Suivi Temporel des Oiseaux Communs en Franche-Comtéfiles.biolovision.net/.../rapportsmissions/STOC2012v5.pdf · 2013-06-19 · ... Rapport de stage de Clémence LAPPRAND ... Courbes

Suivi Temporel des Oiseaux Communs enFranche-Comté

Bilan 2012 du Programme STOC-EPS – 11 ans de suivi

Réalisation : LPO Franche-Comté

Avril 2013

Suivi Temporel des Oiseaux Communs en Franche-ComtéBilan 2012 du Programme STOC-EPS – 11 ans de suivi

Etude financée par :

Etat / DREAL Franche-Comté

Région

Union Européenne/FEDER

Maître d’œuvre et d'ouvrage :

LPO Franche-ComtéMaison Régionale de l’Environnement7 rue Voirin25000 BESANCON: 03.81.50.43.10@ : [email protected]

Rédaction : Isabelle Leducq-Giroud

Relecture : Jean-Christophe Weidmann, Frédéric Jiguet – MNHN

Remerciements (71) : Frédéric Jiguet (coordinateur national du programme STOC-EPS, MNHN-CRBPO), Cécile Edelist (MNHN-CRBPO), Patrick Giraudoux (Université de Franche-Comté) et Clémence LAPPRAND (stagiaire 2012). Et aux STOCeurs : AUBRYGabriel, BETTINELLI Luc, BROCAIL Lilian, BUHRER Tina, CELLIER Thomas, CHAPUT Eric, CHEVALDONNET François, CHIFFAUT Alain,CONTEJEAN Georges, CRETIN Cyril, CRETIN Emmanuel, DAVID Antoine, DAVID Jean, DEFORET Laurent, DEFORET Thomas, DURLETPierre, ELOY Louis, FAUCOUP Loïc, FEUVRIER Benoît, FONTENEAU Alain, GADRET Grégory, GALLIOU Serge, GENIN Patrick, GERARDJean-Marc, GIROUD Marc, GOLLION Cyril, GUILLET Willy, HACQUEMAND Didier, HAGIMONT Aurélien, HECK Virginie, HELINDominique, JOLY Marc, JUSSYK Frédéric, KERVYN Patrice, LAIBE Denis, LAVRUT Didier, LECORNU Didier, LEGAY Philippe, LEMAIREElisabeth, LOCATELLI Guillaume, MAAS Samuel, MAILLOT Frédéric, MANGIN Caroline, MARCONOT Bernard, MAUVAIS Christophe,MENETREY Jérôme, MENNERAT Adèle, MICHELAT Dominique, MICHELAT Jean-Marie, MORIN Christophe, MORLET Louis, PARRATTECyrille, PAUL Jean-Philippe, PETITCOLLIN Corinne, PETITJEAN Guillaume, PIOTTE Christine, REMY Jean-Marie, REY-DEMANEUFFrançois, ROLLAND Cécile, ROUX ORTAR Caroline, RUFFINONI Frédéric, SCHMITT Aimé, SCHNEIDER Thomas, SENECHAL Cyril, SIESSJan, TERRAZ Luc, THEVENET Annie, VADAM Émilien, WEIDMANN Jean-Christophe, WOLFF Eric, WOLFF Patrick

Photo de couverture : Linotte mélodieuse, espèce des milieux agricoles (en diminution) © Cyril Sénéchal

Référence du document : LEDUCQ-GIROUD I. (2013). Suivi Temporel des Oiseaux Communs en Franche-Comté – Bilan 2012 du programme STOC-EPS – 11 ans de suivi. LPO Franche-Comté, DREAL Franche-Comté, Région et Union européenne: 32p

Suivi Temporel des Oiseaux Communs en Franche-ComtéBilan 2012 du programme STOC-EPS – 11 ans de suivi

LPO Franche-Comté – DREAL Franche-Comté, Région et Union EuropéenneLeducq-Giroud I. – Avril 2013 2

Table des matièresINTRODUCTION................................................................................................................................................5I. METHODE (Jiguet F., 2003)............................................................................................................................6II. ETAT DU RESEAU EN FRANCHE-COMTE.........................................................................................................7

2.1 Description temporelle du suivi.............................................................................................................72.2 Localisation géographique des carrés....................................................................................................7

III. RESULTATS ET ANALYSES DES DONNEES STOC-EPS DU RESEAU TEMOIN ....................................................93.1 Richesse et Abondance moyennes par carré en 2012 (hors mammifères)............................................93.2 Listes des espèces contactées en 2012: Fréquences et abondances.....................................................9

Les mammifères.....................................................................................................................................9Les oiseaux...........................................................................................................................................10

3.3. Tendances à long terme : méthode d'analyse et conclusions du stage...............................................11État des lieux de l'existant : analyse sous TRIM suivant un modèle linéaire.........................................11Comparaison de deux méthodes d'analyses: le modèle linéaire (TRIM) et le modèle mixte additif généralisé (GAMM)...............................................................................................................................12Effet de l'habitat...................................................................................................................................13Effet du passage précoce......................................................................................................................13

CONCLUSION ET PERSPECTIVES......................................................................................................................17TIRAGE AU SORT DE LOTS...............................................................................................................................17BIBLIOGRAPHIE...............................................................................................................................................18ANNEXES.........................................................................................................................................................19

Annexe 1 : Protocole STOC-EPS (Jiguet, 2003)...........................................................................................19Annexe 2 : Liste des espèces observées durant le programme STOC-EPS. Avec N pour effectif................27Annexe 3 : Rapport de stage de Clémence LAPPRAND..............................................................................32



Index des figuresFigure 1: Localisation des 2000 carrés suivis depuis 2001 (source : Jiguet F., 2011).........................................5Figure 2: Evolution du nombre de carrés suivis entre 2002 et 2012.................................................................7Figure 3: Répartition géographique des carrés STOC-EPS en Franche-Comté en 2012.....................................8Figure 4: Courbes de tendance issues d'un modèle mixte (GAMM) pour le Loriot d'Europe (à gauche) et le Pinson des arbres. (source : Lapprand C., 2012).............................................................................................12Figure 5 : Représentation des distributions au cours du temps du martinet noir (N=1655) (à droite, l’habitat est un effet «aléatoire» du modèle : la distribution est significativement représentée par le modèle. L’espèceprésente des variations inter-annuelles significatives d’effectif; à gauche, la probabilité de H0 étant supérieure à 0.05, l’effectif de la population peut être considéré stable) (source : Lapprand C., 2012).........13Figure 6: Effet du passage précoce sur la variation d'effectif moyen au cours du temps pour le Rougegorge familier (modèle mixte GAMM). Avec à gauche sans prise en compte du passage précoce (significatif) et à droite avec ce dernier (non significatif)..........................................................................................................14

Index des tableauxTableau 1: Liste des 12 mammifères observés sur 25 des 37 carrés EPS suivis en 2011.................................10Tableau 2: Liste des 10 espèces les plus abondantes et les plus fréquentes à l'échelle des carrés en 2012.. .10Tableau 3: Liste des 10 espèces les moins abondantes en 2012.....................................................................11Tableau 4: Liste des espèces observées durant le programme STOC-EPS. Avec N pour effectif......................27



INTRODUCTION

L'intérêt des scientifiques pour les oiseaux communs a débuté en 1989 en France et a été initié parle Centre de Recherche sur la Biologie des Populations d’Oiseaux (MNHN-CRBPO) du Muséum Nationald’Histoire Naturelle (Legay P., 2007). En effet, ces espèces communes, présentes en grands effectifs et dansde nombreux habitats, sont de bons indicateurs de l’état de conservation et du fonctionnement d’unécosystème donné. La prise de conscience des dégradations de notre environnement, des menaces et deschangements globaux, sont d’autant de raisons pouvant expliquer la nécessité de mettre en place des suiviset des actions avec :

– le suivi des espèces rares et la mise en place de mesures de protection : établissement d'aires protégées (N2000, réserves, SCAP,...), plan d'actions nationaux et régionaux

– le suivi de la nature « dite ordinaire » par le programme STOC (Suivi Temporel des Oiseaux Communs).

Ce programme est décliné en 2 protocoles complémentaires. Le programme STOC-EPS(Echantillonnage Ponctuel Simple) basé sur des points d’écoute et le programme STOC-Capture basé sur laméthode « capture-marquage-recapture ». Le réseau STOC-EPS repose sur l’investissement de nombreuxobservateurs et permet d’évaluer des variations d’abondance, des tendances et la création d’indicateurs(Legay P, 2010). Le réseau STOC-Capture permet, quant à lui, d’obtenir des informations sur les paramètresdémographiques (Julliard R., 2007).

En France, 2000 sites EPS ont été suivis depuis2001 (Figure 1) dans le cadre de ce programme (Jiguet F,2011). Le développement de ce réseau passe par unimportant travail de coordination, par l’augmentation dunombre de participants (de moins de 200 à 1300bénévoles) et par l’implication de nombreuses structures :Parcs Naturels, Réserves Naturelles de France, ONF,Réseaux Natura 2000, associations de protection de lanature…

En Franche-Comté, la coordination régionale duprogramme STOC-EPS est assurée depuis 2002 par leGroupe Naturaliste de Franche-Comté devenu en 2007 laLPO Franche-Comté. Ce suivi est actuellement financé parl’Etat, la Région et l'Union Européenne. 2012 constitue la11ème année de suivi. En ce qui concerne le programmeSTOC-Capture, la coordination régionale est réalisée parPierre Piotte, bagueur régional agréé. Il suit depuis 1989sept stations.

L'année 2012 a été marquée par un travail important de vérification de la base de données, parl'édition d'une plaquette de communication sur les 10 ans de STOC en Franche-Comté et par l'encadrementdu stage de Clémence LAPPRAND. Celui-ci a été réalisé dans le cadre de sa première année de Master àl'Université de Franche-Comté au laboratoire UMR Chrono-environnement.

Ce bilan comportera donc un état des lieux du réseau régional et les résultats de l'année 2012. Parchoix, aucune tendance à long terme ne sera fourni du fait du bilan très complet des 10 ans qui a été réalisédébut 2012. De plus, la pertinence de diffuser des tendances à long terme annuellement doit êtrerelativisée. Une fréquence biennale est plus adaptée. L'accent portera surtout sur les conclusions que l'onpeut tirer du stage cité ci-dessus.



Figure 1: Localisation des 2000 carrés suivisdepuis 2001 (source : Jiguet F., 2011)

I. METHODE (Jiguet F., 2003)

Au sein du réseau régional témoin, le protocole est basé sur un tirage aléatoire de carrés de 2*2km². Il est réalisé au niveau national par le MNHN-CRBPO dans un rayon de 10 km autour d’une communechoisie par un observateur. Chaque carré comporte alors 10 point EPS répartis de façon systématique ethomogène par l’observateur.

Ce protocole standardisé consiste à stationner pendant 5 minutes sur chaque point EPS et àdénombrer l’avifaune durant cette même période. Deux passages sont réalisés en période de reproductionafin d’échantillonner les nicheurs précoces et les tardifs. Ils doivent donc être effectués entre le 1 avril et le15 juin avec comme date charnière celle du 8 mai (jusqu’au 15 mai pour les carrés en altitude). L’intervalleentre les 2 passages doit être de 4 semaines minimum. Depuis 2011, un passage précoce en mars a ététesté. En effet, les changements climatiques influencent la phénologie des espèces (avancement de lareproduction, déplacement d'aire de répartition, etc...) ( Devictor V et al., 2008, Moussus J-P et al., 2009).Certaines espèces comme les Turdidés, étaient donc moins contactées lors du premier passage. Cela setraduisait par une diminution de leur effectif au cours du temps (Jiguet F et Moussus J-P, 2010). Laréalisation d'un passage précoce doit donc permettre d'identifier si les tendances négatives observées sontliés à un biais d'échantillonnage ou non. Depuis 2011, les observations de mammifères sur les points etentre les points sont également notées (optionnel).

Chaque relevé commence vers 6 ou 7 heures du matin pour terminer avant 10 heures. La date,l’heure et l’intervalle entre les 3 passages doivent être similaires d’une année sur l’autre. Des conditionsmétéorologiques favorables sont à privilégier. L'habitat de chaque point doit être identifié selon lanomenclature STOC (Annexe1).

La distance des contacts est également notée selon 3 catégories : moins de 25 mètres, entre 25 et100 mètres et plus de 100 mètres. Les oiseaux en transit sont également comptabilisés. Par transit, nousentendons tous les oiseaux de passage. Les alouettes chantant en vol ou les rapaces en action de chassesdoivent être comptabilisés dans la catégorie de distance correspondante. Si la distance des contacts n’estpas précisée, il faut néanmoins prendre en compte les individus en transit à part.

Les observateurs doivent ensuite transmettre leurs données au coordinateur régional avant le 1 er

septembre qui se charge à son tour d’effectuer le relais au coordinateur national pour le 1er octobre. Lelogiciel FEPS est à utiliser de préférence pour la saisie de données brutes par les observateurs. Il esttéléchargeable gratuitement sur le site internet de Saxrub à l’adresse suivante :http://www.saxrub.fr/index_download.php. C’est avec ce logiciel que se fait la centralisation des donnéesau niveau régional et national.

Les données sont ensuite analysées au niveau national et régional par les logiciels FNAT et TRIMsuivant un modèle linéaire.



http://www.saxrub.fr/index_download.php

II. ETAT DU RESEAU EN FRANCHE-COMTE

2.1 Description temporelle du suivi

Depuis 2002, 78 carrés ont été suivis ou le sont encore en Franche-Comté par 71 observateurs. En2012, 37 carrés ont été prospectés par 32 observateurs. Du fait de la météorologie difficile, le nombre decarrés prospectés est plus faible cette année que les années précédentes. En effet seulement 35 carrés ontété reconduits et 2 nouveaux carrés ont été tirés aléatoirement (Figure 2). Parmi les 11 carrés qui non pasfait l'objet d'inventaire, 3 ont fait l'objet d'une prospection mais les observateurs non pu transmettre leurobservations dans les délais impartis pour la transmission au MNHN-CRBPO et l'établissement de ce bilan.Une transmission ultérieure permettra d'intégrer leurs données aux analyses de l'année prochaine.

2.2 Localisation géographique des carrés

La couverture régionale du réseau a peu évolué par rapport à l’année dernière (Figure 3).

L'approche par unité paysagère est intéressante car une unité paysagère est une entité homogèneet cohérente sur un plan physionomique, biophysique et socio-économique (Brossard T. et al., 1999).

Au vu de ces résultats, nous faisons donc appel aux observateurs qui souhaiteraient suivre un nouveau carréau sein des unités paysagères les plus pauvres ou reprendre un carré abandonné dans les zones suivantes :

• Pour la Haute-Saône: le Pays d’Amance (Haute Vallée de la Saône), le Plateau calcaire de l'Ouest etla Vôge,

• Pour le Doubs : la Vallée de l'Ognon (commun avec la Haute-Saône), le Bas-Pays et les Gorges duDoubs, l'Ouest de l'Avants-Mont et Avants-Plateaux,

• Pour le Jura : le Jura Plissé des Grands Vaux, la Bresse Comtoise (plus aucun carrés suivi), le Finageet le Val d'Amour et la Petite Montagne.



Figure 2: Evolution du nombre de carrés suivis entre 2002 et 2012



Figure 3: Répartition géographique des carrés STOC-EPS en Franche-Comté en 2012

III. RESULTATS ET ANALYSES DES DONNEES STOC-EPS DU RESEAU TEMOIN

La base de données contient 10 147 citations pour 370 points EPS en 2012 pour un inventaire de137 espèces dont 12 espèces de mammifères. Le nombre total d'individus contactés est de 11 330 dont 120de mammifères. Sur la base de 8 heures passées par carré, cela correspond à plus de 300 heuresd'investissement bénévoles. Cela comprend la présence sur le terrain et la saisie des observations sousFEPS.

Depuis 2002, la base de données a accumulé plus de 92 000 données. Celles-ci sont gérées etanalysées avec le logiciel FNAT fourni par le MNHN et développé par SAXRUB. 2012 a été marquée par untravail important de vérification de cette base notamment afin de relocaliser à la commune les carrés et nonplus par défaut au département et de s'assurer de l'absence de doublons. Ce travail, en partie réalisé dansle cadre du stage de Clémence LAPPRAND était une étape préliminaire indispensable à toute unecomparaison entre 2 méthodes d'analyse de tendance à long terme.

3.1 Richesse et Abondance moyennes par carré en 20 12 (hors mammifères)

Le nombre moyen d’espèces par carré en 2012 est de 46,24 (± 8,38). Celui-ci se distribue de 28 à 67espèces au maximum.

Dans le cas de l’abondance, l’étude sera effectuée en prenant en compte le nombre d’individusmaximal d’une espèce par point sur les 1, 2 ou 3 passages. Une somme d’individus par point et par carré estainsi obtenue. En 2012, 11 330 individus ont donc été contactés durant ce programme avec une médianepar carré de 157 (± 42,75) individus. Le nombre d'individus par carré varie de 77 (1 passage) à 272 individus.

3.2 Listes des espèces contactées en 2012 : Fréquences et abondances

Les mammifères

En 2011, le MNHN a souhaité que les « STOCeurs » notent les mammifères observés durant leur STOC EPSafin de mettre en évidence s'il existe une relation entre les effectifs d'oiseaux et les effectifs de chatdomestique notamment. Ce suivi est optionnel. En 2012, 25 carrés ont participé à ce suivi. Néanmoins,nous n'étudierons pas cette relation en Franche-Comté par manque d’échantillonnage. Le Tableau 1présente à titre informatif les 12 espèces de mammifères qui ont été contactées en 2012.

Trois nouvelles espèces ont été observées cette année. Il s'agit de l'Hermine, de la Martre et du Chamois. Al'inverse, le Blaireau d'Europe et le Ragondin n'ont pas été vu en 2012. Le nombre total de mammifèresobservés depuis 2011 atteint donc 14 espèces.



Tableau 1: Liste des 12 mammifères observés sur 25 des 37 carrés EPS suivis en 2011

Espèces Effectif Fréquence (%) sur les 25 carrés EPS

Chevreuil 34 40

Chat domestique ou haret 29 36

Lièvre commun 13 28

Lapin de garenne 12 12

Chamois 09 8

Écureuil roux 08 24

Renard roux 08 24

Chat sauvage 02 8

Hérisson d'Europe 02 8

Sanglier 01 4

Martre 01 4

Hermine 01 4

Les oiseaux

166 espèces ont été contactées depuis 2002 au cours de ce programme dont 125 espèces en 2012(Tableau 4 en annexe). Le Tableau 2 et le Tableau 3 présentent les 10 espèces les plus abondantes et les 10plus rares en 2012. Les espèces les plus abondantes sont généralement les plus fréquentes aussi. Ce sontdes espèces généralistes ou liées aux habitats les plus échantillonnés (forestiers et agricoles). Les 3 espècesles plus contactées en 2012 sont le Pinson des arbres (951 individus), la Corneille noire (828 individus) et leMerle noir (594 individus). Quatre nouvelles espèces ont été vues en 2012 depuis le début de ceprogramme en Franche-Comté, il s'agit du Chevalier sylvain, du Circaète Jean-le-Blanc, de l'Elanion blanc etdu Pipit maritime. Certaines sont en cours d'homologation régionale.

Tableau 2: Liste des 10 espèces les plus abondantes et les plus fréquentes à l'échelle des carrés en 2012

Période 2012 2002-2012

Espèces N Fréquence(en %) N Fréquence (e

n %)

Pinson des arbres 951 100 8464 100

Corneille noire 828 100 7467 97,44

Merle noir 594 100 5967 100

Fauvette à tête noire 572 100 6163 100

Mésange charbonnière 567 100 5076 100

Pigeon ramier 565 97,3 3940 100

Étourneau sansonnet 524 86,5 4659 93,6

Grive musicienne 447 97,3 3459 98,7

Moineau domestique 354 86,5 3847 89,7

Pouillot véloce 278 100 2742 98,7



Tableau 3: Liste des 10 espèces les moins abondantes en 2012

Période 2012 2002-2012

Espèces N Fréquence(en %)

N Fréquence(en %)

Chevalier sylvain 1 2,7 1 1,3

Circaète Jean-le-blanc 1 2,7 1 1,3

Elanion blanc 1 2,7 1 1,3

Fuligule milouin 1 2,7 19 2,6

Gallinule poule-d'eau 1 2,7 27 12,8

Goéland leucophée 1 2,7 14 5,1

Hypolaïs ictérine 1 2,7 6 5,1

Perdrix grise 1 2,7 8 5,1

Pipit maritime 1 2,7 1 1,3

Tarin des aulnes 1 2,7 23 6,41

3.3. Tendances à long terme : méthode d'analyse et conclusions du stage

Pour rappel, les tendances à long terme sont consultables dans le rapport des 10 ans de STOC-EPS àl'adresse suivante : http://franche-comte.lpo.fr/index.php?m_id=20057.

Le Bilan des 10 ans du STOC-EPS en Franche-Comté a été l'occasion de faire le point sur leprogramme en région, de soulever certaines interrogations et d'envisager ses perspectives. En effet, enrégion nous sommes confrontés à une difficulté liée à un nombre plus faible de carré suivi. De ce fait,l'année 2012 a été marquée par le stage de 1ere année de Master de Clémence LAPPRAND en partenariatavec l'Université de Franche-Comté et plus précisément le laboratoire UMR Chrono-environnement (Annexe3). L'objectif de ce stage était d'approfondir certains points notamment en ce qui concerne la méthoded'analyse des résultats et l'intégration possible de ce protocole dans le cadre d'un observatoire régionale. Ilest important de rappeler que ce programme est le seul suivi à long terme de nos oiseaux communs quinous permet de répondre à plusieurs questions concernant le suivi de ces espèces et de leur habitat. Ceprogramme de surveillance permet d'observer leurs changements et leur évolution sur le long terme. Deplus, il faut savoir que l'indicateur des espèces « agricoles » a été été retenu par l’Union européennecomme indicateur structurel du développement durable.

État des lieux de l'existant : analyse sous TRIM suivant un modèle linéaire

La méthode d'analyse utilisée par le MNHN-CRBPO est basée suivant un modèle linéaire et parl'utilisation du logiciel TRIM (Trends and Indices for Monitoring data). Calqués sur le modèle national, lestests statistiques sont réalisés sur les espèces dont les effectifs cumulés sont au moins égal à 50 individus.L'effet de surdispersion est également pris en compte. La surdispersion concerne principalement lesespèces grégaires ou les espèces rares. Cela se manifeste pour les premières par un écart important deseffectifs à la moyenne (observations de 100 individus, une année, puis 5 l'année suivante, etc...). Pour lessecondes, les effectifs observés sont souvent faibles mais sur la période d'étude, elles ne sont pas observéestoutes les années (alternance de vu, pas vu très élevé).



http://franche-comte.lpo.fr/index.php?m_id=20057

La structure spatiale des données est agrégée. En effet, les 10 points appartiennent à un mêmecarré. De ce faite, les données sont possiblement auto-corrélées. Pour éviter ce problème TRIM utilise lamoyenne des 10 points par carrés. L'inconvénient principal de cette méthode est qu'il est alors impossiblede prendre en compte la notion d'habitat qui est lié à chaque point d'observation. De plus, TRIM utilise unmodèle linéaire, il faut savoir que toutes les variations observées dans la nature ne sont pas forcémentlinéaire.

Comparaison de deux méthodes d'analyses: le modèle linéaire (TRIM) et le modèle mixte additifgénéralisé (GAMM)

Contrairement à une analyse sous TRIM, le modèle à effet mixte permet de considérer d'autres variablescomme la variable « carré » en effet «aléatoire» afin de prendre en compte l’auto-corrélation spatiale. Lavariable « habitat » peut également être intégrée au modèle de façon similaire. De plus, le modèle additifgénéralisé permet de mieux prendre en compte la possibilité de variations non linéaires (Figure 4).

conclusions principales concernant la méthode d'analyse : • le TRIM permet une analyse adapté des données à distribution linéaire. Il permet également

d'obtenir de façon semi-automatisé et plus rapidement les tendances à long terme. • les deux méthodes sont complémentaires : Le GAMM, méthode plus récente, peut conforter les

résultats issus de TRIM, d'apporter des informations supplémentaires sur les espèces où TRIM lesconsidère incertaines (70 % des cas environ).

• il peut être intéressant d'effectuer une étape préalable aux analyses sous TRIM en examinant lesdonnées brutes par espèces afin de pré-sélectionner les espèces dont la tendance démographiquesemble linéaire.



Figure 4: Courbes de tendance issues d'un modèle mixte (GAMM) pour le Loriot d'Europe (à gauche)et le Pinson des arbres. (source : Lapprand C., 2012)

Effet de l'habitat

La prise en compte de la variable « habitat » en effet aléatoire dans le modèle à effet mixte permetd'exclure la variable « habitat » de l'explication de la distribution des effectifs. Les différentes analyses faitesdurant le stage ont permis de montrer que la tendance de certaines espèces était différente si l'habitat étaitpris en compte ou non. Il est donc important de l'intégrer comme variable aléatoire au modèle à effet mixtepour que cet effet de l'habitat (lié à l'échantillonnage des données) n'influence pas les tendances espèces.

Figure 5 : Représentation des distributions au cours du temps du martinet noir (N=1655) (à droite, l’habitat est un effet«aléatoire» du modèle : la distribution est significativement représentée par le modèle. L’espèce présente des variations inter-annuelles significatives d’effectif; à gauche, la probabilité de H0 étant supérieure à 0.05, l’effectif de la population peut êtreconsidéré stable) (source : Lapprand C., 2012).

Effet du passage précoce

Depuis 2011, un passage précoce a été recommandé afin de contacter les espèces sédentaires etmigratrices partielles qui se reproduisent plus tôt et pour lesquelles nous obtenions des tendancesdécroissantes (Jiguet F et Moussus J-P, 2010). Cet avancé phénologique a également été démontré enFranche-Comté (Hanol J., 2006). Bien que seuls 11 des 41 carrés EPS suivis en 2011 ont bénéficié de ce passage précoce, nous obtenonsnéanmoins des différences sur les tendances à long terme de 8 espèces en prenant en compte les donnéesdu passage précoce (Figure 6). Il est également important de prendre en compte les données du passageprécoce tout en prenant certaines précautions dans les interprétations des tendances de certaines espècesmigratrices.





Figure 6: Effet du passage précoce sur la variation d'effectif moyen au cours du temps pour leRougegorge familier (modèle mixte GAMM). Avec à gauche sans prise en compte du passage

précoce (significatif) et à droite avec ce dernier (non significatif)

IV. PLAQUETTE STOC EPS DE FRANCHE-COMTE (2000 exemplaires)





CONCLUSION ET PERSPECTIVES

La pérennisation de ce programme sur le long terme n'est possible qu'avec un investissementbénévole qu'il est important de souligner (71 observateurs). Sans eux, ce programme ne pourrait être à lahauteur des attentes et de ces ambitions.

Ce bilan a permis de faire un point sur l'état du réseau en Franche-Comté. 37 carrés ont étéprospectés en 2012 pour un total de 78 carrés suivis lors du programme. Il paraît important pour les annéesà venir d'obtenir une densité minimale par unité paysagère qui soit suffisante. L'animation et la recherchede bénévole sur ces secteurs lacunaires devra être prioritaire. La reprise d'ancien carré sera égalementprivilégiée. Il est à noter qu'il est préférable de maintenir les carrés existants.

L'année 2012 a été marquée par des réflexions importantes sur la méthode d'analyse. Il semble doncnécessaire de maintenir les analyses avec TRIM pour permettre notamment la comparaison avec le niveaunational. Il est cependant intéressant de coupler ces analyses avec un modèle GAMM afin d'obtenir desinformations supplémentaires. Le regard d'un expert et l'analyse préalable de la distribution des donnéesbrutes est également à ne pas négliger. Comme exemple, on peut citer le fait de relier les tendancesnégatives des grives à une avancée phénologique. Une approche statistique sans regard naturaliste n'auraitpu fournir ces éléments. La présentation des tendances à long terme se fera dorénavant tous les deux ansou plus. Elle intégrera, autant que faire ce peut, les résultats issus des deux modèles complémentaires ainsique les tendances des indicateurs habitats.

L'édition d'une plaquette « Les oiseaux Communs en Franche-Comté » est également un fait marquantde l'année 2012. Celle-ci sera éditée en 2000 exemplaires et sera transmis à un large public.

Enfin, au cours des années à venir, plusieurs réflexions auront lieu notamment en ce qui concernel'intégration possible de ces données dans le cadre d'un observatoire régional. Le projet RHOMEO, financépar l'agence de l'eau et l'Union Européenne (FEDER), apporte également de nouvelles perspectives avecl'adaptation du protocole STOC-EPS en zones humides pour permettre le suivi et l'obtention de tendancesrégionales à long terme de cet habitat.

TIRAGE AU SORT DE LOTS

Depuis 2007 (excepté en 2009), la LPO Franche-Comté procède à un tirage au sort et offre 3 lots auxparticipants les plus chanceux du programme STOC-EPS. Depuis 2011, celui-ci est réalisé avec le logiciel« Hasard »

Les 3 heureux gagnants sont pour cette année : Gabriel AUBRY (250416), Cyril SENECHAL (700654) etJean DAVID (391098). S'ils ne l'ont pas déjà, ils recevront un abonnement à la revue « Ornithos » ou Alauda.Dans le cas contraire un autre lot leur sera proposé.



BIBLIOGRAPHIE

BROSSARD T., JOLY D., COUR P., TOURNEUX F-P., ROLLET A., DEYPARRAGUIRRE N., WENGER-BIDOYEN C., SURATTEAUD., VERNAY J-L, GAUTHIER F., LIENHARDT D., GIRAULT I. et FRANCOIS E., 1999.

Atlas des paysages de Franche-Comté, THEMA, Unisfère, CG90, CAUE 70, CAUE 39, CAUE 25, DIREN, Région deFranche-Comté, 4 tomes.

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Niestlé, 224pJULLIARD R., 2007. Le programme de Suivi Temporel des Oiseaux Communs en roselière : le STOC-ROZO, Falco, 38, 45-

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ANNEXES

Annexe 1 : Protocole STOC-EPS (Jiguet, 2003)

















Annexe 2 : Liste des espèces observées durant le programme STOC-EPS. Avec N pour effectif

Tableau 4: Liste des espèces observées durant le programme STOC-EPS. Avec N pour effectif



Période 2012 2002-2012

Espèces N N

Pinson des arbres 951 100,00 8464 100,00Corneille noire 828 100,00 7467 97,44Merle noir 594 100,00 5967 100,00Fauvette à tête noire 572 100,00 6163 100,00Mésange charbonnière 567 100,00 5076 100,00Pigeon ramier 565 97,30 3940 100,00Étourneau sansonnet 524 86,49 4659 93,59Grive musicienne 447 97,30 3459 98,72Moineau domestique 354 86,49 3847 89,74Pouillot véloce 278 100,00 2742 98,72Troglodyte mignon 269 97,30 2720 97,44Mésange bleue 248 94,59 1845 98,72Rougegorge familier 248 94,59 2163 98,72Bruant jaune 204 89,19 2417 88,46Pic épeiche 202 91,89 1455 98,72Pie bavarde 192 89,19 1257 87,18Sittelle torchepot 184 91,89 1159 97,44Geai des chênes 183 86,49 1519 98,72Hirondelle rustique 181 89,19 2829 89,74Tourterelle turque 173 78,38 1838 82,05Corbeau freux 153 29,73 2474 38,46Buse variable 136 97,30 1127 96,15Coucou gris 136 72,97 1600 89,74Alouette des champs 134 48,65 1829 62,82Grive draine 132 64,86 979 85,90Bergeronnette grise 128 86,49 968 93,59Pic vert 120 89,19 932 89,74Rougequeue noir 116 91,89 1017 91,03Grive litorne 107 45,95 571 53,85Verdier d'Europe 107 67,57 1350 89,74Martinet noir 96 40,54 1751 71,79Hirondelle de fenêtre 92 32,43 1011 48,72Mésange noire 90 54,05 917 58,97Loriot d'Europe 82 54,05 1008 65,38Pouillot fitis 80 64,86 930 85,90

Fréquence (en %)

Fréquence (en %)



Période 2012 2002-2012

Espèces N N

Mésange nonnette 79 62,16 491 80,77Grimpereau des jardins 74 70,27 555 67,95Rossignol philomèle 68 45,95 816 47,44Chardonneret élégant 67 67,57 1063 74,36Oiseau non identifié 65 24,32 1203 52,56Canard colvert 61 45,95 629 47,44Grosbec casse-noyaux 59 51,35 488 64,10Moineau friquet 55 32,43 623 44,87Roitelet huppé 55 48,65 423 69,23Faisan de Colchide 48 32,43 323 48,72Pipit des arbres 47 43,24 545 69,23Fauvette des jardins 46 45,95 496 75,64Fauvette grisette 45 32,43 482 55,13Roitelet à triple bandeau 45 45,95 392 61,54Rougequeue à front blanc 45 62,16 357 73,08Mésange à longue queue 43 43,24 311 60,26Faucon crécerelle 38 40,54 254 61,54Accenteur mouchet 37 54,05 481 80,77Choucas des tours 37 18,92 320 24,36Tarier pâtre 37 43,24 437 56,41Bouvreuil pivoine 33 27,03 230 38,46Héron cendré 32 37,84 392 69,23Foulque macroule 31 16,22 265 20,51Pie-grièche écorcheur 29 37,84 493 66,67Linotte mélodieuse 27 21,62 524 50,00Pipit farlouse 26 5,41 193 11,54Mésange boréale 25 27,03 194 43,59Tourterelle des bois 25 24,32 641 51,28Milan noir 23 40,54 278 65,38Passereau sp 23 8,11 158 15,38Pic noir 23 32,43 233 65,38Grand Corbeau 22 27,03 140 34,62Serin cini 21 37,84 403 66,67Alouette lulu 18 10,81 90 24,36Grand Cormoran 16 13,51 130 19,23Pouillot siffleur 16 18,92 131 41,03Pigeon biset 15 10,81 177 19,23Bruant des roseaux 14 5,41 134 10,26Mésange huppée 14 24,32 170 42,31Courlis cendré 13 2,70 133 5,13

Fréquence (en %)

Fréquence (en %)



Période 2012 2002-2012

Espèces N N

Hypolaïs polyglotte 13 18,92 73 26,92Milan royal 12 16,22 108 30,77Fauvette babillarde 11 18,92 97 34,62Pic mar 11 21,62 72 33,33Cygne tuberculé 10 10,81 82 12,82Rousserolle verderolle 10 5,41 136 12,82Torcol fourmilier 10 18,92 113 35,90Bruant zizi 9 10,81 61 24,36Pouillot de Bonelli 9 10,81 41 8,97Tarier des prés 9 16,22 178 29,49Bergeronnette printanière 8 13,51 183 24,36Epervier d'Europe 8 18,92 40 30,77Grimpereau des bois 8 13,51 82 32,05Guêpier d'Europe 7 5,41 31 3,85Locustelle tachetée 7 5,41 80 20,51Caille des blés 6 10,81 90 25,64Grèbe castagneux 6 8,11 72 14,10Pic épeichette 6 10,81 58 29,49Rousserolle effarvate 6 10,81 122 26,92Bergeronnette des ruisseaux 5 8,11 26 8,97Bruant proyer 4 5,41 102 16,67Chouette hulotte 4 8,11 40 24,36Mésange sp 4 5,41 47 14,10Pic cendré 4 8,11 38 19,23Bécassine des marais 3 2,70 34 3,85Bec-croisé des sapins 3 5,41 82 14,10Busard des roseaux 3 8,11 15 11,54Hibou moyen-duc 3 2,70 4 1,28Martin-pêcheur d'Europe 3 5,41 32 16,67Aigrette garzette 2 5,41 6 3,85Bihoreau gris 2 2,70 6 1,28Bondrée apivore 2 2,70 23 15,38Cigogne blanche 2 2,70 20 7,69Cincle plongeur 2 2,70 27 6,41Faucon pèlerin 2 5,41 18 14,10Fuligule morillon 2 2,70 42 5,13Gobemouche gris 2 5,41 37 21,79Grive mauvis 2 2,70 4 3,85Grive sp 2 5,41 19 11,54Huppe fasciée 2 2,70 48 15,38

Fréquence (en %)

Fréquence (en %)



Période 2012 2002-2012

Espèces N N

Pipit spioncelle 2 5,41 5 3,85Traquet motteux 2 5,41 26 14,10Autour des palombes 1 2,70 9 6,41Chevalier sylvain 1 2,70 1 1,28Circaète Jean-le-blanc 1 2,70 1 1,28Elanion blanc 1 2,70 1 1,28Fuligule milouin 1 2,70 19 2,56Gallinule poule-d'eau 1 2,70 27 12,82Goéland leucophée 1 2,70 14 5,13Hypolaïs ictérine 1 2,70 6 5,13Perdrix grise 1 2,70 8 5,13Pigeon sp 1 2,70 2 1,28Pipit maritime 1 2,70 1 1,28Tarin des aulnes 1 2,70 23 6,41Bernache nonnette 1 1,28Bruant ortolan 9 3,85Busard cendré 3 3,85Busard Saint-Martin 11 11,54Canard sp 1 1,28Cassenoix moucheté 16 6,41Chevalier aboyeur 1 1,28Chevalier culblanc 7 3,85Chevalier gambette 1 1,28Chevalier guignette 7 3,85Chevalier sp 1 1,28Chevêche d'Athéna 3 1,28Cigogne noire 1 1,28Corvidé 238 6,41Faucon émerillon 1 1,28Faucon hobereau 12 12,82Faucon kobez 1 1,28Faucon sp 2 2,56Gobemouche noir 3 3,85Grand-duc d'Europe 1 1,28Grande Aigrette 8 6,41Grèbe huppé 25 6,41Grue cendrée 2 1,28Harle bièvre 10 2,56Héron pourpré 2 2,56Hirondelle de rivage 7 2,56

Fréquence (en %)

Fréquence (en %)



Période 2012 2002-2012

Espèces N N

Hirondelle sp 2 1,28Marouette ponctuée 1 1,28Martinet à ventre blanc 28 1,28Merle à plastron 3 3,85Mouette rieuse 17 2,56Perdrix rouge 5 5,13Petit Gravelot 5 2,56Phragmite des joncs 2 2,56Pie-grièche à tête rousse 1 1,28Pie-grièche grise 8 1,28Pigeon colombin 22 11,54Pinson du Nord 30 1,28Pipit rousseline 1 1,28Pipit sp 2 1,28Râle d'eau 4 2,56Râle des genêts 1 1,28Rapace sp 3 2,56Roitelet sp 18 11,54Rousserolle turdoïde 1 1,28Sizerin flammé 2 1,28Sterne pierregarin 9 2,56Vanneau huppé 29 5,13

Fréquence (en %)

Fréquence (en %)

Annexe 3 : Rapport de stage de Clémence LAPPRAND



Documents

Suivi Temporel des Oiseaux Communs en Franche-Comtéfiles.biolovision.net/.../rapportsmissions/STOC2012v5.pdf · 2013-06-19 · ... Rapport de stage de Clémence LAPPRAND ... Courbes