Qu’est-ce que - Julie SchollerPRÉSENTATION GÉNÉRALE DE R Julie Scholler - Bureau B246 septembre2018 I. Présentation Qu’est-ce que ? • langageorientéversletraitementdedonnéesetl’analyse

PRÉSENTATION GÉNÉRALE DE R

Julie Scholler - Bureau B246

septembre 2018

I. Présentation

Qu’est-ce que ?• langage orienté vers le traitement de données et l’analyse

statistique• logiciel libre publié sous licence GNU GPL

https://www.gnu.org/licenses/gpl.html

I. Présentation

Usages

Les outils les plus courants permettent de réaliser des analysesstatistiques telles que

• statistiques descriptives : moyenne, médiane, variance, etc• tests d’hypothèses et intervalles de confiance• régressions linéaires• analyse factorielle• machine learning

et bien sûr• des graphiques

I. Présentation

Pourquoi utiliser R ?

Avantages

• multiplateforme (Linux, Mac oS X, Windows)• gratuit• très puissant car les fonctionnalités de base peuvent être

étendues à l’aide d’extensions (plus de 10 000)• possibilités de manipulation de données supérieures à un tableur• bonnes capacités graphiques et nombreuses possibilités d’export• les méthodes statistiques récentes sont rapidement disponibles

• communauté d’utilisateurs et de développeurs très active etréactive

• beaucoup d’aide, d’informations et de forum à ce propos sur leweb

I. Présentation

Inconvénients• logiciel et documentation de base en anglais (mais de plus en

plus de ressources en ligne en français)• R s’apparente davantage à un langage de programmation qu’à

un logiciel proprement dit

II. Installation

Logiciel R

http://www.r-project.org/

• rubrique Download, cliquer sur CRAN• choisir un site miroir en France• choisir la version en fonction de votre système d’exploitation

(pour Linux, il y a de fortes chances que R soit directementdisponible via le gestionnaire de paquets)


II. Installation

Logiciel R




II. Installation

Logiciel R






II. Installation

Interface RStudio

https://www.rstudio.com/

• cliquer sur Download RStudio dans le caroussel• choisir la version free de RStudio Desktop• choisir la version en fonction de votre système d’exploitation

(pour Linux, il y a des chances que RStudio soit directementdisponible via le gestionnaire de paquets)

II. Installation

Interface RStudio






II. Installation

Interface RStudio




III. RStudio

À l’ouverture de Rstudio, la fenêtre se partage ainsi :

ConsoleConsole Aide, fenêtre graphique, fichiers, packages

Scripts Données, historique


III. RStudio


Console

Console Aide, fenêtre graphique, fichiers, packages


III. RStudio


ConsoleConsole

Aide, fenêtre graphique, fichiers, packages


III. RStudio



Scripts

Données, historique

III. RStudio



Scripts

Données, historique

III. RStudio


Console

Console

Aide, fenêtre graphique, fichiers, packages


IV. Premières manipulation

Début avec R

• R est une calculatrice

• création d’objet

• utilisation d’un script

• différents types d’objets


Mode d’un objet

Les principaux modes d’un objet de R sont• numeric (valeur numérique) : 1, pi, 3.1416• logical (booléen, valeur logique) : TRUE, FALSE, T, F• character (chaîne de caractères) : "blabla"

Commande autour du mode d’un objet• connaître le mode d’un objet x : mode(x)• tester l’appartenance d’un objet à un mode en particulier :

is.numeric(x), etc.• convertir un objet d’un mode à l’autre : as.character(x)


Structures de données

Vecteur• ensemble de valeurs toutes du même mode (numérique,

logique, etc.)

Matrice• tableau de valeurs toutes du même mode (numérique, logique,

etc.)

Facteur• vecteur adapté aux données qualitatives

Data frame• tableau dont les colonnes ont la même longueur mais les

colonnes peuvent être de modes différents

IMPORTATION, EXPORTATION DEDONNÉES ET DE GRAPHIQUES

Julie Scholler - Bureau B246

octobre 2018

I. Répertoire de travail

Connaître le répertoire de travail getwd()

Fixer le répertoire de travail setwd("nouveau-répertoire")

À la main

I. Répertoire de travail

Connaître le répertoire de travail getwd()

Fixer le répertoire de travail setwd("nouveau-répertoire")

À la main

II. Importation de données

• données extérieures sous forme de fichiers• formats : .txt., .csv, .xls, .xlsx, etc.

Pour les formats : txt et csv• read.table() ou read.csv() ou read.csv2()

Pour les formats : xls et xlsx• package xlsx• read.xlsx() ou read.xlsx2()


df <- read.table(file="fichierdedonnees.txt",header=FALSE, sep="",dec=".",row.names=-1,...)

• file : chemin vers le fichier (peut être une url)• header : si la première ligne contient les noms des variables• sep : caractère utilisé pour séparer les données• dec : séparateur décimal• row.names : valeur numérique spécifiant le numéro de la

colonne contenant les noms ou numéros d’individuss’il n’y en a pas row.names=-1


read.table(file, header=FALSE, sep="",dec=".")

read.csv(file, header=TRUE, sep=",",dec=".")

read.csv2(file, header=TRUE, sep=";",dec=",")


Formats Excel

Il faut d’abord avoir installer le package xlsx.

library("xlsx")

read.xlsx(file, sheetIndex, header=TRUE,...)

read.xlsx2(file, sheetIndex, header=TRUE,...)

• sheetIndex : nombre ou nom indiquant la feuille dudocument à importer

III. Exportation de données

write.table(x, file, sep = " ",dec = ".", row.names = TRUE, col.names = TRUE)

• x : objet R à écrire dans le fichier• file : chemin du fichier à créer• sep et dec : séparateurs de données et séparateur décimal à

utiliser dans le fichier créer• row.names et col.names : si les noms de ligne et de colonnes

sont conservés ou non dans le fichier créé

III. Exportation de données

Autres commandes

write.csv(x, file, sep = ",", dec = ".",row.names = TRUE, col.names = TRUE)

write.csv2(x, file, sep = ";", dec = ",",row.names = TRUE, col.names = TRUE)

library("xlsx")write.xlsx(x, file, sheetName="Sheet1", col.names=TRUE,

row.names=TRUE, append=FALSE)write.xlsx2(x, file, sheetName="Sheet1",col.names=TRUE,

row.names=TRUE, append=FALSE)

• append : si on ajoute la feuille à un nouveau document ou sion crée un nouveau fichier

IV. Exportation de graphiques

Syntaxe de base

pdf(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.pdf")#code de construction du graphiquedev.off()

jpeg(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.jpg")#code de construction du graphiquedev.off()

png(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.png")#code de construction du graphiquedev.off()

IV. Exportation de graphiques

Options générales

• height, width : hauteur et largeur de l’image (en pouces pourles pdf, en pixel sinon)

• pointsize : taille de l’écriture sur les graphiques (par défaut12)

Pur les pdf

• paper : taille du document• family : famille d’écriture

Pour les jpeg

• quality : qualité de l’image/taux de compression (entre 1 et100, par défaut 75)

Documents

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