Industrialisation d'un logiciel pour la

prédiction de structures secondaires

d'ARN non codants

Maitre de stage : Fariza TAHI

Tuteur universitaire : Valérie CHAUDRU

Master Génie Biologique et Informatique, première année

Gabriel CHANDESRIS

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Qu’est ce que

l’industrialisation d’un logiciel ?

Mise à disposition (ici via le web).

• Utilisable sur des jeux de données importants.

Examinable : documentation, tests. Extensible, modifiable : architecture du logiciel.

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Contexte Biologique

Structure => Fonction

Structure

secondaire

Structure

tertiaire

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Prédiction des

structures secondaires d’ARN Connaître les structures

Techniques expérimentales lourdes (RMN, cristallographie…).

Méthodes informatiques : plus rapides, moins chères.

Méthodes in silico complètent méthodes expérimentales.

Différentes approches :

Approche thermodynamique.

Approche comparative.

Nombreux algorithmes existants :

complexité élevée et/ou manque d’efficacité

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TFold / P-DCFold

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Mon travail sur le logiciel

Etude et formalisation de l'existant : TFold et P-DCFold Diagrammes UML (classes et cas d'utilisation)

Modifications de P-DCFold. Documentation, tests. Développement de l’interface.

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Formalisation de TFold

(cas d’utilisation UML)

*

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Etude et modification du

code de P-DCFold

Formalisation

Modification

Documentation et tests

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Interface graphique : existant

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Interface graphique : web

QuickTime™ et undécompresseur TIFF (LZW)

sont requis pour visionner cette image.

SSCA : Sequence Selection for the Comparative Approach

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Interface graphique : web

QuickTime™ et undécompresseur TIFF (LZW)

sont requis pour visionner cette image.

Pseudoknots, Divide and Conquer Fold

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Conclusion

Compétence en biologie

Comprendre le modèle utilisé, contexte biologique.

Adapter le modèle : contraintes.

Compétence informatique

Conceptualisation et formalisation objet (UML, classes,

cas d’utilisations…).

Programmation java : modèle, interface, contrôle.

Tests de développement et de fonctionnement (JUnit) .

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Perspectives

Export de l'application / importation des données

(soucis de confidentialité).

Amélioration de l’ergonomie de l’interface,

Documentation technique (à destination des

utilisateurs).

Tester massivement avec des données publiques (et

résultats connus).

Extension de TFold pour la recherche des petits ARN.

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Intérêt de TFold / P-DCFold

Prédiction de structure secondaire des ARN Construit sur l'approche comparative.

Utilisation de critères thermodynamiques.

But du stage : améliorer et rendre accessible Interface web

Documentation

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De l'ARN à la structure secondaire

Que fait le logiciel TFold / P-DCFold ?

Structure

secondaire

Structure

tertiaire

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Comment cela fonctionne (++)

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Les algorithmes (++)

« Valeur Ajoutée » : fonctionnement logiciel,

Adaptation des abstractions : Vecteurs (non typés) et

Listes / Ensembles d'instances,

Correction des représentations (simplification),

Résultat : interface, systèmes de tests, recherche de

dysfonctionnements

Documentation et tests : extension à venir.