I PIDI MIOLOG IE MOLI CULAIRE

F r e d e r i c B a r b u t ~

L es progres de la biologie moleculaire realises depuis 20 ans ont considerablement

modifi6 I'approche 6pidemiologique des maladies infectieuses. De nombreuses

methodes de ,, typage ,, genomique sont apparues (electrophorese en champ pulse,

ribotypie, amplification aleatoire, sequengage nucleotidique...) et chaque annee de nou-

velles methodes sont decrites. Toutes ont un objectif commun : caracteriser la diversite

g~netique des souches appartenant & une mCme espece et identifier les liens de clonalite

entre ces souches. De par leur pouvoir discriminant et leur application possible a. de tres

nombreux agents infectieux, ces methodes ont rapidement supplante, sans les rempla-

cer totalement, les marqueurs phenotypiques (biotype, lysotype, serotype) souvent reser-

ves & des laboratoires de references.

Ce numero special de la Revue Frangaise des Laboratoires a pour but d'illustrer i'eten-

due des applications du genotypage & la fois dans le domaine fongique, parasitaire, bac-

terien et viral et de decrire, au fil des differents articles, le principe technique de quelques

unes de ces methodes.

I'une des principales applications des marqueurs genotypiques est I'investigation de cas grou-

pes d'infections survenant en milieu communautaire ou hospitalier. Ainsi Christine Lawrence

montre comment le typage moleculaire associe & une enquete ~pidemiologique minutieuse

a pu formellement incriminer une tour de refroidissement dans I'epidemie de 16gionelloses sur-

venue & Paris Iors de la coupe du monde de football. Dans le cadre des infections nosoco-

miales, les methodes genotypiques sont frequemment utilisees pour apporter la preuve de

la transmission d'un agent de patient a. patient, ou pour identifier le reservoir ou la source d'une

epid6mie. Valerie Thiers rapporte I'exemple d'une epidemie d' hepatite C dans une unite d'he-

modialyse et Dominique Decr6 celui de la transmission des souches multiresistantes de

Klebsiella peumoniae dans un service de reanimation. Christophe Goujon et Paul Deny,

travers I'exemple d'un cas de transmission du VlH d'un soignant & un patient, insistent sur

tousles ecueils methodologiques pouvant invalider les conclusions. Veronique Vincent montre

comment le typage genomique de Mycobacterium tuberculosis permet d'identifier des cas

de tuberculose faussement positifs dus & des contaminations de laboratoires.

Les marqueurs genotypiques ont aussi contribue & une meilleure comprehension de la

physiopathologie de certaines infections. Par exemple, le typage des Pneumocystis (article

a Unite d'hygi~ne et de lutte contre les infections nosocomiales Hepital Saint-Antoine 184, rue du Fg Saint-Antoine 75571 Paris cedex 1 2

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de Sophie Latouche et Patricia Roux) a revele une specificite d'hOte et I'existence pos-

sible de co-infections par des souches differentes et celui des Aspergillus (article de

Emmanuelle Bart-Delabesse et Stephane Bretagne) isoles de patients atteints de muco-

viscidose a permis de distinguer les recidives des re-infections par de nouvelles souches.

Enfin I'utilisation des marqueurs genotypiques a eu egalement des retombees therapeutiques :

ainsi I'analyse des electrophoretypes des rotavirus decrite par Elyanne Gault et Antoine

Garbarg-Chenon a conduit b. I'elaboration d'un vaccin specifiquement dirige centre les types

majoritaires et sera ulterieurement utilisee pour suivre I'efficacite de ce vaccin.

Si I'inter¢t des marqueurs genotypiques est reconnu de tous, il convient toutefois de se sou-

venir de leurs limites. D'une part, dans le cadre de I'investigation d'une epidemie, le typage

moleculaire ne se substitue en aucun cas & une enquete epidemiologique approfondie mais

la complete. D'autre part, il n'existe pas, a ce jour, de methode universelle de genotypage

alliant & la fois une excellente capacite de typage, une parfaite reproductibilite, et un fort pou-

voir discriminant. Le choix d'une methode depend & la fois des objectifs recherches, de I'agent

infectieux 6tudie et, bien sOr, des ressources du laboratoire.

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