Master 2ème année Universi té Pierre et Marie Curie. Mention 6 (Spéciali té Microbiologie)

Parcours de Microbiologie Environnementale

Le parcours de recherche de Microbiologie Environnementale est composé de

4 modules de 6 ECTS réalisés à l’Observatoire Océanologique de Banyuls entre le 15 octobre et le 7 décembre 2007, et complété par une UE d’ouverture (6 ECTS) au choix de l’étudiant.

UE de projet (UE 591) [15 – 26 octobre] Réalisation d’un rapport bibliographique en relation avec le stage de 2ème semestre Cours : - Recherche bibliographique et gestion des références - Conseils à la préparation d’un rapport de stage, d’une présentation orale et d’un poster - Tenue d’un cahier de laboratoire

B iodiversité des microorganismes marins (UE 555) [29 octobre - 9 novembre] Cours : - Techniques d’étude moléculaires de la biodiversité microbienne - Classification du monde microbien. Flux d’informations génétiques et biodiversité

- Adaptations microbiennes aux environnements extrêmes et exploitation de la biodiversité microbienne TP : - Prélèvements en mer. Culture et isolement de souches bactériennes et de bactériophages

- Hybridation in-situ, RFLP, SSCP, PCR temps réel, microscopie électronique à transmission - Bioinformatique : analyse de séquences

Production, dégradation et transfert de la matière organique dans la colonne d’eau (UE 546) [12 novembre - 23 novembre]

Cours : - Origines, caractéristiques et voies de dégradation de la matière organique dans les milieux aquatiques - Importance des différents flux de production et de respiration au sein du réseau trophique microbien - Contrôle par les ressources nutritives et phénomène d’eutrophisation TP : - Expériences de biodégradation de la matière organique et d’enrichissement en sels nutritifs

- Mesures de la biomasse et de l’activité des bactéries et du phytoplancton. Bilan de carbone - Cytométrie en flux, radioincoporations, dosages chimiques (matière organique, sels nutritifs, O2)

Qualité des eaux l it torales (UE 545) [26 novembre - 7 décembre] Cours : - Techniques d’épuration des eaux usées. Survie des bactéries entériques en eau de mer - Virus pathogènes et algues toxiques en milieu marin. Détection des agents pathogènes en mer - Conchyliculture et environnement. Pathologies microbiennes en aquaculture - Réglementation sur la qualité des eaux et des produits de la mer. Réseaux de surveillance TP : - Analyse de la qualité microbiologique des eaux, des sédiments et des coquillages - Techniques alternatives de détection de germes pathogènes (PCR sur gènes spécifiques, FISH et

cytométrie scanner en phase solide, activité enzymatique et fluorimétrie) - Visites extérieures : station d’épuration, exploitation conchylicole, laboratoire de l’IFREMER

Stage 2ème semestre (5 mois) en laboratoire (Universi tés, CNRS, IFREMER, IRD, INRA)

Contact : Observatoire Océanologique de Banyuls (ht tp://www.obs-banyuls.fr ) Philippe LEBARON (lebaron@obs-banyuls.fr) / Fabien JOUX (joux@obs-banyuls.fr)

Liste des laboratoires d’accueil de stages M2

Laboratoire d’Océanographie Biologique de Banyuls. UPMC-CNRS UMR 7621 Equipe Diversité et fonctionnement des écosystèmes pélagiques. http://www.obs-banyuls.fr/Index.htm Laboratoire d’Océanographie de Villefranche. UPMC-CNRS Equipe Diversité, biogéochimie et écologie microbienne http://www.obs-vlfr.fr/LOV/EMB/ Centre d'Etudes d'Océanographie et de Biologie Marine de Roscoff. UPMC-CNRS UMR7144. Equipe Plancton océanique ; http://www.sb-roscoff.fr/Phyto/ Laboratoire structure et fonction des systèmes hydriques continentaux. UMPC-CNRS UMR 7619 http://www.sisyphe.jussieu.fr/ Université de Pau et des Pays de l’Adour. Laboratoire d’écologie moléculaire http://www.univ-pau.fr/RECHERCHE/LEM/LEM/IndexLEM.htm Université Aix-Marseille III. Laboratoire de microbiologie géochimie écologie marines. UMR CNRS 6117 http://www.com.univ-mrs.fr/LMGEM/ Université de Savoie. Equipe microbiologie aquatique Université de Clermont Ferrand. Laboratoire de biologie des protistes http://www.protistes.univ-bpclermont.fr/ Université Libre de Bruxelles. Equipe écologie des systèmes aquatiques Institute of Marine Sciences (ICM), Barcelona, Spain. Department of Marine Biology and Oceanography http://www.icm.csic.es/ INRA. Thonon-les-Bains. Equipe microbiologie aquatique http://www.thonon.inra.fr/phyto/phyto-frame.htm Institut de Recherche pour le Développement. Centre de Nouméa, Nouvelle-Calédonie http://www.ird.nc IFREMER Nantes. Département "Environnement, Microbiologie et Phycotoxines" http://www.ifremer.fr/microbio/ IFREMER Sète. Laboratoire Environnement Ressources Languedoc-Roussillon http://www.ifremer.fr/lerlr/ Chemunex (Société de Biotechnologies spécialisée dans le diagnostic rapide en microbiologie) http://www.chemunex.com/ Eau de Paris. Département Qualité et Environnement

Exemples de stages M2 - Diversité des cyanobactéries et des cyanophages lors d’un bloom phytoplanctonique printanier - Etude de la diversité des communautés bactériennes et archéennes dans le lagon de Clipperton - Etude par MICROCARDFISH de l’impact des radiations solaires sur le bactérioplancton en Méditerranée - Effets de différentes limitations nutritionnelles sur la réponse de deux bactéries marines exposées au stress UV - Compétition entre dénitrification-ammonification du nitrate : influence des facteurs environnementaux - Identification et distribution des principaux groupes phylogénétiques bactériens dans l’Océan Austral - Caractérisation et description de nouvelles espèces bactériennes isolées d’écosystèmes marins - Détection des bactéries selon leurs activités physiologiques grâce à l’utilisation de sondes fluorescentes. - Etude des biofilms formés à la surface de matériaux au contact de l’eau potable ou d’une eau en cours de traitement - Impact des hydrocarbures pétroliers sur les communautés bactériennes marines - Relations phylogénétiques au niveau des taxons spécifiques et infraspécifiques du genre Ceratium - Influence de la microflore marine sur la mesure de l’activité β-D glucuronidase des Escherichia coli - Mécanismes moléculaires impliqués dans les proliférations de cyanobatéries toxiques du genre Microcystis - Diversité du phytoplancton en relation avec la variabilité des milieux lagunaires et côtier méditerranéens