Gérer sa bibliographie et ses pdfs avec Zotero

Pour ne plus être dans cette situation

Dernière mise à jour : 07/07/2015 - Auteur : Frédérique Flamerie

Rappels sur la bibliographie

Outils pour rédiger une bibliographie • des données fiables et complètes • un style bibliographique • un logiciel de gestion de bibliographie

Par DrJohnBullas Source Flickr

Qu’est-ce qu’un style bibliographique? Les styles définissent la façon dont les éléments

bibliographiques (citations et bibliographie) d’un document doivent être organisés et formatés.

2 types de style principaux : • le système dit de « Vancouver » : citations numériques

les références dans la bibliographie sont classées par ordre d’apparition dans le texte

Ex : Vancouver, IEEE, ACS, Nature, Science • le système dit de « Harvard » : citations « auteur-date »

les références dans la bibliographie sont classées par ordre alphabétique d’auteur

Ex : AGU, Council of Science Editors Voir : Guides de l’université de Murdoch

Rappels sur la bibliographie

• Logiciel libre/propriétaire • Formats d’import et d’export

disponibles • Styles bibliographiques fournis

(et possibilité d’en créer de nouveaux)

• Possibilité d’importer depuis différentes sources bibliographiques

• Capacité de la base • Outils de recherche et de tri

dans les bibliothèques de références

Critères de comparaison et de choix d’un logiciel de gestion bibliographique

Plug-in Firefox, open source, gratuit, et extensible

Version Standalone compatible avec Safari et Chrome - limite : gère mal l’accès distant (cf. infra)

Compatible avec d’autres logiciels de gestion bibliographique : import/export de références en BibTex, RIS, etc.

Plug-in d’interface directe avec le traitement de texte Word, LibreOffice et OpenOffice

Stocker et gérer :

• des références bibliographiques = des documents

• les documents qu’elles décrivent = des fichiers joints

• des captures de pages Web

• des liens vers des pages Web

Zotero : présentation générale

Terminologie Zotero

Zotero : Zotero ou Zotero Standalone?

Source : La boîte à outils des historiens - http://www.boiteaoutils.info/2012/05/zotero-version-firefox-ou-stand-alone.html Voir aussi : http://forums.zotero.org/discussion/21623/zotero-30-for-firefox-vs-zotero-standalone

Collecter des documents depuis des catalogues de bibliothèques, des bases de données en ligne, des sites internet, des pdfs, etc.

Gérer et organiser les documents par : • dossiers et sous-dossiers (Collections) • marqueurs (Tags) • recherches dans les documents

Générer des bibliographies, gérer les appels de citation et la bibliographie d’un document

Créer un compte en ligne et synchroniser sa bibliothèque Zotero

Partager des références bibliographiques

Zotero : fonctionnalités principales

Zotero +

Zotero++

1.Installer et configurer Zotero

2.Collecter des documents

3.Gérer ses documents et ses pdfs

4.Exploiter ses documents

5.Compléments divers

Gérer sa biblio avec Zotero en 2h

By Alexandra Guerson Source : Flickr

1.Installer Zotero

Les possibilités de téléchargement sont proposées en fonction du navigateur utilisé (seulement Zotero Standalone et l’extension Chrome pour Chrome par exemple)

1. Les 4 zones

Organiser les documents : collections, marqueurs et recherches sauvegardées

Liste des documents

Détails du document sélectionné

Barre d’outils

1. Configurer Zotero Apparence + divers

Synchronisation : compte, réinitialisation, etc.

Indexation des fichiers pdf et statistiques

Citation rapide

Plug-ins Word/OpenOffice et styles bibliographiques

Emplacement des données, raccourcis clavier, intégrité de la base, encodage des caractères, résolveur de liens

1.Configurer Zotero

Joindre automatiquement les fichiers PDF associés… = uniquement sur les plateformes (ScienceDirect, IEEEXplore, ACS, etc.) et pour les revues et e-books acquis par la BUPMC ou en libre accès

Un paramètre caché vous permet de choisir le type de PDF ACS téléchargé

Il doit être ajouté manuellement

• taper about:config dans la barre d’adresse de Firefox

• clic-droit > Nouvelle > Nombre entier

• Saisir le nom entier : extensions.zotero.translators.ACS.highResPDF et indiquer la valeur souhaitée

1.Configurer Zotero : pour les chimistes

Voir : http://www.zotero.org/support/preferences/hidden_preferences#translator_preferences

Indiquer le résolveur de liens de la BUPMC pour fiabiliser l’accès au texte intégral et accéder au menu SFX depuis votre bibliothèque Zotero

1.Configurer Zotero : SFX

http://sfxeu06.hosted.exlibrisgroup.com/33UPMC

1.Configurer Zotero : SFX

Menu SFX

1. Configurer Zotero : SFX

Rechercher dans la bibliothèque est l'une des options du menu déroulant du bouton Zotero. Depuis la page d'un article, vous générez ainsi le menu SFX sans avoir à enregistrer le document dans votre bibliothèque Zotero.

Source : Stillman D. Zotero 4.0.27: Streamlined saving, easier bibliography language selection, and more. Zotero Blog, 2015

2. Collecter des documents

Recherche d’une document par son identifiant (DOI, etc.)

2 4 3 2

Saisie manuelle d’une document : différents types de disponibles

3

4

Import d’un fichier

1 Collecte en ligne

1

Récupérer les métadonnées d’un pdf

5

Les éléments à sélectionner correspondent à ceux affichés sur la page en cours Pour récupérer tous les résultats d’une requête : • Modifier les paramètres d’affichage des résultats (20 per page à 50

ou 100 per page) ou • Créer un fichier .ris (ou.bib) puis l’importer dans Zotero

2.1 En ligne

2.1 En ligne

Si l’enregistrement échoue ou si vous souhaitez importer un grand nombre de documents,

Pour le Web of Science, choisir le format Plain Text

Si l’on a choisi dans les Préférences « Utiliser Zotero pour les fichiers RIS/Refer téléchargés », l’import d’un fichier RIS dans Zotero se fera automatiquement

il reste toujours possible d’exporter un fichier au format RIS ou BibTex, que l’on importera ensuite dans Zotero, ou dont on copiera le contenu pour utiliser l’import depuis le presse-papiers de Zotero

1 Choisir les références et générer le fichier Plain Text

2 Ouvrir le fichier généré, Ctrl+A et Ctrl+C pour sélectionner et copier tout le contenu

3 Importer depuis le presse-papiers

2.1 En ligne

2.2 Import de fichier Fichier de références dans un format spécifique, obtenu par

export d’EndNote ou d’une base de données biblio non compatible Zotero

A réserver aux documents dont les références sont introuvables dans une base de données

Choisir le type de doc. à décrire

Compléter les champs, variables en fonction du type de document

2.3 Saisie manuelle

2.4 Rechercher un document par son identifiant

Sources : WorldCat pour les ISBN (livres), CrossRef pour les DOI et bien sûr PubMed pour les PMID. NB import par ISBN : données souvent incomplètes

Saisir plusieurs identifiants : • séparés par Shift+Entrée • ou copie d’un fichier multi-lignes

2.4 Rechercher un document par son identifiant

2.5 Récupérer les métadonnées du PDF

Ajouter les PDF à la Bibliothèque Zotero en les faisant glisser depuis leur emplacement d’origine

Si Zotero trouve les métadonnées correspondant au PDF, il crée un nouvel élément, auquel il rattache le pdf

clic droit, installer pdftotext et pdfinfo la 1ère fois

2.5 Récupérer les métadonnées du PDF

3. Gérer ses documents

1

Affichage et tri

2

3

4 Collections Recherches

Marqueurs 5 Gérer ses PDF

3.1 Affichage et tri des documents

Définir les champs d’affichage (i. e. les critères de tri) des documents

3.2 Collections

a) Un document peut être classé dans plusieurs collections, mais il existe en un seul exemplaire dans la bibliothèque (i. e. collections = vues différentes sur un document unique)

b) Ajouter un document à une collection : glisser-déplacer le doc dans la nouvelle collection

c) Déplacer un document d’une collection à une autre : glisser-déplacer + Shift (Cmd pour Mac) le doc dans la nouvelle collection

clic droit

glisser ≠ copier

glisser ≠ déplacer

Créer des collections et des sous-collections (glisser-déplacer les dossiers pour créer une arborescence)

Pour savoir dans quelles collections un document est classé, le sélectionner et cliquer sur Ctrl (ou Alt pour Mac) : les collections dans lesquelles il est classé apparaîtront en sur-brillance

3.2 Collections

Par défaut, les collections de Zotero ne sont pas récursives, i. e. les documents d'une sous-collection n'apapraissent pas dans la collection supérieure. Modifier ce paramètre : • saisir about:config dans la barre d'adresse de Firefox, • chercher extensions.zotero.recursiveCollections, • indiquer la valeur true.

Collections utilitaires

Repérer les doublons et les fusionner

Repérer les documents non classés

Le contrôle de doublon se fait sur le titre, le DOI et l’ISBN

3.2 Collections

Marqueurs du document sélectionné

Tous les marqueurs

3.3 Marqueurs

Marqueur = doit être créé dans un document

Créer plusieurs marqueurs simultanément en les séparant par Shift+Entrée ou par copie d’un fichier multi-ligne

Filtre sur un marqueur : afficher uniquement les documents comportant ce marqueur

Appliquer un marqueur à un ensemble de documents : glisser-déplacer les documents sur le marqueur

By KTVee Source : Flickr

3.3 Marqueurs

Clic droit : • renommer un marqueur • le supprimer (mise à jour automatique dans les documents) • attribuer une couleur et un raccourci clavier à un marqueur : le

raccourci clavier permet d’ajouter et de retirer un marqueur à un document

Un marqueur auquel on a attribué une couleur n’est pas supprimé automatiquement lorsque le dernier document le comportant est supprimé

3.3 Marqueurs

1. Définir les critères de recherche

2. Enregistrer et nommer la recherche

3.4 Recherche dans la bibliothèque

• Chaque champ ne doit contenir qu’une chaîne de caractères

• Si la recherche porte sur un seul critère, afficher un seul champ et ne pas laisser de champ vide

3. Relancer la recherche

3.5 Gérer ses PDF (et tous ses fichiers)

Par : Dennis Skley - BY-ND – Source : Flick’r

Ajouter dans le document un lien vers le fichier pdf du texte intégral stocké sur le disque dur

3.5 Gérer ses PDF

Copier le fichier pdf sélectionné dans un répertoire du dossier système de Zotero (possibilité de définir ce répertoire dans les Préférences):

› fichier non accessible par l’explorateur Windows, › mais lien plus pérenne, › possibilité de chercher dans le texte intégral › + qqs autres aspects (notamment synchronisation)

Il vaut mieux copier le fichier que joindre un lien vers le fichier

Autre possibilité :

• copier = glisser-déplacer

• déplacer = glisser-déplacer + Shift (Cmd pour Mac)

le fichier depuis son emplacement, en l’attachant (ou non) à un document

NB pas attaché = pas citable

3.5 Gérer ses PDF

• Faciliter la gestion des fichiers attachés : attachement du dernier fichier téléchargé, renommage automatique des fichiers, enregistrement des pdfs dans un dossier déterminé, etc. • Synchroniser les pdfs avec un IPad ou une tablette • Extraire les annotations d’un fichier joint et les intégrer dans une note

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile

Enregistrer le fichier .xpi

Utiliser Zotfile avec Zotero Standalone

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile

Enregistrer le fichier .xpi

Utiliser Zotfile avec Zotero Standalone

Installer l’extension dans Zotero Standalone

Utiliser Zotfile avec Zotero Standalone

1

2

3

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile

• Paramètres généraux : définir l’emplacement du dossier source et des fichiers • Paramètres des tablettes : synchronisation avec un iPad ou une tablette • Règles de renommage : définir le schéma de renommage des fichiers • Paramètres avancés : options des annotations, options de renommage (types de pièce jointe, renommage automatique, etc.)

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile

Vocabulaire %a - noms des auteurs %I - initiales de l’auteur %F - nom de l’auteur et 1ère lettre de son

prénom (i.e. EinsteinA) %A - 1ère lettre de l’auteur %y - année (extrait du champ date) %t - titre %T - type de document % h - titre abrégé %j - titre de la revue %p - nom de l’éditeur %w - titre de la revue ou nom de l’éditeur %s - titre de la revue abrégé %v - volume %e - numéro %f - pagination %n - numéro de brevet (que pour les brevets) %i - détenteurs (que pour les brevets) %u - date de publication (que pour les brevets) %c collection (uniquement pour les sous-

dossiers, non pour les fichiers). Si un document est classé dans plusieurs collections, l’utilisateur choisira celle à utiliser pour le classement du fichier

Séparateur pour Windows : \ Séparateur pour Mac et Unix : /

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile

Syntaxe {…} : groupe optionnel |: joker exclusif Ex: {%a}{-%y}{-%j (%s)} = Abbott-1990-American Journal of Sociology (AJS) si"%j" ou "%s" est vide = Abbott-1990 {%a-}{%y-}{%s|%j} = Abbott-1990-AJS si "%s" est vide = Abbott-1990-American Journal of

Sociology

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile

• Pour exploiter ses pdfs en dehors de Zotero, on peut paramétrer leur enregistrement automatique dans un répertoire déterminé (un lien est alors créé dans le document).

• Pour déplacer des fichiers joints déjà enregistrés dans Zotero, il suffit de lancer le batch de renommage (cf. diapo suivante).

Ne pas déplacer ni renommer les répertoires ou sous-répertoires ou fichiers, sinon les liens avec les documents dans Zotero seront rompus

Séparateur pour Windows : \ Séparateur pour Mac et Unix : /

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile

Clic droit • Joindre un nouveau fichier : attacher le dernier fichier téléchargé dans un dossier défini • Gérer les pièces jointes : renommer et/ou déplacer les fichiers joints, extraire les annotations des pdfs

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile

4. Exploiter les documents

1. LaTeX

2. Générer une bibliographie

3. Citation rapide

4. Plug-in traitement de texte

Auteur : Evil Erin - Source : Flickr

4.1 et Zotero vous permet de créer une véritable base de données de vos

références bibliographiques (et bien plus) Références que vous pouvez ensuite exploiter avec LateX, puisque Zotero

gère les imports/exports en BibTex

clic droit, « Exporter les documents sélectionnés »

Zotero génère le type, les champs et la clef : nom de l’auteur_mot du titre_date

En savoir plus : cours du MIT et de l’EPFL

AutoZotBib › alimenter automatiquement un fichier .bib › choisir les éléments constitutifs de la clef

générée automatiquement par Zotero › ce plug-in peut ralentir considérablement le

fonctionnement de Zotero

Zotero autoexporting › alimenter automatiquement un fichier .bib › exporter toute sa bibliothèque ou seulement des

collections ou recherches sauvegardées déterminées

Zot2Bib alimenter automatiquement un ou plusieurs documents

BibDesk

Zotero Better Bib(La)Tex › gérer les clefs : définies manuellement dans le champ

“Extra” des documents Zotero, et/ou générées automatiquement

› glisser-déplacer des citations dans un éditeur LaTeX › exporter automatiquement toute sa bibliothèque ou

seulement des collections déterminées › etc.

4.1 et

4.2 Style de la bibliographie Préférences > Citer > Styles

Désinstaller un style

Sélectionner les documents (triées au préalable le cas échéant) ou la collection, clic droit « Créer une bibliographie à partir des éléments sélectionnés », choisir le style bibliographique, la langue et le format d’enregistrement du fichier

4.2 Générer une bibliographie

4.3 Citation rapide Insérer rapidement une citation et 1 créer une bibliographie

par glisser-déplacer, ou 2 insérer seulement l’appel de citation en appuyant sur Shift

• Paramétrer le style bibliographique et la langue dans Préférences > Exportation

1

2

4.4 Installer le plug-in Word ou Libre Office

Préférences > Citer > Traitements de texte

4.4 Plug-in Word/OpenOffice

• Insérer et modifier des citation

• Insérer et modifier une bibliographie

• Choisir le style bibliographique, la langue et la place des notes (bas de page et/ou fin du document, en fonction des styles)

• liste à définir dans les Préférences>Citer

• Possibilité de stocker les documents dans le fichier pour le partager avec d’autres utilisateurs

Insérer une citation

L’abréviation automatique est proposée uniquement pour les styles prescrivant d’utiliser les titres abrégés de revue.

Chercher et insérer la citation

4.4 Plug-in Word/OpenOffice

Fenêtre classique = navigation dans la bibliothèque

4.4 Plug-in Word/OpenOffice

Autres fonctionnalités

Générer une bibliographie à partir de tous les éléments référencés (NB : si le style le prévoit)

Modifier une citation

Refresh : mise à jour des citations et de la bibliographie

Afficher les préférences du document pour changer le style bibliographique

Modifier la bibliographie

Enlever les codes de champ (irréversible)

4.4 Plug-in Word/OpenOffice

Raccourcis clavier (Word - Windows)

Libre Office et Mac + modifier les raccourcis clavier, voir : https://www.zotero.org/support/word_processor_plugin_shortcuts

Alt+Ctrl+d

4.4 Plug-in Word/OpenOffice

Alt+Ctrl+e Alt+Ctrl+a

Alt+Ctrl+r Alt+Ctrl+p

Alt+Ctrl+b

5.Compléments divers

Auteur : Sam Hames - source : Flickr

5.Supprimer une bibliothèque Zotero et en commencer une nouvelle

Fermer Firefox

Supprimer

• le fichier zotero.sqlite

• le dossier storage

5. Les modules complémentaires de Zotero

En plus de • ZotFile • Zotero Better Bib(La)Tex

Beaucoup d’autres modules • Zutilo : ensemble de macros pour gérer les

marqueurs, modifier le chemin des fichiers attachés, etc.

• Zotero QuickLook : pour les utilisateurs de Mac OSX, permet de visualiser les notes et les fichiers attachés avec QuickLook - compatible avec Windows et Linux (mais peu convaincant sur Windows) moyennant l’installation d’un autre logiciel - vidéo de démo

• liste complète sur le site Zotero et sélection sur le blog The Zoteroist

By Alexandra Guerson Source : Flickr

5. Zotero, les smartphones et les tablettes

Source (et cours complet) : Harvard Kennedy School Library and knowledge services

Et aussi

5. Ce que fait EndNote et ne fait pas Zotero Modifier par lots, par ex. modifier

ou ajouter un auteur dans plusieurs notices à la fois

Autoriser des bibliographies multiples, par ex. une pour les sources primaires et une pour les sources secondaires

Créer un lien hypertexte entre un appel de citation et la référence correspondante dans la bibliographie

Et encore d’autres choses… qui ne vous manqueront pas forcément si vous n’avez jamais utilisé EndNote!

By Alexandra Guerson Source : Flickr

5. Migrer d’EndNote à Zotero

Procédure sur le site de l’EPFL : http://flashinformatique.epfl.ch/spip.

php?article2618

Aide sur le support et le forum Zotero (notamment pour le transfert des fichiers pdfs joints) :

http://www.zotero.org/support/kb/importing_records_from_endnote http://forums.zotero.org/discussion/25117/endnote-ris-with-attached-pdfs-code-suggestion http://forums.zotero.org/discussion/5311/importing-endnote-libaray-including-pdf-attachments

By Alexandra Guerson Source : Flickr