M ECOLOGIE DU ENERGIE MUSÉUM NATIONAL … · Biologie in silico (B.I.S), UDV21 13 Biominéralisations, SEP 53 14 ... S2 Effectifs prévus : Présentation pédagogique de l'UE

MINISTÈRE DE L’ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR ET DE LA RECHERCHE

MINISTERE DE L’ECOLOGIE, DU DÉVELOPPEMENT DURABLE ET DE L’ENERGIE

MUSÉUM NATIONAL D'HISTOIRE NATURELLEDirection de l'Enseignement, de la Pédagogie et des Formations

Unités d’enseignementSpécialité Systématique, Evolution, Paléontologie (SEP)

Anatomie Comparée (Ostéologie des Vertébrés), SEP 14 3Approche du Système d’Information Géographique, E2F 10 4Approche du Système d’Information Géographique (SIG1), E2F 7 5Arbres et Bois, SEP 43 6Atelier : Imagerie 3D pour les Sciences de la Vie, UDV26 7Bases de données : modèles de données et langages d'accès, SEP 42 8Bases de la phylogénétique, SEP 8 9Bases de la taxonomie et Formalisation des connaissances, SEP 1 10Biochronologie, stratigraphie et mesure du temps géologique, SEP 52 11Biodiversity Informatics, SEP 41 12Biologie in silico (B.I.S), UDV21 13Biominéralisations, SEP 53 14Biomineralization: important analytical methods and techniques, SEP 50 16Collections minérales et ostéologiques dans les sciences de l’Homme : analyses et typologies dans les inventaires, SEP 4 17Diversité et histoire des lignées chlorophyliennes PHYLOVEG, SEP 4 18Ecologie de la réconciliation, E2F3 19Enjeux patrimoniaux, économiques et scientifiques de la connaissance des espèces, E2F 20Épistémologie et histoire des sciences, SEP 46 21Expertise privée et bureaux d’études, E2F 5 / NU 958 22Exploration et description de la biodiversité, SEP 33 24Formalisation des connaissances en systématique et paléobiodiversité, SEP 38 25Génétique des Populations et Évolution, SEP 10 - BMC 420 26Gestion de son projet, personnel, fonctionnement et création d’une entreprise, communication, E2F 6 / NU 824 27Histoire de la Terre et Origine de la vie, SEP 2 28Importance des collections, SEP 13 29Initiation au recueil des données de terrain, E2F11 30Initiation aux outils juridiques et réglementaires en matière de protection de l’environnement , E2F 8 32Initiation aux techniques de collectes et d’inventaires systématiques, SEP 1 33Les crises biologiques : comprendre le passé et l’actuel, SEP 51 34L’Origine des Espèces, SEP 47 35Matière extraterrestre et biogéochimie de l’évolution : les sources moléculaires de la vie, SEP 31 36Méthodes de discrimination et d’identification taxinomique, SEP 44 37Méthodes d'échantillonnage, inventaires et suivis, E2F9 38Modélisation des formes et analyse des données morphométriques, SEP 19 40Morphologie cladistique informatisée, SEP 21 41Morphologie et anatomie en paléobotanique : principales acquisitions évolutives des végétaux terrestres, atelier SEP 15 42Morphologie fonctionnelle : mouvements, SEP 30 43Paléo-Biogéographie et Paléo-Biodiversité, SEP 37 44

Paléoécologie, paléomagnétisme, paléogéographie et paléoclimats, SEP 24 45Paléontologie (Vertébrés, Invertébrés et Paléobotanique), SEP 11 46Partenaires institutionnels et associatifs de la gestion et de la conservation de la biodiversité, E2F 4 / NU 957 47Phylogénie des Métazoaires : évolution des plans d’organisation (PHYLOMET), SEP 45 48Phylogénie moléculaire, SEP 22 49Préservation de la biodiversité - principes et méthodes, E2F1 50Stage de terrain en paléontologie, SEP 17 51Statistiques multivariées et analyse de données, SEP 36 52Structure et histoire paléontologique des grands clades de Métazoaires (PALEOMET), SEP 5 53Taphonomie, SEP 39 54Taxinomie et nomenclature, SEP 20 55Tissus squelettiques chez les Vertébrés : composantes fonctionnelle, phylogénétique et structurale, SEP 27 56Xylologie-paléoxylologie: Systématique et Paléoécologie, SEP 28 57

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Anatomie Comparée (Ostéologie des Vertébrés), SEP 143 ECTS

Responsables de l'UE Géraldine Véron, MC, MNHN ; Jean-Denis Vigne, PR, MNHN

Équipe pédagogique C. Argot (MNHN) ; J.-D. Vigne (MNHN) ; G. Clément (MNHN) ; B. Battail (MNHN) ; S. Bailon (MNHN) ; G. Lecointre (MNHN) ; A. Dettai (MNHN) ; A. Abourachid (MNHN) ; G. Véron (MNHN) ; C. Lefèvre (MNHN) ; P. Tassy (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (cours, TP/TD et dissections)Nombre de semaines : 2 semaines à mi-tempsMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité » et « Anthropologie de l'Objet et Muséologie, Sciences et Sociétés »Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus :

Présentation pédagogique de l'UE

Objectifs Donner aux étudiants une formation élémentaire en ostéologie comparée, dans une perspective évolutive. L'architecture du squelette, du crâne et des dents, suivie sur la longue durée des ères géologiques et inscrite dans son contexte fonctionnel (musculature, notamment), sera détaillée pour les différents groupes de vertébrés. Les enseignements, essentiellement pratiques, s'appuieront sur les collections de paléontologie et d'anatomie comparée du Muséum ainsi que sur des séances de dissection.

Thèmes abordés - Orientation et architecture générale du squelette- Architecture du crâne des mammifères- Squelette appendiculaire et membre chiridien- Adaptations du squelette- Vertébrés non tétrapodes (« poissons » s.l.)- Tétrapodes- Amniotes actuels et fossiles- Oiseaux- Structure et évolution dentaire des mammifèresOrganisation pédagogiqueL'examen prendra la forme d?une interrogation orale portant sur des pièces anatomiques, présentée devant un jury composé de 3 à 5 enseignants du module

Contacts Géraldine Véron : [email protected] Vigne : [email protected]


Approche du Système d’Information Géographique, E2F 103 ECTS

Responsables de l'UE Bruno de Reviers (Pr MNHN)

Equipe pédagogique Marine Linglart (Bureau d'études Ecosphère)

Descriptif de l'UE

Volumes horaires globaux : Cours et travaux dirigés 30 hNombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine naturel et Société ; spécialité Systématique, Evolution, Paléobiodiversité (SEP)Semestre où l'enseignement est proposé: S3Effectifs prévus : 15 à 20 étudiants


a) Objectifs Après un rappel sur les Systèmes d'Information Géographique, la cartographie et les logiciels utilisés, les cours présenteront leurs usages fréquents par les collectivités territoriales et les illustrera par des applications en vraie grandeur accessibles à l'utilisateur sous forme de travaux pratiques. L'objectif est de rendre les étudiants opérationnels à l'issue de cette semaine de perfectionnement.

b) Thèmes abordés Exercice pour évaluer les compétences déjà acquises. Construire un SIG complexes avec des données issues de différentes sources : les informations attributaires, les formats de données, les structures des tables, les sources de données mobilisables et les conversions. Elaborer un SIG : exercice d'application pour les DOCOB (Documents d'Objectifs) ; principes et composants structure à formaliser, réalisation sur Mapinfo à partir de données réelles. Le géocodage et le géopositionnement. Les analyses thématiques, par croisements de tables et de données. Les requêtes SQL. Les fenêtres graphiques. Le Workshop. Les légendes des cartes. Exercice d'application : un SIG comme outil d'analyse, de prospective, mais aussi de représentation graphique. Analyse statistique et représentation graphique. Rappel sur la sémiologie graphique et sa transcription. ODBC : Principes, exercice d'application. Présentation des outils complémentaires pour la programmation : MapBasic. Le Workshop : travail sur la gestion des fichiers de mise en page. Exercice d'application des apprentissages de la semaine : conception et réalisation sur la base d'un exercice réel.

c) Pré-requis Connaissance de base d'un SIG

d) organisation pédagogique L'UE sera sanctionnée par une épreuve pratique sur une application SIG.

Contacts Prof. Bruno de Reviers, UMR 7138 SAE, Département Systématique et évolutionCP 39, 57, rue Cuvier 75231 Paris cedex 05, Tél : 01 40 79 31 98 ; e-mail: [email protected]


mailto:[email protected]

Approche du Système d’Information Géographique (SIG1), E2F 73 ECTS

Responsables de l'UE Bruno de Reviers (Pr MNHN)

Equipe pédagogique Marine Linglart (Ecosphère)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : Cours et travaux dirigés 30 hNombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine naturel et Société ; spécialité Systématique, Evolution, Paléobiodiversité (SEP)Semestre où l'enseignement est proposé: S3Effectifs prévus : 15 à 20 étudiants


a) Objectifs Dans une perspective de gestion et de conservation, l'analyse des composants de la biodiversité passe en particulier par une approche spatiale. Il s'agit ainsi de surimposer, en vue d'une analyse intégrée, des informations concernant des espaces protégés avec des aires de distribution de certaines espèces ou la délimitation d'habitats qui les hébergent, ou encore des informations concernant les caractéristiques de l'usage des sols (zones agricoles, zones urbanisées, zones forestières etc.), et donc éventuellement des pressions sur le milieu, avec la distribution d'une espèce. Par les possibilités qu'il offre en matière de présentations cartographiques et de scénarios visuels, le Système d'Information Géographique est un outil d'usage courant en aménagement du territoire. L'objectif de cet enseignement est de fournir aux étudiants une initiation aux techniques les plus utilisées.

b) Thèmes abordés Analyse historique de l'évolution d'un territoire (urbanisation, perte de milieux ouverts, progression de la forêt etc.). Elaboration de scénarios d'évolution possibles. Analyse de l'adéquation entre les dispositions de protection des milieux et le contexte environnemental général.

c) Pré-requis Pas de pré-requis particuliers

d) organisation pédagogique L'UE sera sanctionnée par une épreuve pratique sur une application SIG.

Contacts Prof. Bruno de Reviers, UMR 7138 SAE, Département Systématique et évolutionCP 39, 57, rue Cuvier 75231 Paris cedex 05Tél : 01 40 79 31 98 ; e-mail: [email protected]



Arbres et Bois, SEP 436 ECTS

Responsable de l'UE Dario De Franceschi, MC, MNHN

Équipe pédagogique J. Broutin (Paris 6) ; D. De Franceschi (MNHN) ; J.-Y. Dubuisson (Paris 6) ; T.T. Nguyen Thu (Paris 6) ; N. Saedlou (Paris 6) + doctorants MNHN Paris 6

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 60H (CM : 20h ; TD : 10h ; Travaux expérimentaux : 30h)Nombre de semaines : 2 semainesMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 15 étudiants


Objectifs Cette UE comprend des aspects concernant l'organisation des arbres et de leur fonctionnement, à différents niveaux d'intégration : niveau des biomes, des écosystèmes, des organismes et de leur structure anatomique. L'objectif est d'apporter aux étudiants les bases de connaissances systématiques, biologiques et écologiques indispensables à toute étude en sciences forestières et/ou en xylologie.

Thèmes abordés Généralités sur la forêt et les forêts (forêt française, forêts tempérées, forêts boréales et montagnardes, forêts tropicales) ; Dynamique et écologie forestières ; Gestion et utilisation des ressources forestières (sylvicultures) ; Télédétection ; Fonctionnement des méristèmes et cambium, mise en place des formations primaires et secondaires ; Fonctionnement, organisation, systématique et biologie des arbres ; Notions d'architecture végétale ; Initiation à la xylologie, principaux types de plans ligneux ; Le bois et les organismes xylophages.

Organisation pédagogique Cours magistraux, observations de matériel et au microscope, interprétations, identification, dessins. Une journée est prévue sur site pour les aspects forestiers. Évaluation par un examen écrit, l'analyse de matériel biologique et/ou de documents. Fonctionne en liaison avec le module SEP 15 (« Morphologie et Anatomie en Paléobotanique », resp. D. De Franceschi).

Contact Dario De Franceschi USM203-UMR7207 « Centre de recherche en Paléobiodiversité et Paléoenvironnements », Muséum National d?Histoire Naturelle, 57 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, tél. : 01 40 79 34 49, fax : 01 40 79 35 80, mèl : [email protected]



Atelier : Imagerie 3D pour les Sciences de la Vie, UDV263 ECTS

Responsable de l'UE : Dellinger Marc, MC MNHN

Equipe pédagogique Renaud Boistel (MNHN), Gaël Clément (MNHN), Marc Dellinger (MNHN), Didier Geffard-Kuriyama (MNHN)

1. Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30h (CM : 12h ; TD : 18h)Mention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialités : UDV (Unité et Diversité du Vivant), SEP (Systématique, Evolution, Paléontologie), QP (Quaternaire et Préhistoire)Semestre où l'enseignement est proposé : [S2, S3]Effectifs prévus : 20 étudiants

2. Présentation pédagogique de l'UE

a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement Acquérir l'autonomie dans l'installation et l'exploitation de logiciels libres pour l'imagerie scientifique, ainsi que les bases du traitement, de l'analyse et de la visualisation d'images 2D & 3D à l'aide d'exemples tirés de la microscopie de fluorescence et de la tomographie.b) Thèmes abordés *logiciels libres pour l'imagerie scientifique*acquisition des images numériques* traitement d'images numériques*segmentation des objets*reconstruction volumétrique*visualisation 3D*analyse quantitativec) organisation pédagogique Atelier consacré à la prise en main, l'étude et la manipulation de logiciels de visualisation et de traitement d'images tridimensionnelles de cellules et d'organismes issues de scannerisations tomographiques X et de la microscopie de fluorescence conventionnelle ou confocale.Interventions articulées principalement autour d'exercices dirigés afin de permettre l'acquisition des principes du traitement et de l'analyse quantitative des images numériques 2D/3D, de la segmentation, de la navigation orthographique, de la reconstruction volumétrique et des techniques de rendu surfacique. Les étudiants seront amenés à comprendre et à appliquer les techniques d'imagerie scientifique et d'exploitation de données 3D pour la recherche.L'adaptabilité au public étudiant est l'approche recherchée et aucun bagage technique en informatique n'est requis. Cependant, une pratique régulière de la microinformatique est fortement recommandée.

Enseignements présentiels CM : 12hTravaux encadrés : 18h

Contacts : Marc Dellinger, FRE 3206 CNRS/MNHN, MNHN CP52, 57 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, Tel : 01 40 79 34 99; Fax : 01 40 79 35 13/37 30. [email protected].


Bases de données : modèles de données et langages d'accès,SEP 42

3 ECTS

Responsables de l'UE Régine Vignes-Lebbe, PR, UPMC

Équipe pédagogique potentielle R.Vignes-Lebbe (UPMC); H. Sauquet. (UPMC); A. Dettaï (MNHN); O. Gargominy (INPN-MNHN); T. Bourgoin (MNHN) + intervenants ponctuels du LIP6 (UPMC) et du GBIF France

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (CM : 10h ; TD-TP : 20 h + travail personnel).Nombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN - UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé: S2Effectifs maximum : 20


Objectifs Les bases de données sont les outils incontournables de modélisation, de représentation et de gestion des connaissances. Au-delà de la simple consultation de données, tirer parti au mieux des bases de données nécessite d'en connaître les principes, les modèles, la conception, la mise en oeuvre et les limites.Les SGBD (Systèmes de gestion de bases de données) sont aujourd'hui facilement accessibles et tout jeune naturaliste, chercheur ou gestionnaire en environnement, trouvera dans l'utilisation de ces logiciels et la conception d'application, des méthodes puissantes de structuration et d'analyse des données.Ce bagage conceptuel et pratique veut apporter à la formation des biologistes une ouverture vers un domaine de l'informatique omniprésent dans la pratique scientifique, et dans tout programme national ou international sur la biodiversité

Thèmes abordés SGBD et niveaux d'abstractionConception d?une base de données (principes et étapes)Modèles de données (modèles conceptuels entité-association, modèle logique relationnel)Langage d'accès et d'interrogation, le SQLL'intégrité et la cohérence des données.Réalisation d'une base de données.Standards internationaux d'échange de données de biodiversitéBases de données et recherche scientifiquePré-requis Simple utilisation bureautique d'un ordinateurOrganisation pédagogiqueÉvaluation au travers de la conception et de la réalisation d?un projet de biodiversité

Contacts Régine Vignes-Lebbe, UMR 7207, Case Courrier 48, 57 rue Cuvier, MNHN, 75231 Paris cedex 05.tél. : 01 40 79 80 61, mèl : [email protected]


Bases de la phylogénétique, SEP 8

6 ECTS

Responsable de l'UE Pascal Tassy, Pr, MNHN

Équipe pédagogique V. Barriel (MNHN) ; A. Dettaï (MNHN) ; J.-Y. Dubuisson (UPMC) ; P. Grandcolas (CNRS MNHN) ; G. Lecointre (MNHN) ; P. Tassy (MNHN) ; R. Vignes-Lebbe (UPMC) ; R. Zaraguëta (UPMC).

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 60H (Cours : 37h ; TD : 23h)Nombre de semaines : 4 demi-journées par semaine sur 6 semainesMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité», co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé: S1Effectifs prévus : 30 étudiants


Objectifs Les bases de la phylogénétique avec une présentation comparatives des différentes méthodes d'analyse (cladistique, phénétique, probabiliste, analyse-à-trois-éléments).

Thèmes abordés Concepts fondamentaux : notions d'homologie, alignement de séquences, apomorphie-plésiomorphie, mono-paraphylie, mesures de l'homoplasie, enracinements, tests phylogénétiques des scénarios évolutifs, biogéographie, classifications phylogénétiques.Manipulation en TD de logiciels d?analyse phylogénétique.

Organisation pédagogique Évaluation par un contrôle continu (travail personnel à rendre), un examen écrit de 2 h et un oral.

Contact Pascal Tassy, Muséum National d'Histoire Naturelle, USM203-UMR7207 Paléobiodiversité et Paléoenvironnements, CP 38, 75231 Paris Cedex 05tél. : 01 40 79 30 19, fax : 01 40 79 35 80, mèl : [email protected]


Bases de la taxonomie et Formalisation des connaissances, SEP 16 ECTS

Responsable de l'UE Régine Vignes-Lebbe, PR, UPMC

Équipe pédagogique P. Tassy (MNHN) ; R. Vignes-Lebbe (UPMC) ; T. Méziane (MNHN) ; V. Malécot (Angers) ; N. Améziane (MNHN) ; N. Nebout (LSCE/IPSL) ; A. Dettaï (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 60H (CM : 24h ; TD : 30h ; Travail personnel : 6h)Nombre de semaines : 4 demi-journées par semaine sur 6 semainesMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S1Effectifs prévus : 40 étudiants


Objectifs Enseignement centré sur l'exposé des idées, principes et méthodes de base propres à la systématique, plus que sur la présentation de ses résultats. Les cours concernent l'ensemble des étapes du travail des systématiciens de la collecte des spécimens, à la représentation des phylogénies et des clés d'identification, et sont accompagnés de TD appliqués à des groupes taxonomiques variés.

Thèmes abordés Les principes de base et les objets de la systématique : organismes, taxons, caractères ; Brève histoire de la systématique et des classifications ; De l'observation des données aux descriptions taxonomiques ; Utilisation, constitution des collections ; Nomenclature biologique ; Clés et autres méthodes d'aide à l'identification ; Introduction à la formalisation et l'informatisation des connaissances (bases de données et de connaissance).

Organisation pédagogique Large place aux TD encadrés. Visites de collections d'Histoire Naturelle.Évaluation sur le travail continu, examen écrit de 2 h et un oral.

Contacts Régine Vignes-Lebbe, UMR 7207, Case Courrier 48, 57 rue Cuvier, MNHN, 75231 Paris cedex 05, France.tél. : 01 40 79 80 61 ; mèl : [email protected]


Biochronologie, stratigraphie et mesure du temps géologique,SEP 52

3 ECTS

Responsables de l'UE Annachiara Bartolini (MNHN), Silvia Gardin (Paris 6)

Équipe pédagogique A. Bartolini (MNHN) ; S. Gardin (Paris 6) ; I. Rouget (Paris 6) ; B. Galbrun (Paris 6) ; E. Moreno (MNHN) ; D. Merle (MNHN) ; R. Zaragueta (Paris 6) ; J. Guex (Université de Lausanne) ;

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (Cours-TD intégrés)Nombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité», co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 20 étudiants


Objectifs Ce module est centré sur le problème de la résolution temporelle qui est fondamental dans les études en Paléontologie évolutive et en Sciences de la Terre. L'objectif du cours est d'aborder les différentes méthodes d?analyse biochronologique, cyclostratigraphique, chimiostratigraphique, géochronologique et de montrer leurs potentialités et limites.

Thèmes abordés - Concepts, méthodes et définition de biostratigraphie, biochronologie, géochronologie.- Signification, précision et fiabilité des biozones classiques. Échelles biostratigraphiques locales, régionales et « standard ». Résolution temporelle et corrélation.- Comment construire et utiliser une échelle biochronologique continue.- La méthode mathématique des Associations Unitaires : comment construire une échelle biochronologique discrète. Application du logiciel UAgraph. Comparaison des méthodes classiques et des Associations Unitaires. Analyse du phénomène de diachronisme.- Relations entre biochronologie, géochronologie et chronostratigraphie. Datations relatives et « absolues », corrélation entre magnétostratigraphie et biochronologie, comment construire une échelle chronostratigraphique.- Les stratotypes et leur importance.- Calibration astronomique des temps géologiques (Astrochronologie): l'exemple du Mésozoïque.- Stratigraphie à haute résolution du Quaternaire (analyses isotopiques couplées aux analyses paléomagnétiques et radiochronologiques). - Analyse de séries temporelles : Analyse spectrale, construction d?une échelle chronologique, corrélation entre séries temporelles. Application du logiciel Analyseries.

Pré-requis Connaissances de base (niveau licence) en sciences de la nature et de la vie et/ou géosciences

Organisation pédagogique L'enseignement laisse une large place aux TD encadrés qui complètent le cours. Évaluation par un examen écrit de 3 h.

Contacts Annachiara Bartolini, CNRS, UMR 7207, MNHN USM203, 8 rue Buffon, 75005 Paristél. : 01 40 79 30 40, fax : 01 40 79 35 80, mèl : [email protected] Gardin, CNRS UMR 7207, Laboratoire de Micropaléontologie, UPMC, T46-56/5E, case 104, 4 place Jussieu, 75252 Paris Cedex 05tél. : 01 44 27 49 81, fax : 01 44 27 49 81, mèl : [email protected].


Biodiversity Informatics, SEP 416 ECTS

Responsable de l'UE Régine Vignes-Lebbe, PR, Paris 6

Équipe pédagogique R.Vignes-Lebbe (UPMC) ; D. Geffard (MNHN) ; G. Clément (MNHN) ; R. Cornette (MNHN) ; A. Souliers-Perkins (MNHN) ; T. Bourgoin (MNHN) ; O. Gargominy (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 60H (CM et TD : 30 h + travail personnel encadré : 30h).Nombre de semaines : 2 semaines plein tempsMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 15 étudiants


Objectifs Acquérir une maîtrise de l'outil informatique pour la recherche scientifique : manipulation de données, échanges de format, communication entre applications scientifiques, diffusion en ligne d'information Connaître les grands programmes d'information sur la biodiversité, les enjeux et problèmes informatiques actuels dans ce domaine.Acquérir les compétences techniques permettant de comprendre l'architecture des projets et d'y contribuer.

Thèmes abordés Systèmes d'information, rappels sur les SGBD et SQL.Diffusion et exploitation des connaissances. Technologie web, web dynamiqueRecherche, information et société. Projets et programmes en Informatique pour la biodiversitéOrganisation et gestion de projets. Outils de travail collaboratif Outil de modélisation (UML). Langage XML et échange de données. Standards internationaux pour la biodiversitéNouvelles technologies (imagerie )Automatisation de traitement (batch)Bases de programmation de scripts

Pré-requis Bases de programmation et connaissance de base sur les SGBD

Organisation pédagogique L'UE est organisée en 15 h de cours et 15h de TD sur ordinateur. Le travail personnel encadré est utilisé pour que les étudiants préparent les grandes lignes d'un projet de réponse à un appel d'offre fictif, élabore le cahier des charges informatique et développe une maquette prototype sur ce projet.L'UE sera sanctionnée par un dossier écrit, un prototype informatique de réponse au projet, et une présentation orale où chaque étudiant devra « défendre» son projet.

Contacts Régine Vignes-Lebbe, UMR 7207, Case Courrier 48, 57 rue Cuvier, MNHN, 75231 Paris cedex 05.tél. : 01 40 79 80 61, mèl : [email protected]


Biologie in silico (B.I.S), UDV213 ECTS

Responsables de l'UE Loïc Ponger MC MNHN

Equipe pédagogique Isabelle Florent, MC MNHN, Loïc Ponger, MC MNHN, Nicolas Vidal, MC MNHN

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 35 h de cours, TD et TP intégrés Nombre de semaines : 1Mention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialités : UDV (Unité et Diversité du Vivant), SEP (Systématique et Evolution)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et Médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S2]Effectifs prévus : 12 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs Fournir les bases pratiques et théoriques nécessaires à l'analyse in silico des séquences biologiques. Rendre les participants autonomes pour la manipulation des principaux outils proposés dans les domaines de la bioinformatique et de la génomique comparative.

b) Thèmes abordés - les banques de données biologiques- les concepts nécessaires à la manipulation des séquences- les méthodes de recherche de similarité- les méthodes d'alignement des séquences- les outils d'annotation des séquences (gènes, promoteurs, )- les méthodes utilisées en phylogénie moléculairec) Pré-requis Aucun.d) Organisation pédagogique L?enseignement est organisé en cours-TD/TP intégrés sur une période d?une semaine. L'examen sera sous forme d?un mini-rapport dont la problématique sera choisie avec l'étudiant.

Contacts Loïc Ponger, USM503, [email protected], tél : 01 40 79 37 27, fax : 01 40 79 37 05UMR5153 MNHN/CNRS -INSERM U565, Régulation et dynamique des génomes, 43 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05.


Biominéralisations, SEP 536 ECTS

Responsables de l'UE Nadia Améziane, MC, MNHN ; Marc De Rafelis, MC, Paris VI ; Stéphanie Auzoux-Bordenave, MC, Paris VI ; Christian Milet, Pr, MNHN

Équipe pédagogique N. Améziane (MNHN) ; S. Auzoux-Bordenave (Paris VI) ; J. Broutin (Paris VI) ; J. Cubo (Paris VI) ; S. Delgado (Paris VI) ; I. Domart-Coulon (MNHN) ; M. Fouchereau-Peron (Inserm) ; F. Gentil (Paris VI) ; A. Meibom (MNHN) ; C. Milet (MNHN) ; A. Quilhac (Paris VI) ; M. de Rafelis (Paris VI) ; D. Smith (MNHN).

Descriptif de l'UE Volume horaire globaux : 60H (CM : 26h et TP/TD : 34h)Nombre de semaines : 2 semaines (1 semaine sur site Jussieu/Jardin des Plantes et 1 semaine sur site Concarneau)Spécialités de Master où l'UE est proposée : M1 spécialités SEP (co-habilitée MNHN-Paris VI), BEE (Paris VI), GG (Paris VI), QP (MNHN), M2 spécialité UDV (MNHN). Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 15 étudiants


Objectifs Montrer les interactions entre le « milieu » vivant et son environnement physico-chimique à travers les éléments minéraux (calcium, silice ) et leurs associations moléculaires rencontrés dans les organismes. Les processus biologiques/physico-chimiques de l'incorporation des éléments minéraux dans les matrices biologiques cellulaires et extra cellulaires des animaux comme des végétaux seront spécialement abordés, à l'échelle de l'organisme. Une approche comparative permettra d'appréhender l'unité des mécanismes de biominéralisation à travers la diversité des structures squelettiques. Les applications en paléobiologie et diagénèse seront également abordées.Les cours magistraux se prolongeront par des ateliers illustrant la diversité des techniques histologiques et paléohistologiques, ainsi que les techniques récentes d'analyse structurale et géochimique. Les travaux pratiques s'appuieront sur des prélèvements in situ d'espèces marines présentant un squelette minéralisé. L'équipe « Biominéralisations » de la station marine de Concarneau illustrera à l'aide des méthodes de biochimie l'unité et la diversité des formations bio-minérales, à l'échelle de l'organisme. La démarche écosystémique sera présentée par l'équipe « Ecologie benthique » de la station marine de Roscoff par des démonstrations sur les phénomènes de calcification dans les mers tempérées et leurs implications sur les cycles bio-géochimiques.

Thèmes abordés - Présentation générale de l?interface organique/minéral. Données et concepts fondamentaux. (4h CM) ; Biominéralisation et squelette minéralisé dans les principaux taxons animaux: Spongiaires et Cnidaires, Mollusques, Arthropodes, Echinodermes, Vertébrés. (15h CM) ; Minéralisation chez les végétaux. (4h CM)- Paléo-biominéralisations : processus de préservation et utilisation en géosciences, diagénèse. (3h CM)

Organisation pédagogique - Cours magistraux (26h) : cf ci-dessus « thèmes abordés » sur les campus de Jussieu et du Jardin des Plantes- Travaux pratiques et dirigés (34h) :8h de TP/TD sur le campus Jussieu : Ostéohistologie et paléohistologie (4h) Techniques de spectrométrie, diffraction et cathodoluminescence appliquées à la paléobiominéralisation.2h de TD sur le site du Jardin des Plantes : Application de la NanoSIMS à l?analyse géochimique des structures squelettiques (coraux).24h de TP/TD en station marine (Concarneau) :Présentation, prélèvements et détermination des spécimens des principaux groupes zoologiques sur l?estran ;Diversité des structures squelettiques minéralisées : morphologie, analyse structurale et minéralogique par spectrométrie Raman in situ. Caractérisation biochimique des matrices minéralisables.- Immunohistologie du manteau des Mollusques- Isolement et caractérisation des protéines matricielles (électrophorèse, PCR ).- Dosage d?une enzyme de biominéralisation (anhydrase carbonique).


Analyse des dépôts carbonatés actuels, bioaccumulations.Contrôle des connaissances: Ecrit (/40), Contrôle continu (/30), Compte-rendu TP/TD (/30)

Contacts Nadia AMEZIANE, [email protected] DE RAFELIS, [email protected], Stéphanie AUZOUX-BORDENAVE, [email protected] MILET, [email protected]


Biomineralization: important analytical methods and techniques,SEP 50

3 ECTS

Responsables de l'UE Anders Meibom, MNHN

Équipe pédagogique :M. Géze (MNHN) ; M. Arul (MNHN) ; F. Farges (MNHN) ; E. Dufour (MNHN) ; P. Grellier (MNHN) ; D. Smith (MNHN) ; F. Fröhlich (MNHN) ; F. Robert (MNHN) ; J.-P. Cuif (Paris XI - Orsay) ; K. Benzerara (IPGP) ; M. de Rafélis (Paris VI).

Descriptif de l'UE Volume horaire globaux : 30 HNombre de semaines : 2 semaines (3 heures/jour))Spécialités de Master où l'UE est proposée : M2 SEP (Muséum-Paris6), BEE (Paris6), GG (Paris6), QP (Muséum), M2 spécialité UDV (Muséum), ENS, IPGP.Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 15-20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs For more than a century it has been known that eukaryotes and prokaryotes can induce and control the formation of minerals. Today, more than 60 different biominerals have been identified across more than 55 phyla, and the rate of new discoveries shows no sign of decreasing. The diversity in chemistry, morphology, structure, and function of biominerals is enormous. Biominerals are major components in the global geochemical cycle (e.g. silica in radiolarians), form skeletons (e.g. hydroxyapatite in bones, calcium carbonate in shells), and serve as storage media for essential nutrients and toxic elements (detoxification). Biominerals can induce diseases in humans (e.g. calcification in urinary tracts and in arteries), are used extensively as proxies for temperature and salinity in paleo-climatology (e.g. foraminifera, corals), and as indicators of ancient life-forms (e.g. stromatolites). Additionally, biominerals can display unique material properties that find use in nanotechnologies. However, surprisingly little is known about the exact processes by which organisms initiate, control, and stop the growth of minerals. This situation is, in part, due to the fact that biomineralization processes take place at sub-micrometer length scales, either intra-cellularly or at the interface between cells and the surrounding environment. Analytical tools that can provide chemical, structural, and isotopic information at these length-scales have been lacking so far. Recently, scientific interest in biominerals has increased enormously as a result of the availability of new, or greatly improved analytical techniques, which allow qualitative and quantitative observations to be made at the (sub-)micrometer length scales that characterize cellular processes. It is on these length scales that biomineralization takes place and is regulated. We aim to give students interested in biomineralization a broad overview of the analytical techniques applied in the study of biominerals. Knowledge of these techniques is essential for the student to plan and carry out first-class research during subsequent Masters- or PhD-studies.b) Thèmes abordés Analytical techniques and methods covered in this course include ion-beam techniques (e.g. the NanoSIMS, conventional ion-microprobe, Focused Ion-Beam milling), electron-beam techniques (e.g. electron microscopes, scanning electron microprobe, transmission electron microscopy) and photon-beam instruments (e.g. synchrotron X-ray absorption spectrometry, infra-red spectroscopy, Raman spectroscopy, Cathode luminescence). In addition, the student will leave with a good understanding of mass-spectrometry.c) Pré-requis Basic education in physics is recommended.Organisation pédagogique * The classes will be lectures on theory, with examples of applications, followed by visits to the laboratories and further explanation/demonstration on site.* Classes will take place in the "Salle des Elèves, second floor, 61 rue Buffon, MNHN, 75005 Paris.* Written rapport over a scientific theme involving one or more analytical techniques covered in the class. Topics can, preferentially, center on students own research interest. Evaluation: passed / not passed.Contact Anders Meibom : [email protected]


Collections minérales et ostéologiques dans les sciences del’Homme : analyses et typologies dans les inventaires, SEP 4

6 ECTS

Responsables de l'UE : Erik GONTHIER -Maître de Conférences, MNHN, USM 204, 5198-

Equipe pédagogique : Erik GONTHIER, MNHN ; Jean-Louis HEIM, MNHN, Patrick PAILLET, MNHN, David SMITH, MNHN, Pierre MACHU, D.M F.

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 18H : CM: 11h30 ; TD: 6h30Nombre de semaine : 1 semaineVolumes horaires globaux : 30h (CM : 30h)Nombre de semaines : CM : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention « Evolution, patrimoine naturel et sociétés », spécialité « Quaternaire et Préhistoire » et « Systématique, Evolution, paléontologie » Semestre où l'enseignement est proposé: S2Effectifs prévus : 25 étudiants


a) Objectifs : L'approche des responsables scientifiques des collections en Sciences de l'Homme n'est pas celle des profanes. Chaque collection possède des problématiques très diverses selon que les objets conservés se trouvent dans des musées à « ciel ouvert » ou des musées clos dans des bâtiments. Le vécu des chercheurs au quotidien, dans ou autour des réserves, demande des remises en questions importantes quand au suivi, à l'éthique et aux responsabilités administratives et morales vis-à-vis des collections nationales. Face aux nouvelles technologies et à la pression des gouvernements nationaux et internationaux, les enjeux scientifiques autour des collections, les références qu'elles représentent, les méthodes d'analyse et les inventaires descriptifs sont autant de sujets de réflexions sur les modes de conservation et sur les personnels, scientifiques ou non, qui ont pour tache de s'investir dans un suivi de valorisation patrimoniale et de protection en permanente évolution. Communiquer, diffuser, protéger, sauvegarder, quelle part à chacun et avec quels moyens et pour qui ?

b) thèmes abordés : Il s'agit d'illustrer l'impact des mentalités du public sur les problèmes des objets des collections scientifiques nationales : collections minérales ; collections biologiques vivantes et fossiles ; collections anthropologiques, notamment les devenirs des morceaux humains fossiles et récents.

c) organisation pédagogique : L'enseignement privilégiera l'étude de la gestion des collections muséales à travers l'exemple de sites, de biotopes, prélèvements d'échantillons, stockages Puis se tournera vers la mise en place des objets dans les collections muséales (législations nationales, internationales), et la protection et la sauvegarde des collections et de leurs musées.Evaluation par présentation orale (synthèse générales des cours) et développement de deux points particuliers.

Contacts :Erik GONTHIER,UMR 7198, Département : PréhistoireAdresse : Musée de l'Homme, Département de Préhistoire, 17 place du Trocadéro, 75016 - PARISTél : 01 44 05 73 02 ; fax : 01 44 05 72 98; e-mail: [email protected]



Diversité et histoire des lignées chlorophyliennes PHYLOVEG,SEP 4

3 ECTS

Responsable de l'UE Jean-Yves Dubuisson, PR, UPMC

Équipe pédagogique

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (CM : 20h ; TD/TP : 10h) Nombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus :


Objectifs Cette UE se propose de préciser dans un cadre historique et évolutif l'organisation des principaux phylums d'« algues » et de plantes terrestres (Embryophytes) et les événements clés qui ont caractérisé cette évolution. Par exemple, les hypothèses sur l'origine multiple des plastes (et donc des diverses lignées chlorophylliennes), sur l'origine des plantes terrestres ou de la fleur seront détaillées. Les étudiants auront également l'occasion d'observer des organismes fossiles qui seront comparés avec les actuels, afin d'illustrer l'histoire qui a produit la diversité végétale actuelle. Dans un cadre épistémologique, les différentes classifications (systèmes artificiels, classifications naturelles traditionnelles, gradistes ou cladistiques) seront exposées et comparées. La formation pratique intégrera les différentes méthodes d'identification des organismes végétaux et les bases de la floristique.

Thèmes abordés Les premières cellules autotrophes et les cyanobactéries - Origine des plastes et endosymbioses - Les principaux phylums d'algues - Diversité et évolution des Embryophytes : des premières plantes terrestres aux Spermatophytes et aux Angiospermes - Notions et méthodologies en identification et floristique (analyse florale).

Pré-requis Pas de pré requis, mais des bases en biologie végétale sont recommandées.Organisation pédagogique

Contact Jean-Yves Dubuisson, UPMC. e-mail : [email protected]


Ecologie de la réconciliation, E2F33 ECTS

Responsable de l'UE Denis Couvet, Professeur au Muséum et à l'école polytechnique

Equipe pédagogique R. Julliard, L. Doyen, N. Machon

1. Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : CM : 15 h, Conf : 9hMention et Spécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine naturel et Société ; spécialité Systématique, Evolution, Paléobiodiversité (SEP), Ecologie, Biodiversité et Evolution (EBE), Environnement, Développement, territoire et Sociétés (EDTS)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 50 étudiants


a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement

La gestion de la biodiversité est passée progressivement de la préservation des espèces menacées et des espaces peu anthropisés à la restauration de ces derniers. Face aux contraintes spatiales et à l'extension des populations humaines, ces deux options ne sont plus suffisantes, et il y a nécessité de s'appuyer aussi sur les espaces anthropisés, urbains ou agricoles, qui représentent des habitats importants, tant par l'espace que par les ressources disponibles. L'UE se propose d'examiner les contraintes liées à la gestion de la biodiversité dans ces espaces (nécessité d'indicateurs), les possibilités d'adaptation de la biodiversité dans ces milieux (écologie urbaine, conservatisme de niche et suicide évolutif), les contraintes liées à la gestion d'un ensemble de populations présentes dans des espaces dont l'anthropisation est variable, et enfin de la nécessité d'une gestion à l'échelle de la communauté, car la conservation réussie de certaines espèces menacées entraîne souvent le déclin d'autres espèces de la même communauté, par compétition, prédation, ou d'autres interactions.

b) Thèmes abordés - Indicateurs, espèces rares et espèces communes- Adaptation, conservatisme de niche et suicide évolutif- Ecologie Urbaine- Métapopulations et méta-communautés

Examen : présentation orale d'un article

Contact [email protected]



Enjeux patrimoniaux, économiques et scientifiques de laconnaissance des espèces, E2F

3 ECTS

Responsable de l'UE Jacques Bardat IR, Muséum, HDR

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30h (CM: 30h).Nombre des semaines : CM, 1 semaine.Mention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine naturel et Société ; spécialité Systématique, Evolution, Paléobiodiversité (SEP)Semestre où l'enseignement est proposé: S3.Effectifs prévus : 20 étudiants.


a) Objectifs et Thèmes abordés L'émergence, il y a une dizaine d'années, du mot biodiversité a donné une nouvelle dimension à la connaissance des faunes et des flores. En quittant le champ naturaliste pour investir le domaine politique et juridique, la biodiversité est désormais l'objet d'enjeux patrimoniaux (conservation des espèces et des espaces, esthétique des paysages) et économiques (molécules biologiquement actives, ressources génétiques, écotourisme) qui prolongent et amplifient les enjeux scientifiques (inventaire des espèces, relations phylogénétiques, biogéographie). L'objectif de cette UE est de sensibiliser les étudiants à l'ensemble de ces problèmes.

b) Pré-requis Pas de pré-requis particuliers

c) Organisation pédagogique L'enseignement privilégiera l'alternance de cours et conférences. Evaluation par un devoir écrit.

Contacts Jacques Bardat , Tel :01-40-79-48-12 ; [email protected]


Épistémologie et histoire des sciences, SEP 463 ECTS

Responsables de l'UE Donato Bergandi, MC, MNHN ; René Zaragüeta, MC, Paris 6

Équipe pédagogique D. Bergandi (MNHN) ; G. Métailié (CNRS) ; P. Tassy (MNHN) ; R. Zaragüeta (Paris 6)

Descriptif de l'UE` Volumes horaires globaux : 30H (cours)Nombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité», co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 15 étudiants


Objectifs La finalité première de ce cours est de permettre d'analyser et d'approfondir un large éventail de problématiques propres à l'histoire et à la philosophie des sciences. De manière à éclairer les étudiants en systématique, évolution et paléontologie sur les enjeux des débats épistémologiques propres à leurs disciplines.

Thèmes abordés Introduction à quelques concepts clé de l'histoire et de la philosophie des sciences (les positivismes, Bachelard, Popper, Kuhn et perspectives nouvelles).Épisodes marquant de l'histoire des classifications (approche ethnobiologique des classifications ; système et méthode : Linné, Adanson, Jussieu ; les débuts de la cladistique).Éthique, ontologie et philosophie des sciences (Antécédents et implications philosophiques de l'approche scientifique du vivant : les pre-socratiques, Goethe, la biodiversité et les éthiques environnementales).

Organisation pédagogique Le cours est organisé comme une série de conférences destinées à faire le lien entre les thématiques principales du master SEP et les problématiques traditionnellement abordées en histoire et philosophie des sciences. Les étudiants sont amenés à faire le lien entre les principaux modèles interprétatifs épistémologiques et les théories, les pratiques de la Systématique et de l'Écologie. Le cours est en liaison avec des enseignements d'autres modules du Master SEP, notamment SEP 8 « Bases de la phylogénétique » (resp. P. Tassy), et SEP 1 « Bases de la taxonomie et Formalisation des connaissances » (resp. R. Vignes Lebbe).

Contacts Donato Bergandi : USM/MNHN 101, UMR/CNRS-MNHN 8560, Centre Alexandre Koyré, Histoire des Sciences et des Techniques, Département Hommes, Nature, Sociétés, Grande Galerie de l'Evolution, 36, rue Geoffroy Saint Hilaire, 75005 Paris (C.P. 22)tél : 01 40 79 54 52, fax : 01 40 79 39 02, mèl : [email protected]é Zaragüeta i Bagils : Université Pierre et Marie Curie - Paris 6, UMR 7207 Paléobiodiversité et Paléoenvironnements, Laboratoire Informatique et Systématique, MNHN Département Histoire de la Terre, Bâtiment de Géologie, CP48, 57 rue Buffon, 75005 Paristél : 01 40 79 80 53, mèl : [email protected]


Expertise privée et bureaux d’études, E2F 5 / NU 9583 ECTS

Responsable de l'UE : Dominique Richard, IR hors grade contractuel, Directrice du Centre Thématique Européen pour la Diversité Biologique (antenne de l'Agence Européenne de l'Environnement coordonnée par le Muséum National d'Histoire Naturelle), Muséum, 57 rue Cuvier, 75231 Paris 05, mel : [email protected]

Équipe pédagogique :Deux responsables de bureaux d'étude : Jean-Christophe Kovacs (Ecosphère), Jean-Jacques Bignon (Ecosystèmes),

1. Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux (CM, ED, TP, stage, autre) : cours 30 hMention et Spécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine naturel et Société ; spécialité Systématique, Evolution, Paléobiodiversité (SEP)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 15 étudiants


a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement Dans le domaine privé, un des principaux débouchés pour un expert taxinomiste est le bureau d'étude en environnement. Face aux nombreux cadrages législatifs, européens ou nationaux visant à la conservation des espèces et des habitats, se multiplient les besoins d'études d'impact de grands travaux (autoroutes, zones d'urbanisation, passage de lignes haute tension etc., plateformes pétrolières), de propositions de restauration de milieux, de définition de priorités de protection dans un schéma d'aménagement régional etc. En outre, avec la mise en oeuvre du réseau européen NATURA 2000 de sites protégés, de nombreux besoins s'expriment pour l'établissement de plans de gestion tenant compte, au cas par cas, de l'environnement propre au site et aux conditions nécessaires à la conservation des espèces et des habitats visés. Le présent enseignement a pour objet de faire connaître aux étudiants, à travers des cas très concrets, le rôle et les activités développés par différents bureaux d'étude sur ces thématiques.b) Thèmes abordés Organisations et missions d'un bureau d'étude spécialisé en écologieInventaires faunistiques et floristiques et préparation de dossiers de préparationImplication des cadres règlementaires européens et nationaux sur les dossiersPlan de gestion des milieux


Exploration et description de la biodiversité, SEP 333 ECTS

Responsable de l'UE Philippe Bouchet, PR, MNHN

Équipe pédagogique Philippe Bouchet (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 22 h (cours)Nombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 20 étudiants


Objectifs Présenter l'actualité de la découverte et de la description de nouvelles espèces d'animaux, plantes et champignons.

Thèmes abordés Nombre mesuré d'espèces connues et projections sur le nombre réel d'espèces de la biosphère.Régions, taxons et écosystèmes sources des espèces nouvelles.Présentation de quelques programmes et initiatives européennes et internationales de catalogues d'espèces.Alpha-taxonomie et exhaustivité documentaire.Relations entre systématique descriptive et facteur d'impact.

Organisation pédagogique Interventions d'une à deux heures par une dizaine d'intervenants dans une succession coordonnée par le responsable de l'UE.Évaluation sous forme de contrôle continu : l'étudiant doit présenter un travail personnel présentant une description récente d'espèce nouvelle, la situer dans son contexte, commenter les caractères retenus et le choix de la revue.

Contacts Philippe Bouchet, USM602-UMS2700, Taxonomie-Collections, Muséum National d'Histoire Naturelle, 55 rue Buffon, 75005 Paristél. : 01 40 79 31 03, fax : 01 40 79 57 71, mèl : [email protected]


Formalisation des connaissances en systématique etpaléobiodiversité, SEP 38

3 ECTS

Responsable de l'UE René Zaragueta-Bagils, MC, UPMC

Équipe pédagogique R.Vignes-Lebbe (Paris 6) ; R. Zaragueta Bagils (UPMC) ; V. Barriel (MNHN) ; H. Nacke (UPMC)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (CM et conférences : 10 h, TD : 15 h, travail personnel : 5 h)Nombre de semaines : 2 semaines à mi-tempsMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l?enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 15


Objectifs La formalisation des connaissances est au cour de toute démarche méthodologique. Cet enseignement a pour objectif de présenter les objets mathématiques et informatiques au travers desquels sont ensuite présentés et discutés les concepts de la systématique, et des méthodes d'analyse phylogénétique.

Thèmes abordés Formalisation, modèle, codageLangage et représentation informatique, niveaux d'abstraction, Les objets mathématiques de la classification : distances, arbres, ensembles, graphes Groupes monothétiques et polythétiquesLa méthode à trois éléments, formalisation et comparaison 3ia/ parcimonieHiérarchie et tempsCaractère, homologie, individus/taxa

Pré-requis Bases de biologie, concepts phylogénétiques.

Organisation pédagogique Conférences, lecture et analyse d?articlesÉvaluation sur la présentation écrite et orale d?un travail personnel sur analyse bibliographique.

Contacts René Zaragueta Bagils, UMR 7207, Case Courrier 48, 57 rue Cuvier, MNHN, 75231 Paris cedex 05, France, tél. : 01 40 79 80 56, mèl : [email protected]


Génétique des Populations et Évolution, SEP 10 - BMC 4206 ECTS

Responsable de l'UE Dominique Higuet, PR, Paris 6

Équipe pédagogique E. Bonnivard (Paris 6) ; H. Le Guyader (Paris 6) ; T. Robert (Paris 6) ; E. Téoulé (Paris 6)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 60H (CM 36h, TD 21h, TP 3h)Nombre de semaines : 4 semaines à mi-tempsMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité», co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 80 à 100 étudiants


Objectifs Cette UE a pour but de présenter aux étudiants : les différentes forces évolutives et leurs impacts sur la diversité génétique des populations et principalement des organismes diploïdes, la théorie synthétique de l'évolution, et les différents mécanismes de spéciation.

Thèmes abordés Le polymorphisme dans les populations (les différents marqueurs utilisés) ; La structure génétique des populations ; Les différentes forces évolutives et leurs impacts : la mutation, la migration, la sélection, le hasard (la dérive génétique) ; Impact du mode de croisement (consanguinité, homogamie) ; Impact de la subdivision des populations (notion de Fst) ; La théorie neutraliste ; La théorie synthétique de l'évolution ; Les mécanismes de spéciation.

Pré-requis Les acides nucléiques : structure et fonctions ; Les bases de la biologie moléculaire chez les procaryotes et les eucaryotes ; Organisation des génomes ; Les principes fondamentaux de l'analyse génétique chez les procaryotes, chez les eucaryotes et en génétique des populations (modèles haploïdes)Organisation pédagogique

Contact Carine Joseph, Secrétariat de Génétique,tél. : 01 44 27 21 27, mèl : [email protected]


Gestion de son projet, personnel, fonctionnement et créationd’une entreprise, communication, E2F 6 / NU 824

3 ECTSResponsable de l'UE : Bruno de Reviers, (Pr MNHN)

Equipe pédagogique Jean-François Asmodé (Bureau d'études OGE), Jean-Paul Braud (entreprise INNOVALG), Vincent Graffin (MNHN), Olivier Lemoine (Bureau d'étude Environnementvotre)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : CM 24 h, Travaux encadrés 6 hNombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine naturel et Société ; spécialité Systématique, Evolution, Paléobiodiversité (SEP)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 15 étudiants


a) Objectifs L'objectif de cette UE est :- de permettre aux étudiants d'apprendre à gérer, dans le cadre de leur fonction, la communication avec des interlocuteurs très divers (politiques, journalistes, opposants à leur action) ;- d'apprendre à mettre sur pied un projet, chercher des financements ou créer une entreprise ; - de faire un bilan de compétences pour appréhender au mieux leur recherche d'emploi et leur future carrière.b) Thèmes abordés - Bilan de compétence ;- Gestion de la communication ;- Découverte des possibilités de projet dans un secteur ;- Eléments de comptabilité ; Comment monte-t-on un projet ? Comment créé-t-on son entreprise ? - Recherche de financements

c) Pré-requis Aucun.

d) Organisation pédagogique et évaluation L'UE sera sanctionnée par la remise d'un rapport exposant le projet professionnel personnel de chaque étudiant.

Contacts Prof. Bruno de Reviers, Muséum National d'Histoire Naturelle, Département Systématique et Evolution, UMR 7138, CP 39,57 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, mèl : [email protected]


Histoire de la Terre et Origine de la vie, SEP 23 ECTS

Responsables de l'UE Matthieu Gounelle, MC, MNHN ; Marie-Christine Maurel, PR CE, UPMC.

Équipe pédagogique C. Caillet (MNHN) ; C. Torchet (UPMC) ; M.-C. Maurel (UPMC) ; F. Miralles (CNRS-UPMC) ; C. Perron (MNHN) ; B. Zanda (MNHN) ; J. Vergne (CNRS-UPMC) ; M. Gounelle (MNHN) ; A. Meibom (MNHN).

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (CM : 15h ; TD : 15h)Nombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 20 étudiants


Objectifs Initiation niveau M1 des thèmes liées à l'histoire de la terre et de l'origine de la vie. Les thèmes abordés sont décrits ci-dessous. Les objectifs sont d'assurer une culture scientifique de base sur ces sujets, des outils de compréhension des enjeux actuels dans ces domaines (en particulier en rapport avec la planétologie, l'exploration spatiale, la définition du vivant et ses répercussions dans les domaines de l'environnement et de l'écologie).(Cette unité d'enseignement est poursuivie et développée en M2 dans l'UE SEP31 dans une perspective de recherche, assurée par la même équipe.)

Thèmes abordés Seront abordés : les mécanismes ayant contribué à importer des molécules organiques interstellaires d'intérêt biologique, dans l'atmosphère de la Terre primitive (données de l'astronomie et sur l'étude des chondrites, fragments des premières planètes du système solaire). Examen critique des preuves fossiles d'une présence microscopique de la Vie dans les plus vieux sédiments de la Terre, il y a 3,5 milliards d'années).

Pré-requis Le pré requis essentiel est une forte motivation pour acquérir de solides connaissances sur les thèmes abordés. Un effort sera fait pour homogénéiser les niveaux de connaissance des étudiants qui seront hétérogènes au départ car issus de différents horizons.

Organisation pédagogique L'enseignement s'appuiera sur des cours et des TD assurant une solide formation de base permettant aux étudiants d?envisager le M2- SEP31. Évaluation par un contrôle continu écrit et une présentation orale d'une analyse d'article.

Contacts Mathieu Gounelle, Laboratoire d'Étude de la Matière Extraterrestre Département Histoire de la Terre Muséum National d’Histoire Naturelle 61 rue Buffon, Paris 5ème USM 205 LEME - UMS CNRS 2679 NanoAnalyses Case Postale 52, 57, rue Cuvier 75 231 Paris Cedex 05tél : 01 40 79 35 21, fax : 01 40 79 57 72, mèl : [email protected] Maurel, UPMC, Tour 43, 2 place Jussieu 75251 Paris Cedex. tél : 01 44 27 40 21, fax 01 44 27 99 16, mèl : [email protected] et [email protected]


Importance des collections, SEP 136 ECTS

Responsables de l'UE Amandine Péquignot MC, MNHN ; Hervé Lelièvre PR, MNHN

Équipe pédagogique A. Péquignot (MNHN) ; H. Lelièvre (MNHN) ; Y. Girault (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 60H (cours et visites de réserves)Nombre de semaines : 2 semainesMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité » et « Anthropologie de l'Objet et Muséologie, Sciences et Sociétés »Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 20 étudiants


Objectifs Les collections sont la pierre angulaire des activités du MNHN : une « bibliothèque scientifique » du vivant pour les chercheurs, un support permettant de promouvoir et de diffuser la culture scientifique à un large public et de former les jeunes chercheurs. Malgré ces implications multiples et incontournables, les collections d'histoire naturelle sont une thématique peu abordée dans le cursus universitaire, mais que le MNHN se propose d'enseigner. Ce module apportera un regard large et neuf sur les collections d'histoire naturelle en abordant leurs spécificités, leurs rôles dans les différentes thématiques scientifiques et muséologiques propres au Muséum, et les problèmes qu'elles subissent ou qu'elles engendrent afin que les étudiants qui sont ou seront des collecteurs, utilisateurs ou chargés de collections potentiels puissent obtenir une formation réelle et globale.

Thèmes abordés Prendre connaissance de la diversité des collections d'histoire naturelle et des bases de données de collections ; Sensibiliser à l'importance des collections en systématique et à leurs utilisations pour les différentes recherches scientifiques ; Comprendre le contexte historique et législatif du patrimoine scientifique au sein des institutions muséales ; Acquérir les connaissances nécessaires à la création, la gestion et la conservation préventive ; Développer une réflexion générale et critique sur le patrimoine scientifique.

Organisation pédagogique La pluralité des collections transparaîtra à travers l'enseignement : - les thématiques abordées : rôles et utilisations scientifiques, histoire et création des collections, gestion et conservation préventive, muséologie, législation...- la forme dynamique des cours : exposés, cours, visites (d'exposition, des collections, des ateliers, etc.), rencontres sur le terrain..- le profil des intervenants : scientifiques, chargés de collection, préparateurs, muséologues, conservateurs?Évaluation par un examen écrit de 2h.

Contacts Amandine Péquignot, USM 701 CRCDG (Centre de Recherche et de Conservation des Documents Graphiques), Département des Galeries, 57 rue Cuvier 75231 Paris cedex 05. tél : 01 40 79 53 14 ; mèl : [email protected]


Initiation au recueil des données de terrain, E2F113ECTS

Responsables de l'UE Bruno de Reviers, Professeur du MNHN et Jacques Bardat IR MNHN, HDR

Équipe pédagogique Gérard Arnal (président du CSRPN), Jacques Bardat (MNHN, CSRPN), Gabriel Carlier (MNHN, ANVL), Gérard Luquet (MNHN, CSRPN), Christine Rollard (MNHN, CSRPN), Jean-Philippe Siblet (MNHN, SPN, ANVL)(CSRPN = Conseil scientifique régional du patrimoine naturel)

UE organisée en partenariat avec l'ANVL (Association des naturalistes de la vallée du Loing)

Descriptif de l'UE

Volumes horaires globaux : CM et conférences : 8h,TD sur terrain ou en salle : 22h Spécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine naturel et Société ; spécialité Systématique, Evolution, Paléobiodiversité (SEP)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectif prévu : Une quinzaine d?étudiants


a) Objectifs Cette unité d'enseignement, encadrée par des spécialistes de différents groupes taxinomiques, a pour objectif d?apporter aux étudiants l?acquisition de techniques et de méthodes de recueil de données appliquées à l?évaluation et la gestion conservatoire du patrimoine naturel, en situation aussi proche que possible d?études réelles (recueil d?un maximum de données par une équipe pluridisciplinaire en un temps limité).L?UE se déroulera sous la forme d?un stage d?une semaine dans le massif forestier de Fontainebleau. Elle sera construite autour d?une base d?enseignements théoriques et de conférences en salle, accompagnée d?une très large part dédiée à la pratique sur le terrain.

b) Thèmes abordés -Description du massif forestier (géologie, pédologie, faune, flore et habitats naturels et statuts réglementaires du massif)-Initiation ou perfectionnement à l?identification, selon les connaissances déjà acquises : botanique (spermaphytes, ptéridophytes), bryologie, entomologie (principalement orthoptères), ornithologie, reconnaissance d?habitats naturels sur le terrain, lecture du paysage?.-Identification des spécimens récoltés-Méthodes de récolte des données-Suivi de milieux originaux (dunes fossiles, systèmes landicoles et pelousaires), au moyen d?inventaires naturalistes et histoire évolutive des peuplements à l?aide de données anciennes fournies par l?ONF-Évaluation de l?état de conservation des espèces et des milieux patrimoniaux, et détermination de leurs indicateurs-Proposition de mesures de gestion conservatoires à mettre en ?uvre-Intégration des problématiques dans le cadre réglementaire existant à différentes échelles

c) Exploitations des résultats -Exploitation des données recueillies-Réalisation d?un éco-diagnostic sur la base des groupes abordés et des milieux explorés-Évaluation de l?état de référence d?un écosystème

d) Pré-requis Connaissances naturalistes de base avec, si possible, des connaissances approfondies dans un taxon (quel qu'il soit)

Possibilité d'autoévaluation : Non


Évaluation Rédaction d'un rapport commun de synthèse avec une note commune et rédaction individuelle d'un compte rendu.

Contact Bruno de Reviers, UMR 7138 UPMC, MNHN, CNRS, IRDMNHN, CP 39, 57, rue Cuvier 75231 Paris cedex 05Tél. + 33 (0)1 40 79 31 98, E-mail : [email protected]

Important : les participants sont invités à prendre les quelques ouvrages qu?ils utilisent le plus souvent pour identifier les espèces des groupes qu?ils ont déjà abordés (dans la limite d?un volume aisément transportable individuellement), une paire de jumelles, s?ils en ont une, un sac à dos et une forte loupe de terrain. Il est vivement recommandé aux participants d'avoir une vaccination anti-tétanique à jour.


Initiation aux outils juridiques et réglementaires en matière deprotection de l’environnement , E2F 8

3 ECTSResponsables de l'UE : Jacques Trouvilliez (MNHN, Directeur du Service du Patrimoine Naturel)

Equipe pédagogique Jacques Trouvilliez (MNHN, Directeur du Service du Patrimoine Naturel), Geneviève Humbert (MNHN) et des intervenants extérieurs suivant leurs disponibilités

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : Cours et travaux dirigés 30 hNombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine naturel et Société ; spécialité Systématique, Evolution, Paléobiodiversité (SEP)Semestre où l'enseignement est proposé: S3Effectifs prévus : 15 à 20 étudiants


a) Objectifs Donner aux étudiants les connaissances suffisantes pour être opérationnel dans un premier emploi dans les métiers ouverts par E2F et être capable de chercher l'information complémentaire aux connaissances de bases acquises.

b) Thèmes abordés Le droit et le droit de lenvironnement, nature des textesLe droit français sous l'impact du droit communautaire et international : un historique et une perspective.Les intervenants en matière de droit de l'environnement (pouvoir régalien : état, collectivités, pouvoir judiciaire : tribunaux)Présentation des outils de protection des espècesPrésentation des outils de protection des espacesL'étude d'impact : un outil de transversalité.Des inventaires fondés sur des inventaires et des réseauxDroit de la mer, exemples de réalisation de sanctuaires.

c) Pré-requis Pas de pré-requis particuliers

Contacts Jacques TrouvilliezDépartement Ecologie et gestion de la biodiversitéMNHN, CP 41, 57, rue Cuvier, 75231 Paris cedex 05Tel : 33 1 40 79 32 57, Fax : 33 1 40 79 32 73, mail : Jacques [email protected]


Initiation aux techniques de collectes et d’inventairessystématiques, SEP 1

3 ECTS

Responsables de l'UE Jean Broutin, PR, Paris 6 ; Christine Rollard, MC, MNHN

Équipe pédagogique J. Broutin (Paris 6) ; C. Rollard (MNHN) ; D. De Francesci (MNHN) ; R. Vignes-Lebbe (Paris 6) ;

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : stage de terrain en Basse NormandieNombre de semaines : 4 jours avec hébergement dans un centre de BayeuxMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 50 étudiants


Objectifs Initier aux différentes techniques de collectes et d'inventaires dans des milieux variés ainsi qu'à l'identification à partir de matériel collecté.

Thèmes abordés Caractérisation des milieux.Approche géologique des zones prospectées.Aspects écologique, biologique et systématique sur divers groupes zoologiques et botaniques avec apport paléontologique.

Organisation pédagogique Stage en tronc communÉvaluation par un rapport écrit de 20 pages.

Contacts Jean Broutin, USM203-UMR7207,mèl : [email protected] Rollard, MNHN Dpt Systématique & Évolution, USM 602, Section Arthropodes, CP 53 61 rue Buffon, 75005 Paristél. : 01 40 79 35 75, fax : 01 40 79 38 63, mèl : [email protected]


Les crises biologiques : comprendre le passé et l’actuel, SEP 513 ECTS

Responsables de l'UE Silvia Gardin (UPMC), Annachiara Bartolini (MNHN)

Équipe pédagogique S. Gardin (UPMC), S. Crasquin (UPMC), I. Rouget (UPMC) ; A. Bartolini (MNHN), R. Allain (MNHN), P. Bouchet (MNHN), G. Metais (MNHN), D. De Franceschi (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (Cours-TD intégrés)Nombre des semaines : 2 semaines à mi-tempsMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 20 étudiants


Objectifs Ce module a pour but de faire le point sur nos connaissances autour des crises biologiques du passé mais aussi celle du présent. Au cours de ce module, on abordera les différentes méthodes d'analyses (systématique, paléontologique, écologique) et leurs limites, pour une lecture critique des modèles proposés, à une comparaison entre les différentes crises biologiques ainsi qu'une discussion sur les prospectives de recherche.

Thèmes abordés - Les crises biologiques : définitions, évolution des concepts, approches méthodologiques. - L'enregistrement fossile (marin versus continental) des crises biologiques majeures et mineures. - Approche systématique, paléontologique, écologique et environnementale des crises actuelles et passées. - Comparaison entre les crises : sévérité taxonomique versus sévérité écologique, l'importance des contraintes temporelles. - « Modélisation » des crises : débats sur les causes et les mécanismes

Pré-requis Connaissances de base (niveau licence) en sciences de la nature et de la vie et/ou géosciences

Organisation pédagogique Les cours magistraux s'appuieront sur une analyse critique des documents et des données sous forme des TD. Évaluation par présentation orale d'un article.

Contact Silvia Gardin, CNRS UMR 7207, Laboratoire de Micropaléontologie, UPMC, T46-56/5E, case 104, 4 place Jussieu, 75252 Paris Cedex 05tél. : 01 44 27 49 86, fax : 01 44 27 49 81, mèl : [email protected];Annachiara Bartolini, CNRS, UMR 5143, MNHN USM203, 8 rue Buffon, 75005 Paristél. : 01 40 79 30 40, fax : 01 40 79 35 80, mèl : [email protected]


L’Origine des Espèces, SEP 473 ECTS

Responsable pédagogique Pierre Henri Gouyon, PR, MNHN

Équipe pédagogique P.H. Gouyon (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (cours)Nombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité», co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 20 étudiants


Objectifs Ce cours a plusieurs objets.- D’une part, aider ceux qui le suivent à lire et comprendre le livre fondateur de Darwin sur un plan à la fois historique et contemporain.- D’autre part, développer une série de concepts fondamentaux en biologie en explicitant la démarche qui a conduit à l'état actuel des idées- Enfin, promouvoir la discussion dans le groupe concernant les développements actuels des questions abordées.L'idée est qu'à la suite de ce module, les étudiants qui l'ont suivi acquièrent une vision dynamique de la pensée en biologie et général et de l'évolution en particulier ; et qu'ils sachent situer les concepts qui leur ont été enseignés dans le contexte d'une pensée en mouvement.

Pré-requis Les participants devront avoir lu L'Origine des Espèces au moins dans la traduction française (disponible en livre de poche). La version anglaise de la première édition se trouve sur le site :http://pages.britishlibrary.net/charles.darwin/texts/origin1859/origin_fm.html (ou sur d'autres). Elle sera nécessaire pour certaines discussions. Nous pourrons en fournir une version imprimée aux étudiants.

Organisation pédagogique Chaque demi-journée est dévolue à la discussion d'un chapitre du livre, concernant un concept majoritaire et souvent plusieurs. Pour chacun, on commence par discuter de ce qui était connu, cru, ou supposé, avant Darwin. L'apport de ce texte dans ce domaine est alors discuté. Enfin, la suite de ce qui a pu être découvert sur les concepts concernés, ce qui a pu être réfuté, transformé, conservé est discuté ainsi que les questions encore non résolues.Le contrôle sera constitué par un mémoire rendu par chaque étudiant portant sur la discussion d'un concept particulier, de son histoire et de ses développements actuels.

Contact Pierre Henri Gouyon, Professeur au Département de Systématique et Évolution,Adresse postale : 12 rue Buffon CP 39 75005 Paris.Locaux du Service : Bâtiment de Botanique, Cryptogamie.tél : 01 40 79 31 94, mèl : [email protected]


Matière extraterrestre et biogéochimie de l’évolution : les sourcesmoléculaires de la vie, SEP 31

3 ECTS

Responsables de l'UE Matthieu Gounelle, MC, MNHN ; Marie-Christine Maurel, PRCE, UPMC.

Équipe pédagogique C. Caillet (MNHN) ; C. Torchet (UPMC) ; M.-C. Maurel (UPMC) ; F. Miralles (CNRS-UPMC) ; C. Perron (MNHN) ; B. Zanda (MNHN) ; J. Vergne (CNRS-UPMC) ; M. Gounelle (MNHN) ; A. Meibom (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (CM : 20h ; Conférences :10h)Nombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 8 étudiants


Objectifs Confronter les données de la Biologie, de Géologie, de la Cosmochimie et de l'Astronomie quant (1) aux mécanismes de synthèse de matières organiques abiotiques au moment de la formation d'un système stellaire (2) aux conditions environnementales d'apparition de la Vie sur la Terre primitive (3) aux différents modèles biologiques possibles qui ont été à l'origine de la Vie.Développement dans une perspective de formation à la recherche des thèmes liées à l'histoire de la terre et de l'origine de la vie abordés initialement en M1 (UE SEP2)

Thèmes abordés Seront abordés de façon détaillée : les mécanismes ayant contribué à importer des molécules organiques interstellaires d'intérêt biologique, dans l'atmosphère de la Terre primitive (données de l'astronomie et sur l'étude des chondrites, fragments des premières planètes du système solaire). Examen critique des preuves fossiles d'une présence microscopique de la Vie dans les plus vieux sédiments de la Terre, il y a 3,5 milliards d'années. À partir du contexte physique et chimique qui a permis l'apparition de la vie sur Terre aux alentours de 3, 5 milliards d?années, nous présenterons les hypothèses, les différents travaux, parfois contradictoires, concernant l'origine du métabolisme ; l'origine du matériel génétique ; les origines de la synthèse protéique et du code génétique ; la photosynthèse et les nouvelles conditions de vie sur Terre.Essai de reconstruction des caractéristiques du milieu où la Vie est apparue au précambrien ancien (hydrosphère et atmosphère): température, composition chimique, bombardement météoritique?

Pré-requis Le pré requis essentiel est une forte motivation pour acquérir de solides connaissances sur les thèmes abordés. Si possible avoir suivi l'enseignement du M1 (UE SEP2), mais non indispensable.

Organisation pédagogique L'enseignement s'appuiera sur des présentations orales qui feront la synthèse d'un problème scientifique non résolu. Ces exposés seront réalisés des chercheurs, impliqués dans la thématique enseignée. Évaluation par la présentation orale d'une thématique proposée par l'étudiant en concertation avec l'un des enseignants.

Contacts Mathieu Gounelle, Laboratoire d'Étude de la Matière Extraterrestre Département Histoire de la Terre Muséum National d?Histoire Naturelle 61 rue Buffon, Paris 5ème USM 205 LEME - UMS CNRS 2679 NanoAnalyses Case Postale 52, 57, rue Cuvier 75 231 Paris Cedex 05tél : 01 40 79 35 21, fax : 01 40 79 57 72, mèl : [email protected] Maurel, UPMC, Tour 43, 2 place Jussieu 75251 Paris Cedex.tél : 01 44 27 40 21, fax : 01 44 27 99 16, mèl : [email protected] et [email protected]



Méthodes de discrimination et d’identification taxinomique, SEP 443 ECTS

Responsable de l'UE Régine Vignes-Lebbe, PR , Paris 6

Équipe pédagogique R. Vignes-Lebbe (UPMC) ; S. Samadi (IRD-MNHN) ; N. Améziane (MNHN) ; R. Cornette (MNHN) ; C. Kerbiriou (MNHN) ; D. Merle (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (CM : 8h ; TD-TP : 18 h + travail personnel).Nombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 15-20 étudiants


Objectifs Cet enseignement a pour objectif de former les étudiants (futurs professionnels sur la biodiversité) à la connaissance, l'utilisation et la maîtrise des méthodes modernes, informatisées, d'aide à l'identification des spécimens. Une bonne connaissance de ces méthodes est aujourd'hui incontournable pour les taxonomistes qui doivent apprendre à les utiliser mais aussi à les mettre en oeuvre sur leur propre groupe d'étude. Ces méthodes offrent aux études de terrain une aide précieuse.

Thèmes abordés Classification Discrimination Identification ; Identification morphologique ; Apport de la morphométrie pour la discrimination taxonomique ; Analyse d'images et aide à l'identification ; Données moléculaires et barcoding ; Algorithmes d'identification, construction de clés, identification interactive; Construction de diagnoses ; Identification et programmes de suivi d'inventaires (exemple du programme Vigie-Nature ) ; Réalisation pratique de l'informatisation des descriptions sur un groupe taxonomique et de l'identification assistée par ordinateur.

Pré-requis Simple utilisation bureautique d'un ordinateur

Organisation pédagogique Évaluation au travers de la conception et de la réalisation personnelle d'une application, et examen écrit

Contacts Régine Vignes-Lebbe, UMR 7207, Case Courrier 48, 57 rue Cuvier, MNHN, 75231 Paris cedex 05, France, tél. : 01 40 79 80 61 ; mèl : [email protected]


Méthodes d'échantillonnage, inventaires et suivis, E2F96 ECTS

Responsable de l'UE Emmanuelle Porcher, maître de conférences MNHN

Equipe pédagogique Emmanuelle Porcher (MNHN), Sandrine Pavoine (MNHN), Jacques Trouvilliez (SPN, MNHN), Jacques Bardat (MNHN), Joëlle Dupont (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : CM : 33h, Conférences : 6h, TD : 9h, TP, sorties : 12h Nombre de crédits de l'UE : 6 ECTSSpécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine naturel et Société ; spécialité Systématique, Evolution, Paléobiodiversité (SEP)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectif prévu : Une vingtaine d'étudiants


a) Objectifs Quelle que soit la discipline considérée, la récolte des données est une étape cruciale de toute étude scientifique fondamentale ou appliquée. L'objectif de cette unité d'enseignement est d'apporter aux étudiants des éléments théoriques mais aussi des outils concrets pour une élaboration optimale des protocoles d'échantillonnages. L'UE est construite autour d'une alternance entre théorie, exemples d'applications tirés de disciplines variées mais aussi mises en situation, afin que les étudiants puissent acquérir à la fois des bases théoriques solides, une certaine autonomie et surtout un esprit critique leur permettant de s'adapter aux situations qu'ils seront amenés à rencontrer dans leur vie professionnelle.

b) Thèmes abordés - Quels échantillonnages pour quels types de données ?- Comment gérer la variabilité spatio-temporelle ?- Comment optimiser la taille de l'échantillon en fonction des contraintes matérielles (coût, temps?) et du traitement statistique ?- Analyse des données en écologie- Différences entre inventaires et suivis- Présentation des principes et des limites des techniques phyto-sociologiques (application pour Natura 2000) et des techniques de DNA barcoding- Enquêtes et sondages- Ateliers pratiques (exercices d'application, construction de protocoles, mise en pratique sur le terrain au Jardin écologique du Muséum)- Interventions de professionnels (bureaux d'étude)

c) Pré-requis Aucun

d) Organisation pédagogique Utilisation des Technologies d'Information et de Communication pour l'Enseignement (TICE): par exemple logiciels, cours en ligne, ressources en ligne, vidéos enrichies...

Possibilité d'autoévaluation : Oui (sous réserve)Evaluation. Mise au point et réalisation d'un protocole d'échantillonnage pendant l'UE puis rédaction individuelle d'un compte-rendu écrit rédigé après la tenue de l'UE

Contact Emmanuelle Porcher 61 rue Buffon, 75005 Paris [email protected]


Modélisation des formes et analyse des donnéesmorphométriques, SEP 19

3 ECTS

Responsable de l'UE Michel Baylac, MC, MNHN

Équipe pédagogique M. Baylac (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (10 h cours, 10 h Travaux dirigés, 10 heures de travaux personnels évalués)Nombre de semaines : 3 jours consécutifs plus l'équivalent de 10 heures de travaux personnels sous forme de traitement d'un exemple.Mention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité», co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs Fournir les concepts nécessaires à la compréhension de la littérature morphométrique classique et géométrique et à la mise en oeuvre d'une analyse simple par les méthodes de la morphométrie géométrique. Seront introduits les concepts et méthodes propres aux morphométries classiques et géométriques, avec des exemples d'applications en systématique et biologie évolutive.

b) Thèmes abordés Biométrie et morphométrie. Données morphométriques, distances, points-repères, contours et approches morphométriques appropriées, homologie. Acquisition des données. Tailles, formes et conformations, méthodes de partition de la taille, tailles allométriques et tailles isométriques : approches bivariées et multivariées. Les travaux dirigés comprennent toutes les phases d'un traitement morphométrique d'un jeu de données depuis la numérisation jusqu'à l'interprétation en passant par la mise en oeuvre d'analyses morphométriques et statistiques.

c) Pré-requis Pas de pré-requis, mais une connaissance des méthodes d'analyse des données (telle que dispensée par le module SEP36) sera utile sans être indispensable.

d) Organisation pédagogique L'enseignement comprend une alternance de cours et de travaux dirigés portant sur l'analyse de cas concrets, sur l'étude d'articles et sur la mise en oeuvre d'un traitement : définition de points-repères, saisie/numérisation, analyses de coordonnées de points-repères par la méthode des plaques minces. La validation s'effectue au travers de l'analyse d'un jeu de données, sous forme d'une présentation orale avec support informatique.

Contact Michel Baylac, UMR 7205 et UMS 2700, plate-forme Morphométrie. CP 50, 45 rue Buffon, 75005 Paristél. : 01 40 79 34 06, fax : 01 40 79 36 99, mèl : [email protected]


Morphologie cladistique informatisée, SEP 213 ECTS

Responsables de l'UE Véronique Barriel, MC, MNHN

Équipe pédagogique V. Barriel (MNHN) ; A. Soulier-Perkins (MNHN) ; R. Zarraguetta i Bagils (Paris VI)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (Atelier Cours-TD)Nombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l?UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 20 étudiants


a) Objectifs L'objectif de ce module est d'assurer aux étudiants une initiation, la plus complète possible, aux méthodes d'analyses phylogénétiques informatisées. Les différents principes de la reconstruction phylogénétique assistée par ordinateur dans le cadre de la méthode cladistique (systématique phylogénétique) sont présentés avec une initiation au logiciel PAUP. Une présentation théorique succincte des différents éléments de la méthode cladistique est suivie d?exercices pratiques empruntés à la littérature scientifique tant morphologique que moléculaire.

b) Thèmes abordés Les concepts de la systématique phylogénétique, l'utilisation d'un logiciel de reconstruction phylogénétique (PAUP) et la phylogénie des amniotes.

c) Organisation pédagogique Un des exercices les plus conséquents consiste à confronter les étudiants à l'observation de caractères morphologiques de quelques amniotes (mammifères, tortues, lépidosauriens, crocodiliens et oiseaux). Les caractères sont ensuite codés afin d'établir une matrice morphologique analysée en parcimonie pour discuter des relations de parenté au sein des amniotes.Évaluation par un examen écrit de 2 heures et un rapport de 10 pages.

Contacts Véronique Barriel, MNHN, Département d'Histoire de la Terre, USM 0203 - UMR 7207 CNRS - CR2P « Centre de recherches sur la Paléobiodiversité et les Paléoenvironnements », 8 rue Buffon, Case postale 38, 75231 Paris cedex 05tél. : 01 40 79 31 71, fax : 01 40 79 35 80, mèl : [email protected]


Morphologie et anatomie en paléobotanique : principalesacquisitions évolutives des végétaux terrestres, atelier SEP 15

3 ECTS

Responsable de l'UE Dario De Franceschi, MC, MNHN

Équipe pédagogique D. De Franceschi (MNHN) ; J. Dejax (MNHN) ; J.-Y. Dubuisson (P6)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (CM : 9h; TD : 3h; Travaux expérimentaux : 18h)Nombre de semaines : 2 semaines à mi-tempsMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 15 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE Objectifs Recherche des homologies chez les Embryophytes par l'observation du matériel fossile et actuel. Comparaison des tissus dont les parois des cellules sont habituellement préservées et les structures qui constituent les différents organes de la plante.

Thèmes abordés Évolution et spécialisations de l'appareil végétatif, et de l'appareil reproducteur, chez les Embryophytes. Notions de morpho-taxons très utiles en paléobotanique.

Organisation pédagogique L'enseignement privilégiera le travail d'observation des échantillons à la loupe binoculaire et au microscope. Il vient en appui au module SEP11 (« Paléontologie », resp. I. Rouget). Le contrôle consistera en une étude descriptive et analytique de matériel.

Contact Dario De Franceschi USM203-UMR7207 « Centre de recherche en Paléobiodiversité et Paléoenvironnements », Muséum National d’Histoire Naturelle, 57 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05tél. : 01 40 79 34 49, fax : 01 40 79 35 80, mèl : [email protected]


Morphologie fonctionnelle : mouvements, SEP 303 ECTS

Responsables de l'UE Vincent Bels, PR, MNHN

Équipe pédagogique A. Abourachid (MNHN) ; V. Bels (MNHN) ; C. Berge (MNHN) ; J.-P. Gasc (MNHN) ; H. Remy (MNHN) ; H. Marc (MNHN) ; C. Tardieu (MNHN)Membres extérieurs : Marc Jamon (CNRS Marseille)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30 H (cours)Nombre de semaines : 2 semaines à mi-tempsMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE Objectifs Exposer les principes d'adaptation et de l'évolution des systèmes ostéo-musculaires des vertébrés.

Thèmes abordés 1) Bases biologiques du mouvement2) Contrôle moteur de la locomotion et prise de nourriture3) Principe de la mécanique, anatomie fonctionnelle4) Rythmes et coordinations locomotrices5) La bipédie des oiseaux et des mammifères

Organisation pédagogique Cours, travaux dirigés, visite de la galerie d'Anatomie Comparée (Muséum)Évaluation par un examen écrit de 2h.

Contacts Professeur Vincent Bels, MNHN, Département Ecologie et Gestion de la Biodiversité, UMR 7179 - Directeur Adjoint, Mécanismes adaptatifs: des organismes aux CommunautésRue Cuvier 57, Case postale 55, 75231 Paris Cedex 5tél : 01 40 79 32 93, fax : 01 4079 57 10, mèl : [email protected] / [email protected]


Paléo-Biogéographie et Paléo-Biodiversité, SEP 373 ECTS

Responsable de l'UE Fabrizio Cecca, PR, Paris VI

Équipe pédagogique F. Cecca (Paris 6) ; S. Crasquin (CNRS, Paris VI) ; J.-C. Rage (CNRS, MNHN) ; D. Merle (MNHN) ; R. Zaragueta (Paris VI) ; J. Broutin (Paris VI) ; J.-Y. Dubuisson (Paris VI).

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (cours)Nombre de semaines : 2 semaines à mi-tempsMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 20 étudiants


Objectifs Étude des principes et des méthodes de la Biogéographie et de la Paléobiogéographie marine et continentale dans un contexte historique. Biogéographie systématique.

Thèmes abordésRelation entre biodiversité et biogéographie (rôle de l'endémisme et de l'effet surface/biodiversité, etc.); utilisation des méthodes phénétiques, historiques issues de méthodes cladistiques dont l'analyse à trois éléments.

Organisation pédagogique Cours en liaison avec les UE du parcours Paléontologie et Evolution.Évaluation par un rapport écrit de 10 pages à partir d'articles suggérés par les intervenants.

Contacts Fabrizio CECCA, Université Pierre et Marie Curie - UMR 7207 case 104, 4, place Jussieu, 75252 Paris Cedex 05tél. : 01.44.27.49.85, fax : 01.44.27.38.31, mèl : [email protected]


Paléoécologie, paléomagnétisme, paléogéographie etpaléoclimats, SEP 24

3 ECTS

Responsables de l'UE Jean Broutin, PR, Paris 6 ; Frédéric Fluteau, PR, Paris 7 ; Jean Besse, Physicien, IPGP

Équipe pédagogique J. Besse (IPGP) ; J. Broutin (Paris 6) ; F. Cecca (Paris 6) ; F. Fluteau (Paris 7) ; N. Nebout (CNRS) ; T.T. Nguyen Tu (Paris 6)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (Cours-TD intégrés)Nombre de semaines : 2 semaines à mi-tempsMention et spécialité de master où l?UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE Objectifs Synthèses régionales et globales (paléogéographie, géodynamique, paléoenvironnements, paléobiomes) des données analytiques (paléontologiques, paléomagnétiques, sédimentologiques, géologiques etc.). Présentation des différents types de modélisation du climat. Appuyés sur la fiabilité actuelle des données paléomagnétiques et l'augmentation de la puissance de calcul des systèmes informatiques, couplées à toutes les « paléodonnées » disponibles, on peut maintenant prescrire les « conditions aux limites », en particulier la paléogéographie (forçage majeur du climat global) pour une modélisation climatique valable, même à des périodes géologiques reculées. Cette approche pluridisciplinaire intégrée, après présentation des principes et méthodes de chacune des spécialités, sera explicitée sur des périodes géologiques sélectionnées pour susciter une réflexion comparative avec la biosphère actuelle.

Thèmes abordés Analyse de l'évolution du couvert végétal terrestre au cours des temps géologiques, confrontée aux données paléomagnétiques et du domaine marin, pour tester les reconstitutions paléogéographiques et les « sorties de modèles paléoclimatiques ». Analyse des problèmes posés par le degré de concordance données / modèles, notamment pour la reconstitution des paléoclimats en relation avec les paléoreliefs et la paléogéographie.

Pré-requis Connaissances de base (niveau licence) en sciences de la nature et de la vie et/ou géosciences et/ou maths-physique-informatique.

Organisation pédagogique Cours-TD intégrés. Épreuve écrite + contrôle continu.

Contact Jean Broutin, Université Pierre et Marie Curie UMR7207 ? CR2P.Bat. Géologie MNHN, 43 rue Buffon 75231 Paris Cedex 05, tél. : 01 40 79 80 59 ; fax : 01 40 79 37 39 ; mèl : [email protected]


Paléontologie (Vertébrés, Invertébrés et Paléobotanique), SEP 116 ECTS

Responsable de l'UE Isabelle Rouget MC, UPMC

Équipe pédagogique J. Broutin (UPMC) ; F. Cecca (UPMC) ; D. Merle (MNHN) ; C. Randon (UPMC) ; I. Rouget (UPMC) ; J-P Saint Martin (MNHN) ; P. Tassy (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 60 H (cours)Nombre de semaines : 3 semaines à temps partielMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité», co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE Objectifs Exposer les grandes phases paléontologiques dans l'évolution des animaux et des plantes.Montrer l'intérêt de l'étude des invertébrés en paléontologie à travers quelques exemples paléoécologiques, évolutifs et stratigraphiques.Montrer les champs d'application de l'étude des fossiles en paléontologie.

Thèmes abordés Sorties des eaux et conquête du milieu terrestre (de l'Ordovicien supérieur au Carbonifère) ; les milieux continentaux du Permo-Trias et du mésozoïque (émergence des lignées mammaliennes et des angiospermes).La taphonomie en milieu marin et les biais de l'enregistrement fossile. Illustrations de problèmes en systématique avec l'exemple des gastéropodes. Diversité et évolution des ammonites. Évolution des environnements au Messinien.

Organisation pédagogique Cours (en liaison avec les ateliers du module d’anatomie comparée de SEP 14 « Anatomie comparée (ostéologie des vertébrés) » et SEP 15 « Morphologie et anatomie en paléobotanique »)Évaluation par un examen écrit de 2h et par un contrôle continu (analyse d'article)

Contact Isabelle Rouget, Université Pierre et Marie Curie, USM203-UMR7207 CR2P, Laboratoire de Paléontologie Tour 56-46, 5ème étage *case 104 * 4, place Jussieu, 75252 Paris Cedex 05 -tél ; 01 44 27 49 81, mèl : [email protected]


Partenaires institutionnels et associatifs de la gestion et de laconservation de la biodiversité, E2F 4 / NU 957

3 ECTSResponsable de l'UE : Dominique Richard, IR hors grade contractuellaboratoire ou équipe de recherche, Directrice du Centre Thématique Européen pour la Diversité Biologique (antenne de l'Agence Européenne de l'Environnement coordonnée par le Muséum National d'Histoire Naturelle), MNHN, 57 rue Cuvier, 75231 Paris cedex 05mel : [email protected]

Équipe pédagogique : Dominique Richard (Centre Thématique Européen pour la Diversité Biologique, Muséum), Hélène Souan (Ministère de l?Ecologie, de l'Energie, du Développement Durable et de l'Aménagement du Territoire, MEEDAT), Intervenant à préciser (Ministère de l'Agriculture et de la Pêche), Francis Olivereau (Direction Régionale de l'Environnement Centre), Thierry Mougy (Fédération des Parcs naturels Régionaux), François Letourneux, (président du Comité UICN France), Hervé Coquillart (Directeur du Conservatoire Régional des sites Rhône-Alpes).

1. Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : cours 30 hMention et Spécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine naturel et Société ; spécialité Systématique, Evolution, Paléobiodiversité (SEP)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 15 étudiants

2. Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement L'objectif de cette UE est de situer le besoin d'expertise taxinomique par rapport à différents employeurs potentiels ou générateurs indirects d'emplois, institutionnels ou associatifs. De nombreux partenaires institutionnels sont ainsi demandeurs d'une expertise sur la connaissance des espèces et de leurs milieux. Ceci s'exprime de la part des délégués représentant la France dans les négociations et discussions internationales dans le cadre de la Convention sur la Diversité Biologique ; au niveau européen, en soutien à la mise en oeuvre des Directives communautaires mais également pour un suivi de la biodiversité à l'échelle de l'Europe; dans un cadre national (MEEDAT) ou déconcentré (DREAL) pour la mise en oeuvre de politiques et de stratégies de gestion et de conservation du patrimoine naturel ou encore dans des organismes spécialisés publics ou associatifs concernés au quotidien par la gestion d'espèces et de leurs milieux.

b) Thèmes abordés Implications de la mise en oeuvre de la Convention sur la Diversité Biologique quant au besoin en expertise taxinomique. Présentation du cadre européen relatif à la conservation de la Biodiversité. Rôle et activités de l'Agence Européenne de l'Environnement. Besoins du MEEDAT et des DREAL pour la mise oeuvre du réseau NATURA 2000 et pour la prise en compte de la biodiversité dans l'aménagement du territoire en général. Gestion d'espaces et d'espèces : Parc naturel régional, forêts, faune sauvage, conservatoire de sites collectivité locale ayant à intégrer la conservation du patrimoine naturel dans la gestion du territoire


Phylogénie des Métazoaires : évolution des plans d’organisation(PHYLOMET), SEP 45

3 ECTS

Responsable de l'UE Michaël Manuel, PR, UPMC

Équipe pédagogique M. Manuel (UPMC) ; H. Le Guyader (UPMC) ; E. Quéinnec (UPMC) ; N. Rabet (UPMC)

Descriptif de l’UE Volumes horaires globaux : 30H (CM : 10h ; TD : 12 h ; TP : 9h) Nombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus :

Présentation pédagogique de l'UE Objectifs Cette UE envisage la diversité des plans d'organisation des animaux pluricellulaires (métazoaires) dans un cadre phylogénétique, à haut niveau taxonomique (au-dessus du niveau de l'embranchement, à la différence de l'UE SEP5 « Paleomet »). Les travaux sur la phylogénie des métazoaires (basés sur des données moléculaires, mais aussi morphologiques) ont connu un essor considérable depuis une vingtaine d'années, et ont abouti à des hypothèses nouvelles remettant en partie en cause les conceptions « traditionnelles ». À travers une synthèse critique de la littérature récente, on discutera l'impact de ces travaux sur la manière dont on conçoit l'évolution des métazoaires : abandon des préconceptions gradistes, réévaluation de la valeur phylogénétique des caractères morpho-anatomiques et embryologiques. La contribution des données concernant les gènes de développement (« Evo-Devo ») sera également prise en compte. Le concept de plan d'organisation, clé de voûte de la zoologie « traditionnelle », fera l'objet d?une discussion critique. On insistera sur l'intérêt des embranchements dits « mineurs », rarement abordés dans les enseignements universitaires.

Thèmes abordés L'histoire du concept de plan d'organisation. L'élaboration de la phylogénie « traditionnelle » de Haeckel à Hyman. La base de l'arbre des métazoaires. La phylogénie des Bilateria Origine et radiations anciennes des métazoaires : l'apport de la paléontologie Métamérie et cavités liquidiennes : signification évolutive d'après la phylogénie et l'Evo-Devo Morpho anatomie et intérêt évolutif de quelques embranchements « mineurs » (travaux pratiques : observations, dissections).

Pré-requis Connaissances de base (niveau L1-L2) concernant les plans d?organisation des grands embranchements (documents de mise à niveau disponibles sur demande).

Organisation pédagogique

Contact Michaël Manuel, UPMC. e-mail : [email protected]


Phylogénie moléculaire, SEP 226 ECTS

Responsables de l'UE Nicolas Vidal, MC, MNHN ; Cyrille D'Haese, CR2, CNRS

Équipe pédagogique N. Vidal (MNHN) ; C. D'Haese (CNRS), F ; Rousseau (MNHN), M. Agolin (MNHN), P. Lopez (Paris 6), G. Markov (ENS Lyon), G. Lecointre (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 60H (cours 24h, TP/TD : 36h)Nombre de semaines : 2 semainesMention et spécialité de master où l'UE est proposée Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 15 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE Objectifs Présentation des bases théoriques de la reconstruction phylogénétique à l'aide de l'outil moléculaire et apprentissage de la pratique depuis l'extraction d'ADN jusqu'à l'interprétation des arbres phylogénétiques à l'aide d'un jeu de données obtenu pendant l'UE.

Organisation pédagogique Cours théoriques sur les différentes approches (distances, parcimonie, approches probabilistes, robustesse, fiabilité)TP/TD (extraction d'ADN, PCR, nettoyage des séquences, alignement, analyses phylogénétiques)Évaluation par un rapport écrit.

Contacts Nicolas Vidal, UMR 7138, Systématique, Evolution, Adaptation, Muséum National d'Histoire Naturelle, 43, rue Cuvier, 75005 Paristél : 01 40 79 31 66, fax : 01 40 79 38 44, mèl : [email protected] D'Haese, MNHN [email protected]


Préservation de la biodiversité - principes et méthodes, E2F13 ECTS

Responsables de l'UE : Denis Couvet et Nathalie Machon, Professeurs au Muséum

Equipe pédagogique Denis Couvet et Nathalie Machon

1. Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : CM : 15 h, Conf : 15hMention et Spécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine naturel et Société ; spécialité Systématique, Evolution, Paléobiodiversité (SEP), Ecologie, Biodiversité et Evolution (EBE), Environnement, Développement, territoire et Sociétés (EDTSSemestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 50 étudiants

2. Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement La gestion de la biodiversité est basée sur un ensemble de théories extrêmement mouvantes, puisées dans le champ de la biologie des populations (biologie de la rareté, biologie des métapopulations) et de l'écologie évolutive (biogéographie des îles, dynamique des communautés, concept de résilience). L'application de ces théories passe par un ensemble de contraintes psychologiques et socio-économiques, que l?on voit en oeuvre dans la gestion des stocks de poissons, ou encore la mise en oeuvre de Natura 2000.Dans ce passage entre théorie changeante- et réalité, le muséum joue un rôle très important à travers ses évaluations scientifiques, passées (dates de chasse) ou présentes (Natura 2000). Ce module se propose d'initier les étudiants au rôle que joue l'expert scientifique, à cheval entre théorie et réalité, et qui doit, pour que sa parole soit audible, tenir compte des contraintes précédentes.

b) Thèmes abordés Conservation des espèces et des espacesThéorie : taille minimal viable, analyse de viabilité des populationsPratique : espaces protégés, restaurés, réconciliésUtilisation des indicateurs, espèces rares ou espèces communesStratégies d'acteurs : commission européenne, ministères, ONG, communauté scientifiqueDiscussion autour d'un exemple (p.e. Natura 2000)

Examen : commentaire écrit d'un article (2h)

Contact [email protected]


Stage de terrain en paléontologie, SEP 173 ECTS

Responsables de l'UE Isabelle Rouget, MC, Paris 6

Équipe pédagogique D. De Franceschi (MNHN) ; AC Bartolini (MNHN) ; D. Merle (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (travail sur le terrain 10h, travail en laboratoire 20h)Nombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité», co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE Objectifs Ce module a pour but de former les étudiants aux méthodes et techniques de travail sur le terrain (log, prélèvements...). Il se déroule sur des affleurements et des gisements du Bassin de Paris d'âge Eocène (Lutétien). Les sites visités sont des carrières et des affleurements naturels situés dans l'Oise. Le travail de terrain est complété au laboratoire par une initiation aux méthodes de préparation des échantillons prélevés : extraction par lavages, frottis, lames minces, attaques aux acides.

Thèmes abordés - Identification de la paléofaune et de la paléoflore;- Interprétation en termes de paléoenvironnements à partir des observations de terrain et des déterminations (variations des associations paléontologiques faune et/ou flore);- Biostratigraphie;-Taphonomie (e.g. notions de bioérosion, fragmentation des coquilles)

Pré-requis Connaissances de base (niveau licence) en géosciences et/ou en sciences de la nature et de la vie.

Organisation pédagogique L'enseignement privilégiera le travail de terrain (observation des faciès et microfaciès, analyse des associations, prélèvement d'échantillons). Les étudiants travailleront ensuite en groupes dans plusieurs ateliers en laboratoire (préparations, tamisage, tri) et en salle (détermination, observations macro et microscopiques). Le stage est évalué par un rapport.

Contact Isabelle Rouget, CNRS UMR 7207, Laboratoire de Micropaléontologie, UPMC, T46-56/5E, case 104, 4 place Jussieu, 75252 Paris Cedex 05tél. : 01 44 27 49 81, fax : 01 44 27 49 81, mèl : [email protected]


Statistiques multivariées et analyse de données, SEP 363 ECTS

Responsable de l'UE Michel Baylac, MC, MNHN

Équipe pédagogique M. Baylac (MNHN), R. Baudoin (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 35 hNombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité», co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 20 étudiants (ou capacité de la salle informatique)


Objectifs Fournir les connaissances et les outils nécessaires à la pratique de l?analyse des données multivariées. L'unité d?enseignement inclut une introduction au logiciel R, langage et environnement graphique et statistique.

Thèmes abordés Introduction à R. Analyse des données : analyses en composantes principales, analyses factorielles des correspondances simples et multiples, analyses discriminantes et factorielles discriminantes, approches prédictives et validations. Analyses de tableaux de distances, cadrage multidimensionnel, tests de Mantel et dérivés. Partitions et classifications hiérarchiques.

Pré-requis Pas de pré-requis nécessaires, à part les notions classiques de variances, covariances et corrélations pour l'essentiel.

Organisation pédagogique L'enseignement comprend une alternance de cours, incluant une présentation des méthodes d'analyses, les options et l'interprétation des résultats et de travaux dirigés sur ordinateur réalisés avec le logiciel R. La validation se fera sous forme de projets individuels impliquant l'analyse de jeux de données personnels ou non et fera l'objet d'une présentation orale avec support informatique.

Contact Michel Baylac, UMR 7205 et UMS 2700, plate-forme Morphométrie. CP 50, 45 rue Buffon, 75005 Paris,tél. : 01 40 79 34 06, fax : 01 40 79 36 99, mèl : [email protected]


Structure et histoire paléontologique des grands clades deMétazoaires (PALEOMET), SEP 5

3 ECTS

Responsable de l'UE Gaël Clément, MC, MNHN

Équipe pédagogique R. Allain (MNHN) ; N. Ameziane (MNHN) ; B. Battail (MNHN) ; E. Bourdon (Collège de France) ; C. d'Haese (MNHN) ; P. Janvier (MNHN) ; D. Merle (MNHN) ; J.-S. Steyer (MNHN) ; P. Tassy (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (cours)Nombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3;Effectifs prévus : 20 étudiants


Objectifs Ce module aborde, par des études de cas choisis dans les divers grands clades des organismes métazoaires, les principaux problèmes rencontrés et les méthodes utilisées en biologie comparative, phylogénie et systématique.;

Thèmes abordés Des clades majeurs (mollusques, arthropodes, échinodermes et les grands clades de vertébrés) ont été choisis notamment pour illustrer l'impact des fossiles sur les phylogénies ; ceci en raison de l'information que portent les caractères morphologiques de leurs représentants fossiles.

Organisation pédagogique Évaluation par un examen écrit de 3 h.

Contacts Gaël Clément, USM203-UMR7207 Paléobiodiversité et Paléoenvironnements, Muséum national d’Histoire naturelle, 8 rue buffon, 75005 Paristél : 01 40 79 54 81 ; mèl : [email protected]


Taphonomie, SEP 393 ECTS

Responsables de l'UE Marylène Patou-Mathis, DR2, CNRS, MNHN ; Christiane Denys, PR, MNHN

Équipe pédagogique Y. Dauphin (UPMC) ; C. Denys (MNHN) ; M. Patou-Mathis (MNHN) ; S. Péan (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (CM : 15h ; TP : 15h)Nombre des semaines : 2 semaines à mi-tempsMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé: S3Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs Ce module aborde les études de la fossilisation et de la préservation de la diversité (biais de paléodiversité introduits par les facteurs de fossilisation, la prédation, la diagenèse) et les techniques d?analyses permettant la reconnaissance de ces biais. Il correspond à une initiation à la néo- et paléotaphonomie (vertébrés et invertébrés). Les implications paléoécologiques, stratigraphiques et diagénétiques seront abordées. Les analyses taphonomiques permettent en effet la détermination de ou des origines d'assemblages osseux, des facteurs intervenant sur ces assemblages et des agents modifiant l'état des ossements. Dans le cadre de cet enseignement seront présentés les principaux facteurs jouant un rôle dans l?origine et les modifications des assemblages osseux et des surfaces osseuses. Auparavant, la notion fondamentale de conservation sera définie. b) Thèmes abordés Plusieurs processus et agents peuvent modifier un matériel osseux pendant et après son dépôt. Les principaux types de perturbations sont provoqués : par des agents fauniques (prédateurs, fouisseurs), floristiques (racines de plantes, champignons, chute d'arbre), par la cryoturbation (gel/dégel), les mouvements de terrain (solifluxion, avalanche, séisme, éruption volcanique), le gonflement et la contraction des argiles, l'aéroturbation (gaz, vent, air), l'eau, les variations de salinité. L'identification de ces processus et de ces agents sera traitée dans ce module.Les conséquences sur la biodiversité, la représentation faunique, la notion de time averaging et de space averaging, de lignées fantômes, seront détaillées. Le rôle de la diagenèse dans la préservation et les modifications chimiques engendrées seront également abordées. c) Pré-requis Modules recommandés mais non obligatoires : Modules de M1, SEP14 (anatomie comparée), SEP 17 (Stage de terrain en paléontologie) ou de M2, SEP18 (Initiation aux techniques de collecte et d'inventaire systématique), SEP27 (Tissus squelettiques des Vertébrés : organisation, signification fonctionnelle et évolutive), QP PaléoenvironnementOrganisation pédagogique Cet enseignement sera illustré par la présentation de pièces typiques issues de gisements tertiaires et quaternaires, paléontologiques et archéologiques et par l?analyse de matériel provenant de pelotes de rapaces. Évaluation par un examen écrit de 3h.

Contacts Marylène Patou-Mathis, USM 103, Institut de Paléontologie Humaine, 1 rue R. Panhard 75013 Paristél. : 01 43 31 62 91, fax : 01 43 31 22 79, mèl : [email protected] Denys, USM 601, Département Systématique et Évolution, BP 51, 55, rue Buffon, 75005 Paristél : 01 40 79 30 85, Fax : 01 40 79 30 63, mèl : [email protected]



Taxinomie et nomenclature, SEP 203 ECTS

Responsables de l'UE Alain Dubois, PR, MNHN ; Frédéric Tronchet (MNHN)

Équipe pédagogique Alain Dubois (MNHN) ; Frédéric Tronchet (MNHN) ; A. Ohler (MNHN) ; M. Laurin (Paris 6)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30HNombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé : S3Effectifs prévus : 20 étudiants


Objectifs Exposer les fondements théoriques et les grandes lignes du fonctionnement de la taxinomie et de la nomenclature des organismes en zoologie et en botanique.

Thèmes abordés Taxinomie : principaux paradigmes, bases théoriques, méthodes, espèce et spéciation, relations avec la phylogénie ; bases théoriques des systèmes nomenclaturaux ; nomenclatures zoologique et botanique ; systèmes alternatifs de nomenclature (Phylocode, etc.).

Organisation pédagogique Cours théoriques. TD de nomenclatures zoologique et botanique. Visites de l'herbier et de la zoothèque (optionnel).Évaluation par un examen écrit de 3h

Contacts Alain Dubois, UMR 5202, Équipe Phylevo, Reptiles & Amphibiens, CP 30, 25 rue Cuvier, 75005 Paristél. : 01 40 79 34 85, fax : 01 40 79 34.88, mèl : [email protected]édéric Tronchet, USM0602, Taxonomie & Collections, Herbier, Muséum National d?Histoire Naturelle, CP 39, 16 rue Buffon, 75005 Paris,tél. : 01 40 79 33 35, mèl : [email protected]


Tissus squelettiques chez les Vertébrés : composantesfonctionnelle, phylogénétique et structurale, SEP 27

3 ECTS

Responsable de l'UE Jorge Cubo-Garcia, MC, UPMC

Équipe pédagogique V. de Buffrenil (MNHN) ; J. Cubo-Garcia (UPMC) ; Y. Dauphin (UPMC) ; M. Laurin (MNHN) ; A. de Ricqlès (Collège de France) ; L. Zylberberg (UPMC)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux: 30H (cours et TP/TD)Nombre des semaines : 2 semaines à mi-tempsMention et Spécialité de Master où l'UE est proposée: Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobidiversité», co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé: S3 Effectifs prévus: 20 étudiants maximum


Objectifs Cette UE est particulièrement recommandée pour les étudiants intéressés par la paléontologie, la paléobiologie, les paléo-environnements. Elle a pour objectif de présenter une synthèse sur les relations structuro-fonctionnelles des tissus squelettiques (méso et microstructures) des vertébrés actuels et fossiles et leur évolution. Les applications qui en découlent (restitution des traits d'histoire de vie, des stratégies de croissance et de développement; données paléo-biologiques et paléo-environnementales), seront abordées.

Thèmes abordés - Mécanismes de biominéralisation chez les vertébrés- Présentation générale des tissus squelettiques des Vertébrés. Évolution. Conservation, diagenèse. Niveau d'intégration. Histologie osseuse comparée et sa valeur heuristique.- Organisation des os (Organe, méso et microstructures, typologie architecturale).- Dynamique de croissance et remaniement osseux.- Composantes fonctionnelle, structurale et phylogénétique de la variation des microstructures osseuses.- Intérêt pratique des microstructures osseuses chez les formes actuelles et fossiles : restitution des traits d'histoire de vie individuels et populationnels ; croissance et hétérochronies de développement des paléoenvironnements.

Organisation pédagogique - Cours théoriques et séances de TP/TD.

Contacts Jorge Cubo-Garcia, MC, UPMC - Paris 6, BC 19 - 4 pl. Jussieu, 75005 ParisTél : 01 44 27 31 24, mèl : [email protected]


Xylologie-paléoxylologie: Systématique et Paléoécologie, SEP 283 ECTS

Responsables de l'UE Dario De Franceschi, MC, MNHN

Équipe pédagogique D. De Franceschi (MNHN) ; J. Dupéron (Paris 6) ; N. Saedlou (Paris 6)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (CM : 10h ; TD : 5h ; Travaux expérimentaux : 15h)Nombre de semaines : 2 semaines à mi-tempsMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Spécialité « Systématique, Évolution, Paléobiodiversité », co-habilitée MNHN/UPMC (EPNS/SDUEE)Semestre où l'enseignement est proposé: S3Effectifs prévus : 15 étudiants


Objectifs Reconnaissance des indications fournies par les caractères microscopiques du bois en systématique, phylogénie et écologie. Application aux bois fossiles pour la reconstruction des paléoflores et des paléoenvironnements. Thèmes abordés Définition, origine du bois et fonctions assurées par ce tissu. Principes et applications de l'expertise en xylologie.Caractères anatomiques, variabilité individuelle (racine, tronc, branche) et variabilité intra-spécifique. Xylologie, phylogénie et environnement ; importance du bois dans la reconstitution des paléoenvironnements, et applications à quelques gisements fossiles.

Pré-requis Connaissances de base en botanique et anatomie végétale (équivalents de SEP 15 et SEP 43)

Organisation pédagogique Cours magistraux, observations au microscope, interprétations, dessins. Évaluation par un examen écrit et une analyse pratique de bois (au microscope) et/ou de documents.

Contact Dario De Franceschi USM203-UMR7207 Paléobiodiversité et paléoenvironnements, Muséum National d'Histoire Naturelle, 8 rue Buffon, 75005 Paristél. : 01 40 79 34 49, fax : 01 40 79 35 80, mèl : [email protected]
