LES CHASSEURS DE VIRUS

Date : Du 27 au 28septembre 2019

Pays : FRPériodicité : HebdomadaireOJD : 388700

Page de l'article : p.66-74Journaliste : Lola ParraCraviotto

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LES CHASSEURSDE VIRUS




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Partout dans le monde, des chercheurs tentent de prévenir les prochainesépidémies, étudiant des pathogènes et des mutations jusqu’alors

inconnus auprès des animaux qui les portent. Depuis les forêts de Guinéejusqu’aux laboratoires futuristes de Californie, nous sommes partis

à la rencontre de ceux qui luttent contre un nouvel Ebola.

De nos envoyés spéciaux Lola Parra Craviotto (texte) et Olivier Laban-Mattei/MYOP (photos)




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IW

Dans la region de Kindia, en

Guinée, les nombreuses grottespermettent d’étudier les

chauves-souris infectieuses.

"Si «aw

nâ£

Philippe Kolié. vétérinaire,examine une chauve-

souris à l'aide de gants

pour éviter toute morsure.

V




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Chaque pandémie coûte plus de 35 milliards d’euros à l’économie

mondiale, en personnel médical, centres de traitement, quarantaine...Sur l’écran, une imageen noir et blanc pré

sente de longues

bandes verticales

quelque peu diffuses.Elles illustrent des

fragments d’ADN

issus d’un échan

tillon de salive pré

levé sur un rat au Ghana. Brett

Smith, technicien du laboratoireOne Health Institute de l’université

de Californie à Davis (UC Davis), se

penche sur le cliché. « Ça pourrait

être positif », suggère-t-il, tout enmesurant à la règle la longueur de

chaque bande. Il cherche des taillesspécifiques pour déterminer si ce

prélèvement contient un virus.

Sur le plan de travail, une dizained’autres échantillons attendent leur

tour. Avant de se faire photogra

phier sous des rayons ultraviolets, ilsreposent dans de petites cuves

d'électrophorèse aux couleurs fluo

rescentes. Sous l’effet d’un champ

électrique, les molécules d’ADN

bougent à travers un gel en fonction

de leur taille, pour que l’on puisseensuite les mesurer sur l’échelle de

marqueur de poids moléculaire.« Lorsqu’un échantillon correspond à

l’une des tailles que l’on recherche, onséquence V ADN pour identifier le

virus qui pourrait être présent. »

FAIRE L’INVENTAIRE DES VIRUS

Brett Smith est un chasseur de virus.

Muni d’une blouse blanche, de

gants et de lunettes de protection, illes traque à partir de milliers

d’échantillons débusqués aux qua

tre coins du monde dans le cadre du

projet Predict. L’objectif est simple :anticiper la prochaine pandémie

mondiale, en découvrant de nouveaux virus avant qu’ils ne s’atta

quent à l’homme. Initié en 2009,Predict fait partie du programme

des menaces pandémiques émer

gentes de l’Agence des Etats-Unis

pour le développement internatio-

nal (USaid), qui l’a doté de

178,5 millions d’euros sur dix ans.

« A chaque nouvelle pandémie, onrentre dans un cycle de panique et de

course contre la montre qui coûte

habituellement plus de 35 milliards

d’euros à l’économie mondiale. En

personnel médical, centres de traite

ment, quarantaine, communica

tion... Sans oublier l’impact sur le

trading ! », explique Jonna Mazet,directrice de Predict et professeure

en épidémiologie. « Pour devancer

les épidémies, on doit savoir combien

de virus circulent, lesquels sont capa

bles d’infecter l’être humain, ainsique les circonstances qui facilitent

cette transmission. On examine alorsles familles virales qui peuvent abri

ter des pathogènes hautement mena

çants pour l’homme, et que nousn'avons jusque-là jamais rencon

trés. »

A ce jour, ils ont détecté plus d'un

millier de virus, dont Bombali, uneespèce d’Ebola découverte en 2018

chez des chauves-souris en Sierra

Leone. Si les analyses ont démontréqu’elle a la capacité d’infecter les




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En comprenant comment et pourquoi

les virus évoluent, on permettra de créerde nouveaux vaccins et traitements

cellules humaines, on ignore, pour

l'instant, s'il s’agit d'un pathogène

chez l’homme.

Depuis une décennie, les chercheursde Predict sont partis à la chasse de

ces agents infectieux dans une tren

taine de pays d'Amérique latine,

d’Afrique et d’Asie. Là où la biodiversité animale et la densité de

population humaine sont impor

tantes, favorisant la propagation de

virus de l’animal vers l’homme.C’est dans ces zones sensibles que

les chercheurs prélèvent des échan

tillons tant sur la population que sur

les espèces sauvages. « Vu que la plupart des épidémies récentes ont été

provoquées par des zoonoses, desmaladies transmissibles entre l’ani

mal et l'homme, on doit surveiller

davantage ce type d’infection »,

assure Tarik Jasarevic, porte-parolede l’Organisation mondiale de la

santé. Depuis 2017, l'OMS place cequ’elle a nommé maladie X sur la

liste des affections représentant une

menace prioritaire. « La maladie Xsymbolise la prise de conscience d’un

pathogène encore inconnu, ou dont

les caractéristiques auraient changé,et qui pourrait provoquer une très

grave épidémie. »Pas étonnant alors que les cher

cheurs traquent également de nou

velles souches et d’autres maladies

émergentes. Comprendre commentet pourquoi les virus évoluent pour

rait conduire à la mise au point de

vaccins et de traitements. Bien que

Predict touche à sa fin en 2019,d’autres chasseurs de virus poursui

vent leurs traques au sein de projets

comme Ebo-Sursy, qui prend place

dans 10 pays d'Afrique, dont la Gui

née.

Dans la région de Kindia, à l’est

du pays, notre véhicule tout-terrains’enfonce sur une route poussiéreuse

entre d’imposants manguiers et

bananiers avant de parvenir à Koba-

Pastoria, une localité faite de rues enterre battue et de maisons en toit de

chaume. Nous accompagnons leséquipes d'Ebo-Sursy lors d’unejournée de prélèvements sur des

chauves-souris, dans un pays hanté

par les souvenirs de l’Ebola. « On raconte habituellement aux villageois

qu’on vient tout simplement étudier

les chauves-souris. Le mot virus n’estpas évoqué et encore moins celui

d’Ebola ! », s’exclame le vétérinaire

Philippe Kolié, tout en enfilant unediscrète combinaison de travail grise

et bleue, en vue de passer inaperçu.

« L’année dernière, on prélevait à Kis-

sidougou, au sud du pays, lorsqu’ungroupe de paysans est venu à notre

rencontre. On a été accusés d’injecter

de LEbola aux animaux. Peu importait à leurs yeux si le préfet et même

l’imam avaient validé notre mission :

on a dû prendre la fuite sous une pluie

de cailloux ! »

DÉBUSQUER LES ESPÈCES

RÉSERVOIRS

Lancé en 2017, ce programme quinquennal financé à hauteur de 8 mil

lions d’euros par l’Union euro-péenne est coordonné par

l’Organisation mondiale de la santé

animale (OIE), en partenariat entre

l’Institut Pasteur, le Centre de coopération internationale en recher

che agronomique pour le dévelop

pement (Cirad) et l’Institut de

recherche pour le développement

(IRD). Son objectif initial étaitd’améliorer la détection précoce de

cinq zoonoses majeures, dont

Ebola, Marburg et Lassa. « Cepen

dant, le projet a été élargi pour ne

passer à côté d’aucune piste »,

précise Alpha Keita, chercheur enmicrobiologie à l’IRD et —




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Le sang prélevé sur cette

chauve-souris peut abriter

des virus ou des

mutations inconnus.




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On multiplie l'ADN

pour mieux détecter

la séquence virale




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Une bonne partie de la population refuse de croire qu’Ebola

viendrait des chauves-souris, foyers de nombreux virus

responsable des laboratoires du

Centre de recherche et de formation

en infectiologie de Guinée (Cerfig).

« Lorsqu’on réalise des prélèvements,on regarde tout pathogène inconnu ou

toute nouvelle souche que chaque

échantillon abrite potentiellement. »

La nuit tombée, l’équipe approcheles grottes de Fônmèdè après avoir

traversé une végétation luxuriante.

Munis d’un GPS, de lampes fronta

les et de bottes en caoutchouc, lesmembres de l’équipe posent un

piège harpe dans la première des

grottes : lorsque les chauves-souris

prendront leur envol, elles se heurteront aux mailles en nylon de ce

grand filet de capture, tendu entre

deux perches. Elles glisserontensuite dans un bac situé en dessous

du cadre, pourvu de poches empê

chant leur fuite.Ces mammifères sont soupçonnés

d’être le réservoir de l’Ebola, et deservir d’habitat au pathogène sans

en être infecté. « Les chauves-sourisont appris ci cohabiter avec nombre

de virus. Beaucoup plus que d'autres

réservoirs comme les primates, les

oiseaux ou même les humains »,

explique Alpha Keita.

DES LABORATOIRES MOBILES

Un virus qui tue son hôte n’est pas

un virus qui a réussi, puisque,

comme tout parasite, il a besoin de

celui-ci pour se multiplier. Mais cer

tains deviennent rusés, comme

l'herpès, qui a appris à se dissimuler

dans le système nerveux de l’hôte, làoù les défenses immunitaires sont le

moins susceptibles de l'attaquer.

« Pour lutter contre un virus, il fautconnaître les mécanismes qui se met

tent en place lorsqu’il infecte son

hôte, affirme Noël Tordo, virologueet directeur de l’Institut Pasteur de

Guinée. Ils ne peuvent être que des

parasites, puisqu’ils ne disposent paseux-mêmes d’une autonomie suffi

sante pour survivre. Ils s’avèrent parexemple incapables de fabriquer

leurs propres protéines et doivent

alors se servir du ribosome de l’hôte

pour y parvenir. »

Ce soir-là, une douzaine de petiteschauves-souris insectivores tom

bent dans le piège harpe. Les mainsprotégées par d’épais gants de

contention, Philippe récupère fer

mement chacun des mammifères.

Les uns après les autres, ils sontmesurés et pesés dans le laboratoire

portable installé sur une table.

Souana Goumou, biologiste et

assistant technique du projet, pré

lève ensuite, à l’aide d’un coton-tige,un échantillon de salive chez la pre

mière chauve-souris, arrache quelques poils de son pelage ambré et

pique soigneusement avec un poin

çon l’une des ailes. L’animal se

rebelle et montre ses dents, tandis

que son cœur bat à grande vitesse.

DES NOURRITURES INFECTÉES

Lorsque les premières gouttes de

sang coulent, Souana les récupère

sur un papier buvard. Avant de relâ

cher l’animal. Alpha vérifie à sontour l'espèce à laquelle il appartient

dans un livre sur les chauves-souris

d’Afrique, alors que des enfants

l’entourent. « Miam... Celle-là, elleest bonne ! » confie l’un des petits en

parcourant les différentes espèces

avec Alpha. « On la mange grillée

avec du piment et du sel. » Abasour

dis, nous leur demandons s'ils n’ontpas peur de se faire mordre par l’un

de ces chiroptères, vecteurs de tant

de maladies. Les enfants sourient etrécupèrent des cailloux par terre

qu’ils lancent en direction de celles

qui survolent nos têtes. « Ils tententde percer leurs ailes avec des pierres

pour les empêcher de voler. Une fois

par terre, ils achèvent l’animal. Par

fois, ils se font mordre. Nous devronsdiscuter avec les chefs du village pour

apprendre à la communauté à vivre en

paix avec les espèces réservoirs »,

explique Alpha Keita. « L’Ebola aété surtout ravageur en Guinée fores

tière, au sud du pays, où une grandepartie de la population se nourrit de

viande de brousse. » Bien qu’interdite peu après le début de l’épidémie

d’Ebola, elle est encore consomméeclandestinement par certains Gui

néens. Ils risquent alors d’attraper

toutes sortes de maladies, en entranten contact avec les fluides d’une

espèce réservoir au moment de la

chasse ou du découpage.

Dans un quartier excentré de Kindia,

Agnès, une jeune femme enceinte de

son troisième enfant, nourrit safamille grâce à des plats à base de

viande de brousse. A l’intérieurd’une marmite dégageant une forte

odeur, on remarque le bassin et les

côtes d’un primate cuisiné. Vu qu'unkilo de bœuf coûte ici 42 000 francs

guinéens, Agnès achète des petits

babouins, moins coûteux au poids,pour en faire 25 plats de 5 000 francs

chacun. Des petits prix si attirantsque ses clients parcourent plusieurs

kilomètres pour déguster ses prépa

rations. Son regard est méfiant

envers nous. Elle et certains de sescompatriotes sont loin de changer le

mode d’alimentation qu’ils défen

dent âprement.Bon nombre de Guinéens refusent

encore de croire que l’origine de l'épi

démie d'Ebola est due aux animaux.Les théories complotistes s’avèrent

d’ailleurs nombreuses. « Nous avonstoujours vécu avec les chauves-souris

sans que rien ne se passe. Ça n’a pas desens qu’elles soient des vecteurs de

maladies mortelles», nous raconte un

homme âgé, drapé d'un boubou etassis paisiblement sur une chaise à

même la rue. « Cette maladie a été

importée par les étrangers. Les réfugiés issus de la guerre civile en Sierra

Leone et en Libye l’ont amenée. En

Guinée, il n’y a jamais eu d’Ebolaavant leur arrivée ! »

VERS DAVANTAGE D’ÉPIDÉMIES

Il ignore qu’avec la mobilité des

hommes, le raccordement des populations et le développement des

moyens de transport, les virus voyagent plus facilement au-delà des




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A l'avenir, il y aura davantage d’épidémies.

1,6 million d’espèces virales seraient à ce jour inconnues

frontières. L'introduction del’Ebola au sein de zones fortement

peuplées a joué un rôle primordial

dans sa vitesse de propagation

durant la crise en Afrique de

l’Ouest. La vie de plus de 11 000 personnes a été emportée entre 2013

et 2016.

Depuis le milieu du XXe siècle, lerythme d’apparition de nouvelles

pathologies mortelles a augmenté

en raison d’une démographie galo

pante et de la disposition de nou

veaux outils technologiques pour

diagnostiquer les virus. « A l’avenir,

il y aura davantage d’épidémies »,

prédit Christine K. Johnson, profes-seure en épidémiologie et santé des

écosystèmes à l’UC Davis et direc

trice de la surveillance humaine et

animale pour Predict. « D’une part,parce qu’on empiète de plus en plus

sur la forêt, et d’autre part, à cause duchangement climatique : les espèces

migrent, apportant avec elles un bon

nombre de virus, inconnus ou non.C’est déjà le cas des moustiques

portant la dengue ou te zika. » La cartographie actuelle des virus est donc

devenue obsolète.Les chercheurs de Predict ont

d’ailleurs détecté du Marburg sur des

chauves-souris en Sierra Leone, unfîlovirus létal que l’on ne croyait pas

présent en Afrique de l’Ouest. Quant

aux équipes d’Ebo-Sursy, elles ontégalement trouvé des traces d’anti

corps d’Ebola sur des chauves-souris

au Cameroun, un pays épargné par

la récente épidémie. C’est la raisonpour laquelle ils privilégient les fron

tières pour prélever des échantillons

et suivent la migration de ces chirop

tères en les baguant.

LA GUERRE EST DÉCLARÉE

Dans la mesure où Predict a estimé

à plus de 1,6 million le nombre d’es-pèces virales inconnues dont

700 000 auraient le potentiel d’in

fecter l’homme, un nouveau projetvisant à compléter ces travaux

devrait bientôt démarrer sur le ter

rain : le Global Virome Project.

Cette initiative mondiale, menée parun groupe de scientifiques et de

décideurs politiques, est également

dirigée par Jonna Mazet, persuadéeque dans dix ans on saura presque

identifier la totalité de ces pathogè

nes inconnus. Sans oublier qu’ils

peuvent muter à terme. « Les virusne se multiplient pas strictement à

l’identique, mais en créant parfoisune multitude de descendants diffé

rant par mutation du modèle origi

nal, précise le virologue Noël Tordo.Ces mutants sont le plus souvent des

tinés à s’éteindre, mais si une diffi

culté se présente - par exemple un

anticorps généré par le système

immunitaire de l’hôte infecté - et que

le virus original ne passe pas, il y aplus de chances que le mutant y par

vienne, puisqu’il s’avère encore

inconnu du système immunitaire. »Dans cette guerre sanitaire perpé

tuelle, homme et virus ont doncadopté une stratégie similaire : antici

per les attaques de l’ennemi pour assu

rer sa survie. Lola Pana Craviotto

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