La recherche d’amorces pour la PCR

Christian.Fondrat@univ-paris5.fr

Des programmes d’aide

Principe

Épingle à cheveux (hairpin)

Définir le nombre maximum d'appariements consécutifs toléré dans l'épingle.

les oligos susceptibles de former une épingle à cheveux dont le nombre de bases consécutives appariées est supérieur à la valeur choisie seront éliminés

Recherche d’hairpin

Si la valeur maximale est fixée à 3, l'oligo n°2 sera rejeté (1,3,4,5 retenus).Si elle est fixée à 2, les oligos n°2 et n°3 seront rejetés (1,4,5 retenus). Si elle est fixée à 1, les oligos n°2, 3 et 4 seront rejetés ( l,5 retenus).

Premiers résultats

Appariement entre 2 oligos

Définir le nombre maximal autorisé de bases appariées consécutives dans le dimère susceptible de se former entre deux oligos.

Tous les couples dont le dimère à un nombre de bases appariées supérieur à une valeur choisie sont rejetés.

Appariement entre 2 oligos

Si la valeur choisie est de 4, le couple n°3 sera éliminé (1,2,4,5 retenus). Si la valeur choisie est de 3, le couple n°3 sera éliminé (1,2,4,5 retenus). Si la valeur choisie est de 2, les couples n°3, 4, 5 seront éliminés (1,2 sont retenus).

Que faire si j’ai trop d’oligos ?

a) diminuer la marge de recherche des oligos

b) diminuer l'intervalle de recherche du pourcentage G+C de quelques unités

c) augmenter la taille des oligos de une à deux bases

d) diminuer de une unité la valeur des appariements consécutifs autorises dans l'épingle à cheveux

Que faire si je n’ai pas d’oligos

a) augmenter la marge de recherche des oligos.  b) augmenter l'intervalle de recherche du % G+C autorisé (une à deux unités peuvent être suffisantes)

c) diminuer la taille des oligos de une à deux bases

d) augmenter de une unité la valeur des appariements consécutifs autorisée dans l'épingle à cheveux.

programme : recherche 2 oligos

programme : recherche 1 oligo

Table d’orientation

Température

La température de fusion du produit PCR (Tmpcr) est calculée suivant la relation suivante applicable à des molécules de plus 50 nucléotides [5]

 

Tmpcr = 81.5 + 16.6 * log[Na+] + 0.41(GC) 

où [Na +] désigne la concentration en sels et GC le pourcentage G+C