CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans Colloque ATC-20/21

CHERCHEUR DE CHERCHEUR DE METAPHASESMETAPHASES

APPLIED SPECTRAL IMAGINGAPPLIED SPECTRAL IMAGING

Hôpital Necker-Enfants MaladesHistologie, Embryologie et Cytogénétique

Pr Vekemans

Colloque ATC-20/21 Septembre 2010Chevallier SuzanneGegas Laëtitia





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Pr Vekemans

Post-natalPost-natal

1200 caryotypes1200 caryotypes

sang,sang, fibroblastes.fibroblastes.

Pré-natalPré-natal


liquide amniotique,liquide amniotique, villosités choriales,villosités choriales, sang fœtal.sang fœtal.

Onco-Onco-hématologiquehématologique


sang,sang, moelle,moelle, ponctions.ponctions.

MoléculaireMoléculaire

2000 FISH2000 FISH

préparations préparations cytogénétiques,cytogénétiques, apposition de tissus,apposition de tissus, cryocoupes,cryocoupes, coupes paraffinées.coupes paraffinées.

Au commencement, il y avait…Au commencement, il y avait…Avant l’arrivée du Chercheur (2008)Avant l’arrivée du Chercheur (2008)

2 techniciens détachés à l’informatique et la gestion du matériel.

Comment dégager du temps Comment dégager du temps pour suivre l’évolution de la pour suivre l’évolution de la

discipline discipline ?? Développer la CGH-array.Développer la CGH-array.

Réduire l’étape chronophage de recherche des métaphasesRéduire l’étape chronophage de recherche des métaphases qui occupe 60% du temps technique.qui occupe 60% du temps technique.

Acquérir un Chercheur ! Acquérir un Chercheur !

Cahier des charges publié en 2008Cahier des charges publié en 2008

Peut traiter tous les types de préparations du laboratoire, Peut traiter tous les types de préparations du laboratoire, Travaille aussi bien en lumière transmise qu’en épi-Travaille aussi bien en lumière transmise qu’en épi-

fluorescence,fluorescence, Permet la recherche de métaphases et d’interphases,Permet la recherche de métaphases et d’interphases, S’adapte au mieux à l’organisation existante,S’adapte au mieux à l’organisation existante, Fonctionne via le réseau de l’hôpital. Fonctionne via le réseau de l’hôpital.

Solution globale...Solution globale...

Présentation du chercheurPrésentation du chercheur

Applications en Applications en cytogénétique post-natale : cytogénétique post-natale : mode « tout automatique ».mode « tout automatique ».

Configuration de l’installationConfiguration de l’installation

Chercheur de Chercheur de MétaphasesMétaphases

Stations de traitementsStations de traitements

RESEAU institutionnelRESEAU institutionnel(APHP)(APHP)

Serveur de fichiers Serveur de fichiers

RESEAURESEAU du du llaboabo..Etiquettes

code à barres

Archivage(1 image tiff=1

megaocte)

S.G.LS.G.L(système de gestion de labo.)

Transmission des données

patients

(800 Go/ an)

1.1. Installation des lames sur le plateau.Installation des lames sur le plateau.

2.2. Mise en place du plateau dans le chargeur.Mise en place du plateau dans le chargeur.

3.3. Mise en route de SCANVIEW, le logiciel de Scan.Mise en route de SCANVIEW, le logiciel de Scan.

4.4. START…le technicien peut rentrer chez START…le technicien peut rentrer chez lui !lui !

5.5. Chargement du plateau sur la platine et lecture Chargement du plateau sur la platine et lecture des codes à barres de chaque lame. Le code à des codes à barres de chaque lame. Le code à barres permet l’identification du patient et barres permet l’identification du patient et l’association entre la lame et le type de l’association entre la lame et le type de paramètres de lecture à appliquer.paramètres de lecture à appliquer.

6.6. Les lames sont scannées à l’objectif 10 par Les lames sont scannées à l’objectif 10 par balayages gauche-droite sur la surface définie.balayages gauche-droite sur la surface définie.Le temps de scan dépend du nombre d’éléments Le temps de scan dépend du nombre d’éléments présents sur la lame : présents sur la lame :

environ 4 minutes pour 1000 éléments.environ 4 minutes pour 1000 éléments.

7.7. L’huile est distribuée et étalée automatiquement.L’huile est distribuée et étalée automatiquement.

8.8. Les 30 premières métaphases classées par « qualité » Les 30 premières métaphases classées par « qualité » sont relocalisées à l’objectif 100 de façon automatique sont relocalisées à l’objectif 100 de façon automatique

: : environ 15 secondes par métaphase. environ 15 secondes par métaphase. Dés la relocalisation terminée, le plateau est replacé Dés la relocalisation terminée, le plateau est replacé dans le chargeur. Les métaphases capturées sont dans le chargeur. Les métaphases capturées sont accessibles sur le logiciel de traitement (Bandview).accessibles sur le logiciel de traitement (Bandview).

Applications en Applications en cytogénétique moléculaire.cytogénétique moléculaire.

1.1. Recherche de métaphases au DAPI à l’objectif 10. Recherche de métaphases au DAPI à l’objectif 10. Relocalisation des métaphases à l’objectif 100 avec la Relocalisation des métaphases à l’objectif 100 avec la séquence de filtres paramétrée.séquence de filtres paramétrée.

2.2. Recherche des objets à l’objectif 63 et capture simultanée des objets correspondant aux Recherche des objets à l’objectif 63 et capture simultanée des objets correspondant aux critères morphologiques d’un noyau avec la séquence de filtres et suivant le nombre de critères morphologiques d’un noyau avec la séquence de filtres et suivant le nombre de plans paramétrés.plans paramétrés. Durée très variable et fonction de la densité cellulaire (20 à 40 min/plage d’HIS) Durée très variable et fonction de la densité cellulaire (20 à 40 min/plage d’HIS)

3.3. Analyse automatique du nombre de signaux. Présentation des Analyse automatique du nombre de signaux. Présentation des résultats sous forme graphique. résultats sous forme graphique.

4.4. Nécessité d’une relecture.Nécessité d’une relecture.

Résultats Résultats bruts :bruts :

Résultats après relecture :Résultats après relecture :

L’automatisation de la FISH L’automatisation de la FISH en pratiqueen pratique

Temps de rendu d’un dossier FISH automatisé 1h10. Temps de rendu d’un dossier FISH automatisé 1h10. Scan métaphasique (10 min) + scan interphasique (40 min) + analyse des données (20 min) Scan métaphasique (10 min) + scan interphasique (40 min) + analyse des données (20 min) = 1h10 != 1h10 !

Acceptable uniquement pour les dossiers non urgent Acceptable uniquement pour les dossiers non urgent (scan (scan pendant la nuit). pendant la nuit).

20 % des dossiers nécessitent une relecture manuelle. 20 % des dossiers nécessitent une relecture manuelle. (scan inexploitable : pb. de foccus, de surexposition) (scan inexploitable : pb. de foccus, de surexposition)

L’automatisation est inadaptée quand on doit L’automatisation est inadaptée quand on doit répondre dans l’urgence ou à un nombre restreint répondre dans l’urgence ou à un nombre restreint

d’échantillons !d’échantillons !

1 an après l’installation 1 an après l’installation (2010).(2010).Bilan globalBilan global

Mise en place difficile, Mise en place difficile, Amélioration de l’ergonomie et facilitation de la Amélioration de l’ergonomie et facilitation de la

validation médicale,validation médicale, Cet automate nous a permis d’affronter la rigueur Cet automate nous a permis d’affronter la rigueur

budgétaire.budgétaire.

Pré-natalPré-natal

n’utilise pas le n’utilise pas le chercheur : chercheur : paramètres de paramètres de capture à capture à améliorer, pas de améliorer, pas de fusion possible sur fusion possible sur les métaphases les métaphases « éclatées ».« éclatées ».

Onco-Onco-hématologiquehématologique

fonctionnement fonctionnement en « semi-en « semi-automatique »,automatique », augmentation de augmentation de l’activité à moyen l’activité à moyen humain constant.humain constant.

MoléculaireMoléculaire

pas de gain de pas de gain de temps,temps, aucune urgence,aucune urgence, qualité du qualité du rendu de résultat .rendu de résultat .

Au bout du compte, il y a…Au bout du compte, il y a…Bilan secteur par secteurBilan secteur par secteur

Post-natalPost-natal

fonctionnement fonctionnement en « tout en « tout automatique »,automatique », maintien de maintien de l’activité malgré l’activité malgré la perte d’un la perte d’un poste de poste de technicien.technicien.

Pour une automatisation Pour une automatisation sans « douleur »sans « douleur »

Apprendre une méthode de relaxation Apprendre une méthode de relaxation collective !collective !

Bien s’entourer :Bien s’entourer : Détacher un référent, choisir un fabricant ayant un SAV Détacher un référent, choisir un fabricant ayant un SAV

disponible, proche géographiquement et parlant français.disponible, proche géographiquement et parlant français.

Anticiper l’automatisation :Anticiper l’automatisation : Standardisation et homogénéisation des techniques entre Standardisation et homogénéisation des techniques entre

les différents secteurs (plage et densité d’étalement, les différents secteurs (plage et densité d’étalement, numérotation des dossiers), mise en place d’étiquettes numérotation des dossiers), mise en place d’étiquettes code à barres.code à barres.

Tester en condition réelle :Tester en condition réelle : fonctionnement via le réseau informatique, compatibilité fonctionnement via le réseau informatique, compatibilité

avec les antivirus et systèmes d’exploitations avec les antivirus et systèmes d’exploitations institutionnels.institutionnels.

Bon courage à tous ceux qui se Bon courage à tous ceux qui se lancent dans un projet lancent dans un projet

d’automatisation.d’automatisation.

Le chercheur est plus efficace qu’un technicien

Sauf si on supprime le technicien.

Un paramétrage très Un paramétrage très accessible…accessible…

La création des profils de pilotage et d’acquisition du La création des profils de pilotage et d’acquisition du chercheur se fait par emboitement de paramètres chercheur se fait par emboitement de paramètres gigognes définissant les différentes actions à exécuter.gigognes définissant les différentes actions à exécuter.

ClassifieurApplication Région ProbeTemplate Process

En modifiant les sous-paramètres ont peut créer des En modifiant les sous-paramètres ont peut créer des profils à l’infini.profils à l’infini.

Et s’adapter ainsi facilement aux différents prélèvements Et s’adapter ainsi facilement aux différents prélèvements et techniques du laboratoire.et techniques du laboratoire.

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