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Rapport d’activité

Saison 2012-2013

Surveillance des influenzas sévères

par un réseau d’hôpitaux sentinelles

Institut Scientifique de Santé Publique

Rue Juliette Wytsman, 14

1050 Bruxelles | Belgique

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Auteurs

Pour le WIV-ISP

Isabelle Thomas, Centre National de Référence Influenza

Anneleen Hombrouck, Centre National de Référence Influenza

Florence Nazé, Centre National de Référence Influenza

Françoise Wuillaume, Santé publique et surveillance

Nathalie Bossuyt, Santé publique et surveillance

Pour le réseau des Hôpitaux sentinelles

Françoise Antoine, Centre hospitalier universitaire Saint-Pierre

Marc Bourgeois, Cliniques universitaires (UCL) Mont-Godinne

Benedicte Delaere, Cliniques universitaires (UCL) Mont-Godinne

Michèle Gérard, Centre hospitalier universitaire Saint-Pierre

Xavier Holemans, Grand Hôpital de Charleroi

Patrick Lacor, Universitaire Ziekenhuis Brussel

Koen Magerman, Jessa Ziekenhuis, Hasselt

Marijke Reynders, AZ Sint-Jan Brugge-Oostende

Ce projet est financé par le Service Public Fédéral de la Santé, Sécurité de la Chaîne Alimentaire et Environnement, Direction Générale pour l’Organisation des Etablissements de Soins

SPF-SP, DG1

Eurostation, Place Victor Horta 40 bte 10, 1060 Bruxelles

© Institut scientifique de Santé publique, Bruxelles 2015

Éditeur responsable : Dr Johan Peeters

N° de référence interne : 2015-008

Numéro de dépôt ou ISSN : D/2015/2505/17

www.wiv-isp.be

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Table des matières

I. Résumé ........................................................................................................................ 5

II. Rapport de gestion ...................................................................................................... 6

A. Accord de projet ...................................................................................................... 6

B. Sélection des hôpitaux sentinelles ........................................................................... 6

C. Protocole de surveillance ......................................................................................... 6

D. Négociation avec la commission vie privée et eHealth ........................................... 7

E. Utilisation de l’ application web pour l’échange de données ................................. 7

F. Rapportage ............................................................................................................... 7

G. Laboratoire ............................................................................................................... 7

H. Réunions de pilotage ............................................................................................... 7

III. Rapport Scientifique .................................................................................................... 8

A. Description de l’épidémie de grippe ........................................................................ 8

B. Méthodes ................................................................................................................. 8

C. Résultats virologiques ............................................................................................ 10

1. Détection et identification des virus ............................................................................. 10

2. Distribution des virus influenza en fonction de l’âge. ................................................... 10

3. Caractérisation des virus ............................................................................................... 12

4. Résistance aux antiviraux .............................................................................................. 16

D. Surveillance non sentinelles .................................................................................. 17

E. Description des patients enrôlés dans la surveillance et résultats épidémiologiques ................................................................................................................. 18

IV. Discussion et conclusions .......................................................................................... 31

V. Références ................................................................................................................. 32

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Liste des abréviations

ARDS : ........................................ Acute Respiratory Distress Syndrome

CNR-I .......................................... Centre National de Référence, Influenza

DG1: ........................................... Direction Générale pour l’organisation des établissements de soins (voir SPF-SPSCAE)

ECDC : ........................................ European centre of Disease Prevention and Control

ECMO: ....................................... Extra-corporeal membrane oxygenation

OMS : ......................................... Organisation Mondiale de la santé

SARI : .......................................... Severe acute respiratory infection

SPF-SPSCAE: ............................... Service Public Fédéral, sécurité de la chaîne alimentaire et environnement

USI: ............................................ Unité de soins intensifs

WIV-ISP: ..................................... Institut Scientifique de Santé Publique

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I. Résumé

La surveillance de la grippe est basée principalement sur les données des médecins vigies qui recueillent chaque semaine le nombre de syndromes grippaux et d’infections respiratoires aiguës vus en consultation et collectent des échantillons naso-pharyngés chez une partie de leurs patients. Sur base de leurs informations, la courbe épidémique est établie et l’intensité de la circulation du virus dans la population est mesurée. Ces données peuvent apporter une très bonne indication des cas de grippe dans la population générale. Cependant, les informations recueillies ne sont pas suffisantes pour donner des indications sur la sévérité des cas. Depuis la pandémie de 2009, une attention particulière a été apportée aux infections respiratoires aigües sévères (SARI). La présente étude visait à fournir en temps réel et rapide des données cliniques et virologiques sur les cas d’influenza Sévères durant la saison hivernale 2012-2013. Les objectifs principaux étaient de 1) mettre en place une base de données cliniques et virologiques des cas hospitalisés permettant de suivre l’évolution de la sévérité au cours des saisons et des pandémies 2) contribuer à la détection rapide des signaux de sévérité 3) de décrire les caractéristiques génotypiques et antigéniques des virus influenza associés aux formes sévères de l’infection 4) de tester les échantillons cliniques pour d’autres virus respiratoires. Le réseau mis en place lors de la saison 2011-2012 a été maintenu à l’exception d’un des hôpitaux qui a été remplacé (Cliniques Sud Luxembourg remplacées par le Grand hôpital de Charleroi). Les hôpitaux ont envoyé des données cliniques et des prélèvements qui ont été analysés au centre national de la Grippe pour les différents virus influenza et d’autres virus respiratoires. Cette surveillance a débuté à la semaine 51/2012, après que les premiers cas de grippe aient été détectés par le réseau des médecins vigies et s’est terminée à la semaine 19/2013, environ un mois après la fin de l’épidémie.

Durant la période de surveillance, 1.002 patients ont été enregistrés dans la base de données SARI mais seuls 990 de ces patients répondaient effectivement à la définition de cas et avaient subi un prélèvement respiratoire. Les tests de Real time PCR ont été pratiqués sur 990 prélèvements envoyés au Centre National Influenza pour analyse. Parmi ces échantillons, 427 (42%) étaient positifs pour l’influenza avec 224 (22.7%) échantillons positifs pour l’influenza A et 201 (20.3%) pour l’influenza B. Deux échantillons étaient co-infectés par influenza A et B. Parmi les virus influenza A, 148 (66%) étaient des A(H1N1)pdm2009 et 65 (29.5%) étaient des A(H3N2). Parmi les influenza B, 187 (93%) appartenaient à la lignée Yamagata et 5 (2.5%) appartenaient à la lignée Victoria. En raison de la durée particulièrement longue et de l’intensité de l’épidémie, un grand nombre de cas ont été enregistrés, ce qui a permis d’étudier différentes variables épidémiologiques en détail. Les patients confirmés pour influenza différaient des patients négatifs en terme de symptômes, traitement antiviral et couverture vaccinale. Par contre, aucune différence significative n’a été mise en évidence pour ce qui concernait les facteurs de risque, les pronostics, les indicateurs de sévérité ou mortalité.

Sur l’ensemble des SARI, 15% présentaient une complication dont 4% sont décédés. Parmi les patients avec influenza confirmé, ces taux étaient respectivement de 13% et 4%. En outre ces taux sont comparables à ceux observés lors de la saison 2011-2012 et confirment la sévérité modéré de l’épidémie de cette saison.

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II. Rapport de gestion

A. Accord de projet

Le projet de surveillance des cas d’influenza sévère par un réseau d’hôpitaux a reçu l’approbation de Mme Onkelinx, Ministre de la Santé, le 16 novembre 2011.

B. Sélection des hôpitaux sentinelles

Les six hôpitaux du réseau sentinelles ont été sélectionnés après un appel à participation organisé en novembre 2011 par le SPF-SPSCAE, Direction Générale pour l’organisation des services de soins (DG1). Un changement au niveau du réseau a été effectué par rapport à 2012. Après la première saison d’activité, l’hôpital « Cliniques Sud-Luxembourg" a été remplacé par le Grand hôpital de Charleroi en raison du faible nombre de cas rapporté par les Cliniques. Le Grand Hôpital de Charleroi avait participé à la procédure de sélection de la saison précédente et répondait aux critères établis pour participer à la surveillance.

Les six hôpitaux ayant participé à la surveillance SARI 201-2013 étaient :

1. Bruxelles : CHU Saint-Pierre

2. Brussel : UZ Brussel

3. Vlaanderen : Jessa Ziekenhuis Hasselt

4. Vlaanderen : AZ Sint-Jan Brugge-Oostende

5. Wallonie: Clinique Universitaire (UCL) Mont-Godinne

6. Wallonie : Grand hôpital de Charleroi

Les représentants des hôpitaux se sont réunis en novembre 2012 afin de passer en revue le protocole adapté et les modalités pratiques de la surveillance.

Les hôpitaux sentinelles ont commencé la surveillance le 17 décembre 2012 (semaine 51/2012) sur indication du WIV-ISP après que les premiers signes d’activité grippale aient été constatés par le réseaux des médecins vigies.

C. Protocole de surveillance

Une nouvelle version du protocole a été présentée aux hôpitaux (quelques petites modifications ont été apportées à ce protocole notamment un changement dans la définition de cas : Saison 2011-2012 : température ou température rapportée + toux + dyspnée et Saison 2012-2013 : température ou température rapportée + toux ou dyspnée. Cette demande a servi de base à l’élaboration d’une nouvelle version du document pour le comité sectoriel « Demande relative à l’utilisation de données hospitalières dans le cadre de la mise en place d’un réseau des hôpitaux vigies, Programme de surveillance des cas d’influenza sévères » soumis à la commission vie privée, comité sectorielle santé, et discuté lors de la délibération du 16 octobre 2012.

Le protocole de surveillance a également été soumis pour validation aux comités éthiques des hôpitaux participants ainsi qu’au bureau d’assurance qualité du WIV-ISP.

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D. Négociation avec la commission vie privée et eHealth

Un nouveau dossier a été introduit pour être présenté à la délibération du 16 octobre 2012 et une nouvelle autorisation a été accordée pour une saison, la commission demandant de trouver une solution technique au codage des échantillons respiratoires et des données cliniques.

E. Utilisation de l’ application web pour l’échange de données

Comme lors de la saison précédente, l’introduction des données cliniques et virologiques se réalise via l’ application web. Le WIV-ISP gère les droits d’accès à l’application, chaque hôpital ayant le droit de voir ses propres données. L’application permet l’entrée de données à des temps différés (par exemple, à l’admission et à la sortie du patient). L’application permet aussi de transmettre aux hôpitaux les résultats d’analyse du Centre national de référence influenza (CNR-I).

F. Rapportage

Pendant la période de surveillance, un rapport hebdomadaire a été envoyé aux personnes impliquées dans la surveillance. Les résultats ont été standardisés et automatisés grâce à un programme d’analyse réalisé avec le logiciel statistique STATA 10. Un modèle de rapport en MS Powerpoint a permis la mise à jour automatique de graphiques. Les hôpitaux participant ont ainsi reçu une rétro-information régulière de leurs activités.

La surveillance de la saison 2012/13 a commencé le 17 décembre 2012 (semaine 51-2012), et le rapportage hebdomadaire a recommencé à cette période.

Chaque semaine, les données SARI ont été rapportées à l’ECDC et à l’OMS-Euro. Ces données ont également permit à la Belgique de participer à l’analyse de risque de l’ECDC en début de saison.

G. Laboratoire

Durant toute la durée de la surveillance, des kits de prélèvement ont été envoyés régulièrement aux hôpitaux du réseau sentinelles. Les kits de prélèvements contiennent le matériel requis pour effectuer 2 frottis (1 pour les deux narines et 1 pour la gorge) chez 50 patients répondant à la définition de cas. Le matériel est constitué de tubes contenant 3 ml de milieu de transport [UTM (COPAN)], d’écouvillons [flocked Swabs (COPAN)], de sachets de transport ainsi que les formulaires d’identification des échantillons. Les prélèvements accompagnés des formulaires sont renvoyés au Centre national de la grippe par la poste (port payé) et les hôpitaux sont réapprovisionnés en kits au fur et à mesure de leurs envois de prélèvements.

H. Réunions de pilotage

Trois réunions ont été organisées: une réunion de lancement des activités le 5 novembre 2012 afin de préparer la saison 2012/2013, une réunion de mi-épidémie le 6 février 2012 et une réunion de fin d’épidémie début de nouvelle saison, le 26 novembre 2013.

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III. Rapport Scientifique

A. Description de l’épidémie de grippe

L’épidémie de grippe de la saison 2012-2013 a été relativement précoce, de haute intensité et de longue durée. La Belgique a franchi le seuil épidémique (139.5 ILI/ 100.000 habitants) à la fin du mois de décembre 2012 (semaine 52-2012) environ 5 semaine plus tôt que lors de la saison précédente et l’épidémie a pris fin à la semaine 13-2013 (25 mars 2013). L’épidémie a été de haute intensité, atteignant 1000 consultations ILI /100.000 habitants et a duré 12 semaines, ce qui est sensiblement plus long que les saisons précédentes (Fig. 1). Pendant l’épidémie les médecins vigies ont rapporté avoir hospitalisé 0,4% des patients présentant un syndrome grippal.

L’épidémie a également été caractérisée par la circulation de trois virus A(H1N1), A(H3N2) et B. Le réseau des hôpitaux pilotes a commencé la surveillance à la semaine 51-2012.

Figure 1. incidence hebdomadaire du nombre d’ILI par 100.000 habitants.

B. Méthodes

La méthode implique le screening pour les virus influenza de tous les cas de SARI répondant à la définition de cas adaptée de celle de l’OMS, à savoir: « Survenue brutale d’une affection respiratoire aigüe durant les derniers 7 jours avec fièvre ≥ 38°C et toux ou dyspnée et nécessitant une hospitalisation de 24h ou plus». Un test de de typage influenza A/B par real time PCR (RT-PCR) permet de distinguer les patients confirmés influenza positifs des patients négatifs. Des tests complémentaires de sous typages pour les influenza A et de détermination de la lignée (Yamagata ou Victoria) pour l’influenza B sont également réalisés.

Pour chaque variable d’intérêt, nous présentons la distribution dans la population d’étude totale. Moyennant une régression logistique comprenant les variables : groupes d’âge, diagnostic influenza et présence d’un facteur de risque comme prédicteurs, nous estimons l’association de ces

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prédicteurs avec la variable d’intérêt ajustée pour les 2 autres prédicteurs. Si une association significative est mise en évidence, nous présentons également la distribution non-ajustée pour ce prédicteur sous forme d’un graphique.

En outre, pour chaque variable d’intérêt, nous estimons dans le groupe des patients influenza positifs, l’association avec le type ou sous-type d’influenza grâce à un deuxième modèle de régression logistique (ajusté pour les groupes d’âge et présence d’un facteur de risque). Si une association significative est mise en évidence, nous rapportons également la distribution non-ajustée par type ou sous-type sous forme d’un graphique.

L’efficacité vaccinale « vaccine effectiveness » a été estimée à l’aide d’un modèle de régression logistique qui utilise la positivité pour influenza en fonction du statut vaccinal (ajusté pour le groupe d’âge, le sexe, la semaine de prélèvement et la durée entre le début des symptômes et le moment du test). La régression génère un Odds Ratio (OR)1 comme prédicteur du « statut vaccinal» et permet de calculer l’efficacité vaccinale (1-OR).

1 Un odds est défini comme le rapport de probabilité d’un événement sur son complément. Le odds ratio

est le rapport entre deux odds.

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C. Résultats virologiques

1. Détection et identification des virus

Les tests de Real time PCR ont été pratiqués sur 990 prélèvements envoyés au Centre National Influenza pour analyse. Parmi ces échantillons, 427 (42%) étaient positifs pour l’influenza parmi lesquels 224 (22.7%) étaient positifs pour l’influenza A et 201 (20.3%) étaient positifs pour l’influenza B. Deux échantillons étaient co-infectés par influenza A et B. Parmi les virus influenza A, 148 (66%) étaient des A(H1N1)pdm2009 et 65 (29.5%) étaient des A(H3N2). Treize échantillons (5.8%) n’ont pas pu être sous-typés en raison de la faible charge virale. Parmi les influenza B, 187 (93%) appartenaient à la lignée Yamagata et 5 (2.5%) appartenaient à la lignée Victoria. Pour 9 échantillons influenza B (4.4%), la lignée n’a pas pu être déterminée en raison d’une faible charge virale (Ct>36). La figure 2 montre l’évolution hebdomadaire des cas d’influenza durant la saison 2012-2013.

Figure 2. Détection hebdomadaire des virus influenza en Belgique dans le cadre de la surveillance SARI de la semaine 51-2012 à la semaine 19-2013.

2. Distribution des virus influenza en fonction de l’âge.

La distribution des types d’influenza varie avec l’âge (Fig.3). Le pourcentage de positivité est plus faible chez les enfants de moins de 5 ans. Comme dans le cadre de la surveillance par les médecins vigies, le pourcentage de positivité est plus élevé chez les enfants de 5-14 ans, avec une claire prédominance des infections par les influenza B dans ce groupe d’âge.

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Figure 3. Distribution des virus influenza en fonction de l’âge.

La distribution des sous-types d’influenza varie également avec l’âge (Fig.4). Chez les enfants, 6% des infections étaient causées par A(H3) alors chez les adultes ce pourcentage était de 20%.

Figure 4 : Proportion des différents types et sous-types d’influenza chez les enfants < 15 ans et les adultes

La distribution des sous-types d’influenza ne varie pas avec le type de surveillance. La figure 5 montre la comparaison de la répartition des différents sous-types entre la surveillance des ILI par les médecins vigies et la surveillance des SARI par les hôpitaux.

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Figure 5 : Comparaison de la répartition des différents sous-types (virus) entre le deux surveillances IL et SARI

3. Caractérisation des virus

a) A(H1N1)pdm2009 Caractérisation génétique

Depuis l’émergence du virus A(H1N1)pdm2009, huit groupes génétiques ont émergé, définis par des substitutions d’acides aminés en HA1. Ces derniers mois, les virus de deux groupes génétiques ont prédominé :

Group 6 représenté par A/St Petersburg/27/2011

Group 7 représenté par A/St Petersburg/100/2011

Nous avons séquencé le gène hémagglutinine (fragment HA1) de 21 échantillons Influenza A(H1N1)pdm2009. L’arbre phylogénétique montrant la souche vaccinale, différentes souches de référence ainsi que les souches circulantes A(H1N1)pdm2009 est présenté à la figure 6. Toutes les souches séquencées appartiennent au groupe 6 ou 7.

Une des souches A/H1N1pdm présentait une population mixte au niveau du codon 222 du gène de l’hémagglutinine D222D/G avec une proportion plus élevée du gène muté. Plusieurs rapports ont suggéré que cette mutation est plus fréquemment détectée chez des patients présentant des signes cliniques sévères que chez les patients présentant une affection plus bénigne (Rykkvin et al., 2013). Dans ce cas-ci, la mutation a été détectée chez un patient admis aux soins intensifs avec syndrome de détresse respiratoire.

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Figure 6. arbre phylogénique d’une partie des souches influenza A(H1N1)pdm09.

Caractérisation antigénique

Dix-sept échantillons sur les 22 envoyés au laboratoire WHO-CC de Londres ont pu être remis en culture et subir des tests d’inhibition d’hémagglutination (HI) vis-à-vis des antiséra de furets. Tous les échantillons ont montré une bonne réactivité vis à vis des sera dirigés contre la souche vaccinale A/California/7/2009, avec des taux HI comparables avec ceux de la souche A/California/7/2009 (Table 1).

Table 1. Caractérisation antigénique des virus H1N1pdm09

Antigenic analyses of pandemic influenza A(H1N1) viruses (12/03/2013)

Viruses Collection Passage A/CalA/Bayern A/Lviv A/Chch A/HKA/Astrak A/St. P A/St. P A/HKdate History 7/09 69/09 N6/09 16/2010 3934/11 1/11 27/11 100/11 5659/12

F30/11 F11/11C4/34/09 F30/10 F21/11 F22/11 F23/11 F24/11 F30/12Group 4 Group 3 Group 5 Group 6 Group 7 Group 6

REFERENCE VIRUSESA/California/7/2009 2009-04-09 E1/E1 1280 640 1280 1280 2560 2560 2560 5120 5120A/Bayern/69/2009 2009-07-01MDCK5/MDCK1 160 320 160 80 40 80 80 40 80A/Lviv/N6/2009 2009-10-27CK4/S1/MDCK3 640 1280 640 320 80 160 320 160 320A/Christchurch/16/201 2010-07-12 E2/E2 1280 1280 2560 5120 2560 2560 2560 5120 5120A/Hong Kong/3934/20 2011-03-29MDCK2/MDCK3 320 160 320 320 640 1280 640 1280 1280A/Astrakhan/1/2011 2011-02-28MDCK1/MDCK5 1280 640 640 1280 1280 1280 1280 2560 2560A/St. Petersburg/27/20 2011-02-14 E1/E2 1280 1280 1280 1280 1280 2560 2560 5120 5120A/St. Petersburg/100/2 2011-03-14 E1/E2 1280 1280 1280 1280 1280 2560 2560 5120 5120A/Hong Kong/5659/20 2012-05-21MDCK4/MDCK1 320 160 320 640 640 1280 640 1280 2560

TEST VIRUSES

A/Belgium/S0318/201 2012-12-27 MDCK4 640 640 1280 640 1280 1280 1280 5120 2560A/Belgium/S0334/201 2012-12-27 MDCK3 640 640 640 640 1280 1280 1280 2560 1280A/Belgium/S0345/201 2012-12-28 MDCK3 640 320 1280 640 1280 1280 1280 5120 2560A/Belgium/S0003/201 2013-01-02 MDCK2 1280 1280 1280 2560 2560 2560 2560 5120 5120A/Belgium/S0007/201 2013-01-01 MDCK2 1280 640 2560 1280 2560 2560 1280 5120 5120A/Belgium/S0091/201 2013-01-14 MDCK2 640 640 640 640 1280 1280 1280 2560 2560A/Belgium/S0093/201 2013-01-14 MDCK2 1280 640 2560 1280 1280 2560 2560 5120 5120A/Belgium/G944/201 2012-12-11 MDCK2 1280 640 1280 1280 1280 1280 2560 5120 2560A/Belgium/G992/201 2012-12-20 MDCK3 1280 640 1280 640 2560 1280 1280 2560 2560A/Belgium/G1019/20 2012-12-26 MDCK2 2560 640 2560 2560 5120 2560 5120 5120 5120A/Belgium/G0001/20 2013-01-02 MDCK2 1280 640 640 2560 1280 1280 1280 2560 2560A/Belgium/S0294/201 2012-12-19 MDCK2 2560 640 1280 1280 2560 2560 2560 5120 5120A/Belgium/G860/201 2012-11-08 MDCK2 1280 640 1280 640 1280 1280 1280 2560 2560A/Belgium/G906/201 2012-12-03 MDCK2 1280 640 1280 1280 2560 2560 2560 2560 2560A/Belgium/G916/201 2012-12-07 MDCK2 2560 1280 1280 1280 2560 2560 2560 5120 5120A/Belgium/G917/201 2012-12-07 MDCK2 640 320 640 640 1280 640 640 2560 2560A/Belgium/G932/201 2012-12-10 MDCK2 1280 640 640 640 1280 1280 1280 2560 2560

Haemagglutination inhibition titre1

Post infection ferret sera

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b) A(H3N2) Caractérisation génétique

L’arbre phylogénique (Fig. 7) montre la souche vaccinale, les souches de référence et 11 souches A(H3N2). Toutes les souches appartiennent au groupe 3C représenté par la souche A/Victoria/361/2011 (la souche vaccinale) caractérisée par les mutations S45N, T48I, A198S et N312S.

Figure 7. Arbre phylogénique d’une partie des souches influenza A(H3N2).

Caractérisation antigénique

Sur les 5 échantillons A(H3N2) envoyés au WHO-CC de Londres, 4 ont pu être remis en culture. Tous les échantillons ont montré une moins bonne réactivité avec bonne réactivité avec l’antisérum de furet dirigé contre la souche A/Victoria/361/2011 propagée sur œufs qui était la souche vaccinale inclue dans le vaccin influenza, mais ces souches ont montré une meilleure réactivité avec l’antisérum dirigé contre la souche A/Victoria/361/2011 propagée sur cellule, ce qui suggère qu’aucune dérive antigénique n’a eu lieu (Table 2).

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Table 2. Caractérisation antigénique des virus H3N2 Antigenic analyses of influenza A H3N2 viruses (Guinea Pig RBC with 20nM Oseltamivir) 2013-02-01

Viruses Collection Passage A/Perth A/Vic A/Ala A/Stock A/Iowa A/Vic A/Berlin A/Vic A/Athens A/Texas A/HawaiiDate History 16/09 208/09 5/10 18/11 19/10 361/11 93/11 361/11 112/12 50/12 22/12

F35/11 F7/10 F27/10 F28/11 F15/11 Egg F35/12 T/C F11/12 T/C F34/12 F16/12 F36/12 F37/12Genetic group Genetic group group 5 group 3A group 6 group 3C group 3C group 3C group 3B group 3C group 3CREFERENCE VIRUSESA/Perth/16/2009 2009-07-04 E3/E2 1280 80 320 160 320 320 320 320 640 320 160A/Victoria/208/2009 2009-06-02 E3/E2 1280 2560 1280 1280 2560 1280 2560 1280 2560 5120 5120A/Alabama/5/2010 5 2010-07-13K1/C2/SIAT3 < < 80 80 80 80 160 160 160 160 40A/Stockholm/18/201 3A 2011-03-28 SIAT4 80 160 160 640 320 160 640 640 640 640 320A/Iowa/19/2010 6 2010-12-30 E3/E2 320 640 640 1280 1280 1280 1280 1280 1280 2560 1280A/Victoria/361/2011 3C 2011-10-24 E3/E2 320 640 320 160 640 2560 640 320 320 2560 1280A/Berlin/93/2011 3C 2011-12-07 NVD3/SIA 160 160 320 320 320 320 640 640 640 1280 640A/Victoria/361/2011 3C 2011-10-24 MDCK2/SI 160 160 320 320 320 320 640 640 640 1280 640A/Athens/112/2012 3B 2012-02-01 SIAT7 160 160 320 320 320 320 640 640 640 1280 640A/Texas/50/2012 3C 2012-04-15 E5/E1 640 1280 640 1280 1280 640 1280 640 1280 5120 2560A/Hawaii/22/2012 3C 2012-07-09 E4/E1 320 1280 320 640 1280 640 1280 640 1280 2560 5120TEST VIRUSESA/Belgium/S0304/2 3C 2012-12-21 SIAT2 640 320 320 640 640 320 1280 640 1280 2560 640A/Belgium/G1010/ 3C 2012-12-24 SIAT2 40 160 160 320 320 160 640 320 640 640 320A/Belgium/S0325/2 3C 2012-12-26 SIAT2 40 80 80 160 160 160 320 320 640 640 160A/Belgium/G0044/ 3B 2013-01-07 SIAT2 40 80 160 320 160 160 640 320 640 640 320

Haemagglutination inhibition titre1

Post infection ferret sera

c) B Yamagata Caractérisation génétique

Vingt-deux échantillons positifs pour influenza B Yamagata ont été séquencés. Deux d’entre eux appartenaient au clade 3 représenté par la souche vaccinale B/Wisconsin1/2010, caractérisée par les substitution d’acides aminés S150I, N165Y et G229D. Ces souches sont proches de la souche B/Stockholm/12/2011 contenant plusieurs substitutions additionnelles V29A, L172Q et M251 (Fig.8).

Les 20 autres virus appartenaient au clade 2 représenté par la souche B/Estonia/55669/2011. Les virus de ce clade présentent les substitutions d’acides aminés caractéristiques R48K, P108A et T181A.

Figure 8. Arbre phylogénique d’une partie des souches circulantes influenza B Yamagata.

16

Caractérisation antigénique

Vingt échantillons influenza B Yamagata ont pu être remis en culture et testés en inhibition d’hémagglutination. Un seul virus a bien réagit vis-à-vis l’antisérum dirigé contre la souche vaccinale B/Wisconsin/1/2010. Tous les virus ont montré une bonne réactivité vis à vis du sérum dirigé contre la souche B/Massachusetts/02/2012 (candidat pour le vaccin 2013-2014) (Table 3).

Table 3. Caractérisation antigéniques des virus B Yamagata

Antigenic analyses of influenza B viruses (Yamagata lineage) 27/02/2013

Viruses Collection Passage B/Fl3 B/Fl1 B/Bris2B/Wis2B/Stock2Estonia2 B/Novo B/HKB/MassB/Massdate History 4/06 4/06 3/07 1/10 12/115669/11 1/123577/12 2/12 2/12

SH479 F21/07 F21/12F26/10 F12/12 F26/11 F31/12 F33/12 F02/13 F03/13Group 1Group 2 roup 3Group 3Group 2Group 3Group 2

REFERENCE VIRUSESB/Florida/4/2006 2006-12-15 E3/E4 5120 1280 1280 640 1280 320 80 640 1280 320B/Brisbane/3/2007 2007-09-03 E2/E1 5120 640 640 640 640 320 40 640 1280 160B/Wisconsin/1/2010 2007-08-07 E3/E2 2560 320 320 1280 1280 40 160 160 1280 80B/Stockholm/12/2011 2007-08-07 E4/E1 1280 80 160 160 320 10 40 40 320 20B/Estonia/55669/2011 2011-03-14 DCK1/MDCK1 1280 40 160 40 40 640 80 1280 320 320B/Novosibirsk/1/201 2012-02-14 C2/MDCK2 1280 40 160 160 160 80 160 160 640 80B/Hong 2012-06-13 DCK2/MDCK3 2560 160 160 160 160 1280 160 1280 640 640B/Massachusetts/02/ 2012-03-13 E3/E2 2560 640 640 320 320 80 40 160 640 80B/Massachusetts/02/ 2012-03-13 K1/C2/MDCK2 2560 80 320 80 320 320 80 1280 640 320TEST VIRUSES

B/Belgium/G933/201 2012-12-10 MDCK2 2560 320 320 80 160 1280 80 1280 640 320B/Belgium/G938/201 2012-12-10 MDCK2 2560 320 320 80 320 1280 80 1280 640 320B/Belgium/G939/201 2012-12-10 MDCK2 2560 160 320 40 160 640 40 640 320 320B/Belgium/G943/201 2012-12-10 MDCK2 2560 160 160 80 320 640 80 640 640 320B/Belgium/G947/201 2012-12-12 MDCK2 2560 80 160 40 160 640 80 640 640 320B/Belgium/G1021/20 2012-12-20 MDCK2 2560 80 320 40 160 1280 80 1280 640 320B/Belgium/G1022/20 2012-12-24 MDCK2 2560 160 320 40 160 640 80 1280 640 320B/Belgium/G1023/20 2012-12-31 MDCK2 2560 160 320 40 160 1280 80 1280 640 320B/Belgium/H20/2012 2012-02-06 MDCK2 1280 < 80 40 80 40 80 80 320 80B/Belgium/S0310/201 2012-12-24 MDCK2 2560 160 320 40 160 1280 80 1280 640 320B/Belgium/S0314/201 2012-12-25 MDCK2 1280 40 80 20 80 640 40 640 320 160B/Belgium/G901/201 2012-11-28 MDCK3 1280 < 20 < 160 20 80 80 160 40B/Belgium/G908/201 2012-12-04 MDCK2 2560 80 40 < 80 320 40 640 160 160B/Belgium/G922/201 2012-12-07 MDCK3 1280 40 40 < 80 320 20 320 160 160B/Belgium/S0039/201 2013-01-05 MDCK2 5120 320 320 80 320 1280 80 1280 640 320B/Belgium/S0052/201 2013-01-08 MDCK2 5120 320 320 80 160 640 80 640 640 320B/Belgium/S0064/201 2013-01-10 MDCK2 5120 640 640 320 640 1280 320 1280 1280 640B/Belgium/S0081/201 2013-01-12 MDCK2 2560 160 160 40 160 320 40 640 320 160B/Belgium/S0084/201 2013-01-15 MDCK2 2560 160 160 40 160 640 40 640 320 160B/Belgium/S0092/201 2013-01-14 MDCK2 5120 320 320 160 320 640 160 640 320 640

Haemagglution Inhibition TitrePost infection ferret sera

d) B Victoria Le seul échantillon influenza B Victoria séquencé était proche de la souche de référence

B/Brisbane/60/2008.

4. Résistance aux antiviraux

Nous avons réalisé le séquençage des gènes neuraminidase d’une partie des virus (9 N1, 3 N2, and 4 NB) pour détecter la présence éventuelle de mutations connues pour être associées à la résistance aux inhibiteurs de la neuraminidase. Aucune mutation n’a été identifiée.

De plus, les tests phénotypiques pour la résistance antivirale ont été réalisés sur 31 échantillons (15 influenza B, 12 influenza A(H1N1) et 4 A(H3N2). Tous les virus étaient sensibles à l’ Oseltamivir au Zanamivir.

17

D. Surveillance non sentinelles

Depuis 2011, la surveillance des cas sévères de grippe est envisagée de manière plus organisée. Dans ce cadre, les laboratoires cliniques et hospitaliers en Belgique sont invités à envoyer des échantillons (frottis nasopharyngés, aspiration ou lavage bronchique) prélevés chez des patients suspects de grippe dans les cas suivants :

- Patient aux soins intensifs (p. ex. avec ARDS) en raison d’une infection grippale confirmée ou présumée; - Patient ayant subi un traitement ECMO en raison d’une infection grippale confirmée ou présumée; - Patient décédé en raison d’une infection grippale confirmée ou présumée; - Patient avec une infection grippale confirmée ou présumée et suspect de résistance aux antiviraux ; - Patient avec une infection grippale confirmée ou présumée et suspect d’échec du vaccin.

Des formulaires de demande d’analyse reprenant des informations complémentaires sur le patient (âge, sexe, symptômes, facteurs de risques ….) sont prévus pour accompagner le prélèvement.

Résultats

Quarante-huit échantillons respiratoires de patients présentant des symptômes d’influenza sévères ont été envoyés au CNR-I par différents hôpitaux du pays durant la saison 2012-2013 pour confirmation et sous-typage. Vingt-cinq échantillons étaient influenza A positifs, parmi lesquels 11 étaient des A(H1N1)pdm2009, 6 étaient des A(H3N2) et un était co-infecté par A(H1N1)pdm2009 et A(H3N2), et 7 étaient non sous-typables en raison de la faible charge virale. Neuf échantillons étaient des influenza B positifs, tous appartenant à la lignée Yamagata.

18

E. Description des patients enrôlés dans la surveillance et résultats épidémiologiques

a) Nombre de cas, âge, sexe et diagnostic influenza Durant la période de surveillance, 1002 patients ont été enregistrés dans la base de données

SARI mais seuls 990 (99%) patients ont pu être pris en compte car ils répondaient effectivement à la définition de cas et avaient subi un prélèvement respiratoire. La distribution des cas par semaine, en fonction de l’âge ainsi que par hôpital est présentée à la figure 9.

Figure 9: Nombre de cas de SARI rapportés par semaine et par hôpitaux.

Trente-sept % des patients étaient des enfants en dessous de 15 ans et 63% étaient des adultes. Chez les enfants, l’âge médian était de 2 ans et chez les adultes de 68 ans (Fig. 10).

Figure 10: Distribution de cas de SARI en fonction de l’âge

Sur l’ensemble des patients, la répartition par sexe était de 53% pour les hommes et de 47% pour les femmes. Des différences significatives dans la répartition entre les groupes d’âge sont observées : il y a relativement plus d’hommes dans la catégorie d’âge 45-64 ans et relativement plus de femmes dans la catégorie 85 ans et plus (Fig. 11).

19

Figure 11: Distribution par sexe en fonction de l’âge des patients SARI

Lorsqu’on considère la même période de surveillance (de la semaine 51-2012 à la semaine 19-2013), les pourcentages de positivité pour l’influenza étaient plus faible dans la surveillance SARI (43%) que dans la surveillance ILI (67%). Cette différence peut être attribuée à la définition de cas plus spécifique pour la surveillance ILI (Fig. 12).

Figure 12: Diagnostic Influenza chez les patients SARI et chez les patients ILI

20

b) Symptômes grippaux

Dans l’ensemble, les patients ont présenté plus souvent de la fièvre et de la toux (qui font partie de la définition de cas) et moins souvent de la dyspnée ainsi que d’autres symptômes (Fig.13). Nonante deux % des patients ont présenté de la fièvre avant ou à l’admission. Les autres symptômes rapportés sont très variables et comprennent notamment : cyanose, tachypnée, sibilance, symptômes digestifs, … .

Figure 13 : Symptômes grippaux pour l’ensemble des patients

Ces symptômes varient avec l’âge:

On observe significativement moins souvent de la dyspnée chez les enfants de moins de 15 ans que chez les personnes plus âgées.

En ce qui concerne les autres symptômes, ils sont plus fréquents chez les enfants de 5 à 14 ans et les jeunes adultes que chez les patients plus âgés.

Les patients influenza positifs ont présenté significativement plus souvent de la fièvre ou une histoire de fièvre et de la toux et moins souvent de la dyspnée, que les patients influenza négatifs avec ajustement pour le groupe d’âge. Les autres symptômes n’étaient pas associés à la positivité (Fig.14).

21

Figure 14 : Symptômes rapportés chez les adultes et les enfants confirmés influenza positifs ou négatifs

Les patients présentant des facteurs de risque ont eu moins souvent de la toux et plus souvent de la dyspnée (Fig.15).

Figure 15 : Symptômes rapportés chez les adultes et les enfants en fonction de la présence de facteurs de risque.

Dans le groupe des patients influenza positifs, on ne voit pas de relation entre le type de virus (A(NT), A(H1N1), A(H3N2 et B) et les symptômes.

22

c) Facteurs de risque Les pathologies associées enregistrées systématiquement correspondent aux facteurs de risque

de complication pour la grippe. Au total, 68% des patients présentaient un ou plusieurs facteurs de risque. Ce taux dépend de l’âge : les enfants de moins de 15 ans ont significativement moins souvent des facteurs de risque (Fig. 16). Il n’y a pas de relation entre le fait d’avoir au moins un facteur de risque et la positivité pour l’influenza ni le (sous-)type.

Figure 16 : Présence de pathologies associées chez tous les patients et par groupe d’âge

Les facteurs de risque les plus fréquemment rapportés sont les insuffisances respiratoires, suivie des insuffisances cardiovasculaires et des déficiences immunitaires (Fig.17).

Figure 17: Pourcentage des différentes pathologies associées chez tous les patients

Les facteurs de risque varient considérablement selon le groupe d’âge (Fig. 18) :

• On observe significativement moins de patients avec asthme chez les moins de 5 ans que chez les enfants de 5 à 14 ans.

23

• On observe significativement plus de patients avec une immunodépression ou une autre pathologie associé chez les chez les patients au-dessus de 14 ans.

• On observe significativement plus de patients avec une pathologie respiratoire, neurologique ou cardiovasculaire chez les patients au-dessus de 44 ans.

• On observe significativement plus de patients avec une insuffisance rénale chez les moins de 45 ans que chez les adultes de 45 à 64 ans.

• Les patients âgés de 65 ans et plus ont significativement plus souvent d’autres pathologies associées que les patients des autres groupes d’âge.

• L’obésité est observé seulement chez les patients adultes. La prévalence est significativement plus basse chez les personnes âgées de plus de 84 ans que chez les patients de 45 à 84 ans.

• Il y avait très peu de cas d’insuffisance hépatique et aucun lien ni avec l’âge, ni avec la positivité ni le (sous-)type n’a pu être démontrée.

24

Figure 18 : Présence des pathologies associées spécifiques par groupe d’âge

Aucune différence n’a été observée entre les patients influenza positifs et négatifs pour ce qui concerne les facteurs de risque.

d) Pronostic Pour 13% des patients, l’état à l’admission était critique de sorte que le pronostic était incertain

ou précaire. Un état critique était significativement moins souvent rapporté chez les enfants de moins de 15 ans, en comparaison avec les patients plus âgés. Aucune relation entre la positivité pour l’influenza, ni le (sous-)type n’a été observée (Fig. 19).

Figure 19 : Proportion de patients hospitalisés dans un état critique

25

e) Complications et prise en charge Plusieurs indicateurs de sévérité ont été étudiés :

• Admission ou transfert aux soins intensifs • Assistance respiratoire invasive • ECMO (Extra-Corporeal Membrane Oxygenation) • ARDS (Acute Respiratory Distress Syndrome) • Décès

L’affection était considérée comme plus sévère si un des indicateurs de sévérité était présent.

f) Présence d’au moins une complication Quinze pour cent des patients présentaient un ou plusieurs de ces critères de sévérité. On a

observé significativement moins de d’indicateurs de sévérité chez les enfants de moins de 15 ans, en comparaison avec les patients plus âgées (Fig.20). Il n’y avait pas de relation avec la positivité ou le (sous)type.

Figure 20 : nombre de patients présentant un ou plusieurs des critères de sévérité et proportion dans les différents groupe d’âge.

g) Complications spécifiques

26

Figure 21 : Critères de sévérité spécifiques pour l’ensemble des patients

L’assistance respiratoire invasive et l’ ECMO varient avec l’âge : • Les patients de 15-84 ans avaient significativement plus souvent besoin de l’assistance

respiratoire invasive que les enfants de moins de 5 ans. • L’ECMO est observé plus souvent dans le groupe d’âge 15-44 ans.

Figure 22 : Présence des critères de sévérité spécifiques par groupe d’âge

En comparaison avec les patients négatifs, les patients influenza positifs sont moins souvent admis ou transférés aux soins intensifs et ont moins souvent besoin d’une assistance respiratoire invasive (Fig.23).

Figure 23 : Présence des critères de sévérité spécifiques chez les adultes et les enfants en fonction du statut Influenza positif ou négatif.

Les patients avec des facteurs de risque sont plus souvent admis ou transféré aux soins

intensifs et ont plus souvent besoin de l’assistance respiratoire invasive (Fig.24).

27

Figure 24 : Présence des critères de sévérité spécifiques chez les adultes et les enfants en fonction de la présence de facteurs de risque.

h) Evolution de la sévérité dans le temps Nous ne disposons pas encore d’assez de données pour détecter de vraies tendances.

Néanmoins on peut comparer les résultats de base pour les deux premières saisons de surveillance (même si les données ne sont pas tout à fait comparables car un des hôpitaux était différent).

Table 3. indicateurs de sévérité parmi les cas influenza positifs

2011-2012 (N = 86)

2012-2013 (N = 425)

Etat critique 10 % 11 % Hospitalisés aux soins intensifs 12 % 8 % Assistance respiratoire invasive 5 % 5 % ECMO 0 % 0.5 % ARDS 5 % 6 % Mortalité 9 % 4 %

i) Mortalité Au total, 40 décès ont été rapportés chez les patients SARI, dont 15 étaient positifs pour

l’influenza. Cependant, pour un quart de tous les patients SARI, le statut vital était non connu. Chez les patients avec statut vital connu, la mortalité était significativement plus haute dans les tranche d’âge au-dessus de 14 ans que chez les enfants plus jeunes. Les patients avec des facteurs de risque ont également présenté un taux de mortalité plus élevé (Fig. 25). Aucune relation entre la positivité ou le (sous-)type et la mortalité n’a été mise en évidence.

28

Figure 25: Mortalité parmi les patients SARI

j) Traitement par antiviraux Quinze pour cent des patients ont reçu un traitement antiviral. Il y a des différences

considérables et statistiquement significatives par tranche d’âge, facteurs de risque, positivité: le traitement antiviral est observé significativement plus souvent chez les patients de plus de 15 ans, les patients influenza positifs et les patients présentant des facteurs de risque (Fig.26). Parmi les patients positifs pour l’influenza, il n’y avait pas de relation avec le (sous)type.

Figure 26 : Proportion des patients traités par antiviraux

29

k) Statut vaccinale Le statut vaccinal était inconnu pour 28% des patients SARI. Parmi les patients dont le statut vaccinal était connu, le pourcentage de vaccination était de 28% et augmentait de manière significative avec l’âge. Les patients présentant des facteurs de risques étaient également plus souvent vaccinés. Les patients avec une infection influenza confirmée sont significativement moins souvent vaccinées que les patients négatifs. On n’observe pas des différences entre les différents sous-types (Fig.27).

Figure 27 : Pourcentage de patients vaccinés contre la grippe en fonction de différents paramètres

Le statut vaccinal vis à vis du vaccin saisonnier influenza était connu pour 333 patients SARI influenza positifs et pour 378 patients SARI influenza négatifs. Les analyses indiquent que 24% des patients influenza positifs et 32% des patients influenza négatifs ont été vaccinés contre l’influenza.

Une régression logistique qui modèle la positivité pour l’influenza en fonction du statut vaccinale (ajusté pour le groupe d’âge, le sexe, la semaine de prélèvement et la durée entre le début des symptômes et le moment du test) montre un OR de 0.63 (CI 95% : 0.41-0.96) fois plus bas chez les personnes vaccinées que chez les personnes non-vaccinées. L’efficacité vaccinale (1 – OR) était donc

30

de 37% (4,0% - 59%). On n’observe pas de différences significative par groupe d’âge (mais les nombres sont très faibles). Le calcul de l’efficacité vaccinale (par sous-type) est actuellement élaboré plus en détail et fera l’objet d’ articles qui seront publiés prochainement.

31

IV. Discussion et conclusions

Les résultats présentés ici concernent la deuxième saison de surveillance de la grippe par un réseau d’hôpitaux vigies en Belgique.

Depuis la mise en place du réseau, nous avons pu compléter les données de la surveillance des syndromes grippaux par les médecins vigies avec des informations sur la sévérité de l’épidémie en temps réel. Les souches sont analysées et les résultats peuvent être mis en relation avec les symptômes, les facteurs de risques et les indicateurs de sévérité des patients.

La saison 2012-2013 a été longue et de haute intensité, et caractérisée par la circulation des 3 virus A(H1N1)pdm2009, H3N2 et B Yam. Au niveau virologique, les souches isolées dans la population générale sont très proches génétiquement et antigéniquement de celles isolées dans les hôpitaux. Un virus A(H1N1)pdm2009 portant la mutation D222D/G au niveau du gène de l’hémagglutinine a été détecté. Plusieurs rapports ont suggéré que cette mutation est plus fréquemment détectée chez des patients présentant des signes cliniques sévères que chez les patients présentant une affection plus bénigne (Rykkvin et al., 2013). la correspondance antigénique des souches vaccinales avec les virus en circulation n’a pas été optimale durant cette saison sauf pour le virus A(H1N1)pdm2009. Aucune résistance vis-à-vis des antiviraux (inhibiteurs de la neuraminidase) n’a été détectée.

En raison de la durée particulièrement longue et de l’intensité de l’épidémie, un grand nombre de cas ont été enregistrés, ce qui a permis d’étudier différentes variables épidémiologiques en détail. Quarante-trois % des patients SARI étaient positifs pour l’Influenza. Cette saison, la sévérité des infections était surtout lié à l’âge et la présence de comorbidités chez les patients. Nous n’avons pas identifié de types ou sous-types d’influenza associés à une sévérité augmenté, mais les sous-types varient en fonction de la catégorie d’âge, avec plus d’infection influenza B chez les enfants en âge scolaire et moins d’infections A(H3N2) par rapport aux adultes.

La surveillance établie sur plusieurs années montrera l’importance des données recueillies dans le cadre de la surveillance des infections respiratoires aigües sévères et permettra d’établir une ligne de base qui sera très utile en cas de pandémie ainsi que pour comparer la sévérité des épidémies influenza dans le temps. En ce qui concerne la sévérité, 15% des patients présentaient une complication dont 4% sont décédés. Parmi les patients avec influenza confirmé, ces taux étaient respectivement de 13% et 4%. En outre, ces taux sont comparables à ceux observés lors de la saison 2011-2012 et confirment la sévérité modéré de l’épidémie de cette saison. Les complications et la mortalité ont été observées principalement chez les personnes âgées de plus de 65 ans.

32

V. Références

[1] Severe influenza surveillance in Europe, Technical document, ECDC, Stockholm, June 2012

[2] WHO Regional Office for Europe guidance for sentinel influenza surveillance in humans, WHO Regional Office for Europe, May 2011

[3] Risk Assessment, Seasonal influenza 2011-2012 in Europe (EU/EEA countries), 9 March 2012, ECDC. http://www.ecdc.europa.eu/en/publications/Publications/120312-TER-Seasonal-influenza-risk-assessment.pdf

[4] Rykkvin R, Kilander A, Dudman SG and Hungnes O. 2013. Within-patient emergence of the influenza A(H1N1)pdm09 HA1 D222G variant and clear association with severe disease. Eurosurveillance 18(3).