Gérer ses références bibliographiques : sortir de RefWorks Bibliothèque Michel Serres Outils et solutions Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009

Gérer ses références bibliographiques

Sortir du logiciel

PRESENTATION

L'Ecole centrale de Lyon va arrêter son abonnement à l'outil de gestion bibliographique Refworks car elle juge qu'il ne garantit pas un niveau suffisant de protection des données des chercheurs et des informations à caractère personnel. L'arrêt sera effectif à compter du 1er janvier 2010. Afin de faciliter la transition vers de nouveaux outils, la bibliothèque vous accompagnera durant les mois qui suivent. Ce document liste un ensemble d’outils pertinents utilisables du niveau « élève 1ère année » au niveau « Chercheur ».

PRINCIPES :

La plupart des outils de gestion de références bibliographiques disposent de fonctions d’import-export de leur base de données.

La marche à suivre consistera à : 1. Identifier un outil compatible avec votre traitement de texte vous servant à rédiger vos

documents (articles, rapports, thèses,…) 2. Exporter tout ou partie de sa base de données depuis Refworks sous la forme d’un fichier

dans un format identifié 3. Importer le fichier précédemment exporté dans un nouveau logiciel supportant ce format

POINTS CLÉS :

Identifier les formats compatibles entre l’ancien et le nouvel outil (privilégier RIS) Identifier les données non standards (champs personnalisés, tag, notes) Penser aux fichiers joints (pdf d’articles,...) qu’il faudra réintroduire dans le nouvel outil Procéder si possible à un test sur une partie de sa base avant toute opération globale

OUTILS PROPOSÉS :

Utilisateurs WORD ou OpenOffice Utilisateurs LaTeX Zotero Bibus EndNote

BibTeX JabRef BibDesk

Découvrez de nouveaux outils et les comparer avec la base ECLORE (Inist/CNRS) : http://eclore.veille.inist.fr/-/Eclore/?Eclore=interro

http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 1

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UTILISATEURS DE MICROSOFT ORD OU

ZOTERO

Type d’outil : installation sur poste utilisateur (extension du navigateur Firefox) Statut : gratuit et libre Plate-forme : tout type de plate-forme supportant le navigateur Firefox Version recommandée : 1.0.10 Fonctions travail collaboratif : Oui ; en test sur version 2.0+ (nombreuses autres

fonctionnalités) Téléchargement : http://www.zotero.org Ressources :

o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/zotero o Actualités [fr] : http://zotero.hypotheses.org o Tutoriels [fr] :

Documentation officielle http://www.zotero.org/support/fr/start

Introduction sur le site de l’Urfist PACA : http://tinyurl.com/lqc4mq

Manuel des Hôpitaux de Lyon (44 pages) : http://tinyurl.com/cpar95

Manuel de formation de Lyon 1 : http://tinyurl.com/yck7gmz

Site de l’EHESS : http://lodel.ehess.fr/cerc/document.php?id=259

Présentation : http://tinyurl.com/n7ldfx

Présentation : http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_fi/Zotero_1_2008.pdf

Tutoriels de l’UPMC : http://tinyurl.com/kl8dfz

Procédure d’import-export :

o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email »

o Dans Zotero : Cliquer sur « Actions » et cliquer sur Importer… ; choisir le fichier. Note : des problèmes d’encodage des caractères accentués peuvent survenir

Cas des fichiers joints : sélectionner une référence dans Zotero, cliquer sur , choisir « Attach Stored Copy of File… » et sélectionner le fichier. Ou procéder par glisser-déposer de l’explorateur de fichiers vers Zotero

BIBUS

Type d’outil : installation sur poste utilisateur Statut : gratuit et libre Plate-forme : UNIX-like, Windows, MacOS X Version recommandée : 1.5rc1 Fonctions travail collaboratif : partage de la base de données possible sur un réseau Téléchargement : http://sourceforge.net/projects/bibus-biblio/

Ressources : o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/bibus o Tutoriels [fr] :

Documentation officielle : http://tinyurl.com/3o3anl

http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 2

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Diaporama : http://www.projet-plume.org/files/Bibus_journee_PLUME.pdf

Procédure d’import-export :

o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email »

o Dans Bibus : Fichier > Importer > choisir “RIS” et UTF-8 en encodage de fichier Cas des fichiers joints : Sélectionnez une référence. Menu « Référence » > Editer la référence.

Dans la fenêtre d’édition > onglet « Fulltext files » > chercher le fichier via pour le champ « File/URL ». Note : la procédure peut être automatisée via les noms de fichiers

EndNote

Type d’outil : installation sur poste utilisateur Statut : payant et propriétaire Plate-forme : Windows, MacOS X Version recommandée : EndNote X+ Fonctions travail collaboratif : possibilité de couplage avec un compte EndNote Web qui

dispose de fonctions de travail collaboratif Téléchargement : http://www.endnote.com

Ressources : o FAQ [en] : http://www.endnote.com/support/faqs/index.asp o Tutoriel [fr] de l’Université de Laval : http://tinyurl.com/kjlh8a o Présentations des Urfist [fr] :

http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_fi/EndNote_1_2008.pdf http://tinyurl.com/l7txdp (plusieurs supports pour EndNote X, X1, X2)

Procédure d’import-export :

o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email » Voir : http://www.endnote.com/support/Faqs/Import/faq13.asp

o Dans EndNote : Ouvrir une base existante ou créer une nouvelle base. Puis Fichier > Import… > choisir le fichier d’import et « Reference Manager (RIS) » dans les options d’import. Note : les doublons peuvent être supprimés ou signalés et l’encodage modifié à l’import

Cas des fichiers joints : Sélectionnez une référence. Puis menu Références > PDF > « Lier à un PDF… »

UTILISATEURS DU LOGICIEL

Format et outils BibTeX

BibTeX est un puissant outil logiciel permettant aux auteurs utilisant LaTeX de gérer leurs références bibliographiques lors de la rédaction d’un document. Par extension, BibTeX désigne aussi le format de fichier contenant les références bibliographiques dans l’environnement LaTeX. Il existe des logiciels facilitant la saisie, la recherche et la gestion des références, basés sur BibTeX. Ces logiciels disposent de fonctions avancées comme l’interrogation de bases de données distantes (ArXiv, Pubmed, etc.) ou la recherche dans des fichiers attachés (pdf d’articles, etc.). Plus d’information :

http://www.projet-plume.org/fr/fiche/bibtex http://www.eleves.ens.fr/home/peyre/BibTeX.pdf

http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 3

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JabRef

Type d’outil : interface graphique de gestion de références bibliographiques ; installation sur poste utilisateur

Statut : gratuit et libre Plate-forme : UNIX-like, Windows, MacOS X (nécessite une machine JAVA) Version recommandée : 2.5 Fonctions travail collaboratif : partage du fichier de base de données (BibTeX) possible Téléchargement : http://jabref.sourceforge.net/download.php Ressources :

o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/jabref o Tutoriel [fr] :

Documentation officielle : http://jabref.sourceforge.net/help/fr/Contents.php Court tutoriel : http://stephlefevre.free.fr/logiciels/JabRef.php Diaporama : http://www.projet-plume.org/files/jabref.pdf

Procédure d’import-export :

o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email »

o Dans JabRef : Fichier > Importer dans une nouvelle base. Les clés BibTeX sont générées automatiquement. Les doublons sont identifiés pour suppression éventuelle

Cas des fichiers joints : double-cliquer sur une référence > dans l’onglet , puis cliquer

sur au niveau de l’entrée « File » et choisir le fichier (pdf,….) à lier à la référence

BibDesk

Type d’outil : interface graphique de gestion de références bibliographiques ; installation sur poste utilisateur

Statut : gratuit et libre Plate-forme : MacOs X Version recommandée : v1.3.21 Fonctions travail collaboratif : partage du fichier de base de données (BibTeX) possible Téléchargement : http://bibdesk.sourceforge.net

Ressources : o Descriptif [fr] : http://www.framasoft.net/article4272.html o Documentation [en] : http://bibdesk.sourceforge.net/manual/ o Support [en] : http://sourceforge.net/apps/mediawiki/bibdesk/index.php o BibDesk + CiteUlike : http://www.academicproductivity.com/2009/citeulike-bibdesk-

sync-your-references-and-live-smarter/

Procédure d’import-export :

o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « BibTeX – Refworks ID » ou « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email »

o Dans BibDesk : Fichier > Ouvrir (choisir l’encodage UTF-8). Dans le cas d’un fichier RIS, l’extension doit être « .ris ». Sauvegarder ce fichier avant son ouverture.

Cas des fichiers joints : Double-cliquer sur une référence pour ouvrir la fenêtre d’édition. Sélectionnez le fichier à joindre dans l’explorateur et le déposer dans la zone « Drop Files Here »

http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 4