1C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro Montpellier) Zotero V2 mise à jour 25/10/2010 Les logiciels libres de bibliographie Les logiciels libres

1C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro Montpellier) Zotero V2 mise à jour 25/10/2010

Les logiciels libres de bibliographie

Les logiciels libres de gestion bibliographiquehttp://www.projet-plume.org/fr/ressource/zoom-sur-la-gestion-de-references-bibliographiques-dans-plumeSite de la journée du 20 mars 2009 « Gérez vos références bibliographiques avec des logiciels libres » http://www.projet-plume.org/fr/ressource/journee-plume-biblio-2009

Logiciel de gestion bibliographique (liste de logiciels libres)http://fr.wikipedia.org/wiki/Logiciel_de_gestion_bibliographique(Bibus, Zotero, CiteULike, Connotea, Mendeley, Wikindx…) et Wizfolio (www.wizfolio.com)


Zotero version 2.0.9

Support adapté à la version 2 de Zoteroqui apporte beaucoup de nouveautés :

Synchronisation Groupes Notes formatées Détection automatique des métadonnées PDF etc.


ZoteroPrésentation générale

Créé fin 2006 Projet du Center for history and New Media (University georges

Mason, Virginia USA)

http://chnm.gmu.edu/ Fonds de plusieurs institutions et fondations

Unitive States Institute of Museum and Library Services (IMLS) http://www.imls.gov/

Andrew W. Mellon Foundation http://www.mellon.org Ethymologie : vient du verbe albanais zöteroj =« master, acquire »

« apprendre »


ZoteroLogiciel libre de bibliographie

Extension du navigateur Firefox 3.6 (dernières fonctionnalités) Extension de firefox, mais données stockées indépendamment Multi-plateformes (Linux, Mac, Windows) Captures de pages web Orientation hypermédia (vidéos, images, pages html, billets de

blogs) Possibilité d’annoter les références Multilingue dès le départ (dont le français) Utilisation individuelle et/ou collective Avec la v2, synchronisation, collaboration, partage de données etc. Fort dynamisme de développement


ZoteroLogiciel libre de bibliographie

à télécharger à partir du site de Zotero http://www.zotero.org

Guide de démarrage rapide en français Support (aide, documentation : nombreuses

rubriques en français) Forums (par thèmes) Blog Groups People (communauté Zotero)


Zotero Installation

Installer la dernière version de firefox Aller sur le site de Zotero

http://www.zotero.org Télécharger la version 2.0.9 (au 25/11/10) Si firefox bloque l’installation, cliquer sur Autoriser Redémarrer Firefox Une fois le logiciel téléchargé, l’icône Zotero apparaît en bas à

droite de l’écran du navigateur internet Firefox Emplacement de Zotero:

C:\Documents and Settings\Nom\Application Data\Mozilla\Firefox\ProfilesToutes les données sont stockées dans un répertoire en local (on peut changer cet emplacement, voir Préférences)


Clic sur le logo Zotero Fenêtre partagée avec Firefox


Terminologie de Zotero

Ma bibliothèque : ensemble des références de toutes les collections ou isolées

Collections : dossiers thématiques contenant les références

Marqueurs : mots-clés Créateur : auteur (sauf pour la saisie = auteur) Très important : la logique Bibliothèque/Collections

(très différent de Endnote)


Interface Zotero zones 1, 2 et 31) La bibliothèque et ses collections

2) Les notices d’une collection sélectionnée3) La fiche de la notice sélectionnée

1 23

1

2

3


Interface : colonne de gauchevoir aussi « Organiser sa bibliothèque et ses collections »

(Diapo 37)

Contient par défaut « Ma bibliothèque » (toutes les réfs des collections + les réfs qui ne sont pas classées dans une collection particulière)

Collections : dossiers créés par l'utilisateur; on peut créer des sous-collections

Pour savoir combien de réfs dans une collection : se positionner dans la colonne du milieu, faire ctrl-a, le nombre de réfs s'affiche dans la colonne de droite


Interface : colonne du milieu

Affiche les références contenues dans la collection en cours d’utilisation

Pour afficher + de champs : cliquer sur icône « grille » (à droite du +)

Pour changer ordre d'affichage des champs : cliquer/glisser l'intitulé du champ

Tri alphabétique en cliquant sur chaque intitulé de champ Le « + » à droite du nom des champs = tri multiple

12C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro Montpellier)

Zotero V2 mise à jour 25/10/2010

Interface : colonne de droite

Onglet Info : détail de la notice sélectionnée dans la colonne du milieu

Onglet Notes : note de lecture, annotation éventuelles (sera ajoutée comme élément fils de la notice ; ex. ajouter « très intéressant » comme note à un article) (voir détails plus loin)

Onglet Marqueurs : voir plus loin

Onglet Connexe : pour lier des réfs entre elles (ex un article et sa traduction) : clic et choisir la réf (un signe s'ajoute à côté de la réf)

Le Bouton Afficher, dans l’onglet info est actif quand la réf. est un site web.Un clic sur ce bouton fait apparaître la page du site dans le navigateur.

Le Bouton Localiser, dans l’onglet Info : cela lance le résolveur de lien OpenURL, paramétré par défaut vers WorldCat, pour localiser le document (on peut modifier ce paramétrage vers un autre catalogue par le menu actions-> préférences, par exemple vers le SFX de l’INRA)


Divers statuts de notices

article Site web

livreThèse/Mémoire


Le menu et les icônes de Zotero(détail de chaque fonction diapos suivantes)

Créer nouvelle collection

Nouveau groupe

Roue denteléeActions(détails plus loin)

Ajouternouvel élément

Créer un nvel élt à partir de la page courante

Ajouter un élémentpar son identifiant

Nouvelle note

Joindre/attacher(voir plus loin)

Recherche avancée

Synchronisationavec serveurZotero

BasculeModeplein écran

Fermer ZoteroRecherche simple


Le menu et les icônes de Zotero :Bouton actions (roue dentelée)

Voir plus loinImport/export


Créer une chronologieBouton actions (suite)

= outil d’exploration des données Une chronologie peut être basée sur la bibliothèque, ou sur une

collection ou sur une sélection manuelle de références Sélectionner puis cliquer sur le bouton actions et sur créer une

chronologie Zotero affiche 3 bandes (par mois, par année, par décennie) basées

sur la date de publication des références Le critère date est changeable en date d’ajout de la notice ou date

de modification de la notice (cela permet un suivi détaillé de l’évolution de sa bibliographie)

Pour se déplacer horizontalement, cliquer à un endroit dans une des 3 bandes,rester appuyé et bouger la souris


Exemple de chronologie


Préférences de ZoteroBouton actions (suite)


Préférences : synchronisationSettings : se créer un compte (diapo 75)


Préférences : synchronisationReset : avec le serveur Zotero (diapo 76)


Préférences : Recherchetélécharger pdftotext et pdfinfo pour l’indexation des pdf


Préférences : exportationChoix du style par défaut


Préférences de Zotero : stylesOptions de citation à cocher et ajout de styles

Lien vers liste de styles sur site ZoteroCliquer sur

install


Préférences : avancées

Résolveur SFX de l’INRA Par défaut = worldcatPour changerla localisationdes données


Ajouter nouvel élément

ajouChoisir type de documentpour saisie manuelle

Option stocker conseillée


Création d’une notice Clic sur le bouton vert (nouvel élément)

Choix du type de document : remplir les champs dans la colonne de droite


Ajout manuel de marqueurs (mots-clés)

géographie


Créer un nouvel élément à partir de la page courante

Photo de l’écran

Pas un lien


Annoter et surligner une capture de page web

Adresse destockage sur Zotero

Icônes d’annotation


Annoter et surligner une capture de page web

Ajouterun post-ità n’importequel endroit

Surlignerle texte

Réduire toutes les annotations

Supprimer le surlignage


Capture de page couranteExemple des pdf

et récupération des métadonnées

Ouvrir le pdf en pleine page Avoir installé pdf tools dans les préférences

recherche (voir diapo 21) Cliquer sur icône créer un nouvel élément à partir de

la page courante On a bien une nouvelle notice avec icône pdf Clic droit et clic sur récupérer les métadonnées du

pdf : la notice s’affiche dans la colonne de droite


Récupération des métadonnées du pdf(partiellement selon les sources)


Ajouter un élément par son identifiant : DOI, ISBN ou PMID

Saisir le DOI ou l’ISBNLa référence est chargée Automatiquement dans la collection

Saisir le DOI ou l’ISBNLe document est chargé

automatiquementdans la collection


Ajouter une nouvelle note

Ajout d’une note liée à une référence

Ajout d’une note indépendanteS’affiche comme une référenceOn peut ensuiteRelier cette note à uneréférence par glisser/déposer

On peut copier/collerdu texte dans les notes


Fichiers attachés à une référencefichiers attachés éventuels (on a le choix entre

« lien vers un fichier » et « stocker une copie du fichier », 2e choix recommandé)

= photo de l’écran pas un lien

= lien versl’adresse de la page web

Le fichierattaché va êtrestocké dans lesdonnées de Zotero(conseillé)

Lien vers le fichier attachésur son ordi


Attacher un pdf à une notice déjà existante

Ouvrir le pdf en pleine page Se positionner sur la bonne notice Cliquer sur l’icône trombone et sur joindre une capture

de la page courante Apparemment pas possible d’attacher fichier à une note

indépendante (menu du trombone pas actif)


Organiser sa bibliothèque


Organiser sa bibliothèque (suite) Ma bibliothèque clic sur l’icône pour créer une nouvelle collection

Clic droit dans une collection pour créer une sous-collection (la nommer)Choisir sa collection pour créer des notices ou en importer

Nombre de références dans sa collection : « ctrl a » affichage en colonne 3 Clic droit dans une collection : renommer ou supprimer une collection mais les références de la collection supprimée resteront dans Ma bibliothèque

Si on supprime des références dans Ma bibliothèque, elles seront supprimées aussi dans la collection

On peut faire glisser-déposer des notices dans une autre collection, mais elle restent dans le fichier d’origine


Actions sur les références (clic droit)


Générer un rapport à partir d’un élément sélectionné

Clic droit sur la référence : Générer un rapport à partir de l’élément sélectionné

Tous les champs non vides de la colonne 3 figurent dans ce rapport qu’on peut enregistrer dans un fichier en tant que page html


Fonctions de recherche

Simple

Avancée

Par les marqueurs


Recherche simple (dans une collection)


Recherche simple

Case « recherche » de la barre d’outils de Zotero : recherche dans My library ou dans une collection sélectionnée

Recherche dans toutes les références + fichiers attachés + notes et dans tous les champs y compris les marqueurs (+ dans les pdf si sont indexés)

troncature * et opérateurs AND/ET implicites

minuscules / majuscules sans importance


Recherche avancée

Recherchemulti-critères

Remplace et/ou


Recherche avancée

clic sur l'icône loupe Possibilité de rechercher dans les sous-collections ou non Possibilité d'enregistrer la recherche et de générer une

bibliographie ou un rapport à partir du résultat de cette recherche Recherche enregistrée : une nouvelle collection est créée qui

comprend toutes les réfs correspondant au résultat de la recherche ; cette collection s' actualise au fur et à mesure (si une réf est ajoutée à ma bibliothèque et qu'elle correspond à la recherche, elle y est ajoutée)

Recherche dans tous les champs, recherches croisées + options de recherche

ATTENTION : pas de ET ou de OU mais 1er menu déroulant est équivalent : « Correspond à toutes les conditions suivantes » ou « au moins à une »


Recherche par les marqueurs Sélectionner un ou plusieurs marqueurs en cliquant dessus pour filtrer

votre bibliothèque (ou votre collection)

Marqueursélectionné


Recherche par les marqueurs Collection sélectionnée : tous les marqueurs sont affichés Seul le marqueur non grisé est actif et correspond à une référenceOn peut faire glisser une référence sur un marqueur pour que ce

dernier soit ajouté à la référence


Récupération de références à partir de Endnote

Ouvrir fichier Endnote edit -> select all -> output styles -> Endnote export File -> export

-> fichier.txt se remettre dans Zotero

icône actions (roue dentelée) -> import -> fichier .txt Importe les références à la fois dans « ma bibliothèque » et dans

une nouvelle collection appelée « import jour date année » : il faut ensuite faire glisser les réfs au bon endroit.

L'import des pdf ne marche pas ! Pb de champs Zotero/Endnote : Zotero n’a pas tous les champs

de Endnote et on ne peux pas en ajouter dans Zotero


Import d’une autre collection de Zotero

Roue dentelée : import

Format d’import .rdf


Récupération des références depuis des base de données

(liste des sites des bases de données compatibles avec Zotero : onglet support)

Sitescomplètement compatibles


Bases de données partiellement compatibles

(import référence par référence)


Bases de données pas encore compatibles

La liste évolue régulièrement


Exemples

Bdd compatibles : Amazon, Google Scholar,

ISI Web of Knowledge (Web of Science, CAB),

PubMed, Science Direct, Scopus, SUDOC

Bdd partiellement compatibles : HAL

Bdd non encore compatibles : Prodinra


Récupération des références depuis des bases de données

Liste des sites compatibles (possibilité d’importer des listes) et partiellement compatibles (import références par référence)http://www.zotero.org/translators

La liste évolue régulièrement

Possibilité pour les bases non compatibles : exporter en format BibTex et importer dans Zotero ou exporter vers Endnote et importer dans Zotero

(On ne peut pas importer des documents word)


Récupération des références depuis des base de donnéesAprès l’interrogation d’un catalogue (ex. Google scholar)

Liste des références icône jaune s’affiche après l’interrogationAttention : bien se placer dans une collection sélectionnée


Récupération des références depuis des base de donnéesclic sur icône jaune > ouverture de la fenêtre des résultats de la 1ère page du site

Sélection d’1 ou de plusieurs références : select all, deselect allOK > les références sélectionnées sont importées dans sa collection de Zotero


Récupération d’une référence préciseAprès l’interrogation d’un catalogue (ex. Amazon)

Liste des références > choix d’une référence : l’icône bleue s’affiche >OkAttention : toujours se placer dans une collection sélectionnée


Créer une bibliographie à partir d’une collection (ou de plusieurs)

Pas possible à partir de « ma bibliothèque » Sélectionner collection ou références dans la collection

clic droit« créer une bibliographie à partir de la collection » choisir le style (boîte de dialogue s'affiche automatiquement) ou

en installer un qui existe (voir diapo suivante) choisir format de sortie (rtf, html...) OK choisir le nom du fichier et localisation répertoire Pour la pré-visualisation des styles voir par la souris sur la page

des styles du site zotero.org Possibilité de glisser/déposer des références dans un mail ou un

traitement de texte : cliquer, ne pas lâcher et aller vers le mail en cours de rédaction ou le document word et déposer (diapo 57)


Créer une bibliographie à partir de l’élément sélectionnéClic droit sur la référence; choix du style et du format de fichier dans la nouvelle fenêtre


Citer et créer une bibliographie Glisser, déposer des références dans un mail ou un texte

Ouvrir un mail ou un traitement de texte acceptant l’inclusion du format texte par glisser déposer

Sélectionner un ou plusieurs éléments de sa base Zotero Faire glisser la sélection dans l’application choisie en maintenant le

bouton gauche de la souris appuyée et placer quelques secondes le pointeur de la souris sur l’application active dans la barre de tâche.

Attendez que la fenêtre de l’application s’ouvre puis placer le pointeur de la souris à l’endroit où vous désirez copier la bibliographie.

Relâchez le bouton


Intégration des références avec Microsoft Word et Open Office

Installation des plugins

Dans la page d’accueil de Zotero, cliquer sur download word processor plugins for 2.0 (il faut que Word soit fermé)

Choisir l’installation en fonction des versions de word et Open office et de son environnement informatique (Windows, Mac…)

Quand on passe de la V1 à la V2, il faut installer les nouveaux plugins

La barre d’outils des icônes de Zotero apparait en haut à gauche dans Word ou Open Office (Si ce n’est pas le cas pour word, aller dans le menu outil > Macro > Sécurité et cliquer sur le niveau de sécurité bas)

Pour Open Office, voir diapos 90, 91 et 92


Intégration des références avec Open Office

(détail dans les diapositives en fin de diaporama)

Installation des plugins

Dans la page d’accueil de Zotero, cliquer sur download word processor plugins for 2.0

Install the OpenOffice Plugin (Firefox extension, 1.1MB)

La barre des icônes de Zotero apparaît en haut à

gauche dans Open Office writer Si pb, aller dans le menu Outils de Mozilla >

Gestionnaire des extensions, ouvrir mes extensions et vérifier que l’extension zotero.oxt soit activée


Icônes de Zotero dans word

ZoteroInsertcitation

ZoteroEditCitation= modificationd’une citation

Zoteroinsertbibliography

Zoteroedit bibliography

refresh

Set DocPreferences= changer de style

RemoveCodes (suppressiondes codes de champs)


Icônes de Zotero dans word

Zotero insert citationChoix du style lors de la 1ère installation et choix de la référence de sa collectionEntrée clavier pour continuer à taper du texte et insérer une autre citation

Zotero Edit Citation Modification d’une citation si curseur dans la citation

Zotero insert bibliography Insertion de la bibliographie en fonction du style choisi (récapitulatif des citations)

Zotero edit bibliography Modifier si curseur à l’intérieur de la bibliographie

Zotero refresh (actualiser ses insertions) Zotero set doc prefs (changer de style) Zotero remove codes (empêche Zotero de mettre à jour les citations

et les bibliographies dans le document)


Choix d’un style

Choix d’un style initial : cliquer sur le bouton actions (roue dentelée) -> préférences -> styles

Pour obtenir un autre style, aller sur la page www.zotero.org/styles et visualiser le style en passant la souris

Cliquer sur install pour en installer un (il va se rajouter dans la liste dans preferences)

On ne peut pas créer un nouveau style sous endnote et l’importer… Pour créer un nouveau style, voir les diapos suivantes


Zotero : création de style assistée (1)(Hanka Hensens, IRD, Montpellier)

http://www.somwhere.org/csl/ Il suffit de remplir pas à pas les formulaires

successifs (Next) et pesant bien chaque choix (champs, séparateur,…)

67C. Silvy (INRA, Montpellier)

Formation Zotero 30/06/10

Zotero : création de style assistée (2) (Hanka Hensens, IRD, Montpellier)

ne pas oublier de déployer les options en gris foncé (apparaissent selon les choix)




Puis Générer le style :

L’afficher : Le sauvegarder sous un format .csl




Pour l’installer : ouvrir le fichier avec Firefox : Une confirmation est demandée :


Export Zotero -> Endnote

Clic droit sur la collection choisie Exporter en format .RIS Choisir d'exporter ou non les notes OK Nommer le fichier et choisir répertoire Ouvrir Endnote File -> import -> fichier.RIS


Export vers la bibliothèque d’un autre utilisateur

Clic droit sur la collection ou sous-collection icône actions : exporter format Zotero .RDF Nommer fichier d'export et choisir répertoire (ou disque

dur externe) OK Envoyer à son correspondant en fichier attaché On est obligé de passer par l'import pour ouvrir une

collection qui est sur un répertoire extérieur Avec la possibilité de partager les collections sur le

serveur de Zotero, cette fonction est moins utilisée


Fonctionnalités Zotero V2Création d’un compte

Créer Un compte

Chercher

dans la Communauté Zotero

Se connecter


Création d’un compte

Le compte Zotero permet de

sauvegarder en ligne sa bibliothèque Travailler depuis plusieurs ordinateurs Partager des références avec des groupes publics ou privés


Synchronisation (1)

Configurer les paramètres de synchronisation dans roue dentelée -> préférences -> Sync

On reçoit un mail de confirmation Lancer la synchronisation de sa bibliothèque en ligne On a accès à « My library », qu’on a sauvegardée sur le

serveur Pb : difficultés (lenteur de la synchro ou échec)


Synchronisation (1)settings


Synchronisation (1) reset


Synchronisation (2)lancement de la

synchronisation de la bibliothèque


Synchronisation (3)

Fonction Sync :

Aller dans menu roue dentelée -> préférences -> synchronisation -> reset

restore de Zotero en local vers le serveur : on sauvegarde sur le serveur Restore du serveur vers son poste : par exemple si on travaille sur un

autre ordinateur Réfs synchronisées avec les fichiers attachés, mais le texte intégral est

remplacé par le lien vers l’éditeur. Les pièces attachées font rapidement dépasser le volume limité sur le

serveur Zotero


Créer un groupe

Onglet Groups du site Zotero : create a new group Choisir un nom et les conditions d’accès à ce groupe Remplir le profil du groupe Onglet Members : inviter les participants


Groupes

Créer un groupe


Types de groupes

-> Groupes privésSeuls les membres du groupe et les invités peuvent voir la page du groupe

Ces groupes n’apparaissent pas dans la recherche de groupe

-> Groupes publics, adhésion restreinte : la page du groupe est visible mais il faut une invitation pour le rejoindre

-> Groupes publics, adhésion ouverte, tout le monde peut le rejoindre


Voir les groupes existants

Sur le site zotero.org, une fois qu’on a créé son compte, cliquer sur groups pour aller voir les groupes existants ou les nouveaux groupes créés

Au 25 Octobre 2010, il y a 10653 groupes On peut faire une recherche par discipline ou faire un browse


Recherche dans les groupes

Voir lesgroupes

Faire unerecherche


Paramétrage des droits sur la bibliothèque

Library reading : autoriser la consultation de la bibliothèque à tout le monde, seulement aux membres du groupe ou seulement aux administrateurs

Library editing : autoriser la modification de la bibliothèque seulement aux membres du groupe ou seulement aux administrateurs

Droits et types d’utilisateurs : 3 rôles Administrateur Propriétaire du groupe membre


Bibliothèque du groupe

On peut ajouter un élément par glisser/déposer depuis sa propre bibliothèque

On peut copier des références d’autres bibliothèques vers la sienne On ne peut pas travailler sur la bibliothèque qui est sur le serveur,

on peut seulement la consulter On peut stocker gratuitement jusqu’à 100MB sur le serveur de

Zotero (très vite atteint), au-delà c’est payant On peut suivre les nouveautés d’autres bibliothèques par fils RSS

(se placer sur la bibliothèque de l’utilisateur et cliquer sur subscribe to this feed)


Zotero V2, collaboratif

permet de faire partie de groupes de collaborer avec d’autres utilisateurs de publier des bibliothèques partagées de découvrir d’autres chercheurs travaillant dans votre

domaine


Sauvegarde

Fortement recommandé de sauvegarder régulièrement (pour plus de simplicité, on peut sauvegarder tout le répertoire Zotero) ou sauvegarder une collection particulière après export, sur support externe

Sauvegarder sur le serveur de Zotero (mais penser à sauvegarder à chaque mise à jour !) Aller dans menu roue dentelée -> préférences -> synchronisation ->

reset -> restaurer

Nombreux pb avec la version 2


Les limites de Zotero

pas assez de sites compatibles pour la récupération de références, donc possibilités d'import/export limitées (mais çà évolue)

Pas de dédoublonnage des références (de plus accepte l’importation d’une réf qui est déjà dans une collection)

Pas de champs personnalisables dans les notices quelle garantie de compatibilité entre les différentes

versions de Zotero ? Comment Zotero gère des gros volumes de références ? Mais çà évolue et les forums sont très actifs…


Liens utiles

Quelques tutoriels en français- Manuel d’utilisation de Zotero des Hospices civils de Lyon(doc version 1)

http://portaildoc.chu-lyon.fr/hcldoc/uploads/media/manuel_Zotero.pdf - CIERAhttp://www.ciera.fr/ciera/IMG/pdf/tutorial_zotero.pdf- URFIST (Toulouse, Strasbourg): plusieurs tutoriels

Forum Zotero

http://forums.zotero.org/ Le blog francophone de Zotero

http://zotero.hypotheses.org

90


Insertion d’1 référence dans Open OfficeIcônes Zotero (bouton insert bibliography) Choix du style


Edition de la référence dans Open Office Choix de la référence (bouton edit bibliography)


Edition de la référence dans Open Office