LES FLORES

L’environnement est loin d’être stérile :

Évolution des germes en fonction de l’atmosphère

Flores dépendent du type d’organe et de sa situation par rapport à

l’extérieur (flores digestives, oropharyngées, vaginale…)

Il existe des flores de l’environnement : air – terre - eau

IMPORTANCE DE LA CONNAISSANCE DES FLORES

Concerne médecin, biologiste, infirmière :

Lors des prélèvements : ne pas contaminer le malade ni le prélèvement

choix de l’antiseptique, hémoculture, ECBU

Si pénétration de cette flore (plaie, perforation d’organe…) : antibiothérapie probabiliste adaptée à la flore résiduelle

Intérêt en chirurgie : prophylaxie

Ex organisation eu bloc opératoire :

Changer de vêtements : flore extérieure (air, eau, hôpital…)

Surchaussure : flore du sol

Lavage des mains : flore cutanée, avec de l’eau filtrée : flore de l’eau

Air purifié : flore aérienne

Masque : flore oropharyngée

Adapter au mieux les règles d’hygiène

Digestion

Villosités intestinales

Stimulation du système

immunitaire

Effet barrière

ROLE DES FLORES

FLORES HUMAINES

FLORE DIGESTIVE

Salive

Streptocoques alpha (salivarius, mitis…) – lactobacilles – pneumocoque

Neisseiria

Anaérobies : x10 aérobies

Levures : Candida albicans

Protozoaires : Trichomonax tenas, Endolimax gingivalis….

108 germes/ml

Flore rhinopharyngée

Idem + : staphylocoques

Staphylocoque aureus : portage 30 %)

Pneumocoque : 15 à 30 %

Haemophilus : 20 %

Streptocoque A : 15 %

1 gouttelette de salive = 1 mm3

100.000 germes

Estomac

pH acide : bactéricidie (sauf BAAR)

Problème si achlorydrie : comme la salive

10 à 100 germes/ml

Duodéno-jejunum

Augmentation des anaérobies

102 à 104 germes /ml

Ileon

Anaérobies +++ : Bacteroïdes

Sterptocoque, entérobactéries

105 à 108 germes/ml

Contenu de l’intestin grêle : 1 litre

Soit 108 germes

Colon

Bactéries : 40 % du poids des selles

Environ 400 espèces différentes (99 % anaérobies)

Rapport ana/aérobies :

duodénum : 1/1

iléon : 10/1

colon : 10 à 10 000/1

Aérobies sont les pathogènes

109 à 1011 germes/ g de selles

FLORE RESPIRATOIRE

Stérile à partir de la trachée

FLORE CUTANÉE

Zones sèches : 102 à 104/cm2

Zones humides : 105 à 106 /cm2

Surface corporelle 2m2

108 germes sur tout le corps

Résidents :

corynébactéries – staphylocoque epidermidis – propionibacterium acnes…

Candida (autres que albicans)

Acariens

Transitoire :

hospitalière – pathogènes – résistance aux antibiotiques

FLORE VAGINALE

pH acide : bactéricidie

Lactobacilles (flore de Döderlein)

Staphylocoques coagulase négative, corynébactéries

Entérobactéries – streptocoques…

Levures : candida

Portage streptocoque B : 20 à 30 %

FLORES DE L ’ENVIRONNEMENT

• Eau : potable :< 100 germes/ml égouts : 105 à 107 /ml

• Aliments : < 100 germes /g

• Air : pur (Chamonix) : < 5 UFC/m3 /hôpital : 200 à 500 UFC /m3

vestaires : 103 à 105 /m3

• Surfaces : propres : 5 à 50 /25 cm2 sales : 1000 à 2000/cm2

• Terre : 106 à 109 /g (putréfaction)

HOMO CONTAMINUS

10 fois plus de bactéries que de cellules

Rhinopharynx : ½ litres rejetés par jour

MALADE PERSONNEL

AIR SUPPORTINERTE

SUJETPREDISPOSE

FLORES ET INFECTIONS

3 grandes classes pathogènes : intrinsèque

contagionréservoir : homme malade

ex : tuberculose - lèpre - syphilis - choléra - peste - fièvre typhoïde - méningocoque - gonocoque

commensaux : réservoir : homme saingradient de potentiel pathogènenon spécifiques

saprophytes : pathogènes possibles tétanos - gangrène gazeuse - légionellose - aspergillose

Malade Virulence

Donc infection quand :

• le bon germe

• au bon endroit

• en quantité suffisante

MECANISME DE L ’INFECTION

Modes de transmission

Direct : Respiratoire

Fécal oral

Sexuel

Vecteurs

Indirect : eau, aliments, matériels souillés…..

Horizontale ou verticale

RESERVOIR

INVASION

• adhésion – adhésines (pili, fimbriae) récepteurs cellulaires (muqueuses et biomatériaux)

• ubiquitaires : mannose, collagène, fibronectine, ganglioside M• spécifiques d ’un tissu ou d ’un organe :

– duodénum et jéjunum pour E coli et choléra– iléon pour salmonelle

• multiplication : colonisation formation d’un biofilm (biomatériaux)

doit se déplacer :

nécessité de flagellesenzymes détruisant le tissu pour progresser : protéases - collagénases - fibrinolysines - hyaluronidasesformation de galeries : par production de gaz (C perfringens)

dissémination : gagnent le sang, la lymphe, les ganglions tous les organes

fixation là où existent des récepteurs lésions tissulaires (toxines, enzymes, réponse de l’hôte)

pénétration du tissu : est alors une porte d’entrée

une invasine bactérienne entre en contact avec son récepteur, une intégrine cellulaireex : shigella

au niveau de la zone de contact, modification du cytosquelette==> pseudopodes==> ingestion de la bactérie

PRODUCTION DE TOXINES• exotoxines 

multiplication locale du germe, sécrétion d’une substance (protéique) diffusant dans l’organisme, et responsable de la maladieaction à faible dosesont thermolabilesex : tétanos - choléra - diphtérie - scarlatine - TIAC (Staphylocoque aureus - botulisme)

action sur une cible : ex AMPc activité endopeptidase (empêche

sortie neuromédiateur) : botulisme, tétanos désorganise la membrane

cytoplasmique (cytolysine) : pneumolysine,shiga like, listérioysine O

signal transmembranaire (superantigène): interaction sur macrophages et lymphocytes T

==> production de cytokines +++ (fièvre, choc toxique, vomissements…

• endotoxinesproviennent de la dégradation de la membrane externe du germe (BGN surtout ) : LPSthermostableactivation du système immunitaire (activation du complément, production de cytokines+++, activation de la coagulation)

MECANISMES DE DEFENSES

Barrière cutanéo-muqueuse

effet barrière des flores : empêche la multiplication physique : est quasi imperméable

chimique : destruction des germes (acidité, lysozyme, bile...)

Elimination des germes 

évacuation du bol alimentaire (selles)flux des urinestapis muco ciliaire de l’arbre respiratoirehygiène (lavage régulier)desquamation

Non spécifiques - Innés

Action :

vasodilatation

chimiotactisme

phagocytose

Réponse inflammatoire

Induction de la production de protéines de l’inflammation (hépatique) :

CRP – fibrinogène – haptoglobine….

Action directe sur les germesFormation d’une coque fibrineuse

Interféron : résistance aux virus

Activation du complément :

activation en cascade de plusieurs enzymes, pour former une macromolécule

Conséquences cliniques et biologiques :

- 4 signes cardinaux locaux de l’inflammation : rougeur – oedème – chaleur – douleur

-- NFS : hyperleucocytose

- Augmentation de la vitesse de sédimentation

- augmentation des protéines de l’inflammation (CRP : bactéries ; interféron : virus)

• DONC INFECTION SI :

– perte de substance cutanée (brûlés - escarres - plaies...)

– injection (KT - SAD - piqûres d’insectes...)

– destruction de la flore (antibiothérapie)

– diminution des défenses (déficits acquis ou congénitaux)

si pénétration : gagne le tissu lymphoïde

Fièvre

Déclenchée par les substances liées au germe,

ou par les mécanismes de défense

Inhibe la croissance bactérienne, diminue le métabolisme

Spécifiques : immunité humorale et cellulaire

Sources

Endogènes : surtout si SAD, KT…

Exogènes

- manuportage : fréquent, peu médiatisé

endémique (respect des règles

d’hygiène..)

« indicateurs » : BMR

- environnement : très médiatisé, rare

air (aspergillus) – eau (légionelles) matériel mal décontaminé

aliments (TIAC)

contamination des antiseptiques,

produits sanguins …

?

HOSPITALISATION

Flore exogène

Flore hospitalière

Infection nosocomiale

Flore endogène

portage

colonisation

infection

Acquisition (transmission croisée)