BCM311 - TP de biochimie II Automne 2014. Évolution des TPs - vers autonomie BCM111 - TP...

BCM311 - TP de biochimie II

Automne 2014

Évolution des TPs - vers autonomie

BCM111 - TP conventionnel– projet décrit, méthodes données,

matériel préparé

BCM311 - TP semi autonome– projet décrit, méthodes données

Pourquoi des T.P. semi-autonomes

Rendre autonome

Apprendre à planifier

Apprendre à évaluer des résultats

Apprendre de ses erreurs

Comprendre ce que vous faites

Mime la vraie vie

T.P. semi-autonome - fonctionnement

préparation des solutions par équipe par table par groupe

entretien des appareils

dîner

labo partagé avec d'autres cours continu des tiroirs étiquetage des échantillons entreposés

préparation et distribution

Plan de la présentation

équipe de support

Plan de cours - dans mes mots

BCM311 - les séances

fonctionnement et ressources

formation des équipes

pause café

sécurité - vidéo

Équipe de support

Professeur: Daniel Lafontaine (D8-3064)

Coordonnateur: Will Home (D8-2059)

Auxiliaires d'enseignement: Jade Degrandmaison

(ATCase)

Alexandre Paradis (biomol)

Marie-Ève Pépin (LDH)

Techniciennes: Guylaine Nolet (ATCase+LDH)

Chantal Masse (biomol)

Plan de cours - objectif général

faciliter l’acquisition des connaissances sur le métabolisme et les macromolécules biologiques

LDH

LDH

foie

muscle

sang

cycle de Cori

Objectifs spécifiques

mieux connaître les grandes voies métaboliques

établir les relations qui existent entre ces voies métaboliques

connaître et appliquer les techniques modernes de la biochimie

Objectifs spécifiques

développer l'esprit d'analyse et de synthèse

porter un jugement sur les résultats de ses expériences

apprendre à communiquer des informations scientifiques

Les laboratoires

journées complètes en laboratoire

3 gros laboratoires de 2-3 jours chacun

sujets différents

laïus (D4-2019)

préparation des solutions

manipulations (+analyses)

ménage + vérification du cahier

dîner

ATCase

2 journées (11 et 18 septembre)

préparation de l'enzyme

cinétique allostérique

ATCase - contrôle d'activité

ATCase - cinétique

0 10 20 300

1

2

3

native+CTP

+ATPVmax ave A=B=C=

[aspartate] mM

Vit

esse

Vmax/2

+ATPnative+CTP

Biologie moléculaire

3 journées (25 septembre, 2 + 9 octobre)

préparation d'ADN plasmidique

enzymes de restriction (carte de restriction)

PCR

gel d'agarose

extraction et analyse d’ARN de foie de lapin

Biologie moléculaire - REN et cartes

1. EcoRI

2. HindIII

3. ScaI

4. 1 kpb ladder

5. EcoRI/ScaI

6. EcoRI/HindIII

7. HindIII/ScaI

8. Non-digeré

Biologie moléculaire - PCR

Biologie moléculaire - extraction d'ARNt

foie de lapin

Purification de protéines

3 journées (23 +30 octobre, 6 novembre) extraction et purification de la LDH de lapin homogénéisation

précipitation au (NH4)2SO4

colonne d'affinité bleu sepharose comparaison des niveaux dans les tissus "Western blot" (gel SDS-PAGE) gel natif (gel d'activité, isoenzymes)

Purification de protéines - gel SDS-PAGE

LDH purifiée

Purification de protéines - gel SDS-PAGE

Gel Blot

LDH

Purification de protéines - gel natif

Examens

deux journées (13 et 20 novembre)

examen pratique

examen écrit

Pondération

En équipe

15% rapport ATCase

15% rapport et comptes rendus LDH

10% comptes rendus biologie moléculaire

5% cahier de laboratoire

Individuel

10% travail de session

10% examen pratique

35% examen écrit

À noter:

• heure de remise est TOUJOURS 8H30 à l'exception des comptes rendus de biologie moléculaire

• modification de la note: limite d'une semaine après la remise

Pondération - plagiat

mentionnez vossources

déclaration d'intégrité

Travail de session

protocole pour la purification d’une enzyme

Objectifs: travailler individuellement

utiliser la littérature scientifique

analyser un article scientifique

voir autres techniques de purification

Travail de session - l'hypothèse

votre patron pense faire des études sur l'enzyme assignée

vous demande de faire les recherches préliminaires sur les méthodes de purification et de dosage

Travail de session

trouvez un article récent (après 1991) sur comment purifier une enzyme assignée

faut être de la source originale(c.-à-d. pas de clonage/expression)

résumer la méthode de purification

résumer la technique pour la doser

liste du matériel requis (i.e. non-commun)

vérifiez si la protéine a déjà été clonée

Travail de session - organisation

6 sections

1. Introduction

2. Purification (organigramme)

3. Quantification (dosage)

4. Matériel

5. Discussion

6. Documentation

Travail de session - détails

Dates attribution 11 septembre approbation de l’article 9 octobre remise 13 novembre

Cahier de laboratoire

5% de la note finale

lien direct avec la qualité des rapports

organisé + clair

rédigé au laboratoire (i.e. protocole +résultats – utilisez des tableaux)

faire vérifié + signé avant que vous quittiez

voir détails dans les notes de cours

Cahier de laboratoire

utilisez des tableaux

De quoi ??

Cahier de laboratoire - tableaux

C'est quoi ??

Cahier de laboratoire

exemples de calculs

présence des unités à toutes les étapes

réponse claire avec les unités

Cahier de laboratoire

si vous faites une erreur...

Fonctionnement et ressources

site internet

Fonctionnement - comportement

appareils en commun

banc

paillasse (faire approuver avant de quitter)

laїus

verrerie

Verrerie

verrerie sale

pipettes sales

Verrerie

enlever les bouchons des bouteilles

enlever les pieds des cylindres gradués

enlever toutes les étiquettes

immédiatement rincer toute trace d’agarose

récupération

Verrerie

enlever les bouchons des bouteilles

enlever les pieds des cylindres gradués

enlever toutes les étiquettes

immédiatement rincer toute trace d’agarose

récupération

Verrerie

récupération

verre brisée

éprouvettes jetables

Fonctionnement - ménage quotidien

labo partagé avec d'autres cours

liste dans votre tiroir

avant de partir

sera vérifié

embouts• ne pas mettre dans le tiroir• boîte moitié vide - retournez au buffet• boîte vide - remplissez (gants) et envoyer à stériliser

Ménage quotidien

1. Vos solutions sont étiquetées (cours, date, contenu, No d'équipe, initiales) et à 4oC (places désignées par cours et tables). Manque d’échantillon = perte de points.

2. La verrerie utilisée est rincée et déposée dans les bacs de verrerie sale.

3. Les boîtes d'embouts sont remplies (portez des gants, envoyé à l'autoclave au besoin).

4. Les bacs de glace sont vidés.

Ménage quotidien

5. Les poubelles de table sont vidées (remplacer le sac seulement si sale).

6. Tout matériel se retrouve dans les tiroirs dans les quantités indiquées.

7. Les instruments sont fermés, propres et rangés.

8. Remplir les flacons laveurs.

9. Les paillasses sont propres - désinfectant.

Ménage quotidien

10.Les bancs sont replacés sous les tables.

11.Vos effets personnels partent avec vous.

12.Vos mains sont propres.

Fonctionnement - retards

pas tolérés

laïus commence à 8h30 (porte sera fermée)

remise des travaux - 8h30 (sauf biomol)

note = 0 si en retard

Fonctionnement - préparation

longues journées

arriver préparé:

lecture-notes de cours-site web (changements, consignes)-calculs (au besoin)

écouter pendant le laїus

Jour 1 - ATCase I lecture préparatif

section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p. 14-16) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe

standard et [aspartate] pour les dosages

GraphPad

logiciel pour faire les graphiques il faut le télécharger sur votre portable http://graphpad.com/apps/index.cfm/register/subscription/

ID/10982/subscription/LGQXKGLA

GraphPad

Remplir leschamps

Jour 1 - ATCase I lecture préparatif

section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p. 14-16) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe

standard et [aspartate] pour les dosages

Jour 1 - ATCase I lecture préparatif

section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p. 14-16) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe

standard et [aspartate] pour les dosages

Jour 1 - préparation du cahier

achat noms, # équipe, # des pages, table de

matières titre date objectif référence protocole écrit AU LABORATOIRE

Fonctionnement - sécurité

acides-bases entreposage de concentrés produits chimiques

centrifuges et rotors

sarrau et lunettes obligatoire en tout temps

gants (plus fourni par le département)

1 minuteur/étudiant (cellulaire)

Fonctionnement - sécurité

aujourd'hui à 11h30

D8-2019

Fonctionnement - sécurité vente

5 ou 8 $ 14$ 22$(nitrile, bte de 250)(régulières;

par-dessus)

règlements (p. Introduction-10)

BCM111: Annexe 4 - sécurité en laboratoire

Internet: http://santesecuritebiologie.espaceweb.usherbrooke.ca

Installations

évacuation

Fonctionnement - sécurité

811

règlements (p. Introduction-10)

BCM111: Annexe 4 - sécurité en laboratoire

Internet: http://santesecuritebiologie.espaceweb.usherbrooke.ca

Installations

évacuation

Vidéo: « Sécurité en laboratoire » (30 min)

Fonctionnement - sécurité

811

1 par équipe (p.LDH-67)

remettre la semaine prochaine (8h30)

Compte rendu LDH I - solutions

1 par équipe (p.LDH-67)

remettre la semaine prochaine (8h30)

Attention quantités (faut que ça soit réalisable, au

besoin utiliser des solutions mères, etc.). détails de la préparation précautions à prendre

Compte rendu LDH I - solutions

plusieurs solutions sont dans du Tris-Cl 50mM pH7,4 (et seulement 10 ml est demandé)

simplement dissoudre le peu de grammes du produit requis dans ce tampon

ne pas peser le Tris de nouveau à chaque reprise

respecter le volume demandé

Compte rendu LDH I - solutions

Ex.:

10 ml de Tris-Cl 50 mM pH 7,4 / NADH 1mM

10 ml Tris-Cl 50 mM pH 7,4 7,1 mg NADH

et non 60,6 mg Tris 7,1 mg NADH Dissoudre dans <10 ml, ajuster pH à 7,4,

compléter le volume à 10 ml avec de l'eau.

Solutions dans TRIS-Cl 50 mM pH 7,4

Pas évidentavec 10 ml !

même chose = 1 volume + 4 volumes solvant, car on voit le mot dilution

Dilutions 1/5 et 1:5

Solutions 1:5

si on voit le mot solution (e.g. pour CCM)

1:5 = 1 part + 5 parts des 2 composées(c.-à-d. un rapport des volumes)

Ex. solvant pour CCM des lipides en BCM111

30 : 34 : 8 : 35

CHCl3 Et2O H20 triéthylamine

remettre compte rendu LDH#1 (1/équipe)

apporter vos portables

télécharger GraphPad sur vos portable(instructions dans les notes de cours)

calculs de [carbamyl asparte] et [aspartate]

lunettes de sécurité, gants et minuteurs (aujourd'ui au D8-2019 à 11h30, chèque payable à l’Université de Sherbrooke)

cahier

Rappels - semaine prochaine

BCM311 - Questions ?

Automne 2013

Formation des équipes

formations des équipes

pause de 15 min

vidéo sur sécurité en laboratoire