n°71, Hiver 2018 SMMAP 2017 Prix de thèse SFEAP · Diner de gala SMMAP 2018 au King Ludwig's Castle: Fabien Jourdan (Président de la RFMF 2015-2018), Emmanuelle Leize-Wagner (Présidente

n°71, Hiver 2018

SMMAP 2017

Prix de thèse SFEAP

Le Mot de la Présidente de la SFEAP page 2

Devenir membre de la SFEAP page 3

Congrès SMMAP 2017 - Disneyland Paris page 4

Prix de thèse SFEAP page 18

Agenda page 22

Brèves page 25

Membres bienfaiteurs page 26

Association loi 1901.Membre du Conseil International

des Sociétés d'électrophorèse (ICES).Siège Social : 87, Route de Hausbergen

67300 SCHILTIGHEIM

Responsable de la publication : Christine [email protected]

Rédacteur en chef : Nicolas [email protected]

Rédacteur adjoint : Luc [email protected]

Les textes publiés via la SFEAP engagent la responsabilité de leurs seuls auteurs, et

restent leur propriété pleine et entière.

Bonne Année 2018 !!!!

Ce numéro d'hiver du Mag de la SFEAP est l'opportunité de remercier Luc Camoin, rédacteur en chef depuis 6 ans (2011-2017) pour avoir donné une seconde jeunesse à ce rendez-vous trimestriel en le rendant plus attrayant pour l'ensemble de la communauté (art et science, numéro dédié au CJ-SFEAP...). Je tiens également à le remercier pour m'avoir transmis ses connaissances pour continuer à faire vivre ce témoin de l'activité et de l'histoire de notre communauté.

Je pro�te également de cette occasion a�n de rappeler aux jeunes et aux futurs jeunes docteurs, qu'ils ont la possibilité de partager avec notre communauté le résumé de leurs travaux de thèse dans un futur numéro. Pour ce faire, il su�t simplement de m'envoyer vos résumés de thèse que vous pouvez agrémenter d'une illustration ou d'une �gure.

Je vous souhaite une très bonne lecture, ainsi qu'une excellente année 2018 !!!

Bien cordialement,

Nicolas Desbenoit.

Diner de gala SMMAP 2018 au King Ludwig's Castle: Fabien Jourdan (Président de la RFMF 2015-2018), Emmanuelle Leize-Wagner (Présidente de la SFSM 2015-2017), Philipe Marin (Président de la SFEAP 2014-2017) et David Touboul (organisateur du congrès SMMAP 2017).

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Chers adhérents, chers collègues protéomistes,

Je commencerai cette lettre par vous adresser tous mes meilleurs vœux pour une année 2018 riche en satisfactions et réussites professionnelles et personnelles !

Ce Mag d’hiver 2018 sera consacré au bilan du congrès SMMAP qui a eu lieu du 2 au 5 octobre 2017 à Marne-la-Vallée. Ce congrès a, pour la première fois, réuni trois sociétés : la Société Française de Spectrométrie de Masse (SFSM), le Réseau Francophone de Méta-bolomique et Fluxomique (RFMF) et la Société Française d’Electrophorèse et d’Analyse Protéomique (SFEAP). Félicitons une nouvelle fois l’ensemble des organisateurs de ce

congrès dont la réussite a été unanimement reconnue et qui, je l’espère, encouragera la reconduite d’initiatives communes à nos trois sociétés à l’avenir.Un grand merci à tous ceux qui ont contribué à ce Mag en acceptant de partager leur expérience, leurs impres-sions et les faits marquants qu’ils ont retenus de ce congrès, avec tous ceux qui n’ont pas eu la chance d’y partici-per. Ce début d’année est aussi l’occasion de vous annoncer le programme scienti�que qui s’annonce très riche pour notre société en 2018 :

- Le congrès SMMAP a permis la rencontre et suscité l’envie de partager notre expérience en métabolomique et protéomique, en particulier en matière de traitement des données MS. Nous vous proposons donc une première édition de journée commune RFMF/SFEAP pour laquelle nous avons saisi l’opportunité de pouvoir disposer gratuitement de la mise à disposition d’une salle équipée lors de Forum Labo qui aura lieu le 28 Mars 2018 au Centre de Congrès de Lyon. Nous vous transmettrons bientôt le programme détaillé et les modalités de participa-tion à cette journée : « Workshop : Analyse et interprétation des données en protéomique et métabolomique, points communs et spéci�cités ».- Notre club des jeunes se réunira du 18 au 20 avril 2018 à Rennes.- Le congrès EuPA organisé cette année conjointement par les sociétés espagnoles et portugaises de protéomique aura lieu à Saint-Jacques-de-Compostelle du 16 au 20 Juin 2018.- Notre traditionnelle journée annuelle commune avec la SFSM aura lieu le 28 juin 2018 et portera sur le thème de l’Imagerie par Spectrométrie de Masse. Notez que cette journée aura lieu cette année à l’Institut Jacques Monod dans le 13ème arrondissement de Paris (Merci à Thibault Léger et Jean-Michel Camadro d’avoir réservé l’amphi Bu�on pour nous accueillir). - Notre congrès annuel sera organisé par la protéomique Occitane (O. Schiltz et P. Marin) dans une con�guration nouvelle puisqu’elle associera la Société Espagnole de Protéomique SEPROT et se tiendra au Grand Théâtre d’Albi du 9 au 12 octobre 2018.

Par ailleurs, la mission prioritaire de notre société est de poursuivre, et dans la limite du possible même d’ampli�er et de diversi�er, son soutien auprès de ses adhérents, en particulier de ses jeunes adhérents, en attribuant des bourses pour participer aux manifestations à venir. Ainsi, le CA a d’ores et déjà statué sur l’attribution, en 2018, de bourses pour les manifestations suivantes :

- l’école de Brixen et le congrès EuPA pour lesquels le deadline de demande de bourse sera �xé au 15 avril 2018.- le congrès joint SFEAP/SEPROT, l’INPPO et le congrès HUPO pour lesquels le deadline de demande de bourse sera �xé au 15 juin 2018.

En�n, je conclurai cet éditorial en vous encourageant vivement à renouveler votre adhésion pour 2018 sans tarder car sans vous, sans membres actifs, notre société n’aurait plus raison d’être.

Christine CarapitoPrésidente de la SFEAP

Le mot de la Présidente de la SFEAP

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Devenir membrehttp://www.sfeap.fr/index.php?rub=devenir_membre

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SMMAP 2017 - Disneyland Paris

Le congrès SMMAP2017 a réuni pour la première fois les membres de la Socuété Fraçaise de Spectrométrie de Masse (SFSM), le Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF) et la Société Française d’Electrophorèse et d’Analyse Protéomique (SFEAP) pour leur congrès annuel. L’évènement s’est déroulé du 2 au 5 octobre 2017 à l’Hotel New-York (Disney, France).

Cet évènement a été initié il y a plus de trois ans suite à l’organisation des journées thématiques inter-société. Au-de-là de la spectrométrie de masse, qui est une des techniques communes à chaque société, il est apparu évident que de nombreuses questions en biologie/santé mais aussi méthodologiques (instrumentation, traitement des données …) pouvaient être abordées sous un angle di�érent et que SMMAP2017 pouvait représenter l’occasion de croiser les regards et développer de nouvelles interactions entre les communautés. Il s’agissait aussi de faire (re-)découvrir d’autres méthodologies, comme la RMN, complémentaires des approches en spectrométrie de masse.

Le comité d’organisation, composé de dix membres de Paris-Saclay, a donc retroussé ses manches et essayer d’orga-niser au mieux cet évènement unique à ce jour. Signe de la dynamique de nos communautés, nous avons reçu plus de 150 demandes d’oraux pour 74 créneaux et plus de 200 demandes de posters (258 présentés au �nal). Le comité scien-ti�que est chaleureusement remercié pour avoir œuvré avec e�cacité et discernement pour la sélection des oraux. Ceci s’est traduit par une forte a�uence avec 559 participants répartis entre membres junior (135), senior (270), non-membres (70), le reste réparti entre les exposants et les conférenciers invités.

Je voudrais remercier les 10 conférenciers invités francophones et étrangers qui nous ont fait le plaisir de partager leur expérience et leurs derniers résultats de recherche. Ils ont essayé, autant que possible, de rester accessibles aux discussions durant le congrès et j’espère que vous avez eu l’opportunité d’échanger avec eux. Nous avons aussi eu le plaisir d’écouter les présentations orales des récipiendaires des prix de thèse ainsi que la meilleure présentation de la demie-journée des clubs jeunes. Les jeunes nous ont apporté une aide substantielle dans l’organisation pratique de ces journées, nous les remercions sincèrement.

Je voudrai aussi saluer la forte implication des exposants industriels, au nombre de 25, qui sont des partenaires importants pour nos domaines technologiques. Il faut saluer aussi le soutien sans faille des institutions, et tout particu-lièrement le DIM Analytics (région Ile-de France), l’Université d’Evry Val d’Essonne, l’université Paris-Saclay, les LABEX LERMIT et CHARMMAT, METABOHUB et l’association LAPERVENCHELIF.

Il est à noter que des ateliers ont été organisés en amont du congrès, et ont connu tous un vif succès. Ces ateliers permettent des discussions plus techniques sur des points précis et marquent le besoin de formation permanente de haut niveau à mettre en place dans nos communautés.

Pour �nir, le bilan �nancier du congrès est positif, point crucial pour envisager la reconduction d’un évènement sous le même format dans un futur proche.

Les comités d’organisation et scienti�ques se joignent à moi pour vous remercie d’avoir été si nombreux et de nous avoir fait con�ance pour l’organisation du SMMAP2017.

En vous espérant nombreux et toujours aussi dynamique lors des prochains évènements scienti�ques en 2018.

D. Touboul pour les CO et CS de SMMAP2017.

Bilan SMMAP 2017Disneyland Paris

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Cette année, la journée thématique de conférences organisée conjointement par la SFEAP et la SFSM s'est déroulée le 25 mars à l'ESPCI sur le thème des "Méthodes séparatives et spectro-métrie de masse". Comme les années précédentes, cette journée a été un succès avec un taux de participation élevé et des échanges scienti�ques de grande qualité autour des méthodes séparatives utilisées en spectrométrie de masse.

Vous trouverez ci-dessous le programme complet de cette journée ainsi qu'un résumé des intervenants invités par la SFEAP Catherine Guette, Sarah Cianférani et Anne Gonzalez de Peredo. Merci à toutes les trois.

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SMMAP 2017 - Disneyland Paris

Philippe Marin (Ancien président de la SFEAP).

Blandine Chazarin (meilleure présentation lors de la réunion des Club Jeunes).

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Marie Duhamel (Prix de thèse SFEAP).

An online four-dimensional HICxSEC-IMxMS methodology for in-depth characterization of antibody drug conjugates – Anthony Ehkirch, 03.10.2017.

During the “Preparative and separative methods” session, Anthony Ehkirch from LSMBO presented a new method to study antibody-drug conju-gates (ADC), therapeutic molecules of high interest for pharmaceuticals, in non-de-

naturing conditions. This innovative strategy leads on the online coupling of four analytical steps: (i) a hydro-phobic interaction chromatography (HIC) is performed to separate each average drug-to-antibody ratio (DAR) and obtain the ADC average DAR, (ii) the desalting step, achieved by a size-exclusion chromatography (SEC), is the cornerstone for online processing by rendering samples compatible with native MS, (iii) ion mobility (IM) provides information on ADC conformation, (iv) and �nally native MS (MS) allows to decipher ambiguous peak identi�cation, thus facilitating data interpretation. The instrument was speci�cally designed so that a comprehensive LC-LC con�guration links the two �rst steps, thus avoiding information loss. Example of brentuximab vendotin was taken to highlight the gain in material, in time and in performances of this online 4D strategy.

Combattre le feu par le feu : Comprehensive DIA spectral libraries improve phosphopeptide identi�ca-tion and quanti�cation – Sebastian Vaca, 03.10.2017.

One session of the congress was dedicated to the treatment and the statistical analysis of data. In this context, Sebastian Vaca from Broad Institute of MIT and Harvard presented the building of a spectral library from DIA data instead of DDA data, as it is usually done, in order to cope with the limitations of DDA mode. It was acquired using a narrow-wide DIA strategy consisting in a set of DIA runs, each covering only a part of the whole m/z range, leading in a particularly sensitive and highly comprehensive spectral library. This spectral library was built in the context of P100 assay, whose aim is to give a reduced representation of phosphopro�ling, and succeeded in obtaining a con�dent localization of phos-phorylated sites. The use of a spectral library of high con�dence regarding phosphosite localization on the one hand, and a processing work�ow based on Ency-clopeDIA (developed in McCoss lab) and a genetic algorithm developed by Sebastian Vaca for automatic

the redoxome of Escherichia coli bio�lms. The intro-duced cysteine redox proteomic approach consisted of enrichment step and MS experiments. Quantitative analysis revealed proteins with distinct redox modi�ca-tion pro�les identi�ed in two di�erent cultures and under aerobic and anaerobic conditions. The signi�cant di�erences have been observed between E.coli bio�lms grown in microfermentor cultures and planktonic cultures. Also the oxygen condition impacts on protein expression levels and on the redox state of each protein were distinguished. The experimental strategy shown in this study is clearly a good example of exhaustive and perspective data mining to quantify post-translational modi�cations.

To conclude, I believe that all participants during three days of SMMAP 2017 pulled the bene�ts from the rich proposition of presentations and confe-rences, and expended their professional knowledge in various Omics study �elds.

Le congrès SMMAP 2017 organisé pour la première fois par les trois associations SFEAP, SFSM et RFMF était un lieu de rencontre et de fusion entre les domaines de la protéomique, de la métabolo-mique et de la �uxomique. Plusieurs thématiques ont été abordées dont l'intégration des données et les approches

multi-omiques, les approches « omiques » quantitatives, la clinique et le diagnostic.

Les enjeux sociétaux des technologies « omiques » ont fait l’objet de la première conférence plénière donnée par Madame Catherine Bourgain (INSERM, Cermes 3, Villejuif, France). Les technologies « omiques » sont souvent associées à des promesses et des craintes re�étant les e�ets bien réels sur les sociétés et les travaux d’avenir. Ces technologies « omiques » sont utilisées dans plusieurs contextes et domaines a�n de poser un regard sur le vivant et de quanti�er des composés biologiques à des �nes échelles. En outre, il existe une relation étroite entre les acteurs de la géno-mique par exemple et la politique publique pour l’attri-bution des investissements dans le cadre des études sur le cancer ou bien sur les maladies rares. Ainsi la géno-mique peut être une �lière créatrice d’emploi dans la société. En e�et, la génomique joue un rôle important dans le développement économique et l’emploi et attire essentiellement les acteurs de l’industrie pharmaceu-tique qui peuvent associer des médicaments et des biomarqueurs résultants des tests génomiques. Selon la communauté des chercheurs, la génomiqupermet de prédire des maladies multifactorielles et aide à clari�er les points concernant certaines maladies rares (exemple de l’Institut National de Génomique au Mexique qui a été construit par l’état pour faire exclusivement des études génomiques). De plus, les données génomiques obtenues impliquent la responsabilité des producteurs et des utilisateurs. Prenant l’exemple de l’augmentation du risque de développement des maladies thromboem-boliques lié à la prise de pilule contraceptive. Les études ont montré que la réalisation des tests génétiques avant la prescription des pilules contraceptives était indispen-sable a�n de détecter les mutations impliquées de ces maladies thromboemboliques. Ainsi, on voit bien le béné�ce que peut apporter la génomique dans la socié-té.

Le thème de la première session couvrait l'intégration

des données et approches multi-omiques. La première conférence donnée par Karolina Modzelewska (PROTIM, INSERM U1085 Irset, Rennes) abordait l’imagerie des métabolites et la protéomique « shotgun » pour décryp-ter le rôle de l'épididyme dans la maturation des spermatozoïdes. Dans la fertilité masculine, il y a deux processus majeurs dont la spermatogenèse (testicules) et la maturation des spermatozoïdes (épididyme). Le transport des spermatozoïdes dans l’épididyme et leur capacitation semblent être les étapes les plus impor-tantes. Cependant le rôle précis de l’épididyme dans la maturation des spermatozoïdes n’est pas bien élucidé. Ainsi, l’équipe de chercheurs avait pour objectif d’étu-dier les protéines dans les trois structures de l’épidi-dyme en utilisant une méthode « Shotgun ». Les résul-tats montrent qu’il y a principalement deux clusters et que l’augmentation de l’expression des protéines est signi�cative entre le corps et la queue de l’épididyme. Parmi ces protéines, les chercheurs ont sélectionné des candidats pour valider leurs résultats en utilisant le logiciel « Heat mapper » avant de réaliser des images à l’aide d’un MALDI FT-ICR. Cette dernière étape a permis d’identi�er des métabolites à partir d’une database, d’étudier les voies dans lesquelles ils sont impliqués et de les véri�er dans les « shotgun datasets ». Ainsi, cette étude, couplant l’imagerie FT-ICR MS des métabolites avec le « shotgun » quantitatif, a permis une meilleure compréhension des bases moléculaires de la matura-tion des spermatozoïdes au niveau de l’épididyme en suggérant des nouveaux candidats a�n d’expliquer l’infertilité.

Les approches omiques quantitatives ont été abordées par plusieurs conférenciers le deuxième jour du congrès. La première conférence donnée par Anne Gonzalez De Peredo (Institut de Pharmacologie et Biolo-gie Structurale, UMR5089 CNRS, Toulouse) avait pour sujet : l'analyse protéomique révèle une forte sécrétion d'IL-9 par les cellules lymphoïdes innées du groupe 2 lors de la costimulation IL-33 / TL1A. Comme introduc-tion du sujet, les cellules lymphoïdes innées du groupe 2 (CLI2) jouent un rôle important dans l’immunité innée par la production des cytokines Th2. L’association des CLI2 et de l’IL33 (cytokine nucléaire dans les cellules endothéliales avec une activité extracellulaire de cytokine) est à l’origine du développement des réactions in�ammatoires allergiques et de l’asthme. Cependant, la réponse à la stimulation des CLI2 par les IL33 ou bien TL1A n’est pas très bien élucidée. Pour mieux comprendre ce type de réponse, les chercheurs de l’équipe d’UMR5089 CNRS avaient pour objectif de caractériser le protéome des CLI2 et sa modi�cation

approche comporte des étapes de traitement des cellules A549, digestion par FASP, marquage iTRAQ, fractionnement par O�gel et par HPLC, Analyse MALDI TOF/TOF et �nalement une étude bio-informatique. Cette étude a montré que les KDACi diminuent la prolifération cellulaire et augmentent l’apoptose essen-tiellement pendant le traitement combinatoire des deux types de KDAC (NAM et TSA). De plus, les KDACi changent la consommation du glucose et la production de lactate chez les cellules A549. Lors de cette étude, un changement de protéome global a été observé : 941 protéines ont été identi�ées, 843 ont été quanti�ées et 57-115 ont été dérégulées suivant les conditions testées. Concernant les conditions de normoxie et d’hypoxie, plusieurs protéines impliquées dans les processus métaboliques liés à la glycolyse et au cycle de Krebs ont été surexprimées. Pour con�rmer les résultats de la protéomique, une analyse des activités enzyma-tiques et une analyse western blot de certaines proté-ines ont été réalisées. Les protéines PFK1 et LDH ont été augmentés en condition d’hypoxie et sous l’e�et des KDACi. En résumé, ce travail de recherche de l’équipe de la plateforme de protéomique de Grenoble a permis de prouver que l’acétylation des protéines et la reprogram-mation métabolique jouent un rôle important dans le cancer du poumon non à petites cellules. Néanmoins, le lien entre l’expression de ces enzymes et des protéines reste à clari�er, de même pour le rôle de la régulation de l’acétylome dans la reprogrammation du cancer non à petites cellules.

L’application de la protéomique dans la recherche des biomarqueurs dans les maladies rares a fait le sujet de la conférence suivante donnée par Chiara Guerrera (Plate-forme de Protéomique Necker, Paris): Analyse protéo-mique des exosomes pour la recherche des biomar-queurs dans les maladies rares. Les exosomes sont des nanovésicules faisant 30-100 nm et présents dans tous les �uides biologiques (urine, sang, LCR, salive, LLBA) ce qui les rend cruciaux pour la recherche des biomar-queurs. Dans ce travail, les auteurs ont cherché des marqueurs prédictifs de l’évolution des deux rares mala-dies génétiques rénales : la cystinurie (Cys) et la �brose cystique (FC) a�n d’évaluer l’e�cacité des traitements de ces maladies. Les exosomes ont été prélevés de plusieurs patients malades et personnes saines. L’urine dans le cas de Cys et LLBA dans le cas de FC. Les auteurs ont obtenu un grand nombre d’exosomes qui ont par la suite été validés par microscopie immuno-électronique et western blot ainsi que des protéines exosomales qui ont été validées par FASP+MaxQuant+MS sans marquage. Les résultats ont permis une classi�cation des patients entre sains et malades. De plus, plusieurs protéines dérégulées impliquées dans le processus in�ammatoire dans le cas de la FC ont été identi�ées. Ceci suggère que dans la FC, la surproduction/ surex-pression des protéines pro-in�ammatoires est à l’origine de l’in�ammation. Néanmoins, il sera nécessaire d’éva-

après la stimulation en utilisant une approche protéo-mique à grande échelle basée sur la spectrométrie de masse. Les modèles d’étude utilisés sont les CLI2 de souris et les souris IL33 (+) ou IL33 (-). Leurs résultats montrent qu’après quanti�cation de près de 4700 proté-ines, 200 protéines ont été modulées après la stimula-tion. La cytométrie en �ux a montré que l’action syner-gique d’IL33 et TLA1 augmente signi�cativement l’expression de l’IL9 dans les CLI2. Cette production est transitoire dans les 24 heures qui suivent la stimulation et contrôlée par l’augmentation de pSTAT5 et la diminu-tion de GATA3. Cependant, il n’y avait pas de modi�ca-tion en ce qui concerne CLI1 et CLI3. Ainsi, cette étude a prouvé que la costimulation des CLI2 par IL33 et TLA1 augmente l’expression d’IL9 dans les CLI2 des poumons des souris ce qui rend ces cellules pro-in�ammatoires.

La conférence suivante était sur l’utilisation de la spectrométrie di�érentielle à ultra-courte colonne et la spectrométrie de masse pour la surveillance des marqueurs de stress oxydatifs dans le sang total humain et était présentée par Sophie Bravo-Veyrat (Université de Genève). Dans son introduction, Mme Bravo-Veyrat a parlé des règles appliquées pour la conservation des poches de sang. Cependant, des études ont montré que les concentrations de certains métabolites comme l’acide urique, la méthionine, l’acide malique et le gluta-thion peuvent changer au cours de la conservation et être à l’origine du stress oxydatif dans les globules rouges. Le but du travail de l’équipe de l’Université de Genève présenté lors de ce congrès a été de quanti�er les deux métabolites du glutathion : GSSG et GSH en utilisant la méthode de spectrométrie di�érentielle à ultra-courte colonne (US-DMS-SRM/MS). Cette méthode améliore la sélectivité et la capacité des pics par l’addi-tion des modi�cateurs tels que l’acétone, l’éthanol, le toluène, le méthanol ou bien l’isopropanol. La meilleure séparation était obtenue par l’éthanol. Comme résultat, les chercheurs ont montré que l’US-DMS-SRM/MS permet un gain de temps pour un dépistage rapide des métabolites redox tels que GSH et GSSG qui sont indica-teurs de dommage cellulaire. En e�et, la colonne courte a un rôle important lors de l’analyse en assurant 600 analyses en 10 heures avec une rapidité et une sélectivi-té très élevées. Ainsi, cette méthode peut être utilisée pour l’analyse d’autres métabolites.

L'utilisation de la protéomique pour la recherche des biomarqueurs liés à la reprogrammation du cancer a été présentée par Sandrine Bourgoin-Voillard (Plateforme de Protéomique Promethee, LBFA-U1055, BEeSy, Université Grenoble Alpes) dans la conférence : Régula-tion des enzymes métaboliques par des inhibiteurs des déacétylases de la lysine (KDACi) dans des cellules de cancer du poumon non à petites cellules A549. L'équipe des chercheurs a procédé par une méthode bottom-up après l'utilisation des inhibiteurs de déacétylases et sous des conditions de normoxie et/ou d'hypoxie. Leur

luer l’e�et de nouvelles thérapies en cas de FC en analy-sant les exosomes respiratoires.

Un autre exemple des applications de la protéomique dans le domaine de la clinique est celui de l’étude de la physiopathologie de la maladie de Wilson à l'aide du modèle murin ATP7B -/- présentée par Maud Lacombe (INSERM U1038, CEA Grenoble, Université Grenoble Alpes). La maladie de Wilson est connue par l’accumula-tion toxique du cuivre au niveau de foie, cerveau et yeux suite à la mutation du gène ATPB7. Le traitement actuel de cette maladie est la combinaison des chélateurs de cuivre et la thérapie au zinc sans amélioration de l’évolu-tion de la maladie. Ainsi, il est nécessaire de trouver des biomarqueurs pour diagnostiquer la maladie, de suivre son évolution et d’améliorer la connaissance de sa physiopathologie et de l’homéostasie du cuivre au cours de la maladie. Les chercheurs avaient pour but d’explorer les modi�cations des protéomes hépatique et plasmatique pour identi�er des biomarqueurs en prenant comme modèle d’étude les souris ATP7B- /-. En e�ectuant di�érentes méthodologies : sans marquage ou avec marquage, l’équipe a réussi à identi�er et à quanti�er entre 150 et 417 protéines dans le plasma parmi lesquelles 31 protéines plasmatiques ont été dérégulées et entre 500 et 4000 protéines dans le foie. Les meilleurs résultats ont été obtenus avec la méthode sans marquage dans les deux types d’échantillons. Au

niveau plasmatique, les protéines dérégulées sont impliquées dans les voies du métabolisme lipidique, l’homéostasie des métaux Cu, Zn et Fe et essentielle-ment dans l’in�ammation et la réponse immunitaire. Au niveau hépatique, les protéines dérégulées sont impli-quées dans l’in�ammation, le stress oxydatif, et la perturbation de la chaine respiratoire. Ainsi, toutes ses protéines dérégulées peuvent être des biomarqueurs potentiels de l’évolution de la maladie.

Remerciements :Je remercie sincèrement le comité de l’association

SFEAP de me donner l’opportunité d’assister au congrès SMMAP 2017 en m’attribuant la bourse et le comité scienti�que du congrès de me donner l’opportunité de participer et de présenter un poster sur mes travaux de recherche. Cette participation était enrichissante sur les plans scienti�que et personnel.

Analysis of monoclonal antibody Fc-glycosylation pro�les using Capillary electrophoresis – mass spectrometry - Jeremy Giorgetti.

On the �rst day, Jeremy Giorgetti (Laboratoire de spectrométrie de masse des interactions et des systèmes) talked about Analysis of

monoclonal antibody Fc-glycosylation pro�les using Capillary electrophoresis. Nowadays, mono-clonal antibodies are emergent therapeutic proteins, with more than 50 mAbs approved by the FDA. These mole-cules are very complex to analyze mainly because of the wide range of glycosylations, which may induce heterogeneity on biologics production. The current reference analytical method to determine the level of each glycoform is the HILIC approach using �uores-cence. The main drawback, however, is that it fails to bring out information about the relative position of glycosylations. Therefore, the project of Jeremy Giorget-ti aims to validate the CE-ESI-MS analytical method, which has been proven to be robust to elucidate glyco-form structures, as a method to quantitate relative abundance of each glycoform on mAbs. Firstly, he presented the bottom-up strategy they adopted to characterize glycoforms of mAbs. Secondly, he showed the repeatability and reproducibility as well as the robustness of this method, as follows, tryptic digestion was performed by three experimenters in the laboratory and the method was tested on 10 di�erent mAbs. Finally, he reported the good �t they obtained between HILIC approach and CE-ESI-MS method and concluded by validating the CE-ESI-MS methodology for relative quantitation of N-glycoforms.

The power and promise of a thousand and one proteomes – Lennart Martens.

The afternoon, Lennart Martens talked with a great deal of enthusiasm about the power and promise of a thousand and one proteomes. He discussed the abun-dance of proteomics data that are publicly available online and presented the ways in which these data could be re-used for making them usable. Firstly, he did a comprehensive review of the available data, by presenting the main member repositories ProteomeX-change. Secondly, he presented the four ways in which public proteomics data can be utilized: use, reuse, repro-cess and repurpose and illustrated this through four examples from its laboratory. The �rst one is the identi�ca-

tion of phosphosites. These modi�cations can easily be misassigned and the challenge is to correctly determine the site to understand the structure and the function of proteins. To address this problem, he presented a new tool called MS(2)PIP for predicting fragment ion intensities. The second one was an example of reprocessing in order to characterize, from public available spectra, LncRNA transcripts which lead to protein products. With this aim, Lennart Martens reported a proteomic informatics software PeptideShaker that collates, processes and validates results from multiple engines, allowing re-pro-cessing and re-analysis of proteomics data. The third topic addressed is a new approach using protein co-occurrence as a mean to identify biological protein associations. He presented a web interface Tabloid Proteome which calcu-lates the correlation between distinct peptides across experiments to display the potential associations between these proteins. This collection of data about protein associations has been coupled with existing biological relation from knowledgebase to infer signi�cant associa-tions between protein pairs. Finally, he reported a new software, namely SpecOMS, which is an open modi�cation search approach. SpecOMS is recommended for interpre-tation of complex spectra such as isoforms or peptides with post-translational modi�cations. In practice, this technique performs pairwise comparison of spectra gene-rated from experimentation to theoretical spectra provi-ded from protein databases. This comparison, based on the number of common pics between experimental and theoretical spectra, can handle with a good sensitivity, the large volume of data produced in a complete proteomic experiment in a short amount of time. Very interesting results have already been obtained such as the peptide identi�cation improvement. In conclusion, Lennart Martens encouraged proteomic community to reactivate “sedimented data” to re-use it in di�erent biological contexts.

De la formation des ions sous ESI à leur dissociation : une histoire di�éremment perçue sous la haute résolution – Jean-Claude Tabet.

On the second day, I had the pleasure of attending to the great presentation of Jean-Claude Tabet about the ion dissociation under ESI sources, which is an important part of his work. Firstly, he presented the dissociation of cationized species with transition metals under low resolu-tion, i.e., beam tandems or ion trapping. This technique allowed the distinction of stereoisomeric monosaccha-rides by FeIII and the localization of unsaturation of fatty acids as well as the distinction of isomeric and isobaric peptides by CuII. Then, he reported how the ultra-high resolution FT/MS had made possible the understanding

interested in distinguishing PMPs produced from resting platelets (NPMPs), from PMPs produced from thrombin activated platelets (TPMPs), they analyzed the proteome on these two subpopulations and performed a relative quanti�cation analysis. After having explained the technics they used, Géraldine Lucchi presented results they obtained. She started by reporting SPR results, which showed that TPMs immunocapture was higher than NPMPs, by using anti-CD41 antibodies. Then, she talked about AFM results and concluded that PMPs measure less than 100 nm. Finally, she reported results on the di�erential analysis performed by mass spectrometry using 500 ng of PMPs captured on the biochip surface. This di�erential analysis allowed to identify 20 di�erential proteins from 5 metabolic pathways involved in the pro-in�ammatory and pro-thrombotic role of the plasma vesicles.

Lysine modi�cations in Pseudomonas aeruginosa – Charlotte Gaviard.

At the end of the last day, I attended to the presenta-tion of Charlotte Gaviard about Lysine modi�cations in Pseudomonas aeruginosa. She started by introducing her project and the pathogen Pseudomonas aerugino-sa, which is a multi-drug resistant human pathogen involved in nosocomial infections. She explained that she was interested in identifying the PTMs in this pathogen, due to the recent involvement of phosphory-lations in bacterial resistance such as Shigella �exneri and Mycobacterium tuberculosis. Charlotte Gaviard and her team speci�cally focused on the lysine succinylated and acetylated proteins, in Pseudomonas aeruginosa PA14, in 4 di�erent carbon sources. At this aim, they used a 2D immunoa�nity approaches coupled with mass spectrometry. In a second part, she reported results they obtained. They identi�ed a total of 1530 succinylated sites from 617 proteins, establishing thus the �rst repertory of succinylated proteins in PA14. She then discussed the carbon sources they used, and stated that the carbon source in which they identi�ed the higher number of succinylated proteins was the citrate, whereas similar acetylation levels were obtained for all the 4 sources. Among succinylated proteins identi�ed, several proteins have been involved in antibiotic resistance. Finally, she presented the perspectives of her work, which are to elucidate the structure of succiny-lated proteins with interesting functions. She aims to investigate the possible involvement of the modi�ed lysine residue on a speci�c protein con�guration, which could explain the protein function/interaction and thus understand the biological role of lysine succinylation in Pseudomonas aeruginosa.

of the mechanism of dissociations of non-covalent system such as DNA/drug or DNA/peptides. These systems present a competition between direct separa-tion of the partners and speci�c cleavage of covalent bonds. So, he explained that this di�erence is due to the higher stability of salt bridges compared to hydrogen bonds. Finally, he talked about the future use of ion mobility to provide direct evidences on the conforma-tions of such complexes. He concluded with the perspective of establishing an HRMS/MS database to elucidate the structure of de novo metabolites, through a better understanding of dissociation processes.

Analyse multiplexe des �ux protéiques par l’utilisation d’isotopes stables et de la LC-MS/MS: application aux apolipoprotéines – Mikaël Croyal.

At the end of the second day, Mikaël Croyal talked about kinetic study of apolipoproteins in plasma to understand lipid metabolism. He started by explaining the principle of the method, which involves the admi-nistration of an exogenous tracer to patients namely 2H3-Leucine. This exogenous tracer allows to follow its incorporation into the protein sequence over time and then, through modeling, to access the catabolism and production levels of the protein. Then, he reported the analytical method he developed within his laboratory. This is a high-throughput multiplex method based on LC-MS/MS that allows the simultaneous analysis of twelve major apolipoproteins in humans. This technique relies on the quanti�cation of signature peptides of apolipoproteins. He presented analytical validations and cross validations they performed within his laboratory and concluded by showing that this approach is reliable and reproducible for the static, dynamic and polymorphic analysis of plasma apolipro-proteins. Finally, he presented the clinical study they performed for following the e�ects of nicotinic acid on apolipoprotein kinetics in hypertriglyceridemic patients, which allowed to determine the mechanism of decrease of circulating lipoprotein concentrations.

On chip detection and proteomics of platelet-derived microparticles – Géraldine Lucchi.

On the last day, Géraldine Lucchi talked about the on-chip detection and proteomics of plateled-derived microparticles (PMPs). The PMPs are small vesicles derived from the plasma membrane of di�erent cell types. They are reported to contribute to the in�amma-tory role of blood components used for transfusion. She explained that the detection of an increase concentra-tion of PMPs could be a biomarker to establish a progno-sis or diagnosis. Géraldine Lucchi and her team investi-gated PMPs detection, characterization and quanti�ca-tion using three technologies: �rstly, the surface plasmon resonance (SPR) method to detect and qualify the PMPs, secondly, the atomic force microscopy (AFM) to characterize PMPs size subpopulations and �nally, an ‘on chip’ nanoLC-MS/MS analysis. Since they were also

Pour la première fois, le congrès SMMAP a réuni trois sociétés savantes françaises : SFSM, SFEAP et RFMF. Il s’est tenu à Marne la Vallée du 3 au 5 octobre 2017.

Le mercredi 4 Octobre, en début d’après-midi, Madame Elisabeth Jamet (Laboratoire de Recherche en Sciences

Végétales (LRSV), UMR 5546 UPS/CNRS, 31326 Casta-net-Tolosan) a présenté son projet de recherche intitulé « Towards a functionnal plant cell wall proteome atlas : from protein identi�cation to characterization of post-translationnal modi�cations ». Les travaux de Madame Elisabeth Jamet portent sur les parois végé-tales des plantes et l’identi�cation des protéines les constituants, qui ne sont à l’heure actuelle que partielle-ment décrites. Ainsi, grâce à des approches de protéo-mique de type shotgun, et à des outils bio-informa-tiques, 3300 protéines pariétales ont pu être caractéri-sées sur 3 espèces de plantes. Ces travaux ont donc permis de déterminer 8 classes fonctionnelles de proté-ines, parmi elles, des protéines agissant sur les polysaccharides, des oxydo-réductases, des protéases, des protéines impliquées dans le métabolisme lipidique, des protéines impliquées dans les domaines d’interaction, la signalisation, des protéines structurales et des protéines diverses. De plus, des modi�cations post-traductionnelles telles que l’hydroxylation des prolines et les N-glycosylations ainsi que des motifs O-glycanes liés à des résidus d’hydroxyproline ont pu être caractérisés sur les protéines pariétales par l’utilisa-tion combinée de la LC-MS/MS, le MALDI-TOF-MS et l’ETD-MS. Finalement, cette présentation conclut sur le fait que ces O-glycosylations servent à former des réseaux non covalents dans les parois cellulaires végé-tales a�n de permettre l’élongation cellulaire.

C’est en �n d’après-midi que Monsieur Julien Franck (Protéomique, Réponse In�ammatoire, Spectrométrie de Masse – INSERM : U1192 – Université Lille, 59655 Villeneuve d’Ascq) a présenté son projet intitulé « MALDI-MSI based top down micro-proteomics: evidence of a hidden proteome ». Les travaux de Monsieur Franck visaient à caractériser via des stratégies de microprotéomique appliquées à des approches de type top-down, d’une part des protéines intactes mais également les modi�cations post-traductionnelles ainsi que des protéines alternatives traduites à partir de cadres de lecture alternatifs : les Alt-ORF. Ainsi, sur des

Cette année, la journée thématique de conférences organisée conjointement par la SFEAP et la SFSM s'est déroulée le 25 mars à l'ESPCI sur le thème des "Méthodes séparatives et spectro-métrie de masse". Comme les années précédentes, cette journée a été un succès avec un taux de participation élevé et des échanges scienti�ques de grande qualité autour des méthodes séparatives utilisées en spectrométrie de masse.

Vous trouverez ci-dessous le programme complet de cette journée ainsi qu'un résumé des intervenants invités par la SFEAP Catherine Guette, Sarah Cianférani et Anne Gonzalez de Peredo. Merci à toutes les trois.

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Comptes-rendus congrès SMMAP 2017Disneyland Paris

Rédactrice: Dalel AskriPlateforme de protéomique PROMETHEE

38000 GrenobleEmail: [email protected]

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microdissections de cancer ovarien, 15 protéines alternatives ont pu être identi�ées pour la première fois, parmi celles-ci, 6 ont été retrouvées dans les régions bénignes, 4 dans les régions tumorales et 5 dans les régions nécrotiques et �brotiques. Monsieur Franck, de par ses travaux souligne l’intérêt d’utiliser l’imagerie par spectrométrie de masse, a�n de pouvoir caractériser des protéines alternatives spéci�ques des di�érentes régions tumorales. Ces travaux ont donc permis de mettre en évidence de nouveaux biomarqueurs du cancer de l’ovaire.

Le jour suivant, Monsieur Thibault Léger (Institut Jacques Monod (IJM) – Université Paris Diderot - Paris 7, CNRS : UMR7592 –75205 Paris) a présenté ses travaux de thèse intitulés « Elucidation of the Parkinsonism-asso-ciated protein DJ-1/Park7 function as a major protein and DNA deglycase ». La glycation des protéines entraîne leur inactivation, lorsque celle-ci touche l’ADN la résultante sera une augmentation des mutations et des cassures de brins. Les glycations de l’ADN et des protéines sont associées à diverses maladies (diabète, cancer, maladies neurodégénératives). A l’heure actuelle, les mécanismes de réparation de ce dommage restent peu élucidés. Monsieur Thibault Léger s’est ainsi particulièrement intéressé au rôle de la protéine DJ-1 (protéine de réponse au stress mais dont la fonction précise est mal connue). Grâce à des analyses LC-MS/MS mais également via l’utilisation de mutants, ces travaux ont permis de démontrer que la protéine DJ-1 est capable de réparer les acides aminés arginine, cystéine et lysine glyqués mais également les acides nucléiques glyqués. Monsieur Thibault Léger a donc permis d’éta-blir que la protéine DJ-1 est une protéine anti-glycation et constitue ainsi un système majeur de réparation des nucléotides et des protéines endommagées.

Les conférences se sont ensuite enchainées avec l’intervention de Monsieur Arthur Viodé (CEA Saclay, DRF, Institut Joliot, Service de Pharmacologie et d’Immunoanalyse- CEA-INRA UMR 0496, Laboratoire d’Etude du Métabolisme des Médicaments (CEA) – 91191 Gif-sur-Yvette) avec son sujet de recherche intitu-lé « Top-down and bottom-up mass spectrometry approaches for Alpha-synuclein analysis in biological �uids ». La protéine alpha-synucléine est une protéine qui a tendance à s’agréger et qui représente la compo-sante principale des corps de Lewy (inclusion de proté-ines intracellulaires dans les neurones). Ces inclusions sont caractéristiques des synucléinopathies, dont la maladie de Parkinson fait partie. Cependant, il a été récemment montré que le niveau d’alpha-synucléine

dans le liquide céphalo rachidien de patients atteints de la maladie de Parkinson a tendance à diminuer. Pour cette raison il semble indispensable de caractériser les protéoformes de l’alpha-synucléine en plus de l’alpha-synucléine native. Les approches bottom-up o�rent une bonne sensibilité d’analyse mais ne permettent pas de déterminer les modi�cations post-traductionnelles des protéines contrairement aux approches top-down, mais qui elles manquent de sensi-bilité. Dans cet objectif, Monsieur Viodé a développé et optimisé une technique de quanti�cation multiplex de type top-down sur spectromètre de masse quadripo-laire Orbitrap. Cette technique a donc permis de carac-tériser d’une part l’alpha-synucléine intacte mais égale-ment ses protéoformes (protéine tronquée, phosphory-lée, glycosylée) dans des échantillons de liquide céphalo rachidien, utiles au diagnostic de la maladie de Parkin-son.

En �n de matinée, Madame Anne-Aurélie Raymond (INSERM, UMR1053, INSERM : U1053 – Bordeaux/ Onco-prot, INSERM 1053, TBM-Core US 005, Bordeaux) a présenté ses travaux de recherches intitulés « Combined laser microdissection and proteomic analysis for identi-�cation of tumor signatures ». Les travaux de Madame Raymond portent sur les adénomes hépatocellulaires, et combinent des approches de microdissection et d’analyse par spectrométrie de masse a�n d’identi�er de nouveaux biomarqueurs. Les adénomes hépatocel-lulaires sont des tumeurs rares divisées en trois sous-groupes principaux dé�nis par des caractéris-tiques patho-moléculaires : HHCA, b-HCA, IHCA, et les UHCA qui sont à l’heure actuelle non-classi�és. L’objec-tif de cette étude était donc de caractériser le protéome UHCA dans le but d’identi�er des biomarqueurs spéci-�ques. Ainsi, en comparant les niveaux d’expression des protéines sur des tissus sains vs tumoraux dans HHCA, IHCA, b-HCA et UHCA, il s’est avéré que certaines proté-ines étaient spéci�quement dérégulées dans la classe UHCA. En e�et, cette étude a révélé une régulation positive spéci�que de la synthèse de la voie de l'arginine associée à une surexpression de l'argininosuccinate synthase (ASS1) et de l'arginosuccinate lyase (ASL) dans l'UHCA. De plus, la protéine ASS1 a été retrouvée réprimée chez les autres classes d’adénomes hépatocel-lulaires. Cette étude apporte donc des nouveaux outils pour les cliniciens et le diagnostic (microdissection couplée à la spectrométrie de masse), et permettra à l’avenir d’appréhender l’hétérogénéité tumorale et de cibler les zones tumorales d’intérêt.

En �n d’après-midi, cela a été au tour de Monsieur Mathieu Dupré (Unité de Spectrométrie de Masse Struc-turale et Protéomique, Institut Pasteur (USMSP) – 25-28 rue du Docteur Roux F-75724 Paris) de présenter ses travaux intitulés « An integrated innovative top-down proteomics work�ow for the rapid discrimination of enterobacterial pathogens ». En clinique, l’identi�cation

des agents pathogènes est indispensable a�n de prendre en charge les pathologies bactériennes. Le MALDI-TOF est utilisé en routine dans les laboratoires cliniques. Néanmoins, certaines bactéries restent di�ci-lement identi�ables (absence de pro�l spéci�que, manque de références dans les bases de données ou pas de di�érenciation entre les di�érentes sous-es-pèces). A�n de pallier ce problème, les approches de protéomique top-down semblent être une bonne alternative, puisque celles-ci permettent l’identi�cation de protéoformes. Ainsi, Monsieur Mathieu Dupré a développé avec son équipe une nouvelle approche intégrée combinant la protéomique top-down (LC-MS/MS) avec un logiciel innovant : Diagno-prot, capable de discriminer les di�érents pathogènes bacté-riens. Ainsi 12 souches bactériennes di�érentes de E.coli, Shigella et Salmonella ont été sélectionnées. Après des étapes de lyse, et d’analyse LC-MS/MS, le logiciel Diagno-Prot, via l’utilisation du clustering spectral (a�n de créer une base de données pour chaque souche), de la comparaison entre les bases de données, et l’identi�cation de groupes spectraux spéci-�ques a permis de distinguer chaque souche de bacté-rie. Cette nouvelle approche permettant la classi�cation des di�érentes souches d’une bactérie est prometteuse en termes de diagnostic et de prise en charge des pathologies bactériennes.

Le congrès s’est �nalement clôturé avec la présenta-tion de Madame Marion Crespo (CEA Tech Grenoble – CNRS : FR3425, Centre de Recherche INSERM, Université Grenoble Alpes, U1038 – 17 rue des Martyrs 38054 Grenoble) et de ses travaux de thèse intitulés « Proteo-mic study of histone acylation ». Les histones H2A, H2B H3 et H4 sont organisées en tétramères dans la chroma-tine, et certaines de leurs modi�cations post-traduction-nelles, comme l’acétylation participent à la régulation de l’expression des gènes. Récemment, des groupes de modi�cations post-traductionnelles plus longues que les acétylations ont été découvertes : ce sont les acyla-tions. Le projet de recherche de Madame Crespo porte sur le rôle de ces acylations des histones dans les processus de spermatogénèse chez la souris. Les analyses de protéomique réalisées ont permis de carac-tériser des pro�ls d’acylation spéci�ques des di�érents variants d’histones. Ainsi, il s’est avéré qu’il existait une diminution des histones acétylées et une augmentation des histones butyrylées durant la spermatogénèse. De plus, cette étude a démontré que la crotonylation de l’H3K18 était spéci�que de l’étape de méiose lors de la spermatogénèse. En conclusion, il existe un modèle de régulation très complexe pendant la spermatogénèse chez la souris, combinant diverses acylations (dont la butyrylation, la crotonylation et la propionylation), dont la fonction pourrait être d’un intérêt majeur dans la compréhension des mécanismes moléculaires régissant les grandes fonctions physiologiques.

Firstly, I would like to thank the committee of SFEAP for o�ering me the scholarship to attend the SMMAP 2017 conference and the scienti�c committee of SMMAP 2017 for giving me a chance to present my project. The conference took place in Marne-la-Vallée,

better known as Disneyland Paris, on 3-5th of October. For the �rst time this scienti�c meeting gathered three French associations: SFSM, SFEAP and RFMF. It was a great opportunity to share your thoughts and ideas with colleagues from the same study domain or get to know strategies used in other �elds.

The afternoon before the o�cial start of the confe-rence, young researchers presented their works during the session of Club Jeunes on 2nd of October. After 8 presentations the participants have voted for their favourite one and the chosen talk was “Compared e�ects of beta-hydroxybutyrate and bear serum on the proteome of human muscle cells” given by Blandine Chazarin. As a reward, Blandine got an opportunity to present her project during the last day of SMMAP 2017.

On the �rst day of SMMAP, during the session « Intégration des données et approches multi-omiques » Roland Molinié (Laboratoire de Biologie des Plantes et Innovation, EA3900-BIOPI-UPJV, Amiens) talked about Multiblock Omics data fusion as an e�cient strategy to investigate a climatic e�ect on �axseed composition. Clearly the interest in the �axseed (Linum usitatissi-mum) compounds has been growing in the last decade due to the large metabolites amounts valued in di�erent industrial sectors, such as a linseed oil produc-tion and its processing for edible or manufacturing purposes. Therefore, the project aims to understand how the culture conditions during seed development a�ect the metabolites content in mature �axseeds and its variations. Roland Molinié presented a strategy where 1H-NMR was used to obtain a non-targeted metabolic pro�ling and continuously multiple seed characteristics and speci�c metabolites were measured. Secondly, he showed how the data fusion based on a multiblock strategy (application of multiblock multiva-riate analysis) was adopted in order to provide possibly a more complete view of studied biological system with taking into account the climatic conditions. In conclu-sions he reported that a certain type of metabolites (oils, omega-3, phenolics or cyanogenic glycosides) is a�ec-ted by a rainfall, and apparently the in�uence on the

yield of mucilage and its sugar composition has been observed also.

During the session « Imagerie in vitro et in vivo » Régis Lavigne (PROTIM – INSERM U1085 Irset, Rennes) showed the power of METASPACE: a molecular annotation engine for metabolite high-resolution imaging mass spectrometry, developed under MetaSpace 2020 European project. He talked about the technical features and algorithms which are a fundament of the described open-source platform. He pointed out that the key challenge in imaging MS is the molecular identi-�cation and the lack of bioinformatics tools for automated identi�cation of proteins, peptides, lipids or small molecules. In a nutshell, METASPACE is FDR-controlled metabolite annotation tool and is dedicated to �nding molecules in mass spectrometry images. Régis explained how to use the web applica-tion: from uploading your data sets to visualizing and �ltering your data sets and annotations. Moreover, METASPACE is also a metabolite imaging knowledge-base: the metabolite annotations from the community datasets are public and can be browsed or exported (but datasets remain private). It has been demonstrated that METASPACE is a great example of uniting expertise from several technological domains such as metabolo-mics, mass spectrometry, imaging mass spectrometry, bioinformatics and software development.

The imaging session was closed by Angéline Kernal-léguen (Université Aix-Marseille, INSERM, CRO2, UMR S 911) who presented her project: « Characterization and localization of synthetic cannabinoid isomers in hair using MALDI-MSn imaging ». In a �rst place she started with a general overview of the MALDI-MS technology and highlighted the importance of its application in forensics toxicology studies. She continued with descri-bing the hair structure – the biological material used in the project. Apparently, the hair shaft analysis docu-ment punctual or regular drugs of abuse consumption and is an alternative approach to blood and urine tests (advantages: more simple samples collecting, easy sample storage at room temperature, the extended hair detection window). Angéline discussed the potency of the MALDI-MSn imaging in drug monitoring studies. Her experiments were devoted to decipher three JWH synthetic cannabinoid isomers (JWH-007, JWH-019 and JWH-122) along human hair strands. The standards and samples were analyzed and mapped using MALDI QIT-TOF and MALDI-7090TM TOF-TOF mass spectrome-ters, with low- and high-energy ions fragmentation respectively. She showed that the presented combina-

tion of MALDI- MSn and imaging leads to a real improve-ment for precise elucidation of complex drugs in foren-sic investigations.

The morning of the second day of SMMAP 2017 was rich in talks about methods and approaches applied in proteomics. The special attention should be paid to a presentation given by Jean-Michel Camadro (Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot - Paris 7, CNRS: UMR7592, Paris): « Carbon 12 metabolic labeling for high-throughput quantitative proteomics ». He presented a Simple Light Isotope Metabolic labeling (SLIM-labeling) strategy – a new tool to address the dynamics of proteome variations in vivo, developed and validated in his laboratory. In the experiments, U-[12C]-glucose in a synthetic medium was used as the metabolic precursor of all amino acids in a pathogenic yeast Candida albicans and compared to the condition with regular glucose (1.07% [13C]) as the carbon source. The 12C labeling manipulation led to increasing of the peptide monoisotopic ion intensity in performed bottom-up analyses, thereby great improvement of identi�cation scores and protein sequence coverages was observed. Further, the described method was successfully applied to measure a protein turnover at the proteome scale in Candida albicans and its modula-tion by inhibitors of the proteasome and vacuolar protein degradation systems. The 12C-based SLIM-labe-ling method has been demonstrated as a great and innovative solution for reducing the isotope complexity of proteins in vivo. The perspectives of this advanced project include a possible adaptation of this approach to mammalian cell cultures and also a unique applica-tion to top-down proteomics. In the end, Jean-Michel Camadro warmly highlighted the contribution of his team members in the development of presented method.

The last day of SMMAP 2017 was opened by Professor Caroline Tokarski (MSAP, USR CNRS 3290, Université de Lille 1, Villeneuve d’Ascq) with the presentation « Art and Cultural Heritage natural polymers by bottom up and top down approaches ». My morning tiredness was totally vanished when Professor started her speech because the subject was clearly outstanding comparing to the dominant themes at the conference. She presented several proteomics approaches used to inves-tigate a composition of Cultural Heritage material. Prof. Tokarski started from explaining how complex the samples derived from the pieces of art are: they contain both organic and inorganic substances. Further di�cul-ties are linked to the material diversity resulting for example from using di�erent binders, but also to sample size limitations - you cannot a�ord many experi-mental attempts with 1 mm square sample at your disposal. Art and Cultural Heritage went through the centuries being constantly changed by the environmen-tal factors and their degradation is always on-going

even under the conservation and restoration care in museums. That’s why it is so important to keep conti-nuously looking for new ways to explore these art mate-rials. The task is challenging but since early 2000s proteomic and lipidomic methodologies have been successfully introduced in this kind of studies and allowed better structural identi�cation. During her talk Prof. Tokarski talked about the biochemical approaches based on high resolution mass spectrometry used in her laboratory to analyze proteins, lipids and polysaccha-rides present in samples provided by museums, inclu-ding The Metropolitan Museum of Art. She showed examples of applying bottom-up proteomics to identify proteins in archaeological ceramics and historic art paintings. She mentioned that among identi�ed proteins are often also microorganisms like fungi and bacteria, and that in this case collaboration with micro-biologists is necessary. Next the potential of top-down methodology was discussed since this approach gives a better view on proteins degradation (e.g. characteriza-tion of protein breakdown oxidation). The example of studies involving the forensic analysis but also working on holy bones powder was mentioned too. The last part of the presentation concerned the identi�cation of polysaccharides and was illustrated by analysis on watercolors. Apparently, also The Walt Disney Studios is also interested in development of conservation treatments for damaged �lms and the described approaches might be a key to �nd eventually optimal environmental conditions for storying �lms. The confe-rence was a great example how the Omics studies are involved to preserve the world cultural patrimony to make it still available for our descendants.

The last day one of the morning’s sessions was dedicated to targeted quanti�cation methods and Christine Enjalbal (IBMM – CNRS: UMR5247, Montpellier) started it with her presentation “Mass spectrometry and chemical labeling as a powerful tool for peptide quanti-tation in pharmacology”. The talk begun with highligh-ting the background of the study: why peptides are the object of interest in pharmaceutical developments. Several technologies are used in pharmacology for receptor-ligand interactions measurements, and mass spectrometry approaches play more and more signi�-cant role in these studies. Christine Enjalbal talked about a new developed strategy combining quantita-tive mass spectrometry analysis and a speci�c peptide chemical labeling, which allowed quantifying ligands at very low concentrations from cell cultures. In this approach the targeted peptides-ligands are covalently labeled and thus their MS signals can be selectively detected. The described experiments included both molecular and elemental MS techniques: N-terminal HCCA-labeling peptide modi�cation (MALDI-MS quanti-tation) and peptide selenium tagging (ICP-MS measure-ment), respectively. The concept of the method and analytical development were demonstrated on the

example of vasopressin/AVP pharmacological model: HCCA-derivatized AVP and selenium-containing AVP ligands were quanti�ed in saturation and competitive binding assays at sub-nanomolar concentration levels. The presented results have shown the power and preci-sion of this approach and the promising possibility to replace radiolabeling, still commonly used in pharmaco-logy.

In the afternoon, during the session “Post-translatio-nal modi�cations” Giovanni Chiappetta (SMBP – ESPCI ParisTech, CNRS: USR3149, Paris) gave his talk about “Quantitative analysis of redox modi�cations of protein cysteines in bio�lm and planktonic Escherichia coli”. The bacterial bio�lms are a target of interest in several life-science sectors, including biotechnology and medi-cine. The development and functioning of bio�lms are expected to be a�ected by redox signaling mechanism. In the presentation, nitric oxide (NO) has been taken for an example of a signaling molecule, produced from anaerobic processes in mature bio�lms and involved in restarting the bio�lm life-cycle. Post-translational rever-sible oxidation of protein cysteine thiols (ex. S-Nitrosyla-tion) is one of the ways to induce physiological responses by redox signaling. Giovanni Chiappetta presented an application of bottom-up proteomics approach with a modi�ed OcSILAC strategy to investi-gate if the described redox modi�cation might be important in term of bio�lms development - speci�cally

transition re�nement on the other hand led to the increase of precision, accuracy and LOQ of phosphopep-tides. This strategy was validated by a hybrid PRM-DIA approach consisting of heavy-labelled synthetic peptides corresponding to the 100 phosphopeptides of interest spiked into samples acquired in DIA mode and further manually curated. Finally, these developments have permitted to increase the phospho-signalling pathway coverage.

Etude de la préservation des kératines de cheveux de momies par une approche protéomique spéci�que-ment dédiée – Armelle Charrié-Duhaut, 04.10.2017.

Armelle Charrié-Duhaut from LSMIS gave a presenta-tion during the “Methodological and fundamental MS developments” session. She studied the conservation state of mummy hair keratins for archeometrical analyti-cal methods improvement, further implementation of conservation parameters as well as modelling of modern hair. Conservation state evaluation is based on diverse measurements, among which analytical ones. To do so, bottom-up proteomic strategy was developed and optimized to overcome the analytical challenge that is the very small amount of raw material. It resulted that peptide mass �ngerprinting obtained by MALDI-MS di�ers between ancient and modern hair. Hair protein identi�cations by nanoLC-MS/MS revealed that keratin-associated proteins and cytokeratins are preferentially degraded compared to keratins. Finally, the focus on alteration-speci�c PTMs, namely cysteine residue oxidation and asparagine and glutamine residue deamidation, highlighted their increase in ancient hair compared to modern one. This paves the way for new insights into the understanding of the conservation/alteration of hair keratins.

Cerebrospinal �uid proteomics in multiple sclerosis – Frode Berven, 05.10.2017.

Frode Berven from the University of Bergen presented a plenary conference focused on multiple sclerosis, an in�ammatory disease of the central nervous system. Because the cause of this disease is unknown and di�culties to give early diagnosis and prognosis are undeniable, there is currently a real need in �nding pathological biomarkers in cerebrospinal �uid (CSF). roteomics analyses were �rst performed on animal models, and then on human CSF. It resulted in promi-sing biomarker candidates. They were further investi-gated in order to determine the ones a�ected in human CFS of multiple sclerosis patients. In addition, deep proteome quanti�cations were done on both global proteome and glycoproteome: it appeared that proteins

that were down-regulated in a global manner were up-regulated in their glycosylated form. Proteins belon-ging to in�ammation, extracellular matrix organization, cell adhesion, immune response and neuron develop-ment processes are a�ected by the pathology in human CFS. Moreover, Frode Berven presented the database CSF-Proteome Resource, a database covering the CFS proteome. Scienti�c publications related to CFS and diseases such as multiple sclerosis, Alzheimer’s disease and Parkinson’s disease were investigated and more than 80 datasets containing quantitative information on these neurological disorders were extracted to enrich the repository. Novel tools permitting visual and interactive analyses were developed in CSF-PR 2.0. It was notably used to select biomarker candidates for on-going PRM assay development. The version 3.0 of the database promises to move towards absolute quan-ti�cation and to include all neurological diseases.

Développement d’une approche multi-omique pour la recherche de biomarqueurs associés à la réponse au traitement dans les lymphomes – Luc-Matthieu Fornec-ker, 05.10.2017.

Luc-Matthieu Fornecker from LSMBO illustrated the use of multi-omics strategy for the discovery of biomar-kers in the case of di�use large β-cell lymphoma (DLBCL), the most frequent type of lymphoma. While treatment is successful in ~60% of the cases, ~40% of the patients are refractory and do not respond to chemotherapy. Because of a global median survival inferior to 12 months by these patients and a diversity of disease factors, there is a need to better understand the chemoresistance mechanism and search for predictive biomarkers. To do so, both RNA-Seq and MS1-label free experiments were conducted on the same patients. 16 transcript-protein couples have been shown to be over-expressed in the chemorefractory patients, among them IDO1, encoded by IDO1 gene, implicated in tryptophane degradation and acting as immunosup-pressor in cancer cells by creating thrytophan-depleted microenvironment, and P-REX1, encoded by PREX1 gene, having an oncogenic role in cancer by giving a migration and proliferation power to tumor cells. Moreover, 2D enrichment analyses have permitted to highlight an enrichment in proteins involved in comple-ment cascade as well as ribosomal subunits. These results suggest the potential role of an immunosuppres-sive environment to promote tumor development and a lower ribosome biogenesis rate by refractory patients. Finally, using formalin-�xed para�n-embedded (FFPE) tissues as starting material showed similar results as for fresh frozen tissues. This paves the way to large-scale quantitative pro�ling of DLBCL.

Intensive fractionation and Click chemistry as a power-ful tool for identi�cation of O-GlcNAcylation sites – Caroline Cieniewski-Bernard, 05.10.2017.

Caroline Cieniewski-Bernard from the University of

Lille started the session dedicated to post-translational modi�cations by presenting an atypical glycosylation, O-GlcNAcylation. This intracellular modi�cation consists of a single monosaccharide, localized on serine and threonine residues. It also interplays with phosphoryla-tion in a highly dynamic and regulated way. O-GlcNAcy-lation is implicated in almost all cellular processes, among which muscle contraction and sarcomere morphometry. In order to understand the impact of O-GlcNAcylation in the skeletal muscle physiopatholo-gy, the localization of the modi�ed sites of skeletal muscle myotube proteins was investigated. To do so, the proteins were intensively fractionated via di�erential extraction, precipitation and IEF fractionation. Then, the azide-bearing O-GlcNAcylated proteins were captured on agarose beads coupled to an alkyl function through Click chemistry and trypsinized on-resin, before MS analysis. This permitted to highlight the implication of this modi�cation for the morphological modulation of sarcomere through its localization on key structural proteins, such as desmin, an intermediate �lament, whose mutation causes desminopathy, and αβ-crystal-lin, which interacts with the previous protein. The presented strategy has thus succeeded in obtaining a precise cartography of the O-GlcNAcylated sites.

Large-scale proteomic analysis of SIRT1- and tissue-de-pendant acetylproteome in mouse liver, testis and muscle – Marie Locard-Paulet, 05.10.2017.

During the post-translational modi�cation session, Marie Locard-Paulet from IPBS gave us an insight into protein acetylation by focusing on a particular deacety-lase, SIRT1. A large-scale proteomic analysis was perfor-med in mouse liver, testis and muscle to identify SIRT1 potential substrates and investigate the impact of the nutrient state on SIRT1-dependant acetylome. The study of SIRT1-KO revealed the implication of this deacetylase in chromatine remodelling, RNA splicing, and in proliferation/di�erentiation of neurogenic, spermatogenic and B-lymphoid cells. It also highlighted the high heterogeneity of SIRT1-dependant acetylation sites in the studied tissues, namely mouse liver, testis and muscle. More particularly, more sites were regulated within muscle than liver. An opposite impact of diet on SIRT1 activity was also observed in these two tissues. This is in line with their function, liver being a “fuel-delivering” organ and muscle a “fuel-consuming” one. Finally, the focus on liver acetylome revealed that SIRT1 is implicated in the remodelling of this sub-proteome upon fasting.












































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Comptes-rendus congrès SMMAP 2017Disneyland Paris (suite)

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Rédactrice: Marion CRESPOBIG BGE EDyP, CEA Grenoble

[email protected]















































































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Rédactrice: Dubois CécileInstitut de radioprotection et de sureté nucléaire

13115 CadaracheEmail: [email protected]















































































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Rédactrice: Karolina ModzelewskaPROTIM – INSERM U1085 Irset, Rennes

[email protected]







































































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Rédactrice: Joanna BonsLaboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique (LSMBO), IPHC, UMR 7178, CNRS-Universi-

té de Strasbourg, Strasbourg, [email protected]



























































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Wisztorski M, Fournier I, Day R, Salzet M. 2015. Molecular Consequences of Proprotein Convertase 1/3 (PC1/3) Inhibition in Macrophages for Application to Cancer Immunotherapy: A Proteomic Study. Molecular & Cellu-lar Proteomics. 14, 2857-77. Journal Cover

Duhamel M*, Rodet F*, Murgoci A.N, Desjardins R, Gagnon H, Wisztorski M, Fournier I, Day R, Salzet M. 2016. The proprotein convertases PC1/3 regulated TLR9 tra�cking and the associated signaling pathways. Scienti�c Reports. 6, 19360.

Duhamel M, Murgoci A.N, Rodet F, Zogra�dou L, Régnier-Vigouroux A, Vanden Abeele F, Kobeissy F, Nataf S, Pays L, Wisztorski M, Fournier I, Salzet M. 2017. Taxol treatment and PC1/3 knockdown in macrophages is a promising anti-glioma strategy as revealed by proteo-mics and cytotoxicity studies (Molecular & Cellular Proteomics, submitted).

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De la classi�cation molécu-laire des gliomes a une nouvelle stratégie thérapeu-tique de réactivation des macrophages au sein de la tumeur.

Les gliomes ou tumeurs gliales représentent les tumeurs cérébrales les plus fréquentes avec 2500 à 3000 nouveaux cas recensés par an en France (Viegas et al., 2011). Ces tumeurs sont issues du tissu de soutien ou glie. Les gliomes peuvent être classés en 4 grades de malignité (I-IV) en fonction de critères histologiques, génétiques et moléculaires (Louis et al., 2007, Louis et al., 2016). Les glioblastomes, ou gliomes de grade IV, sont les tumeurs cérébrales les plus agressives et sont résistantes à de nombreuses thérapies. Leur hétérogé-néité rend leur classi�cation di�cile et par conséquent leur prise en charge thérapeutique n’est pas adaptée. Jusqu’alors la classi�cation de l’Organisation Mondiale de la Santé de 2007 reposait uniquement sur des critères histologiques mais engendrait de nombreuses variabilités intra- et inter-observateurs (Louis et al., 2007). Une mise à jour de cette classi�cation a été réalisée en 2016, elle intègre désormais des données de génétique et de biologie moléculaire (Louis et al., 2016). Cependant, ces analyses ne prennent pas en considéra-tion l’hétérogénéité spatiale et temporelle caractéris-tiques de ces tumeurs, engendrant des diagnostics erronés ou incomplets.

Mon premier objectif était donc de mettre au point une nouvelle classi�cation des gliomes de haut grade basée sur des données protéomiques tout en prenant en compte leur hétérogénéité. Les approches protéo-miques à partir de gliomes humains sont encore rares à l’heure actuelle et sont réalisées soit sur des �uides biologiques (sang, LCR) soit sur la globalité du tissu tumoral. J’ai donc débuté, au cours de ma thèse, une étude clinique sur des gliomes de haut grade (III et IV) en lien avec le CHRU de Lille (Gliomic, Clinical trial : NCT 02473484). Les tumeurs de patients ont été étudiées d’une part par imagerie MALDI MS des peptides a�n de mettre en évidence des régions moléculairement di�érentes au sein de chaque tumeur et d’autre part par

microprotéomique a�n d’identi�er des protéines d’inté-rêt et les voies moléculaires dérégulées dans les gliomes. Une première étude de faisabilité sur 10 tumeurs de grade III a démontré l’intérêt de ces deux techniques d’analyse dans la compréhension et la classi-�cation de ces tumeurs (Le Rhun, Duhamel et al., 2016). Une faible concordance entre les annotations histolo-giques et les images obtenues de l’imagerie MALDI a été observée. En e�et, certaines tumeurs homogènes d’un point de vue histologique présentent en fait des régions hétérogènes d’un point de vue moléculaire. Nous avons pu mettre en évidence de nouvelles régions molécu-laires sur chaque biopsie. La classi�cation hiérarchique globale a permis d’identi�er trois groupes di�érents alors que ces tumeurs sont toutes classées en grade III par la classi�cation de l’OMS de 2007 (Figure 1A). Nous avons ensuite identi�é les protéines dans ces régions grâce à une stratégie de microprotéomique couplée à une analyse shotgun. Les trois groupes, déterminés par imagerie MALDI, ont aussi été retrouvés lors des analyses statistiques des données de microprotéo-mique. Le premier groupe est caractérisé par un pro�l néoplasique et de nombreuses protéines sont impli-quées dans le métabolisme des ARNm. Les protéines surexprimées dans le second groupe sont des protéines liées à la pathologie du gliome et sont caractéristiques d’une in�ltration en cellules immunitaires telles que les macrophages et cellules microgliales. Le troisième groupe est plutôt associé à un pro�l de régénération neuronale (Figure 1B). Cinq nouvelles tumeurs ont ensuite été utilisées pour valider cette « classi�cation ». Elles se sont toutes reclassées dans les trois groupes précédemment établis. Nous avons également mis en évidence malgré la faible taille de la cohorte, une concordance avec les données cliniques (mutation IDH1, ATRX, MGMT, codélétion 1p19q, EGFR) pour les deux premiers groupes alors que le troisième semble totalement distinct des données cliniques. Cette étude est actuellement reprise sur une cohorte de 50 patients. A l’heure actuelle, 35 ont été analysés par imagerie MALDI MSI. De façon intéressante, quatre groupes ont pu être délimités et l’intégration des données de survie, a permis de mettre en évidence un groupe ayant une médiane de survie de plus de 850 jours alors que les autres ne dépassent pas 400 jours au maximum. Cette étude re�ète donc l’intérêt de l’intégration des données de protéomique et d’imagerie MALDI aux données cliniques. Ceci devrait permettre d'aboutir à une nouvelle classi�cation moléculaire avec un pronostic clair en vue d'une thérapie personnalisée.

Ces études protéomiques sur les gliomes ont démon-tré leur grande hétérogénéité tumorale. Cette hétérogé-néité est également retrouvée dans le microenvironne-ment de la tumeur. En e�et, de nombreuses cellules y sont présentes et participent à sa croissance. Les straté-gies thérapeutiques conventionnelles se basent sur la chimiothérapie et la radiothérapie mais de nombreux phénomènes de résistance sont observés qui peuvent être dus aux cellules présentes dans le microenvironne-ment de la tumeur. Une accumulation de cellules micro-gliales et macrophages in�ltrants est retrouvée au niveau de ces tumeurs suite à la production par les cellules cancéreuses de facteurs chimioattractants comme MCP-1 ou CSF-1. Les cellules cancéreuses secrètent aussi des facteurs immunosuppresseurs qui vont orienter les macrophages vers un phénotype anti-in�ammatoire et pro-tumoral. Ces macrophages associés à la tumeur vont donc aider les cellules cancé-reuses à se multiplier et inhiber la réponse anti-tumorale des cellules immunitaires. Des stratégies thérapeu-tiques ciblant les macrophages sont de plus en plus développées.

Marie Duhamel Laboratoire Protéomique Réponse In�ammatoire et Spectrométrie de Masse, U1192

Inserm, Université de Lille 1, Villeneuve d’Ascq, [email protected]

Prix de thèseSFEAP 2017

Prix de th

èse

La deuxième partie de mon projet de thèse portait sur le développement d’une stratégie thérapeutique permettant de réactiver les macrophages présents au sein des tumeurs. Notre stratégie consiste à inhiber une enzyme appelée proprotéine convertase 1/3 (PC1/3) dans les macrophages a�n de les réactiver. J’ai donc commencé par étudier le rôle de cette enzyme sur la réponse immunitaire des macrophages. J'ai pu démon-trer, dans deux premiers articles publiés dans « Molecu-lar and Cellular Proteomics » et « Scienti�c Reports » en 2015 et 2016 respectivement, que l’inhibition de PC1/3 déclenchait une activation des voies de signalisation des récepteurs Toll-like (TLR4 et TLR9) dans les macro-phages de rat (Duhamel et al., 2015, Duhamel et al., 2016). L’inhibition de PC1/3 dans les macrophages a des conséquences sur leur état d’activation comme le montrent les analyses protéomiques des sécrétomes et des protéines intracellulaires. De nombreuses cytokines et chémokines pro-in�ammatoires sont sécrétées de façon plus abondante par les macrophages PC1/3 knockdown (KD) sans stimulation ou après stimulation au LPS (ligand du TLR4) ou au CpG-ODN (ligand du TLR9). Ces molécules attirent d’autres cellules immuni-

taires et a�ectent la viabilité de di�érentes lignées de cellules cancéreuses (Figure 2). Nous avons pu expliquer que cette sécrétion abondante était due à des modula-tions importantes du cytosquelette entraînant un tra�c important des récepteurs Toll-like.

Pour le développement d’une stratégie thérapeu-tique, je me suis ensuite intéressée au Taxol qui est un agent anticancéreux connu pour activer le récepteur TLR4 et mimant l’action du LPS. Ce dernier ne peut être envisagé pour une utilisation thérapeutique car il provo-querait un choc septique chez le patient. Nous avons démontré que le Taxol, comme le LPS, activait de façon plus importante les macrophages de rat PC1/3 KD. L’ensemble des études que j’ai mené jusqu’alors ont été faites sur des cultures de cellules en deux dimensions. A ce stade, l’une des priorités était de développer un système de culture qui se rapproche davantage de l’environnement tumoral complexe. J’ai donc réalisé des expériences de co-culture en trois dimensions (cellules cancéreuses et macrophages) qui ont démontré qu’une pré-activation des macrophages au Taxol permettait de diminuer la propagation des cellules cancéreuses. J’ai pu mettre en évidence que l’élément portant l’activité anti-cancéreuse était les exosomes. Ces résultats sont en cours de publication.

Ces résultats prometteurs m’ont poussé à poursuivre notre stratégie. Actuellement, au laboratoire, des travaux sont initiés sur l’e�et d’un inhibiteur des propro-téines convertases combiné à l’action d’un ligand des récepteurs TLRs sur la réactivation des macrophages. Des résultats préliminaires avec l’inhibiteur des PCs ont démontré une sécrétion active de facteurs pro-in�am-matoires par les macrophages en présence de l’inhibi-teur. De plus, des e�ets importants sur la viabilité et l’invasion d’une lignée cellulaire de gliome de rat C6 ont été observés par un traitement combiné des macro-phages avec l’inhibiteur et le ligand du récepteur TLR3. L’inhibiteur présente un grand intérêt car si les résultats sont concluants sur lignées cellulaires, il pourrait être injecté chez l’animal a�n de suivre le développement de la tumeur in vivo. Nous pourrons réaliser cela sur des souris xénogre�ées avec des cellules de gliome mais également chez le patient chien. En e�et, les chiens développent spontanément des tumeurs cérébrales et sont donc très proches de l’homme. Dans cet objectif, nous avons établi une collaboration avec la clinique vétérinaire Oncovet (Dr Dominique Tierny). Des tumeurs cérébrales canines ont déjà pu être analysées par protéomique pour démontrer leur très grande similarité avec les tumeurs humaines. Une étude sur une cohorte plus importante est en cours pour faire le parallèle avec l’étude gliomic réalisée chez l’homme et ainsi prouver la

similarité entre les gliomes canins et humains a�n de renforcer notre étude.

Références :

Viegas, C., Moritz-Gasser, S., Rigau, V., Du�au, H. 2011. Occipital WHO grade II gliomas: Oncological, surgical and functional considerations. Acta Neurochirurgica, 153(10), pp.1907–1917.

Louis, D.N. et al., 2007. The 2007 WHO classi�cation of tumours of the central nervous system. Acta Neuropa-thologica, 114(2), pp.97–109.

Louis, D.N. et al., 2016. The 2016 World Health Organiza-tion Classi�cation of Tumors of the Central Nervous System: a summary. Acta neuropathologica, 131(6), pp.803–20.

Le Rhun E*, Duhamel M*, Wisztorski M, Zairi F, Escande F, Maurage C.A, Reyns N, Kobeissy F, Salzet M, Fournier I. 2016. Evaluation of non-supervised MALDI mass spectrometry imaging combined with microproteomics for glioma grade III classi�cation. Biochimica et Biophy-sica Acta (BBA) - Proteins & Proteomics. 2016.11.012.

Duhamel M, Rodet F, Delhem N, Vanden Abeele F, Kobeissy F, Nataf S, Pays L, Desjardins R, Gagnon H,









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Prix de thèseSFEAP 2017 (Suite)






Références :














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Références :


















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Références :






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19 - 20 Avril 2018Montreux, Suisse

The Annual Meeting of the LS2Section Proteomics (previously Swiss Proteomics Society)

https://meetings.ls2.ch/proteomics-2018/general-informationAbstract Deadline: 15 Février 2018

3-6 Avril 2018Troisième édition de l'école thématique sur la spectrométrie de masse à transfor-mée de FourierCabourg, FranceOuverture des inscriptions : février 2018Fermeture des inscriptions : 10 mars 2018

Information et inscription:https://et2018ftms.sciencesconf.org/

16- 20 Juin 2018

EUPA 2018 St Jacques de Compostelle, Espagne

http://www.eupa2018.com/

Agenda

9- 12 Septembre 2018

INPPO 2018 Padova, Italie

http://inppo2018.dafnae.unipd.it/?page_id=342

30 Septembre 20183 Octobre 2018

Orlando, Floride, USA

http://hupo2018.org/

9-12 Octobre 2018Congrès joint SFEAP / SEPROT (société Espagnol de protéomique) Albi, France

Site Web et inscriptions : Janvier 2018Contacts: Odile Schiltz et Philipe Marin

Agenda (Suite)

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7-11 May 2017IMMS 2017Aussois, France

https://imms2017aussois.sciencesconf.org/.

Journée Commune SFEAP /

SFSM - Paris

28 Juin 2018

La traditionnelle journée commune SFEAP / SFSM

aura lieu à l'amphithéâtre Buffon à l'institut Jacques

Monod sur le thème de l'Imagerie par Spectromé-

trie de Masse. Des informations complémentaires

seront précisées ulterieurement.

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Bourses 2018 SFEAP

Les demandes de bourses SFEAP ont été fixées en fonction du calendrier des manifesta-

tions. Il est fortement conseillé aux responsables d'équipe d'inciter et de soutenir les

candidatures de leurs étudiant(e)s en thèse.

Deadline au 15 Avril 2018 :

- Ecole Brixen : 2 bourses de 700€ (correspondant aux frais d'inscription)

- EUPA (Espagne / Portugal) : 3 bourses de 500€

Deadline au 18 Juin 2018 :

- SFEAP : 6 bourses de 300€

- INPPO (Italie) : 1 bourse de 500€ (deadline à confirmer)

- HUPO (USA) : 1 bourse de 1000€

Brèves

Rencontres CJ-SFEAP - Rennes18-20 Avril 2018Les informations sur cette manifestation vous seront communiquées très prochainement.

Ecole thématique - Centre de vacances du Lazaret (Sète)28 Mai - 1 Juin 2018Analyses protéomiques quantitatives :

choix des méthodes et analyses des don-nées. Les informations sur cette école vous seront communiquées très prochainement.

Manifestation commune RFMF / SFEAP FORUM LABO - Lyon 28 Mars 2018A l'occasion de ce Forum Labo, les deux sociétés savantes SFEAP et RFMF vont avoir l'opportunité

de se rencontrer et d'échanger lors d'une journée sur le thème de l'analyse et l'interprétation de

données métabolomique et protéomique: points communs et spécificités. Programme prévi-

sionnel: - 10:00 - 12:00 Présentation de l'état de l'art en protéomique (C. Carapito, C. Brulet, M. Blein-Ni-

colas) et métabolomique (E. Thévenot, F. Giacomoni, Y. Guitton), - 12:00 - 14:30 Pause déjeuner et Réunion CA, - 14:40 - 16:30 Ateliers de partage d'expérience, restitution des discussions, et conférence de

clôture: "Omics integration and modelling: Prediction of proteins lifetime of tomato fruit" par Isma

Belouah, INRA de Bordeaux.Inscriptions en ligne: https://frama.link/workshop-proteomique-metabolomique

Ecole d'été de Brixen29 Juillet - 3 Août 2018Les informations sur cette école vous seront communiquées très prochainement.

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Nos Partenaires

Cell Signaling TechnologySchuttersveld 2 2316 ZA LeidenThe Netherlandswww.cellsignal.eu

BRUKER 34 rue de l'Industrie 67166 Wissembourg Cedex Tél 03 88 73 68 30 ; Fax 03 88 73 68 79 www.bruker.fr

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Les sociétés commerciales suivantes accordent leur soutien à la SFEAP en souscrivant comme partenaires. Nous les remercions pour leur concours

SHIMADZU FranceBd Salvador Allende77448 Marne-la-Vallée Cedex 2 Tél 01 60 95 10 10; Fax 01 60 06 51 66Mel: [email protected] www.shimadzu.fr

EURISO-TOPParc des algorithmes,Bâtiment Homère91194 St-AubinTél 01 69 41 61 27Mel: [email protected]

PROMEGA FRANCE Parc d'activités des Verrières 24 Chemin des Verrières 69260 Charbonnières les Bains Tél 04 37 22 50 00Mel : [email protected] www.promega.com

WATERS S. A. S.BP 60878056 St-Quentin-en-Yvelines Cedex Tél 0820 885 885 ; Fax 01 30 48 72 01 Mel: [email protected] www.waters.com

Documents

n°71, Hiver 2018 SMMAP 2017 Prix de thèse SFEAP · Diner de gala SMMAP 2018 au King Ludwig's Castle: Fabien Jourdan (Président de la RFMF 2015-2018), Emmanuelle Leize-Wagner (Présidente