Section des Unités de recherche

Rapport de l’AERES sur l’unité : UREF, Unité de Recherches sur les Espèces Fruitières,

UR 419

sous tutelle des établissements et organismes : INRA

Mai 2010

Section des Unités de recherche

Rapport de l’AERES sur l’unité : UREF, Unité de Recherches sur les Espèces Fruitières,

UR 419

sous tutelle des établissements et organismes : INRA

Mai 2010

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Unité Nom de l'unité : Unité de Recherches sur les Espèces Fruitières

Label demandé : UR INRA

N° si renouvellement : 419

Nom du directeur : Mme Béatrice DENOYES-ROTHAN

Membres du comité d'experts

Président :

M. Francis QUETIER, Université d’Evry Val d’Essone, France

Experts :

M. Charles-Eric DUREL, INRA Angers, France

M. Bruno FADY, Agroparc St-Paul, Avignon, France

Experts proposé par des comités d’évaluation des personnels :

M. Patrick VINCOURT (CSS INRA)

Représentants présents lors de la visite Délégué scientifique représentant de l'AERES :

M. Marc LALANDE

Représentant(s) des établissements et organismes tutelles de l'unité :

Mme Hélène LUCAS, Chef du Département génétique et Amélioration des Plantes (DGAP)

M. Benoît FAUCONNEAU, Président du Centre INRA de Bordeaux

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Rapport

1 Introduction

• Date et déroulement de la visite :

La visite s’est déroulée le lundi 30 novembre, de 8h15 à 16h30 et a suivi la séquence suivante : (1) réunion préliminaire du comité à huis-clos ; (2) présentation du bilan et du projet scientifique de l’unité, qui est composée d’une seule équipe, par la Directrice de l’Unité ; (3) entretien du comité, en présence du représentant de l’AERES, avec le personnel de l’unité, toutes catégories confondues, en l’absence de la directrice de l’unité et de la chef du département GAP de l’INRA ; (4) discussion approfondie (pendant plus d’1 heure) très fructueuse avec la direction de l’unité ; (5) les membres du comité en présence du représentant de l’AERES ont confronté leurs appréciations et préparé les éléments clefs du rapport d’évaluation.

• Historique et localisation géographique de l’unité et description synthétique de son domaine et de ses activités :

L’UREF possède un long historique. Après le départ de l’équipe vigne en 2007, l’unité a été évaluée par l’INRA en mars 2008 et la direction a décidé de la placer en « évolution de type 1 », avec une re-évaluation à mi parcours qui correspond à la présente mission de l’AERES. Depuis cette date, la direction en a été confiée à Béatrice Denoyes-Rothan, aidée d’une directrice adjointe, avec une mission déclinée très précisément en 12 points. L’UREF s’est restructurée en 2007 sur un seul projet fédérateur, l’adaptation des espèces rosacées fruitières aux changements climatiques et son activité s’inscrit donc dans le nouveau champ thématique de l’INRA « réduction des intrants, adaptation aux contraintes abiotiques et aux changements climatiques ». En ce qui concerne la localisation géographique, l’UREF est située sur le campus de Villenave d’Ornon, et une partie du personnel doit se déplacer régulièrement sur des parcelles de l’ unité expérimentale Arboricole localisées sur deux sites à 40 ou 115 kms.

• Equipe de Direction :

L’UREF est désormais constituée d’une seule équipe, rassemblant une trentaine de personnes dont 26 titulaires. L’équipe de direction est constituée d’une directrice et d’une directrice-adjointe, qui travaillent en très bonne complémentarité. La direction s’appuie sur un conseil scientifique de 9 personnes relevant de l’Unité (2 réunions par mois), et également sur un conseil de service rassemblant 8 personnes du service (4 réunions par an).

L’équipe de direction se coordonne avec la direction de l’unité expérimentale Arboricole 2 fois par an.

• Effectifs de l’unité (sur la base du dossier déposé à l’AERES) :

La composition des effectifs de l’unité montre un déséquilibre au niveau du collège chercheurs qui ne comprend plus qu’une personne CR1 en 2011. Parmi le personnel N4 du tableau ci-dessous, 4 sont ingénieurs de recherche. A l’inverse, l’importance des personnels techniques est en rapport avec (1) le phénotypage et le génotypage (dans une moindre mesure) de nombreux échantillons et (2) la présence d’une activité significative de type Centre de Ressources Génétiques (collections d’arbres fruitiers de plusieurs espèces).

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Dans le

bilan

Dans le

projetN1 : Nombre d’enseignants-chercheurs (cf. Formulaire 2.1 du dossier de l’unité)

0 0

N2 : Nombre de chercheurs des EPST ou EPIC (cf. Formulaire 2.3 du dossier de l’unité)

2 1

N3 : Nombre d’autres enseignants-chercheurs et chercheurs (cf. Formulaire 2.2 et 2.4 du dossier de l’unité)

0 0

N4 : Nombre d’ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs titulaires (cf. Formulaire 2.5 du dossier de l’unité)

28,9 ETP

26,9 ETP

N5 : Nombre d’ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs non titulaires (cf. Formulaire 2.6 du dossier de l’unité)

1 1

N6 : Nombre de doctorants (cf. Formulaire 2.7 du dossier de l’unité)

2 0

N7 : Nombre de personnes habilitées à diriger des recherches ou assimilées

2 2

2 Appréciation sur l’unité

• Avis global :

Le document écrit est très bien construit pour la partie bilan, avec une bonne auto-analyse critique ; le passage de l’ancienne structuration à la nouvelle architecture est un peu plus complexe à suivre, notamment au niveau des changements en personnels ( les Post-docs et les doctorants tout particulièrement dans les organigrammes) et l’auto-analyse critique pour l’activité nouvelle est en retrait.

L’avis unanime émis par le comité au cours de sa réunion à huis clos est globalement assez positif, mais avec quelques points qui restent préoccupants. La reconstruction en une équipe travaillant sur une seule thématique, l’adaptation des arbres fruitiers au changement climatique, est maintenant bien assise, avec des modèles biologiques pertinents, et la nouvelle équipe de direction de l’unité a accompli avec une très bonne efficacité la transition vers un dynamisme et un enthousiasme renaissant. La situation actuelle a paru satisfaisante sur le plan de la restructuration et globalement bonne au niveau des stratégies mises en œuvre pour atteindre les objectifs scientifiques ; par ailleurs, la baisse de publications enregistrée sur 2007 a maintenant laissé la place en 2008 et 2009 à une remontée significative en quantité comme en qualité des revues. Par ailleurs, la nouvelle équipe de direction a insufflé un nouveau dynamisme à l’ensemble du personnel, dynamisme qui est apparu bien ancré pour chacune des catégories. La période de reconstruction apparaît donc maintenant achevée et l’étape suivante de stabilisation est déjà bien entamée. Ces paramètres positifs amènent le comité à avancer que l’unité devrait quitter le statut d’unité en évolution de type 1 pour acquérir un statut plus stable. Afin de conforter dans la durée cette évolution favorable, et notamment dans le but d'enrichir l'environnement scientifique de travail de l'UREF, le comité recommande vivement à court terme son intégration dans l’une des TGU locales sur la base du projet d’unité.

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• Points forts et opportunités :

Le point fort est que sur les 12 points listés dans le cahier des charges dressé dans la lettre de mission de l’INRA d’août 2008, 11 sont complètement remplis :

• animation scientifique : 2 réunions chaque mois

• hiérarchisation des actions à mener : diagramme mis en place et réalisé

• gestion des compétences et formations : mises en place

• Conseil de service : fonctionnel, 4 réunions par an

• organisation de l’unité : le schéma fonctionnel a été validé et le fonctionnement observé est opérationnel

• la gestion de l’unité est claire, et les aspects financiers sont transparents ( pot commun par prélèvement sur contrats)

• concertation avec l’UE Arboricole : mise en place et fonctionnelle, 2 réunions par an.

• participation de l’UREF à la dynamique de gestion des collections d’arbres fruitiers et à la valorisation : très apparentes dans le bilan et à travers les discussions avec l’ensemble du personnel

• synergie avec les filières et la valorisation : une bonne part de l’activité de l’UR y est dédiée, avec des liens solides, qui apparaissent routiniers. L’opération mise en place avec le Ciref, sous forme du détachement d’un ingénieur au sein de l’UR est un très beau succès, qui a d’ailleurs su débouché sur le montage d’une thèse CIFRE (information bien appréciée par le comité lors de l’entretien avec le personnel).

• publication : le rythme et la qualité de revues sont repartis sur une bonne pente.

• l’Assurance Qualité en Recherche est présente pour chacune des espèces travaillés (présence d’un chapitre dédié pour chacune d’elles dans le rapport).

Le comité est unanime pour féliciter vivement le binôme de direction de l’unité pour son excellent travail accompli depuis plus d’un an, mené avec efficacité et qui est apparu bien apprécié par l’ensemble du personnel de l’unité. Les résultats obtenus sont à la hauteur de l’investissement consenti. Les collaborateurs appaissent très remotivés, tout en restant préoccupés par le mode de sortie du statut d’équipe en évolution de type 1.

La gestion des fins de projets a été bien anticipée et n’a pas soulevé d’inquiétude dans le comité et la restriction du nombre d’espèces étudiées a été globalement bien intégrée. La compétence de l’UR en génétique et génomique des rosacées a permis l’intégration dans plusieurs projets internationaux.

• Points à améliorer et risques :

Le départ relativement récent de l’un des deux chercheurs CR1 a significativement diminué le potentiel de recherche de l’UREF, en enlevant un volet productif ainsi qu’une compétence en évolution et génétique des populations non partagée dans l’unité. Ces deux points seront vraisemblablement présents dans les négociations pour l’intégration de l’unité dans une TGU.

Le seul point parmi les 12 items du cahier des charges commenté ci-dessus où il reste encore un effort de réflexion, concerne le phénotypage pour l’étude de l’adaptation à la sécheresse ; les choix des paramètres pertinents, engagés depuis la lettre de mission, n’ont pas encore abouti, notamment –mais pas uniquement- au niveau du système racinaire. Les stratégies d’études qui pourront s’appliquer une fois que ces critères phénotypiques auront été sélectionnés sont assez génériques et donc applicables. Compte tenu de la longue période de temps écoulée depuis le démarrage de la réflexion, il est nécessaire que ce frein initial - la recherche du ou des paramètres de phénotypage pour la sélection – ne reste pas au stade d’un simple affichage et soit complètement défini sans tarder, en liaison avec l’aide d’équipes de recherche extérieures, pour ne pas obérer un pan d’activité du projet scientifique.

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Une partie du projet de recherche implique des techniques de séquençage à moyen/haut débit, notamment pour le transcriptome ; l’existence d’une plateforme bordelaise constitue un atout appréciable, mais le traitement des données et les analyses devront être menés en interne à l’UR ; les moyens humains et les compétences qui doivent les accompagner (en particulier au niveau de l’informatique, qui apparaît limitante) ne sont pas apparus suffisament pris en compte et anticipés dans le document écrit et dans la présentation.

Le personnel a de très bonnes compétences techniques en phénotypage qui seront très utiles pour la réalisation du projet d’unité et le suivi et maintien des collections. L’accompagnement du personnel dans les changements techniques qui sont introduits suite à la restructuration ne semble cependant pas suffisant pour une partie des collaborateurs. Un effort reste à injecter, en dehors de la partie création variétale dont le bilan très positif a été bien valorisé.

Cette même restructuration induit des problèmes au niveau des espèces qui ne seront plus étudiées par l’UR, mais dont les collections, parfois uniques au plan national ou même international, doivent être maintenues, et sont actuellement très efficacement gérés par le Centre de Ressources Génétiques hébergé par l’UREF. Le comité suggère à la direction de mener une recherche de solutions auprès des instances nationales (INRA et autres) et internationales en commun avec la direction de l’UE Arboricole pour pérenniser ces collections et les données qui y sont attachées. Cette réflexion pourrait aborder un éventuel futur glissement de personnels techniques de l’UR vers l’UE pour le maintien de ces collections. Un renforcement de la coordination entre les deux unités devrait permettre de mieux prendre en compte la prospection et l’analyse de collections étrangères (sur Prunus)

Le temps injecté par la DU et la DU adjointe dans la restucturation et la dynamisation de l’unité est très important et a été trouvé au détriment de leur activité scientifique personnelle. Cette situation délicate ne peut s’étendre encore longtemps. Une première mesure, indépendante des autres à venir, pourrait certainement reposer sur une implication plus importante des autres chercheurs et ingénieurs de l’UREF (et du CR1 notamment) dans la gouvernance et le collectif de l’unité.

• Recommandations au directeur de l’unité:

Le comité considère que la période de reconstruction, basée sur des choix déjà validés et une mise en exécution réussie, est maintenant terminée ; les choix stratégiques, la gestion des fins de contrats, la nouvelle dynamique et la motivation de l’ensemble du personnel sont au rendez-vous. Le comité pense qu’il faut maintenant passer à la phase suivante, la préparation de la sortie du statut d’équipe en évolution de type 1 et rechercher dès à présent différentes formules d’association pour conduire le projet d’unité. Compte-tenu de la taille de l’équipe, réduite par le départ d’un des deux CR1, la continuation en autonomie n’est vraisemblablement pas la formule la plus porteuse pour l’avenir sans recrutement de chercheurs. Une solution judicieuse pourrait être l’intégration dans l’une des TGU en émergence à Bordeaux. Dans cette optique, la restructuration opérationnelle et scientifique qui a été menée au sein de l’UREF est un très bon atout, avec des objectifs validés, bien visibles et une équipe motivée et à multiples compétences ; il conviendra d’y ajouter la clarification en cours en ce qui concerne la gestion des activités du Centre de Ressources Génétiques pour les espèces non maintenues dans le projet d’unité (châtaignier, noyer), avec les moyens impliqués, en liaison avec l’UE Arboricole afin que les négociations entre équipes UREF et TGU se déroulent dans la plus grande clarté. L’équipe actuelle de Direction a fait ses preuves pour conduire à l’avenir cette équipe ; elle apparaît tout-à-fait légitimée et à même de mener cette étape d’intégration avec efficacité.

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• Données de production : (cf. http://www.aeres-evaluation.fr/IMG/pdf/Criteres_Identification_Ensgts-Chercheurs.pdf)

A1 : Nombre de produisants parmi les chercheurs et enseignants chercheurs référencés en N1 et N2 dans la colonne projet

1

A2 : Nombre de produisants parmi les autres personnels référencés en N3, N4 et N5 dans la colonne projet

Entre 2 et 6 suivant les critères

A3 : Taux de produisants de l’unité [A1/(N1+N2)] 100%

Nombre d’HDR soutenues 1

Nombre de thèses soutenues 2

Autre donnée pertinente pour le domaine (à préciser…) 5 créations variétales

3 Appréciations détaillées :

• Appréciation sur la qualité scientifique et la production :

Compte tenu de la restructuration importante et de la nouvelle mission confiée à l’unité à la mi 2008, il serait tentant de ne prendre en compte que l’activité menée depuis cette date ; ce laps de temps étant inférieur à 2 ans, la quantification sur une période aussi courte ne peut pas être déjà représentative pour une thématique usuelle et n’a plus beaucoup de sens pour une activité sur des arbres fruitiers; il est par ailleurs nécessaire d’une part d’intégrer dans le bilan le CR1 qui était encore présent en 2009 et qui aura rejoint une autre unité en 2010, et d’autre part de ne pas intégrer les 3 personnes qui ne sont pas physiquement présentes dans l’unité (longue maladie, disponibilité, formation longue durée). En conclusion, un pointage sur un pas de temps plus long montre que la production de l’UREF est honorable, qu’elle implique la plupart des membres, et que la reprise après la baisse de 2007 est significative.

— Qualité et pérennité des relations contractuelles :

Le bilan apparaît satisfaisant à travers les contrats nationaux et internationaux. Les relations avec les filières sont également bien ancrées ; à noter l’opération bien assise avec le CIREF

• Appréciation sur le rayonnement, l’attractivité, et l’intégration de l’unité de recherche dans son environnement :

— Nombre et renommée des prix et distinctions octroyés aux membres de l’unité, y compris les invitations à des manifestations internationales :

Deux prix/distinctions en registre national

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— Capacité à recruter des chercheurs, post-doctorants ou étudiants de haut niveau, en particulier étrangers :

L’unité étant en évolution, seuls les post-docs, doctorants et ingénieurs/Masters sont à considérer. Compte tenu des caractéristiques de l’unité, le bilan est globalement satisfaisant.

— Capacité à obtenir des financements externes, à répondre ou susciter des appels d’offres, et à participer à l’activité des pôles de compétitivité :

Le nombre de financements externes est bon ; la participation de l’UREF à l’activité des pôles de compétitivité n’est pas mentionnée dans le bilan ; ceci est peut être dû au fait que le pôle de compétitivité de Bordeaux porte sur le pin maritime, qui n’est pas un arbre fruitier.

— Participation à des programmes internationaux ou nationaux, existence de collaborations lourdes avec des laboratoires étrangers :

Bonnes participations au COST 863 et ISAFRUIT, GenRes, projet inter-régions Europe et divers collaborations bilatérales avec l’étranger.

— Valorisation des recherches, et relations socio-économiques ou culturelles :

Très bonne activité, concrétisée par 10 sorties variétales « cerise » entre 2005 et 2009. Liaison opérationnelle avec le CIREF très réussie.

• Appréciation sur la stratégie, la gouvernance et la vie de l’unité:

Cf appréciations déjà mentionnées plus haut.

— Pertinence de l’organisation de l’unité, qualité de la gouvernance et de la communication interne et externe :

Cf appréciations déjà mentionnées plus haut.

— Pertinence des initiatives visant à l’animation scientifique, à l’émergence, et à la prise de risques :

Cf appréciations déjà mentionnées plus haut.

— Implication des membres de l’unité dans les activités d’enseignement et dans la structuration de la recherche en région :

— Le flux des stagiaires est bon.

• Appréciation sur le projet :

— Existence, pertinence et faisabilité d’un projet scientifique à moyen ou long terme :

Cf appréciations déjà mentionnées plus haut.

10

— Existence et pertinence d’une politique d’affectation des moyens :

Cf appréciations déjà mentionnées plus haut.

— Originalité et prise de risques :

Cf appréciations déjà mentionnées plus haut.

4 Analyse équipe par équipe et/ou par projet Sans objet, une seule équipe

Note de l’unité

Qualité scientifique et production

Rayonnement et

attractivité, intégration dans l’environnement

Stratégie,

gouvernance et vie du laboratoire

Appréciation du

projet

B B B A B