Identification des bactéries Pathogènes Mme Hedia BEN ABDALLAH

Bactériologie

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Identification des Microorganismes • Le sujet pressant en microbiologie est de savoir comment

identifier un spécimen inconnu.

• Pourquoi est-ce important d’identifier le germe?

• Les méthodes utilisées par les microbiologistes se répartissent en trois Catégories:

- morphologie phénotypique (micro et macroscopique)

- Analyse immunologique-sérologique

- Génotypique

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Identification des Microorganismes

• L'identification réussie du microbe dépend de:

- l’utilisation des techniques aseptiques appropriées.

- récupération correcte de l'échantillon.

- manipulation correcte de l'échantillon

- transport rapide de l'échantillon au laboratoire. Une fois que l'échantillon est arrivé au laboratoire, il est Cultivé et identifié.

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Identification des Microorganismes

Les mesures d'identification comprennent:

• Microscopie (coloration)

• Culture sur des milieux sélectifs, différentiel ou d’enrichissement

• Des test biochimique (méthodes d'essai rapides)

• Des techniques immunologiques

• Des techniques moléculaires (génotypiques)

• Une fois que le microbe est identifié cliniquement, on détermine son profil de sensibilité à différents antibiotiques

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Le prélèvement d'échantillons

• L'identification réussie dépend de la façon dont l'échantillon est collecté, manipulé et stocké.

• Il est important que les procédures aseptiques soient

réalisés : la préparation des récipients et le respect des méthodes recommandées pour la collecte d'échantillons afin d’éviter la contamination des spécimens.

• Par exemple. Les écouvillons de la gorge et de la nasopharynx ne doivent pas toucher La joue, la langue ou la salive.

• Après la collecte, le spécimen doit être prélevé rapidement au laboratoire et conservé de manière appropriée (par exemple, réfrigération).

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La collecte des échantillons

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Méthode phénotypique d’identification

• Les microbiologistes utilisent 5 techniques de base pour examiner et caractériser les microorganismes au laboratoire.

• On les appelle les 5 I : Inoculation, Incubation, Isolement, Inspection et Identification.

• Inoculation: afin de cultiver les microorganismes inoculum est introduit dans le milieu .

• L'isolement: implique la séparation des germes

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Méthode phénotypique d’identification

• Incubation: une fois que les milieux sont inoculés, il sont Incubés dans un environnement contrôlé.

• Après l'incubation, les organismes sont Inspectés et Identifiés. 01

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5 « I »

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Méthode phénotypique d’identification

• Méthodes conventionnelles par voie biochimique, Sérologique et morphologique sont utilisés pour Identifier de nombreux microorganismes.

• Méthodes phénotypiques :

• Afin de caractériser les bactéries:

• on étudie la forme, la taille, les propriétés de la paroi ( par la coloration Gram);

• La mise en évidence des Structures facultatives: les endospores, et La capsule…

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Méthode phénotypique d’identification

• L’étude macroscopique des colonies: la texture, la forme, le pigment, le bord, le relief…

• L’identification biochimique de la bactérie: recherche des enzymes (catalase, oxydase, décarboxylase), la fermentation des sucres, la capacité à digérer ou à métaboliser les polymères complexes.

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Culture et isolement des bactéries

• Milieu d’Enrichissement: utilisé pour améliorer la croissance d'organismes spécifiques

• Milieu Sélectif contient des agents sélectifs qui inhibent la croissance de tous les agents, à l'exception de ceux recherchés

• Un milieu différentiel (on dit aussi indicateur) permet de distinguer les différents groupes de micro-organismes qui cultivent sur un milieu et met en évidence (ou pas) un caractère phénotypique biochimique particulier. Cette mise en évidence est phénotypique (l'apparence des colonies ou du milieu juste autour).

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Des milieux enrichis

- Bouillon ou milieu solide, contient des composants nutritif qui favorisent la croissance d'un organisme particulier au détriment des autres (par exemple agar au sang et agar au chocolat)

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Des milieux enrichis • Bouillon cœur-cervelle: Bouillon cœur-cervelle est un milieu

enrichi adapté à la croissance des micro-organismes, quel que soit leur mode respiratoire (aérobiose ou anaérobiose). Ce milieu peut être utilisé pour la culture des bactéries anaérobies.

• Gélose au sang; c’est un milieu d’isolement enrichi sur lequel les streptocoques se développent bien. Il permet la lecture du caractère hémolytique.

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Des milieux enrichis

• La gélose au sang cuit (ou gélose chocolat) C’est un milieu d’isolement enrichi préconisé pour l’étude des Neisseria notamment le méningocoque. Il est aussi utilisé pour la culture de Haemophilus influenza. C est un milieu riche en facteurs X (hemin) et (NAD).

• milieu MacConkey : Milieu sélectif pour l'isolement des bacilles Gram- Salmonella et Shigella ainsi que des bactéries coliformes dans les eaux, les produits alimentaires, les produits pharmaceutiques et biologiques .

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Milieu enrichi: la gélose au sang

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Milieu enrichi: la gélose au sang:

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Milieu différentiel: Maconkey et EMB • Un milieu différentiel (on dit

aussi indicateur) permet de distinguer différents groupes de micro-organismes qui cultivent sur un milieu en mettant en évidence (ou pas) un caractère phénotypique biochimique particulier. Cette mise en évidence est visuelle et concerne l'apparence des colonies ou du milieu juste autour.

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Milieu différentiel

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Milieu Maconkey: milieu différentiel

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Milieu Hektoen( milieu différentiel)

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milieu différentiel: CHROMagar

• est un milieu non sélectif servant à l'isolement, à l'identification directe, à la différenciation et à l'énumération des agents pathogènes des voies urinaires.

• Il permet de différencier et d'identifier Escherichia coli et Enterococcus sans avoir à effectuer de test de confirmation

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Milieu sélectif

• le milieu sélectif devra permettre la croissance des micro-organismes recherchés et tuer ou interdire la croissance des non recherchés présents dans l'échantillon.

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Milieu ordinaire versus milieu sélectif

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