Laurent Andréoletti (PU-PH)

Laboratoire de Virologie Médicale et Moléculaire, EA/IFR53

CHU et Faculté de Médecine de Reims

Anciens et Nouveaux

Virus Respiratoires

Virus et Infections Respiratoires

• Infections respiratoires hautes

• Infections respiratoires basses

Rhinite

Laryngite

Pharyngite

Bronchites

Pneumonies

Otite

Enfants <2ans/ 0-5 ansAdultes immunocompétents Adultes immunodéprimésPersonnes âgées > 65ans

Communautaires et /ouNosocomiales

Bronchiolites

Incidence annuelle de la pneumonie communautaire aiguë Enfants > adultes de moins 75 ans ++ Enfants de moins de 5ans: 34 to 40 cases per 1000 (Europe et

USA)

Pays en voie de développement =Europe = USA

Infections Respiratoires Communautaires

Etiologie des pneumopathies communautaires aiguës de l’enfant Virale dans 25 à 60 % des cas

McIntosh K, NEJM, 2002

McIntosh K, NEJM, 2002

Virus et Infections Respiratoires Basses de l’Enfant

Bronchiolite

460 000 cas /an (30 % de la population des moins de 2 ans)

Hospitalisations: augmentation de 9 % par an

Bronchiolites récidivantes= d’hyperréactivité bronchique développement de l’asthme infantile

Exacerbation de l’asthme infantile

100 000 consultations /an aux urgences en France (2006)

McIntosh K, NEJM, 2002

Virus et Infections Respiratoires Basses

de l’Enfant En 2002

BOCAVIRUS Parvoviridae ADNPOLYOMAVIRUS KI & HU Polyomaviridae ADN

Anciens et Nouveaux Virus Respiratoires en 2008

Virus et Pathologies Respiratoires

• Infections respiratoires hautesInfections respiratoires hautes

• Infections respiratoires basses Infections respiratoires basses

RVH, Coronavirus , hMPV para influenza: Rhinite

ParaInfluenza Laryngite

Adenovirus Parainfluenza Pharyngite

Bronchites

Pneumonies

VRS, Adenovirus Otite

BronchiolitesVRS, Influenza ParaInfluenzaCoronavirus NL63,HKU

hMPVBocavirusPolyomavirus KI, HU

Anciens virus nouvellement identifiés

Physiopathologie des Infections virales Respiratoires

VRS: la réponse inflammatoire participe au pouvoir pathogène

Days after infection

Oppenshaw, 2007 ESCV, Lyon

Epidemiologie des infections respiratoires virales

HRVs

RSV

HMPV

EVs

EVs

HMPV

HRVs

RSV

Infections virales au cours du temps chez des enfants souffrant de Bronchiolite

Jacques et al. JCV 2006 Jaarti et al. EID 2004

Possibilités de co-infections respiratoires

Pourquoi documenter les infections virales

respiratoires ??

Permet d’établir un diagnostic étiologique

Meilleure prise en charge des patients

Prévention des infections nosocomiales

Diminution de la prescription inadaptée d’Antibiotiques

Utilisation rationnelle d’antiviraux

Suivi épidémiologique et virologique

Infection virale respiratoire : Le prélèvement nasopharyngé

Prélèvement de référence en pédiatrie chez les 0 à 4 ans(CDC , WHO , 2007)

A

B

Infection virale respiratoire : Le prélèvement nasal

Prélèvement nasopharyngé à stocker à 4°c

Prélèvement de référence pour les virus Influenza chez l’adulte (Invs 2008)

Virocult

Pasteur CNR grippeGROG

Diagnostic virologique

• Recherche des anticorps = Sérologie = Diagnostic indirect

• Recherche du virus ou de ses constituants = Diagnostic direct

Diagnostic virologique directDiagnostic virologique direct

Culture cellulaire classique: MRC-5MA-104 MDCK

Detection des Antigènes viraux par IF ou techniques EIA

Séroneutraisation sur culture par Ac

Detection moléculaire et identification par séquençage moléculaire:PCR Temps réelPCR Temps réel, TA cloning, séquençage des gènes codant pour les protéines de surface ou de capside

G CG G T G A CT C A T C G A C C T G A T C T A C A C T GGG G T A G T G C T G AG

10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730

2158 2557

1200

0

MA-104 MA-104

Influenza B

Influenza A

VRS

Para influenza I, II, III

Adénovirus

uv

Microscope

Anticorps monoclonal

Détection des antigènes viraux par Immunofluorescence

Cellule épithéliale respiratoire

Rendu des résultats en 4 heures

Identification

Rendu des résultats en 3 à 6 jours

Cellules permissives En culture

Anticorps monoclonaux

Cellule épithéliale respiratoire infectée

virus libres

Détection des virus respiratoires par culture cellulaire

Diagnostic virologique moléculaireDiagnostic virologique moléculaire

Detection moléculaire et identification par séquençage moléculaire:

PCR Temps réelPCR Temps réel TA cloning, séquençage

Développement des test de RT-PCR Temps réel multiplex (9 à 12 virus respiratoires)

Augmentation significative des taux de détection des virus respiratoires

+ 40 à +65 % de positivité

Barrettes de 8 puces à ADN

Exemple d’interprétation d’une puce à ADN Genomica. Positif RSV A et Bocavirus

Carré servant à aligner la Grille

de lecture

Carré servant à aligner la Grille

de lecture

Carré servant à aligner la Grille

de lecture

Témoin de révélation

Témoin de révélation

CI

CI

CI

RSV ARSV A

RSV A

BOC 1BOC 1

BOC 1

BOC 2 BOC 2

BOC 2

Diagnostic virologique classique des souches virales

Virus Influenza B

Virus Influenza A

< 3 jours après le début des signes cliniquesEcouvillons- Nez-pharynx-Aspiration Rhinopharyngée

Examen immédiatImmunofluorescence (IF), EIA

Détection des antigènes NP A&B30Min. à 2 heures

RT-PCR2 jours

Culture virale, Labo L2MDCK+Trypsine

2 à 4 jours

IF

IF

Test rapide EIA

CONCLUSIONS

Virus respiratoires : Rôle dans la bronchioliteExacerbation de l’asthme infantileInfections graves chez les greffés de poumonsInfections communautaires en réanimationInfections nosocomiales

Virus nouvellement découverts: BOCAVIRUS, SAFFOLD, hMPVrôle agent étiologique ou de cofacteur à démonter !!

Virus respiratoires : diagnostic classique; culture cellulaire, EIA, IF

Virus respiratoires : Diagnostic MoléculaireRT-PCR multiplex,

Avenir puces ADN: combinaison: bactéries+virus

Virus émergents : Recombinaison virus animal et humain: coronavirus, influenzaRisque pandémique!!