8/6/2019 Xyloforest : Plateau technique Xylomic
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XylomicRmy Petit & Camille Lepoittevin
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Xylomic
Une des 6 plateformes de Xyloforest
Fait le lien fort-arbre-bois-fibre
Deux units impliques :
UMR BIOGECO (INRA & Univ. Bordeaux 1)
UR AGPF (INRA Orlans)
Arbre
Fort
Bois
Fibre
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Contexte
Bois
Variations de
lenvironnement
Gnotypes, base des programmes
damlioration gntique
Cernes daccroissement ,comprendre la
croissance Rsistance la cavitation,
comprendre la tolrance la
scheresse
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Comprendre : les dterminants environnementaux et gntiques de la
variabilit du bois.
les processus biologiques et cologiques impliqus dans
llaboration du bois.
Identifier des gnotypes performants pour la
sylviculture, en se basant sur le programmedamlioration long terme.
Objectifs
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Construire une plateforme technique de
classe mondiale sur la gnomique des
arbres et le phnotypage fin des proprits
du bois.
Lambition de Xylomic
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Objectifs spcifiques
Analyses gnomiques :
Projet Gnome-Transcriptome :
extraction dADN (>10,000 individus), gnotypage robotis,
squenage 3me
gnration Analyses phnotypiques :
projet Genobois :
proprits chimiques (SPIR),
micro-densitomtrie (Rayon X),
xylologie, dendrocologie haut dbit
projet Caviplace :
rsistance la scheresse par tude de la cavitation
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Systme de gnotypage
haut dbit(>3000 gnotypes/jour)
Reconstruction de
pdigres, traabilit, SAM
Exemples dquipement
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Robots pour lautomatisation des broyages : de bois pour lanalyse des proprits chimiques (SPIR) daiguilles, de feuilles pour lextraction dADN
Augmentation des dbits
Exemples dquipement
Mthode actuelle
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Mise en uvre
Gnome-Transcriptome : Cestas
o 1 IR + 1AI
o 1,36 M dinvestissements
Gnobois : Cestas & Orlans
o 0,48 M
Caviplace : Talence
o 0,39 M
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Exemple de projet en cours
Projet NOVEL TREE Breeding strategies, FP7-21186801/05/2008 30/04/2012 www.noveltree.eu
15 partenaires publics et privs, 4.1 M
Objectifs (Pin maritime, Pin sylvestre, Epicea, Peuplier) : Trouver des critres de slection adapts la foresterie durable Dvelopper des outils de phnotypage et de gnotypage haut dbit
Identifier des polymorphismes allliques lis des caractres dintrt
Concevoir de nouvelles stratgies damlioration gntique
Optimiser le dploiement des nouvelles varits
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Exemple de projet en cours
Projet NOVEL TREE Breeding strategies, FP7-21186801/05/2008 30/04/2012 www.noveltree.eu
Ralisations : Phnotypage :
1800 arbres du programme damlioration Pin maritime mesurs pour les
proprits chimiques et mcaniques du bois et pour la croissance
mesure de la cavitation sur 200 arbres dun pedigree de cartographie
Gnotypage :Dtection ~10 000 mutations dans le gnome des populations Aquitaines de pin
maritime
Gnotypage pour ~1000 gniteurs du programme damlioration
Analyses en cours :
Etude des interactions gnotypeenvironnement
Recherche de marqueurs molculaires impliqus dans la variation de la tolrance
la scheresse, de la qualit du bois, de la croissance
Rflexion sur les mthodes de slection adaptes des objectifs multiples
http://www.noveltree.eu/http://www.noveltree.eu/