Embed Size (px)
Citation preview
Structure quaternaire et stabilité des protéines
PLAN:
Rôle de la structure quatérnaire des protéines
Méthodes expérimentales
Exemple de la Nucléoside diphosphate kinase
Pourquoi une pression sélective pour des
protéines de grande taille?
Stabilité à la dénaturation
réduction de l’exposition aux solvant des surfaces hydrophobes
Réduction de la pression osmotique
réduction des surfaces
Protection contre la protéolyse
Fonctions morphologiques (fibriles, capsides…)
Machines cellulaires (ribosomes, protéines allostériques)
Diffusion bi-dimensionnelle, réduction des surfaces « non-productives »
Pourquoi protéines oligomériques?
(constituées souvent de plusieurs domaines)
Erreurs moins probables durant la biosynthèse des protéines
Economie moléculaire:
minimisation des gènes structuraux
élimination des protéines mal-repliées
Sélection plus stringente
amplification de l’effet des mutations (n fois répétées)
conservation de l’interface (fonction elle-même)
Rôles cellulaires spécifiques
reconnaissance de sites de fixation symétriques (ADN)
contrôle via l’oligomérisation (PK-A)
Télécharger les coordonnées atomiques des protéines oligomériques
http://pqs.ebi.ac.uk/
Taille des protéines 100-750 aa
Domaines!
Etude de la structure quaternaire des protéines:
1. Filtration sur gel
Utiliser le rayon de Stokes plutôt que
La Mr !
Etude de la structure quaternaire des protéines:
1. Filtration sur gel; Analyse « zonale »
N D
1 seul peak: équilibre rapide
PAR RAPPORT AU TEMPS
DE LA SEPARATION
2 peaks: équilibre lent
PAR RAPPORT AU TEMPS
DE LA SEPARATION
6 N H
Etude de la structure quaternaire des protéines:
1. Filtration sur gel; Analyse « zonale »
7 8 9 10 11 12 13
B
Elution volume (mL)
Etude de la structure quaternaire des protéines:
1. Filtration sur gel; Analyse « frontale »
Sondes intrinsèque (tryptophane, tyrosine)
0
100
200
300
400
500
600
300 320 340 360 380 400
Wavelength (nm)
A
ETAT NATIF
( max 320-340 nm)
ETAT DENATURE
( max 355 nm)
Etude de la structure quaternaire des protéines:
2. Spectrofluorimétrie; Sondes intrinsèque (tryptophane, tyrosine)
Etude de la structure quaternaire des protéines:
2. Spectrofluorimétrie; Sondes extrinsèques (ANS, BisANS)
0
50
100
150
200
250
300
350
400 425 450 475 500 525 550
Wavelength (nm)
B
NH
NH
O3S SO
3- -
SO3-NH
FIXATION DU BisANS
(Em max 480 nm)
INTERMEDIAIRE DE REPLIEMENT
BisANS
ANS (8-anilino-1-
naphtalene sunfonate)
N I D Modèle non-two-state
N D Modèle two-state
Etude de la structure quaternaire des protéines:
3. Spectropolarimétrie (dichroïsme circulaire)
UV lointain
Etude de la structure quaternaire des protéines:
4. Extraction des paramètres thermodynamiques à partir des
courbes de dénaturation à l’équilibre
Etude de la structure quaternaire des protéines:
4. Extraction des paramètres thermodynamiques à partir des
courbes de dénaturation à l’équilibre
N D Modèle two-state
Etude de la structure quaternaire des protéines:
4. Extraction des paramètres thermodynamiques à partir des
courbes de dénaturation à l’équilibre
N D Modèle two-state
