Guide du système MiSeq - support.illumina.com · Chapitre 1Présentation 1 Introduction 2 Ressourcessupplémentaires 3 Composants 4 ConceptsMiSeq 7 LogicielMiSeq 8 Optionsdʼanalysesecondaire

Personnaliser un petit guide de flux de travail de bout en bout à l’aide du sélecteur de protocole personnalisésupport.illumina.com/custom-protocol-selector.html

Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.

Septembre 2015Document nº 15027617 v01 FRASupport nº 20000262Réf. SY-411-9001DOCEXCLUSIF À ILLUMINA

Système MiSeqMD

ii Support nº 20000262Document nº 15027617 v01 FRA

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Historique des révisions

Document nº Date Description des modifications

Support nº 20000262Document nº 15027617_FRA v01

Septembre 2015 Modification du nom du guide. Le Guide del’utilisateur du système MiSeq devient le Guidedu système MiSeq.Nouveauté de MCS v2.6 : ajout derenseignements sur BaseSpace Onsite.Réorganisation des renseignements du guide enfonction des tâches plutôt que des écrans.Toutes les références à l’écran de bienvenuerenvoient à présent à l'écran d’accueil.Ajout de renseignements contenus dans lesguides de préparation des trousses de réactifsMiSeq, y compris les types de Flow Cell, lecontenu de la cartouche de réactifs ainsi que lesinstructions de décongélation de la cartouche deréactifs. Visitez le site web d’Illumina pourobtenir d'autres renseignements au sujet de latrousse de réactifs MiSeq à l’adressesupport.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/miseq_reagent_kit.html.Correction du volume de lavage attendu pour unlavage de maintenance, de 17,25 ml à 51,75 ml.Mise à jour de l’ordre des étapes du flux detravail pour indiquer d’abord la préparation de lacartouche de réactifs, puis, le cas échéant, ladénaturation et la dilution des librairies.Déplacement des renseignements relatifs audépannage dans l’annexe A.Déplacement des renseignements relatifs audossier de sortie et des renseignements relatifsaux plaques de la Flow Cell dans l’annexe B.Déplacement des renseignements relatifs à lagestion des fichiers dans le chapitre Maintenance.Déplacement des instructions de lavage aprèsanalyse du chapitre Maintenance au chapitreSéquençage.Le chapitre Réalisation d’une analyse s’intituledésormais Séquençage.L’analyse primaire est désormais désignée par leterme « analyse par le logiciel RTA ».Mise à jour des instructions de dilution pour laprocédure de lavage après analyse. Le lavage dela ligne des modèles s’effectue maintenant auNaOCl à 5 % plutôt qu’au NaOCl à 6 %.Ajout d’un numéro de référence de NaOCl à 5 %à la liste des consommables fournis parl’utilisateur.

Guide du systèmeMiSeq iii

http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/miseq_reagent_kit.html


iv Support nº 20000262Document nº 15027617 v01 FRA


Nº 15027617_FRA Rév. O Septembre 2014 Mise à jour des renseignements suivants :• Nouveauté dans MCS v2.5, mise à jour del’option de lavage après analyse afin d’inclureun lavage de la ligne de modèle

• Mise à jour des instructions, le lavage de laligne des modèles intègre un lavage aprèsanalyse comprenant de l’hypochlorite desodium

• Ajout du volume de lavage attendu pour unlavage après analyse

Ajout de renseignements sur le flux de travailVeriSeq PGS concernant des ressourcessupplémentaires, des options d’analyse, desoptions d’analyse secondaire, des lavages del’instrument et la couleur du couvercle de laFlow Cell.

Nº 15027617 Rév. N Juin 2014 Disponible en anglais uniquement.Ajout de renseignements applicables au flux detravail VeriSeq PGS.Mise à jour des renseignements sur la générationet la densité des amplifiats dans le cadre desmesures d’analyse.Retraits des renseignements sur le logicielantivirus. Voir la rubrique Guide de préparation dusite du système MiSeq.

Nº 15027617_FRA Rév. M Janvier 2014 Mise à jour en fonction des modificationsapportées par la MCS v2.4 :ajout de la fonction Bundle Logs (Regrouper desjournaux) pour l’envoi des fichiers de dépannage.

Nº 15027617 Rév. L Octobre 2013 Disponible en anglais uniquement.Ajout du redémarrage du logiciel du système entant qu’étape avant l’analyse.Ajout des microtubes à centrifuger à la liste desconsommables fournis par l‘utilisateur.Élimination du chapitre Logiciel MiSeq etredistribution de son contenu dans le guide.Suppression des renseignements sur les dossierspour les formules personnalisées.Suppression des renseignements sur les plagesrecommandées de densité des amplifiats pour lestrousses de réactifs MiSeq.Suppression des détails sur les trousses de réactifsMiSeq et ajout d’un aperçu des caractéristiquesdes trousses de réactifs. Pour plus derenseignements, consultez la documentation depréparation des réactifs pour la trousse que vousutilisez.Contenu ajouté à l’avis de marques decommerce.

Nº 15027617_FRA Rév. K Août 2013 Correction des erreurs de formatage.

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Nº 15027617 Rév. J Août 2013 Disponible en anglais uniquement.Ajout de descriptions d’analyse pour MCS v2.3 etla trousse de réactifs MiSeq v3.Mise à jour des renseignements suivants :• Trousse de réactifs et compatibilité des versionsavec inclusion de la trousse de réactifs MiSeq v3

• Description du dossier de formulespersonnalisées, inclusion d’un sous-dossier v3

• Modification de la plage de densité desamplifiats pour v2; ajout d’une plage pour v3

• Chemin de sortie pour les fichiers imageCorrection des codes à barres de la Flow Cellpour les nano Flow Cells (D) et les microFlow Cells (G).Suppression des renseignements sur la trousse deréactifs MiSeq, y compris au sujet de son contenuet des types de Flow Cell. Pour plus derenseignements, consultez la rubrique Guide depréparation des réactifs MiSeq (documentnº 15044983).

Nº 15027617_FRA Rév. H Mars 2013 Ajout d’une section intitulée Concepts MiSeq quiprésente le flux de travail d’analyse, le fichier demanifeste et la feuille d’échantillons.Suppression des renseignements concernant lagénération des fichiers FASTQ, les formats dufichier de manifeste, les détails sur le flux detravail d’analyse et les détails sur la feuilled’échantillons. Pour obtenir plus derenseignements sur ces sujets, consultez le Guidede l’utilisateur du MiSeq Reporter nº 15028784 ou leGuide de référence rapide sur les feuillesd’échantillons MiSeq nº 15028392.Suppression des instructions pour la préparationde primers personnalisés. Pour plus derenseignements, consultez la section Utilisation deprimers personnalisés sur le MiSeq, nº 15041638.

Nº 15027617 Rév. G Janvier 2013 Disponible en anglais uniquement.Suppression des instructions pour la dénaturationet la dilution des librairies d’ADN et lapréparation de contrôle PhiX Illumina. Consultezle document Préparation de librairies d’ADN pour leséquençage sur MiSeq, référence 15039740.Mise à jour des instructions de lavage del’instrument, qui indique à présent d’ajouter25 ml de Tween 20 à 10 % dans 475 ml d’eau delaboratoire, au lieu de 500 ml d’eau delaboratoire.

vi Support nº 20000262Document nº 15027617 v01 FRA


Nº 15027617_FRA, rév. F Novembre 2012 Ajout des nouveaux renseignements suivants :• Ajout de descriptions correspondant auxnouvelles trousses de réactifs MiSeq, à savoirles trousses de réactifs MiSeq Reagent Nano etMiSeq Reagent Micro

• Ajout d’un aperçu des types de Flow Cell• Ajout d’une description du flux de travaild’analyse d’enrichissement

Mise à jour des renseignements suivants :• Nouveauté dans MCS v2.1, mise à jour del’écran Perform Wash (Procéder à un lavage)pour ajouter une option de lavage aprèsanalyse et d’une commande pour relever lesdispositifs d’aspiration

• Mise à jour du tableau de compatibilité desversions pour inclure les dépendances destrousses Nano et Micro

• Mise à jour des renseignements sur lacompatibilité des versions pour inclure lesnouvelles trousses de réactifs

Nº 15027617_FRA Rév. E Octobre 2012 Mise à jour des renseignements suivants :• Correction des instructions de préparation ducontrôle PhiX et de la densité attendued’amplifiats du contrôle PhiX pour unepréparation de 1 000 à 1 200 K/mm²

• Indication que la procédure pour dénaturer etdiluer les librairies, Préparation de vos librairies,ne s’applique pas aux librairies Nextera XT etTruSeq Amplicon

• Modification du nom de la mise à niveau,Module d’extension MiSeq devient Mise àniveau du matériel MiSeq

• Ajout du Guide de l’utilisateur du MiSeq Reporterà la liste des ressources supplémentaires

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Guide du systèmeMiSeq vii


Nº 15027617_FRA Rév. D Juillet 2012 Mise à jour des descriptions du logiciel MCS v2.0.Ajout des nouveaux renseignements suivants :• Ajout d’une section intitulée Nouveautés de MCSdécrivant les nouvelles fonctionnalités dulogiciel ainsi que les modifications de l’interfaceet des flux de travail

• Ajout du numéro de référence et de ladescription de la trousse de réactifs MiSeq v2,500 cycles

• Ajout de la section Compatibilité des versionset exigences

• Ajout de la description du module d’extensionMiSeq, nécessaire pour l’imagerie à doublesurface des Flow Cell à 14 plaques

• Ajout de la description de la numérotation desplaques de Flow Cell à double surface

• Ajout du flux de travail d’analyse PCRAmplicon pour les librairies du systèmeNextera XT

• Ajout de l’emploi de Tween 20 à 10 % dans lesprocédures de lavage et les volumes de lavageattendus

• Ajout de la version des cartouches de réactifs àla procédure à suivre en cas de défaillance delecture RFID

Mise à jour des renseignements suivants :• Modification des acronymes employés pour lesréactifs; IMF, CMF et AMX deviennentrespectivement IMS, CMS et AMS (noms desréactifs v2)

• Modification de la concentration PhiX, quipasse de 8 pM à 12,5 pM

•Modification de la concentration NaOHmaximale conseillée, qui passe à 1 mM dans lasolution finale

• Indication qu’un lavage de maintenance estnécessaire pour sortir l’instrument du modeveille et commencer les étapes de configurationen vue d’une analyse

• Suppression de la section Paramètres de lafeuille d’échantillons et de l’étape deconfiguration de la feuille d’échantillons dans leflux de travail; Illumina recommande de créerla feuille d’échantillons avant de préparer leséchantillons (Consultez le Guide de référencerapide de la feuille d’échantillons MiSeq,référence 15028392 et le Guide de l’utilisateur dugestionnaire d e̓xpérience Illumina,référence 15031335.)

viii Support nº 20000262Document nº 15027617 v01 FRA


Nº 15027617 Rév. C Avril 2012 Disponible en anglais uniquement.Mise à jour des descriptions du logiciel pourMCS v1.2.Ajout des nouvelles procédures et des nouvellessections suivantes : Présentation de BaseSpace,Utilisation de primers personnalisés, Générationde fichiers FASTQ, Dépannage d’une erreur dedébit, Réalisation d’un test de volume, Réalisationd’un lavage de maintenance et Arrêt del’instrument, qui comprend un lavage de mise enveille.Mise à jour des renseignements suivants :• Mise à jour du nom du flux de travail desamplicons, qui devient « flux de travail CustomAmplicon »; mise à jour du nom du flux detravail DenovoAssembly, qui devient « flux detravail Assembly »; ajout du flux de travailGenerateFASTQ

• Ajout des descriptions des fichiers et dossiersd’analyse; mise à jour de la dénomination desdossiers d’analyse; ajout de la taille des fichiersde sortie

• Mention de la présence obligatoire du dossierdu génome pour le séquençage d’ampliconsdans les paramètres de la feuille d’échantillons

• Ajout d’instructions relatives à la dilution deNaOH pour dénaturer les librairies

• Mise à jour de la Résolution de la défaillance delecture RFID afin d’inclure les instructionsrelatives au libre-service MiSeq

• Classement sous forme de liste des fichiers etdes dossiers utilisés pour le dépannage del’exécution d’une analyse

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Guide du systèmeMiSeq ix


Nº 15027617_FRA, rév. B Décembre 2011 Mise à jour des descriptions du logiciel pourMCS v1.1.Ajout de renseignements sur la protectionantivirus.Mise à jour des renseignements suivants :• Instructions pour résoudre la défaillance RFID• Préparation des librairies, modification à 0,2 Nde NaOH

• Convention de dénomination des dossiersd’analyse

• Espace disque et capacité de stockage requis• Étapes de configuration de l’analyse, ajout derenseignements pour la configuration de lafeuille d’échantillons

• Étapes de configuration de l’analyse : ajoutd’une remarque sur la mise au rebut du PR2restant

• Durée de l’analyse, ajout du cas où l’analysedépasse deux heures

• Exigences d’entrée de l’analyse, classementsous forme de liste des fichiers de manifeste,comme exigé pour les librairies TruSeq CustomAmplicon

• Correction de la taille du tube de HT1 dans lecontenu de la trousse de réactifs MiSeq

• Modifications des références iCom, quideviennent MyIllumina

Nº 15027617, rév. A Septembre 2011 Disponible en anglais uniquement.Publication originale.

x Support nº 20000262Document nº 15027617 v01 FRA

Table desmatières

Historique des révisions iiiTable des matières xi

Chapitre 1 Présentation 1Introduction 2Ressources supplémentaires 3Composants 4Concepts MiSeq 7Logiciel MiSeq 8Options d a̓nalyse secondaire 11Visualiseur d’analyse de séquençage 13Espace disque requis 14Présentation de la trousse de réactifs MiSeq 15

Chapitre 2 Premiers pas 19Démarrage duMiSeq 20Personnaliser les paramètres du système 21Configurer les notifications des mises à jour de BaseSpace 22Paramétrer les préférences de courriel 22Paramétrer les emplacements de dossiers par défaut 22Consommables fournis par l’utilisateur 24

Chapitre 3 Séquençage 25Introduction 26Durée de l a̓nalyse 27Flux de travail MiSeq 28Décongélation de la cartouche de réactifs 30Inspection de la cartouche de réactifs 31Dénaturer et diluer des librairies 32Charger des librairies d’échantillons 33Configurer une analyse à l’aide de MCS 34Nettoyer la Flow Cell 35Charger la Flow Cell 37Charger les réactifs 39Démarrage de l’analyse 42Surveiller l’analyse 43Effectuer un lavage après analyse 45

Chapitre 4Maintenance 49Fréquence de maintenance 50Fréquence de maintenance du flux de travail VeriSeq PGS 51Réaliser un lavage de maintenance 52Procéder à un lavage de mise en veille 55Gérer les fichiers 57Mises à jour logicielles 59Arrêter l’instrument 60

Annexe A Dépannage 61Introduction 62Regrouper des journaux pour le dépannage 63Réaliser une vérification du système 64

Guide du systèmeMiSeq xi

xii Support nº 20000262Document nº 15027617 v01 FRA

Live Help (Aide en direct) 65Interrompre ou arrêter une analyse 66Relever manuellement les dispositifs d’aspiration de la cartouche de réactifs 67Résoudre les erreurs de configuration de l a̓nalyse 68Résoudre une défaillance de lecture RFID 69Dépanner une erreur de débit 71Réaliser un test de volume 72Mesurer les volumes de lavage attendus 74Configurer les paramètres du système 75

Annexe B Fichiers et dossiers de sortie 77Dossiers d’analyse 78Contenu du dossier MiSeqOutput 79Dossiers et fichiers RTA 80

Index 83

Assistance technique 85

Chapitre

1

Guide du systèmeMiSeq 1

Chapitre 1 Présentation

Présentation

Introduction 2Ressources supplémentaires 3Composants 4Concepts MiSeq 7Logiciel MiSeq 8Options d a̓nalyse secondaire 11Visualiseur d’analyse de séquençage 13Espace disque requis 14Présentation de la trousse de réactifs MiSeq 15

Présentation

2 Support nº 20000262Document nº 15027617 v01 FRA

Introduction

Le système MiSeqMD d’Illumina combine la technologie éprouvée de séquençage parsynthèse (SBS) à un flux de travail révolutionnaire qui permet d’analyser les données ADNen seulement huit heures. Le système MiSeq intègre la génération d a̓mplifiats, leséquençage et l a̓nalyse de données en un seul instrument.

Fonctionnalités} Automatisation autonome : après la configuration de l’analyse, qui comprend le

chargement de la cartouche de réactifs pré-remplie, du flacon de tampon et de laFlow Cell, aucune manipulation supplémentaire n’est requise.

} Cartouche de réactifs pré-remplie : une cartouche de réactifs pré-remplie à usageunique et spécialement conçue pour fournir les réactifs pour la génération d’amplifiatset le séquençage, y compris des réactifs de séquençage à lectures appariées et desréactifs d’indexage. Le suivi d’identification par radiofréquence (RFID) intégré permetun suivi fiable des consommables.

} Commandes de l’interface : l’interface Logiciel de commande MiSeq Control Software(MCS) fournit des commandes pour configurer l’instrument, configurer et surveiller lesanalyses et réaliser les procédures de maintenance.

} Chargement pratique de Flow Cell : un mécanisme de pince positionneautomatiquement les Flow Cell lors de leur chargement dans l’instrument. Le suivid’identification par radiofréquence (RFID) intégré permet un suivi fiable desconsommables.

} Architecture fluidique novatrice : le système fluidique MiSeq permet une efficacitéinégalée de la durée du cycle chimique pendant le séquençage.

} Analyse en temps réel (RTA) : le logiciel d’analyse intégré analyse les données surl’instrument en temps réel pendant l’analyse de séquençage, ce qui comprend l’analysedes images et la définition de bases, et permet d’économiser un temps d’analyseprécieux en aval.

} MiSeq Reporter : le logiciel d’analyse secondaire intégré traite les données à partir del’analyse RTA pour procéder à l’alignement et fournir des renseignements sur chaqueéchantillon analysé.

Resso

urcessup

plém

entaires


Ressources supplémentaires

Les documents suivants peuvent être téléchargés depuis le site Web d’Illumina.

Ressource Description

Guide de préparation du site dusystème MiSeq

Fournit les spécifications relatives à l’espace du laboratoire, lesexigences électriques et les considérations environnementales.

Guide de sécurité et de conformitédu système MiSeq

Fournit des renseignements concernant l’étiquetage del’instrument, les certifications de conformité et les questions desécurité.

Guide de l’utilisateur dugestionnaire d’expérience Illumina

Fournit des instructions pour la création de plaquesd’échantillons et de feuilles d’échantillons pour différents typesde flux de travail et de librairies.

Guide de référence de BlueFuseWorkflow Manager

Fournit des instructions pour la création de plaquesd’échantillons et de feuilles d’échantillons pour une utilisationavec le flux de travail VeriSeq PGS.

Guide de référence rapidede la feuille d’échantillons MiSeq

Fournit des renseignements sur l’ajout de paramètres à votrefeuille d’échantillons.

Préparation de librairies d’ADNpour le séquençage sur le MiSeq

Fournit des instructions pour la dénaturation et la dilution delibrairies d’échantillons préparées avant le séquençage sur leMiSeq, et pour la préparation d’un contrôle PhiX. Cette étapes’applique à la plupart des types de librairie.

Utilisation de primerspersonnaliséssur le MiSeq

Fournit des instructions pour la préparation et le chargementde primers personnalisés et pour la modification de feuillesd’échantillons pour des primers personnalisés.

Guide de l’utilisateur duMiSeq Reporter

Fournit un aperçu complet des procédures d’analyse, des fluxde travail d’analyse et des fichiers de sortie générés par MiSeqReporter. Le guide fournit également les spécificationsinformatiques, les instructions d’installation hors del’instrument et les renseignements relatifs au dépannage.

Guide de référence du logicielBlueFuse Multi

Fournit un aperçu complet des procédures d’analyse, des fluxde travail d’analyse et des fichiers générés par BlueFuse Multi.Le guide fournit également les spécifications informatiques etles renseignements relatifs au dépannage. Utilisez ce guideavec le flux de travail VeriSeq PGS.

Aide en ligne du MiSeq Reporter Fournit des instructions sur l’utilisation du logiciel MiSeqReporter.

Guide de l’utilisateur BaseSpace Donne des instructions pour l’utilisation de BaseSpace et desdescriptions des graphiques générés pour chaque flux de travaild’analyse.

Guide du système BaseSpaceOnsite

Fournit des instructions relatives à l’utilisation du systèmeBaseSpace Onsite.

Consultez la page d’aide du système Système MiSeq sur le site Web d’Illumina, à l’adressesupport.illumina.com/sequencing/sequencing_instruments/miseq.html pour accéder à ladocumentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires auxquestions.

http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_instruments/miseq.html

Présentation


Composants

Le système MiSeq comprend les composants extérieurs suivants :

A Compartiment de la Flow Cell : contient la platine qui accueille la Flow Cell pendantl’analyse. Les moteurs de la platine extraient la platine du module optique joint pour lechargement de la Flow Cell et la réinsèrent dans le module lorsque l’analyse commence.

B Module optique joint : contient les composants optiques qui permettent l’imagerie de laFlow Cell.

C Barre d’état : indique l’état de l’instrument à l’aide de trois couleurs. La couleur bleue indiqueque l’instrument effectue un traitement, orange qu’il nécessite une surveillance et vert quel’instrument est prêt à commencer l’analyse suivante.

D Écran de surveillance tactile : permet la configuration sur l i̓nstrument ainsi que l a̓nalyse àl a̓ide de l i̓nterface logicielle.

E Ports USB externes : facilitent le transfert de fichiers et de données sur l’ordinateur del’instrument à partir de l’écran de surveillance tactile.

F Compartiment des réactifs : contient les réactifs à la bonne température, les solutions delavage et le flacon à déchets. Un verrou magnétique sécurise la porte du compartiment desréactifs.

L’interface MiSeq vous guide tout au long du processus de configuration de l a̓nalyse grâceà l é̓cran de surveillance tactile. Le chargement des composants de l’analyse nécessited’accéder au compartiment des réactifs et au compartiment de la Flow Cell.

Composants


Compartiment de la Flow Cell

A Platine de la Flow CellB Porte du compartiment de la Flow CellC Verrou de la Flow CellD Flow CellE Bouton de libération du verrou de la Flow Cell

Ce compartiment contient la platine de la Flow Cell, la station thermique et les connexionsfluidiques vers la Flow Cell. La platine de la Flow Cell maintient la Flow Cell, et le verroude la Flow Cell fixe et positionne la Flow Cell. Lorsque le verrou de Flow Cell se ferme,deux broches à proximité de sa charnière positionnent automatiquement la Flow Cell.La station thermique, située sous la platine de la Flow Cell, surveille les modifications detempérature de la Flow Cell nécessaires à la génération d’amplifiats et au séquençage.

Compartiment des réactifs

A Réfrigérant pour réactifsB Poignée des dispositifs d’aspiration (illustrée en position levée)C Flacon de PR2D Flacon à déchetsE Cartouche de réactifs

Le compartiment des réactifs contient le réfrigérant pour réactifs et les emplacements dutampon de lavage (PR2) et du flacon à déchets. Afin de conserver une température égale,ouvrez et fermez le réfrigérant pour réactifs uniquement lorsque cela vous est demandé.

Présentation


Au cours de l’analyse, le réfrigérant pour réactifs contient une cartouche de réactifs à usageunique. Au cours du lavage de l’instrument, le réfrigérant pour réactifs contient le plateaude lavage. Le logiciel baisse automatiquement les dispositifs d a̓spiration dans chaqueréservoir de la cartouche de réactifs au moment voulu de l a̓nalyse, en fonction de laprocédure en cours d e̓xécution.À droite du réfrigérant pour réactifs figurent des emplacements spécifiquement prévus pourle flacon de PR2 et le flacon à déchets. La poignée des dispositifs d a̓spiration met lesflacons en place et abaisse le dispositif d a̓spiration approprié dans chaque flacon. Lesréactifs sont pompés par les dispositifs d’aspiration, les lignes fluidiques et la Flow Cell.Les déchets des réactifs sont transférés dans le flacon à déchets tout au long du processus.

Concep

tsMiSeq


ConceptsMiSeq

Les concepts et termes suivants sont communs aux étapes de configuration de l’analysesur le MiSeq.

Concept Description

Flux de travail del’analyse

Procédure d’analyse secondaire effectuée par MiSeq Reporter. Le fluxde travail de chaque analyse figure sur la feuille d’échantillons.

Manifest (Manifeste) Fichier qui indique un génome de référence et des régions deréférence ciblées à utiliser dans l’étape d’alignement. Pour les flux detravail qui nécessitent un manifeste, le fichier de manifeste est indiquédans la feuille d’échantillons et copié dans le dossier de manifestedésigné dans MCS.

Génome de référence Fichier au format FASTA qui contient les séquences de génomeutilisées lors d’une analyse. Pour la plupart des flux de travaild’analyse, le fichier de génome de référence est indiqué dans la feuilled’échantillons.

Dossier d’analyse Structure de dossier remplie par le logiciel RTA (dossier MiSeqOutput)ou dossier rempli par MiSeq Reporter (MiSeqAnalysis). Pour obtenirplus de renseignements, reportez-vous à la section Dossiers d’analyse àla page 78.

Feuille d’échantillons Fichier de valeurs séparées par des virgules (*.csv) qui contient lesrenseignements requis pour configurer une analyse et effectuer uneanalyse de séquençage, notamment une liste des échantillons et lesséquences d’indexage correspondantes.La feuille d’échantillons doit être fournie pendant les étapes deconfiguration de l’analyse sur le MiSeq. Une fois que l’analyse acommencé, la feuille d’échantillons est renommée en SampleSheet.csvet copiée dans les dossiers d’analyse : MiSeqTemp, MiSeqOutput etMiSeqAnalysis.

Pour obtenir plus de renseignements sur les flux de travail de l’analyse et les formats defichier de manifeste, consultez le Guide du logiciel MiSeq Reporter (documentº 15042295).Pour obtenir plus de renseignements sur les feuilles d’échantillons, consultez le Guide deréférence rapide de la feuille d’échantillons MiSeq (document nº 15028392).

Présentation


LogicielMiSeq

Les applications logicielles suivantes sont préinstallées sur l’ordinateur de l’instrument :} Logiciel de commande MiSeq Control Software (MCS) : commande le fonctionnement

de l’instrument. L’interface du Logiciel de commande MiSeq Control Software (MCS)vous guidera à travers les étapes de chargement de la Flow Cell et des réactifs avant lelancement de l’analyse. Un aperçu des statistiques de qualité s’affiche pendant laprogression de l’analyse.

} Au cours de l’analyse, le système MCS active la platine de Flow Cell, distribue lesréactifs, commande les températures de Flow Cell et capture les images des amplifiatsde Flow Cell. MCS exécute l’analyse selon les paramètres indiqués dans la feuilled’échantillons.

} Logiciel d’analyse temps réel (RTA) : le logiciel intégré d’analyse temps réel (RTA)exécute les analyses d’images et la définition des bases, et affecte un score de qualité àchacune des bases de chaque cycle. Les images sont temporairement stockées dans ledossier d’analyse pour leur traitement par RTA, puis automatiquement supprimées àla fin de l’analyse RTA.

} MiSeq Reporter : réalise l’analyse secondaire. Le logiciel en charge de l’analyse MiSeqReporter traite les définitions des bases générées par le logiciel RTA et fournit desrenseignements sur l’alignement, les variants et les assemblages de contigs pourchaque génome demandé. Le flux de travail d’analyse spécifié sur la feuilled’échantillons détermine le type d’analyse réalisé. Pour plus de renseignements,consultez la section Présentation de MiSeq Reporter à la page 12.

Des logiciels facultatifs sont également utilisés hors de l’instrument, notamment levisualiseur d’analyse de séquençage (SAV). Pour obtenir plus de renseignements, consultezla section Visualiseur d’analyse de séquençage à la page 13.

LogicielM

iSeq


Icônes d’étatLe coin supérieur droit de l’écran d’accueil affiche une icône d’état qui indique toutemodification des conditions pendant la configuration de l’analyse ou pendant l’analyse.

Icône d’état Nom de l’état DescriptionÉtat OK Aucune modification. Le système est normal.

Attention Renseignements importants. Une action est recommandée.

Avertissement Les avertissements n’interrompent pas une analyse.Ils peuvent cependant nécessiter une action avant depoursuivre.

Erreur En règle générale, les erreurs interrompent l’analyse etrequièrent une intervention avant sa reprise.

En cas de modification de l’état, l’icône se transforme en image associée et clignote pourvous alerter. Sélectionnez l'icône pour ouvrir la fenêtre d’état et afficher une description dela condition.Sélectionnez un élément répertorié pour consulter une description détaillée de l’état et desinstructions pour le résoudre, le cas échéant.Sélectionnez Acknowledge (Accuser réception) pour accepter le message et Close (Fermer)pour fermer la boîte de dialogue.Vous pouvez filtrer les types de message à afficher dans la fenêtre d’état en sélectionnantles icônes dans la marge supérieure de la fenêtre. En sélectionnant une icône, vous activezou désactivez son affichage.

Indicateurs d’activitéLe coin inférieur droit de chaque écran d’interface présente une série d’icônes. Chaqueicône est un indicateur signalant l’activité exécutée par l’instrument.

Figure 1 Indicateurs d’activité

De gauche à droite, les indicateurs d’activité représentent les activités suivantes :} Déplacement de la platine Y} Déplacement de la platine Z} Activation de la fonctionnalité électronique} Utilisation de la caméra} Pompage par le système fluidique

Présentation


Indicateurs de capteursDes indicateurs de capteurs en bas de chaque écran de l’interface représentent l’état descomposants de l’instrument.

Figure 2 Indicateurs de capteurs

De gauche à droite, les indicateurs de capteurs représentent les composants suivants :} Porte du compartiment de la Flow Cell, fermée ou ouverte} Température du réfrigérant pour réactifs en °C} Température de la Flow Cell en °C} Statut de la connexion BaseSpaceMD (non connecté sur l’illustration)

Optio

nsda̓nalyse

second

aire


Options d a̓nalyse secondaire

L’analyse des données de séquençage MiSeq peut s’effectuer sur l’ordinateur del’instrument à l’aide de MiSeq Reporter, sur un serveur en réseau à l’aide deBaseSpace Onsite ou sur le nuage à l’aide de BaseSpace. Utilisez le logiciel BlueFuse Multipour l’analyse si vous effectuez un flux de travail VeriSeq PGS. BaseSpace,BaseSpace Onsite et MiSeq Reporter fournissent des renseignements sur l’alignement, lesvariants et les assemblages de contigs pour chaque génome demandé et chaque échantillond’une analyse sur multi-échantillons.

Présentation de BaseSpace et BaseSpace OnsiteBaseSpace est l’environnement informatique en nuage d’Illumina. BaseSpace Onsite fournitun environnement informatique sur un serveur dédié et complet, comprenant des outils deconfiguration d’analyse ainsi que des options d’analyse.Connectez-vous à BaseSpace ou BaseSpace Onsite lorsque vous configurez l’analyse deséquençage. Lorsque vous utilisez BaseSpace ou BaseSpace Onsite, l’option facultative destockage des données de l’analyse en local vous est proposée. Pour obtenir plus derenseignements, consultez la section Personnaliser les paramètres du système à la page 21.Lorsque vous commencez votre analyse de séquençage, l i̓cône change pour indiquer queMiSeq est connecté à BaseSpace ou BaseSpace Onsite et que les fichiers de données sont encours de transfert vers l’emplacement désigné.

Figure 3 Icône indiquant la connexion à BaseSpace

Figure 4 Icône indiquant la connexion à BaseSpace Onsite

Lorsque vous utilisez BaseSpace, les fichiers de données sont cryptés en transit, décryptéslors de l a̓nalyse et de nouveau cryptés lors du stockage. Lorsque vous utilisezBaseSpace Onsite, les fichiers de données sont cryptés en transit, décryptés lors de l a̓nalyseet peuvent facultativement être de nouveau cryptés lors du stockage.BaseSpace et BaseSpace Onsite sont automatiquement déconnectés de MiSeq à la fin del a̓nalyse ou dès la fin du transfert de tous les fichiers de l a̓nalyse RTA. En casd i̓nterruption de la connexion Internet, le téléchargement des fichiers de l a̓nalyse continueà partir du point d i̓nterruption, une fois la connexion rétablie.Dès que le dernier fichier de définition des bases est téléchargé dans BaseSpace ouBaseSpace Onsite, l a̓nalyse secondaire de vos données commence. Les mêmes flux detravail d a̓nalyse sont pris en charge sur BaseSpace et BaseSpace Onsite, et avec l a̓nalysesur l’instrument à l a̓ide de MiSeq Reporter.Plusieurs génomes sont fournis avec l’installation de MiSeq Reporter. BaseSpace etBaseSpace Onsite prennent en charge uniquement les génomes compris dans MiSeqReporter.

Présentation


Vous pouvez vous connecter à BaseSpace à l a̓dresse basespace.com. Connectez-vous àl a̓ide de votre identifiant de compte MyIllumina. Pour obtenir plus de renseignements surBaseSpace, consultez le Guide de l’utilisateur de BaseSpace (document nº 15044182) et les pagesd’aide BaseSpace sur le site web d’Illumina.Pour obtenir plus de renseignements sur BaseSpace Onsite, consultez le Guide de l’utilisateurde BaseSpace Onsite (document nº 15049148) et les pages d’aide BaseSpace Onsite sur le siteweb d’Illumina.

Présentation de MiSeq ReporterMiSeq Reporter est une application du service Windows qui traite la définition des basescréée par le logiciel RTA.MiSeq Reporter lance l a̓nalyse secondaire immédiatement après lafin de l a̓nalyse du séquençage exécutée par le logiciel RTA.MiSeq Reporter procède à l’analyse sur l’ordinateur de l’instrument. Cependant, l’interfacedu logiciel doit être affichée à partir du navigateur Web d’un autre ordinateur relié aumême réseau que MiSeq Reporter.Une fois l’analyse secondaire terminée, un fichier nommé CompletedJobInfo.xml est créédans le dossier de l’analyse. Pour obtenir plus de renseignements, consultez Guide dulogiciel MiSeq Reporter (documentº 15042295).

Séquençage pendant l’analyseLes ressources informatiques du système MiSeq sont dédiées au séquençage ou à l’analyse.Si une nouvelle analyse de séquençage est lancée sur le système MiSeq avant la fin d’uneanalyse secondaire d’une analyse précédente, l’analyse MiSeq Reporter en cours estautomatiquement interrompue.Pour redémarrer l’analyse réalisée par MiSeq Reporter, utilisez la fonctionnalité Requeue(File d’attente) de l’interface du logiciel MiSeq Reporter une fois que la nouvelle analyse deséquençage est terminée. L’analyse secondaire est alors relancée depuis le début.

http://basespace.com/

Visualiseur

d’analyse

deséq

uençage


Visualiseurd’analyse de séquençage

Pour surveiller votre analyse plus en détail sans interférer avec celle-ci, utilisez levisualiseur d’analyse de séquençage (SAV) Illumina. Vous devez mettre votre systèmeMiSeq en réseau pour consulter les résultats d’analyse primaire avec SAV.SAV permet d’examiner les mesures pendant une analyse, à mesure qu’elles sont générées,et une fois l’analyse terminée. Installez SAV sur un ordinateur indépendant du systèmeMiSeq doté d’un accès au réseau auquel l’instrument est connecté. Après le lancement dulogiciel, accédez au dossier de sortie de votre analyse.Après la génération du modèle, SAV fournit des mesures générées par RTA et les organisesous forme de tracés, de graphiques et de tableaux.

REMARQUESAV est compatible avec tous les systèmes de séquençage Illumina, dont la plupartutilisent une Flow Cell à huit lignes. Certaines vues comprennent des listesdéroulantes affichant les lignes 1 à 8. Étant donné que la Flow Cell MiSeq comporteune ligne unique, sélectionnez All (Tout) ou Lane 1 (Ligne 1).

Pour plus de renseignements, consultez le Guide de l’utilisateur du visualiseur d’analyse deséquençage (document nº 15020619).

Présentation


Espacedisque requis

L’ordinateur de l’instrument dispose d’une capacité de stockage d’environ 550 Go.Avant le lancement d’une analyse, le logiciel vérifie l’espace disque disponible. Si l’espacedisque n’est pas suffisant pour l’analyse, une invite du logiciel s’affiche. Le messageindique le volume d’espace disque requis pour l’analyse et le volume à libérer avantl’exécution de l’analyse.Si vous êtes invité à libérer de l’espace disque, déplacez ou supprimez les dossiersd’analyse anciens de manière appropriée. Pour obtenir plus de renseignements, consultezla section Gérer les fichiers à la page 57. Après avoir libéré l’espace disque adéquat,sélectionnez Restart Check (Redémarrer la vérification).

Présentatio

ndelatro

ussederéactifs

MiSeq


Présentationde la troussede réactifsMiSeq

Pour exécuter une analyse sur le MiSeq, vous avez besoin d’une trousse de réactifs MiSeq àusage unique, qui existe en différents types et différentes tailles. Chaque type de trousse deréactifs MiSeq contient un type de Flow Cell spécifique à la trousse et tous les réactifsnécessaires à l’exécution d’une analyse.La Flow Cell, le flacon de PR2 et la cartouche de réactifs fournis dans la trousse utilisentl’identification par radiofréquence (RFID) pour assurer avec précision le suivi et lacompatibilité des consommables.Utilisez toujours la cartouche de réactifs associée à votre type de Flow Cell. Si la cartouchede réactifs n’est pas compatible, un message apparaît pendant les étapes de configurationde l’analyse pour vous inviter à charger une cartouche de réactifs compatible.Pour obtenir une description des trousses de réactifs disponibles, visitez le site Webd’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/miseq_reagent_kit.html.

Flow Cell

A Port de sortieB Zone d’imagerieC Port d’entrée

La Flow Cell MiSeq est un substrat en verre à usage unique sur lequel les amplifiats sontgénérés, et la réaction de séquençage, réalisée.Les réactifs pénètrent dans la Flow Cell par le port d’entrée, traversent la zone d’imageriede la ligne unique, puis sortent par le port de sortie. Les déchets qui sortent de la Flow Cellsont transférés dans le flacon à déchets.Les librairies sont chargées sur la cartouche de réactifs avant la configuration de l’analyseet sont automatiquement transférées à la Flow Cell après le lancement.

Couleur du couvercle de la Flow CellLa couleur du couvercle du contenant de la Flow Cell indique le type de Flow Cell :

Flow Cell Couleur du couvercle de la Flow CellFlow Cell standardFlow Cell PGS

Transparent

Micro Flow Cell VertNano Flow Cell Jaune



Présentation


Présentation de la cartouche de réactifsLa cartouche de réactifs MiSeq est un consommable à usage unique comprenant desréservoirs scellés par un opercule d’aluminium et pré-remplis avec des réactifsd’amplification et de séquençage en quantité suffisante pour le séquençage d’une Flow Cell.Chaque réservoir de la cartouche est numéroté. Les librairies d’échantillons sont chargéesdans la cartouche à la position 17 étiquetée Load Samples (Charger les échantillons).

AVERTISSEMENTCe groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituantprobablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuventsurvenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez unéquipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blousede laboratoire. Manipulez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et mettez-lesau rebut conformément aux normes de sécurité gouvernementales en vigueur dans votrerégion. Pour plus de renseignements relatifs à l’environnement, à la santé et à la sécurité,consultez la fiche signalétique de cette trousse, mise à votre disposition sursupport.illumina.com/sds.html.

Réservoirs réservésFigure 5 Cartouche de réactifs avec réservoirs numérotés

http://support.illumina.com/sds.html

Présentatio

ndelatro

ussederéactifs

MiSeq


Position Nom du réactif Description8 LDR Réactif de dénaturation (contient du formamide)17 Réservé Load Sample (Charger l’échantillon) (Réservé aux

librairies d’échantillons)18 Réservé Réservé pour le primer de lecture 1 personnalisé

[Facultatif]19 Réservé Réservé pour le primer de lecture d’index personnalisé

[Facultatif]20 Réservé Réservé pour le primer de lecture 2 personnalisé

[Facultatif]

Tableau 1 Réservoirs pour cartouche de réactifs

REMARQUEPour obtenir plus de renseignements sur lʼutilisation de primers personnalisés dans lacartouche de réactifs MiSeq, consultez le document Utilisation de primers personnaliséssur MiSeq (document nº 15041638).


Chapitre

2


Chapitre 2 Premiers pas

Premierspas

Démarrage duMiSeq 20Personnaliser les paramètres du système 21Configurer les notifications des mises à jour de BaseSpace 22Paramétrer les préférences de courriel 22Paramétrer les emplacements de dossiers par défaut 22Consommables fournis par l’utilisateur 24

Premierspas


DémarrageduMiSeq

REMARQUELaissez l’instrument allumé en permanence pour des performances optimales.Toutefois, consultez la section Arrêter l’instrument à la page 60 si l’instrument doit êtrearrêté. Attendez un minimum de 60 secondes avant de le rallumer.

1 Si le système MiSeq n’est pas déjà sous tension, localisez le bouton d’alimentation,situé sur le côté droit du panneau arrière de l’instrument. Il se trouve dans le coininférieur, juste sous le cordon secteur.

Figure 6 Emplacement du bouton d’alimentation

2 Mettez le bouton d’alimentation en position ON (MARCHE). L’ordinateur del’instrument démarre.

3 Connectez-vous au système d’exploitation à l’aide du nom d’utilisateur et du mot depasse par défaut :} Nom d’utilisateur : sbsuser} Mot de passe : sbs123Attendez jusqu’au chargement complet du système d’exploitation. Dès que le systèmeest prêt, le du logiciel de commande MiSeq Control Software (MCS) démarre et lanceautomatiquement l’initialisation du système.À la fin de l’étape d’initialisation, l’écran d’accueil s’affiche.

Perso

nnaliserles

param

ètresdusystèm

e


Personnaliser les paramètres dusystème

1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Run Options (Options d’analyse).

2 Sélectionnez l’onglet Run Settings (Paramètres de l’analyse).

3 Sélectionnez Post Run Wash (Lavage après analyse) ouMaintenance Wash (Lavage demaintenance).Un lavage de l’instrument est requis après chaque analyse. Le logiciel exige qu’unlavage soit effectué avant de configurer une analyse ultérieure. L’option Post-Run Wash(Lavage après analyse) indique quel type de lavage est réalisé par défaut. Le lavageaprès analyse dure approximativement 30 minutes. Le lavage de maintenance dureapproximativement une heure.

4 Saisissez l’adresse de l’emplacement du serveur BaseSpace Onsite.Le paramètre du serveur BaseSpace Onsite est requis si vous utilisez BaseSpace Onsite.

5 Sélectionnez ou désélectionnez l’option Send instrument health information toIllumina to aid technical support (Envoyer des renseignements sur l’état del’instrument à Illumina afin d’aider l’assistance technique).L’option Send Instrument Health (Envoyer l’état de l’instrument) permet d’aiderl a̓ssistance technique d’Illumina à régler les éventuels problèmes. Les seuls fichiersenvoyés à Illumina sont des fichiers journaux (fichiers InterOp et fichiers journaux).L’instrument doit être connecté à un réseau doté d’un accès Internet pour utiliser cettefonctionnalité.

6 Sélectionnez ou désélectionnez l’option When using BaseSpace or BaseSpace Onsite,replicate analysis locally on MiSeq (Répliquer l’analyse localement sur MiSeq lors del’utilisation de BaseSpace ou BaseSpace Onsite).Le paramètre Replicate Analysis Locally (Répliquer l’analyse localement) indique lesemplacements de traitement de l’analyse lors de l’utilisation de BaseSpace ouBaseSpace Onsite. Ce paramètre permet de réaliser l a̓nalyse à la fois localement surl i̓nstrument et dans BaseSpace ou BaseSpace Onsite.Si vous sélectionnez cette option lorsque vous utilisez BaseSpace ou BaseSpace Onsite,MiSeq Reporter démarre automatiquement après l’analyse et effectue une analyselocalement.Si vous ne sélectionnez pas cette option lorsque vous utilisez BaseSpace ouBaseSpace Onsite, MiSeq Reporter ne démarre pas automatiquement après l’analyse etl’analyse est exécutée dans BaseSpace ou BaseSpace Onsite uniquement.Sélectionnez cette option si vous effectuez un flux de travail VeriSeq PGS à l’aide deBlueFuse Multi.

Premierspas


Configurer les notifications desmises à jourdeBaseSpace

1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).

2 Sélectionnez Software Update (Mise à jour du logiciel).

3 Sélectionnez l’option Automatically check for new software updates on BaseSpace(Rechercher automatiquement les nouvelles mises à jour logicielles sur BaseSpace).

Paramétrer les préférences de courriel

MiSeq peut être configuré pour envoyer une notification par courriel lorsque l a̓nalyse RTA,lorsque l a̓nalyse secondaire sur l i̓nstrument est terminée ou si une erreur logicielle MiSeqcritique se produit.


2 Sélectionnez l’onglet Folder Settings (Paramètres du dossier).

3 Saisissez les renseignements suivants :} Local SMTP email server address (Adresse du serveur de courriel SMTP local) : àl a̓ide du clavier sur l é̓cran, saisissez l’adresse de serveur de courriel SMTP local. Sinécessaire, communiquez avec l a̓dministrateur de l’installation pour obtenir cesrenseignements.

} Sender email address (Adresse de courriel de l e̓xpéditeur) : à l a̓ide du clavier surl é̓cran, saisissez l a̓dresse de courriel de l e̓xpéditeur. Il peut s a̓gir de votre adressede courriel ou d u̓ne autre adresse indiquée pour l e̓nvoi des notifications parcourriel. L a̓dresse de courriel de l e̓xpéditeur doit avoir le même nom de domaineque l a̓dresse de serveur de courriel.

} Email addresses (Adresses de courriel) : à l a̓ide du clavier sur l é̓cran, saisissez lesadresses de courriel de chaque destinataire auquel envoyer les notifications. Séparezles adresses de courriel par une virgule. Sélectionnez Test (Test) pour envoyer uncourriel de test aux destinataires des notifications.

} Notify via email when (Notifier par courriel lorsque) : cochez cette case pour chacundes événements d a̓nalyse déclenchant une notification.

Paramétrer les emplacements dedossiers pardéfaut

Les dossiers peuvent se trouver sur un réseau local ou sur l’ordinateur de l’instrument.


2 Sélectionnez l’onglet Folder Settings (Paramètres du dossier).

3 Saisissez les emplacements par défaut pour les dossiers suivants.} Recipes (Formules) : définit le dossier par défaut des formules. Les formules sont desfichiers XML que le logiciel utilise pour exécuter l’analyse de séquençage. Uneformule est créée au début de l’analyse selon les paramètres de la feuilled’échantillons, puis la formule est copiée dans le dossier de sortie.

Param

étrerles

emplacem

entsdedossiers

par

défaut


} Sample Sheets (Feuilles d’échantillons) : définit le dossier par défaut des feuillesd’échantillons. Les feuilles d’échantillons sont créées avant la préparation deslibrairies et contiennent les paramètres de l’analyse.

} Manifests (Manifestes) : des fichiers de manifeste sont requis pour certains types debibliothèque. Consultez la documentation de préparation d’échantillons pour votretrousse de préparation d’échantillons, ainsi que le Guide de référence rapide de la feuilled’échantillons MiSeq (document nº 15028392).

} MiSeqOutput : définit l’emplacement par défaut des fichiers de sortie de l’analyse.Modifiez l’emplacement du dossier de sortie par défaut vers un emplacement réseaupour le partage, le stockage longue durée et éventuellement l’utilisation hors ligne deMiSeq Reporter. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section Dossiersd’analyse à la page 78.

Premierspas


Consommables fournis par l’utilisateur

Assurez-vous que les consommables suivants fournis par l’utilisateur sont disponiblesavant de lancer une analyse.

Consommable Fournisseur UtilisationStock de NaOH 1.0 N,qualité biologiemoléculaire

Fournisseur de laboratoiregénéral

Dénaturation des librairiesd’échantillons et d’ADN decontrôle PhiX

Lingettes alcoolisées,isopropyle à 70 %ouéthanol à 70 %

VWR, nº de référence95041-714*

Fournisseur de laboratoiregénéral

Nettoyage du portoir de FlowCell

Gants jetables sans talc Fournisseur de laboratoiregénéral

Utilisation générale

Chiffon de laboratoirepeu pelucheux

VWR, nº deréférence 21905-026*

Nettoyage de la platine de FlowCell et de l’opercule recouvrant leréservoir de chargement deséchantillons

Papier pour lentilles,10,1 x 15,2 cm (4 x 6 po)

VWR, nº deréférence 52846-001*

Nettoyage de la Flow Cell

Tubes microcentrifuges Fournisseur de laboratoiregénéral

Dénaturation et dilution deslibrairies d’échantillons et d’ADNde contrôle PhiX

Tubes MiSeq Illumina,référence MS-102-9999

Nettoyage de la ligne desmodèles dans le cadre d’uneutilisation du flux de travailVeriSeq PGS (facultatif pour lesautres flux de travail)

NaOCl à 5 % Sigma-Aldrich, nº deréférence 239305*

Nettoyage de la ligne desmodèles dans le cadre d’uneutilisation du flux de travailVeriSeq PGS (facultatif pour lesautres flux de travail)

Tween 20 Sigma-Aldrich, cataloguenº P7949

Nettoyage de l’instrument

Brucelles en plastique àbout carré (facultatif)

McMaster-Carr, cataloguenº 7003A22*

Retrait de la Flow Cell ducontenant de livraison

Eau de laboratoire Fournisseur de laboratoiregénéral

Nettoyage de l’instrument

* ou équivalent de laboratoire

Recommandations à propos de l’eau de laboratoireUtilisez toujours de l e̓au de laboratoire pour réaliser des procédures sur l’instrument.N’utilisez jamais d’eau courante ou d’eau désionisée. Voici des exemples d’eaux delaboratoire acceptables :} PW1 d’Illumina} Eau 18 mégohms (MΩ)} Eau Milli-Q} Eau Super-Q} Eau de qualité biologie moléculaire

Chapitre

3


Chapitre 3 Séquençage

Séquençage

Introduction 26Durée de l a̓nalyse 27Flux de travail MiSeq 28Décongélation de la cartouche de réactifs 30Inspection de la cartouche de réactifs 31Dénaturer et diluer des librairies 32Charger des librairies d’échantillons 33Configurer une analyse à l’aide de MCS 34Nettoyer la Flow Cell 35Charger la Flow Cell 37Charger les réactifs 39Démarrage de l’analyse 42Surveiller l’analyse 43Effectuer un lavage après analyse 45

Séq

uençag

e


Introduction

Pour exécuter une analyse sur le système MiSeq, suivez les étapes de configuration décritespar ce chapitre. Après le lancement de l’analyse, aucune intervention supplémentaire del’utilisateur n’est requise.L’analyse de séquençage peut être surveillée depuis l’écran Sequencing (Séquençage) ou àdistance par l’intermédiaire du visualiseur d’analyse de séquençage (SAV), une applicationlogicielle facultative à télécharger sur le site Web d’Illumina.Une fois l’analyse de séquençage terminée, effectuez un lavage de l’instrument.

Durée

dela̓nalyse


Duréede l a̓nalyse

La durée de l’analyse dépend du nombre de cycles que vous réalisez. Vous pouvez réaliserune analyse à lectures appariées comprenant jusqu’à 2 × 301 cycles de séquençage plus deslectures d’index avec MCS v2.3.En outre, la durée de l’analyse dépend de la version des réactifs MiSeq utilisés et des misesà niveau améliorant les performances effectuées sur votre instrument.Pour les durées attendues et autres spécifications, consultez la page des spécifications dusystème MiSeq sur le site Web d’Illumina (www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn).

Nombre de cycles d u̓ne lectureUne lecture comprend un cycle de plus que le nombre de cycles analysés. Le cyclesupplémentaire est requis pour les calculs de la mise en phase et de la préphase.Par exemple, une analyse de 300 cycles à lecture appariée effectue deux lectures de301 cycles (2 × 301), pour un total de 602 cycles. À la fin de l a̓nalyse, 2 × 300 cycles sontanalysés.

http://www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn


Séq

uençag

e


Fluxde travailMiSeq

Préparez la cartouche de réactifs pré-remplie à utiliser.

Dénaturez et diluez les librairies (ne s’applique pas à tous les types delibrairies). Consultez le document Préparation de librairies d’ADN pourle séquençage sur MiSeq (document nº 15039740).

Chargez le mélange de librairies sur la cartouche de réactifs dans leréservoir désigné.

Dans l’interface du logiciel, sélectionnez Sequence (Séquence) pourdémarrer la procédure de configuration de l’analyse.[Facultatif] Connectez-vous à BaseSpace ou BaseSpace Onsite.

Lavez et séchez soigneusement la Flow Cell.Chargez la Flow Cell.

Chargez le flacon de PR2 et assurez-vous que le flacon à déchets estvide.Chargez la cartouche de réactifs.

Contrôlez les paramètres de l’analyse et les résultats de la vérificationavant analyse.Sélectionnez Start Run (Démarrer l’analyse).

Surveillez votre analyse sur l’interface MCS ou sur un autreordinateur à l’aide du visualiseur d’analyse de séquençage (SAV).

Effectuez un lavage après analyse.

Génération d’amplifiatsLors de la génération d’amplifiats, les molécules d’ADN uniques sont liées à la surface dela Flow Cell, puis subissent une amplification en pont de façon à former des amplifiats.

SéquençageUne fois les amplifiats générés, ils sont mis en image à l’aide de combinaisons de DEL etde filtres propres à chacun des quatre didésoxyribonucléotides à marqueur fluorescent. Unefois l’imagerie d’une plaque terminée, la Flow Cell est déplacée de manière à exposer laplaque suivante. Ce processus se répète pour chaque cycle de séquençage. Après l’analysedes images, le logiciel définit les bases, les filtre et leur attribue un score de qualité.

Flux

detravailM

iSeq


AnalyseUne fois l’analyse terminée, le logiciel d’analyse MiSeq Reporter démarre automatiquementpour réaliser l’analyse secondaire, qui comprend un alignement et un appel des variants.Vous pouvez surveiller l’analyse secondaire depuis un autre ordinateur si vous disposezd’une connexion Internet. Pour plus de renseignements, consultez la section Présentation deMiSeq Reporter à la page 12.

Séq

uençag

e


Décongélationde la cartouchede réactifs

Suivez les instructions ci-dessous pour décongeler la cartouche de réactifs à l’aide d u̓nrécipient d e̓au à température ambiante.

REMARQUEVous pouvez également décongeler les réactifs la nuit dans un lieu de stockage où latempérature se situe entre 2 et 8 °C. Les réactifs conservent leur stabilité durant une semainelorsqu’ils sont conservés à cette température.

1 Retirez la cartouche de réactifs de son lieu de stockage entre -15 et -25 °C.

2 Placez la cartouche de réactifs dans un récipient contenant assez d’eau désionisée àtempérature ambiante pour immerger la base de la cartouche de réactifs. L’eau ne doitpas dépasser la ligne limite d’eau imprimée sur la cartouche de réactifs.

Figure 7 Ligne limite d’eau

3 Laissez la cartouche décongeler dans ce récipient d’eau à température ambiante jusqu’àdécongélation complète.} Cartouches MiSeq v3 : environ 60 à 90 minutes.} Cartouches MiSeq v2 : environ 60 minutes.

4 Retirez la cartouche du récipient d’eau et tapotez-la doucement contre la paillasse pourégoutter la base de la cartouche. Séchez la base de la cartouche.

Inspectio

ndelacarto

uchederéactifs


Inspectionde la cartouchede réactifs

1 Renversez la cartouche de réactifs 10 fois pour mélanger les réactifs décongelés, puisvérifiez visuellement que toutes les positions sont décongelées.

2 Inspectez les réactifs des positions 1, 2 et 4 pour vous assurer qu i̓ls sont complètementmélangés et qu i̓ls ne contiennent pas de précipités.

3 Tapotez doucement la cartouche sur la paillasse pour éliminer les bulles d a̓ir dans lesréactifs.

REMARQUEComme les tubes des dispositifs d a̓spiration MiSeq descendent au fond de chaque réservoirpour aspirer les réactifs, il est important qu i̓l ne reste aucune bulle d a̓ir dans les réservoirs.

4 Placez la cartouche de réactifs sur la glace jusqu’à six heures ou réservez-la à unetempérature comprise entre 2 °C et 8 °C jusqu’à ce que vous soyez prêt à configurerl a̓nalyse. Pour obtenir de meilleurs résultats, chargez directement l’échantillon etconfigurez l a̓nalyse.



Séq

uençag

e


Dénatureret diluerdes librairies

Si nécessaire pour votre type de librairie, dénaturez et diluez les librairies et ajoutez uncontrôle PhiX facultatif. Consultez le document Préparation de librairies pour le séquençage surMiSeq (document nº 15039740). Si vous utilisez le flux de travail VeriSeq PGS, consultez ledocument Guide de préparation de librairies VeriSeq PGS (document nº 15052877).Cette étape ne s’applique pas à tous les types de librairie. Certaines méthodes depréparation d’échantillons Illumina permettent d’obtenir un ensemble de librairies dont laconcentration est normalisée et prête à être utilisée. Reportez-vous au guide de préparationd’échantillons pour connaître la trousse utilisée pour préparer les librairies d’échantillons.

REMARQUESi vous utilisez des primers personnalisés, préparez les primers et configurez la feuilled’échantillons comme décrit dans le document Utilisation de primers personnalisés surMiSeq (document nº 15041638).

Charg

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librairies

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Chargerdes librairies d’échantillons

Lorsque la cartouche de réactifs est complètement décongelée et prête à l’emploi, vouspouvez charger les librairies préparées sur la cartouche.

1 Nettoyez l’opercule en aluminium couvrant le réservoir Load Samples (Charger leséchantillons) à l’aide d’un chiffon de laboratoire peu pelucheux.

2 Perforez l’opercule en aluminium à l’aide d’une pipette propre de 1 ml.

3 Transférez à l’aide de la pipette 600 µl des librairies préparées dans le réservoir LoadSamples (Charger les échantillons). Évitez tout contact avec l’opercule en aluminium.

Figure 8 Chargement des librairies

4 Passez directement aux étapes de configuration de l’analyse depuis l’interface dulogiciel de commande MiSeq Control Software (MCS).

Séq

uençag

e


Configurerune analyse à l’aide deMCS


2 Sélectionnez Reboot (Redémarrer) pour redémarrer le logiciel du système.

3 [Facultatif] À partir de l’écran Run Options (Options d’analyse), vérifiez l’emplacementdes dossiers de formules, de feuilles d’échantillon et de manifestes, ainsi que le dossierMiSeqOutput (sortie MiSeq). Pour obtenir plus de renseignements, consultez la sectionParamétrer les emplacements de dossiers par défaut à la page 22.

4 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Sequence (Séquence) pour démarrer la procédure deconfiguration de l’analyse. L’écran BaseSpace Options (Options BaseSpace) apparaît.Lorsque vous sélectionnez Sequence (Séquence) sur l’écran d’accueil, une séried’écrans de configuration de l’analyse s’ouvre dans cet ordre : BaseSpace Option(Option BaseSpace), Load Flow Cell (Charger la Flow Cell), Load Reagents (Charger lesréactifs), Review (Révision) et Pre-Run Check (Vérification avant analyse).

Configurer l’option BaseSpace ou BaseSpace Onsite1 Sur l’écran BaseSpace Options (Options BaseSpace), cochez ou décochez les cases Use

BaseSpace for storage and analysis (Utiliser BaseSpace pour le stockage et l’analyse) etUse BaseSpace Onsite for storage and analysis (Utiliser BaseSpace Onsite pour lestockage et l’analyse).

2 Sélectionnez Next (Suivant).

Netto

yerlaFlowCell


Nettoyer la FlowCell

1 Enfilez une nouvelle paire de gants sans talc.

2 Retirez la Flow Cell de son contenant spécial en la tenant par la base de la cartoucheen plastique à l’aide d’une pince en plastique.

Figure 9 Retrait de la Flow Cell

3 Rincez légèrement la Flow Cell avec de l’eau de laboratoire, jusqu’à ce que les partiesen verre et en plastique de la cartouche soient soigneusement rincées pour retirerl’excès de sels.Un excès de sels peut compromettre la fixation de la Flow Cell sur l i̓nstrument.L i̓magerie peut également être compromise si les sels sèchent dans la zone d i̓magerie.

Figure 10 Rinçage de la Flow Cell

4 Procédez avec soin autour du joint de port de la Flow Cell, séchez la Flow Cell et lacartouche soigneusement à l a̓ide d u̓n chiffon non pelucheux destiné au nettoyage delentilles. Séchez doucement la zone autour du joint et du verre en tapotant.

Figure 11 Ports et joint de la Flow Cell

5 Nettoyez le verre de la Flow Cell à l’aide d’une lingette alcoolisée. Veillez à ne paslaisser d e̓mpreintes ou de marques sur le verre ni de peluches ou de fibres textiles.

REMARQUENe nettoyez pas le joint de port de la Flow Cell avec une lingette alcoolisée.

Séq

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Figure 12 Séchage de la Flow Cell

6 Séchez l’excès d a̓lcool avec un chiffon non pelucheux destiné au nettoyage de lentilles.

7 Assurez-vous que les ports de la Flow Cell ne sont pas obstrués et que le joint qui lesentoure est correctement fixé.Si le joint semble délogé, remettez-le en place en appuyant doucement jusqu’à ce qu i̓lprotège entièrement les ports de la Flow Cell.

Charg

erlaFlowCell


Charger la FlowCell

1 Relevez la porte du compartiment de la Flow Cell, puis appuyez sur la touche dedéverrouillage située à droite du verrou de la Flow Cell. Le verrou de la Flow Cells’ouvre.

Figure 13 Déverrouillage de la Flow Cell

2 Assurez-vous que la platine de Flow Cell ne contient pas de peluches. Si des peluchesou d’autres poussières sont présentes, nettoyez la platine de la Flow Cell à l’aide d’unelingette alcoolisée ou d’un chiffon non pelucheux imprégné d’éthanol oud’isopropanol. Nettoyez soigneusement la surface de la platine de la Flow Cell jusqu’àce qu’elle soit propre et sèche.

3 Placez la Flow Cell sur la platine de Flow Cell en la tenant par les bords.

Figure 14 Installation de la Flow Cell sur la platine

4 Appuyez doucement sur le verrou pour le refermer sur la Flow Cell.Lorsque le verrou de Flow Cell s’enclenche, les broches d’alignement positionnent laFlow Cell. Un clic sonore indique que le verrou de la Flow Cell est verrouillé.

Figure 15 Verrouillage de la Flow Cell

Séq

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5 Si le logiciel n’identifie pas la RFID de la Flow Cell, consultez la section Résoudre unedéfaillance de lecture RFID à la page 69.

6 Fermez la porte du compartiment de la Flow Cell.


Charg

erles

réactifs


Charger les réactifs

Charger le flacon de PR2 et vérifier le flacon à déchets1 Retirez le flacon de PR2 de son lieu de stockage entre 2 et 8 °C. Renversez pour

mélanger, puis retirez le couvercle.

2 Ouvrez la porte du compartiment des réactifs.

3 Levez la poignée des dispositifs d’aspiration jusqu’à ce qu’elle se verrouille.

4 Retirez le flacon de lavage et chargez le flacon de PR2.

Figure 16 Chargement du flacon de PR2

5 Videz le contenu du flacon à déchets dans un conteneur à déchets approprié.

6 Abaissez doucement la poignée des dispositifs d’aspiration. Vérifiez que les dispositifsd’aspiration descendent dans le flacon de PR2 et le flacon à déchets.

Figure 17 Abaissement de la poignée des dispositifs d’aspiration

7 Si le logiciel n’identifie pas la RFID du flacon de PR2, consultez la section Résoudre unedéfaillance de lecture RFID à la page 69.


Séq

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Charger la cartouche de réactifsREMARQUENe laissez pas la porte du réfrigérant pour réactifs ouverte pendant une période prolongée.

1 Ouvrez la porte du réfrigérant pour réactifs.

2 Tenez la cartouche de réactifs par l’extrémité comportant l’étiquette Illumina et faites-laglisser dans le réfrigérant pour réactifs jusqu’à ce qu’elle s’arrête.Utilisez toujours la cartouche de réactifs associée au type de Flow Cell que vous avezchargé. Si la cartouche de réactifs n’est pas compatible, un message apparaît surl’écran. Sélectionnez Back (Retour) pour charger la cartouche de réactifs appropriée ouExit (Quitter) pour revenir à l’écran d’accueil.

Figure 18 Charger la cartouche de réactifs

3 Fermez la porte du réfrigérant pour réactifs.

4 Si le logiciel n’identifie pas l’étiquette RFID de la cartouche de réactifs, consultez lasection Résoudre une défaillance de lecture RFID à la page 69.

5 Si la cartouche de réactifs n’est pas compatible avec la Flow Cell, un message s’affiche.Sélectionnez Back (Retour) pour charger une cartouche compatible ou sélectionnez Exit(Quitter) pour revenir à l’écran d’accueil.

6 Fermez la porte du compartiment des réactifs.


8 Si vous êtes invité à sélectionner une autre feuille d’échantillons, consultez Changer lafeuille d’échantillons à la page 40.

Changer la feuille d’échantillonsSélectionnez la commande Change Sample Sheet (Modifier la feuille d’échantillons) dansles cas suivants :} Pour sélectionner une feuille d’échantillons dont le nom ne correspond pas au numéro

du code à barres de la cartouche de réactifs} Lorsque le logiciel vous invite à choisir une autre feuille d’échantillons sur l’écran

Review (Révision)

Charg

erles

réactifs


Chaque analyse doit disposer d’une feuille d’échantillons. Par défaut, le logiciel rechercheun fichier de feuille d’échantillons avec un nom correspondant au code à barres de lacartouche de réactifs chargée sur l’instrument. Si le logiciel ne peut trouver une feuilled’échantillons, un message s’affiche pour vous inviter à indiquer l’emplacement de lafeuille d’échantillons de votre analyse.Pour éviter que le logiciel n’effectue une recherche sans succès, utilisez la commandeChange Sample Sheet (Changer la feuille d’échantillons) sur l’écran Load Reagents(Charger les réactifs) pour rediriger le logiciel vers la feuille d’échantillons appropriée.

1 Sélectionnez Change Sample Sheet (Modifier la feuille d’échantillons) sur l’écran LoadReagents (Charger les réactifs).

2 Sélectionnez Browse (Parcourir) pour sélectionner la feuille d’échantillons.

3 Sélectionnez Open (Ouvrir).

4 Sélectionnez Save and Continue (Enregistrer et continuer).


Séq

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Démarragede l’analyse

Après le chargement de la Flow Cell et des réactifs, contrôlez les paramètres d’analyse eteffectuez une vérification avant de commencer l’analyse.

Révision des paramètres de l’analyse1 Vérifiez le nom de l’expérience, le flux de travail d’analyse et les longueurs de

séquences. Ces paramètres sont spécifiés dans la feuille d’échantillons.

2 Contrôlez les emplacements de dossier dans le coin inférieur gauche.Si des modifications s’avèrent nécessaires, sélectionnez Change Folders (Modifier lesdossiers). Une fois les modifications terminées, sélectionnez Save (Enregistrer), puisNext (Suivant).

3 Sélectionnez Next (Suivant). L’écran Pre-Run Check (Vérification avant analyse)s’ouvre.

Modifier les dossiersLes dossiers actuels de formules, de feuilles d’échantillons et de manifestes et les dossiersde sortie sont répertoriés dans le coin inférieur gauche de l’écran Review (Révision). Pourmodifier les emplacements de dossiers, sélectionnez Change Folders (Modifier les dossiers)et accédez à l’emplacement de votre choix. Cette option de l’écran Review (Révision)permet de modifier l’emplacement des dossiers pour l’analyse en cours uniquement.

Vérification avant analyseLe système effectue une vérification de tous les composants de l’analyse, de l’espace disqueet des connexions réseau avant de commencer l’analyse.Si des éléments ne passent pas la vérification avant analyse, un message contenant desinstructions pour corriger l e̓rreur apparaît à l é̓cran. Pour obtenir plus de renseignements,consultez la section Résoudre les erreurs de configuration de l a̓nalyse à la page 68.Si tous les éléments passent la vérification avant analyse, sélectionnez Start Run (Démarrerl a̓nalyse).

Remarques importantes avant le lancement de l’analyseAVERTISSEMENTLe système MiSeq est sensible aux vibrations. Tout contact avec l’instrumentaprès le lancement de l’analyse peut avoir une incidence néfaste sur les résultatsde séquençage.Après avoir sélectionné Start Run (Démarrer l’analyse), n’ouvrez pas les portes ducompartiment de la Flow Cell ou du compartiment des réactifs ou ne touchez pasl’écran de l’instrument à moins de vouloir interrompre l’analyse. Pour obtenir plus derenseignements, consultez la sectionMettre une analyse en pause à la page 66.AVERTISSEMENTAssurez-vous de fermer tous les fichiers sur le MiSeq avant de lancer une analyse etn’ouvrez aucun fichier pendant une analyse.

Surveiller

l’analyse


Surveiller l’analyse

1 Pendant l’analyse, surveillez la progression de l’analyse, les intensités et les scores dequalité sur l’écran Sequencing (Séquençage). L é̓cran Sequencing (Séquençage) est enaffichage seul.Pour surveiller l’analyse plus en détail, utilisez le visualiseur d a̓nalyse de séquençage(SAV) installé sur un autre ordinateur indépendant de celui de l i̓nstrument. Uneconnexion réseau est requise.Si vous êtes connecté à BaseSpace, vous pouvez également surveiller votre analyse àl’aide du SAV dans BaseSpace.} Run Progress (Progression de l’analyse) : indique la progression de l’analyse dansune barre d’état ainsi que le nombre de cycles terminés.

} Intensity (Intensité) : indique la valeur des intensités d a̓mplifiats du 90e centile pourchaque plaque.

Le graphique qui se trouve dans la zone Intensity (Intensité) représente le nombre deplaques et le nombre de surfaces mises en image :} Si seule la surface supérieure de la Flow Cell est mise en image, un graphique à uneseule colonne apparaît.

} Si les surfaces supérieure et inférieure de la Flow Cell sont mises en image, ungraphique à deux colonnes apparaît.

A Indique deux plaques, surface supérieure uniquementB Indique quatre plaques, surfaces supérieure et inférieure

} Q-Score All Cycles (Score de qualité de tous les cycles) : indique le pourcentagemoyen des bases supérieures à Q30, qui constitue une mesure de score de qualité. Unscore de qualité est une prévision de probabilité d u̓ne définition des bases erronée.Les scores de qualité sont calculés après le cycle 25.

Score dequalité Probabilité de définition de bases erronée

Q40 1 sur 10 000Q30 1 sur 1 000Q20 1 sur 100Q10 1 sur 10

} Cluster Density (Densité des amplifiats) (K/mm²) : indique le nombre d a̓mplifiatspar millimètre carré pour l a̓nalyse.

} Clusters Passing Filter (Amplifiats passant par le filtre) (%) : indique le pourcentaged’amplifiats passant le filtre de pureté Illumina, qui mesure la qualité. Ces donnéesapparaissent uniquement après le cycle 25.

REMARQUELa pureté d’une définition des bases correspond au rapport de l’intensité du signal leplus élevé divisée par la somme des deux signaux les plus élevés. Les lectures nefranchissent pas le filtre de qualité si la valeur de pureté de plus d’une définition de basesest inférieure à 0,6 dans les 25 premiers cycles.

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} Estimated Yield (Rendement estimé) (Mb) : indique le nombre de bases définies pourl’analyse, en mégabases. Ces données apparaissent uniquement après le cycle 25.

2 À la fin de l a̓nalyse, le bouton Next (Suivant) apparaît. Vérifiez les résultats sur l’écranSequencing (Séquençage) avant de continuer.

REMARQUECet écran reste visible jusqu à̓ ce que Next (Suivant) soit sélectionné. Après lasélection de Next (Suivant), vous ne pouvez plus revenir à l’écran Sequencing(Séquençage).

3 Sélectionnez Next (Suivant) pour quitter l é̓cran Sequencing (Séquençage) et procéder àun lavage après analyse.

Génération dumodèleLa génération du modèle est le procédé par lequel les positions des amplifiats sur lasurface entière de la Flow Cell sont définies selon des coordonnées X et Y. Le moduled’analyse en temps réel (RTA) utilise les premiers cycles de l’analyse pour la génération dumodèle.Les images produites par chaque cycle d’imagerie suivant sont alignées sur le modèle depositions des amplifiats généré. Les intensités individuelles des amplifiats sont extraitesdans les quatre canaux de couleur de nucléotides et les définitions des bases sont créées àpartir des intensités normalisées des amplifiats.

Mesures d’analyseLes mesures d a̓nalyse apparaissent sur l é̓cran Sequencing (Séquençage) à différentsmoments de l a̓nalyse. Lors des étapes de génération des amplifiats, aucune mesuren a̓pparaît.Après le début du séquençage, les mesures suivantes apparaissent lors des cyclesindiqués :

Mesure Trousse CycleIntensité Trousses de réactifs MiSeq, v3

Trousses de réactifs MiSeq, v2Trousses de réactifs MiSeq, v1

Cycles 1 à 7Cycles 1 à 4Cycles 1 à 4

Intensité et densité des amplifiats Trousses de réactifs MiSeq, v3Trousses de réactifs MiSeq, v2Trousses de réactifs MiSeq, v1

Cycles 8 à 25Cycles 5 à 25Cycles 5 à 25

Intensité, densité des amplifiats, %de PF, rendement et scores dequalité

Trousses de réactifs MiSeq, v3Trousses de réactifs MiSeq, v2Trousses de réactifs MiSeq, v1

Cycle 26 jusqu’à la fin del a̓nalyse

Pour obtenir les spécifications de l a̓nalyse MiSeq, visitez la page de spécifications dusystème MiSeq sur le site Web Illumina (www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn).

Résultats d’analyse RTALe résultat de l a̓nalyse RTA d u̓ne analyse de séquençage est un ensemble de fichiersd a̓ppels de bases dont la qualité est notée (fichiers *.bcl) et qui sont créés à partir desfichiers d i̓mages bruts. Pour obtenir une liste des fichiers et dossiers RTA, consultez lasection Dossiers et fichiers RTA à la page 80.



Effectuer

unlavag

eap

rèsanalyse


Effectuerun lavage après analyse

Le lavage après analyse est le lavage standard de l’instrument réalisé entre les analyses deséquençage. Procédez toujours au lavage de l i̓nstrument après une analyse. Suivez lesindications du logiciel pour charger les composants de lavage et réaliser le lavage. Lelavage après analyse dure approximativement 20 minutes.Commencez le lavage immédiatement après la fin d’une analyse. Le lavage de l’instrumentest nécessaire pour pouvoir configurer une analyse ultérieure. Pour effectuer un lavageaprès analyse à un moment autre que directement après une analyse, utilisez la commandesur l’écran Perform Wash (Procéder au lavage) pour démarrer le lavage.

REMARQUELaissez la Flow Cell usagée dans l’instrument. Pour procéder au lavage de l’instrument, celui-ci doit contenir une Flow Cell.

Les lavages réguliers de l’instrument assurent des performances continues de la manièresuivante :} Ils éliminent tous les réactifs restants dans les lignes fluidiques et les dispositifs

d’aspiration.} Ils préviennent l’accumulation de sels et la cristallisation dans les lignes fluidiques et

les dispositifs d’aspiration.} Ils évitent la contamination croisée depuis une analyse précédente.Si vous utilisez MCS v2.5 ou ultérieure, une option permettant procéder à un lavage aprèsanalyse qui comprend un lavage de la ligne des modèles à l’aide d’une solutiond’hypochlorite de sodium (NaOCl) vous est proposée. Le lavage dure environ 30 minutes.Consultez la section Procédure incluant le lavage de la ligne de modèle à la page 47.

REMARQUESi vous utilisez le flux de travail VeriSeq PGS, procédez à des lavages après analysecomprenant un lavage de la ligne des modèles. Consultez la section Procédure incluant lelavage de la ligne de modèle à la page 47.

Consommables} Tween 20} Eau de laboratoire} NaOCl (à utiliser lors d’un lavage après analyse comprenant un lavage de la ligne des

modèles)} Tube MiSeq (référence MS-102-9999) (pour les lavages après analyse comprenant un

lavage de la ligne des modèles)

Procédure1 Préparez une nouvelle solution de lavage avec du Tween 20 et de l’eau de laboratoire

comme suit.

a Ajoutez 5 ml de Tween 20 à 100 % dans 45 ml d’eau de laboratoire. Ces volumespermettent d’obtenir du Tween 20 à 10 %.

b Ajoutez 25 ml de Tween 20 à 10 % dans 475 ml d’eau de laboratoire. Ces volumespermettent d’obtenir une solution de lavage de Tween 20 à 0,5 %.

c Renversez cinq fois pour mélanger.

Séq

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2 Préparez les composants de lavage avec la nouvelle solution de lavage comme suit.

a Ajoutez 6 ml de solution de lavage dans chaque réservoir du plateau de lavage.b Ajoutez 350 ml de solution de lavage dans le flacon de lavage de 500 ml.

3 Une fois l’analyse terminée, sélectionnez Start Wash (Démarrer le lavage). Le logiciellève automatiquement les dispositifs d’aspiration dans le réfrigérant pour réactifs.Ne sélectionnez pas Perform optional template line wash (Procéder au lavage facultatifde la ligne de modèle) dans l’écran Post-Run wash (Lavage après analyse). Le lavagede la ligne de modèle requiert l’exécution d’une autre procédure. Consultez la sectionProcédure incluant le lavage de la ligne de modèle à la page 47.

4 Ouvrez la porte du compartiment des réactifs et celle du réfrigérant pour réactifs, puisfaites glisser la cartouche de réactifs usagée du réfrigérant.

5 Faites glisser le plateau de lavage dans le réfrigérant pour réactifs jusqu’à ce qu’ils’arrête, puis fermez la porte du réfrigérant pour réactifs.

6 Soulevez la poignée des dispositifs d’aspiration du flacon de PR2 et du flacon àdéchets jusqu’à ce qu’elle se verrouille.

7 Retirez le flacon de PR2 et remplacez-le par le flacon de lavage.

REMARQUEJetez le flacon de PR2 après chaque analyse. Ne réutilisez pas le PR2 restant.

8 Retirez le flacon à déchets et jetez son contenu de manière appropriée. Remettez leflacon à déchets dans le compartiment des réactifs.


9 Abaissez doucement la poignée des dispositifs d’aspiration en veillant à ce que lesdispositifs d’aspiration descendent dans le flacon de lavage et le flacon à déchets.


11 Sélectionnez Next (Suivant). Le lavage après analyse commence.Une fois le lavage terminé, laissez la Flow Cell usagée, le plateau de lavage et le flacon delavage qui contient le reste de la solution de lavage sur l’instrument.

REMARQUELes dispositifs d’aspiration restent en position basse, ce qui est normal. Laissez la solution delavage inutilisée sur le plateau de lavage et dans le flacon de lavage, afin d’empêcher lesdispositifs d’aspiration de se dessécher et l’air de pénétrer dans le système.


Effectuer

unlavag

eap

rèsanalyse


Procédure incluant le lavage de la ligne de modèle1 Préparez une nouvelle solution de lavage avec Tween 20 et l’eau de laboratoire comme

suit.




2 Préparez une nouvelle solution de lavage au NaOCl avec de l’eau de laboratoirecomme suit.

a Ajoutez 36 µl de NaOCl à 5 % à 864 µl d’eau de laboratoire. Ces volumespermettront d'obtenir une dilution de NaOCl à 1:25.

b Ajoutez 50 µl de la dilution de NaOCl à 1:25 à 950 µl d’eau de laboratoire dans untube MiSeq (référence MS-102-9999).

REMARQUEIl est important d'utiliser la bonne concentration de NaOCl. Vérifiez le pourcentage deNaOCl sur l'étiquette du produit. Si la concentration est trop élevée, la générationd’amplifiats peut échouer lors des analyses suivantes. Si vous ne disposez pas de NaOClà 5 %, préparez 1 ml de solution de NaOCl à 0,01 % dans de l’eau de laboratoire.N'utilisez pas de NaOCl lors d’un lavage de maintenance ou d’un lavage de mise enveille

3 Préparez les composants de lavage avec la nouvelle solution de lavage comme suit :


4 Insérez le tube MiSeq qui contient la solution de lavage au NaOCl à 0,01 % dans laposition 17 du plateau de lavage jusqu'à ce que le col du tube soit à la même hauteurque le plateau. Le tube déplace de la position 17 la solution de lavage à base deTween 20 et d’eau de laboratoire.

Figure 19 Tube MiSeq à la position 17 du plateau de lavage

REMARQUEVeillez à insérer le tube MiSeq contenant le NaOCl seulement à la position 17 du plateau.L'insertion du tube à une autre position pourrait entraîner l'échec de la générationd'amplifiats lors des analyses suivantes et endommager le système fluidique del'instrument MiSeq.

5 Une fois l’analyse terminée, sélectionnez Start Wash (Démarrer le lavage). Le logiciellève automatiquement les dispositifs d’aspiration dans le réfrigérant pour réactifs.

Séq

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6 Sélectionnez Perform optional template line wash (Procéder au lavage facultatif de laligne de modèle) dans l’écran Post-Run Wash (Lavage après analyse).Lorsque vous utilisez le flux de travail VeriSeq PGS, l’option Perform optionaltemplate line wash (Réaliser un lavage de la ligne des modèles facultatif) estprésélectionnée. MCS assure le suivi du type de lavage effectué après chaque analyse.Si vous ne sélectionnez pas l’option Perform optional template line wash (Procéder aulavage facultatif de la ligne de modèle) pour le lavage après analyse, un messages’affiche dans l’écran Run Review (Vérification de l’analyse) la prochaine fois que vouslancez une analyse de séquençage.

7 Ouvrez la porte du compartiment des réactifs et celle du réfrigérant pour réactifs, puisfaites glisser la cartouche de réactifs usagée du réfrigérant.

8 Faites glisser le plateau de lavage dans le réfrigérant pour réactifs jusqu’à ce qu’ils’arrête, puis fermez la porte du réfrigérant pour réactifs.

9 Soulevez la poignée des dispositifs d’aspiration du flacon de PR2 et du flacon àdéchets jusqu’à ce qu’elle se verrouille.

10 Retirez le flacon de PR2 et remplacez-le par le flacon de lavage.




12 Abaissez doucement la poignée des dispositifs d’aspiration en veillant à ce que lesdispositifs d’aspiration descendent dans le flacon de lavage et le flacon à déchets.


14 Sélectionnez Next (Suivant). Le lavage après analyse commence.Une fois le lavage terminé, laissez la Flow Cell usagée, le plateau de lavage et le flacon delavage qui contient le reste de la solution de lavage sur l’instrument.

REMARQUELes dispositifs d’aspiration restent en position basse, ce qui est normal. Laissez la solution delavage inutilisée sur le plateau de lavage et dans le flacon de lavage, afin d’empêcher lesdispositifs d’aspiration de se dessécher et l’air de pénétrer dans le système.


Chapitre

4


Chapitre 4 Maintenance

Maintenance

Fréquence de maintenance 50Fréquence de maintenance du flux de travail VeriSeq PGS 51Réaliser un lavage de maintenance 52Procéder à un lavage de mise en veille 55Gérer les fichiers 57Mises à jour logicielles 59Arrêter l’instrument 60

Maintenance


Fréquencedemaintenance

Effectuez les procédures de maintenance suivantes aux intervalles recommandés.

REMARQUESi vous utilisez le flux de travail VeriSeq PGS, veillez à suivre les instructions relatives à lafréquence de maintenance VeriSeq PGS. Consultez la section Fréquence de maintenance du fluxde travail VeriSeq PGS à la page 51.

Activité Fréquence

Lavage après analyse Après chaque analyse

Lavage de maintenance Chaque mois

Lavage de mise en veille Pour préparer l’instrument au mode inactif (en cas denon-utilisation pendant 7 jours ou plus) et tous les30 jours lorsque l’instrument reste inactif

Arrêt de l’instrument Si nécessaire

Tableau 2 Maintenance en fonctionnement normal


Lavage de mise en veille Chaque mois


Tableau 3 Maintenance durant le mode Inactif (≥ 7 jours inutilisés)

Fréq

uencedemaintenance

duflux

detravailV

eriSeq

PGS


Fréquencedemaintenancedu fluxde travailVeriSeq PGS

Si vous utilisez le flux de travail VeriSeq PGS, effectuez les procédures de maintenancesuivantes aux intervalles recommandés.


Lavage après analyse Après chaque analyse

Lavage de maintenance Chaque mois

Lavage après analyse à partir de l’écran PerformWash (Procéder au lavage)

Après un mode inactif (nonutilisé pendant plus de troisjours)

Lavage de mise en veille Pour préparer l’instrument aumode inactif (en cas de non-utilisation pendant 7 jours ouplus) et tous les 30 jourslorsque l’instrument resteinactif


Tableau 4 Maintenance en fonctionnement normal


Lavage de mise en veille Chaque mois


Tableau 5 Maintenance durant le mode Inactif (≥ 7 jours inutilisés)

Maintenance


Réaliserun lavagedemaintenance

Effectuez un lavage de maintenance tous les 30 jours pour garantir des performancesoptimales.Le lavage de maintenance dure environ 90 minutes. Le lavage comprend trois étapes delavage qui rincent entièrement le système;Vous pouvez configurer votre instrument pour effectuer un lavage de maintenance entreles analyses. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section Personnaliser lesparamètres du système à la page 21.

Consommables fournis par l’utilisateur} Tween 20 (Sigma-Aldrich, nº de réf P7949)} Eau de laboratoire

Procédure1 Assurez-vous qu’une Flow Cell usagée est chargée dans l’instrument.

2 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage).

3 Sur l’écran Perform Wash (Procéder au lavage), sélectionnez Maintenance Wash(Lavage de maintenance). Le logiciel lève automatiquement les dispositifs d’aspirationdans le réfrigérant pour réactifs.

Procéder au premier lavage1 Préparez une nouvelle solution de lavage avec du Tween 20 et de l’eau de laboratoire

comme suit :






3 Chargez le plateau de lavage et le flacon de lavage dans l’instrument :

a Ouvrez la porte du compartiment des réactifs et la porte du réfrigérant pourréactifs, et faites glisser la cartouche de réactifs usagée ou le plateau de lavage horsdu compartiment réfrigéré.

b Faites glisser le plateau de lavage dans le réfrigérant pour réactifs jusqu’à ce qu’ils’arrête. Fermez la porte du réfrigérant pour réactifs.

c Soulevez la poignée des dispositifs d’aspiration située en face du flacon de PR2 etdu flacon à déchets jusqu’à ce qu’elle se verrouille, puis remplacez le flacon de PR2par le flacon de lavage.


Réaliser

unlavag

edemaintenance


d Retirez le flacon à déchets et jetez son contenu de manière appropriée. Remettez leflacon à déchets dans le compartiment des réactifs.

e Abaissez doucement la poignée des dispositifs d’aspiration en veillant à ce que lesdispositifs d’aspiration descendent dans le flacon de lavage et le flacon à déchets.

f Fermez la porte du compartiment des réactifs.

4 Sélectionnez Next (Suivant). Le premier lavage est lancé.

Procéder au second lavageREMARQUEUtilisez une nouvelle solution de lavage à chaque étape du lavage. Le fait de réutiliserla solution de lavage du lavage précédent peut renvoyer des déchets dans les lignesfluidiques.

1 Préparez une nouvelle solution de lavage avec du Tween 20 et de l’eau de laboratoirecomme suit :




2 Une fois le premier lavage terminé, retirez le plateau de lavage et le flacon de lavage,puis jetez la solution de lavage restante.

3 Remplissez les composants de lavage avec la nouvelle solution de lavage comme suit :


4 Chargez le plateau de lavage et le flacon de lavage, comme suit :

a Faites glisser le plateau de lavage dans le réfrigérant pour réactifs jusqu’à ce qu’ils’arrête. Fermez la porte du réfrigérant pour réactifs.

b Chargez le flacon de lavage et abaissez doucement la poignée des dispositifsd a̓spiration en veillant à ce que ces derniers descendent dans le flacon de lavage etle flacon à déchets.

c Fermez la porte du compartiment des réactifs.

5 Sélectionnez Next (Suivant). Le second lavage est lancé.

Procéder au lavage final1 Préparez une nouvelle solution de lavage avec du Tween 20 et de l’eau de laboratoire

comme suit :




2 À la fin du second lavage, retirez le plateau de lavage et le flacon de lavage, puis jetezla solution de lavage restante.

Maintenance








5 Sélectionnez Next (Suivant). Le lavage final est lancé.

Après le lavageUne fois le lavage terminé, laissez la Flow Cell usagée, le plateau de lavage et le flacon delavage qui contient le reste de la solution de lavage sur l’instrument.

REMARQUELes dispositifs d’aspiration restent en position basse, ce qui est normal. Laissez lasolution de lavage inutilisée sur le plateau de lavage et dans le flacon de lavage, afind’empêcher les dispositifs d’aspiration de se dessécher et l’air de pénétrer dans lesystème.

Procéd

eràun

lavagedemise

enveille


Procéderà un lavagedemise enveille

S’il n’est pas prévu d’utiliser l’instrument au cours des sept prochains jours, préparezl’instrument et ses lignes fluidiques à l’inactivité en effectuant un lavage de mise en veille.Effectuez un lavage de mise en veille tous les 30 jours d’inactivité.Le lavage de mise en veille dure environ deux heures. Le lavage consiste en deux lavagesconsécutifs visant à débarrasser chaque position de toute trace de réactif ou d’accumulationde sel. Chaque lavage dure approximativement 60 minutes.Une fois le lavage de mise en veille terminé, l’instrument passe en mode veille et unmessage précisant l’état de l’instrument s’affiche sur l’écran d’accueil. Lorsque l’instrumentest en mode veille, un lavage de maintenance doit être effectué avant de lancer une analysede séquençage.

Consommables fournis par l’utilisateur} Tween 20 (Sigma-Aldrich, nº de réf P7949)} Eau de laboratoire

Procédure1 Assurez-vous qu’une Flow Cell usagée est chargée dans l’instrument.


3 Sur l’écran Wash Options (Options de lavage), sélectionnez Standby Wash (Lavage demise en veille). Le logiciel lève automatiquement les dispositifs d’aspiration dans leréfrigérant pour réactifs.

Procéder au premier lavage1 Préparez une nouvelle solution de lavage avec du Tween 20 et de l’eau de laboratoire

comme suit :






3 Chargez le plateau de lavage et le flacon de lavage dans l’instrument :

a Ouvrez la porte du compartiment des réactifs et la porte du réfrigérant pourréactifs, et faites glisser la cartouche de réactifs usagée ou le plateau de lavage horsdu compartiment réfrigéré.

b Faites glisser le plateau de lavage dans le réfrigérant pour réactifs jusqu’à ce qu’ils’arrête. Fermez la porte du réfrigérant pour réactifs.

c Soulevez la poignée des dispositifs d’aspiration située en face du flacon de PR2 etdu flacon à déchets jusqu’à ce qu’elle se verrouille, puis remplacez le flacon de PR2par le flacon de lavage.

Maintenance



d Retirez le flacon à déchets et jetez son contenu de manière appropriée. Remettez leflacon à déchets dans le compartiment des réactifs.

e Abaissez doucement la poignée des dispositifs d’aspiration en veillant à ce que lesdispositifs d’aspiration descendent dans le flacon de lavage et le flacon à déchets.

f Fermez la porte du compartiment des réactifs.

4 Sélectionnez Next (Suivant). Le premier lavage est lancé.

Procéder au second lavageREMARQUEUtilisez une nouvelle solution de lavage à chaque étape du lavage. Le fait de réutiliserla solution de lavage du lavage précédent peut renvoyer des déchets dans les lignesfluidiques.

1 Préparez une nouvelle solution de lavage avec du Tween 20 et de l’eau de laboratoirecomme suit :




2 Une fois le premier lavage terminé, retirez le plateau de lavage et le flacon de lavage,puis jetez la solution de lavage restante.







5 Sélectionnez Next (Suivant). Le second lavage est lancé.

Après le lavageUne fois le lavage terminé, laissez la Flow Cell usagée, le plateau de lavage et le flacon delavage qui contient le reste de la solution de lavage sur l’instrument.

REMARQUELes dispositifs d’aspiration restent en position basse, ce qui est normal. Laissez lasolution de lavage inutilisée sur le plateau de lavage et dans le flacon de lavage, afind’empêcher les dispositifs d’aspiration de se dessécher et l’air de pénétrer dans lesystème.

Gérer

lesfichiers


Gérer les fichiers

Accédez à la fonctionnalité Manage Files (Gérer les fichiers) sur l’écran d’accueil pourdéplacer, télécharger et supprimer des fichiers ou renommer des feuilles d’échantillons surl’ordinateur de l’instrument.

Supprimer les fichiers1 À partir de n’importe quel onglet se trouvant sur l’écran Manage Files (Gérer les

fichiers), sélectionnez Browse (Parcourir) pour accéder à tous les fichiers accessibles del’instrument.

2 Choisissez parmi les options suivantes :} Cochez la case située en regard des fichiers ou dossiers individuels dans la liste.} Cochez la case située à gauche du bouton Delete (Supprimer) pour supprimer tousles fichiers et dossiers de la liste. La commande Delete all (Tout supprimer) estdisponible pour les feuilles d’échantillons, les manifestes, les génomes et lesformules.

3 Sélectionnez Delete (Supprimer).

REMARQUELa commande Delete (Supprimer) est disponible sur tous les onglets, sauf Bundle Logs(Regrouper des journaux).

Déplacer les dossiers d’analyseLa commande Move (Déplacer) permet de copier le dossier d’analyse dans le nouvelemplacement et de supprimer le dossier dans l’ancien emplacement.

1 À partir de l’onglet Runs (Analyses) se trouvant sur l’écran Manage Files (Gérer lesfichiers), sélectionnez Browse (Parcourir) pour accéder à tous les fichiers accessibles del’instrument.

2 Cochez la case située en regard des fichiers ou dossiers individuels dans la liste.

3 Sélectionnez Move (Déplacer)

4 Sélectionnez Browse Network (Parcourir le réseau) et sélectionnez un nouvelemplacement pour les fichiers ou les dossiers.

5 Cliquez sur OK.

Maintenance


Télécharger les fichiersLa commande Upload (Télécharger) est disponible pour les feuilles d’échantillons, lesmanifestes, les génomes et les formules. Si le système MiSeq n’est pas connecté à un réseau,utilisez cette fonctionnalité pour télécharger des fichiers sur l’ordinateur de l’instrument àpartir d’une clé USB.

1 À partir de l’onglet se trouvant sur l’écran Manage Files (Gérer les fichiers),sélectionnez Browse (Parcourir) pour accéder à tous les fichiers accessibles del’instrument.

2 Sélectionnez Upload (Télécharger).

3 Sélectionnez Browse Network (Parcourir le réseau) et naviguez jusqu’à l’emplacementsur la clé USB dans lequel se trouve le fichier.

4 Cliquez sur OK.Le fichier est téléchargé dans le dossier indiqué dans le champ Directory (Répertoire).

Renommer les feuilles d’échantillons1 Dans l’onglet Sample Sheets (Feuilles d’échantillons) de l’écran Manage Files

(Gérer les fichiers), sélectionnez l’une des options suivantes :} Cochez la case située en regard des feuilles d’échantillons individuelles.} Cochez la case située à gauche du bouton Delete (Supprimer) pour renommer toutesles feuilles d’échantillons de la liste.

2 Sélectionnez Rename (Renommer).

3 Cliquez sur l’icône clavier et utilisez le clavier à l’écran pour renommer les feuillesd’échantillons.


5 Sélectionnez Back (Retour).

Mises

àjour

logicielles


Mises à jour logicielles

Si votre système est connecté à un réseau doté d’un accès à Internet, vous pouvezautomatiquement mettre à jour le logiciel de l’instrument à partir de l’écran d’accueil. Vouspouvez également configurer le logiciel afin qu’il recherche automatiquement les mises àjour de BaseSpace. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section Configurer lesnotifications des mises à jour de BaseSpace à la page 22.Si votre instrument n’est pas connecté à un réseau doté d’un accès à Internet, vous pouvezmettre à jour manuellement le logiciel.

Mettre à jour le logiciel automatiquementLorsque des mises à jour logicielles sont disponibles, le bouton Update Available (Mise àjour disponible) s’affiche sur l’écran d’accueil. Dans le cas contraire, ce bouton ne s’affichepas. Assurez-vous que votre instrument MiSeq est connecté à un réseau doté d’un accès àInternet pour activer cette option.

1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Update Available (Mise à jour disponible).

2 Confirmez la commande de mise à jour dans la boîte de dialogue.Un redémarrage de l’instrument est requis. L’installation de la mise à jour commenceautomatiquement au redémarrage.

Mettre à jour le logiciel manuellementUtilisez la fonctionnalité Manual Update (Mise à jour manuelle) pour mettre à jour lelogiciel de commande et le logiciel d’analyse de l’instrument à partir de l’interface MiSeqen naviguant jusqu’à l’emplacement du fichier du logiciel à installer.


2 Sélectionnez Software Update (Mise à jour logicielle).

3 Sélectionnez Browse (Parcourir) pour naviguer jusqu’à l’emplacement du fichier de lanouvelle version du logiciel à installer.

4 Lorsque le chemin du fichier à installer du logiciel apparaît à l’écran, sélectionnez Saveand Update (Enregistrer et mettre à jour).

5 Confirmez la commande de mise à jour dans la boîte de dialogue.Un redémarrage de l’instrument est requis. L’installation de la mise à jour commenceautomatiquement au redémarrage.

Maintenance


Arrêter l’instrument

Il est recommandé de laisser l’instrument allumé en permanence. Toutefois, si vous devezéteindre l’instrument, conformez-vous à la procédure suivante pour arrêter Windows etpréparer les lignes fluidiques.

1 Procédez à un lavage de maintenance. Pour plus de renseignements, reportez-vous à lasection Réaliser un lavage de maintenance à la page 52.




5 Sélectionnez Shut Down (Arrêter).Cette commande permet d’arrêter le logiciel.

6 Mettez le bouton d’alimentation en position OFF (désactivé).REMARQUEÀ chaque arrêt de l’instrument, attendez un minimum de 60 secondes avant de lerallumer.

Annexe

A


Annexe A Dépannage

Dépannage

Introduction 62Regrouper des journaux pour le dépannage 63Réaliser une vérification du système 64Live Help (Aide en direct) 65Interrompre ou arrêter une analyse 66Relever manuellement les dispositifs d’aspiration de la cartouche de réactifs 67Résoudre les erreurs de configuration de l a̓nalyse 68Résoudre une défaillance de lecture RFID 69Dépanner une erreur de débit 71Réaliser un test de volume 72Mesurer les volumes de lavage attendus 74Configurer les paramètres du système 75

Dép

annage


Introduction

Cette section décrit les étapes de dépannage à effectuer avant de communiquer avecl’assistance technique d’Illumina. Pour la plupart des erreurs, un message apparaît àl é̓cran avec les instructions à suivre pour les corriger.En cas de questions techniques, consultez les pages d a̓ssistance MiSeq sur le site Webd’Illumina pour accéder à la foire aux questions ou connectez-vous à votre compteMyIllumina pour accéder aux bulletins d a̓ssistance.En cas de problème avec la qualité ou la performance de l’analyse, communiquez avecl’assistance technique d’Illumina. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la sectionAssistance technique à la page 85.Les représentants de l a̓ssistance technique d’Illumina vous demandent généralement defournir des copies des fichiers spécifiques à l a̓nalyse à des fins de dépannage. Vouspouvez utiliser l’onglet Bundle Logs (Regrouper des journaux) sur l’écran Manage Files(Gérer les fichiers) pour rassembler et compresser les fichiers nécessaires au dépannage.Reportez-vous à la section Regrouper des journaux pour le dépannage à la page 63.

Reg

roup

erdes

journaux

pour

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annage


Regrouperdes journauxpour le dépannage

La fonctionnalité Bundle Logs (Regrouper des journaux) regroupe des fichiers afin de lesenvoyer à l’assistance technique d’Illumina pour dépannage. Utilisez l’onglet Bundle Logs(Regrouper des journaux) sur l’écran Manage Files (Gérer les fichiers) pour sélectionner ungroupe de fichiers, appelé lot. Le lot est automatiquement compressé.

La fonctionnalité Bundle Logs (Regrouper des journaux) regroupe les fichiers d’une mêmeanalyse en un type de lot à la fois. Recommencez la procédure Bundle Logs (Regrouper desjournaux) pour chaque analyse et chaque type de lot demandé par l’assistance techniqued’Illumina.

1 Sur l’écran Manage Files (Gérer les fichiers), sélectionnez l’onglet Bundle Logs(Regrouper des journaux).

2 Sélectionnez Browse (Parcourir) pour naviguer jusqu’à l’emplacement du dossierMiSeqOutput.

3 Cochez la case bleue située à côté de l’analyse et le cercle bleu situé à côté du type delot demandé par l’assistance technique d’Illumina.

4 Sélectionnez Bundle Logs (Regrouper des journaux).Un écran Bundle Files (Regrouper des fichiers) s’ouvre. Il donne des renseignementssur le lot, notamment une liste de tous les fichiers contenus dans le lot.Pour obtenir plus de renseignements sur chaque dossier et fichier de la fonctionnalitéBundle Logs (Regrouper des journaux), consultez la Carte de référence rapide pour lesdossiers de sortie et d’analyse du système MiSeq (document nº 15034791).


6 Naviguez jusqu’à l’emplacement où vous souhaitez enregistrer les fichiers en lotscompressés.

7 Sélectionnez Save (Enregistrer).Lorsque le regroupement des fichiers est terminé, l’onglet Bundle Logs (Regrouper desjournaux) s’ouvre à nouveau.

8 Envoyez le lot compressé à l’assistance technique d’Illumina.

Figure 20 Onglet Bundle Logs (Regrouper des journaux)

Dép

annage


Réaliserune vérificationdusystème

L’option System Check (Vérification du système) est généralement utilisée pourcommuniquer avec un représentant de l’assistance technique d’Illumina lors d’une séanceLive Help (Aide en direct). L’utilisation de cette fonctionnalité n’est pas obligatoire durantle fonctionnement normal ou la maintenance de l’instrument.Certaines vérifications du système peuvent être effectuées avant de communiquer avecl’assistance technique d’Illumina, telles que le test de volume. Ce test permet de vérifierl’état du système fluidique en estimant le volume du flux lorsque des bulles passent auniveau des capteurs. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section Réaliser untest de volume à la page 72.


2 Sélectionnez System Check (Vérification du système).

3 Sélectionnez les tests que vous souhaitez réaliser.

4 Sélectionnez Next (Suivant).Lorsque le test est terminé, les résultats s’affichent sur l’écran.

5 [Facultatif] Sélectionnez Show Details (Afficher les détails) pour consulter un résumédes résultats sur l i̓nterface logicielle.

6 [Facultatif] Sélectionnez Export Results (Exporter les résultats) pour exporter lesrésultats au format *.csv sur une clé USB.

7 Sélectionnez Done (Terminé).

LiveHelp

(Aideen

direct)


LiveHelp (Aide endirect)

Le système MiSeq doit être connecté à un réseau doté d’un accès Internet pour l’activationde l’aide en direct. La fonctionnalité Live Help (Aide en direct) est un outil d’assistance enligne qui permet à un représentant de l’assistance technique d’Illumina d’accéder à l’écranMiSeq avec votre autorisation et de partager les commandes de l’instrument. Vousconservez le contrôle prioritaire et gardez la possibilité d’interrompre la séance de partagede l’écran à tout moment.Accédez à Live Help (Aide en direct) à partir de l’icône d’aide sur l’écran d’accueil.

Figure 21 Menu Help (Aide)

Pour activer une connexion, obtenez un code d’accès unique auprès de l’assistancetechnique d’Illumina, saisissez ce code sur l’écran Live Help (Aide en direct), puissélectionnez Next (Suivant).

Figure 22 Écran Live Help (Aide en direct)

Dép

annage


Interrompreouarrêterune analyse

Le système MiSeq est conçu pour effectuer une analyse du début à la fin sans l’interventionde l’utilisateur. Toutefois, il est possible d’interrompre ou d’arrêter une analyse à partir del’écran Sequencing (Séquençage).

Mettre une analyse en pauseVous pouvez interrompre temporairement une analyse avant sa fin. Vous pouvezinterrompre une analyse si vous pensez que le flacon à déchets est plein, par exemple.Vous pouvez reprendre une analyse interrompue.

ATTENTIONN i̓nterrompez pas une analyse pendant la génération d a̓mplifiats ou lors des huitpremiers cycles de séquençage. Il n’est pas possible de reprendre une analyseinterrompue pendant cette période. Consultez la sectionMesures d’analyse à la page 44,pour visualiser les renseignements relatifs aux cycles pour les trousses de cartouchesde réactifs MiSeq.

Lorsque vous sélectionnez Pause (Interrompre), l’analyse est interrompue une fois lacommande en cours achevée et la Flow Cell est placée en état de sécurité.Pour interrompre une analyse à partir de l’écran Sequencing (Séquençage), sélectionnezPause (Interrompre). Le bouton devient le bouton Resume (Reprendre). Lorsque vous êtesprêt à reprendre l’analyse, sélectionnez Resume (Reprendre).

Figure 23 Écran Sequence (Séquence) d’une analyse interrompue

Arrêter une analysePendant le séquençage, vous pouvez arrêter une analyse avant sa fin en utilisant le boutonStop (Arrêt) sur l’écran Sequencing (Séquençage). Vous pouvez arrêter une analyse si saconfiguration est incorrecte, si la qualité de ses données n’est pas satisfaisante ou en casd’erreur matérielle.Lorsqu’une analyse est arrêtée, la commande en cours reste inachevée et la platine de FlowCell se met en position avancée. Le logiciel d’analyse en temps réel poursuit l’analyse pourle dernier cycle terminé.

Relever

manuellem

entles

disp

ositifs

d’asp

irationdelacarto

uchederéactifs


Figure 24 Arrêt d’une analyse

L’arrêt d’une analyse est définitif. Une analyse arrêtée ne peut pas être reprise. L’uniqueoption est de procéder au lavage de l’instrument.

Relevermanuellement les dispositifs d’aspirationde lacartouchede réactifs

Il est possible que les dispositifs d’aspiration de la cartouche de réactifs ne se relèvent pasautomatiquement si une analyse est interrompue de manière inattendue ou si une erreur seproduit au cours de l’analyse. Pour retirer la cartouche de réactifs, relevez manuellementles dispositifs d’aspiration de la cartouche de réactifs.


2 Sélectionnez Raise Sippers (Relever les dispositifs d’aspiration).

3 Retirez la cartouche de réactifs.

Dép

annage


Résoudre les erreurs de configurationde l a̓nalyse

Si l’un des contrôles de la vérification avant analyse échoue, une icône rouge apparaît àcôté de l’élément. Un message s’affiche à l’écran pour décrire l’erreur et la manière de lacorriger.

Erreur ActionDébit mesuré L’écran de vérification du débit s’ouvre. Utilisez la liste déroulante ou le clavier

sur l’écran pour saisir les renseignements suivants :• Solution : PR2• Volume : 250• Taux d’aspiration : 2 500• Taux de distribution : 2 500Sélectionnez Pump (Pompe). Si l’erreur persiste, configurez le volume à pompersur 500 µl de PR2, puis répétez la procédure. Une fois les fluides pompés,sélectionnez Restart Check (Redémarrer la vérification).Si la vérification avant analyse s’effectue correctement, le bouton Start Run(Démarrer l’analyse) est activé.Si la vérification du débit échoue à nouveau, remettez la Flow Cell bien en place,afin de vous assurer que le débit n’est pas interrompu en raison d’un mauvaisalignement. Inspectez le joint de la Flow Cell à la recherche de peluches oud’irrégularités.

Espace disque disponible Si l’espace disque est insuffisant, un message apparaît indiquant l’espace disquenécessaire. Utilisez la fonctionManage Files (Gérer les fichiers) pour libérerl’espace requis sur l’ordinateur de l’instrument.

Connexion réseau active Vérifiez que le câble réseau est relié à l’instrument.Si la connexion réseau n’est pas rétablie, sélectionnez Reboot (Redémarrer) surl’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument) pour redémarrer le logiciel.Si la connexion réseau n’est toujours pas rétablie, sélectionnez Shut Down(Arrêter) sur l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), puis éteignezl’instrument à l’aide du bouton d’alimentation. Attendez au moins 60 secondes,puis mettez l’instrument sous tension et démarrez le logiciel.

Analyse primaire prête L’analyse primaire de l’analyse précédente n’est pas terminée. Par défaut,l’analyse primaire dure environ une heure, et un compte à rebours s’affiche àl’écran. Vous pouvez attendre une heure ou sélectionner Terminate Analysis(Terminer l’analyse). L’analyse secondaire s’arrête pour tous les cyclesincomplets.

Feuille d’échantillonsprésente

Si vous n’avez pas nommé votre feuille d’échantillons avec l’identifiant de lacartouche de réactifs pour votre analyse, l’instrument ne peut pas localiserautomatiquement la feuille d’échantillons appropriée. Naviguez jusqu’à la feuilled’échantillons destinée à votre analyse.Si vous avez nommé votre feuille d’échantillons avec l’identifiant de la cartouchede réactifs pour votre analyse, assurez-vous que la feuille d’échantillons estsituée dans le dossier par défaut des feuilles d’échantillons. Vérifiezl’emplacement du dossier par défaut dans Run Options (Options d’analyse) surl’écran d’accueil.Assurez-vous que l’extension du fichier de la feuille d’échantillons est bien *.csv.Si la feuille d’échantillons est manquante, créez-en une et copiez-la auxemplacements de feuille d’échantillons spécifiés dans Run Options (Optionsd’analyse).Lorsque vous avez localisé une feuille d’échantillons, sélectionnez Restart Check(Redémarrer la vérification).

Réso

udre

unedéfaillance

delecture

RFID


Résoudre unedéfaillancede lectureRFID

Si le système ne peut pas effectuer la lecture RFID d u̓n consommable, vous pouvez obtenirun code de contournement temporaire sur le site Web Illumina. Votre code decontournement temporaire expire sous sept jours.

1 Sélectionnez toujours Retry (Rééssayer) avant de continuer. Si la lecture RFID échoueune seconde fois, sélectionnez Get Code (Obtenir un code).

2 Sur un ordinateur équipé d u̓n accès à Internet, accédez au site Web my.illumina.com etconnectez-vous à votre compte MyIllumina.

3 À partir de la page MyIllumina, cliquez sur Account (Compte). Dans la colonneResources (Ressources), cliquez surMiSeq Self-Service (Libre-service MiSeq).

4 Sur la page MiSeq Self-Service (Libre-Service MiSeq), saisissez leMiSeq serial number(numéro de série MiSeq).

5 À partir de la liste déroulante Type of Override Code (Type de code de remplacement),sélectionnez RFID Override (Ignorer RFID).

Figure 25 Page MiSeq Self-Service (Libre-service MiSeq)

6 Pour générer le code, sélectionnez Get Code (Obtenir un code).

7 Revenez à l’interface MCS et sélectionnez Enter Code (Saisir un code).

8 Saisissez le code de contournement temporaire à l a̓ide du clavier sur l é̓cran, puissélectionnez Next (Suivant).

9 Saisissez le numéro du code à barres de la Flow Cell, du flacon de PR2 ou de lacartouche de réactifs.

Consommable Emplacement du numéro du code à barresFlow Cell Au-dessus du code à barres sur l’étiquette du contenant de Flow Cell.

Les numéros du code à barres commencent par A (standard), G (micro)ou D (nano). Exemple : A0E61

Flacon de PR2 En dessous du code à barres sur l’étiquette du flacon de PR2.Exemple : MS0011881-PR2

Cartouche deréactifs

En dessous du code à barres sur l’étiquette de la cartouche de réactifs.Exemple : MS0010744-300

https://my.illumina.com/

Dép

annage


10 Si vous saisissez un code de contournement pour la cartouche de réactifs, saisissez lenuméro de version de la trousse. Sélectionnez Enter Reagent Kit Barcode (Saisir lecode à barres de la trousse de réactifs) pour saisir manuellement le numéro du code àbarres de la cartouche de réactifs et le numéro de version de la trousse.

ATTENTIONLa saisie dʼune version de trousse de réactifs incorrecte peut avoir des conséquencesnégatives sur les données de séquençage.

11 Sélectionnez Enter (Entrée).

Dép

annerune

erreurdedéb

it


Dépanneruneerreurdedébit

Le débit correspond à la vitesse à laquelle les fluides traversent le système fluidique(µl/min). Il est mesuré avant chaque analyse lors de la vérification avant analyse. Si lesystème ne parvient pas à mesurer le débit, vous êtes invité à pomper un volume de réactif(PR2) pour le faire circuler dans le système avant de contrôler à nouveau le débit.

1 Utilisez la liste déroulante ou le clavier sur l’écran pour saisir les renseignementssuivants :} Solution : PR2} Volume : 250 µl} Taux d’aspiration : 2 500 µl/min} Taux de distribution : 2 500 µl/min

2 Sélectionnez Pump (Pompe).

3 Une fois l’étape de la pompe terminée, sélectionnez Restart Check (Redémarrer lavérification).

4 Si l’erreur persiste, configurez le volume à pomper sur 500 µl de PR2, puis répétez laprocédure une nouvelle fois. Si le deuxième essai ne permet pas de résoudre leproblème, communiquez avec l’assistance technique Illumina.

Dép

annage


Réaliserun test de volume

Une obstruction des lignes fluidiques peut expliquer une mauvaise distribution des réactifsou de mauvais résultats de séquençage. Si vous pensez que les lignes fluidiques peuventêtre obstruées, réalisez un test de volume.Ce test permet de vérifier l é̓tat du système fluidique en estimant le volume entre les bulleslorsqu e̓lles passent au niveau des capteurs. Pour réaliser un test de volume, le plateau et leflacon de lavage doivent être chargés d’eau de laboratoire et une Flow Cell usagée doit êtreen place. Suivez les invites sur l’écran pour réaliser le test.

1 Assurez-vous qu’une Flow Cell usagée est chargée dans l’instrument.


3 Sélectionnez System Check (Vérification du système).

4 Sélectionnez Conduct Volume Test (Mener un test de volume),puis Next (Suivant).

Figure 26 Écran System Check (Vérification du système)

5 Remplissez chaque réservoir du plateau de lavage avec 6 ml d e̓au de laboratoire.

6 Remplissez le flacon de lavage de 500 ml avec 350 ml d e̓au de laboratoire.

7 Chargez le plateau de lavage et le flacon de lavage sur l i̓nstrument.

a Ouvrez la porte du compartiment des réactifs et la porte du réfrigérant pourréactifs, puis faites glisser le plateau de lavage dans le réfrigérant pour réactifsjusqu à̓ ce qu i̓l s a̓rrête. Fermez la porte du réfrigérant pour réactifs.

b Levez la poignée des dispositifs d a̓spiration jusqu à̓ ce qu e̓lle se verrouille, puischargez le flacon de lavage.

c Retirez le flacon à déchets et jetez son contenu de manière appropriée. Remettez leflacon à déchets dans le compartiment des réactifs.

d Abaissez doucement la poignée des dispositifs d’aspiration en veillant à ce que lesdispositifs d’aspiration descendent dans le flacon de lavage et le flacon à déchets.

Réaliser

untest

devolum

e


8 En suivant les invites sur l é̓cran, retirez toutes les gouttelettes du dispositifd a̓spiration du flacon de lavage comme suit :

a Lorsque vous y êtes invité, levez doucement la poignée des dispositifs d’aspirationet vérifiez la présence d’une grosse gouttelette d’eau sur le dispositif d’aspirationdu flacon de lavage.

b Lorsque vous y êtes invité, abaissez doucement la poignée des dispositifsd a̓spiration assez loin dans l e̓au pour faire en sorte que la tension superficielleretire la gouttelette.

c Lorsque vous y êtes invité, levez doucement la poignée des dispositifs d’aspirationet vérifiez la présence d’une grosse gouttelette d’eau sur le dispositif d’aspirationdu flacon de lavage.

d Lorsque vous y êtes invité, abaissez doucement et complètement la poignée desdispositifs d a̓spiration en veillant à ce que ces derniers descendent dans le flaconde lavage et le flacon à déchets.

Figure 27 Retrait de la gouttelette du dispositif d a̓spiration

9 Sélectionnez Next (Suivant). Le test de volume commence.À la fin du test, les résultats apparaissent sur l é̓cran.Si le test n’est pas concluant, réalisez un lavage de maintenance. Consultez la sectionRéaliser un lavage de maintenance à la page 52.

10 À la fin du lavage de maintenance, réalisez à nouveau le test de volume.

Dép

annage


Mesurer les volumesde lavage attendus

La mesure des volumes de lavage attendus permet de confirmer l’efficacité de la fluidiquede lavage.

1 Avant de commencer un lavage, videz le flacon à déchets.

2 À la fin du lavage, mesurez le volume de lavage dans le flacon à déchets.

Type de lavage Volume de lavage attenduLavage après analyse 17,25 mlLavage après analyse incluant le lavage de la ligne de modèle 25,5 mlLavage de mise en veille 46 mlLavage de maintenance 51,75 ml

Config

urerles

param

ètresdusystèm

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Configurer les paramètres dusystème

MCS comprend plusieurs écrans d’accès aux commandes de configuration du système. Lesparamètres du logiciel sont généralement configurés lors de l’installation du MiSeq.

Configurer les paramètres IP et DNSConfigurez l’adresse IP et les adresses de serveur DNS si nécessaire en raison d’unchangement de réseau ou d’installation.


2 Sélectionnez System Settings (Paramètres du système).} Sélectionnez Obtain an IP address automatically (Obtenir automatiquement une

adresse IP) ou Use the following IP address (Utiliser l’adresse IP suivante).Si vous sélectionnez Use the following IP address (Utiliser l’adresse IP suivante),saisissez une adresse IP, un masque de sous-réseau et une passerelle par défaut.

} Sélectionnez Obtain DNS address automatically (Obtenir automatiquement uneadresse DNS) ou Use the following DNS server addresses (Utiliser les adresses deserveur DNS suivantes).Si vous sélectionnez Use the following DNS server addresses (Utiliser les adresses deserveur DNS suivantes), saisissez une adresse de serveur DNS à privilégier et uneadresse secondaire.


Modifier les identifiants du systèmeLorsque vous modifiez le nom d’utilisateur et le mot de passe du système sur l’écranSystem Settings (Paramètres du système), les identifiants de MiSeq Reporter et deBaseSpace ou BaseSpace Onsite sont également mis à jour.


2 Sélectionnez System Settings (Paramètres du système).

3 Sélectionnez Save and Continue (Enregistrer et continuer) pour passer au troisièmeécran de la série.

4 Sélectionnez This account (Ce compte).

5 Saisissez le nom de domaine (Domaine\MiSeq1, par exemple) et le mot de passe.



Annexe

B


Annexe B Fichiers et dossiers de sortie

Fichiersetdossiersdesortie

Dossiers d’analyse 78Contenu du dossier MiSeqOutput 79Dossiers et fichiers RTA 80

Fichierset

dossiersdesortie


Dossiers d’analyse

Chaque analyse sur le MiSeq génère trois dossiers d a̓nalyse, chacun d e̓ux ayant un objectifspécifique :} D:\Illumina\MiSeqTemp : lorsque l a̓nalyse commence, un dossier d a̓nalyse

temporaire est écrit sur le disque local de l o̓rdinateur de l i̓nstrument et utilisé en tantque zone de travail pour MCS et RTA. Il n e̓st pas nécessaire d a̓ccéder au dossierMiSeqTemp. Le contenu de ce dossier est supprimé au bout de sept jours.

} D:\Illumina\MiSeqOutput : RTA copie les fichiers du dossier MiSeqTemp dans ledossier MiSeqOutput. À mesure que les fichiers de l a̓nalyse primaire sont générés,RTA copie à nouveau les fichiers dans le dossier MiSeqTemp et remplit le dossierMiSeqAnalysis. Les images de mise au point et les vignettes ne sont pas copiées dansle dossier MiSeqAnalysis. Consultez la section Dossiers et fichiers RTA à la page 80.

} Vous pouvez modifier l e̓mplacement du dossier de sortie dans le champ OutputFolder (Dossier Sortie) de l é̓cran Run Options (Options d'analyse). Pour obtenir plus derenseignements, consultez la section Paramétrer les emplacements de dossiers par défaut à lapage 22.

} D:\Illumina\MiSeqAnalysis :une fois l’analyse RTA terminée, MiSeq Reporter accèdeau dossier MiSeqAnalysis sur le disque local de l i̓nstrument pour commencer l a̓nalysesecondaire. Tous les fichiers écrits dans le dossier MiSeqAnalysis (Analyse) sont denouveau copiés dans le dossier MiSeqOutput. Pour obtenir plus de renseignements,consultez la section Contenu du dossier MiSeqOutput à la page 79.

Si vous utilisez BaseSpace pour l a̓nalyse sans répliquer cette dernière localement, ledossier MiSeqAnalysis sur le disque local de l i̓nstrument est vide.

Dénomination du dossier racineLe nom du dossier d a̓nalyse racine indique la date de l a̓nalyse, le numéro de l i̓nstrumentet la Flow Cell utilisée pour l a̓nalyse.Le nom attribué au dossier prend, par défaut, le format suivant :

AAMMJJ_>NuméroInstrument<_>Numéro Analyse<_A>CodeBarresFlowCell>Le numéro d’analyse augmente d’une unité à chaque analyse exécutée sur un instrumentdonné.

Contenu

dudossier

MiSeq

Outp

ut


ContenududossierMiSeqOutput

Une fois l’analyse RTA terminée, le dossier MiSeqOutput contient les fichiers requis pourl’analyse secondaire par MiSeq Reporter. Une fois l a̓nalyse secondaire terminée, lesdossiers MiSeqOutput et MiSeqAnalysis sont identiques, mais le dossier MiSeqOutputcontient deux sous-dossiers pour les fichiers d i̓mages : Images et Thumbnail_Images. Cessous-dossiers ne sont pas nécessaires pour l’analyse secondaire.

FichiersLes fichiers copiés dans les dossiers de sortie et d a̓nalyse comprennent les élémentssuivants :} SampleSheet.csv : fournit des paramètres pour l a̓nalyse et l a̓nalyse ultérieure. Au

début de l a̓nalyse, la feuille d’échantillons est copiée dans le dossier racine etrenommée SampleSheet.csv. Des copies supplémentaires se trouvent dansData\Intensities and Data\Intensities\BaseCalls.

} runParameters.xml : contient un résumé des paramètres d a̓nalyse et desrenseignements à propos des composants de l a̓nalyse, tels que la RFID de la Flow Cellet les réactifs associés à l a̓nalyse.

} RunInfo.xml : contient des renseignements généraux sur l a̓nalyse, tels que le nombrede lectures et de cycles de l a̓nalyse de séquençage, et si une lecture est indexée ou non.

DossiersLes dossiers copiés dans les dossiers de sortie et d a̓nalyse comprennent les dossierssuivants, générés au cours de l’analyse de séquençage :} <Nom du dossier dʼanalyse>\Config : contient les fichiers de configuration pour

l a̓nalyse.} <Nom du dossier dʼanalyse>\Data : contient les sous-dossiers Intensities (Intensités),

BaseCalls (Appels de bases) et Alignment (Alignement). Les données générées à partirde MiSeq Reporter sont situées dans le sous-dossier Alignment (Alignement).

} <Nom du dossier dʼanalyse>\Data\RTA Logs : contient les fichiers journaux quidécrivent chaque étape effectuée par RTA pour chaque lecture.

} <Nom du dossier d’analyse>\Data\Intensities\BaseCalls : contient les sous-dossiersavec les fichiers de définition des bases (*.bcl), les fichiers de matrice et les fichiers demise en phase. MiSeq Reporter écrit les fichiers FASTQ dans ce dossier au cours del’analyse secondaire. Pour obtenir plus de renseignements, consultez Guide du logicielMiSeq Reporter (documentº 15042295).

} <Nom du dossier dʼanalyse>\Recipe : contient la formule utilisée pour l a̓nalyse.} <Nom du dossier dʼanalyse>\Logs : contient les fichiers journaux qui décrivent chaque

étape effectuée par l i̓nstrument pour chaque cycle.} <Nom du dossier dʼanalyse>\InterOp : contient les fichiers binaires utilisés par le

visualiseur d a̓nalyse de séquençage (SAV) pour récapituler les différentes mesures del a̓nalyse primaire telles que la densité et les intensités des amplifiats, les scores dequalité et la qualité globale de l a̓nalyse.

Tous les autres fichiers et dossiers créés dans le dossier d a̓nalyse temporaire ne sont pascopiés dans les dossiers de sortie et d a̓nalyse. Ils contiennent des fichiers temporaires nonrequis pour l a̓nalyse ou le dépannage.MiSeq Reporter ajoute les autres dossiers, tels que le dossier de l’alignement, au cours del’analyse secondaire. Pour obtenir plus de renseignements, consultez Guide du logicielMiSeq Reporter (documentº 15042295).

Fichierset

dossiersdesortie


Dossiers et fichiers RTA

Le tableau suivant décrit les dossiers et fichiers créés par l’analyse en temps réel (RTA) aucours de l’analyse primaire. Nombre de ces fichiers sont utilisés pour l’analyse secondairepar le logiciel MiSeq Reporter.

Fichier clé Sous-fichier DescriptionRTAComplete.txt Dossier racine Fichier de marqueurs créé à la fin de l’analyse des

définitions de bases. La présence de ce fichier déclenchele lancement de l’analyse secondaire.

SampleSheet.csv Dossier racine Ce fichier est lu et copié dans le dossier d’analyse avantl’analyse, et il est utilisé ultérieurement pour l’analysesecondaire.

RunInfo.xml Dossier racine Identifie les limites des lectures (incluant les lecturesd’index) et la table de qualité sélectionnée pourl’analyse.

fichiers *.bcl Data\Intensities\BaseCalls\L001\CX.X

Chaque fichier *.bcl contient les résultats des définitionsde bases générées à l’aide de l’analyse en temps réel(RTA) et de la qualité des définitions de bases pourchaque cycle et chaque plaque.

fichiers *.stats Data\Intensities\BaseCalls\L001\CX.X

Les fichiers *.stats contiennent les statistiques desdéfinitions de bases générées à l’aide de l’analyse entemps réel pour toute plaque ou tout cycle donné.

fichiers *.filter Data\Intensities\BaseCalls

Les fichiers *.filter contiennent les résultats des filtrespour chaque plaque.

*.txt Data\RTALogs Fichiers journaux de l’analyse primaire.fichiers *.cif Data\

Intensities\L001\CX.X

Chaque fichier binaire *.cif contient les résultats del’analyse d’image avec analyse en temps réel (RTA) parcycle et par plaque. Pour obtenir plus derenseignements, consultez la section Numérotation desplaques de la Flow Cell à la page 81.

fichiers *.locs Data\Intensities\BaseCalls\L001

Rapporte les coordonnées des amplifiats. Chaque fichier*.locs représente une plaque.

Fichiers *.jpg Thumbnail_Images\L001\CX.X

Les vignettes sont créées par cycle et par base, etpeuvent être utilisées pour dépanner une analyse. Cesfichiers sont utilisés pour l’analyse d’image et ne sontpas copiés dans le dossier Analysis (Analyse). Consultezla section Numérotation des plaques de la Flow Cell à lapage 81 pour obtenir les noms des fichiers image.

Dossiers

etfichiers

RTA


Plaques de la Flow CellAu cours de l’analyse de séquençage, de petites zones d’imagerie, appelées plaques, sontcréées à partir de la ligne unique de la Flow Cell. Toutes les Flow Cells MiSeq sont dotéesd’une ligne unique, mais le nombre de plaques varie selon le type de Flow Cell que vousutilisez.

Flow Cell Trousse de réactifsMiSeq Plaques Surface

d’imagerie

Total deplaques misesen image

Flow Cell standard Trousses de réactifsMiSeq, v3

19 plaques Supérieure etinférieure

Total de38 plaques

Flow Cell PGS Trousse de réactifsMiSeq v3-PGS


Total de38 plaques

Flow Cell standard Trousses de réactifsMiSeq, v2


Total de28 plaques

Micro Flow Cell Trousses de réactifsMiSeq ReagentMicro, v2


Total de8 plaques

Nano Flow Cell Trousses de réactifsMiSeq ReagentNano, v2

2 plaques Surfacesupérieureuniquement

Total de2 plaques

Lors de la mise en image des plaques pendant l’analyse de séquençage, un fichier de sortieest généré pour chaque plaque. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la sectionNumérotation des plaques de la Flow Cell à la page 81.

Numérotation des plaques de la Flow CellLors de la mise en image des plaques pendant l’analyse de séquençage, un fichier de sortieest généré pour chaque plaque et nommé selon le numéro de plaque à quatre chiffres. Lessurfaces supérieure et inférieure des Flow Cells sont mises en image, sauf dans le cas de laNano Flow Cell. Les fichiers de sortie correspondant à chaque plaque sont situés dans ledossier d’analyse Data\Intensities\BaseCalls\L001.

Flow Cell Trousse de réactifs MiSeq Plaques Surfaced’imagerie

Noms desfichiersimage

Flow Cell standardFlow Cell PGS

Trousses de réactifs MiSeq, v3 1 à 19 Supérieure 1 101 à 1 1191 à 19 Inférieure 2 101 à 2 119

Flow Cell standard Trousses de réactifs MiSeq, v2 1 à 14 Supérieure 1 101 à 1 1141 à 14 Inférieure 2 101 à 2 114

Micro Flow Cell Trousses de réactifs MiSeqReagent Micro, v2

1 à 4 Supérieure 1 101 à 1 104

1 à 4 Inférieure 2 101 à 2 104

Nano Flow Cell Trousses de réactifs MiSeqReagent Nano, v2

1 à 2 Surfacesupérieureuniquement

1 101 à 1 102


Index


Index

Aadresse IP 75aide, Live Help (Aide en direct) 65aide, technique 85alertes par courriel 22allumer l’instrument 20analyseoptions 11pendant le séquençage 12

analyse en temps réel 2dossier d’analyse 78génération du modèle 44résultats 80

analyse secondaire 12arrêt de l’instrument 60arrêter une analyse 66assistance clientèle 85assistance technique 85

BBaseSpaceconnexion 10-11identifiants 75mises à jour 22

BaseSpace Onsiteconnexion 11emplacement réseau 21identifiants 75

bouton d’alimentation 20

Ccapteur de porte de la Flow Cell 10cartouche de réactifs 16contenus 16décongélation 30inspection 31

chargement des réactifscartouche 40PR2 39

compartiment de la Flow Cell 4-5compartiment de réactifs 4-5CompletedJobInfo.xml 12composantscartouche de réactifs 16compartiment de la Flow Cell 4-5compartiment de réactifs 4-5Flow Cell 15, 81module optique 4

connexion réseau 68consommables 24eau de laboratoire 24

copie de fichiers et de dossiers 57cycles d’une lecture 27

Ddébit, dépannage 71

dépannagedébit 71erreurs de configuration de

l’analyse 68fichiers spécifiques à l a̓nalyse

pour 62fluidique 72regrouper des journaux 57-58, 62-63RFID 69

déplacement de fichiers et dedossiers 57

documentation 85dossier d’analysedéfinition 7

dossier InterOp 79dossiers d’analysecontenus 79dénomination 78fichiers de l’analyse primaire 80temp, sortie, analyse 78

dossiers de l’analysegestion 57

durée de l’analyse 27

Éécran de séquençage 43écrans de configuration de l’analyse 34

Eemplacements de dossierparamètres par défaut 22pour l’analyse en cours 42

espace disqueespace disque insuffisant 68vérification 14

Ffeuille d’échantillonschangement 41copie vers l’instrument 57définition 7dossier d’analyse 80introuvable 68

fichier de manifestecopie vers l’instrument 57définition 7

flacon à déchets 5Flow Cellcouleur du couvercle 15indicatif à lettre 69ligne unique 13nettoyage 35numérotation des plaques 81plaques 81présentation 15

fluidiquedépannage 71-72

Index


lavage 52, 55flux de travail 28durée de l’analyse 27

flux de travail de l’analysedéfinition 7

flux de travail VeriSeq PGSanalyse secondaire 11Flow Cell 15fréquence de maintenance 51répliquer l’analyse localementparamètres de lavage après

analyse 21formules, gestion 57

Ggénération des amplifiats 28génération du modèle 13, 44génome de référenceformat de fichier 7

Iicône d’alerte d’état 9icônesalerte d’état 9capteurs 10erreurs et avertissements 9indicateurs d’activité 9

inactivation de l’instrument 55indicateurs d’activité 9indicateurs de capteurs 10initialisation 68interruption d’une analyse 66

Llavage après analyse 45lavage de la ligne des modèles 45lavage de maintenance 52lavage de mise en veille 55lavagesaprès analyse 45avantage 45maintenance 52mise en veille 55préparer à l’inactivité 55préparer l a̓rrêt 60volumes attendus 74

Live Help (Aide en direct) 65logicieldurée de l’analyse 27initialisation 20mise à jour 59sur instrument 8vérification de l’espace disque 14

logiciel BlueFuse Multi 11, 21longueur de lecture 27longueur de séquences 27

Mmise à jour du logiciel 22, 59MiSeq Reporter 2identifiants 75présentation 12

MiSeq Self-Service (Libre-Service MiSeq)69

module optique 4

mot de passe 20mot de passe, modification 75

Nnom d’utilisateur 20nom de compte du système 75nom de domaine 75numérotation des plaques 81

Ooptions d’analyse 21-22

Pparamètres du réseau 75paramètres du système 75pince de Flow Cell 5poignée du dispositif d’aspiration 5PR2, chargement 39

Rréactifsen trousse 15

recommandations relatives à l’eau delaboratoire 24

références de génome 57réfrigérant pour réactifs, température 10regrouper des journaux 57-58, 62-63RFIDcartouche de réactifs 40dépannage 69PR2 39suivi 2

RTAcomplete.txt 80RunInfo.xml 79-80runParameters.xml 79

Sséquençage 28status.xml 80suppression de fichiers et de

dossiers 57surveillance de l’analyse 43

Ttest de volume 72

VVisualiseur d a̓nalyse de

séquençage 13, 43volumes de lavage 74

Assistance

technique


Assistance techniquePour obtenir une assistance technique, communiquez avec l’assistance techniqued’Illumina.

Site Web www.illumina.com

Courriel [email protected]

Tableau 6 Coordonnées générales d’Illumina

Région Numéro de lapersonne-ressource

Région Numéro de lapersonne-ressource

Amérique du Nord 1.800.809.4566 Irlande 1.800.812949Allemagne 0800.180.8994 Italie 800.874909Australie 1.800.775.688 Norvège 800.16836Autriche 0800.296575 Nouvelle-Zélande 0800.451.650Belgique 0800.81102 Pays-Bas 0800.0223859Danemark 80882346 Royaume-Uni 0800.917.0041Espagne 900.812168 Suisse 0800.563118Finlande 0800.918363 Suède 020790181France 0800.911850 Autres pays +44.1799.534000

Tableau 7 Numéros de téléphone de l’assistance clientèle d’Illumina

Les fiches signalétiques (SDS) sont disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adressesupport.illumina.com/sds.html.La documentation produit est téléchargeable au format PDF sur le site web d’Illumina.Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis sélectionnezDocumentation & Literature (Documentation et littérature).

http://www.illumina.com/

mailto:[email protected]


http://www.illumina.com/support.ilmn

Illumina5200 Illumina WaySan Diego, California 92122 États-Unis+(1) 800 809 ILMN (4566)+(1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord)[email protected]

Documents

Guide du système MiSeq - support.illumina.com · Chapitre 1Présentation 1 Introduction 2 Ressourcessupplémentaires 3 Composants 4 ConceptsMiSeq 7 LogicielMiSeq 8 Optionsdʼanalysesecondaire