Rapport de mission - Afrique Centrale · Le présent rapport fait état, dans une seconde partie, du déroulement des travaux et de quelques recommandations formulées à l’issue

RAPPORT DE FORMATION

Contrat de Désendettement et de Développement

Programme d’Appui à la Recherche – 2013

Techniques de collecte,

de traitement statistique

et d’analyses factorielles multivariées,

avec le logiciel R, de données

issues d’expérimentations agricoles

Formations du 3 au 7 juin et du 9 au 13 septembre

Michel Ndoumbé Nkeng, Irad, Douala, Cameroun

Christian Cilas, Cirad, Montpellier, France

Ce rapport a été élaboré dans le cadre du Contrat de Désendettement

et de Développement - Programme d'Appui à la Recherche par

Michel Ndoumbé Nkeng et Christian Cilas.

Formations du 3 au 7 juin et du 9 au 13 septembre 2013.

Techniques de collecte, de traitement statistique et d’analyses

factorielles multivariées, avec le logiciel R, de données issues

d’expérimentations agricoles.

© Cirad, Direction régionale en Afrique Centrale, 2013.

Formation - Techniques traitement statistique et d’analyses factorielles multivariées, avec le logiciel R, de données issues

d’expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre 2013. M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad).

3

Sommaire

INTRODUCTION .............................................................................................................. 4

PREMIERE SESSION DE FORMATION – JUIN 2013 .................................................... 5

Objectifs de la formation .......................................................................................................... 5

Déroulement de l’atelier............................................................................................................ 5

> Les participants ................................................................................................................. 5

> Démarche pédagogique..................................................................................................... 5

Résultats obtenus ..................................................................................................................... 6

Conclusion et recommandations ............................................................................................. 6

DEUXIEME SESSION DE FORMATION – SEPTEMBRE 2013 ...................................... 8

Objectifs de la formation .......................................................................................................... 8

Déroulement de l’atelier............................................................................................................ 8

> Les participants ................................................................................................................. 9

> Démarche pédagogique..................................................................................................... 9

Résultats obtenus ..................................................................................................................... 9

Conclusion et recommandations ........................................................................................... 10

ANNEXES ...................................................................................................................... 11

Annexe 1. Liste des participants à la première session de formation ................................ 12

Annexe 2. Chronogramme détaillé du premier atelier .......................................................... 13

Annexe 3. Liste des participants à la deuxième session de formation ............................... 14

Annexe 4. Chronogramme détaillé du second atelier........................................................... 15

Annexe 5. Liste des abréviations ........................................................................................... 16



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Introduction

Il est généralement reconnu que la recherche est la pierre angulaire du développement

technologique. Dans cette recherche, celle agronomique est l’un des principaux facteurs de

l’amélioration de la production alimentaire mondiale des trente dernières années. Au Cameroun

comme dans tous les pays en voie de développement, les progrès technologiques en agriculture

sont, en grande partie, tributaires des résultats de la recherche agronomique. Ces progrès

contribuent à l’accroissement de la production alimentaire et des revenus des paysans,

participant ainsi à la lutte contre la pauvreté.

La recherche agronomique procède par expérimentation ou par des enquêtes dans la recherche

des solutions aux problèmes de production. Les données ainsi collectées doivent ensuite être

analysées et interprétées. Malheureusement, du fait de leur capacité limitée à effectuer les

analyses statistiques de ces données collectées sur le terrain, les chercheurs ont assez souvent

beaucoup de mal à publier les résultats des travaux de recherche dans les revues scientifiques.

Dans le but d’assurer une mise à niveau de ces scientifiques en matière de maîtrise d’utilisation

de logiciel de traitement et d’analyses statistiques des données, l’équipe de coordination des

projets C2D–PAR a organisé une première session de formation intitulée « Techniques de

collecte et de traitement statistique », avec le logiciel R, des données issues d’expérimentations

agricoles ». Le présent rapport fait état, dans une première partie, du déroulement des travaux

et de quelques recommandations formulées lors de cette session.

Suite à ce premier atelier, une des recommandations formulées était l’organisation d’une autre

session de formation, portant sur des modules statistiques plus avancés. C’est dans ce cadre

que s’est inscrit une deuxième session de formation du 9 au 13 septembre 2013.

Outre la présence du biostatisticien Irad, les participants ont également bénéficié de la présence

d’un biostatisticien senior du Cirad, avec qui l’atelier a été co-animé.

Le présent rapport fait état, dans une seconde partie, du déroulement des travaux et de

quelques recommandations formulées à l’issue de cette seconde session de formation.



5

Première session de formation - juin 2013

Objectifs de la formation L’objectif général de la formation était de fournir aux chercheurs impliqués, les outils

méthodologiques nécessaires pour affiner leurs protocoles d’essais ou d’enquête et mieux traiter

les données qui en sont issues.

De manière spécifique, il s’est agi de :

Parcourir les principes généraux d’expérimentation agricole et d’enquête.

Effectuer et interpréter quelques techniques classiques d’analyses statistiques.

Familiariser les chercheurs à l’utilisation d’un logiciel spécialisé d’analyses statistiques (R).

Déroulement de l’atelier L’atelier s’est déroulé durant cinq jours consécutifs, du 3 au 7 juin 2013. Les horaires de travail

allaient de 9h00 à 17h00. Chacune des journées était ponctuée par deux pauses (10h30 –

11h00, 13h00-14h00).

La première journée de la formation, présidée par le directeur général adjoint de l’Irad

accompagné du représentant du directeur régional du Cirad, a commencé par un partage des

termes de référence. Cet exercice s’est effectué en deux phases successives :

Présentation de l’orientation et contenu de l’atelier.

Présentation de la démarche pédagogique.

A partir du deuxième jour, les travaux commençaient par une restitution de la journée

précédente, faite par les participants.

> Les participants Il y a eu 17 participants, représentant neuf projets, notamment les projets « Plantain »,

« Manioc », « Pomme de terre », « Sorgho », « Riz », « Légumineuses », « Horticulture »,

« Agroforesterie », et « Volaille » (cf. figure 1). 18 % des participants étaient de sexe féminin.

L’absence des membres du projet « Agrosystèmes du Nord » a été déplorée.

La modération et l’animation de l’atelier ont été assurées par Michel Ndoumbé Nkeng,

biométricien. (cf. liste des participants en annexe 1)

> Démarche pédagogique Pendant la formation, le consultant a alterné exposés théoriques et travaux pratiques. Au cours

des travaux pratiques, les participants ont travaillé chacun sur leur poste. Les participants ont

été responsabilisés par projet pour prendre des notes afin d’élaborer le compte rendu le

lendemain et de s’assurer du respect du timing. Les exposés des restitutions journalières ont

servi au consultant de moyen d’évaluation progressive du degré de maîtrise des connaissances

acquises. Les divers exposés du consultant ont été progressivement remis aux participants.



6

Une évaluation a permis un examen de la formation à la fin de la session. Elle a consisté à

emmener les formés à porter un jugement sur la pertinence des thèmes, la démarche

pédagogique et le degré d’assimilation. En fin de formation, des attestations ont été remises aux

participants.

Résultats obtenus À l’issue de cet atelier, les résultats suivants ont été obtenus :

Les participants se sont approprié les notions de principes généraux d’expérimentation et

d’enquête.

Les participants se sont davantage familiarisés à l’utilisation du logiciel d’analyses

statistiques R.

Les participants des sont familiarisés aux notions de traitement de base des données,

notamment :

- Mise en forme et apurement des données.

- Transfert des données vers le logiciel R.

- Statistique descriptive (techniques graphiques et résumés numériques).

- Analyse de régressions.

- Analyse de variance et tests de comparaisons des moyennes.

- Analyse de covariance.

Conclusion et recommandations Au vu des résultats de l’évaluation par les participants, il est possible d’affirmer que les travaux

de cet atelier se sont bien déroulés. L’ambiance était cordiale et détendue. Les 6 objectifs liés à

cette formation ont été atteints. Les participants ont jugé les méthodes pédagogiques très

satisfaisantes. Ils ont loué le professionnalisme du formateur dont l’approche était active,

participative et instructive. Ils ont, pour la plupart, apprécié le fait d’avoir insisté sur l’étape de

mise en forme des données avec MS EXCEL, pratique qui leur permettait d’avoir un aperçu

global des données, préalable aux analyses statistiques proprement dites. La disponibilité d’une

connexion Internet dans la salle de formation a été grandement appréciée.



7

Certains participants ont néanmoins eu à déplorer l’environnement de travail, qu’ils n’ont pas

trouvé adéquat tant au niveau de l’espace (salle jugée petite pour le nombre de participants) que

de la climatisation. D’autres participants ont estimé que le formateur était par moments très

rapide dans les explications.

Du fait de la proximité du lieu de formation avec les bureaux des chercheurs locaux, certains ont

souvent dus être sollicités pour d’autres services.

De façon générale, les participants ont émis le vœu que ce genre d’expérience puisse se

renouveler.

A l’issue de cet atelier, les recommandations suivantes peuvent être formulées :

Pour capitaliser les notions acquises au cours de cette formation, il serait nécessaire qu’à

court terme, un autre atelier soit organisé avec les mêmes participants, pour aborder des

modules plus avancés, notamment ceux relatifs aux techniques d’analyses factorielles

multivariées (analyses en composantes principales, analyse factorielle des

correspondances, classification ascendante hiérarchique et analyse discriminante) et/ou au

modèle linéaire généralisé.

Il serait souhaitable que le prochain atelier se tienne hors des locaux de l’Irad, voire hors de

la ville de Yaoundé, pour que tous les participants puissent pleinement se consacrer à la

formation proprement dite.



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Deuxième session de formation -

septembre 2013

Objectifs de la formation L’objectif général de cette deuxième session de formation était de familiariser les chercheurs à

la pratique des techniques d’analyses factorielles multivariées afin de mieux valoriser les

données issues d’enquêtes ou d’expérimentations agricoles.

De manière spécifique, il s’est agi de :

Parcourir les principes généraux d’expérimentation agricole et d’enquête.

Effectuer et interpréter quelques techniques classiques d’analyses statistiques.

Familiariser les chercheurs à l’utilisation d’un logiciel spécialisé d’analyses statistiques, R.

Déroulement de l’atelier L’atelier s’est déroulé durant cinq jours consécutifs, du 9 au 13 septembre 2013. Les horaires de

travail allaient de 9h00 à 17h00. Chacune des journées était ponctuée par deux pauses (10h30

– 11h00, 13h00-14h00).

La première journée de la formation, co-présidée par le directeur régional du Cirad et le

directeur général adjoint de l’Irad, a commencé par un partage des termes de référence, sur le

même principe que celui suivi lors de la première formation.

Par la suite, le déroulement de cet atelier s’est reposé les mêmes bases que celles du

précédent atelier ayant eu lieu en juin.



9

> Les participants Il y a eu 12 participants, représentant les dix projets C2D-PAR, notamment les projets

« Plantain », « Manioc », « Pomme de terre », « Sorgho », « Riz », « Légumineuses »,

« Horticulture », « Agroforesterie », « Volaille », et « Agrosystèmes du Nord » (cf. figure 1), avec

25% des participants du genre féminin.

La formation a été assurée par Dr Christian Cilas (biométricien – Cirad) et Dr Michel Ndoumbe

Nkeng (biométricien – Irad). (cf. liste des participants en annexe 3).

> Démarche pédagogique La démarche pédagogique de cette formation est en tout point identique à celle de la formation

précédente (cf. page 5 ci-dessus).

Résultats obtenus À l’issue de cet atelier, les participants sont capables de :

Effectuer et interpréter une analyse en composantes principales (Principal Component

Analysis).

Effectuer et interpréter une analyse des correspondances (Correspondance analysis).

Effectuer et interpréter une analyse discriminante (Discriminant analysis).

Effectuer et interpréter une analyse de classification ascendante hiérarchique (Cluster

analysis).

Les participants se sont également davantage familiarisés à l’utilisation du logiciel d’analyses

statistiques R, logiciel statistique libre et gratuit.



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Conclusion et recommandations Tout comme lors de l’atelier tenu au mois de juin, il est possible d’affirmer au vu des résultats de

l’évaluation par les participants, que les travaux de cet atelier se sont bien déroulés ; l’ambiance

était cordiale et détendue ; les objectifs liés à cette formation ont été atteints. Les participants

ont globalement trouvé l’environnement de travail calme et convivial. Les méthodes

pédagogiques et le contenu de la formation ont été jugés très satisfaisants.

Certains participants ont néanmoins eu à déplorer le cadre de travail qu’ils ont trouvé restreint,

avec une connexion Internet pas toujours satisfaisante. D’autres participants ont estimé que,

lors des exposés théoriques, les formateurs étaient par moments très rapides. Pour d’autres

encore, la partie du cours sur l’analyse spatiale leur a paru superflue.

Les formateurs ont exprimé leur disponibilité à répondre aux sollicitations éventuelles des

participants.

A l’issue de cet atelier, la principale recommandation formulée est que les participants

présentent à leurs équipes respectives et aux autres membres des projets ce qu’ils ont appris

durant ces sessions de formation. Ceci les amènerait, non seulement à revisiter de fond en

comble les notions acquises, mais aussi à partager ces connaissances avec leurs autres

collègues.



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Annexes

1. Liste des participants à la première session de formation.

2. Chronogramme détaillé du premier atelier.

3. Liste des participants à la deuxième session de formation.

4. Chronogramme détaillé du second atelier.

5. Liste des abréviations.

Formation - Techniques traitement statistique et d’analyses factorielles multivariées, avec le logiciel R, de données issues d’expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre 2013. M.

Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad).

12

Annexe 1. Liste des participants à la première session de formation



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Annexe 2. Chronogramme détaillé du premier atelier

Horaires Journée

03.06.2013 04.06.2013 05.06.2013 06.06.2013 07.06.2013

9H00 -

10H30

Inscription des participants.

Partage des TDR.

Désignation des rapporteurs.

Mot DR/Cirad.

Mot d’ouverture (DG/Irad).

Restitution jour 1.

Principes généraux

d’expérimentation.

Rappel de quelques

dispositifs expérimentaux

classiques.

Restitution jour 2.

Exercices pratiques

Mise en forme des

données et transfert

vers le logiciel R.

Restitution jour 3.

Exercices pratiques

Test d’indépendance de

deux caractères

qualitatifs.

Restitution jour 4.

Exercices pratiques

Statistique inférentielle:

Comparaison des

moyennes de 2

échantillons indépendants.

10H30 –

11H00 Pause-café Pause-café Pause-café Pause-café Pause-café

11H00 –

13H00

Présentation générale de la

problématique de

l’harmonisation du système de

traitement des données issues

des essais.

Rappel de quelques

dispositifs expérimentaux

classiques (suite).

Exercices pratiques

Statistique descriptive:

Techniques graphiques.

Exercices pratiques


Comparaison des

moyennes de 2

échantillons

indépendants.

Exercices pratiques


Comparaison des

moyennes de plus de 2

échantillons (ANOVA 1).

13H00 –

14H00 Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner

14H00 –

17H00

Installation et présentation du

logiciel spécialisé d’analyses

statistiques R.

Exercices pratiques

Elaboration d’un dictionnaire

des données et d’un masque

de saisies.

Exercices pratiques

Statistique descriptive :

Résumés numériques.

Exercices pratiques

Statistique inférentielle :

Analyse de corrélation et

de régression linéaire.

Analyse des résidus.

Synthèse formation.

Evaluation de l’atelier.

Fin de l’atelier.

NB : Tous les exercices pratiques se feront avec le logiciel R.



14

Annexe 3. Liste des participants à la deuxième session de formation



15

Annexe 4. Chronogramme détaillé du second atelier

Horaires Journée

03.06.2013 04.06.2013 05.06.2013 06.06.2013 07.06.2013

9H00 -

10H30

Inscription des participants.

Partage des TDR.

Désignation des rapporteurs.

Mot DR/Cirad.

Mot d’ouverture (DG/Irad).

Restitution jour 1.

Analyse bivariée: Analyse

des corrélations.

Restitution jour 2.

Test d’indépendance de deux

caractères qualitatifs.

Analyse factorielle des

correspondances (AFC).

Restitution jour 3.

Classification

ascendante hiérarchique

(CAH).

Restitution jour 4.

Introduction aux

techniques d’analyse

spatiale

(notions de

géostatistique).

10H30 –

11H00 Pause-café Pause-café Pause-café Pause-café Pause-café

11H00 –

13H00

Rappel des notions de

Statistique descriptive.

Analyse en composantes

principales (ACP).

Exercices pratiques


correspondances (AFC).

Exercices pratiques

Classification

ascendante hiérarchique

(CAH).

Synthèse formation.

Evaluation de l’atelier.

Fin de l’atelier.

13H00 –

14H00 Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner

14H00 –

17H00

Exercices pratiques

Rappel Statistique descriptive :

techniques graphiques et

résumés numériques.

Exercices pratiques

Analyse en composantes

principales (ACP).

Exercices pratiques


correspondances multiples

(ACM).

Introduction à l’analyse

discriminante (AD).

NB : Tous les exercices pratiques se feront avec le logiciel R.



16 16

Annexe 5. Liste des abréviations

ACP, Analyse en composantes principales.

ACM, Analyse factorielle des correspondances multiples.

AD, Analyse discriminante.

AFC, Analyse factorielle des correspondances.

ANOVA, Analyse de la variance.

C2D, Contrat de désendettement et de développement.

CAH, Classification ascendante hiérarchique.

CIRAD, Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement.

DG, Directeur général.

DR, Directeur régional.

IRAD, Institut de recherche agricole pour le développement.

PAR, Programme d’appui à la recherche.

SAF, Système agroforestier.

TDR, Termes de références.



17 17

NOTES



18 18

Direction régionale Afrique centrale

Rue Joseph Elig Essono Balla

Yaoundé, Cameroun

Tél. : +237 22 21 25 41

www.cirad.fr

Documents

Rapport de mission - Afrique Centrale · Le présent rapport fait état, dans une seconde partie, du déroulement des travaux et de quelques recommandations formulées à l’issue