Système d’Information sur les ressources génétiques ... Passport data t Portail ARCAD Positionnement national Portail national ARCAD Web Services Title Système d’Information

Système d’Information sur les ressources génétiques

végétales cultivées

Journées ARCAD 27-28 octobre 2014 - Montpellier

du local à l’international

projet ARCAD | WP système d’information

• Un système d’information pour rendre plus claire et lisible l’offre française en matières de ressources génétiques pour l’agriculture.

• Faciliter et consolider la gestion de l’information dans les collections

• Faire connaître ces collections au niveau national, européen, international

• L’information sur les RG devient stratégique

gérer différents niveaux d’information autour des ressources génétiques

• Localement : Recueillir les données, documenter les accessions. Assurer la solidité et la traçabilité des données

• Fournir les outils de synthèse pour l’analyse de ces données à différents niveaux de regroupement. Gérer l’hétérogénéité des données

• Assurer la liaison et la consolidation entre les différents niveaux de détails gérés (local, institutionnel, national)

• Permettre une communication harmonisée et synthétique au niveau national pour faire connaître les ressources génétiques et leur importance dans le paysage de la biodiversité

au niveau local

• Des points communs – Système de classification botanique de plante – Passport data – Impératifs de traçabilité des données

• Et une très grande diversité – Des systèmes biologiques très divers – Qui ont un impact direct sur le fonctionnement

pratique des collections et les méthodes de travail – Des descripteurs spécifiques

Collections bananier chou pommier blé pdt café riz

Localement Une quarantaine d’espèces gérées

Gestion données Outil local

Outil local

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Outil local

Outil local

Descripteurs Descripteurs Descripteurs Descripteurs Descripteurs Descripteurs Descripteurs Descripteurs

Passport Passport Passport Passport Passport Passport Passport Passport data

Institut

Guadeloupe Ploudaniel Angers Clermont Fd

Ploudaniel Guyane La Réunion Localisation Montpellier

Des regroupements intermédiaires

Par institut, localisation…

SiReGal / GnPIS InterTrop

diversité des collections

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Web Services




Outil local

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diversité des collections




Outil local

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Institut







Web Services

quelle solution locale ?

• Un outil commun ? L’expérience GRIN-Global – Une même base de données pour tout le monde – Un canevas généraliste adaptable à toutes les

situations – 18 mois de test à l’URGI / INRA Versailles

• Pas concluant… (en l’état) – Une absence et/ou une complexité de

personnalisation qui rendent l’outil difficilement maitrisable

– Vouloir satisfaire tout le monde finit par ne satisfaire personne…

– Pas d’autre solution consensus

des solutions locales, alors ? Plutôt qu’un outil unique de gestion et de synthèse, on peut imaginer de partager des éléments de langage communs, et d’appliquer des règles adaptées de traçabilité des données

– Ontologies par culture, par type de descripteurs, Darwin Core, etc. – Politique qualité, indispensable à terme pour la labellisation des CRB

Le dialogue avec des niveaux supérieurs de regroupement est ainsi assuré. Cette solution souple et modulaire est plus compliquée à mettre en œuvre au départ, mais comporte de nombreux avantages :

– La défaillance d’un outil n’entraine pas le blocage de l’ensemble du système.

– On ne contraint pas la logique locale de fonctionnement des collections. – Le système peut être dynamique et ainsi assurer l’actualité des données

transmises.

portail ARCAD, vitrine nationale De nombreux CRB disposent déjà d’un site web, et des niveaux de regroupement spécialisés existent déjà – comme Siregal pour l’Inra.

En revanche l’offre globale française sur les RG est vue comme diffuse et floue tant au niveau national qu’international.

Portail national ARCAD

L’objectif du portail ARCAD est de pallier ce manque sans pour autant faire double emploi avec les sites déjà existants.



En revanche l’offre globale française sur les RG est vue comme diffuse et floue tant au niveau national qu’international.


L’objectif du portail ARCAD est de pallier ce manque sans pour autant faire double emploi avec les sites déjà existants.

pour quel public ?

intéresser tant les scientifiques que le grand public, accroître la fréquentation et fidéliser les visiteurs • Scientifiques = point d’entrée unique identifié au niveau

national et international ; liens techniques ; commande de matériel végétal

• Grand public = associations botaniques, conservatoires, entreprises privées du secteur, (et même plus large ?)… De l’information directement utilisable (dossiers thématiques, actualités du domaine, fiches variétales, contenu interactif multimédia) pour sensibiliser à l’importance de la conservation de cette part de la biodiversité

• Inventer des modalités d’échanges entre ces deux publics

Ressources Génétiques

• Information &

évaluation • Commander des RG

[requêtes et tableaux –

fiches variétales ]

Les RGV en France

• Info sur les CRBs • Dossiers sur les RGV • Actualités des RGV

• Ressources doc techniques

[dossiers scientifiques,

contenu éditorial]

ARCAD

• DNA Bank • Cryoconservation

• Phénotypage graines • Formations • Colloques

[Essentiellement des

liens ? ]

Portail des Ressources Génétiques Végétales pour l’Agriculture Accueil

Intro et présentation du dispositif ARCAD

Réseau & social


bananier chou pommier blé pdt café riz

Listings de collection, stocks, disponibilités, descripteurs.

Module de commande

Fiches d’information variétales

Listings de collection, descripteurs, contenu multimédia,.

Contenu éditorial Dossiers plantes, références scientifiques, fiches de présentation, actualités…

Alimentation BDD internationales

Listings de collection, descripteurs.

Eurisco, GBIF, Genesys…

liaisons

Le paysage national et international

• En coordination avec les autres organismes nationaux autour de la biodiversité et les RG

• Système de base de données connectables à d’autres BDD complémentaires

• Liens vers les bases de données internationales spécialisées et généralistes

• Initiative européenne PRISE (H2020)

Organismes français RG & biodiversité Echanges d’info (RSS)

Intégration nlles RG

BDD internationales généralistes RG & biodiversité

Préparation WS

BDD spécialisées plantes

Langage commun (via chaque CRB)

BDD génomiques

Descripteurs complémentaires

Intégration européenne

Initiative H2020 Projet PRISE

Institut






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Descripteurs

Descripteurs

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Descripteurs Descripteurs Descripteur

s Descripteur

s Descripteur

s




Passport

Passport

Passport

Passport

Passport

Passport

Passport Passport data


Web Services

Documents

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