Fiche d'Activité des chercheurs 2007 CSS : Biologie des Populations et des Ecosystèmes

Nom du fichier : FA2007-JACQUET-STEPHAN-18484R-BPE

Nom : JACQUET Prénom : STEPHAN Âge : 36 ans

Corps-Grade : Scientifique - CR1 Unité : Unité Mixte de Recherche

Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques des Ecosystèmes Limniques

Matricule : 18484R Centre : DIJON N° téléphone : 04 50 26 78 12 N° codique Unité : 42 Adresse courriel : jacquet@thonon.inra.fr Nom Directeur d'Unité : Jean-Marcel Dorioz Département : EFPA HDR : OUI Date : 22 septembre 2005 Date de l'évaluation collective : 14-15 février 2006 Discipline(s) : SV 20 Ecologie

Type d'évaluation : approfondie Évaluation précédente : 2005, Avancement CR1

Titularisation : NON Si oui, date de recrutement :

Si oui, demande de validation exercice de la recherche :

Candidature avancement CR1 : NON

Candidature avancement DRE : NON

Demande de renouvellement de mise à disposition : NON

Demande d'intégration en CR ou DR : NON

CARRIÈRE INRA Date Corps-grade

MOBILITÉS Date Unité

01/04/2001 CR2 01/04/2001 DIJ UMR CARRTEL 01/07/2005 CR1

Taux d'activité : 100 %

Congés longue durée : Néant

Missions longue durée, post-doc, formation : Post-doc au moment du recrutement, Bergen (Norvège), mars

2000 à août 2001

Séjours à l'étranger (même antérieur à votre recrutement) : Voir ci-dessus

Autres informations que vous souhaitez transmettre à la CSS (ex. carrière avant l'arrivée à l'INRA) Néant

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Répartition des activités de Stéphan JACQUET

Activités % du temps

1. Recherches génériques 60

2. Recherches à objectifs opérationnels, recherches partenariales

15

3. Contribution à la vie et au fonctionnement de collectifs 15

4.1 Enseignement 2,5

4.2 Expertise 2,5

4.3 Contribution à l'interaction science-société 5

1. Activités de recherche produisant des connaissances fondamentales ou

génériques, des méthodes et des instruments pour la recherche La problématique générale de l’Equipe d’Ecologie Microbienne Aquatique (EMA) de l’UMR CARRTEL consiste en l’étude de la structure et du fonctionnement des réseaux trophiques microbiens. Au sein de cette équipe, j’ai la responsabilité du volet portant sur la boucle microbienne*. Les thématiques de recherche sur lesquelles j’interviens plus particulièrement sont : - la dynamique et la diversité des communautés microbiennes des lacs Léman, du Bourget et d’Annecy (Rhône-Alpes) et du Lac-Réservoir Marne (Marne) ; - le rôle des virus comme agents de mortalité bactérienne et phytoplanctonique, de modification de la diversité planctonique et de redistribution des nutriments et de la matière organique comparativement à l’action des prédateurs protistes. L’expertise acquise dans ces thématiques fait que notre équipe a intégré en 2006 le GDR Réseaux Trophiques Pélagiques (GDR 2476 animé par B Mostajir), et j’ai pu participer à plusieurs missions (Etang de Thau [Sète] en 2006 et Sime-Saloum [Sénégal] en 2007) financées en partie par le GDR pour travailler sur la structure et le fonctionnement de la boucle microbienne de ces écosystèmes, avec un regard porté plus particulièrement sur le rôle des virus bactériophages. Depuis 2003, deux étudiants en thèse ont travaillé ou travaille aujourd’hui sur cette thématique liée à l’écologie virale, que j’ai mis en place à Thonon-les-bains en 2002. Il s’est agit de Sébastien Personnic (soutenance prévue le 4 octobre 2007 à l’Université de Savoie) et de Lyria Berdjeb (qui finit sa première année). Ils avaient été recrutés en DEA et MASTER2 d’Océanologie Biologique de l’Université Paris 6. En 2004, Solange Duhamel avait également réalisé son stage de MASTER2 sur cette thématique. En 2008, il est prévu le recrutement de deux nouveaux MASTER2 pour travailler sur les virus de microlagues (projet régional CIBLE) et le rôle des bactériophages ainsi qu’un POSTDOCTORAT pour travailler sur les relations entre diversité virale et bactérienne (ANR Biodiversité). *La boucle microbienne désigne un concept utilisé pour expliquer la participation des microorganismes dans le recyclage des nutriments et au sein du réseau trophique des écosystèmes aquatiques. La boucle microbienne est pour l’essentiel une chaîne alimentaire qui travaille parallèlement et à l’intérieur de la chaîne classique phyto-zoo-poissons. Sa composante biologique clef est les bactéries hétérotrophes ou bactérioplancton. Les autres compartiments biologiques sont les picocyanobactéries, les protistes flagellés et ciliés. Chacun de ces compartiments est affecté de manière plus ou moins importante par les virus. Il est aujourd’hui reconnu que ne pas s’intéresser aux virus constitue une lacune importante pour expliquer le fonctionnement des écosystèmes aquatiques.

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A ce jour, le bilan en terme de publications concernant ces thématiques depuis 2003, est de : - 6 articles de rang A publiés ; - 4 articles de rang A soumis ou en révision ; - 4 articles de rang A en préparation ; - 3 articles de vulgarisation scientifique. Les points forts de cette activité de recherche résident dans le fait que l’on sait aujourd’hui que les virus sont les entités biologiques les plus abondantes au sein des écosystèmes aquatiques, et qu’ils jouent un rôle clef dans la régulation de la dynamique et de la diversité planctonique. En France, seulement deux équipes s’intéressent aux virus des milieux aquatiques continentaux (l’équipe de T Sime-Ngando à Clermont-ferrand, avec qui nous avons une collaboration de travail étroite et régulière, et la nôtre). Il ne fait plus aucun doute aujourd’hui que ne pas considérer ce compartiment viral constituerait une lacune importante pour comprendre le fonctionnement global des milieux dulçaquicoles. Nos résultats marquants, concernant l’écologie virale et planctonique plus généralement, peuvent être résumés comme suit. Du point de vue méthodologique 1. Nous avons pu développer un protocole original pour détecter et quantifier les virus dans les sédiments

lacustres, réservoir potentiels de ces particules (Duhamel & Jacquet 2006) ; 2. Nous avons proposé un protocole type pour détecter et quantifier les virus de la colonne d’eau dans les

lacs pauvres en substances humiques, typiquement les lacs péri-alpins (Dorigo et al. en révision) ; 3. Nous avons modifié une méthode expérimentale afin de déterminer la part relative de la mortalité

picoplanctonique imputable aux virus et aux prédateurs protistes (Jacquet et al. 2005, Duhamel et al. 2006, Personnic et al. soumis) ;

4. Dans le cadre de la thèse de Lyria Berdjeb, un travail en collaboration avec Yves Perrette (CNRS) de l’Université de Savoie nous permet d’essayer d’appliquer la technique de spectrofluorimétrie tridimensionnelle au suivi des modifications de la qualité de la matière organique dissoute en réponse à l’action des virus et des brouteurs planctoniques sur le compartiment bactérien (Berdjeb et al. en cours) ;

5. Nous avons pu proposer et valider l’utilisation d’une sonde spectrofluorimètrique immergeable au suivi du peuplement phytoplanctonique du Lac Marne (Rolland et al. en cours) ;

6. Une collaboration de travail étroite avec l'Institut de Recherche Mathématique Avancée (Strasbourg) va nous permettre de proposer l’utilisation et l’application à nos jeux de données d’outils statistiques et de modèles nouveaux, ce qui est rarissime dans notre domaine de recherche (Rolland et al. en cours).

Du point de vue fondamentale 1. Le suivi écosystèmique des communautés microbiennes via la cytométrie en flux et la microscopie à

épifluorescence nous a permis de constater des différences marquées entre les lacs Léman, d’Annecy et du Bourget quant à la dynamique et la diversité des communautés microbiennes et des interactions entre ces dernières appréhendées par méthode statistique (Personnic et al. en révision, soumis). En bref, il ressort de notre étude (i) la mesure d’un plus grand nombre de virus et de bactéries hétérotrophes dans les écosystèmes riches en nutriments (Lac Léman et du Bourget) et d’un plus grand nombre de picocyanobactéries dans le lac oligotrophe (Annecy) ; (ii) la discrimination par cytomètrie en flux de plusieurs groupes viraux dont les VLP1 (Virus-Like Particles 1) et les VLP2 toujours présents et statistiquement corrélés aux bactéries hétérotrophes pour les premiers et à la chlorophylle a et aux picocyanobactéries pour les seconds. Les résultats suggèrent donc fortement que les VLP1 sont majoritairement des bactériophages et les VLP2 majoritairement des cyanophages ; (iii) la possibilité d’une action virale lytique très importante, notamment en automne, pouvant mettre fin au « bloom » des bactéries hétérotrophes dans les trois lacs étudiés, révélant donc également un phénomène indépendant du statut trophique ; (iv) l’observation des plus grandes valeurs de VBR jamais rencontrées dans la littérature ; etc

2. Un grand nombre d’expériences in situ a été réalisé afin de déterminer pour ces écosystèmes péri-alpins l’importance de la lyse virale comparativement au broutage zooplanctonique sur la mortalité bactérienne et/ou picocyanobactérienne journalière (Jacquet et al. 2005, Duhamel et al. 2006, Personnic et al. soumis). Il ressort de nos expériences que la lyse virale peut être un processus majeur pour expliquer la mortalité planctonique mais aussi que ce processus varie grandement dans le temps et en fonction de la profondeur. Nos expériences confirment les valeurs rapportées par la littérature avec une mortalité bactérienne liée à la lyse virale variant entre 10 et 50% ;

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3. La démonstration de l’existence d’un couplage étroit entre virus, bactéries et protistes a été faite. L’absence des brouteurs se répercute sur l’efficacité de la lyse virale de manière négative (Jacquet et al. sous presse) ;

4. Nous avons commencé à appréhender l’action des virus et des prédateurs flagellés sur les modifications de la diversité eubactérienne appréhendée par méthode FISH et de la qualité de la matière organique. Les premiers résultats sont très prometteurs et révèlent en effet une action conjointe des virus et des prédateurs flagellés dans le contrôle de la biodiversité (Domaizon et al. en cours, Berdjeb et al. en cours, Personnic et al. en cours)

5. Nous avons aussi commencé à mettre en évidence l’incroyable diversité virale dans les lacs Léman, du Bourget et d’Annecy, appréhendée au moyen de la cytométrie en flux (Duhamel et al. 2006, Personnic et al. en révision), de la DGGE (Dorigo et al. 2004) et de la PFGE (Berdjeb et al. en cours) ;

Pour travailler sur les différents aspects listés ci-dessus, différents contrats de recherche ont été obtenus ces dernières années avec le CISALB (Comité Inter-Syndical pour l’Assainissement des eaux du Lac du Bourget), le GDR 2476 RTP (Groupement de Recherche sur les Réseaux Trophiques Pélagiques), le projet ECCO VIRULAC (Rôle des Virus en milieux lacustres), le projet ECCO DYLACHEM (Biogéochimie au lac du Bourget), l’IIBRBS (Institution Interdépartementale des Barrages Réservoirs du Bassin de la Seine) et le GREBE (Bureau d’étude en environnement basé à Lyon). Bien évidemment, ce type de recherche ne pourrait être réalisé de manière isolée et j’ai développé un certain nombre de collaboration, Au niveau national

- avec Isabelle Domaizon (MC, UdS) de l’Université de Savoie, dont l’expertise va de l’écologie des protistes à l’utilisation des outils de la Biologie Moléculaire pour appréhender la diversité microbienne, et avec qui je travaille de manière quasi permanente ;

- avec Yves Perrette (CR, CNRS) de l’Université de Savoie sur l’utilisation de la spectrofluorimétrie 3D dans le cadre de la thèse de Lyria Berdjeb ;

- avec Télesphore Sime-Ngando (DR, CNRS) de l’Université de Clermont-Ferrand 2, le précurseur de l’écologie virale aquatique en France, avec qui des projets communs ont été réalisés (ECCO VIRULAC, ECCO DYLACHEM, GDR VIRBAC, GDR VIRDAK) ou proposés (ANR Biodiversité AQUAPHAGE) ;

- avec Thierry Bouvier (CR, CNRS) de l’Université de Montpellier et Yvan Bettarel (CR, IRD) du Centre Bel Air à Dakar, avec qui des projets communs ont été réalisés (GDR VIRBAC, GDR VIRDAK) ou proposés (EC2CO SUDOKU), sans oublier Markus Weinbauer (CR, CNRS) l’animateur d’AQUAPHAGE ;

Toutes les personnes travaillant dans le domaine de l’écologie virale appartiennent au réseau RAVAGE que j’anime (voir plus loin). Au niveau international

- avec Mark O Gessner (PR, EAWAG) en Suisse sur l’écologie des virus (travail d’une étudiante, Manuela Filippini) et sur la réalisation, à ma demande, d’une issue spéciale pour la revue Freshwater Biology portant sur l’écologie des virus des milieux d’eau douce, MO Gessner étant l’éditeur en chef de la dite revue ;

- avec un certain nombre de chercheurs avec qui j’ai travaillé lors de mon postdoctorat en Norvège et avec qui nous continuons de valoriser les travaux passés (Frede Thingstad, Louise Darroch) ;

- avec Takeshi Miki, de l’Université de Kyoto, à qui j’ai proposé l’écriture d’une revue sur les interactions virus-bactéries-protistes (en cours d’écriture).

La seconde problématique sur lequel je suis intervenu par le passé et encore un peu aujourd’hui, en ma qualité de responsable scientifique du suivi de la qualité des eaux du lac du Bourget, concerne l’écologie des cyanobactéries, plus particulièrement la dynamique de P. rubescens. Les résultats majeurs obtenus et auxquels j’ai participé peuvent être résumés comme suit : 1. Nous avons expliqué le déterminisme de l’efflorescence cyanobactérienne Planktothrix rubescens

pour le lac du Bourget, notamment à partir de l’analyse de séries chronologiques (Jacquet et al. 2005) ;

2. La caractérisation des toxines hépatiques de la cyanobactérie Planktothrix rubescens et du contrôle environnemental sur leur production dans le lac du Bourget a été faite (Briand et al. 2005) ;

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3. Le rôle de la quantité et de la qualité de la lumière a été étudié sur la croissance de P. rubescens et P. agardhii, deux cyanobactéries génétiquement très similaires mais présentant des caractéristiques pigmentaires très différentes (Oberhaus et al. 2007).

En terme de perspective de recherche La thématique portant sur l’écologie virale aquatique se porte relativement bien à Thonon. J’ai organisé

un congrès international sous l’égide de l’ESF à Thonon en 2005 (EWAPE-1, the first European Workshop on Aquatic Phage Ecology), créé et anime le réseau RAVAGE (Réseau frAnçais de Virologie Aquatique : de la Génomique à l’Ecologie) et un certain nombre de projets sont en cours (thèse de Lyria BERDJEB) ou en attente de décision/financement (Projets Régional PARAPHY accepté et ANR AQUAPHAGE en attente). Pour mener à bien ces projets, il sera critique de pouvoir recruter des étudiants en MASTER2 et post-doctorants (ce qui est prévu dans le cahier des charges des dits-projets).

Le projet AQUAPHAGE (ANR Biodiversité 2007) qui, à ce jour est classé 1 en liste complémentaire, peut être résumé comme suit :

Les virus représentent l’entité biologique la plus abondante dans les écosystèmes aquatiques. Il est possible que leur rôle soit essentiel dans le contrôle de la diversité des procaryotes. Cependant, l'étude des phages à l’échelle des communautés naturelles reste limitée. C’est dans ce cadre scientifique que se situent les objectifs spécifiques du projet AQUAPHAGE:

1) déterminer l’effet des virus (par comparaison avec celui des prédateurs) sur la dynamique et la diversité des procaryotes ;

2) relier la nature du cycle de vie (cycles lysogénique vs. lytique) à la diversité des phages ; 3) estimer la spécificité, la résistance et la transduction virales au niveau des communautés

naturelles; 4) valider le modèle mathématique dit du « phage kills the winner » ; 5) conduire des expériences in situ de co-variation entre diversité virale et diversité des hôtes. La

mise en oeuvre d'approches métagénomiques permettra de tester la robustesse du modèle cité. Les études seront menées dans des environnements aquatiques contrastés (approche écologique

comparative) dont les lacs péri-alpins, ce qui permettra de relier diversité virale et productivité des écosystèmes.

Le projet PARAPHY (Région CIBLE 2007) peut être résumé comme suit :

Le phytoplancton est un maillon trophique essentiel du fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Parmi les facteurs régulateurs clefs de la dynamique et la diversité du phytoplancton eucaryotique lacustre, les virus jouent probablement un rôle qui n’a que très rarement été appréhendée. La plupart des études se sont surtout intéressés aux virus bactériophages et cyanophages. A ma connaissance, aucun travail n'a encore été rapporté sur les écosystèmes français lacustres ! Le projet PARAPHY a notamment pour objectifs de :

- tenter d'isoler et caractériser des virus spécifiques de microalgues caractéristiques des lacs Léman, d'Annecy et du Bourget (les deux plus grands lacs naturels de France et d’Europe occidental) à partir de manipulations d’infection des cultures du laboratoire et via la FCM et la PFGE dans un premier temps ;

- de réaliser des expériences au laboratoire pour estimer l'impact de la lyse virale sur la mortalité phytoplanctonique pour certaines espèces majeures ;

- de quantifier certains virus de microalgues dans le milieu naturel à l’aide de marqueurs spécifiques par PCR quantitative.

Une nouvelle thématique qui devrait voir le jour dans les deux prochaines années est celle liée aux interactions entre la structure et le fonctionnement de la boucle microbienne et le compartiment métazooplanctonique. Avec Isabelle Domaizon, nous avons d’ores et déjà élaboré un projet dans ce sens avec la volonté d’acquérir au sein de l’unité une plateforme expérimentale sur le Léman pour l’installation de mésocosmes. Ce projet était prêt pour l’appel d’offre EC2CO 2007 mais ne pouvant le porter (l’INRA n’étant plus partenaire de cet AO) nous devrons attendre un peu. Pour la partie relative aux cyanobactéries, une collaboration de travail est en train de naître avec le Centre de Recherche sur le Climat dirigé par Martin Béniston. J’ai répondu à son invitation de donner mon expertise sur un projet intitulé CyanoClim et nous devrions co-diriger une thèse dans les mois à venir portant sur le lien entre changement climatique et développement des cyanobactéries.

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2. Activités de recherche produisant des connaissances opérationnelles ; recherches partenariales et collaborations avec des partenaires socio-économiques

Parmi les activités de recherche dont l'objectif est de produire, au terme des projets, des connaissances utilisées par des destinataires publics, et dont je suis le principal animateur, il y-a : - Le suivi de la qualité des eaux du lac du Bourget commandité par le CISALB.

Depuis quelques années, le CISALB (Comité Inter-Syndical pour l’Assainissement des eaux du Lac du Bourget) fait appel à l’expertise de l’INRA dans le cadre du suivi de la qualité des eaux du plus grand lac naturel français. Depuis 2006, je suis le responsable scientifique et l’animateur du suivi proposé. Ce travail relève à la fois de l’animation, de la recherche et de l’administration puisqu’il est critique de répondre à un cahier des charges précis, s’assurer du bon déroulement des campagnes de prélèvement et de l’analyse des données par les différents protagonistes (techniciens et chercheurs d’équipes différentes) et de synthétiser l’ensemble des connaissances acquises. Cela n’était pas systématique jusque récemment et depuis 2006, j’ai proposé la mise en place d’un rapport annuel, comme c’est le cas de puis longtemps pour les lacs Léman et d’Annecy. Ce suivi scientifique peut permettre aux gestionnaires du lac du Bourget de renforcer si besoin des actions particulières liées à la politique de restauration de cet écosystème (voir plus bas).

- Le travail de thèse d’Anne Rolland sur la dynamique et la diversité phytoplanctonique du Lac Marne,

le plus grand lac-réservoir français. Ce travail, qui entre dans le cadre d’un contrat CIFRE en partenariat avec le GREBE (Bureau d’étude en environnement basé à Lyon) et l’IIBRBS (Institution Interdépartementale des Barrages Réservoirs du Bassin de la Seine), a différents objectifs dont celui de proposer une stratégie opérationnelle d’étude de cet écosystème pour les équipes techniques de l’IIBRBS, l’utilisation d’outils de surveillance, la modernisation des techniques d’analyses (chimiques) du laboratoire d’analyse de l’Institution. Un rapport et une réunion sont produit et organisé annuellement avec les différents partenaires dont l’Agence de l’eau Seine-Normandie.

Dans les deux cas de figure précédemment cités, on aura compris que la génération de connaissances pratiques peut permettre la mise en place de recommandations et/ou propositions pouvant conduire à des décisions réglementaires (par exemple l’interdiction de la baignade ou le basculement des systèmes de pompage en eau en cas d’efflorescences cyanobactériennes). Plus simplement, nous avons aidé à la mise en place pour le lac Marne d’un suivi de la qualité des eaux approprié. Il est intéressant ici de noter qu’en amont de la thèse d’Anne Rolland, un travail conséquent a été réalisé pour construire le partenariat entre l’INRA, l’IIBRBS et le GREBE afin de décrocher un contrat CIFRE. Ce travail est parti d’une volonté très simple : celle de garder au sein de mon équipe une étudiante brillante, spécialiste en taxonomie et dynamique du phytoplancton. En aval, le transfert technique et scientifique se fait de notre équipe vers l’IIBRBS au travers du développement de l’application d’un outil de surveillance et d’aide à la décision, de l’expertise sur les stratégies d’échantillonnage, de l’analyse phytoplanctonique, d’un stage de formation à l’INRA pour une partie du personnel technique du laboratoire de Chimie de l’IIBRBS, de l’alimentation en données du modèle de fonctionnement existant du lac Marne. Inversement, l’IIBRBS apporte son concours financier (financement du projet), humain (avec la mise à disposition de personnels techniques sympathiques et compétents pour les prélèvements, certaines analyses chimiques et de la chlorophylle a) et matériel (par le prêt gratuit d’une maison de fonctionnement pour le couchage sur place). A noter ici également que j’ai mis en place un comité de thèse réunissant l’ensemble des partenaires. Dans le cadre du partenariat avec le CISALB, il y a eu en amont du travail et des réunions de travail qui ont fait que j’ai pu obtenir la confiance de son directeur, R Jalinoux. En aval, cela s’est traduit par la confiance du CISALB et de mon institut pour me nommer responsable du suivi de la qualité des eaux et intégrer le comité scientifique du comité de bassin du lac du Bourget, en remplacement de G Barroin. Le suivi de la qualité des eaux du lac du Bourget est aujourd’hui le lieu d’un contrat de recherche pesant 30 KE annuel.

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3. Contribution à la vie et au fonctionnement du collectif Animation et gestion de collectifs de recherche ou d'appui ; activités d'appui à la recherche, autres contributions.

Ma responsabilité de direction d’unité ou d’une équipe est aujourd’hui relativement et logiquement limitée. Néanmoins, j’aide à l’animation globale de l’équipe depuis 2003 et suis responsable d’un champ thématique. J’ai par contre dirigé et animé un certain nombre de projets de recherche, réseau, manifestations, etc

- Je dirige plusieurs projets de thèse en tant que directeur (j’ai passé mon HDR en 2005) ; - J’ai animé un projet innovant relatif à l’impact des UV sur le fonctionnement des communautés

microbiennes au Léman ; - J’ai été nommé responsable scientifique de la qualité des eaux du lac du Bourget à la fin 2005 ; - J’ai été l’instigateur puis l’animateur du premier congrès international relatif à l’écologie des

phages en milieu aquatique à Thonon-les-Bains (soit 3 jours de congrès financés par l’ESF [European Science Foundation] et d’autres partenaires, 50 congressistes qui n’ont rien eu à payer, conférences et prestations culinaires au Château de Ripaille) ;

- J’ai été l’instigateur et l’animateur du colloque « Autour du lac du Bourget » à l’Université de Savoie (3 jours de congrès) ;

- J’ai été le créateur des séminaires de la Station et animateur pendant 3 ans, avant de passer la main à mon collègue Rémy Tadonléké ;

- J’ai été le créateur du réseau RAVAGE et en suis l’animateur (deux mini-colloques ont déjà eu lieu à Paris et Clermont-Ferrand ;

- Je participe à différents groupes de travail et projets au sein de mon unité (mise en place

d’enceintes expérimentales de type mésocosmes au Léman, modification du site Internet, le projet d’ORE Lacs alpins, la création de la base de données ALGOTEK, etc) ;

- J’ai collaboré activement à la mise en place de quelques projets de recherche portant sur la problématique du phosphore au lac du Bourget (Projet RELAX), l’écologie des virus (Projets COD, AQUAPHAGE, VIRULAC, VIRBAC, VIRDAK, SUDOKU)

Je me permets aussi de citer ici une contribution particulière et originale à la réflexion de mon département et de l’Institut mais qui n’a pas trouvé un écho favorable à ce jour concernant la plongée scientifique. Depuis mon arrivée à l’INRA de Thonon-les-Bains en septembre 2001, j’ai - encadré 1 THESE, 4 DEA ou MASTER2, 1 MAITRISE ; -co-encadré 1 POST-DOC, 2 THESES, 2 DEA ou MASTER2, 1 MAITRISE, 1 stage IUT En 2008, je devrai diriger deux nouveaux MASTER2 et un post-doctorat (sujets déposés) 4. Enseignement, expertises, contribution à l'interaction science-société 4.1 Activités d'enseignement - Chaque année, j’interviens comme formateur de plongeurs scientifiques pour le CNRS. Dans ce cadre j’effectue 4 interventions sous forme magistrale et suis moniteur dans l’eau. Ce stage de formation m’occupe 15 jours à temps plein sur le terrain et j’y suis un intervenant depuis 1998 inclus. - J’ai été invité à donner des cours à l’Université de Savoie (UdS) en 2007 mais j’ai du décliner, mon emploi du temps ne m’ayant pas permis de préparer et assurer un enseignement de qualité. 4.2 Expertises et études - Notre expertise est souvent demandée pour des problèmes liés aux proliférations algales. Je travaille main dans la main avec Jean-Claude Druart pour donner un avis si nécessaire. - Depuis 2005, je suis membre nommé externe de la commission de spécialistes des sections 64-68 de l’UdS. Je suis supposé donner un avis sur les profils de recrutement ATER et MC dans ce cadre. - Je suis membre du conseil scientifique du comité de bassin du lac du Bourget. Dans ce cadre, s’exercent des activités d’expertise, de consultance ou de conseil, de manière individuelle ou collective. Un exemple de résultat tangible lié au dernier point a été, en 2007, le financement d’une thèse pour travailler sur le relargage et les flux du P des sédiments du lac du Bourget, à partir d’un projet que j’avais moi-même commencé à proposer au CISALB, nommé OFSHORE (animateur : S Jacquet) et rebaptisé RELAX (animateur : E Viollier).

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4.3 Information scientifique et technique, vulgarisation, contribution au débat public. L’information scientifique et technique a été mise en avant ces dernières avant en participant à la fête de la Science. Mais mon effort porte surtout sur la vulgarisation scientifique comme en témoigne les publications ci-dessous : Jacquet, S. 2007. Portrait de Bernard Dussart (1922-...). Mémoires et Documents de l’Académie Chablaisienne

(accepté) Personnic, S. et S. Jacquet. 2007. Les virus: chefs d’orchestre aquatiques. La Recherche 407:50-53 Jacquet, S. et S. Personnic. 2007. Les virus: chefs d’orchestre aquatiques. Les dossiers de La Recherche 28:29-33 Druart, J. C et S. Jacquet. 2007. Prolifération d’une cyanobactérie au Léman : quelques explications de l’INRA.

Nature et Patrimoine en Pays de Savoie 21:21 Personnic, S., S. Duhamel, S. Y. Bettarel, T. Sime-Ngando et S. Jacquet. 2006. Les virus planctoniques un

compartiment biologique clé des écosystèmes aquatiques. Le Courrier de l’Environnement de l’INRA 53:19-34 Duhamel, S., S. Personnic et S. Jacquet. 2005. Importance des virus en milieu lacustre. INRA mensuel 122:8-9 5. Liste des publications et produits 2003-2007

1. Articles scientifiques 1.1 Articles publiés (revues avec comité de lecture)

Thingstad, T. F., H Havskum, U. L. Zweifel, E. Berdalet, M. Montserrat Sala, F. Peters, M. Alcaraz, R. Scharek, M. Perez, S. Jacquet, G. A. Fonnes Flaten, J. R. Dolan, C. Marrasé, F. Rassoulzadegan, A. Hagstrøm and D. Vaulot. 2007. Control of bacterial growth under carbon and mineral nutrient limited conditions. Comparison of idealised models with mesocosms manipulated with N and P, glucose-C, and Si. J. Mar. Syst. 64:15-34

Comte, J., S. Jacquet, S. Viboud, D. Fontvieille, G. Paolini and I. Domaizon. 2006. Microbial community structure and dynamics in the largest natural French lake (Lake Bourget, Savoie, February to July 2002). Microb. Ecol. 52:72-89

Duhamel, S., I. Domaizon, S. Personnic and S. Jacquet. 2006. Assessing the microbial community dynamics and the role of viruses as bacterial mortality agents in Lake Geneva.

Duhamel, S. and S. Jacquet. 2006. Flow cytometric analysis of bacteria and virus-like particles in lake sediments. J. Microbiol. Methods 64:316-322

Briand, J.-F., S. Jacquet, C. Flinois, C. Avois-Jacquet, C. Maisonnette, B. Leberre and J.-F. Humbert. 2005. Variations in the microcystins production of Planktothrix rubescens (cyanobacteria) assessed by a four years in situ survey of Lac du Bourget (France) and by laboratory experiments. Microb. Ecol. 50:418-428

Delille, B., J. Harlay, I. Zondervan, S. Jacquet, L. Chou, R. Wollast, R. G. J. Bellerby, M. Frankignoulle, A. Vieira Borges, U. Riebesell and. J.-P. Gattuso. 2005. Response of primary production and calcification to changes of pCO2 during experimental blooms of the coccolithophorid Emiliana huxleyi. Global Geochemical Cycles 19 (GB2023):1-14

Engel, A. and 17 co-authors. 2005. Testing the direct effect of CO2 concentration on a bloom of the coccolithophorid Emiliana Huxleyi in mesocosm experiments. Limnol. Oceanogr. 50:493-507

Jacquet, S., I. Domaizon, S. Personnic, S. Duhamel, A. S. Pradeep Ram, M. Heldal and T. Sime-Ngando. 2005. Estimates of protozoan and virus-mediated mortality of bacterioplankton in Lake Bourget (France). Fresh. Biol. 50:627-645

Jacquet, S., J.-F. Briand, C. Leboulanger, C. Avois-Jacquet, G. Paolini, L. Oberhaus, B. Tassin, B. Vinçon-Leite, J.-C. Druart, O. Anneville and J.-F. Humbert. 2005. The proliferation of the toxic cyanobacterium Planktothrix rubescens following restoration of the largest natural French lake (Lac du Bourget). Harmful Algae 4:651-672

Jardillier, L., D. Boucher, S. Personnic, S. Jacquet, A. Thénot, D. Sargos, C. Amblard and D. Debroas. 2005. Relative importance of nutrients and mortality factors on prokaryotic community composition in two lakes of different trophic status. FEMS Microbiol. Ecol. 53:429-443

Havskum, H., L. Schlüter, R. Scharek, E. Berdalet and S. Jacquet. 2004. Routine quantification of phytoplankton groups - microscopy or pigment analyses? Mar. Ecol. Progr. Ser.273:31-42

Rochelle-Newall, E., B. Delille, M. Frankignoule, J.-P. Gattuso, S. Jacquet, U. Riebesell, A. Terbruggen and I. Zondervan. 2004. Chromophoric dissolved organic matter in experimental mesocosms maintained under different pCO2 levels. Mar. Ecol. Progr. Ser. 272 :25-31

Dorigo, U., S. Jacquet and J.-F. Humbert. 2004. Cyanophage diversity, inferred from g20 sequence analyses, in the largest French lake in France, Lake Bourget. Appl. Environ. Microbiol. 70:1017-1022

Engel, A., B. Delille, S. Jacquet, U. Riebesell, E. Rochelle-Newall, A. Terbrüggen and I. Zondervan. 2004. Transparent exopolymer particles and dissolved organic carbon production by Emiliana huxleyi

INRA-DÉv : Fiche d'Activité chercheur 8/14

exposed to different CO2 concentration: a mesocosm experiment. Aquat. Microb. Ecol. 34:93-104 Larsen, A., G. A. F. Flaten, R. A. Sandaa, T. Castberg, R. Thyrhaug, S. R. Erga, S. Jacquet and G.

Bratbak. 2004. Spring phytoplankton bloom in Norwegian coastal waters: Microbial community dynamics, succession and diversity. Limnol. Oceanogr. 49:180-190

Muller, F., S. Jacquet and W. H. Wilson. 2003. Biological factors regulating the chemical speciation of Cu, Zn, and Mn under different nutrient regimes in a marine mesocosm experiment. Limnol. Oceanogr. 48:2289-2302

Briand, J.-F., S. Jacquet, C. Bernard and J.-F. Humbert. 2003. Health hazards for terrestrial vertebrates from toxic cyanobacteria in surface water ecosystems. Vet. Res. 34:361-378

Jacquet, S. and G. Bratbak. 2003. Effects of ultraviolet radiation on marine virus-phytoplankton interactions. FEMS Microb. Ecol. 44:279-289

Evans, C., S. D. Archer, S. Jacquet and W. H. Wilson. 2003. Direct estimates of the contribution of viral lysis and microzooplankton grazing to the decline of a Micromonas spp. population. Aquat. Microb. Ecol. 30:207-219 1.2 Articles sous presse, accepté, en révision, soumis et rapports de recherche

Oberhaus, L. J.-F. Briand, C. Leboulanger, S. Jacquet and J.-F. Humbert. Comparative effects of the quality and quantity of light on the growth of Planktothrix agardhii and P. rubescens. J. Phycol. (sous presse)

Danovaro R., C. Corinaldesi, U. Fisher, M. Filippini, M. Gessner, S. Jacquet, M. Magagnini and B. Velimirov. Viriobenthos in freshwater and marine sediments: a review. Fresh. Biol. (accepté)

Jacquet, S., T. Sime-Ngando, I. Domaizon and S. Personnic. Do small grazers influence viral-induced bacterial mortality in Lake Bourget? Fund. Appl. Limnol. (accepté)

Darroch, L. J., G. Malin, M. Steinke, G. A. Lee, S. Jacquet, G. A. Fonnes, G. Bratbalk and W. H. Wilson. Effect of viruses on the production of DMS and related compounds in Emiliana huxleyi-dominated mesocosms with different nutrient regimes. Aquat. Microb. Ecol. (en révision)

Dorigo, U., S. Personnic and S. Jacquet. Necessary tests for accurate counting of freshwater microbial communities using either flow cytometry or epifluorescence microscopy. Fresh. Biol. (en révision)

Personnic, S., I. Domaizon, U. Dorigo, S. Jacquet. Seasonal and spatial variability of virio, bacterio- and picophytoplankton in three peri-alpine lakes. Fresh. Biol. (en révision)

Sime-Ngando, T., I. Domaizon, J. Colombet, U. Dorigo, P. Perney, J.-C. Hustache, S. Personnic and S. Jacquet. Short-term variations in abundances and potential activities of viruses, bacteria and nanoprotists in Lake Bourget. Ecol. Res. (soumis)

Cellamare, M. and S. Jacquet. Structure and dynamics of pico-, nano- and microphytoplankton in three large and deep alpine lakes with different trophic status. J. Plank. Res. (soumis)

Jacquet, S., G. Paolini, J. Lazzarotto, C. Girel, J.-C. Druart, J.-F. Humbert, M. Perga, I. Domaizon, P.

Perney et L. Laine. 2007. Suivi de la qualité des eaux du lac du Bourget pour l’année 2006. Rapport CISALB, pp 132

Humbert, J. F., S. Jacquet, O. Anneville, D. Fontvieille, I. Domaizon, J. C. Druart, G. Paolini, J. Lazzarotto, P. Perney. 2006. Rapport du suivi complet de la qualité des eaux du lac du Bourget pour les années 2004-2005. Rapport CISALB 2006, pp 200

Druart, J.-C., G. Blondin, O. Anneville, S. Jacquet, C. Leboulanger et N. Angéli. 2004. Données préliminaires sur la répartition verticale actuelle des espèces dominant la communauté phytoplanctonique du lac Léman. Exemple de l’année 2002. Dans le Rapport CIPEL 2004

2. Ouvrages, chapitres d'ouvrages, rapports diplômants

Ouvrage Un livre est en cours de préparation, concernant les actes du colloque « autour du Bourget » que

j’ai animé en 2006. J’en suis également l’animateur. Rapports diplômants des étudiants

Sébastien PERSONNIC. 2007. Dynamique des communautés microbiennes et impacts des virus sur les bactéries auto- et hétérotrophes. Thèse, Université de Savoie.

Lyria BERDJEB. 2006. Impact des virus et des prédateurs flagellés sur la diversité eubactérienne et la (re)distribution des ressources nutritives. Rapport de MASTER2, Université Paris 6.

Bérengère LITTOT. 2005. Intercalibration d’outils mesurant la chlorophylle a et différents groupes phytoplanctoniques. Rapport de MASTER2, Université de Besançon.

Maria CELLAMARE. 2005. Dynamique et diversité du pico-et nanophytoplancton lacustre avec essais

INRA-DÉv : Fiche d'Activité chercheur 9/14

d’isolement et mise en culture. Rapport de MASTER2, Université Paris 6. Solange DUHAMEL. 2004. Etude de l’impact de la lyse virale sur la dynamique et la diversité de la

communauté bactérienne du lac Léman. Rapport de DEA, Université Paris 6. Bérengère TITTOT. 2004. Etude de hétérogénéité spatiale des communautés phytoplanctoniques du lac

du Bourget à partir de l’exploitation des données d’une sonde spectrofluorométrique immergeable. Rapport de MASTER1, Université de Besançon.

Abdourahmane MBADE SENE. 2003. Etude de l’impact de la prédation planctonique sur les communautés microbiennes lacustres. Rapport de MASTER2, Université de Savoie.

Sébastien PERSONNIC. 2003. Etude préliminaire de la dynamique des communautés virales dans les lacs d’Annecy, du Bourget et du Léman. Rapport de DEA, Université Paris 6.

3. Communications dans des congrès et colloques

Communications orales Berdjeb, L., I. Domaizon et S. Jacquet. Impact des virus et des prédateurs sur la diversité bactérienne et

la qualité chimique des lacs d’Annecy et du Bourget. Colloque de l’AFEM, la Grande-Motte, France, octobre 2007.

Mostajir, B. et 25 co-auteurs. Le Groupement de Recherche (CNRS - GDR 2476) « Réseaux Trophiques Aquatiques ». Colloque de l’AFEM, la Grande-Motte, France, octobre 2007.

Bouvier, T. et 16 co-auteurs. Etude comparée de l’infection virale, de l’augmentation du rayonnement UVB et de la température sur l’activité métabolique et la diversité bactérienne. Colloque de l’AFEM, la Grande-Motte, France, octobre 2007.

Bettarel, Y. et 12 co-auteurs. Le virioplancton le long d’un gradient de salinité. Colloque de l’AFEM, la Grande-Motte, France, octobre 2007.

Rolland, A., M. Maury, F. Bertrand and S. Jacquet. A novel statistical approach to assess phytoplankton structure and dynamics in a Reservoir. CIL, Montreal, Canada, August 2007.

Rolland, A., F. Bertrand, M. Maury and S. Jacquet. Phytoplankton structure and dynamics in the Reservoir Marne: A multitable approach. 5th Symposium for European Freshwater Sciences, July 2007.

Personnic, I. Domaizon et S. Jacquet. Dynamique des communautés microbiennes et impacts des virus sur les bactéries hétérotrophes lacustres. Colloque RAVIE, Clermont-Ferrand, janvier 2007.

Berdjeb, L., I. Domaizon et S. Jacquet. Présentation du projet de thèse : impacts des virus et des flagellés sur la matière organique et nutriments inorganiques dans les lacs d’Annecy et du Bourget. Colloque RAVIE, Clermont-Ferrand, janvier 2007.

Domaizon, I., S. Personnic, U. Dorigo, T. Sime-Ngando, J. Comte, S. Duhamel, A. Mdabe-Sene, J. Colombet, B. Leberre, A. Millery, P. Perney, D. Fontvieille, S. Jacquet. Structuring factors and processes of microbial food webs in French large lakes. European Large Lakes Symposium 2006 - Ecosystem changes and their ecological and socioeconomic impacts, Tartu-Pühajärve, Estonia, Septembre 2006.

Jacquet, S., K. Simek, M. Weinbauer, T. Sime-Ngando, T. Bouvier, Y. Bettarel. Relationships between viruses, bacteria and protozoan grazers in aquatic environments ISME-11, Vienna, Austria, August 2006.

Bouvier, T., Y. Bettarel, C. Bouvier, M. Bouvy, I. Domaizon, E. Fouilland, E. Le Floc’h, S. Jacquet, H. Montanié, B. Mostajir, J. Nougier, T. Sime-Ngando, J.-P. Torreton, M. Trousselier et F. Vidussi. Effet des virus sur la diversité bactérienne: comparaison avec d’autres facteurs structurants. Colloque « Développement récent de la Recherche en environnement côtier », Nantes, France, juin 2006.

Personnic, S., I. Domaizon, S. Jacquet. First estimates of viral impact on microbial communities in large French alpine lakes. ASLO summer meeting, Vancouver, Canada, June 2006.

Domaizon, I., S. Personnic, U. Dorigo, T. Sime-Ngando, J. Comte, S. Duhamel, A. Mdabe-Sene, J. Colombet, B. Leberre, A. Millery, P. Perney, D. Fontvieille, S. Jacquet. Facteurs et processus régulant la structure et le fonctionnement de la boucle microbienne du lac du Bourget. Colloque national « Autour du lac du Bourget », Le Bourget-du-lac, mai 2006.

Jacquet, S. Prolifération de la cyanobactérie toxique Planktothrix rubescens au lac du Bourget : un paradoxe ? Colloque national « Autour du lac du Bourget », Le Bourget-du-lac, mai 2006.

Viollier, E. et 39 co-auteurs. Dynamique physique et hétérogénéités biogéochimiques dans un grand lac alpin (DYLACHEM): des solitions aux virus (Lac du Bourget, Savoie). Colloque national « Autour du lac du Bourget », Le Bourget-du-lac, mai 2006.

Viollier, E. et 39 co-auteurs. Dynamique physique et hétérogénéités biogéochimiques dans un grand lac alpin (DYLACHEM): des solitions aux virus (Lac du Bourget, Savoie). Journées 2005 du programme ECCO, Toulouse, France, Décembre 2005.

INRA-DÉv : Fiche d'Activité chercheur 10/14

Jacquet, S. La cytométrie en flux appliquée à l’écologie virale aquatique : tentative de revue sur la question. Colloque SFM, Paris, novembre 2005.

Personnic, S., I. Domaizon and S. Jacquet. Dynamics and interactions of microbial communities in Lake Geneva with an emphasis on viruses. SAME 9, Helsinki, Finland, August 2005.

Briand, J.-F., S. Jacquet, C. Flinois et J.-F. Humbert. Influence des conditions environnementales sur la production de microcystines par Planktothrix rubescens (cyanobactérie). Colloque d’Ecologie Microbienne, Obernai, France, mai 2005.

Personnic, S., I. Domaizon, S. Jacquet. Dynamique des communautés microbiennes des lacs périalpins : impact des virus. Colloque d’Ecologie Microbienne, Obernai, France, mai 2005.

Bratbak, G., M. Heldal, A. Larsen, R.-A. Sandaa, F. Thingstad, R. Thyrhaug, C. Brussaard, S. Jacquet, X. Yan and W. Wilson. An overview of algal viruses. The 1st European Workshop on Aquatic Phage Ecology. Thonon, France, February 2005.

Jacquet, S., B. Delmas, U. Dorigo, C. Six, T. Sime-Ngando and B. Leberre. A new virus infecting freshwater PE-rich picocyanobacteria in French lakes. The 1st European Workshop on Aquatic Phage Ecology. Thonon, France, February 2005.

Dorigo, U., S. Jacquet and J.-F. Humbert. Cyanophage diversity in Lake Bourget. The 1st European Workshop on Aquatic Phage Ecology. Thonon, France, February 2005.

Domaizon, I., U. Dorigo, S. Personnic, J. Comte, A. Mbade Sene, A. Millery, D. Fontvieille and S. Jacquet. Assessment of protozoan predation impact on aquatic bacteria: in situ experimental approaches. Workshop on Freshwater microbial ecology: comparison of methods for measuring activity and interactions among microorganisms, Pallanza, Italy, October 2004.

Jardillier, L., D. Boucher, S. Personnic, S. Jacquet, A. Thénot, D. Sargos, C. Amblard and D. Debroas. Relative importance of nutrients and mortality factors on prokaryotic community composition in two lakes of different trophic status. Workshop on Freshwater microbial ecology: comparison of methods for measuring activity and interactions among microorganisms, Pallanza, Italy, October 2004.

Dorigo, U., D. Fontvieille, S. Jacquet and J.-F. Humbert. Use of DGGE and cloning-sequencing techniques for the assessment of the dynamic of microbial communities in alpine lakes. Workshop on Freshwater microbial ecology: comparison of methods for measuring activity and interactions among microorganisms, Pallanza, Italy, October 2004.

Jacquet, S and S. Duhamel. Flow cytometric anlaysis of viruses in lake sediments: case studies. Workshop on Freshwater microbial ecology: comparison of methods for measuring activity and interactions among microorganisms, Pallanza, Italy, October 2004.

Personnic, S., S. Duhamel, T. Sime-Ngado and S. Jacquet. Flow cytometry and methods to assess viral-induced mortality of bacterioplankton. Workshop on Freshwater microbial ecology: comparison of methods for measuring activity and interactions among microorganisms, Pallanza, Italy, October 2004.

Benthien, A., Riebesel, U., A. Engel, I. Zondervan, J. Hefter, B. Delille, J. Harlay and S. Jacquet. Alkenone carbon isotopes during a bloom of Emiliania huxleyi: Effects of CO2 concentration and production. ICP8

Briand, J.-F., S. Jacquet, C. Flinois, C. Avois-Jacquet, C. Maisonnette, C. Freissinet, B. Leberre, J.-P. Bosse and J.-F. Humbert. Variations in the microcystins production of Planktothrix rubescens (cyanobacteria) assessed by a four years in situ survey of Lac du Bourget (France) and by laboratory experiments. VI International Conference on Toxic Cyanobacteria, Bergen, Norvège, June 2004.

Jacquet, S. et 9 co-auteurs. Quantification et rôle fonctionnel des bactériophages en milieu lacustre (quelques cas d’étude en France). VIèmes Journées de l’Ecologie Fonctionnelle, Rennes, mars 2004.

Jacquet, S. et 8 co-auteurs. Changement global et efflorescences cyanobactériennes en France. GRISCYA, Paris, France, novembre 2003.

Dorigo, U., S. Jacquet et J.-F. Humbert. Diversité génétique des cyanophages dans le lac du Bourget. GRISCYA, Paris, France, novembre 2003.

Oberhaus, L, J.-F. Briand, J.-F. Humbert, S. Jacquet, C. Leboulanger, B. Tassin, B. Vinçon-Leite and N. Zevros. L’écologie de Planktothrix rubescens dans le lac du Bourget et le lac Léman: dynamique in situ, expériences en laboratoire et modélisation. GRISCYA, Paris, France, novembre 2003.

Freissinet, C., A. Cabal, C. Guilbaud, J.-F. Humbert, S. Jacquet, C. Leboulanger, A. Groleau, C. Quiblier, F. Prévot, B. Tassin, B. Vinçon-Leite and G. Paolini. SACYTOX: an alert system prototype for early detection of cyanobacterial blooms. SEFS, 3rd Symposium for European Freshwater Sciences, Edinburgh, UK, July 2003.

Jacquet, S., P. Dufour, J.-C. Druart, J.-F. Briand, C. Bernard and J.-F. Humbert. Global change and cyanobacterial blooms in French freshwater ecosystems. The international conference on “ The impact of global environmental problems on continental and coastal marine waters”, Geneva,

INRA-DÉv : Fiche d'Activité chercheur 11/14

Switzerland, July 2003. Oberhaus, L, C. Avois-Jacquet, J.-F. Briand, J.-F. Humbert, S. Jacquet, G. Paolini, B. Leberre, C.

Leboulanger, B. Tassin, B. Vinçon-Leite and N. Zevros. The ecology of Planktothrix rubescens in Lake Bourget and Lake Geneva: in situ dynamics, laboratory experiments, and modelling. ENS Paris, France, June 2003.

Dorigo, U., S. Jacquet et J.-F. Humbert. Diversité génétique des cyanophages dans le lac du Bourget. CILEF, Montréal, Canada, Juillet 2003.

Engel, A., C. Heemann, M. Schartau, U. Schneider, S. Thoms, B. Dellile, S. Jacquet, U. Riebesell and I. Zondervan. Transparent exopolymer particles (TEP) production by marine phytoplankton in response to increasing CO2. Meeting / Conference: EGS-AGU-EUG Joint Assembly, Nice, France, April 2003.

Delille, B., J. Harlay, I. Zondervan, S. Jacquet, L. Chou, R. Wollast, A.V. Borges, M. Frankignoulle, U. Riebesell and J.-P. Gattuso. Organic and inorganic carbon production of coccolithophorids Emiliana huxleyi under different atmospheric pCO2 during a mesocosm experiment. Meeting / Conference: EGS-AGU-EUG Joint Assembly, Nice, France, April 2003.

Zonderval, I. and 18 co-authors. Biological responses to CO2-related changes in seawater carbonate chemistry during a bloom of Emiliania huxleyi. Meeting / Conference: EGS-AGU-EUG Joint Assembly, Nice, France, April 2003.

Humbert, J.-F., S. Jacquet, P. Dufour, J.-F. Briand, L. Oberhaus and B. Leberre. Dynamique et génétique des populations de cyanobactéries en milieu lacustre. Conférences INRA sur la Microbiologie, Paris, France, Mai 2003. Posters

Berdjeb, L., I. Domaizon et S. Jacquet. Effet des virus et des flagellés hétérotrophes sur les ressources nutritives, la matière organique dissoute, la dynamique, l’activité et la structure des communautés microbiennes lacustres. Journées des doctorants INRA EFPA, Nouan-le-Fuzelier, Février 2007.

Rolland, A. and S. Jacquet. Phytoplankton structure and dynamics in the reservoir Marne. Congress Man & Rivers II, Paris, Decembre 2006.

Bouvier, T., Y. Bettarel, C. Bouvier, M. Bouvy, I. Domaizon, E. Fouilland, E. Le Floc’h, S. Jacquet, H. Montanié, B. Mostajir, J. Nougier, T. Sime-Ngando, J.-P. Torreton, M. Trousselier et F. Vidussi. Effet des virus sur la diversité bactérienne: comparaison avec d’autres facteurs structurants. Colloque « Développement récent de la Recherche en environnement côtier », Nantes, France, juin 2006

Jacquet, S., D. Debroas, T. Sime-Ngando, T. Boissière, C. Mallet et S. Duhamel. Etude des virus, des eubactéries et des archées dans les sédiments du lac du Bourget. Colloque « autour du lac du Bourget », Le Bourget-du-lac, France, mai 2006.

Personnic, S., I. Domaizon, S. Jacquet. Impacts de la lyse virale et de la prédation sur les communautés bactériennes du lac du Bourget. Colloque « autour du lac du Bourget », Le Bourget-du-lac, France, mai 2006.

Jacquet, S., D. Debroas, T. Sime-Ngando, T. Boissière, C. Mallet et S. Duhamel. Etude des virus, des eubactéries et des archées dans les sédiments du lac du Bourget. Journées 2005 du programme ECCO, Toulouse, France, décembre 2005.

Sime-Ngando, T., S. Jacquet et I. Domaizon. VIRULAC: Dynamique et rôle des virus dans le fonctionnement des réseaux trophiques lacustres. Journées 2005 du programme ECCO, Toulouse, France, décembre 2005.

Jacquet, S. and S. Duhamel. Flow cytometric analysis of bacteria and viruses in lake sediments. 4th Algal Virus Workshop, Amsterdam, The Netherlands, April 2005.

Personnic, S., I. Domaizon, A. Millery and S. Jacquet. Dynamics and interactions within the microbial communities of lake Geneva with a dominant viral axis. The 1st European Workshop on Aquatic Phage Ecology. Thonon, France, February 2005.

Personnic, S., I. Domaizon, S. Duhamel and S. Jacquet. Enumerating aquatic viruses and assessing their role as mortality agents of bacterial populations using FCM and TEM. 1st Meeting of Swiss Microbial Ecologists, Neuchatel, Switzerland, September 2004.

Freissinet, C., O. Bertrand, J.-F. Humbert, S. Jacquet, A. Groleau, F. Prévost, B. Tassin, B. Vinçon-Leite, N. Zervos, G. Paolini and A-B. Delmas. Prototype warning system for toxic cyanobacteria proliferation in lakes: diagnostic and forecasting (SACYTOX). 6th Water Symposium, Cannes, France, June-July 2004.

Jacquet, S., B. Leberre, G. Paolini and J.-F. Humbert. Variations in the spatial distribution of Planktothrix rubescens in lac du Bourget (France). 6th International Congress on Toxic Cyanobacteria, Bergen, Norway, June 2004.

INRA-DÉv : Fiche d'Activité chercheur 12/14

Briand, J.-F., L. Oberhaus, C. Leboulanger, S. Jacquet and J.-F. Humbert. Croissances comparées de deux cyanobactéries : Planktothrix agardhii et P. rubescens soumises à diverses quantités et qualités de lumière. CILEF, Montréal, Canada, Juillet 2003.

Comte, J., S. Jacquet, D. Fontvieille and I. Domaizon. Etude préliminaire du réseau trophique microbien dans le lac du Bourget (Savoie, France). CILEF, Montréal, Canada, Juillet 2003.

Dorigo, U., S. Jacquet and J.-F. Humbert. Dynamics and diversity of heterotrophic bacteria in Annecy, Bourget and Geneva lakes. 1st FEMS Symposium, Ljubljana, Slovenia, June 2003.

Briand, J.-F., L. Oberhaus, J.-F. Humbert, C. Leboulanger et S. Jacquet. Etude de l’influence de la qualité et de la quantité de lumière sur la croissance de Planktothrix rubescens et P. agardhii (cyanobacteria). Conférences INRA sur la Microbiologie, Paris, France, Mai 2003.

Dorigo, U., S. Jacquet et J.-F. Humbert. Dynamique et diversité des communautés bactériennes hétérotrophes dans les 3 lacs sub-alpins : Annecy, Bourget, Léman. Conférences INRA sur la Microbiologie, Paris, France, Mai 2003.

Delille B., J. Harlay, L. Chou, J.-P. Gattuso, S. Jacquet, U. Riebesell, R. Wollast, I. Zondervan and M. Frankignoulle. Calcification and organic production of coccolithophorids Emiliana huxleyi under different atmospheric pCO2 in a mesocosm experiment. International Open Science Conference on Oceans: Ocean biogeochemistry and ecosystems analysis, Paris, France, January 2003.

4. Instruments pour la recherche mis à disposition de communautés scientifiques (logiciels,

bases de données, matériel biologique...) - Algothèque de Thonon (responsable) ; - Sonde spectrofluorimétrique bbe avec l’IIBRBS (expertise) ; - Cytométrie en flux (responsable) et je fais moi-même les analyses pour toute demande extérieure ; - site web personnel avec toutes les publications de l’équipe EMA en ligne.

5. Produits, documents et publications destinés à des utilisateurs de la recherche

(professionnels, partenaires institutionnels...) - Typiquement, ce qui sortira de la thèse (contrat CIFRE) d’Anne Rolland pour le GREBE et

l’IIBRBS.

6. Produits destinés à un public large ; documents à vocation pédagogique - La mise en ligne des séminaires de la Station quand j’en étais l’animateur. - Site web personnel avec mise en ligne d’informations, publications, cours, diaporamas, etc

7. Documents relatifs à l'animation de la recherche, à son évaluation, à sa gestion

- Site web personnel avec mise en ligne d’informations, publications, cours, diaporamas, etc - Animateur des réunions et comptes-rendus de la mise en place du stage de formation à l’habilitation de chef de plongée scientifique du CNRS à Villefranche-sur-mer en 2008.

6. Synthèse et avis du responsable scientifique (DU) S Jacquet est un jeune collègue sympathique, dynamique et ambitieux. Son travail sur les virus lui donne une renommée certaine qu’il convient de continuer à cultiver et qui peut devenir un atout pour l’équipe d’Ecologie Microbienne Aquatique. Je souhaiterais en tant que DU que son travail scientifique aboutisse aussi à des vues globales sur les écosystèmes pélagiques. L’intérêt de S Jacquet pour la direction des recherches est clairement marqué, d’où un HDR déjà obtenu, une activité d’encadrement importante, des initiatives de collaboration externes et internes souvent intéressantes pour le labo, une contribution aux animations scientifiques, une réussite certaine pour la gestion du « programme Bourget » que je lui ai confié (ce programme est un volet important de l’Observatoire des lacs géré par l’UMR), un intérêt pour le développement de mésocosmes…. Tout cela se fait (et doit continuer à se faire) en concertation avec la DU. Selon moi, l’ambition évoquée ci dessus, développer une vue synthétique des écosystèmes, compléterait et conforterait élégamment cet ensemble d’activités. La participation aux animations scientifiques internes et aux projets d’unité est appréciée.

INRA-DÉv : Fiche d'Activité chercheur 13/14

Responsable de l'entretien Directeur d'Unité

Prénom, Nom Jean-Marcel DORIOZ Jean-Marcel DORIOZ

Date 28 août 2007 28 août 2007 7. Observations et message personnel à la commission

- j’avais fait la demandé d’un séjour long à l’étranger (1 an en Australie) qui avait été accepté par l’INRA. Pour des raisons personnelles, j’ai du différer à plus tard ce désir de partir. - j’avais demandé à mon chef de département si je pouvais profiter de cette évaluation pour

demander l’avancement au grade de DR2, pensant répondre aux différents critères exigés. Il m’a été conseillé d’attendre.

INRA-DÉv : Fiche d'Activité chercheur 14/14

INRA Evaluation des chercheurs 2007

CSS Biologie des Populations et des Ecosystèmes

Disciplines Ecologie (SV20)

Sciences de l’environnement/Ecosystèmes (SV21)

Rapport d’activités 2003-2007

Stéphan JACQUET Equipe d’Ecologie Microbienne Aquatique

Station INRA d’Hydrobiologie Lacustre UMR CARRTEL (INRA – Université de Savoie)

Département Ecologie des Forêts, Prairies et Milieux Aquatiques

SHL INRA, 75 Avenue de Corzent, 74203 Thonon-les-Bains cedex

Curriculum vitae de 2 pages Morceaux choisis

Etat civil Né le 18 juillet 1971 à Cannes (Alpes Maritimes) – 36 ans Nationalité française Service national effectué sous les drapeaux (sous officier dans les communications) en 1994-95 Marié depuis 2001, père d’1 enfant de 5 ans Diplômes et titres

Chargé de recherche 1ère classe à l’INRA (depuis juillet 2005) HDR de l’Université de Savoie (depuis septembre 2005) Docteur de l’Université de Paris 6 en Océanologie Biologique et Environnement Marin

Quelques fonctions actuelles

Chercheur à la Station INRA d’Hydrobiologie Lacustre de Thonon-les-Bains (UMR 42 CARRTEL) dans l’Equipe d’Ecologie Microbienne Aquatique Thème de recherche: Dynamique et diversité des communautés microbiennes et virales lacustres Responsable du volet portant sur la boucle microbienne et l’écologie virale lacustre

Responsable scientifique des campagnes de prélèvement sur le lac du Bourget Co-animateur d’équipe (Co)-Directeur de trois thèses Membre externe de la commission de spécialistes de l’Université de Savoie (sections 64-68) « Guest Editor » pour la revue Freshwater Biology (issue spéciale en préparation sur les virus)

Formations antérieures 2001-2005 Chargé de Recherche 2nde classe à la Station INRA de Thonon-les-Bains 2000-2001 Post-doctorat à l'Université de Bergen (Norvège) : Ecologie des virus de microalgues 1996-2000 Thèse de l’Université Pierre et Marie Curie (Paris 6) : Dynamique des populations

picoplanctoniques marines D.E.A. d'Océanologie Biologique (Paris 6)

1993-1995 Service militaire national, Habilitation secret défense A.E.A. d'Océanologie Biologique Soigneur-dresseur de mammifères marins (Marineland d’Antibes)

1992-1993 Maîtrise de Biologie des Populations de l’Université Pierre et Marie Curie 1991-1992 Licence de Biologie des Organismes de l’Université Pierre et Marie Curie 1989-1991 D.E.U.G. de Biologie de l’Université de Nice Sophia-Antipolis Missions scientifiques (2003-2007)

Impact de la salinité sur les relations virus-bactéries, Sime-Saloum, Dakar, mai 2007 Impacts de la température et des UV sur les relations virus-bactéries, Etang de Thau, Sète, avril 2006 Impact des UV sur la boucle microbienne, lac Léman, Août 2005. Responsable Campagnes DYLACHEM, lac du Bourget, juin et décembre 2004. Responsable Campagnes d’expériences in situ sur le lac du Bourget, mars, mai et août 2003. Responsable

Activités de vulgarisation et communications de la recherche (2003-2007)

Articles pour INRA mensuel (n°122, 2005), le Courrier de l’Environnement (n°53, 2006), La Recherche (n° 407, 2007), Les Dossiers de la Recherche (n° 28, 2007), Nature et Patrimoine en Pays de Savoie (n° 21, 2007)

Interview pour la télévision, TV8 Mont-Blanc (juillet 2004) Interview dans le point : « spécial Thonon » (janvier 2005) Interview pour le magazine « terre sauvage » Spécial Lac du Bourget (mars 2005) Interview pour la chaîne de télévision DIRECT8 (juillet 2005)

Publications et Communications

32 articles publiés de rang A, 8 articles en révision ou soumis, 10 articles en préparation 58 communications orales & 24 posters

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Activités administratives et animation scientifique Co-animateur du projet de création d’un ORE Lacs subalpins Responsable du laboratoire de cytomètre en flux Membre des conseils de réflexion locale (base de données lacustres, INTERNET) Créateur des « Séminaires de la SHL » sur une base mensuelle (mais n’en suis plus l’animateur) Co-animateur d’équipe Animateur du 1st European Workshop on Aquatic Phage Ecology (2-4 février 2005, Thonon) Animateur du réseau français des écologistes viraux aquatiques (décembre 2005) Animateur du colloque Autour du lac du Bourget (15-17 mai 2006, le Bourget du Lac) Membre élu du conseil scientifique du comité de bassin du lac du Bourget (depuis 2006) Membre externe de la commission de spécialistes de l’Université de Savoie (sections 64-68)

Contrats d’aide à la recherche (2002-2007) 2002 :

La Fondation pour la Recherche Médicale : dynamique et diversité virale lacustre Projet fléché INRA : fonctionnement & achat d’une caméra CCD refroidie Financement par l’INRA et l’Université de Savoie pour l’achat d’un cytomètre en flux

2003 : Projet ECCO DYLACHEM. Resp. E Viollier (Université Paris 7) Bourse doctorale MRT pour Sébastien Personnic

2004 : Suivi de la qualité des eaux du lac du Bourget 2004-2005 (contrat CISALB) Programme Emergence de la Région Rhône Alpes sur la Dynamique et la diversité bactérienne

lacustre. Resp. JF Humbert Projet ECCO VIRULAC. Resp. T Sime-Ngando (Université Clermont-Ferrand 2)

2005 : Projet innovant du département EFPA sur les UV European Science Fundation pour l’organisation du colloque EWAPE-1 Université de Savoie pour l’organisation du colloque EWAPE-1 Département EFPA de l’INRA pour l’organisation du colloque EWAPE-1 Conseils régionale Rhone-Alpes et général Haute Savoie pour l’organisation du colloque EWAPE-1 Bourse doctorale CIFRE pour Anne Rolland

2006 : Suivi de la qualité des eaux du lac du Bourget 2006 (contrat CISALB) Bourse doctorale coopération franco-algérienne pour Lyria Berdjeb

2007 : Suivi de la qualité des eaux du lac du Bourget 2007 (contrat CISALB) Projet ANR Biodiversité AQUAPHAGE. Resp. M Weinbauer Projet régional CIBLE PARAPHY. Co-Resp. avec I Domaizon

« Reviewer » régulier dans revues internationales de rang A Aquatic Microbial Ecology, FEMS Microbiology Ecology, Journal of Plankton Research, Freshwater Biology, Limnology & Oceanography, etc Encadrement d’étudiants avec rapports diplômants (2003-2007)

Lyria BERDJEB. Août 2006 - …. Thèse de l’Université de Savoie Lyria BERDJEB. Février – juillet 2006. Stage de MASTER 2 Anne ROLLAND. Août 2005 - …. Thèse de l’Université de Savoie Bérengère TITTOT. Avril - septembre 2005. Stage de MASTER 2 Maria CELLAMARE. Février – juillet 2005. Stage de MASTER 2 Solange DUHAMEL. Février - juillet 2004. Stage de DEA Bérengère TITTOT. Avril - juillet 2004. Stage de MASTER 1 Sébastien PERSONNIC. Septembre 2003 – octobre 2007. Thèse de l’Université de Savoie Sébastien PERSONNIC. Février à juillet 2003. Stage de DEA

Divers Chef de Plongée scientifique du CNRS depuis 1997 et Formateur depuis 1998 (2 semaines par an)

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Rapport d’activités Stéphan JACQUET

Dans les quelques pages qui suivent, j’ai essayé de poser sur le papier la réflexion sur mon activité de

recherche pendant ces 4 dernières années, de la positionner dans les différents projets collectifs auxquels elle

a contribué ou continue de le faire. J’ai essayé d'éclairer autant que faire se pouvait mes choix par les

éléments de contexte, les objectifs, les problématiques de recherche poursuivies. Dans tous ces projets

collectifs, j’ai précisé ma contribution et ma responsabilité. Au travers du texte qui suit, j’ai donc tenté de

montrer la cohérence et la dynamique de mes différentes activités, de leurs interactions, des nouvelles

questions ou orientations de recherche qu’elles ont pu générer. L’emploi du « je » est volontaire et ai utilisé

ci-dessous à bon escient, autant que faire se peut. A chaque fois que nécessaire, il a été rendu à César ce qui

est à César.

Mes travaux de recherche ont pour problématique générale la compréhension de la structure et du

fonctionnement des communautés microbiennes lacustres avec un regard plus particulier porté sur les virus.

Ce cadre général permet de s’intéresser à un certain nombre de thématiques, qui in fine, doivent permettre

d’approfondir nos connaissances sur les relations entre les bactéries et le phytoplancton, d’explorer les

relations entre les virus et les bactéries ou les virus et le phytoplancton, revoir la relation entre les proies et

les prédateurs en fonction des relations précédemment évoquées, déterminer les principaux facteurs

environnementaux qui influencent les relations précédentes au sein des réseaux trophiques, comparer l’effet

de ces facteurs pour différents écosystèmes aquatiques, etc... Ces questions sont au cœur des préoccupations

de l’équipe d’Ecologie Microbienne Aquatique dont la problématique est d’évaluer la diversité, la

dynamique et le fonctionnement des communautés microbiennes, des virus aux protistes, et au coeur des

préoccupations de l’unité qui s’intéressent au rôle fonctionnel de la biodiversité, aux microorganismes

comme indicateurs des changements locaux et plus globaux, etc.

En effet, Ce travail s’inscrit dans une problématique générale d’étude de la structure et du

fonctionnement des réseaux trophiques pélagiques en milieu lacustre. La connaissance de la dynamique des

communautés microbiennes, de leurs facteurs de régulation, et des modalités de transfert de la matière au

sein des réseaux trophiques est indispensable à la compréhension du fonctionnement des écosystèmes et de

leur évolution face aux changements environnementaux locaux (pollution, eutrophisation, invasion

biologique, etc.) ou plus globaux (hausse des températures, accroissement du rayonnement ultraviolet,

impact des molécules xénobiotiques, etc.). L’une des étapes clés pour progresser dans cette connaissance est

l’acquisition de données concernant la dynamique des communautés planctoniques pouvant être reliée à

l’évolution des diverses variables d’état caractérisant les systèmes limniques. Si les communautés

phytoplanctoniques et zooplanctoniques ont bénéficié des nombreux efforts de suivis pour acquérir des séries

chronologiques concernant leur évolution spatio-temporelle au sein des lacs péri-alpins, il n’en a pas été pas

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de même pour les communautés microbiennes. Les bases de données disponibles étaient rares voire

inexistantes pour les communautés bactériennes, les communautés picoplanctoniques dans leur ensemble et

les communautés virales en particulier avant mon arrivée à Thonon.

Il me semble important de rappeler ici, et dans un premier temps, le cursus que j’ai choisi ou qu’il

m’a été donné de choisir librement au sein de la Station INRA d’Hydrobiologie lacustre. A l’origine, mon

recrutement a été associé au déterminisme d’apparition, de maintien et de déclin des efflorescences

cyanobactériennes avec une attention plus particulière portée au cas de la cyanobactérie filamenteuse et

toxique, Planktothrix rubescens qui prolifère régulièrement dans le lac du Bourget. L’équipe dans laquelle

j’arrivais (septembre 2001) s’appelait alors Dynamique et Evolution des Communautés Phytoplanctoniques

(DECOP). Avec Jean-François Humbert, l’animateur de cette équipe à l’époque, nous avons rapidement

compris que notre équipe se devait désormais d’évoluer vers la connaissance de la boucle microbienne, c'est-

à-dire des bactéries hétérotrophes et des protistes flagellées et ciliés pour affiner notre approche concernant

l’analyse des microorganismes au sein des lacs péri-alpins. Je ne crois pas trop me tromper en disant que

mon arrivée à Thonon a véritablement permis de changer ou du moins de favoriser ce changement de cap. Je

me suis alors beaucoup rapproché d’Isabelle Domaizon, Maître de Conférences à l’Université de Savoie,

pour que nos compétences puissent servir ensemble à l’élaboration de projets communs. Cette association

existe toujours et plus que jamais aujourd’hui (voir plus bas). A la fin de l’année 2002, notre équipe est donc

logiquement devenue l’équipe de Microbiologie Aquatique (MA) mais de mon point de vue, cette

dénomination était trop générale et ne rendait pas spécifiquement compte de nos activités. J’ai proposé en

2006 que nous nous prenions le nom d’équipe d’Ecologie Microbienne Aquatique (EMA) et que nous

adoptions aussi l’acronyme anglo-saxon GAME pour Group of Aquatic Microbial Ecology.

Dès 2002, en même temps que commençait la première thèse à Thonon portant sur l’écologie des

bactéries hétérotrophes, la thématique « virale » était initiée. Il me semblait en effet important de considérer

tout de suite ce compartiment biologique de part son importance potentielle sur la structure et le

fonctionnement des communautés microbiennes présentes au sein des lacs péri-alpins. En plus de cela, je

revenais d’un stage post-doctoral fait à Bergen sur l’écologie des virus de microalgues marines et le constat

était que seule une équipe (celle de Télesphore Sime-Ngando basée à Aubière au sein du laboratoire de

Biologie des Protistes) travaillait sur les virus des milieux dulçaquicoles en France. J’ai eu la chance de

pouvoir équiper cette même année la Station d’un laboratoire de Cytométrie en Flux et commencer à aider à

l’achat d’appareils (DGGE) pour mettre en place l’actuel laboratoire de Biologie Moléculaire, permettant in

fine de développer sereinement cette nouvelle thématique de recherche à Thonon : l’écologie des virus

aquatiques.

Au cours de ces 4 dernières années, nous avons pu montrer combien les virus étaient importants du

point quantitatif et fonctionnel (en tant qu’agents de mortalité bactérienne) au sein de nos lacs. Les bases du

travail ayant été jetées, j’ai envie de dire qu’il nous reste tout à faire aujourd’hui concernant l’effet de ces

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parasites sur la dynamique, la diversité, l’activité et la mortalité des bactéries et du phytoplancton, sur la

redistribution de la MOD, etc (voir plus bas les perspectives).

Ce qui est important, c’est que doucement mais sûrement, j’ai réussi à faire connaître l’INRA de

Thonon pour cette thématique qui n’emploie pourtant que très rarement quelqu’un à temps plein (je suis le

seul et ai beaucoup d’autres taches), étudiants mis à part. En 2005, j’ai proposé à la communauté

internationale européenne d’organiser le premier congrès européen sur l’écologie des phages aquatiques et la

chance m’a sourit puisque j’ai réussi à obtenir près de 25 000 Euros, autorisant sous l’égide de l’ESF

(European Science Fundation) l’organisation et l’animation d’EWAPE-1 (1st European Wokshop on Aquatic

Phage Ecology). Au cours de ce congrès qui réunissait aussi pour la première fois quelques équipes

françaises naissantes dans cette thématique (exception faite de celle de Télesphore Sime-Ngando) sur un

même site, nous avons pu décider de la mise en place d’un réseau national et je me suis chargé de trouver les

équipes françaises, de les contacter, de le réunir et de faire naître à la fin de la même année RAVIE (Réseau

français des Aqua-VIrologues en Ecologie) devenu en 2007 RAVAGE (Réseau frAnçais des Virologues

Aquatiques, en Génomique et Ecologie) pour tenir compte d’aspects moins écologiques. Début 2007, deux

jours de congrès ont été organisés, réunissant 13 équipes. Aujourd’hui, la concrétisation de ces colloques et

création de réseau est l’obtention d’un projet ANR Biodiversité (AQUAPHAGE) pour la période 2008-2010

(porté par Markus Weinbauer) et d’un projet régional (PARAPHY) pour la période 2007-2009 (porté par

Isabelle Domaizon et moi-même) qui vont permettre d’avancer considérablement sur le plan scientifique car

permettant le recrutement de MASTER2 et post-doc. Un autre type de concrétisation est la reconnaissance

qui s’entrevoit au travers :

- d’invitations à donner des conférences (à l’Institut Pasteur de Paris en France ou à l’étranger [Suisse,

Autriche]) ;

- à la participation à des missions sur le terrain (VIRBAC organisé par Thierry Bouvier à Sète sur

l’étang de Thau, VIRDAK organisé par Yvan Bettarel sur le fleuve Sime Saloum à Dakar au Sénégal) ;

- à la révision de projets francophone (ECCO) ou étrangers (Ministère Luxembourgeois, la National

Science Fundation, la European Science Foundation) ;

- à de l’expertise-conseil (faite récemment pour des producteurs de spiruline ayant connu des mortalités

brutales et massives au sein de leur culture dans le sud de la France) ;

- et l’acceptation du journal Freshwater Biology (IF=2.502) de me laisser mettre en place une issue

spéciale intitulée « freshwater viral ecology ». Ce travail éditorial, très coûteux en temps, aura été

passionnant et il permettra je pense de mettre une nouvelle fois en avant la dynamique thononaise.

Je mesure aujourd’hui en écrivant ces quelques lignes la chance que j’ai eu de pouvoir réaliser tout cela

et d’entrevoir de manière assez claire l’avenir tant sur l’aspect de la recherche fondamentale générant des

connaissances que sur ce que doit/peut être ma contribution à la vie et au fonctionnement de collectifs, à

l’enseignement, à l’expertise, à l'interaction science-société qui me parait indispensable et à laquelle j’attache

beaucoup d’importance au travers par exemple de la publication régulière d’articles de vulgarisation.

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Ainsi les perspectives que j’envisage, pour la thématique liée à l’écologie virale, pour les 2-4

prochaines années sont les suivantes :

- relier dynamique et diversité bactérienne et virale, et travailler sur le rôle fonctionnel des

virus bactériophages au sein de nos écosystèmes. Ce projet sera réalisé au travers d’outils

comme la cytométrie en flux, la DGGE et la PFGE que j’ai pu acquérir entre 2002 et 2006.

Des paramètres très importants comme les taux de perte, de renouvellement et de production

des virus seront mesurées ainsi que la proportion de bactéries lysogènes. L’ensemble de ces

questions sera traité pour répondre au programme AQUAPHAGE (ANR Biodiversité) grâce

notamment au recrutement d’un chercheur post-doctoral pendant 2 ans et un MASTER2. Les

partenaires de cette belle aventure à venir sont : Markus Weinbauer (CNRS, Villefranche-

sur-mer), Télesphore Sime-Ngando (CNTS, Aubière), Thierry Bouvier (CNRS,

Montpeliier), Yvan Bettarel (IRD, Dakar), Hélène Montanié (Université, La Rochelle),

Michael DuBow (Université, Orsay). Aucune difficulté n’est entrevue.

- s’intéresser plus précisément au parasitisme des producteurs primaires tant il est vrai que

l’on ne sait rien du rôle des parasites viraux, bactériens et eucaryotes sur la dynamique et la

diversité phytoplanctonique. Cette constatation va bien au-delà de l’échelle locale et peut

être qualifiée de mondiale. Cet problématique est le coeur du projet PARAPHY, financé par

la Région Rhone-Alpes et qui se fera avec Isabelle Domaizon (Université, Bourget-du-Lac)

et Didier Debroas (Université, Aubière). Une thèse portant sur les parasites eucaryotes (avec

I Domaizon) sera financée ainsi qu’un MASTER2 travaillant sur les virus (avec moi). Pour

le moment, nous n’avons pas encore mis en place la stratégie opérationnelle et les difficultés

à surmonter pourraient venir des approches expérimentales à mettre en place pour ce type de

projet.

- étudier certains processus clefs tels que l’impact des virus (comparativement aux

protozoaires) sur la dynamique de la matière (MOD) et des nutriments inorganiques et

l’influence de cet impact sur la diversité bactérienne. Ce projet est celui de la thèse de Lyria

Berdjeb (2007-2009) qui est en fin de première année. Les difficultés ont été très largement

surmontées par l’étudiante du point de vue pratique et technique. J’envisage quelques

difficultés néanmoins pour la valorisation à venir (écriture d’article) mais c’est souvent le

cas lorsque l’on démarre une thèse, et peut être aussi l’interprétation des données issues de la

spectrofluorimétrie tridimensionnelle. Une autre difficulté à laquelle j’ai d’ores et déjà

commencé à m’atteler est celui du financement de cette thèse. Lyria bénéficie en effet d’une

bourse franco-algérienne (bourse dite de coopération) d’une durée totale de 4 ans. Lyria

ayant du intégrer le cursus français en MASTER première année, cela a imputé dès lors son

financement de thèse d’une année. Ce travail de thèse devra être mené à son terme, ce qui

nécessitera 3 années complètes pour postuler au diplôme de doctorat de l’Université de

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Savoie dont elle dépend. La question de la dernière année de financement a donc du être

envisagée et je n’ai pas encore trouvée la solution définitive.

- un peu en parallèle de la thématique purement viral, il y a un autre projet auquel nous

croyons fermement avec I Domaizon, qui est celui de relier boucle microbienne et

métazooplancton. La dynamique des communautés microbiennes ne peut se concevoir qu’en

considérant l’ensemble des relations entre microorganismes. Aujourd’hui, les relations de

type proie-prédateur entre les composantes de la boucle microbienne et le métazooplancton

(que l’on sait être potentiellement importantes) ne sont pas ou très rarement prises en

compte. Une perspective de recherche intéressante serait donc d’étudier finement les

relations existant entre la structure et le fonctionnement de la boucle microbienne et du

métazooplancton pélagique des lacs péri-alpins. Fondamentalement, ce type de projets aurait

pour objectif d’établir quels sont les liens entre réseaux trophiques microbiens (RTM) et

réseaux trophiques herbivores (RTH), comment ces interactions varient dans le temps,

comment la structure du métazooplancton affecte la dynamique, l’activité et la diversité des

communautés microbiennes et quelles sont les interactions et cascades trophiques qui en

découlent. Ce lien entre RTM et RTH n’a été que peu exploré à l’échelle mondiale et pas du

tout dans nos lacs. Idéalement, ce type de projet pourrait se faire au travers de la mise en

place d’une plateforme expérimentale autorisant des expériences en grand volume

(typiquement des mésocosmes). Elle permettrait ainsi d’étudier les interactions entre toutes

les communautés pélagiques (virus, bactéries, protozoaires, phytoplancton, zooplancton, ...)

mais aussi en réponse aux forçages environnementaux physiques, chimiques et

météorologiques. La plate-forme pourrait également être un support pour des

expérimentations en microcosmes qui permettent d’étudier certains processus spécifiques

(impact de la prédation de manière ciblée, impact de la lyse virale, etc). Un projet baptisé

INTERPEL-MESO (INteractions Trophiques Et Régulation dans les Réseaux Planctoniques

Des Ecosystèmes Lacustres : approche en MESOcomes) a d’ores et déjà été construit et nous

voulions le soumettre à l’appel d’offre EC2CO cette année, choix finalement non fait pour

cause de quelques difficultés techniques locales et aussi de l’impossibilité en tant qu’INRA

de porter le dit-projet (la personnalité CNRS associé ne voulant le porter elle-même pour le

moment).

Parmi les autres activités, dont j’aimerais faire état dans ce rapport et pour être le plus complet possible, il

y a :

- la direction de la thèse d’Anne Rolland ;

- la responsabilité scientifique du suivi de la qualité des eaux du lac du Bourget.

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Le travail de thèse d’Anne Rolland qui porte sur la dynamique et la diversité phytoplanctonique du lac

réservoir Marne (donc très loin de Thonon) est un peu en marge du travail précédemment cité. Il n’en est pas

moins intéressant pour plusieurs raisons. En effet :

- il m’a permis de me familiariser avec la mise en place d’un contrat CIFRE ;

- il m’a permis de mettre en place des relations entre scientifiques, bureau d’étude, agence de

l’eau, institution départementale et gestionnaires ;

- il permet de faire le lien entre recherche fondamentale et appliquée avec des objectifs

opérationnels clairs ;

- etc...

A l’origine de la mise en place de ce projet, il y a une personne : A Rolland, étudiante motivée, douée et aux

relations humaines exceptionnelles ayant montré un désir fort de réaliser une thèse de doctorat. A l’époque

(2005), aucune possibilité de financement pour travailler sur un sujet « local » ne semblait possible. Via nos

relations (surtout celles de JC Druart), nous avons donc tenté d’élaborer et proposer un projet en accord avec

les compétences de l’impétrante. C’est ainsi qu’une collaboration est née entre le GREBE (Bureau d’Etude

en Environnement à Lyon) et l’IIBRBS (l’Institut Interdépartemental des Barrages du Bassin de la Seine à

Paris) faisant suite à quelques coups de téléphones, réunions et surtout l’acceptation du projet par l’Agence

Nationale de la Recherche Technique (contrat CIFRE). L’investissement en valait la peine pour toutes les

raisons évoquées ci-dessus et aussi parce qu’A Rolland a depuis largement démontré sa motivation et ces

capacités au travail. Avant la thèse d’A Rolland, l’écologie du lac Marne a été un peu étudiée mais force a

été de constater que les protocoles mis en place pour le suivi biologique de la qualité des eaux étaient

insuffisants voire faux. A l’évidence, le travail d’A Rolland va apporter considérablement à l’IIBRBS sur des

aspects aussi bien techniques (utilisation de moyens de prélèvement et de monitoring adéquats, modification

des outils pour les analyses chimiques) et scientifique (diversité phytoplanctonique précise, répartition

spatiale des organismes, dynamique temporelle, fonctionnement écologique sur deux années), tout ceci

s’inscrivant pleinement dans le contexte de la Directive Cadre sur l’Eau. Enfin, notez qu’A. Rolland a mis en

place une collaboration de travail avec des collègues mathématiciens pour tenter d’interpréter au mieux ses

données. Les difficultés inhérentes à ce travail de thèse ont surtout porté sur des questions financières qu’il a

fallut résoudre au fur et à mesure. A ce jour, j’ai toujours trouvé une solution acceptable.

En 2006, je suis devenu officiellement le responsable scientifique du suivi de la qualité des eaux du

lac du Bourget. Je m’occupe donc du contrat de recherche avec le CISALB qui définit le calendrier des

prélèvements, les paramètres à récolter et analyser, le cahier des charges, l’animation des personnes

concernées par les prélèvements, l’analyse et la restitution d’un rapport annuel. Ce suivi scientifique peut

permettre aux gestionnaires du lac du Bourget de renforcer si besoin des actions particulières liées à la

politique de restauration de cet écosystème. Tout comme le projet de thèse d’A Rolland, évoqué ci-dessus, ce

travail me permet de faire le lien entre recherche fondamentale et appliquée, faire des propositions concrètes

au syndicat gestionnaire du lac du Bourget. Cette année, j’ai intégré le comité scientifique du comité de

bassin où se côtoient scientifiques, gestionnaires, agence de l’eau, politiques, etc

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Pour conclure, de CR2 à CR1 en passant par l’HDR de l’Université de Savoie, j’essaie aussi de

mener ma carrière personnelle en terme d’évolution. Dans les 2-4 prochaines années, c'est-à-dire avant l’âge

de 40 ans, j’aimerais avoir la possibilité de :

- concrétiser mon souhait de réaliser un séjour long à l’étranger. J’avais postulé avec succès

auprès de l’INRA en 2007 pour travailler 11 mois en Australie. J’ai du annuler mon départ

pour raison familiale mais je garde l’envie et l’espoir de vivre cette expérience unique,

scientifique et humaine, à l’étranger. - postuler à l’avancement au grade de DR2. A la vue des critères exigés, mon sentiment est

que ce souhait est tout à fait envisageable et surtout correspond à l’idée que je me fais

aujourd’hui de l’évolution de ma carrière.

- postuler à l’animation d’un groupe. L’évolution logique de notre unité devrait en effet

aboutir prochainement à une redéfinition des équipes. La question de la direction de la future

équipe « Réseaux Trophiques Pélagiques » va sûrement se poser et je ne cache pas que cette

expérience me tente. Aurais-je la confiance de mes pairs ?

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