Licence Mention Science du vivant, Parcours Chimie et biologiesciencesvie.unistra.fr/fileadmin/upload/sciences_de_la_vie/Chris/... · Licence Mention Science du vivant, Parcours Chimie

Licence Mention Science du vivant, Parcours Chimie et biologie

Type NomParcours Chimie et biologieSemestre L1-S1 SVGroupe d'unités d'enseignement

UE obligatoires L1S1 Obligatoire

Unité d'enseignement BiodiversitéUnité d'enseignement Organisation de la cellule eucaryoteUnité d'enseignement Mathématiques en Sciences de la Vie 1Unité d'enseignement BiophysiqueUnité d'enseignement Chimie: des atomes aux molécules

Unité d'enseignementMéthodologie du Travail Universitaire et Démarche Scientifique MTUDS

Unité d'enseignement APE1Unité d'enseignement Langues vivantes licence1 semestre1 CRL

Groupe de matièresFrancais langue étrangère en L1S2 CRL Obligatoire dans liste choix : 1

Matière Français langue étrangère CRL

Groupe de matièresLangues vivantes groupe transversal CRL Obligatoire dans liste choix : 1

Matière Anglais CRLMatière Allemand CRLSemestre L1-S2 SVGroupe d'unités d'enseignement

UE obligatoires L1S2 Obligatoire

Unité d'enseignement Biochimie: les molécules du vivant Unité d'enseignement Notions de bases en GénétiqueUnité d'enseignement Techniques biologiquesUnité d'enseignement Techniques d'histologie et de cytologieUnité d'enseignement Environnement et écologie (3 ECTS, L1S2)Unité d'enseignement Mathématiques en Sciences de la Vie 2Unité d'enseignement Equilibres et cinétiques chimiquesUnité d'enseignement Champs et interactions pour le vivantUnité d'enseignement Langues vivantes licence1 semestre 2 CRL


Matière Anglais CRLMatière Allemand CRL

Groupe de matièresFrancais langue étrangère en L1S2 CRL Obligatoire dans liste choix : 1

Matière Français langue étrangère CRL

Type NomGroupe d'unités d'enseignement

UE à choix Obligatoire dans liste

Unité d'enseignement UE Découverte L1Unité d'enseignement L'informatique dans le monde scientifiqueSemestre L2-S3 CBGroupe d'unités d'enseignement

UE obligatoires Obligatoire

Unité d'enseignement BiochimieUnité d'enseignement Immunologie fondamentaleUnité d'enseignement Chimie organique : notions de baseUnité d'enseignement Chimie expérimentale en chimie-biologieUnité d'enseignement Chimie microbienne (3 ECTS, L2S3)Unité d'enseignement StatistiquesUnité d'enseignement Utilisation des photons en biologie: l'exemple de l'imagerieUnité d'enseignement Disciplines des sciences du vivant en langues (anglais ou allemand)Semestre L2-S4 CBGroupe d'unités d'enseignement


Unité d'enseignement Génétique fondamentaleUnité d'enseignement Chimie organique expérimentaleUnité d'enseignement Chimie organique: mécanismes réactionnels

Unité d'enseignementDétermination des structures de molécules organiques (spectroscopies)

Unité d'enseignement Liaisons chimiquesUnité d'enseignement physique expérimentaleUnité d'enseignement Langues vivantes licence 2 semestre 4 CRL


Matière Anglais CRLMatière Allemand CRLUnité d'enseignement ThermodynamiqueGroupe d'unités d'enseignement

UE à choix Obligatoire dans liste choix : 1

Unité d'enseignement Physiologie cellulaireUnité d'enseignement Initiation à la génomiqueUnité d'enseignement Introduction à la programmationSemestre L3-S5 CBGroupe d'unités d'enseignement


Unité d'enseignement Structures des acides nucléiques et des protéinesUnité d'enseignement Transfert de l'information génétiqueUnité d'enseignement Synthèse organiqueUnité d'enseignement Propriétés et mécanismes des enzymes Unité d'enseignement Chimie analytique

Type NomUnité d'enseignement Langues vivantes licence 3 semestre 5 CRL


Matière Anglais CRLMatière Allemand CRLGroupe d'unités d'enseignement


Unité d'enseignement APE - préparation C2iUnité d'enseignement Culture scientifique et technique Unité d'enseignement Introduction à l'algorithmiqueUnité d'enseignement Initiation au médicament (obligatoire si non validée en Licence)Semestre L3-S6 CBGroupe d'unités d'enseignement


Unité d'enseignement Structures et reconnaissance macromoléculairesUnité d'enseignement Purification et analyse des macromolécules biologiquesUnité d'enseignement Synthèse organique expérimentaleUnité d'enseignement Chimie de coordination et bio-inorganiqueUnité d'enseignement Chimie métaboliqueUnité d'enseignement Symétrie moléculaireUnité d'enseignement Extraction et analyse de données biologiquesGroupe d'unités d'enseignement


Unité d'enseignement Biotechnologie moléculaireUnité d'enseignement Etudes de publications scientifiquesUnité d'enseignement Statistique pour Biologistes L3S6

Unité d'enseignementInitiation au travail expérimental de recherche en laboratoire (3 ECTS, L3S6)

Unité d'enseignement Introduction aux systèmes de bases de données

Parcours: Chimie et biologie

Objectifs en termes de compétences (ou de compétences professionnelles)

Comprendre et savoir mettre en place les différentes étapes d'un protocole expérimental.

Savoir utiliser du matériel de laboratoire de chimie et de biochimie.

Connaître et respecter les règles de sécurité en vigueur dans les laboratoires.

Utiliser les principales techniques de synthèse, de purification et d’analyse qualitative et quantitative des composés organiques.

Interpréter les réactions chimiques dans les systèmes biologiques.

S’initier à la conception de nouvelles molécules.

Comprendre les mécanismes moléculaires mis en jeu dans le transfert de l’information génétique.

Savoir utiliser des logiciels de visualisation de macromolécules biologiques.

Savoir analyser et interpréter les résultats expérimentaux de tests simples de biologie moléculaire.

Objectifs en termes de connaissances scientifiques

Connaître les mécanismes de fonctionnement du vivant de l’échelle moléculaire à l’échelle cellulaire.

Comprendre les mécanismes moléculaires impliquant les molécules biologiques.

Comprendre la stéréochimie et la dynamique des macromolécules biologiques.

Comprendre et analyser les relations entre les fonctions et les structures tridimensionnelles des macromolécules biologiques.

Comprendre à l’échelle moléculaire certains mécanismes mis en jeu dans le métabolisme.

Savoir interpréter les réactions chimiques dans les systèmes d’intérêt biologique.

Connaître les procédés de synthèse organique.

Acquérir et maîtriser des éléments de synthèse et de stéréochimie pour analyser les synthèses existantes de composés biologiquement actifs et également s’initier à la conception de nouvelles molécules.

Savoir utiliser les techniques fondamentales de synthèse organique et les techniques générales de biologie et de biochimie.

Savoir reconnaître et analyser un composé de coordination avec un ion métallique et appréhender son mode d'action dans certaines réactions biologiques.

Connaître les les techniques de séparation, de purification et d’analyse de molécules.

Appréhender un sujet donné et préparer puis analyser des expériences par des recherches bibliographiques préliminaires et complémentaires.

UniteEnseignement: Biodiversité

Objectifs en termes de connaissances

Cette UE a pour but de faire appréhender à l'étudiant la diversité des organismes vivants et de lui fournir une connaissance de base de l'anatomie, du fonctionnement et de la systématique des grands groupes d'organismes vivants. Le cours est subdivisé en 8 parties : 1. Propriétés générales des organismes vivants, Origine de la vie, Méthodologies phylogénétiques, Concepts d'espèce et de spéciation. 2. Procaryotes 3. Protistes 4. Mycètes 5. Animaux 6. Plantes 7. Virus 8. Interactions entre organismes vivants (Ecosystèmes, Symbiose, Parasitisme).

Objectifs en termes de compétences

Bonnes connaissances des grands groupes permettant de reconnaître et classer les organismes vivants. Compréhension de la spécificité du vivant, des mécanismes de base de l’évolution et de la notion d’adaptation. Capacité à mettre en relation les informations acquises pour appréhender le monde vivant comme

un tout singulier.

UniteEnseignement: Organisation de la cellule eucaryote


-Méthodes d’étude de la cellule

-Structure de la cellule et de ses organites : la membrane plasmique, le noyau, le réticulum endoplasmique et l’appareil de Golgi, le cytosquelette, mitochondries, chloroplastes et le métabolisme énergétique.

-La vie de la cellule : cycle cellulaire et mitose ; méiose et gamétogenèse


-Connaissances de l'organisation interne de la cellule ;

-Notions fondamentales du fonctionnement des organites et des mécanismes de division cellulaire ;

-Analyse et interprétation de documents scientifique (par exemple images de microscopie).

UniteEnseignement: Mathématiques en Sciences de la Vie 1


- les fonctions trigonométriques - les fonction ln, exponentielle - les dérivées et intégrales des fonctions simples - savoir résoudre des équations 2nd ordre (et éventuellement d¹ordre supérieur) - la résolution de système d'équations linéaires - les nombres complexes


Acquérir et consolider les savoirs de bases sur les fonctions d'une variable réelle, permettant notamment l'étude au deuxième semestre des équations différentielles intervenant en particulier dans des modèles biologiques.

UniteEnseignement: Biophysique


Ce cours est conçu comme une introduction à la physique pour les sciences de la vie. Il est présenté de façon cohérente, en tant que science fondamentale, mais replacé constamment dans le contexte des sciences de la vie. Le cours se divise en huit chapitres:

1. Rappels de mécanique du point : Notions cinématiques : position, vitesse, accélération. Forces. Principe de l’action et de la réaction. Loi fondamentale. Energie cinétique. Travail. Forces conservatives et non conservatives et leur potentiel.

Théorème de conservation de l’énergie mécanique, avec ou sans forces dissipatives.

2. Systèmes mécaniques non ponctuels.

Centre de masse. Forces internes et externes. Résultante. Mouvement du centre de masse.. Condition d’équilibre d’un corps. Nature physique des forces internes à un corps.

3. Lois de l’hydrostatique : Forces pressantes et de gravité sur un élément de fluide au repos. Variation de la pression avec la profondeur. Equilibre de corps flottants et force d’Archimède.

4. Fluides parfaits : Fluides parfaits : Description du mouvement d’un fluide. Théorème du conservation du débit de masse en régime stationnaire. Conservation du débit volumique pour un fluide incompressible.Loi de Bernoulli pour un fluide incompressible en régime stationnaire.

5. Liquides visqueux. Propriétés générales de l’écoulement laminaire stationnaire d’un fluide visqueux dans un tube cylindrique. Distribution de la pression. Perte de charge. Calcul du profil de vitesse. Loi de Poiseuille. Puissance nécessaire à l’entretien de l’écoulement contre la viscosité.

6. Systèmes hydrauliques : Notion de résistance hydraulique à l’écoulement ; comparaison avec la loi d’Ohm V= RI. Résistances hydrauliques de montages en série et en parallèles. Exemple d’application (au choix).

7. Forces de cohesion dans les liquides : nature des forces de cohésion. Expression des forces de tension superficielle. Tension superficielle, tension d’interface. Energie potentielle de surface. Loi de laplace. Rôle de la gravitation par rapport aux forces capillaires, longueur capillaire.

8. Capillarité : Forces de cohésion à la jonction entre 3 fluides ou un solide et deux fluides. Angles de contact. Différents cas de mouillage. Mouillage parfait. Loi de Jurin pour l’ascension capillaire.


L'objectif est de vous offrir une formation pluridisciplinaire de base solide en physique. Cette unité d’enseignement propose des travaux pratiques, en lien avec le cours.

Pré-requis

Les seules connaissances mathématiques requises pour ce cours sont celles de la dérivation, l'intégration et les vecteurs telles qu'elles apparaissent dans un cours d'analyse élémentaire.

Bibliographie

Physique générale. FRANçOIS ROTHEN. Edition Presse polytechnique et universitaires romandes. (1999)

UniteEnseignement: Chimie: des atomes aux molécules


-Structure de l'atome : électron, noyau, nucléons, élément, nucléide, isotopes, masses atomiques.

-Classification périodique et structure électronique de l'atome : blocs du tableau périodique/organisation en sous-couches (s, p, d, f...) des couches électroniques, limites du modèle de Bohr, description qualitative du modèle des orbitales atomiques. Ecriture de configuration électronique. Electrons de valence. Configuration électronique des ions.

-La liaison chimique : variation rayon, énergie d'ionisation, électronégativité, à Z croissant. Liaison iono-covalente, charges partielles, polarité. Nomenclature des composés ioniques et covalents. [Modèle des orbitales moléculaires non abordé]

-Représentation et géométrie des molécules : Lewis, formes limites et hybride de résonance, charge formelle, formes mésomères, limites du modèle. Géométrie des molécules, Gillespie.

-Exemples de propriétés chimiques ou physico-chimiques découlant de propriétés structurales : interactions covalente, ionique, van der Waals, dont liaison hydrogène, lien polarité moléculaire/interactions intermoléculaires ; exemple de lien structure/réactivité : acido-basicité selon Lewis et selon Bronsted ; degré d'oxydation et nécessité de connaître la formule de Lewis pour le déterminer.


Etre en mesure de décrire les constituants de l'atome et son état quantique. Etre capable de prévoir sa réactivité à partir des propriétés liées à la périodicité (taille, énergie d'ionisation, électronégativité, valence). Savoir décrire la géométrie de la molécule et faire le bilan des liaisons dans l'édifice moléculaire. Connaître la représentation dans l'espace des molécules.

UniteEnseignement: Méthodologie du Travail Universitaire et Démarche Scientifique MTUDS


Connaitre sommairement des différentes méthodes réflectives utilisées en sciences, ainsi que les forces et faiblesses des différents modes de réflexion scientifique.

Connaitre la démarche expérimentale en biologie : la démarche hypothético-déductive.

Avoir un premier descriptif et une première explication du rôle et de la nécessité de toutes les étapes constitutives de la séquence rendant compte de l’activité scientifique : élaboration d’une hypothèse, élaboration de prédictions, élaboration de protocoles expérimentaux, présentation des résultats, ma mise en forme et publication des résultats ; validation des travaux scientifiques, en particulier en biologie.

Connaitre la structuration d’un article scientifique (hiérarchisation des informations dans une publication scientifique).


Savoir mettre en œuvre des modes de pensée scientifique (démarche inductive, démarche déductive, démarche hypothético-déductive).

Pratiquer et se confronter à la lecture d’un document scientifique, mettre en œuvre un argumentaire déductif, des articulations logiques, des liens de causalité.

Savoir lire un document scientifique, savoir en extraire l’information essentielle, savoir en déterminer les limites.

UniteEnseignement: APE1


1/ Amener l'étudiant à définir un projet professionnel et à analyser ses représentations actuelles de son projet professionnel en les confrontant à la réalité.

2/ Faire vivre à l'étudiant toutes les étapes nécessaires à une prise de décision, étapes transférables pour d'autres choix à faire lors de son cursus universitaire.

3/ Permettre à l'étudiant d'approfondir sa motivation personnelle et de prendre conscience de l'adéquation entre son cursus universitaire et son projet professionnel.

Ces objectifs mettent en oeuvre cinq étapes méthodologiques:

• Choix d'un thème (métier ou secteur d'activité) • Travail sur les représentations (travail d'équipe) • Exploration par la recherche de documents et de professionnels • Traitement de l'expérience par la rédaction d'un rapport écrit • Traitement et intégration de l'expérience par la présentation orale


• En se focalisant sur un thème choisi, les étudiants devront acquérir une méthodologie scientifique pour le questionnement, l'analyse et la présentation des résultats à la fois sous une forme écrite et sous la forme d'un oral.

• Les étudiants devront comprendre le contenu des éléments qui constituent les différents chapitres d'une publication scientifique.

UniteEnseignement: Langues vivantes licence1 semestre1 CRL


Découverte du dispositif des centres de ressources de langues (CRL), apprentissage du travail autonome et d’une démarche active : se familiariser avec les ressources et les différents supports pédagogiques, y compris les ressources en ligne, et s’auto-évaluer en référence au Cadre européen commun de référence ( www.coe.int/ portfolio /fr ). Bilan individualisé de compétences (lire, écouter, parler, écrire), positionnement par rapport aux descripteurs du cadre.

Objectifs linguistiques et langagiers: travail individualisé sur la langue en fonction du niveau et des besoins des étudiants en centre de ressources et à distance (http://www.netvibes.com/english_online, http://www.netvibes.com/deutsch_online, http://www.netvibes.com/fle_online).


Compétences visées sur l'ensemble du cursus Licence.

Améliorer ses compétences de compréhension et d’expression en fonction de ses besoins individuels pour atteindre des objectifs institutionnels tels que la maîtrise de la compréhension d’articles dans les domaines généraux et scientifiques, la compréhension de conférences, la capacité à écrire des comptes rendus de travail et des synthèses et la capacité à interagir avec aisance (compétences de niveau B2 minimum).

Pré-requis

Néant

Bibliographie

Multiples ressources disponibles dans les centres de ressources de langues et sur http://www.netvibes.com/english_online, http://www.netvibes.com/deutsch_online, http://www.netvibes.com/FLE_online, en fonction du niveau des étudiants, de leurs besoins, de leurs intérêts et de leurs travaux et projets à réaliser.

Dispositif 'Tandem' sur le site du centre de ressources de SPIRAL.

Informations complémentaires

Créneau fixe hebdomadaire de 2h dans l’emploi du temps des étudiants, plus travail en autonomie à distance et dans les CRL, plus ateliers (soutien, prononciation, conversation et communication orale, culture, CV,…).

Pour le FLE, voir CRL FLE.

Matiere: Français langue étrangère CRL

Matiere: Anglais CRL


Objectifs linguistiques et langagiers: travail individualisé sur la langue en fonction du niveau des étudiants et de leurs besoins afin d'atteindre au minimum un niveau de compétence B2 en fin de licence (cf ci-dessous) et viser des compétences C1 en master.

Objectifs méthodologiques en licence: découverte du dispositif des centres de ressources de langues (CRL) en L1, apprentissage du travail en autonomie et d’une démarche active : se familiariser avec les ressources et les différents supports pédagogiques, y compris les ressources en ligne, et s’auto-évaluer en référence au Cadre européen commun de référence ( www.coe.int/ portfolio /fr ). Bilans individualisés de compétences (lire, écouter, parler, écrire), positionnement par rapport aux descripteurs du cadre et acquisition d’une méthodologie d’apprentissage de la langue.


Licence: améliorer ses compétences de compréhension et d’expression en fonction de ses besoins individuels pour atteindre des objectifs institutionnels tels que la maîtrise de la compréhension d’articles dans les domaines scientifiques, la compréhension de conférences, la capacité à écrire des comptes rendus de travail et des synthèses et la capacité à interagir avec aisance (compétences de niveau B2 minimum, certifiées par CLES 2 en L3S5).

Master: Lire des articles de spécialité ou scientifiques, en lien avec les disciplines fondamentales, écouter des documentaires ou conférences en ligne, présenter et interagir sur les projets de recherche du groupe et écrire des synthèses et 'abstracts'.

Compétences visées en master: communiquer avec des professionnels et/ou des chercheurs sur l’avancée des connaissances, sur des études à réaliser ou des projets à mener, que ce soit par le biais d’articles scientifiques ou dans le cadre de collaborations, réunions, séminaires, colloques ou congrès. Cette compétence doit répondre aux exigences de travail des chercheurs et de formation continue des professionnels dans leur domaine scientifique, au vu de l’évolution rapide de l’état des connaissances. Certification CLES 3 à l'étude.

Pré-requis

Néant.

Ateliers de soutien destinés aux étudiants ayant fait peu d'anglais, en plus de leur créneau hebdomadaire de 2h.

Bibliographie

Multiples ressources disponibles dans les centres de ressources de langues et sur http://www.netvibes.com/english_online, en fonction du niveau des étudiants, de leurs besoins, de leurs intérêts et de leurs travaux et projets à réaliser.

En master, articles de spécialité ou scientifiques en ligne, en lien avec les disiciplines fondamentales, documentaires ou conférences en ligne.

"Communiquer en anglais - Guide pratique à l'usage des scientifiques" - Dorothée Baud et Lauriane Hillion - Ellipses- 2008


Matiere: Allemand CRL



Objectifs méthodologiques en licence: découverte du dispositif des centres de ressources de langues (CRL) en L1, apprentissage du travail autonome et collaboratif et d’une démarche active : se familiariser avec les ressources et les différents supports pédagogiques, y compris les ressources en ligne, et s’auto-évaluer en référence au Cadre européen commun de référence ( www.coe.int/ portfolio /fr ). Bilans individualisés de compétences (lire, écouter, parler, écrire), positionnement par rapport aux descripteurs du cadre et acquisition d’une méthodologie d’apprentissage de la langue.


Licence: améliorer ses compétences de compréhension et d’expression en fonction de ses besoins individuels pour atteindre des objectifs institutionnels tels que la maîtrise de la compréhension d’articles dans les domaines généraux et scientifiques, la compréhension de conférences, la capacité à écrire des comptes rendus de travail et des synthèses et la capacité à interagir avec aisance (compétences de niveau B2 minimum, certifiées par CLES 2 en L3S5).



Dans la cadre de la promotion de l'allemand à l'université de Strasbourg et d'une politique de tri-linguisme,

-possibilité de débuter l'allemand dans l'UE de découverte: allemand pour débutant complet CRL (cf UE Allemand CRL) ou dans l'UE libre débutant d'allemand CRL (Cf UE libres Allemand CRL), même en auditeur libre, dans la limite des places disponibles.

-possibilité de suivre des enseignements à d'autres niveaux: UE de découverte/ UE libres (niveaux intermédiaire ou avancé, tandems franco-allemands, la vie des autres/ exploration en milieu allemand, allemand par le théâtre), même en auditeur libre, dans la limite des places disponibles.

Certification CLES dans la 2è langue étrangère possible.

Pré-requis

Pas de débutants en UE obligatoire, sauf cas particuliers (étudiants anglophones ou ayant une excellente maîtrise de l'anglais).

Bibliographie

Multiples ressources disponibles dans les centres de ressources de langues et sur http://www.netvibes.com/deutsch_online, en fonction du niveau des étudiants, de leurs besoins, de leurs intérêts et de leurs travaux et projets à réaliser.

En master, articles de spécialité, en lien avec les disciplines fondamentales, documentaires ou conférences en ligne.


UniteEnseignement: Biochimie: les molécules du vivant


• Connaissances des structures et des propriétés physicochimiques des molécules et macromolécules biologiques : Glucides, Lipides, Acides Aminés-Protéines, Nucléotides-Acides Nucléiques.

• Connaissances des relations entre propriétés physicochimiques, structure et fonction des macromolécules biologiques

• Connaissances des mécanismes moléculaires du transfert de l'information génétique : Réplication, Transcription et traduction


• Faire le lien entre les éléments moléculaires (et leurs propriétés physicochimiques) et les interactions qui régissent le vivant.

• Savoir apprécier l'impact et les conséquences de modifications physicochimiques sur la structure et la fonction d'une macromolécule biologique

• Appréhender la complexité des mécanismes moléculaire qui permettent le transfert de l'information génétique

UniteEnseignement: Notions de bases en Génétique


Les notions essentielles de la génétique :

L’histoire de la génétique, les lois de Mendel, le brassage génétique, mutations et mutant, maladies génétiques associées, marqueurs moléculaires et marqueurs phénotypiques, notion de génomes et en particulier du génome humain.


Comprendre les principes de base de l’analyse génétique et de l'étude des génomes.

Apprendre à utiliser le vocabulaire de la génétique

Pré-requis

Aucun

UniteEnseignement: Techniques biologiques


Apprentissage du matériel et des techniques de base utilisées en biologie pour :

• - connaître et manipuler différentes souches bactériennes • - exprimer un gène d'intérêt dans des bactéries transformées • - analyser l’ADN plasmidique correspondant • - caractériser et doser la protéine recombinante produite


au cours des Travaux Pratiques :

- apprendre à utiliser du matériel et des techniques générales de biologie (dilutions en série, travail en conditions stériles, techniques immunologiques, pipettes à déplacement d’air, spectrophotomètre, électroporateur, appareil à électrophorèse, …)

- apprendre à respecter les consignes de sécurité et les bonnes pratiques de laboratoire et apprendre à travailler en groupe - avoir une vision globale de l’expérience à réaliser et en comprendre le but

en TD : apprendre à analyser les résultats obtenus en TP, à formuler plusieurs hypothèses et à utiliser un langage biologique précis, à l’aide : - d’exercices (applications directes des TP réalisés) - d’exposés (travail en groupe et restitution à l’oral, sous la forme d’un schéma, de courts protocoles écrits en anglais)

UniteEnseignement: Techniques d'histologie et de cytologie


Connaitre les caractéristiques de la cellule animale et de ses organites.

Connaitre les caractéristiques des principaux tissus animaux : épithélium, conjonctif, muscle, tissu nerveux, tissu germinal.

Connaitre les techniques de base d'histologie et de cytologie : préparation d'échantillons, techniques de microscopie optique ou électronique, marquages.


Etre capable d'analyser un document de microscopie optique ou électronique.

Observer, dessiner et identifier, en suivant une analyse logique, les différents tissus animaux.

Effectuer une analyse fonctionnelle à partir des caractéristiques structurales des tissus et des cellules.

Pré-requis

Cette UE s'appuie sur l'UE Organisation de la Cellule Eucaryote du L1S1 : connaissance générale du fonctionnement d'une cellule eucaryote.

UniteEnseignement: Environnement et écologie (3 ECTS, L1S2)


*Partie Environnement (S. Vuilleumier) Ecosystèmes et énergie Energie solaire, énergies fossiles L'or bleu, moteur du climat Archives climatiques Effet de serre Variations climatiques et biosphère

*Partie Ecologie (M. Trémolières) Concepts et définitions en écologie Facteurs écotoxicologiques Pollution des eaux : l'exemple des nitrates L'eutrophisation des eaux

Pollution atmosphérique


Sensibilisation aux thématiques environnementales et d'écologie

Relier des connaissances issues de domaines scientifiques distincts

Analyser une situation complexe

Pré-requis

Aucun


Ce module introductif à la thématique est mutualisé entre plusieurs composantes de l'UdS. Il constitue le premier prérequis de niveau licence pour suivre les UE de biologie de l'environnement proposées en Master Ingénierie Sciences de l'Environnement.

Cf. http://moodle.unistra.fr/course/view.php?id=2729 pour la version actuelle du cours en ligne

Variante à 1 seul groupe CM à envisager sérieusement vu les étudiants effectivement présents au cours.

UniteEnseignement: Mathématiques en Sciences de la Vie 2


- notions de dérivées partielles, de différentielles, et de développements limités. - les vecteurs et calcul vectoriel (produit scalaire, produit vectoriel..etc), - savoir résoudre les équations différentielles de premier ordre - les matrices et le calcul matriciel - les déterminants


Savoir modéliser un problème sous sa forme mathématique. Savoir modéliser et résoudre des problèmes simples d'optimisation (mini-maximisation d'une fonction à une variable). Savoir modéliser et résoudre (intégrer) des équations différentielles (ED) simples dans des problèmes notamment en sciences du vivant. Savoir étudier le comportement des solutions d'ED quand on ne sait pas forcément les intégrer explicitement.

UniteEnseignement: Equilibres et cinétiques chimiques


- Equilibres en solution, la constante d'équilibre et le déplacement d'un équilibre

- Principe de Le Châtelier :

- Réactions à l'équilibre, constantes, calculs de concentrations à l'équilibre

- Equilibres acides-bases en milieu aqueux

- Equilibres de solubilité, réactions de précipitation

- Equilibres de complexation

- Cinétiques de réaction (1er et 2e ordre)

- Description des vitesses

- Contrôle des vitesses de réaction


Maîtriser l'analyse qualitative de questions relatives à une cinétique de réaction un équilibre chimique (M)

Maîtriser la résolution quantitative d'un problème chimique sur la thématique du module à partir de données expérimentales quantitatives (M)

Analyser une situation complexe (I)

Pré-requis

- Connaissance de la structure électronique des atomes.

- Savoir ce qu'est un degré d'oxydation

- Connaissance du concept d'électronégativité

Bibliographie

La progression sera inspirée de celle choisie par Atkins (Chimie Générale, De Boeke, 1998)

Les exemples seront tirés de thématiques biologiques et environnementales (Chimie des milieux aquatiques, Laura Sigg, Philippe Behra, Werner Stumm, Masson, 2006)

UniteEnseignement: Champs et interactions pour le vivant


Le cours présente les différents domaines de la physique: électrostatique, bioélectricité et magnétostatique. Les notions sont illustrées par des exemples tirés des sciences de la nature et de la vie, en proposant une explication des phénomènes plutôt que d'insister sur leur description formelle.

Contenu de cours

Electrostatique: Forces, champs et potentiels électriques. les lignes de champ et les équipotentiels. application à l'électricité atmosphérique. Energie associée au champ électrique. Etude du dipôle électrique. les dipôle dans la matière.

Electrostatique des conducteurs: le conducteur statique. L'influence et sa signification (exemple cage de Faraday). Capacité du conducteur plan.

Bioélectricité : diffusion des molécules, lois de Fick. Diffusion des ions. Electrophorèse. Mesure du potentiel électrique de la membrane cellulaire.

Magnétostatique: mouvements simples d'une charge électrique. Champ magnétique. les lignes de champ magnétique. Champ magnétique dans un solénoïde. Loi d'Ampère.


Acquérir une formation pluridisciplinaire de base solide en physique et aux interfaces Physique-Biologie.

Pré-requis

Connaissances mathématiques (cours d'analyse élémentaire) de la dérivation, de l'intégration et les vecteurs.

Bibliographie

Physique Générale. François ROTHEN. Presses polytechnique et universitaires romandes

Physics with illustrative examples from medecine and biology. Electricity and Magnetism. Biological Physics Series. Second edition

UniteEnseignement: Langues vivantes licence1 semestre 2 CRL


Pratique individuelle en centre de ressources et à distance (http://www.netvibes.com/english_online, http://www.netvibes.com/deutsch_online, http://www.netvibes.com/FLE_online): objectifs personnels dans la continuité du bilan de compétences et des acquis méthodologiques du S1.

Travail collaboratif sur projets.


Compétences visées sur l'ensemble du cursus de Licence.

Améliorer ses compétences de compréhension et d’expression en fonction de ses besoins individuels pour atteindre des objectifs institutionnels tels que la maîtrise de la compréhension d’articles dans les domaines généraux et scientifiques, la compréhension de conférences, la capacité à écrire des comptes rendus de travail et des synthèses et à interagir avec aisance (compétences de niveau B2 minimum).











Pré-requis

Néant.


Bibliographie












Compétences visées en master: communiquer avec des professionnels et/ou des chercheurs sur l’avancée des connaissances, sur des études à réaliser ou des projets à mener, que ce soit par le biais d’articles scientifiques ou dans le cadre de collaborations, réunions, séminaires, colloques ou congrès. Cette compétence doit répondre aux exigences de travail des chercheurs et de formation

continue des professionnels dans leur domaine scientifique, au vu de l’évolution rapide de l’état des connaissances. Certification CLES 3 à l'étude.





Pré-requis


Bibliographie




Matiere: Français langue étrangère CRL

UniteEnseignement: UE Découverte L1

UniteEnseignement: L'informatique dans le monde scientifique


Les biologistes de demain seront certainement confrontés à l'informatique sous une forme ou sous une autre. Ce module propose dans un premier temps de planter le décor en présentant l'environnement d'un institut de recherche en biologie. Puis, de brosser un panorama des approches informatiques en biologie en couvrant différents domaines de la biologie.

Une initiation aux systèmes informatiques est proposée visant à fournir aux étudiants scientifiques un minimum d'aisance dans l'utilisation de l'outils informatique :

• les systèmes d'exploitations les plus courants, leurs points communs • vision d'ensemble du traitement de l'information par un ordinateur, • présentation de l'environnement non graphique • quelques bases pour l'écriture de scripts simples

Une utilisation de quelques outils de base en biologie disponibles en ligne sont présentées (bases de données en biologie: site de l'EBI, site du NCBI).

Une initiation à la programmation est réalisée avec des outils logiciels tels que "pipeline pilot", "knime" ou "taverna" qui permettent l'enchainement de tâches élémentaires.


Situer l'importance de l'informatique dans le domaine de la recherche et en particulier en biologie

Se débrouiller dans un environnement non graphique

Capacité à écrire un script simple

Accéder à des outils en ligne pour un biologiste

Pré-requis

Aucun


accelrys.com/products/pipeline-pilot/

www.taverna.org.uk

www.knime.org

www.ebi.ac.uk

www.ncbi.nlm.nih.gov

UniteEnseignement: Biochimie


CM

Les fondamentaux de la biochimie classique et de la biologie moléculaire abordés en S2 seront développés et complétés. L'eau dans les processus biologiques. Les acides aminés, les protéines et leurs structures. Propriétés des enzymes, des coenzymes et les mécanismes des réactions enzymatiques. Vitamines. Glucides. Lipides membranaires, organisation et propriétes des membranes biologiques. Les acides nucléiques et leurs structures. Flux et maintien de l’intégrité de l'information génétique.

TD

Absorbance et détermination des concentrations, équilibres acido-basique et pH métrie, propriétés acido-basique des acides aminés, enzymologie, les différentes représentations des glucides, les lipides et les indices de saponification et d’iode, les acides nucléiques et l’ADN recombinant.

TP

Dosage des acides nucléiques, des protéines et des glucides. Caractérisation des lipides. Séparation d’un mélange d’acides aminés par chromatographie sur résine échagenuse d’ions. Purification, caractérisation et cristallisation du lyzozyme. Etude de la fermentation alcoolique


Appréhender l'importance des relations entre la structure et la fonction des molécules biologiques. Compréhension des mécanismes biochimiques de base impliquant ces mêmes molécules. Réalisation de manipulations simples et maîtrise des calculs fondamentaux de biochimie.

UniteEnseignement: Immunologie fondamentale


Cette UE vise à donner aux étudiants les connaissances de base en immunologie qui leur permettront soi de poursuivre leur formation en immunologie dans la suite de leur licence et

éventuellement de leur master soit de comprendre toutes les techniques qui utilisent l’immunologie (Anticorps par exemple). Le cours débutera par une description du déroulement complet de la réponse immunitaire, de l’entrée d’un pathogène dans l’organisme à sa destruction. Cette description permettra d’avoir une vue générale de la réponse immunitaire et ainsi de mettre en place tous les éléments qui la constituent (cellules, organes, récepteurs etc…). Les cours suivants décriront en détail ces différents éléments en insistant sur les lymphocytes (différenciation, activation, mode d’action), les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité et les anticorps. Au cours des TD, des exercices seront proposés aux étudiants de manière à les aider à acquérir le vocabulaire et les concepts de l’immunologie.


A l'issue de la formation, l'étudiant sera capable de s'orienter dans la jungle des mots et des concepts propres à l'immunologie. Il saura décrire simplement les principales interactions mises en jeu dans les réponses innées et adaptatives.

Pré-requis

Aucun

UniteEnseignement: Chimie organique : notions de base


L'objectif de cette unité d'enseignement est d'acquérir les notions de base de chimie organique. Pour cela, nous formerons les étudiants au langage technique de chimie organique au travers de l'étude poussée de la nomenclature des composés organiques. Ensuite, nous étudierons les liaisons chimiques et la disposition tridimensionnelle des atomes (analyse conformationnelle et chiralité). Avec ses notions en main, nous étudierons alors la réactivité en insistant sur les effets électroniques, la cinétique et la thermodynamie. Pour terminer, nous donnerons les fondements des mécanismes réactionnels par l'étude des mouvements d'électrons, des intermédiaires réactionnelles et des états de transition. Nous insisterons sur les réactions acide/base et sur les notions de nucléophilie et électrophilie.


Compétence générale: délivrer aux étudiants une formation théorique solide dans les fondamentaux de la Chimie Organique et de renforcer sa spécialisation dans ce domaine.

Pré-requis

Notion de base de chimie générale.

UniteEnseignement: Chimie expérimentale en chimie-biologie


Cinq thèmes de travail :

1) Acides et bases en solution aqueuse (principe de Le Chatelier illustré sur un indicateur coloré : pH-métrie-colorimétrie, dosage d'un polyacide :vitamine C, caractère acido-basique de divers sels, solutions tampons)

2) Oxydo-réduction (dosage iodométrique de la vitamine C, extraction d’indigo à partir de feuilles indigofères, teinture à la cuve d’indigo)

3) Synthèses en une étape : synthèse de l’indigo et caractérisation par ccm des pigments indigo extraits et synthétisés ; synthèse et purification de l’aspirine.

4) Cinétique chimique : fluoration de la ferrimyoglobine

5) Stéréochimie et propriétés optiques (extraction par hydrodistillation d'une huile essentielle, pureté optique, polarimétrie)


Niveau d’acquisition des compétences : Initiation.

-Connaître, en chimie générale, matériel, techniques usuelles, appréciation de la fiabilité des mesures et consignes de sécurité.

-Appréhender un sujet donné et préparer puis analyser des expériences par des recherches bibliographiques préliminaires et complémentaires.

-Tenir un cahier de laboratoire.

-Faire des comptes-rendus d'expériences ou de préparation d'expériences (exposé oral et rapports écrits).

-Travailler en petit groupe pour préparer, réaliser, analyser et présenter un travail expérimental.

Pré-requis

les enseignements de L1 sciences du Vivant (ou équivalents) :

Chimie : des atomes aux molécules (L1S1)

Equilibres et cinétiques chimiques (L1S2)

Bibliographie

Cachau-Herreillat Danielle. Des expériences de la famille acide-base, 2 e éd .Bruxelles : de Boeck, 2005

Cachau-Herreillat Danielle. Des expériences de la famille redox, Bruxelles : de Boeck, 2007

Daumarie Florence, Griesmar Pascal et Salzard Solange. Florilège de Chimie Pratique 59 expériences commentées, 2 e éd. rev et aug. Paris : Hermann, 2002

Le Maréchal, Jean-François et Nowak-Leclercq, Bénédicte, La Chimie Expérimentale, Chimie Générale, Paris : Dunod, 1999

M. Capon, V. Courilleau, C. Valette, La chimie des couleurs et des odeurs, 2 e éd., 1993, Cultures et Techniques, Nantes.

Bureau, C. Defranceschi, M. Des teintures égyptiennes aux micro-ondes, 100 manipulations de chimie. Paris : éditions Marketing, 1993.

et bien sûr, Handbook of Physics and Chemistry et Merck Index, toute édition

UniteEnseignement: Chimie microbienne (3 ECTS, L2S3)


Introduction à la microbiologie Historique des découvertes: une science expérimentale Microscopies Milieux de culture, colorations, modes de croissance Mesure de la croissance, conditions, habitats

Les agents antimicrobiens Les antibiotiques, introduction au métabolisme Types métaboliques Métabolisme énergétique Microbiologie industrielle


Sensibilisation aux thématiques biologiques et moléculaires pour la chimie la biologie et les sciences de la terre et de l'environnement

Relier des connaissances issues de domaines scientifiques différents

Utiliser les technologies de l'information et de la communication

Effectuer en autonomie une recherche d'informations avec les outils bibliographiques de l'UdS, en définissant l'objet de la recherche, en organisant les informations obtenues, en analysant leur pertinence, et en produisant une synthèse (rapport bibliographique en binôme)

Pré-requis

Année L1 validée en biologie, chimie ou sciences de la terre

Bibliographie

Brock Biology of Microorganisms, 13th English Edition Madigan, Martinko, Stahl & Clark ©2012 | Benjamin Cummings; 1152 pp

ISBN-10: 032164963X | ISBN-13: 9780321649638


Ce cours est mutualisé - la Faculté EOST a intégré la matière de ce cours dans sa maquette dans le module "Fondamentaux de microbiologie (6 ECTS, L3S5)"

cf. la version actuelle du cours en ligne: http://moodle.unistra.fr/course/view.php?id=482

UniteEnseignement: Statistiques

UniteEnseignement: Utilisation des photons en biologie: l'exemple de l'imagerie


A la fin du semestre, les étudiants devront connaître :

les formules liées aux lentilles minces et les appliquer

la formule de Snell-Descartes et l'appliquer


les étudiants devront comprendre le trajet des rayons lumineux au travers d'instruments d'optique (oeil, microscope, ...)

Pré-requis

mathématiques de base (niveau lycée)

Bibliographie

Optique : Fondements et application, Dunod

Optique géométrique. Rappels de cours et exercice, Broché

exercices d'optique géométrique et physique, Tec et Doc

mini manuel d'optique géométrique, Dunod

UniteEnseignement: Disciplines des sciences du vivant en langues (anglais ou allemand)


Module proposé en collaboration avec des enseignants/chercheurs de l'université, des universités partenaires ou du CNRS/INSERM/INRA

- Il s'agit d'un cycle de 5 conférences par des enseignants/chercheurs de différents champs thématiques des sciences de la vie. Les intervenants (de Strasbourg ou des Universités / Facultés / Départements partenaires) proposent une introduction à une thématique de recherche. - En complément de la conférence, un ou deux articles de type 'revue' sur cette même thématique seront distribués aux étudiants une ou deux semaines avant la conférence. - Chaque conférence est enregistrée sur l'interface Web 'Audiocours' de l'Université et accessible pour l'étudiant après chaque cours. Il est alors possible de naviguer indifféremment dans le cours (en accédant directement aux portions de cours voulues et liées à une diapositive donnée).


Compréhension orale et écrite d'une thématique scientifique en anglais ou allemand. Analyse d'une publication scientifique. Travail personnel de compréhension et révision d'une thématique en utilisant les moyens modernes de communication sur internet. Introduction et sensibilisation à la recherche fondamentale et appliquée.

UniteEnseignement: Génétique fondamentale


Les cours sur les fondamentaux de la génétique abordés en L1S2 seront approfondis et complétés par un enseignement magistral et dirigés. Génétique des eucaryotes haploïdes. Génétique bactérienne et des bactériophages. Principes d'établissement de cartes génétiques pour quelques organismes modèles eucaryotes et procaryotes. Analyse du contenu des génomes. Notions de dynamique des génomes.


Acquisition de solides connaissances en génétique.

Acquisition de méthodes de raisonnement en génétique fondamentale.

Exploiter des documents scientifiques comme des articles généraux de revue et être capable d'en faire un synthèse

UniteEnseignement: Chimie organique expérimentale


Application des règles d'hygiène et sécurité.

Apprentissage des techniques de base de synthèse organique: matériels, montages (à reflux ou de

distillation)

Étude des techniques de base de purification d'un composé organique: distillation, recristallisation et chromatographie.

Contrôle de la pureté d'un composé organique: indice de réfraction, point de fusion.

Les principaux types de réaction en chimie organique (acide/base, substitution, élimination, réduction, oxydation, addition...) seront illustrés dans cette unité d'enseignement. L'analyse des résultats assurera le lien entre le travail expérimental et l'aspect théorique (CM et TD).


Compétence organisationnelle: travail individuel (I et U)

Compétences scientifiques générales: connaître et respecter la réglementation (I), mettre en oeuvre une réaction et comprendre toutes les étapes de sa mise en place (I), maîtrise des techniques de purification et d'analyse de la pureté d'un produit organique (I).

Pré-requis

Notion de chimie générale pratique et théorique.

UniteEnseignement: Chimie organique: mécanismes réactionnels


Chimie organique fonctionnelle: alcane, alcène, alcyne, halogénoalcane, alcool, amine, thiol, dérivés carbonylés (aldéhyde, cétone, acide carboxylique, ester, amide), aromatique. La structure, les propriétés physiques, et les principales réactions seront étudiées en détail. Une attention particulière sera portée sur l'étude des mécanismes réactionnels et sur l'analogie entre ces mécanismes et les processus biologiques.


Compétences générales: maîtrise des grandes classes de mécanismes réactionnels (U) et initiation à la synthèse multi-étape. Spécialisation dans le domaine de Synthèse organique (I).

Pré-requis

Notion de base de chimie organique.

UniteEnseignement: Détermination des structures de molécules organiques (spectroscopies)


UV-Visible

- principe

IR

- principe

- vibrations de valence et de déformation

- analyse de spectre

RMN

- principe (onde continue)

- déplacement chimique et intégration

- Anisotropie

- constante de couplage, couplage spin spin

- Diastéréoisotopie

- RMN multi noyaux (Carbone, Fluor, Phosphore)

- Analyse de spectre et détermination de structure connaissant la formule brute


A l'issu de cet Unité d'enseignement, les étudiants doivent être capable d'une part de déterminer la structure développée de molécules organiques relativement simples à partir d'une formule brute en utilisant les différentes spectroscopies (RMN 1H, 13C, 31P, IR, UV) et d'autre part d'attribuer les signaux des protons en RMN d'une molecule de formule développée donnée.

UniteEnseignement: Liaisons chimiques


Configuration électronique des atomes. Schémas de Lewis. Théorie de Gillespie (approche VSEPR). Eléments de mécanique quantique. Description des orbitales atomiques et moléculaires. Modèle quantique de la liaison covalente. Etudes des liaisons π et des liaisons conjuguées. Mésomérie, aromaticité. Détermination des énergies et des formes des orbitales moléculaires. Méthode de Hückel. Les différents types de liaisons chimiques.


- Savoir déterminer la structure d’une molécule sur la base des schémas de Lewis et de la théorie de Gillespie. - Comprendre le fondement de la mécanique quantique. - Savoir construire des orbitales moléculaires à partir des orbitales atomiques. - Savoir calculer l’énergie des orbitales moléculaires. - Savoir représenter les orbitales moléculaires. - Trouver les différentes formes mésomères d’une molécule. Savoir prédire l’aromaticité ou l’antiaromacité d’une molécule. - Habituer les étudiants à fournir un travail personnel régulier.

UniteEnseignement: physique expérimentale


Pour la partie "cours" :

• Analyse dimensionnelle et Lois d'échelle • Fluides : hydrostatique, dynamique des fluides parfaits et réels, viscosité, tension

superficielle • Thermodynamique : gaz parfaits et réels, équilibre thermodynamique et transitions de phase

Pour la partie "Travaux expérimentaux" :

• mêmes notions, et en plus interférences et diffraction des ondes acoustiques, polarisation de la lumière, notions déjà abordées par ailleurs lors du cursus.

• Notions d'incertitudes de mesure expérimentales


Le cours a pour objectif d'apporter les connaissances nécessaires à la résolution d'un problème de physique complexe, en apprenant les bases de la modélisation en physique, en partant des principes premiers, et en se basant autant que possible sur l'analyse dimensionnelle et les lois d'échelle. L'accent sera mis sur la physique en elle-même, plus que sur les aspects mathématiques tels que les résolutions d'équations différentielles.

Les élements principaux abordés dans le cours, la mécanique des fluides et la thermodynamique, sont nécessaires à la bonne compréhension des travaux expérimentaux.

Les "Travaux expérimentaux" mettront les étudiants en situation réelle d'un expérimentateur : observation et mise en évidence d'un phénomène physique et extraction de paramètres physiques à partir d'une expérience, notions d'incertitudes et leurs impacts sur les mesures expérimentales, discussion critique des résultats, présentation des résultats dans un compte-rendu clair et concis.

Pré-requis

• Le cours sera présenté de manière à ne nécessiter aucune base solide en physique, hormis des connaissances minimale en mécanique générale : notions d'impulsion, de force et de travail, relation fondamentale de la dynamique, conservation de l'énergie.

• Le cours apportera aussi les connaissances de base nécessaire à la compréhension des Travaux Expérimentaux.

Bibliographie

• Physique pour les Sciences de la Vie - A. Bouyssy, M. Davier et B. Gatty (Belin)

UniteEnseignement: Langues vivantes licence 2 semestre 4 CRL


Pratique individuelle sur objectifs personnels (linguistiques et langagiers) dans la continuité des UE de L1 en centre de ressources et à distance (http://www.netvibes.com/english_online, http://www.netvibes.com/deutsch_online).

Travail collaboratif sur projet (recherche documentaire, conception et présentation du projet).



Améliorer ses compétences de compréhension et d’expression en fonction de ses besoins individuels pour atteindre des objectifs institutionnels tels que la maîtrise de la compréhension d’articles dans les domaines généraux et scientifiques, la compréhension de conférences, la capacité à écrire des comptes rendus de travail et des synthèses et la capacité à interagir avec aisance (compétences de niveau B2 minimum).





Objectifs linguistiques et langagiers: travail individualisé sur la langue en fonction du niveau des

étudiants et de leurs besoins afin d'atteindre au minimum un niveau de compétence B2 en fin de licence (cf ci-dessous) et viser des compétences C1 en master.






Pré-requis

Néant.


Bibliographie








Objectifs méthodologiques en licence: découverte du dispositif des centres de ressources de langues

(CRL) en L1, apprentissage du travail autonome et collaboratif et d’une démarche active : se familiariser avec les ressources et les différents supports pédagogiques, y compris les ressources en ligne, et s’auto-évaluer en référence au Cadre européen commun de référence ( www.coe.int/ portfolio /fr ). Bilans individualisés de compétences (lire, écouter, parler, écrire), positionnement par rapport aux descripteurs du cadre et acquisition d’une méthodologie d’apprentissage de la langue.









Pré-requis


Bibliographie




UniteEnseignement: Thermodynamique


Dans cette UE, les connaissances de bases de la thermodynamique chimique sont expliquées aux

étudiants. En particulier les notions suivantes seront discutées :

Définitions des systèmes thermodynamique, énergie, travail et chaleur, enthalpie, premier principe, deuxième principe, enthalpie libre de Gibbs (exemple : les étapes de la glycolyse), potentiel chimique, quotient de réaction, équilibres, constante d’équilibre, cellule électrochimique, reduction / oxydation et oxydoréduction, demi-réactions, travail électrique et potentiel redox, loi de Nernst(exemple : la chaine respiratoire), rappel de cinétique, réversibilité microscopique, équilibre, loi d’Arrhenius, état de transition, catalyse et enzymes, réactions élémentaires


Le but de cette UE est de donner aux étudiants une introduction à la thermodynamique chimique et de leur apprendre à utiliser ces notions de base de la thermodynamique dans des problématiques liées à la biologie et aux sciences du vivant.

Pré-requis

Avoir des notions sur les réactions et les équilibres chimiques, les réactions redox, les réactions acide-base.

UniteEnseignement: Physiologie cellulaire


Présenter les bases de la signalisation membranaire et intracellulaire ainsi que des perméabilités membranaires.

Cours 1 : Les molécules informatives et leurs récepteurs - Neurotransmetteurs, hormones, neurohormones – Interactions ligand/récepteurs – Introduction à l'étude des systèmes de seconds messagers intracellulaires

Cours 2 : Physiologie des cellules excitables – Structure et propriétés des cellules excitables – Equilibre et flux ioniques transmenbranaires – canaux ioniques et transporteurs - Potentiel de repos et potentiel d'action


Bonnes connaissances sur les mécanismes fondamentaux de la physiologie cellulaire. Les étudiants sauront analyser des résultats expérimentaux simples, développer un raisonnement scientifique à partir de données expérimentales.

UniteEnseignement: Initiation à la génomique


Information génétique : le support de l’information génétique, gènes et épigénétique.

Technologies de l’ADN. Techniques et stratégies de séquençages des génomes Structure et organisation des génomes (modèles procaryotes et eucaryotes)

Contenu des génomes (séquences codantes/non codantes) Notions de génomique comparative Notions de méthodes globales d'analyse des génomes : transcriptome, protéome...


Connaissance (théorique) des méthodes expérimentales d’analyse de séquences, notions d'analyse globale des génomes.

Connaissance des concepts et éléments de base de la génomique. Connaître et utiliser le vocabulaire de la génomique.

UniteEnseignement: Introduction à la programmation


Présentation du langage de programmation python

Présentation de l'interpréteur python

Structure d'un programme python

Un tour d'horizon de la syntaxe python par l'exemple

présentation d'un "tool kit" graphique

Apprentissage de python par l'exemple


Maitrise de la syntaxe python

Ecriture de programmes python simples

Pré-requis

Aucun

Bibliographie

www.framasoft.net/IMG/pdf/python_notes-2.pdf

UniteEnseignement: Structures des acides nucléiques et des protéines


Contenu pour la partie "acides nucléiques" (E. Westhof):

Structures et propriétés des acides nucléiques.

Stéréochimie des nucléotides.

Les appariements entre les bases des acides nucléiques.

Le polymorphismes de l’ADN.

Les interactions entre les acides nucléiques et de petits ligands tels que des antibiotiques ou des anticancéreux.

Le repliement secondaire et tertiaire des ARN.

Structure de l’ARN de transfert.

Les modules de reconnaissance entre acides nucléiques et protéines.

Contenu pour la partie "Protéines" (J. Cavarelli) :

Introduction : Rôle des structures tridimensionnelles dans la compréhension des fonctions biologiques. Les structures 3D comme des outils pour la compréhension des mécanismes du vivant. Illustration sur quelques exemples clé dans l’histoire de la biologie (2H)

Stéréochimie des protéines. Mécanique et dynamique des protéines (globulaires). Les degrés de liberté d’une chaine polypeptide. Les structures secondaires (répétitives et non répétitives), structure tertiaire et quaternaire. Introduction au problème du repliement des protéines. (4H)

Motifs structuraux. Organisation en domaines. Symétrie des édifices macromoléculaires. Dynamique et flexibilité d’une structure 3D. (2H)

Bioinformatique structurale : Utilisation de l’information de séquence pour prédire les fonctions. Utilisations des bases de données en biologie. Marier l’information structurale du 1D au 3D. (2H)

Les grandes classes de domaines protéiques. Illustration sur quelques exemples de repliements importants en biologie (Super-Repliements) (Tim barrel, OB-fold, Immunoglobulin fold, Rossmann fold, Jelly roll, globin fold, histone fold, PH domain, motifs de reconnaissance macromoléculaire). (3H)

Introduction à la classification structurale et évolutive des domaines protéiques (1H)


Donner les outils (l’alphabet, le vocabulaire et la grammaire) pour comprendre et analyser les structures tridimensionnelles des acides nucléiques et des protéine.

Pour les acides nucléiques, comprendre les relations entre la chimie structurale et les propriétés de repliement des acides nucléiques.

Pour les protéines, comprendre les relations entre la séquence et la (les) structure(s).

De manière générale, comprendre la stéréochimie et de la dynamique des macromolécules biologiques. Avoir de bonnes connaissances de la structure tridimensionnelle des acides nucléiques et des protéines. Savoir manipuler des logiciels de visualisation de macromolécules biologiques. Connaitre quelques outils de manipulation de l’information 1D et 3D. Logiciel de référence : PFAAT (1D) , PyMol (3D).

UniteEnseignement: Transfert de l'information génétique


- Connaître les mécanismes moléculaires mis en jeu chez les eucaryotes et les bactéries, dans l’expression des gènes, le métabolisme des ARN et la biosynthèse des protéines.

- Connaître les techniques courantes utilisées pour synthétiser et détecter les acides nucléiques et les protéines.

- Connaître les techniques d’analyse à haut débit de l’ADN, de l’ARN et des protéines.


Savoir expliquer les réactions mises en œuvre dans la cellule lors de la biosynthèse des ARN et des protéines et comprendre l’effet de mutations sur l’expression des gènes. Comprendre la démarche expérimentale utilisée dans l’étude de ces mécanismes moléculaires.

UniteEnseignement: Synthèse organique


Compléments de stéréochimie et mécanismes réactionnels :

- chiralité axiale et planaire, hélicité

- résolution des énantiomères

- assistance anchimérique

- stabilisation des carbocations par des groupes distants

- SE aromatique et SN aromatique

Inter conversion de groupements fonctionnels - Chimiosélectivité

- Réactions de protection et déprotection (carbonyle, alcool, amine, acide)

- Chimiosélectivité des oxydations (oxydation au chrome , ruthénium et manganèse, Swern, Dess Martin)

- Chimiosélectivité des réductions ( Hydrogénation catalytique, Hydrures)

- Dihydroxylation, époxydation (exemple en version asymétrique)

- Ozonolyse

- Rupture oxydante des diols

Réactions de formation de liaison carbone-carbone

- Addition nucléophile sur le carbonyle (Diastéréosélectivité, Modèle de Felkin et Cram chélaté)

- Chimie des énolates, Aldolisation

- Réaction de Wittig (son mécanisme avec sel et sans sel de Li+, diastéréosélectivité

- Réaction de Horner-Wadsworth-Emmons - Réaction d’Umpolung

- Réaction de couplage au palladium (Heck, Stille, Suzuki, Sonogashira


- Interpréter les réactions chimiques dans les systèmes d'intérêt biologique.

- Acquérir et maîtriser des éléments de synthèse et de stéréochimie pour analyser les synthèses existantes de composés biologiquement actifs et également s’initier à la conception de nouvelles molécules.

Pré-requis

Chimie Organique :Notions de base

UniteEnseignement: Propriétés et mécanismes des enzymes


Purification et propriétés des enzymes, nature protéique ; organisation du site actif ; rôle des cofacteurs. Energétique des réactions La catalyse chimique et enzymatique : mode d’action des catalyseurs ; particularités du catalyseur enzymatique. Cinétique michaéliene : équation de Michaelis – Menten ; détermination des constantes cinétiques, Km, Vmax ; les phases de la réaction enzymatique ; étape limitante de la réaction et signification du kcat. Influence de la température et du pH sur la réaction enzymatique. Les divers types d’inhibiteurs, détermination du Ki. Interactions enzymes –substrat, détermination de la constante de dissociation du complexe et du nombre de sites de liaison. Le cours est illustré par des applications portant sur l’établissement d’un tableau de purification d’un enzyme, la détermination de ses constantes cinétiques et de l’activité spécifique.


Une connaissance des propriétés structurales et catalytiques des enzymes et acquérir les bases de la cinétique chimique et de la cinétique michaélienne

UniteEnseignement: Chimie analytique


Le but de cette UE obligatoire est de donner aux étudiants un premier aperçu des différentes méthodologies analytiques utilisées dans le domaine de l'environnement, de la santé ou de l’agroalimentaire. L’enseignement théorique est illustré par des applications concrètes réalisées en travaux pratiques.

Thèmes abordés :

- Modes de préparation des échantillons ; extractions phase liquide, phase solide.

- Principales méthodes séparatives utilisées en chimie analytique qualitative et quantitative : chromatographies liquide et gazeuse et techniques apparentées. Notions fondamentales en chromatographie (coefficient de partage, facteur de capacité, théorie des plateaux, sélectivité, résolution), choix des phases stationnaires, optimisation des séparations, modes de détection associés, traitement de l’échantillon.

- Spectrométrie de masse : modes d’ionisation ; analyseurs ; règles de fragmentation des molécules organiques.


Compréhension des principales techniques utilisées en chimie analytique.

Etre capable de préparer un échantillon à partir d’un produit naturel.

Savoir analyser l’échantillon obtenu par CPG, HPLC ou chromatographie ionique.

Savoir mettre en œuvre une démarche expérimentale en utilisant les méthodes de mesure les plus adaptées et en identifiant les sources d’erreurs.

Etre capable de caractériser une molécule organique simple par spectrométrie de masse (mécanismes de coupure en impact électronique).

Pré-requis

aucun

UniteEnseignement: Langues vivantes licence 3 semestre 5 CRL


Pratique individuelle en centre de ressources et à distance (http://www.netvibes.com/english_online, http://www.netvibes.com/deutsch_online) et pratique collaborative sur projets dans la continuité des UE de L1 et L2, visant à atteindre a minima le niveau de compétence B2, aboutissement du cursus de licence.



Améliorer ses compétences de compréhension et d’expression en fonction de ses besoins individuels pour atteindre des objectifs institutionnels tels que la maîtrise de la compréhension d’articles dans les domaines généraux et scientifiques, la compréhension de conférences, la capacité

à écrire des comptes rendus de travail et des synthèses et la capacité à interagir avec aisance (compétences de niveau B2 minimum).











Pré-requis

Néant.


Bibliographie

















Pré-requis


Bibliographie




UniteEnseignement: APE - préparation C2i


Cette UE permet aux étudiants d’affiner et de construire leur projet personnel professionnel et/ou de poursuite d’étude.

Les étudiants travaillent en petits groupes pour rechercher des informations sur les domaines et les secteurs d’intérêt professionnel ; les métiers et les formations pour y accéder ; ces informations sont ensuite communiquées à l’ensemble du groupe.

Un travail individuel et en groupe permet dans un second temps l’élaboration d’outils fondamentaux de communication lors de toute candidature (emploi, stage ou master) que sont le CV les lettres de motivations et les entretiens.

De plus dans cette UE, nous offrons aux étudiants une préparation à la certification informatique C2i niveau 1 permettant d'attester de compétences numériques désormais indispensables à la poursuite d'études supérieures et à l'insertion professionnelle.


Recherches d’informations; outils pour réaliser un bilan de compétence ; élaboration de CV, de lettres de motivation, de fiches analytiques de projet, simulation d’entretien.

Le C2i devrait permettre à tout étudiant de savoir utiliser les ressources numériques de l'ENT offertes par l'université, de naviguer dans l'espace numérique et de s’adapter à l'évolution des nouvelles technologies de communication.

UniteEnseignement: Culture scientifique et technique


Ce cours est une introduction à l’histoire et la philosophie des sciences du vivant et à certaines questions éthiques qui s'y rapportent. Il vise à montrer que l’histoire des sciences biologiques et médicales repose sur l’examen de concepts, théories et pratiques scientifiques replacés dans leurs contextes sociaux, culturels, politiques et économiques. Ce cours s'articule autour de trois thématiques-clés de l’histoire et la philosophie des sciences du vivant du XVIII e siècle à nos jours: l'histoire naturelle de Linnée à Darwin, la question de l'hérédité de Mendel au projet "Génome humain" et la question de l'expérimentation humaine et animale au XIX e et XX e siècles.


Cet enseignement a pour objectif d’apporter à l’étudiant des éléments de réflexion (issus des approches historiques, philosophiques et sociales) pour comprendre des idées et des contenus scientifiques et techniques, et la manière dont ils ont été structurés et ont évolué au cours du temps. A partir de la recherche et de l'étude de documents scientifiques, ce cours vise à développer chez l'étudiant une capacité à établir des liens entre les sciences et les humanités. Par la mise en

perspective historique et philosophique de thèmes particuliers (voir ci-dessus), ce cours a pour but de faire prendre conscience à l’étudiant de l’historicité des discours et des pratiques scientifiques afin d’enrichir et de modifier sa perception des disciplines qu’il étudie. Enfin, ce cours cherche à développer chez l’étudiant un point de vue critique par rapport à des questions posées actuellement par la science, en particulier des questions éthiques soulevées par les sciences biologiques et médicales, ainsi qu’à discuter la place de ces sciences dans la société.

Pré-requis

Aucun

Bibliographie

- BONAH, C. ( et al.), Nazisme, science et médecine, Paris, Editions Glyphe, 2006.

- DUPOUEY, P., Épistémologie de la biologie : la connaissance du vivant, Paris, Nathan, 1997.

- DURIS, P. & GOHAU, G., Histoire des sciences de la vie, Paris, Nathan, 1997.

- ENDERSBY, J., A Guinea Pig’s History of Biology, London, Arrow Books, 2007.

- FOUCAULT, M., Les Mots et les choses : une archéologie des sciences humaines, Paris, Gallimard, 1966.

- FOX KELLER, E., Le Siècle du gène, Paris, Gallimard, 2003 (1ère édition américaine 2000).

- GUERRINI, A., Experimenting with Humans and Animals : from Galen to Animal Rights, Baltimore, Johns Hopkins University Press, 2003.

- JACOB, F., La Logique du vivant : une histoire de l’hérédité, Paris, Gallimard, 1970.

- MAYR E., Qu’est-ce que la biologie, Paris, Fayard, 1998, (1 ère édition américaine 1997).

- MORANGE, M., Histoire de la biologie moléculaire, Paris, La Découverte, 1994.

- PICHOT, A., Histoire de la notion de vie, Paris, Gallimard, 1993.

- WALLER, J. , Fabulous Science: Facts and Fiction in the History of Scientific Discovery, Oxford, Oxford University Press, 2002.

UniteEnseignement: Introduction à l'algorithmique


Qu'est ce qu'un algorithme ?

Intérêt de l'algorithmique

Des algorithmes simples basé sur python :

- algorithmes de tri

- listes

- fonctions de hachage

Notion de récursivité

Notion de performance d'un algorithme

Introduction aux classes de python


Compétences de base en algorithmique

Programmation en langage Python.

Pré-requis

Aucun

UniteEnseignement: Initiation au médicament (obligatoire si non validée en Licence)


Le principe actif : développement et caractérisations

Exemples de cibles pharmacologiques de médicaments

Paramètres de mesure des effets pharmacologiques : liaison spécifique, relation effet-concentration

Biopharmacie : mise en forme galénique du médicament, voies d’administration, sort du médicament dans l’organisme, biodisponiblité, notions simples de pharmacocinétique

Législation pharmaceutique

Notion d’économie de la santé


Comprendre les spécificités du médicament et les étapes de développement de la recherche du principe actif à la mise sur le marché

S’approprier le vocabulaire pharmaceutique dédié au médicament

UniteEnseignement: Structures et reconnaissance macromoléculaires


Cours "acides nucléiques" (E. Westhof):

Structures à brins multiples et structures tertiaires de l’ADN.

Topologie de l’ADN superenroulé.

Les structures des polymérases.

L’architecture du ribosome.

Les interactions des antibiotiques avec le ribosome.

L’ARN catalytique.

Les modules structuraux dans le repliement de l’ARN.

Introduction à la bioinformatique de l'ARN.

Cours "protéines" (J. Cavarelli):

L’évolution au niveau 3D : une première approche. Organisation modulaire et fonctionnelle des protéines. Classification structurales et évolutives des protéines (SCOP et CATH). Evolution des séquences et des structures 3D. Comprendre et Analyser les similarités de structures en termes biologiques (3H)

Domaines et mécanismes de reconnaissances par l’exemple. Enzymes. Transcription et traduction de l'information génétique. Signalisation cellulaire (Protéines membranaires et récepteurs nucléaires) (6H)

Biologie structurale et Santé. Structure 3D dans quelques pathologies humaines. Rôles et fonctions

des structures 3D dans le processus de découverte de nouveaux composés à actions thérapeutique. (3H).

Présentation des méthodes de détermination des structures 3D. Savoir lire, analyser et comprendre les données d’un fichier « PDB » (2H).


Compléter et approfondir ses connaissances structurales des acides nucléiques et des protéines.

Comprendre et analyser les relations entre les fonctions et les structures 3D.

Compréhension des interactions entre macromolécules biologiques.

Illustrer l’apport des structures 3D dans la connaissance des systèmes biologiques.

Prévoir un mécanisme biologique à partir des informations de séquences et de structures.

Bioinformatique structurale: utilisation des informations de séquences et de structures 3D pour la compréhension des fonctions biologiques.

Utilisation de logiciels de visualisation de macromolécules biologiques. Logiciels de référence 3D : PyMol, Chimera.

Pré-requis

Avoir suivi l'UE Structures des acides nucléiques, des protéines et de leurs complexes en L3S5 (3 ECTS).

UniteEnseignement: Purification et analyse des macromolécules biologiques


COURS

Description des méthodes de séparation des protéines et des acides nucléiques

1) Chromatographies sur colonne (échange d'ions, gel-filtration, chromatographie sur support hydrophobe, chromatographie d'affinité) et chromatographie en couche mince;

2) Electrophorèse sur gel de polyacrylamide dans les conditions natives et dénaturantes et sur gel d'agarose: principe, utilisation en protéomique et en biologie moléculaire;

3) centrifugation : principe des divers types de centrifugation, application à la séparation des organites et des biomolécules. Effets des sels sur la solubilité des biomolécules; application au fractionnement des protéines et des acides nucléiques et à leur cristallisation.

4) Purification de protéines recombinantes.

5) Etablissement d’un tableau de purification, évaluation de la pureté, de l'homogénéité et de l'intégrité d'une biomolécule.

6) Dénaturation des protéines et des acides nucléiques. Sensibilité des biomolécules aux agents physiques et chimiques ; protection en cours de purification par des réactifs appropriés.

7) Détermination des paramètres moléculaires d'une protéine : masse apparente et masse réelle, structure oligomérique, rayon de Stokes, coefficients de friction, de diffusion et de sédimentation.

8) Méthodes permettant d’étudier les interactions : protéine - protéine et protéine - acide nucléique.

TD:

Préparation des TP, enzymologie, chromatographies, centrifugation, clonage,...

TP: 50h

Surexpression, extraction, purification et établissement du tableau de purification d’une protéine recombinante.


Connaissance des méthodes de fractionnement et de purification des biomolécules et de détermination de quelques propriétés structurales et fonctionnelles

UniteEnseignement: Synthèse organique expérimentale


- Réalisation d’une synthèse multiétapes de composés organiques d’intérêt biologique

- Initiation à la recherche bibliographique

- Contrôle et analyse des composés synthétisés par spectroscopie (IR, UV, RMN et SM)


- Initiation aux techniques fondamentales de synthèse organique (suivi de réaction, manipulation sous atmosphère inerte, chromatographies etc…).

- Méthodes de caractérisation et d’analyse des composés

UniteEnseignement: Chimie de coordination et bio-inorganique


Chimie de coordination: dans une première partie de cette UE, les bases de la chimie de coordination seront abordées (composés de coordination, géométrie des complexes, théorie du champ cristallin, différentes familles de ligands, règle des 18 électrons, décomptes électronique dans les complexes, degré d'oxydation).

Chimie bioinorganique: dans cette seconde partie, quelques systèmes biologiques impliquant des composés inorganiques seront présentés (transport et stockage de l'oxygène, catalyse enzymatique, métaux en médecine...). Les notions vues dans la première partie seront utilisées pour comprendre et analyser le rôle biologique des ions métalliques (et de leurs composés de coordination) dans ces application biologiques.


Reconnaître et analyser un composé de coordination avec un ion métallique (géométrie du complexe, degré d'oxydation du métal...) et appréhender son mode d'action dans certaines réactions catalytiques et biologiques.

Pré-requis

Atomistique

Structure de Lewis

Nombre d'oxydation

Bibliographie

Organometallics Elschenbroich Christoph, 2006, Wiley-VCH, Weinheim.

Chimie moléculaire des éléments de transition Mathey François et Sevin Alain, 2000, Editions de l'école polytechnique.

The organometallic chemistry of the transition metals, Crabtree Robert, 2005, Wiley Intersciences.

UniteEnseignement: Chimie métabolique


Cette UE obligatoire à l’interface chimie biologie propose une première approche moléculaire des processus biologiques impliqués dans le métabolisme et en particulier des processus impliquant certains cofacteurs enzymatiques.

Thèmes abordés :

Macromolécules biologiques et chimie bioorganique : les grands types de mécanismes réactionnels, rôle des protéines et des cofacteurs enzymatiques

Catalyse acido-basique : mécanisme de l’aldolase, protéases à sérine, ...

Oxydation et réduction : NAD+/NADH

Réactions dépendantes du pyridoxal phosphate : transamination, déamination, décarboxylations, racémisation, rétro-aldolisations

Enzymes à thiamine pyrophosphate : : glycolyse, biosynthèse des terpènes


Compréhension du rôle catalytique des enzymes et du rôle joué par certains cofacteurs.

Compréhension des mécanismes à l’échelle moléculaire mis en jeu dans le métabolisme

Compréhension des interactions entre biomolécules : implications sur la régio et stéréosélectivité des réactions

Pré-requis

Cette UE nécessite des connaissances de base en biochimie structurale.

Bibliographie

McMurry J, Begley T, Chimie organique des processus biologiques. de boeck 2006

UniteEnseignement: Symétrie moléculaire


Définitions des éléments de symétrie, des opérations de symétrie. Groupes ponctuels de symétrie. Détermination des groupes de symétrie de molécules. Représentations et tables de caractères. Vibrations moléculaires. Aspects symétriques de la liaison chimique.


- Savoir reconnaître les éléments de symétrie d’une molécule ; en déduire son groupe ponctuel de symétrie. - Savoir utiliser un tableau de caractères et en déduire les conséquences physico-chimiques des molécules. - Savoir construire des orbitales moléculaires par symétrie. - Habituer les étudiants à fournir un travail personnel régulier.

UniteEnseignement: Extraction et analyse de données biologiques


Les dernières années ont vu le développement et l’amélioration de plusieurs approches expérimentales conduisant à une production en masse de données : séquençage des génomes, méta-génomique, transcriptomique, protéomique, séquenceurs de nouvelles générations, puces à ADN, résolution de structures moléculaires de très grande taille par cristallographie ou cryo-microscopie,…. Tout projet scientifique moderne est donc systématiquement confronté à l’exploitation de ces données ainsi qu’à celles produites par les approches expérimentales mises en œuvre au cours du projet lui-même.

L’exploitation des données scientifiques peut se subdiviser en plusieurs étapes nécessitant des compétences de domaines d’expertises différents, domaines enseignés le plus souvent de manières indépendante et disjointe. On peut ainsi distinguer :

• la capacité à acquérir, lire et formater les données,

• la capacité à analyser, fouiller les données et à en extraire les informations pertinentes,

• la capacité à visualiser et à interagir avec les données.

Le but de cet enseignement est de fournir une vision complète des différentes étapes à mettre en œuvre depuis la récupération des données jusqu’à leur analyse dans le cadre de projets scientifiques. Il proposera une initiation aux concepts, méthodes et outils permettant de réaliser les trois étapes fondamentales nécessaires à toute exploitation de données informatiques :

• leur récupération depuis les banques de données et les réseaux informatiques,

• leur lecture, mise en forme et reformatage,

• leur analyse et leur visualisation.

Cet enseignement devra également permettre de faire le lien avec tout autre se focalisant plus précisément sur certains de ces aspects (enseignements sur les bases de données et sur l’utilisation d’Internet, enseignements de mathématiques et de statistiques, enseignements sur les outils de visualisation et d’imagerie,…).

Les besoins et les compétences dans ce domaine deviennent tels que l’on parle maintenant de “Data Science“ et de métier de “Data Scientist”.

De plus en plus de données étant accessible depuis Internet, cet enseignement insistera particulièrement sur la structure de ce réseau et sur les différents moyens d'accès aux données: sites FTP, flux RSS, services webs,...


A l'issue de cette UE, l'étudiant sera capable de mettre en oeuvre son propre protocole d'analyse de données. Il saura où et comment récupérer ses données. Il saura comment les convertir afin de les rendre "utiles" et "exploitables". Finalement, il saura comment les analyser et les visualiser. Cette UE permettra de découvrir et de manipuler un grand nombre d'outils gratuits et disponibles pour la plupart des systèmes d'exploitations (Linux, MacOSX et Windows) : - des outils de conversion “généraux” (sed, awk, google-refine,…) et bioinformatiques (open babel, readseq, EMBOSS,…) - des outils de visualisation : Processing, gnuplot, Simulchart, Gephi, Cytoscape, Google Charts, IBM Many Eyes,... - des outils d'analyse et de fouille de données : R et BioConductor, Sage, Octave, Weka,... - des outils de construction de protocoles d'analyse : Taverna, Knime, Yahoo Pipes, Kepler, myExperiment,...

Pré-requis

Aucun pré-requis

Bibliographie

"What is Data Science?” http://radar.oreilly.com/2010/06/what-is-data-science.html

“Rise of the Data Scientist” http://flowingdata.com/2009/06/04/rise-of-the-data-scientist/

UniteEnseignement: Biotechnologie moléculaire


Techniques: - Chimie et biologie moléculaire des techniques d'ADN recombinant : clonage, synthèse, séqençage et amplification d'ADN - Mutagénèse (dirigée et aléatoire) et recombinaison - Stratégies de surexpression de protéines recombinantes (systèmes pET, Gateway) - Stratégies de criblage et selection - Evolution dirigée

Applications: - Ingénierie des protéines (études fondamentales et appliquées de l'activité enzymatique) - Ingénierie des protéines à visée therapeutique (anticorps) - Vaccins synthétiques : un exemple de thématique à l'interface chimie - biologie - Introduction à la bioprospection: stratégies combinées de chimie et de biologie moléculaire de détection de composés microbiens et de nouvelles activités enzymatiques microbiennes d'intérêt.


Relier des connaissances issues de domaines différents (U) Appliquer les connaissances acquises aux nouvelles questions et thématiques à l'interface chimie-biologie-environnement (I)

UniteEnseignement: Etudes de publications scientifiques


L’étudiant devra analyser une publication scientifique chimique ou biochimique (travail d’analyse, de compréhension, de recherches relatives au sujet de la publication,…). Cette analyse se concrétisera par la rédaction d’un rapport et par une présentation orale qui seront évalués par un jury.


Analyser une publication scientifique et écrire un rapport (en respectant les consignes données). Faire une présentation orale après lecture d’une publication.

Préparer un support de communication adapté. Effectuer une recherche bibliographique.

UniteEnseignement: Statistique pour Biologistes L3S6


- tests non paramétriques: test des signes, test de Wilcoxon, test de Mann-Whitney - analyse de la variance, test de Tukey, test de Dunnett, test de Kruskal-Wallis, test de Levène, test

de normalité, test de Bartlett - corrélation linéaire, régression linéaire simple


- savoir faire fonctionner ces tests "à la main" lorsque l'échantillon est petit - illustrations à l'aide du logiciel MINITAB - bien comprendre sur de petits échantillons comment procède MINITAB pour savoir interpréter ses résultats dans des cas plus généraux - les travaux dirigés ont lieu en salles d'ordinateurs (un poste par personne) pour permettre aux étudiants de bien se familiariser avec le maniement de ce logiciel - le traitement d'exemples concrets avec l'outil informatique MINITAB doit aider les étudiants à s'approprier les aspects théoriques des énoncés statistiques, pour etre en mesure de s'adapter ultérieurement à d'autres logiciels

Pré-requis

- notions de base en probabilité et statistique (voir par exemple le programme de Statistique pour Biologistes L2 S4) - premiers pas avec le logiciel MINITAB - utilisation de la plateforme moodle

Bibliographie

1) Cours de Statistique pour Licence troisième année de Biologie

auteurs: F.Bertrand, J.-L. Dortet, C.Dupuis, P.Nobelis, H.-P.Li, M.Maumy-Bertrand

2) autre document de travail: les transparents utilisés en cours sont déposés chaque semaine sur la plateforme moodle sous forme de fichier pdf


cet enseignement est obligatoire pour les parcours BMC et BCPO et optionnel pour les parcours SVT et CB

UniteEnseignement: Initiation au travail expérimental de recherche en laboratoire (3 ECTS, L3S6)


Cette UE consiste en un stage individuel en laboratoire de recherche à plein temps, d'une durée totale de trois semaines au moins, encadré en continu par une personne identifiée du laboratoire d’accueil.

L’objectif de cette UE est d’effectuer personnellement des expériences de recherche avec une (ou plusieurs) technique(s) utilisée(s) en routine au laboratoire d’accueil, afin de contribuer à une question bien définie d’un sujet de recherche du laboratoire.

Le sujet du stage devra avoir un lien clair avec l’intitulé du parcours de la licence.


Mettre en oeuvre une démarche expérimentale

Travailler au sein d'une équipe

Effectuer une recherche bibliographique

Analyser des publications scientifiques

Ecrire et parler en anglais

Pré-requis

L2 chimie-biologie, ouvert aux spécialités et parcours de chimie ou de biologie


Site actuel de cette UE existante: http://sites.google.com/site/chimiebioeps

Cette UE est évaluée dans le cadre du semestre L3S6.

Possibilité de l'effectuer directement après le L2S4 (proposition du sujet avant la mi-mai pour un travail pendant les congés d’été avant la rentrée L3) ; au cours du L3 (proposition du sujet avant la mi-septembre pour un travail en L3S5, et proposition du sujet avant la fin novembre pour un travail en L3S6).

http://sites.google.com/site/chimiebioeps

UniteEnseignement: Introduction aux systèmes de bases de données


- Introduction aux bases de données. - Schéma d'une base de données relationnelle. - Langage d'interrogation SQL (Structured Query Language). - Dépendances fonctionnelles et normalisation d'un schéma relationnel. - Conception d'une base de données relationnelle : modélisation entités-associations et traduction d'un schéma entités-associations en schéma de la base de données (tables).

Mise en pratique avec MySQL et LibreOffice Base

Exemple de base de données en biologie


Comprendre la structuration d'une base de données

Être capable de concevoir une base de données simple

Être capable de formuler une requête simple sur une base de données relationnelle

Pré-requis

Aucun

Documents

Licence Mention Science du vivant, Parcours Chimie et biologiesciencesvie.unistra.fr/fileadmin/upload/sciences_de_la_vie/Chris/... · Licence Mention Science du vivant, Parcours Chimie