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http://vip.creatis.insa-lyon.fr
http://www.creatis.insa-lyon.fr/vip
OBJECTIFS DU PROJET● Faciliter l'accès aux simulateurs d'images médicales.
● Partager des modèles d'organes, des données simulées, des simulateurs.
● Supporter les besoins de calcul et de stockage.
MÉTHODOLOGIE● Développement d'une plate-forme web permettant d'accéder aux
simulateurs Sindbad (CT), SIMRI (IRM), SimuBloch (IRM), FIELD-II (US), PET-Sorteo (TEP), GATE (multi-modalités).
● Construction d'une ontologie des modèles biologiques, des processus de simulation et des données simulées.
● Parallélisation sur la grille de calcul européenne EGI.
● Développement de méthodes d'auto-administration pour améliorer fiabilité et performance.
● Exploitation de l'information sémantique pour la construction de workflows.
APPLICATIONS● Base de données pour l'évaluation de la segmentation cardiaque.
● Développement d'une séquence d'imagerie ultrasonore pour l'estimation du mouvement cardiaque.
● Évaluation du simulateur CT Sindbad.
● Modélisation du cerveau et de l'artère inflammés.
RÉSULTATS● Plus de 400 utilisateurs enregistrés, ~30 ans CPU consommés chaque
mois.
● Un des portails les plus utilisés pour accéder à la grille EGI.
● Catalogue de modèles et de données simulées.
● Publications : 3 articles dans des journaux internationaux, 16 conférences, nombreuses contributions logicielles.
PERSPECTIVES● Utilisation plus large des outils sémantiques.
● Intégration d'autres infrastructures de calcul.
● Problèmes de gestion de données, “big data”.
● Références :[TMI 2013] T. Glatard et al. A Virtual Imaging Platform for multi-modality medical image simulation, IEEE Transactions on Medical Imaging, vol. 32, no. 1, pp. 110-118, 2013
[FGCS 2013] (to appear) R. Ferreira da Silva et al. "Self-healing of workflow activity incidents on distributed computing infrastructures", Future Generation Computer Systems, to appear, 2013.
[JGC 2013] (to appear) N. Cerezo et al. « Computer-assisted Scientific Workflow Design », submitted to Journal of Grid Computing
[HISB 2012] B. Gibaud et al. « OntoVIP: an ontology for the annotation of object models used for medical image simulation », IEEE International Conference on Healthcare Informatics, Imaging and Systems Biology (HISB), La Jolla, California, USA, pp. 110-119, 2012.
Virtual Imaging Platform (VIP)Plate-forme d'imagerie virtuelle…Programme COSINUS 2009
SIMULATION ET CALCUL HAUTE PERFORMANCE
Web portal
Workflow engineData managerMyProxy store
Databases
StorageComputing
ComputingStorage
Grid sites
Personal cluster
Computing
Scheduler
Simulated data
Workflows and toolsExecution logs
Biological models
Répartition des utilisateurs enregistrés dans VIP par pays en février 2013 (gauche) et années CPU consommé par VIP depuis août 2012 (droite).
Page d'accueil de la plate-forme VIP : 1. catalogue de modèles 2. catalogue de données simulées 3. éditeur de workflows 4. base de d'images cardiaques simulées 5. lancement de simulations.
Architecture de la plate-forme VIP
PartenairesCEA-Leti, CREATIS (coordinateur), INRIA Rennes, LTSI, Maat France, Université de Nice Sophia-Antipolis.
Exemple d'images simulées depuis la plate-forme VIP
