Localisation fine de QTL par déséquilibre de liaison

• Simon BOITARD• Durée : octobre 2003-septembre 2006• Laboratoire : BIA (biométrie et

intelligence artificielle) Toulouse• Financement : MIA (Mathématiques et

informatique appliquées) et Génétique animale.

• Domaine : Probabilités et statistiques appliquées

Localisation fine de QTL par déséquilibre de liaison

• Encadrement : Brigitte MANGIN (BIA) et Jean-Marc AZAIS (Université Paul Sabatier de Toulouse)

• Objectifs : Trouver des méthodes statistiques permettant de localiser des QTL et utilisant le LD. Tenir compte des spécificités des populations animales.

Définitions et idées clés

• Localiser un gène = estimer la distance génétique, cad le taux de recombinaison r entre un gène de position inconnue et un ou plusieurs marqueurs.

• Localisation fine : intervalles de confiance de 5cM a 0.01cM

• Déséquilibre de liaison : association entre deux allèles situés sur deux gènes distincts.

Définitions et idées clés

• Ex : gène 1 (A ou a), gène 2 (B ou b). On a P(AB) ≠ P(A)P(B) dans la population.

• Intérêt du DL pour la localisation : Il existe une relation entre le DL entre deux gènes et la distance les séparant (r).

• Avantage du DL : méthodes adaptées à des populations très larges d’individus non reliés entre eux

→plus de recombinaisons, plus de précision

Principe de la localisation par DL

• Observation d’un échantillon de N individus (phénotypes + génotypes aux marqueurs) ; calcul d’une vraisemblance

N

nh rPfErLn

1

)]([)(

fréquence de l’haplotype dans la population considérée. C’est un processus stochastique.

nhP nh

Principe de la localisation par DL

• Estimer r = prendre le max de L(r).

→ savoir calculer L(r), et pour cela connaître la loi de pour tout h.hP

Moyens :

o Utilisation du modèle de Wright-Fisher

o approximations

o imporatnce des paramètres génétiques de la population : sélection, migrations …