Initiation à la Bibliothèque et à la recherche dans la base de données Medline/PubMed Sciences biomédicales Marie-Claude Laferrière Conseillère en documentation

Initiation à la Bibliothèque et à la recherche dans la base de données Medline/PubMed Sciences biomédicales

Marie-Claude LaferrièreConseillère en documentationen sciences de la santé

Janvier 2012

Conseillère en documentation

Conseillère en sciences biomédicales

Vous trouverez mes coordonnées sur le portail thématique en médecine dentaireMarie-Claude LaferrièreBibliothèque scientifiquePavillon Alexandre-VachonBureau 1018-C (au 1er étage, au fond du petit corridor)Téléphone: 418-656-2131 poste 7948Courriel: [email protected]

Voici mes principales activités Formations individuelles et de groupe (étudiants et professeurs); mise au point de guides de recherche; création et mise à jour de pages web disciplinaires; achat et traitement des ressources liées à mes disciplines.

Pour chaque discipline, la Bibliothèque désigne un conseiller ou une conseillère à la documentation (bibliothécaire).

Bibliothèque de l'Université Laval 2

mailto:[email protected]

3

Objectifs d’apprentissagede la formation

Objectif de la formation• Connaitre les services offerts à la Bibliothèque et savoir chercher et

repérer de la documentation scientifique de façon autonome.

Au terme de la formation, vous serez en mesure de :• Utiliser le catalogue Ariane 2,0 et Ariane 2,0 – Recherche d’articles• Comprendre un moteur de recherche complet et complexe

(Medline/PubMed)• Connaître les différentes fonctionnalités de PubMed, des modes d’interrogation jusqu’à

l’obtention du document• Exploiter le vocabulaire contrôlé MeSH

Bibliothèque de l'Université Laval

Plan de la présentation

Visiter et connaître les

services offerts à la Bibliothèque

Utiliser

Ariane 2,0 et Ariane 2,0 –Recherches

d’articles

Connaître le site web de la

Bibliothèque et le portail des sciences

biomédicales

Utiliser efficacement les

opérateurs booléens

Interroger une base de données

- mots-clés

- descripteurs

Interroger

Medline/Pubmed

4Bibliothèque de l'Université Laval

La Bibliothèque en quelques chiffres!• Budget d'acquisition: plus de 11 millions de dollars et 50% de

cette somme est consacrés aux ressources électroniques • Plus de 5 millions de documents dans presque tous les

domaines du savoir dont 1 200 759 livres électroniques incluant les thèses et mémoires

• Abonnements à plus de 62 200 journaux et revues, dont 54 000 revues électroniques accessibles hors campus

• + de 1000 bases de données accessibles par le Web et un accès aux catalogues des bibliothèques universitaires du monde entier

• Plus de 32 000 films, vidéos et DVD


Accès hors campus avec EZProxyPour accéder aux ressources électroniques à partir de la maison :

Il suffit de cliquer sur la ressource électronique désirée pendant la recherche documentaire. Une page d’authentification apparaîtra. L’usager devra fournir qu’une seule fois son identifiant de l’Université Laval (IDUL) et son mot de passe (NIP) pour toute la durée de la session de recherche. Simple et rapide !


Site web de la Bibliothèque

ARIANE 2.0


Ariane 2.0 c’est quoi ?

• Ariane 2.0 contient la liste descriptive de tous les documents que la Bibliothèque possède.

• Un catalogue de bibliothèque permet de :• vérifier la disponibilité des documents;• repérer des documents par auteur, titre,

sujet, etc.;• indiquer leur statut et leur disponibilité.

Source : http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/7e/Schlagwortkatalog.jpg


http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/7e/Schlagwortkatalog.jpg

Contenu d’Ariane 2.0

• Ce que l’on trouve avec Ariane 2.0• Livres• Titres de périodiques• Publications gouvernementales • Documents audiovisuels• Mémoires et thèses• Etc.

• Ce que l’on NE trouve PAS avec Ariane 2.0• Articles de périodiques• Articles de journaux


Caractéristiques d’Ariane 2.0Quelques caractéristiques :

• interface développée par la Bibliothèque;• interface de recherche à facettes qui permet de raffiner la

recherche; • suggestions automatiques d’auteurs, de titres, de titres de

périodiques et de sujets.


Exercices: Ariane 2.0

• Trouver un livre publié par l’auteur « Charles Darwin »

• Trouver le journal « Science »

• Trouver un livre électronique sur la « microbiologie médicale»

• Trouver un livre sur les « diagnostics microbiologiques»

Utilisez la facette: livres électroniques

Cochez: Recherche exacte

Zone auteur: Nom de famille

en premier

Utilisez: la suggestion ou l’onglet « Sujets »


ARIANE 2.0 – RECHERCHE D’ARTICLES


L’autre Ariane


Ariane 2.0 - Recherche d’articles

Nouvelle interface de recherche (version bêta) totalement indépendante d’Ariane 2.0 classique

• Ce que l’on trouve avec Ariane – Recherche d’articles:• Des articles scientifiques de format électroniques uniquement.

• Ce que l’on NE trouve PAS avec Ariane – Recherche d’articles:

• Le contenu d’Ariane 2.0.• Les articles de journaux (Soleil, Le Journal de Québec, La Presse, etc.)

• La totalité des articles que possède la bibliothèque.



• Objectif: trouver rapidement quelques articles sur un sujet.

• Contrairement à , Ariane 2.0 - Recherche d’articles garantie l’accès au plein texte de votre article.

• Comme nous recherchons des articles; l’interrogation se fait en anglais.

• L’accès se fait via :



• Seule la recherche simple est disponible.• Trois champs seulement sont disponibles pour la

recherche:

• Titre, auteur: quand nous connaissons les auteurs ou le titre de l’article.

• Toutes les zones: recherche dans le plein texte de l’article.


Exercices: Ariane 2.0 – Recherche d’articles

Question 1

• Trouver cet article que votre professeur vous suggère de lire:• Virgin, H. W., & Todd, J. A. (2011). Metagenomics

and personalized medicine. Cell, 147(1), 44.

Question 2

• Votre professeur vous demande de trouver un article au sujet de la « métagénomique » qui a été publié dans la revue « Science ».


PORTAIL THÉMATIQUE EN MÉDECINE


Les portails thématiques en santé

• Il existe 6 portails thématiques en sciences de la santé• Médecine• Médecine dentaire• Médecine sociale et préventive• Réadaptation• Sciences biomédicales• Sciences infirmières

• Ce que contient chaque portail ? • Une tonne de ressources propres à la discipline telle que les

bases de données, périodiques électroniques, dictionnaires et encyclopédies, des associations et beaucoup plus !


http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/

Pause-café• De retour dans 15-20 minutes


OPÉRATEURS BOOLÉENS


ETOU

SAUF

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Opérateurs booléens

• Les opérateurs booléens définissent les relations entre des mots ou des groupes de mots.

• L’utilisation des opérateurs booléens en recherche documentaire est très utile afin de raffiner une requête. On peut ainsi inclure ou exclure des éléments précis de la recherche.

• Les opérateurs le plus couramment utilisés sont : ET (AND), OU (OR), SAUF (NOT).

ET OU

SAUF


ET (AND

)

OU (OR)

SAUF(NOT

)

AdulteCancer

AIDS

VIH SIDA

Cancer

Holistique

Douleur

Les opérateurs booléens

Utilisé pour relier différents concepts entre eux. Diminue le nombre de références en précisant la recherche.

Recherche les termes équivalents (synonymes) d’un même concept.

Utilisé pour élargir la recherche et augmenter le nombre de références.

Utilisé pour exclure un ensemble de références qui « noient » la bonne information.


LA RECHERCHE MOTS CLÉS VS THÉSAURUS


Interroger une base de données

La recherche peut s’effectuer de deux différentes façons:

• par mots-clés • par descripteurs


Recherche…

Par mots-clés :

La recherche s’effectue dans tous les mots ou expressions de la notice (titre, résumé, etc.)


Recherche …

Par descripteurs :

• La recherche s’effectue uniquement dans les mots ou les expressions inscrits dans le champ Sujet de la notice.

• Les mots ou les expressions inscrits dans le champ Sujet sont habituellement choisis dans une liste préétablie de termes. On parle alors de vocabulaire contrôlé.


Recherche par descripteurs

Vocabulaire contrôlé

• Liste de mots appelés descripteurs, Subject Headings ou Thésaurus.

• Les descripteurs permettent l’indexation des documents: • À chaque référence sont assignés plusieurs descripteurs.• L’indexation est uniforme, peu importe les mots de l’auteur.


Différents thésaurus

• La plupart des bases de données publient un thésaurus. Celui-ci est souvent intégré au logiciel de la base.

Exemples• CINAHL = Descripteurs CINAHL• Medline = MeSH (Medical Subject Headings) • Embase = EMTREE• Cochrane = MeSH (même que Medline)• PsycINFO = Thésaurus (sous l’onglet « Term finder »)


MEDLINE VIA PUBMED


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Présentation générale de Medline

• Descriptions:• Medline est une base de données bibliographiques gratuite.• Elle dépouille et indexe plus de 5 500 revues biomédicales provenant

d’environ 70 pays.

• Période couverte : 1946 à aujourd’hui

• Organisme responsable :• Langues des documents:

• Principalement en anglais. Certains articles sont en français. Les titres, les résumés et les descripteurs sont toujours en anglais.

• L’interrogation doit se faire uniquement en ANGLAIS.


http://www.nlm.nih.gov/tsd/serials/lji.html

http://www.nlm.nih.gov/tsd/serials/lji.html

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Traduction des termes de rechercheMedline ne traduit pas automatiquement les mots-clés. Les termes, ou de préférence les descripteurs du MeSH (Medical Subject Headings), doivent donc être écrits en anglais.

• Pour traduire un terme, il est possible d’utiliser un des dictionnaires en ligne sous la rubrique « Les indispensables » du site de la Bibliothèque (ex.: Grand Dictionnaire terminologique)

• Les sites suivants sont aussi recommandés :• Le Portail terminologique de Santé du répertoire CiSMeF (

http://www.chu-rouen.fr/cismef/)

• Le MeSH bilingue français-anglais de l’Inserm (http://ist.inserm.fr/basismesh/mesh.html)


http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/chercher/ouvrages_ref_elec/les_indispensables

http://www.chu-rouen.fr/cismef/

http://ist.inserm.fr/basismesh/mesh.html

Domaines couverts

• Anatomie• Biochimie • Bio ingénierie• Ergothérapie• Génétique• Gériatrie• Immunologie• Médecine clinique

• Médecine dentaire• Médecine

expérimentale• Médecine

fondamentale• Médecine

vétérinaire• Microbiologie• Nutrition

• Pharmacologie

• Physiologie• Psychiatrie et

psychologie • Santé publique• Soins infirmiers• Système de santé• Toxicologie


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Accès à la base de données Medline

• Medline est disponible sur plusieurs interfaces de recherche:

• PubMed (interface gratuite)

• EBSCO Host

• Web of Knowledge

• Embase


Différence entre Medline et PubMed

• Medline• Articles provenant de revues indexées sans toutefois

couvrir un sujet en santé (ex. : astrophysique)• Articles en prépublication qui ne sont pas encore

indexés ou publiés (PubMed in-process) • Articles datant d’avant l’acceptation du périodique

dans Medline (As supplied by publisher) • Articles provenant de revues faisant partie de

PubMedCentral, mais sans être inclus dans Medline


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Modes d’interrogation de PubMed

1. Recherche simple « PubMed »• Recherche par mots ou expressions dans toute la

notice (ceci donne souvent beaucoup trop de résultats).

2. Recherche avancée « Advanced Seach »• Recherche par auteur, journal, date de publication,

etc.

3. Recherche avec le « MeSH Database »• Recherche à partir des descripteurs du MeSH

assignés à chaque article.


http://www.bibl.ulaval.ca/mieux

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etc.





39

Recherche simple « PubMed »

Règles d’écriture de PubMed

• Par défaut, l’outil de recherche retire les accentuations. Si vous utilisez plus d’un mot, il utilise entre chacun de ceux-ci l’opérateur « AND ».

• Vous pouvez aussi utiliser les opérateurs booléens « OR » pour rechercher des alternatives ou « NOT » pour exclure des termes (les inscrire en majuscules).

• On peut donc rechercher une expression en l’encadrant de guillemets « ».

• Utilisez le symbole « * » pour tronquer les mots et ainsi repêcher l’ensemble des variantes d’un mot.• Exemple : arter* permettra de rechercher l’ensemble des mots ayant une racine commune :

artery, arteries, arterial, arteritis, arteriole, etc.


Raffiner votre recherche

• Vous pouvez utiliser « limits » pour raffiner les résultats de votre recherche.

• Date de publication• Type d’articles (Clinical Trial, Editiorial, Meta-Analysis,

Practical Guidlines, Review, etc. )• Langage (French, English, Spanish, etc.)• Subsets : Journal Group (Dental journals, Core clinical

journals ou nursing journals) • Groupes d’âge (Child, Adolescent, Adult, Aged, etc. )• Etc.


41

Exemple #1

• Recherchons des articles sur l’effet des changements climatiques sur les maladies infectieuses?

Mode de recherche utilisé:Recherche simple (mot-clé) PubMed


Réponse:Dans la recherche simple, écrire climate change infectious diseases et cliquer sur la limite « French ».Attention ! Regardez en bas à droite la boîte « Search Details »

Exercices: recherche simple + limites

Question A

• Combien trouvez-vous de revues de littérature (Review) sur Obésité morbide?


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etc.





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Exemple #2

• Recherchons des articles écris par Y. Nomura publiés dans The Journal of biological chemistry.

Mode de recherche utilisé:Search Builder dans Advanced Search

Réponse:Dans la recherche avancée, sélectionnez le champ « Author » et écrivez « Nomura Y » puis sélectionnez le champ « Journal » et écrivez « Journal of biological chemistry ». Ensuite, cliquez sur « Search ».


Exercices: Recherche avancée

Question A

• Combien trouvez-vous d’articles sur le Syndrome de Down dans la revue Jama?


46





etc.





47

La recherche MeSH

• MeSH (Medical Subject Headings) est le vocabulaire contrôlé utilisé par la National Library of Medicine (NLM) pour indexer les articles dans Medline.

• La recherche MeSH est recommandée, car:• elle utilise les termes acceptés par la base de données.

• elle offre des suggestions de termes, une brève description et une structure arborescente.

• elle permet d’utiliser un ou plusieurs aspects particuliers ou qualificatifs (subheadings) pour préciser le terme choisi.

• elle permet de restreindre la recherche au sujet le plus important : Major Topic Headings (descripteurs avec un *).


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La recherche MeSHDescripteur recherché Définition

Permets de préciser la recherche en choisissant une ou plusieurs subdivisions du descripteur recherché.

Recherche uniquement les références dont le descripteur est considéré comme sujet principal du document.

Recherche uniquement le descripteur sélectionné, plutôt que tous les termes spécifiques qui apparaissent sous l’arborescence du descripteur recherché (mode de recherche par défaut).


49

La recherche MeSHTermes équivalents recherchés (synonymes)

Suggestions de termes à rechercher

Termes + généraux

Termes + spécifiques


Exemple # 3

Recherche d’un sujet• Recherchons des articles en français sur le diagnostic du cancer du

sein à l’adolescence?

Concepts:• Cancer du sein• Diagnostic

Limites:• Adolescence• Article en français

Mode de recherche utilisé:

MeSH DatabaseRéponse: "Breast Neoplasms/diagnosis"[Mesh]

Limits: French, Adolescent: 13-18 years


Exemple # 4

Recherche d’un sujet• Recherchons des articles dont le sujet principal est l’utilisation de

l’hormonothérapie lors de la ménopause précoce?

Concepts:• Hormonothérapie• Ménopause précoce

Mode de recherche utilisé:MeSH Database Restrict Search to Major Topic headings only.

Réponse: "Menopause, Premature"[Majr] AND "Hormone Replacement Therapy"[Majr]


Exercices: Recherche MeSH

Questions C •Combien trouvez-vous d’articles en français sur le métabolisme du cancer du cerveau ?

Questions D •Combien trouvez-vous d’articles dont le sujet majeur est les complications de l’asthme chez les enfants préscolaires?

Questions E •Combien trouvez-vous d’articles sur l’utilisation d’antipsychotiques pour les personnes âgées atteintes d’Alzheimer?


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Obtenir le texte de l’article

• Le bouton permet de vérifier si un document est disponible à l’Université Laval.

• Ce dernier est visible avec le « Display Settings: Abstract » ou si vous cliquez sur le titre de la notice.

• Si la Bibliothèque n’est pas abonnée à la revue recherchée, on peut alors faire une recherche avec Google Scholar pour voir si l’article est disponible gratuitement sur le web.

• Sinon, il faudra le commander au service de Prêt entre bibliothèques (PEB) au coût de 5$.


http://scholar.google.ca/



http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/utiliser/pret_peb

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Sauvegarde vos stratégies de recherche• Avec Détails : possibilité d’enregistrer vos requêtes

ou stratégies de recherche sous forme d’URL (adresse internet) et les mettre en bookmark (signets)

• Avec My NCBI : service de veille de Pubmed• Permets de sauvegarder nos stratégies de recherche• Permets d’obtenir des alertes par courriel • Permets de les gérer (enlever, ajouter…)• Service simple et gratuit, mais nécessité de s’inscrire et de définir des

codes d’accès


Pour plus d’information!Guide développé par la Bibliothèque

• Capsule en format flash : http://www.bibl.ulaval.ca/capsule/Medline/player.htm

• Guide d’utilisation - Medline http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/ref-rc/chercher/bd/bd_guides_utilisation/guide_medline

• Guide d’utilisation - Medline MeSH http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/ref-rc/chercher/bd/bd_guides_utilisation/guide_mesh

Guide développé par PubMed

• Pubmed help – Guide exhaustif de la NLM http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html

• Tutorial Pubmed - Excellent tutoriel de la NLM • Anglais http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html

• Français: http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_co/pubmed/

• The Basics of Medical Subject Headings (MeSH®) in MEDLINE®/PubMed®

http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/mesh/


http://www.bibl.ulaval.ca/capsule/Medline/player.htm

http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/ref-rc/chercher/bd/bd_guides_utilisation/guide_medline

http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/ref-rc/chercher/bd/bd_guides_utilisation/guide_mesh

http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html

http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html

http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_co/pubmed/m1001.html

http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/mesh/

Nous sommes là pour vous aider !

• Aide à la recherche • Bibliothèque scientifique, Pavillon Alexandre-Vachon • Tél.: 418 656-3967

• Lundi au vendredi : 8h30 à 18h30 / Samedi: 10h00 à 17h00

• Conseillère à la documentation• Marie-Claude Laferrière• Tél. : 418-656-2131 #7948 • Courriel : [email protected]

• Lundi au vendredi : 8h30 à 16h30• Il est préférable de prendre un rendez-vous pour vérifier ma disponibilité.


mailto:[email protected]

2e formation

• Formation au logiciel de gestion de références EndNote Web

• Date : Demain le 10 janvier à 13h30• Où : ici au local 0022 de la Bibliothèque scientifique
