LMGE Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement · PLAN DE FORMATION 2015 LMGE Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement UMR CNRS 6023 Télesphore Sime-Ngando

PLAN DE FORMATION 2015

LMGE

Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement

UMR CNRS 6023

Télesphore Sime-Ngando Tél 04 73 40 78 36

(Directeur de l’Unité) Fax 04 73 40 76 70

mail : [email protected]

Corinne Bardot Tél 04 73 40 51 58

(Correspondant formation CNRS) Fax 04 73 40 76 70

mail : [email protected]

mailto:[email protected]


2

Sommaire

I. Structure du laboratoire .................................................................................................................................. 4

1. Statut du laboratoire....................................................................................................................................... 4

2. Organigramme du laboratoire et ressources humaines (prévisions janvier 2015).............................................. 4

3. Organisation structurale du laboratoire ........................................................................................................... 5

II. Objectifs scientifiques du laboratoire .............................................................................................................. 6

1. Cadre scientifique général .............................................................................................................................. 6

2. Objectifs scientifiques ................................................................................................................................... 7

III. Le LMGE et la Formation Permanente ........................................................................................................... 8

1. Bilan des formations accomplies lors du dernier quadriennal 2008-2011 ......................................................... 8

2. Bilan des formations accomplies depuis le début du présent quinquennat 2012-2016 ...................................... 8

3. Budget du LMGE pour la formation du personnel .........................................................................................12

4. Organisation de formations INTRA depuis 2012 ...........................................................................................12

5. Ecole thématique VIR2OMIQUES ...............................................................................................................12

6. Mise à disposition des compétences au LMGE ..............................................................................................13

7. Evolution des projets scientifiques ................................................................................................................13 8. Evolution de la composition du personnel .....................................................................................................14

IV. Analyse détaillée des besoins ...........................................................................................................................15

1. Besoins liés aux services communs de l’Unité ...............................................................................................15

Permis de conduire BE

Permis fluvial

Hygiène et à la Sécurité : Sauveteur Secouriste du Travail et Equipier incendie

Acquisition et validation des compétences en Expérimentation Animale

Electronicien

Comptabilité : Dématérialisation des factures CNRS et UBP

Ressources Humaines : Modalités de recrutement des CDD

Qualité :

La métrologie dans les laboratoires

Audit interne

2. Besoins des équipes liés aux projets scientifiques ..........................................................................................17

2.1. Besoins communs à plusieurs équipes .................................................................................................17

Formation approfondie : cycle « Séquençage Haut Débit (NGS : Next Generation Sequencing »

Traitement d’Images sous ImageJ

Microscopie et marquage cellulaire

GC-IRMS (Gas Chromatography-Isotope Ratio Monitoring Mass Spectrometry)

2.2. Besoins spécifiques des différentes équipes .........................................................................................20

2.2.1 Equipe « Interactions hôtes-parasites »

Microscopie confocale

Recherche d'informations à partir d'une séquence nucléique ou protéique

Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)

2.2.2 Equipe « Communautés Microbiennes : Ecotoxicologie et Santé »


Comparaison et annotation génomiques, protéiques et métaboliques des souches

bactériennes

3


bactériennes

Protéomique

Fractionnement protéique

2.2.3 Equipe « Microbiologie Environnementale et Bioinformatique »

Stratégies de préparation d'échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle

génération

2.2.4 Equipe « Virus et Métabolisme Microbien »

Systématique des microalgues d’eau douce

2.2.5 Equipe « Interactions dans les Réseaux Trophiques Aquatiques »

Marquage SIP

3. Besoins exprimés à titre individuel ................................................................................................................25

BILAN de COMPETENCES

Diplôme d'Université ENSEIGNER dans le SUPERIEUR

Anglais général

Anglais technique : Teaching, talking in English…and socializing

Power Point

4. Synthèse de l’analyse des besoins en formation .............................................................................................26

Tableau 1 : Synthèse de l’analyse des besoins en formation pour 2015 au LMGE

Annexe 1 : Organigramme prévisionnel pour janvier 2015

Annexe 2 : Tableau des formations accomplies de juin 2010 à septembre 2013

Annexe 3 : Synthèse de l’Ecole Thématique CNRS « VIR2OMIQUES »

Annexe 4 : Electronicien (C For Pro : devis et programme)

Annexe 5 : Cycle NGS (Fc3BIO)

Annexe 6 : Traitement sous ImageJ (CNRS Formation Entreprises)

Annexe 7 : Microscopie et marquage cellulaire : "La vidéo-microscopie de fluorescence du microcosme vivant,

virus et compagnie (CNRS Formation Entreprises)

Annexe 8 : GC-IRMS – Analyse des rapports isotopiques (CNRS Formation Entreprises)

Annexe 9: Microscopie confocale (CNRS Formation Entreprises)

Annexe 10 : Recherche d'informations à partir d'une séquence nucléique ou protéique (Fc3BIO)

Annexe 11 : Comparaison et annotation génomiques, protéiques et métaboliques des souches bactériennes

(Fc3BIO)

Annexe 12 : Fractionnement protéique (Institut National Polytechnique de Toulouse)

Annexe 13 : Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS) (CNRS Formation

Entreprises)

Annexe 14 : Systématique des microalgues d’eau douce (UMR CARRTEL, INRA Thonon les Bains

4

PLAN DE FORMATION 2015

LMGE : Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - UMR CNRS 6023

L’élaboration de ce PFU est une mise à jour du précédent document de 2014 considérant en

particulier, l’évolution des projets scientifiques annoncés dans le présent quinquennat 2012- 2016.

I. Structure du laboratoire

1. Statut du laboratoire

Le laboratoire est une unité mixte sous la cotutelle de l’Université Blaise Pascal de Clermont II,

l’Université d’Auvergne de Clermont I et le CNRS. Elle est dirigée par Télesphore Sime-Ngando

(DR CNRS), assisté d’un directeur-adjoint, Frédéric Delbac (PU).

2. Organigramme du laboratoire et ressources humaines (prévisions janvier 2015)

Les activités de recherche du laboratoire se structurent autour de 5 unités fonctionnelles :

Interactions hôtes - parasites (IHP, responsable : F. Delbac)

Microbiologie de l'environnement et bioinformatique (MEB, responsable : D. Debroas)

Communautés microbiennes : Ecotoxicologie-Santé (CMES, responsable : C. Forestier)

Virus et Métabolismes microbiens en milieu aquatique (VMM, responsable : T. Sime-

Ngando)

Interactions dans les réseaux trophiques aquatiques (IRTA, responsable : C. Desvilettes)

La composition du personnel permanent du laboratoire sera la suivante :

8 chercheurs CNRS : 3 DR et 5 CR

43 enseignants-chercheurs : 14 professeurs et 29 maîtres de conférences, dont 2 PR et 5

MCU praticiens hospitaliers

24 personnels techniques : 11 BIATSS de l’Université Blaise Pascal, 5 BIATSS de

l’Université d’Auvergne, et 8 ITA du CNRS

Le laboratoire accueillera pour l’année 2015 également :

17 doctorants

7 post-doctorants

2 personnels techniques en CDD

5

En annexe 1 du présent document, est joint l’organigramme prévisionnel du laboratoire pour

janvier 2015.

3. Organisation structurale du laboratoire

Le pilotage du laboratoire est assuré par le directeur, assisté du directeur adjoint, et par le

Conseil de laboratoire, constitué de 20 membres. Ce conseil de laboratoire est consulté par le

directeur de l’Unité notamment sur le programme des recherches des équipes, les moyens

budgétaires, la politique des contrats de recherche concernant l'Unité, la gestion des ressources

humaines…

Ce pilotage est nourri par les propositions des différentes entités fonctionnelles du laboratoire :

le bureau exécutif, constitué du directeur, du directeur adjoint et des responsables d’équipes

le conseil de gestion, constitué du directeur, du directeur adjoint et des personnels assurant

le secrétariat et la gestion financière du laboratoire

le conseil de vie, constitué du directeur, du directeur adjoint et des personnes ressources

responsables de tâches communes. Il œuvre dans le cadre de la lettre d’engagement du directeur de

l’Unité à soutenir et à renforcer la démarche qualité, afin d’améliorer le cadre et les conditions de

travail.

Directeur Sime-Ngando T. (DR CNRS)

Directeur adjoint Delbac F. (PR UBP)

Bureau exécutif

Forestier C. (PR UA), CMES

Debroas D. (PR UBP), MEB

Desvilettes C. (PR UBP), IRTA

Sime-Ngando T. (DR CNRS), VMM

Delbac F. (PR UPB), IHP

Conseil de laboratoire

Conseil de gestion Secrétariat : Fruquière N. (AI CNRS)

Gestion : Dumas Y. (AI UBP) Achats : Chebance B. (T UBP)

Conseil de vie Assistant de Prévention : Wawrzyniak I.

(IE CNRS) Correspondant Formation: Bardot C. (IE CNRS)

Responsable Informatique : Charvy J-C. (IE CNRS)

Correspondant Communication : Bricheux G. (CR CNRS)

Correspondant Qualité : Donnadieu F. (T CNRS) …………

Organigramme de gouvernance du LMGE

6

L’unité possède :

un service « secrétariat – gestion » assuré par une secrétaire (AI), une gestionnaire (AI), et

une technicienne responsable des achats

un agent technique à mi-temps chargé de la maintenance du bâtiment

un IE (1 jour/semaine) pour le fonctionnement d’un microscope électronique à transmission

et d’un cytomètre en flux, et la maintenance des gros appareillages

un IE (1jour/semaine) pour la mise en place d’un plateau technique de culture des

microorganismes

un service informatique (IE, 2 jours/semaine)

un Assistant de Prévention (IE, 1 jour/semaine)

un Correspondant Formation (IE, 1 jour/semaine)

un Correspondant Qualité (T, 1 jour/semaine)

un Correspondant Communication (CR CNRS)

II. Objectifs scientifiques du laboratoire

1. Cadre scientifique général

Les recherches de l’unité sont centrées sur l’étude des microorganismes de l’environnement,

ces derniers étant considérés au sens large du terme, comprenant les trois grands domaines du

vivant (Archea, Bacteria, Eukarya) et les virus. Par leur diversité et leur complexité métabolique, et

en conjonction avec des temps de génération très courts et une capacité de mutations génétiques

élevée, les microorganismes sont des acteurs essentiels dans les cycles biogéochimiques qui sous-

tendent le fonctionnement de la biosphère. Ils sont omniprésents dans tous les écosystèmes (eau,

sol, air), y compris ceux présentant des conditions abiotiques extrêmes. Leur diversité taxinomique

et fonctionnelle est à la base de processus qui régissent le fonctionnement, l’organisation

biologique, la dynamique et la pérennité de notre environnement.

Les communautés microbiennes répondent rapidement aux changements naturels ou provoqués

de leur environnement. Leurs fortes capacités d’adaptation et de bioremédiation face à de tels

changements les placent au cœur de l’analyse des risques liés à la présence de substances polluantes

dans l’environnement. A ce titre, ils sont également d’excellents modèles biologiques pour les

microbiotests de toxicité.

Ainsi, les études les plus récentes sur la génomique, la physiologie et l’écologie des

microorganismes ont conduit à réévaluer le rôle des microorganismes dans le fonctionnement

des écosystèmes.

7

Par ailleurs, de nombreux microorganismes vivent associés à d’autres organismes (plantes,

animaux) avec lesquels ils entretiennent des relations immunes (symbiose, commensalisme,

mutualisme) ou pathogènes. De nombreuses parasitoses humaines et animales sont liées à des

microorganismes en général, et à des protistes et champignons en particulier.

Les recherches de l’unité se situent donc dans le cadre général de la microbiologie

environnementale, les microorganismes étant considérés comme des acteurs essentiels (i) dans le

fonctionnement des écosystèmes (notamment aquatiques et terrestres), (ii) dans l’analyse des

risques liés à l’introduction de contaminants, et (iii) comme sources de maladies infectieuses en

lien avec des problématiques environnementales (nosémoses d’abeilles, maladies émergentes,

infections nosocomiales….).

La spécificité du laboratoire consiste à associer, au sein d’une même structure, des compétences

au niveau de la génomique et de la post-génomique d’une part, et au niveau de la biologie des

populations et des écosystèmes et de l’écologie, d’autre part. L’introduction et le développement

croissant d’outils et d’approches moléculaires et cellulaires de la génomique et de la post-

génomique sont au cœur des préoccupations de l’unité. En conjonction avec la mise en œuvre

d’approches pluridisciplinaires, un tel développement est nécessaire pour répondre aux

questions scientifiques liées au fonctionnement des écosystèmes.

2. Objectifs scientifiques

Notre projet de recherche concerne l’étude des microorganismes procaryotes et eucaryotes

(archées, bactéries, protistes, champignons) et des virus, à différents niveaux d’intégration,

depuis les aspects moléculaires et cellulaires jusqu’aux rôles qu’ils jouent dans les écosystèmes.

Ces microorganismes sont considérés :

(i) comme des modèles de fonctionnement cellulaire intégré, notamment pour l’étude des

relations hôte-parasite au niveau génomique et post-génomique,

(ii) comme des modèles pour l’étude de la cytotoxicité de substances polluantes au niveau

écotoxicologique et écotoxicogénomique et

(iii) comme des éléments clés dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques et

terrestres, en relation avec différents forçages naturels et anthropiques.

Les démarches adoptées sont diversifiées et complémentaires, faisant notamment appel aux

approches dites « omiques » (génomique, protéomique, transcriptomique et métagénomique). Ces

approches permettent d’envisager une meilleure compréhension du fonctionnement des systèmes

complexes et des mécanismes d’adaptation des microorganismes dans des environnements

fluctuants. La mise en place de ces approches au sein de l’unité devrait permettre de mieux

8

répondre aux questions scientifiques d’intérêt général, comme celle de la relation entre diversité

microbienne et fonctionnement des écosystèmes naturels et anthropisés, en relation avec les

risques liés à la santé humaine et animale. Il s’agit donc de rapprocher génome et environnement,

en mettant les concepts et les outils de génomique et de post-génomique au service de questions

scientifiques ayant trait au fonctionnement des écosystèmes.

III. Le LMGE et la Formation Permanente

En 2002, Corinne Bardot, IE CNRS, a été désignée Correspondante Formation de l’Unité par le

Conseil de laboratoire sur proposition du directeur, afin d’élaborer le Plan de Formation de l’Unité

et de faire le suivi de ce PFU. Son travail consiste i) à susciter, au sein de chacune des équipes, des

discussions pour identifier les besoins en formation, en fonction notamment des évolutions

thématiques et technologiques, ii) à rédiger, sous couvert du directeur de l’Unité, le PFU annuel,

iii) à recenser et diffuser les possibilités de formation offertes par différents organismes aux

personnels de l’Unité, iv) à faire le suivi du PFU et v) à prendre en charge la logistique de

manifestations de formation, telles des INTRA ou cette année, une école thématique.

1. Bilan des formations accomplies lors du dernier quadriennal 2008-2011

Lors du dernier quadriennal, entre 2006 et juin 2010 (période sur laquelle a porté l’évaluation de

l’Unité), 94 actions de formation ont été réalisées dans des domaines variés et elles ont concerné 58

agents différents du laboratoire (25 chercheurs et enseignants-chercheurs, 16 ITA-BIATSS, 1 post-

doctorant et 16 doctorants).

Parmi ces actions de formation, deux d’entre elles ont été organisées en INTRA par Corinne

Bardot, avec le soutien des membres du laboratoire : i) la formation sur le logiciel ARB (2007),

assurée par Harald Meier et Ludwig Wolfgang de l’Université de Munich, auprès de 20 stagiaires

pendant deux jours, ii) la formation sur la cytométrie en flux (2009), réalisée par Dominique Marie

(IR CNRS à la Station Biologique de Roscoff), pendant 3 jours et auprès de 12 stagiaires. Ces deux

formations ont été soutenues financièrement par la Délégation CNRS Rhône Auvergne.

2. Bilan des formations accomplies depuis le début du présent quinquennat 2012-2016

Pour ce quinquennat, de juin 2010 à septembre 2013, une soixantaine d’actions de formation ont

été réalisées, avec 1/3 dans le domaine des connaissances scientifiques et techniques spécifiques,

mais également dans les domaines des finances, comptabilité et droit, de l’hygiène et la sécurité, de

la qualité, de l’informatique, et de la culture institutionnelle et efficacité personnelle. Elles ont

9

concerné 46 agents différents du laboratoire (17 chercheurs et enseignants-chercheurs, 16 ITA-

BIATSS, 4 post-doctorants et 9 doctorants).

Ce bilan est à l’image du quadriennal précédent, et confirme ainsi l’effort important de l’Unité

pour la formation du personnel et la motivation de ses membres à développer leurs compétences

professionnelles, en particulier liés à l’évolution des projets scientifiques et à l’avancée des

nouvelles technologies qui se mettent en place au laboratoire.

En annexe 2, figure le tableau détaillé de ce bilan.

Pour le bilan de cette dernière année, d’octobre 2013 à septembre 2014, figure ci-dessous le

tableau des formations accomplies, avec en gras les formations inscrites au PFU 2014 :

CONNAISSANCES SCIENTIFIQUES et TECHNIQUES SPECIFIQUES

NATURE de la

FORMATION AGENT ORGANISME et DUREE

FINANCEMENT

Inscription

(euros HT)

Frais de

mission

ANF ReCaMiA-

RCCM-RTmFm :

Introduction au

traitement d’images

pour les microscopes

B. Viguès, CR ReCaMiA-RCCM-RTmFm, 2

jours (2013) - CNRS

Microtomie et

microtomie

cryostatique

A. Dubuffet, MCU

UBP INRA Dijon, 5 jours (2013) UBP : 500 UBP

INTRA Phylogénie

moléculaire

C. Bardot, IE

CNRS

I. Batisson, MCU

UBP

M. Charpin, MCU

UBP

J.C. Charvy, IE

CNRS

A. Dubuffet, MCU

UBP

F. Khater, Doct UA

A.H. Lejeune, IE

CNRS

I. Mary, MCU UBP

A. Mone, IE CNRS

C. Petit, CR

V. Ravet, MCU

UBP

M. Sabart, post

doc.

LMGE, Aubière, 6 jours

(2014)

UBP : 1500

euro (coût de

l’intervenant)

-

Expérimentation

animale niveau 1 C. Nourrisson, doct. UBP, 60 heures (2014) LMGE : 600 -

2D & 3D FISH Summer

School M. Jobard, post doc.

GReD UMR 6293, 4 jours

(2014) LMGE : 500 -

Les bases de la culture

de cellules primaires B. Viguès, CR Fc3bio, 2 jours (2014)

CNRS DR7 :

800 CNRS

10

Cycle

bioinformatique : les

bases

A.H. Lejeune, IE

CNRS INRA Theix, 6 jours (2014)

CNRS DR :

570 LMGE

UE :

M1 « Génome et

bioinformatique »

L3 « Biologie de

l’évolution »

M. Sabart, post doc UBP, 20 heures (2013/14) - -

Microscopie

électronique appliquée

à la biologie

J. Colombet, IE

UBP CHU Poitiers, 2 jours (2014) UBP : 306 UBP

Analyse des données

RNA-seq et ChIP-seq

D. Balestrino, MCU

UA Fc-3bio, Lyon, 3 jours (2014)

Université

d’Auvergne :

1350

Université

d’Auvergne

Les maladies des

abeilles : la varroase

H. El Alaoui, MC

UBP

M. Roussel, postdoc.

Viguès B., CR

Syndicat des apiculteurs du

Puy de Dôme, LPA

Pontaumur (63), 1 jour

(2014)

LMGE : 60

HYGIENE et SECURITE

NATURE de la


FINANCEMENT

Inscription

(euros HT) Frais de mission

Equipier incendie de

1ère

intervention

G. Bricheux, CR

B. Chebance, T

UBP

N. Fruquière, AI

CNRS

A.H. Lejeune, IE

CNRS

A. Mone, IE CNRS

C. Nourrisson, doct

I. Wawrzyniak, IE

CNRS

UBP, ½ journée (2014) - -

Recyclage Sauveteur

et Secouriste du

Travail

J. Colombet, IE

UBP UBP, 1 jour (2014) - -

Risques psycho-sociaux F. Bonnemoy, IE

UBP

Comité d’Hygiène et

Sécutité UBP, 1 jour (2014) - -

MANAGEMENT & QUALITE

NATURE de la


FINANCEMENT

Inscription


Sensibilisation à la

Qualité en recherche et

en enseignement

supérieur

F. Bonnemoy, IE

UBP

G. Bricheux, CR

F. Donnadieu, T

CNRS

F. Perrière, IE UBP

CNRS – UBP – ARAQ –

RELIER, 1 jour (2014)

- -

Séminaire management F. Bonnemoy, IE UBP

T. SimeNGando, DR


Le Management de la

Qualité en recherche et

enseignement supérieur

pour les débutants

F. Donnadieu, T

CNRS QuaRES, 2 jours (2014)

CNRS DR7 :

500 CNRS DR7

11

Responsabilités

Sociales et

Environnementales

F. Bonnemoy, IE

UBP

Fédération Nationale des

Comités d’Action Sociale, 1

jour (2014)

- UBP

INFORMATIQUE

NATURE de la


FINANCEMENT

Inscription


Journée de rencontre du

Réseau Bases de

Données (RBDD)

J. C. Charvy, IE

CNRS RBDD, 3 jours (2013) - CNRS DR7

EXCELL

Fonctionnalités de

base

F. Donnadieu, T

CNRS

A. Vellet, T UBP

UBP, 18 heures (2014) - -

DIRAC - iRODS J.C. Charvy, IE

CNRS

GIS France Grilles, 3 jours

(2014) - -

CULTURE INSTITUTIONNELLE et EFFICACITE PERSONNELLE

NATURE de la


FINANCEMENT

Inscription


Structurer ses idées

pour mieux

communiquer

C. Bardot, IE CNRS

F. Donnadieu, T

CNRS

N. Fruquière, AI

CNRS

A.H. Lejeune, IE

CNRS

CNRS DR7, 1 jour (2014) - LMGE

Teaching in english

D. Latour, MCU

UBP

M. Sabart, post doc,

UBP, 20 heures

(2013/14) - -

RESSOURCES HUMAINES

NATURE de la


FINANCEMENT

Inscription


Emploi des personnels

non titulaires

N. Fruquière, AI

CNRS

CNRS DR7, ½ journée

(2014) - CNRS DR7

FINANCES, COMPTABILITE

Service Central de

Traitement de la

Dépense AGENT ORGANISME et DUREE

FINANCEMENT

Inscription


Service Central de

Traitement de la

Dépense - CNRS

Y. Dumas, AI UBP

N. Fruquière, AI

CNRS

CNRS, ½ journée (2014) - -

12

UTILISATION D'APPLICATIONS SPECIALISEES des TUTELLES

Service Central de

Traitement de la

Dépense AGENT ORGANISME et DUREE

FINANCEMENT

Inscription


SIFAC Missions

(Liquidation)

N. Fruquière, AI

CNRS UBP, 1 jour (2014) - -

3. Budget du LMGE pour la formation du personnel

Le LMGE réserve annuellement un budget de 3000 euros pour la formation de son personnel.

Cette année, il a financé, à ce jour, plusieurs formations individuelles à hauteur de 2100 euros.

4. Organisation de formations INTRA depuis 2012

Deux formations INTRA au LMGE ont été organisées par Corinne Bardot :

« Formation en statistiques appliqués » sur 5 jours de février à mars 2013. Cette

formation a été dispensée par Myriam Chanet, chercheur à l’IRSTEA de Clermont

Ferrand, auprès de 10 stagiaires du LMGE. Cette formation a été financée par

l’Université Blaise Pascale à hauteur de 1500 euros.

« Phylogénie Moléculaire » sur 6 jours en juin 2014. Cette formation a été dispensée

par Gisèle BRONNER, MCU au LMGE, auprès de 12 stagiaires du LMGE. Cette

formation a été financée par l’Université Blaise Pascale à hauteur de 1500 euros.

5. Ecole thématique VIR2OMIQUES

Une Ecole Thématique CNRS « VIR2OMIQUES : Les Virus de l’envIronnement :

échantillonnage, obseRvation, traitement de séquences génOMIQUES et métagénOMIQUES »,

organisée par le LMGE et portée par Télesphore Sime-Ngando, a eu lieu du 29 septembre au 2

octobre 2014 à la Station Biologique de Besse en Chandesse (63) de l’Université Blaise Pascal.

Cette manifestation a rassemblé 9 co-organisateurs (dont 6 du LMGE) et 13 participants pour un

budget total de 6500 euros (4500 de dotation du CNRS, 3000 de la Fédération Recherche et

Environnement et 3000 de recettes sur inscriptions). Ce projet a été très bien évalué par tous les

participants, et a en particulier permis la constitution d’un réseau de spécialistes avec ouverture sur

le domaine de la santé (forum, perspectives de réaliser une autre ET en 2017…)

En annexe 3, figure la synthèse de cette ET élaborée grâce aux fiches d’évaluation de fin d’école

et de la fiche de réalisation à remettre à la DR7.

13

6. Mise à disposition des compétences au LMGE

Gisèle Bronner (MCU UBP) nous a enseigné une formation en Phylogénie

Moléculaire d’une grande qualité lors de notre formation INTRA.

Anne Hélène Lejeune (IE CNRS) apporte régulièrement ses compétences en matière

de « Qualité des eaux et bioindicateurs invertébrés-diatomés » à la maison des

Sciences de Clermont Ferrand auprès des maîtres d’écoles et professeurs de collèges.

7. Evolution des projets scientifiques

Les besoins en formation de l’Unité tiennent compte en priorité de l’évolution des projets

scientifiques et de l’impératif de transmission des compétences, au regard de la pyramide des âges.

Les projets de recherche du laboratoire ont trait à l'étude des microorganismes procaryotes et

eucaryotes (Archaea, Bactéries, Protistes, Champignons) et des virus, à différents niveaux

d'intégration, depuis les aspects moléculaires et cellulaires jusqu'aux rôles de ces organismes dans

les écosystèmes. Les domaines d'application de nos travaux, sont principalement liés à la gestion

des ressources en eau, à la bioremédiation des écosystèmes pollués et à la santé.

La spécificité du laboratoire consiste donc à associer des compétences et des approches au

niveau de la génétique, de la génomique et de la post-génomique d’une part et, au niveau de la

biologie des populations et des écosystèmes et de l'écologie d’autre part. Dans les années à venir, le

projet de l’unité va évoluer et se structurer autours de trois grands domaines de recherche : (i)

écologie trophique, (iii) parasitismes et écosystèmes microbiens et (iii) écologie de la santé et

écotoxicologie. Ces recherches fondamentales sont porteuses d’enjeux socio-économiques et

biotechnologiques, dans les domaines notamment de la gestion de l’environnement, des services

écosystémiques et de la santé animale et humaine.

En conséquence, nos recherches font appel à différentes disciplines ou sous-disciplines (biologie

moléculaire, biologie cellulaire, génomique, microbiologie, biologie des populations et des

écosystèmes, écologie, écotoxicologie, bioinformatique, ….) et il en résulte une demande de

formation importante et très diversifiée. En outre, l’évolution rapide des méthodologies et des

appareillages entraîne un besoin permanent de mise à jour des connaissances.

14

8. Evolution de la composition du personnel

La pyramide des âges de l’Unité montre que la majorité des chercheurs et enseignants-

chercheurs ont entre 35 et 45 ans (âge moyen : 47,1 ans et médian : 44 ans). Cette catégorie de

personnel a dû faire évoluer leurs projets de recherche vers de nouvelles approches dites

« omiques », dans le cadre général de la microbiologie environnementale, générant des besoins en

bioinformatique important pour l’analyse des données de séquençage à haut débit. Cette évolution

doit s’accompagner d’une adaptation des compétences non seulement de ces chercheurs et

enseignants chercheurs, mais également du personnel technique qui pour la plupart n’a pas été

formée initialement à ces approches, compte tenu de sa moyenne d’âge de 43,3 ans (médian : 43

ans).

De façon positive, au sein du LMGE, de jeunes collègues du corps technique ont été

nouvellement recruté (entre 25 et 35 ans). Néanmoins, ceci nécessite des besoins en formation afin

d’adapter ces personnes à leur nouveau poste de travail. Certes, ce renouvellement permet de

recruter de nouvelles compétences adaptées au développement des nouvelles technologies mais, il

ne faut pas négliger les futurs départs en retraite qui nécessiteront de pérenniser les connaissances

fondamentales (écologie, taxinomie, microbiologie…) demeurant dans le laboratoire, non seulement

par la formation interne dans l’Unité, mais également par des formations externes.

0 2 4 6 8 10 12

25 - 30 ans

30 - 35 ans

35 - 40 ans

40 - 45 ans

45 - 50 ans

50 - 55 ans

55 - 60 ans

60 - 65 ans

plus de 65 ans

Pyramide des âges du personnel de l'UMR

Chercheurs et Enseignants-chercheurs

Personnel technique

15

IV. Analyse détaillée des besoins

1. Besoins liés aux services communs de l’Unité

Permis de conduire BE

Permis fluvial

Agent (s) Jonathan Colombet, IE UBP

Delphine Latour, MCU UBP

Argumentaire Dans le cadre de leurs fonctions, Jonathan Colombet et Delphine Latour assurent la responsabilité

des campagnes de prélèvements en lacs ou rivières. Cette mission les oblige à conduire

régulièrement un véhicule avec une barque en attelage et à piloter une barque à moteur. A ce jour, ils ne sont pas titulaires ni du permis BE, permettant la conduite d’attelage dont le PTAC véhicule

+ remorque est > à 4250 Kg, ni du permis fluvial. Afin d’assurer ces missions sans enfreindre les

codes de la route et fluvial, et en toute sécurité, il est indispensable qu’ils puissent passer le permis

BE et le permis fluvial.

Prestataire

envisagé

ND - DEVIS en ATTENTE

Hygiène et à la Sécurité : Sauveteur Secouriste du Travail et Equipier incendie

Agent (s) La liste des differents agents concernés est détaillée dans le Tableau 1 de la synthèse

des besoins, et a été établie en fonction du bilan ci-dessous et des nouvelles demandes

Prestataire envisagé Université Blaise Pascal

Les acteurs de la sécurité au LMGE

Fonction Sécurité Agent Date de la Formation initiale Date du dernier recyclage

Assistant de Prévention Ivan WAWRZYNIAK nov-12

Sauveteur, Secouriste du Travail Jonathan COLOMBET févr-11 mars-14

Florence DONNADIEU 2006 déc-13

Samuel GUYOT 2005 2008

Anne MONE janv-08 juin-11

Corine BARDOT juin-10 aucun

Agnès VELLET 2006 déc-13

Equipier Incendie Geneviève BRICHEUX mars 2014

Corinne BARDOT mars 2007 aucun

Brigitte CHEBANCE mars 2014

Nathalie FRUQUIERE mars 2014

Anne-Hélène LEJEUNE mars 2014

Anne MONE mars 2014

Céline NOURRISSON mars 2014

Ivan WAWRZYNIAK mars 2014

Habilitation Electrique Jonathan COLOMBET mars-09 aucun

Habilitation Autoclaves Samuel GUYOT 2006 aucun

Florence DONNADIEU 2003 aucun

Agnès VELLET 2006 aucun

16

Acquisition et validation des compétences en Expérimentation Animale : décret

n°2013-118 du 1er fév. 2013

Agent (s)

Samuel Guyot, T UBP

Céline Nourisson, doct UDA

Catherine Texier, MCU UBP

Ivan Warzyniak, IE CNRS

Argumentaire

La réglementation concernant l’expérimentation animale a été redéfinie par le décret n°2013-118 du 1er février 2013 relatif à la protection des animaux utilisés à des fins

scientifiques, et les arrêtés correspondants. Ainsi, l’arrêté du 1er février 2013 relatif à

« l’acquisition et à la validation des compétences des personnels des établissements

utilisateurs, éleveurs et fournisseurs d’animaux utilisés à des fins scientifiques » stipule

dans son article 5 que ces personnels « bénéficient tout au long de leur exercice

professionnel d’un programme de formation continue dans les domaines liés à leur

pratique professionnelle représentant l’équivalent de 3 jours sur une période de 6 ans,

pour assurer le maintien des compétences ». C’est dans ce cadre réglementaire que la

formation est demandée pour le personnel du LMGE habilité à l’expérimentation

animale.

Prestataire envisagé et

Coût

AFSTAL (Association Française des Sciences et Techniques de l’Animal de

Laboratoire). Dans le cadre du « Tour de France des ateliers de

l’AFSTAL », les ateliers sont gratuits.Le coût concernera les frais de

mission (déplacement et éventuellement hébergement).

Objectifs et Programme

de la Formation

Les thématiques des ateliers ainsi que les villes où se dérouleront ces

ateliers, ne sont pas encore connues pour 2015.

Electronicien


Argumentaire

Dans le cadre de ses fonctions d’Ingénieur d’Etudes, M. Colombet a en charge la

maintenance de nombreux appareils électroniques (cytomètre en flux, microscope

électronique à transmission…). Les pannes rencontrées sur ces appareils sont souvent

d’origine électronique. L’absence de compétence en électronique au sein du laboratoire

d’accueil l’oblige à avoir recours à des prestataires en cas de pannes, ce qui représente

un coût substantiel. Afin de diminuer ces coûts et de pouvoir faire fonctionner au mieux ces machines, ce qui représente sa mission principale, il serait judicieux pour lui de

suivre une formation d’électronicien.


Coût Inscription : 1800 € HT (devis annexe 4)


de la Formation Annexe 4

Comptabilité : Dématérialisation des factures CNRS et UBP

Ressources Humaines : Modalités de recrutement des CDD

Agent (s) Nathalie FRUQUIÈRE, AI CNRS

Argumentaire Pour les besoins de la comptabilité et de la gestion de l’Unité

Prestataire envisagé CNRS DR7

17

Qualité

La métrologie dans les laboratoires

Agent (s) Florence Donnadieu, T CNRS. Corespondant Qualité au laboratoire

Argumentaire Suivi et contrôle de l'instrumentation de laboratoire


Coût 500 € HT

Audit interne

Agent (s) Florence Donnadieu, T CNRS. Correspondant Qualité au laboratoire

Argumentaire Connaître les critères d'évaluation d'un audit pour l'adapter à son

environnement de travail et être, à terme auditeur


Coût 500 € HT

2. Besoins des équipes liés aux projets scientifiques

2.1. Besoins communs à plusieurs équipes

Formation approfondie : cycle « Séquençage Haut Débit (NGS : Next Generation

Sequencing »

Agent (s) Corinne Bardot, IE CNRS

Argumentaire

Dans l’équipe VMM, Corinne Bardot développe déjà un projet de

séquençage à haut débit d’échantillons sédimentaires profonds du Lac

Pavin (Auvergne), afin d’analyser la diversité des communautés

archéennes le long de cette carotte.

C’est pour elle une toute nouvelle approche technologique et son

positionnement dans le laboratoire, au sein de 2 équipes (VMM et

CMES) l’amènera à s’engager sur d’autres projets de NGS.

Une formation très approfondie qui couvrirait les différentes étapes de la

mise en place de ce type de projet lui permettrait de répondre au mieux à

la demande spécifique des chercheurs avec qui elle interagit, depuis la

mise en place du projet jusqu’à l’analyse des données.


de la Formation

- Concevoir et assurer le suivi d’un projet de séquençage NGS

- Avoir une vue d'ensemble des méthodologies de séquençage à haut

débit : choisir la technologie adaptée à son projet

- Etre capable de choisir au mieux la stratégie de préparations des

échantillons dans les études "omiques"

- Savoir utiliser les ressources informatiques pour l'analyse des données

issues du pyroséquençage : nettoyage, analyse, traitement et gestion des

données.

18

Prestataire envisagé

Et Coût

Fc-3 Bio (Annexe 5)

Module 1 : Conduite d’un

projet NGS (du séquençage

à l’analyse bioinformatique)

inscription : 550 €

Module 2 : Principes et

applications des nouvelles

méthodes de séquençage à haut-débit (NGS): choisir la

technologie adaptée à son

projet


Module 3 : Les méthodes et

stratégies de préparation

d'échantillons biologiques

pour le séquençage nouvelle

génération : De la

métagénomique à la cellule

unique.

inscription : 920 euros

Formation à la carte dans un laboratoire d'accueil :

Dr J.C. Auguet. Equipe Environnement et Microbiologie

UMR CNRS-IPREM 5254

Module 4 : Bioinformatique

pour le traitement de

données de séquençage

(NGS)

inscription : -

Traitement d’Images sous ImageJ


Argumentaire

M. Colombet est chargé de la microscopie optique et électronique. Ces

missions s’exercent aussi bien au sein du LMGE (unité d’accueil) que du

service commun UBP-START de l’UBP. Afin d’assurer au mieux ses

activités de microscopiste, il est nécessaire d’actualiser et développer ses

connaissances et compétences en matière de traitement et d’analyse

d’images de microscopie.

Objectifs de la

Formation

Acquérir les concepts et les méthodes actuelles du traitement de l'image

afin de conduire un travail complet d'analyse par les techniques de

traitement de l'image


Coût

CNRS Formation Entreprises (Annexe 6)


19

Microscopie et marquage cellulaire

Agent (s) Anne Hélène Lejeune, IE CNRS

Argumentaire

Le recours aux marquages et à l’observation d’échantillons biologiques

issus de cultures ou de milieux complexes en microscopie est la mission

principale en recherche de Mme Lejeune, au sein du plateau technique

de culture des microorganismes qu’elle a mis en place depuis son

recrutement. Elle a identifié une formation en 2 modules qui lui

permettrait d’ approfondir ses connaissances théoriques sur la

microscopie de fluorescence et de transmission et mieux maîtriser les

différentes catégories de marqueurs fluorescents ainsi que les différents

systèmes d’imagerie et d’acquisition d’images.

Ces modules sont adaptés aux modèles biologiques qui sont étudiés dans

le laboratoire (virus, bactéries, eucaryotes).

Objectifs de la

Formation

Amélioration dans les techniques de marquage cellulaire et dans la

maîtrise de logiciels d'acquisition d'images


Coût


Microscopie et marquage cellulaire : « La vidéo-microscopie de

fluorescence du microcosme vivant, virus et compagnie »

Module 1 : applications biologiques et

choix du système d’imagerie

Inscription : 600 euros

Module 2 : système d’imagerie avancé. Inscription : 700 euros

GC-IRMS (Gas Chromatography-Isotope Ratio Monitoring Mass Spectrometry)

Agent (s) Fanny Perrière, IE UBP

Argumentaire

Dans le cadre de projets de recherche actuels ou à venir, plusieurs

équipes vont développer le fractionnement isotopique, méthodologie de

pointe pour accéder aux fonctionnements des réseaux trophiques

aquatiques. Elle souhaiterait ainsi approfondir ses connaissances sur

l’analyse des rapports des isotopes stables du carbone et de l’azote entre

autres.

Objectifs de la

Formation

Approfondir les connaissances sur l’analyse des rapports des isotopes

stables du carbone et de l’azote.


Coût


Inscription : 1650€

20

2.2. Besoins spécifiques des différentes équipes

2.2.1. Equipe « Interactions hôtes-parasites »

Microscopie confocale

Agent (s) Bernard Viguès, CR CNRS

Argumentaire

L’équipe IHP étudie un organisme pathogène Nosema ceranae

(microsporidie), parasite obligatoire qui se transmet par voie oro-fécale

et dont le cycle de développement s’effectue dans les cellules intestinales

des abeilles infectées. Ce travail requière l’identification et la

visualisation, au moyen de marqueurs spécifiques, des différentes

populations de cellules épithéliales (cellules souches, entéroblastes et

entérocytes différenciés), ainsi qu’une étude microscopique détaillée de

leur évolution spatio-temporelle au cours du processus de

renouvellement. La microscopie confocale qui améliore la résolution du

microscope photonique classique et qui permet une analyse tri-

dimensionnelle des tissus biologiques, apparaît comme un outil essentiel

à l’avancée de cette thématique de recherche.

Bernard Viguès, qui développe cette approche, possède déjà des

compétences en microscopies photonique et électronique ainsi que de

nombreux contacts au sein de la plateforme « Imagerie Confocale

Clermont Ferrand » de l’IFR 79 Santé-Auvergne où seront réalisées les

observations. Il souhaiterait donc suivre une formation sur la

microscopie confocale afin de compléter ses connaissances théoriques et

d’acquérir une autonomie dans l’utilisation du microscope confocale de

la plateforme microscopie confocale de l’Université d’Auvergne pour la

réalisation de ces observations.

Objectifs de la

Formation

Acquérir les bases théoriques en microscopie confocale et s'initier ou

approfondir l'utilisation pratique d'un microscope confocal


Coût




Agent (s) Ivan Warzyniack, IE CNRS

Argumentaire

Il a été montré chez différents parasites et, notamment chez le parasite

Blastocystis, la présence de motifs nucléiques ou de signaux permettant

un épissage alternatif des gènes, ou favorisant la transcription de ces

derniers. Dans le cadre de nos projets de séquençage des génomes de

Blastocystis, il est important d'identifier la présence de motif conservés

ou non entre les différents sous-types. L'objectif de cette formation est

d'acquérir les compétences nécessaires à l'analyse bioinformatique des

séquences nucléiques, notamment pour la recherche et l'identification

des motifs conservés à l'échelle de génomes. Il est donc d’intérêt

d'apprendre à connaitre et utiliser les différentes banques de données de

motifs et d'avoir un premier aperçu sur les principaux outils d'analyse.

Une remise à niveau sur les navigateurs de génomes et les outils

d'analyse fonctionnelle KEGG et Biocyc lui sera également nécessaire.

21

Toujours dans le cadre de l'analyse des données génomiques, l'objectif

de cette formation est une remise à niveau sur les principes

d'interrogation des basses de données des protéines (UniProtKB,

InterPro, ProDom,Prosite,Pfam), l'analyse élémentaire (composition,

profils physico-chimiques,…), la recherche d'homologues proches

(alignement par paire, algorithmes BLAST, FASTA, SSEARCH) ou

distants, ainsi que l'identification de sites et signatures fonctionnelles et

la prédiction de structure secondaire.

Objectifs de la

Formation

- Acquérir les compétences nécessaires à l'analyse bioinformatique des

séquences nucléiques

- Connaître les principales bases de données et outils d'interrogation

existants sur le web

- Connaître les principaux outils d'analyse et réaliser une analyse

complète de séquence

- Acquérir les compétences nécessaires à l'analyse bioinformatique des

séquences protéiques en vue de leur annotation fonctionnelle et

structurale

- Connaître les principales bases de données des protéines et outils

d'interrogation existants

- Connaître les principaux algorithmes d'analyse et réaliser une analyse

complète de séquence


Coût

FC3BIO (Annexe 10)


Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)

Agent (s) Ivan Warzyniack, IE CNRS

Argumentaire

L'objectif est de revoir les concepts techniques et les outils

d'analyse nécessaires à l'analyse de données de séquençage, données

dont nous disposons dans le cadre des projets sur le parasite

intestinal Blastocystis sp et les microsporidies nosema ceranae et

tubulinosema. Dans ce cadre, il est nécessaire de voir les outils

actuellement utilisés pour effectuer un pipeline d'analyses et

d'apprendre à les manipuler. Il est également important de remettre à

jour les connaissances concernant l'évaluation de la qualité des données

dont nous disposons afin de pouvoir améliorer nos premiers

résultats obtenus à partir de nos jeux de données.

Objectifs de la

Formation

Savoir utiliser les ressources informatiques pour l'analyse des données

issues du pyroséquençage : nettoyage, analyse, traitement et gestion de

données de pyroséquençage


Coût



22

2.2.2. Equipe « Communautés Microbiennes : Ecotoxicologie et Santé »



Isabelle Batisson, MCU UBP

Argumentaire

Isabelle Batisson et Corinne Bardot s’intéressent à l’impact des

pesticides sur les communautés microbiennes des milieux récepteurs

naturels (sol, eau) et, particulièrement à l’adaptation physiologique et

génétique de microorganismes à la présence de polluants. Depuis trois

ans, ces investigations portent sur l’étude du protéome d’une souche

Bacillus sp., dégradant complètement un herbicide, la mésotrione, par la

technique 2D-DIGE (DIfferential Gel Electrophoresis). Les besoins en

formation s’orientent maintenant vers l’analyse bioinformatique des

spots protéiques d’intérêt obtenus en 2D-DIGE après identification par

spectrométrie de masse des peptides générés.

Objectifs de la

Formation

La Société fc3Bio propose deux formations complémentaires qui

répondent aux besoins : dans un premier temps, la formation

« Recherche d’informations à partir d’une séquence protéique » (annexe

10) devra être suivie ainsi que la formation « Comparaison et annotations

génomiques, protéiques et métaboliques de souches bactériennes »

(annexe 11).


Coût

FC3BIO (Annexe 10)



bactériennes

Agent (s)

Corinne Bardot, IE CNRS

Isabelle Batisson, MCU UBP

Geneviève Bricheux, CR CNRS

Argumentaire

Voir argumentaire précédent pour Mmes Bardot et Batisson

Quand au projet de Mme Bricheux, le séquençage à haut débit

d'échantillons bactériens, enrichis en plasmides, a permis de générer de

multiples séquences, qu’elle doit traiter pour déterminer par exemple

quels sont les types d'éléments mobiles présents, ainsi que les différents

gènes de résistance à des antibiotiques. Ceci implique qu'il lui faut

confronter ses séquences à des bases de données spécifiques, autres que

genebank.

Objectifs de la

Formation

Acquérir la maîtrise de nouvelles approches d’analyse comparative des

séquences de plusieurs souches bactériennes aux niveaux génomique,

protéique et métabolique.


Coût

FC3BIO (Annexe 11)


23

Protéomique


Argumentaire

Corinne Bardot souhaiterait poursuivre des formations en protéomique,

afin d’élargir ses compétences sur les différentes méthodologies de

l’analyse des protéines, et de pouvoir proposer des stratégies d’études

spécifiques aux différents projets en cours (ANR/CESA TRICETOX,

2013-2016)

Objectifs de la

Formation

Veille technlogique des avancées méthodologiques et connaissances

dans le domaine de la protéomique


Coût

En fonction des formations qui seront organisées dans ce domaine en

2015 : ce pourra être sous forme de workshops, d'ateliers techniques, de

stages dans d'autres laboratoires…

Fractionnement protéique


Argumentaire

Dans le cadre du développement de l’étude des voies de dégradation des

pesticides par la méthode différentielle d’expression du protéome chez

Bacillus, il va être nécessaire de passer par des étapes préliminaires de

fractionnement protéique afin d’enrichir en amont l’extrait protéique

analysé en 2D-DIGE.

Objectifs de la

Formation

Acquérir les compétences techniques pour la purification de protéines et

développer un procédé de purification


Coût

Annexe 12 (exemple : Institut National Polytechnique de Toulouse)

Ecole Nationale de Technologie des Biomolécules - Bordeaux inscription 1600€

OU

Université Paris Diderot inscription 2250€

OU

Institut de Formations des Industries de Santé IFIS inscription 1750€

OU

Institut National Polytechnique de Toulouse inscription 1800€

24

2.2.3. Equipe « Microbiologie Environnementale et Bioinformatique »

Stratégies de préparation d'échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle

génération

Agent (s) Anne Moné, IE CNRS

Argumentaire

Mme Moné travaille actuellement à l'identification et la dynamique de

populations microbiennes dans des milieux lacustres par des approches

de biologie moléculaire haut débit (métagénomique, ARN total et

amplicon 16S-18S). Les techniques de séquençage évolue très vite, cette

formation l'aiderait à adapter son savoir faire aux dernières avancées

technologiques.


de la Formation

- Etre capable de choisir au mieux la stratégie de préparations des

échantillons dans les études "omiques"


Fc-3 Bio (Annexe 5)

Les méthodes et stratégies de préparation d'échantillons biologiques pour

le séquençage nouvelle génération : De la métagénomique à la cellule

unique.

Inscription : 920 euros

2.2.4. Equipe « Virus et Métabolisme Microbien »


Agent (s) Marie Charpin, MCU UBP

Argumentaire

Dans la perspective de l'étude de la phagomixotrophie des microalgues

d'eau douce, un projet a été déposé. Même si nous n'obtenons pas ce

financement, c'est une thématique qui sera développée dans l'équipe.

L'acquisition de données concernant certains de ces organismes leur

identification au minimum jusqu'au genre et il serait souhaitable

d'atteindre l'espèce.

Dans la perspective de l'étude de la phagomixotrophie des microalgues

d'eau douce (projet Ec2Co déposé), l'acquisition de données concernant

certains de ces organismes, ceux de plus grande taille, nécessite leur

identification au minimum jusqu'au genre et il serait souhaitable

d'atteindre l'espèce.


de la Formation

La systématique des micro-algues d’eau douce a connu d’importants

remaniements ces dernières années et demande régulièrement une remise

à niveau des connaissances. Parallèlement, les techniques de préparation

et d’observation d’échantillons issus de prélèvements naturels ont

également évolué


Laboratoire CARRTEL de l’INRA de Thonon les Bains (Annexe 14)

OU

Bureau d’études Bi-Eau (programme à la carte)

25

2.2.5. Equipe « Interactions dans les Réseaux Trophiques Aquatiques »

Marquage SIP

Agent (s) Anne Hélène Lejeune, IE CNRS

Argumentaire

Certains lipides sont reconnus pour être des molécules essentielles,

aquises par la nourriture. Les acides gras polyinsaturés (omega 3 et 6)

ont des effets bénéfiques sur le croissance et la reproduction de

nombreux animaux. Néanmoins, chez les petits crustacées tels que

Daphnia, les voies et les métabolites produits à partir de ces molécules

lipidiques sont peu connus. Aussi, une formation sur les techniques SIP

(stable isotope probing) qui permettent le marquage de molécules

d'intérêt, lui permettrait d'appliquer cette technique dans le cadre des

perspectives données au projet EC2CO PHOCSAPASS auquel elle

participe.

Objectifs de la

Formation Apprendre et maîtriser ces techniques


Coût ND

3. Besoins exprimés à titre individuel

BILAN de COMPETENCES


Argumentaire Faire un bilan du parcours professionnel et des compétences en vue

d'évoluer vers une mobilité fonctionnelle

Prestataire envisagé CNRS DR7

Diplôme d'Université ENSEIGNER dans le SUPERIEUR

Agent (s) Marion Sabard, postdoc. UBP

Argumentaire Formation diplômante professionnelle : Développer ses compétences

pour l'enseignement supérieur et Acquérir des méthodes pédagogiques

innovantes

Prestataire envisagé Ecole de Professorat et de l'Education Clermont Auvergne

Coût 250 € Cette formation est en cours de réalisation et est financée par le LMGE

26

Anglais général

Agent (s) Joan Artiguas, MCU UBP

Frédérique Bonnemoy, IE UBP

Geneviève Bricheux, CR

Claire Marquès, doct. UDA

Argumentaire Réactiver les connaissances (comprendre, parler et écrire la langue

véhiculaire)

Prestataire envisagé Centre Commun des Langues Vivantes - UBP

Anglais technique : Teaching, talking in English…and socializing

Agent (s) Delphine Latour, MCU

Marion Sabard, postdoc. UBP

Argumentaire Teaching, talking in English…and socializing

Prestataire envisagé Centre Commun des Langues Vivantes - UBP

Power Point

Agent (s) Florence Donnadieu, T CNRS

Argumentaire Faciliter la maîtrise de power point pour les présentations orales de

résultats scientifiques

Prestataire envisagé CNRS DR7 (SI POSSIBILITE DE FORMATION COLLECTIVE A

CLERMONT FERRAND)

4. Synthèse de l’analyse des besoins en formation

Le tableau 1 ci-dessous reprend de façon synthétique les besoins en formations du personnel

de l’unité.

Tableau 1 : LMGE (UMR 6023) SYNTHESE DE L'ANALYSE DES BESOINS EN FORMATION 2015

INTITULE DE L'ACTION TYPE Objectifs de formationStagiaires

ou public visé

Agent

CNRS

Durée

envisagée

Période

envisagée

Organisme(s)

pressenti(s)Cout indispensable Finalité Formation

1

Absolument

2

de

préférence

3

Confort si

budget

Intra - interne -

inter

de quoi le stagiaire doit-il être capable

à l’issue de sa formation ?NOM et prénom OUI / NON

en heures ou

jour à préciser

ou nom du formateur si

en interne

Frais de l'intervenant (coût

pédagogique, frais de

mission)

T1: accompagnement du poste

T2 : accompagnement du

métier T3: nouvelles

compétences

BILAN DE COMPETENCES individuelle

Faire un bilan du parcours

professionnel et des

compétences en vue d'évoluer

vers une mobilité fonctionnelle

Corinne BARDOT, IE CNRS oui1er trimestre

2015 CNRS ? T3

10-avr-15

Module 1 : Conduite d’un

projet NGS (du séquençage

à l’analyse bioinformatique)


+ frais de mission

T1

21 sept.

2015

Module 2 : Principes et

applications des nouvelles

méthodes de séquençage à

haut-débit (NGS): choisir la


projet


T1

25 et 26 juin

2015

Module 3 : Les méthodes et

stratégies de préparation

d'échantillons biologiques

pour le séquençage nouvelle



unique. inscription :

920 euros

+ frais de mission

T1

Maximum

mars 2015

Formation à la carte

dans un laboratoire

d'acceuil :

Dr J.C. Auguet

Equipe

Environnement et

Microbiologie

UMR CNRS-IPREM

5254

Université de Pau

Module 4 : Bioinformatique

pour le traitement de

données de séquençage

(NGS)

frais de mission

T1

1

CYCLE NGS individuelle

7 jours sur

plusieurs

semaines

d'avril à

septembre

2015

2

PRIORITE

Concevoir et assurer le suivi

d’un projet de séquençage

NGS :

- Avoir une vue d'ensemble des

méthodologies de séquençage

à haut débit : choisir la


projet

- Etre capable de choisir au

mieux la stratégie de

préparations des échantillons

dans les études "omiques"

- Savoir utiliser les ressources

informatiques pour l'analyse

des données issues du

pyroséquençage : nettoyage,

analyse, traitement et gestion

de données de

pyroséquençage

FC-3 (Bio)

ouiCorinne BARDOT, IE CNRS


ou public visé

Agent

CNRS

Durée

envisagée

Période

envisagée

Organisme(s)


1

Absolument

2

de

préférence

3

Confort si

budget

Intra - interne -

inter



en heures ou

jour à préciser


en interne



mission)

T1: accompagnement du poste T2 :

accompagnement du métier T3: nouvelles

compétences

3 jours

du 22 au 24

juin ou du 7

au 9 octobre

2014

Ecole Nationale de

Technologie des

Biomolécules -

Bordeaux

inscription 1600€ + frais

de mission

5 joursND pour

2015

Université Paris

Diderot


de mission

3 joursND pour

2015

Institut de

Formations des

Industries de Santé

IFIS


de mission

5 joursND pour

2015

Institut National

Polytechnique de

Toulouse


de mission

Formation en protéomique :

théorique et pratiqueindividuelle

Veille technlogique des

avancées méthodologiques et

connaissances dans le

domaine de la protéomique

Corinne BARDOT, IE CNRS oui T2

3

PRIORITE

OU

Acquérir les compétences

techniques pour la purification

de protéines et développer un

procédé de purification

ouiCorinne BARDOT, IE CNRSPurification de protéines individuelle

3

OU

T1

En fonction des formations qui seront organisées dans ce domaine en

2015 : ce pourra être sous forme de workshops, d'ateliers techniques, de

stages dans d'autres laboratoires…

OU

29


ou public visé

Agent

CNRS

Durée

envisagée

Période

envisagée

Organisme(s)


1

Absolument

2

de

préférence

3

Confort si

budget

Intra - interne -

inter



en heures ou

jour à préciser


en interne



mission)




compétences

individuelle Corinne BARDOT, IE CNRS ouiinscription 1300€

+ frais de missionT1

individuelleIvan WAWRZYNIAK, IE

CNRSoui

inscription 1300€


individuelle BARDOT C., IE CNRS ouiinscription : ~600 €

+ frais de mission T1

individuelle BATISSON I., MCU UBP noninscription : ~600 €


individuelleGeneviève BRICHEUX, CR

CNRSoui

inscription : ~600 €


Systématique des micro-

algues d’eau douce : Initiation

au phytoplancton

individuelle

Acquérir les techniques

modernes d'observation des

micro-algues et une meilleure

maîtrise des outils récents de

systématique

Marie CHARPIN, MCU UBP non 2 à 5 joursND pour

2015

INRA Thonon (UMR

CARRTEL)

ou

Bi-Eau (bureau

d'études)

inscription : en attente

de devis pour 2015

+ frais de mission

T1

Recherche d'informations à

partir d'une séquence

nucléique ou protéique

i) Acquérir les compétences

nécessaires à l'analyse

bioinformatique des séquences

nucléiques, notamment pour la

recherche et l'identification des motifs

conservés à l'échelle de génomes.

Connaitre et utiliser les différentes

banques de données de motifs

Avoir un premier aperçu des

principaux outils pour pouvoir réaliser

des analyses sur génomes.

Remise à niveau sur les navigateurs

de génomes et les outils d'analyse

fonctionnelle KEGG et Biocyc

ii) Remise à niveau sur les principes

d'interrogation des bases de données

potéiques (UniProtKB, InterPro,

ProDom,Prosite,Pfam), l'analyse

élémentaire (composition, profils

physico-chimiques,…), la recherche

d'homologues proches ( alignement

par paire, algorithmes BLAST,

FASTA, SSEARCH) ou distants, ainsi

que l'identification de sites et

signatures fonctionnelles et la

prédiction de structure secondaire.

4 jours

ND pour

2015fc-3 Bio

Acquérir la maîtrise de

nouvelles approches d’analyse

comparative des séquences de

plusieurs souches bactériennes

aux niveaux génomique,

protéique et métabolique.

2 jours

3

1

1

Comparaison et annotation

génomiques, protéiques et

métaboliques de souches

bactériennes

1

ND pour

2015

1

fc-3 Bio

3

PRIORITE

30


ou public visé

Agent

CNRS

Durée

envisagée

Période

envisagée

Organisme(s)


1

Absolument

2

de

préférence

3

Confort si

budget

Intra - interne -

inter



en heures ou

jour à préciser


en interne



mission)




compétences

Electronicien individuelle

Maintenance de nombreux

appareils électronique

(cytomètre en flux, microscope

électronique à transmission…)

Jonathan COLOMBET, IE

UBPnon 5 jours ND 2015

Centre de Formation

Professionnelle



Permis BE individuelleJonathan COLOMBET, IE

UBPnon T2

individuelleDelphine LATOUR, MCU

UBPnon T2

individuelleJonathan COLOMBET, IE

UBPnon T2

Traitement d'images sous

ImageJ individuelle

Acquérir les concepts et les

méthodes actuelles du

traitement de l'image afin de

conduire un travail complet

d'analyse par les techniques de

traitement de l'image

Jonathan COLOMBET, IE

UBPnon 4 jours

du 3 au 6

fév 2015

CNRS Formation

Entreprises



La métrologie dans les

laboratoiresindividuelle

Suivi et contrôle de

l'instrumentation de laboratoire

Florence DONNADIEU, T

CNRSoui ?

ND pour

2015QuaRES



Formation à l'audit interne individuelle

Connaître les critères

d'évaluation d'un audit pour

l'adapter à son environnement

de travail et

être auditeur


CNRSoui

ND pour

2015QuaRES



Permis fluvial

Nécéssaire pou être en

conformité avec la législation et

pour la sécurité du personnel

En attente de devis

3

2

1

1

2

PRIORITE

3

1

31


ou public visé

Agent

CNRS

Durée

envisagée

Période

envisagée

Organisme(s)


1

Absolument

2

de

préférence

3

Confort si

budget

Intra - interne -

inter



en heures ou

jour à préciser


en interne



mission)




compétences

Acquisition et validation des

compétences en

Expérimentation Animale

individuelledécret n°2013-118 du 1er fév.

2013

Samuel GUYOT, T UBP

Céline NOURISSON, doct

UDA

Catherine TEXIER, MCU

UBP

Ivan WAWRZYNIAK, IE

CNRS

UBP, UDA et

CNRS1 jour

ND pour

2015AFSTAL frais de mission T1

Microscopie et marquage

cellulaire : "La vidéo-

microscopie de fluorescence

du microcosme vivant, virus et

compagnie.

- Module 1 : applications

biologiques et choix du

système d’imagerie.

- Module 2 : système

d’imagerie avancé.

individuelle

Amélioration dans les

techniques de marquages

cellulaires et dans la maîtrise

de logiciel d'acquisition

d'images

Anne Hélène LEJEUNE, IE

CNRSoui

2 jours par

module

Module 1 :

18 et 19

mars 2015

Module 2 :

20 et 21

mars 2015

CNRS Formation

Entreprises

Module 1 : 600 euros

Module 2 : 700 euros

+ frais de missions

T1

Méthodes de marquages

isotopiques (SIP)individuelle

Apprendre et maîtriser ces

techniques


CNRSoui ND ND

Pas de formation

appropriée identifiéeND T3

Les méthodes et stratégies de

préparation d'échantillons

biologiques pour le

séquençage nouvelle



unique.

individuelle

Etre capable de choisir au

mieux la stratégie de

préparations des échantillons

dans les études "omiques"

MONE A., IE CNRS oui 2 jours25 et 26 juin

2015FC-3 (Bio)

inscription : 920 euros


GC-IRMS individuelle

Approfondir les connaissances

sur l’analyse des rapports des

isotopes stables du carbone et

de l’azote. Les objectifs de

cette formation seraient de

mieux comprendre ces

analyses et les techniques

associées.

Fanny PERRIERE, IE UBP non 2,5 jours

du

16/03/2015

au

18/03/2015

ou

du

05/10/2015

au

07/10/2015

CNRS Formation

Entreprises



1

1

PRIORITE

1

1

2

32


ou public visé

Agent

CNRS

Durée

envisagée

Période

envisagée

Organisme(s)


1

Absolument

2

de

préférence

3

Confort si

budget

Intra - interne -

inter



en heures ou

jour à préciser


en interne



mission)




compétences

Bioinformatique pour le

traitement de données de

séquençage (NGS)

individuelle

Savoir utiliser les ressources

informatiques pour l'analyse

des données issues du

pyroséquençage : nettoyage,

analyse, traitement et gestion

de données de

pyroséquençage

Ivan WAWRZYNIAK, IE

CNRSoui 4 jours

du 24 au 27

mars 2015

CNRS Formation

Entreprises


de missionT1

Diplôme d'Université

ENSEIGNER dans le

SUPERIEUR

individuelle

Formation diplômante

professionnelle : Développer

ses compétences pour

l'enseignement supérieur et

Acquérir des méthodes

pédagogiques innovantes

Marion SABARD, Post Doc

UBPnon 120 heures

de nov. 2014

à mai 2015

Ecole de Professorat

et de l'Education

Clermont Auvergne

LMGE

inscrption : 250€T3

Atelier de microscopie

confocaleindividuelle

Acquérir les bases théoriques

en microscopie confocale et

s'initier ou approfondir

l'utilisation pratique d'un

microscope confocal

Barnard VIGUES B., CR

CNRSoui 5 jours

du 12/10/15

au 16/10/15

CNRS Formation

Entreprises

inscription 1700 euros


Ultramicrotomie (débutant) individuelle

Acquérir les connaissances et

la pratique nécessaire à

l'utilistaion d'un ultramicrotome

pour la réalisation des coupes

destinées à être observées en

microscopie électronique

Barnard VIGUES B., CR

CNRSoui 1 jour

17 ou 18

novembre

2014

Centre Imagerie

Cellulaire en Santé,

Université

d'Auvergne

inscription 300 euros

pris en charge par le

LMGE

T1

Dématérialisation des factures

CNRS et UBPcollective Mise en pratique au laboratoire Nathalie Fruquière, AI CNRS oui CNRS et UBP T1

Ressources Humaines

(Recrutement CDD, post doc

ou autres)

collectiveEtre informée des nouvelles

modalités de recrutement….Nathalie Fruquière, AI CNRS oui CNRS T1

2

1

1

1

2

2

PRIORITE

33


ou public visé

Agent

CNRS

Durée

envisagée

Période

envisagée

Organisme(s)


1

Absolument

2

de

préférence

3

Confort si

budget

Intra - interne -

inter



en heures ou

jour à préciser


en interne



mission)




compétences

Power Point collective

Maitriser les fonctionnalités de

Power Point pour présenter un

diaporama


CNRSoui

ND pour

2015

CNRS

A METTRE EN

PLACE SUR

CLERMONT

FERRAND

/ T1

Geneviève BRICHEUX, CR

CNRS CNRS /

Claire MARQUES, doct.

UDAUDA

174€ (BioMérieux,

Bourse CIFRE)

Joan ARTIGAS, MCU UBP UBP

Frédérique Bonnemoy, IE

UBPUBP

Teaching, talking in

English…and socializingcollective

Développer et adapter les

cours en anglais

Delphine Latour, MCU UBP

Marion SABARD, post doc.

UBP

UBP 12 heuresde nov. 2014

à mars 2015UBP / T2

Initial

Corinne BARDOT, IE CNRS

Brigitte CHEBNCE, T UBP

Aurore DUBUFFET, MCU

UBP

12 heures courant 2015

Recyclage

Florence DONNADIEU , T

CNRS

Agnès VELLET, T UBP

1/2 journée2 avril ou 21

mai 2015

Initial Mickaël ROUSSEL, post doc 14 oct. 2014

Recyclage

Geneviève BRICHEUX, CR

CNRS

Brigitte CHEBANCE, T UBP

Nathalie FRUQUIERE, AI

CNRS


CNRS

courant 2015

PRIORITE

1

1

1

1

1

1

3

1

collectiveStage extensif Anglais général2ème

session :

février à juin

2015

20 heures

collective

collective

CNRS et UBP

UBP /

Réactiver les connaissances

(comprendre, parler et écrire la

langue véhiculaire)

T3/UBP

T2

Services Commun

des Langues

Vivantes - UBP

/

6 octobre au

19 décembre

2014

T31/2 journéeCNRS, UBP et

UA

Hygiène et Sécurité : Equipier

incendie de1ère intervention

Hygiène et Sécurité :

Sauveteur Sécurité du Travail

Annexe 1

ORGANIGRAMME PREVISONNEL DU LMGE POUR JANVIER 2015

Directeur : T. Sime-Ngando - Directeur-adjoint : F. Delbac

Équipe 1 : Interactions hôte-parasite (IHP)

Belkorchia A MC (UA)

Biron D. CR (CNRS)

Blot N. MC (UBP)

Delbac F. Pr (UBP)

Diogon M. MC (UBP)

Dubuffet A. MC (UBP)

El Alaoui H. MC (UBP)

Poirier P. PHU (UA)

Polonais V. MC (UA)

Texier C. MC (UBP)

Viguès B. CR (CNRS)

Vivares C. Pr émérite (UBP)

AI CDD

Roriz D. (ANR)

Postdoctorants

Roussel M. (ANR)

Doctorants :

Nourrisson Céline (AHU, UA 2013)

Panek J. (Ministère 2012)

Paris L. (Ministère 2014) ----------------------------------------------------------------------------

Equipe 2 : Communautés microbiennes : Ecotoxicologie-Santé (CMES)

Aumeran C. MCU-PH (UA)

Artigas-Alejo J. MC (UBP)

Balestrino D. MC (UA)

Batisson I. MC (UBP)

Bohatier J. Pr émérite (UA)

Gueirard P. Pr. (UA)

Bonnet J.L. MC (UA)

Bouchard P. MC (UBP)

Bricheux G. CR(CNRS)

Forestier C. Pr (UA)

Hennequin C. MCU-PH (UA)

Lautrette A MCPHU (UA)

Lesens O. MCUPH (UA)

Mallet C. MC (UBP)

Souweine B. PUPH (UA)

Traoré Ousmane PUPH (UA)

IE CDD

Joly M. (contractuel ANR)

Post doctorants

Miquel S. (ATER)

Doctorants

Carles L (Ministère 2013)

Desrousseaux C. (CIFRE, 2014) 0,5.

Gabriel Carvalho (CPER 2014)

Guilhen C. (Ministère 2014)

Lagrafeuille R. (Région 2013)

Marques C. (CIFRE 2013)

Ory J. (Interne 2014)

Equipe 3 : Microbiologie de l'environnement et bioinformatique

(MEB)

Bronner G. MC (UBP)

Debroas D. Pr (UBP)

Jouan I. MC (UBP)

Mary I. MC (UBP)

Ravet V. MC (UBP)

Petit C CR (CNRS)

Postdoctorants

Mochizuki T. (Région 2013) 0,5

Jobard M., (ANR ROME) 0,5

Post doc CPER (0,5) à recruter

Doctorants

Abdou Caire M (Bourse étranger)

Bisseux M. (0,5)

Capo E (Région Rhône Alpe), 0,5 ----------------------------------------------------------------------------

Equipe 4 : Virus et Métabolismes microbiens en milieu aquatique

(VMM)

Amblard C. DR (CNRS)

Charpin M. MC (UBP)

Fonty G. DR émérite (CNRS)

Enault F. MC (UBP)

Lehours A.C. MC (UBP)

Lepère C. MC (UBP)

Morel J. P. Pr émérite (UBP)

Morel-Desrosiers N. Pr (UBP)

Pradeep Ram A.S. CR (CNRS)

Sime-Ngando T. DR CNRS

Post doctorants

Gerphagnon M. (ATER)

Keshri J. (UBP)

Jobard M. (ANR ROME) 0,5

Postdoc (Modélisation) en cours de recrutement (Projet ANR ROME 0,5)

Doctorants

Mouly D. (2013)

Keraval B. (2012) ------------------------------------------------------------------------

Equipe 5 : Interactions dans les réseaux trophiques aquatiques

(IRTA)

Aguer J.P. Pr (UBP)

Bec A. MC (UBP)

Bourdier G. Pr (UBP)

Carrias J.F. Pr (UBP)

Corbara B. MC (UBP)

Desvilettes C. Pr (UBP)

Latour-Duris D. MC (UBP)

Post doctorants

Sabart M (EP Loire, FEDER)

Doctorants

Crenn K. (Ministère 2012)

Legrand B. (CIFRE, 2014)

IATOS - Université ITA - CNRS

Bézy A. AGT (0,5)

Bonnemoy F. IGE

Chapelle F. CTB

Charbonnel N. TCH (0,5)

Chebance B. ADT

Collin M. L., TCH UBP (0,5)

Colombet J. IGE

Dumas Y. ASI

Nakusi Laurence TCH Guedon

A. TCH

Guyot S. TCH (0,5)

Leoty M.P. AGT (0,15)

Lyonnet V. (0,25)

Perriere F., IE

Portelli C. ADT 0,5

Vellet A. TCH

Bardot C. IE (0,8)

Charvy J.C. IE

Donnadieu F. TCH

Fruquière N. AI

Lejeune AH, IE

Lesobre J. TCS

Moné A. IE (0,8)

Wawrzyniak I. IE

Rattachés au LMGE : Faure C, Sean K

35

Annexe : 2 BILAN de JUIN 2010 à SEPTEMBRE 2013

CONNAISSANCES SCIENTIFIQUES et TECHNIQUES SPECIFIQUES

NATURE de la

FORMATION AGENT

ORGANISME et

DUREE

FINANCEMENT

Inscription

(euros HT)

Frais de

mission Analyse de données de puces d’expression

niveau I

J. Denonfoux, doct. E. Dugat-Bony,

doct.

Agilent technologies, Massy,

1 jour (2010)

LMGE : 358 Ecole

doctorale : 400

LMGE

Microscopie

électronique

J. Colombet, IE

UBP

Société JEOL, Clermont

Ferrand, 2 jours (2010) UBP : 3000 -

Formation personnalisée

« Chromatographie

gazeuse couplée à la

spectrométrie de

masse »

F. Perrière, IE UBP Ecole de Chimie, Clermont

Ferrand, ½ journée (2010) UBP : 450 -

PCR quantitative en

temps réel

A. Bournilhas, T

contractuelle UBP

F. Donnadieu, T

CNRS

CNRS Formation Entreprises,

Orsay, 5 jours (2010)

UBP : 1850

CNRS DR7 :

1850

UBP

CNRS DR7

Electrophorèse

bidimensionnelle et 2-D

DIGE : Théorie, mise en

œuvre et interprétation

des résultats

H. El Alaoui, MCU

UBP

C. Vidau, Post doct.

CNRS

GE Healthcare, Institut

Cochin, Paris, 4 jours

(2010)

UBP : 1950

CNRS DR7 :

1950

UBP

CNRS DR7

Formation apicole Niveau I débutant

M. Roudel, Doct. S. Guyot, T UBP


Puy de Dôme, LPA Pontaumur (63), 6 jours

(2011)

LMGE : 926

Formation apicole.

Niveau II

B. Viguès, CR

CNRS

J. Aufauvre, Doct

R. Fontbonne, Doct


Puy de Dôme, LPA

Pontaumur (63), 6 jours

(2011)

Formation apicole.

Niveau III

F. Delbac, PR UBP

H. El Alaoui, MCU

UBP

C. Vidau, Post doct.

CNRS


Puy de Dôme, LPA


(2011)

Ecole Chercheurs

Protéomique : De la

préparation à

l'identification des

protéines. Stratégies et

aspects pratiques.

C. Bardot, IE CNRS

Batisson, MCU UBP

B. Viguès, CR

CNRS

INRA, Seillac (41), 5 jours

(2011)

CNRS DR7 :

750

UBP : 750

CNRS DR7 :

750

CNRS DR7

Les bonnes pratiques de conservation des

microorganismes

A. Bournilhas, T

contractuelle UBP A. C. Lehours, MCU

UBP

Fc-3 (Bio), Lyon, 1 jour (2011)

UBP : 315

UBP : 315

UBP

36

Mise en route de la plate

forme 2D-DIGE au

LMGE

C. Bardot, IE CNRS

D. Biron, CR CNRS

G. Bricheux, CR

CNRS

H. El Alaoui, MCU

UBP

A. Moné, IE CNRS

J. Panek, doctorant

C. Petit, CR CNRS

A. S. Pradeep Ram,

CR CNRS C. Texier, MCU

UBP

B. Viguès, CR

CNRS

GE HealthCare, LMGE, 2

jours (2012) - -

Ecole Chercheurs

Interactomique :

Apports de la

spectrométrie de masse

et des approches

protéomiques.

D. Biron, CR CNRS

H. El Alaoui, MCU

UBP

CNRS-Inserm-INRA, La

Grande Motte (34), 4 jours

(2012)

CNRS DR7 :

950

UBP : 950

CNRS DR7

UBP

Métabolomique :

Appareillages et

traitement de données.

S. Palesse,

doctorante


CNRS, Institut de chimie,,

Clermont Ferrand, 3 jours

(2012)

- -

Techniques d’ultra-

microtomie

B. Viguès, CR

CNRS

Centre Technologique des

Microstructures, Université

Claude Bernard, Lyon, 2 jours

(2012)

CNRS DR7 :

1100 CNRS DR7

Formation apicole

Niveau I débutant

D. Biron, CR CNRS

Moné, IE CNRS M. Roussel, ATER


Puy de Dôme, LPA

Pontaumur (63), 7 jours (2012)

UBP : 500

Formation apicole

Niveau III

F. Fontbonne,

doctorant

B. Viguès, CR

CNRS


Puy de Dôme, LPA


(2012)

Atelier électrophorèse

bidimensionnelle et 2D-

DIGE

Moné, IE CNRS

C. Vidau, post

doctorant CNRS

GE Healthcare, IMTSSA,

Marseille, 3 jours (2012)

-

CNRS DR7 :

360

Ecole Thématique :

Expert génomique

environnementale

D. Debroas, PU

UBP

N. Parisot, doctorant

Aussois (73), 5 jours (2012) -

UBP : 160

-

Les principales

techniques et méthodes

d’analyses de données à

haut débit

N. Blot, MCU UBP Fc3 Bio, Lyon, 3 journées

(2012) 1180 UBP

Action Nationale :

Etude de l’expression

des gènes par PCR

quantitative en temps

réel

I. Batisson, MCU

UBP

Université Paris Diderot, 4

jours (2012) Ministère

UBP (frais de

déplacement)

Utilisation

chromatographique ionique de la plateforme

LC/GC de L’Institut de

Chimie de Clermont

Ferrand

F. Perrière, IE UBP Ecole de Chimie, Clermont Ferrand, ½ journée (2013)

UBP : 500 euros -

37

Formation en

statistiques appliqués

(INTRA)

J ; Aufauvre, doct

I. Batisson, MCU

UBP

F. Bonnemoy, IE

UBP

J. Colombet, IE

UBP

D. Latour, MCU

UBP

A. C. Lehours, MCU

UBP C. Mallet, MCU

UBP

B. Misson, post doc.


M. Sabart, post doc.

LMGE, Aubière, 5 jours

(2013)

UBP : 1500

euro (coût de

l’intervenant)

-

PCR quantitative

C. Bardot, IE CNRS

G. Bricheux, CR

CNRS,

A. H. Lejeune, IE

CNRS

Fc-3bio, Lyon, 3 jours (2013) CNRS DR7 CNRS DR7

Analyse des données

RNA-seq et ChIP-seq

(séquençage haut-débit),

à l'aide d'outils orientés

vers un public de

biologistes

I. Wawrzyniak, IE

CNRS Fc-3bio, Lyon, 3 jours (2013) CNRS DR7 CNRS DR7

Formation apicole Niveau I débutant

J. Panek ; Doct D. Roriz,

contractuelle


Puy de Dôme, LPA Pontaumur (63), 8 jours

(2013)

LMGE : 600 euros Formation apicole.

Niveau III

M. Roussel, Post

Doc


Puy de Dôme, LPA


(2013)

Formation apicole :

changement des reines

M. Roussel, Post

Doc

B. Viguès, CR

CNRS


Puy de Dôme, LPA

Pontaumur (63), 1 jour

(2013)

Module Ecologie des

eaux douces (Master 1,

mention biologie de

l’environnement)


UBP, Clermont Ferrand, 20

heures

(2012/13)

- -

UTILISATION d’APPLICATIONS SPECIALISEES CNRS et UNIVERSITAIRES

FINANCES, COMPTABILITE, DROIT

NATURE de la

FORMATION AGENT

ORGANISME et

DUREE

FINANCEMENT Inscription


XLAB Y. Dumas, AI UBP CNRS DR7, Villeurbanne,

5 jours (2010) - CNRS DR7

ANF : Utilisation

avancée de HAL

J. C. Charvy, IE

CNRS

CNRS, Villeurbanne, 1 jour

(2012) - CNRS DR7

EXCELL : bases de

données et tableaux

croisés dynamiques

N. Fruquière, AI

CNRS

CNRS DR7, Villeurbanne,

1 jour (2013) - CNRS DR7

Word documents longs

et word publipostage

N. Fruquière, AI

CNRS


1 jour (2013) - CNRS DR7

Photoshop B. Viguès, CR

CNRS


½ journées (2013) - -

38

ENT 1 : généralités

Y. Dumas, AI UBP

N. Fruquière, AI

CNRS

A. H. Lejeune, IE

CNRS


ENT 2 :

approfondissements et

travail collaboratif

Y. Dumas, AI UBP N. Fruquière, AI

CNRS


Formation à l’utilisation

de HAL

J. Aufauvre, Doct

D. Biron, CR CNRS

G. Bricheux, CR

CNRS

F. Bonnemoy, IE

UBP

J. C. Charvy, IE

CNRS

A. Moné, IE CNRS C. Petit, CR CNRS

Sime-NGando, DR

CNRS

C. Texier, MCU

UBP


HYGIENE et SECURITE

NATURE de la

FORMATION AGENT

ORGANISME et

DUREE



Prévention des risques

psychosociaux au travail

F. Bonnemoy, IE

UBP UBP, 2 ½ journée, (2011) - -

Equipier incendie F. Perrière, IE UBP ½ journée - -

Utilisation d’azote

liquide et de CO2

A. Bournilhas, T

contractuel UBP

INSERM-CNRS, Lyon

(2011)

INSERM

Lyon UBP

Recyclage Sauveteur,

Secouriste du Travail

F. Donnadieu, T

CNRS

A. Moné, IE CNRS

A. Vellet, T UBP


Sauveteur Secouriste au

Travail

N. Charbonnel, TR

UA

UA, Clermont Ferrand, 3

jours (2012) - -

Assistant de prévention

I. Wawrzyniak, IE

CNRS

N. Charbonnel, TR

UA


5 jours (2012)

UA et UBP, Clermont

Ferrand, 5 jours (2013)

-

-

CNRS DR7

-

Formation des membres

du CHSCT

F. Bonnemoy, IE

UBP


heures (2013) - -

QUALITE

NATURE de la

FORMATION AGENT

ORGANISME et

DUREE



9ème école inter-

organismes « Qualité en

recherche et en

enseignement

B. Chebance., AJT

UBP

A. Moné, IE CNRS

QUARES, Montpellier, 3

jours (2011)

UBP : 500

CNRS DR7 :

-

-

39

supérieur » 500

4ème rencontre du réseau

qualité en recherche

N. Fruquière, AI

CNRS

A. Moné, IE CNRS

CNRS, Paris, 2 jours (2012) - CNRS DR7

INFORMATIQUE

NATURE de la

FORMATION AGENT

ORGANISME et

DUREE



Présentation et

initiation aux grilles de

calcul. Formation utilisateurs DIRAC

J. C. Charvy, IE

CNRS

IN2P3, Villeurbanne, 3

jours (2010) - CNRS DR7

Cloud computing :

initiation à Stratu

Lab/Open Nebula

J. C. Charvy, IE

CNRS

CNRS, LPC, UBP,

Clermont Ferrand, 2 jours

(2011)

- -

Journée réseau métier

ARAMIS :

Virtualisation et bases

de données

J. C. Charvy, IE

CNRS


(2012) - CNRS DR7

EuPathDB Workshop I. Wawrzyniak, AI

CNRS

EuPathDB project team,

Athens (Géorgie, Etats

Unis), 3,5 jours (2012)

- LMGE : 1250

Journée régionale

d’ARAMIS (Réseau

MRCT-RESINFO)

J. C. Charvy, IE

CNRS

CNRS, Aubière, 1 jour

(2013) - -

CULTURE INSTITUTIONNELLE et EFFICACITE PERSONNELLE

NATURE de la

FORMATION AGENT

ORGANISME et

DUREE



Préparation aux

concours internes

(rédaction du rapport et

oral)

F. Donnadieu, T

CNRS

I. Wawrzyniak, AI

CNRS


4 jours (2011) - CNRS DR7

Stage intensif en langue

française

A. S. Pradeep Ram,

CR CNRS

Service Universitaire des

Etudiants Etrangers, UBP,

65 heures de Fév. 2011 à

mai. 2011

CNRS DR7 :

585

(budget 2010)

-


française

A. S. Pradeep Ram,

CR CNRS



65 heures de sept. 2011 à

janv. 2012

CNRS DR7 :

720

(budget 2011)

-

Savoir communique r

avec les médias

T. Sime NGando,

DR CNRS

CNRS, Villeurbanne, 2


La cartographie de la responsabilité des

directeurs d’unités

T. Sime NGando,

DR CNRS

CNRS, Meudon, ½ journée

(2011) - CNRS DR7

Formation syndicale F. Donnadieu, T

CNRS

UNSA – Education, Paris, 2

joirs (2012) - -

Accompagnement à la

prise de fonction des

nouveaux directeurs

d’unité (module 1)

T. Sime NGando,

DR CNRS

CNRS, Villeurbanne, 2


Séminaire

d’accompagnement à la

prise de fonction des

T. Sime NGando,

DR CNRS

CNRS, Meudon, 4 jours,

(2012) - CNRS DR7

40

nouveaux directeurs

d’unité

Journée d’accueil

régionale des nouveaux

entrants

J. C. Charvy, IE

CNRS


(2012) - CNRS DR7

Journée d’accueil

nationale des nouveaux

entrants

J. C. Charvy, IE

CNRS CNRS, Paris, 1 jour (2012) - CNRS DR7


française

A. S. Pradeep Ram,

CR CNRS



65 heures de fév. 2012 à

mai. 2012

CNRS DR7 :

720

(budget 2012)

-

Journée nationale

d’accueil des nouveaux entrants

A. H. Lejeune, IE

CNRS CNRS, Paris, 1 jour (2013) - CNRS

Journée régionale

d’accueil des nouveaux

entrants

A. H. Lejeune, IE

CNRS


(2013) - CNRS DR7

Teaching in english G. Bricheux, CR

CNRS


½ journées (2013) - -

Module de

Formation pour les

Nouveaux MCF :E-

Learning et Evaluation

J. Artiguas, MCU

UBP


heures (2012/13) - -

41

Annexe 3

FICHE DE REALISATION

NOM DE L’ACTION : Ecole Thématique CNRS « VIR2OMIQUES :

Les Virus de l’envIronnement : échantillonnage, obseRvation, traitement de séquences génOMIQUES et métagénOMIQUES »

Délégation organisatrice : DR7 CNRS- RHONE AUVERGNE –

Date : du 29 septembre au 2 octobre 2014 Commanditaire : INEE Représentant du commanditaire : Télesphore Sime NGando et Corinne BARDOT

Contexte de la commande

L’Ecole thématique du CNRS VIR2OMIQUES a été proposée par le LMGE, Laboratoire Microorganismes :

Génome et Environnement, UMR 6023, en collaboration avec les UMRs URMITE 7278 (Marseille), LM2E

6197 (Brest) et BIOM 7232 (Banyul/Mer). Ces laboratoires étudient les microorganismes Procaryotes et

Eucaryotes et les virus dans les écosystèmes microbiens, depuis les aspects moléculaires et cellulaires

jusqu’aux rôles de ces organismes dans les écosystèmes. C’est dans ce cadre scientifique que se situe

l’intérêt de l’école thématique VIR2OMIQUES, qui s’appuie sur les compétences des laboratoires dans le

domaine de l’écologie virale et, plus particulièrement, du traitement des données issues des séquenceurs de

nouvelle génération (pyroséquençage, Illumina). Le LMGE offre des services informatiques originaux sur le

traitement des données de métagénomique (http://metavir-meb.univ-bpclermont.fr/) ou de pyroséquençage

d'amplicons (http://code.google.com/p/panam-phylogenetic-annotation/downloads/list), qui permettent

l’analyse des données NGS acquises ou présentes dans les bases publiques. En raison de l’intérêt croissant

que suscitent aujourd’hui l’écologie virale, l’école thématique a été proposée dans le but d’initier les

participants aux recherches pratiques en écologie virale, par la mise en application d’un panel de techniques

dédiées, depuis le prélèvement des échantillons en milieu naturel, leur concentration nécessaire

(ultrafiltration, ultracentrifugation, concentration chimique au PEG), jusqu’à l’obtention de résultats en rapport

avec les aspect phénotypiques (microscopie, cytométrie) et génotypiques (extraction des génomes,

séquençage par sous-traitance, traitement des séquences métagénomique…) des communautés virales de

l’environnement. Les modalités pédagogiques mises en œuvre prennent en compte les contributions des

participants, non seulement dans l’élaboration du programme et du déroulement de l’école thématique, mais

également par la mise en place d’un module centré sur des études de cas, correspondant à des projets

scientifiques en cours, proposés par des participants.

http://metavir-meb.univ-bpclermont.fr/

http://code.google.com/p/panam-phylogenetic-annotation/downloads/list

42

Groupe projet Comité Scientifique et compétences de ses membres

DESNUES Christelle, CR CNRS, Responsable Equipe Pathovirome, UMR 7278, Marseille (Diversité, Evolution, Métagénomique, Virus Microbiote et Holobionte)

GESLIN Claire, MCF, UMR LMEE 6197, Brest (Virologie et Microbiologie des Environnements Marins Extrêmes, Virus des Archées)

MOREAU Hervé, DR CNRS, Directeur UMR BIOM 7232, Banyuls/Mer (Ecologie, Diversité, Evolution, Cultures, Virus des Eucaryotes, Ecosystèmes Marins)

Membres du Comité d’Organisation Comité d'Organisation et compétences de ses membres

BARDOT Corinne, IE CNRS, Correspondant Formation de l’UMR LMGE 6023, Aubière (Aide dans la conception et l’organisation matérielle de l’Ecole Thématique)

CHEBANCE Brigitte, T UBP, UMR LMGE 6023, Aubière (Aide dans la conception et l’organisation matérielle de l’Ecole Thématique)

COLOMBET Jonathan, IE, UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie, Echantillonnage, Cytométrie, Microscopie, Virus Aquatiques)

DEBROAS Didier, PR, Responsable Equipe MEB, UMR LMGE 6023, Aubière (Diversité, Métagénomique, Paléogénomique, Virus Aquatiques)

ENAULT François, MCF, UMR UMR LMGE 6023, Aubière (Bioinformatique, Serveur METAVIR, Pipeline Traitement des Séquence, Virus Aquatiques)

GOMMET Liliane, Conseillère en Formation et Itinéraires Professionnels, Coordinatrice du Bureau Formation, CNRS Rhône-Auvergne DR07, Villeurbanne (Aide dans la conception pédagogique, l’élaboration du budget et l’organisation matérielle de l’Ecole Thématique)

RAVET Vivianne, MCF, UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie, Ultracentrifugation, Ultrafiltration, Concentration Chimique, Extraction Acides Nucléiques, Virus Aquatiques à ADN et ARN)

SIME-NGANDO Télesphore, DR CNRS, Directeur UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie Générale, Virologie Environnementale)

Intervenants internes et externes

DESNUES Christelle, CR CNRS, Responsable Equipe Pathovirome, UMR 7278, Marseille (Diversité, Evolution, Métagénomique, Virus Microbiote et Holobionte)

GESLIN Claire, MCF, UMR LMEE 6197, Brest (Virologie et Microbiologie des Environnements Marins Extrêmes, Virus des Archées)

MOREAU Hervé, DR CNRS, Directeur UMR BIOM 7232, Banyuls/Mer (Ecologie, Diversité, Evolution, Cultures, Virus des Eucaryotes, Ecosystèmes Marins)

COLOMBET Jonathan, IE, UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie, Echantillonnage, Cytométrie, Microscopie, Virus Aquatiques)

DEBROAS Didier, PR, Responsable Equipe MEB, UMR LMGE 6023, Aubière (Diversité, Métagénomique, Paléogénomique, Virus Aquatiques)

ENAULT François, MCF, UMR UMR LMGE 6023, Aubière (Bioinformatique, Serveur METAVIR, Pipeline Traitement des Séquence, Virus Aquatiques)

RAVET Vivianne, MCF, UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie, Ultracentrifugation, Ultrafiltration, Concentration Chimique, Extraction Acides Nucléiques, Virus Aquatiques à ADN et ARN)

SIME-NGANDO Télesphore, DR CNRS, Directeur UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie Générale, Virologie Environnementale)

Déroulement de la formation et public Participants : 13 - CNRS : 7 et Université : 6

Chercheurs-Enseignants chercheurs : 4 Personnels techniques : 6 Doctorants : 2 Post doctorants : 1

La formation a pu être organisée en résidentiel à la Station Biologique de Besse de l’Université Blaise Pascal.

43

PROGRAMME des JOURNEES

Lundi 29 septembre 2014 : Accueil des participants, Besse

Evènement Heure Accueil des participants et animateurs + Pause café 15:00 – 20:00 Buffet dinatoire à la Station Biologique - Création Gourmande – Buffet dinatoire 20:00

Mardi 30 septembre 2014 : Modules 1 et 2

Intervenant Evènement Heure Petit déjeuner à la Station Biologique A partir de 07:30 Bardot C ., Sime-Ngando T. Introduction de l’Ecole Thématique 08:30 – 09:00

MODULE 1 : rappel des connaissances théoriques

Desnues C., Geslin C., Moreau H., Sime-Ngando T.

Cours Théoriques 09:00 – 10:30

Pause-café 10:30 - 11:00 Cours théoriques suite 11:00 - 12:30 - Création Gourmande – Plateau repas froid Repas à la Station Biologique 12:30 - 14:00

MODULE 2 : échantillonnage, concentration

Colombet J., Desnues C., Moreau H., Ravet V.

Echantillonnage, préservation, stockage, concentration, purification, isolement, cultures

14:30 – 16:00

Pause-café 16:00 - 16:30 Suite du module et table ronde 16:30 - 18:30 Repas au restaurant à Besse 20:00 max Mercredi 01 octobre 2014 : Modules 3 et 4, Besse

Intervenant Evènement Heure

Petit déjeuner à la Station Biologique A partir de 07:30 MODULE 3 (Extraction, Qualité des Acides

Nucléiques)

Debroas D., Henquell C. , Ravet V.

Extraction et Qualité des acides nucléiques et Séquençage

09:00 – 10:30

Pause-café 10:30 - 11:00

Suite du module et Table ronde 11:00 - 12:30

- Création Gourmande – Plateau repas froid Repas à la Station Biologique 12:30 - 14:00

MODULE 4 (Travail sur projet)*

Mercier C. (15 minutes de présentation) Virome de sédiments hydrothermaux océaniques profonds (matrice eau et sédiments)

14:30 – 15:15

Prévost B. (15 minutes de présentation) Contamination virale de la Seine et risques pour la santé (matrice eau)

15:15 – 16:00

Pause-café 16:00 - 16:30

Temmam S. (15 minutes de présentation) Virus d’insectes vecteurs de maladies humaines (matrice animaux, sang)

16:30 – 17:15

Erauso G. (15 minutes de présentation) Virome des systèmes hydrothermaux alcalins (matrice eau et biofilm) 17:15 - 18:30

Table ronde 18 :30 – 19 :15

Repas au restaurant à Besse 20:00 max

Jeudi 02 octobre 2014 : Modules 5 et 6, Aubière

Intervenant Evènement Heure

Petit déjeuner à la Station Biologique A partir de 07:00 Transfert à Aubière (Clermont-Ferrand) A partir de 07:30

MODULE 5 : observation MODULE 6 : analyse des séquences

Colombet J., Enault F., Moreau H.

Groupe 1 : Observation (microscopie, cytométrie) Groupe 2 : analyse des séquences (METAVIR)

09:00 – 11:30

Repas sur le Campus des Cézeaux - Aubière 11:30 - 13:00 Colombet J., Enault F., Moreau H.

Groupe 2 : Observation (microscopie, cytométrie) Groupe 1 : analyse des séquences (METAVIR)

13:00 - 15:30

Bardot C ., Sime-Ngando T. Conclusion et perspectives 15:30 – 16:00

44

Synthèse de l’évaluation par les participants à l’issue de la formation

Cette synthèse est une moyenne sur 5 des notes des fiches d’évaluation individuelle des participants

1 : pas du tout satisfait, 2 : peu satisfait, 3 : moyennement satisfait, 4 : satisfait, 5 très satisfait Quelle est votre appréciation globale de l’école ? Moyenne : 4,6

L’école a-t-elle répondu à vos attentes ? Pourquoi ? Moyenne : 4,3

Avez-vous trouvé l'enseignement adapté à votre fonction ? Moyenne : 4,4

L’école vous a-t-elle apporté des connaissances nouvelles ? Moyenne : 4,7

Durée de l’école vous a paru : satisfaisante : 8 trop courte : 5 trop longue : 0 participants Conditions matérielles d'organisation (accueil, salle…) :

Bonnes : 13 participants Acceptables : 0 Mauvaises : 0 Comment appréciez-vous les éléments suivants :

1 : pas du tout satisfait, 2 : peu satisfait, 3 : moyennement satisfait, 4 : satisfait, 5 : très satisfait

Conditions matérielles et organisation de la formation Moyenne : 4,6 Contenu de la formation Moyenne : 4,4 Pertinence et atteinte des objectifs Moyenne : 4,4 Participation et esprit du groupe Moyenne : 4,8

Application pratique des acquis Moyenne : 3,3 Qualité de la relation intervenant-participant Moyenne : 4,7 Compétences pédagogiques des intervenants Moyenne : 4,8 Supports pédagogiques et documentation Moyenne : 4,8

Points positifs :

Interventions accessibles à un large public Prise en compte d’écosystèmes variés (environnemental et santé humaine) Identifier la communauté scientifique Tables rondes constructives

Points négatifs

Module METAVIR : peu adapté pour les « novices » dans le domaine Formation d’une durée trop courte (1 jour de plus aurait été apprécié) Pas assez d’applications pratiques (METAVIR, extraction des virus, cytométrie en flux)

Suite à donner

- Ouverture sur une idée de forum internet de discussion et « foires aux questions » : FAIT - Formation spécifique METAVIR à prévoir (en 2016/17) sur 3-4 jours : théorie et traitement des données des participants - Rééditer l’ET en 2017, peut être dans un autre laboratoire, dans lequel il y aurait plus de facilités pour la partie pratique (ex : Station Biologique de Banyuls)

45

Annexe 4

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48

Annexe 5 CYCLE NGS

Dr Jean-François PROST / [email protected]

Tél/Fax : +(33) 4 72 72 26 76 / P. 06 82 14 94 93

154, Chemin des Combes - 69250 Poleymieux au Mont d'or

Conduite d’un projet NGS : du séquençage à l’analyse bioinformatique

Informations

Public concerné

Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) ayant en projet ou en cours des expériences de RNA-seq.

Pré-requis : cette formation s’adresse aux microbiologistes connaissant l'organisation générale des génomes procaryotes

(promoteur, gène, RBS, plasmide) et le principe général du séquençage de l'ADN(méthode de Sanger).

Pédagogie Effectif maximum : 14 Personnes

Remise de support de cours

La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

Chaque auditeur disposera d'un poste informatique individuel pendant la formation

Session

Le 25 novembre 2014

Le 10 avril 2015

Lieu : Fc-3Bio - LYON 7eme

Les repas sont pris en charge par Fc-3Bio

Durée 1 journée - 7 heures

Intervenant

M. Jean-Baptiste CLAUDE

Mme Céline MIGANEH

Frais pédagogiques

650 € HT Auditeurs académiques : 550 € HT

Objectifs

Concevoir et assurer le suivi d’un projet de séquençage NGS

Choisir la technologie de séquençage en fonction du projet de recherche, connaitre les analyses possibles sur

les jeux de données obtenus

Réaliser le plan d’expérience

Décrypter les devis des prestataires de séquençage : technologies, paramètres,

options.

Evaluer la qualité du séquençage et de l’assemblage

Programme

Les NGS : principes et applications

Les différentes technologies de séquençage (Illumina, 454, PacBio, Solid,...) : principes, comparaisons et domaines d’application.

Projets de recherche et stratégie de séquençage : séquençage de novo, reséquençage, RNAseq, détection de variants,

métagénome, métatranscriptome.

L’assemblage des séquences

Notions de reads, contigs, scaffolds


49

Traitement des jeux de données brutes : import, trimming, filtering, multiplexing • Assemblage de novo ou avec

référence

Estimation de la qualité de l’assemblage

Etudes de cas

Comparaison de plusieurs sérotypes d’une même bactérie

Construction d’un génome de référence fiable et recircularisé

Recherche de gènes spécifiques chez une souche bactérienne inconnue

Suivi de stabilité génétique au cours d’un process industriel

Analyse RNAseq de l’impact d’un changement de process sur le métabolisme

Principes fondamentaux de gestion et de suivi de projets de séquençage

Définition du projet et stratégie de séquençage adaptée

Choix d’un prestataire de séquençage et analyse de devis • Grandes étapes du projet et suivi de la réalisation

Analyses post-séquençage

Principes et applications des nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit (NGS):

choisir la technologie adaptée à son projet

Informations

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.

Pédagogie

Effectif : 14 Personnes



Session Le 21 septembre 2015 à Lyon

Durée

1 journée - 7 h

Intervenant

Mme S. Hughes

M. B. Gillet

Frais pédagogiques

475 € HT Académique : 430 € HT

Programme

Les méthodes de séquençages, principes et applications

Présentation des différentes méthodes de séquençage à haut-débit : Solid, Illumina, Ion Torrent, 454 Roche, Pacific

Biosciences Principe et fonctionnement

Capacités de séquençage

Comparatif des différentes méthodes, forces et faiblesses

Les technologies de demain

Les différentes applications NGS : quelle méthode choisir en fonction de mon application

Génomique

Transcriptomique

Epigénomique

Métagénomique et biodiversité

Conclusions

De l’échantillon à la séquence : les grandes étapes méthodologiques

Préparation des échantillons

50

Extraction des ADN et ARN

Les différentes approches d’amplification par PCR

Les méthodes de capture et d’enrichissement

Construction des différents types de banques

Fragmentation/Sizing

Les méthodes de purification, d’amplification et de quantification

Séquençage des banques (exemples)

L’analyse des données de séquençage

Les principaux formats de fichiers de sortie de données Quelques outils d’analyse

Les méthodes et stratégies de préparation d'échantillons biologiques pour le séquençage

nouvelle génération : De la métagénomique à la cellule unique.

Informations Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.

Pédagogie

Effectif maximum : 12 Personnes



Session

Les 25 & 26 juin 2015 à Lyon


Durée

2 jours - 14 h

Intervenant

M. J. Lachuer

Frais pédagogiques

1150 € HT

Auditeurs académiques : 920 € HT

Objectifs Les nouvelles technologies de séquençage à très haut-débit révolutionnent de nombreuses approches expérimentales en

biologie moléculaire et évolutive. Leurs applications couvrent de très nombreux domaines aussi divers que la

transcriptomique, la génomique, l'épigénomique, ou encore la métagénomique. Ces applications génèrent toutes des

quantités impressionantes de séquences courtes et exigent des échantillons de bonnes qualités. Notre formation a pour

objectif de vous permettre de mieux préparer vos échantillons.

Programme

JOUR 1 : LES TECHNOLOGIES DE SÉQUENÇAGE NOUVELLES GÉNÉRATION (NGS) : LES

TECHNIQUES DE PRÉPARATION D’ÉCHANTILLONS BIOLOGIQUES AVANT SÉQUENÇAGE MASSIF

Les différentes technologies de séquençage nouvelle génération

Les techniques de prélèvements des échantillons biologiques pour le séquençage

Prélèvements cliniques frais ou congelés

Prélèvement à partir de culture cellulaire

Prélèvement à partir de milieux hétérogènes et complexes (eau, air, sols)

Milieux difficiles (urine, expectorations, fécès, fluides biologiques)

Les techniques d’extraction des acides nucléiques (ARN et ADN) et les contrôles qualité

A partir de prélèvements frais ou congelés

A partir de tissus fixés et paraffinés (FFPE)

51

Les préparations de librairies classiques

RNA-seq (librairies directionnelles et non directionnelles)

RNA-seq (eucaryotes et procaryotes)

DNA-seq

Chip-seq

Petits ARN

Les techniques d’enrichissement et de réduction de complexité avant séquençage

Enrichissement d’Exome

Méthode Rad-seq (restriction site DNA sequencing) Méthode RRBS (region restriction bisulfite sequencing)

Techniques basée sur l’analyse d’amplicons

Enrichissement de génomes viraux ou bactériens à partir de tissus ou fluides biologiques

Enrichissement d’ARN

Les méthodes de customisation

Exemple d’application

JOUR 2 : LES TECHNOLOGIES DE SÉQUENÇAGE NOUVELLES GÉNÉRATION (NGS) : LES

TECHNIQUES D’ANALYSE PAR SÉQUENÇAGE À PARTIR DE CELLULES UNIQUES Méthodes pour la préparation d’échantillons avant tri

Techniques de dissociation

Techniques de conservation

Les techniques d’isolement de cellules

Microdissection par capture laser

Tri manuel

Tri par FACS (Fluorescence Activated Cell Sorting)

Tri par gradient de densité

Tri sur billes magnétiques Tri par microfluidique

Les techniques d’amplification d’ADN ou ARN issus de cellules uniques

Méthodes de préparation de librairies à partir de microquantité d’acides nucléiques. Application des technologies de

microfluidiques

Exemples d’applications

52

Annexe 6

53

Annexe 7

54

55

Annexe 8

56

Annexe 9

57

Annexe 10

Dr Jean-François PROST / [email protected]

Tél/Fax : +(33) 4 72 72 26 76 / P. 06 82 14 94 93



Public concerné Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.

Pédagogie


50% de pratique




Reprend les programmes des formations BIF-02 et BIF-03 qui peuvent être suivies indépendamment

Session Du 18 au 21 mars 2014

Durée

4 journées - 28 heures

Intervenant

M. C. Combet

Mme A. S. Sertier

Frais pédagogiques

1800 € HT

Auditeurs académiques : 1300 € HT Les repas sont pris en charge par Fc-3Bio

Objectifs

Acquérir les compétences nécessaires à l'analyse bioinformatique des séquences nucléiques

Connaître les principales bases de données et outils d'interrogation existants sur le web

Connaître les principaux outils d'analyse et réaliser une analyse complète de séquence

Acquérir les compétences nécessaires à l'analyse bioinformatique des séquences protéiques en vue de leur

annotation fonctionnelle et structurale

Connaître les principales bases de données des protéines et outils d'interrogation existants

Connaître les principaux algorithmes d'analyse et réaliser une analyse complète de séquence

Programme

Première journée : interrogation des bases de données des séquences nucléiques, analyse élémentaire

Bases de données: INSDC: GeneBank, EMBL, DDJB.

Banque de données de motifs.

Recherche de Motifs

Présentation de Gene Ontology (GO)


58

Seconde journée: Navigateur de génomes et des outils d'analyse fonctionnelle (voies métaboliques ...)

Ensembl et Biomart

TIGR

KEGG et BioCyc

Troisième journée: I nterrogation des basses de données des protéines, analyse élémentaire et recherche d'homologues

proches

Bases de données: UniProtKB, InterPro (ProDom,Prosite,Pfam), PDB,…

Analyse élémentaire de séquences: composition, profils physico-chimiques,…

Recherche d'homologues: alignement par paire, algorithmes (BLAST, FASTA, SSEARCH)

Quatrième journée: recherches d'homologues distants, identification de sites et signatures fonctionnels, alignements

multiples de séquences, prédiction de structure secondaire

Recherches d'homologues distants: profils de séquences, algorithmes (PSI-BLAST, HMMER)

Recherches de sites et signatures fonctionnels (InterProScan)

Alignements multiples de séquences (Clustal W, MUSCLE, MAFFT)

Prédiction de la structure secondaire des protéines (Chou-Fasman, SOPMA, PHD, PSI-PRED)

59

Annexe 11

Dr Jean-François PROST / [email protected] Tél/Fax : +(33) 4 72 72 26 76 / P. 06 82 14 94 93


Comparaison et annotation génomiques, protéiques et métaboliques de souches bactériennes

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants.

Pédagogie





Session

Lieu : LYON


Durée

2 jours - 14 heures

Intervenants

Mme A. Itis

M. S. Huet

M. P. Ciron

Frais pédagogiques

Session sur demande en intra

OBJECTIFS

L’objectif de cette formation est d’acquérir la maîtrise de nouvelles approches d’analyse comparative des séquences de plusieurs souches bactériennes. Les analyses portent sur les niveaux génomique, protéique et

métabolique.

Ces deux journées associent présentations théoriques et manipulations d’un logiciel intégré de bioinformatique

afin de maîtriser ces démarches d’analyse.

Programme

Première journée

Acquisition et visualisation d’ensembles de contigs

Assemblage à l’aide d’une séquence de référence

Identification de régions spécifiques

Prédiction et validation de régions codantes

Caractérisation des fonctions des produits de gènes

Transfert d’annotations

Seconde journée

Les bases de données génomiques, protéiques et métaboliques

Eléments de génomique comparative : homologies, synténies conservées

Prédiction des fonctions catalytiques

Analyse métabolique comparative et différentielle

Mapping de données d’expression


60

Annexe 12 : Fractionnement protéique

http://www.formation-continue.inp-toulouse.fr/fr/index.html

http://www.formation-continue.inp-toulouse.fr/fr/index.html

61

Annexe 13 :

62

Annexe 14 :


Journées d'harmonisation phytoplancton

INRA-Thonon, UMR CARRTEL - 25 & 26 septembre 2014

Journées organisées par Frédéric RIMET (UMR CARRTEL), Anne ROLLAND (Bureau d'étude

Becq'eau), Christophe LAPLACE-TREYTURE (IRSTEA), Laura MOREAU (Dreal Lorraine)

L’objectif :

Afin d'harmoniser les pratiques de préparation d'échantillons, de comptage du phytoplancton ainsi

que l'identification des espèces, deux journées d'harmonisation auront lieu les 25 et 26 septembre

2014 dans les locaux de l'INRA à Thonon-Les-Bains. Le nombre de personnes est limité à 15. Les

excellents microscopes équipés de vidéo (prêtés par Becq'eau et l'INRA) seront mis à disposition.

L'INRA dispose aussi d'une collection de cultures qui sera aussi à disposition.

Le public concerné :

Ces journées s'adressent aux bureaux d'études, aux DREALs et à tout acteur réalisant des comptages

phytoplanctoniques intéressé par cette manifestation.

Lieu du stage :

INRA-Thonon, UMR CARRTEL. Elle dispose d’un port privé, du matériel nécessaire pour le

prélèvement, l’observation, toute la bibliographie nécessaire à l’identification des algues, ainsi que

de ressources en personnel (techniciens, ingénieurs et chercheurs) qui assureront la formation.

Programme :

1er journée :

- tour de table et discussion sur les attentes de ces deux journées

- identification des étapes des protocoles phytoplancton (de l’échantillonnage jusqu’à la liste

floristique) pouvant présenter des divergences entre opérateurs

- point sur le calcul de l'IPLAC et l'utilisation de PHYTOBS

- autres points soulevés par les participants

- en fin de journée : sédimentation d'échantillons problématiques apportés par les participants

2eme journée :

- ateliers de détermination (observation commune d'échantillons problématiques amenés par

chacun)

- en fin de journée : attentes des participants pour les prochaines éditions, propositions pour la

prochaine édition

Courriel : [email protected]


Documents

LMGE Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement · PLAN DE FORMATION 2015 LMGE Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement UMR CNRS 6023 Télesphore Sime-Ngando