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Pratique en microbiologie de laboratoire

Recherche de bactéries et de levures-moisissures

Camille DelarrasCamille DelarrasAncien maître de conférences en microbiologie à l’IUT de BrestAncien maître de conférences en microbiologie à l’IUT de Brest

www.editions.lavoisier.fr

Chez le même éditeur

Le technicien d'analyses biomédicalesJ. Béraud, 2e édition, 2014

Comportements et consommations alimentaires en FranceP. Hébel, coord., 2012

Aliments fonctionnelsCollection « Sciences et techniques agroalimentaires »M. Roberfroid, B. Coxam, N. Delzenne, coord., 2008

Analyse des risques alimentairesCollection « Sciences et techniques agroalimentaires »M. Feinberg, P. Bertail, J. Tressou, P. Verger, coord., 2006

Droit communautaire et international de la sécurité des alimentsM. Lewandowski-Arbitre, 2006

Risques et crises alimentairesCollection « Sciences et techniques agroalimentaires »C. Lahellec, coord., 2005

Les comportements alimentairesCollection « Sciences et techniques agroalimentaires »D. Chapelot, J. Louis-Sylvestre, coord., 2004

Direction éditoriale : Emmanuel Leclerc

Édition : Céline Poiteaux

Fabrication : Estelle Perez

Couverture et mise en pages : Patrick Leleux PAO

Images de couverture : © Dmytro Sukharevskyy © Sebastian Kaulitzki - Fotolia.com

© 2014, Lavoisier, Paris

ISBN : 978-2-7430-1565-7

Avant-propos

« Les risques microbiologiques liés aux denrées alimentaires constituent une source majeure de maladies d’origine alimentaire chez l’Homme. »

Règlement (CE) n° 2073/2005 du 15 novembre 2005 concernant les critères microbiologiques appli-cables aux denrées alimentaires (Journal Officiel de l’Union européenne du 22 décembre 2005, L398/1).

• Micro-organismes recherchés

Les bactéries font l’objet des chapitres spécifiques 3 à 8 et 10 à 15 ; le chapitre 9 traite des levures et des moisissures.

Pour la recherche des bactéries, sont proposées : – une partie théorique comportant « classifications, habitats, surveillance et épidémiologie, caractères principaux et éventuellement spécifiques » ;

– une partie pratique présentant les protocoles de recherche et de dénom-brement des micro-organismes dans les différents produits destinés à l’homme, en incluant les milieux de culture utilisés ; cette présentation est complétée par l’identification de ces micro-organismes à l’aide de la micro-méthode API bioMérieux® SA et/ou de milieux chromogènes d’identification.

• Produits à analyser ou à contrôler

Pour les eaux, les analyses microbiologiques ont fait l’objet de la deuxième édition de Surveillance sanitaire et microbiologique des eaux (2010). Cependant, des éléments nouveaux ou essentiels sont rapportés ici, ainsi que les chapitres spécifiques pour les eaux « Legionella », « Leptospira » et « Vibrio » avec des nouveautés.

Pour les denrées alimentaires, sont présentées les analyses microbiolo-giques imposées par le règlement (CE) n° 2073/2005 de la Commission des Communautés européennes du 15 novembre 2005, modifiées par le règlement (CE) n° 1441/2007 du 5 décembre 2007.

IV Pratique en microbiologie de laboratoire

Pour les produits pharmaceutiques, seuls quelques éléments d’informations sont apportés, sans entrer dans les détails des Pharmacopées française et européenne.

Pour les produits cosmétiques, le contrôle microbiologique est exposé dans les chapitres concernés, en se fondant sur les données actuelles et sur la nouvelle réglementation ; par ailleurs, le lecteur pourra également prendre connaissance des informations sur les produits cosmétiques (sources de contamination…) dans le chapitre 11 d’un précédent ouvrage (Delarras, 2007).

Pour l’environnement hospitalier et industriel, des éléments sont proposés en s’appuyant principalement sur les données des fabricants de milieux de culture.

• Milieux de culture

Les milieux de culture d’usage courant, d’isolement, d’identification, etc., pour la microbiologie médicale, alimentaire, des eaux, des produits cosmétiques et phar-maceutiques présentés dans cet ouvrage résultent de notre choix. Leur composition chimique est reproduite avec l’aimable autorisation des fabricants ou distributeurs de ces produits : AES Chemunex (A bioMérieux Company), bioMérieux® SA, Bio-Rad, Laboratoires Humeau et VWR International SAS (produits Merck) (se reporter à l’annexe 6 pour les adresses des fabricants et à la bibliographie).

Les informations techniques relatives à la lecture et à l’interprétation de ces milieux sont établies à partir des fiches techniques des milieux de culture de ces fabricants, mais aussi parfois à partir de la bibliographie. La disponibilité commerciale indiquée pour les milieux de culture (milieu déshydraté, flacons, tubes, boîtes de Petri…) est purement indicative car elle peut être modifiée à tout moment par le fabricant.

Par ailleurs, les utilisateurs de ces milieux de culture doivent impérativement prendre connaissance des précautions d’utilisation, des conditions de stockage, du mode opératoire, du contrôle de qualité, des performances, de l’élimination des déchets, etc., mentionnés dans les fiches techniques des fabricants, toutes ces informations ne pouvant être reprises dans cet ouvrage.

Les normes NF et/ou EN et/ou ISO (Afnor) relatives aux méthodes de travail en microbiologie et aux milieux de culture (mentionnés dans les fiches tech-niques des fabricants) sont simplement citées à titre d’information, car elles ne sont pas reproductibles.

• Classification des bactéries recherchées

Les bactéries recherchées en microbiologie des aliments, des eaux, clinique ou autres sont classées dans cet ouvrage dans la nouvelle classification phylogé-nique (Larpent, 2000 ; Bergey’s manual of systematic bacteriology, 2e edition, 2004) avec des mises à jour éventuelles. L’objectif est de fournir une base de classification de ces bactéries, sachant que celle-ci est en évolution permanente avec des remaniements taxonomiques et la description de nouvelles espèces ou sous-espèces.

Avant-propos V

Pour les salmonelles, la taxonomie actuelle de ces germes (2005) est présen-tée dans le chapitre 6 « Enterobacteriaceae (entérobactéries) ». Les sérovars de la sous-espèce Salmonella enterica subsp. enterica cités dans cet ouvrage sont écrits sous la forme recommandée ; par exemple Salmonella Typhi a comme dénomination complète Salmonella enterica subsp. enterica sérovar Typhi.

• Méthodes de travail de la biologie moléculaire

Les méthodes de travail de la biologie moléculaire (polymerase chain reac-tion ou PCR, reverse transcriptase-PCR ou RT-PCR, real-time PCR) sont illustrées seulement par des exemples de PCR en temps réel (Campylobacter, Cronobacter, Legionella, Listeria, Salmonella). Toutefois, la présentation com-plète de ces méthodes sort du cadre de cet ouvrage.

• Nouveaux services de l’État

Dans le cadre de la modernisation de l’État, le gouvernement a lancé en juin 2007 la révision générale des politiques publiques (RGPP) qui a pour effet de regrouper des services de l’État.

Voici un tableau de correspondance entre les nouvelles et les anciennes direc-tions de l’État citées.

Tableau 1. Nouvelles directions de l’État.

Nouvelles directions1

(noms et sigles) Regroupant...

DREAL, DDEA

Directions régionales de l’environnement, de l’aménagement et du logementDREAL2 (création au 1er janvier 2009)

Diren, DRE et Drire

Directions départementales de l’équipement et de l’agriculture DDEA2

(création au 1er janvier 2009 et au 1er janvier 2010 suivant les départements) (voir ci-dessous DDT)

L’essentiel de l’ex-DDE et la Ddaf

Directions départementales interministérielles DDI (création au 4 décembre 2009, au nombre de 2 ou 3 suivant les départements)

1re direction : DDT ou DDTMCréation au 1er janvier 2010

DDTDirections départementales des territoires

DDEA (voir ci-dessus) et une partie des services de la Préfecture

VI Pratique en microbiologie de laboratoire

Tableau 1. suite

Directions départementales interministérielles DDI (création au 4 décembre 2009, au nombre de 2 ou 3 suivant les départements)

DDTMDirections départementales des territoires et de la mer pour les régions littorales

DDEA (voir ci-dessus), une partie des services de la Préfecture et de l’ex-direction des affaires maritimes (DDAM ou DIDAM)

2e direction : DDCSPP et parfois 3e direction : DDPP et DDCSCréation au 1er janvier 2010

DDCSPPDirections départementales de la cohésion sociale et de la protection des populations

Ex-DDSV et ex-DDCCRF, une partie des ex-DDASS, ex-DDJS et ex-Délégation aux droits des femmes

DDPP pour les villes de plus de 400 000 habitantsDirections départementales de la protection des populations

Ex-DDSV et ex-DDCCRF

DDCS pour les villes de plus de 400 000 habitantsDirections départementales de la cohésion sociale

Une partie des ex-DDASS, ex-DDJS et ex-délégation aux droits des femmes

1. Pour les missions en rapport avec la thématique de cet ouvrage : voir chapitre 1, paragraphes 5, 6 et 7.

2. Voir Delarras et al., 2010.

Remerciements

À Christiane Delarras, mon épouse, pour la relecture et la correction du manuscrit.

À toutes les personnes qui avaient soutenu Microbiologie pratique publié en 2007, dont la deuxième partie a servi de base à ce nouvel ouvrage.

Aux sociétés de produits de microbiologie ou de matériels qui nous ont auto-risés à utiliser leur documentation technique pour le présent ouvrage et qui sont représentées par :

Madame Isabelle Desforges, Monsieur Xavier Salleyron et Madame Anne Suisse-Vitrant (bioMérieux, Marcy l’étoile),

Monsieur Christophe Fisch-Farkas (Laboratoires Humeau, La Chapelle-sur-Erdre),

Monsieur Christophe Gincheleau (AES Chemunex, groupe bioMérieux, Combourg),

Monsieur Fréderic Martinez, Monsieur Yannick Bichot (Bio-Rad, Marnes-la-Coquette),

Madame Kathy Spinosi (VWR International SAS, Fontenay-sous-Bois),et également à Madame Colette Lemoine (IUT, Brest),Un remerciement tout particulier à Monsieur Jean-Paul Larpent, professeur

honoraire de microbiologie à l’Université Blaise-Pascal de Clermont-Ferrand.

À Inès, Anna et Lucie.

Sigles et abréviations

ADN Acide désoxyribonucléiqueAfnor Association française de normalisationAfssa Agence française de sécurité sanitaire des alimentsAfssaps Agence française de sécurité sanitaire des produits de santéAfsse Agence française de sécurité sanitaire environnementaleAfsset Agence française de sécurité sanitaire de l’environnement et du travailANC Acide nalidixique, colimycineAnses Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de

l’environnement et du travailAnsm Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santéAPHA American Public Health AssociationAPW Alkaline peptone waterARNr Acide ribonucléique ribosomalATCC American type culture collectionATP Adénosine triphosphateAw Activity of waterBAM Bacteriological analytical manualBCIG Acide 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-glucuronideBEH Bulletin épidémiologique hebdomadaireBLSE Bêtalactamases à spectre étenduBPF Bonnes pratiques de fabrication européennesBPL Bonnes pratiques de laboratoireBPO Bactérie pathogène opportunisteBPS Bactérie pathogène spécifiqueC.CLIN Centre de coordination de la lutte contre les infections nosocomialesCCOMS Centre collaborateur de l’OMSCDC Centers for disease control and preventionCEE Communauté économique européenne (appelée maintenant Union

européenne)CEN Comité européen de normalisation

X Pratique en microbiologie de laboratoire

CIP Collection de l’Institut PasteurCire Cellule interrégionale d’épidémiologieCLIN Comité de lutte contre les infections nosocomialesCNR Centre national de référenceCNRCH Centre national de référence des Campylobacter et des HeliobacterCNRL Centre national de référence des LeptospiresCNR-L Centre national de référence des LegionellaCNRSS Centre national de référence des Salmonella et des ShigellaCofrac Comité français d’accréditationCPM Colites pseudo-membraneusesCSAH Comité scientifique de l’alimentation humaineCSHPF Conseil supérieur d’hygiène publique de FranceCSMVSP Comité scientifique des mesures vétérinaires en rapport avec la santé

publiqueDass Direction des affaires sanitaires et sociales de NouméaDdass** Direction départementale des affaires sanitaires et socialesDCCRF Direction de la concurrence, de la consommation et de la répression des

fraudes DDAF** Direction départementale de l’agriculture et de la forêtDDAM** Direction des affaires maritimesDDCCRF** Direction départementale de la concurrence, de la consommation et de

la répression des fraudes DDCS* Direction départementale de la cohésion socialeDDCSPP* Direction départementale de la cohésion sociale et de la protection des

populationsDDE** Direction départementale de l’équipement DDEA* Direction départementale de l’équipement et de l’agriculture DDI* Direction départementale des territoiresDDJS** Direction départementale de la jeunesse et des sportsDDPP* Direction départementale de la protection des populationsDDTM* Direction départementale des territoires et de la merDDSV** Direction départementale des services vétérinairesDGAL Direction générale de l’alimentationDGCCRF Direction générale de la concurrence, de la consommation et de la

répression des fraudesDGDDI Direction générale des douanes et droits indirectsDG SANCO Direction générale de la santé et des consommateurs (de la Commission

européenne)DGS Direction générale de la santéDIDAM** Directions interdépartementales et départementales des affaires maritimesDIECCTE Directions des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du

travail et de l’emploi (dans les DOM)Diren** Direction régionale de l’environnementDNO Directive nationale d’orientationDO Déclaration obligatoire

Sigles et abréviations XI

Dom-Tom Départements et territoires d’outre-merDraaf Direction régionale de l’alimentation, de l’agriculture et de la forêtDrass Direction régionale des affaires sanitaires et socialesDRE** Direction régionale de l’équipementDREAL* Direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logementDrire** Direction régionale de l’industrie, de la recherche et de l’environnementDSP Diarrhetic shellfish poison or poisoningDSV Direction des services vétérinairesECA Enterobacterial common antigenECDC European center disease prevention and controlECM Erythema chronicum migransEEE Espace économique européenEFSA Autorité européenne de sécurité des aliments (European Food Safety

Authority)ELDSNet European legionnaires’ disease surveillance networkEHEC Enterohaemorragic E. coli ou Escherichia coli entérohémorragiqueEN European standard (norme européenne)EOH Équipe opérationnelle d’hygièneEPAS Eau peptonée alcaline saléeEPEC Enteropathogenic E. coli ou Escherichia coli entéropathogèneESST Encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissiblesETEC Enterotoxinogenic E. coli ou Escherichia coli entérotoxinogèneEWGLI European Working Group for Legionella InfectionsFDA US Food and drug administrationFAO Food And Agriculture Organization FC Fièvre charbonneuseFEFIDEC Fédération finistérienne de défense contre les ennemis des culturesFERCO Fédération européenne de restauration collectiveGC % Guanine et cytosine dans l’ADN (exprimées en moles pour 100)GEA Gastro-entérites aiguësHACCP Hazard analysis critical control pointHAS Haute Autorité de SantéHCSP Haut comité de la santé publiqueH2S Hydrogène sulfuréIfremer Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer IMS Institutions médico-socialesIMVIC Indole, rouge de méthyle, Voges-Proskauer, inositol, citrate InVS Institut national de veille sanitaire IPNC Institut Pasteur de Nouvelle-CalédonieISO International Standard Organization (Organisation internationale

de normalisation)JO ou JORF Journal officiel de la République françaiseJO Journal officiel de l’Union européenne, nouvelle dénomination du

JOCE (depuis le 1er février 2003)LABM Laboratoires d’analyses de biologie médicale

XII Pratique en microbiologie de laboratoire

LCR Laboratoire communautaire de référenceLIN Lutte contre les infections nosocomialesJOCE Journal officiel de la Communauté européenneLCR Liquide céphalo-rachidienLDC Lysine décarboxylaseLNR Laboratoire national de référenceLRUE Laboratoire de référence de l’Union européenneMAAP Ministère chargé de l’alimentation, de l’agriculture et de la pêcheMAS Maison d’accueil spécialiséeMAT Microscopic agglutination testMDO Maladies à déclaration obligatoireMES Matières en suspensionMISP Médecin inspecteur de santé publiqueMPN Most probable numberMRSA Methicillin-resistant Staphylococcus aureusMST Maladie sexuellement transmissibleMUD 4-méthyl-umbelliféryl-β-D-glucosideMUG 4-méthyl-umbelliféryl-β-D-glucuronideNF Norme françaiseOGM Organismes génétiquement modifiésOMS Organisation mondiale de la santéONF Office national des forêtsONCFS Office national de la chasse et de la faune sauvageORL OtorhinolaryngologiePC Plan de contrôlePCA Plate count agarPCR Polymerase chain reactionPNSE Plan national santé-environnementPS Plan de surveillancePVD Pays en voie de développementRAA Rhumatisme articulaire aiguRAL Réaction d’agglutination-lyseRGPP Révision générale des politiques publiquesRMTC Relevé des maladies transmissibles au CanadaRNSP Réseau national de santé publique créé en 1992, remplacé par l’InVS en

1999RPF Rabbit plasma fibrinogen (plasma de lapin et fibrinogène)RT-PCR Reverse transcriptase-PCRSARM Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline SCL Service commun des laboratoiresSCN Staphylocoques à coagulase négativeSCP Staphylocoques à coagulase positiveSHU Syndrome hémolytique et urémiqueSIG Système d’information géographiqueSIN Signalement des infections nosocomiales

Sigles et abréviations XIII

Sral Service régional de l’alimentationSTEC Escherichia coli (producteurs de) shiga-toxinesTar (s) Tour(s) aéroréfrigérante(s)TDH Thermostable direct hemolysinTia Toxi-infection alimentaireTiac Toxi-infection alimentaire collectiveTN Tâche nationaleTRH TDH-related hemolysinTTC Chlorure de triphényltétrazoliumUE Union européenneUFC Unités formant coloniesUSP United States PharmacopeiaVNC Viable non cultivableVNC Vibrions non cholériquesVP Voges-ProskauerVSM Viandes séparées mécaniquementVTEC Verotoxinogenic E. coli ou Escherichia coli vérotoxinogène

* Désigne les sigles des nouveaux services de l’État présentés dans le tableau 1 de l’avant-propos de cet ouvrage.

** Désigne les sigles des anciens services de l’État affectés par la RGPP (correspondance avec les nouveaux services dans le tableau 1 de l’avant-propos).

Table des matières

Avant-propos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . III

Remerciements. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . VII

Sigles et abréviations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . IX

Chapitre 1

Le monde des bactéries

1. Découverte des micro-organismes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.1. Dans l’Antiquité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.2. Au XVIIe siècle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.3. Au XIXe siècle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21.4. Au XXe siècle. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31.5. Au XXIe siècle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

2. Classifications des bactéries. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.1. Historique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .52.2. Taxonomie des micro-organismes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

3. Bactéries, modes de vie et types de relations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153.1. Saprophytisme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153.2. Commensalisme. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153.3. Parasitisme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

4. Bactéries et conditions physico-chimiques de culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . 304.1. Température . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 304.2. Oxygène . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324.3. pH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 344.4. Pression osmotique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

XVI Pratique en microbiologie de laboratoire

4.5. Humidité ou Aw. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 375. Principaux micro-organismes recherchés en laboratoire d’analyse ou

de contrôle sanitaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 385.1. Réglementation, critères et normes microbiologiques des aliments . . 405.2. Réglementation, critères et normes microbiologiques des eaux douces et marines à usage anthropique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 455.3. Réglementation, critères et normes microbiologiques des produits cosmétiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 465.4. Réglementation, critères et normes microbiologiques des produits pharmaceutiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

6. Surveillance sanitaire des produits destinés à l’Homme . . . . . . . . . . . . . . . 496.1. Agences de surveillance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 506.2. Services de l’État . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 526.3. Surveillance des micro-organismes dans la chaîne alimentaire et des maladies d’origine alimentaire en France . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 536.4. Surveillance sanitaire et microbiologique des eaux douces et marines à usage anthropique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 586.5. Surveillance du marché des produits cosmétiques . . . . . . . . . . . . . . . . . 596.6. Surveillance des produits pharmaceutiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60

7. Surveillance de l’environnement hospitalier et industriel . . . . . . . . . . . . . . 617.1. Environnement protégé : « salles propres » et environnements maîtrisés apparentés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 617.2. Environnement protégé ou non : hygiène des surfaces . . . . . . . . . . . . 63

Chapitre 2

Base technique microbiologique générale

1. Techniques d’examens microscopiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 651.1. État frais . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .651.2. Coloration de Gram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 661.3. Coloration des capsules. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 691.4. Coloration des spores bactériennes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70

2. Utilisation des milieux de culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 722.1. Milieux d’usage courant . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 732.2. Milieux d’isolement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 902.3. Milieux d’identification et galeries biochimiques d’identification . . . 100

3. Tests biochimiques utiles en pratique courante. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1093.1. Test catalase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1113.2. Test oxydase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1133.3. Test des nitrate-réductases (NR) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1153.4. Test ONPG-hydrolase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1163.5. Test esculine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1183.6. Test IMVIC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1193.7. Test indole . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1193.8. Test LDC (lysine décarboxylase) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1203.9. Test H2S (hydrogène sulfuré) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1203.10. Test coagulase libre (ou épreuve de la coagulase) . . . . . . . . . . . . . . . 120

Table des matières XVII

Chapitre 3

Bacillus et ex-Bacillus(Bactéries à Gram +)

1. Classification phylogénique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1232. Quelques familles de l’ordre I des Bacillales. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123

2.1. Précédemment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1232.2. Actuellement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124

3. Habitats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1274. Surveillance et épidémiologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127

4.1. Bacillus cereus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1284.2. Bacillus anthracis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131

5. Caractères principaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1336. Protocoles de recherche et de dénombrement de Bacillus cereus . . . . . . 134

6.1. Milieux de culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1346.2. Protocoles de recherche des B. cereus dans les aliments . . . . . . . . . . . 137

7. Protocoles de dénombrement des spores de Bacillus mésophiles et thermophiles. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1397.1. Milieu de culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1407.2. Protocoles de dénombrement dans les sucres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1417.3. Protocoles de dénombrement dans les épices et les aromates . . . . . . 141

8. Identification biochimique des Bacillus et apparentés . . . . . . . . . . . . . . . . 1428.1. Tests biochimiques de caractérisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1428.2. Galerie API 50 CH bioMérieux® SA. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1478.3. Identification automatisée avec VITEK® 2 bioMérieux® SA . . . . . . . . . 152

Chapitre 4

Campylobacter(Bactéries à Gram –)

1. Classification phylogénique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1552. Habitats, espèces de Campylobacter et pouvoir pathogène . . . . . . . . . . . 155

2.1. Habitats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1552.2. Espèces de Campylobacter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156

3. Surveillance et épidémiologie des infections à Campylobacter . . . . . . . . . 1573.1. Surveillance humaine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1573.2. Épidémiologie animale et humaine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160

4. Caractères principaux. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1625. Protocole de recherche et de dénombrement conventionnels

de Campylobacter dans les aliments. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1645.1. Milieux de culture conventionnels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1645.2. Protocole conventionnel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171

6. Protocoles de recherche et de dénombrement normalisés de Campylobacter dans les aliments. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1746.1. Détection normalisée . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1746.2. Détection par méthodes alternatives validées bioMérieux® SA . . . . . 1776.3. Détection par la méthode alternative validée AES Chemunex . . . . . . 184

XVIII Pratique en microbiologie de laboratoire

6.4. Test pour la détection par PCR en temps réel des Campylobacter jejuni, Campylobacter coli et Campylobacter lari dans les aliments . . 187

7. Protocole de recherche de Campylobacter dans les eaux . . . . . . . . . . . . . . 1888. Recherche de recherche des Campylobacter intestinaux dans

les prélèvements biologiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1898.1. Gélose CASA® AES Chemunex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1898.2. Gélose Campylosel bioMérieux® SA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189

9. Identification biochimique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1919.1. Présentation de la galerie. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1919.2. Préparation, inoculation et incubation de la galerie . . . . . . . . . . . . . . 1929.3. Tableau de lecture de la galerie et lecture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1939.4. Interprétation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195

Chapitre 5

Clostridium(Bactéries à Gram +)

1. Classification phylogénique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1992. Espèces principales et habitats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199

2.1. Groupes physiologiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1992.2. Espèces pathogènes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2002.3. Clostridia sulfitoréducteurs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203

3. Surveillance et épidémiologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2033.1. Surveillance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2033.2. Épidémiologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205

4. Caractères principaux des Clostridia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2095. Protocoles de recherche et de dénombrement des Clostridia . . . . . . . . . . 210

5.1. Milieux de culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2105.2. Protocoles de recherche dans les aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2185.3. Protocoles de recherche dans les eaux. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2225.4. Protocole de recherche dans les produits pharmaceutiques . . . . . . . . 2245.5. Protocole de recherche dans les prélèvements biologiques . . . . . . . . 225

6. Identification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2276.1. Présentation de la galerie Rapid ID 32 A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2276.2. Composition de la galerie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2286.3. Préparation, inoculation et incubation de la galerie . . . . . . . . . . . . . . 2286.4. Lecture de la galerie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2286.5. Interprétation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231

Chapitre 6

Enterobacteriaceae (entérobactéries)(Bactéries à Gram –)

1. Classification phylogénique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2332. Entérobactéries courantes et rares . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 234

2.1. Entérobactéries courantes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .234

Table des matières XIX

2.2. Entérobactéries décrites dans les décennies 1980-1989 et 1990-1999 . . . 2413. Surveillance et épidémiologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242

3.1. Surveillance des denrées alimentaires, des eaux... . . . . . . . . . . . . . . . . 2423.2. Épidémiologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248

4. Caractères des entérobactéries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2574.1. Caractères principaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2574.2. Caractères communs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2574.3. Coliformes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 257

5. Protocoles de recherche des Enterobacteriaceae . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2635.1. Milieux d’enrichissement sélectif liquide pour entérobactéries . . . . . 2645.2. Milieux d’isolement sélectif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2685.3. Protocoles de recherche dans les produits alimentaires. . . . . . . . . . . . 2745.4. Protocoles de recherche dans les produits pharmaceutiques . . . . . . . 2765.5. Protocole de recherche des E. coli dans les produits cosmétiques. . . . 277

6. Protocoles de recherche et de dénombrement des coliformes totaux et thermotolérants (ou fécaux) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2776.1. Coliformes totaux et coliformes fécaux dans les aliments . . . . . . . . . .2776.2. Cas particulier : recherche d’Enterobacter sakazakii (coliforme thermotolérant). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2866.3. Coliformes totaux et coliformes thermotolérants dans les eaux . . . . . 292

7. Protocoles de recherche et de dénombrement des Escherichia coli dans les aliments ou autres produits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2957.1. Protocole de recherche des E. coli β-D-glucuronidase positive dans les aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2957.2. Protocole de recherche des Escherichia coli producteurs de shiga-toxines (Stec) dans les aliments. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3037.3. Protocole de recherche des Escherichia coli dans les produits cosmétiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310

8. Protocoles de recherche des Salmonella et Shigella . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3118.1. Milieux d’enrichissement sélectifs liquides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3138.2. Milieux d’isolement sélectif solides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3198.3. Protocole de recherche des Salmonella dans les aliments . . . . . . . . . . 3378.4. Protocole de recherche des Salmonella dans les eaux . . . . . . . . . . . . . 3388.5. Protocole de recherche des Salmonella dans les produits pharmaceutiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3408.6. Protocole de recherche des Shigella. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 340

9. Protocole de recherche des Yersinia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3429.1. Milieux de culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .3429.2. Protocole de recherche dans les aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3459.3. Protocole de recherche dans les selles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 346

10. Identification biochimique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34710.1. Milieux chromogéniques ou fluorogéniques d’identification . . . . . . .34710.2. Identification de bactéries pathogènes par PCR en temps réel. . . . . 35010.3. Galeries API et autres systèmes bioMérieux® SA . . . . . . . . . . . . . . . . 353

XX Pratique en microbiologie de laboratoire

Chapitre 7

Legionella(Bactéries à Gram –)

1. Classification phylogénique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3671.1. Legionella pneumophila . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3671.2. Autres espèces . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368

2. Habitats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3682.1. Habitats naturels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .3682.2. Milieux hydriques artificiels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369

3. Surveillance de la légionellose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3693.1. Surveillance jusqu’en 2005 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3693.2. Surveillance à partir de 2010 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3703.3. Législation des eaux en relation avec la légionellose. . . . . . . . . . . . . . 3753.4. Paramètre Legionella et ses concentrations dans les eaux. . . . . . . . . . 375

4. Épidémiologie. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3824.1. Transmission de la maladie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .3824.2. Situation épidémiologique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 382

5. Caractères principaux. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3866. Recherche et dénombrement de Legionella et de L. pneumophila

dans les eaux. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3876.1. Méthodes et recommandations officielles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .3876.2. Prélèvements des échantillons d’eaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3886.3. Protocole de recherche de Legionella dans les eaux . . . . . . . . . . . . . . 3896.4. Identification de Legionella pneumophila avec Slidex® Legionella-Kit bioMérieux® SA. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3966.5. Identification de Legionella pneumophila avec Monofluo™ Kit Legionella pneumophila Bio-Rad . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3986.6. Tests pour la détection ou la quantification par PCR en temps réel de Legionella spp. et Legionella pneumophila dans des échantillons d’eau. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 401

Chapitre 8

Leptospira(Bactéries à Gram –)

1. Classification phylogénique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4052. Espèces et sérogroupes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 405

2.1. Espèces . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .4052.2. Sérogroupes pathogènes en métropole et Dom-Tom . . . . . . . . . . . . . 406

3. Habitats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4064. Surveillance, épidémiologie et prévention de la leptospirose humaine . . . 407

4.1. Surveillance de la leptospirose humaine (et animale) . . . . . . . . . . . . . .4074.2. Épidémiologie de la leptospirose humaine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4084.3. Prévention de la leptospirose humaine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 414

5. Caractères principaux. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4166. Protocole de recherche des Leptospira . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 417

Table des matières XXI

6.1. Diagnostic biologique par techniques bactériologiques . . . . . . . . . . . 4176.2. Diagnostic biologique par techniques sérologiques. . . . . . . . . . . . . . . 4206.3. Diagnostic moléculaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4216.4. Traitement de la leptospirose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 422

Chapitre 9

Levures et moisissures1. Champignons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 425

1.1. Propriétés principales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4251.2. Champignons microscopiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 426

2. Levures. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4282.1. Classification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4282.2. Propriétés principales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4292.3. Levures utiles, nuisibles et pathogènes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4292.4. Normes microbiologiques dans l’industrie agroalimentaire . . . . . . . . 4302.5. Autres applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 432

3. Protocole de recherche et de dénombrement des levures, des moisissures et autres champignons. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4323.1. Milieux classiques pour la culture ou l’isolement des levures et moisissures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4343.2. Protocole de recherche et de dénombrement dans les aliments. . . . . 4393.3. Protocole de recherche dans les produits pharmaceutiques . . . . . . . . 4443.4. Protocole de recherche dans les produits cosmétiques . . . . . . . . . . . . 4463.5. Protocole de recherche dans l’environnement hospitalier et industriel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450

4. Identification des levures. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4554.1. Milieux d’identification pour Candida dont Candida albicans . . . . . . 4554.2. Identification biochimique des levures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 458

Chapitre 10

Listeria(Bactéries à Gram +)

1. Classification phylogénique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4652. Espèces de Listeria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 465

2.1. Espèce principale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .4652.2. Autres espèces . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 466

3. Habitats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4664. Surveillance de la listériose humaine et des Listeria monocytogenes

dans les aliments. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4674.1. Surveillance de la listériose humaine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4674.2. Surveillance des Listeria monocytogenes dans les aliments . . . . . . . . 4694.3. Épidémiologie de la listériose humaine d’origine alimentaire . . . . . . 474

5. Caractères des Listeria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4815.1. Caractères principaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .4815.2. Caractères spécifiques de Listeria monocytogenes . . . . . . . . . . . . . . . 481

XXII Pratique en microbiologie de laboratoire

6. Protocole conventionnel normalisé de recherche et de dénombrement des Listeria monocytogenes et autres espèces de Listeria dans les aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4826.1. Milieux de culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4836.2. Détection conventionnelle normalisée . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4906.3. Dénombrement conventionnel normalisé. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4916.4. Confirmation des colonies de Listeria monocytogenes et de Listeria spp. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 492

7. Méthodes alternatives de recherche et de dénombrement des Listeria monocytogenes et autres espèces de Listeria dans les aliments et autres produits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4957.1. Méthode alternative d’analyse Rapid’L. mono Bio-Rad. . . . . . . . . . . . 4957.2. Méthode alternative d’analyse Rapid’Listeria spp. Bio-Rad. . . . . . . . . 5037.3. Méthodes alternatives ALOA® ONE DAY, ALOA® COUNT et ALOA® CONFIRMATION AES Chemunex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5077.4. Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 515

8. Identification biochimique et immuno-chromatographique . . . . . . . . . . . 5188.1. Listeria species Confirmation Strip (AES Chemunex) . . . . . . . . . . . . . . 5188.2. Galerie API® Listeria (bioMérieux® SA) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5198.3. Tests pour la détection par PCR en temps réel des Listeria spp. et des Listeria monocytogenes dans les aliments et les échantillons d’environnement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 522

Chapitre 11

Micro-organismes totaux(Bactéries à Gram + et Gram –)

1. Définitions et recherche . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5271.1. Micro-organismes totaux dans les eaux. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5271.2. Micro-organismes totaux dans les aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5291.3. Micro-organismes totaux dans les produits cosmétiques et pharmaceutiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5311.4. Micro-organismes totaux dans le contrôle d’hygiène en environnement hospitalier et industriel. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 532

2. Protocole de recherche et de dénombrement des micro-organismes totaux dans les aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5322.1. Composition chimique du milieu de culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5332.2. À savoir sur les constituants chimiques du milieu . . . . . . . . . . . . . . . . . 5332.3. Ensemencement et incubation du milieu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5332.4. Observations et interprétation du milieu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 534

3. Protocoles de recherche et de dénombrement des micro-organismes totaux dans les eaux. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5343.1. Milieux de culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .5343.2. Protocole général . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5353.3. Application à tous les types d’eaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 536

4. Protocoles de recherche et de dénombrement des micro-organismes totaux dans les produits cosmétiques. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5364.1. Milieux de dénombrement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .536

Table des matières XXIII

4.2. Dénombrement de bactéries aérobies mésophiles par « présence ou absence » . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5374.3. Dénombrement de micro-organismes par mL ou par g de produit . . 538

5. Protocoles de recherche et de dénombrement des micro-organismes totaux dans l’industrie pharmaceutique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5395.1. Gélose trypcase soja bioMérieux® SA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5395.2. Gélose trypcase soja irradiée bioMérieux® SA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5395.3. Eau traitée . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 540

6. Protocoles de recherche et de dénombrement des micro-organismes totaux (et autres) dans l’environnement hospitalier et industriel . . . . . . . 5416.1. Matériel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5426.2. Lames gélosées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5446.3. Milieux de culture en boîtes « Count-Tact » . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 546

Chapitre 12

Pseudomonas et ex-Pseudomonas(Bactéries à Gram –)

1. Classifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5591.1. Classification phylogénique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .5591.2. Espèces de Pseudomonas et ex-Pseudomonas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 559

2. Habitats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5602.1. Pseudomonas et ex-Pseudomonas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5612.2. Pseudomonas aeruginosa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 562

3. Surveillance et épidémiologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5623.1. Pseudomonas aeruginosa dans les eaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5623.2. P. aeruginosa dans les aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5653.3. Pseudomonas aeruginosa dans les produits pharmaceutiques . . . . . . 5663.4. Pseudomonas aeruginosa dans les produits cosmétiques . . . . . . . . . . 5663.5. Pseudomonas aeruginosa dans l’environnement hospitalier et industriel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 567

4. Caractères principaux et production de pigments. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5674.1. Caractères principaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .5674.2. Production de pigments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 568

5. Protocoles de recherche et de dénombrement de Pseudomonas aeruginosa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5695.1. Milieux de cultures pour entérobactéries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .5695.2. Milieux spécifiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5705.3. Protocole de recherche dans les eaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5805.4. Protocole de recherche dans les aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5835.5. Protocole de recherche dans les produits pharmaceutiques . . . . . . . . 5845.6. Protocole de recherche dans les produits cosmétiques . . . . . . . . . . . . 5845.7. Protocole de recherche dans le contrôle d’hygiène des surfaces . . . . 585

6. Identification de Pseudomonas et ex-Pseudomonas . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5866.1. Milieux de confirmation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .5866.2. Galeries biochimiques d’identification et autres systèmes . . . . . . . . . 587

XXIV Pratique en microbiologie de laboratoire

Chapitre 13

Staphylococcus, Micrococcus et ex-Micrococcus(Bactéries à Gram +)

1. Classifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5951.1. Classification phylogénique des staphylocoques . . . . . . . . . . . . . . . . . .5951.2. Classification phylogénique des microcoques et ex-microcoques . . . 595

2. Habitats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5962.1. Espèces de staphylocoques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5962.2. Espèces de microcoques et ex-microcoques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 601

3. Surveillance et épidémiologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6023.1. Surveillance des aliments : critères microbiologiques exigibles. . . . . . 6023.2. Surveillance et épidémiologie des Tiac à Staphylococcus aureus . . . . 606

4. Caractères principaux des staphylocoques, des microcoques et des ex-microcoques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 610

5. Protocoles de recherche et de dénombrement des staphylocoques pathogènes ou staphylocoques à coagulase positive . . . . . . . . . . . . . . . . . 6115.1. Protocole de recherche et de dénombrement de S. aureus et autres espèces dans les aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6135.2. Protocole de recherche et de dénombrement de S. aureus et autres espèces dans les eaux. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6225.3. Protocoles de recherche et de dénombrement de S. aureus dans les produits cosmétiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6275.4. Protocoles de recherche et de dénombrement de S. aureus dans les produits pharmaceutiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6285.5. Protocoles de recherche et de dénombrement de S. aureus en microbiologie de contrôle d’hygiène des surfaces de travail dans l’environnement hospitalier et industriel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 629

6. Identification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6326.1. Confirmation des souches de Staphylococcus aureus . . . . . . . . . . . . . . 6336.2. Pré-identification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6366.3. Identification biochimique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6406.4. Identification automatisée avec VITEK® 2 bioMérieux® SA . . . . . . . . . 648

Chapitre 14

Streptococcus et Enterococcus(Bactéries à Gram +)

1. Classifications des streptocoques et des entérocoques . . . . . . . . . . . . . . . . 6511.1. Classification phylogénique des streptocoques . . . . . . . . . . . . . . . . . . .6511.2. Classification phylogénique des entérocoques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6511.3. Classification sérologique de Lancefield . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 652

2. Habitats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6522.1. Habitat des streptocoques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .6522.2. Habitat des entérocoques. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 652

3. Espèces de streptocoques et d’entérocoques. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6533.1. Streptocoques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6533.2. Entérocoques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 655

Table des matières XXV

3.3. Streptocoques du groupe D . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6563.4. Pouvoir pathogène . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 656

4. Surveillance des streptocoques du groupe D . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6584.1. Dans les eaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6584.2. Dans les aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 658

5. Caractères principaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6596. Protocoles de recherche et de dénombrement des streptocoques

et des entérocoques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6616.1. Isolement de streptocoques à partir de prélèvements biologiques . . .6616.2. Protocole de recherche et de dénombrement des entérocoques dans les eaux et dans les aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 662

7. Identification des streptocoques et des entérocoques . . . . . . . . . . . . . . . . 6717.1. Milieux de confirmation et d’identification pour entérocoques . . . . . .6717.2. Identification sur galeries API bioMérieux® SA. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 675

Chapitre 15

Vibrio(Bactéries à Gram –)

1. Classification phylogénique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6832. Habitats et espèces de Vibrio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 683

2.1. Vibrions cholériques des eaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6842.2. Vibrions halophiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6852.3. Vibrions « VNC » . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 689

3. Surveillance et épidémiologie des Vibrio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6893.1. Surveillance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6893.2. Épidémiologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 700

4. Caractères principaux des Vibrio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7035. Recherche des Vibrio potentiellement entéropathogènes dans les eaux . 704

5.1. Méthodes normalisées et méthode réglementaire . . . . . . . . . . . . . . . .7045.2. Milieux de culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7055.3. Recherche de Vibrio parahaemolyticus (d’après la circulaire du 28 avril 1988) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7125.4. Recherche des Vibrio potentiellement pathogènes . . . . . . . . . . . . . . . 713

6. Identification des Vibrio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7156.1. Galeries API bioMérieux® SA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7156.2. Détection et identification de Vibrio potentiellement pathogènes par les méthodes de la biologie moléculaire. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7176.3. Identification automatisée avec VITEK® 2 bioMérieux® SA . . . . . . . . . 718

Annexes

Annexe 1 – Lexique de microbiologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 721Annexe 2 – Notions sur les antibiotiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 725Annexe 3 – Liste des agents biologiques pathogènes . . . . . . . . . . . . . . . . . . 729Annexe 4 – Milieux de culture utilisés en pharmacopée européenne . . . . . . 733

XXVI Pratique en microbiologie de laboratoire

Annexe 5 – Microbiologie des cosmétiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 735Annexe 6 – Quelques adresses de sociétés commercialisant du matériel

de microbiologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 739

Bibliographie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 741

Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 757

▬ Chapitre 5 ▬

Clostridium(Bactéries à Gram +)

1. Classification phylogénique

Pour cette classification, voir chapitre 1, tableau 6. – Domaine : Bacteria ou Eubacteria. – Phylum XIII : Firmicutes ou bactéries à Gram +, G + C % faible. – Classe II : Clostridia. – Ordre I : Clostridiales. – Familles : 19 familles dont la famille I des Clostridiaceae. – Dans la famille des Clostridiaceae : 13 genres dont le genre Clostridium.

2. Espèces principales et habitats

Les Clostridia, bactéries anaérobies sporulées comprennent plus de 150 espèces (Bergey’s manual, 2004). Elles peuvent être des espèces saprophytes non pathogènes pour l’homme, des espèces saprophytes pouvant être pathogènes occasionnelles ou des espèces toxinogènes très pathogènes pour l’homme ou pour des animaux (voir annexe 1).

Les espèces principales sont présentées en considérant leur habitat naturel, leurs caractères particuliers, leur pouvoir pathogène ou leur intérêt.

2.1. Groupes physiologiques

Les Clostridia peuvent être classées en quatre groupes physiologiques qui interviennent dans de nombreuses fermentations industrielles. Ils comportent (Larpent, 2000) :

200 Pratique en microbiologie de laboratoire

– plus de 60 espèces saccharolytiques dont Clostridium botulinum E, Cl. dif-ficile, Cl. fallax, Cl. novyi A, Cl. septicum, Cl. thermobutyricum, Cl. ther-mocellum, Cl. thermolacticum... ;

– des espèces protéolytiques dont Clostridium histolyticum, Cl. tetani... ; – des espèces protéolytiques et saccharolytiques dont Clostridium bifermen-tans, Clostridium botulinum A, B, C, D et F, Cl. novyi B et C, Cl. perfrin-gens, Cl. sordellii, Cl. sporogenes... ;

– des espèces spécialisées.Parmi ces espèces, certaines sont pathogènes pour l’homme ou pour les ani-

maux, d’autres forment le groupe des Clostridia sulfitoréducteurs (voir para-graphe 2.3).

Toutes ces espèces sont classées dans la famille des Clostridiaceae de la classification phylogénétique (Bergey’s manual, 2004).

2.2. Espèces pathogènes

Les Clostridia sont des bactéries anaérobies strictes de la flore exogène, d’origine tellurique, conservant toute leur vitalité dans les sols grâce à leurs spores résistantes ; certaines espèces sont parfois commensales de l’intestin de l’homme et des animaux. Des espèces produisant des toxines sont des bactéries pathogènes spécifiques (BPS) engendrant des maladies spécifiques redoutables pour l’homme et pour les animaux.

2.2.1. Clostridium botulinum

Clostridium botulinum, est une bactérie saprophyte des sols, des eaux et des sédiments aquatiques (eaux douces et marines), dont la spore thermorésis-tance peut transiter par le tube digestif des animaux (le porc est porteur sain de Cl. botulinum de type B). Par les matières fécales, la spore se retrouve dans les sols et des aliments tels que fruits et légumes pour l’homme ou fourrage pour les animaux, qui sont ainsi contaminés.

Les poissons peuvent aussi se contaminer au niveau de sédiments ainsi que les oiseaux au niveau de décharges de déchets terrestres ou de boues lacustres ; animaux, poissons et oiseaux pourront alors contracter le botulisme animal (voir paragraphe 3.2.1.2).

L’homme peut se contaminer en consommant des conserves ou des semi-conserves d’aliments, souvent d’origine artisanale ou familiale mal préparées ou mal stérilisées (jambon de porc, fruits et légumes, poissons). Dans certaines conditions physico-chimiques, la spore présente dans l’aliment peut produire un bacille qui va se multiplier et élaborer une exotoxine protéique très nocive (neurotoxine).

Clostridium 201

L’ingestion de la neurotoxine botulinique contenue dans un aliment conta-miné, provoquera chez l’Homme 24 à 48 heures plus tard, une intoxication ali-mentaire appelée botulisme ; elle s’exprimera par une neuroparalysie (vision trouble, difficultés de déglutition et de parole...).

En fait, Clostridium botulinum présente huit types toxinogènes désignés A à G, agents du botulisme humain ou animal :

– les types A, B (d’origine terrestre), E et F (d’origine aquatique) concernent l’homme ;

– les types C1 et C2 se rapportent aux oiseaux ; – le type D est relatif aux bovins et aux équidés ; – le type E, relatif aux poissons et produits dérivés, peut contaminer l’homme ; – le type G est responsable de mort subite chez le nourrisson.

☞ Pour plus d’informations sur le botulisme humain en France : voir Carlier et al., 2007, et paragraphe 3.2.1.1.

2.2.2. Clostridies des gangrènes gazeuses

Clostridium perfringens (voir paragraphe 2.2.3), seul ou associé aux espèces Cl. bifermentans, Cl. histolyticum, Cl. novyi (ex-Cl. œdematiens), Cl. septicum, est l’agent des gangrènes gazeuses. Cette appellation recouvre un état infec-tieux qui se traduit par une nécrose et une putréfaction des tissus du malade ; cette dégradation tissulaire, liée à l’activité enzymatique intense de ces bactéries libère beaucoup de gaz.

Toutes ces espèces de Clostridia sont présentes dans les sols sous leur forme sporulée résistante, mais elles se rencontrent également dans les eaux et les sédiments. À l’occasion de blessures profondes ayant été souillées avec de la terre (blessés de guerre, accidentés...), des bacilles ou des spores sont introduits dans la plaie ; dans certaines conditions (dont l’anaérobiose), les bacilles ou les spores après germination et production de bacilles pourront proliférer, élaborer leurs toxines qui iront exercer leur action néfaste dans l’organisme.

Ces Clostridia sont également des bactéries commensales du tube digestif de l’homme et des animaux, qui peuvent être à l’origine d’une gangrène gazeuse lors d’une contamination chirurgicale.

Des mesures prophylactiques adaptées (désinfection des plaies, antibiothéra-pie...) permettent de prévenir les gangrènes gazeuses.

2.2.3. Clostridium perfringens

Clostridium perfringens est un gros bacille à bouts carrés, capsulé et immo-bile, capable de sporuler. Il est :


– ubiquitaire (sols, eaux douces superficielles, vases, boues ; – également commensal des cavités naturelles de l’homme et de l’animal (voies respiratoires, intestin).

Cl. perfringens est une espèce pathogène pour l’homme et les animaux avec ses six types toxinogènes :

– les types A1 et C sont agents d’infections diverses chez l’Homme (gan-grènes gazeuses, septicémies...) ;

– le type A2 est responsable de toxi-infections alimentaires individuelles (Tia) ou collectives (Tiac) apparaissant 6 à 12 heures après l’ingestion d’aliments fortement contaminés (viandes mal cuites...) (voir paragraphe 3.2.2) ;

– les types B, D et E sont les agents d’infections chez les animaux (agneaux, moutons...).

Chaque type toxinogène produit une ou plusieurs toxines majeures létales, mineures ou non létales (Larpent et Larpent-Gourgaud, 1997).

2.2.4. Clostridium tetani

Clostridium tetani est un bacille à Gram +, à spore terminale déformante (« forme en épingle ») ; elle est ubiquitaire sous forme sporulée (sols, déjec-tions animales...), mais elle est aussi commensale du tube digestif des animaux (bovins, équidés...).

Lorsque qu’un individu présente une plaie cutanée (même bénigne) souillée par de la terre, des bacilles ou des spores sont introduits dans cette plaie. Si des conditions d’anaérobiose sont réunies, les bacilles ou les spores ayant germé en donnant des bacilles vont se multiplier dans la plaie ; puis, les bacilles vont produire des toxines (dont une exotoxine protéique), qui vont se disséminer dans la circulation générale. Après une période d’incubation de 4 à 21 jours, les symp-tômes du tétanos apparaîtront chez une personne non vaccinée (contractures, spasmes musculaires, convulsions...) (Antona, 2002).

☞ Pour plus d’informations : voir paragraphe 3.2.3.

2.2.5. Clostridium difficile

Clostridium difficile, contrairement aux espèces précédentes d’origine tellurique est une bactérie commensale de l’intestin des nouveau-nés et d’adultes porteurs sains. Elle produit deux toxines A et B qui la rendent pathogène ; elle est l’agent :

– de colites pseudo-membraneuses (CPM) des muqueuses du côlon et du rec-tum, consécutives à un traitement antibiotique, s’exprimant par des diar-rhées associées à d’autres signes cliniques ;

– de diarrhées post-antibiothérapie, moins sévères que les CPM.

Clostridium 203

Ce germe est la première cause de diarrhées nosocomiales de l’adulte (95 % des cas de CPM et 25 % des diarrhées post-antibiotiques) (Girault et al., 2004).

2.3. Clostridia sulfitoréducteurs

Ils regroupent des espèces de Clostridia telles que Cl. perfringens, Cl. bifer-mentans, Cl. sporogenes, Cl. novyi, Cl. fallax, Cl. septicum... Ils sont ainsi dénom-més car ils sont capables de réduire les sulfites (sulfite de sodium, par exemple) présents dans le milieu de culture en sulfures ; ceux-ci se combinent avec un sel de fer pour donner du sulfure de fer noir. Les colonies noires entourées d’un halo noir sont caractéristiques de bactéries sulfitoréductrices (ou anaérobies sul-fitoréducteurs), de Clostridium ou de Cl. perfringens après confirmation selon les conditions de recherche.

► SURVEILLANCE DANS LES ALIMENTS, LES EAUX ET LES PRODUITS PHARMACEUTIQUES

Voir paragraphe 3.1.

3. Surveillance et épidémiologie

Dans le chapitre 1, lire les paragraphes 5 et 6.

3.1. Surveillance

3.1.1. Dans les aliments

3.1.1.1. Historique

Dans certains aliments, ces espèces de Clostridium ont été jusqu’en 2005 des germes indicateurs de contamination fécale, conformément à la note de service DGAL/SDHA/N2001-8090 du 27 juin 2001 émanant de la Direction générale de l’alimentation (voir tableau 47).

Tableau 47. Recherche des anaérobies et des Clostridia sulfitoréducteurs dans certains types d’aliments.

Type d’aliment Anaérobies sulfitoréducteurs

Clostridia sulfitoréducteurs

Clostridium perfringens

Viandes prélevées en abattoirs Oui

Viandes de boucherie, gibiers, sang d’animaux..., graisses animales, produits transformés à base de viandes

Oui à 46 °C * Oui


Tableau 47. suite

Type d’aliment Anaérobies sulfitoréducteurs

Clostridia sulfitoréducteurs

Clostridium perfringens

Viandes de petits gibiers d’élevage, de ratites et de certains de leurs produits

Oui à 46 °C

Foie gras... pièces de découpes crues de volailles... Oui

Produits de la pêche (crustacés, poissons...) ; escargots et plats cuisinés

Oui à 46 °C

Pâtisseries et crèmes pâtissières Oui à 46 °C

Semi-conserves Oui à 46 °C

Gélatines Oui Oui

Hydrolysats de protéines Oui à 46 °C

Aliments lactés Oui à 46 °C Oui

Aliments diététiques Oui à 46 °C

Produits végétaux crus...1 Oui

Le « oui » utilisé dans ce tableau indique le type de recherche demandé pour cet aliment ; les normes microbiologiques exigibles pour ces germes sont données dans ce document.

1. N’apparaissent plus dans la note de service DGAL du 27 juin 2001.

3.1.1.2. Depuis le 1er janvier 2006

En fait, d’après le nouveau règlement (CE) n° 2073/2005 de la Commission des Communautés européennes du 15 novembre 2005 et son application fran-çaise au 1er janvier 2006, les anaérobies sulfitoréducteurs à 46 °C, les Clostridia sulfitoréducteurs et Clostridium perfringens n’entrent ni dans les critères de sécurité des denrées alimentaires, ni dans les critères d’hygiène des procédés (voir chapitre 1, paragraphe 5.1.2).

Le règlement (CE) n° 1441/2007 de la Commission du 5 décembre 2007 modifiant le règlement (CE) n° 2073/2005 concernant les critères microbiolo-giques applicables aux denrées alimentaires n’apporte aucun élément relatif à ces germes.

3.1.2. Dans les eaux

Dans les eaux, ces espèces de Clostridium sont des germes indicateurs de contamination fécale depuis plusieurs décennies (Delarras et Trébaol, 2003).

Cl. perfringens, espèce la plus spécifique parmi les Clostridium sulfitoré-ducteurs, germe ubiquiste est notamment considéré comme un indicateur de

Clostridium 205

malpropreté au niveau du réseau de distribution d’eau potable. D’ailleurs, dans la directive 98/83/CE du Conseil du 3 novembre 1998, le paramètre Clostridium perfringens fait partie des paramètres indicateurs microbiologiques de contrôle des eaux destinées à la consommation humaine. Mais, il n’a pas été repris dans le décret n° 2001-1220, où il a été remplacé par le paramètre général bactéries sulfitoréductrices (voir Delarras et al., 2010).

3.1.3. Dans les produits pharmaceutiques

La surveillance est réalisée conformément à la pharmacopée européenne.

3.2. Épidémiologie

3.2.1. Botulisme

Les bactéries anaérobies et les souches de Clostridium botulinum sont adres-sées au « CNR des bactéries anaérobies et botulisme », installé dans l’Unité des toxines et pathogénie bactérienne à l’Institut Pasteur de Paris.

3.2.1.1. Botulisme humain

► ANNÉE 1997 (AU CANADA)

Un aperçu pour l’année 1997 sur le botulisme au Canada (Austin et al., 1999) indique que 7 foyers de botulisme de type E (18 cas) ont été enregistrés dans le Relevé des maladies transmissibles au Canada (RMTC). Clostridium botulinum de type E a été retrouvé ou suspecté dans des aliments inuits fermentés tradi-tionnels (phoque igunaq, chair de béluga, graisse de caribou, saumon fumé...).

► ANNÉES 1998-2000 (EN FRANCE)

Une étude épidémiologique de Carlier et al. (2001) sur le botulisme en France entre 1998 et 2000 permet de mieux cerner le botulisme humain et animal.

Le nombre de foyers de botulisme humain a été de 14 (avec 16 cas) en 1998, de 19 foyers (avec 26 cas) en 1999 et de 12 foyers (14 cas) en 2000. Les foyers de botulisme avec analyses des aliments suspects ont révélé, dans certains cas, l’origine du botulisme :

– jambon séché de préparation familiale : botulisme de type B (5 foyers en 3 ans), le plus fréquent en France et en Europe, associé notamment à la consommation de charcuteries, de jambon non cuit ;

– soupe industrielle de poisson : botulisme de type A (1 foyer en 3 ans), asso-cié en général à des conserves de végétaux souillés par de la terre ;

– suspicion de boudin industriel : botulisme de type AB (1 foyer en 3 ans) ;


– suspicion d’une marinade de poisson de préparation familiale : botulisme de type E (2 foyers en 3 ans), associé dans les régions nordiques de l’hémisphère Nord (Alaska, Canada, Scandinavie, parties nord de l’Europe, de l’Asie et du Japon) aux poissons fumés ou fermentés et autres produits de la mer.

Même si le botulisme est une maladie rare en France, la surveillance s’im-pose au niveau alimentaire compte tenu de l’apparition des nouvelles générations de conservation des aliments, des échanges commerciaux avec d’autres pays...


Selon le rapport de Mazuet et al. (2011) sur le botulisme humain en France entre 2007 et 2009, 22 foyers de botulisme confirmé impliquant 45 personnes ont été identifiés et 2 foyers (2 cas) ont été cliniquement suspectés pendant cette période.

Le botulisme était en majorité de type B (31 cas) et plus rarement de type A (8 cas) ou E (3 cas). L’origine du botulisme était alimentaire dans 89 % des cas, parfaitement identifiée dans 7 foyers (jambon dans 4 foyers, terrine de sanglier, confiture familiale de potiron et produit industriel « enchilladas ») et fortement suspectée dans 2 autres (terrine de sanglier et poisson fumé sous vide).

« Bien que rare, le botulisme est toujours présent en France avec des formes inhabituelles et graves qui justifient le maintien de sa surveillance ».

► ANNÉE 2011

D’après les communiqués de presse émanant du ministère du Travail, de l’Emploi et de la Santé (DGS, DGCCRF...) des 6 et 7 septembre 2011, 2 foyers groupés de botulisme (représentant 8 cas au total) ont été identifiés dans les départements du Vaucluse et de la Somme. L’enquête conduite par les autorités sanitaires montra qu’une conserve de tapenade d’olive verte aux amandes pro-duite par l’établissement X (le nom de l’entreprise ainsi que les marques des produits distribués sont citées). Par ailleurs, les analyses réalisées sur d’autres conserves du même établissement ont également révélé la présence, soit du germe Clostridium botulinum, soit de la toxine botulinique.

En conséquence, les autorités sanitaires ont demandé à l’entreprise concernée de retirer de la vente toutes les conserves fabriquées dans son établissement. Par ailleurs, toutes les conserves déjà vendues devaient être rapportées par les consommateurs au lieu d’achat ou dans les DDPP.

► ANNÉE 2013

Selon le communiqué de presse du 22 février 2013 de la DGCCRF, un rappel de conserves fabriquées par une entreprise X des Bouches-du-Rhône, suscep-tibles de présenter un danger pour la santé des consommateurs a été lancé, suite à la détection de Clostridium botulinum. Le nom de l’entreprise ainsi que les marques des produits distribués sont citées (www.economie.gouv/dgccrf).

Clostridium 207

En effet, une enquête réalisée par la DGCCRF a mis en évidence la présence de cette bactérie dans des préparations de « tapenade noire », de « confiture d’olive noire », d’ « olivade à l’anchois », d’ « anchoïade », de « pistou rouge, de « tian de pois chiche », de « tartinad’ pois chiche », de « tian de fenouil ». Ces préparations présentaient un défaut de maîtrise du procédé de pasteurisation pouvant permettre le développement de Clostridium botulinum et la production de la toxine botulinique.

3.2.1.2. Botulisme animal


Le CNR a détecté pour la période 1998-2000 des foyers de botulisme animal chez des bovins, des oiseaux d’élevage, des oiseaux sauvages, des animaux tels que le chien, le sanglier, le chevreuil, le vison. Les types C et D sont les plus fréquemment rencontrés, et parfois le type E ; ainsi, au cours de l’hiver 1997-1998, dans le Pas de Calais, des mouettes ont contracté le botulisme de type E, après s’être nourries, semble-t-il, sur une décharge de déchets de poissonneries (Carlier et al., 2001).

Le Conseil supérieur d’hygiène publique de France (CSHPF, 2000) a rendu un avis relatif à la levée d’interdiction de la pêche de loisirs dans le lac de Créteil paru au Bulletin officiel de la DCCRF (n° 11 du 18 octobre 2000). Une interdic-tion avait été prise concernant la pêche dans ce lac, suite à la détection d’une mortalité anormale d’oiseaux victimes d’un botulisme de type C. Par ailleurs, des analyses avaient révélé la présence de spores et de toxines botuliniques de type B, D et E dans les poissons du lac. Les cas humains de botulisme à Cl. botulinum de type C sont très rares et n’ont jamais été rapportés à une ingestion de poisson (dix cas signalés dans la bibliographie depuis 1953 dont six seraient liés à une origine alimentaire).

3.2.2. Tiac à Clostridium perfringens

Les Clostridia sulfitoréducteurs dont Cl. perfringens faisaient partie des cri-tères microbiologiques applicables aux aliments et ils étaient donc recherchés par les professionnels de l’agroalimentaire et par les services de l’état compétent (voir tableau 47).

► ANNÉES 1996 À 2005

Il ressort des études épidémiologiques sur les toxi-infections alimentaires collectives (Tiac) en France en 1999 et 2000 (Haeghbaert et al., 2002) et en 2001 (Haeghbaert et al., 2002) que :

– 27 foyers (792 cas) de Tiac à Cl. perfringens ont été déclarés aux Ddass et DDSV en 1999 et 2000 ;

– 8 foyers (208 cas) de Tiac à Cl. perfringens ont été déclarés en 2001.


Pour les Tiac déclarés en 2001, les aliments responsables ou suspectés ont été des viandes (11 foyers), des produits de charcuterie (4), des volailles (6), des poissons et crustacés (1), des aliments d’origine non animale ou mixte (13), des aliments non retrouvés (12). Des plats et viandes en sauce ont été fréquemment incriminés pour ces Tiac à Cl. perfringens, observation déjà mentionnée dans l’étude épidémiologique 1999-2000.

Les foyers à Cl. perfringens confirmé ou suspecté se retrouvent dans tous les lieux de contamination habituellement rencontrés dans les Tiac (le milieu sco-laire, les restaurants d’entreprises, les institutions médico-sociales (hôpitaux, mai-sons de retraite, crèches, centres d’aide par le travail, maison d’accueil spécialisée (MAS), la restauration commerciale, les autres collectivités (centres de loisirs, prisons, banquets, casernes militaires), les foyers familiaux et des foyers diffus).

D’après le bilan effectué sur les Tiac en France entre 1996 et 2005 par Delmas et al. (2006), il apparaît que C. perfringens a été mis en cause dans 136 foyers (5,1 %) représentant 5 375 cas (16,2 %) ; de surcroît, ce germe est suspecté dans 383 foyers (18,5 %) regroupant 8 956 cas (28,8 %). Parmi les aliments incriminés et identifiés, figurent au premier les viandes et au dernier rang l’eau de boisson (2 foyers).

► ANNÉES 2006 À 2008

Selon le rapport de Delmas et al. (2010) sur les toxi-infections alimentaires collectives en France entre 2006 et 2008 :

– 58 foyers confirmés à Clostridium perfringens, soit 7 % des foyers de Tiac, ont été déclarés aux Ddass ou DDSV ; ils représentent 1 540 cas, soit 16,7 % (0 décès) des cas de Tiac ;

– 107 foyers suspectés à Clostridium perfringens, soit 9,2 % ont également été déclarés, regroupant 2143 cas (soit 17,7 %).

Il apparaît que la restauration collective est marquée par les foyers causés par Bacillus cereus ou Clostridium perfringens (23 % des foyers sont survenus en restauration collective).

Dans la rubrique « Autres pathogènes », sont signalés 2 foyers regroupant 5 cas de Clostridium botulinum.

► TIAC À CLOSTRIDIUM PERFRINGENS LIÉES À LA CONSOMMATION DE COQUILLAGES MARINS

Voir chapitre 15, paragraphe 3.1.3.2.

3.2.3. Tétanos

► ANNÉES 1946 À 2001

Selon une étude épidémiologique effectuée sur le tétanos en France de 1946 à 2001 (Antona, 2002), il apparaît que le taux d’incidence de cette

Clostridium 209

maladie à déclaration obligatoire n° 20 (DO) est passé de moins de 10 cas par million d’habitants en 1946 à des valeurs de 0,49 et 0,44 en 2000 et 2001 respectivement.

► ANNÉES 2002 À 2004

D’après la dernière enquête effectuée (Antona, 2006), 67 cas de tétanos ont été déclarés entre 2002 et 2004, avec un taux d’incidence de 0,28, 0,50 et 0,33 par million d’habitants respectivement pour 2002, 2003 et 2004. Le tétanos concerne principalement des personnes âgées et plus souvent les femmes que les hommes.

► ANNÉES 2007 À 2009

D’après le rapport d’Antona (2008) sur « le tétanos en France en 2005-2007 », 41 cas de tétanos généralisé, les seuls cas à déclaration obligatoire (DO), ont été notifiés aux autorités sanitaires : 17 en 2005, 16 en 2006 et 8 en 2007, avec un taux d’incidence des cas déclarés respectivement de 0,28, 0,26 et 0,13 par million d’habitants.

Selon l’auteur du rapport, tous ces cas et ces décès (13, soit 32 % des cas) auraient pu être évités par une meilleure application de la politique des rappels antitétaniques et, en cas de plaie, par la vaccination et l’admi-nistration d’immunoglobulines spécifiques humaines selon le protocole recommandé.

Ce sont les blessures qui ont constituées la porte d’entrée du bacille dans 68 % des cas et les plaies chroniques dans 10 % des cas ; pour les 22 % des cas restants, la porte d’entrée est passée inaperçue.

► ANNÉES 2008 À 2011

D’après le rapport d’Antona (2012) sur « le tétanos en France entre 2008 et 2011 », 36 cas de tétanos généralisé ont été déclarés par les médecins aux ARS avec une létalité de 31 % (11 des cas).

Les cas de tétanos concernent principalement des personnes âgées (86 % ont 70 ans ou plus) et des femmes (75 %). Toutes ces personnes étaient non ou mal vaccinées. Les conseils donnés par l’auteur du rapport sont les mêmes que ceux donnés dans le rapport précédent.

4. Caractères principaux des Clostridia

Les caractères principaux, les milieux de culture et l’identification biochi-mique présentés dans le tableau 48, se rapportent principalement aux espèces de la famille des Clostridiaceae (Bergey’s manual, 2004).

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