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18 ans CISMeF, 5 février 2013

« The MeSH is not enough… »

Muscle supinateur => FMA (Foundational Model of Anatomy)

Dopamine receptor activity => GO (Gene Ontology)

Ataxie épisodique type 3 => Orphanet

Associations d'alcaloïdes du rauwolfia => ATC

• 1ère approche : terminologie CISMeF (métatermes, types de ressources, stratégies de recherche)

• 2005 : nouveaux besoins (maladies rares, dispositifs médicaux, anatomie, médicaments, …)=> Univers multi-terminologique

18 ans CISMeF, 5 février 2013

Comment ?

• Projet InterSTIS avec : ⇒LERTIM (M. Joubert)⇒VIDAL⇒MONDECA⇒MEMODATA (D. Dutoit)⇒LIMSI⇒LIMSI⇒DSPIM⇒LabSTIC⇒HON

• Nouveaux outils (terminologiques et ontologiques)• Nouvelles méthodes : méta-modélisation, alignements, etc.

18 ans CISMeF, 5 février 2013

Méthodes

- Méta-modélisation

- Pour chaque terminologie ou ontologie (T/O) : étude du modèle original et création d’un parseur dédié

Database (implémentation du méta-modèle)

18 ans CISMeF, 5 février 2013

Quelques chiffres

Terminologies Concepts Synonymes Définitions Relations & hiérarchies

25 ≈ 580 000 ≈ 840 000 ≈ 200 000 ≈ 1 200 000

Mai 2010

Février 2011

18 ans CISMeF, 5 février 2013

Terminologies Concepts Synonymes Définitions Relations & hiérarchies

32 ≈ 980 000 ≈ 2 300 000 ≈ 210 000 ≈ 4 000 000

Terminologies Concepts Synonymes Définitions Relations & hiérarchies

45 ≈ 1 620 000 ≈ 3 700 000 ≈ 220 000 ≈ 5 400 000

Janvier 2013

Applications (1)

• Indexation (codage / annotation)

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Applications (2)

• Enseignement

18 ans CISMeF, 5 février 2013

Applications (3)

• Accès aux ressources

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Applications (4)

• Audit de terminologies

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De PTS à EHTOP

• Multi-linguisme (UMLS)⇒Nouveau modèle de base de données

⇒ Multi-terminologique, multi-discipline, multi-lingue

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EHTOP

18 ans CISMeF, 5 février 2013

Et ensuite ?

• Aujourd’hui, PTS compte plus de 1100 utilisateurs enregistrés• Environ 500 utilisateurs/jour (4500 visiteurs différents/mois)• Principalement en France mais aussi en Belgique, Canada, Tunisie, Algérie, USA, Maroc, Suisse, …

• Mise en production de EHTOP au printemps

18 ans CISMeF, 5 février 2013

• Mise en production de EHTOP au printemps• Nouveaux outils : QueryBuilder, parcours du réseau sémantique, …• Nouvelles versions multilingues (interface et métadonnées dans d’autres langues)

• Collaborations avec des organismes internationaux (Bioportal, …)• Utilisations/améliorations via des projets de recherche

SIFR : Indexation sémantique de ressources

biomédicales francophones

Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM)

Université Montpellier 2 & CNRS

Catalogue et Index des Sites Médicaux de langue Française (CISMeF)langue Française (CISMeF)

CHU de Rouen

Stanford Center for Biomedical Informatics Research (BMIR)

Stanford University

Projet 4 ans

18 ans CISMeF, 5 février 2013

Des portails de T/O existants mais pas interopérables

Financé par Financé par

18 ans CISMeF, 5 février 2013

Exploiter la sémantique des ontologies biomédicales dans les applications orientées

Les professionnels de santé utiliseront l’outil d’annotation pour traiter sémantiquement leurs données:données:

� Fouille� Recherche

d’information� Décisionnel� Intégration

18 ans CISMeF, 5 février 2013

Une valorisation de chaque acteur pour aller vers le haut

NCBO & BioPortal featuresand services for the

French organization withontologies/terminologiesFrench biomedical data provider

Ontology translationSemantic Indexing of French dataCustom use cases

HMTP features and services for the community- French portal- HMTP editing- multilingual search- search of French data resources

and services for the community- versioning- URIs- views & slices- annotation workflow- search of English data resources- REST services- SPARQL endpoint- visualization- widgets- community

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