Docking@GRID

Framework

Avancement au 28-10-2008

Plan

Principales avancées pour les parties Ligand, Sites Actifs et Docking

Processus d’installation de la version 0.1Quelques mots sur la Collaboration INRIA

ADAMS/DOLPHIN

Docking@GRID - Ligand

Rajout et intégration du logiciel Ligand-info pour la visualisation à grande échelle

Docking@GRID – Site actif

Suppression du logiciel Vega

Seul le format .car est accepté en entrée de l’algorithme

Intégration imminente du script de J-C Boisson pour accepter plus d’un format

Perspective : validation ‘biologique’ du script de J-C

Boisson.

Docking@GRID – docking (1/4)

Intégration de parallel-autodock de Alex Tantar

Docking@GRID – docking (2/4)

Docking version avancée :

Possibilité d’utiliser la fonction d’énergie d’Autodock

Docking@GRID – docking (3/4)

En cours : visualisation UCSF CHIMERA : Visualisation dans Chimera des meilleurs individus

(couples protéine-ligand) toutes les dix générations. Téléchargement des résultats avec visualisation

dynamique de l’évolution des meilleurs individus (animation Chimera)

En cours : rajout d’outils pour la manipulation des molécules (RMSD…)

Docking@GRID – docking (4/4)

Perspectives à court terme :Visualisation des résultats plus complète pour le

docking (score…)

Visualisation « en direct » et a posteriori des fronts Pareto lors de l’exécution de Docking (fonction GnuPlot)

Système de réservation pour le cluster puis pour la grille

Installation – enjeux et objectifs

Docking@GRID est un logiciel open-source

La fiche projet ANR prévoit la mise en ligne d’une version de la plate-forme

Licence CeCILL (~GNU/GPL INRIA) choisie

Version 0.1 prête, finition des tutoriels avant sa mise en ligne prochainement

Installation – problèmes et solutions choisies

Docking@GRID est une plateforme Web, c’est-à-dire que pour une installation locale elle nécéssite : Un serveur Tomcat et un serveur Web Un serveur de base de données (mysql) Un ensemble de logiciels tel que openbabel, mpich2

Pour un utilisateur averti, si aucun des composants n’est installés sur sa machine et en suivant le tutoriel, c’est environ 2h de travail et beaucoup de difficultés rencontrées

Solution : intégrer l’installation de docking@GRID dans un logiciel de déploiement -> FDF-Deployware

Installation – FDF-Deployware

FDF-Deployware est un logiciel développé au sein de l’INRIA et il est libre de droit

http://fdf.gforge.inria.fr

Il permet de déployer beaucoup d’applications, sous linux comme sous Windows (perspective pour le futur)

Installation – deployware / docking@GRID

Workflow :

Téléchargement et décompression de l’archive

Configuration grâce à un script shell qui génère le fichier de configuration de FDF spécifique à chaque utilisateur.

Exécution de FDF-deployware

Installation – deployware / docking@GRID

• Installation et mise en route de chaque composant• Accès à Docking@GRID par un simple clic!

Installation – deployware / docking@GRID

Conclusion :

Si tout se passe bien, le temps de compiler et d’installer toutes les dépendances, environ 30 minutes

Installation – deployware / docking@GRID

Packages Docking@GRID : Version deployware (une archive avec toutes

les applications) Version ‘alone’ (un fichier WAR seul) Sources (Paradiseo, PSP et Docking)

Enregistrement et suivie des utilisateurs qui téléchargent (même principe que pour Paradiseo)

http://dockinggrid.gforge.inria.fr/Download

Installation – tutoriels

Tutoriels d’installation (et utilisation basique): Pour le déployer (terminé) Sans le déployer (terminé)

Tutoriels de développement Pour les développeurs (en cours)

Tutoriels d’utilisation (à faire)

Collaboration Dolphin/ADAMS

Enjeux : SuperComputing, journées Grid –Aladdin :

Démonstration du FDF-deployer sur GRID 5000 pour Super Computing et pour les journées Grid Aladdin

Besoin de déploiement d’une application visuelle, incluant des algorithmes parallélisables sur GRID

Déploiement du framework Docking@GRID

Collaboration Dolphin/ADAMS

Intérêts :

Valorisation de la plate-forme et du projet

Récupération de l’installer pour la version locale

Déploiement sur grille de calcul