Jacim II.1 Initiation 26 novembre 2009 Aude ANDOUCHE Les bases de données du Muséum 1

Jacim II.1Initiation

26 novembre 2009

Aude ANDOUCHE

Les bases de données du Muséum

Les bases de données du Muséum :

Le petit monde de Jacim

JacimInterface de saisie et de consultation

Wiki des collection

sAccès direct à JacimAide en ligne

Collections en ligne

Visualisation des informations

Bases de données sous Oracle

http://coldb.mnhn.fr/

Les collections en ligne

Les collections en ligneLes bases de données du Muséum :

Recherche sur différents critères

Les collections en ligneLes bases de données du Muséum :

Résultats sous forme de fiche

http://jacim.mnhn.fr/wiki/

Le wiki des collections

Les données

Schéma des bases de données

Le wiki des collectionsLes bases de données du Muséum :

Le wiki des collections

Jacim II.1

Définitions

JACIM = interface

Java Application des Collections pour l’Informatisation des Musées

« Jacim est une application permettant d'accéder à des données stockées dans des bases de données relationnelles (saisie, recherche, modification, importation, exportation) et de mettre en forme ces données (PDF, HTML, impressions...) »

Langage de programmation

un système de gestion de bases de données relationnelles

Oracle

Jacim II.1

Définitions

Base de données

Système d'organisation de l'information, conçu pour une localisation et une mise à jour rapide et facile des données.Organise l'information qu'elle contient en tables, en champs (les colonnes) et en enregistrements (les lignes).

- Tables

- Champs

Les tables renferment les champs qui renferment les données

un même type d’information

ensemble de données

Jacim II.1Les bases de données du Muséum :

Organisation de l’information

Données sur spécimen

Table origineLocalité

Table spécimenÉtat

N° inventairedétermination

Localité X

Pays Y

État du spécimen

N° inventaire

Détermination

informatisation

Table ORIGINE

LocalitéPaysContinentDépartementProvinceLatitudeLongitudeoriginePK

Table SPECIMEN

N° inventaireÉtatCollectionnombreSpecimenPKorigine FK

PK: Primary Key (clé primaire): unique

FK: Foreign Key (clé étrangère)

Relation entre les tables

Relation de 1 à 11 spécimen vient d’une seule localité

Relation entre les tables

Relation de n à 11 localité regroupe plusieurs spécimens

Spécimen 1localité

Spécimen 1

Spécimen 2

Spécimen 3

Spécimen 4

Spécimen 5

localité

Connexion

Toujours la dernière version déployée17

Pour la connexion, saisir :

- Le nom d’utilisateur- le mot de passe

• Administrateur

• Utilisateur lambda

• Consultations uniquement

Base test des CrustacésNom utilisateur : CRUSTATESTMot de passe : 26novembre

Connexion

Ouvrir

Possibilité d’ouvrir le dernier modèle de document sur lequel nous avons travaillé

Tables

ex: table « ORIGINE »contient les champs PAYS, CONTINENT, VILLE, LAT, LONG…

Correspondent à plusieurs tables

environnement de travail avec plusieurs documents

Documents

Contextes

Ouvrir

WIKI: « Un modèle de document est un document XML décrivant une perception hiérarchique de la structure d'une base de données relationnelle »

Ouvrir la table ORIGINE

Enregistrer le document

Création d’un modèle de documentAvec une seule table

5 modes d’affichage pour les tables et

documents

Disponible à tout moment

« Configurateur » permet :– de personnaliser la présentation des tables et des

documents.

« Composeur » permet :– De mettre en forme l’information pour l’impression ou la

visualisation

« Assistant de saisie » permet :– de saisir de nouveaux enregistrements.

« Éditeur » permet :– De visualiser, de corriger, d’ajouter de l’information à des

enregistrements.

« Tableur » permet :– De créer un formulaire ou un tableau pour effectuer de la

recherche, de la saisie ou de l’échange d’information entre Jacim et d’autres applications.

5 modes d’affichage

Jacim II.1 : le configurateur

Personnaliser son document

AideCopieFormat de sortieNom des champs

Nom des champs

Enregistrement des modifications

Jacim II.1 : le tableurLes bases de données du Muséum :

Le Tableurpermet de créer des formulaires

Rechercher des données dans la BDD

récupérer des données

sélectionnées

Ajouter des données dans la BDD

Le tableur Code couleur Rechercher : Bleu

Ajouter : jaune Charger : vert

Tableur Formulaire

La barre d’outils

Enregistrer le tableur

Ouvrir

Importer des données Texte

Exporter des données Excel

Exécuter une action (baguette magique)

Ajouter une ligne de recherche

Retirer une ligne de recherche

Réinitialiser le tableur

Importer des url d’images

Dédoublonner

Outil de gestion des images

Accès aux différents modes31

Créer ou modifier un tableur

Ajouter des champsSupprimer des champsDéplacer les champsMettre à la ligne des champsRéduire ou afficher les

fenêtres

Effectuer une requête simple

Exemple : Mauritanie

Pour exécuter l’action

Jacim II.1 : l’éditeur

Visualisation des résultats de la requêtedans l’éditeur

Formulaire Texte par défaut

Utilisation de l’aideClic droit dans le champ (ou aide automatique dans le configurateur)uniquement disponible dans la partie formulaire

Utilisation de l’aideUtilisation des opérateurs dans l’aide

Mauritanie

*ritanieMauri**aurit*

Exemple : Mauritanie sans la baie du Lévrier

Utiliser plusieurs critères de recherche

Ajouter des critères en ajoutant des lignes

Supprimer des critères en supprimant des lignes

Changer les critères de recherche

Ou : tout les cas de figureSauf : sans ce critère

Changer les critères de recherche

Et : à la fois Mauritanie et Cap blanc

Réinitialiser le tableur

Exercices

Recherche « PAYS » avec Mexique Indonésie Congo

Recherche avec la ville de « Washington » Navire « Jean Charcot » Mission de l’Astrolabe Origines avec prof max > ou égale à 100m Origines avec prof comprise entre 200 et

Exercices

Recherche « PAYS » avec Mexique 57 Indonésie 178 Congo 28

Recherche avec « Washington » 5 Navire « Jean Charcot » 116 Mission de l’Astrolabe 6 Origines avec prof max > ou égale à 100m 5011 Origines avec prof comprise entre 200 et 500 m

Corrections

Recherche « PAYS » avec Mexique* *ndon* *Congo*

Recherche avec « Washington » Wash* Navire « Jean Charcot » Jean Charcot Mission de l’Astrolabe *strolabe* prof max opérateur supérieur ou égale 100 prof min opérateur supérieur ou égale 200 et prof max opérateur inférieur ou égal 500

Base test de malacologieNom utilisateur : formamalMot de passe : malaco

Création d’un modèle de documentAvec plusieurs tables

Document multi-tables

En partant de la table Lot, ajoutez les tables

Détermination, Localité, Statutype et Nom

La 1ère table dite la table « racine » est importante pour le type de requête…Ici ce document va permettre de faire des recherches sur des spécimens

Penser à enregistrer votre modèle de document 46

Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur

Requête sur un document multi-tablesEnraciné sur la table Lot

Enregistrer le tableurRéouverture lors d’une autre sessionOuverture par défaut de celui-ci s’il porte le même nom que le document

Exercices

Holotype en alcool exclusivementTypes en alcool 70 et alcool adn Types en alcool 70 et alcool adn et de Nouvelle-

CalédonieColl LamarckMurex récoltés à plus de 1000mCréer un document basé sur la table « localité » et

faire les mêmes requêtes

Exercices

Holotype en alcool exclusivement 61Types en alcool 70 et alcool adn 416Types en alcool 70 et alcool adn et de Nouvelle-Calédonie 8Coll Lamarck 53Murex récoltés à plus de 1000m 1Créer un document basé sur la table « localité » et faire les

mêmes requêtes

Corrections

alcool * *alcool* et *type* *alcool* et *type* et *alédonie* Coll. Lamarck* champ Ngenerique Murex et PROF2 opérateur supérieur

1000Créer un document basé sur la table « localité » et faire les

mêmes requêtesPas même résultats car recherche des localités et non des

spécimens comme dans les exercices précédent

Les bases de données du Muséum :Jacim II.1 : l’éditeur

L’éditeur

va permettre de :

Visualiser les données et de les trier

Ajouter des informations

Changer des informations

Corriger les données

La barre d’outils

Enregistrer

Ouvrir

Poubelle pour la sélection

Hiérarchie déployée

Hiérarchie resserrée

Remise à jourTrier

Imprimer

Ouvrir les composeurs associés au document

Exporter en PDF

3 modes d’affichage

Le formulaire (affichage par défaut)

Le composeur par défaut

Avec aucune mise en page

le composeur avec mise en page

Développer ou réduire la sélection

Permet de visualiser les différentes tables du document

développer réduire

Visualiser les différentes tables du document

Jacim II.1 : l’éditeurLes bases de données du Muséum :Jacim II.1 : l’éditeur

Le tri s’effectue dans l’ordre des colonnes sélectionnées (double clic ou sélection et ajouter)Tri ascendant ou descendant (en décochant les cases)

Trier la sélection

Si le modèle de tri porte le même nom que le document alors ce tri se fera par défaut

Enregistrer le modèle de tri

Attention! Ne pas corriger directement dans les champs car les modifications ne seront pas enregistrées!

Corriger ou compléter des données

Correction de la localité

Rechercher sur le tableur

Voir la recherche sur l’éditeur

Se positionner au bon niveau dans la liste

Cliquer sur CORRIGER

Sélectionner la table que nous voulons corriger

Corriger

Changer ou corriger des donnéesCe n’est pas la même chose

On peut corriger quand :

une information n’est valable que pour un lot comme l’état, la quantité… ou des fautes d’orthographe

On doit changer quand :

une information peut être valable pour plusieurs lots comme la localité

localité 1

Spécimen 1

Spécimen 2

Spécimen 3

Spécimen 4

Spécimen 5

Jacim II.1 : l’éditeur

Changer ou corriger des données

localité 2 Spécimen 8

Spécimen 7

Spécimen 6

Spécimen 7

Spécimen 6

Spécimen 1

Spécimen 2

Spécimen 3

Spécimen 4

Spécimen 5

Spécimen 7

Spécimen 6

localité 1

Spécimen 1

Spécimen 2

Spécimen 3

Spécimen 4

Spécimen 5

Spécimen 7

Spécimen 6

ChangerCorriger

Erreur de localité pour le spécimen 2

1er exemple :

n°inventaire A10002, en bon état, 1 exemplaire, 2 valves entières, fossile, holotype, collection Jousseaume

Vous voulez mettre la coll Lamarck à la place de la coll Jousseaume

On peut

corriger

2ème exemple :

n°inventaire MOLL0002, en bon état, 1 exemplaire, 2 valves entières, holotype, collection Jousseaume

Vous voulez mettre Lectotype à la place de Holotype

On doit

changer 65

Sur plusieurs enregistrements en même temps

L’information doit être la même pour tous les enregistrements!

Une fenêtre vide apparaît (normal)Les autres informations dans les autres champs ne sont pas effacées

Ils seront supprimés de la sélection mais pas dans la base

Effacer des enregistrements de l’éditeur

Clic sur la poubelle

Sélectionner les enregistrements à supprimer

(avec SHIFT ou CTRL)

Créer un PDF

Les bases de données du Muséum :Jacim II.1 : l’assistant de saisie

L’assistant de saisie

va permettre de rentrer les données étape par étape en recherchant les données déjà inscrites dans la base

L’assistant de saisie va dérouler les différentes tables en fonctions de la table racine et des autres tables qui lui sont associées

l’assistant de saisie va à chaque étape proposer de rechercher de l’information existante ou de saisir de l’information

Rechercher si la localité est présente dans la base

Taper une informationcomme « Mauritanie »(on peut s’aider de l’aide)

Rechercher pour voir si c’est déjà rentrée

Si oui, une nouvelle fenêtre apparait

Trier la recherche

Choisir, Accepter

Si la localité n’est pas présente dans la base

Changement de la couleur de fond du formulaire, bleu en recherche jaune en ajout

L’assistant propose ensuite la table lotLa recherche n’est pas disponible pour cette table (fond jaune)

L’aide et la copieClic droit sur le champ

Ajout de données avec le tableur

couleur de fond du formulaire, jaune en ajout

Ajout de données avec le tableur Saisir des données avec le tableur: «

AJOUTER »Puis baguette magique pour exécuter le travail

Ajout des données table par table

Procédure identique à l’assistant de saisie 78

Exportation de donnéesPeut se faire sous format Excel ou texte

Choisir les champs voulus, dans l’ordrePasser dans l’éditeur

Revenir dans le tableurChargerExporter (baguette magique) 79

Exportation de donnéesCréation du fichier Excel ou

En tête des colonnes: NOM BASE.NOM TABLE.NOM CHAMP

Données exportées sous fichier excel

Importation de donnéesPeut se faire sous format

texteEn tête des colonnes: NOM BASE.NOM TABLE.NOM CHAMP

Importation de données

Le fichier doit être le plus homogène possible,

et respecter le format des champs!! Oe Apostrophe ‘ Guillemet «

Pas de formule Pas de caractère

spéciaux Pas de touche « entrée » Pas de ligne vide

Importation de donnéesImporter un fichier texte: « AJOUTER AUTO »

Jacim ne demande pas à chaque table votre accordvérifier qu’il n’y a pas de cellule rouge: mauvais format

Importation de donnéesvérifier dans l’éditeur le nb de lignes enregistrées

Recherche de données à partir d’un fichier texte

Jacim II.1 Initiation 26 novembre 2009 Aude ANDOUCHE Les bases de données du Muséum 1

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