles et/ou

infection par S. saprophyticus)

< 12h, TA si tube boraté (bouchon

kaki) / < 2h si flacon

stérile

> 24 si tube boraté / > 2h si flacon

stérile * sauf dérogation du

biologiste





demande

cytologie +

examen direct =>

2h // culture

négative => 24-48h en fonction

du contexte

24h/24 Cytologie +

examen direct

Prélever l'urine de milieu de jet, de préférence le matin ou au moins 4h après la miction précédente, après un lavage des mains et une toilette soigneuse du méat urinaire ou de la

région vulvaire

Préciser impérativement tout contexte particulier: traitement antibiotique en cours ou récent,

grossesse, immunodépression, diabète, anomalie fonctionnelle/anatomique ou pathologie chronique du tractus urinaire, intervention chirurgicale urogénitale antérieure ou à venir, …

Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus :

BK, recherche de BMR, C. trachomatis, N. gonorrhoeae, Mycoplasmes urogénitaux, Ag solubles légionelle, Ag solubles pneumocoques, Leptospire

BK virus, CMV

Candida, Bilharziose

Urines par sondage

évacuateur (USDEV)

Type de recueil à éviter si possible.

Urines sur sonde vésicale (USV)

Ne pas utiliser de BU en 1ère intention. Ne pas prélever dans le sac collecteur: recueil par ponction après désinfection sur le site spécifique du dispositif de sonde.

Urines sur sonde urétérale (USU)

Urines sur cystocath (UKT)

Voir protocole de recueil des urines

Eliminer les premières gouttes d'urines

Urines sur poche de recueil (UPOCH)

Préciser le temps de mise en place du dispositif collecteur (ne doit pas être laissé en place plus d'une heure)

Urines PMO (U) CBUPMO La recherche d'agents fongiques est systématiquement réalisée. cult nég

=> 5j

Compte d'ADDIS (U)

ADD 1 tube à bouchon

moucheté jaune/rouge.

Cytologie Intérêt dans l'exploration d'une hématurie microscopique. Il est impératif de bien respecter le

protocole de recueil (3h) et de noter le volume total des urines. < 12h, TA si tube

à bouchon moucheté /

< 2h si flacon stérile

> 24h si tube à

bouchon moucheté /

> 4h si flacon stérile

aucun rajout J0 24h/24 NON

Nombre de GR et GB / ml (U)

HU/LU Voir protocole de recueil des urines

Cytologie aucun rajout J0 24h/24 NON

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/prelevement-urines.pdf




3

Examens groupés


Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste


que des selles et biopsies digestives

Selles (SEL) COP Flacon stérile Cytologie /

Examen direct / Ensemencement

Préciser impérativement le contexte: voyage récent en pays tropical (syndrome cholériforme),

suspicion de SHU, TIAC, …

< 2h, TA > 6h bactériologie classique =




demande

cult nég => 2j

culture 24h/24

NON

Recueillir les selles dès leur émission, dans les 1ers jours de la maladie, avant toute antibiothérapie si possible. Si présence, privilégier la partie muco-purulente ou sanglante.

En cas de suspicion de SHU, contacter le laboratoire (détection possible des EHEC les 4 à

6ers jours de la maladie)

Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus:

Clostridium difficile, Tropheryma whipplei.

Adénovirus, Rotavirus, CMV, Hépatite E

Cryptosporidies, Microsporidies, parasitologie des selles

Selles Médecine Préventive (MPREV)

CV2+VT2 Flacon stérile Ensemencement

Recherche de S. aureus, Shigella spp. et Salmonella spp.

Recherche couplée à la détection de S. aureus dans un écouvillonnage nasal. < 2h, TA > 6h

cult nég => 2j

culture 24h/24

NON

Biopsie colique (BCO)

COP

Flacon stérile

Ensemencement Chez les patients non immunodéprimés, il n'y a pas de supériorité à rechercher les bactéries entéro-pathogènes à partir de biopsies par rapport aux selles. La recherche de CMV est à

prescrire en plus

< 2h, TA Aucune cult nég

=> 2j

culture 24h/24

NON

Biopsie du grêle (BGR)

Flacon stérile < 2h, TA Aucune cult nég

=> 2j

culture 24h/24

NON

Biopsie gastrique (BGA)

Voir à Helicobacter pylori


que d'un prélèvement

ophtalmologi-que

Fiche de

prescription OPHTALMO

Voir les recommandations spécifiques

Conjonctive (CJV)

PUSO Ecouvillon sur milieu

de transport

Cytologie / Examen direct / Ensemencement

Recueil des sécrétions par frottis conjonctival et le pus dans l'angle interne de l'œil

< 6h, TA > 18h





demande

cult nég => 3j

culture 24h/24

cytologie et gram

7j/7

NON En cas de suspicion d'un syndrome de Fiessinger-Leroy-Reiter, prescrire la PCR C.

trachomatis en plus.

Cornée (COR) PUSO Ecouvillon sur milieu

de transport Grattage cornéen après élimination des débris nécrotiques et fibrineux < 6h, TA

Aucune

cult nég => 3j /

E7j

Appel téléphonique

si gram positif

Humeur aqueuse (HUMAQ)

PUSO Microtube stérile Merci de prioriser les analyses.

Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus :

< 2h, TA

gram positif

=> dans la

journée // cult

nég => 3j / E7j

Humeur vitrée (PHV)

PUSO Microtube stérile BK, C. trachomatis

Ponction de chambre

antérieure (PCA) PUSO Microtube stérile

Adénovirus, CMV, EBV, Entérovirus, HSV, VZV

Amibes, Candida, Champignons filamenteux, Toxoplasmose

Lentilles ophtalmiques

(MOP) MAT

Boitier de conservation des

lentilles Ensemencement

Séparer les lentilles gauche et droite < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

cult nég => 3j

culture 24h/24

NON

Liquide de lavage/trempage de lentilles (LQ)

PUSO Peut être intéressant en cas d'antibiothérapie préalable au prélèvement < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

cult nég => 3j

NON

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/Fiche-renseignements-OPHTALMO.pdf




http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/prelevement-ophtalmo.pdf

4

Examens groupés


Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste


que d'un prélèvement

ORL

Cavité buccale (BUC)

ORL Ecouvillon sur milieu

de transport


Recherche uniquement d'une mycose buccale (écouvillonner la langue, le palais et la face

interne des joues) < 6h, TA > 18h





demande

cult nég => 3j

culture 24h/24

NON

Prélèvement pharyngé (PG)

ORL

2 écouvillons sur milieu de transport

Ecouvillonner la(es) amygdale(s) ou les piliers du voile du palais.

< 6h, TA

> 18h

cult nég => 3j

culture 24h/24

cytologie et gram

7j/7

NON

En présence d'une ulcération ou d'un exsudat, prélever à ce niveau.

En cas de suspicion de diphtérie, prélever la périphérie ou sous les fausses membranes.

Préciser impérativement le contexte (angine aiguë / ulcéro-nécrotique / à fausses membranes / IST?, …) et l'éventuelle présence d'un rash cutané

Préciser un contexte d'IST, pour que la recherche du gonocoque par culture soit effectuée et prescrire les PCR C. trachomatis +/- Gonocoque en plus.

Phlegmon d'amygdale

(PHLEA) PUSORL Pus en flacon stérile Le prélèvement doit impérativement être effectué par ponction. < 2h, TA

> 12h * sauf dérogation biologiste

cult nég => 3j /

E7j NON

Abcès dentaire (ABCD)

PUSORL Pus en flacon stérile

ou écouvillon sur milieu de transport

< 6h si EMT / < 2h si pus, TA

> 12h // > 18h si EMT

cult nég => 3j /

E7j

culture 24h/24

NON

Nez-sinus (PNZ) PUSORL

Aspiration nasale en flacon stérile

Prélèvement de choix: à réaliser au niveau du méat moyen. Préciser le contexte: sinusite aiguë ou chronique. Prescrire en plus la recherche de champignons filamenteux.

< 6h si EMT / < 2h si pus, TA

> 12h * sauf dérogation biologiste si

pus / biopsies

> 18h si EMT

cult nég=> 3j / E7j (si

non écouvil-

lon) culture 24h/24

cytologie et gram

7j/7

NON

Ecouvillon sur milieu de transport

Ecouvillonnage des deux narines (tiers inférieur) avec le même écouvillon: à éviter au maximum car faible qualité (contamination++ par la flore commensale). Prescrire en plus la recherche de

champignons filamenteux. NON

Biopsies sur flacon stérile avec un peu

de sérum φ. Ne pas déposer dans une

compresse.

Biopsies profondes (muqueuse, tissu osseux, produit de curetage) réalisées à la périphérie des lésions. Le dépôt dans une compresse de la biopsie peut être préjudiciable à la croissance des

agents infectieux. Prescrire en plus la recherche de champignons filamenteux. NON

Oreille (AUR) PUSORL Pus en flacon stérile

ou Ecouvillon sur milieu de transport

Dans les otites moyennes aiguës ou récidivantes (préciser le contexte), prélever le pus par

aspiration après nettoyage et séchage du conduit auditif externe puis incision du tympan. Le prélèvement par écouvillonnage est possible mais non recommandé (difficultés d'interprétation

des résultats). < 6h si EMT / < 2h si pus, TA


pus

cult nég => 3j /

E7j NON

Dans les otites externes, écouvillonner le conduit auditif externe et récupérer les débris présents. Tableau clinique dû à P. aeruginosa, S. aureus ou champignons (Candida ou

Aspergillus). Prescrire en plus la recherche de champignons filamenteux.

cult bactério nég => 3j / E7j

NON


que d'un prélèvement respiratoire

Fiche de

prescription PNEUMO

Fiche de

prescription CHIRURGIE

THORACIQUE

Expectoration (EXP)

CBC

Flacon stérile


Ne doit pas être réalisée pour le diagnostic des pneumopathies communautaires.

Indications = surinfection de bronchite chronique, infections à mycobactéries, infections chez les patients atteints de mucoviscidose. Protocole de recueil à suivre impérativement: après rinçage

bucco-dentaire à l'eau stérile, lors d'un effort de toux (+/- kiné). < 2h, TA > 12h





demande

cult nég => 3j

culture 24h/24

cytologie et gram

7j/7

NON

Préciser les contextes particuliers (mucoviscidose, tétraplégie, …) ou recherche de BMR pour lesquels des recherches particulières sont effectuées.

Aspiration endo-trachéale (AST)

Flacon stérile Alternative à la fibro/LBA => risque important de contamination par la flore salivaire < 2h, TA > 12h NON

Mini-lavage (PLB)

Flacon stérile Variante du LBA: installation de 20ml à l'aveugle => recueil de 2 à 3 ml < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

NON

Fibro-aspiration (FIB)

Flacon stérile Méthodes de référence pour le diagnostic étiologique d'une pneumopathie (=brossage distal

protégé).

Les recherches de germes particuliers, à adapter en fonction du contexte clinique sont à prescrire en plus:

< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

NON

Lavage broncho-alvéolaire (LBA)

LB Flacon stérile

% de polynucléaires

(neutro et éosino) / Examen direct / Ensemencement


NON Légionelle, Anaérobies, Actinomyces, Nocardia, Coqueluche, BK

Aspergillus et autres champignons filamenteux, Pneumocystis,

CMV, VZV, HSV, Adénovirus, EBV

Ponction pleurale (PP)

CYTLQ + PONC

Flacon stérile Cytologie /


20 à 40% des pneumonies sont associées à un épanchement pleural. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

cult nég => 3j /

E7j NON

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/Fiche-renseignements-PNEUMO.pdf



Niveau2/Liens-guide-microbio/Fiche-renseignements-THORACIQUE.pdf




5

Examens groupés


Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste


que d’un prélèvement uro-génital

Ano-rectal / Anal (ANAL)

PUSGYN Ecouvillon sur milieu

de transport

Cytologie / Examen direct

(dont recherche de T. vaginalis pour les PV et

PU) / Ensemencement

La recherche de gonocoque par culture est effectuée en systématique. Les recherches par PCR de C. trachomatis +/- gonocoque, HSV sont à prescrire en plus.

< 6h, TA > 18h





demande

cult nég => 3j /

E7j

culture 24h/24

cytologie et gram

7j/7

NON

Biopsie tubaire, endomètre,

ovarienne, ... (BIOP)

PIEC Flacon stérile La recherche de gonocoque par culture est effectuée en systématique. Prescrire la

recherche de C. trachomatis et de Mycobactéries en plus < 2h, TA


cult nég => 3j /

E7j NON

Endocol (END) GYNE Ecouvillon sur milieu

de transport

Après la pose du spéculum, réaliser un nettoyage soigneux à l'aide d'une compresse imprégnée d'antiseptique (à renouveler une fois) puis rincer à l'aide d'une compresse

imprégnée de sérum physiologique.

< 6h, TA > 18h Cult nég

=> 3j NON

Préciser le contexte d'IST pour la recherche de gonocoque par culture.

Les recherches par PCR de M. genitallium, C. trachomatis +/- gonocoque sont à prescrire en plus.

Glande de Bartholin (BAR)

PUSGYN Flacon stérile /


La recherche de gonocoque par culture est effectuée en systématique.

Les recherches par PCR de M. genitallium, C. trachomatis +/- gonocoque sont à prescrire en

plus.


cult nég => 3j /

E7j NON

Liquides de ponction /

prélèvements chirurgicaux (liquide de

Douglas, liquide péritonéal, …)

(LQ)

PUSGYN Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

cult nég => 3j /

E7j NON

Pyosalpinx (PYS)

PUSGYN Flacon stérile /



cult nég => 3j /

E7j NON

Recherche de portage de

Streptococcus agalactiae (PV)

RSAG Ecouvillon sur milieu

de transport Ecouvillonnage sans pose de speculum au niveau du tiers inférieur du vagin entre la 34 et la 35è

SA. Auto-prélèvement vaginal possible. < 6h, TA > 18h

Cult nég => 3j

NON

Stérilet (STE) MAT + RACT

Flacon stérile

Retirer le stérilet sans toucher les parois du vagin et couper les fils.


Cult nég => 3j

NON

La recherche d'Actinomycètes est systématiquement effectuée. cult nég => 21j

Urétral (PU) GYNE Ecouvillon sur milieu

de transport

La recherche de gonocoque par culture est effectuée en systématique. Les recherches par PCR de C. trachomatis +/- gonocoque sont à prescrire en plus.


=> 3j NON A réaliser au moins 2h après la dernière miction. Prélever avec des écouvillons fins.

Pour les diagnostics d’IST, préférer un 1er jet urinaire (voir protocole de prélèvement) sauf si

suspicion d’épidydimite.

Vaginal (PV) GYNE Ecouvillon sur milieu

de transport

Prélever au niveau des lésions s'il y en a ou au niveau des leucorrhées anormales. En l'absence de lésion, recueillir les sécrétions en écouvillonnant l'ensemble de la cavité vaginale.

< 6h, TA > 18h

Cult nég => 3j

NON

Pour la recherche de vaginose bactérienne, de vaginite à Trichomonas vaginalis ou de mycose, écouvillonner le cul de sac vaginal postérieur.

La recherche de Streptococcus agalactiae est comprise.

Préciser le contexte d'IST pour la recherche de gonocoque par culture.

Les recherches par PCR de C. trachomatis +/- gonocoque sont à prescrire en plus (milieu de transport spécifique).

Vulve (VUL) PUSGYN Ecouvillon sur milieu

de transport Généralement recherche de mycose (recherche systématique) ou d'HSV (à prescrire en plus). < 6h, TA > 18h NON

6

Examens groupés


Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste


que d’un prélèvement

périnatal

Conjonctive (CJV)

PUSO Ecouvillon sur milieu

de transport


Recherche des bactéries pyogènes usuelles et du N. gonorrhoeae.

La recherche de C. trachomatis par PCR est à prescrire en plus. < 6h, TA > 18h





demande

Cult nég => 3j

culture 24h/24

cytologie et gram

7j/7

NON

Lait maternel (LMAT)

LMAT/PUS Flacon stérile Ensemencement Préciser si le lait vient de la maman (PUS) ou du lactarium (LMAT) < 2h, TA


Cult nég => 2j

culture 24h/24

NON

Liquide gastrique (GAS)

NN Flacon stérile


En l'absence d'antibiothérapie maternelle, la négativité de ce prélèvement permet d'éliminer une infection maternelle.

< 2h, TA Cult nég

=> 2j 24h/24 Gram

Placenta (PLC) NN Pot stérile Prélèvement d'un échantillon au niveau d'une zone macroscopiquement anormale ou à défaut, près du site d'insertion du cordon. Analyse recommandée notamment en cas de suspicion de

listériose néonatale. < 2h, TA

cult nég => 3j /

E7j culture 24h/24

cytologie et gram

7j/7

NON

Prélèvements périphériques (oreille, narines, bouche, yeux, ombilic, anus)

(AUR/ PNZ/ BUC/ CJV/ OMB/ SER)

PUSS Ecouvillon sur milieu

de transport

Ecouvillonnage des cavités naturelles ou de la peau du nouveau-né: 2 sites suffisent (en plus du

liquide gastrique). L'association de ces prélèvements au liquide gastrique permet de mieux différencier une

colonisation d'une contamination, en présence de bactéries de la flore commensale.


=> 2j NON

Urines (U) Uniquement pour la recherche d'une infection materno-foetale par le CMV ou la rubéole.

Vésicules (LEC) Uniquement pour la recherche d'une infection materno-foetale par le VZV et/ou HSV.


que d’une lésion ou

suppuration cutanée

Biopsie (osseuse,

tissulaire, …) (BIOP)

PIEC Flacon stérile

Cytologie / examen direct /

Culture

Voir protocole de prélèvement. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste





demande

cult nég => 3j /

E7j

culture 24h/24

cytologie et gram

7j/7

NON

Cheveux (CHE) RLEVU Flacon stérile Voir Dermatophytes et protocole de prélèvement particulier < 24h, TA > 48h cult nég => 30j

NON

Escarre (ESC) PUS / PUSS

Flacon stérile ou écouvillon sur milieu

de transport

NE PAS PRELEVER EN SYSTEMATIQUE. Uniquement lorsque la perte de substance atteint ou dépasse le fascia (stades III et IV). Voir protocole de prélèvement.

< 2h, TA ou < 6h si EMT

> 12h * sauf dérogation

biologiste ou > 18h si

EMT

cult nég => 3j /

E7j sauf EMT

NON

Morsure (SUP) PUS Flacon stérile ou

écouvillon sur milieu de transport

Contexte à préciser impérativement. Voir protocole de prélèvement. < 2h, TA ou < 6h

si EMT


cult nég => 3j /

E7j NON

Ongle (ONG) RLEVU Flacon stérile Prescrire en plus la recherche de Dermatophytes. Voir le protocole de prélèvement

particulier. < 24h, TA > 48h

cult nég => 30j

NON

Peau (PE) PUSS 2 écouvillons sur

milieu de transport

Préciser la localisation et le type d'infection : anthrax (ANTH), brûlure (BRU), bulle (BULLE),

impétigo, ecthyma, folliculite, furoncle, vésicule (VES), …

Voir impérativement le protocole de prélèvement.


> 18h cult nég

=> 3j NON

Périonyxis RLEVU Ecouvillon sur milieu

de transport Prescrire en plus la recherche de levures. Voir le protocole de prélèvement particulier. < 6h, TA > 18h

cult nég => 5j

NON

Pied diabétique (MAP/PID)

PUS Ecouvillon sur milieu

de transport ou flacon stérile

Contexte à préciser impérativement. Uniquement en cas d'infection établie cliniquement. Ne

pas prélever les plaies sans signes cliniques d'infection (locaux ou généraux).

Voir protocole de prélèvement.



cult nég => 3j /

E7j NON

Plaie opératoire (PLA) / Cicatrice

(VCI) PUSS


< 6h, TA > 18h cult nég

=> 3j NON

Squames (peau, cuir chevelu)

(PE) RLEVU

Flacon stérile +/- écouvillon sur milieu

de transport

Prescrire en plus la recherche de Dermatophytes. Voir le protocole de prélèvement particulier

< 24h, TA > 48h cult nég => 30j

NON

Ulcère (ULC) PUS / PUSS

Flacon stérile ou écouvillon sur milieu

de transport

.Préciser la localisation et le type d'infection. Voir impérativement le protocole de

prélèvement.


> 12h ou > 18h si EMT

cult nég => 3j /

E7j sauf EMT

NON

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/prelevements-cutaneo-muqueux.pdf

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/prelevement-phaneres.pdf












7

Examens groupés


Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste



per-opératoire

Joindre les fiches de

renseigne-ments

correspondan-tes :

VASCULAIRE

PIED DIABETIQUE

VISCERAL

THORACIQUE

Abcès de paroi post-op (AMO)

PUS / PIEC

Ecouvillon sur milieu de transport ou

flacon stérile


Préciser la localisation.


> 12h ou > 18h si EMT





demande

cult nég => 3j /

E7j

Culture 24h/24

examen direct 7j/7

NON

Abcès des parties molles

(AME) PUS / PIEC Préciser la localisation.

Adénopathie / ganglion (VGG)

PIEC Préciser la localisation.

Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus : BK, Bartonella, …

Anastomose (VAD/VAP)

PUS / PIEC

Anévrisme (ANEV)

PUS / PIEC Préciser la localisation.

Bile (BIL) PUS

Biopsie (BIOP) PIEC Préciser la localisation.

Collection d’organe (PRO)

PUS Préciser la localisation.

Corps étranger (COETR)

PIEC

Fistule PUS Préciser la localisation.

Hématome (HET) PUS Préciser la localisation.

Lymphocèle (LYP)

PUS Préciser la localisation.

Panaris (PAN) PUS

Prélèvement péritonéal (PER)

PUS

Prélèvement per-opératoire (PRO)

PUS / PIEC Préciser la localisation.

Prothèse vasculaire

PIEC Préciser la localisation.

Thrombus PUS Préciser la localisation.


que d’un liquide de ponction

Fiche de prescription CHIRURGIE

THORACIQUE

Ascite (PAS) (FASC) +

PONC

Flacon stérile ou seringue bouchée

(sans aiguille)

Cytologie / Formule /


Infection avérée si polynucléaires neutrophiles > 200/mm3 < 2h, TA






demande

cult nég => 3j /

E7j

culture 24h/24

cytologie et gram

7j/7 formule

5j/7

NON

Liquide de drain de Redon (LR)

PUS Flacon stérile Uniquement dans le suivi post-opératoire de la chirurgie septique. Ne doit pas être utilisé pour le

diagnostic d'une infection. < 2h, TA

cult nég => 3j

NON

Liquide de drain de séreuse (LQ)

PUS Flacon stérile Utilité possible dans le contrôle de l'efficacité d'un traitement antibiotique. Uniquement en cas de

système de drainage aspiratif. < 2h, TA

cult nég => 3j

NON

Liquide de ponction (LIQP)

PONC Flacon stérile

< 2h, TA

cult nég => 3j /

E7j

Liquide de ponction sous échographie

(PECO)

PUS Flacon stérile

< 2h, TA NON

Péricardique (LPER)

PUS Flacon stérile ou

seringue bouchée (sans aiguille)

< 2h, TA NON

Pleural (PP) CYTLQ +

PONC

Flacon stérile ou seringue bouchée

(sans aiguille) 20 à 40% des pneumonies sont associées à un épanchement pleural. < 2h, TA NON

Péritonéal (PER) PUS Flacon stérile ou


< 2h, TA NON

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/Fiche-renseignements-VASCULAIRE.pdf

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/Fiche-renseignements-VASCULAIRE.pdf

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/Fiche-renseignements-pied-diabetique.pdf

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/Fiche-renseignements-pied-diabetique.pdf

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/Fiche-renseignements-VISCERAL.pdf

8

Examens groupés


Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste



ostéo-articulaire

Joindre la fiche de

renseigne-ments

ORTHO-TRAUMATO

Les aiguilles ne sont pas acceptées.

Biopsie (BIOP) PIEC Flacon stérile

Examen direct / Ensemencement / +/- cytologie si

pus

Préciser la localisation. < 2h, TA






demande

cult nég => 3j /

E7j

culture 24h/24

cytologie et gram

7j/7 formule

5j/7

NON

Bursite (BUR) PUS Flacon stérile Préciser la localisation. < 2h, TA NON

Fixateur externe (OS)

PIEC Flacon stérile ou


En cas d'infection sur fiche de fixateur externe, réaliser un curetage lors de l'ablation de la fiche. En présence de pus, aspirer celui-ci à la seringue. Eviter+++ les écouvillonnages.

< 2h, TA NON

Lavage de disque (LLDISQ)

PUS Flacon stérile Préciser la localisation. < 2h, TA NON

Liquide articulaire (ART)

CYTLA + PONC + RMLP

Flacon stérile + 1 tube hépariné

(bouchon vert) +/- flacons hémocultures

Cytologie / Formule /

Examen direct / Recherche de

cristaux / Ensemencement

Les flacons d'hémocultures permettent d'améliorer la recherche de certaines bactéries fragiles et/ou à croissance lente. Chez l'enfant, cela permet d'améliorer l'isolement notamment de

Kingella kingae. La recherche de cette bactérie est également possible par PCR chez l’enfant de

moins de 2 ans.

< 2h, TA NON

Matériel d'ostéo-synthèse (MPER)

MATCHI Flacon stérile

Examen direct (sauf MAT)/

Ensemencement / +/- cytologie si

pus

Vis, ciment, tige, clou, … < 2h, TA NON

Os (OS) PIEC Flacon stérile Préciser la localisation. < 2h, TA NON

Prélèvements per-opératoires orthopédiques

(PRO)

PUS / PIEC

Flacon stérile ou seringue bouchée (sans aiguille) ou


Idéalement 5 prélèvements, en des sites anatomiques différents et si possibles pathologiques macroscopiquement. Eviter si possible les écouvillonnages et privilégier les biopsies

tissulaires. < 2h, TA NON


que d’un matériel

Ecouvillon sur KT ou PAC (KTREA)

MAT / MATCHI


Culture

Il n'est pas recommandé d'effectuer des écouvillonnages du point d'insertion des cathéters. Il est préférable de réaliser des "hémocultures appariées" (voir protocole de prélèvement des

hémocultures). < 6h, TA > 18h





demande

cult nég => 3j

Culture 24h/24

NON

Cathéter (KT*/PICL)

Flacon stérile

Prélever les 5 derniers centimètres de la partie distale du cathéter.

Préciser la localisation (artériel, central, dialyse, fémoral, jugulaire, sous-clavière, picc line).

Il est impératif d'effectuer un prélèvement "hémocultures appariées" (voir protocole de

prélèvement des hémocultures) avant l'ablation du cathéter.


cult nég => 2j

NON

Chambre implantable (Port-à-cath)

(VPK)

Flacon stérile

Il est impératif d'effectuer un prélèvement "hémocultures appariées" (voir protocole de prélèvement des hémocultures) avant l'ablation du cathéter.

Réaliser un écouvillonnage externe de la chambre, un écouvillonnage de la loge et envoyer le

cathéter.

cult nég => 2j

NON

Pace-maker (PACE)

Flacon stérile cult nég => 3j /

E7j NON

Pression intra-crânienne (PIC)

Flacon stérile cult nég

=> 5j NON

Sonde trachéale (STR)

Flacon stérile Prélèvement non recommandé : réservé aux patients du Nid Béarnais cult nég

=> 2j NON

Redon (TRE) Flacon stérile Il n'est pas recommandé d'étudier les prélèvements issus de systèmes de drainage ouverts (colonisation++). A l'inverse, les systèmes de drainage aspiratifs fermés sont un bon reflet

du contenu de la collection.

Les écouvillonnages et les tubulures de drainage ne sont pas acceptés.

cult nég => 2j

NON

Lame (TLA) Flacon stérile cult nég

=> 2j NON

Drain (TDR) Flacon stérile cult nég

=> 2j NON

Stérilet (STE) Flacon stérile cult nég

=> 3j NON

Lentilles ophtalmiques

(MOP)

Boitier de conservation des

lentilles Séparer les lentilles gauche et droite

cult nég => 3j

NON

Matériel per-opératoire

(MPER): vis, agrafe, clou,

stent, …

Flacon stérile Préciser la nature et la localisation cult nég => 3j /

E7j NON

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/Fiche-renseignements-ORTHOP.pdf






http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/prelevement-hemocs.pdf






9

Analyses particulières


Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste


que des hémocultures

Hémocultures périphériques

(HEM) HEM

1 flacon aérobie + 1 flacon anaérobie ou 1 flacon pédiatrique

Culture

voir protocole de prélèvement

des hémocultures

A pratiquer devant toute fièvre d’origine indéterminée, surtout si elle est accompagnée de signes cliniques évocateurs d’infection.

Prélever avant ou à distance de l’administration d’antibiotique ou d’antifongique.

Le plus rapidement possible, TA

Aucune Aucun rajout

possible

Cult nég => 7j

24h/24 gram

Hémocultures sur DIV (HEK)

HEK 1 flacon aérobie + 1 flacon anaérobie ou 1 flacon pédiatrique

Les prélèvements sur dispositif intra-vasculaire (DIV) sont déconseillés car ils augmentent

significativement la fréquence des contaminants et ne permettent pas d’établir un diagnostic de bactériémie ou de fongémie (distinction impossible entre infection et colonisation du dispositif).

A réaliser uniquement dans le cadre d’une suspicion d’infection sur DIV en parallèle

d’hémocultures périphériques. Le calcul du différentiel de positivité ne pourra être calculé que

si le protocole de prélèvement a été suivi correctement.

Hémocultures endocardite

HEMEND 1 flacon aérobie + 1 flacon anaérobie ou 1 flacon pédiatrique

3 hémocultures (1 flacon aéro + 1 flacon anaéro) par 24h, espacées d’une heure minimum Cult nég => 21j

Hémocultures sur sang

transfusé (HST) HST

1 flacon aérobie + 1 flacon anaérobie

Cult nég => 7/12j



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

Actinomyces

Prélèvements respiratoires

RACT

Flacon stérile

ensemencement

L'isolement d'Actinomycètes à partir de ce type de prélèvements représente généralement une contamination oro-pharyngée => le meilleur prélèvement est la biopsie pulmonaires percutanée.

< 2h, TA


LBA ≤ 24h, +4°C Cult nég => 21j

Culture 24h/24

NON

Stérilet Flacon stérile Recherche systématiquement réalisée. < 2h, TA > 12h * sauf

dérogation biologiste

Anaérobies


BSEAN Flacon stérile ensemencement Bactéries responsables de pneumopathies d'inhalation, de pneumonies nécrosantes, d'abcès du

poumon, ... < 2h, TA


aucun rajout cult nég => 48h

culture 24h/24

NON

Autres types de prélèvements

La recherche est effectuée systématiquement.

Bartonella

Biopsie cutanée, d'adénopathie ou hépatique

BTBARB

Flacon stérile

PCR

Les infections à Bartonella spp. sont généralement bénignes chez le sujet immunocompétent. Les complications sont cependant fréquentes et peuvent être graves chez les immunodéprimés.


≤ 7j, +4°C ≤ 8j

ouvrés envoi NA

Prélèvement tissulaire

Flacon stérile

Les endocardites sont à rechercher chez les patients porteurs de valvulopathie: la bactérie peut être recherchée au niveau des valves natives, prothèses valvulaires et/ou vasculaires.


≤ 7j, +4°C ≤ 8j

ouvrés envoi NA

Prescrire des flacons d'hémoculture en parallèle (hémoculture suspicion endocardite)

Sang BTBARS 1 tube EDTA

(bouchon violet)

peu d'intérêt => privilégier la sérologie et surtout les recherches sur biopsies et valves cardiaques

< 6h, TA > 12h ≤ 7j, +4°C ≤ 8j

ouvrés envoi NA





10



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

BK (Mycobactéries)

Aspiration trachéale

BTBKE (+/- PCRBK)

Flacon stérile

culture +/- examen direct (Ziehl) +/- PCR

Chez les malades intubés < 2h, TA > 12h

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

ED labo = J0 // PCR ≤

3j // culture nég =>

60j

ED labo 7j/7

PCR 5j/7

culture = envoi

NON

Biopsies (ganglions,

pulmonaires, …) Flacon stérile Une quantité suffisante de tissus doit être prélevée. Ne pas déposer dans des compresses. < 2h, TA

> 12h * sauf dérogation du

biologiste

Crachats induits Flacon stérile Crachats émis après inhalation d'aérosols d'eau physiologique stérile. Uniquement si Ziehls

négatifs chez un patient très fortement suspect. < 2h, TA > 12h

Cutané Flacon stérile Abcès ou biopsie cutanée à la périphérie des lésions. Prélever après désinfection de la peau.

Les écouvillons ne sont pas acceptés. < 2h, TA > 12h

Expectoration Flacon stérile (≥ 3

ml)

A prélever le matin, à jeun si possible, 2 ou 3 jours de suite (pas d'augmentation du taux de

positivité au-delà de 3 prélèvements). Dans les cas évolués, avec toux très productive, il est possible de réaliser les 2 ou 3 recueils le même jour.

< 2h, TA > 12h

Fibro-aspiration Flacon stérile Uniquement si Ziehls négatifs chez un patient très fortement suspect. Les crachats post-

fibroscopie sont intéressants. < 2h, TA > 12h

Humeur aqueuse, liquide

vitré microtube stérile En raison des très faibles volumes, seule la culture est réalisée. < 2h, TA

> 12h * sauf dérogation du

biologiste

LBA Flacon stérile Prélèvement à éviter car la dilution est importante (perte de sensibilité) < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du

biologiste

LCR

≥ 1 ml de LCR (culture)

≥ 500 µl de LCR (PCR)

En cas de faible volume, la culture sera systématiquement priorisée (PCR annulée) car c'est l'examen de référence et le plus sensible. La sensibilité des techniques est dépendante du

volume disponible. Examen direct pouvant être réalisé sur place après accord du biologiste

(justification clinique+++)

Immédiat, TA

Si conditions de rajout

non respectées

Liquides de ponction

(pleural, ascite, articulaire)

Flacon stérile ou tube hépariné

Prélèvements souvent pauci-cellualires => la sensibilité de la recherche est très fortement dépendante du volume de prélèvement.

< 2h, TA > 12h * sauf dérogation du

biologiste

Os Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du

biologiste

Tubage gastrique

Flacon stérile (≥ 5 ml)

Recueil des sécrétions bronchiques dégluties pendant le sommeil: chez un sujet à jeun, alité depuis la veille, le plus tôt possible après le réveil. A effectuer 2 à 3 jours de suite.

< 2h, TA > 12h

Urines

Flacon stérile. Envoyer la totalité des urines du matin, sur 3 jours consécutifs (restriction hydrique la

veille au soir). < 2h, TA > 4h

Flacon stérile ≤ 5j à +4°C Voir protocole de

recueil des urines

A rechercher si leucocyturie aseptique et/ou patient immunodéprimé.

BMR (Bactéries

multi-résistantes)

Urines (U) CBUBMR

1 tube boraté à bouchon kaki ou 1

flacon stérile (bouchon rouge)

ensemencement

Recherche ciblée à visée épidémiologique de bactéries multi-résistantes (SARM, BLSE,

HCASE, Pyo multi-résistant, …). Les identifications et antibiogrammes ne sont pas rendus.

< 12h, TA si tube boraté

< 2h si flacon

stérile

> 24h si tube boraté

> 2h si flacon stérile

tube boraté < 48h

≤ 3j

7j/7 NON

3 sites: nez, aisselles, rectal

(ECO) ECOSYS

3 écouvillons sur milieu de transport

< 6h, TA > 18h aucun rajout ≤ 3j

Expectoration (EXP)

CBCBMR Flacon stérile < 2h, TA > 12h ≤ 3j, +4°C ≤ 3j

Recherche de portage de

SARM (PNZ) EPISAR


Réanimation néonatale, avant chirurgie orthopédique < 6h, TA > 18h aucun rajout ≤ 48h

Recherche de BLSE (SER)

EPIBLS Ecouvillon sur milieu

de transport Entérobactéries porteuses de béta-lactamase à spectre étendu < 6h, TA > 18h aucun rajout ≤ 3j

Recherche d'EPC (SER)

EPIEPC Ecouvillon sur milieu

de transport Entérobactéries résistantes aux carbapénémases < 6h, TA > 18h aucun rajout ≤ 3j

Recherche d'ERV (SER)

EPIERV Ecouvillon sur milieu

de transport Entérocoques résistants aux glycopeptides < 6h, TA > 18h aucun rajout ≤ 3j



11



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

Chlamydia pneumoniae

Prélèvement pharyngé

BTDIV

Gorge sur écouvillon sur milieu de

transport (M4RT)

PCR

Pneumopathies communautaires. La mise en évidence de la bactérie ne permet pas de poser un diagnostic de certitude (existence de portages sains).

Le diagnostic sérologique a peu d'intérêt: manque++ de spécificité et cinétique lente des

anticorps.

< 6h, TA > 18h

≤ 7j à +4°C ≤ 10j envoi NA


Aspiration trachéale sur flacon stérile

< 2h, TA > 12h

LBA sur flacon stérile < 2h, TA > 12h

Chlamydia psittaci

Prélèvement pharyngé

BTDIV

Ecouvillon sur milieu de transport (M4RT)

PCR

Pneumopathie plutôt de caractère isolé en lien avec des oiseaux d'agrément ou d'élevage. < 6h, TA > 18h



Aspiration trachéale sur flacon stérile

La mise en évidence de la bactérie permet de poser un diagnostic de certitude. Prescrire impérativement une sérologie en parallèle.

< 2h, TA > 12h

LBA sur flacon stérile fiche de renseignements à joindre au prélèvement < 2h, TA > 12h

Chlamydia trachomatis

Adénopathie

PCRCT

Flacon stérile

PCR

Dans le cas d'une LGV, en fonction de la symptomatologie, ponctionner le ganglion satellite. Prescrire une sérologie en plus.


≤ 7j à +4°C

≤ 7j ouvrés

1-2x/sem NON

Ano-rectal ou anal


spécifique (M4RT) En fonction du comportement sexuel, génital + rectal et/ou pharyngé < 6h, TA > 18h

Conjonctive Ecouvillon sur milieu

de transport spécifique (M4RT)

Conjonctivites à inclusions chez l'adulte et le nouveau-né (sérotypes D à K): gratter la conjonctive inférieure à l'aide de l'écouvillon fin.

< 6h, TA > 18h Trachomes (sérotypes A à C): retourner la paupière supérieure et gratter la conjonctive à l'aide

de l'écouvillon fin

Si suspicion de syndrome de Fiessinger Leroy Reiter: prélèvement génital + conjonctival + articulaire

Endocol Ecouvillon sur milieu


Après mise en place du speculum et élimination de la glaire cervicale. < 6h, TA > 18h

Génitaux féminins :

biopsie d'endomètre, prélèvements

tubaires, liquide du cul de sac de

Douglas, …

Flacon stérile Exploration d'une infection génitale haute => +/- prélèvement de l'endocol. Prescrire une

sérologie en plus. < 2h, TA


Liquide articulaire

Flacon stérile Si suspicion de syndrome de Fiessinger Leroy Reiter: prélèvement génital + conjonctival +

articulaire < 2h, TA


Pharynx Ecouvillon sur milieu


Chez le nouveau-né et chez l'adulte en fonction du comportement sexuel. Dans la pneumopathie du nouveau-né, prescrire une sérologie en plus.

< 6h, TA > 18h

Ulcération génitales et/ou

ano-rectales


spécifique (M4RT)

Dans le cas d'une LGV, en fonction de la symptomatologie, prélever les ulcérations. Prescrire une sérologie en plus.

< 6h, TA > 18h

Urétral Ecouvillon sur milieu


Préférer un 1er jet urinaire. < 6h, TA > 18h

Urines Flacon stérile

(bouchon rouge)

Impérativement le 1er jet urinaire (germe intracellulaire) avant toute toilette du méat urinaire, le matin ou après une continence ≥ 2h. Ne pas envoyer d'urines de milieu de jet =>

risque+++ de faux négatifs <4h, TA > 12h sur flacon

stérile: ≤ 5j, +4°C

Eviter les 1ers jets urinaires chez la femme (charge bactérienne moins importante) => préférer un auto-prélèvement vulvo-vaginal.

Vaginal Ecouvillon sur milieu


Chez une femme asymptomatique, possibilité d'auto-prélèvement vulvo-vaginal. < 6h, TA > 18h ≤ 7j à +4°C

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/Fiche-de-renseignements-infection-a-C.-psittaci.pdf

12



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

Clostridium difficile

Selles CLOSD Selles sur flacon

stérile

Recherche des toxines par IC +/-

PCR

La recherche s'effectue uniquement sur des selles diarrhéiques. Pas de contrôle post/en cours

de traitement. < 2h, TA > 6h 72h, +4°C

J0 ou J+1

7J/7 NON

Coqueluche (Bordetella pertussis)

Aspiration naso-pharyngée

BTCOQP

Flacon stérile

PCR

Recherche à demander si toux avec chant du coq < 14j ou si toux persistante > 14j et < 21j. < 2h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C

≤ 7j envoi NON Ecouvillonnage naso-pharyngé


Tanswab ou M4RT

La sensibilité de la PCR est élevée pendant les 2-3 premières semaines de toux. Au-delà de 3 semaines, limiter le diagnostic aux cas secondaires.

< 6h, TA > 18h ≤ 7j à +4°C

NE PAS DEMANDER DE SEROLOGIE (difficultés d'interprétation, tests commerciaux non

validés, augmentation de la couverture vaccinale)

Gonocoque (N.

Gonorrhoeae).

Prévenir le laboratoire du contexte d'IST

Ano-rectal

+/- BTGON


Préférer un


Eswab

La culture est à privilégier car elle

permet la réalisation d'un antibiogramme

Ecouvillonnage de la muqueuse ano-rectale sous anuscopie. Localisation généralement asymptomatique.

< 6h, TA > 18h

Aucun rajout

Cult nég => 3j

PCR ≤

7j

Culture 7j/7

PCR = envoi

NON

Conjonctive Recueil des sécrétions purulentes par écouvillonnage de la muqueuse conjonctivale. < 6h, TA > 18h

Exo-endocol Après mise en place du speculum et élimination de la glaire cervicale. < 6h, TA > 18h

Hémoculture Flacons

d'hémoculture Pour le diagnostic des formes disséminées.

Le plus rapidement

possible, TA Aucune

Liquide articulaire

Flacon stérile Mono ou polyarthrites, ténosynovites. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

Liquide péritonéal

Flacon stérile Chez la femme symptomatique < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

Pharynx Ecouvillon sur milieu

de transport

Préférer un écouvillon sur

milieu de transport Eswab

En fonction du comportement sexuel. Localisation généralement asymptomatique. < 6h, TA > 18h

Urétral

Chez l'homme, si présence, écouvillonner l'écoulement urétral, sinon préférer un 1er jet urinaire.

< 6h, TA > 18h

Chez la femme, écouvillonnage uniquement en cas de symptomatologie génito-urinaire.

Urines Flacon stérile

(bouchon rouge)

Impérativement le 1er jet urinaire (germe intracellulaire) avant toute toilette du méat urinaire, le matin ou après une continence ≥ 2h.

Ne pas envoyer d'urines de milieu de jet => risque+++ de faux négatifs <4h, TA > 12h

sur flacon stérile: ≤ 5j,

+4°C Eviter les 1ers jets urinaires chez la femme (charge bactérienne moins importante) => préférer un

auto-prélèvement vulvo-vaginal.


de transport Chez une femme asymptomatique, possibilité d'auto-prélèvement vulvo-vaginal.

Préférer un écouvillon sur milieu de transport Eswab < 6h, TA > 18h

Helicobacter pylori

Biopsie gastrique

BTHELG

Biospies gastriques sur milieu de

transport spécifique (Portagerm)

culture +/- PCR Prévenir le laboratoire au moins 2 jours avant. Biopsies au niveau de l'antre et au niveau du

tiers supérieur du fundus. Immédiat, TA Aucune aucun rajout

cult nég => 10j

envoi NA

Kingella kingae

Liquide articulaire

Flacon stérile PCR Chez les enfants de moins de 2 ans < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C envoi NA

Légionelle (L. pneumophila)


IFLEG Flacon stérile

(bouchon rouge) culture

Expectorations, LBA, aspirations trachéales, voire liquide pleural, …


24h, +4°C cult nég => 10j

culture 24h/24

NON Effectuer les prélèvements, si possible, avant tout traitement antibiotique.

Permet de détecter les L. pneumophila des autres sérogroupes.

Urines LEGU

Tube à bouchon jaune (chimie) ou


Ag solubles

Détection uniquement de Legionella pneumophila sérogroupe 1.

Apparition précoce (2-3j après apparition des signes cliniques), excrétion pendant quelques jours

à 2 mois, sans influence de l'antibiothérapie

< 4h, TA > 12h sur flacon stérile: 5j,

+4°C

J0 ou J+1

24h/24 OUI

13



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

Leptospire

LCR BTLEPL 500 µl de LCR PCR

Uniquement du 5ème au 15ème jour après le début de la fièvre et avant toute antibiothérapie. A rechercher chez les professionnels exposés (égoutiers, éleveurs, …) ou en

cas de contact avec de l'eau douce potentiellement contaminée.

Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

≤ 7 j ouvrés

envoi NA

Sang BTLEPS 1 tube EDTA

(bouchon violet) PCR Uniquement dans les 10ers jours de la maladie et avant toute antibiothérapie. < 6h, TA > 12h aucun rajout

≤ 7 j ouvrés

envoi NA

Urines BTLEPU Flacon stérile

(bouchon rouge) PCR Recueillir les urines entre le 7ème et le 25ème jour et avant toute antibiothérapie. < 4h, TA > 12h

sur flacon stérile: 5j,

+4°C

≤ 7 j ouvrés

envoi NA

Listeria monocytogenes

La recherche est effectuée systématiquement sur les prélèvements de type LCR, prélèvements du nouveau-né, liquide amniotique, placenta, ….

En cas de suspicion de listériose, prélever impérativement des hémocultures, notamment chez la femme enceinte. NE PAS EFFECTUER DE SEROLOGIE.

Lyme (Borrélia)

LCR SLYMPL 150 µl de LCR

sérologie +/- index de synthèse

intrathécale

Prélever impérativement un tube sec en parallèle pour la recherche d'anticorps dans le sang.

La recherche d'une synthèse intrathécale est à préférer à la PCR (sensibilité très médiocre <

20%) car les anticorps sont détectables une semaine après l'apparition des symptômes

Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

≤ 7j ouvrés

1x/sem NON

Liquide articulaire

BTDIV 1 ml de liquide PCR Sensibilité moyenne ~ 60%. Uniquement en cas de tableau clinique atypique. < 2h, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

≤ 7j ouvrés

envoi NA

Méningocoque (N.

meningitidis)

Fiche d’envoi spécifique

Biopsie cutanée BTMEN Flacon stérile PCR Prélever toute lésion purpurique cutanée en cas d'antibiothérapie instaurée avant la PL. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

≤ 7j à +4°C ≤ 7j

ouvrés envoi NA

LCR BTMEN 250 µl de LCR PCR

Uniquement si l'antibiothérapie a été instaurée avant la PL, sinon la culture est suffisamment sensible et permet la réalisation d'un antibiogramme.

Joindre impérativement un tube sec +/- une biopsie cutanée en cas de purpura.

Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

≤ 7j ouvrés

envoi NA

Hémocultures HEM Flacons

d'hémoculture culture A réaliser impérativement devant toute suspicion d'infection invasive à méningocoque.

Le plus rapidement possible, TA

Aucune Aucun Cult nég

=> 7j 24h/24 gram

Sang BTMEN 1 tube EDTA

(bouchon violet) PCR A joindre au LCR en cas d'antibiothérapie instaurée avant la PL. < 6h, TA


≤ 7j à +4°C ≤ 7j

ouvrés envoi NA

Mycoplasma pneumoniae


BTMPP

Flacon stérile

PCR

A privilégier chez le jeune enfant.

Les sécrétions trachéales et les expectorations ne sont pas recommandées (contamination++ par

les bactéries commensales et présence potentielle d'inhibiteurs de PCR)

< 4h, TA > 12h

≤ 7j à +4°C ≤ 7j

ouvrés envoi NA

Pharynx Ecouvillon sur milieu de transport (M4RT)

La présence de M. pneumoniae est pathologique. < 6h, TA > 18h

LBA Flacon stérile Positivation dès la 1ère semaine de l'infection. < 4h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

Mycoplasma genitallium

Endocol / Endomètre

MYCP


spécifique (M4RT)

PCR

Mg est responsable de salpingites, d'endométrites et de cervicites. < 6h, TA > 18h

≤ 5j à +4°C ≤ 7j

ouvrés envoi NA



Mg est fréquemment responsable d'urétrites aigues et chroniques < 6h, TA > 18h

Urines flacon stérile

(bouchon rouge)


< 6h, TA > 12h



Mg est responsable de cervicites => privilégier un prélèvement cervicovaginal. < 6h, TA > 18h

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/fiche-envoi-meningocoque.pdf

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/fiche-envoi-meningocoque.pdf

14



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

Mycoplasmes urogénitaux (M. hominis,

U. urealyticum)

Endocol / Endomètre

MYCP

Ecouvillon sur milieu de transport spécifique

culture

Mh est potentiellement responsable de salpingites et d'endométrites. Mh et Uu n'entrainent

jamais de cervicite.

< 2h, TA > 5h NA ≤ 5 j

ouvrés envoi NA

Liquide gastrique

Flacon stérile

Leur présence en quantité importante n'a de signification qu'en présence d'un tableau clinique évocateur.

Naso-pharynx

Aspiration en flacon stérile

Ecouvillon sur milieu de transport spécifique


de transport spécifique

Recherche d'Ureaplasma spp. (M. hominis n'a pas de pouvoir pathogène chez l’homme)


(bouchon rouge)



de transport spécifique

Type de prélèvement non recommandé.

Uu n'a pas de pouvoir pathogène chez la femme. Présence possible en grande quantité de Mh dans les vaginoses bactériennes.

En présence de grande quantité d'Uu et de Mh dans la flore vaginale => rechercher une infection

des voies génitales hautes (prélèvement endocervical strict ou endométrial).

Nocardia Prélèvements respiratoires

NOCCBC Flacon stérile culture < 2h, TA


LBA

≤ 48h à +4°C cult nég => 21j

24h/24 NON

Pneumocoque (S.

pneumoniae)

LCR PNEU 150 µl de LCR Immuno-

chromatographie La recherche d'antigène soluble a une meilleure sensibilité que l'examen direct Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C J0 24h/24 NON

Urines PNEU

tube à bouchon jaune (chimie) ou


Ag solubles

Recherche recommandée uniquement pour les pneumonies sévères de l'adulte (meilleure VPP) et dans les pleurésies purulentes.

Possibles faux positifs si BPCO ou portage sain (notamment chez l'enfant).

< 4h, TA > 12h sur flacon stérile: 5j,

+4°C

J0 ou J+1

24h/24 OUI

Syphilis (Treponema

pallidum) LCR SYPH1L 200 µl de LCR

sérologie +/- index de synthèse

intrathécale

Prélever impérativement un tube sec en parallèle pour la recherche d'anticorps dans le sang.

Cette recherche n'a d'intérêt qu'en cas de sérologie sanguine positive.

Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C ≤ 3j 5j/7 NON

Whipple (Tropheryma

whipplei)

Biopsie duodénale

BTWHI

Flacon stérile

PCR

Permet de poser le diagnostic de maladie de Whipple classique si atteinte histologique digestive associée.

Immédiat, TA > 12h * sauf dérogation biologiste


Humeur aqueuse Microtube stérile Même si les manifestations cliniques sont exclusivement articulaires ou oculaires, seule l'absence

d'atteinte histologique digestive permet de conclure à une infection localisée.



Liquide articulaire

Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste


Sang Flacon stérile

La positivité de la recherche de T. whipplei dans les selles et/ou biopsie duodénale ne permet pas le diagnostic d'une maladie de Whipple => une atteinte histologique digestive doit y

être associée < 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 8j envoi NA

Salive Flacon stérile Prélèvements permettant un 1er screening en cas de suspicion de maladie de Whipple classique.

La positivité de la recherche de T. whipplei dans la salive, les selles et/ou biopsie duodénale ne permet pas le diagnostic d'une maladie de Whipple => une atteinte histologique

digestive doit y être associée

< 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 8j envoi NA

Selles Flacon stérile < 2h, TA > 4h ≤ 5j à +4°C ≤ 8j envoi NA

15



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

Adénovirus

Aspiration nasale

BTADPC

Flacon stérile

PCR

Infections respiratoires basses et/ou hautes chez l'immunocompétent < 2h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA



Voir prélèvement/prescription ophtalmologie < 6h, TA > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA

Cornée Ecouvillon sur milieu


Voir prélèvement/prescription ophtalmologie < 6h, TA > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA

LBA Flacon stérile Dans les pneumopathies du sujet immunodéprimé < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste


LCR 200 µl de LCR

Uniquement chez le sujet immunodéprimé: recherche d'une infection disséminée ou mise en

évidence d'une infection avec symptomatologie aspécifique (fièvre, pneumonie, hépatite, …).

A comparer impérativement à la charge virale sanguine (1 tube EDTA)

Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C ≤ 6j envoi NA

Sang 1 tube EDTA

(bouchon violet) Charge virale à associer systématiquement à la recherche dans le LCR. < 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA

Selles ROTA Selles sur flacon

stérile Immuno-

chromatographie

A rechercher chez tout enfant présentant une symptomatologie de gastro-entérite ou pouvant être porteur asymptomatique (diarrhée dans la famille) si hospitalisation.

A rechercher aussi chez les personnes âgées, notamment en hébergement de long séjour.

< 2h, TA > 4h 48h, +4°C J0 ou J+1

7j/7 NON

Arbovirus

Sang BTDIV Tube EDTA

(bouchon violet) PCR

Dengue, West Nile, Encéphalite à tique, Chikungunya, Zika ...

< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C ≤ 6j envoi NA

Uniquement dans les 7ers jours suivant le début de la maladie => sinon sérologie

Urines BTDIV Flacon stérile

(bouchon rouge) PCR Uniquement pour le virus Zika, dans les 10-15 jours suivants le début des signes cliniques < 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C ≤ 6j envoi NA

BK virus Urines BTDIV flacon stérile

(bouchon rouge) PCR

Intérêt dans le suivi précoce du patient transplanté rénal: toute détection positive doit entrainer

une surveillance sanguine. <4h, TA > 12h


+4°C

≤ 7 j ouvrés

envoi NA

CMV (Cytomégalovirus)

Biopsie colique

PCCMV

Biopsie sur flacon stérile

PCR

Pour les patients traités par immunosuppresseurs au long cours pour maladies inflammatoires chroniques intestinales. A associer à une charge virale sanguine (1 tube EDTA)


≤ 7j à +4°C ≤ 3j

ouvrés 2-3x/sem NON

Humeur aqueuse Microtube stérile Surtout chez l'immunodéprimé < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

≤ 7j à +4°C ≤ 3j


LBA Flacon stérile Chez les patients de réanimation et/ou immunodéprimés. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

≤ 7j à +4°C ≤ 3j


LCR 2x200 µl de LCR A rechercher en cas d'atteinte neurologique chez l'immunodéprimé. A comparer

impérativement à la charge virale sanguine (1 tube EDTA). Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

≤ 3j ouvrés

2-3x/sem NON

Liquide amniotique

Flacon stérile A partir de la 21ème SA et au moins 6 semaines après la primo-infection Immédiat, TA Aucune ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA

Sang 1 tube EDTA

(bouchon violet) Chez la femme enceinte avec IgM positives. Chez l'immunodéprimé, en parallèle de la recherche

au niveau de l'organe atteint. En cas de surveillance d'un traitement par antiviral. < 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C

HSV + VZV + CMV ≤

3j ouvrés //

si + autres ≤

8 j ouvrés

2-3x/sem NON


(bouchon rouge)

Dans le cadre d'un diagnostic d'infection acquise in utero, recherche avant le 15ème jour de

vie. < 4h, TA > 12h


+4°C

≤ 3j ouvrés

1-2x/sem NON



16



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

EBV (Epstein Barr Virus)

Biopsie

BTEBV

Flacon stérile

PCR

Biopsie hépatique, naso-pharyngée.

A comparer impérativement à la charge virale sanguine (1 tube EDTA). < 2h, TA



Humeur aqueuse Microtube stérile Surtout chez l'immunodéprimé < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste


LBA Flacon stérile Chez les patients de réanimation et/ou immunodéprimés. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste


LCR 200 µl de LCR

A rechercher en cas d'atteinte neurologique chez l'immunodéprimé.

A comparer impérativement à la charge virale sanguine (1 tube EDTA). Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -


Sang 1 tube EDTA

(bouchon violet)

En suivi chez les greffés d'organes à risque (receveur-/donneur+) pour la recherche de

syndrome lympho-prolifératif post-transplantation (SLPT).

< 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA En cas de suspicion de lymphome chez un patient VIH+ (+/- biopsie)

En cas de suspicion clinique chez un patient traité par immuno-modulateur

Pour le diagnostic d'une réactivation symptomatique chez un patient immunodéprimé, en association à la recherche dans l'organe suspecté (foie, LCR, moelle osseuse, …).

Entérovirus

Biopsie

BTENP

Flacon stérile

PCR

cutanée ou cardiaque (si myocardite) < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

≤ 3j à +4°C ≤ 8 j

ouvrés envoi NA



Souvent hémorragiques. < 6h, TA > 18h ≤ 3j à +4°C ≤ 8 j

ouvrés envoi NA

LCR PCREV 150 µl de LCR Généralement méningite lymphocytaire => possible formule avec neutrophiles majoritaires ou PL

avec pas ou peu d'éléments Immédiat, TA


non respectées

≤ 72h à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

J0 ou J+1

7J/7 NON

Lésion cutanée et/ou muqueuse

BTENP


spécifique (M4RT)

Au niveau des vésicules et/ou ulcérations, dans des cas atypiques (notamment chez l'immunodéprimé)

< 6h, TA > 18h ≤ 3j à +4°C ≤ 8 j

ouvrés envoi NA

Liquide péricardique

Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

≤ 3j à +4°C ≤ 8 j

ouvrés envoi NA

Sang 1 tube EDTA

(bouchon violet) Uniquement chez le nouveau-né, pour le diagnostic d'une infection néo ou péri-natale ou en cas

de suspicion de myocardite aiguë. < 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C

≤ 8 j ouvrés

envoi NA

Sécrétions respiratoires

Flacon stérile Uniquement chez le nouveau-né, pour le diagnostic d'une infection néo ou péri-natale. < 2h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C ≤ 8 j

ouvrés envoi NA

Urines Flacon stérile Uniquement chez le nouveau-né, pour le diagnostic d'une infection néo ou péri-natale.

En association au sang, conjonctive et sécrétions respiratoires.

< 2h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C ≤ 8 j

ouvrés envoi NA

Erythrovirus B19 (ex-

Parvovirus B19)

Liquide amniotique

BTDIV

Flacon stérile

PCR

Si mise en évidence d'anomalies échographiques fœtales évocatrices. < 2h, TA Aucune ≤ 7j à +4°C ≤ 8 j

ouvrés envoi NA

Moelle osseuse 1 tube EDTA

(bouchon violet) En dernière intention => plutôt le sang < 6h, TA Aucune ≤ 7j à +4°C

≤ 8 j ouvrés

envoi NA

Sang 1 tube EDTA

(bouchon violet) Dans les premiers jours d'une crise d'érythroblastopénie aigue ou au cours des infections

chroniques de l'immunodéprimé < 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C

≤ 8 j ouvrés

envoi NA

Grippe

(Influenza

virus)


PCRGP

Flacon stérile PCR

PCR pouvant

être couplée à la

PCR VRS

A réaliser idéalement dans les 48ères heures après le début des symptômes. < 2h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C J0 ou J+1

7j/7 NON

Prélèvement nasal

Ecouvillon sur milieu de transport UTM

Il est important que les prélèvements contiennent suffisamment de cellules de l’épithélium cilié : Ecouvillonner les deux narines à l’aide du même écouvillon. Insérer l’écouvillon le plus loin

possible, parallèlement au palais (tête inclinée en arrière), le laisser en place quelques secondes et le retirer lentement en lui imprimant un léger mouvement rotatif.

< 6h, TA > 18h ≤ 3j à +4°C J0 ou J+1

7j/7 NON

17



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

Hépatite A Sang BTDIV 1 tube EDTA


Peu d'intérêt : contextes atypiques avec sérologie peu informative.

En cas de suspicion d'hépatite A aiguë => IgM HAV. < 6h, TA > 12h

≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 8 j ouvrés

envoi NA

Hépatite B

Sang / Charge virale

BTADVB 1 tube EDTA


La charge virale quantitative a deux indications : - le suivi des traitements antiviraux

- la recherche d’une éventuelle réactivation virale dans les contextes d’immunodépression chez les patients ayant eu un contact antérieur avec le VHB (Ac

anti-HBc positifs).

< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C < 5j envoi NA

Sang / Titrage Ag HBs

BTHBAG 1 tube sec (bouchon

rouge) Titrage

Le titrage de l’Ag HBs est utile dans deux situations : le suivi du traitement par ribavirine et l’identification des porteurs inactifs (Charge virale et titre Ag HBs bas)

< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C < 5j envoi NA

Hépatite C

Sang / Charge virale

PCHCV 2 tubes EDTA


A réaliser en cas de sérologie positive pour différencier une infection active d’une cicatrice

sérologique.

En cas d’immunodépression majeure ou en cas de suspicion d’infection aigue (fenêtre sérologique longue), la recherche d’ARN viral VHC peut être demandée.

Permet d’évaluer la réponse aux traitements antiviraux et de détecter l’émergence de variants

viraux résistants aux traitements.

< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 8 j ouvrés 1x/sem NON

Sang / Génotypage

BTVHC 2 tubes EDTA

(bouchon violet) Génotypage

La détermination du génotype (+/- sous-type) conditionne l’indication de certains schémas thérapeutiques.

< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -


Hépatite D Sang BTARHD 2 tubes EDTA


Uniquement chez les patients atteints d’une hépatite B chronique ou aiguë.

Pour connaitre le statut d’un patient vis-à-vis du VHD, préférer la sérologie.

En cas de sérologie positive, réaliser une charge virale (ARN) VHD pour différencier une infection

active à VHD ou une cicatrice sérologique.

< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 8 j ouvrés

envoi NA

Hépatite E

Sang

BTARHE

1 tube EDTA (bouchon violet)

PCR

Intérêt uniquement chez le sujet immunodéprimé avec IgM négatives. < 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 5j ouvrés

envoi NA

Selles Selles sur flacon

stérile

A effectuer dans le suivi d’une éradication après 3 mois de traitement par ribavirine ou pour le diagnostic d'une infection chronique chez un sujet immunodéprimé.

Pour un diagnostic d'hépatite aigue => sérologie (1 tube sec)

< 2h, TA > 4h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 5j ouvrés

envoi NA

HHV6 (Human Herpes Virus

6)

LCR

BTHV6V

200 µl de LCR

PCR

Uniquement chez le sujet immunodéprimé (transplanté ou HIV). A comparer impérativement à la charge virale sanguine (1 tube EDTA)

Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 8 j ouvrés

envoi NA

Sang 1 tube EDTA

(bouchon violet) Quantification en parallèle du LCR. < 6h, TA > 12h

≤ 7j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 8 j ouvrés

envoi NA

HHV8 (Human Herpes Virus

8)

Biopsie

BTHV8D

Flacon stérile

PCR

Pour confirmer le diagnostic d'une tumeur associée à HHV8 < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste

≤ 7j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 8 j ouvrés

envoi NA

Sang 1 tube EDTA

(bouchon violet) En association à la recherche par biopsie et pour le suivi sous traitement < 6h, TA > 12h

≤ 7j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 8 j ouvrés

envoi NA

HPV (Papillomavirus)

VOIR LE MANUEL DE PRELEVEMENTS DU LABORATOIRE D'ANATOMOPATHOLOGIE

18



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

HSV (Herpès virus)

Conjonctive

PCHSV


spécifique (M4RT)

PCR

Pour le diagnostic d'une kérato-conjonctivite et chez le nouveau-né de mère HSV+ dans les 24ères heures de vie.

< 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j

ouvrés

2-3x/sem NON

Endocol Ecouvillon sur milieu


Ecouvillonnage du plancher et des berges des lésions. En systématique chez la femme au cours du travail si lésion génitale évocatrice.

< 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j

ouvrés

Humeur aqueuse Microtube stérile Pour le diagnostic de la rétinite herpétique. < 2h > 12h * sauf dérogation biologiste

≤ 7j à +4°C ≤ 3j

ouvrés

LBA Flacon stérile Chez les patients en réanimation principalement < 2h > 12h * sauf dérogation biologiste

≤ 7j à +4°C ≤ 3j

ouvrés

LCR 200 µl de LCR En cas de forte suspicion d'encéphalite herpétique et de PCR négative sur la 1ère PL, il est

recommandé de refaire une recherche d'HSV 48 à 72h plus tard, sous traitement antiviral Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

≤ 3j ouvrés

Lésion cutanée Ecouvillon sur milieu


Ecouvillonnage du plancher et des berges des lésions. Notamment en cas de lésion cutanée évocatrice chez le nouveau-né de mère HSV+ (éruption pouvant survenir de J0 àJ10)

< 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j

ouvrés

Naso-pharynx Ecouvillon sur milieu


Chez le nouveau-né de mère HSV+, dans les 24ères heures de vie. < 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j

ouvrés

Sang 1 tube EDTA

(bouchon violet)

ADNémie fréquemment détectable lors d'une primo-infection, d'une gingivo-stomatite aigue ou d'une infection génitale aigue. Positivité également en cas de pneumonie et d'hépatite.

< 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j

ouvrés Recherche à effectuer en systématique devant un sepsis inexpliqué associé à une atteinte

hépatique.

Vulve / vagin Ecouvillon sur milieu


Ecouvillonnage à la base et en périphérie de l'ulcération. En systématique chez la femme au cours du travail si lésion génitale évocatrice.

< 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j

ouvrés

Interféron α LCR BTIFL 500 µl de LCR ELISA Marqueur d'infection virale: taux très élevés en début d'infection et négativation en 3-5 jours si

méningite, 5-10 jours si encéphalite Immédiat, TA


non respectées

≤ 3 mois à -80°C

≤ 8j envoi NA

JC virus LCR BTPCJ 200 µl de LCR PCR Uniquement chez le sujet fortement immunodéprimé (VIH+ ou sous Ac monoclonaux):

diagnostic d'une leucoencéphalite multifocale progressive Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

≤ 7j ouvrés

envoi NON

Rotavirus Selles ROTA Selles sur flacon

stérile Immuno-

chromatographie

A rechercher chez tout enfant présentant une symptomatologie de gastro-entérite ou pouvant être porteur asymptomatique (diarrhée dans la famille) si hospitalisation.

A rechercher aussi chez les personnes âgées, notamment en hébergement de long séjour.

< 2h, TA > 4h 48h, +4°C J0 ou J+1

7j/7 NON

Rougeole

LCR BTDIV Flacon stérile 500µL PCR En cas d’encéphalite aiguë ou progressive.

Prescrire en parallèle la sérologie rougeole.

< 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j

ouvrés envoi NA

Prélèvement oro-pharyngé

BTDIV Ecouvillon sur milieu

de transport UTM PCR Ecouvillonnage nasal ou naso-pharyngé < 6h > 18h ≤ 7j à +4°C

≤ 3j ouvrés

Envoi NA

Salive BTROUG

Kit spécifique à venir chercher au

laboratoire

PCR +/- IgG et M salivaires

Persistance du virus dès la phase invasive jusqu’au 5ème

jour après le début de l’éruption.

Prescrire en parallèle la sérologie rougeole. < 6h > 18h Aucun rajout

≤ 3j ouvrés

Envoi NA

19



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

VIH (Virus de l'Immuno-déficience Humaine)

Sang / Charge virale VIH-1

PCHIV 2 tubes EDTA


A réaliser en cas de sérologie positive avant mise sous traitement.

En cas de très forte suspicion de primo-infection à VIH1 et sérologie négative (fenêtre

sérologique = 3 semaines) ou WB indéterminé, il est possible de rechercher l’ARN VIH.

Une variation de la charge virale < 0,5 log entre deux prélèvements est non significative.

< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 8 j ouvrés 1x/sem NON

Sang / Charge virale VIH-2

BTHIV2 2 tubes EDTA

(bouchon violet) PCR Préciser impérativement VIH2 < 6h, TA > 12h

≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 8 j ouvrés envoi NA

Sang / ADN proviral

BTADP 2 tubes EDTA


Uniquement chez l’enfant né de mère VIH+ : à J7, J30, J90 et J180. Au-delà, le suivi s’effectue par la charge virale classique (ARN VIH).

< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C

≤ 8 j ouvrés envoi NA

Sang / Génotypage de

résistance BTVIH

2 tubes EDTA (bouchon violet)

+ fiche spécifique

Recherche de mutations

Tests génotypiques d’analyse de la résistance aux antirétroviraux (évaluation des séquences des gènes de la reverse transcriptase, de la protéase et de l’intégrase par comparaison avec celles

d’un virus sauvage de référence)

A réaliser : - avant mise sous traitement

- en cas d’échappement virologique sous traitement : à prélever sous médication ou le plus précocement après l’arrêt du traitement.

Possibilité d’échec lorsque la charge virale est < 500 copies/ml.

< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C < 15j envoi NA

Sang / Tropisme BTCCR5 2 tubes EDTA

(bouchon violet) Technique RVA

A rechercher impérativement avant utilisation d’inhibiteurs du corécepteur CCR5.

Détermination phénotypique, réalisable uniquement si la charge virale est > 1000 copies/ml. < 6h, TA > 12h

≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -

80°C < 15j envoi NA

VRS (Virus Respiratoire

Syncitial)


PCVRS

Flacon stérile

PCR

PCR pouvant être couplée à la

PCR Grippe

Aspirer les sécrétions à l’aide d’une sonde. En l’absence de rhinorrhée (notamment en début de bronchiolite), réaliser un lavage nasal à l’aide de quelques millilitres de sérum physiologique, afin

de faciliter le recueil des cellules. < 2h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C

J0 ou J+1

7j/7 NON

Aspiration trachéale

Flacon stérile Il est possible de prélever les sécrétions bronchiques recueillies notamment au cours de

manœuvres de kinésithérapie respiratoire ou chez le nourrisson intubé. < 2h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C

J0 ou J+1

7j/7 NON

Prélèvement nasal

Ecouvillon sur milieu de transport UTM

Ecouvillonner les deux narines à l’aide du même écouvillon. Insérer l’écouvillon le plus loin

possible, parallèlement au palais (tête inclinée en arrière), le laisser en place quelques secondes et le retirer lentement en lui imprimant un léger mouvement rotatif.

< 6h, TA > 18h ≤ 3j à +4°C J0 ou J+1

7j/7 NON

VZV (Varicelle Zona Virus)

Cornée

PCVZV


spécifique (M4RT)

PCR

Pour le diagnostic des kérato-conjonctivites < 2h, TA > 18h * sauf dérogation du

biologiste ≤ 7j à +4°C

≤ 3j ouvrés

2-3x/sem NON

Cutanéo-muqueux


spécifique (M4RT)

Dans les formes atypiques (notamment pour faire la différence avec une infection à HSV), dans les formes graves de zona et en cas d'éruption atypique dans l'entourage d'un immunodéprimé

ou chez une personne jeune avant mise sous traitement immunosuppresseur. < 2h, TA > 18h ≤ 7j à +4°C

≤ 3j ouvrés

Humeur aqueuse ou vitrée

Microtube stérile Pour le diagnostic des uvéites et des nécroses rétiniennes aigues < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du


≤ 3j ouvrés

LBA Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du


≤ 3j ouvrés

LCR 200 µl de LCR Atteintes neurologiques associées ou non à une éruption Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

≤ 3j ouvrés

Liquide amniotique

Flacon stérile

En cas d'atteinte fœtale à l'échographie, l'amniocentèse doit être pratiquée 1 mois après l'éruption maternelle (éviter les faux négatifs) et après avoir vérifié que la PCR sur le sang

maternel est négative. Recherche ayant une bonne VPN.

Le diagnostic prénatal n'est pas indiqué en cas de varicelle maternelle au cours du 3ème

trimestre (>24 SG).

< 2h, TA Aucune ≤ 7j à +4°C ≤ 3j

ouvrés

Sang 1 tube EDTA

(bouchon violet) Peu d'intérêt diagnostique < 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C

≤ 3j ouvrés

20



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

Amibes (Acanthamoeba)

brossage de cornée

BTAMIB brossette bleue

spécifique PCR

Port de gant sans talc. Elimination de la fluorescéine et de l'oxybuprocaïne par un lavage de la surface oculaire avec du NaCl 0,9% stérile (inhibition des PCR++).

< 6h, TA > 12h aucun rajout ≤ 15j envoi NA

lentilles ophtalmiques

et/ou boitier de lentilles

BTAMIC lentilles ophtalmique

et/ou boitier de lentilles

culture les traces de liquides d'entretien sont souvent inhibitrices de PCR => recherche par culture. < 2h, TA > 12h aucun rajout ? envoi NA

Aspergillus Voir champignons filamenteux

Bilharziose (S. haematobium)

Urines BPARU


examen direct

Urines de 24h ou totalité de la 1ère miction matinale ou miction après une activité physique. Examen de sensibilité moyenne et œufs détectables après 5 à 10 semaines. <2h, TA

du lundi au vendredi

> 4h aucun rajout J0 5j/7 NON

Voir protocole de recueil des urines

A associer à une sérologie bilharziose (positivation 6 à 10 semaines après la contamination)

Candida (levures)

Hémocultures HEMMYC Flacon Mycosis culture Les levures de type Candida sont également détectées sur les flacons d'hémocultures

"classiques". aucun rajout

cult nég =>15j

24h/24

NON

Biopsies (cutanées,

hépatiques, rénales, …)

Flacon stérile

examen direct + culture

Les levures de type Candida poussant sur les milieux usuels de bactériologie, leur recherche est effectuée en même temps que celle des bactéries.

Pour une recherche spécifique de levures, demander une recherche mycologique en plus.

Pour toute demande de recherche conjointe de candida et de champignons filamenteux

(notamment dans les prélèvements respiratoires, ophtalmologiques et certains liquides et/ou biopsies), prescrire une recherche de champignons filamenteux.


biologiste ≤ 24h à +4°C

cult nég => 3 à 5j

culture 24h/24


de transport < 6h, TA > 18h ≤ 24h à +4°C

Humeur aqueuse Microtube stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du


Liquides de ponction (pleural,

articulaire, péritonéal, LCR,

…)

Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du


Prélèvement respiratoire

Flacon stérile < 2h, TA

> 12h * sauf dérogation du biologiste si

LBA

≤ 24h à +4°C


de transport < 6h, TA > 18h ≤ 24h à +4°C

Phanères (peau, ongle, …)

RLEVU

Flacon stérile

culture

Recherche systématiquement couplée à celle des dermatophytes < 6h, TA > 18h ≤ 24h à +4°C

Péri-onyxis Ecouvillon sur milieu

de transport Suivre impérativement le protocole de prélèvement particulier. < 6h, TA > 18h ≤ 24h à +4°C

Conjonctive

RLEVU


culture Dans le cadre néo-natal: évaluation du niveau de colonisation

< 6h, TA > 18h ≤ 24h à +4°C

Urines

1 tube à bouchon vert ou 1 flacon stérile (bouchon

rouge)

<4h, TA

> 12h si tube boraté

/ > 4h si flacon stérile


+4°C




21



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

Champignons filamenteux (Aspergillus,

Fusarium, Scedosporium

, …)

Conduit auditif externe

RLEVU


culture

Recherche couplée à celle de Candida spp. < 6h, TA > 18h < 24h, +4°C

cult nég => 15j

culture 24h/24

NON


de transport

Rinçage préalable de la cornée, grattage profond en périphérie de l'ulcère

< 6h, TA > 18h < 24h, +4°C

Humeur aqueuse Microtube stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du

biologiste < 24h, +4°C

Prélèvements respiratoires:

fibroaspiration, LBA, liquide pleural, …

Flacon stérile

En cas d'aspergillose pulmonaire invasive, la culture n'est positive que dans 60% environ des diagnostics prouvés en histologie.

Prescrire en plus une sérologie aspergillaire.

< 2h, TA


LBA

< 24h, +4°C Privilégier les prélèvements profonds, potentiellement moins contaminés par des spores de

l'environnement.

Préciser les contextes particuliers (mucoviscidose, tétraplégie, …) pour lesquels des recherches particulières sont effectuées.

cult nég => 30j

Sinus Ecouvillon sur milieu

de transport Recherche couplée à celle de Candida spp. < 6h, TA > 18h < 24h, +4°C

cult nég => 15j

Cryptocoque

LBA

AGCRY

Flacon stérile culture Atteinte pulmonaire systématique car porte d'entrée => guérison ou dissémination avec

localisation neuro-méningée préférentielle. < 4h, TA


LBA

≤ 72h à +4°C

Ag = J0 ou J+1 // cult nég => 15j

7J/7 NON LCR 200 µl de LCR Ag soluble +

culture A rechercher en cas d'atteinte neurologique chez l'immunodéprimé (principalement VIH+) Immédiat, TA


non respectées

≤ 72h à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

Sang Tube sec Ag soluble En cas de positivité, un titrage est systématiquement réalisé.

Le suivi d'un patient positif doit impérativement être effectué par la même technique.

< 6h, TA > 18h ≤ 72h à +4°C

Cryptosporidies Selles / Biopsie

colique BTPARI

Selles ou biopsies sur flacon stérile

Examen microscopique / PCR si biopsie

Responsables de diarrhées aqueuses+++ chez les patients VIH+.

< 2h, TA > 4h ≤ 72h à +4°C

selles ≤ 3j /

biopsies ≤ 8j

envoi

NA

Microsporidies Selles / Biopsie

colique A rechercher en cas de séjour récent en zone tropicale. NA

Dermatophytes

Cheveu / poil

RLEVU Flacon stérile +/-


culture

Prélever avant tout traitement antifongique.

< 24h, TA > 48h

aucun rajout

cult nég => 30j

7j/7 NON Ongle Suivre impérativement le protocole de prélèvement particulier. aucun rajout

Peau Recherche couplée à celle de Candida spp. et autres moisissures aucun rajout

Parasitologie des selles

Selles BTPARS Selles sur flacon

stérile examen

microscopique

A distance de l'ingestion de médicaments opaques (charbon, …), de l'utilisation de substances laxatives ou de suppositoires. Il est recommandé d'effectuer un régime pauvre en fibres végétales

dans les jours précédents l'examen.

< 2h, TA > 4h 24h, +4°C ≤ 3j envoi NA La répétition de l'examen (3 recherches sur une période de 10j) permet d'augmenter la sensibilité de la détection (excrétion des œufs et/ou kystes intermittente).

En cas de suspicion d'anguillule => sérologie anguillule

Pneumocystis jirovecii

Fibroaspiration

IFPNC Flacon stérile Immuno-

fluorescence

Uniquement chez les immunodéprimés (VIH, traitements cytostatiques ou

immunomodulateurs) < 2h, TA > 18h ≤ 72h à +4°C

J0 ou J+1

7j/7 NON

LBA Prélèvement de choix < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du



22



Inlog)

Code Mnémo


Examens de routine



Conditions de refus


Délai de rendu

Réalisation

Libération par

dérogation du

biologiste

Toxoplasmose

LCR BTTOXP 200 µl de LCR PCR Uniquement en cas d'immunodépression et de sérologie positive (contexte d'abcès cérébraux) Immédiat, TA


non respectées

≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -

80°C

≤ 5j ouvrés

Envoi NA

Liquide amniotique

BTOXL 30 ml de liquide en

flacon stérile

PCR + inoculation à la

souris

Après 18 SA et au moins 4 semaines après l'infection maternelle.

Joindre impérativement du sérum maternel (1 tube sec) Immédiat, TA

Aucune aucun rajout

PCR ≤ 10j

ouvrés / inocula-tion < 2

mois Consentement maternel obligatoire

du lundi au jeudi avant 12h

Humeur aqueuse

BTTOXP

microtube stérile

PCR (50 µl) La recherche par PCR est privilégiée en cas d'immunodépression, de chorio-rétinite récente

ou étendue et de délai court entre les symptômes et la ponction


biologiste

≤ 7j à +4°C ≤ 15j

BTDIV recherche d'anticorps

(20 µl)

La recherche d’anticorps est à privilégier en cas de délai long entre l'apparition des symptômes et la ponction chez un patient immunocompétent.

Joindre impérativement du sérum (1 tube sec).

≤ 7j à +4°C ≤ 15j

Placenta

BTTOX

Pot stérile PCR +

inoculation à la souris

Voir protocole dans le service d’obstétrique.

< 2h, TA Aucune aucun rajout

PCR / charge immuni-taire ≤

10j ouvrés / inocula-tion < 2

mois

Joindre du sérum (1 tube sec) de la maman prélevé à l'accouchement.

Sang de cordon Tube sec PCR En cas de suspicion de toxoplasmose congénitale, recherche par PCR et charge immunitaire

comparée à celle de la mère.

http://www.ch-pau.fr/Labo/Niveau1/Niveau2/Liens-guide-microbio/Consentement-toxo-liquide-amniotique.pdf

Documents

Laboratoire de biologie FICHE TECHNIQUE MAN-LAB … · 1 Laboratoire de biologie médicale Pau – Oloron - Orthez FICHE TECHNIQUE Guide pratique des prélèvements de microbiologie