Les carnets sanitaires informatisés : nouvelles perspectives de valorisation de données enregistrées par les éleveurs

Les carnets sanitaires informatisésNouvelles perspectives de valorisation

des données enregistrées par les éleveurs

Bourrigan X., Blériot G., Bouissel C., Dremaux R., Dupres M.,Evard JJ., Gouraud X., Legay M., Maurin L., Schmitt B.,

Gautier JM., Roussel P., Mattalia S.

1Les carnets sanitaires informatisés

Objectifs des carnets sanitaires,partenaires du projet

Obligation réglementaire de tenir un carnet sanitaire

Enregistrement des traitements administrés

Saisie des motifs de traitement encouragée ◦ Un motif de traitement : maladie, symptôme observé

Développement de carnets sanitaires informatisés ◦ Production de bilans sanitaires

Les partenaires : FGE et 8 carnets sanitaires

Les carnets sanitaires informatisés 2

Contexte et objectif

Essor de la Sélection GénomiquePossibilité de sélectionner de nouveaux

caractères en particulier la santé

Enjeu = utilisation de nouveaux phénotypes

Les données des carnets sanitaires sont-elles utilisables pour l'évaluation génétique ?


Matériels et méthodes

8 carnets sanitaires informatisés Respect de confidentialité → anonymisation des numéros de cheptels et animaux

2 volets : qualitatif (enquête) et quantitatif (données)


Les motifs des différents carnets sont-ils comparables ?

Qualité des données :

Sont-elles exhaustives ?

Les résultats sont-ils cohérents ?

Volumétrie des données


18 300 éleveurs bovins, 7 millions de motifs de traitement

1,6 millions d’animaux dont 76 % de type laitier

898 motifs de traitement différents :

de 50 à 516 selon les outils

comment regrouper les motifs de traitement ?

Les carnets sanitaires informatisés6

Niveau 1 : caractère préventif / curatifNiveau 2 : classification ICAR 8 familles (métabolique et digestif,…)Niveau 3 : classification 20 familles (maladies métaboliques,…)Niveau 4 : classification 35 familles (maladies métaboliques post partum,…)

Classification des motifs de traitement

Motif de traitement Niveau 1 Niveau 2 Niveau 3 Niveau 4

Mammite avec température

Curatif Mamelle Mammites Mammites avec symptômes généraux

Œdème mammaire Curatif Mamelle Maladie de la mamelle ou du trayon

Maladie de la mamelle ou du trayon

Tarissement Préventif Mamelle Gestion sanitaire mammites

Gestion sanitaire mammites

Part de chaque famille de motif de traitement de type curatif (fichier global de l’étude)


0

5

10

15

20

25

2007 2008 2009 2010 2011 2012

%

Années

1‐ Mammites

2‐ Troubles digestifs

3‐ Troubles respiratoires

4‐ Maladies infect. gén.

5‐ Maladies du post partum

6‐ Troubles locomoteurs

7‐ Troubles de la repro

Familles de motifsde traitement

Effet FCO

Sélection d’élevages avec enregistrement « exhaustif »

15,6 % des élevages au final

56,3 % des motifs de traitement

80,5 % d’animaux de type laitier


0

50

100

150

200

250

300

350

2009 2010 2011 2012

Nom

bre de

motifs

Années

Nbre de motifs de ttt. du fichier global / élevage / an

Nbre de motifs de ttt. des élev. exhaustifs / élevage / an

Production de références, études génétiques :

→ sélection des élevages avec enregistrement « exhaustif »

Appui d’experts santé→ critères discriminants→ 3 occurrences différentes de motifs

de traitement par élevage/an/4 ans

Résultats de prévalence annuelle et mensuelle

Vache Lait.143278

Géni.Lait.119228

VeauLait.21428

Mammites 29.1

Troubles digestifs 9.1 8.0 39.4

Maladies post partum 9.1

Troubles locomoteurs 7.1 0.6 1.0

Maladies infect. géné. 4.3 4.5 2.2

Troubles respiratoires 5.4 8.6 23.7

Troubles de la repro. 4.5 1.2


Catégorie d’anx. et effectif

Famillesde motifs

Prévalence annuelle en 2012 (en %) Prévalence mensuelle en 2012 (en %)

0,0%

1,0%

2,0%

3,0%

4,0%

5,0%

6,0%

% prévalence

Année 2012 ‐Mois

Prévalence mensuelle ‐ Vaches Laitières

Mammites Troubles respiratoires

Troubles digestifs Troubles locomoteurs

Résultats de prévalence annuelle et mensuelle

Vache Lait.143278

Géni.Lait.119228

VeauLait.21428

Mammites 29.1

Troubles digestifs 9.1 8.0 39.4

Maladies post partum 9.1

Troubles locomoteurs 7.1 0.6 1.0

Maladies infect. géné. 4.3 4.5 2.2

Troubles respiratoires 5.4 8.6 23.7

Troubles de la repro. 4.5 1.2


Catégorie d’anx. et effectif

Famillesde motifs

Prévalence annuelle en 2012 (en %) Prévalence mensuelle en 2012 (en %)

0,0%

1,0%

2,0%

3,0%

4,0%

5,0%

6,0%

% prévalence

Année 2012 ‐Mois

Prévalence mensuelle ‐ Vaches Laitières

Mammites Troubles respiratoires

Troubles digestifs Troubles locomoteurs

Evolutions saisonnières et prévalences

annuelles cohérentes avec les références bibliographiques !

Proportion de motifs de traitement par fille de taureaux d’IA

Généalogies des animaux avec un motif de traitementTaureaux d’IA de race Prim’holstein500 descendantes de type Vaches Laitières/TaureauComparaison des résultats des filles des taureaux d’un outil X par rapport aux autres outils, sauf outil X

Proportion de mammites chez les descendantes VL de 24 taureaux


0,35

0,4

0,45

0,5

0,55

0,6

0,65

0,7

0,75

0,8

0,85

0,35 0,4 0,45 0,5 0,55 0,6 0,65 0,7 0,75 0,8 0,85Prop

ortio

n de

mam

mite

s ‐Outil X

Proportion de mammites ‐ Ensemble des Outils sauf Outil X

Variabilité entre taureaux ?

Peut-on cumuler les résultats des différents carnets → cohérence des résultats ?

Proportion de motifs de traitement par fille de taureaux d’IA

Généalogies des animaux avec un motif de traitementTaureaux d’IA de race Prim’holstein500 descendantes de type Vaches Laitières/TaureauComparaison des résultats des filles des taureaux d’un outil X par rapport aux autres outils, sauf outil X

Proportion de mammites chez les descendantes VL de 24 taureaux


0,35

0,4

0,45

0,5

0,55

0,6

0,65

0,7

0,75

0,8

0,85

0,35 0,4 0,45 0,5 0,55 0,6 0,65 0,7 0,75 0,8 0,85Prop

ortio

n de

mam

mite

s ‐Outil X

Proportion de mammites ‐ Ensemble des Outils sauf Outil X

Variabilité entre taureaux ?

Peut-on cumuler les résultats des différents carnets → cohérence des résultats ? Il y a des différences

entre taureaux mais

bonne cohérence entre carnets !

Eléments marquants de l’étude

Etude qualitative (enquête)◦ Modalités de saisie des motifs de traitement homogène entre les outils◦ Classement en 4 niveaux des motifs de traitement◦ Bilans sanitaires en évolution


Etude quantitative (analyse de données)◦ Volume conséquent de données enregistrées par les éleveurs◦ Part importante de motifs de traitement de type curatifs◦ 16 % des éleveurs enregistrent de manière « exhaustive »◦ Typologie d’élevages laitiers◦ Prévalences d’apparition de pathologies cohérentes◦ Etude taureau encourageante

Conclusion - Cercle vertueux


Y a‐t‐il un intérêt à valoriser les données de motifs de traitement des carnets sanitaires informatisés ?

La valorisation à des fins génétiques est

possible

Une communication claire des modalités d’exploitation est un

préalable

Le conseil en élevage,la création de

références techniquesenrichiront les valorisations

Le transfert des données

nécessitera l’accord des éleveurs

Merci de votre attention


Engineering

Les carnets sanitaires informatisés : nouvelles perspectives de valorisation de données enregistrées par les éleveurs