L’étude du microbiote passe aussi par les poussins axéniques

Le microbiote, intestinal mais pas uniquement, est en passe de

devenir l’un des principaux sujets de recherche des

prochaines décennies. Les animaux axéniques* et

gnotoxéniques** (ou à flore contrôlée) sont

des outils de choix pour toutes ces études sur le ou plus exactement les rôles de ce microbiote.

► Le microbiote : c’est cet ensemble de micro-organismes non pathogènes (bactéries, virus, champignons, levures), vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal ou végétal), qui forment un écosystème complexe et qui lui sont profitables.Alors pourquoi leur étude nécessiterait le confinement ?Pour que les animaux axéniques* ou gnotoxéniques** gardent leur statut

sanitaire si particulier, ils doivent être élevés à l’abri de toute source de contamination extérieure par des agents pathogènes, mais aussi par les micro-

organismes présents dans l’environnement. C’est pourquoi, nous élevons ces animaux en conditions stériles, sous isolateur, selon des procédures très strictes,

depuis la production de l’œuf (cf. encadré page 3). (suite page 3)

* Animaux axéniques = animaux indemnes de micro-organismes saprophytes ou pathogènes détectables.** Animaux gnotoxéniques = animaux axéniques inoculés par une flore microbienne définie et stable dans le temps.

SOMMAIRE

DOSSIERS pages 1/3 - 2» L’étude du microbiote passe aussi par les poussins axéniques» Notre plateau d’imagerie en confinement de niveau 3 s’agrandit

BREVES pages 2-3» Guides d’accompagnement à la réglementation européenne» ICSA : et après ?» NADIR : et après ?» Éthique : jamais 3 sans 4 ?

ARTICLES page 4» APAFiS : sortie de la version 2 » Diffusion des résumés non techniques sur Internet

Lettre d’informationPlate-Forme d’Infectiologie Expérimentale

n°4 – Janvier 2017

50 ans d’expertise en infectiologie expérimentale au service de la recherche internationale

La PFIE est certifiée ISO 9001

LIE - n°4 - Janvier 2017 - Page 1

Photo : les villosités de la paroi de l’intestin grêle, site privilégié d’interactionavec le microbiote (grossies 114 fois).

L’Inra et le microbioteLe microbiote intestinal est un écosystème, interface entre les aliments et le corps humain.Cet organe à part entière révolutionne science et médecine.Avec de nombreuses publications à son actif, l’Inra est depuis 10 ansle numéro 1 mondial de la recherche en métagénomique intestinale humaine.#Food

Créé en 2013, avec un imageur IVIS® Spectrum, ce plateau s’enrichit de deux nouveaux appareils. Il permet désormais d’imager, dans un environnement de sécurité biologique de niveau 3, des animaux vivants et anesthésiés, de différentes espèces et tailles.

► Pour compléter son plateau d’ima-gerie (cf. Lettre d’information n°3 - jan-vier 2015, page 2), la PFIE s’est équipée, fin 2015, de deux appareils d’imagerie en fluorescence :

- un Cellvizio Dual Band®, de la société Mauna Kea Technologies :- un Fluobeam®, de la société Fluoptics.

Tous deux peu invasifs, ils sont complémentaires... Pourquoi ?► Le Fluobeam® est un système d’imagerie in vivo de surface (caméra), par fluorescence, pour le petit et le gros animal.Le Fluobeam® fournit, en temps réel, des images et des vidéos des signaux fluorescents chez les animaux, de petite ou plus grande taille, durant la chirurgie ou la dissection...http://www.fluoptics.com/fr/fluoptics_Fluorescence_Imaging_System.php► Le Cellvizio DB® est un système d’imagerie in vivo, par fibre (endo-microscopie confocale), qui permet d’accéder aux tissus en profondeur et d’atteindre une résolution cellulaire, depuis la surface jusqu’au plus profond du tissu, pour le petit et le gros animal. http://www.maunakeatech.com/fr/notre-societe/cellvizio-lab► Point n’est besoin de rappeler que l’imagerie est un outil précieux, car éthique, en expérimentation animale  : diminution du nombre d’animaux, possibilité de répéter les analyses dans le temps, comparaison de l’animal avec lui-même (l’animal est son propre té-moin)...Contact : celine.barc@inra.fr

Notre plateau d’imagerie en confinement de niveau 3 s’agrandit

Guides d’accompagnement à la réglementation européenne> Outre la liste des textes réglementaires et des recommandations (directive 2010/63/

EU, Décision d’exécution 2012/707/

UE, Recommandation 2007/526/CE), la Commission Européenne a rédigé et publié cinq guides, dans la collection "Respecter les animaux, pour la science de demain" :- Structures chargées du bien-être des animaux et comités nationaux ;- Cadre d’enseignement et formation ;- Inspections et contrôles ;- Évaluation des projets et appréciation rétrospective ;- Cadre d’évaluation de la gravité des procédures.Disponibles en 23 langues, ce sont des outils précieux pour la mise en œuvre de la réglementation, au sein des établissement utilisateurs, des comités d’éthique...http://ec.europa.eu/environment/chemicals/lab_animals/pubs_guidance_en.htm

Applications du Fluobeam®

- Visualisation de cellules immunitaires marquées, dans le système et les noeuds lymphatiques- Validation de cibles thérapeutiques- Biodistribution de molécules marquées- Visualisation d’agents pathogènes marqués...

Le Fluobeam® : compact, facile à prendre en main, rapide, peu coûteux à l’utilisation.

Applications du Cellvizio Dual Band®

- Suivi de marqueurs inflammatoires et immunitaires- Visualisation de bactéries - Evaluation de la perméabilité vasculaire- Validation de cibles thérapeutiques...

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Le Cellvizio Dual Band® : compact, facile à prendre en main, rapide, peu coûteux à l’utilisation.

L’IVIS® Spectrum, le 1er né du plateau d’imagerie, en phase d’acquisition d’images : imagerie corps entier sur petit animal anesthésié, fluorescence, bioluminescence, quantification des signaux et localisation 3D.

Applications de l’utilisation des poussins axéniques dans

l’étude du rôle du microbiote

Les poussins axéniques* et gnotoxéniques** peuvent être utilisés pour étudier : - les interactions agent pathogène - hôte / microbiote ; - la virulence des bactéries ; - le développement et la stimulation de la réponse immune ; - la protection vis-à-vis des agents pathogènes (effet barrière, compétition nutritionelle…) ; - la digestion, le comportement…

Ces études peuvent conduire à l’identification de pré ou probiotiques, de composants capables de moduler la réponse immune, à l’identification de marqueurs prédictifs de maladies métaboliques, infectieuses, inflammatoires, comportementales…

ICSA et après ?> Le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche a annoncé en 2016 la labellisation de l’Institut Carnot France Futur Élevage, successeur de l’Institut Carnot Santé Animale (ICSA, 2011 - 2015) qui avait bénéficié d’une appréciation "Très satisfaisante" lors de son évaluation fin 2015.http://www.ic-sante-animale.com/fr/component/content/article/17-news-accueil/76-icsa-devient-france-futur-elevage

NADIR : et après ? > Le projet VetBioNet (Veterinary Biocontained facility Network) a été accepté en 2016 pour succéder à NADIR (The Network of Animal Disease Infectiology Research Facilities, 2009 - 2013).Contacts : Frédéric Lantier, Sascha Trapp - UMR ISP - INRAHorizon 2020 : http://www.horizon2020.gouv.fr/

Éthique : jamais 3 sans 4 ? > Après la création, en 1959, des 3 R de W.M.S. Russell et R.L. Burch - "Reduce, Refine, Replace" / réduire, raffiner, remplacer - notre communauté semble s’accorder sur l’ajout d’un 4e R : "Rehome" /replacer ou réhabiliter.> Plusieurs associations y prennent une part active, comme le GRAAL* (http://www.graal-defenseanimale.org/) ou l’association White Rabbit (http://www.white-rabbit.org/rehabilitation/)... Chevaux, chiens et autres lapins peuvent avoir une seconde vie, une retraite, sous certaines conditions évidemment.* Groupement de Réflexion et d’Action pour l’AnimaL - Réhabilitation d’animaux de laboratoire.

L’étude du microbiote passe aussi par les poussins axéniques (suite de la page1)

... De ce fait, nous pouvons les utiliser pour réaliser des études dans différents domaines en lien avec le microbiote (cf. encadré), en plus de l’infectiologie (bactériologie, virologie).Contact : edouard.guitton@inra.fr

Pour en savoir plus- http://www.inserm.fr/thematiques/physiopathologie-metabolisme-nutrition/dossiers-d-information/microbiote-intesti-nal-et-sante- https://lejournal.cnrs.fr/articles/microbiote-des-bacteries-qui-nous-veulent-du-bien- http://presse.inra.fr/Ressources/Commu-niques-de-presse/Une-approche-revolution-naire-pour-l-etude-du-microbiote-intestinal- http://www.inra.fr/Grand-public/Alimen-tation-et-sante/Tous-les-dossiers/Metage-nome-intestinal- http://www.intestin-carrefour-de-mon-des-tin.fr/microbiote.html- http://www.microbiote-intestinal.fr/

De l’œuf au poussin axénique (poule ou caille), élevé en isolateur.

"Microbiote et modèles animaux", le thème du dernier colloque de l’AFSTAL (Association Française des Sciences et Techniques des Animaux de Laboratoire) enen en octobre 2016 : volailles et souris y étaient à l’honneur.

Production de poussins axéniques* à la PFIE

C’est une production délicate, en trois grandes étapes, qui nécessite un vrai savoir-faire. 1- Production d’œufs issus de poules EOPS (Exempts d’Organismes Pathogènes Spécifiques, selon une liste définie par la PFIE), voire de cailles ;2- Procédure de traitement des œufs (selon un protocole mis au point à la PFIE) ;3- Transfert des oeufs en isolateur, éclosion...

Chaque lot est produit à la demande.

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Le microbiote (anciennement "flore") : intestinal, pulmonaire, cutané ou vaginal, il participe à notre bonne ou mauvaise santé. Il est actuellement considéré comme un organe à part entière.

Plate-Forme d’Infectiologie Expérimentalehttp://www6.val-de-loire.inra.fr/pfie

Centre Inra Val de Loire - 37380 Nouzilly - France+33 (0)2 47 42 77 00

APAFiS : sortie de la version 2

L’outil de dématérialisation des demandes d’autorisation de projet a fait l’objet de modifications : formulaire et notice en bénéficient

► Après l’inévitable phase de mise en route d’un nouvel outil informatique, des corrections (coquilles, bugs...) et des améliorations (fichier .pdf avec lequel travaille le CEEA, nouvelles

fonctionnalités...) ont été intégrées dans le formulaire de demande d’autorisation de projet sur APAFiS.► La notice d’utilisation du formulaire, disponible sur APAFiS, a également

été mise à jour. Pensez à vous y référer, pour remplir au mieux le formulaire et ainsi faciliter le travail des membres du comité d’éthique et améliorer le délai de gestion des projets.

Contact : nathalie.kasal-hoc@inra.fr

Directeur de la publication : Pierre SarradinConception, rédaction : Nathalie Kasal Hoc

Crédits photos : © Inra

Diffusion des résumés non techniques sur Internet

Destinés au grand public, les résumés non techniques n’atteignent pas (encore ?) leur objectif initial...

► La réglementation européenne a prévu la publication du paragraphe intitulé "Résumé non technique" (ou RNT) du formulaire de demande d’autorisation de projet (ou DAP), pour chaque projet effectivement autorisé par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. ► Cette publication a pour objectif d’assurer une plus grande transparence des acteurs de la recherche dans le domaine de l’utilisation des animaux à des fins scientifiques, comme le réclame la société civile.► Les résumés non techniques ont commencé à être diffusés, via une mise en ligne sur le site du MENESR* : 4 100 à ce jour, sur la période 2013 - 2016. Ils sont publiés au format .pdf, par lot de 100, par ordre (plus ou moins) chronologique.► Nous ne pouvons qu’inciter fortement les responsables de projets, rédacteurs, à relire la notice d’utilisation du formulaire (mise à jour récente sur APAFiS), car l’objectif n’est

pas atteint. Certains RNT publiés sont encore incomplets et/ou ne respectent pas les consignes, en particulier :

- d’anonymat : aucun nom de personne, de structure, de projet... ne doit y figurer ;- de "vulgarisation" : certains résumés sont incompréhensibles pour le grand public, mais également parfois pour d’autres scientifiques qui ne seraient pas du domaine considéré. Ils le sont donc également pour certains membres du comité d’éthique concerné, qui, pour évaluer, doivent comprendre : c’est une évidence et pourtant...

Mais les progrès sont notables.► Rappelons que le résumé non technique doit contenir, entre autres, les informations suivantes :

- le contexte général ;- les objectifs précis du projet ;- l’espèce, le nombre total et la nature des animaux utilisés ;- les avantages et les dommages attendus ;- les analyses statistiques mises en

œuvre ;- la démonstration de la conformité à la règle des 3R : Remplacer, Réduire et Raffiner ;- la nécessité ou non d’une appréciation rétrospective.

De plus, rédiger des paragraphes séparés facilite la lecture.Certaines de ces informations sont reprises dans la suite du formulaire et ne doivent pas être développées à ce stade. De plus, le RNT ne doit pas détailler les étapes du projet ou les procédures mises en œuvre, qui font l’objet de paragraphes spécifiques.► Enfin, n’oublions pas collectivement que les premiers à lire ces résumés non techniques sont/seront les détracteurs/opposants à l’expérimentation animale...Et gare aux coquilles, qui nuisent à l’image de la recherche.*http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid85210/resumes-non-techniques-des-dossiers-notifies.html

Contact : edouard.guitton@inra.fr

LIE - n°4 - Janvier 2017 - Page 4

Le ministère de l’Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche à Paris.