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ÉCOLE NATIONALE VÉTÉRINAIRE D’ALFORT Année 2012 ÉVALUATION DE L’IMPACT DE LA VACCINATION DES VOLAILLES DOMESTIQUES CONTRE L’INFLUENZA AVIAIRE HAUTEMENT PATHOGÈNE DÛ À H5N1 AU VIÊT NAM THÈSE Pour le DOCTORAT VÉTÉRINAIRE Présentée et soutenue publiquement devant LA FACULTÉ DE MÉDECINE DE CRÉTEIL le…………… par Alexis DELABOUGLISE Né le 3 juin 1986 à Rouen (Seine-Maritime) JURY Président : Pr. Professeur à la Faculté de Médecine de CRETEIL Membres du Jury Directeur : Yves Millemann Maitre de conférences à l’ENVA Assesseur : Barbara Dufour Professeur à l’ENVA

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ÉCOLE NATIONALE VÉTÉRINAIRE D’ALFORT

Année 2012

ÉVALUATION DE L’IMPACT DE LA VACCINATION

DES VOLAILLES DOMESTIQUES CONTRE

L’INFLUENZA AVIAIRE HAUTEMENT PATHOGÈNE

DÛ À H5N1 AU VIÊT NAM

THÈSE

Pour le

DOCTORAT VÉTÉRINAIRE

Présentée et soutenue publiquement devant

LA FACULTÉ DE MÉDECINE DE CRÉTEIL

le……………

par

Alexis DELABOUGLISE Né le 3 juin 1986 à Rouen (Seine-Maritime)

JURY

Président : Pr. Professeur à la Faculté de Médecine de CRETEIL

Membres du Jury

Directeur : Yves Millemann Maitre de conférences à l’ENVA

Assesseur : Barbara Dufour Professeur à l’ENVA

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REMERCIEMENTS

Je remercie solennellement les membres de mon jury, en premier lieu le docteur Yves

Millemann, maître de conférences à l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort, pour avoir assuré

la direction de la présente thèse, ainsi que le Professeur Barbara Dufour pour avoir en avoir

effectué l’assessorat. Je témoigne mon plus profond respect au professeur de la faculté de

médecine de Créteil … qui m’a fait l’honneur de présider le jury de thèse.

Le travail présenté ici a été financé par le Centre International de Recherche Agronomique

pour le Développement (CIRAD). Je tiens à en remercier certains membres, tout

particulièrement mon maitre de stage, Marisa Peyre pour son encadrement ainsi qu’aux

chercheurs Thi Thanh Hoa Pham, Stéphanie Desvaux et Vladimir Grosbois pour leur

collaboration. Je remercie chaleureusement le personnel du CIRAD à Hanoi, Thi Thanh Hang

Nguyen et Ngoc Ha Pham pour leur précieux soutien.

Je remercie également les principaux partenaires du CIRAD, le National Institute of

Veterinary Research, en particulier le Dr Không, directeur du département de virologie ainsi

que toute son équipe, pour leur collaboration à la réalisation de mon étude. Je remercie de

même la Hong Kong University pour sa coopération active.

Je salue avec le plus grand respect les professionnels avec qui j’ai eu l’occasion de

m’entretenir et dont les informations et conseils ont joué un rôle capital dans la réalisation

de mon travail : Kenjiro Inui, John Weaver et Juan Carrique Mas, experts scientifiques de la

Food and Agriculture Organisation, Do Huu Dung, Nguyen Ngoc Tien, Phan Quang Minh et

Nguyen Thi Diep du Department of Animal Health, et enfin Birgit Schauer du New Zealand

Aid Programme.

Je souhaiterais adresser des remerciements plus personnels à mes proches parce que

l’aventure de l’existence n’a pas de sens si elle se vit seul.

Ils vont en premier à mes parents qui m’ont soutenu sans jamais faillir du début jusqu’à la fin

de mes longues études, ainsi qu’à mes deux frères qui viennent de débuter leur vie

d’étudiants au moment où j’achève la mienne.

À toutes mes connaissances du Viêt Nam et d’ailleurs avec qui j’ai partagé tant de moments

inoubliables : Hanh, Cao, Phat, Phuong, Nhan, Hoang, Hue, Quynh Anh, Tiên. Hà Nội ne

serait pas la même sans vous, je ne saurais jamais vous remercier assez de m’avoir fait

découvrir votre pays comme vous l’avez fait, mais pour commencer j’espère que mon

horrible vietnamien ne vous a pas trop endolori les tympans. Un hommage enfin à mon

inséparable colocataire Xavier.

À tous mes amis Milanais, désormais dispersés autour du monde, William, Vanya, Antti,

Elena, Esther, Adrian, Rubi et les autres. Enfin, à mes vieux amis grenoblois, Auki et Cécile,

deux têtes dures fraichement unies par les liens du mariage, ainsi que Dorian et Greg.

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1

TABLE DES MATIÈRES

LISTE DES FIGURES...................................................................................................................... 5

LISTE DES TABLEAUX .................................................................................................................. 6

LISTE DES ANNEXES .................................................................................................................... 7

LISTE DES ABRÉVIATIONS ........................................................................................................... 9

INTRODUCTION ........................................................................................................................ 11

PREMIÈRE PARTIE : SYNTHÈSE BIBLIOGRAPHIQUE .................................................................. 13

1 L’Influenza Aviaire Hautement Pathogène et son contrôle par la vaccination ................ 13

1.1 Généralités sur l’IAHP................................................................................................ 13

1.1.1 Taxonomie.......................................................................................................... 13

1.1.2 Epidémiologie..................................................................................................... 14

1.1.3 Clinique............................................................................................................... 15

1.1.4 Diagnostic clinique ............................................................................................. 15

1.1.5 Diagnostic de laboratoire ................................................................................... 16

1.1.6 Prévention et contrôle de la maladie................................................................. 17

1.2 La panzootie d’IAHP de 2003 et ses conséquences................................................... 17

1.2.1 Chronologie de la panzootie .............................................................................. 17

1.2.2 Maintien de l’IAHP et facteurs associés ............................................................. 19

1.3 Le contrôle de l’IAHP par la vaccination.................................................................... 22

1.3.1 L’immunité vaccinale contre les influenzavirus chez les oiseaux ...................... 22

1.3.2 Les différents types de vaccins disponibles, leurs modes d’action et

inconvénients.................................................................................................................... 23

1.3.3 Les objectifs de la vaccination contre l’IAHP...................................................... 24

1.3.4 Historique de l’utilisation de la vaccination contre l’IAHP................................. 25

1.4 Interrogations actuelles sur l’impact de la vaccination............................................. 26

1.4.1 Evolution et situation actuelle de l’IAHP dans différents pays en fonction des

mesures de contrôle implantées ...................................................................................... 26

1.4.2 Considérations actuelles sur l’utilisation de la vaccination ............................... 27

2 Evaluer l’impact d’un programme de vaccination contre l’IAHP : revue des outils et

méthodes envisageables.......................................................................................................... 29

2.1 Les différents objectifs de l’évaluation d’une campagne de vaccination ................. 29

2.2 Quels outils pour quels objectifs ............................................................................... 29

Page 5: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

2

2.2.1 Evaluation de la protection vaccinale ................................................................ 29

2.2.2 Evaluation de l’impact vaccinal .......................................................................... 31

3 Evaluer l’impact de la vaccination contre l’IAHP au Viêt Nam : contexte, résultats et

limites des évaluations conduites jusqu’à présent .................................................................. 33

3.1 Le secteur avicole au Viêt Nam ................................................................................. 33

3.1.1 Importance de la production avicole au Viêt Nam ............................................ 33

3.1.2 Découpage administratif et services vétérinaires du Viêt Nam......................... 34

3.1.3 Caractéristiques du secteur avicole au Viêt Nam .............................................. 37

3.1.4 Particularités géographiques du secteur avicole au Viêt Nam .......................... 39

3.2 L’épizootie d’IAHP au Viêt Nam................................................................................. 40

3.2.1 Chronologie de l’épizootie et situation actuelle de l’IAHP au Viêt Nam ........... 40

3.2.2 Impact sanitaire et socio-économique de l’IAHP au Viêt Nam.......................... 43

3.3 Les mesures de lutte contre l’IAHP introduites au Viêt Nam.................................... 43

3.4 Description du programme de vaccination obligatoire............................................. 44

3.4.1 Zones géographiques concernées...................................................................... 44

3.4.2 Espèces et types de production concernées...................................................... 45

3.4.3 Organisation pratique ........................................................................................ 45

3.4.4 Vaccins employés ............................................................................................... 46

3.5 Les évaluations de la vaccination conduites au Viêt Nam......................................... 48

3.5.1 Les différents programmes de suivi et d’évaluation de la vaccination.............. 48

3.5.2 Les résultats des évaluations de la vaccination obtenus ................................... 49

3.5.3 Les limites des méthodes utilisées dans le contexte du Viêt Nam .................... 52

3.5.4 Perspectives........................................................................................................ 54

DEUXIÈME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL ............................................................................... 57

1 Matériel et méthodes ....................................................................................................... 57

1.1 Elaboration d’une nouvelle approche pour évaluer l’impact vaccinal...................... 57

1.1.2 Une analyse spatiale........................................................................................... 57

1.1.3 L’utilisation d’un nouveau paramètre pour évaluer la circulation virale .......... 57

1.1.4 La combinaison de différentes études menées précédemment ....................... 58

1.2 Les différentes étapes de l’analyse ........................................................................... 58

1.3 Les études sélectionnées pour être utilisées dans l’analyse..................................... 59

1.3.2 Revue des différentes études pouvant être utilisées ........................................ 59

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3

1.3.3 Détermination des études à inclure dans l’analyse ........................................... 61

1.4 Analyse des données ................................................................................................. 62

2 Résultats............................................................................................................................ 62

2.1 Evaluation de la protection vaccinale........................................................................ 62

2.1.1 Hétérogénéités entre études ............................................................................. 62

2.1.2 Comparaison des résultats des études .............................................................. 67

2.1.3 Disparités spatiales de la protection vaccinale .................................................. 69

2.2 Evaluation de la circulation virale.............................................................................. 70

2.2.1 Surveillance au niveau des élevages .................................................................. 70

2.2.2 Comparaison des résultats................................................................................. 74

2.2.3 Surveillance virale ciblée sur les lieux à haut risque de circulation................... 75

2.3 Etablissement d’un lien entre protection vaccinale et niveau de circulation virale. 84

3 Discussion.......................................................................................................................... 86

3.1 Limites des résultats .................................................................................................. 86

3.1.1 Résultats de la surveillance sérologique ............................................................ 86

3.1.2 Résultats de la surveillance de l’IAHP dans les élevages ................................... 88

3.1.3 Résultats de la surveillance virale dans les marchés de volailles vivantes ........ 89

3.2 Inégalités spatiales de la protection vaccinale.......................................................... 89

3.3 Inégalités spatiales de la circulation virale................................................................ 92

3.3.1 Inégalités de prévalence de l’IAHP dans les élevages........................................ 92

3.3.2 Inégalités de la circulation de H5N1 mesurée par la surveillance des marchés 92

3.3.3 Inégalité de la proportion H5/Influenza A mesurée par la surveillance du

programme VAHIP ............................................................................................................ 93

3.4 Evaluation de l’impact vaccinal : interprétation et limites de l’analyse ................... 94

CONCLUSION ............................................................................................................................ 96

BIBLIOGRAPHIE......................................................................................................................... 98

ANNEXES................................................................................................................................. 103

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4

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5

LISTE DES FIGURES

Figure 1 : Photographie de virus Influenza de type A au microscope électronique à

transmission. Page 6

Figure 2 : Schémas simplifié de la structure d’un virus Influenza. Page 7

Figure 3 : Répartition des foyers d’Influenza Aviaire Hautement Pathogène en Afrique, Asie

et Océanie depuis 2004 jusqu’à 2011. Page 11

Figure 4 : Cartographie du niveau de risque d’occurrence de l’Influenza Aviaire Hautement

Pathogène chez les volailles en Asie du Sud et du Sud-Est incluant les facteurs suivants :

densité de poulets domestiques, densité de canards domestiques, densité de peuplement

humain, présence d’élevages de canards. Page 13

Figure 5 : Élevages de canards de la province de Nam Định dans le delta du fleuve Rouge au

Viêt Nam, élevés en pâturage sur surface inondée. Page 14

Figure 6 : Cartographie du Vietnam :

Topographie du Viêt Nam. Page 28

Carte des provinces du Viêt Nam. Page 29

Carte des régions administratives du Viêt Nam. Page 30

Figure 7: Répartition spatiale des élevages de poulets et de canards au Viêt Nam. Page 32

Figure 8 : Variation temporelle et répartition géographique de l’IAHP au Vietnam de2003 à

2010. Page 34

Figure 9 : Carte figurant les provinces faisant l’objet du plan de vaccination obligatoire à

partir de 2009. Page 38

Figure 10 : Visite d’un élevage de canards de la région du delta du fleuve rouge afin de

vacciner les animaux dans le cadre de la campagne nationale de vaccination. Page 39

Figure 11 : Prélèvements sanguins et cloacaux effectués par des agents vétérinaires de

province dans la région du delta du fleuve Rouge dans le cadre d’un programme de

surveillance active. Page 42

Figure 12: Carte représentant les provinces ayant fait l’objet d’un suivi surveillance

sérologique d’une des 3 études sélectionnées VAHIP en 2009 et 2010, CIRAD en 2008-2011

et ACIAR en 2007-2008 au Viêt Nam. Page 54

Figure 13: Carte représentant les provinces ayant fait l’objet d’une surveillance de l’infection

aux virus influenza au niveau des élevages par une des 3 études GETS en 2010, CIRAD en

2008-2009 et ACIAR en 2007-2008 au Viêt Nam. Page 63

Page 9: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

6

Figure 14 : Carte représentant les provinces ayant fait l’objet d’une surveillance des

infections à virus influenza par les 2 études sélectionnées GETS en 2011 et VAHIP en 2009 et

2010 au Viêt Nam. Page 67

Figure 15: Carte représentant les pourcentages de détection d’infections à H5N1 des canards

prélevés dans le cadre de la surveillance des marchés de volailles vivantes des programmes

VAHIP en 2010 et GETS en 2011 au Viêt Nam, par province. Page 71

Figure 16 : Répartition géographique par province des taux de détection des infections à

virus Influenza type A et de la proportion de détection de H5 sur le total des infections à

virus influenza A détectées établies à partir des résultats de la surveillance virale du

programme VAHIP en 2009 et 2010 au Viêt Nam. Page 74

LISTE DES TABLEAUX

Tableau 1 : Comparaison deux à deux des taux de séroconversion mesurés dans la

population d’oiseaux domestiques par trois programmes de recherches dans plusieurs

régions distinctes du Viêt Nam : CIRAD (Bắc Giang et Hà Tây), CIRAD (Thái Bình ) et ACIAR

(delta du Mékong). Page 61

Tableau 2: Prévalences des infections à virus H5 dans les populations de volaille mesurées

par des enquêtes ACIAR, CIRAD et GETS visant à la détection directe des virus H5 dans les

élevages de volailles. Page 66

Tableau 3 : Pourcentages de canards non vaccinés positifs en sérologie H5 évalué au moyen

d’un suivi sérologique de la population de volailles domestiques par les études CIRAD de

2008 à 2011 et ACIAR en 2007 et 2008. Page 66

Tableau 4: Taux de détection des infections à H5N1 mesurés par la surveillance des canards

vendus dans les marchés de volailles vivantes de différentes zones géographiques, selon les

résultats des programmes GETS en 2010 et VAHIP en 2011. Page 70

Tableau 5: Comparaison des différents taux de détection de virus influenza dans le nord

(Thái Bình, Hà Nội, Thanh Hoá, Lạng Sơn) et le sud (Tây Ninh, Long An, Đồng Tháp, Tiền

Giang) du Viêt Nam sur la base des résultats de la surveillance virale du programme VAHIP

en 2009 et 2010. Page 73

Tableau 6 : Résultats de la régression logistique effectuée à partir des résultats de l’étude

VAHIP entre la proportion des infections à virus H5 sur l’ensemble des infections à

influenzavirus type A détectées par surveillance des marchés de canards vivants des

provinces et le niveau de taux de séroconversion mesuré dans la population de volailles

d’élevage de ces mêmes provinces en 2010. Page 77

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LISTE DES ANNEXES

ANNEXE 1 : Revue comparative des caractéristiques des méthodologies des différents programmes visant à l’évaluation du niveau d’efficacité du programme de vaccination au moyen d’un suivi sérologique de la population aviaire domestique du Viêt Nam.

ANNEXE 2 : Revue comparative des caractéristiques des méthodologies des différents programmes visant à l’estimation de la prévalence de l’infection aux virus influenza dans la population aviaire domestique du Viêt Nam au moyen d’une surveillance active des élevages avicoles.

ANNEXE 3 : Revue comparative des caractéristiques des méthodologies des différents programmes visant à l’estimation du niveau de circulation virale des virus influenza dans la population aviaire domestique du Viêt Nam au moyen d’une surveillance active des lieux à haut risque de circulation de virus influenza.

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9

LISTE DES ABRÉVIATIONS

ACIAR : Australian Center for International Agricultural Research : centre australien pour la

recherche agronomique internationale

AIC : Akaike Information Criteria : Critère d'Information d'Akaike

ADN : Acide Desoxyribonucléique

ANOVA: Analysis of Variance: Analyse de Variance

ARN : Acide Ribonucléique

CIRAD: Centre International de Recherche Agronomique pour le Développement

CAHW : Community Animal Health Worker : Agent Communautaire de Santé Animale

DAH: Department of Animal Health : Département de la Santé Animale

DIVA: Differentiating Vaccinated from Infected Animals: Differentiation des Animaux

Infectés et Vaccinés

DVS: Department of Veterinary Services: Département des services Vétérinaires

EUR : Euro (monnaie de l’Union Européenne)

FAO: Food and Agriculture Organization: Organisation de l’Alimentation et de l’Agriculture

GETS: Gathering Evidences for a Transitional Strategy: rassemblement d’éléments pour uen

stratégie de transition.

GMT : Geometric Mean Titer : titre moyen géométrique

HIT : Herd Immunity Threshold : seuil d’immunité de troupeau

HI: Hemagglutination Inhibition : Inhibition de l’Hémagglutination

HKU: Hong Kong University : Université de Hong Kong

IAHP : Influenza Aviaire Hautement Pathogène

NIVR: National Institute of Veterinary Research : Institut National de Recherche Vétérinaire

OIE: Office International des Epizzoties ou Organisation Mondiale de la Santé Animale

PIB : Produit Intérieur Brut

RT-PCR : Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction : Réaction en Chaine par

Polymérase après Transcription Inverse

USD : United States Dollar (monnaie des Etats-Unis)

VAHIP: Viêt Nam Avian and Human Influenza control and Preparedness project : projet de

contrôle et de préparation à l’influenza aviaire et humaine au Viêt Nam.

VND : Viêt Nam Dong (monnaie vietnamienne)

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10

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INTRODUCTION

Dans le contexte d’une consommation croissante, à l’échelle mondiale, de produits d’origine

animale et d’une augmentation du nombre de maladies à caractère zoonotique,

transmissibles de l’animal à l’homme, une attention particulière doit être portée à la mise en

place de mesures de contrôle efficaces pour limiter l’impact des maladies animales, en

particulier celles ayant un caractère zoonotique ou entrainant de fortes pénalisations

économiques. Cet enjeu est particulièrement crucial en Asie du Sud-Est, où le

développement des productions animales représente un enjeu fort du secteur agricole.

L’évaluation de l’efficacité et des conséquences épidémiologiques, économiques et sociales

des mesures de contrôle implantées y apparaît d’autant plus importante étant donnés les

moyens souvent limités des pays dans lesquels elles sont mises en place, ce qui se traduit

par le besoin d’un rapport coût-efficacité optimal.

L’étude menée ici a pour objectif l’évaluation de l’impact du programme de vaccination

national mis en place au Viêt Nam pour combattre une maladie aviaire épizootique

transmissible à l’homme devenue désormais enzootique : l’Influenza Aviaire Hautement

Pathogène, dont les conséquences économiques sur le secteur avicole et sur la santé

publique des pays en développement en font une maladie animale d’importance majeure.

L’étude a été réalisée sous la supervision et avec le soutien financier du CIRAD (Centre

International de Recherche Agronomique pour le Développement), dans le cadre d’un stage

de 5 mois à Hà Nội (Viêt Nam) d’une deuxième année du Master Ecologie-Biodiversité

parcours Santé Animale et Epidémiosurveillance dans les Pays du Sud de l’université

Montpelier 2 en partenariat avec le CIRAD et l’École Nationale Vétérinaire de Toulouse.

L’originalité de cette évaluation par rapport aux recherches antérieures est qu’elle s’est

basée sur la combinaison de résultats de différentes études menées depuis l’introduction de

la vaccination des volailles en 2005. Elle s’est concentrée sur deux aspects de l’évaluation de

l’impact d’un programme de vaccination : l’estimation du niveau de protection conféré par

la vaccination à la population cible, et l’évaluation de l’effet réel de la vaccination sur

l’épidémiologie de la maladie.

Le présent ouvrage s’ouvre par une revue bibliographique : dans un premier temps les

connaissances générales sur l’Influenza Aviaire Hautement Pathogène et son contrôle par la

vaccination seront résumées, puis une synthèse sera présentée sur les outils et méthodes

d’évaluation applicables dans le cas de la vaccination contre cette maladie, ainsi que sur

l’état des connaissances actuel sur l’état de la maladie au Viêt Nam et l’impact de la

vaccination. La présentation du travail personnel se déroulera sous une forme logique, avec

la présentation de la méthode utilisée et des résultats d’études qui ont servi de support à

l’évaluation, puis une présentation des résultats de cette évaluation et enfin une discussion

de ces résultats, mettant en évidence leurs interprétations possibles mais aussi leurs limites.

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12

Page 16: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

13

PREMIÈRE PARTIE : SYNTHÈSE BIBLIOGRAPHIQUE

1 L’Influenza Aviaire Hautement Pathogène et son contrôle par la

vaccination

1.1 Généralités sur l’IAHP

1.1.1 Taxonomie

Selon la définition de l’OIE (Office International des Epizooties – Organisation Mondiale de la

Santé Animale) (2009b), l’Influenza Aviaire Hautement Pathogène (IAHP) est une maladie

causée par certains virus du genre Influenzavirus de type A de la famille virale des

Orthomyxoviridae. Ces virus sont à ARN et enveloppés et leur structure est observable en

microscopie électronique, comme le montre la figure 1. Les virus influenza sont séparés en

sous-types définis par deux de leurs protéines membranaires, l’hémagglutinine (désignée

par la lettre H, dont il existe 16 types dans la nature), et la neuraminidase (désignée par la

lettre N et dont il existe 9 types). Jusqu’à ce jour, tous les cas d’IAHP rapportés ont été

causés par des virus de type H5 ou H7 (voire éventuellement H9). La figure 2 illustre la

structure des virus influenza.

Figure 1 : Photographie de virus Influenza de type A au microscope électronique à

transmission (source : FLUTrop, 2010).

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14

Figure 2 : Schéma simplifié de la structure d’un virus Influenza (source : http://influenza-

h5n1.org/).

1.1.2 Epidémiologie

Selon l’OIE (2009b) toutes les espèces d’oiseaux sont réceptives aux virus causant l’IAHP,

mais leur sensibilité varie fortement selon les espèces et la souche virale. Plusieurs espèces

de mammifères sont également potentiellement susceptibles, parmi lesquelles les porcs, les

chevaux, les chiens, les chats et l’homme. Bien que ce dernier soit très peu réceptif à

l’infection, celle-ci occasionne chez l’hôte humain des signes cliniques très prononcés avec

un taux de létalité très élevé.

Les oiseaux d’eau, tels que les canards, oies et cygnes, sont réceptifs à tous les types de virus

influenza A et ont été souvent identifiés comme porteurs asymptomatiques du virus

responsables de l’IAHP, d’où leur fréquent rôle de réservoir, sauvage ou domestique, de la

maladie, y compris d’après les études expérimentales les plus récentes de Hulse-Post et al.

(2005).

Selon l’OIE (2009b) la transmission aux volailles se fait habituellement par contact direct

avec un oiseau infecté, le virus étant excrété en quantité importante dans les fèces et

sécrétions oro-pharyngées. Elle peut également se faire à partir du matériel contaminé ou

de l’environnement, le virus pouvant survivre plusieurs jours en milieu aquatique, d’où le

facteur de risque représenté par les points d’eaux ou rizières fréquentés par des oiseaux

aquatiques sauvages ou domestiques. Ces derniers peuvent aisément contaminer

l’environnement, à partir duquel peuvent s’infecter des canards ou oies d’élevages.

Page 18: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

15

1.1.3 Clinique

D’après l’OIE (2009b) chez les espèces d’oiseaux sensibles, l’infection se caractérise par une

période d’incubation très courte, allant de 2 à 5 jours, suivie par une période d’expression

clinique dont le niveau d’intensité varie selon l’espèce d’oiseau concernée et la souche

virale. Les symptômes les plus communs sont toux, expectoration, dyspnée, jetage nasal et

lacrymal, cyanose des parties non plumeuses de la peau, de la crête et des barbillons,

tuméfaction des sinus. Les oiseaux sont abattus, et on observe une chute de production

d’œufs chez les poules pondeuses. Les autres signes fréquemment rencontrés sont la

diarrhée et l’incoordination motrice accompagnée éventuellement d’autres signes nerveux.

Le taux de létalité observée est variable mais peut atteindre 100% dans les espèces les plus

sensibles, comme les poulets ou les dindes.

Chez les espèces moins sensibles comme les anatidés, les symptômes peuvent prendre un

caractère beaucoup plus fruste, avec simplement une baisse d’appétit et de production.

Le tableau lésionnel est variable. Il peut être inexistant en cas de mortalité rapide. Le plus

souvent il se caractérise par des lésions hémorragiques, œdémateuses ou nécrotiques

localisées sur une grande diversité d’organes.

1.1.4 Diagnostic clinique

Le diagnostic peut se faire sur la base de l’observation des signes cliniques associés à un fort

taux de mortalité. Cependant, ce haut taux de mortalité n’est pas toujours présent,

particulièrement pour des espèces peu sensibles ou dans le contexte d’une immunisation

vaccinale préexistante.

Le diagnostic différentiel doit se faire avec les maladies suivantes :

- Les souches vélogènes du virus de la maladie de Newcastle, de la famille des

Paramyxoviridae, causant une infection asymptomatique chez les oiseaux aquatiques,

mais hautement pathogène chez les gallinacés. Chez cette dernière famille, l’infection

par l’IAHP est non différenciable de celle d’une souche vélogène de Newcastle;

- Le choléra aviaire ou sépticémie hémorragique aviaire, maladie bactérienne due à

Pasteurella multocida, qui concerne aussi bien le canard que le poulet ;

- L’entérite virale du canard, causée par un virus de la famille des Herpesviridae, qui

occasionne un for taux de mortalité chez les anatidés ;

- La laryngo-trachéite infectieuse aviaire, atteignant notamment les gallinacés et

causée par un virus de la famille des Herpesviridae.

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16

1.1.5 Diagnostic de laboratoire

Le diagnostic de laboratoire se fait selon deux méthodes possibles recommandées par l’OIE

(2009a) :

La technique de référence est l’isolement du virus à partir d’échantillons fécaux ou

d’écouvillons trachéaux ou oro-pharyngés prélevés sur les volailles. L’isolement se fait par

inoculation de l’échantillon sur œufs de poule embryonnés, suivie d’un test

d’hémagglutination (HA) visant à identifier la présence d’un virus influenza A par ses

propriétés d’agglutination des hématies. L’identification d’un virus vivant peut être

complétée par un séquençage de son génotype.

La RT-PCR est une méthode alternative permettant d’identifier le matériel génétique du

virus dans les mêmes types d’échantillons. La PCR est basée sur l’amplification par cycles

thermiques successifs de segments d’ADN d’intérêt repérés à l’aide d’une amorce ADN

spécifique. La RT-PCR permet l’identification spécifique du matériel génétique de virus à

ARN, puisqu’elle combine la transcription inverse (RT) de l’ARN viral en ADN par l’enzyme

reverse transcriptase complétée par une PCR classique.

Le diagnostic par sérologie peut avoir deux finalités possibles : détecter la présence

d’anticorps développés suite à une infection par un virus Influenza ou bien mesurer la

réponse immunitaire protectrice développée suite à une vaccination. La réponse

immunitaire des oiseaux contre l’influenza aviaire se caractérise principalement par la

production d’IgY, immunoglobulines spécifiques aux reptiles et aux oiseaux et jouant un rôle

équivalent IgG présentes chez les mammifères. 3 méthodes standards de sérologie sont

recommandées par l’OIE (2009a) :

- L’immunodiffusion sur gel d’Agarose ;

- Le test d’Inhibition de l’Hémagglutination (HI) basé sur les propriétés

hémagglutinantes (agglutination des hématies) de l’hémagglutinine, une des

protéines de surface des influenzavirus. Comme évoqué plus haut les anticorps

protecteurs produits par la réponse immunitaire de l’individu ont la propriété de se

fixer à l’hémagglutinine et donc d’inhiber l’agglutination des hématies. C’est ce

phénomène qui doit être observé lors d’un test HI positif. Ce test est donc spécifique

de sous-types puisqu’il vise à détecter des anticorps dirigés contre le type

d’hémagglutinine utilisé. Habituellement, un animal est considéré comme protégé si

l’inhibition de l’hémagglutination est observée contre 4 Unités d’hémagglutination à

une dilution du sérum de 1/16 ou plus (OIE, 2009a) soit, exprimé en logarithme base

2, un taux d’anticorps dit de 4log2.

Cependant, les essais cliniques de Kim et al. (2008) ont suggéré que chez le canard,

une protection complète est atteinte pour un taux d’anticorps plus bas que chez le

poulet. Il a été démontré récemment, par une analyse bayésienne des résultats

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sérologiques d’une étude de terrain menée par le CIRAD dans le nord du Viêt Nam,

dans les provinces de Bắc Giang et Hà Tây, que le seuil de positivité correspondant à

une dilution de 1/8, soit un taux d’anticorps dit de 3log2, est plus adapté pour le

canard (Desvaux S., communication personnelle) ;

- Le test ELISA (Enzyme linked Immunosorbent Assay), basé sur la diffusion du sérum sur

une surface recouverte d’antigènes viraux. La liaison entre ces antigènes et les

anticorps du sérum est ensuite mise en évidence par l’ajout anticorps se liant

spécifiquement aux anticorps IgY et couplés à une enzyme dont la présence est

détectée par une réaction spécifique.

1.1.6 Prévention et contrôle de la maladie

Il n’existe aucun traitement contre l’IAHP chez les volailles, et étant donné le risque posé par

la maladie pour la santé humaine, la seule option recommandée est l’abattage de l’animal

atteint suivie de la destruction de sa carcasse.

La prévention de l’introduction de l’IAHP dans un élevage avicole se décline en un certain

nombre de mesures de biosécurité listées par l’OIE (2009b) dont voici les principales:

- Eviter les contacts entre les oiseaux d’élevages et l’environnement, notamment la

faune sauvage, et particulièrement les oiseaux aquatiques ;

- Contrôler l’origine et l’état sanitaire des oiseaux achetés et appliquer une quarantaine

lors de l’introduction d’oiseaux dans une bande ;

- Prévenir l’introduction de matières contaminées par les humains visitant l’élevage

grâce à des mesures de décontamination et des tenues vestimentaires adaptées ;

- Eviter le retour d’oiseaux vivants, commercialisés dans un marché ou abattoir, dans

leur élevage d’origine ;

- séparation des oiseaux par groupes d’âge et d’espèce.

En cas de déclaration de la maladie dans un élevage avicole, la recommandation de l’OIE,

appliquée dans presque toutes les situations, est l’abattage total des oiseaux de l’élevage

suivi d’un procédé de décontamination adapté.

1.2 La panzootie d’IAHP de 2003 et ses conséquences

1.2.1 Chronologie de la panzootie

Il est maintenant communément admis que l’ancêtre des souches de virus H5N1 à l’origine

de l’épizootie d’Asie du Sud-Est de 2003-2004 est apparu en Chine, dans la province de

Guandong en 1996 et a d’abord été isolé chez des oies. Il est pour cette raison noté

A/goose/Guandong/1/1996.

D’après la FAO (Organisation Mondiale de l’Agriculture) (2011) et Dominguez et Dufour

(2005b) ce virus a occasionné de nombreux foyers d’IAHP en Chine de 1997 à 2001 avant de

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provoquer, à partir de 2002, une panzootie qui s’est d’abord répandue dans l’Asie de l’Est et

du Sud-Est à Hong-Kong en 2002, puis en 2003 en République de Corée, aux Japon, Viêt

Nam, Cambodge, Laos, Thaïlande, Malaisie et Indonésie avant de gagner en 2005 l’Asie

centrale, touchant notamment Kazakhstan, puis la Russie, la Turquie et la Roumanie.

L’Afrique est touchée en 2006, la maladie ayant été signalée notamment au Nigeria et

d’autres pays du golfe de Guinée, puis en Egypte. D’après Eagles et al. (2009), l’expansion de

cette épizootie à une aussi large échelle, illustrée par la figure 3, a été grandement facilitée

par les flux commerciaux de volailles vivantes et la circulation humaine, bien que l’hypothèse

d’un rôle possible des oiseaux migrateurs, notamment dans sa propagation vers l’Asie

centrale puis l’Europe, ou de l’Afrique vers l’Europe ne puisse être totalement rejetée.

Figure 3 : Répartition des foyers d’Influenza Aviaire Hautement Pathogène en Afrique, Asie et

Océanie depuis 2004 jusqu’à 2011. Les ronds indiquent les cas d’IAHP d’oiseaux domestiques,

les triangles les cas d’IAHP d’oiseaux sauvages (source : FAO base de données Empres-I,

2011b).

Le virus H5N1 responsable de cette panzootie sans précédent est dit de génotype Z et

présente une propriété particulière : alors que toutes les souches responsables d’IAHP

étaient jusqu’alors connues pour causer une infection asymptomatique chez les oiseaux

aquatiques, le génotype Z possède une pathogénicité particulièrement élevée chez ces

espèces, même si le taux d’expression clinique et de mortalité restent moins élevés par

rapport aux gallinacés.

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Du fait de sa large répartition mondiale, la souche virale incriminée dans la panzootie a

évoluée en différentes lignées distinctes qui ont été appelées Clade. Dix clades ont été

recensés jusqu’à présent sans compter les sous-catégories (par exemple clade 2.1, 2.2,

2.3,…).

1.2.2 Maintien de l’IAHP et facteurs associés

D’après la FAO (2011a) Cette souche épizootique sévit toujours, à l’heure actuelle, de

manière enzootique dans au moins six États, l’Egypte, l’Inde, le Bangladesh, l’Indonésie, la

Chine et le Viêt Nam, et son éradication dans ces pays ne semble pas être envisageable

avant un certain nombre d’années, d’après les dernières prévisions. Les causes de la

persistance de la maladie dans ces pays sont diverses mais les principales raisons évoquées

sont : une forte densité de population humaine, des élevages avicoles très concentrés, avec

une prédominance des élevages dits de type villageois, à faible niveau de biosécurité, des

circuits commerciaux impliquant des marchés de volailles vivantes et des moyens limités des

services vétérinaires pour contrôler efficacement la maladie.

Des analyses spatiales menées par Gilbert et al. (2011) ont permis d’identifier la densité de

canards d’élevages comme le principal facteur déterminant les zones à risque de persistance

de l’IAHP, la densité de population humaine et de poulets d’élevages étant un facteur de

risque secondaire d’apparition de foyers au sein des zones à risque. Ces observations

confirment le rôle joué par les palmipèdes domestiques, déjà suspectés d’être un réservoir

silencieux de virus à IAHP en Asie du Sud-Est après plusieurs études expérimentales comme

celles de Hulse-Post et al. (2005) mettant en évidence une potentielle réversion de la

pathogénicité des souches de virus à IAHP chez le canard, et celles de Sturm-Ramirez et al.

(2005) démontrant une absence de pathogénicité pour le canard de certaines souches

incriminée dans la panzootie. Ce constat explique en partie le maintien de l’infection dans

des pays comme la Chine, le Viêt Nam et le Bangladesh qui présentent à la fois un fort

développement de l’élevage de canards et une forte densité de peuplement humain et

d’élevages avicoles, comme le montre la figure 4.

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Figure 4 : Cartographie du niveau de risque d’occurrence de l’Influenza Aviaire Hautement

Pathogène chez les volailles en Asie du Sud et du Sud-Est incluant les facteurs suivants :

densité de poulets domestiques, densité de canards domestiques, densité de peuplement

humain, présence d’élevages de canards (la barre de couleur est indicative de la gradation du

risque) (source : Gilbert et al. 2011).

En particulier, selon Gilbert et al. (2008) et Henning et al. (2009b), l’élevage de canards en

divagation sur les rizières fraichement moissonnées, qui est fortement pratiqué dans

certaines régions de la péninsule indochinoise, est un facteur de risque important de

circulation virale. En effet le virus subsistant relativement longtemps en milieu aquatique, le

pâturage de canards dans des étendues d’eau, comme ceux présentés par la figure 5 facilite

la contamination de l’environnement et la transmission à d’autres troupeaux.

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Figure 5 : Élevages de canards de la province de Nam Định dans le delta du fleuve Rouge au

Viêt Nam, élevés en pâturage sur surface inondée en espace limité par un filet (a) ou en

ouvert (b) (Photographies : Alexis Delabouglise, 2011).

a)

b)

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Martin et al. (2011) ont montré qu’en Chine, la densité de peuplement humain et de poulets

sont des facteurs de risque important d’apparition de foyers clinique, tandis que la densité

de canards et la proportion de surfaces recouvertes d’eau sont associées à la détection de

l’infection à l’IAHP par des tests systématiques dans le cadre d’une surveillance active. Cette

observation illustre bien les rôles respectifs des deux espèces : les palmipèdes domestiques

entretiennent silencieusement l’infection à l’IAHP, et ceux d’autant plus dans le cadre d’un

élevage en espace ouvert sur surfaces inondées, propice à une contamination de

l’environnement aquatique fréquenté par plusieurs troupeaux différents. Les poulets, eux,

révèlent la présence de l’infection en exprimant cliniquement les symptômes plus

intensément et plus fréquemment que le canard.

1.3 Le contrôle de l’IAHP par la vaccination

1.3.1 L’immunité vaccinale contre les influenzavirus chez les oiseaux

Les mécanismes de l’immunité vaccinale protégeant les oiseaux contre les infections aux

influenzavirus ont été résumés par Swayne et Kapczynski (2008) : l’immunité protectrice

mise en place suite à une infection à influenzavirus est encore mal connue, mais les vaccins

utilisés actuellement induisent une protection basée sur la réponse humorale, le retrait de la

bourse de Fabricius empêchant la mise en place de cette protection, comme démontré par

Chambers et al. (1988). Cette réponse humorale se caractérise par la production d’anticorps

IgY neutralisants dirigés contre l’hémagglutinine du virus considéré, prévenant ainsi la

liaison puis la pénétration du matériel viral dans la cellule. Cette immunité agit donc sur

plusieurs tableaux, en limitant le risque d’infection mais aussi en limitant la propagation de

l’infection au sein de l’organisme, l’expression de signes cliniques et l’excrétion du virus dans

l’environnement. Cependant, elle est spécifique de sous-type puisque les anticorps produits

se lient spécifiquement au type d’hémagglutinine de la souche utilisée pour produire le

vaccin.

D’autres études effectuées sur des modèles murins et résumées par Thomas et al. (2006) ont

cependant démontré un rôle non négligeable de l’immunité cellulaire dans le blanchiment

de l’organisme, notamment par l’action des lymphocytes T CD8+ cytotoxiques, qui induisent

l’apoptose des cellules exprimant des protéines virales au niveau de leur complexe majeur

d’histocompatibilité (CMH I) et en sécrétant des cytokines antivirales comme l’interféron ϒ.

Cette immunité cellulaire a l’avantage de ne pas être spécifique de sous-type puisqu’elle

repose sur la reconnaissance de protéines virales dont la structure est beaucoup plus

conservée d’un sous-type à l’autre. En revanche l’immunité cellulaire n’est pas

« stérilisatrice » puisqu’elle n’empêche pas l’infection de l’organisme. Des cas de protection

immunitaire croisée de poulets préalablement infectés par un virus H9N2 et présentant une

tolérance particulièrement élevée aux infections par H5N1 ont été rapportés à plusieurs

reprises, notamment en Israël par Khalenkov et al. (2008) et sont certainement liés à

l’immunité cellulaire.

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Par ailleurs une étude menée par Kim et al. (2008) suggère un rôle de l’immunité cellulaire

dans la protection vaccinale des canards, mais cette hypothèse reste à démontrer et

l’immunité humorale spécifique de sous-type reste le facteur prépondérant dans la

limitation de la transmission du virus induite par la vaccination.

1.3.2 Les différents types de vaccins disponibles, leurs modes d’action et

inconvénients

Swayne et Kapczynski (2008) et Peyre et al. (2008) ont fait une revue des différents types de

vaccins contre l’Influenza à destination des volailles actuellement disponibles sur le marché.

Ils sont divisés en deux types :

- Virus complets inactivés : ils sont produits en général à partir de virus appartenant à

une souche faiblement pathogène du sous-type viral considéré, ce qui facilite leur

manipulation en laboratoire. Ils sont cultivés sur œufs de poulets embryonnés et

inactivés par le formol ou la β-propiolactone. Ces vaccins sont adjuvés, la plupart du

temps avec de l’huile minérale (par exemple de la paraffine), et un minimum de 2

injections à au moins 3 semaines d’intervalle sont recommandées, par voie

parentérale (sous-cutanée ou intramusculaire) pour obtenir une immunité durable.

On distingue les virus inactivés homologues, c'est-à-dire portant même

hémagglutinine et même neuraminidase que le sous-type viral ciblé par la vaccination,

ou hétérologues, qui possèdent la même hémagglutinine mais une neuraminidase

différente. L’avantage de ces derniers est qu’ils permettent une stratégie DIVA

(Differentiating Infected from Vaccinated Animals) c'est-à-dire la différenciation entre

infectés et vaccinés par un test sérologique identifiant les anticorps dirigés contre la

neuraminidase de la souche vaccinale ;

- Vaccins recombinants : leur utilisation est basée sur l’insertion de matériel génétique

de la souche d’IAHP ciblée dans un virus vecteur n’ayant pas d’effet pathogène sur

l’organisme. trois vaccins IAHP recombinants à destination des volailles ont été

développés jusqu’à présent, dans des objectifs différents :

� Le vaccin recombinant fowlpox: il est basé sur l’insertion d’ARN de virus

influenza H5 ou H7 dans le virus de la variole aviaire du poulet dit fowlpox. Il a

été utilisé en Chine, au Mexique et au Viêt Nam sur des Poulets ;

� vaccin recombinant H5N1 Re 1 développé et testé par Tian et al. (2005) : Il a

été créé par technologie dite de génétique inverse, c'est-à-dire par insertion

dans un échantillon de virus H5N1 à IAHP de la souche

A/goose/Guandong/1/1996, de plasmides hébergeant des gènes de la souche

A/Puerto Rico/8/34 (PR8) faiblement pathogène et à croissance rapide. La

souche recombinante obtenue est à croissance rapide et faiblement

pathogène, ce qui rend sa culture aisée, tout en étant antigéniquement très

proche des souches hautement pathogènes circulant en Asie du Sud-Est. Elle

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24

est utilisée en vaccin après croissance sur œuf de poulet embryonné,

inactivation par le formol et ajout d’huile de paraffine comme adjuvant. Ce

vaccin a été utilisé à Hong-Kong, en République de Corée, en Chine, au Viêt

Nam et en Indonésie ;

� Le vaccin recombinant Newcastle-Influenza Aviaire, utilisé actuellement en

Chine : ce vaccin est basé sur l’insertion de matériel génétique de la souche

d’IAHP ciblée dans le virus de la maladie de Newcastle. Il permet une

immunisation simultanée contre les deux maladies.

1.3.3 Les objectifs de la vaccination contre l’IAHP

Les objectifs à atteindre et les conditions nécessaires préalables à l’implantation d’une

campagne de prophylaxie médicale contre l’IAHP ont fait l’objet d’études par Capua et

Marangon (2007), Dominguez et Dufour (2005a), Sims (2007) et reprises par Domenech et

al. (2009) pour établir les recommandations de l’OIE.

La vaccination peut être utilisée dans trois situations possibles :

- Dans un pays indemne d’IAHP, afin de protéger les secteurs d’élevage les plus à risque

d’introduction. On parle de prophylaxie médicale préventive. Elle n’est quasiment pas

utilisée à l’heure actuelle ;

- Lors de l’apparition d’une épizootie dans une région préalablement indemne. Il s’agit

alors d’une vaccination d’urgence qui se fait dans un certain rayon autour du ou des

foyers d’IAHP ;

- Dans une région d’enzootie, où la maladie se maintient malgré les mesures de lutte.

C’est ce dernier cas qui est étudié dans le présent ouvrage.

La mise en place d’une prophylaxie médicale pour combattre l’IAHP déjà présente sur le

territoire est recommandée dans des circonstances bien précises, correspondant à une

persistance de la maladie avec des répercussions lourdes pour la santé publique et

l’économie du pays, et une incapacité des services vétérinaires à contrôler la maladie par les

méthodes classiques de prophylaxie sanitaire telles que l’abattage total des volailles dans les

foyers d’IAHP, le contrôle des mouvements d’animaux et de leur commercialisation et

l’amélioration des pratiques de biosécurité des éleveurs. Dans cette situation, la vaccination

doit renforcer la protection des élevages, en s’ajoutant aux mesures de biosécurité. Elle a

donc un double objectif :

1. Limiter les pertes économiques des éleveurs et de l’État dans les régions touchées

par l’IAHP : dans les régions où l’IAHP est fortement présente et où une grande

partie des éleveurs ne possèdent pas les moyens de mettre en place des mesures

de biosécurité suffisantes, la probabilité d’infection des élevages est très haute.

Dans ces conditions une politique exclusive d’abattage total s’avère trop

pénalisante pour les producteurs et l’approvisionnement de la population en

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25

produits avicoles. De plus les mesures de compensations représentent un coût

prohibitif pour le gouvernement. La vaccination, en renforçant la protection des

élevages, amortit cet impact financier ;

2. Limiter l’impact de l’IAHP sur la santé publique : en effet, les infections humaines

surviennent très majoritairement par contact entre professionnels de l’élevage de

volaille et oiseaux domestiques infectés. En limitant la circulation virale dans la

population aviaire domestique, la vaccination a donc un effet protecteur sur la

santé humaine. Par ailleurs la limitation de cette circulation virale limite les

risques d’apparition d’un nouveau variant capable de transmission inter-humaine

et donc potentiellement responsable d’une pandémie aux conséquences

catastrophiques.

On peut donc bien parler de prophylaxie médicale offensive, mais l’objectif visé n’est pas

l’éradication de la maladie, cette dernière n’étant considérée possible que par la détection

précoce et la neutralisation des foyers d’IAHP. L’usage de la vaccination obligatoire

intervient donc dans des pays aux moyens économiques limités, avec des services

vétérinaires peu développés et où la limitation des pertes économiques pour les éleveurs et

l’État intervient prioritairement sur l’éradication de la maladie.

1.3.4 Historique de l’utilisation de la vaccination contre l’IAHP

D’après Swayne et Kapczynski (2008), les premières campagnes de vaccinations

systématiques contre l’influenza aviaire ont été menées au Mexique à partir de 1993, contre

une épizootie de virus de sous-type H5N2 hautement pathogènes et faiblement pathogènes,

et ont permis, selon Villarreal (2009), un contrôle rapide de l’IAHP. Par la suite, elle a été

utilisée au Pakistan, à partir de 1995 contre une épizootie de H7N3 hautement pathogène.

La première prophylaxie médicale de masse pour lutter contre l’épizootie d’IAHP à H5N1

d’Asie du Sud-est de 2003 a été mise en place dans la région administrative spéciale de

Hong-Kong en 2002, la vaccination ayant été rendue obligatoire pour toutes les volailles

élevées et vendues dans le territoire. Cette politique semble avoir porté ses fruits puisque

l’IAHP a disparu de la région, bien que des apparitions de foyers sporadiques aient été

signalées à partir de 2008. La vaccination obligatoire a été ensuite implantée en Indonésie

(2003), Chine (2004), Viêt Nam (2005), Russie (2006), Egypte (2006), Inde (2006), Pakistan

(2006). Les vaccins utilisés dans ces différentes campagnes ont été d’abord le vaccin inactivé

H5N2 produit au Mexique puis d’autres vaccins à virus entiers inactivés produits par la suite,

à H5N1, H5N2 ou H5N9. Le vaccin inactivé recombinant Re1 cité plus haut a été introduit par

la suite à Hong-Kong, en République de Corée, en Chine, au Viêt Nam et en Indonésie.

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26

1.4 Interrogations actuelles sur l’impact de la vaccination

1.4.1 Evolution et situation actuelle de l’IAHP dans différents pays en

fonction des mesures de contrôle implantées

D’après un état des lieux dressés par la FAO (2011a), parmi les pays ayant au recours à la

vaccination contre H5N1, seuls Hong Kong, le Pakistan et la Russie sont parvenus à éliminer

la maladie. La Russie présente des conditions environnementales défavorables à la

persistance du H5N1 et la zone de Hong Kong est avantagée par un nombre limité d’élevages

avicoles possédant des moyens financiers suffisants pour améliorer rapidement leur contrôle

sanitaire et leurs pratiques d’hygiène et de prévenir efficacement les introductions d’H5N1.

De ce fait le contrôle de l’IAHP y est nettement plus aisé.

En revanche, dans 4 pays ayant au recours à la prophylaxie médicale, la maladie se trouve

maintenant à l’état enzootique et son éradication ne semble pas envisageable à court terme.

Il s’agit de la Chine, du Viêt Nam, de l’Indonésie et de l’Egypte, ces deux derniers états ayant

présenté le plus grand nombre foyers aviaires et de cas humains d’IAHP en 2010, d’après la

banque de données de l’OIE (2011) et de l’Organisation Mondiale de la Santé (WHO, 2011).

D’après Peyre et al. (2009), les résultats limités du programme de contrôle de l’IAHP par la

vaccination en Egypte sont à attribuer en partie à des défauts majeurs dans la planification

des campagnes de vaccination, la coordination des services vétérinaires, ainsi qu’au niveau

de formation médiocre du personnel en charge de la vaccination, soupçonné de favoriser la

dissémination du virus d’un élevage à l’autre en raison d’un manque de respect des règles

d’hygiène. Bien que ces défauts soient corrigibles, ces résultats relativement décevants

mettent en doute l’utilité réelle de la vaccination de masse comme moyen de contrôle de

l’IAHP.

Les pays en développement ayant contrôlé l’épizootie d’IAHP de manière particulièrement

efficace y sont parvenus en général en s’appuyant sur un réseau de surveillance efficace

couplé à des mesures d’abattage total rapidement appliquées dans les foyers d’IAHP. En

Thailande, d’après Tiensin et al. (2007), le programme de lutte basé sur le renforcement de

la surveillance passive et active de la maladie, notamment par des tests de détection

systématiques sur les animaux avant leur commercialisation ainsi qu’un contrôle très strict

des mouvements d’animaux d’une province à l’autre a abouti à la quasi-éradication de la

maladie en seulement une année. Au Nigéria, d’après Obi et al. (2009), l’action du

gouvernement s’est particulièrement focalisée sur une campagne de communication très

active couplée à des mesures de compensation adaptées, permettant une coopération

optimale des éleveurs au programme de surveillance et aboutissant à l’éradication de l’IAHP

en 2 ans.

Il faut cependant signaler que la Thailande, bien que présentant des facteurs de risque

importants, avec une production importante d’oiseaux aquatiques associée à une densité

humaine élevée dans le centre du pays, dispose d’avantages évidents par rapport à d’autres

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27

pays d’Asie du Sud-Est, tels que des moyens financiers relativement importants ainsi qu’une

part importante du secteur avicole industriel à haut niveau de biosécurité.

1.4.2 Considérations actuelles sur l’utilisation de la vaccination

1.4.2.1 Un programme vaccinal à adapter à chaque pays et à

repenser régulièrement

Selon Domenech et al. (2009), la vaccination doit être impérativement couplée à un contrôle

basé sur la surveillance de la circulation virale de l’IAHP ainsi qu’une surveillance sérologique

des volailles basée sur des tests sérologiques réguliers sur un échantillon d’animaux de la

population ciblée afin d’évaluer l’efficacité et l’effet réel des campagnes vaccinales. Cette

surveillance couplée à la vaccination, effectuée régulièrement en Chine et au Viêt Nam, doit,

selon la FAO, permettre aux gouvernements de faire régulièrement le bilan des campagnes

vaccinales, identifier leurs points faibles ainsi que les secteurs à risque et, le cas échéant,

réadapter le programme vaccinal en tenant compte des observations rapportées. Une

option intéressante, afin de limiter les coûts financiers pour les États concernés, est de

limiter la vaccination des volailles aux populations les plus à risque, parce que localisées dans

des zones géographiques à forte circulation virale ou appartenant à des secteurs d’élevage

sensibles. Cette politique de ciblage des populations à risque a été adoptée en Chine et en

Indonésie puis plus tard au Viêt Nam.

1.4.2.1 Le risque d’infection silencieuse induit par la

vaccination

Cependant, beaucoup d’observations suggèrent un effet négatif de la vaccination sur la

sensibilité de la surveillance de l’IAHP. Certains essais cliniques en conditions contrôlées

comme ceux de Kim et al. (2008) et Pfeiffer et al. (2010) ont montré que sous certaines

conditions, notamment en cas de réponse immunitaire incomplète due à un sous-dosage ou

à un vaccin de qualité altérée, la vaccination favoriserait une infection sub-clinique à l’IAHP,

avec une symptomatologie absente ou fruste, et un taux de mortalité très bas dans

l’élevage, le virus passant alors inaperçu tout en étant excrété dans l’environnement par les

animaux porteurs sains.

Cette possible circulation silencieuse due à la vaccination est un des arguments majeurs en

défaveur de la vaccination mais son importance reste à démontrer par des études de terrain.

Selon Domenech et al. (2009), les États doivent redéfinir les critères de suspicion de l’IAHP

dans les élevages vaccinés en adoptant une définition plus large d’un cas et en abaissant le

seuil de mortalité permettant de suspecter l’IAHP, ce qui n’a pas été fait systématiquement,

notamment au Viêt Nam. Pour pallier le manque de sensibilité de la surveillance passive, une

surveillance active peut être initiée, mais elle ne peut être faite que sur un échantillon de la

population de volaille.

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28

1.4.2.2 La nécessité d’aboutir à une stratégie de sortie

Capua et Marangon (2007) ont souligné que la vaccination ne doit pas se concevoir dans une

optique de durabilité. Elle est mise en place dans l’objectif de limiter les conséquences

économiques et sanitaires de l’IAHP durant le temps nécessaire au développement des

services vétérinaires et à l’amélioration des pratiques du secteur avicole relatives à la

biosécurité. Une fois ce développement suffisant pour permettre d’envisager l’éradication

de la maladie, la vaccination doit être progressivement retirée du dispositif de contrôle.

Cependant, il est aussi envisageable que la vaccination ait un effet limitatif sur ce

développement des pratiques d’hygiène. On peut en effet raisonnablement penser qu’un

éleveur, se considérant comme protégé par la vaccination, est moins enclin à améliorer la

protection sanitaire de ses volailles par d’autres moyens.

1.4.2.3 Les contraintes posées par les dérives génétiques

Une autre contrainte liée à l’utilisation de la vaccination, soulignée par Swayne et Kapczynski

(2008) et Domenech et al. (2009), est la possibilité d’une émergence de nouvelles souches

sous l’effet de la pression vaccinale. Des souches mutantes antigéniquement éloignées de la

souche vaccinale et par conséquent non neutralisés par les anticorps induits par la

vaccination, peuvent être sélectionnés. Ce phénomène a été observé au Mexique, où une

souche mutante de H5N2 faiblement pathogène échappant à l’immunité vaccinale induite

par le vaccin inactivé H5N2 utilisé est progressivement devenue enzootique.

Cette possibilité de perte d’efficacité de la vaccination due à des dérives génétiques oblige

les États pratiquant la vaccination à maintenir une surveillance intensive de la circulation

virale et à séquencer régulièrement les virus isolés afin de détecter l’apparition de nouvelles

souches et de tester l’efficacité du vaccin utilisé sur celles-ci. Elle implique également que

ces États puissent, le cas échéant, remplacer le vaccin utilisé par un autre mieux adapté aux

nouveaux variants. Pour exemple, en Chine, d’après Swayne et Kapczynski (2008) et Chen

(2009), des variants de H5N1 échappant à la vaccination ont été détectés dès 2006 alors que

la vaccination n’y a été implantée qu’en 2004. La Chine dispose de moyens industriels

suffisants pour assurer son propre approvisionnement en vaccins et de nouveaux vaccins

recombinants incluant les antigènes des souches résistantes y sont régulièrement

synthétisés par technologie de génétique inverse. Cependant, il n’en est pas de même dans

d’autres pays comme le Viêt Nam qui est entièrement dépendant des apports de vaccins

synthétisés en Chine.

Bien qu’encore présenté comme la solution la plus adaptée aux pays les plus désavantagés

dans la lutte contre l’IAHP, l’usage de la vaccination de masse est donc de plus en plus remis

en question. Dans ce contexte, il apparaît fondamental de faire une évaluation exhaustive

des campagnes de vaccination afin de déterminer leur impact réel en termes de protection

des populations de volailles, de limitation de la circulation de l’IAHP et de conséquences

socio-économiques.

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29

2 Evaluer l’impact d’un programme de vaccination contre l’IAHP : revue des

outils et méthodes envisageables

La première étape d’une évaluation d’impact d’une campagne de vaccination est de lister les

outils et les méthodes d’évaluation utilisables dans le cas de la maladie étudiée, en

s’inspirant des approches appliquées dans d’autres évaluations semblables.

2.1 Les différents objectifs de l’évaluation d’une campagne de vaccination

L’impact de la vaccination peut se mesurer selon différentes approches:

- La capacité des campagnes vaccinales à conférer une couverture immunitaire protective

à la population ciblée. Le terme anglais utilisé pour caractériser cette approche est

« vaccination efficacy ». On utilisera ici le terme de protection vaccinale.

- L’impact réel de la vaccination sur l’épidémiologie du virus H5N1, son niveau de

prévalence ainsi que sa capacité de propagation. Le terme anglais utilisé pour

caractériser cette approche est « vaccination effectiveness ». On utilisera ici le terme

d’impact vaccinal.

- L’impact social de la vaccination : le comportement des éleveurs vis-à-vis de la maladie et

leur degré de coopération avec l’administration sanitaire du pays.

- L’impact économique doit être également évalué en estimant le coût engendré par la

mise en œuvre du programme vaccinale et à quels échelons ces charges sont supportées.

Seules les deux premières approches seront traitées ici, protection vaccinale et impact

vaccinal car elles seules sont directement en lien avec l’étude présentée par la suite.

2.2 Quels outils pour quels objectifs

2.2.1 Evaluation de la protection vaccinale

2.2.1.1 Les différents paramètres

L’évaluation de la protection vaccinale peut se faire par la mesure de quatre différents

paramètres :

- La couverture vaccinale : la proportion d’individus de la population cible qui ont été

vaccinés ;

- L’efficacité de l’injection vaccinale : elle correspond à la mesure du taux de

séroconversion (production d’anticorps dirigés contre H5) des oiseaux effectivement

vaccinés, un mois après la vaccination. Elle est indicatrice de l’efficacité de l’injection

vaccinale effectuée à induire une réponse immunitaire chez l’oiseau ;

- L’efficacité de la mise en œuvre de la vaccination : elle correspond à la mesure du taux de

protection de la population (couverture vaccinale réelle) avec la mesure du taux de

séroconversion d’un échantillon aléatoire représentatif de la population cible 1 mois

après vaccination ;

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30

- L’efficacité de la stratégie vaccinale : elle correspond à la mesure du taux de protection

par séroconversion de la population cible sur l’année entière (et non à un temps défini

après vaccination). Elle est donc indicatrice du niveau de protection réel conféré par la

vaccination.

2.2.1.2 Mise en œuvre pratique

La couverture vaccinale théorique doit se mesurer par des enquêtes réalisées directement

auprès des éleveurs, car les données officielles peuvent parfois être en contradiction avec la

réalité. Les mesures de taux de séroconversion doivent se faire au moyen de campagnes

dites de « surveillance sérologique », c'est-à-dire de prélèvements sanguins sur des

échantillons supposés représentatifs de la population de volailles de chaque province ciblée

par la vaccination. Ces prélèvements font l’objet d’analyses sérologiques, soit par ELISA soit

par Inhibition de l’Hémagglutination, visant à déterminer le taux d’anticorps dirigés contre

les antigènes des virus H5 présents chez l’animal prélevé.

2.2.1.3 Critères de protection

Il convient de déterminer une proportion seuil d’animaux positifs en sérologie pour

considérer la population cible comme protégée ou non. Ce seuil de protection dépend des

propriétés épidémiologiques propres de l’agent pathogène considéré mais aussi de la

population considérée, sa densité et sa fréquence de contacts entre individus. Le paramètre

considéré est le nombre de reproduction R0 qui correspond au nombre moyen d’infections

secondaires engendrées par un individu infecté dans une population non protégée. La

proportion d’individus protégés doit être égale à 1-1/R0 pour permettre le contrôle de la

maladie. Les études expérimentales ont démontré qu’une population de poulets pouvait

être considérée protégée à un seuil de 60% (Bouma et al., 2009) ce qui correspond à un R0

de 2,5. Cependant, une étude de terrain de Magalhaes et al. (2010b), conduite sur des

élevages Viêt Namiens non vaccinés infectés, a permis l’estimation d’un nombre de

reproduction réel R0 au sein d’un troupeau pouvant varier de 1 à 4.

Deux unités épidémiologiques peuvent être considérées :

- L’unité individuelle « oiseaux » ;

- L’unité « lot » qui est habituellement considérée protégée si le HIT (Herd Immunity

Threshold ou seuil de protection du troupeau) est atteint, à savoir si 70% des animaux

sont positifs et si le GMT (Geometric Mean Titer ou titre moyen géométrique) est d’au

moins 20. Ce critère a été utilisé la première fois de manière empirique par Ellis et al.

(2004) lors des premiers suivis sérologiques post-vaccinaux menés à Hong-Kong en 2002

et est depuis couramment utilisé lors des suivis sérologiques des campagnes de

vaccination IAHP. La proportion seuil de 70% est inspirée des normes européennes sur

les vaccins édictées par le Committee for Proprietary Medicinal Product (CPMP) (1997).

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31

2.2.2 Evaluation de l’impact vaccinal

2.2.2.1 Utilisation des données de la surveillance passive

Ces données reposent sur le décompte des foyers déclarés dans des élevages, suite à

l’apparition de la maladie. Elles permettent d’identifier la présence de l’agent pathogène

dans une zone donnée à un moment précis et d’étudier la propagation de l’épizootie. La

surveillance passive repose en général sur le report d’une suspicion d’infection d’un élevage

aux services vétérinaires par l’intermédiaire du vétérinaire local ou du Community Animal

Health Worker (CAHW). Les animaux suspects font ensuite en général l’objet d’un test de

confirmation. Les données de la surveillance passive sont en général faciles à obtenir si elles

font l’objet d’une centralisation au niveau national.

Différents paramètres visant à évaluer l’épidémiologie de la maladie peuvent être calculés

sur la base du report des foyers :

- Le nombre de reproduction R : il est calculé en général en faisant le produit du taux

de transmission par la durée de la période infectieuse de l’unité considérée observée

lors d’une épizootie. C’est un paramètre crucial pour évaluer la capacité de

transmission d’une maladie et pour juger si une épizootie est sous contrôle (R

inférieur à 1) ou non (R supérieur à 1). Ce paramètre a été utilisé par Mulatti et al.

(2010) pour évaluer l’impact de la vaccination contre une souche d’influenza aviaire

faiblement pathogène en Italie de 2000 à 2005, ainsi que par Perez et al., (2004) dans

l’évaluation de l’impact de la vaccination contre une épizootie de fièvre aphteuse en

Argentine en 2001, et enfin par Walker et al. (2010) et Minh et al. (2011) dans l’étude

de la propagation de l’épizootie d’IAHP au Viêt Nam, dans le nord du Viêt Nam et le

delta du Mékong respectivement. Les paramètres nécessaires à son calcul sont :

� Période infectieuse d’un foyer : bien qu’elle soit relativement aisée à estimer

au niveau individuel, en conditions expérimentales, son appréciation s’avère

beaucoup plus difficile sur des unités épidémiologiques plus grandes comme

les bandes d’oiseaux ou les communes puisque leurs périodes d’infection sont

influencées par différents facteurs comme la taille de la population d’oiseaux,

la probabilité de détecter la maladie dans l’élevage et le délais avant

d’implanter une mesure d’éradication de l’infection. La période d’infectiosité

est habituellement obtenue en déterminant le moment de l’infection et le

moment de l’abattage de la bande considérée. Le moment où la bande devient

infectieuse s’obtient en ajoutant le temps de latence, issu des données

expérimentales, au moment de l’infection de la bande ;

� taux de transmission : la principale contrainte dans le calcul de ce paramètre

est le besoin d’établir un lien entre l’infection de deux unités

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32

épidémiologiques, ce qui requiert une analyse spatio-temporelle. La première

nécessité est de localiser géographiquement les unités considérées soit grâce

aux données officielles soit au moyen de géo-référencement par satellite,

comme effectué par Minh et al. (2011). Mulatti et al. (2010) et Walker et al.

(2010) ont utilisé une fonction K pour décrire l’interaction spatio-temporelle

du risque d’infection et un modèle validé par une approche bayésienne pour

quantifier le taux de transmission et le nombre de reproduction. Perez et al.

(2004) ont utilisé le taux de croissance du nombre de foyers, combiné avec la

durée moyenne de la période infectieuse pour obtenir le nombre de

reproduction ;

- Facteurs de risque de déclaration d’un foyer : une autre possibilité est d’évaluer

l’impact de différents facteurs comme la vaccination sur le risque d’une unité

épidémiologique de déclarer un foyer, par exemple à travers une étude cas-témoin

comme celle de Henning et al. (2009a) dans le delta du Mékong. Il est possible

d’ajouter une composante temporelle en faisant une analyse de survie qui correspond

à la probabilité pour une bande d’animaux de rester non infectée durant un certain

délai, en fonction de différents facteurs temps-dépendants, comme la distance de

l’élevage infecté le plus proche. Un effet protecteur de la vaccination peut alors être

révélé par une augmentation de cette probabilité de survie. Cette méthode a été

appliquée par Busani et al. (2009) dans l’évaluation de l’impact vaccinal contre

l’influenza aviaire faiblement pathogène en Italie de 2000 à 2005. Récemment Martin

et al. (2011), pour évaluer l’impact de la vaccination contre l’IAHP en Chine, ont utilisé

une analyse spatiale du risque en étudiant l’influence du facteur vaccination sur la

probabilité de déclaration de foyers dans une province.

2.2.2.2 Utilisation des données de la surveillance active

Elles reposent sur les résultats d’études visant à évaluer la présence ou la prévalence d’une

maladie en recherchant directement l’agent pathogène sur un échantillon représentatif de la

population concernée. Dans le cas où le vaccin employé est synthétisé à partir d’une souche

hétérologue permettant ainsi une stratégie DIVA, la surveillance active peut s’effectuer par

des tests sérologiques réguliers sur un échantillon représentatif de la population de volailles.

Dans le cas contraire deux méthodes peuvent être retenues :

- La surveillance clinique et sérologique des « oiseaux sentinelles » : dans un

échantillon représentatif de lots de volailles, des oiseaux sont volontairement gardés

non vaccinés et font l’objet d’un suivi clinique et de tests sérologiques réguliers. Ces

oiseaux étant non vaccinés un test sérologique positif signe alors une infection. Cette

méthode a notamment été recommandée par la FAO pour la surveillance de l’IAHP

dans les pays utilisant la vaccination, d’après Domenech et al. (2009) ;

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33

- La détection directe du virus : elle consiste à diagnosticr l’infection virale à partir

d’écouvillons cloacaux ou oro-pharyngés par un isolement du virus vivant complétée

par un éventuel séquençage de son génotype, ou par une détection de l’ARN viral par

RT-PCR. L’inconvénient de la détection directe du virus est la nécessité, pour mettre

en évidence l’infection, d’effectuer le test durant la période d’excrétion virale dont la

durée est relativement limitée dans le cas de l’IAHP, 17 jours au maximum chez le

canard d’après Hulse-Post et al. (2005).

Par ailleurs 2 stratégies de surveillance sont possibles :

- Surveillance virale sur un échantillon représentatif d’élevages de volailles, de la région

concernée afin d’estimer la prévalence réelle de l’infection ;

- Surveillance virale ciblée sur les zones à risque de circulation virale, comme les marchés

de volailles vivantes ou les abattoirs (à risque en raison du fort taux de contacts entre

oiseaux de différents élevages), ou les élevages non vaccinés ou à faible niveau de

biosécurité afin d’augmenter la probabilité de détecter l’infection si elle est présente

dans la région. Ce type de surveillance ne permet pas d’estimer la prévalence réelle de

l’IAHP mais permet au moins de mettre en évidence l’existence de l’infection dans une

région avec le maximum de sensibilité, et les résultats peuvent être mis à profit comme

indicateurs du niveau de circulation virale permettant une comparaison entre zones

géographiques ou de suivre son évolution au cours du temps.

3 Evaluer l’impact de la vaccination contre l’IAHP au Viêt Nam : contexte,

résultats et limites des évaluations conduites jusqu’à présent

3.1 Le secteur avicole au Viêt Nam

3.1.1 Importance de la production avicole au Viêt Nam

Le Viêt Nam est un pays très densément peuplé, avec 87 millions d’habitants en 2010 pour

une superficie de 341 690 km² soit une densité de peuplement 2,3 fois plus élevée que la

France. Le PIB/habitant est de 1100 USD/hab, le revenu moyen est considéré comme étant

dans la moyenne inférieure selon les critères de la banque mondiale et l’espérance de vie est

estimée à 75 ans (World Bank, 2010).

D’après Desvaux et al. (2008), en 2006 70% de la population vivait en milieu rural. Le secteur

agricole, bien que ne représentant que 20% du PIB, employait les deux tiers de la population

active en 2007. La production agricole, essentiellement tournée vers la riziculture, est

principalement localisée dans les deux régions « paniers à riz » que sont le delta du fleuve

Rouge au nord et le delta du fleuve Mékong au sud.

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34

L’élevage avicole tient une place prépondérante dans l’agriculture vietnamienne. En 2006, 8

millions de fermes soit 90% des foyers ruraux, élevaient des volailles d’après Desvaux et al.

(2008). La production annuelle de volaille était alors de 321 890 tonnes de viande et 3,9

milliard d’œufs par an, et la population de volaille était évaluée à 214 millions de têtes, dont

73% de poulets, et 27% d’oiseaux aquatiques. Ces 60 millions d’oiseaux aquatiques d’élevage

sont principalement des canards domestiques et une minorité de canards de barbarie,

faisant du Viêt Nam un des premiers producteurs de canards mondiaux avec la Chine (les

deux pays représentent 70% de la production mondiale de canards) selon Schuft (2009).

3.1.2 Découpage administratif et services vétérinaires du Viêt Nam

Le Viêt Nam est découpé en 60 provinces et 5 municipalités, elles-mêmes découpées en

districts puis en communes, indiquées par la figure 6(b).

Les régions administratives, au nombre de 7, présentées par la figure 6(c), sont des

ensembles de provinces présentant des caractéristiques géographiques communes en

termes d’environnement, de densité de peuplement et d’aménagement du territoire.

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35

Figure 6 : Cartographie du Vietnam : topographique du Viêt Nam (a), carte des provinces du

Viêt Nam (b), carte des régions administratives du Viêt Nam (c).

(Source : Wikipedia. Provinces of Vietnam. http://en.wikipedia.org/wiki/Provinces_of_Vietnam)

a) Carte de la topographique du Viêt Nam

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36

b) Carte des provinces du Viêt Nam

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37

c) Carte des régions administratives du Viêt Nam :

A la tête des services vétérinaires se trouve le Département de la Santé Animale (DAH) basé

dans la capitale, Hanoi. Les responsabilités locales sont déléguées aux sous-DAH de chaque

province puis aux Services Vétérinaires de Districts (DVS).

3.1.3 Caractéristiques du secteur avicole au Viêt Nam

Les services vétérinaires Viêt Namiens utilisent généralement une classification des fermes

avicoles sous le terme de « secteurs », définis à la fois par le niveau de biosécurité (critères

FAO) et leur importance économique et numérique. Selon Desvaux et al. (2008) et les

données d’Agrifood Consulting International (2006) on en dénombre habituellement 4

auxquels s’ajoute, dans le cas du Viêt Nam, le secteur transhumant.

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38

- Le secteur 1 : ce secteur dit industriel intégré est caractérisé par des conditions

d’élevage intensives dans un objectif de commercialisation à grande échelle, souvent

destinée à la grande distribution ou à l’exportation. Ce sont en général des fermes de

très grande taille (plus de 2000 têtes par cycle de production) appartenant à l’État ou

à des groupes industriels étrangers. Selon les données de 2006, ces fermes

représentent moins de 0,1% des élevages et 18 à 20% de la production nationale de

poulets. La conduite d’élevage dans ces fermes obéit à des consignes d’hygiènes

standardisées et le niveau de biosécurité est très élevé ;

- Le secteur 2 : ce secteur dit commercial présente un niveau de biosécurité moyen à

haut, une logique de commercialisation par la grande distribution et une stricte

séparation des volailles de l’environnement (autres élevages et oiseaux sauvages) ;

- Le secteur 3 : ce secteur dit semi-commercial est caractérisé par un niveau de

biosécurité bas à minimal, des animaux ou produits d’animaux commercialisés dans

des marchés de volailles vivantes et un non respect de la stricte séparation des

oiseaux et de l’environnement ;

Les secteurs 2 et 3 représentent environ 10 à 20% des élevages de poulets et 25 à 30

% de la production nationale de poulets ;

- Le secteur 4 : ce secteur est dit villageois ou de basse-cour, et regroupe des fermes

de petite taille (moins de 50 têtes par cycle), avec un niveau de biosécurité minimal.

En règle générale, les volailles de secteur 4 sont élevées en divagation, sans apport

de nourriture spécifique. Ce secteur représente environ 80 à 90% des élevages de

poulets et aux alentours de 55% de la production nationale de poulets. ;

- Le secteur dit transhumant est un secteur particulier spécifique à l’élevage de

canard, qui est surtout représenté dans le sud du Viêt Nam, dans le delta du Mékong.

Les élevages de ce secteur sont de taille assez importante, de 200 à 400 animaux,

mais pouvant aller jusqu’à 3 000. Les canards sont changés de lieu de pâturage

régulièrement, suivant le rythme de la récolte du riz, qui varie d’une région à l’autre,

les canards pâturant dans les rizières à peine récoltées afin de profiter des restes des

moissons. Les élevages transhumants représentaient en 2006 plus de la moitié de la

population de canards d’après Schuft (2009). Du fait de leurs mouvements

importants, ils représentent un facteur de risque de dissémination d’agents

pathogènes dans l’environnement et dans les élevages avec lesquels ils entrent en

contact d’après Minh et al. (2010).

L’élevage des grands parentaux et parentaux et la production de poussins et de canetons de

1 jour sont assurés par des fermes d’état et des élevages industriels en nombre restreint ou

par des petits élevages commerciaux possédant un couvoir intégré. Cependant, beaucoup

d’élevage du secteur 4 fonctionnent majoritairement par auto-renouvellement de leur

cheptel.

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39

L’élevage avicole vietnamien se caractérise par une part importante des palmipèdes, en

grande majorité des canards et canards de Barbarie, qui représentent 25% des élevages

avicoles et une majorité d’élevages appartenant au secteur 4 dit villageois, avec des

conditions de biosécurité médiocres.

3.1.4 Particularités géographiques du secteur avicole au Viêt Nam

Selon Schuft (2009), l’élevage avicole est représenté dans tout le Viêt Nam mais présente de

fortes disparités spatiales. La densité d’élevages est la plus importante dans le delta du

fleuve Rouge et le delta du fleuve Mékong, les régions des hauts-plateaux du sud et des

montagnes du nord présentant les densités les plus faibles en élevages de volailles comme

illustré par la figure 7.

Par ailleurs, le sud du Viêt Nam se caractérise par une proportion plus importante d’élevages

industriels, commerciaux et semi-commerciaux par rapport au nord du pays. Comme

mentionné plus haut, l’élevage de canards transhumant saisonnier est pratiqué très

majoritairement dans la région du delta du Mékong.

Figure 7: Répartition spatiale des élevages de poulets (a) et de canards (b) au Viêt Nam

Chaque point représente un élevage. À gauche : industriels (en rouge) ou commerciaux

moyens (en vert). Au centre : petits commerciaux. À droite : villageois.

(source : Sims L.D. et Dung D.H. 2009)

a) Répartition spatiale des élevages de poulets

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40

b) Répartition spatiale des élevages de canards

3.2 L’épizootie d’IAHP au Viêt Nam

3.2.1 Chronologie de l’épizootie et situation actuelle de l’IAHP au Viêt Nam

L’épizootie d’IAHP à H5N1 a frappé le Viêt Nam en continu, de 2003 à 2010 avec quelques

vagues majeures de foyers localisées temporellement et spatialement, documentées par

Pfeiffer et al. (2007), Minh et al. (2009), et la FAO (2011a) et représentées par la figure 8:

- La première vague épizootique, de loin la plus destructrice, a eu lieu durant l’hiver

2003-2004, et a abouti à l’abattage de 40 millions de volailles, une destruction

massive voulue par le gouvernement afin d’enrayer sa propagation. Elle s’est

étendue tout le long de l’année 2004 occasionnant des cas sporadiques ;

- Une deuxième vague de foyers a eu lieu durant l’hiver 2004-2005, suivie de foyers

sporadiques tout le long de l’année 2005. Le nombre de cas humains d’IAHP atteints

en 2005 (61 cas dont 19 mortels) reste le plus élevé jamais atteint par un pays sur

une année ;

- Une troisième vague a frappé principalement le nord du pays à la fin de l’année

2005 ;

- Aucune vague épizootique majeure n’est survenue en 2006, et aucun cas humain n’a

été rapporté ;

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41

- Une quatrième vague épizootique, principalement localisée au sud du pays, est

survenue durant l’hiver 2006-2007, suivie de foyers sporadiques ;

- Une dernière vague majeure a frappé le nord du Viêt Nam en mai-juin 2007.

Tout au long de la période 2003-2007, les vagues de foyers successives ont progressivement

réduit en intensité : de 45 millions de poulets abattus pendant la première épizootie de

2003-2004, le Viêt Nam est passé à 99 000 lors de la quatrième vague de 2006-2007. Par

ailleurs le nombre de cas humains est passé de 61 en 2005 à 7 en 2010. Depuis, on observe

régulièrement l’apparition de foyers, regroupés principalement pendant la période hivernale

des festivités du Têt (nouvel an lunaire vietnamien) caractérisée par un important

mouvement de volailles destinées à la vente.

Figure 8 : Variation temporelle et répartition géographique de l’IAHP au Vietnam de2003 à

2010 (source : FAO 2011) :

a) Évolution du nombre de foyers déclarés d’IAHP au Viêt Nam entre 2003 et 2010 (le

nombre de foyers aviaires est indiqué en couleur rouge, le nombre de cas humains en

gris, le nombre de cas humains par année est indiqué en haut à droite). Nb : « Tet

période » fait référence à la période des festivités traditionnelles du Têt.

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42

b) Répartition du nombre de foyers d’IAHP localisés chez les volailles au Vietnam à

différentes périodes (chaque foyer est identifié par un point rouge)

L’IAHP est donc toujours présente dans le pays, subsistant à l’état enzootique, et la

population de canards d’élevage, très importante au Viêt Nam, est fortement soupçonnée

de jouer le rôle de réservoir du virus. La détection de la maladie est en effet beaucoup moins

aisée dans cette espèce souvent porteuse asymptomatique, et néanmoins excrétrice du

virus. De plus une augmentation du nombre d’infections déclarées dans des élevages de

canards sur le nombre total d’infections a été observée dans le nord entre 2004 et 2007,

passant de 30% à 70% d’après Walker et al. (2010) ce qui laisse à penser que, du fait des

mesures de contrôle et de surveillance, l’infection se maintient principalement dans les

populations dans lesquelles sa détection est la moins aisée.

Les principaux clades de H5N1 à l’origine des foyers d’IAHP identifiés au Viêt Nam ont été

récapitulés par Wan et al. (2008):

- Le clade 5 : a été identifié dans le nord en 2003 ;

- Le clade 1 : principal clade identifié lors des épizooties de 2003 à 2005. D’abord

localisé dans tout le pays, il a été progressivement supplanté dans le nord par les

clades 2.3.4 et 2.3.2 et semble désormais restreint au sud ;

- Le clade 2.3.4 : a fait son apparition dans le nord en 2007 ;

- Le clade 2.3.2 : est apparu dans le nord en 2005 et semble être désormais le clade

dominant dans le nord du pays, d’après Inui et Nguyen (2011).

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43

3.2.2 Impact sanitaire et socio-économique de l’IAHP au Viêt Nam

Depuis son apparition en 2003 jusqu’en 2010, l’IAHP a causé au Viêt Nam, d’après les

données de l’Organisation Mondiale de la Santé (WHO, 2011), 119 infections humaines dont

59 mortelles. La grande majorité de ces infections a eu lieu à la suite de contacts entre les

sujets et des volailles reconnues infectées, malades ou mortes.

Selon Schuft (2009) les conséquences économiques de l’IAHP se chiffrent à plusieurs

niveaux :

- Perte de production due à la maladie elle-même ainsi qu’à l’abattage massif des

volailles ;

- Perte de débouchés commerciaux du secteur volaille due à la méfiance des

consommateurs vis-à-vis des produits d’origine avicole, entrainant une diminution

des prix de vente ;

- Coûts liés à la mise en place des mesures de contrôle.

D’après le rapport d’Agrifood Consulting International (2006) le secteur le plus touché par

les premières épizooties, en termes de pourcentage de pertes de volaille, a été le secteur 3,

c'est-à-dire semi-commercial à faible niveau de biosécurité. Les éleveurs de ce secteur étant

pour la plupart spécialisés dans la production avicole qui représente un investissement

important pour eux, la destruction de leur élevage représente une perte économique grave,

et les débouchés commerciaux se sont considérablement réduits pour ces producteurs, en

raison de la fermeture des grands marchés de volailles urbains.

3.3 Les mesures de lutte contre l’IAHP introduites au Viêt Nam

Selon Taylor et Dung (2007) pendant la première vague épizootique, les mesures de contrôle

se sont principalement focalisées sur une politique d’abattage particulièrement agressive,

avec la destruction de tous les cheptels de volaille dans un rayon de 5 km autour de chaque

foyer déclaré. L’indemnité versée aux propriétaires des élevages détruits était de 5000 VND

(environ 17 centimes d’euro) par volaille abattue, ce qui ne couvrait qu’une faible part de la

valeur réelle de l’animal, le prix moyen de la viande étant estimé aux alentours de 10 000

VND/kg pour les poulets et 15 000 VND/kg pour les canards par Agrifood Consulting

International (2006) (pour référence 1 EUR = 30 000 VND environ).

D’après Taylor et Dung (2007), Schuft (2009) et Sims et Dung (2009), de 2004 à 2007,

d’autres mesures de lutte ont été introduites :

- L’obligation pour les éleveurs de déclarer le mouvement d’un troupeau de volailles

d’une province à l’autre aux services vétérinaires ;

- Les mesures d’abattage d’urgence ont été peu à peu allégées, avec l’abattage des

oiseaux limité aux seuls élevages déclarés infectés et une restriction des mouvements

de volailles dans les autres élevages de la commune. Par ailleurs, le niveau des

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44

indemnités a été progressivement augmenté pour atteindre maintenant 70% de la

valeur commerciale de l’animal abattu. Cependant, en fonction des provinces, le

montant réel de cette compensation et son délai avant versement restent aléatoires ;

- Dans les 15 villes les plus importantes du pays, la vente de volailles vivantes a été

interdite, afin de limiter les flux et échanges commerciaux d’oiseaux vivants ainsi que

les contacts entre humains et volaille ;

- la couvaison d’œufs de palmipède a été totalement interdite en 2005, en raison du

risque majeur présenté par l’élevage d’oiseaux d’eau. Cette interdiction a été ensuite

levée en 2007. Cependant un grand nombre de reproducteurs de canards ont

continué leur activité illégalement pendant la période d’interdiction ;

- L’amélioration des pratiques d’élevage a été encouragée par des campagnes

d’information, en vue d’augmenter le niveau moyen de biosécurité des fermes de

volailles.

A ces mesures de contrôle s’est rajoutée l’instauration de la vaccination obligatoire à partir

de 2005.

3.4 Description du programme de vaccination obligatoire

NB : les informations suivantes proviennent directement d’entretiens avec des représentants

du Département de la Santé Animale (DAH) basé à Hanoi.

Les campagnes nationales de vaccination obligatoire ont été introduites en 2005, et ont

constitué jusqu’en 2011 l’investissement majeur au Viêt Nam dans la lutte contre l’IAHP.

3.4.1 Zones géographiques concernées

Initialement, la vaccination de masse a été implantée dans l’ensemble du pays, chaque

province étant chargée de définir les zones ciblées, sur la base de critères de risque

préalablement établis par le Département de la Santé Animale, comme la densité de volaille,

la présence d’étendues d’eau, la proximité des axes de circulation et la détection antérieure

de foyers d’IAHP. Par la suite, en 2009, la vaccination a été réduite aux régions les plus à

risque, principalement dans le delta du fleuve Mékong, le delta du fleuve Rouge et la partie

littorale du pays, comme l’illustre la figure 9.

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45

Figure 9 : Carte figurant les provinces faisant l’objet du plan

de vaccination obligatoire à partir de 2009 (en rouge). Les

provinces les plus à risque figurent en rouge foncé (source :

Van Dang Ky, 2010).

3.4.2 Espèces et types de production concernées

Dans les zones concernées, la vaccination est obligatoire pour les canards et les poulets, et le

programme vaccinal est exactement identique pour les deux espèces quel que soit le type de

production (œufs ou volaille de chair) et l’étage de la filière (production, parentaux et

grands-parentaux).

Cependant, les poulets de chair à cycle très court ne sont normalement pas inclus dans la

campagne étant donné la période restreinte entre l’âge requis à la vaccination (15 jours) et

la date de leur abattage (45 jours), sans compter la durée nécessaire au développement de

leur immunité. En revanche, les poulets de chair à période plus longue (2 à 3 mois) sont eux

vaccinés.

Les canards de Barbarie, dont la population est relativement importante, ont été pendant un

temps exclus de la vaccination afin d’être utilisés comme oiseaux sentinelles permettant de

révéler l’infection lors du passage du virus dans une zone donnée. Cependant, le programme

vaccinal a finalement été étendu à cette espèce à partir de 2007.

Les autres espèces de volailles telles les oies et les cailles n’ont pas été inclus dans le

programme vaccinal car leur nombre est considéré comme négligeable.

3.4.3 Organisation pratique

Les élevages de plus de 2000 têtes (secteur 1 et 2) sont tenus d’acheter eux-mêmes leurs

vaccins et de mettre en place leur propre programme vaccinal. Pour les éleveurs de moins

de 2000 têtes (secteur 3 et 4), dont les moyens financiers sont considérés comme plus

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46

limités, l’achat du vaccin et la vaccination sont pris en charge par l’État dans le cadre des

campagnes nationale ayant lieu 2 fois par an.

Les campagnes se déroulent normalement pendant les périodes d’Octobre à Décembre et

d’Avril à Juin. Le Département de la Santé Animale (DAH), est responsable de l’organisation

de la vaccination à l’échelle nationale, la tâche étant déléguée localement aux sous-

départements de la Santé Animale de chaque province puis aux autorités vétérinaires de

chaque district. Dans chaque commune, des Agents Communautaires de Santé Animale

(CAHW) rémunérés par l’état pour ces missions ponctuelles, sont en charge de la réalisation

de la vaccination dans chaque élevage concerné, comme celle représentée en figure 10.

Figure 10 : Visite d’un élevage de canards de la région du delta du fleuve rouge afin de

vacciner les animaux dans le cadre de la campagne nationale de vaccination (photographie :

Phan Dang Thang, 2009).

3.4.4 Vaccins employés

Les vaccins achetés par l’État sont des vaccins H5N1 inactivés fabriqués en Chine. De 2005 à

2010 le principal vaccin utilisé a été le vaccin recombinant Re1 décrit plus haut, développé et

testé par Tian et al. (2005). Il a été créé par insertion, dans un échantillon de virus H5N1 à

IAHP de la souche A/goose/Guandong/1/1996, de plasmides supportant des gènes de la

souche A/Puerto Rico/8/34 (PR8) faiblement pathogène et à croissance rapide. Le vaccin est

développé par croissance du virus recombinant obtenu sur œuf de poulet embryonné,

inactivation par le formol et ajout d’huile de paraffine comme adjuvant. Sa proximité

antigénique et son effet protecteur ont été démontrés expérimentalement contre les

principales souches circulant au Viêt Nam par Tian et al. (2005) puis Pfeiffer et al. (2010)

chez les poulets et les canards. Le vaccin Re 1 est utilisé chez les deux espèces. Son

administration se fait par voie parentérale, sous-cutanée ou intramusculaire. Il nécessite une

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47

seule injection chez le poulet à et deux injections à un mois d’intervalle chez le canard. La

durée de l’immunité induite par ce vaccin a été évaluée par Tian et al. (2005) à 10 mois chez

le poulet et 12 mois chez le canard en conditions expérimentales, ce qui suppose que la

vaccination soit renouvelée une fois par an sur chaque animal. En pratique, elle est faite sur

tous les animaux de plus de 2 semaines durant chacune des deux campagnes annuelles. 3

semaines sont nécessaires au développement de l’immunité vaccinale.

Lors des premières campagnes, en 2005, un vaccin inactivé développé en Chine à partir

d’une souche faiblement pathogène H5N2 a été utilisé afin de permettre une stratégie DIVA,

tandis que le Re1 H5N1, considéré comme plus efficace, était réservé aux canards.

Cependant, en raison de difficultés logistiques liés à l’utilisation de deux vaccins différents,

ce vaccin a été retiré au profit du seul vaccin Re1. Des vaccins H5N2 inactivés sont encore

utilisés dans les secteurs de production 1 et 2.

Des vaccins recombinants dits H5 fowlpox, développés à partir du virus de la variole du

poulet, ont été également utilisés chez les poussins gallinacés de 1 jour destinés à la

production de chair, principalement dans le secteur commercial et industriel et ne

représentent donc qu’une faible part des vaccinations.

Un vaccin inactivé développé à partir d’une souche faiblement pathogène de H5N9 a été

également utilisée chez le canard de Barbarie.

Il est donc remarquable que la plupart des vaccinations utilisent un vaccin homologue H5N1

et ne permettent donc pas de stratégie DIVA par test sérologique.

Récemment, la Chine ayant stoppé sa production de vaccins recombinants Re1, celui-ci a été

remplacé par le vaccin recombinant Re5 dont la souche est produite par génétique inverse

d’un virus sauvage de clade 2.3.4. L’apparition d’un nouveau clade, le 2.3.2.B dans le nord du

Viêt Nam pose un sérieux problème de compatibilité antigénique puisque les essais cliniques

ont démontré une efficacité faible du vaccin Re5 contre ce nouveau clade, d’après les

recherches récentes d’Inui et Nguyen (2011).

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48

3.5 Les évaluations de la vaccination conduites au Viêt Nam

NB : Les résultats chiffrés sont présentés avec leurs intervalles de confiance à 95% entre

parenthèses.

3.5.1 Les différents programmes de suivi et d’évaluation de la vaccination

3.5.1.1 La surveillance passive

Au Viêt Nam, la surveillance passive repose sur l’observation par l’éleveur d’une maladie

causant un taux de mortalité anormalement élevé dans l’élevage (au moins 10%). Cet

évènement doit faire l’objet d’une déclaration au vétérinaire référent de la commune, qui

est un technicien de santé animale privé percevant une rémunération de l’état pour ses

missions régaliennes. Il doit transmettre aux autorités la notification de la suspicion qui est

ensuite confirmée ou infirmée au moyen d’un diagnostic par RT-PCR ou isolement viral,

techniques recommandées par l’OIE (2009a). Cette détection est éventuellement complétée

par une isolation du virus vivant en vue d’un séquençage de son génotype. La surveillance

passive est supervisée par le Département de la Santé Animale.

Plusieurs évaluations de la vaccination ont été conduites sur la base de l’analyse spatio-

temporelle des foyers déclarés d’IAHP par Walker et al. (2010) dans le nord du Viêt Nam et

Minh et al. (2011) dans le delta du Mékong. Une étude cas-témoins a également été

effectuée par Henning et al. (2009a) pour identifier les facteurs de risque de déclaration d’un

foyer dans le delta du fleuve Mékong.

3.5.1.2 La surveillance active

En ce qui concerne la surveillance active de l’IAHP au Viêt Nam et du suivi de protection

post-vaccinale des élevages par surveillance sérologique, différents programmes de

surveillance ont été financés et dirigés par différents organismes :

- Le programme VAHIP (Viêt Nam Avian and Human Influenza control and

preparedness Project), est financé par la banque mondiale et a été mis en œuvre en

coopération entre la FAO et le Département de la Santé Animale entre 2008 et 2011

dans 11 provinces du sud, centre et nord du pays ;

- Le programme GETS (Gathering Evidences for a Transitional Strategy) est un programme

conduit par la FAO en coopération avec le Département de la Santé Animale dans 5

provinces du sud, centre et nord du pays où la vaccination est soit totalement supprimée

soit conduite uniquement dans les élevages de canards. Le programme de surveillance

mis en place visait à détecter une éventuelle augmentation de la circulation virale suite à

ce retrait partiel ;

- Un suivi longitudinal dans 4 provinces du sud du Viêt Nam a été conduit par l’ACIAR

(Australian Center for International Agricultural Research) comprenant à la fois

surveillance sérologique et virale au niveau des élevages de canards ;

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49

- Une surveillance transversale spécifique conduite dans 2 provinces du nord du Viêt Nam

a été conduite par le CIRAD (Centre International de Recherche Agronomique pour le

Développement) comprenant à la fois surveillance sérologique et virale au niveau des

élevages de volailles.

Ces programmes se font toujours en collaboration avec les services vétérinaires vietnamiens,

les sous-départements de la santé animale mettant à disposition leurs agents pour les

campagnes de prélèvement, comme illustré par la figure 11.

Figure 11 : Prélèvements sanguins et cloacaux effectués par des agents vétérinaires de

province dans la région du delta du fleuve Rouge dans le cadre d’un programme de

surveillance active (Photographie : Marisa Peyre, 2010).

3.5.2 Les résultats des évaluations de la vaccination obtenus

3.5.2.1 La protection vaccinale

Les investigations de terrain ont établit les résultats suivants :

- Le niveau de protection atteint dans la population de volailles ciblée est toujours

inférieur au niveau requis de 60 % pour stopper une épizootie. Un taux de

protection des volailles inférieur à 20% a été relevé dans le nord par Desvaux et al.

(2010).

Plusieurs facteurs peuvent expliquer ce constat :

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50

� Une couverture vaccinale limitée :

• Le pourcentage d’animaux effectivement vaccinés pendant les campagnes est

trop bas, ce qui peut être attribué à un manque de moyen ou de personnel

des services vétérinaires ;

• Le renouvellement du troupeau entre deux campagnes de vaccination : les

animaux vaccinés sont en partie vendus et remplacés par de nouveaux

animaux naïfs. Le taux de renouvellement est particulièrement élevé dans les

élevages semi-commerciaux de volaille de chair dont les animaux ont un

cycle de vie très court (au maximum 3 mois pour les poulets alors que la

vaccination se fait tous les 6 mois) ;

� Un taux de séroconversion limité chez les animaux vaccinés :

En réalité, la proportion incomplète d’animaux vaccinés explique seulement

partiellement le faible niveau de protection atteint. Même au sein de la

population effectivement vaccinée, le niveau de séroconversion observé est plus

bas qu’attendu selon les données expérimentales. Dans le delta du Mékong,

Henning et al., 2010 ont mesuré un taux de protection des oiseaux vaccinés de

54,3% (52,1 – 56,9) grâce à un suivi longitudinal sur une année complète et dans

le nord c’est un taux de 26,8% (25,2 – 28,4) qui a été relevé par Desvaux et al.

(2010) dans la population vaccinée au moyen d’un suivi du mois de décembre au

mois de juin. Selon cette même étude, un taux d’immunisation optimal est

obtenu dans le mois suivant la vaccination, cependant ce taux décroit très vite,

dès le deuxième mois. Les possibles explications de ce constat sont:

• Le protocole vaccinal est inadapté à l’espèce : seulement une dose injectée

alors que deux sont nécessaires chez les canards ;

• La dose vaccinale utilisée est trop basse ;

• La technique d’injection est inadaptée entrainant une mauvaise absorption du

produit ;

• Le vaccin est sous-dosé ;

• La qualité du vaccin est médiocre, en raison de mauvaises conditions de

transport ou de stockage ;

• La présence de maladies concomitantes limite la réponse immunitaire des

animaux ;

• Il est important de rappeler que le niveau de séroconversion est plus bas chez

certaines espèces en réponse à un même protocole vaccinal. C’est

notamment vrai chez les canards pour lequel le seuil de positivité de 3log2

serait plus adapté, comme démontré par les analyses de Stéphanie Desvaux

sur le résultat de la surveillance sérologique effectué par le CIRAD ;

- Les travaux de Stéphanie Desvaux ont également montré que l’efficacité de la

vaccination varie en fonction des secteurs, les meilleurs résultats semblant être

obtenus dans les élevages semi-commerciaux de volailles pondeuses et les élevages

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51

villageois. Ce résultat confirme le fait que les élevages spécialisés en volailles de

chair, sont pénalisés par un renouvellement rapide de leurs bandes, sans parler des

élevages de chair à cycle court (45 jours) qui, eux, ne sont pas vaccinés. Les oiseaux

de chair vaccinés sont gardés durant un temps court avant d’être vendus et

remplacés par des jeunes non immunisés, et ce avant le démarrage de la campagne

de vaccination suivante (Stéphanie Desvaux, communication personnelle) ;

- De plus, les mêmes résultats indiquent que dans les élevages de plus grande taille, le

taux d’échec vaccinal est moins élevé que dans les élevages de plus petite taille,

probablement en raison d’une technicité et d’un niveau d’investissement plus élevé

des éleveurs semi-commerciaux dans la conduite de la vaccination par rapport aux

éleveurs villageois. Pour les propriétaires d’élevages conséquents, les volailles

représentent en effet un investissement majeur et les éleveurs sont donc à plus

concernés par la protection sanitaire de leur cheptel. Enfin, les oiseaux élevés en

plein air présentent un taux de séroconversion significativement plus bas que les

oiseaux gardés en bâtiments, ce qui peut être attribué à une pression microbienne

plus importante en extérieur (Stéphanie Desvaux, communication personnelle).

En bilan, il apparaît que l’efficacité de la stratégie vaccinale au Viêt Nam reste limitée.

Cependant, le taux d’immunisation des volailles, même faible, peut potentiellement

contribuer à limiter l’expansion du virus.

3.5.2.2 L’impact vaccinal

- Henning et al. (2009a) ont démontré par une étude de terrain cas-témoins effectuée

dans le delta du fleuve Mékong que l’absence de vaccination ou une vaccination

incomplète de l’élevage sont les principaux facteurs de risques de déclaration d’un

foyer d’IAHP. Les foyers d’IAHP sont très majoritairement déclarés dans des élevages

non vaccinés. Cependant, cela ne signifie pas forcément que le virus ne circule pas,

étant donné le lien soupçonné entre vaccination et sous-déclaration ;

- Les analyses spatio-temporelles des foyers déclarés entre 2004 et 2007 ont donné les

résultats suivants :

� Une diminution de 55% du taux de transmission inter-commune consécutive à

la mise en place de la vaccination a été estimée par Walker et al. (2010) ;

� En revanche, la durée de la période d’infection de chaque commune ayant

déclaré un foyer aurait augmenté, de 5,9 jours à 9,1 jours en moyenne selon

Walker et al. (2010). Il en résulte que les vagues d’épizootie tardives comme

celle de 2007 sont d’intensité moindre mais de durée plus longue que les

précédentes. L’hypothèse formulée pour expliquer ce phénomène est que le

taux de détection des foyers a diminué suite à l’implantation de la vaccination.

Ce résultat est en faveur d’une augmentation de la « circulation silencieuse »

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52

de l’IAHP, suggérée par les observations expérimentales de Kim et al. (2008) et

Pfeiffer et al. (2010) ;

- le virus H5 a été identifié par Henning et al. (2010) dans des fermes vaccinées sans

pour autant induire de signes d’infection visibles, supportant l’hypothèse d’une

infection silencieuse favorisée par une immunité sous-optimale. Cependant, ce lien

n’est pas encore clairement démontré puisqu’il existe des souches faiblement

pathogènes de H5, notamment les virus H5N2 ;

- Les résultats de la surveillance des marchés de canards vivants effectuée dans le

cadre des programmes VAHIP et GETS ont été présentés par CarriqueMas (2011a) et

Weaver (2011) dans le cadre de l’atelier de partage d’informations sur l’IAHP ayant

eu lieu à Hanoi (1-2 juin 2011). Bien que non représentatifs de la prévalence réelle,

ils démontrent l’importance de la circulation de H5N1 à bas bruit chez les canards

domestiques, aussi bien dans le nord, le sud et le centre du pays, la prévalence de ce

virus ayant été estimée à près de 10% dans certaines provinces sur des échantillons

regroupés par pools de 5 animaux ;

- Le virus H5N1 a également été identifié par le programme VAHIP (Weaver J.,

communication personnelle) sur les volailles importées illégalement de Chine: une

prévalence de plus de 8% sur des échantillons regroupés par pools de 5 animaux et

prélevés sur les volailles de contrebandes interceptées dans la province frontalière

nord de Lạng Sơn en 2010. Ce résultat indique un rôle non négligeable des

mouvements d’animaux transfrontaliers dans la persistance de l’IAHP,

potentiellement à mettre en lien avec l’apparition fréquente de nouveaux clades

dans le nord du Viêt Nam, comme le 2.3.4 et plus récemment le 2.3.2 (Ken Inui,

communication personnelle).

Au bilan, il apparaît clairement que le virus H5N1 circule à bas bruit dans la population

aviaire domestique aussi bien dans le nord, le sud et le centre du pays, malgré le programme

de vaccination. Cependant, l’impact de la vaccination sur cette circulation est peut-être réel

mais apparait difficile à mettre en évidence.

3.5.3 Les limites des méthodes utilisées dans le contexte du Viêt Nam

3.5.3.1 L’influence des autres facteurs influençant l’évolution

de l’épidémiologie du virus

Comme signalé par Domenech et al. (2009), en plus de la difficulté à étudier l’épidémiologie

du virus, il est difficile d’attribuer un quelconque changement observé à la vaccination,

compte tenu de l’influence des autres mesures de lutte introduites et de l’amélioration des

pratiques d’élevages relatives à la biosécurité qui ont, eux aussi, probablement modifié

l’épidémiologie du virus. Selon Schuft (2009) l’épizootie d’IAHP a en effet provoqué des

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53

changements profonds dans les pratiques d’élevage, comme l’augmentation de la pratique

de la quarantaine lors de l’introduction d’un oiseau dans un élevage, ou la limitation des

contacts entre les oiseaux et le milieu extérieur.

Une possibilité serait de faire une analyse spatiale au lieu d’une comparaison temporelle,

semblable à celle effectuée récemment en Chine par Martin et al. (2011) en recherchant une

éventuelle corrélation entre le niveau de protection vaccinale mesuré par la surveillance

sérologique et l’importance de la circulation du virus H5N1 (mesurée par la probabilité

d’apparition d’un foyer ou quantification de la circulation par la surveillance active).

Cependant, d’autres facteurs de risque spatiaux rentrent en jeu comme les pratiques

d’élevages et la densité de la population de canards, qui influencent fortement

l’épidémiologie de H5N1 et varient entre provinces.

3.5.3.2 Les limites de la surveillance passive au Viêt Nam

La surveillance passive souffre d’un manque de sensibilité très important, le taux de

déclaration d’une infection étant considéré comme médiocre. Les raisons de cette sous-

déclaration sont multiples. En voici les principales :

- L’infection par un virus causant l’IAHP ne déclenche pas nécessairement un tableau

clinique typique avec plus de 10% de mortalité. l’expression clinique peut être fruste

et non repérable par l’éleveur ou le vétérinaire. Comme explicité plus haut, c’est

particulièrement vrai dans le cas des infections des palmipèdes d’élevage comme les

canards qui représentent 25% des élevages de volailles. Par ailleurs Kim et al. (2008)

ont démontré que les différents génotypes viraux induisent des taux de morbidité

variables. Enfin, l’immunité induite par la vaccination est fortement suspectée de

favoriser un portage et une excrétion asymptomatique du virus, comme décrit plus

haut ;

- La signalisation par l’éleveur d’un taux de mortalité anormalement élevé dans son

élevage est loin d’être systématique. Selon Walker et al. (2010) et Taylor et Dung

(2007) l’indemnité théorique perçue par l’éleveur équivalente à 70% de la valeur de

l’animal est en réalité soumise à des aléas dans son montant et le délai de son

versement. Des investigations de terrain montrent qu’en règle générale l’éleveur est

peu enclin à coopérer avec les services vétérinaires officiels. Le vétérinaire référent

de la commune sert bien souvent d’intermédiaire entre les éleveurs et le

gouvernement et son choix de rapporter ou non la suspicion résulte d’un compromis

entre respect de la loi et protection des intérêts économiques des éleveurs

(Stéphanie Desvaux, communication personnelle).

Les analyses spatio-temporelles visant à évaluer le nombre de reproduction R se heurtent

également au problème de la détermination de la période infectieuse d’un foyer. En effet,

seule la date de déclaration du foyer est rapportée dans les données officielles.

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54

3.5.3.3 Les limites de la surveillance active au Viêt Nam

Les programmes de suivi post-vaccinal de la population d’oiseaux se heurtent à de

nombreuses difficultés concernant la surveillance de la circulation virale :

- L’usage des oiseaux sentinelles est difficile à mettre en place sur le terrain, car il

implique de pouvoir certifier qu’un groupe d’oiseaux est bien maintenu non vacciné,

identifié et gardé au sein de la bande. Les éleveurs sont très souvent réticents à

accepter cette vaccination incomplète ou à tolérer des individus « à risque », puisque

non vaccinés, dans leur bande (CarriqueMas J., Schauer B., communication

personnelle). De plus, si la sérologie permet de déterminer le sous-type de l’infection

avec une spécificité relativement bonne, elle ne permet pas de distinguer une

infection à souche hautement pathogène, seule capable de causer l’IAHP, d’une

infection à souche faiblement pathogène. Or le sous-type H5 inclut les deux types de

souches. Cette distinction peut se faire par l’observation clinique des animaux mais,

comme démontré plus haut, l’expression des symptômes d’IAHP peut être

extrêmement fruste voire inexistante chez le canard ;

- La détection directe du virus souffre, elle aussi, d’un manque de sensibilité. En effet la

période d’excrétion du virus par les oiseaux infectés est très courte, n’excédant

jamais 17 jours, ce qui limite fortement la probabilité de détecter le virus en cas

d’infection d’un élevage. Ce problème est d’autant plus marqué dans les élevages

vaccinés que l’immunisation vaccinale, même incomplète, peut diminuer la durée de

la période infectieuse et la quantité de virus excrété, selon les essais cliniques de

Pfeiffer et al. (2010), Van der Goot et al. (2008), Kim et al. (2008), et Middleton et al.

(2007) ;

- Une autre difficulté du suivi post-vaccinal est de certifier le statut de l’élevage,

vacciné ou non-vacciné. Théoriquement, tous les élevages de poulets et de canards

sont supposés être vaccinés et bien souvent, les éleveurs, de peur des pressions

exercées par les services publics, hésitent à signaler une bande non vaccinée.

3.5.4 Perspectives

L’évaluation de l’impact de la vaccination contre l’IAHP à H5N1 au Viêt Nam semble donc

soumise à de nombreuses difficultés d’ordre technique et méthodologique. Les questions

essentielles restant à explorer sont les suivantes :

- Quels sont les facteurs qui influencent le plus l’efficacité de la vaccination ? Quels

sont les effets relatifs des différents acteurs de l’administration sanitaire (province,

district, commune) et de l’implication de l’éleveur lui-même (variation entre élevages

d’une même zone) ? Cette analyse permettrait de savoir à quel niveau intervenir

pour améliorer la protection vaccinale ;

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- Quel est l’impact réel de la protection vaccinale des élevages sur la prévalence de

l’infection virale (symptomatique ou sub-clinique) ? Cet effet doit être distingué de

celui des autres mesures de contrôle implantées à l’échelle nationale (limitation des

mouvements d’animaux, surveillance et éradication des foyers) et locales

(amélioration de la biosécurité des élevages) ;

- Quel est le lien entre immunité sous-optimale des élevages et présence

« silencieuse » du virus (infections subcliniques) ? Le développement d’une immunité

partielle suite à la vaccination augmente-t-elle la circulation virale en raison d’une

diminution du taux de détection ?

L’étude présentée ici se propose d’élaborer une méthodologie et d’apporter une réponse à

la deuxième question au moyen d’une comparaison de résultats de différents programmes

de suivi sérologique et surveillance virale post-vaccinale doublée d’une synthèse et d’une

analyse de ces résultats.

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57

DEUXIÈME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL

1 Matériel et méthodes

1.1 Elaboration d’une nouvelle approche pour évaluer l’impact vaccinal

1.1.2 Une analyse spatiale

L’approche envisagée dans cette étude est une évaluation de la corrélation spatiale entre le

niveau de protection conféré par la vaccination aux populations de volailles et le niveau de

circulation virale évalué par différents indicateurs.

Cette méthode s’inspire en partie des travaux menés en Chine par Martin et al. (2011) qui

ont évalué le lien entre probabilité de détection d’un foyer d’IAHP par surveillance passive

ou la probabilité de détection d’un virus à IAHP par la surveillance active dans chaque

province et le taux de séroconversion des populations de volailles quantifié par suivi

sérologique dans ces mêmes provinces. Il est ressorti des résultats, testés par analyse de

variance ANOVA, que les provinces où étaient détectées les infections à IAHP par

surveillance active ou passive présentaient des taux de séroconversion significativement plus

bas, ce qui suggère un effet protecteur de la couverture immunitaire vaccinale vis-à-vis du

risque d’occurrence de foyers et de circulation silencieuse de l’IAHP dans le contexte chinois.

Ce type d’analyse spatiale permet d’éviter le biais d’une étude temporelle : comparer

l’épidémiologie de l’IAHP avant et après implantation de la vaccination est en effet possible

mais il serait difficile d’attribuer avec certitude l’observation d’un changement dans

l’épidémiologie du virus à la vaccination en raison de l’effet des aux autres mesures de

contrôle ou des changements des pratiques d’élevage ayant eu lieu dans le même intervalle

de temps.

1.1.3 L’utilisation d’un nouveau paramètre pour évaluer la circulation

virale

Afin de limiter les biais liés à l’effet de facteurs spatiaux autres que l’immunité vaccinale

influençant l’épidémiologie de l’IAHP, il a été décidé d’utiliser un nouvel indicateur spatial de

la circulation des virus H5 : la probabilité qu’une infection à influenzavirus de type A

détectée dans la population de volaille dans une zone donnée soit due à un virus H5. L’usage

de ce paramètre s’appuie sur deux hypothèses :

- La vaccination a un pouvoir protecteur dirigé spécifiquement contre les virus de sous-

type H5. A l’appui de cette hypothèse il est communément admis, comme expliqué

plus haut, que la protection vaccinale est fondée sur la production d’anticorps dirigés

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58

contre l’hémagglutinine des virus influenza et qui n’agissent donc que contre un type

d’hémagglutinine d’après Swayne et Kapczynski (2008) ;

- Sans vaccination, la proportion de virus de sous-type H5 sur tout l’ensemble des virus

de type A serait constante spatialement, puisque les autres facteurs spatiaux agissent

sur tous les virus influenza A sans distinction de sous-type. Cette hypothèse est, en

revanche, difficile à vérifier avec les données disponibles actuellement.

Dans cette étude, la corrélation spatiale entre la répartition des infections à virus influenza

type A dues à un virus H5 ou non dues à un virus H5 et le niveau de protection induit par la

vaccination a été évaluée au moyen d’une régression logistique faite à l’aide d’une fonction

du logiciel R.

1.1.4 La combinaison de différentes études menées précédemment

L’autre idée principale est de développer la problématique de l’analyse spatiale à une

échelle géographique très large, en l’occurrence le pays tout entier. Pour des raisons

financières et logistiques, il apparait difficile d’envisager une campagne de prélèvements

dans des provinces très éloignées géographiquement dans un pays d’une superficie de

331 690 km2. En revanche, le travail présenté ici ayant été réalisé en 2011 et la vaccination

étant implantée depuis 2005, il apparaît tout à fait envisageable d’utiliser les résultats

d’autres études menées antérieurement et dans des zones géographiques variées.

1.2 Les différentes étapes de l’analyse

La première étape de l’étude a donc été la revue systématique de toutes les recherches

existantes ou ayant existé portant sur l’évaluation du programme de vaccination au Viêt

Nam, à partir de différentes sources :

- Données de la littérature et de la littérature grise ;

- Lecture de rapports de présentations de résultats provenant de différents

programmes de recherche menés au Viêt Nam ;

- Entretiens individuels avec des chercheurs travaillant sur le sujet et des responsables

officiels du Département de la Santé Animale ;

- Participation à un atelier de partage d’informations sur l’état des connaissances

actuelles de l’IAHP au Viêt Nam, qui s’est déroulé du premier au 2 juin 2011 à Hanoi,

organisé conjointement par le Département de la Santé Animale et la FAO et intitulé

« Recent advances in the knowledge of the epidemiology of HPAI in Viêt Nam and

identification of research priorities ».

La seconde étape a été la sélection des études pouvant être intégrées dans l’analyse. Cette

opération de sélection basée sur des critères spécifiques est décrite plus bas.

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59

La troisième étape a été le classement des différentes études selon leurs objectifs. Pour les

besoin de mon analyse, un des deux objectifs suivants devait être recherché :

- Évaluation de la prévalence virale réelle ou d’un indicateur de la circulation virale ;

- Évaluation du taux de séroconversion post-vaccinal dans la population de volailles.

La quatrième étape a été, pour chaque objectif poursuivi la synthèse des différentes

hétérogénéités entre les études, c'est-à-dire les différences tant du point de vue du contexte

que du matériel ou de la méthode. Cette étape est cruciale dans la mesure où ces études ont

été mises en place et conduites indépendamment par des acteurs différents et dans des

contextes différents. Il importe donc de discuter les résultats obtenus à la lumière des

hétérogénéités entre études, celles-ci pouvant introduire un biais limitant les possibilités de

comparaison ou de combinaison des résultats.

La cinquième étape a été l’analyse des résultats de toutes les études, avec deux objectifs :

- une comparaison du niveau de protection vaccinale et du niveau de circulation virale

entre les zones étudiées.

- une évaluation de l’impact vaccinal par la méthode décrite plus haut.

1.3 Les études sélectionnées pour être utilisées dans l’analyse

1.3.2 Revue des différentes études pouvant être utilisées

La sélection des études à inclure potentiellement dans l’analyse s’est basée sur des critères

très simples, à savoir que toutes les études devaient avoir au moins un des objectifs

suivants :

- Evaluer l’efficacité de la stratégie de vaccination à conférer une couverture

immunitaire à tout ou partie de la population aviaire d’une zone considérée du Viêt

Nam ;

- Evaluer la prévalence de l’infection à l’IAHP, aux virus H5N1 ou H5 ou plus largement

aux virus influenza type A dans une zone donnée du Viêt Nam, ou quantifier un

indicateur de leurs niveaux de circulation.

Les études basées sur le décompte des foyers déclarés ou l’usage d’oiseaux sentinelles ont

été exclues de l’analyse. Le nombre de foyers rapportés dans une zone donnée n’est pas

représentatif du niveau de circulation virale du fait de l’importance de la circulation à bas

bruit, et l’usage des oiseaux sentinelles a été jugé peu fiable par les acteurs, chercheurs et

fonctionnaires, interrogés sur la question, comme évoqué plus haut.

Les études incluses dans l’analyse sont présentées en annexe 1 , 2 et 3. Les objectifs de

chacune d’elles sont résumés ici :

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60

- Évaluation de la première et seconde campagne de vaccination : il s’agit d’une

analyse conduite par Taylor et Dung (2007) et ayant fait l’objet d’un compte rendu

destiné à la FAO afin de dresser une première évaluation de la vaccination contre

l’IAHP en utilisant les données rassemblées par le Département de la Santé Animale

provenant des suivis sérologiques et de la surveillance virale conduits dans tout le

pays après les deux premières campagnes de vaccination de fin 2005 et début 2006 ;

- Programme VAHIP : VAHIP (Viêt Nam Avian and Human Influenza Control and

Preparedness Project) est un programme financé par la Banque Mondiale, initié en

2008 et encore en cours actuellement. Son principal objectif est l’amélioration de la

compréhension de l’épidémiologie de l’IAHP au Viêt Nam par une surveillance virale

conduite dans différents lieux considérés comme à risque de circulation virale et

l’évaluation de l’efficacité des campagnes vaccinales par une surveillance sérologique

au niveau d’un échantillon représentatif d’élevages de volailles. Il est implanté dans

11 des provinces concernées par la vaccination obligatoire et réparties sur tout le

pays (nord, sud et centre du Viêt Nam). Les résultats ne sont pas publiés mais ont été

en partie présentés par Weaver (2011) à l’atelier de partage de connaissance d’Hanoi

du 1 au 2 juin 2011. Les résultats utilisés dans cette étude ont été collectés en 2009

et en 2010;

- Programme GETS : GETS (Gathering Evidences for a Transitional Strategy) est un

programme conduit par la FAO depuis fin 2009 à 2011. Il a été mis en place

consécutivement à un retrait partiel de la vaccination dans 5 provinces, à partir

d’octobre 2009 : un arrêt de la vaccination des poulets dans 4 provinces (2 du delta

du fleuve Rouge et 2 du delta du Mékong) avec quelques exceptions comme le

maintien d’une vaccination dans les fermes villageoises ou les élevages de poules

pondeuses dans certaines provinces, et un arrêt pour toutes les espèces dans

quelques districts de la province de Quảnh Bình, dans le centre du Viêt Nam. Le but

du programme de surveillance est d’évaluer une possible augmentation du risque

pour la santé publique en raison d’une augmentation du niveau de circulation virale.

Les résultats ne sont pas publiés mais ont été en partie présentés par CarriqueMas

(2011a, 2011b) à l’atelier de partage de connaissance d’Hanoi du 1 au 2 juin 2011;

- Programme de surveillance du CIRAD : c’est un programme spécifique dirigé par le

Centre International de Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD) en

coopération avec l’Institut National de Recherche Vétérinaire (NIVR) basé à Hanoi,

conduit de 2008 à 2010 dans deux provinces du nord du Viêt Nam, Hà Tây et Bắc

Giang, et en 2011 dans la province de Thái Bình, également dans le nord du pays. Les

deux suivis ont été faits dans des buts différents : le suivi de Hà Tây et Bắc Giang a

été conçu dans le but de mesurer la couverture immunitaire conférée à la population

de volailles et ses facteurs de variation, ainsi que de détecter les infections aux virus

influenza au niveau des élevages et d’en étudier les facteurs de risque. L’étude de

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61

Thái Bình a été conçue pour évaluer la corrélation entre immunité sous-optimale des

élevages de canards et risque d’infection sub-clinique à l’IAHP ;

- Programme de surveillance de l’ACIAR : Il s’agit d’une enquête conduite par

l’Australian Centre for International Agricultural Research (ACIAR) en 2007 et 2008.

Son objectif était d’évaluer l’efficacité des campagnes de vaccination et le niveau de

circulation virale chez les canards domestiques du delta du fleuve Mékong par un

suivi longitudinal d’un échantillon d’élevages de canards de 4 différentes provinces

de la région, combinant la surveillance sérologique d’oiseaux vaccinés et d’oiseaux

sentinelles gardés non vaccinés dans chaque bande et une détection directe de

l’infection.

Pour récapituler, les investigations menées dans le cadre des différentes études peuvent

donc bien se classer en fonction des 3 objectifs poursuivis :

- Quantification du niveau de séroconversion induit par les campagnes de vaccination

par des tests sérologiques sur un échantillon de volailles issues d’un échantillon

d’élevages. En l’occurrence le test utilisé a toujours été l’inhibition de

l’hémagglutination (HI) ;

- Recherche des infections virales à virus H5N1, H5 ou Influenza type A, en l’occurrence

toujours par RT-PCR, sur un échantillon de volailles issues d’un échantillon

d’élevages ;

- Recherche des infections virales à virus H5N1, H5 ou Influenza type A, en l’occurrence

toujours par RT-PCR, sur des volailles prélevées aléatoirement dans des lieux

considérés comme étant à haut risque de circulation virale, comme les marchés de

volailles vivantes ou les abattoirs. Ces lieux sont considérés à risque en raison du

fort taux de contacts entre oiseaux de différents élevages.

Les figures 5, 6 et 7 précisent la localisation des différentes études. Les annexes 1, 2 et 3

détaillent les caractéristiques de chaque investigation, permettant une comparaison et une

évaluation de leur fiabilité et de leurs hétérogénéités.

1.3.3 Détermination des études à inclure dans l’analyse

Sur la base de l’analyse des caractéristiques de chaque étude, il a été décidé d’exclure les

résultats de l’évaluation de la première et seconde campagne de vaccination pour les raisons

suivantes :

- La taille de l’échantillon est trop basse : 3 élevages visités par district pour la

surveillance sérologique, un seul élevage par district pour la surveillance virale.

Selon Taylor et Dung (2007), ces tailles sont suffisantes pour estimer le niveau

d’immunisation atteint pour le pays tout entier avec une précision relativement

élevée puisque la taille d’échantillon est dans ce cas assez grande mais à l’échelle de

la province cette précision s’avère trop faible ;

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62

- Aucun argument ne permet de certifier que la sélection des élevages visités s’est faite

aléatoirement ;

- Pour ce qui est de la surveillance virale, il existe un écart important entre le nombre

d’échantillon théoriquement prévu et le nombre réellement prélevé pour chaque

espèce, ce qui signifie que la procédure d’échantillonnage prévue n’a pas été

respectée.

En bref, il existe beaucoup d’incertitudes dans la façon dont l’enquête a été conduite, et les

résultats souffrent d’un manque de précision, ce qui laisse planer de sérieux doutes quant à

leur comparabilité avec ceux des autres études.

En bilan, cinq études ont donc été incluses :

- VAHIP

- GETS

- CIRAD (Bắc Giang et Hà Tây)

- CIRAD (Thái Bình)

- ACIAR

1.4 Analyse des données

Les classements et recoupements des données ont été faits au moyen des logiciels Excel

2007 et Access 2007. Les tests statistiques cités, les tests du X² et les régressions logistiques

ont été faits au moyen du logiciel R. les cartes présentées dans le présent ouvrage ont été

réalisées au moyen du logiciel Quantum-GIS 1.6.0.

Toutes les données chiffrées sont indiquées accompagnées de leurs intervalles de confiance

au risque α = 5%.

2 Résultats

2.1 Evaluation de la protection vaccinale

2.1.1 Hétérogénéités entre études

3 études parmi celles qui ont été sélectionnées donnent une indication de la protection

vaccinale dans les provinces où elles ont été menées. L’annexe 1 récapitule leurs

caractéristiques et la figure 12 indique leurs localisations.

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63

Figure 12: Carte représentant les provinces ayant fait l’objet d’un suivi surveillance

sérologique d’une des 3 études sélectionnées VAHIP en 2009 et 2010, CIRAD en 2008-2011 et

ACIAR en 2007-2008 au Viêt Nam.

Voici les principales hétérogénéités mises en évidence :

- L’espèce ciblée par l’étude : le programme VAHIP et CIRAD (Bắc Giang et Hà Tây)

ciblent toutes la population d’oiseaux concernée par la vaccination (Poulets,

canards, canards de Barbarie). Le projet CIRAD (Thái Bình) s’est focalisé sur les

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64

élevages de canards à cycle long, c'est-à-dire les canes pondeuses. L’étude ACIAR a

ciblé les élevages de canards et canards de Barbarie. Des poulets en divagation au

contact des élevages ont également été inclus mais ils ne sont pas représentatifs de

la population réelle de poulets ;

- La conception de l’étude: L’étude ACIAR est un suivi longitudinal, ce qui implique que

les mêmes élevages ont été visités lors de chaque campagne de prélèvement, même

si des remplacements d’élevages ont eu lieu au cours de l’étude. Dans chaque

élevage des canards et poulets sentinelles gardés ont été gardés non vaccinés, ce

qui modifie artificiellement la couverture vaccinale de la population suivie. C’est

pourquoi cette étude ne peut être utilisée pour mesurer la couverture immunitaire

de la population mais uniquement le niveau de séroconversion parmi les vaccinés et

les non vaccinés séparément. L’étude du CIRAD (Thái Bình) a été un suivi

longitudinal, même si de nombreuses bandes ont été remplacées au cours du suivi.

Cependant, aucun oiseau sentinelle n’a été utilisé. Les deux autres investigations,

VAHIP et CIRAD (Bắc Giang et Hà Tây) ont utilisé une enquête transversale en faisant

une nouvelle sélection des bandes d’oiseaux échantillonnées à chaque campagne de

prélèvement ;

- Méthode d’échantillonnage : dans chaque étude, la procédure d’échantillonnage a

été basée sur les mêmes principes : un échantillonnage à plusieurs degrés incluant

une sélection primaire des communes ou des districts d’étude dans chaque province

considérée suivie d’une sélection aléatoire secondaire des élevages suivis dans

chaque unité primaire, enfin une sélection aléatoire des oiseaux dans chaque

élevage. Cependant, quelques différences sont à noter:

� La sélection des communes ou districts : pour l’étude VAHIP, 27 communes ont

été sélectionnées aléatoirement en sélection primaire dans chaque province.

Dans le cas des études CIRAD, les communes d’étude ont été sélectionnées sur

des critères de risque de circulation de l’IAHP, évalué entre autres par le nombre

de foyers déclarés antérieurement. En ce qui concerne l’étude ACIAR, les

districts d’étude ont d’abord été sélectionnés sur des critères de risque de

circulation de l’IAHP. Une primo-sélection des villages inclus dans l’étude a été

opérée par la suite en appliquant une probabilité de sélection proportionnelle

au nombre d’élevages compris dans chaque village ;

� La sélection des élevages : dans toutes les études, elle était supposée être faite

de manière aléatoire parmi une liste d’élevages jugés accessibles selon les

responsables des sous-départements de la Santé Animale de chaque province,

au sein des unités primaires préalablement désignées. Dans les études CIRAD et

ACIAR, la sélection a été faite par les responsables des études eux-mêmes.

cependant, dans le cas de VAHIP, ce sont les responsables des sous-

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65

départements de la Santé Animale eux-mêmes qui ont fait la sélection. D’après

le responsable du programme VAHIP (Weaver J., communication personnelle),

cette sélection est probablement biaisée, les responsables ayant inclus

préférentiellement les élevages vaccinés dans l’échantillon. Dans le cas de

l’étude ACIAR, un nombre fixe de 5 élevages ont été échantillonnés dans chaque

village présélectionné, alors que dans les études VAHIP et CIRAD, les élevages

ont été sélectionnés aléatoirement sur la liste des élevages accessibles de toutes

les communes présélectionnées ;

� Sélection des oiseaux : dans chaque étude, un nombre fixe de 10 à 15 oiseaux a

été sélectionné dans chaque bande choisie. La sélection des oiseaux s’est

toujours faite d’une façon communément considérée comme aléatoire par les

services vétérinaires vietnamiens : la bande est transférée d’un compartiment à

un autre sauf un groupe d’oiseaux de la taille voulue qui est retenu dans le

premier enclos ;

� Stratification : dans l’étude ACIAR, la procédure d’échantillonnage était

stratifiée de façon à ce que l’étude inclue un nombre égal d’élevages de chaque

catégorie de taille : élevages de 12 à 75 canards et élevages de 76 à 1000

canards. Ceci introduit un risque de surreprésentation d’une des deux

catégories aux dépens de l’autre, et aucune correction statistique de ce biais

n’est reportée. Dans l’étude CIRAD (Bắc Giang et Hà Tây), une stratification en

élevages villageois, semi-commerciaux de chair et semi-commerciaux de

pondeuses a été opérée, mais le nombre d’élevages sélectionnés dans chaque

strate était proportionnel au nombre d’élevages réel de ces strates. Dans les

deux autres études, l’échantillonnage s’est fait sans stratification ;

- Période d’échantillonnage : c’est une des principales différences entre études

considérées. Le suivi du programme ACIAR a été conduit sur toute l’année, à des

intervalles de temps réguliers, ce qui confère une bonne représentativité temporelle

aux résultats, tandis que les investigations CIRAD ont été conduites à intervalles

réguliers mais toujours limitées à la période de décembre à juin. Enfin les

campagnes de prélèvement VAHIP ont été faites un mois après chaque campagne

de vaccination en 2009 et 1 mois après une seule des deux campagnes en 2010,

c’est à dire au moment où le taux de séroconversion post-vaccinal est supposé

optimal, ce qui introduit un important biais de représentativité temporelle ;

- L’utilisation d’une correction statistique : concernant les investigations du CIRAD, la

correction statistique suivante des proportions d’oiseaux séropositifs dans la

population suivie a été appliquée :

� Chaque unité « oiseaux » a été pondérée par un facteur « poids

d’échantillonnage » égal à l’inverse de la probabilité de sélection de l’oiseau,

selon la méthode recommandée par Dohoo et al. (2003). Cette probabilité de

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66

sélection dépend de la taille de l’élevage, les oiseaux se trouvant dans un

élevage de plus petite taille ayant une probabilité plus importante d’être

sélectionnés. Ce facteur est donc calculé comme suit :

� L’écart type de chacune des valeurs, utilisé pour calculer l’intervalle de

confiance, a également fait l’objet d’une correction dite « robuste » destinée

à corriger l’effet cluster. L’effet cluster ici est directement lié à

l’échantillonnage à plusieurs degrés responsable d’une agrégation des

individus dans des groupes présélectionnés qui diminue la précision de la

mesure. Dans le cas de l’étude du CIRAD (Thái Bình) la correction a été faite à

l’aide d’une fonction du logiciel R décrite par Arai (2011).

En ce qui concerne l’étude ACIAR, les unités « oiseaux » ont été pondérées d’un

poids d’échantillonnage qui prend en compte uniquement la probabilité de sélection

de l’élevage en fonction du nombre d’élevages que compte le village présélectionné,

et la probabilité de sélection de l’oiseau lui-même. L’écart type a également été

corrigé pour cet « effet cluster » des bandes au sein des villages mais non celui des

oiseaux au sein des bandes.

En ce qui concerne l’étude VAHIP, aucune correction statistique n’a été appliquée ;

- Opérateur de terrain : dans chaque étude, les agents en charge de la visite des

élevages et des prélèvements sur les animaux étaient les agents vétérinaires des

sous- départements de la Santé Animale des provinces concernées ;

- Critère utilisé pour considérer un animal comme positif : dans toutes les études le

taux d’anticorps de l’animal dirigé contre l’hémagglutinine H5 a été mesuré par

Inhibition de l’hémagglutination (HI). Dans les études VAHIP et ACIAR la valeur seuil

de positivité considérée était une hémagglutination observée pour une dilution du

sérum à 1/16, ce qui correspond à 4log2. Dans les études menées par le CIRAD, ce

seuil a été reconsidéré, pour les raisons évoquées plus haut, et abaissé à 1/8, qui

correspond à 3log2, pour les canards. Pour éviter les biais de comparaison entre

études, les proportions d’oiseaux positifs ont été recalculées en utilisant toujours le

seuil de positivité de 1/16 soit 4log2 pour toutes les espèces. Malheureusement, les

résultats de l’enquête CIRAD (Bắc Giang et Hà Tây) sont présentés sans les

corrections statistiques évoquées plus haut ce qui induit un biais d’étude.

Taille du troupeau

Nombre d’oiseaux sélectionnés dans

le troupeau

Nombre d’oiseaux sélectionnés dans la

population considérée

Taille de la population considérée

X

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67

En considérant toutes ces hétérogénéités, il est difficile de décider si ces études sont bien

comparables entre elles ou non.

- Les résultats ACIAR et CIRAD concernant le taux d’immunité des populations de

canards vaccinées sont comparables entre eux. En effet, les populations de canards

ont été sélectionnées de façon similaire, par un échantillonnage aléatoire à deux

degrés dans les zones considérées comme les plus à risque. La comparaison ne peut

se faire que sur la population vaccinée, en raison de l’introduction des oiseaux

sentinelles dans l’étude ACIAR qui modifie artificiellement la couverture vaccinale.

Les différences suivantes doivent être prises en compte lors de la discussion :

� Les campagnes d’échantillonnage ont été faites sur des périodes différentes

de l’année ;

� Les corrections statistiques sont absentes dans le cas de l’étude CIRAD (Bắc

Giang et Hà Tây) ;

� Les corrections statistiques sont différentes entre l’étude CIRAD (Thái Bình) et

ACIAR ;

� l’étude CIRAD (Thái Bình) s’est focalisée sur les canes pondeuses, sans prendre

en compte les élevages spécialisés en canards de chair.

- En revanche les résultats de la surveillance sérologique VAHIP se prêtent

probablement peu à une comparaison avec les résultats des autres études. En effet,

les campagnes d’échantillonnage ont été faites 1 mois après chaque campagne de

vaccination. L’objectif de cette étude rentre plus dans le cadre d’une évaluation de

la mise en œuvre de la vaccination que dans celui d’une évaluation précise de la

couverture immunitaire de la population de volailles sur toute la période séparant

deux campagnes. Il a été décidé de comparer les résultats obtenus par VAHIP et

ceux des autres études dans des zones communes.

� Comparer les résultats obtenus par VAHIP dans les provinces du delta du

fleuve rouge (Hà Nội et Thái Bình) avec ceux du CIRAD dans les provinces de

Thái Bình et Hà Tây ;

� Comparer les résultats obtenus par VAHIP dans les provinces du delta du

fleuve Mékong (Đồng Tháp, Tiền Giang et Long An) avec ceux de l’ACIAR.

2.1.2 Comparaison des résultats des études

- Si on considère l’hypothèse que les taux d’immunisation devraient être similaires

dans toutes les régions du delta du fleuve rouge, du fait de la relative homogénéité

des contraintes environnementales et des pratiques d’élevage, alors il apparait

cohérent de faire une comparaison des résultats combinés du CIRAD (Bắc Giang et

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68

Hà Tây) et de VAHIP dans le delta du fleuve Rouge sur la période 2009-2010. Les

résultats sont les suivants :

VAHIP: 70,8 % (70,0 - 71,6)

CIRAD: 17,8 % (16,8 - 18,8)

Test du X²: on obtient une P value < 0,01 ;

- Il est possible de faire une comparaison plus précise au niveau des provinces

suivantes :

� Hà Nội: les provinces de Hà Nội et Hà Tây sont adjacentes et ont fusionné en

août 2008. Au moment des suivis sérologiques CIRAD et VAHIP de 2009-2010,

ces deux provinces étaient donc sous une administration vétérinaire

identique, et leurs élevages étaient donc vaccinés dans des conditions

similaires. Les pourcentages d’animaux séropositifs obtenus sont les

suivants :

VAHIP: 63,1 % (62,0 - 64,2)

CIRAD: 14,2 % (12,5 - 15,9)

Test du X²: on obtient une P value < 0,01 ;

� Thái Bình : Cette province a fait l’objet d’un suivi sérologique de la population

de canards domestiques par VAHIP en 2010 et par le CIRAD en 2011. Les

pourcentages d’animaux séropositifs obtenus sont les suivants :

VAHIP: 78,31 % (74,55 – 82,07)

CIRAD: 41,74 % (37,60 – 48,88)

Test du X² : on obtient une P value < 0,01.

Il apparait clairement que les populations investiguées par les deux programmes de

recherche ont fait l’objet d’une sélection différente. La différence significative de résultat

peut être attribuée à la sélection du programme VAHIP orientée sur la population vaccinée

1 mois après la campagne de vaccination.

Cette hypothèse peut être testée en utilisant les résultats de l’étude ACIAR qui comprend le

suivi sérologique des canards vaccinés à 3-6 semaines post-vaccination. Ces résultats

peuvent être comparés à ceux de VAHIP spécifiquement pour les canards dans les provinces

du delta du Mékong : Đồng Tháp, Tiền Giang et Long An. Il faut noter qu’il existe un biais de

comparaison puisque les résultats de VAHIP utilisés remontent à 2010 tandis que ceux de

l’ACIAR remontent à 2007-2008.

Résultats :

Taux de séroconversion des canards à 3-6 semaines post-vaccination selon les résultats

ACIAR : 57,3 % (54,6 – 60,0).

Taux de séroconversion des canards suivis par VAHIP dans le delta du Mékong : 67,6 % (66,0

– 69,2).

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69

Test du X² : on obtient une P value < 0,01.

Les résultats sont significativement différents mais l’écart est plus réduit.

En utilisant uniquement les résultats de VAHIP dans la province de Đồng Tháp qui est en

commun entre les deux programmes, le résultat suivant est obtenu :

Taux de séroconversion des canards à 3-6 semaines post-vaccination avec les résultats

ACIAR : 57,3 % (54,6 – 60,0).

Taux d’immunisation de la population de canards dans la province de Đồng Tháp mesurée

par VAHIP : 60,4 % (57,7 – 63,1).

Test du X² : on obtient une P value = 0,12.

L’écart entre les deux résultats n’est plus significatif. Le programme VAHIP est

vraisemblablement ciblé spécifiquement sur les oiseaux vaccinés à environ 1 mois post-

vaccination.

2.1.3 Disparités spatiales de la protection vaccinale

Le tableau 1 récapitule la comparaison des résultats des études ACIAR et CIRAD

respectivement dans le delta du Mékong et le delta du fleuve Rouge:

Tableau 1 : Comparaison deux à deux des taux de séroconversion mesurés dans la population

d’oiseaux domestiques par trois programmes de recherches dans plusieurs régions distinctes

du Viêt Nam : CIRAD (Bắc Giang et Hà Tây), CIRAD (Thái Bình ) et ACIAR (delta du Mékong).

Population considérée Poulets et canards vaccinés Canards vaccinés

Etude CIRAD (Bắc Giang et Hà Tây) : delta du fleuve Rouge

26,8% (25,2 – 28,4) 26,2% (23,8 – 28,6)

Etude ACIAR: delta du fleuve Mékong

54,5 % (52,1 – 56,9) 54,3% (51,6 – 57,0)

P value test X² <0,01 <0,01

Population considérée Canards vaccinés

Étude CIRAD (Thái Bình) : delta du fleuve Rouge

49,5% (44,7 – 54,2)

Etude ACIAR: delta du fleuve Mékong

54,3% (51,6 – 57,0)

P value test X² <0,01

Population considérée Canards vaccinés et non vaccinés

Canards vaccinés

Etude CIRAD (Thái Bình) : delta du fleuve Rouge

41,9 (37,6 – 45,9) 49,5% (44,7 – 54,2)

Etude CIRAD (Bắc Giang et Hà Tây) : delta du fleuve Rouge

20,5 (18,8-22,2) 26,2% (23,8 – 28,6)

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70

Le premier constat apporté par cette comparaison est l’inégalité spatiale qui existe entre les

régions en termes de taux d’immunisation des oiseaux :

- entre les provinces de Thái Bình et de Bắc Giang et Hà Tây, ces provinces faisant

toutes partie du delta du fleuve Rouge: il apparaît que l’inégalité entre les taux de

séroconversions des deux provinces se retrouve à deux niveaux : la population totale

de canards et les canards vaccinés uniquement ;

- entre les provinces du delta du Mékong et les provinces de Bắc Giang et Hà Tây : les

inégalités de taux de séroconversions chez les vaccinés s’observent sur la population

de poulets et canards confondus et sur les canards seuls.

Entre la province de Thái Bình et le delta du Mékong, la différence de résultat est discutable,

en effet, le X² obtenu est peu élevé et il se pourrait qu’en corrigeant l’effet « cluster » induit

par l’échantillonnage à plusieurs degrés, la différence évaluée par le test du X² ne soit pas

significative. Malheureusement, les données disponibles n’étaient pas suffisantes pour

effectuer cette correction.

2.2 Evaluation de la circulation virale

2.2.1 Surveillance au niveau des élevages

Les programmes d’études sélectionnés comprennent une évaluation de la prévalence virale

par détection directe dans les élevages :

- GETS

- CIRAD (Bắc Giang - Hà Tây)

- ACIAR

La détection virale a également été effectuée dans le cadre de l’étude CIRAD à Thái Bình,

mais les résultats n’étaient pas encore complètement disponibles au moment de la

rédaction du présent ouvrage. Dans le cas des études CIRAD (Bắc Giang - Hà Tây) et ACIAR,

les prélèvements pour recherche virologique ont été faits sur les mêmes animaux suivis par

sérologie. Leurs caractéristiques sont présentées en annexe 2 et leurs localisations

géographiques en figure 13.

P value test X² <0,01 <0,01

Page 74: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

71

Figure 13: Carte représentant les provinces ayant fait l’objet d’une surveillance de l’infection

aux virus influenza au niveau des élevages par une des 3 études GETS en 2010, CIRAD en

2008-2009 et ACIAR en 2007-2008 au Viêt Nam.

Page 75: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

72

2.2.1.1 Hétérogénéités entre études

Les principales hétérogénéités entre études sont résumées ici :

- le contexte: il convient de rappeler que le programme GETS a été conduit

dans les conditions particulières de l’arrêt partiel de la vaccination dans les 5

provinces d’étude. L’objectif de l’étude était de détecter une augmentation possible

de la circulation virale due à ce changement ;

- les espèces d’oiseaux ciblées : dans l’étude CIRAD, la recherche virale a

ciblé toute la population d’oiseaux, sans se concentrer sur une espèce donnée. En

revanche, les études ACIAR et GETS se sont focalisées sur le suivi des élevages de

canards, le programme GETS ciblant les élevages de canards considérés à haut risque

d’infection, sélectionnés sur plusieurs critères. L’étude ACIAR incluait également des

poulets en divagation au contact des élevages mais ils ne sont pas représentatifs de la

population réelle de gallinacés ;

- Concept de l’étude : les études GETS et ACIAR sont des suivis

longitudinaux : tous les élevages et oiseaux sélectionnés sont suivis tout au long de

l’étude, et remplacés uniquement en cas de vente ou de mort. Dans l’étude CIRAD, en

revanche, une nouvelle sélection des élevages et des oiseaux a été faite à chaque

campagne ;

- Méthode d’échantillonnage : dans chaque étude, la procédure

d’échantillonnage a été basée sur les mêmes principes : un échantillonnage à

plusieurs degrés incluant une sélection primaire des communes d’étude ou des

districts d’étude dans chaque province considérée suivie d’une sélection aléatoire

secondaire des élevages suivis dans chaque unité primaire, enfin une sélection

aléatoire des oiseaux dans chaque élevage. Cependant, quelques différences sont à

noter :

� La sélection primaire : Dans le cas de l’étude CIRAD, les communes d’étude ont

été sélectionnées sur des critères de risque de circulation de l’IAHP, évalué

entre autres par le nombre de foyers déclarés antérieurement. En ce qui

concerne l’étude ACIAR, les districts d’étude ont d’abord été sélectionnés sur

des critères de risque de circulation de l’IAHP. Une primo-sélection des villages

inclus dans l’étude a été opérée par la suite en appliquant une probabilité de

sélection proportionnelle au nombre d’élevages compris dans chaque village.

Dans le cas de l’étude GETS, toutes les communes comprenant plus de 50

bandes de canards ont été sélectionnées ;

� La sélection des élevages : dans toutes les études, elle était supposée être faite

de manière aléatoire parmi une liste d’élevages jugés accessibles selon les

responsables des sous-départements de la santé animale de chaque province,

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73

au sein des unités primaires préalablement désignées. Dans le cas de l’étude

ACIAR, un nombre fixe de 5 élevages a été échantillonné dans chaque village

présélectionné, et dans l’étude GETS un élevage a été sélectionné aléatoirement

dans chaque commune ciblée, alors que dans l’étude CIRAD, les élevages ont

été sélectionnés aléatoirement sur la liste des élevages accessibles de toutes les

communes présélectionnées ;

� Sélection des oiseaux : dans chaque élevage, un nombre fixe d’oiseaux ont été

sélectionnés dans chaque bande présélectionnée : 10 dans l’étude ACIAR et

CIRAD, et 25 dans l’étude GETS. Un plus grand nombre d’oiseaux sélectionnés

dans chaque bande confère une plus grande probabilité de détecter l’infection.

La sélection des oiseaux s’est faite de la façon suivante : la bande est transférée

d’un compartiment à un autre sauf un groupe d’oiseaux de la taille voulue qui

est retenu dans le premier enclos ;

- L’usage d’oiseaux sentinelles : dans l’étude CIRAD, aucun oiseau sentinelle n’a été

utilisé, alors que dans l’étude GETS tous les canards sélectionnés dans les élevages

étaient supposés être gardés non vaccinés, et dans l’étude ACIAR 6 oiseaux sur 10

étaient également « sentinelles ». Comme indiqué en première partie, en cas

d’infection de l’élevage, les oiseaux non vaccinés ont une plus forte probabilité de

s’infecter, d’exprimer les symptômes de l’infection et excrètent le virus en plus

grande quantité et sur un temps plus long. L’usage des oiseaux sentinelles augmente

probablement la sensibilité de la surveillance virale ;

- Période d’échantillonnage : le suivi ACIAR a été conduit sur toute l’année, à des

intervalles de temps réguliers, ce qui confère une représentativité temporelle

relativement élevée aux résultats, tandis que les investigations CIRAD ont été

conduites à intervalles réguliers mais toujours limitées à la période de décembre à

juin. L’étude GETS s’est faite aussi par des visites régulières de décembre 2009 à

janvier 2010 puis de juillet 2010 à mars 2011 ;

- Le type d’échantillon prélevé : dans le cas de l’étude GETS, seuls des écouvillons

oropharyngés ont été prélevés sur chaque oiseau, alors que dans les études ACIAR

et CIRAD, les écouvillons étaient à la fois oropharyngés et cloacaux, ce qui augmente

probablement la probabilité de détection du virus par rapport à la surveillance du

programme GETS ;

- Le pool d’échantillons : dans l’étude CIRAD, les échantillons oropharyngés et

cloacaux ont été groupés en pools de 6 (3 oropharyngés et 3 cloacaux des mêmes

oiseaux) chaque pool représentant donc 3 oiseaux. Dans les études GETS et ACIAR,

les échantillons ont été regroupés par 5, chaque pool représentant 5 oiseaux. En

conséquence, la prévalence virale mesurée par GETS est probablement surestimée

Page 77: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

74

par rapport à celle mesurée par l’étude CIRAD. Il a été décidé, pour cette raison, de

multiplier la prévalence obtenue dans l’étude CIRAD par un facteur 5/3 ;

- Classes de virus recherché: dans l’étude CIRAD, les échantillons ont été testés par RT-

PCR pour les virus influenza de type A et, en cas de positivité, pour le sous-type H5.

Dans le cas des études GETS et CIRAD, les échantillons ont été testés pour H5. Dans

l’étude GETS, en cas de positivité, ils ont été testés pour N1.

2.2.2 Comparaison des résultats

Tableau 2: Prévalences des infections à virus H5 dans les populations de volaille mesurées par

des enquêtes ACIAR, CIRAD et GETS visant à la détection directe des virus H5 dans les

élevages de volailles.

Région Etude et année Province Pool prévalence du virus H5 (%)

Intervalle de confiance (risque α = 5%)

Nam Định 1,5 1,1 - 2,0 GETS (2010)

Ninh Bình 0

Delta du fleuve Rouge

CIRAD (2008 – 2009)

Bắc Giang / Hà Tây 0,4 0,0 - 0,9

Centre nord GETS (2010) Quảng Bình 0

Hậu Giang 1,3 0,5 - 2,1 GETS (2010)

Sóc Trăng 0,6 0,3 - 1,0

Delta du fleuve Mékong

ACIAR (2007 – 2008)

Đồng Tháp /Tiền Giang / BếnTre / Sóc Trăng

0,2 0,0 - 0,4

En première observation des résultats présentés par le tableau 2, il apparaît que les taux de

détection de virus dans les élevages varient de 0 à 1,53% ce qui est relativement peu élevé

malgré les mesures prises pour augmenter la sensibilité des études : identification des zones

à risque de circulation virale et usage d’oiseaux sentinelles. Dans les suivis ACIAR et CIRAD

(Bắc Giang - Hà Tây), respectivement 2 et 5 pools d’échantillons ont été positifs en RT-PCR

pour le virus H5, toujours chez des canards. Ces résultats paraissent d’autant plus faibles si

on les compare avec ceux de la sérologie des canards non vaccinés échantillonnés par ces

deux mêmes études, montrés par le tableau 3, qui révèlent des taux de séropositifs sur les

mêmes oiseaux atteignant 13,4 ou 17,5%.

Tableau 3 : Pourcentages de canards non vaccinés positifs en sérologie H5 évalué au moyen

d’un suivi sérologique de la population de volailles domestiques par les études CIRAD de 2008

à 2011 et ACIAR en 2007 et 2008.

Région Etude et année Province Séroprévalence bande H5(%)

Intervalle de confiance (risque

α = 5%)

CIRAD (2008 – 2010)

Bắc Giang / Hà Tây 13,4 0,4 – 26,7 Delta du fleuve Rouge

CIRAD (2011) Thái Bình 17,8 11,9 – 23,8

Page 78: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

75

Delta du fleuve Mékong

ACIAR (2007 – 2008)

Đồng Tháp /Tiền Giang / BếnTre / Sóc Trăng

17,5 14,1 – 20,9

2.2.3 Surveillance virale ciblée sur les lieux à haut risque de circulation

2.2.3.1 Hétérogénéités entre études

La surveillance virale ciblée sur les lieux à haut risque de circulation a été menée par les

programmes GETS et VAHIP. L’annexe 3 expose les principales caractéristiques des deux

études et la figure 14 montre leurs localisations géographiques respectives.

Figure 14 : Carte représentant les provinces ayant fait l’objet d’une surveillance des infections

à virus influenza par les 2 études sélectionnées GETS en 2011 et VAHIP en 2009 et 2010 au

Viêt Nam.

Page 79: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

76

Leurs hétérogénéités sont résumées ici :

- Le contexte : il convient de rappeler que le programme GETS a été

conduit dans les conditions particulières de l’arrêt partiel de la vaccination dans les 5

provinces d’étude. L’objectif de l’étude était de détecter une augmentation possible

de la circulation virale due à ce changement ;

- Les espèces d’oiseaux ciblées : les deux études ciblaient les populations

de canards. Cependant le programme VAHIP a, dans certaines provinces, instauré une

surveillance des élevages de canards de Barbarie non vaccinés ainsi qu’une

Page 80: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

77

surveillance des volailles de contrebande ou suspectes d’IAHP qui n’était pas limitée

aux canards ;

- La combinaison de différentes surveillances : le programme GETS était

spécifiquement conduit au niveau des marchés de canards vivants. Le programme

VAHIP, en revanche, est une combinaison de différentes surveillances menées à

différents niveaux :

� marchés de canards vivants

� abattoirs

� élevages de canards en divagation

� élevages de canards de Barbarie non vaccinés ou autres élevages de canards

non vaccinés

� volailles importées illégalement et saisies par les autorités.

� élevages de volailles suspects d’IAHP

Pour cette raison, les résultats des deux études sont difficilement comparables, à

moins de ne considérer que les résultats issus des marchés de canards vivants du

programme VAHIP. Par la suite seul le volet concernant les marchés de canards

vivants de la surveillance VAHIP a été pris en compte ;

- Procédure d’échantillonnage :

� Sélection des marchés : elle s’est faite de façon similaire dans les deux études :

un nombre précis de marchés a été sélectionné dans chaque zone concernée

par l’étude, très souvent sur la base de leur accessibilité ou de la disponibilité

du personnel vétérinaire, et visités à des intervalles de temps réguliers. Deux

marchés ont été sélectionnés dans chaque district visé par le programme

GETS, et Quatre marchés ont été sélectionnés dans chaque province visée par

le programme VAHIP. Au total, le programme VAHIP a été implanté dans 44

marchés en 2009 et 32 en 2010. Le programme GETS a permis le suivi de 80

marchés durant les deux mois de l’étude ;

� Sélection des canards lors des visites: dans le cas de l’étude VAHIP, un

échantillonnage aléatoire à 2 degrés a été instauré, avec une primo-sélection

aléatoire des lots des bandes de canards vendues puis une sélection aléatoire

des canards prélevés dans chaque bande. La sélection des canards dans les

marchés, dans le programme GETS, s’est faite par échantillonnage

systématique : en fonction du nombre de canards attendus le jour de la visite,

les collecteurs ont compté les canards entrant dans le marché et prélevé l’un

d’eux à intervalle régulier de manière à collecter un total de 20 canards ;

- Période de l’étude : la surveillance des marchés menée dans cadre du programme

GETS couvre une période relativement courte : du 16 avril au 31 mai 2011, chaque

marché ayant été visité 4 fois durant cette période restreinte, alors que la surveillance

Page 81: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

78

des marchés et des abattoirs du programme VAHIP a été faite à intervalles constants

d’un mois durant l’année 2009-2010, ce qui lui confère une représentativité

temporelle relativement élevée ;

- Type d’échantillons prélevés : dans l’étude GETS, des écouvillons oropharyngés et

cloacaux ont été prélevés sur chaque oiseau alors que selon le protocole de l’étude

VAHIP, seuls les écouvillons cloacaux sont recommandés, ce qui limite probablement

la sensibilité de la surveillance VAHIP par rapport à celle du programme GETS. Les

études expérimentales de Sturm-Ramirez et al. (2005) montrent que la trachée est la

voie d’excrétion virale privilégiée chez le canard par rapport au tractus digestif ;

- Pool d’échantillons: dans les deux études les échantillons ont été mélangés par pools

de 5 oiseaux ;

- Classes de virus détecté : dans l’étude VAHIP, les échantillons ont été testés par RT-

PCR pour l’influenza de type A, puis les positifs ont été testés pour le sous-type H5 et,

enfin, les positifs en H5 ont été testés pour N1. Dans le protocole du programme

GETS, les échantillons ont été testés directement pour le sous-type H5 et les positifs

ont été testés pour N1 ;

En conclusion, on peut considérer que les résultats spécifiques de la surveillance des

marchés de canards vivants des deux études peuvent faire l’objet d’une comparaison, à

condition de garder à l’esprit les différences de périodes d’étude : la période d’investigation

du programme GETS se situe exactement entre la période hivernale considérée comme

étant à forte circulation virale et la période estivale considérée comme étant à faible

circulation. Le biais de représentativité temporelle apparait donc limité.

2.2.3.2 Inégalités spatiales de la circulation virale de H5N1

Les résultats combinés des surveillances des marchés de canards vivants des études GETS et

VAHIP sont présentés par le tableau 4 et la figure 15.

Tableau 4: Taux de détection des infections à H5N1 mesurés par la surveillance des canards

vendus dans les marchés de volailles vivantes de différentes zones géographiques, selon les

résultats des programmes GETS en 2010 et VAHIP en 2011.

Page 82: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

79

Région Programme Province

Nombre de pools

Nombre de pools

positifs pour H5N1

Pourcentage de pools positifs H5N1 dans la

province

Pourcentage de pools

positifs H5N1 dans la région

Thái Bình

324 32 9,9 (6,7 -13,2)

VAHIP

Hà Nội 864 0 0,00

Nam Định

320 0 0,00

Delta du fleuve Rouge

GETS

Ninh Bình

256 0 0,00

1,8 (1,2 – 2,4)

GETS Quảng Bình

160 10 6,3 (2,5 - 10,1)

Thanh Hoá

600 5 0,8 (0,1 – 1,5)

Côte centrale

nord VAHIP

Thừa Thiên-Huế

324 1 0,3 (0,0-0,9)

1,5 (0,8 – 2,2)

Côte centrale

sud

VAHIP Bình Định 396 4 1,2 (0,1 – 2,3)

1,2 (0,1 – 2,3)

Đồng Tháp

360 16 4,4 (2,3 – 6,5) VAHIP

Tiền Giang

324 0 0,00

Hậu Giang

224 23 10,3 (6,3 – 14,3)

Delta du fleuve

mékong

GETS

Sóc Trăng

288 23 8 (4,9 – 11,1)

5,2 (3,9 – 6,5)

Figure 15: Carte représentant les pourcentages de détection d’infections à H5N1 des canards

prélevés dans le cadre de la surveillance des marchés de volailles vivantes des programmes

VAHIP en 2010 et GETS en 2011 au Viêt Nam, par province.

Page 83: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

80

Il apparaît que les taux de détection de H5N1 dans les marchés atteignent des valeurs

relativement élevées, de plus de 4% dans 5 des 12 provinces concernées et jusqu’à environ

Page 84: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

81

10% dans les provinces de Hậu Giang et Thái Bình alors que la prévalence de l’infection à H5

mesurée par détection au niveau des élevages ne dépasse jamais 1,5%.

Les différences de taux de détection entre régions ont été testées par le test du X² :

- Entre le delta du fleuve Rouge et le delta du fleuve Mékong :

X² = 25,33 pour 1 degré de liberté. P value < 0,01 ;

- Entre le delta du fleuve Rouge, la côte central nord et la côte centrale sud :

X² = 1,49 pour 2 degrés de liberté. P value = 0,47.

Le delta du Mékong apparaît donc comme une zone de circulation importante du virus

H5N1, par comparaison avec le reste du pays. Le delta du fleuve Rouge ne présente pas un

niveau de circulation virale significativement plus élevé que les régions côtières.

2.2.3.3 Inégalités spatiales de la proportion H5/Influenza A

Les résultats du programme VAHIP présentent l’avantage de combiner la détection des virus

influenza type A et des sous-types H5 et H5N1, ce qui permet une analyse de la proportion

d’infections à virus H5 et H5N1 sur le total des infections à Influenza type A détectés.

Les résultats respectifs des 4 provinces les plus au nord du pays (Thái Bình, Hà Nội, Thanh

Hoá, Lạng Sơn) et des 4 provinces les plus au sud (Tây Ninh, Long An, Đồng Tháp, Tiền

Giang) ont été combinés et comparés deux à deux. Cette comparaison est présentée par le

tableau 5 et la figure 9 indique les positions géographiques des provinces du nord et du sud.

Les différences entre proportions ont été vérifiées au moyen du test du X².

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82

Tableau 5: Comparaison des différents taux de détection de virus influenza dans le nord (Thái

Bình, Hà Nội, Thanh Hoá, Lạng Sơn) et le sud (Tây Ninh, Long An, Đồng Tháp, Tiền Giang) du

Viêt Nam sur la base des résultats de la surveillance virale du programme VAHIP en 2009 et

2010.

Pourcentage de positifs Influenza

type A sur l’ensemble des

individus prélevés (%)

Pourcentage de positifs H5

sur l’ensemble

des individus prélevés (%)

Pourcentage de positifs H5N1

sur l’ensemble des individus prélevés (%)

Pourcentage de positifs H5 sur l’ensemble des

individus positifs en type A (%)

Pourcentage de positifs H5N1 sur l’ensemble des

individus positifs en type A (%)

Nord Viêt Nam

9,2 (8,5 – 10,0) 3,2 (2,7 – 3,6) 2,2 (1,8 - 2,5) 34,3 (27,0 -42,8) 23,4 (17,7 – 29,9)

Sud Viêt Nam

19,7 (18,7 – 20,6) 2,5 (2,1 - 2,8) 1,86 (1,5 – 2,2) 12,6 (10,2 – 15,2) 9,5 (7,5 – 11,6)

P value test X²

< 0,01 0,02226 0,2749 < 0,01 < 0,01

Écart significatif

+ - - + +

Les deux principales observations apportées par cette comparaison sont:

- le taux de détection d’infections aux influenzavirus de type A est significativement

plus important dans le sud du Viêt Nam par rapport au nord ;

- en revanche, le pourcentage de détection des infections à virus de sous-type H5 et

H5N1 sur l’ensemble des infections à influenzavirus de type A est significativement

plus élevé dans le nord que dans le sud du pays. Cette différence est illustrée par la

figure 16.

Page 86: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

83

Figure 16 : Répartition géographique par province des taux de détection des infections à virus

Influenza type A (a) et de la proportion de détection de H5 sur le total des infections à virus

influenza A détectées (b) établies à partir des résultats de la surveillance virale du

programme VAHIP en 2009 et 2010 au Viêt Nam.

a) Taux de détection des infections à virus Influenza type A :

Page 87: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

84

b) Proportion de détection des infections à H5 sur le total des infections à virus influenza type

A détectées :

2.3 Etablissement d’un lien entre protection vaccinale et niveau de circulation virale

Une régression logistique a été utilisée afin d’évaluer la corrélation spatiale entre la

proportion des infections à virus H5 sur l’ensemble des infections à influenzavirus type A

détectées au niveau des provinces et le taux de séroconversions post-vaccinaux mesurés

dans ces mêmes provinces. Les résultats utilisés sont ceux du programme VAHIP puisque ce

sont les seuls qui comportent une détection des influenzavirus de type A et des virus de

sous-type H5 au niveau des marchés.

Variable à expliquer : la probabilité qu’une infection à influenzavirus de type A détectée dans

un marché de canards vivants soit due à un virus de sous-type H5. Seuls les résultats issus

des marchés de canards vivants pour l’année sont utilisés car l’ajout des résultats des autres

investigations introduit un biais de représentativité : par exemple la probabilité qu’une

infection à influenzavirus soit due à H5 est probablement plus importante chez les volailles

suspectes d’IAHP, qui sont en nombre plus ou moins variable selon les provinces. Pour

l’année 2009, les résultats des marchés de canards vivants séparés des autres ne sont pas

disponibles.

Page 88: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

85

Variable explicative : Il a été décidé de faire deux analyses séparées en utilisant en variable

explicative la proportion d’animaux positifs mais aussi la proportion de bandes positives

mesurées par le programme VAHIP en 2010.

Sept provinces au total ont été testées pour cette corrélation, puisque ce sont les seules

pour lesquelles les deux données sont disponibles pour l’année 2010 : Thái Bình, Hà Nội,

Thanh Hoá, Đồng Tháp, Tiền Giang, Thừa Thiên-Huế et Bình Định. Dans les provinces de

Lạng Sơn et Hà Tĩnh aucun suivi sérologique n’a été effectué en 2010, et les provinces de

Tây Ninh, Long An et Hà Tĩnh n’ont pas fait l’objet d’une surveillance des marchés de

volailles en 2010.

Le critère de positivité d’une bande d’oiseaux considéré dans le programme VAHIP est le

suivant : au moins 70% des oiseaux de la bande doivent être séropositifs. Pour rappel, le

seuil de positivité d’un animal correspond à une inhibition de l’hémagglutination pour une

dilution du sérum de 1/16 (soit 4log2).

Les résultats, obtenus à l’aide de la fonction logit du logiciel R, sont présentés dans le

tableau 6. Selon les deux modèles, il apparaît que la P value est inférieure à 0,01 et le

coefficient est négatif, ce qui signifie une corrélation négative significative entre le taux de

virus H5 dans les infections à influenza type A et les deux indicateurs de protection vaccinale

mesurés. Le critère d’information d’Akaike (AIC) est un paramètre d’estimation de la

vraisemblance du modèle par rapport aux valeurs observées.

Page 89: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

86

Tableau 6 : Résultats de la régression logistique effectuée à partir des résultats de l’étude

VAHIP entre la proportion des infections à virus H5 sur l’ensemble des infections à

influenzavirus type A détectées par surveillance des marchés de canards vivants des

provinces et le niveau de taux de séroconversion mesuré dans la population de volailles

d’élevage de ces mêmes provinces en 2010.

Modèle Modèle incluant la variable : pourcentage

d’oiseaux séropositifs

de la province

Modèle incluant la variable : pourcentage

de bandes positives

dans la province

Coefficient estimé -0,04344 -0,030407

Erreur standard 0,01471 0,008491

Valeur Z -2,953 -3,581

P value (pr(>|z|)) <0,01 <0,01

Déviance nulle 113,41 113,41

Déviance résiduelle 104,46 100,77

AIC* 133,45 129,75

*AIC : Akaike Information criteria : Critère d’information d’Akaike

3 Discussion

3.1 Limites des résultats

3.1.1 Résultats de la surveillance sérologique

3.1.1.1 Limites communes à toutes les études

Les méthodologies d’évaluation de la protection vaccinale par surveillance sérologique, bien

que présentant des différences, ont toutes des limites communes :

- Les statuts vaccinaux des bandes d’oiseaux enquêtées sont à considérer avec

précaution. En effet, dans les zones concernées par le programme vaccinal, la

couverture vaccinale est supposée être de 100% chez les poulets et les canards. Du

fait de possibles pressions exercées par les services vétérinaires, ou plus simplement

par simple volonté de faire bonne apparence, les éleveurs sont probablement peu

enclins à signaler une bande non vaccinée. Ainsi dans l’étude CIRAD de Thái Bình, la

proportion d’élevages vaccinés a été évaluée à 75,42% mais 28 de ces bandes, c'est-à-

Page 90: Page de gardex - theses.vet-alfort.fr

87

dire 15,2% d’entre elles, n’ont présenté aucun animal positif lors de la première

mesure, ce qui met en doute leur statut vaccinal. Les couvertures vaccinales sont donc

probablement surestimées et les taux de séroconversion des populations de volailles

vaccinées sont, à l’inverse, probablement sous-estimés, puisque des élevages non

vaccinés, avec des taux de séroconversion plus bas que la moyenne, sont

probablement inclus en excès dans l’échantillon de bandes supposé représenter la

population d’oiseaux vaccinés ;

- Étant donné l’absence de stratégie DIVA permise par le vaccin Re1, il est impossible de

certifier qu’une séroconversion observée chez un oiseau est bien due à la vaccination.

Même dans les élevages effectivement vaccinés, des infections virales à virus H5

peuvent avoir lieu, entrainant une réponse immunitaire supplémentaire :

� Les résultats de la surveillance sérologique des bandes non vaccinées,

présentés dans le tableau 3 montrent que des taux supérieurs à 11% sont

observés dans les études CIRAD et ACIAR, ce qui témoigne de l’importance des

séroconversions dues à des infections à virus H5 ;

� En considérant uniquement l’étude CIRAD de Thái Bình, dans 33 bandes, c’est

à dire 17,9% des bandes vaccinées le taux d’anticorps moyen a augmenté au

cours de l’étude d’au moins une unité log2 alors qu’aucun des élevages

sélectionnés n’a été vacciné au cours de cette période, ce qui laisse supposer

que ces augmentations sont liées à des réponses immunitaires

supplémentaires induites par des infections à virus H5 au cours de la période

d’étude ;

� Dans l’étude ACIAR, les taux de séroconversions les plus importants ont été

observés en période hivernale, c'est-à-dire au moment du pic de circulation

des virus influenza.

Il faut remarquer qu’une réponse immunitaire faisant suite à une infection n’est pas

nécessairement protectrice puisque les anticorps produits ne sont pas forcement

neutralisants et cette différence d’action ne peut être détectée par le test

d’hémagglutination. Il convient donc de garder à l’esprit que les taux de

séroconversions mesurés sur la population totale ou vaccinée sont dus en partie à

des infections et ne sont donc pas parfaitement représentatifs de la protection

immunitaire de la population ;

- La sensibilité et spécificité des tests de sérologie utilisés, l’inhibition de

l’hémagglutination, ne sont pas parfaits : récemment, à partir des sera prélevés dans

l’étude CIRAD de Bắc Giang et Hà Tây, la sensibilité du test d’inhibition de

l’hémagglutination (HI) chez le poulet et le canard a été évaluée par méthode

Bayésienne en comparant les résultats obtenus avec ce test et un test standard basé

sur la neutralisation de lentivirus pseudotypés H5. Il en est résulté une sensibilité de

91 à 100% chez le poulet et de 74 à 81% chez le canard (Desvaux S., communication

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personnelle), en utilisant la valeur seuil de séroconversion de 4log2 chez les deux

espèces, comme c’est le cas dans la présente étude. Ainsi, si on utilise le seuil de 4log2

pour les 2 espèces, le test HI s’avère relativement sensible chez le poulet, il l’est

significativement moins chez le canard, ce qui implique une sous-estimation du taux

de séroconversions chez cette espèce ;

- Enfin les élevages ne sont pas tout à fait sélectionnés aléatoirement puisqu’ils sont

sélectionnés sur des critères d’accessibilité définis par les sous-départements de la

Santé Animale de chaque province.

3.1.1.2 Les limites propres à l’étude VAHIP

La comparaison des résultats de la surveillance sérologique du programme VAHIP avec ceux

des études CIRAD (Bắc Giang et Hà Tây), CIRAD (Thái Bình) et ACIAR indiquent clairement

des différences dans la procédure d’échantillonnage qui rendent les résultats de VAHIP

impropres à une comparaison avec ceux des autres programmes. Pour autant, il est difficile

de définir le protocole réel mis en place dans l’étude VAHIP. En effet, à chaque suivi, si il

semble bien que les bandes vaccinées pendant la dernière campagne aient été inclues

prioritairement dans les échantillons par rapport aux bandes non vaccinées, il est impossible

d’établir jusqu’à quel degré, ni si ce biais d’échantillonnage a été introduit de la même façon

dans toutes les provinces inclues dans l’étude. D’après les responsables du programme, il

semble que ce ne soit pas le cas, certains sous-départements de la Santé Animale ayant

mieux respecté le protocole prévu par rapport à d’autres (Weaver J., communication

personnelle).

Dans tous les cas, il a été décidé de ne pas utiliser les résultats du programme VAHIP pour

évaluer les inégalités spatiales de la protection vaccinale, considérant ces données comme

moins fiables que celles des autres études.

3.1.2 Résultats de la surveillance de l’IAHP dans les élevages

L’écart relativement important entre les résultats de la surveillance active de l’IAHP par

détection virale dans les élevages comparés à ceux obtenus par sérologie dans les élevages

non vaccinés confirment les différences d’interprétations possibles entre l’évaluation de la

prévalence virale estimée par la sérologie ou la virologie : la virologie permet d’identifier la

présence d’une infection virale à condition de procéder à l’échantillonnage d’un des oiseaux

de la bande durant son temps d’excrétion cloacal ou trachéal, qui n’est que de quelques

jours, et d’autant plus réduit si l’oiseau en question est vacciné. Par conséquent, même en

cas d’infection récente de la bande, la probabilité de ne pas la détecter reste importante. La

sérologie permet de détecter une infection de la bande au virus H5 ayant eu lieu jusqu’à

plusieurs mois auparavant, mais elle ne peut s’appliquer aux élevages vaccinés.

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89

Par ailleurs, il est important de rappeler que l’identification d’une infection au virus H5 ne

permet pas de conclure quand à la nature hautement pathogène ou faiblement pathogène

du virus incriminé qui nécessite l’identification d’une séquence spécifique par RT-PCR.

3.1.3 Résultats de la surveillance virale dans les marchés de volailles

vivantes

Les taux de détection obtenus par les enquêtes sur les marchés de volailles vivantes sont

plus élevés que ceux établis par surveillance virale dans les élevages, alors que les

techniques de détection virales appliquées sont les mêmes, confirmant la part importante

de transmission virale entre élevages occasionnée par les échanges commerciaux. Cela peut

s’expliquer par le taux important de contacts entre oiseaux provenant de différentes origines

sur les lieux de vente ou au cours des transports, ce qui est propice à la transmission et la

dissémination du virus H5N1. Par ailleurs, les volailles qui sont amenées dans les marchés

proviennent parfois d’élevages dans lesquels une maladie a été remarquée par l’éleveur,

celui-ci cherchant à vendre le plus rapidement possible ses volailles avant que la maladie

n’ait décimé le troupeau ou que les mesures d’abattage n’aient été appliquées.

Cette observation corrobore les résultats de différentes études ayant montré le lien entre

commercialisation des volailles et déclaration de foyers d’IAHP au Viêt Nam comme celles de

Magalhaes et al. (2010a) ou de Desvaux et al. (2011).

Ces résultats ne peuvent donc être considérés comme représentatifs de la prévalence virale

réelle dans la population de volaille de la région. Leur rôle d’indicateurs de la circulation

virale dans la province où se trouvent les marchés surveillés est en revanche à considérer,

avec toutefois les limites suivantes :

- les marchés de volailles vivantes drainent la population de volailles d’une zone qui

n’est pas nécessairement circonscrite à la province étudiée. Cependant, d’après les

organisateurs de l’étude VAHIP, selon le contrôle de l’origine des oiseaux prélevés sur

les marchés, une grande majorité d’oiseaux prélevés étaient issus de la même

province. Ce biais a donc une influence mineure sur les résultats (Weaver J.,

communication personnelle) ;

- Les marchés ne sont pas sélectionnés aléatoirement. D’après les dires des

organisateurs du programme VAHIP, ils sont en pratique choisis sur des critères

d’accessibilité et de coopération des services vétérinaires.

3.2 Inégalités spatiales de la protection vaccinale

Il convient de discuter les résultats de la comparaison de la protection vaccinale dans les

différentes provinces en tenant compte des hétérogénéités citées entre les études : trois

biais de comparaison possibles peuvent être cités qui pourraient expliquer la différence de

résultats entre les études CIRAD (Bắc Giang et Hà Tây) et ACIAR :

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90

- Le délai appliqué avant d’échantillonner un oiseau vacciné : dans l’étude ACIAR, les

oiseaux vaccinés sont échantillonnés seulement à partir de vingt-et-un jours après la

dernière injection vaccinale, alors que l’étude CIRAD ne considère pas un tel délai. 21

jours correspondent au délai communément admis pour laisser à la réponse

immunitaire le temps de se mettre en place d’après Swayne et Kapczynski (2008).

Cependant, les résultats finaux du CIRAD obtenus en utilisant une valeur seuil de

positivité de 3log2 pour les canards, donc inutilisables pour cette comparaison

montrent que l’écart entre le taux d’immunisation des oiseaux vaccinés et celui des

oiseaux vaccinés au moins 21 jours après injection est très réduit et non significatif :

36,9 % (30,4 – 43,5) et 36,1% (29,1 – 43,1). Il est donc peu probable que l’introduction

de ce délai de 21 jours induise une différence de résultat suffisante pour expliquer

l’écart obtenu entre les deux études ;

- La différence de populations d’oiseaux échantillonnées

� dans les études ACIAR et CIRAD : les poulets échantillonnés dans le suivi ACIAR

ne sont pas considérés comme représentatif de la population réelle de

poulets, comme expliqué plus haut. C’est pourquoi il est important de faire la

comparaison uniquement sur les résultats trouvés chez les canards ;

� dans les études CIRAD de Bắc Giang et Hà Tây et Thái Bình: dans le cas de

l’étude de Thái Bình, seuls les canards à cycle long ont été échantillonnés, alors

que dans celle de Bắc Giang et Hà Tây, tous les canards sans exception ont fait

l’objet de la sélection. Cette différence d’échantillonnage peut expliquer en

partie le taux de séroconversions plus élevé observé dans l’étude de Thái Bình.

En effet les canes pondeuses ayant une durée de vie plus longue sont

susceptibles d’avoir reçu un plus grand nombre de vaccins au cours de leur

carrière par rapport aux canards de chair. Or d’après les analyses des résultats

de l’étude ACIAR faites par Henning et al. (2010), et celles effectuées sur les

résultats de l’étude CIRAD de Thái Bình (résultats non publiés) le nombre de

vaccins reçus au cours de la carrière de l’oiseau a un impact positif sur le taux

d’anticorps exprimé ;

- La différence de période d’échantillonnage : Les deux études CIRAD de 2009 (Bắc

Giang et Hà Tây) et 2010 (Thái Bình) correspondent à des périodes d’étude qui

s’étalent de décembre à juin, avec quelques variantes, alors que le suivi ACIAR a été

conduit sur une année complète. Cependant, il est peu probable que cette différence

ait pu conduire à une sous-estimation des taux de séroconversion dans l’étude CIRAD.

En effet, d’après les résultats de l’étude ACIAR, durant la période de décembre à juin

le taux d’immunisation n’est pas particulièrement bas : il atteint son maximum en

janvier, juste après la campagne de vaccination d’octobre-novembre (76,6% de

canards vaccinés et 83,5% des poulets vaccinés sont positifs) et reste stable jusqu’au

mois d’août, avant de décroître à son niveau le plus bas en novembre (22,0% des

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canards vaccinés et 27,7% des poulets vaccinés sont positifs). Par conséquent, en

prenant en compte la même période d’étude que celle du CIRAD, il est possible que la

différence de résultat soit encore plus élevée entre les résultats CIRAD et ACIAR.

Au final, aucune des hétérogénéités énumérées ne semble pouvoir expliquer la différence de

résultats entre l’étude ACIAR et l’étude CIRAD de Bắc Giang et Hà Tây. Trois facteurs

peuvent être évoqués pour expliquer les inégalités spatiales entre taux d’immunisation des

volailles vaccinées :

- Le niveau de circulation des virus Influenza : comme expliqué plus haut, cette

circulation virale induirait une immunisation répétée des oiseaux qui se surajouterait

à la vaccination, conduisant à un niveau d’anticorps plus élevé et plus durable dans les

régions à forte circulation virale. Cette hypothèse est à prendre en considération, au

regard des taux de séropositifs obtenus dans les canards non vaccinés montrés dans le

tableau 3. Ces taux importants témoignent de l’importance de la circulation des

influenzavirus de sous-type H5 dans la population d’oiseaux domestiques. Les régions

de delta du fleuve Mékong et de Thái Bình sont potentiellement des régions à plus

forte circulation de virus H5 par rapport aux régions de Bắc Giang et Hà Tây, qui

bénéficient d’un environnement plus montagneux, avec une pratique de la riziculture

moins répandue, ce qui limite potentiellement cette circulation des virus H5. Cette

hypothèse semble appuyée par les résultats de la surveillance virale active des

marchés de 2010, reportés dans le tableau 4. Un haut taux de circulation viral a en

effet était détecté dans les marchés de Thái Bình par rapport à ceux de la province de

Hà Nội, fusionnée avec Hà Tây et voisine de Bắc Giang ;

- Le degré d’implication des éleveurs dans la vaccination : Henning et al. (2010) ont

indiqué, à propos de l’étude ACIAR, que dans les provinces du delta du Mékong

concernées par l’étude, beaucoup d’éleveurs ne se reposent pas sur le programme de

vaccination national et que les élevages étaient vaccinés à n’importe quel moment de

l’année, bien que la vaccination hors programme officiel ne soit normalement pas

autorisée par l’administration. Une telle pratique n’est pas rapportée par les

responsables de l’étude CIRAD dans le nord du Viêt Nam (Desvaux S., communication

personnelle). Une vaccination pratiquée à un moment choisi de l’année a

potentiellement une influence positive sur la protection vaccinale, puisque les

éleveurs peuvent ainsi vacciner les oiseaux dans les meilleures conditions et à l’âge

recommandé. Ces observations non concordantes entre deux régions constituent

potentiellement une piste à suivre en vue d’évaluer comment les mises en

applications différentes de la vaccination et le degré d’implication des éleveurs

peuvent influer sur le degré de protection atteint grâce à cette vaccination ;

- Les types d’élevages concernés : d’après Schuft (2009) la région du delta du Mékong

est caractérisée par une plus grande importance des élevages de grande taille, semi-

commerciaux ou industriels, comparé aux régions du nord du pays. Comme indiqué

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92

plus haut, le taux d’échecs vaccinaux est significativement plus bas dans les élevages

de plus grande taille, probablement en raison d’une plus grande technicité et d’un

plus haut niveau de connaissances de l’éleveur qui apporte dans ce cas une

contribution non négligeable à la conduite de la vaccination.

En bref, cette comparaison permet de dégager quelques pistes de recherche qui pourraient

s’avérer intéressantes, comme l’évaluation de l’influence de l’éleveur lui-même, son niveau

de connaissances et de technicité, mais aussi d’investissement personnel dans la

vaccination, sur l’efficacité d’un programme de prophylaxie pourtant mis en place et dirigé

par l’administration du pays. Il faut rappeler qu’une analyse des résultats de l’étude CIRAD

de Hà Tây et Bắc Giang a montré que dans les élevages de plus grande taille le taux d’échecs

vaccinaux est significativement plus faible, ce qui suggère que lorsque les éleveurs sont plus

concernés par la protection sanitaire de leur cheptel, la vaccination est plus efficace et le

risque de non vaccination d’animaux est plus réduit (Desvaux S., communication

personnelle) .

Cependant, l’analyse introduit également un doute sur l’intérêt de la surveillance

sérologique, si on considère les paramètres qui peuvent biaiser l’étude, comme l’importante

circulation des virus H5 sauvages dans la population de volailles domestiques.

3.3 Inégalités spatiales de la circulation virale

3.3.1 Inégalités de prévalence de l’IAHP dans les élevages

En ce qui concerne les inégalités spatiales de prévalence de l’infection à H5 dans les élevages

observés entre études, il est important de considérer les limites posées par les

hétérogénéités : les pool prévalences plus élevées obtenues par les suivis GETS (par exemple

dans les provinces de Nam Định et Hậu Giang) pourraient s’expliquer par un échantillonnage

ciblé sur les canards, espèce à risque d’infections symptomatiques, et l’usage d’oiseaux

sentinelles pour augmenter la sensibilité de la détection. Il est donc difficile d’interpréter ces

résultats.

3.3.2 Inégalités de la circulation de H5N1 mesurée par la surveillance des

marchés

Dans la région du delta du fleuve Mékong et dans la côte centrale nord du Viêt Nam, les

provinces ciblées par le programme GETS présentent un taux de détection plus élevé de

H5N1 que les provinces ciblées par l’étude VAHIP, mais dans la région du delta du fleuve

Rouge, le phénomène inverse est observé. Cette comparaison n’apporte donc aucun

élément suggérant que l’arrêt de la vaccination des poulets effectué dans les provinces du

programme GETS a induit une augmentation de la circulation virale.

Le delta du Mékong apparaît comme une région à risque particulièrement élevé de

circulation du virus H5N1, par comparaison avec le reste du pays. Le delta du fleuve Rouge

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93

ne présente pas un niveau de circulation virale significativement plus élevé que les régions

côtières, malgré la densité de volailles la plus élevée du pays, couplée à une activité rizicole

importante selon Desvaux et al. (2008). Les facteurs de risque suivants peuvent être évoqués

pour expliquer ce statut particulier du delta du fleuve Mékong:

- D’après Pfeiffer et al. (2007), les différences de types de populations aviaires entre les

deux régions sont la principale explication apportée à l’incidence d’IAHP plus élevée

dans le delta du fleuve Mékong durant les 2 premières épizooties de 2003 à 2005. Le

delta du fleuve Mékong est la seule région où La densité de canards est plus grande

que la densité de poulets alors que dans le delta du fleuve Rouge, la densité de

poulets est bien plus élevée que celle de canards d’après Desvaux et al. (2008). Cette

population composée majoritairement d’oiseaux aquatiques entretiendrait une

diffusion silencieuse facilitée du virus sur de plus grandes distances avant que

l’infection ne soit mise en évidence ;

- La pratique de l’élevage transhumant, décrite par Minh et al. (2010) constitue une

particularité de la région du delta du fleuve Mékong. Cette pratique de la

transhumance constitue une voie supplémentaire de dissémination du virus sur de

longues distances, après le commerce des volailles vivantes.

La circulation virale seule est donc un paramètre difficile à utiliser pour mesurer l’impact

vaccinal puisqu’elle est soumise à l’influence de facteurs spatiaux autres que la vaccination,

difficile à évaluer et prendre en compte dans une analyse spatiale.

Les résultats montrent que la surveillance des marchés de volailles vivantes, même si elle

souffre de limites en termes de représentativité, constitue le meilleur indicateur du niveau

de circulation virale en termes de sensibilité (la probabilité de détecter l’infection dans la

population étudiée est plus importante) et de coût, puisqu’elle limite fortement les

déplacements et le personnel nécessaire par rapport à la surveillance au niveau des

élevages.

3.3.3 Inégalité de la proportion H5/Influenza A mesurée par la surveillance

du programme VAHIP

Le taux de détection d’infections aux influenzavirus de type A est significativement plus

important dans le sud du Viêt Nam par rapport au nord. En revanche, le pourcentage de

détection des infections à virus de sous-type H5 et H5N1 sur l’ensemble des infections à

influenzavirus de type A est significativement plus élevée dans le nord que dans le sud du

pays.

Le taux de détection des infections aux influenzavirus de type A observé peut s’expliquer par

les facteurs de risque évoqués plus haut qui caractérisent le delta du Mékong. Ainsi, le Sud

est bien un lieu à haut risque de circulation des virus influenza de type A mais la proportion

d’infections à virus à H5 y est comparativement moins élevée par rapport au Nord.

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94

Pour interpréter ces différences de proportions, Il convient de rappeler les hypothèses

formulées pour justifier l’usage de la proportion de virus H5 dans la population d’influenzas

type A comme paramètre indicatif de l’impact vaccinal:

- La vaccination a un pouvoir protecteur dirigé spécifiquement contre les virus de sous-

type H5 : il est en effet communément admis puisque la protection vaccinale est

fondée sur la production d’anticorps dirigés contre l’hémagglutinine vaccinale

utilisée et sont donc spécifiques de sous-types d’après Swayne et Kapczynski (2008).

Plusieurs études ont indiqué cependant que l’immunité cellulaire, qui est non

spécifique de sous-type puisque basée sur la reconnaissance de protéines virales

internes peut jouer un rôle dans la lutte contre l’infection une fois celle-ci établie

dans l’organisme, comme indiqué en première partie, mais à ce jour aucune étude

n’a mis à jour un rôle de l’immunité cellulaire dans la protection induite par les

vaccins inactivés, bien que celui-ci ait été suggéré dans le cas du canard par Kim et

al. (2008) ;

- Sans vaccination, la proportion de virus de sous-type H5 sur l’ensemble des virus

influenza de type A serait constante spatialement, puisque les autres facteurs

spatiaux agissent sur tous les virus influenza A sans distinction de sous-type. Cette

hypothèse est sujette à discussion. A ce jour aucune étude n’a mis en évidence une

différence d’adaptation écologique ente sous-types de virus influenza mais cela ne

veut pas dire qu’il n’y en a pas. Il est envisageable par exemple que les virus de sous-

type H5 aient une adaptation particulière à la transmission au poulet, leur

permettant de se transmettre plus facilement dans les régions où le poulet est

l’espèce d’oiseau domestique prédominante, comme c’est le cas dans le nord du

pays, par rapport aux régions méridionales. Cependant, cette interprétation

contredirait le rôle exclusif de la population de canards comme réservoir du virus.

Par ailleurs il faut rappeler que la surveillance effectuée dans le cadre de l’étude

VAHIP dans les marchés et les abattoirs a ciblé spécifiquement la population de

canards.

L’autre explication à l’inégalité observée est une protection immunitaire plus forte

développée dans le sud du Viêt Nam par rapport au nord. Cette hypothèse corrobore la

comparaison exposée plus haut de la protection vaccinale dans la population de canards du

delta du Mékong et celle des provinces de Bắc Giang et Hà Tây dans le nord.

3.4 Evaluation de l’impact vaccinal : interprétation et limites de l’analyse

Les résultats de la régression logistique effectuée vont dans le sens d’une corrélation

négative entre taux de protection conférée par la vaccination et proportion d’infections à

virus H5 sur le nombre total d’infections à influenza de type A détectées. Cette observation

suggère un rôle limitatif de l’immunité conférée par la vaccination sur la circulation virale

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95

dans la population de canards domestiques. Cependant, il faut souligner les limites de ces

résultats :

- Comme expliqué plus haut, les taux de séroconversions des populations de volailles

mesurées par le programme VAHIP ne sont pas représentatifs de la couverture

immunitaire de la population sur une année entière. Il semble que ces mesures

soient plus indicatrices de l’efficacité vaccinale, c'est-à-dire le taux de vaccinations

réussies, mesurée par la proportion d’animaux vaccinés ayant bien déclenché une

séroconversion à un mois après vaccination. Cette mesure ne prend pas en compte :

� L’existence de bandes d’oiseaux non vaccinées pendant la campagne ;

� Le renouvellement des troupeaux entre les campagnes, qui se fait plus ou

moins fréquemment selon le type de production ;

� La décroissance du taux d’anticorps protecteurs avec le temps qui a lieu plus

ou moins rapidement en fonction de différents facteurs comme la qualité de

l’injection vaccinale.

Par ailleurs de sérieux doutes subsistent sur la façon dont les bandes ont été

échantillonnées. Il est impossible de dire si les échantillons sélectionnés sont bien

représentatifs des bandes vaccinées. Il faut ajouter à cela les incertitudes inhérentes

à une surveillance sérologique post-vaccinale sans stratégie DIVA : une partie des

séroconversions observées peuvent être dues à des infections naturelles aux virus

H5 ;

- La surveillance virale dans les marchés a également des limites en terme de

représentativité, d’abord parce que les marchés suivis ne sont pas sélectionnés

aléatoirement, ensuite parce que des oiseaux provenant de provinces extérieures

ont pu être prélevés lors de cette surveillance.

Les taux de séroconversions mesurés dans le programme VAHIP sont au moins indicateurs

de la qualité de la mise en œuvre des campagnes de vaccination :

- pourcentage d’animaux effectivement vaccinés dans les troupeaux visités

- qualité du transport et de la conservation des vaccins

- qualité de la réalisation des injections, respect des doses

Le constat que ces facteurs ont une influence spécifique sur la circulation des virus H5 est, en

soit, indicateur d’un impact positif des campagnes de vaccination :

- protection des troupeaux de canards vis-à-vis du risque d’infection aux virus H5 et

donc à l’IAHP

- limitation de la circulation des virus H5 dans la population de volailles domestiques et

donc du risque d’infection humaine ou d’une variation antigénique responsable

d’une augmentation de la virulence de l’IAHP ou d’un pouvoir de transmission

interhumaine

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96

CONCLUSION

Cette étude se présente comme une approche innovante de l’évaluation des campagnes

nationales de vaccination des volailles contre l’Influenza Aviaire Hautement Pathogène

commencées en 2005 et qui constituent un investissement majeur du Viêt Nam dans la lutte

contre cette maladie aux conséquences économiques et sanitaires redoutables. Malgré son

importance, l’impact de ce programme vaccinal s’est avéré difficile à évaluer jusqu’ici.

L’approche développée dans cette étude s’est focalisée sur l’évaluation de la protection

vaccinale et celle de l’impact vaccinal, en s’inspirant d’autres études menées dans différents

pays et sur d’autres maladies animales mais aussi en développant de nouveaux indicateurs

comme la proportion du sous-type viral ciblé par la vaccination sur un ensemble plus large

de virus. L’analyse spatiale s’est faite en combinant et comparant les résultats de différentes

études et une analyse complète des données brutes de l’une d’elles, celle du CIRAD dans la

province de Thái Bình. Cette approche implique de prendre en compte les inévitables biais

liés aux hétérogénéités entre études.

En ce qui concerne la protection vaccinale, des inégalités spatiales ont été mises en évidence

entre régions et des recherches approfondies sur l’implication des éleveurs dans l’efficacité

des campagnes de vaccination constituent des pistes de recherche intéressantes. L’étude

confirme que la région du delta du fleuve Mékong est une zone à risque particulièrement

important de circulation de H5N1 et d’influenzavirus de type A en général. Cependant la

proportion des infections à virus H5 sur les infections à influenza type A y est moins

importante que dans le nord du pays, ce qui pourrait s’interpréter dans le sens d’une

efficacité plus élevée de la vaccination dans cette région. Cette hypothèse est appuyée par

la corrélation négative observée à l’échelle de 7 provinces réparties du nord au sud et

investiguées par le programme VAHIP entre cette proportion d’infections à H5 et la

protection vaccinale estimée. Cependant, ce résultat s’appuie sur des mesures de la

protection vaccinale qui sont soumises à réserve en raison de biais d’échantillonnages et de

biais temporels.

Bien que ces résultats soient limités en terme d’interprétation, ils encouragent à réitérer le

même type d’analyse, en mettant en place une mesure de la protection vaccinale la plus

représentative possible, et en concentrant la surveillance active des virus influenza sur les

marchés de volailles vivantes, qui représente le mode de surveillance le plus efficace et le

plus économique observé jusqu’à présent. D’autres aspects de l’impact de la vaccination

devraient être pris en compte dans de futures études, comme le volet socio-économique,

avec une analyse des conséquences de la vaccination sur les pratiques d’élevages et le

rapport des éleveurs aux autorités sanitaires, élément clé de la lutte collective contre les

maladies animales dans les pays en développement. Enfin, une analyse de la dérive

génétique potentiellement favorisée par la vaccination pourrait être envisagée, afin de

vérifier si la pression vaccinale favorise une évolution vers une virulence et un taux de

transmission plus ou moins élevés chez l’animal et l’homme.

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98

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ÉVALUATION DE L’IMPACT DE LA

VACCINATION DES VOLAILLES

DOMESTIQUES CONTRE L’INFLUENZA

AVIAIRE HAUTEMENT PATHOGÈNE DÛ À

H5N1 AU VIÊT NAM Auteur : Alexis DELABOUGLISE

Résumé :

Depuis 2003, le Viêt Nam a été le théâtre de nombreuses épizooties d’Influenza Aviaire Hautement

Pathogène, aux conséquences économiques et sanitaires désastreuses. Malgré les actions mises en

œuvre, des foyers de cette maladie sont régulièrement observés dans la population aviaire

domestique, la lutte étant rendue difficile par la prédominance des élevages à faible niveau de

biosécurité et l’importance des palmipèdes, suspectés d’entretenir une persistance silencieuse du

virus. Dans ce contexte, il apparait d’importance primordiale d’évaluer l’impact global du programme

de vaccination de masse des poulets et canards d’élevage contre H5N1. Les études d’impact menées

jusqu’alors ont essentiellement révélé un niveau limité de protection immunitaire vaccinale des

volailles, ainsi qu’une circulation virale persistante de H5N1 dans la population de canards

domestiques. Elles ont également mis en avant le risque de circulation virale silencieuse favorisée par

une immunité vaccinale incomplète. La présente étude propose une approche innovante de

l’évaluation de l’impact de la vaccination, à travers une analyse spatiale basée sur la revue, la

comparaison et la combinaison des résultats des 5 programmes de recherche conduits au Viêt Nam

de 2007 à 2011, ainsi que l’estimation de la relation entre le niveau de protection conféré par la

vaccination et le niveau de circulation virale. Malgré les limites des résultats et les hétérogénéités

entre méthodologies mises en place par les différentes études, l’analyse révèle une inégalité spatiale

du taux de protection immunitaire atteint par les canards vaccinés, celle-ci étant supérieure dans le

delta du Mékong. Paradoxalement, cette région présente le niveau de circulation de virus H5N1 la

plus élevée, mesurée par la surveillance active des marchés de canards vivants. Cependant, la

proportion de virus de sous-type H5 sur l’ensemble des virus influenza de type A y apparaît

significativement moins élevée, et une corrélation négative a été montrée par régression logistique

entre cette proportion et la mesure de l’efficacité vaccinale établie par province en 2010.

Mots clés

MALADIE VIRALE / INFLUENZA AVIAIRE / VIRUS H5N1 / EPIDEMIOLOGIE / VACCINATION / IMPACT /

PERSISTANCE VIRALE / VOLAILLE / VIETNAM

Jury :

Président : Pr

Directeur : Dr Yves MILLEMANN

Assesseur : Pr Barbara DUFOUR

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IMPACT ASSESSMENT OF POULTRY

VACCINATION AGAINST HIGHLY

PATHOGENIC AVIAN INFLUENZA CAUSED BY

H5N1 IN VIETNAM

Author: Alexis DELABOUGLISE

Summary:

Since 2003, Vietnam underwent several epizootics of highly pathogenic avian influenza, with

devastating economic and health consequences. Despite the control measures introduced, outbreaks

are still regularly reported in the domestic avian population, and the control of the disease is made

difficult by the predominance of farms exhibiting low biosecurity level and the importance of

domestic waterfowls, suspected of being a silent reservoir of the virus. In this context, it appears

crucial to assess the overall impact of the mass vaccination program against H5N1 conducted by the

government since 2005 in domestic ducks and chickens. Impact studies performed so far have

demonstrated a limited level of protection conferred by vaccination to the poultry population and a

persistent circulation of H5N1 virus in domestic ducks. It also highlighted the risk of silent viral

circulation induced by incomplete immunization. The study presented here introduces an innovative

approach for the assessment of vaccination impact, through a spatial analysis based on the review,

comparison and combination of the results from five research programs conducted in Vietnam, and

the assessment of the relationship between the level of protection conferred by vaccination and the

level of virus circulation. Despite the limitations of the results and the heterogeneities between

methodologies implemented in the various investigations, the analysis reveals a spatial inequality of

the immune protection coverage reached by vaccinated ducks, the rate of immunization being higher

in the Mekong river delta. Paradoxically, the level of circulating H5N1 virus measured by active

surveillance in live ducks markets is higher in this region. However, the proportion of H5 subtype

viruses on the overall type A influenza virus population is significantly lower in the southern Vietnam,

and a negative correlation was demonstrated by logistic regression analysis between this ratio and

the measurement of vaccine efficacy at the province level in 2010.

Keywords

VIRAL DISEASE / AVIAN INFLUENZA / VIRUS H5N1 / EPIDEMIOLOGY / VACCINATION / IMPACT / VIRAL

PERSISTENCE / POULTRY / VIETNAM

Jury:

President : Pr

Director : Dr Yves MILLEMANN

Assessor : Pr Barbara DUFOUR