Base de données des liens espèce-habitat : présentation et ...docs.gip-ecofor.org/share/Lien_Esp-Hab__RT_Foret... · Base de données des liens espèce-habitat : présentation

Base de données des liens espèce-habitat :

présentation et utilisations possibles

21/11/2016 – RT Forêt ONB

Camille Gazay, Julien Touroult Service du Patrimoine Naturel

Muséum national d’Histoire naturelle

Le projet : Caractérisation des relations Espèce – Habitat naturel

Objectifs

• Conception d’une base de connaissance sur la relation Espèce-Habitat

• Développement et description du contenu

• Mise en place de méthode(s) pour identifier et renseigner ces relations

Cadre

Convention avec le Ministère de l’écologie (DEB/DIT)

Objectifs : faire parler la cartographie des habitats en terme de potentiel de présence, y compris pour faciliter les études d’impacts.

Comité de pilotage

Sept. 2014

Rapport de présentation

Février 2016

Publication de la base de données

(dans HABREF v.3)

Déc. 2016

Conception et remplissage de la base

Mise à jour Améliorations

1 fois/an

Les concepts sous-jacents

Les scientifiques et les gestionnaires s’intéressent depuis longtemps à décrypter les relations entre les espèces et les habitats. C’est même l’une des principales bases de l’écologie. D’un point de vue théorique, l’habitat « écologique » est l’ensemble des conditions environnementales permettant la survie et la reproduction d’une espèce ; il est spécifique à chaque espèce (sa niche écologique, l’habitat d’espèce).

Les principaux mécanismes influençant la présence de l’espèce dans un tel habitat sont donc liés uniquement aux possibilités de colonisation des sites :

• la présence de l’espèce dans le pool régional ; • la connectivité de l’habitat.


Source : Jeanmougin et al., 2014.

habitat


De façon opérationnelle, l’habitat est souvent décrit à partir des unités de végétation (phytosociologie mais aussi à travers des données de télédétection et/ou de mode d’occupation du sol).

Ces classifications ou typologies catégorisent l’environnement en différentes classes, qui ne représentent plus toujours une entité optimale pour une espèce. On parle alors d’habitat catégoriel. Outre les possibilités de colonisation, les mécanismes importants qui influencent la présence d’une espèce dans ces habitats catégoriels sont :

• les filtres locaux environnementaux : • la végétation et l’espèce cible partagent-elles les mêmes optimums physico-

chimiques et climatiques? • les interactions biotiques locales :

• la végétation héberge-t-elle une ou plusieurs espèces indispensables de façon directe ou indirecte à la survie ou la reproduction de l’espèce cible ?

La base de données des relations Espèce-Habitat

G4.6 - Forêts mixtes à [Abies]-[Picea]-[Fagus] Parnassius mnemosyne (Linnaeus, 1758)

Espèce présente

Espèce Habitat Type de relation

Conditions de validité de la relation :

• Stade de développement : adulte, juvénile, larve

• Type d’activité : alimentation, reproduction

• Conditions biogéographiques (qui influe nt sur la relation) : montagnard, méditerranéen…

• Structure de l’habitat : présence de micro-habitats particuliers…

Groupes et méthodes utilisées

Groupes traités Nb d’espèces Type de source Principales sources utilisées

Rhopalocères Environ 300 Expertise, Bibliographie Base de données de Pascal Dupont SPN/MNHN ; MACIEJEWSKI et al., 2015

Odonates Environ 100 Analyse de données,

expertise, bibliographie

Base de données SfO ; HEIDEMANN & SEIDENBUSH 2002 ; GRAND & BOUDOT

2006 ; TROCKUR et al. 2010 ; WILDERMUTH et al. 2005 ; GOFFART et al. 2006 ;

BROCHARD et al. 2012

Amphibiens Environ 30 Bibliographie LESCURE & DE MASSARY 2012 ; DUGUET & MELKI (ed.), 2003

Espèces DHFF Environ 250 Expertise, bibliographie Cahiers d’habitats et bibliographie

Espèces aquatiques

protégées Environ 75 Expertise, bibliographie Cahiers d’habitats et bibliographie

Oiseaux Environ 300 Expertise, bibliographie Cahiers d’habitats Oiseaux

Hétérocères Environ 1600 Bibliographie Guide des Papillons nocturnes de France (ROBINEAU et al., 2007)

Orthoptères 261 taxons Bibliographie BELLMAN & LUQUET 2009 ; CHOPARD 1951 ; SARDET, ROESTI & BRAUD 2015.

Trois catégories de sources de données :

• Modélisations et analyses statistiques ;

• Synthèses bibliographiques ;

• Expertises naturalistes.

Groupes et méthodes utilisées

Base de données d’occurrence de la SfO

• Analyses statistiques : calcul d’un indice de spécialisation des espèces, recherche des habitats odonatologiques caractéristiques…

• Recherches bibliographiques

• Mise en correspondance avec les habitats EUNIS

Odonates SfO – Opie

Oiseaux nicheurs

• Démarche exploratoire à partir de données de distribution (INPN, Atlas…)

• Analyse des Cahiers d’habitats Oiseaux et expertise

• Publication d’un article avec 10 coauteurs

Rhopalocères

• Base de données de Pascal Dupont (travaux de terrain, bibliographie, expertise)

plusieurs listes selon la force de la relation

Composition de la base de relations espèces-habitats EUNIS

9

Crustacés 2

Mollusques 6

Coléoptères 6 Poissons et lamproies 23

Amphibiens 33

Reptiles 34

Mammifères 57

Odonates 87

Lépidoptères Rhopalocères

248

Oiseaux 278

Orthoptères 288

Lépidoptères Hétérocères

1471

Nb de taxons : 2533

0

1000

2000

3000

4000

5000

6000

7000

8000

9000

10000

Nb de liens : 15588

Elaboration de listes forestières

IGD – Indicateurs de gestion durable des forêts françaises

Base des liens EUNIS

1 Espèces strictement forestières ou plus fréquemment présentes en milieu forestier

Spécialiste stricte Espèce sténoèce inféodée à un seul type d’habitat précis et lié à des conditions particulières.

Spécialiste Espèce sténoèce à niche écologique étroite et présente dans un nombre très restreint de types d’habitats.

Sélective Espèce oligoèce démontrant une préférence marquée pour un type d’habitat particulier.

2 Espèces au comportement mixte, se localisant de façon à peu près équilibrée en milieu forestier et dans des milieux ouverts

Présente Espèce présente dans un nombre restreint de types d’habitats sans préférence marquée pour l’un d’entre eux.

Euryèce Espèce présente dans de nombreux types d’habitats sans préférence marquée. L’espèce est relativement indifférente vis-à-vis du type d’habitat (ubiquiste).

Plusieurs façons d’élaborer des listes :

• Selon la définition de la forêt (par ex. ensemble des habitats EUNIS G,…)

• Selon le degré de spécialisation des espèces (liste large vs liste réduite)

11


Comparaison avec les listes d’espèces forestières des IGD – Indicateurs de gestion durable des forêts (travail préalable effectué en 2015)

Equivalences retenues :

« Forêt » IGD ↔ EUNIS « Habitats G »

Code IGD = 1 ↔ Sélective/Spécialiste (stricte) pour les habitats G dans EUNIS Code IGD = 2 ↔ Euryèce/Présente pour les habitats G dans EUNIS

Comparaison pour les espèces présentes dans les deux listes

• Cohérence

• Incohérence faible (espèce forestière stricte dans une liste et non stricte dans l’autre…)

• Incohérence forte (espèce strictement forestière dans une liste et non forestière dans l’autre, ou spécialiste d’un habitat non forestier…)

12


Comparaison avec les listes d’espèces forestières des IGD – Indicateurs de gestion durable des forêts (travail préalable effectué en 2015)

457

155

25 Cohérence

Incohérence faible

Incohérence forte

Incohérences faibles

Différences de définition de la forêt ou du degré de spécialisation de l’espèce

Par ex., espèces présentes dans des habitats associés à la forêt (zones herbacées ou arbustives intra-forestières, ourlets forestiers…)

Incohérences fortes

Souvent dues à l’évolution des connaissances entre l’établissement des deux listes

Expertise et corrections dans la base de données


Espèces présentes en forêt (habitats G)

Mollusques 1

Coléoptères 5

Reptiles 12 Amphibiens

14


16

Orthoptères 39

Mammifères 41

Oiseaux 121


659

Nb de taxons : 908

dont 18 % d’espèces sélectives/spécialistes

Nb de taxons : 137

0 20 40 60 80 100

Mollusques

Coléoptères

Reptiles

Amphibiens


Orthoptères

Mammifères

Oiseaux


Proportion d’espèces sélectives/spécialistes


Améliorations possibles

• Affiner la définition de la forêt

Restreindre aux habitats G1 à G4 uniquement (« habitats forestiers »)

NB : Les habitats G5 (alignements, petits bois anthropiques, stades initiaux et coupes récentes) représentent moins de 8 % des liens et 1 % des taxons.

Elargir : grands parcs urbains (X11), matorrals arborescents (F5.1)

• Prendre en compte d’autres relations Espèce-Habitat (phytosociologie en particulier)

Espèces caractéristiques, espèces indicatrices des Cahiers d’Habitats, espèces diagnostiques EUNIS…

‒ Déjà disponibles dans HABREF

‒ Evaluer le risque qu’une espèce caractéristique d’un habitat forestier ne soit pas globalement une spécialiste forestière

Détection des incohérences et corrections

Sur la méthode de sélection des espèces pour les listes forestières

Sur les relations sources : base de données des liens espèce-habitat

Perspectives

Perspectives d’améliorations

• Arrêter une méthode, la documenter et extraire annuellement d’HABREF deux listes de référence pour chaque grands milieux (au sens EFESE).

• Compléter avec de nouveaux groupes taxonomiques, en 2017 :

– Flore vasculaire

– Araignées.

• On est demandeurs :

– De retours précis sur les listes, par des experts ;

– De traitement d’autres groupes pour abonder le projet.

Perspectives

Pour en savoir plus :

Sur les concepts et leurs limites :

JEANMOUGIN M., PLATTNER G., PORCHER E., JULLIARD R., TOUROULT J., PONCET L., 2014. Synthèse bibliographique des changements d’échelles cartographiques et des relations écologiques entre les espèces et leurs habitats. Rapport SPN2014-54, MNHN, Paris, 83 p.

Sur l’approche pratique :

LEGROS B., ICHTER J., CELLIER P., HOUARD X., LOUBOUTIN B., PONCET L., PUISSAUVE R., TOUROULT J., 2016. Caractérisation des relations Espèce-Habitat naturel et gestion de l’information. Guide méthodologique. Version 1. Rapport SPN 2016-1, MNHN, Paris, 38 p.

http://spn.mnhn.fr/servicepatrimoinenaturel/publications/rapports_spn

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