Cours de méthodologie L’espace de travail en laboratoire

Cours de méthodologie – TD2

L’espace de travail en laboratoire

Humbeline Paupelin humbeline.paupelin@unv-evry.frMichel Malo michel.malo@univ-evry.fr

Janek Hyzewicz janek.hyzewicz@univ-evry.fr

Plan du cours

I. La composition de la paillasse1. Les équipements de protection individuelle (EPI)

2. Eliminer les déchets: l’importance des poubelles3. Le matériel de pipetage4. L’équipement de paillasse5. Transporter les échantillons6. Manipulation des liquides

II. Les pictogrammes de danger

III. Présenter un résultat de recherche1. La structure d’un article de recherche

2. Ecriture du rapport de TP

I. La composition de la paillasse

Connaître son espace de travail – Composition d’une paillasse

7.

8.

9.

11.

6.

5.

4.

10.

3.

2.

1.

Connaître son espace de travail – Composition d’une paillasse

Bac à glace

Pipettes

Centrifugueusede paillasse

Blouse

Poubelle DASRI

Gants

Support de tubes

Boîtes de cônes

Bacs de sécurité

Pompe à vide

Boîte de transport

1. Les équipements de protection individuelle (EPI)

I. La composition de la paillasse

1. Les équipements de protection individuelle (EPI)

Blouse

Gants

Lunettes

1. Connaître son espace de travail – Les EPI

Les lunettes de protection:

Prévient le risque de projection de substances dangereuses dans les yeux.

Les brûlures chimiques les plus dangereuses sont causées par les acides et bases. Acide: brûle la surface de l’œil

Base: dissous l’œil en profondeur

Si projection dans l’œil: rincer abondamment à l’eau. Ne pas garder les paupières fermés pour ne pas

prolonger le contact du produit toxique avec l’œil.

1. Connaître son espace de travail – Les EPI

Les gants de laboratoire:

Gant Latex (caoutchouc naturel)Souple et résistance à l’usure, ainsi qu’aux solutions aqueuses ou dilués. Contre-indiqué pour les allergies au latex.

Gant Nitrile (caoutchouc synthétique)Bonne résistance mécanique et bonne protection contre les produits chimiques. Se rigidifie en dessous de -40°C.

Attention: Porosité après 20 minutes d’utilisation (transpiration)

Double protection: utilisateur protégé contre environnement. Environnement protégé contre l’utilisateur (contaminations…)

1. Connaître son espace de travail – Les EPI

La blouse de laboratoire:

Utiliser une blouse en coton et non en polyester: le coton brûleen cas de contact avec une flamme, alors que le polyester fondet adhère à la peau.

Précautions supplémentaires:

• Porter des chaussures fermées

• Retirer tous les bijoux (montres, bracelets…)

• Attacher les cheveux (charlottes pour éviter contaminations).

I. La composition de la paillasse

2. Les différents types de poubelles

2. Les différents types de poubelles

Poubelle DASRI

Poubelle de paillasse

2. Connaître son espace de travail – Les différents types de poubelles

Les poubelles DASRI:(Déchets d'activités de soins à risques infectieux et assimilés)

Sont concernés les déchets à risqueinfectieux, chimique, toxicologique. Parexemple:

Boîtes de Petri, gants, papier absorbant,flacons de culture, tubes divers, corps deseringues et pipettes contaminé...

Une poubelle DASRI coûte cher àdécontaminer ( > 100 euros): ne jeter queles déchets à risque

2. Connaître son espace de travail – Les différents types de poubelles

Les poubelles DASRI pour déchets pointus

Sont concernés les aiguilles, scalpels,lames de cutter… tout ce qui risque decauser une blessure ou une piqûre,associées éventuellement à unecontamination (biologique ou chimique)

Attention: Ne pas reboucher les aiguillesavant de les jeter (risque de blessure)!

2. Connaître son espace de travail – Les différents types de poubelles

Les poubelles classiques

Pour tous les déchets classiques: papier,plastique non contaminés, aliments,mouchoirs usagés…

Recycler le contenu de la poubelleclassique ne coûte pas grand-chose.Evitez de surcharger les poubelles DASRIavec du matériel qui peut aller dans unepoubelle classique.

2. Connaître son espace de travail – Les différents types de poubelles

Particularité: les déchets liquides

Toutes les solutions utilisées au laboratoire doiventêtre triées et jetées dans un bidon de récupérationadapté.Le tri des déchets liquides est très important carselon le type de produits chimiques recueilli dans unbidon, les traitements d’élimination seront différents(et le coût de traitement aussi !).

Il faut également, comme pour le stockage, veiller àne pas mélanger des produits qui ne doivent pasl’être pour éviter toute réaction.

2. Connaître son espace de travail – Les différents types de poubelles

Poubelle à déchets biologiques liquides

Je dois jeter dedans :Les milieux et tampons qui ont été en contact avec dessubstances à risques infectieuxEx: milieux de culture, tampons de lavage…

Je peux jeter dedans :Les solutions non toxiques ayant été en contact avec deséchantillons

Je ne dois pas jeter dedans :Les solutions chimiques sauf…

Mettre un fond de javel pour tuer les organismes.

2. Connaître son espace de travail – Les différents types de poubelles

Poubelle à solvants organiques non halogénés

Je dois jeter dedans :Solvants ne contenant pas de chlore, fluor, bromeEx: alcane, alcène, alcool, nitrile, ester, éther, éther de glycol,cétone

Je peux jeter dedans :Les solutions toxiques organiques à moins de 0,1% en masse

Je ne dois pas jeter dedans :Les acides et bases organiques et minéralesLes solvants organiques halogénésLes solutions toxiques organiques à plus de 0,1% en masseLes solutions aqueuses

2. Connaître son espace de travail – Les différents types de poubelles

Poubelle à solvants organiques halogénés

Je dois jeter dedans :Solvants contenant du chlore, fluor, bromeEx : dichlorométhane, chlorobenzène, bromopropane

Je peux jeter dedans :Les solutions toxiques organiques à moins de 0,1% en masseLes solvants organiques non halogénés

Je ne dois pas jeter dedans :Les acides et bases organiques et minéralesLes solution toxiques organiques à plus de 0,1% en masseLes solutions aqueuses

2. Connaître son espace de travail – Les différents types de poubelles

Poubelle à liquides toxiques

Je dois jeter dedans :Les solutions toxiques organiques à plus de 0,1% en masse

Je peux jeter dedans :Les solutions toxiques organiques à moins de 0,1% en masseLes solvants organiques non halogénésLes solvants organiques halogénés

Je ne dois pas jeter dedans :Les acides et bases organiques et minéralesLes solutions aqueuses

2. Connaître son espace de travail – Les différents types de poubelles

Poubelle à liquides acides organiques et minéraux

Je dois jeter dedans :Les solutions aqueuses acides (pH < 5)Ex : acide formique, acide chlorhydrique

Je peux jeter dedans :Les solutions aqueuses non basiques (neutres) Ex : solutionsaline NaCl, NaSO4

Je ne dois pas jeter dedans :Les bases organiques et minéralesLes solvants organiques (halogénés et non halogénés)Les solutions toxiques à plus de 0,1% en masse

2. Connaître son espace de travail – Les différents types de poubelles

Poubelle à liquides basiques organiques et minéraux

Je dois jeter dedans :Les solutions aqueuses basiques (pH > 9)Ex : hydroxyde de sodium (soude), hydroxyde de calcium,acétate de sodium, formate d’ammonium

Je peux jeter dedans :Les solutions aqueuses non acides (neutres)Ex : solution saline NaCl, Na2SO4

Je ne dois pas jeter dedans :Les acides organiques et minérauxLes solvants organiques (halogénés ou non halogénés)Les solutions toxiques à plus de 0,1%en masse

I. La composition de la paillasse

3. Le matériel de pipetage

3. Le matériel de pipetage

Support de tubes

Boîtes de cônes

Pipettes

3. Connaître son espace de travail – Le matériel de pipetage

Les micropipettes

Pipetage de précision (µL).Différents volumes: 0.1 – 2µL; 1 – 10 µL…

Pipetage classique/américaine

Pipetage multicanauxMultipipettes

3. Connaître son espace de travail – Le matériel de pipetage

Les pipettes graduées:

3. Connaître son espace de travail – Le matériel de pipetage

Les tubes

Adaptés pour contenir une solution liquide.Attention: ne s’adapte pas sur tous les appareils.

Etanchéité du couvercle…

Tubes à PCR Tubes 200 µL, 1,5 et 2 mL Tubes Falcon 15 et 50 mL

I. La composition de la paillasse

4. L’équipement de paillasse

4. L’équipement de paillasse

Centrifugueusede paillasse

4. Connaître son espace de travail – L’équipement de paillasse

La micro-centrifugeuse

La centrifugation permet de répartir les particulesdans le tube en fonction de leur densité: les pluslourdes tombent plus vite.

Deux manières de compter la vitesse: rcf (g) et rpm

Les centrifugeuses de paillasses ne vont pas au-delàde 500g

La centrifugation génère des « aérosols »:microparticules en suspension jusqu’à 30 min aprèsla fin de la centrifugation.

4. Connaître son espace de travail – L’équipement de paillasse

Le vortex

Permet de resuspendre le contenu des tubes.

Génère des aérosols.

Attention à la nature de ce qui est vortexé. Parfoisvortex déconseillé (cellules vivantes…).

4. Connaître son espace de travail – L’équipement de paillasse

Le bain chauffant: bain-marie ou bain à sec

Bain-marie: chauffage au contact d’un liquideBain sec: chauffage au contact du métal

Chauffage plus ou moins rapide (~15 min -> 100°C)Refroidissement très lent

Attention au type de tube pour le bain sec: emplacements formatés pour un type de tube…

4. Connaître son espace de travail – L’équipement de paillasse

L’agitateur

Permet un mélange des liquides à faible vitesse.Plusieurs sens de rotation possibles.

Attention à ce que l’échantillon soit toujours recouvert de liquide.

I. La composition de la paillasse

5. Transporter les échantillons

5. Transporter les échantillons

Bac à glaceBoîte de transport

5. Connaître son espace de travail – Transporter les échantillons

Les bacs à glace:

Dégradation des ADNs, ARNs et protéines àtempérature ambiante.

Conservation des ADN: -20°CConservation des ARN et protéines: -80°C

Décongélation: provoque la dégradation deséchantillons

-> Décongélation lente dans la glace

5. Connaître son espace de travail – Transporter les échantillons

La boîte de transport

Principe de la double enveloppe.

Echantillon biologique (liquide ou solide)

Enveloppe 1: tube, bouteille, contenant plastique…

Enveloppe 2: boîte de transport

I. La composition de la paillasse

6. La manipulation des liquides

6. La manipulation des liquides

Bacs de sécurité

Pompe à vide

6. Connaître son espace de travail – La manipulation des liquides

La pompe à vide

Permet d’aspirer les liquides présents dans les plaques, boîtes… sur la paillasse.

Nécessite d’être traité comme une poubelle liquide et d’avoir un fond d’eau de Javel.

6. Connaître son espace de travail – La manipulation des liquides

Les bacs de retention

Obligatoires pour stocker des solutions sur le long terme sur une paillasse.

Toute bouteille doit être étiquetée avec le nom du produit, la date de création et les étiquettes de danger.

II. Les pictogrammes de danger

Les pictogrammes de danger

1. Produit comburant

2. Produit toxique, irritant, sensibilisant, narcotique

3. Produit explosif

4. Produit nuisible pour l'environnement

5. Produit inflammable

6. Produit sensibilisant, mutagène, cancérogène, reprotoxique

7. Gaz sous pression

8. Risques biologiques

9. Produit corrosif

10. Produit toxique

11. Risques liés aux rayonnements ionisants.

a. b. c.

d. e. f.

g. h. i.

j. k.

VI. Connaître son espace de travail – L’équipement

1. Produit comburant

2. Produit toxique, irritant, sensibilisant, narcotique

3. Produit explosif

4. Produit nuisible pour l'environnement

5. Produit inflammable

6. Produit sensibilisant, mutagène, cancérogène, reprotoxique

7. Gaz sous pression

8. Risques biologiques

9. Produit corrosif

10. Produit toxique

11. Risques liés aux rayonnements ionisants.

Inflammable Comburant Produit corrosif

Explosif Gaz sous pression Toxique

Produit sensibilisant, mutagène

Produit toxique irritant

Produit nuisible pour l'environnement

Risque biologique Rayonnements ionisants

III. Présenter des résultats scientifiques

1. La structure d’un article de recherche

1. Pubmed : site de référence pour la recherche en biologie

• Hébergé par le National Institute for Health, USA

2. Pubmed : exemple d’article

Titre de l’article

Référence du journal qui publie l’article

Le titre est informatif. Il résume l’étude.

Le titre se décompose en général de la manière suivante:

« Utiliser A dans le cadre de B donne C »

2. Pubmed : exemple d’article

Titre de l’article

Référence du journal qui publie l’article

Liste des auteurs

Premier auteur: celui qui a écrit l’article

Noms suivants: collaborateurs

Dernier nom: Directeur du laboratoire

Dans le cadre d’une thèse: l’avant-dernier auteurest l’encadrant de thèse. Nécessité d’avoir uneHDR: « Habilitation à Diriger des Recherches » pourencadrer un étudiant en thèse ou « doctorant »

2. Pubmed : exemple d’article

Titre de l’article

Résumé

Résume l’étude de manière succincte mais complète.

Le résumé fait écho au titre et se structure de la manièresuivante:

1. Les connaissances actuelles:« Description de A, B et C. Nous savons que B affecte C.Nous savons que A affecte B. »

2. L’hypothèse:« Nous posons l’hypothèse qu’utiliser A sur B va entraînerun effet spécifique dans le cadre de C.

3. Résultats:« L’expérience 1 a donné X, l’expérience 2 a donné Y… »

4. Conclusion:« Notre étude montre que A a causé X et Y sur B dans lecadre de C. »

2. Pubmed : exemple d’article

Les conflits d’intérêt

La science est écrite par des humains.

Les humains sont limités. Ces limites peuventêtre des intérêts financiers.

Ne pas oublier la limites des connaissances, leslimites idéologiques, les limites de temps,l’obligation de résultats…

Toujours garder un œil critique!

2. Pubmed : exemple d’article

Liens pour récupérer l’article gratuitement

Citations

Plusieurs formats de citation possible en fonctiondu journal. Quand on cite, utiliser un seul formatunique dans tout le document.

III. Présenter des résultats scientifiques

2. Ecriture du rapport de TP

Fascicule de TP type

1. Une présentation du TP

2. Des instructions de manipulation àsuivre

3. Des consignes de rédaction ducompte-rendu

4. Des questions pour guider la rédaction

1. Compte rendu de TP : l’entête

1. Une présentation du TP

L’entête du compte rendu doit mentionner les noms, prénoms, n° étudiant, groupe,date et un titre général.

Pensez clair et direct. Pas besoin d’images ou de page de garde. Ne dissimulez pasles informations

2. Appliquer le protocole étape par étape

2. Des instructions de manipulation à suivre

Lisez attentivement le protocole.

ATTENTION: LE DIABLE SE CACHE DANS LES DETAILS!

Exemple: étape 5, mettre le tube dans un bain-marie à 55°C.

Avez-vous pensé à allumer le bain-marie à l’avance avant de commencer à manipuler ?Pareil pour les centrifugeuses à mettre à 4°C ou les bain sec à chauffer à 95°C -> cesétapes prennent du temps.

Exemple: étape 15, mettre 1 mL de chaque solution dans un tube de 1,5 mL.

Un tube de 1,5 mL ne peut pas contenir plus que 1,5 mL. Même si le protocole est ausingulier, de combien de tubes ai-je besoin? Est-ce que vous avez compris le principegénéral de l’expérience avant de commencer ?

Assurez vous d’avoir compris la raison pour laquelle vous suivez le protocole et lasignification de chaque étape.

3. Structure du compte-rendu

3. Des consignes de rédaction du compte-rendu

Nommez votre compte rendu de manière intuitive. Par exemple:

Methodo_Gr1A_Hyzewicz_Paupeli (Nom de la matière, groupe, noms)

Allez à l’essentiel.L’introduction doit être synthétique.Dans ce TP nous travaillons sur X. Notre objectif est de…

La partie résultats doit être descriptive.Nous avons mit trois échantillons de X en présence de Y. La quantité de X a changé deZ% en moyenne avec un écart-type de W.

La discussion, si demandée, doit interpréter les résultats.Si la quantité de Y change en présence de X, c’est probablement à cause du mécanismeU.

La conclusion doit être aussi synthétique et doit résumer tout le TP.Dans ce TP, nous avons testé les effets de Y sur X. Nous avons observé que la quantitéde X change de Z% en présence de Y. Nous en déduis que c’est le mécanisme U qui enest la cause.

4. Etre attentif aux détails

4. Des questions pour guider la rédaction

Les questions vous guident dans la réalisation de votre compte-rendu. Lisez lesscrupuleusement et suivez les consignes. Méfiez vous des approximations.

Par exemple: réalisez un schéma de X-> schéma n’est pas égal à dessin-> une photographie ne remplace pas un schéma ou un dessin!

La structure du compte rendu peut changer d’un professeur à l’autre. Soyez àl’écoute des changements et adaptez le compte-rendu en fonction du TP.