Rapport d Activités 2011 - Ifremer · Pathologie regroupant les agents du site de La Tremblade (Charente Maritime) et ceux du site de ... détaillée de cette production est disponible

Unité « Amélioration Génétique, Santé Animale et Environnement » Novembre 2012 - R.EXT.RBE/AGSAE

Rapport d’Activités 2011

De l’Unité «Amélioration Génétique, Santé Animale et Environnement »

AGSAE Rapport d’activités 2011 1

SOMMAIRE 1. Présentation de l’unité AGSAE 3

1.1. Mandat et positionnement thématique 3

1.2. Organisation 3

1.2. Gestion et vie de l’Unité 3

2. Faits marquants et indicateurs d’activité 2011 4 2.1. Gestion du personnel et vie de l’Unité AGSAE 4

2.2. Productions et indicateurs d’activités 4

3. Moyens et effectifs 5 3.1. Personnel Ifremer 5

3.1.1. Effectifs 5 3.1.2. Recrutements 2011 6 3.1.3. Mobilités (géographique, thématique) 6 3.1.4. Compte Epargne Temps et Congés sans Solde 6 3.1.5. Départs à la retraite - Autres 6

3.2. Formations reçues 6

3.3. Stagiaires et doctorants 8 3.3.1. Stagiaires 8 3.3.2. Doctorants 9

3.4. Personnels titulaires d’un contrat à durée déterminée dont post-doctorants Ifremer et intérimaires 10

3.5. Chercheurs français et étrangers accueillis au LGP 10

3.6. Activités de la station de Bouin pendant l’année 2011 11

4. Résultats 2011 12 4.1. Programme : Approche écosystémique de l‘halieutique 12

4.1.1. Processus individuels et adaptation des organismes marins à l’environnement - ANR HI-FLO 12

4.2. Programme : Aquaculture durable 14 4.2.1. Observatoire des performances conchylicoles - Biovigilance 14 4.2.2. Observatoire des performances conchylicoles - Réseau de pathologie des mollusques

Repamo 16 4.2.3. Surmortalité, Santé et Génétique - Laboratoire National de référence (LNR) pour les

maladies des mollusques 18 4.2.4. Surmortalité, Santé et Génétique - Importation d’huîtres du Japon 21 4.2.5. Surmortalité, Santé et Génétique - Laboratoire de Référence de l’Union Européenne

pour les maladies des mollusques (LRUE-EURL) 22 4.2.6. Surmortalité, Santé et Génétique - BIVALIFE 26 4.2.7. Surmortalité, Santé et Génétique - Repeuplement orienté 31 4.2.8. Surmortalité, Santé et Génétique – Diversification : SEAFARE 33 4.2.9. Domestication et Sélection - Génomique de la gamétogenèse chez l’huître creuse

Crassostrea gigas (GAMETOGENES) 35 4.2.10. Domestication et sélection - AQUAGENET 37 4.2.11. Domestication et Sélection - GigADN 39


4.2.12. Domestication et Sélection - Amélioration via la modification de la ploïdie 40 4.2.13. CPER Poitou-Charentes - VARGENET 44

5. Productions 2011 de l’Unité AGSAE 45


1. Présentation de l’Unité

1.1. Mandat et positionnement thématique Les objectifs spécifiques de l’Unité AGSAE sont centrés sur la valorisation de compétences et l'acquisition de connaissances dans les domaines de l'amélioration génétique, du contrôle des performances et de la santé des mollusques marins. L’Unité par les compétences qu’elle intègre tout particulièrement en génétique et pathologie joue un rôle dans le développement de la filière conchylicole.

1.2. Organisation En début d’année 2011, l’Unité ne comportait qu’une seule entité, le Laboratoire de Génétique et Pathologie regroupant les agents du site de La Tremblade (Charente Maritime) et ceux du site de Bouin (Vendée).

1.2. Gestion et vie de l’Unité

Les objectifs définis pour l’année 2011 étaient

- de définir les besoins de l’Unité en termes de demandes de poste, - de gérer les mobilités géographiques et thématiques, - de préparer l’EPRD de l’Unité pour 2012, - de préparer et de réaliser les entretiens individuels d’appréciation, - d’organiser et de gérer les accueils de stagiaires et de chercheurs, - de recueillir et d’arbitrer les demandes de formation, - de préparer le rapport d’activité de l’Unité pour l’année 2010, - d’entretenir les sites Web intra et internet de l’Unité.


2. Faits marquants et indicateurs d’activité 2011

2.1. Gestion du personnel et vie de l’Unité AGSAE Les recrutements et les mobilités portent les effectifs permanents du LGP à 39 personnes en décembre 2011.

2.3. Productions et indicateurs d’activités Les agents de l’Unité ont en particulier produit ou réalisé en 2011 :

− des publications dans des revues à comité de lecture, − des communications orales ou posters à des colloques nationaux et internationaux, − des avis et expertises, conformément aux missions du Laboratoire National de Référence

(LNR) pour les maladies des mollusques marins et du Laboratoire de Référence de l’Union Européen (LRUE).

Le détail des indicateurs de productivité pour l’Unité est donné dans le tableau ci-dessous. La liste détaillée de cette production est disponible au chapitre 6 de ce rapport.

Productions et indicateurs d’activités Unité AGSAE 2011

LGP La

Tremblade

LGP Bouin Total

Production scientifique et technologique Publications parues dans des revues AVEC comité de lecture 20 4 24 Publications parues dans des revues SANS comité de lecture 0 0 0 Publications dans d’autres revues et dans les ouvrages scientifiques et technologiques 2 0 2

Thèses et HDR obtenues par des agents d’Ifremer 0 0 0 Thèses encadrées et soutenues par l’Ifremer 1 1 2 Rapports intermédiaires de contrats 1 0 1 Rapports finaux, dont ceux de la Communauté européenne 26 0 26 Autres types de rapports 0 0 0 Mémoires d’étudiants (DEA, ISPA, IUT, Maîtrises) 8 0 8 Avis et expertises ayant donné lieu à un rapport écrit … 77 0 77 Notes Régions, Groupes de réflexion Ifremer ou Autres 2 0 2 Missions à l’étranger/Groupes de travail Articles de vulgarisation et interventions dans les médias 5 1 6 Revues d’articles scientifiques (reviewer) 2 0 2 Communications dans des colloques et des groupes de travail 58 3 61 Exposés dans des réunions professionnelles 1 0 1 Documents de travail de laboratoire 0 0 0 Organisation de colloques et de groupes de travail 2 0 2 Plaquette, médias, site web… 1 0 1


3. Moyens et effectifs 3.1. Personnel Ifremer

L’Unité AGSAE était composée de 39 agents permanents (16 cadres et 23 non cadres) en décembre 2011.

3.1.1. Effectifs Décembre 2011

RENAULT Tristan - Responsable de l’Unité (La Tremblade)

Laboratoire Génétique et Pathologie :

Site de BOUIN (1C et 6 NC) DUPUY Béatrice (NC) HAURE Joël (C) Chef de station NOURRY Max (NC) PALVADEAU Hubert (NC) PAPIN Mathias (NC) PENISSON Christian (NC) RIOU Karen (NC)

Site de LA TREMBLADE (14C et 17 NC) ALBERT-RIVET Florence (NC) ARZUL Isabelle (C) BENABDELMOUNA Abdellah (C) BETTO Véronique (NC) BILLY Jean Christophe (NC) BODIN Stéphane (NC) BRIZARD Raphaël (C) CHOLLET Bruno (NC) CORNETTE Florence (NC) DEGREMONT Lionel (C) DELSERT Claude(C) (affectation au CRBM, CNRS Montpellier) FAURY Nicole (NC) FRANCOIS Cyrille (C) GARCIA Céline (C) GRASSET Martine (NC) HAFFNER Philippe (NC) HATT Philipe (C) HEURTEBISE Serge (NC) JOLY Jean-Pierre (C) LAPÈGUE Sylvie (C) LEDU Christophe (NC) LUPO Coralie (C) MAUROUARD Elise (NC) OMNES Emmanuelle (NC) PEPIN Jean François (C) PHELIPOT Pascal (NC) RENAULT Tristan (C) Responsable LGP ROBERT Maeva (NC) SCHWERDTLE Pascal (NC) TOURBIEZ Delphine (NC) TRAVERS Marie-Agnès (C)


3.1.2. Recrutements 2011 - Marie-Agnès TRAVERS - Avril 2011 - Chercheur en santé des mollusques

- Coralie LUPO - Juillet 2011 - Epidémiologiste

3.1.3. Mobilités (géographique, thématique) Frédérique LE ROUX (C): affectée à l’unité PFOM / Station CNRS de Roscoff à l’issue de son expatriation aux USA

3.1.4. Compte épargne temps (CET) et congé sans solde (CSS) Cyrille FRANCOIS a bénéficié d’un CSS entre octobre 2010 et septembre 2011.

Stéphane BODIN est en CSS depuis septembre 2010 jusqu’en septembre 2012.

3.1.5. Départs à la retraite - Autres Départ à la retraite - Jérôme HUSSENOT (LGP Bouin)

Affectations dans des structures hors du Département - Claude DELSERT fait partie des effectifs du LGP et est affecté au CRBM (Montpellier)

3.2. Formations reçues

Nom Prénom Objet Durée (heures)

RIOU Karen La prise de notes et le compte-rendu 14

DUPUY Béatrice Eziweb Initiation 7.6

RIOU Karen Anglais intensif et TOEIC 32

HAURE Joël Anglais par téléphone 5

PALVADEAU Hubert Bases de l’hydraulique appliquée à l’irrigation 28

PAPIN Mathias Conduite d’autoclave 10.5

DUPUY Béatrice Conduite d’autoclave 10.5

Total 107.6


Nom Prénom Objet Durée (heures)

BENABDELMOUNA Abdellah Ethique et manipulation du vivant – Politique de recherche et innovation 5

CORNETTE Florence Ethique et manipulation du vivant – Politique de recherche et innovation 5

LEDU Christophe Ethique et manipulation du vivant – Politique de recherche et innovation 5

BETTO Véronique La prise de notes et le compte-rendu 14

CORNETTE Florence Rédiger des écrits efficaces 21

HATT Philippe Access Initiation 22.8

LUPO Coralie ARC GIS et Geostatistical analysis 21

JOLY Jean Pierre Eziweb perfectionnement 4

BETTO Véronique Eziweb perfectionnement 4

BRIZARD Raphaël LabView Core 1 21

OMNES Emmanuelle Anglais intensif et TOEIC 30

CORNETTE Florence Accompagnement VAE et Master Sciences de la Mer et du Littoral - 2011-2012 24

HEURTEBISE Serge Génétique et génomique : concept et application en élevage et sélection 21

LAPEGUE Sylvie Génomique et diversité des caractères à déterminisme complexe : Ecole de chercheurs 38

JOLY Jean-Pierre Journées Qualité Laboratoire, ISO 17025 7.6

OMNES Emmanuelle Métrologie : module général, étalonnage, incertitude et qualité des mesures issues d’un instrument

31.5

HAFFNER Philippe Procédures sanitaires en élevage conchylicole - Prophylaxie 7

BRIZARD Raphaël Procédures sanitaires en élevage conchylicole - Prophylaxie 7

DEGREMONT Lionel Procédures sanitaires en élevage conchylicole - Prophylaxie 7

MAUROUARD Elise Procédures sanitaires en élevage conchylicole - Prophylaxie 7

BENABDELMOUNA Abdellah Procédures sanitaires en élevage conchylicole - Prophylaxie 7

BILLY Jean-Christophe

Procédures sanitaires en élevage conchylicole - Prophylaxie 7

LEDU Christophe Procédures sanitaires en élevage conchylicole - Prophylaxie 7

PEPIN Jean-François Procédures sanitaires en élevage conchylicole - Prophylaxie 7

Total 330.9


3.3. Stagiaires et Doctorants

3.3.1. Stagiaires Le LGP sur ses deux implantations a accueilli des stagiaires de niveau DUT/BTS à Master/ingénieur, (10).

Tableau des stagiaires accueillis en 2011 au sein du LGP

Nom Prénom Dates séjour Responsable Diplôme Thème du stage Ecole,

Université

BERTRAND Claire

03–14/01/11 4/04-22/07/11 J-P. JOLY Licence Pro

Mise en place d'un projet tutoré puis Validation d'une méthode d'analyse en biologie moléculaire et métrologie associée.

Université La Rochelle

BONVARLET Florence 06-24/06/11 I. ARZUL 3ème année

Exigences réglementaires et recommandations concernant le traitement de l'esu en entrée et sortie d'écloserie conchylicoles.

ENVA

FASSOT Ferdinand

14/06-22/07/11 R. BRIZARD 1ère année

Découverte de l'activité du laboratoire et préparation de matériels portables de mesures physico-chimiques en eau de mer.

ENSE3

GALLERNE Cécile

03/01-17/06/11 S. LAPEGUE Master 2

Contribution à la détection de parties du génome impliquées dans l'activité fonctionnelle de réponse à une infection de Bonamia ostreae chez l'huître plate européenne Ostrea edulis


IBARA Dhéliat Jesca

21/02-19/08/11 I. ARZUL DU Bac +3

Contribution à l'étude de la distribution du parasite Bonamia ostreae dans son hôte Ostreae edulis par Real Time PCR

Université Dijon

MILLION Guillaume

23/05-02/09/11

A. BENABDEL

MOUNA 4ème année

Les anomalies génomiques induites par les impacts génotoxiques : caractérisation par cytométrie en flux et relation avec les performances biologiques (survie, croissance) des naissains de Crassostrea gigas.

ESITPA

MOREAU Pierrick

17/01-17/06/11 T. RENAULT Master 2

Etude des interactions entre l'huître creuse Crassostrea gigas et le virus OhHV-1 au travers de la caractérisation du polymorphisme viral

MNHN Paris

OSTA AMIGO Axel

18/04-13/07/11 JF. PEPIN Master 1

Etude de l'effet des UV sur l'infectiosité du virus OhHV-1 au travers d'essai en pathologie expérimentale

Université Bordeaux 1

TRANCART Suzanne

04/04-29/07/11

L. DEGREMONT

JF. PEPIN Licence Pro

Effet de la sélection pour l'amélioration de la survie au stade naissain chez Crassostrea gigas sur les performances de survie larvaire des descendants en présence d'OsHV-1


TURGIS Delphine

06/06-26/08/11

C. GARCIAB. CHOLLET BTS 1

Comparaison de l'efficacité de différentes techniques d'hybridation in situ pour la détection du parasite Marteilia refringens chez les huîtres plates et les moules

Lycée Jacques Bujault -

Melle


3.3.2. Doctorants

Doctorants accueillis en 2011 au sein du LGP

Laboratoire d'accueil

Directeur de Thèse Encadrant Ifremer NOM Prénom Financement Période Sujet de la thèse

LGP Bouin L.BARILLET

J.HAURE J.HUSSENOT

BUZIN Florence

Ifremer Région Pays de

Loire

01/11/2008 -

31/10/2011

Optimisation des conditions hydro-biologiques pour la conservation des

bivalves en milieu recyclé

LGP Bouin P.JAOUEN J.HAURE

CASTAING Jean-Baptiste

Ifremer Région Pays de

Loire

01/11/2008 –

30/09/2011

Procédés de traitement de l’eau de mer en conchyliculture pour la sauvegarde et le maintien de la qualité des mollusques bivalves

LGP La Tremblade S. LAPEGUE FLAHAUW

Emilie

Ifremer Région Poitou

Charentes

01/12/2009 -

30/11/2012

Caractérisation génétique de l’effort reproducteur des huîtres creuses dans

le cadre des mortalités estivales de juvéniles : approche QTLs.

LGP La Tremblade

S. LAPEGUE I. ARZUL

HARRANG Estelle


Charentes

01/11/2008 -

31/10/2011

Apport des informations moléculaires et cellulaires pour la connaissance et

l'amélioration de la résistance de l'huître plate à la bonamiose

LGP La Tremblade

T. RENAULT T. BURGEOT

MOREAU Pierrick


Charentes

01/10/2011 -

30/10/2014

Etude des effets des pesticides sur la sensibilité de l’huître creuse

Crassostrea gigas, au virus OsHV-1 (Ostreid herpesvirus) : mécanisme de

défense et développement de l’infection.

LGP La Tremblade

N. BOURGOUGNON

T. RENAULT

SEGARRA Amélie


Charentes

21/03/2011 -

30/04/2014

Expression de gènes viraux au cours de l’herpesvirus de l’huître, OsHV-1

chez Crassostrea gigas. Relation entre la séquence du variant µvar et

son phénotype de virulence.


3.4. Personnels titulaires d’un contrat à durée déterminée dont post-doctorants Ifremer et intérimaires

Le LGP a recruté sur contrats à durée déterminée 14 personnes qui ont utilisé ses moyens pour les travaux d’unités de recherche, dont 1 post-doctorante et 13 agents intérimaires.

CDD accueillis en 2011 au sein du LGP

Site d'accueil NOM-Prénom Durée (semaines) Type de du contrat

La Tremblade LUPO Coralie 28 Post Doc La Tremblade TCHALEU Gwénaelle 4 Surcroît La Tremblade BLEUZE Réginald 36 Remplacement (S. BODIN) La Tremblade GUICHARD Benjamin 39 Remplacement (C. François) La Tremblade COURALEAU Yann 17 Surcroît La Tremblade YONNEAU Caroline 30 Surcroît La Tremblade HAOND Christophe 15 Remplacement (C. GARCIA) La Tremblade OLLIER Simon 34 Surcroît La Tremblade ROUYER Laurent 39 Remplacement (P. Schwerdtle) La Tremblade BERTRAND Claire 16 Surcroît La Tremblade TRANCART Suzanne 22 Surcroît La Tremblade COURALEAU Yann 17 Surcroît La Tremblade CARLIER Margaux 12 Surcroît La Tremblade CASSONNE Anne-Laure 7 Surcroît

3.5. Chercheurs français ou étrangers accueillis au LGP Comme chaque année, des chercheurs d’autres organismes de recherche et d’universités, français ou étrangers ont été accueillis au LGP à La Tremblade, dans le cadre de collaborations

Nom – Prénom

Date du séjour Organisme Objet de l’accueil Responsable

de l’accueil BOYER Séverine

23/05/11 au 15/07/11

Université Montpellier Expérimentation centrée autour de l’étude de la transmission du parasite protozoaire Marteilla refringens aux moules par l’intermédiaire du copépode Paracartia grani.

ARZUL Isabelle


Nom – Prénom

Date du séjour

Organisme Pays Objet de l’accueil Responsable de l’accueil

DENBRI Hassina

07/06/11 au 31/08/11

Ministère de la Pêche et des Ressources Halieutiques

Algérie Acquisition des méthodes de production de mollusques bivalves et des cultures associées et de gestion technique de l’écloserie de mollusques.

BRIZARD Raphaël

EL GHARSALLI Refka

09/10/11 au 31/12/11

Institut National Agronomique

Tunisie Etude de la physiologie et l état de santé des huîtres Ostrea stentina sur les côtes tunisiennes et recherche de Marteilia refringens dans des espèces cohabitant avec O. stentina

ARZUL Isabelle

KODAD Smahane

06/09/11 au 20/09/11

Institut National de Recherche Halieutique

Maroc Formation aux techniques moléculaires de diagnostic du virus OsHV-1 et de bactéries du genre Vibrio infectant les bivalves

RENAULT Tristan

REZGUI Imen

01/09/11 au 31/10/11

Université de Bizerte

Tunisie Diagnostic et caractérisation du virus OsHV-1 chez différentes espèces de mollusques prélevées en Tunisie.

RENAULT Tristan

WEBB Steve 27/06/11 au 09/07/11

Cawthron Institute

Nouvelle Zélande

Etude de la diversité des herpès virus infectant les mollusques bivalves

RENAULT Tristan

3.6. Activités de la station Ifremer de Bouin pendant l’année 2011

Durant l’année 2011 la station Ifremer de Bouin a connu une activité atypique du fait de sa reconstruction pour répondre à de nouvelles missions de Plateforme Régionale d’Innovation (PRI). Cette plateforme a pour mission d’offrir des espaces pour les expérimentations dédiées à des objectifs de recherche concernant le domaine de la conchyliculture. Lors de la réalisation de ces travaux, le personnel a déménagé dans des locaux loués par la mairie de Bouin de décembre 2010 à janvier 2012. Une zone expérimentale de fortune a été mise en place pour terminer les dernières expérimentations de Florence Buzin et Jean Baptiste Castaing en dernière année de Thèse à Bouin, co-encadrés par Joël Haure. Des aménagements hydrauliques ont permis également de poursuivre l’activité de pré grossissement d’huîtres dans la continuité du soutien aux programmes développés par le LGP.


4. Résultats 2011

4.1. Programme : Approche écosystémique de l‘halieutique 4.1.1. Processus individuels et adaptation des organismes marins à l’environnement -

ANR HI-FLO

Responsable : S. LAPEGUE Rédactrice : S. LAPEGUE (LGP, La Tremblade)

Code action Code projet Code programme

A060515 PJ0605 PJ06

Contexte

Le projet ANR Hi-Flo (2009-2011) a pour but d’étudier les bases génétiques et l’histoire de la différenciation adaptative chez des espèces marines à fort flux génique. Pour cela, des scans génomiques de la différenciation sont réalisés sur cinq espèces marines à cycle bentho-pélagique, l’huître creuse Crassostrea gigas et l’huître plate Ostrea edulis, les moules du complexe d’espèce Mytilus edulis, le bivalve Macoma balthica et le gastéropode Crepidula fornicata. Afin d’appréhender l’aspect historique de la différenciation adaptative, nous étudions plusieurs échelles spatio-temporelles : (i) adaptation locale sensu stricto, (ii) adaptation pendant un processus d’invasion ou d’expansion, (iii) adaptation en populations spatialement subdivisées, (iv) adaptation après une sub-spéciation avérée. Pour aider à l’interprétation des résultats un travail théorique s’intéresse à l’effet de différentes formes de sélection sur le voisinage chromosomique neutre des locus sous sélection (modèles d’autostop génétique). Un second travail théorique s’intéresse à une hypothèse soulevée dans le projet Hi-Flo : les espèces sont souvent génétiquement sous-structurées par des incompatibilités endogènes responsables de barrières génétiques qui viennent coïncider secondairement avec des zones de changement environnemental. Pour cela, l’accumulation d’incompatibilités génétiques dans une population structurée et l’action conjointe de ces incompatibilités et de l’adaptation locale sont étudiées par une approche de modélisation (modèles de spéciation en population structurée). Le partenaire Ifremer est composé du LGP La Tremblade et du Laboratoire PE2M de Brest. Les autres partenaires sont l’ISEM de Montpellier (coordinateur), l’Université de La Rochelle et la Station Biologique de Roscoff.

Résultats 2011

Les résultats indiquent une différenciation entre certaines populations du Nord de l’Europe (en particulier au Danemark) et les autres. Cette différenciation apparaît principalement due à une baisse de diversité génétique dans le nord de l’Europe. En outre, certains marqueurs ont été détectés comme « outliers », c'est-à-dire se comportant de façon différente de l'ensemble des marqueurs neutres, indiquant potentiellement une trace de sélection, ou bien un impact de la démographie et de l’aquaculture, dans ce contexte particulier d’expansion en cours de réalisation.

Au vu des résultats précédents et afin de déterminer si des différences phénotypiques peuvent être observées entre des populations françaises et danoises, nous avons décidé d'étudier leurs descendants. Deux populations naturelles françaises d’huîtres creuses C. gigas, origine Ile de Ré et Seudre, et deux populations naturelles danoises, ont été produites en 2010. Elles ont subi des mortalités à cause de la tempête Xynthia au printemps 2010 puis sur estran lors de l’été 2010 mais de façon indifférenciée. Leur étude a donc été poursuivie avec une analyse transcriptomique et physiologique au printemps 2011, réalisée par nos collègues du PE2M de Brest et du LER de Languedoc-Roussillon.


Le LGP quant à lui a réalisé une analyse génétique avec des marqueurs microsatellites afin de déterminer la différenciation entre les populations étudiées.

Le projet a donné lieu à une réunion de coordination à La Rochelle les 6 et 7 octobre 2011. Par ailleurs, une demande de prolongation du projet jusqu’à la fin de l’année 2012 a été demandée et acceptée par l’ANR afin de pouvoir finaliser la valorisation de l’ensemble des actions de ce projet.

Conclusions et perspectives 2012

L’année 2012 permettra la finalisation des actions du projet et leur valorisation par des publications dans des revues scientifiques. Ce projet mettant en évidence des résultats intéressants et originaux sur l’impact potentiel de l’hybridation sur l’adaptation, le consortium a choisi de proposer un nouveau projet à l’ANR blanche à la fin de l’année 2011 intitulé « HYSEA : L’hybridation, un processus clé mais négligé de la dynamique de la biodiversité marine ».


4.2. Programme : Aquaculture durable

4.2.1. Observatoire des performances conchylicoles - Biovigilance

Responsable : A.BENABDELMOUNA Rédacteur : A.BENABDELMOUNA (LGP, La Tremblade)


A070102D PJ0701 PJ07

Contexte

La mise en place du Réseau Biovigilance résulte des recommandations formulées dans le cadre de l’expertise indépendante demandée par le Comité Scientifique du Ministère de l’Agriculture et de la Pêche concernant « l’effet d’un flux éventuel d’huîtres tétraploïdes dans les zones conchylicoles ». Au terme de ce travail de modélisation qui a constitué une pondération à priori du risque posé par l’échappement d’huîtres tétraploïdes, il avait alors été préconisé de réaliser une vérification à posteriori au travers d’« une biovigilance légère, avec mesure régulière (tous les deux ans) du taux d’huîtres tétraploïdes dans les bassins conchylicoles ».

Le Réseau biovigilance est plus particulièrement mis en œuvre au sein du Laboratoire de Génétique et Pathologie de La Tremblade (LGP, Ifremer). Ce réseau a pour objectif la surveillance de l’apparition et de l’évolution de naissains polyploïdes dans les zones de production d’huîtres creuses. En effet, dans le contexte de la coexistence au côté du compartiment diploïde (huîtres sauvages ou d’écloserie) d’un compartiment polyploïde (triploïdes d’élevage et tétraploïdes confinés dans les structures sécurisées du laboratoire LGP), ce réseau va fournir des informations sur l’apparition nouvelle d’huîtres polyploïdes « triploïdes ou tétraploïdes » dans les zones où un recrutement naturel de naissain se produit. Il s’agit ainsi de rester vigilant au risque éventuel d’apparition d’huîtres tétraploïdes et de leur reproduction non contrôlée dans le milieu.

Résultats 2011

Le nombre de sites analysés a été augmenté par rapport aux années précédentes pour atteindre 8 sites au lieu de 6. La méthodologie adoptée consiste à analyser en l’an (n) des échantillons représentatifs du naissain naturel capté en l’an (n-1). Le suivi de la ploïdie du naissain est réalisé par cytométrie en flux.

Les échantillons des naissains naturels captés en 2009 ont été prélevés en 2010, sur 8 sites, à raison de 4 sites dans le bassin de Marennes Oléron et 4 sites dans le bassin d’Arcachon. Dans chaque site, au minimum 150 naissains ont été analysés pour un total annuel analysé de 1379 naissains ce qui est largement supérieur aux recommandations initialement préconisées (300 animaux par bassin, 600 au total). Sur ces 1379 animaux analysés, un total de 1270 a fourni des données qui satisfont aux normes en vigueur pour les analyses cytométriques.

En se basant sur les ratios moyens de fluorescence standardisés caractéristiques des huîtres triploïdes (0,60) ou tétraploïdes (0,80), les données ne mettent pas en évidence la présence d’animaux polyploïdes, triploïdes et à fortiori tétraploïdes, parmi les animaux collectés au sein des deux bassins de captage naturel que sont Marennes Oléron et Arcachon. Par les analyses pratiquées sur plusieurs sites des bassins de production de naissain de Marennes Oléron et d’Arcachon il n’a pas pu être mis en évidence la présence de polyploïdes dans les naissains recrutés malgré un effort d’échantillonnage important et supérieur au minimum initialement défini.

Comme pour les années précédentes, la campagne biovigilance 2010 réalisée sur les naissains captés en 2009 a montré une prévalence variable, en fonction des sites et des bassins, à une baisse de la taille du génome (appelée aneuploïdie ADN) touchant les naissains sauvages captés. Il est important de


signaler que depuis le début du réseau biovigilance, l’aneuploïdie ADN détectée dans les deux bassins prospectés a toujours été du type hypodiploïde, c’est à dire obtenue suite à la perte, à partir d’un état initial diploïde de matériel génétique se traduisant par la baisse de la taille du génome (hypodiploïdie ADN). En effet, depuis le début des campagnes de suivi réalisées dans le cadre du réseau biovigilance, aucun naissain aneuploïde du type hypo ou hyper-triploïde (perte ou gain de chromosomes à un état triploïde) n’a été détecté, ni à Arcachon, ni à Marennes Oléron. Ceci implique que l’hypodiploïdie ADN observée jusqu’à nos jours dans les deux bassins de captage suivis dans notre réseau n’est pas liée à une reproduction des triploïdes, qui est pour rappel décrite uniquement dans le cadre d’essais de laboratoire et seule capable de produire des naissains hyper et hypotriploïdes.

Conclusions et perspectives 2012 Les résultats de suivi de ploïdie concluent à l’absence d’animaux polyploïdes parmi le naissain capté dans les deux bassins prospectés. Ils sont donc conformes aux prévisions en la matière. Par ailleurs, il apparaît pertinent d’approfondir le lien entre l’hypodiploïdie détectée dans les deux bassins de captage étudiés et l’impact toxique de facteurs environnementaux particuliers notamment via les précipitations printanières qui entraînent un lessivage des sols, en particulier agricoles pouvant induire un apport massif de produits toxiques tels les herbicides, fongicides et métaux lourds dont l’action génotoxique (aneugène et clastogène) est bien établie chez les invertébrés marins, en particulier les huîtres et les moules.

Une telle situation de prévalence accrue en naissains aneuploïdes peut être considérée comme un facteur contrôlant la qualité des naissains et notamment leur capacité de faire face aux stress biotiques et abiotiques impliqués dans les derniers épisodes de mortalité estivale touchant les naissains de C. gigas. Il apparaît par conséquent important d’accorder un soin particulier à l’estimation la plus précoce possible et à la caractérisation la plus fine possible de ce caractère « aneuploïdie » au sein des deux bassins principaux de captage qui sont, et de loin, à la base de la conchyliculture Française via la fourniture des trois quarts des naissains annuellement utilisés.


4.2.2. Observatoire des performances conchylicoles - Réseau de Pathologie des Mollusques REPAMO

Responsable : C. FRANCOIS Rédacteur : C. FRANCOIS (LGP, La Tremblade)


A070110 PJ0701 PG07

Contexte

Créé en 1992, le Repamo (réseau de pathologie des mollusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l’introduction et la propagation d’organismes pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l’évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l’Ifremer.

Résultats 2011

La surveillance assurée par le réseau vise en premier lieu les infections à déclaration obligatoire présentes en France (protocole I), la bonamiose à Bonamia ostreae chez l’huître plate Ostrea edulis et la marteiliose à Marteilia refringens chez l’huître plate Ostrea edulis et les moules Mytilus edulis et M. galloprovincialis. En accord avec l’autorité compétente, la Direction Générale de l’Alimentation DGAl), il a été décidé de suspendre cette surveillance en 2007. L’étude des cas des hausses de mortalités (protocole II) a été poursuivie avec 58 lots prélevés et analysés et 10 constats rédigés. Comme en 2008-2010, des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) ont été recensées dans l’ensemble des bassins de production principalement en période estivale (49 lots prélevés et analysés, 7 constats). Le naissain d’huîtres creuses (39/49 lots) a été principalement atteint avec des taux de mortalité calculés élevés. Aucun agent à déclaration obligatoire n’a été détecté dans les lots d’huîtres creuses analysés. Des agents viraux (herpèsvirus OsHV-1) et bactériens (bactéries du groupe de Vibrio splendidus et Vibrio aestuarianus) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2011 aussi bien chez les huîtres creuses prélevées chez les producteurs que sur les animaux de l’observatoire conchylicole Ifremer ; il est à noter que les analyses en biologie moléculaire pour la recherche de l’herpès virus OsHV-1 et des bactéries Vibrio aestuarianus et V. splendidus sur les échantillons d’huîtres creuses prélevés au cours des épisodes de mortalité 2011 ont été réalisés par la cellule analytique du Laboratoire de Génétiques et de Pathologie (LGP) et par des laboratoires d’analyses agréés, pour lesquels une session de transfert de méthodes diagnostiques et un essai inter-laboratoires ont été réalisées en 2009. Des hausses de mortalités ont également affecté des moules Mytilus edulis (4 lots) en filières dans l’Aber Benoît (29) [Zone d’Intervention Repamo 037] et en bouchots à Oye-Plage (62) [ZIR001]), des palourdes Ruditapes philippinarum (1 lot) d’un gisement à Cancale (35) [ZIR020], des coques communes Cerastoderma edule (1 lot) d’un gisement en baie de l’Authie (80) [ZIR007], des mactres coralline Mactra stultorum (1 lot) sur un gisement en Baie de Douarnenez (29) [ZIR040] et des flions tronqués Donax trunculus (2 lots) sur des gisements en Baie de Douarnenez (29) [ZIR040] et d’Audierne (29) [ZIR042]. L’agent Marteilia refringens a été détecté dans deux échantillons de moules prélevés dans l’Aber Benoît. Un agent du genre Mikrocytos a été décrit dans les échantillons de flions tronqués prélevés en Baie de Douarnenez et d’Audierne. La surveillance zoosanitaire des populations élevées et sauvages de mollusques (protocole III) a visé à mieux décrire le couple ‘flions tronqués Donax trunculus / Mikrocytos sp.’ en cherchant en particulier


à déterminer la période propice à la détection de cet agent infectieux. Les sites échantillonnés ont été les gisements en Baie de Douarnenez (29) [ZIR040], baie d’Audierne (29) [ZIR042] et sur l’Ile d’Oléron (17) [ZIR075]. Les tests diagnostiques sont en cours à la date de rédaction de ce document.


Depuis la création officielle de Repamo en 1992, le statut à l’égard des infections réglementées est déterminé à partir de sources d’informations disparates (protocole I, mais également protocole II dans le cas de détection lors de mortalité de mollusques, et protocole III également). Un bilan des résultats de la surveillance des infections réglementées depuis 20 années sera réalisé en janvier 2012, étape nécessaire avant de proposer une évolution du système de surveillance français des maladies des coquillages. Le protocole II sera poursuivi et complété par des études spécifiques visant (1) à optimiser les déclarations de mortalité par les conchyliculteurs et pêcheurs, (2) à proposer des zones d’intervention pour l’application de mesures de police sanitaire par les DDTM (Directions Départementales des Territoires et de la Mer). Le protocole III sera poursuivi également avec la recherche de Mikrocytos sp. chez les flions tronqués dans tous les gisements naturels recensés, à la période de détection déterminée en 2011.


4.2.3. Surmortalité, Santé et Génétique - Laboratoire National de référence (LNR)

Responsable : C.GARCIA Rédactrice : C.GARCIA (LGP, La Tremblade)


A070202A PJ0702 PJ07

Contexte

Le Laboratoire de Génétique et Pathologie (LGP) a été nommé officiellement Laboratoire National de Référence (LNR) pour les maladies des mollusques en France le 29 décembre 2009 ; il est également désigné comme LNR pour la France dans l’Union Européenne.

La désignation d'un LNR a pour objectif de contribuer à assurer un niveau élevé de qualité et d'uniformité des résultats analytiques, notamment par des mesures telles que l'application de méthodes d'analyses validées et la formation du personnel des laboratoires. Les principales missions des LNR sont définies dans le décret n°2006-7 du 4 janvier 2006 relatif aux laboratoires nationaux de référence, ainsi qu'à l'agrément et à la reconnaissance des laboratoires d'analyses dans le domaine de la santé publique vétérinaire et de la protection des végétaux et se définissent comme suit :

- Réalisation d’analyses officielles et confirmation de résultats d’analyses réalisées par des laboratoires agréés

- Répondre aux demandes d’expertises scientifique ou technique du ministère de l’Agriculture, des Pêches et de l’Aquaculture.

- Assurer une veille scientifique et technique dans son domaine de compétence. - Développer, optimiser et valider des méthodes et participer à leur normalisation. - Animer le réseau de laboratoires agréés ou reconnus (diffusion des méthodes officielles,

formation de personnel, organisation d’essais inter-laboratoires). - Coopérer avec le laboratoire communautaire européen de référence (LRUE-EURL) et

notamment participer aux essais inter-laboratoires organisés par le LCR. - Prévenir sans retard l’autorité compétente de la suspicion de la présence d’une maladie listée. - Apporter une aide active à l’identification des foyers d’une maladie à déclaration obligatoire. - Veiller à entretenir un dialogue régulier et ouvert avec l’autorité compétente nationale.

Le Laboratoire de Génétique et Pathologie (LGP) dispose d’une cellule analytique correspondant au laboratoire d’analyses en pathologie du LGP. Cette cellule effectue des analyses de routine concernant la détection des principaux organismes pathogènes de mollusques : (1) organismes réglementés (OIE et Commission Européenne), (2) autres organismes d’importance non listés par les instances internationales (OsHV-1 ; Vibrio…). Cette cellule assure les analyses du LNR, celles du Laboratoire de Référence de l’Union Européenne et pour partie celles du réseau Repamo. La cellule analytique est accréditée pour les analyses en histo-cytologie et son accréditation a été reconduite en 2011.

Résultats 2011

1 - Réalisation d’analyses officielles - Réponses aux demandes d’expertise scientifique ou technique

Le LNR a réalisé des analyses confirmatoires (séquençage et microscopie électronique) pour le compte du réseau Repamo. Ces analyses concernaient la caractérisation d’isolats de parasites du genre Bonamia et ceux de parasites du genre Mikrocytos. Les parasites du genre Bonamia ont été caractérisés comme appartenant à l’espèce Bonamia exitiosa. Ce parasite était déjà présent sur le site dont provenaient les échantillons. Concernant les parasites du genre Mikrocytos, le LNR a confirmé leur appartenance à ce genre mais ces parasites semblent différents des espèces déjà décrites. De plus, il est probable que deux espèces


parasitaires du genre Mikrocytos soient présentes chez les flions tronqués, Donax trunculus, car un isolat semble différent des autres isolats caractérisés. La caractérisation par hybridation in situ de parasite du genre Haplosporidium sp. a confirmé leur appartenance à l’espèce H. nelsoni, protozoaire déjà présent en France.

Le LNR réalise également toutes les analyses cytologiques ou histologiques demandées par le réseau Repamo ainsi que celles demandées par des professionnels privés du fait de l’absence de laboratoires officiels pour ce type d’analyses. Cela représente 1449 analyses en 2011.

2 - Développement, optimisation et validation des méthodes diagnostiques

Le LNR a participé au développement et à la validation de techniques diagnostiques. En 2011, il a participé à la validation de deux techniques analytiques mise au point par le LGP :

- une PCR en temps réel Taqman pour la détection du variant microvar du virus OsHV-1 - une PCR en temps réel Taqman pour la détection et le typage du parasite Marteilia

refringens

Le LNR a réalisé des travaux pour l’adoption de la PCR en temps réel détectant Nocardia crassostreae et celle de la PCR conventionnelle détectant les parasites du genre Perkinsus. Il a également travaillé sur l’évaluation de différentes hybridations in situ pour la détection du parasite M. refringens. Cette évaluation n’est pas achevée et nécessitera d’autres analyses en 2012.

Le LNR a également mis en place sur demande de la DGAL une étude inter-laboratoire visant à valider une méthode alternative pour la recherche de l’herpèsvirus OsHV-1 chez l’huître creuse, Crassostrea gigas. Cette méthode a été développée par le Laboratoire Départemental Franck Duncombe (Martenot et al., 2010, Journal of Virological Methods). Elle est basée sur une amplification en temps réel par chimie Taqman et sur l’utilisation du couple d’amorces OsHV1BF/B4 ciblant un gène de la région B du virus OsHV-1 codant pour un potentiel inhibiteur d’apoptose. Comme la méthode de référence (adaptée de Pépin et al., 2008, Journal of Virological Methods), elle permet la détection de tous les variants connus à ce jour d’OsHV-1 mais ne permet pas de distinguer notamment OsHV-1 (GenBank # AY509253) d’OsHV-1 µvar (GenBank # HQ842610). L’objectif de la DGAL est d’officialiser cette méthode en tant que seconde méthode de référence.

Les échantillons utilisés dans le cadre de cette étude étaient ceux de l’essai interlaboratoire organisé en novembre 2011 et les analyses ont été effectuées sur la même période de l’essai interlaboratoire.

Un rapport sur cette étude sera fourni à la DGAl ainsi qu’aux laboratoires participant en février 2012.

3 - Animation du réseau de laboratoires agréés ou reconnus

Pour maintenir la compétence de ces réseaux, un essai inter-laboratoire (EIL) a été organisé en novembre 2011 par le LNR. L’objectif était d’évaluer l’aptitude des laboratoires agréés et reconnus par la Direction Générale de l’Alimentation (DGAl), à effectuer la recherche de l’herpèsvirus OsHV-1 et celle de la bactérie Vibrio aestuarianus chez l’huître creuse, Crassostrea gigas par PCR en temps réel. Le test comportait 30 échantillons de tissus d’huître creuse Crassostrea gigas. Ces échantillons correspondaient à des aliquotes de suspensions de tissus de manteau et de branchies fixés en éthanol absolu. L’EIL a été annoncé au réseau des laboratoires agréés et reconnus le 6 octobre 2011, les échantillons ont été envoyés aux participants le 14 novembre par Chronopost et les résultats devaient être rendus pour le 4 décembre 2011. 14 laboratoires ont participé à la CIL (dont le LNR). Les résultats de cet EIL ont fait l’objet d’un rapport transmis à la DGAl.

Le LNR a également fourni du matériel sur demande des laboratoires reconnus ou agréés. Ce matériel consistait principalement en la fourniture d’ADN du virus OSHV-1 ou des bactéries Vibrio aestuarianus et V. splendidus.

Le LNR a organisé le 29 septembre 2011 une réunion pour l’ensemble des laboratoires agréés et reconnus. Dix huit participants (hors Ifremer) étaient présents à cette réunion représentant 12 laboratoires. Cette réunion a fait l’objet d’un compte rendu envoyé aux différents participants et à la DGAl.


4 - Collaboration avec le Laboratoire de Référence de l’Union Européenne (LRUE)

En 2011, le LNR a participé à la réunion annuelle et au workshop organisés par le LRUE du 15 au 17 mars 2011 à La Rochelle et La Tremblade.

Le LNR a participé à l’essai inter-laboratoire organisé par le LRUE pour les maladies des mollusques en 2011. Cet EIL consistait à évaluer l’aptitude des laboratoires nationaux européens, à effectuer la recherche de l’herpèsvirus OsHV-1 chez l’huître creuse, Crassostrea gigas.

Il a également participé à deux EIL organisés dans le cadre d’un projet européen de recherche Bivalife. Le premier visait à évaluer l’aptitude des laboratoires participant à ce projet, à effectuer la recherche des bactéries V. aestuarianus et V. splendidus chez l’huître creuse, C. gigas. Le second EIL visait à évaluer l’aptitude des laboratoires participant à ce projet, à effectuer la recherche de la bactérie Nocardia crassostreae. Le LNR a obtenu des résultats satisfaisants.


Les missions du LNR restent inchangées et sont définies par la réglementation et l’Autorité Compétente.

Un effort important va être consacré dans les années à venir à l’amélioration du réseau de laboratoires agréés et reconnus (organisation de réunion, mise en place d’essais inter-laboratoires, formation, transfert de techniques...). Les laboratoires agréés et reconnus ont été nommés officiellement début 2011 (8 laboratoires agréés et 4 laboratoires reconnus en décembre 2011). Un essai inter-laboratoire sera organisé en 2012, puis selon les résultats obtenus, ces essais inter-laboratoires n’auront lieu que tous les deux ans.

En 2012, il est prévu le développement et la validation d’un contrôle interne pour les analyses réalisées en PCR en temps réel. La mise en place de ce contrôle fera l’objet d’un transfert vers les laboratoires agréés et reconnus s’ils le souhaitent.

Le LNR souhaite également adopter une technique visant à détecter l’herpèsvirus de l’ormeau. Cet agent réglementé n’est actuellement pas présent en France mais le LNR souhaiterait maîtriser la technique diagnostique au cas où des mortalités d’ormeaux seraient signalées en France.

Concernant le système qualité, l’objectif est de maintenir l’accréditation en histologie et de l’étendre aux autres activités du LNR. Un effort est réalisé pour la mise sous assurance qualité des techniques de biologie moléculaire utilisées en routine.


4.2.4. Surmortalité, Santé et Génétique - Importation d’huîtres du Japon

Responsable : T. RENAULT Rédactrice : T. RENAULT (LGP, La Tremblade)


A070212B PJ0702 PJ07

Contexte

Le LGP dans le cadre de ses missions de LNR avait été mandaté en octobre 2011 par la DGAl pour réaliser une expertise concernant l’introduction éventuelle de naissain d’huître creuse en provenance du Japon. Différents lots de naissain et d’adultes d’huîtres creuses Crassostrea gigas avaient été reçus en octobre et novembre 2010. Ils ont fait l’objet d’analyses en pathologie et en génétique fin 2010-début 2011.

Résultats 2011

Sur la base des analyses réalisées en génétique au LGP, il a été possible de conclure que les huîtres provenant du Japon (naissain et adultes) appartiennent à l’espèce Crassostrea gigas.

Concernant la recherche d’agents infectieux, aucun agent infectieux à déclaration obligatoire n’a été détecté en histologie dans le naissain et les huîtres adultes analysés. Aucun signal traduisant la présence de parasites appartenant au genre Mikrocytos n’a été observé également par PCR. Le naissain et les adultes analysés étant non matures, aucun gamète n’a été observé en histologie ; il n’est donc pas possible de conclure quant à la présence éventuelle du parasite Marteilioïdes chungmuensis.

La présence de parasites de type coccidies et de parasites apparentés au genre Haplosporidium est rapportée. Les parasites de type coccidies n’ont jamais été détectés à un niveau élevé en France chez l’huître creuse.

Des bactéries apparentées au genre Nocardia ont été observées. Ce type de bactérie n’a jamais été rapporté en France. Les bactéries V. aestuarianus et V. splendidus ont été détectées chez les huîtres en provenance du Japon.

Le virus OsHV-1 (OsHV-1 µVar ou génotype proche) a été détecté chez le naissain en provenance du Japon.

Les mortalités de naissain japonais observé lors de l’étude laissent suspecter que ce naissain est sensible au virus OsHV-1 sous sa forme µVar. Cette hypothèse semble confirmée par les résultats obtenus pour la détection d’ADN viral.

Les résultats ont été transmis à la DGAL sous forme de plusieurs rapports, dont un rapport final de l’étude en mars 2011.


4.2.5. Surmortalité, Santé et Génétique - Laboratoire de Référence de l’Union Européenne pour les maladies des mollusques (LRUE-EURL)

Responsable : I. ARZUL Rédacteur : I.ARZUL (LGP, La Tremblade)


A070202B PJ0702 PJ07

Contexte

Le laboratoire de Génétique et Pathologie Ifremer à La Tremblade est nommé Laboratoire Référence de l’Union Européenne (LRUE) pour les maladies des mollusques depuis décembre 1995. Les fonctions et devoirs du laboratoire de référence sont précisés dans l'annexe VI, Partie I de la Directive 2006/088/EC. Ces obligations couvrent plus particulièrement les agents pathogènes de l'annexe IV de cette même directive à savoir Bonamia ostreae, B. exitiosa, Marteilia refringens, Perkinsus marinus et Mikrocytos mackini.

Résultats 2011

Un rapport technique 2011 sur les activités du LRUE pour les maladies des mollusques a été rédigé. La plupart des informations reprises ci-dessous en sont extraites. Il est disponible sur le site du LRUE-EURL : www.eurl-mollusc.eu

� Accréditation du LRUE

L’audit initial de la Cellule Analytique dans le domaine de l'histopathologie a été réalisé par le Cofrac du 28 au 30 avril 2009. Suite à cet audit, le laboratoire LGP a obtenu l’accréditation, élément nécessaire pour être désigné Laboratoire Européen de Référence (voir l'annexe VI, Partie I de la Directive 2006/088/EC). L’accréditation a été renouvelée en 2010, puis en 2011 suite à l’audit des 6-7 octobre.

� Réunion annuelle et workshop

En 2011, le LRUE a organisé la 13ème réunion annuelle des laboratoires nationaux de référence pour les maladies des mollusques. Cette réunion s’est tenue à La Rochelle les 15 et 16 mars et a été suivie d’un workshop au LGP La Tremblade le 17 mars.

Une session était consacrée aux mortalités anormales de Crassostrea gigas et à OsHV-1 µvar, une autre session concernait la mise en œuvre de la Directive 2006/88/EC dans les différents Etats Membres. La récente détection de Marteilia refringens en Suède a motivé l’organisation d’une session dédiée à ce parasite protozoaire. Enfin, le workshop comportait deux sessions pratiques, la première concernait la détection et quantification d’OsHV-1 par PCR en temps réel et la deuxième session était consacrée à l’observation du parasite Perkinsus marinus en histologie.

Un rapport tenant compte des sujets abordés et des discussions tenues au cours de la réunion a été produit et distribué aux participants et à la Commission Européenne.

§ Maintien d'une collection de matériel de référence, distribution de matériel de référence

Une collection de matériel de référence existe depuis 1997. Cette collection comporte du matériel concernant les principaux agents pathogènes des mollusques rencontrés en Europe mais également à travers le monde. Cette collection est régulièrement enrichie de nouveaux matériels.


En 2011, le LCR a répondu à 15 demandes de matériel de référence. Ces demandes concernaient diverses espèces, divers agents pathogènes sous différentes formes (blocs histologiques, lames histologiques, tissus fixés en alcool, extraits d'ADN, suspension d’ADN plasmidiques).

§ Organisation de tests de compétence inter laboratoires

Une comparaison inter-laboratoire (CIL) a été organisée en 2011 par le Laboratoire de Référence Européen pour les maladies des mollusques. L’objectif était de tester la compétence des participants pour la détection de OsHV-1 dans des tissus d’huître creuse Crassostrea gigas par PCR en temps réel et de façon optionnelle de quantifier le virus. Le test comportait 24 échantillons de tissus correspondant à des aliquotes de suspensions de tissus fixés en éthanol absolu. Chaque animal était préalablement caractérisé vis-à-vis de l’infection à OsHV-1 en PCR en temps réel. Les résultats des analyses en PCR réalisées indépendamment sur deux jeux d’échantillons par deux analystes ont servi de résultats de référence pour l’analyse des résultats.

Quinze laboratoires ont participé à la CIL et ont obtenu de 54 à 100% de bonnes réponses avec une médiane de 96%.

La majorité des erreurs correspondait à la détection de virus dans des échantillons négatifs probablement du fait d’un seuil de détection fixé trop élevé.

§ Identification et caractérisation d'agents pathogènes

En 2011, le LRUE a été sollicité 12 fois pour une aide au diagnostic et à la caractérisation d'agents pathogènes. Dans trois cas il s'agissait de caractériser des parasites du genre Bonamia détectés chez l’huître plate Ostrea edulis. Dans trois cas il s’agissait de détecter et caractériser Marteilia refringens. Trois cas concernaient des parasites du genre Perkinsus dans le cadre de suspicion, confirmation ou caractérisation. Dans un cas, le LRUE a été sollicité pour rechercher et caractériser OsHV-1 dans des larves d’huîtres creuses C. gigas. Dans les autres cas il s’agissait de lecture ou double lecture de lames en histologie.

Le LRUE est par ailleurs impliqué dans des études concernant les agents parasitaires du genre Bonamia, Marteilia et Perkinsus.

Parasites du genre Bonamia : • Suite à la notification de Bonamia exitiosa en Espagne en 2007, un programme de travail a été

proposé par le LRUE avec le soutien de la Commission Européenne pour caractériser les parasites du genre Bonamia présents en Europe. Dans ce contexte, le LRUE a été amené à collaborer avec des collègues des différents LNRs, plus particulièrement ceux des pays concernés par la présence de parasite du genre Bonamia. Le parasite B. exitiosa a ainsi été détecté dans quatre Etats Membres : la France, l’Italie, l’Espagne et le Royaume Uni. Le LRUE a réalisé le séquençage des régions 18S et ITS1 sur des échantillons infectés par B. exitiosa provenant de différentes localisations afin d’apprécier leur variabilité. Les analyses sont en cours.

• Les parasites du genre Bonamia sont de petits protozoaires non cultivables. Les essais réalisés pour caractériser de nouvelles régions de leur génome sont donc confrontés à la difficulté d’obtenir des quantités suffisantes et propres de cellules parasitaires Jusqu’à présent, seuls la région des gènes des ARN ribosomaux et deux gènes codant l’actine ont été caractérisés. De nouveaux essais ont été développés récemment et ont permis d’identifier un gène codant une Heat Shock protein 90. Des travaux réalisés en 2011 ont permis de caractériser complètement ce gène ainsi qu’un gène codant l’actine chez B. exitiosa. Ces travaux sont en cours de valorisation.

• Les huîtres adultes sont considérées comme plus sensibles à l’infection à Bonamia ostreae que les jeunes stades (< 2 ans). Cependant, des données récentes suggèrent que des huîtres de 6 mois peuvent être infectées et peuvent présenter des mortalités en association à la présence du parasite . Aucune donnée n’était jusqu’alors disponible pour les larves. Nous avons profité d’un suivi de la reproduction de l’huître plate en Baie de Quiberon pour analyser des huîtres adultes incubant leurs larves. Les analyses en PCR et en hybridation in situ réalisées sur les


adultes et les pools de larves correspondant ont permis de démontrer l’infection des adultes mais également des plus jeunes stades. Les larves au cours de leur phase planctonique pourraient donc contribuer à la dispersion du parasite.

• Considérant l’intérêt potentiel de développer des animaux résistants à la bonamiose, des travaux ont été entrepris ces dernières années afin de mieux comprendre les interactions entre l’huître plate et le parasite Bonamia ostreae et plus particulièrement les mécanismes impliqués dans la résistance à la maladie. La réalisation de banques soustractives cDNA avait permis l’identification d’ESTs différentiellement exprimés chez des hémocytes en réponse à une infection. L’expression de certains gènes dont celui codant la galectine a par la suite été étudiée en PCR en temps réel in vitro puis in vivo chez des huîtres expérimentalement infectées. De plus, la réponse cellulaire de l’huître a également été étudiée par cytométrie en flux et l’infection contrôlée par microscopie. Les résultats obtenus ont montré une multiplication du parasite dans les hémocytes ainsi qu’une diminution des activités de type estérase et de la production des espèces oxygénées réactives chez les hémocytes infectés. Par ailleurs, une approche comparative a également été réalisée entre des huîtres sélectionnées pour leur résistance et des huîtres sauvages. Les résultats obtenus suggèrent que la modulation de l’apoptose ainsi qu’une diminution de la phagocytose pourraient être impliqués dans les mécanismes de résistance à la bonamiose. En 2011, des travaux ont été menés afin de préciser le rôle de la galectine dans la reconnaissance et l’internalisation du parasite dans les hémocytes.

Parasites du genre Marteilia : − En 2011, le RUE a poursuivi une étude initiée en 2010 sur la variabilité moléculaire de

Marteilia refringens à partir de différents isolats de différentes régions géographiques et infectant différents hôtes bivalves (moules et huîtres plates). Trois régions du génome du parasite ont été ciblées : gène codant l’ARNr de la petite sous unité ribosomale, l’ITS-1 et l’IGS. Plusieurs types de séquences ont ainsi pu être identifiés et certains types semblent préférentiellement associés à une espèce hôte ou une origine géographique. Cette étude doit être complétée par l’analyse d’autres échantillons.

− In 2011, le LRUE a également collaboré avec différents collègues pour caractériser Marteilia refringens. En effet, le parasite a été détecté au Royaume Uni chez des moules Mytilus edulis. Par ailleurs, des analyses de séquençage et de description en microscopie électronique à transmission ont été faites afin de caractériser le parasite M. refringens détecté en 2010 chez des huîtres naines O. stentina en Tunisie.

− Un essai de PCR Taqman duplex a été développé en 2010 afin de détecter et typer Marteilia refringens. Cet essai repose sur l’utilisation d’un seul couple d’amorces et de deux sondes, l’une ciblant M. refringens type O et l’autre le type M. Les performances de cet essai ont été testées à l’échelle des populations en 2011, ces travaux se poursuivent en 2012.

− Le LRUE a également poursuivi les travaux déjà engagés les années passées sur le cycle du parasite Marteilia refringens. Une étude sur la dynamique du parasite chez les huîtres plates, les moules et le zooplancton a été réalisée dans l’Etang de Diana, Corse, en 2007 et 2008. L’analyse des bivalves prélevés a permis de montrer l’absence du parasite dans les huîtres plates et la présence de M. refringens type M chez les moules analysées. La prévalence de l’infection chez les moules présente des fluctuations saisonnières et notamment un pic en août. Les prélèvements de zooplanctons ont été analysés par PCR, dans un premier temps par pool. L’obtention de résultats positifs dans certains pools nous a conduit à nous rapprocher de collègues du CNRS de Montpellier pour trier les espèces présentes dans ces pools positifs. Les individus triés ont été à nouveau testés en PCR et plusieurs espèces présentent des résultats positifs. En 2011, les analyses en hybridation in situ réalisées sur les espèces après tri ont permis d’observer un marquage spécifique chez une espèce de copépode : Paracartia latisetosa.

Parasites du genre Perkinsus : − Le genre Perkinsus rassemble de nombreuses espèces infectant plusieurs espèces de

mollusques marins à travers le monde. Deux espèces Perkinsus marinus et P. olseni sont à


déclaration obligatoire auprès de l’OIE en raison de leur impact sur l’aquaculture. Depuis 2008, le LRUE participe à la caractérisation moléculaire de parasites du genre Perkinsus dans différents sites de production de palourdes en France et dans le bassin méditerranéen. Les résultats obtenus mettent en évidence une large distribution de Perkinsus olseni mais également la présence inattendue de P. chesapeaki dans l’Etang de Leucate. Ce parasite n’a encore jamais été rapporté en Europe et pourrait avoir été introduit via des transferts de bivalves vivants depuis l’Amérique du Nord. Ces résultats ont été complétés en analysant des palourdes provenant d’une nouvelle région géographique, Bonne Anse en Charente Maritime. Les résultats ont montré la présence de Perkinsus chesapeaki également sur ce site.

§ Développement et validation d'outils diagnostiques De nombreux outils diagnostiques notamment moléculaires sont développés en général dans le cadre de travaux de recherche. Leur utilisation pour le diagnostic requiert une étape de validation et de standardisation. Le LRUE s'investit plus particulièrement dans la standardisation et la validation d'outils de détection de Bonamia ostreae, Marteilia refringens et Perkinsus olseni.

Au cours des dernières années, le LRUE a réalisé des études comparatives entre la PCR et la cytologie pour la détection de Bonamia ostreae et de Marteilia refringens. Ces études ont montré une meilleure sensibilité de la PCR par rapport à la cytologie pour la détection de Bonamia ostreae alors que l’inverse a été observé pour la détection de Marteilia refringens. En 2011 le LRUE a initié une étude comparative de différents essais d’hybridation in situ pour la détection de Marteilia refringens : le premier essai cible le gène codant l’ARNr 18S, le deuxième essai la région ITS-1 et le dernier essai la région IGS.

Outre ces efforts de comparaison et de validation de technique, le LRUE est impliqué dans le développement de nouveaux outils de détection d’organismes pathogènes à déclaration obligatoire. L’essai de PCR en temps réel développé en 2008-2009 pour la détection et quantification de B. ostreae a été utilisé en 2011 afin de comparer la fréquence de détection et la charge parasitaire de différents tissus. Les branchies, palpes labiaux et muscle adducteur apparaissent plus souvent positifs en PCR que la gonade, le manteau ou la glande digestive. De plus la charge parasitaire semble plus importante dans les palpes et moindre dans la glande digestive comparativement aux autres tissus testés.

Par ailleurs, considérant l’utilité d’un outil sensible et spécifique pour la détection d’OsHV-1 µvar, le LRUE a contribué au développement d’un essai de PCR en temps réel Taqman basé sur l’utilisation d’une sonde LNA (Locked Nucleix Acid). Cette technique a été optimisée et testée sur différents échantillons. De plus, un essai inter-laboratoire a été réalisé en 2012 avec quelques laboratoires européens intéressés. Les résultats montrent une bonne reproductibilité de la technique.


Le LRUE a répondu aux objectifs qu’il s’était fixé pour l’année 2011. Outre les tâches annuelles (organiser la réunion annuelle des LNRs, organiser des tests inter laboratoires, former les collègues au diagnostic, envoi de matériel de référence, soutien analytique et épidémiologique aux LNRs), le LRUE envisage de développer les travaux suivants en 2012 : − Organiser un test de compétence inter laboratoires pour la détection de certains agents pathogènes

à déclaration obligatoire par histologie et cytologie. − Optimiser la PCR Taqman duplex pour la détection et Marteilia refringens type M et O. − Développer un essai multiplex avec un contrôle interne pour détecter B. ostreae et M. refringens − Etudier le polymorphisme des parasites des genres Bonamia et Marteilia. − Initier à l’échelle européenne une étude comparative d’outils moléculaires pour la détection de

Bonamia spp. et Marteilia refringens.


4.2.6. Surmortalité, Santé et Génétique – U.E. KBBE BIVALIFE

Responsable : T. RENAULT Rédacteurs : T. REAULT et J-F.PEPIN (LGP, La Tremblade)


A070211E PJ0702 PJ07

Contexte

Bivalife est un projet financé par l’Union Européenne, de type ‘Collaborative project’ (small or medium-scale focused research project). Il a été soumis en janvier 2010 dans le cadre de l’appel à projets KBBE.2010.1.2-08 intitulé "Improving European mollusc aquaculture: disease detection and management" et publié en juillet 2009. Cet appel à projets avait pour objectif de répondre aux questions identifiées par la Commission Européenne concernant la durabilité des productions et la gestion des ressources biologiques dans les environnements aquatiques. Les termes de cet appel précisaient les objectifs et les attendus ciblant l’acquisition de connaissances pour les agents pathogènes infectant l’huître creuse et les moules et le développement de recommandations et de mesures de gestion afin de limiter l’impact de ces agents infectieux.

Le projet a commencé en février 2011 pour une durée de 36 mois. Le projet intègre 12 partenaires représentant 7 pays (Espagne, France, Irlande, Israël, Italie, Pays Bas et Royaume Uni) et sa coordination est assurée par l’Ifremer (coordinateur scientifique T. Renault). Les objectifs généraux de ce projet sont d’une part d’apporter des connaissances nouvelles concernant certains agents infectant les bivalves et d’autre part de développer des approches pratiques pour le contrôle des maladies causées par ces agents pathogènes. Il a été retenu de travailler sur trois espèces de bivalves (l’huître creuse, Crassostrea gigas et les deux espèces de moules, Mytilus edulis et M. galloprovincialis) et cinq agents infections principaux (Ostreid herpesvirus 1, Vibrio splendidus, V. harveyi, Marteilie refringens et Nocardia crassotreae).

Le projet est organisé en six work packages dont quatre sont dédiés à des travaux de recherche et de développement, le 1er à la gestion/direction et le 6ème à la valorisation/dissémination. Le WP2 est centré sur la détection et l’identification d’agents infectieux d’intérêt en utilisant des techniques communes dans les différents laboratoires impliqués. La persistance et la survie des agents pathogènes dans l’environnement sont étudiées dans le WP3. Le WP 4 a pour objectifs principaux de caractériser des facteurs de virulence pour les agents ciblés et d’explorer la réponse des bivalves hôtes vis à vis de ces agents. Enfin, des recommandations et des mesures de gestion doivent être proposées dans le cadre du WP5 afin de tenter de réduire l’impact des agents infectieux sur les productions d’huîtres et de moules.

Résultats 2011

WP2. Detection et identification des agents infectieux considérés comme important et facteurs de risqué associés

Le transfert et la validation de techniques moléculaires de diagnostic déjà existantes (PCR en temps réel) pour la détection du virus OsHV-1 et des bactéries Vibrio splendidus et V. aestuarianus ont été réalisés par le LGP. Ainsi, les participants ont pu les utiliser pour analyser les échantillons prélevés dans leur propre pays. Pour la validation de ces techniques, plusieurs essais de comparaison inter-laboratoires ont été menés sur la base de l’utilisation d’une collection de matériel de référence (échantillons positifs et négatifs) et de protocoles communs d’analyse.

Trois sites caractéristiques (détection ou absence d’épisodes de mortalité les années précédentes, présence d’huîtres creuses et de moules) ont été sélectionnés en France. Des huîtres et des moules ont


été collectées en 2011 et 2012 (avant, pendant et après mortalités) et ont fait l’objet d’analyses pour la recherche d’agents infectieux en histologie, en bactériologie classique et en utilisant des outils moléculaires spécifiques (OsHV-1, Vibrio splendidus et V. aestuarianus). Les taux de mortalité, les conditions d’environnement et des informations concernant les animaux ont été également relevés. Des prélèvements d’eau, de sédiment et d’espèces variées ont pu également être réalisés.

Des isolats bactériens obtenus à partir des échantillons collectés en 2011 ont fait l’objet d’un typage moléculaire. En particulier, pour ce typage, sur la base des informations génomiques disponibles pour les agents pathogènes considérés, des méthodes de MLVA (MultiLocus Variable Analysis) en utilisant des VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) ont été développées au LGp pour le groupe V. splendidus.

WP3. Mécanismes permettant aux agents infectieux de persister hors de l’hôte

Des critères et des méthodes pour mesurer la persistance des agents infectieux hors de l’hôte ont été définis et développés afin de pourvoir préciser le statut (vivant/mort) et/ou le pouvoir infectieux/statut infectieux des agents pathogènes.

Comme aucune lignée cellulaire n’est aujourd’hui disponible pour permettre la réplication du virus OsHV-1 in vitro, une approche pour mesurer le pouvoir infectieux du virus a été développée sur la base de la recherche et la détection d’ARNs viraux. En effet, la présence d’ARNs viraux dans un échantillon peut être un bon témoin d’une réplication virale active. Ainsi, deux familles bi-parentales d’huîtres creuses (produites dans le cadre du WP4 - Task 1) ont été sélectionnées sur la base de leur sensibilité contrastée à l’infection virale en conditions de laboratoire.

Après injection de matériel infectieux dans le muscle adducteur, la mortalité a été suivie et des prélèvements de fragments de manteau réalisés afin de rechercher par PCR en temps réel des ARN viraux à différents temps après injection. Trente neuf (39) gènes viraux ont été ciblés (sélectionnés sur la base d’homologies avec des protéines connues) et leurs transcrits recherchés. Des transcrits viraux ont ainsi pu être détectés uniquement chez les animaux infectés dès 12 heures après infection et certains des gènes ont montré des niveaux différents de transcrits en fonction du temps. La recherche de transcrits viraux par PCR en temps réel apparaît ainsi comme une approche d’intérêt pour compléter la détection d’ADN viral dans des échantillons collectés sur le terrain et de préciser le statut infectieux du virus.

WP4. Agents pathogènes d’intérêt : identification de facteurs de virulences intrinsèques et effets sur les mécanismes de défense de l’hôte

Des expériences d’infection expérimentales ont été conduites afin d’explorer la sensibilité des huîtres creuses et des moules aux agents infectieux et d’étudier les interactions entre agent pathogène et hôte. Des animaux ont été produits, en particulier des huîtres creuses, dans le cadre du projet afin de disposer de matériel biologique contrasté en matière de sensibilité aux maladies (animaux infectés versus animaux non infectés; animaux résistants versus animaux sensibles) et utilisés pour étudier les interactions entre agents infectieux et bivalves.

Il a été ainsi obtenu au LGP des familles d’animaux présentant des sensibilités différentes au virus OsVH-1 ainsi qu’à V. splendidus, V. aestuarianus et V. harveyi (Figs. 1 et 2).


Figure 1. Test de sensibilité de familles d’huîtres creuses au virus OsHV-1 (injection intra-musculaire)

Figure 2. Test de sensibilité de familles d’huîtres creuses à Vibrio aestuarianus (injection intra-musculaire)

moyenne taux de mortalité après injection IM de OsHV1

0

10

20

30

40

50

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80

90

100%

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1

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3

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5

Famille

7

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15

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23

Famille

24

Famille

25

Famille

34

Famille

39

Famille

43

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46

Famille

48

TR 68-69-70 – 05/10/2011 au 19/10/2011

mortalités cumulées à J5 suite à une injection IM deenv 5E4 V. aestuarianus / animal (DO 0.0005)

0

20

40

60

80

100%

Famille

1

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3

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5

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Famille

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21

Famille

22

Famille

23

Famille

24

Famille

25

Famille

34

Famille

39

Famille

43

Famille

44

Famille

46

Famille

48

TR 80 – 28/01/2012


L’expression de gènes de l’immunité a été étudiée chez des huîtres creuses infectées par le virus OsHV-1 et chez des huîtres non infectées. En particulier, des huîtres appartenant à deux familles produites dans le cadre du projet (WP4 - Task 1) et présentant des sensibilités à l’infection à OsHV-1 contrastées, ont été infectées et l’expression de 19 gènes de l’hôte liés à l’immunité a été analysée en PCR en temps réel à différents temps après injection du matériel infectieux. Il a pu ainsi être mis en évidence la sur-expression de certains gènes comme le gène codant pour le facteur MyD88 chez les animaux infectés en comparaison des animaux non-infectés (Fig. 3).

Figure 3. Suivi de l’expression du gène codant pour la protéine MyD88 par PCR en temps réel

WP5. Contrôle et éradication des agents pathogènes : développement de méthodes d’essais de terrain et de recommandations Du fait de l’absence de lignées de cellules permettant de produire le virus OsHV-1 in vitro, la méthode choisie pour suivre les effets des UV sur le virus a été de réaliser des essais en pathologie expérimentale (sur naissain et sur larves d’huîtres creuses) en suivant la mortalité et en recherchant l’ADN viral par PCR en temps réel.

L’objectif de cette étude était de caractériser les effets des radiations UV-C sur le pouvoir infectieux du virus OsHV-1 µVar à partir d’essais en infection expérimentale.

L’approche mise en œuvre à consister à utiliser une espèce hôte, l’huître creuse à deux stades de développement différents, larve ou naissain et un agent infectieux, l’herpès virus OsHV-1 µVar. Au travers d’essais en pathologie expérimentale nous avons déterminé les conditions qui permettent l’inactivation d’une suspension virale par le rayonnement UV. Les paramètres d’inactivations UV qui ont été modulés étaient l’énergie (mW/s/cm²) et le temps (s). L’inactivation du pouvoir infectieux par les UV a été estimée sur la base des mortalités induites sur les larves ou le naissain et sur le niveau des charges virales associées dans les tissus des animaux infectés. Les larves étaient infectées directement par l’eau contaminée par la suspension virale, ‘balnéation’ en présence du virus à des doses contrôlées. Le naissain était infecté par une injection intra-musculaire de suspension virale. Deux essais indépendants ont été réalisés soit sur des larves âgées de 10 jours, soit sur du naissain de moins de 8 mois.

Les résultats obtenus montrent qu’à partir d’une dose UV équivalente à environ 1,0 mW/s/cm² pendant environ 5", les mortalités ne sont plus observées pour les lots qui ont reçu une suspension traitée aux


UV alors que les lots non ‘traités’ présentent des niveaux de mortalité allant de 80 à 100%. L’inactivation par les UV-C paraît donc efficace pour limiter la virulence de l’infection à l’herpès et réduire fortement les mortalités qu’il peut engendrer.

Cette technique de réacteur UV est déjà en place dans les écloseries de mollusques et nos résultats confirment l’intérêt d’un tel traitement des eaux d’élevage dans des systèmes contrôlés (écloseries, nurseries). Cependant, nos essais n’ont pas fait intervenir le facteur turbidité de l’eau et d’autres agents pathogènes peuvent être rencontrés dans les élevages (ex :bactéries genre Vibrio) pour lesquels l’efficacité du traitement UV resterait à préciser.


Les travaux seront poursuivis dans les différentes parties et en particulier l’étude de l’inactivation des agents infectieux par les rayonnements UV en faisant varier le spectre UV émis. Ces essais seront menés avec du virus OsHV-1 µVar ainsi qu’avec différentes souches de vibrions pathogènes. L’effet de la turbidité sur l’efficacité des UV dans le protocole d’inactivation devra être évalué.


4.2.7. Surmortalité, Santé et Génétique - Repeuplement orienté

Responsable : P. BOUDRY Rédacteur : S. LAPEGUE (LGP, La Tremblade)


A070212D PJ0702 PJ07

Contexte

Cette action a pour objectif d’étudier la faisabilité d’un « repeuplement orienté » dans deux sites français de captage d’huître creuse (Crassostrea gigas). En effet, Si la sélection d’huîtres génétiquement plus résistantes est une voie à développer pour remédier aux mortalités élevées régulièrement constatées dans les parcs ostréicoles, l’interprofession conchylicole souhaite que le naissain de captage naturel demeure la principale source d’approvisionnement. L’implantation dans les populations naturelles de stocks présentant une meilleure survie, issus de sélection ou d’introduction d’une souche ‘exotique’ naturellement résistante, doit s’accompagner d’un suivi des résultats d’une telle opération de repeuplement orienté et d’actions éventuelles d’optimisation des lots implantés. Ce suivi a pour objectif d’apporter des éléments de réponse aux interrogations, d’une part, sur les risques de ‘pollution’ ou ‘d’appauvrissement’ génétique qui pourraient résulter de la diffusion à grande échelle de populations présentant une faible diversité génétique et, d’autre part, sur les doutes concernant la possibilité d’affecter significativement des populations de taille très importante dont les caractéristiques génétiques sont bien différentes de celles d’autres organismes terrestres ou aquatiques. Elle s’appuie notamment sur les données acquises au sein de l’action ‘Velyger’ au cours de ces 3 dernières années et sur le développement en cours de méthodes automatisées de génotypage (projet GigADN).

Différentes actions étaient prévues en 2011 afin de réaliser les objectifs suivants : 1. Optimisation des modèles hydrologiques des deux bassins choisis visant à définir les sites

optimaux de positionnement du stock de repeuplement (« source ») et des collecteurs de captage de naissain (« puit ») en fonction de la dispersion potentielle des larves.

2. Validation de ces modèles de dispersion larvaire par l’utilisation de données issues de bouées dérivantes (suivi Argos).

3. Estimation du nombre optimal de naissain amélioré à positionner dans les 2 sites choisis pour les phases suivantes du projet.

4. Test d’un panel de marqueurs microsatellites présentant des allèles fixés (ou en forte fréquence) dans une lignée sélectionnée par l’Ifremer, mais en faible fréquence dans des échantillons représentatifs des populations des deux sites pilotes.

Ce travail est réalisé en collaboration entre les laboratoires Ifremer-PE2M de Brest et LGP de La Tremblade.

Résultats 2011

Les analyses génétiques réalisées dans l’objectif 4, ont montré une forte diversité génétique au sein des sept stocks naturels échantillonnés. C’est une caractéristique fréquement observée chez cette espèce très polymorphe. Elle est comparable avec celle déjà observée dans d’autres études, européenne (HiFlo) ou régionale (Vargenet). La diversité génétique est beaucoup plus faible chez les familles issues de sélection génétique, par simple construction du matériel biologique. En effet, pour des familles biparentales, chaque parent portant 2 allèles par marqueur, certains allèles pouvant être identiques chez les deux parents, on s’attend au maximum à quatre allèles différents par marqueur dans la descendance : ceci est observé pour les familles biparentales et pour tous les marqueurs étudiés.


Cette forte différence de diversité génétique entre les stocks naturels et les familles issues de la sélection génétique entraîne la forte différenciation observée entre ces deux types d’échantillons. Elle nous permet donc d‘assigner les individus des familles avec beaucoup de confiance à leur échantillon d’originece, ceci est conforme à l’objectif de cette étude. Les marqueurs microsatellites, de part leur grande variabilité, apparaissent donc comme des marqueurs de choix pour les études d’assignation, que ce soit pour des assignations de parenté, ou bien, dans le cas qui nous intéresse tout particulièrement ici, d’assignation à des « populations ». Cependant, une optimisation du jeu de marqueurs, voir une augmentation de leur nombre, devrait permettre d’augmenter le pourcentage d’assignation exacte ou préférentielle de 80 à 100%, qui est recherché.

Conclusions et perspectives 2012 Les résultats ainsi obtenus seront utilisés pour la réalisation de l’axe 6, faisabilité d’un repeuplement orienté, du projet national SCORE (Sélection Collective de l’huître creuse, Crassostrea gigas, à des fins de captage orienté), soutenu par l’Etat (ministères chargés de l’aquaculture et de la recherche), ainsi que les Conseils Régionaux du littoral concernés, et qui commencera dés 2012.


4.2.8. Surmortalité, Santé et Génétique - Diversification : Interreg IVB SEAFARE

Responsable : S. LAPEGUE Rédacteur : S. LAPEGUE (LGP, La Tremblade)


A070212G PJ0702 PJ07

Contexte

Dans le cadre du projet INTERREG IVB SEAFARE (Sustainable and Environmentally friendly Aquaculture For the Atlantic Region of Europe), débuté en janvier 2010 pour trois ans, le LGP participe à deux sous-projets : - « Aquaculture pour maintenir la biodiversité » en poursuivant les travaux sur la résistance de l'huître

plate à la bonamiose, - « Espèce invasive » avec l'étude de l'hypothèse adaptative de l’huître creuse, Crassostrea gigas, avec

des marqueurs moléculaires.

Le laboratoire PE2M d’Argenton est également partenaire Ifremer de ce projet dans le cadre de l’étude de l’influence de la nourriture et de la température sur le développement post-larvaire de l’huître plate.

Résultats 2011

Le travail de thèse d’Estelle Harrang, a consisté principalement en l'étude de la résistance de l'huître plate européenne à la bonamiose. Du matériel biologique a été produit en 2009 (nouvelles familles F2) afin de réaliser un test d’épreuve à la bonamiose au moyen d'une infection par cohabitation, en conditions contrôlées. Cette expérimentation, vise à améliorer la résolution de la carte génétique de l'huître plate européenne et d'améliorer la localisation des QTLs de résistance à la maladie due au parasite Bonamia ostreae, c’est-à-dire de zones du génome liées à ce caractère. De plus, une expérimentation comportant l’injection de parasites chez des individus issus d'une des familles utilisées lors du challenge par cohabitation a été réalisée. Elle devrait permettre une approche eQTL : « e » signifiant « expression », les eQTL sont des zones du génome liées à l’expression dans les tissus de gènes potentiellement impliqués dans la résistance à la bonamiose. Cette approche permet de combiner l'étude de différents paramètres (caractéristiques hémocytaires, géniques, génétiques, portage en parasite) et constitue en cela une approche novatrice dans l'étude des interactions entre un bivalve et un de ses parasites.

La détection de eQTL a ainsi été réalisée après construction d’une carte génétique des différentes familles étudiées. Il apparaît ainsi possible de détecter des liens entre l’expression de certains gènes d’intérêt et des polymorphismes au sein du génome. De plus, grâce aux ESTs (Expressed Sequence Tags) produits au sein de l’équipe pathologie (Morga, 2010), un travail de séquençage a été réalisé sur des ESts de gènes potentiellement impliqués dans la résistance à la bonamiose et de nouveaux marqueurs SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) ont pu être détectés. L’analyse de ces séquences a permis de mettre en évidence une très forte diversité de séquences protéiques et d’envisager les hypothèses permettant d’expliquer ce phénomène.

Pour augmenter le nombre de SNPs utilisables pour la cartographie de l'huître plate, une collaboration avec un autre laboratoire de recherche (projet PopPhyl, ISEM, Montpellier) a permis l'obtention de nouveaux SNPs grâce à un travail de bioinformatique à partir de séquences d’ESTs obtenues dans ce projet. Au total, 384 SNPs ont été choisis et génotypés à la plateforme de Toulouse (Genotoul). Le pourcentage de marqueurs génotypés avec succès est de 60%. Si l’on élimine les marqueurs correctement génotypés, mais qui ne sont pas informatifs (monomorphes), ce pourcentage, appelé taux de conversion, est de 49%. C’est un résultat satisfaisant pour une espèce dont le génome n’est pas séquencé.


Le travail sur l’huître creuse, en collaboration avec l’Université de Bangor, a été focalisé sur les côtes anglaises et irlandaises a priori colonisées depuis très peu de temps ou en cours de colonisation. Des marqueurs microsatellites (11) ont été analysés sur 18 populations (plus de 2 200 individus). Des populations de référence européennes ont été ajoutées ainsi que des lots d’écloserie. Les premières analyses montrent que, malgré une faible différenciation globale, mais significative, deux à trois groupes de populations apparaissent différenciés : l’est de l’Angleterre, le sud-ouest de l’Angleterre, et dans certains cas l’Irlande et l’Irlande du Nord.


En 2012, l’effort portera sur la fin de l’analyse des données sur l’huître plate et leur valorisation avec également la soutenance de la thèse d’Estelle Harrang. Les travaux d’analyses génétiques sur l’huître creuse se poursuivront également avec l’analyse d’une séquence mitochondriale particulièrement variable afin de compléter l’analyse des populations de Grande-Bretagne.


4.2.9. Domestication et Sélection - Génomique de la Gamétogenèse chez l’huître creuse Crassostrea gigas (GAMETOGENES)

Responsable : S. LAPEGUE Rédactrice : S. LAPEGUE (LGP, La Tremblade)


A070302D PJ0703 PJ07

Contexte

Le projet Gametogenes (2009-2012) est financé par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR). Il correspond à un prolongement de récents programmes dédiés à la production massive de données génomiques à partir du mollusque d'importance économique intégrant l'huître creuse, Crassostrea gigas. Il s’insère ainsi dans la poursuite de certains travaux réalisés dans le cadre du projet européen Aquafirst terminé en 2008.

Ce projet vise à capitaliser sur ces progrès récents pour développer de nouveaux outils en génétique, génomique fonctionnelle ainsi qu’en post-génomique. Ces outils permettront d’améliorer la connaissance des bases génétiques et physiologiques de la reproduction et les processus associés dans le but d'améliorer la production aquacole. Les objectifs spécifiques sont: (1) l’identification des gènes spécifiquement exprimés dans les gonades des huîtres au cours d'un cycle de reproduction en utilisant des méthodes de transcriptomique, c’est-à-dire en déterminant des marqueurs spécifiques d’étapes de la gamétogenèse et en déterminant l'expression de ces gènes marqueurs en fonction de l'environnement, (2) la détermination des bases génétiques de la variabilité de l'allocation à la reproduction à l'aide d’une approche QTL (Quantitative Trait Loci), (3) l’exploration de la fonction des gènes impliqués dans les processus de régulation de la reproduction à travers le développement de méthodes de post-génomique.

Le coordinateur est l’Université de Caen et les autres partenaires sont l’Université de Brest, l’Université de Rennes et l’Ifremer. Pour l’Ifremer, les équipes du LPI de Brest et du LGP de La Tremblade sont partenaires. Le LGP est particulièrement impliqué dans le troisième objectif, mais aussi dans la production d’animaux permettant les expérimentations d’autres partenaires.

Résultats 2011

En 2010, la seconde génération de familles F2 avait été produite sous la forme de 14 familles issues de familles F1 ER+/ER- (différenciées pour leur effort reproducteur) et 7 familles issues de familles F1 R/S (différenciées pour leur survie au phénomène de mortalité estivale). Douze de ces familles avaient été testées durant l’été 2010 pour la survie aux mortalités estivales, et servaient en partie de matériel de secours pour l’étude de l’effort reproducteur en 2011. Une variabilité intéressante du taux de mortalité avait été observée, au sein de laquelle nous avons choisi les familles à génotyper et analyser pour la recherche de QTLs.

En 2011, les 3 mêmes familles F2 ont été caractérisées pour l’effort reproducteur par deux méthodes différentes : - La méthode traditionnelle d’histologie quantitative : destructive, elle ne permet d’obtenir l’état de

maturité d’un individu qu’à un instant donné. Celle-ci a été appliquée sur 2 familles F2 pour 300 individus par famille. Ils ont été fixés au cours du mois de juin et les coupes histologiques sont en cours. Celles-ci permettront de connaître le sexe, le degré de maturité et la surface gonadique de chacun des 600 individus étudiés.

- La méthode d’Imagerie par Résonance Magnétique (en partenariat avec l’Irstea de Rennes) : non-destructive, elle permet de suivre l’évolution de la gamétogenèse sur une saison de reproduction. Ainsi, 300 individus d’une famille F2 ont été observés en avril, mai, juin, juillet, août et octobre


afin de couvrir toute la période de gamétogenèse ainsi que la reprise de la croissance somatique. Les traitements d’images sont en cours. Ils permettront d’estimer l’évolution de la surface gonadique pendant une saison de reproduction, mais aussi le comportement reproducteur de ces animaux.

L’ADN de tous les animaux a été extrait.

Pour le génotypage, 384 marqueurs SNPs avaient été choisis en 2010 à partir des bases de données ESTs disponibles à SIGENAE et à partir de travaux de séquençage réalisés au laboratoire. Des contraintes techniques fortes avaient rendu ce choix difficile malgré le nombre important de séquences disponibles chez cette espèce. Les individus de trois familles F2 étudiées pour la survie estivale ont été génotypés en 2011 sur la plateforme de génotypage Genotoul de Toulouse grâce à la technique Beadexpress Illumina. Le succès de génotypage a été de d’environ 70% (60%, une fois les marqueurs monomorphes enlevés). Nous avons alors choisi de nouveaux marqueurs SNPs afin de remplacer les de marqueurs n’ayant pas fonctionné lors de la première série de génotypage (30%). Ce nouveau jeu de 384 SNP est utilisé sur les familles étudiées pour l’effort reproducteur durant l’hiver 2011-2012.

Le projet a donné lieu à une réunion de coordination les 13 mai 2011 à Rennes.


En 2012, les génotypes des familles pour l’étude de l’effort reproducteur seront analysés avec le nouveau jeu de 384 marqueurs SNPs. Le génotypage des 3 familles pour la survie aux mortalités estivales sera complété avec une vingtaine de marqueurs microsatellites pour pouvoir comparer les cartes génétiques obtenues lors de différentes études. Les analyses histologiques seront également réalisées afin de détecter des QTLs de paramètres liés à l’effort ou au comportement reproducteur. L’ensemble des analyses génétiques prévues seront finalisées et la thèse d’Emilie Flahauw soutenue fin 2012.


4.2.10. Domestication et Sélection – AQUAGENET

Responsable : S.LAPEGUE Rédacteurs: S.LAPEGUE, T. RENAULT et J.F. PEPIN (LGP, La Tremblade)


A070302G PJ0703 PJ07

Contexte

Le projet Aquagenet est financé par le programme Interreg IVB Sudoe au sein de l'initiative communautaire Interreg du Fonds européen de développement régional (Feder) en faveur de la coopération entre les régions de l'Europe. Son objectif est la création d'un réseau transnational de coopération en matière de biotechnologie appliquée à l'aquaculture dans la zone sud-ouest européen (Sudoe). Le réseau est coordonné par l'Institut de recherche et de Formation Agricole et de Pêche d’Andalousie (Ifapa) avec la participation de cinq partenaires ayant une expérience en biotechnologie appliquée aux espèces marines et une grande expérience du secteur de l'aquaculture : Institut Français de Recherche pour l'exploitation de la Mer (Ifremer), Université de Barcelone (UB), Centre National pour la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences de l'Evolution (Isem), Université de Cadix (UCA) et les ressources de l'Institut National de Recherches Biologiques (INRB-Ipimar).

Le projet Aquagenet vise à mettre en œuvre les dernières technologies de séquençage massif et nanotechnologies pour (1) la production de cartes génétiques et leur utilisation dans les programmes de sélection, (2) le développement d'outils d'analyse à haut débit et leur application pour l'évaluation des variables physiologiques, du bien-être et de la santé, (3) le diagnostic et le développement de systèmes de différenciation et d'identification des espèces et populations de poissons, de mollusques et d'agents pathogènes. Dans ce projet, l’Ifremer est particulièrement impliqué sur deux espèces aquacoles, l’huître creuse et la sole, mais aussi deux agents pathogènes des huîtres, le virus OsHV-1 et le parasite Bonamia ostreae. Le travail du LGP se focalise sur les mollusques et leurs agents pathogènes.

Résultats 2011

L’année 2012 a été l’année de démarrage du projet et le LGP a principalement préparé le matériel biologique nécessaire à la production de données génomiques à haut débit.

Pour l’huître creuse, il s’agit de familles biparentales sur lesquelles a été suivie la survie du naissain en période estivale.

De même, pour le parasite Bonamia ostreae, il a été nécessaire de purifier une grande quantité de parasites de façon à avoir le matériel biologique en quantité suffisante pour la préparation d’extraits d’ARN. L’approche RNA-Seq a été retenue pour séquencer des régions du génome de B. ostreae en raison de la présence probable de contaminants bactériens dans les suspensions de parasites purifiés.

Pour le virus OsHV-1, différentes approches ont été utilisées afin de définir le polymorphisme du virus. Des premiers travaux ont permis de montrer que le variant génotypique µVar semble également être caractérisé, en plus des mutations observées dans les ORFs4 et 42-43, par une délétion d’environ 600 paires de bases correspondant à la perte totale de deux gènes et à la perte d’une partie d’un troisième gène (ORF 35-36-37.38). Ces informations de séquences ont permis de réaliser une étude phylogénétique à partir du séquençage de 69 isolats pour les ORFs4, 42/43, 35-36-37.38.

Deux groupes majeurs sont décrits sur la base de données moléculaires : un groupe correspondant aux isolats français de 1994 à 2008 (génotype OsHV-1 de référence, GenBank accession n° AY509253), un groupe correspondant aux isolats français de 2008, 2009 et 2010 (génotype OsHV-1 µVar,


GenBank accession n° HQ842610). Les échantillons provenant de Chine, du Japon de Nouvelle Zélande sont proches de ce deuxième groupe.

En 2011, une démarche a également été initiée pour réaliser le séquençage complet de trois spécimens du virus herpès OsHV-1 ou variants. Ces échantillons ont été au préalable caractérisés sur trois zones du génome viral et qualifiés comme présentant : un génotype OsHV-1µvar, un génotype proche de OsHV-1 de référence, un génotype variant d’OsHV-1 provenant de Nouvelle Zélande. Les ADN de ces échantillons ont été expédiés pour séquençage auprès de la société GATC. La technique retenue était basée sur du séquençage à haut débit selon les protocoles Illumina, avec séquençage dans les deux sens. Le séquençage a été réalisé deux fois et le ‘mapping’ ou cartographie a permis d’obtenir pour chacun des trois échantillons des séquences consensus en réalisant un alignement avec le génome de référence (AY509253) ; un tableau listant tous les SNP par échantillon, un tableau listant les petites (jusqu'à 5 paires de base) insertions et délétions par échantillon. A titre d’illustration, les données obtenues pour le génotype OsHV-1 µVar en comparaison avec AY509253 comme souche de référence ont permis d’observer des différences suivantes parmi les 124 ORF identifiés : au moins 72 insertions / délétions dans les régions codantes ; 119 emplacements avec au moins une délétion ; 27 sites avec au moins une insertion ; au moins 39 ORFs différents touchés par des insertions ou des délétions ;environ 390 substitutions simples ; parmi les SNP, au moins 186 substitutions faux-sens (l'acide aminé modifié) ; au moins 82 substitutions silencieuses ; 123 substitutions non identifiables (N/A) au regard du changement induit sur le codon et au moins 78 ORFs présentent des SNP.

Enfin, à partir de la séquence complète disponible pour OsHV-1 (GenBank accession n° AY509253), des sites répétés de type microsatellite ont été identifiés et un marqueur en particulier a été développé qui permet d’identifier plusieurs génotypes ce qui en fait un outil particulièrement intéressant de la caractérisation de la diversité génétique du virus.

Une première réunion de lancement du projet a été réalisée le 15 mars 2011 à Barcelone et a été suivie d’une réunion dédiée aux techniques issues des nouvelles générations de séquençage (NGS). A l’automne, un atelier intitulé « Approches génomiques pour les espèces aquatiques : comment les nouvelles technologies peuvent-elles contribuer à l’amélioration de la production et à l’exploitation durable des ressources aquatiques ? » a été organisé par l’Ifremer le 5 octobre 2011, à La Rochelle, et a permis de présenter les travaux en la matière et de débattre des nouvelles technologies de séquençage utilisables dans le cadre de notre projet, mais aussi plus largement pour l’exploitation durable des ressources aquatiques. Il a été suivi de la seconde réunion de coordination du projet.


L’année 2012 sera consacrée à l’obtention de nombreuses données de séquences par différentes approches technologiques selon les espèces afin de mieux caractériser les génomes des espèces de mollusques et de leurs agents pathogènes associés, mais aussi de développer des outils de diagnostic et de recherche.


4.2.11. Domestication et sélection - GigaADN

Responsable : S.LAPEGUE Rédactrice : S.LAPEGUE (LGP, La Tremblade)


A070303D PJ0703 PJ07

Contexte

GigADN est un projet soutenu par France Agrimer dans le cadre du « Soutien à l’innovation dans la filière des produits de la pêche et de l’aquaculture, Edition 2010 » et est réalisé en collaboration entre le Sysaaf, l’Ifremer et Labogena afin de réaliser une « Tentative de mise au point du contrôle de filiation avec des marqueurs ADN chez l’huître creuse ».

L’objectif de GigADN est de mettre à disposition de la filière ostréicole une méthode de contrôle de la filiation utilisant des marqueurs microsatellites ou SNP ; ceci est destiné à sécuriser les estimations de valeurs génétiques des programmes de sélection initiés en 2010 pour améliorer la survie estivale de l’huître. L’outil génétique qui sera développé pourra aussi être utilisé pour caractériser la variabilité génétique de populations introduites ou de populations sauvages.

Résultats 2011

Dans un premier temps, 25 marqueurs microsatellites isolés dans des ESTs sur la base de leur variabilité ont été identifiés et ont ensuite été analysés sur des animaux sauvages afin de déterminer leurs caractéristiques techniques en vue d’un multiplexage. Un premier jeu de 12 marqueurs, multiplexés par trois, a ainsi été transféré à Labogéna. Cependant l’ensemble des caractéristiques des 25 marqueurs a également été transféré pour que Labogéna puisse réaliser un multiplexage plus important. Par ailleurs, = un jeu de 384 SNPs a été développé à partir de séquences obtenues au laboratoire et de séquences disponibles dans les bases de données ESTs (GigasDatabase :http://public-contigbrowser.sigenae.org: 9090/Crassostrea_gigas /index.html). Ce jeu de marqueurs a été génotypé sur des populations naturelles à la plateforme génomique de Toulouse (Genotoul) avec la technologie BeadXpress d’Illumina. Les résultats préliminaires montrent un taux de l’ordre de 70% de SNPs correctement génotypés sur la quasi-totalité des échantillons : la seule limitation est la qualité de l’ADN. Ce taux de succès est tout à fait comparable avec le taux obtenu pour des espèces non modèles, c’est-à-dire pour lesquelles la séquence complète du génome n’est pas encore disponible.


Les résultats du séquençage des SNPs sont encore à analyser avant de transférer les marqueurs les plus intéressants à Labogéna. L’utilisation des marqueurs microsatellites et celle des SNPs, dans le cadre du contrôle de filiation, pourra ainsi être comparée grâce à des analyses réalisées sur des familles d’huîtres produites par des adhérents du Sysaaf.


4.2.12. Domestication et Sélection - Amélioration via la modification de la ploïdie

Responsable : A. BENABDELMOUNA Rédacteur : A. BENABDELMOUNA (LGP, La Tremblade)


A070304 PJ0703 PJ07

Contexte

Cette action présente trois volets complémentaires : • Le premier volet sous forme de soutien à la profession via la production de géniteurs tétraploïdes

mâles qui sont à la base de la filière française de production de naissains triploïdes d’écloserie dont la part de marché est en constante et forte augmentation. Dans le cadre de conventions annuelles, la production d’huîtres creuses tétraploïdes est assurée par le LGP dans des conditions d’élevage évitant tout échappement dans l’environnement et permettant l’approvisionnement en géniteurs mâles tétraploïdes des écloseries commerciales françaises.

• Le deuxième volet est représenté par l’action de soutien à la profession dans le cadre du plan de sauvegarde de l’ostréiculture 2011. En effet, suite aux résultats d’amélioration génétique des cheptels diploïdes et tétraploïdes réalisés au LGP, la production, la caractérisation et la livraison de tétraploïdes améliorés « R » ont été réalisées.

• Le troisième volet est centré sur le travail de recherche en cytogénétique classique et moléculaire et est destiné à mettre au point de nouvelles méthodes de modification qualitative et quantitative de la ploïdie des bivalves marins et à étudier l’organisation structurale de leurs génomes. Ces nouvelles méthodes de modification de ploïdie seront par la suite intégrées dans les programmes d’amélioration dont le but final est de produire des géniteurs ayant intégré le progrès génétique réalisé chez les diploïdes et dont la descendance triploïde aurait les meilleures performances possibles en terme de survie, de croissance et stérilité. Une telle amélioration devrait contribuer à terme à la durabilité et à la qualité de la filière ostréicole nationale.

Résultats 2011

1 - Bilan de la campagne 2010 de fourniture de géniteurs tétraploïdes

La campagne 2011 a été réalisée avec des géniteurs tétraploïdes qui ont montré des niveaux de tétraploïdie très stables tout au long de la saison et sont tous issus de cohortes de géniteurs qui n’ont jamais subi de mortalité eau cours de cette même année. La campagne 2011 de livraison de géniteurs classiques a, comme en 2010, été réalisée en parallèle avec la campagne de livraison de tétraploïdes « R » du plan de sauvegarde 2011. Cette campagne a débuté dès le mois de février et s’est clôturée au mois d’octobre de la même année. Durant cette campagne 2011, 151 géniteurs mâles tétraploïdes ont été livrés, ce qui représente une augmentation de 50% par rapport à l’effectif livré en 2010.

2 - Transfert du progrès génétique réalisé chez les huîtres diploïdes vers les huîtres tétraploïdes

Ifremer dispose de familles d’huîtres diploïdes sélectionnées pour leur moindre sensibilité au phénomène de mortalités estivales. Depuis fin 2009, Ifremer dispose aussi d’huîtres tétraploïdes issues de ces mêmes familles sélectionnées. Suite à une réunion le 18 novembre 2009 à la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture (DPMA) et à la demande du Comité National de la Conchyliculture (CNC) et des écloseurs, il a été demandé à l’Ifremer de fournir aux ostréiculteurs du naissain présentant les meilleures chances de survie face aux mortalités estivales. Il a été décidé en 2010 que des écloseries privées produiraient du naissain triploïde à partir de géniteurs femelles diploïdes sélectionnées et des géniteurs mâles tétraploïdes produits à partir de ces animaux. Cette


production fait partie du plan d’approvisionnement de sauvegarde de la filière conchylicole conduit en 2010 et reconduit pour 2011.

Dans le cadre de ce plan d’approvisionnement de sauvegarde 2011, les inductions de tétraploïdie, les élevages larvaires, le micronursage et le nursage ont été réalisés dans les structures du LGP (La Tremblade). Les individus tétraploïdes ont été identifiés et triés par cytométrie en flux non destructive en utilisant des biopsies branchiales. Les tétraploïdes obtenus ont été conditionnés à la maturation et toutes les opérations de production des tétraploïdes allant des inductions cytogénétiques ainsi que toutes les différentes phases de l’élevage (larvaire, micronursage et nursage) ont été réalisées avec de l’eau de mer traitée aux UV. Dans un but de biovigilance, tous les rejets ayant été en contact avec ces huîtres ont systématiquement subi des traitements, physique (filtres) et chimique (ozonation), avant leur évacuation hors des structures du LGP.

Une fois livrés par l’Ifremer, ces tétraploïdes « R » ont été utilisés sous le contrôle d’agents du laboratoire ; leur nombre a été adapté au nombre potentiel de femelles mises en ponte chez l’écloseur. Avant chaque livraison, les tétraploïdes « R » ont été au préalable sexés, vérifiés au niveau de leur ploïdie, et enfin biopsiés dans un but de vérification et de traçabilité du pedigree. Le bilan de cette campagne de livraison de géniteurs tétraploïdes améliorés R s’élève à 83 géniteurs tétraploïdes livrés et utilisés pour produire, les naissains triploïdes « R » d’une taille minimale T4 (déclaration écloseurs partenaires). Ces naissains triploïdes « R » seront par la suite vendus aux ostréiculteurs selon les modalités de la convention 2011 signée par Ifremer, les écloseurs partenaires, le CNC et toutes les Sections Régionales Conchylicoles (SRC) signataires

3 - Bilan de la campagne 2011 du plan de sauvegarde

Le travail de sélection génétique réalisé sur l’huître creuse diploïde a abouti en 2010 à l’obtention d’une lignée « résistante » appelée G2A. Sachant que la production des naissains d’écloserie est en grande majorité représentée par les naissains triploïdes, il a été tenté courant 2010 de transférer, vers les géniteurs tétraploïdes « R » disponibles, le progrès génétique réalisé chez les diploïdes. Deux lignées de tétraploïdes « R » améliorées ont donc été produites courant 2010 en utilisant les méthodes de tétraploïdisation mises au point au LGP. Ces deux lignées tétraploïdes ont été testées pour leurs performances biologiques notamment en terme de production de triploïdes les plus performants possibles notamment pour le caractère survie aux surmortalités estivales.

Cette expérimentation vise à comparer les performances de survie de six lots de naissains produits en février 2011 et élevés dans les mêmes conditions zootechniques. Les six lots de naissains suivants ont été testés :

• Deux lots diploïdes : - un témoin sauvage (lot « 2n X », X pour non sélectionné : les deux parents n’ont pas été sélectionnés pour leur résistance aux mortalités) ; - un lot amélioré résistant aux mortalités (lot « 2n R », 100% R pour une meilleure résistance au phénomène de mortalités au stade naissain : les deux parents sont issus d’une famille qui a été sélectionnée pour sa résistance aux mortalités).

• Deux lots triploïdes obtenus directement (méthode dite « chimique ») à partir des deux lots diploïdes décrits ci-dessus : lot « 3n 3X » (100% X) et lot « 3n 3R » (100% R).

• Deux lots triploïdes produits par croisements entre des mâles tétraploïdes (non sélectionnés, donc X) avec les femelles diploïdes témoins (lot « 3n X »), ou améliorées résistantes (lot « 3n 1R » – 33% R).

Début mai 2011, les six lots, ont été mis en testage sur différents sites estran dans deux bassins ostréicoles, Marennes-Oléron et Baie de Bourgneuf : Agnas (coef 50-60, bassin de Marennes Oléron), La Floride (coef 70-80, bassin de Marennes Oléron), Gresseloup (coef 70-80, Baie de Bourgneuf, Vendée) et La Mortane (eau profonde, bassin de Marennes Oléron).


Résultats :

94

36

88

82

96

34

93

28

86

72

85

13

89

30

90

69

88

26

87

22

86

81

76

28

87

31

9187

78

42

89

28

88

77

82

27

0

20

40

60

80

100

2n X 2n R 3n X 3n 1R 3n 3X 3n 3R

laboratoireFlorideAgnasGresseloupCages eau profmoy estran

Figure 1 : Mortalité finale (%) des six lots dans les trois environnements

• Les mortalités sur estran ont commencé 10-15 jours après la mise sur site (mi-mai) pour se terminer la première semaine de juin 2011.

• La sélection génétique appliquée sur les diploïdes s’est révélée efficace sur l’amélioration des performances de survie des naissains : comparativement au témoin diploïde sauvage (« 2n X »), les diploïdes « R » (« 2n R ») présentent un gain moyen de survie de plus de 60% (Fig.1).

• Le gain moyen de survie observé chez les diploïdes « R » peut être quantifiable (Fig.1) même chez les triploïdes partiellement améliorés (« 3n 1R » - 33% R) chez lesquels un gain moyen de survie de 11% est comptabilisé comparativement aux triploïdes non améliorés (3nX).

• Le gain de survie observé chez le diploïde « R » est transférable chez les triploïdes « 3n 3R » (triploïdes totalement améliorés, 100%R). En effet, les performances moyennes de survie des « 3n 3R » sont comparables à celles des diploïdes « R » (Fig1). De même, ces triploïdes « 3n 3R » présentent un gain moyen de survie de plus de 60%, comparativement aux triploïdes non améliorés « 3n X » ou aux diploïdes non améliorés « 2n X » (Fig.1).

• La triploïdie n’impacte pas négativement les performances de survie qui se révèlent liées à la nature génétique, améliorée ou pas, du lot. De même, les performances de survie sont faiblement sinon non impactées par le facteur « environnement » indiquant une faible interaction génétique/environnement sur le caractère « survie ». Ainsi, quel que soit l’environnement de testage, les naissains améliorés 100% « R » (qu’ils soient triploïdes « 3N 3R » ou diploïdes « 2N 2R ») présentent un net avantage de survie par rapport aux autres naissains non améliorés (triploïdes comme diploïdes). Pour les divers sites testés, cet avantage de survie en faveur des améliorés est de plus de 60 % (Fig.1).


Les activités centrées autour, d’une part, la production, la gestion et la fourniture des huîtres tétraploïdes aux écloseries commerciales et, d’autre part, l’étude de la structure du génome, la recherche de nouveaux moyens d’inductions de polyploïdie et l’intégration de ces moyens dans le


programme d’amélioration des géniteurs tétraploïdes, notamment le transfert total du progrès génétique réalisé sur les diploïdes, se poursuivront pour 2012. Afin de valider les résultats, les différents tétraploïdes obtenus serviront à produire des triploïdes dont les performances seront testées lors de diverses compagnes de testage multi sites qui débuteront courant 2012.


4.2.13. Approche écosystémique - CPER Poitou-Charentes - VARGENET

Responsable : C. BECHEMIN Rédactrice : S. LAPEGUE (LGP, La Tremblade)


A070604D PJ0706 PJ07

Contexte

L’objectif de l’action Vargenet est de déterminer si l’outil génétique peut être complémentaire des suivis de stocks et de la modélisation pour déterminer la provenance du naissain capté dans chaque zone des pertuis charentais. Pour cela, il est nécessaire de savoir si les stocks sauvages présents dans ces zones peuvent être différenciés génétiquement. Si c’est le cas, les cohortes de naissain captées pourraient alors être assignées à un stock parental, ce qui permettrait d’aider à la gestion des zones de captage.

Résultats 2011

Ainsi, en 2010, huit stocks sauvages ont été échantillonnés dans les pertuis charentais parmi ceux échantillonnés dans le cadre de l’action SPAC (SPAtialisation de la Contamination virale des stocks sauvages d’huîtres creuses dans les pertuis charentais). Les sites choisis représentaient des environnements contrastés pouvant abriter des populations plus ou moins différenciées. Pour chacun de ces huit échantillons, l’ADN de 48 individus a été extrait et la caractérisation génétique de ces individus a été réalisée pour 4 zones du génome en utilisant des marqueurs microsatellites. Il apparaît tout d’abord que ces huit stocks présentent une très grande variabilité génétique. Cependant cette variabilité se répartit de façon très homogène entre les stocks. Il n’apparaît donc pas de différence génétique significative entre les stocks échantillonnés. Ce résultat s’intègre tout à fait au sein d’observations similaires réalisées à une échelle plus importante. Ainsi, des études complémentaires mettent en évidence une grande variabilité génétique de l’ensemble des stocks sauvages français (dont ceux de cette étude), équivalente à celle observée dans la zone d’origine au Japon. Cette grande variabilité se répartit de façon très homogène à l’intérieur et entre les bassins de production, ce qui est dû à la fois aux caractéristiques biologiques de l’espèce et aux transferts très importants d‘huîtres en élevage entre les différents bassins, permettant des flux de gènes importants. Seuls des stocks du Nord de l’Europe se distinguent en particulier par une réduction de la diversité génétique, représentant un sous-ensemble du pool génétique présent en France. Ceci est très certainement dû à des flux de gènes à la fois naturels et anthropogéniques plus restreints dans cette zone de l’Europe colonisée plus récemment.

Conclusions

Les données obtenues dans cette étude permettent ainsi de répondre de façon négative à la question posée : l’outil génétique utilisé ne permet pas de différencier les stocks sauvages des pertuis charentais et, par conséquent, l’origine du captage réalisé dans ces zones. Cependant, ces résultats confirment la richesse génétique présente dans les stocks sauvages d’huîtres creuses dans les pertuis charentais en particulier.


Productions 2011 de l’Unité AGSAE

ARTICLES DANS REVUE A COMITE DE LECTURE

Arzul I., Langlade A., Chollet B., Robert M., Ferrand S., Omnes E., Lerond S., Couraleau Y., Joly J. P. Francois C., Garcia C. (2011). Can the protozoan parasite Bonamia ostreae infect larvae of flat oysters Ostrea edulis?. Veterinary Parasitology, 179(1-3), 69-76. Publisher's official version : http://dx.doi.org/10.1016/j.vetpar.2011.01.060 , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00028/13898/

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Arzul I., Langlade A., Chollet B., Robert M., Omnes E., Lerond S., Joly J .-P., Francois C., Garcia C. (2011). Detection of Bonamia ostreae in larvae of Ostrea edulis. (abstract) Journal of shellfish research 30(2): 483

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Luna-Acosta A., Saulnier D., Pommier M., Haffner P., De Decker S., Renault T., Thomas-Guyon H. First evidence of a potential antibacterial activity involving a laccase-type enzyme of the phenoloxidase system in Pacific oyster Crassostrea gigas haemocytes. Fish & Shellfish Immunology IN PRESS. Publisher's official version : http://dx.doi.org/10.1016/j.fsi.2011.07.016 , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00045/15598/

Morga B., Arzul I., Faury N., Segarra A., Chollet B., Renault T. (2011). Molecular responses of Ostrea edulis haemocytes to an in vitro infection with Bonamia ostreae. Developmental & Comparative Immunology, 35(3), 323-333. Publisher's official version : http://dx.doi.org/10.1016/j.dci.2010.10.005 , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00018/12879/

Morga B., Renault T., Faury N., Chollet B., Arzul I. (2011). Cellular and molecular responses of haemocytes from Ostrea edulis during in vitro infection by the parasite Bonamia ostreae. International Journal For Parasitology, 41(7), 755-764. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijpara.2011.01.013

Renault T., Faury N., Barbosa Solomieu V., Moreau K. (2011). Suppression substractive hybridisation (SSH) and real time PCR reveal differential gene expression in the Pacific cupped oyster, Crassostrea gigas, challenged with Ostreid herpesvirus 1. Developmental & Comparative Immunology, 35(7), 725-735. Publisher's official version : http://dx.doi.org/10.1016/j.dci.2011.02.004 , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00043/15466/


Schikorski D., Faury N., Pepin J-F., Saulnier D., Tourbiez D., Renault T. (2011). Experimental ostreid herpesvirus 1 infection of the Pacific oyster Crassostrea gigas: Kinetics of virus DNA detection by q-PCR in seawater and in oyster samples. Virus Research, 155(1), 28-34. Publisher's official version : http://dx.doi.org/10.1016/j.virusres.2010.07.031 , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00025/13607/

Schikorski D., Renault T., Saulnier D., Faury N., Moreau P., Pepin J-F. (2011). Experimental infection of Pacific oyster Crassostrea gigas spat by ostreid herpesvirus 1: demonstration of oyster spat susceptibility. Veterinary Research, 42, 1-13. Publisher's official version : http://dx.doi.org/10.1186/1297-9716-42-27 , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00037/14795/

OUVRAGES OU ARTICLES DE SYNTHESE DANS OUVRAGE

Arzul I. (2011). Contribution à la rédaction du rapport final du workshop international sur OsHV-1 µvar organisé à Cairns, Australie les 9 & 10 juillet 2011 par le FRDC, Gouvernement Australien et Ausvet : 101 p.

François C. (2011). Le REPAMO en France. In B. Dufour, P. Hendriks & al. Surveillance épidémiologique en santé animale, Ed. QUAE, 3ème édition : 206-214

Renault T. (2011). Virus of Aquatic Invertebrates (Molluscs). In Studies in Viral Ecology: Animal Host Systems. Ed. C. Hurst, Wiley Blackwell Publshing.

Renault T. (2011). Effects of Pesticides on Marine Bivalves: What Do We Know and What Do We Need to Know? In Pesticides in the Modern World / Book 3, ISBN 978-953-307-458-0.

COMMUNICATIONS POUR COLLOQUE OU GROUPE DE TRAVAIL (FRANCE ET ETRANGER)

Arzul I. (2011) , Mortalités d’huîtres creuses en Europe et au-delà. Réunion annuelle REPAMO, Ifremer 12-13 avril 2011, La Tremblade.

Arzul I. (2011). Doit-on se méfier de Nocardia crassostreae ? Réunion annuelle REPAMO Ifremer 12-13 avril 2011, La Tremblade.

Arzul I. & B. Guichard (2011). Recherche de Nocardia crassostreae chez Crassostrea gigas. Réunion annuelle REPAMO Ifremer 12-13 avril 2011, La Tremblade.

Arzul I. (2011). New Zealand and Australia outbreaks. Réunion annuelle des laboratoires nationaux de référence pour les maladies des mollusques, La Rochelle, 15-17 March 2011.

Arzul I., Gaillard J., Lerond S., Chollet B., Robert M., Joly J. P., Garcia C. & M. Bouchoucha (2011). An integrated study of marteiliosis in Diana lagoon (Corsica, France) Réunion annuelle des laboratoires nationaux de référence pour les maladies des mollusques, La Rochelle, 15-17 March 2011.

Arzul I. (2011). Proficiency tests for the detection of Marteilia refringens by PCR Réunion annuelle des laboratoires nationaux de référence pour les maladies des mollusques, La Rochelle, 15-17 March 2011.

Arzul I. (2011). Working prospects of the EU Reference Laboratory for mollusc diseases and concluding remarks. Réunion annuelle des laboratoires nationaux de référence pour les maladies des mollusques, La Rochelle, 15-17 March 2011.

Arzul I., Gaillard J., Lerond S., Chollet B., Robert M., Joly J.-P., Garcia C., Bouchoucha M. (2011). An integrated study of marteiliosis in Diana lagoon (Corsica, France). Communication orale 103rd annual meeting National shellfisheries Association Baltimore, Maryland, 2011 March 27-31.

Arzul I., Langlade A., Chollet B., Robert M., Omnes E., Lerond S., Joly J .-P., Francois C., Garcia C. (2011). Detection of Bonamia ostreae in larvae of Ostrea edulis. Communication orale 103rd annual meeting National shellfisheries Association Baltimore, Maryland, 2011 March 27-31.


Arzul I., R. Aranguren, G. Arcangeli, D. Chesslett, M. Engelsma, A. Figueras, C. Garcia, F. Geoghegan, C. Magnabosco, D. Stone (2011). Distribution of Bonamia exitiosa in flat oyster Ostrea edulis populations in Europe. 15th International Conference on diseases of Fish and Shellsfish, Split Croatia Sepetmber 12-16 2011

Arzul I., B. Chollet, D. Bonnet, M. Robert, J.P. Joly, C. Garcia and M. Bouchoucha (2011). Potential involvement of the copepod Paracartia latisetosa in Marteilia refringens life cycle in diana lagoon (Corsica, france) 15th International Conference on diseases of Fish and Shellsfish, Split Croatia Sepetmber 12-16 2011

Arzul I. (2011). Oyster Herpesvirus epizootics: the situation in Europe ; Workshop ECM ACQUACOLTURA Direttiva 2006/88 : stato di applicazione, 8_9 Novembre 2011- Roma- Italia.

Arzul I. (2011). Directive 2006/88/EC : status of implementation at EU level in mollusc farms. Workshop ECM ACQUACOLTURA Direttiva 2006/88 : stato di applicazione, 8-9 Novembre 2011- Roma- Italia.

Arzul I., Chollet B., Bonnet D., Robert M., Joly J.P., Garcia C. & M. Bouchoucha (2011). Molecular characterization of Marteilia refringens in order to better understand its life cycle. Workshop Aquagenet : Genomic approaches for aquatic species How next generation sequencing can help to improve breeding and sustainability of farmed aquatic resources? October 5, 2011 La Rochelle

Arzul I., Chollet B., Bonnet D., Robert M., Joly J.P., Garcia C. & M. Bouchoucha (2011). Apport de la caractérisation moléculaire dans la compréhension du cycle de Marteilia refringens. Journées Thématiques du Groupement des Protistologues de Langue Française (GPLF) : « Biodiversité des protistes et autres micro-organismes de l’environnement » 24 -25 Octobre 2011 Clermont Ferrand .

Arzul I., Morga B., Faury N., Chollet B., Renault T. (2011). New insight into the resistance of flat oyster Ostrea edulis to the parasite Bonamia ostreae. 1st Australasian Scientific Conference on Aquatic Animal Health, Cairns, 8 July 2011.

Arzul I., Lupo C., Garcia C., Joly J.P., Guichard B., Renault T. (2011). Mortalités d’huîtres: un point hors de nos frontières et mesures de contrôle associées. Journées « Surmortalité » 29-30 novembre 2011, Ifremer, Nantes.

Avaca M., Narvarte M., Heurtebise S., Roche A., Cornette F., Maggioni M., Lapègue S. (2011). Genetic and morphometric differentiation between populations of the cupped oyster (Crassostrea gigas) in Argentina. Communication orale au 2nd World Conference on Biological Invasions and Ecosystem Functioning, Mar del Plata, Argentina, 21-24 Novembre 2011.

Bang Jensen B., Olesen N.J., Arzul I., Stentiford G.D. & E Brun (2011). Challenges regarding implementation of the new legislation on Aquatic Animal Health Surveillance in Europe Réunion annuelle des laboratoires nationaux de référence pour les maladies des mollusques, La Rochelle, 15-17 March 2011.

Benabdelmouna A., Ledu C., Maurouard E., Yonneau C., Nourry M., Dégremont L. (2011). Combiner la sélection génétique et la polyploïdisation pour l’amélioration du caractère survie des naissains de C. gigas vis-à-vis de la surmortalité. Réunion du comité de suivi du plan de sauvegarde 2011, Paris 3 novembre 2011.

Dégremont L., Maurouard E., Yonneau C., Benabdelmouna A. (2011). Suivi national es mortalités au stade naisssain d’un lot à survie améliorée pour Crassostrea gigas. Réunion plan de sauvegarde 2012, Nantes, 12 décembre 2011.

Dégremont L., Maurouard E., Yonneau C., Nourry M., Dupuy B., Pénisson C., Papin M. (2011). Etude de la réponse à la sélection en seconde génération d’amélioration de la survie (caractère à seuil) au stade naissain chez deux populations sauvages de C. gigas. Réunion mortalités, Nantes 29-30 novembre 2011.


Dégremont L., Maurouard E., Nourry M., Seugnet J. L., Bédier E., Fleury E., Langlade A., Pernet F., Pouvreau S ., Le Souchu P., Normand J., D’Amico F., Rumebe M., Cantin C., Barret J., Le Gall P., Baud J. P., Cochennec-Laureau N., Gervasoni E., Pelissier P., Bouquet A. L., Oudot G., Dubillaud E., Blin J. L., Gauquelin T., Lefebvre V., Pétinay S., Glize P., Trottier C. (2011). Suivi national des mortalités au stade naissain d’un lot témoin et d’un lot à survie améliorée pour Crassostrea gigas. Réunion mortalités, Nantes 29-30 novembre 2011.

Dégremont L., Maurouard E., Nourry M., Seugnet J. L., Bédier E., Fleury E., Pernet F., Pouvreau S., Le Souchu P., Normand J., D’Amico F., Rumebe M., Cantin C., Barret J., Le Gall P., Baud J. P., Cochennec-Laureau N. (2011). Suivi national des mortalités au stade naissain d’un lot témoin et d’un lot à survie améliorée pour Crassostrea gigas. Réunion du comité de suivi du plan de sauvegarde 2011, Nantes 11 septembre 2011.

Dégremont L., Yonneau C., Ledu C., Maurouard E., Benabdelmouna A. (2011). Mortalités 2011 des lots TRIPLO R du plan de sauvegarde 2010 et comparaison avec des lots triploïdes, diploïdes d’écloseries et sauvages. Réunion du comité de suivi du plan de sauvegarde 2011, Nantes 11 septembre 2011.

Dégremont L., Yonneau C., Ledu C., Maurouard E., Benabdelmouna A. (2011). Mortalités 2011 des lots TRIPLO R du plan de sauvegarde 2010 et comparaison avec des lots triploïdes, diploïdes d’écloseries et sauvages. Réunion du comité de suivi du plan de sauvegarde 2011, Paris 12 mai 2011.

Dégremont L. (2011). Plan de sauvegarde 2011. Réunion du comité de suivi du plan de sauvegarde 2011, Nantes 9 mars 2011.

Flahauw E., Lapègue S., Heurtebise S., Dégremont L., Hatt P-J. (2011). Génomique de la gamétogenèse chez l’huître creuse - Approche QTL. Communication orale lors de la réunion du projet GAMETOGENE, Rennes, 13 mai 2011.

Garcia C., Arzul I., Chollet B., Robert M., Omnes E., Ferrand S., Faury N., Tourbiez D., Haffner P., Miossec L., Joly J.-P., Francois C. (2011). Summer mortality outbreaks of French Pacific oysters, Crassostrea gigas since 2008: Results of the REPAMO network surveillance. 103rd annual meeting National shellfisheries Association Baltimore, Maryland, 2011 March 27-31.

Garcia C., Arzul I., Joly J.P., Guichard B., Chollet B., Omnes E., Haond C., Robert M., Lupo C., François C. (2011). Detection of Mikrocytos LIKE protozoans during mortality events of the shellfish Donax trunculus, in France. 15th International Conference on diseases of Fish & Shellfish, Split Croatia, September 12-16 2011.

Garcia C. (2011). Epidemiological report – France 2010. Réunion annuelle des Laboratoires Nationaux de Référence pour les maladies des mollusques, La Rochelle, 15-17 mars 2011.

Garcia C., Travers M.A., Pépin J.F., Tourbierz D., Bertrand C., Joly J. P., Haffner P., Robert M., Chollet B., Omnes E., Lupo C., Arzul I., Faury N., Guichard B., Betto V., Renault T. (2011). Réunion annuelle du réseau de Laboratoires agréés et reconnus français, 29 septembre 2011, La Tremblade.

Guichard B. (2011). Bilan 2010 du REPAMO, Réunion annuelle REPAMO Ifremer 12-13 avril 2011, La Tremblade.

Guichard B. (2011). Réalisation des analyses dans le cadre des hausses de mortalité en lien avec le réseau de laboratoires. Réunion annuelle REPAMO Ifremer, 12-13 avril 2011, La Tremblade.

Guichard B. (2011) . Projet d’étude du parasite Mikrocytos sp. chez le flion tronqué Donax trunculus. Réunion annuelle REPAMO Ifremer, 12-13 avril 2011, La Tremblade.

Guichard B., Garcia C., Joly J.P., Lupo C., Chollet B ., Robert M., Omnes E., Arzul I. (2011). REPAMO : a French network for the surveillance of molluscs health. Proceedings of the International Conference on Animal Health Surveillance (ICAHS), 17-20 May 2011, Lyon. http://archimer.ifremer.fr/doc/00036/14768/

Harrang E., Bierne N., Heurtebise S., Lapègue S. (2011). Diversité nucléotidique et structure génétique des populations d’un bivalve marin à fort flux génique, l’huître plate Ostrea edulis. Poster présenté à la 33ième réunion annuelle du Groupe d’Etude de Biologie et Génétique des Populations, Toulouse, 29-31 août 2011.


Haure J., Hussenot J., Buzin F., Lassus P., Marcaillou C., Mondeguer F., Sechet V. , Royer F., Amzil Z., Cardinal M., Le Grel L., Masse A., Castaing J.B., Jaouen P. (2011). Storage and detoxification of mollusks as a tool in marketing strategy. 8ème Conférence Internationale sur la salubrité des coquillages (ICMSS), Prince Edwards Island, 12-17 juin 2011.

Haure J., Massé A., Lassus P., Castaing J.B., Mondeguer F. (2011). Présentation des résultats COMSAUMOL. Journée de présentation du bilan final de l’étude (2008-2010) COMSAUMOL, Nantes, Juin 2011.

Lallias D., Boudry P., Beaumont A., King J., Turner J. and Lapègue S. (2011). Population genetics of the Pacific oyster Crassostrea gigas in the United Kingdom and Ireland inferred from microsatellite markers. Poster présenté au14th International Conference on Shellfish Restoration (ICSR), Stirling, Ecosse, 23-27 août.

Lapègue S., Rohfritsch A., Bierne N., Heurtebise S., Cornette F., Boudry P. (2011). Genomics of adaptation of the Pacific oyster, Crassostrea gigas, in the context of its geographic expansion in Europe. Communication orale lors de la réunion du projet ANR HiFlo, 7 octobre 2011.

Lapègue S., Li R., Cornette F., Heurtebise S., Harrang E., Morga B., Flahauw E., Rohfritsch A., Dégremont L., Haffray P., Bierne N., Huvet A., Boudry P. (2011). Recent advances in the development and use of molecular markers in oysters. Communication orale lors du workshop organisé par le projet SUDOE Aquagenet « Approches génomiques pour les espèces aquatiques”, La Rochelle, 5 Octobre 2011.

Lapègue S., Harrang E., Rohfritsch A., Heurtebise S., Cornette F., Boudry P., Bierne N. (2011). La connectivité des populations d’huîtres en Europe: les cas contrastés de l’huître plate et l’huître creuse. Communication orale lors de la première réunion du GDR MarCo, Sète, 7-8 novembre 2011.

Lupo C. (2011). Etude des transferts d’huîtres creuses dans les Pertuis charentais. Réunion annuelle REPAMO Ifremer 12-13 avril 2011.

Lupo C., Ezanno P., Arzul I., François C., Garcia C., Jadot C., Joly J.P., Renault T. & N. Bareille (2011). How network analysis of oyster movements can improve surveillance programs? Réunion annuelle des laboratoires nationaux de référence pour les maladies des mollusques, La Rochelle, 15-17 March 2011.

Lupo C., Guichard B., Mandard Y.V., Arzul I., Garcia C., Joly J. P., Renault T. & N. Bareille (2011). Space-time clustering of mortality notifications in Pacific oysters of Charente sluices, France, 2008-2010: results and perspectives; Réunion annuelle des laboratoires nationaux de référence pour les maladies des mollusques, La Rochelle, 15-17 March 2011.

Lupo C., Mandard Y-V., Arzul I., Francois C., Garcia C., Renault T., Bareille N . (2011). Space-time clustering of mortality notifications in Pacific oysters of Charente sluices, France, 2008-2010. International Conference on Animal Health Surveillance, 17-20 May 2011, Lyon. http://archimer.ifremer.fr/doc/00058/16915/

Pépin J.F., Saulnier D., Tourbiez D., Haffner P., Renault T., Faury N., Soletchnick P., Dégremont L., Le Moine O., Seugnet D., Geairon P., Guesdon S., Guyader T. (2011). Cinétique de détection d’agents infectieux associés à des épisodes de mortalité de nassains d’huîtres creuses Crassostrea gigas sur un site ostréicole de Marennes-Oléron – CIDAGINF. Réunion annuelle REPAMO Ifremer 12-13 avril 2011, La Tremblade.

Pépin J.F., Soletchnik P., Lupo C., Geairon P., Seugnet J. L., Robert S., Bernard I., Le Moine O. (2011). Situation of wild beds of Crassostrea gigas reagarding OsHV-1 µVar : spatiotemporal description of contamination in Pacific oyster wilds beds in Marennes Oleron bay (Fance, 2010). Annual meeting of National Reference Laboratories for Mollusc Diseases, La Tremblade, France, 15-17 mars 2011.

Pépin J. F., Soletchnik P., Lupo C., Geairon P., Seugnet J. L., Robert S., Bernard I., Le Moine O. (2011) . Situation of wild beds of Crassostrea gigas regarding OsHV-1 µvar : spatiotemporal description of contamination in Pacific oyster wilds beds in Marennes Oleron bay (France, 2010). 15th inter. European Association of Fish Pathologists conference, Split, Croatia, 12-16th September 2011.


Pépin J.F., Trancart S., Renault T., Osta Amigo A., Petton B. (2011). Essais pour évaluer l’effecacité des rayonnements UV dans l’inactivation du pouvoir infectieux du virus OsHV-1 µvar au travers d’infections expérimentales de l’huître creuse Crassostrea gigas. Journées restitution surmortalité. 29-30 novembre 2011, Ifremer Nantes.

Renault T. (2011) Les virus infectant les mollusques marins : un exemple d’actualité, les herpes virus. Les Conférences Scientifiques de BiogenOuest, 18 janvier, Ifremer - Nantes.

Renault T. (2011). Viruses infecting marine molluscs: an example, herpesviruses. International Conference on the Viruses of the Environment. Challenges in Viral Ecology & Evolution, 22-23 mars, Heidelberg, Allemagne.

Renault T. (2011). Produce an update on new disease trends in wild and cultured fish molluscs and crustaceans, based on national reports (France Report). CIEM WGPDMO, 1 au 3 mars 2011, Aberdeen, Ecosse.

Renault T. (2011). A review of information relating to outbreaks of mortality in Pacific oyster reported in 2008 and 2009 in different EU member states and the associated Council Directive 2006/88/EC. CIEM, WGPDMO, 1er au 3 mars 2011, Aberdeen, Ecosse.

Renault T. (2011). BIVALIFE - Management of infectious diseases in oysters and mussels in Europe. Annual meeting of the National Laboratories for Mollusc Diseases, 15 et 16 mars, La Rochelle.

Renault T. (2011). Evolution du réseau des laboratoires agréés et reconnus en 2010. Réunion annuelle REPAMO Ifremer 12-13 avril 2011, La Tremblade.

Renault T. (2011). Bivalife, projet européen sur le contrôle des maladies infectieuses des huîtres et des moules. Réunion annuelle REPAMO Ifremer 12-13 avril 2011, La Tremblade.

Renault T. (2011). Surmortalités d’huîtres creuses, Crassostrea gigas, en France depuis 2008 - Les apports de la microscopie électronique à transmission. 10ièmes Journées de Formation du RCCM, 25-26 mai, Mimizan.

Renault T. (2011). Les virus infectant les mollusques marins : un exemple d’actualité, les herpès virus. Journée Académie Vétérinaire. Pathologie comparée des herpèsviroses, 3 novembre, Maisons-Alfort.

Renault T., Moreau P., Faury N., Pepin J.-F., Segarra A. (2011). Genome diversity of ostreid herpes virus (OsHV-1): first results. Annual meeting of the National Laboratories for Mollusc Diseases, 15 et 16 mars, La Rochelle.

Renault T., Moreau P., Faury N., Pepin J;-F., Segarra A., Webb S. (2011). Genome diversity of ostreid herpes virus (OsHV-1): studying 3 virus genome areas. Workshop AQUAGENET, 5 octobre, La Rochelle.

Renault T., Arzul I., Chollet B., Cobret L., de Decker S., Faury N., Ferrand F., François C., Garcia C., Haffner P., Joly J.-P., Miossec M., Morga B., Omnes E., Pépin J.-F., Robert M., Saulnier D., Schikorski D., Segarra S., Tourbiez D. (2011). Increased mortality outbreaks of French Pacific oysters Crassotrea gigas since 2008 in Europe: detection of pathogens and emergency response. 1st Australasian Scientific Conference on Aquatic Animal Health, 5 to 8 July, Cairns, Australie

Sabiri N.E., Haure J., Massé A., Lassus P., Buzin F., Palvadeau H., Jaouen P., Royer F. (2011). COMSAUMOL. SMIDAP. Ifremer Nantes 11 février 2011.

Stanisière J. L., Benabdelmouna A., Mazurié J., Dégremont L. (2011). Interest of cellular automata models for understanding epidemiological processes of OsHV1 virus in Crassostrea gigas. Aquaculture Europe 2011, Rhodes, Greece – October 18-21 2011.

Travers M. A., Esteve K., Sorrieul L., Tourbiez D., Nasfi H., Avarre J. C., Cerqueira F., Renault T., Vallaeys T. (2011) . Setting up a multilocus variable number of tendem repeats based, direct typing methods of Vibrio splendidus. Congrès Vibrio 2011 - Santiago de Compostelle – 01-03 novembre 2011.

Travers M.A., Haffner P., Tourbiez D., De Decker S., Robert M., Garcia C., François C., Ferrand S., Pépin J. F., Saulnier D., Renault T. (2011). Un point sur les outils de détection de V. splendidus. Journées « surmortalités » 29-30 novembre 2011, Ifremer Nantes.


RAPPORTS (A L’EXCEPTION DES AVIS ET EXPERTISES – RAPPORTS DE CONTRATS OU DE CONVENTION (UNION EUROPEENNE, COLLECTIVITES TERRITORIALES), PRIVES OU PUBLICS – NOTES DE SYNTHESE – RAPPORTS DE MISSIONS – DOCUMENTS TECHNIQUES – DOCUMENTS QUALITES (PROCEDURE, SUPPORTS DE L’ACCREDITATION) – DOCUMENTS NORMATIFS (NORMES, REFERENTIELS, PROTOCOLES…)

Arzul I. (2011) Rapport annuel des activités 2010 du laboratoire de référence OIE pour les infections à Bonamia ostreae et B. exitiosa

Arzul I. (2011) Rapport annuel des activités 2010 du laboratoire de référence OIE pour les infections à Marteilia refringens et M. sydneyi

Arzul I., J.P. Joly, C. Garcia, C. François, B. Chollet, M. Robert, E. Omnes, L. Miossec, (2011). Technical Report from the EU Reference Laboratory for Molluscs Diseases 2010.

Arzul I., J.P. Joly, B. Chollet, C. François, L. Miossec, C. Garcia, M. Robert and E. Omnes (2011). Report from the 2011 Annual Meeting and Eighth Combined Technical Workshop of the National Reference Laboratories for Mollusc Diseases La Rochelle and La Tremblade, 15-17 March 2011.

Arzul I. (2011) Report to the European Commission on the interlaboratory comparison test n° 2011-ILC-01.

Benabdelmouna A., Tourbiez D., D'Amico F., Cantin C., Grizon J., Seugnet J-L (2011). Niveau de ploïdie des naissains d'huître creuse captés dans les bassins de Marennes Oléron et d'Arcachon. Réseau Biovigilance, campagne 2009. http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14282/

Benabdelmouna A., Guyader T., Ledu C., Laporte P., Dégremont L. (2011). Etude de la CINétique et DIffusion de la MORtalité (CINDIMOR) chez les juvéniles de l'huître creuse Crassostrea gigas. http://archimer.ifremer.fr/doc/00063/17405/

Benabdelmouna A., Hemissi I. (2011). CARTAMO : CARTographie des Anomalies génomiques dans les gisements naturels d'huîtres creuses du bassin de Marennes Oléron. http://archimer.ifremer.fr/doc/00062/17281/

Benabdelmouna A., Hemissi I., Bodin S., Robert S., Ledu C., Laporte P. (2011). CAPRETAR : Etude comparative des caractéristiques cytogénétiques et des performances de survie de naissains sauvages issus du CAPtage PREcoce ou TARdif. http://archimer.ifremer.fr/doc/00062/17283/

Cochennec-Laureau N., Baud J.P., Pepin J.F., Benabdelmouna A., Soletchnik P., Lupo C., Garcia C., Arzul I., Boudry P., Huvet A., Pernet F., Bachere E., Bedier E., Petton B., Gaussem F., Stanisiere J.-Y., Dégremont L. (2011). Les surmortalités des naissains d’huîtres creuses, Crassostrea gigas : acquis des recherches en 2010. http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14423/

Chollet B., Joly J.P., Renault T. (2011). Procédure maîtrise des achats et approvisionnements - Edition n°4.

Cornette F . & S. Lapègue (2011). Variabilité génétique des stocks d'huîtres dans les Pertuis charentais. Contrat de projets Etat-Région Poitou-Charentes 2007-2013 – Convention n° 08/RPC-A-29 du 19 mai 2008 – Projet « Développement durable des Pertuis Charentais http://archimer.ifremer.fr/doc/00055/16661/

Degremont L., Maurouard E., Nourry M., Seugnet J. L., Bedier E., Fleury E., Langlade A., Pernet F., Pouvreau S., Le Souchu P., Normand J., D'Amico F., Rumebe M., Cantin C., Barret J. , Le Gall P., Baud J.P., Cochennec-Laureau N., Gervasoni E., Pelissier P. Bouqet A. L., Oudot G., Dubillaud E., Blin J. L., Gauquelin T., Lefebvre V., Pétinay S., Glize P., Trottier C. (2011). Suivi national des mortalités au stade naissain d'un lot témoin et d'un lot à survie améliorée pour Crassostrea gigas. http://archimer.ifremer.fr/doc/00065/17644/

Degremont L., Bordeyne F., Yonneau C., Maurouard E., Nourry M. (2011). Evaluation de la survie du naissain de captage naturel chez l'huître creuse Crassostrea gigas en fonction de la période des pontes à partir de lots sélectionnés pour les caractères de survie et efforts de reproduction. http://archimer.ifremer.fr/doc/00065/17643/

Garcia C., Joly J.P., Renault T. (2011). Procédure maîtrise de la fiabilité des essais - Edition n°5. Garcia C., Joly J.P., Renault T ; (2011). Procédure traitement de la demande d'essai - Edition n°6. Gouillieux B., Plus M., Auby I., Tchaleu G., Lapegue S. (2011). Compte rendu des travaux

d’accompagnement de l’opération Resur 2 menée par le Comité Régional Conchylicole d’Arcachon. http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14386/


Guichard B., Francois C., Joly J-P., Garcia C., Saulnier D., Pepin J-F., Arzul I., Omnes E., Tourbiez D., Faury N., Haffner P., Chollet B., Robert M., Renault T., Rauflet F., Le Gagneur E., Ropert M., Mouillard G., Gerla D., Annezo J-P., Le Gal D., Langlade A., Bedier E., Brerette S., Chabirand J-M., Grizon J., Robert S., Courtois O ., Rumebe M., Cantin C. (2011). Bilan 2010 du réseau Repamo - Réseau national de surveillance de la santé des mollusques marins. http://archimer.ifremer.fr/doc/00059/17050

Joly J.P., Garcia C., Renault T. (2011). Procédure structure documentaire - Edition n°8. Joly J.P., Garcia C., Renault T. (2011). Procédure maîtrise des ressources humaines - Edition n°6. Joly J.P., Garcia C., Renault T. (2011). Procédure maîtrise des équipements - Edition n°5. Joly J.P., Garcia C., Renault T. (2011). Manuel qualité de la Cellule Analytique - Edition n°3. Lapègue S., Cornette F., Villard C. (2011). Rapport intermédiaire de l'Ifremer dans le projet GigADN

"Tentative de mise au point du contrôle de filiation avec des marqueurs ADN chez l'huître creuse". Convention Ifremer/FranceAgriMer n) 10/521064/F

Pernet F., Barret J., Le Gall P., Lagarde F., Fiandrino A., Huvet A., Corporeau C., Boudry P., Quere C., Degremont L., Pepin J-F., Saulnier D., Boulet H., Keck N. (2011). Mortalités massives de l’Huître creuse: causes et perspectives. http://archimer.ifremer.fr/doc/00043/15404/

Renault T., 2011. ToRa - Produce an update on new disease trends in willd and cultured fisf, miolluscs and crustaceans, based on national reports (France report) ICES WGPDMO Report 2011, ICES Mariculture Committee

Renault T., 2011. ToR c - a review of information relating to outbreaks of mortality in Pacific oyster reported in 2008 and 2009 in different EU member states and the associated Council Directive 2006/88/EC. ICES WGPDMO Report 2011, ICES Mariculture Committee

Renault T et Guichard B. Rédaction de 3 documents concernant « l’Introduction d’organismes pathogènes pour les espèces exploitées par l’aquaculture et autres espèces » (avril 2011)

Robert S., Lazure P., Lunven M., Caisey X., Guesdon S., Chabirand J-M.l, Lapegue S., Guenole B., Le Moine O., Goraguer H., Goulletquer P., Lajournade M., Rodriguez J. (2011). Contribution au développement de la filière aquacole à St Pierre & Miquelon. Rapport Ifremer 2010 - Contrat ODEADOM-Ifremer - Convention 2010 n°2009-014/6

Saulnier D., Pépin J. F., Guesdon S., Dégremont L., Faury N., Haffner P., Renault T., Travers M.A, Tourbiez D., Geairon P., Le Moine O., Seugnet J.L., Soletchnik P. (2011). Mortalités massives de l'huître creuse - Rapport final du programme de recherche sur l'étude de la cinétique de détection d'agents infectieux associés à des épisodes de mortalités de naissains d'huîtres creuses Crassostrea gigas sur un site ostréicole de Marennes-Oléron (CIDAGINF 2009-2010). http://archimer.ifremer.fr/doc/00058/16920/

Soletchnik P., Mazurie J., Allain G., Bedier E., Benabdelmouna A., Blin J-L., Bouquet A-L., Cochet H., Degremont L., Gaussem F., Gervasoni E., Glize P., Petton B., Roussel P-Y., Pernet F. (2011). Les pratiques culturales peuvent-elles permettre de réduire la surmortalité du naissain d'huîtres creuses ? Récapitulatif des essais d'élevage et expérimentations zootechniques menés sur le territoire français entre 2008 et 2010. http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14280/

MEMOIRES D’ETUDIANTS

Bertrand C. (2011). Contribution à la validation d’une méthode d’analyse pour la détection de Perkinsus sp. en PCR et métrologie associées. Licence Professionnelle – Université de la Rochelle

Bonvarlet F. (2011). Exigences réglementaires et recommandations concernant le traitement de l’eau vis-à-vis des agents pathogènes en entrée et en sortie d’écloseries conchylicoles. ENVA 3eme année. 6/06/2011 au 24/06/2011. 46 p.

Gallerne C. (2011). Contribution à la détection de parties du génome impliquées dans l'activité fonctionnelle de réponse (QTL) à une infection à Bonamia ostreae chez l'huître plate européenne Ostrea edulis.

Ibara D.I. (2011). Contribution à l’étude de la distribution du parasite Bonamia ostreae dans son hôte l’huître plate Ostrea edulis par Real Time PCR. IUT Dijon.21 février-19 août 2011. 25 p


Moreau P. (2011). Etude des interactions entre l'huître creuse, Crassostrea gigas et le virus Ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) au travers de la caractérisation du polymorphisme viral.

Osta Amigo A. (2011). Effet de rayonnements ultra violets (UV) sur le pouvoir infectieux du virus OsHV-1 µVar en pathologie expérimentale.

Million G. (2011). Les anomalies génomiques induites par les impacts génotoxiques : caractérisation par cytométrie en flux et relation avec les performances de survie des naissains sur estran. Rapport de stage 4ème année Ingénieur en Agriculture ESITPA 76 .

Trancard S. (2011). Effet de la sélection pour l’amélioration de la survie au stade naissain chez Crassostrea gigas sur les performances de survie larvaire des descendants en présence d’OsHV-1. Rapport de stage de Licence Professionnelle aquaculture et gestion durable de l’Environnement, Université de La Rochelle : 30 p.

Turgis S. (2011). Comparaison de l’efficacité de différentes sondes hybridation in situ pour la détection du parasite Marteilia refringens chez les huîtres plates et les moules. Brevet de Technicien Supérieur d’analyses biologiques et biotechnologies, Melle

ARTICLES DE VULGARISATION – PLAQUETTE, DOCUMENT TECHNIQUE, LETTRE AUX MEDIAS, SITE WEB ……

Arzul I. (2011). Contribution à la rédaction des informations apparaissant sur le site internet du EURL en tant que coordinateur éditorial (Coordinateur technique : J. P. Joly) : http://www.eurl-mollusc.eu/

Arzul I. (2011). Participation et/ou rédaction de plusieurs Standard Operating Procedures pour nos collègues Européens et d’autres pays hors Europe (accessibles via le site Internet le LCR : http://wwz.ifremer.fr/crlmollusc/ Marteilia refringens detection and characterization by in situ hybridization (ISH) ( 3rd edition, September 2011). OsHV-1 detection and quantification by Real Time Polymerase Chain Reaction (1st edition, March 2011); Quantification of Perkinsus sp. infection intensity using Ray’s Fluid Thioglycolate Medium (RFTM) Method (1st edition, February 2011)

Dégremont L., Baud J. P., Cochennec-Laureau N., Cunin O., Benabdelmouna A. (2011) . Les plans de sauvegarde de l’huître creuse, Crassostrea gigas, 2010 et 2011. Communiqué du Comité National de la Conchyliculture, le MAAPRAT, l’Ifremer, la Société Atlantique de Mariculture, la Société de Développement Aquacole de Bouin, la Société Ecloserie de Kerné, la Société France Turbot, la Société Vendée Naissain, les Etablissements T. Girondin, 13 septembre 2011 : 2 p.

Haure J. (2011). CONSAUMOL : Limiter les interdictions de ventes de bivalves. Les nouvelles de l’Ifremer n°125, Le Marin du 30 septembre 2011.

Lapègue S. (2011). Interview pour la revue « Cultures Marines » : Sélection : les huîtres françaises ont de la ressource : Cultures Marines, 251 : 33

Lupo C. (2011). Plaquette de restitution des résultats de l’étude des mouvements d’huîtres creuses dans les Pertuis charentais, Janvier 2011 : 6 p,

Martin A. G. & F. François (2011). Site WEB REPAMO : http://wwz.ifremer.fr/repamo/ Renault T. (2001). Reportages La Tremblade (mortalités anormales) : Arte, 18 mars Renault T. (2001). Reportages La Tremblade (mortalités anormales) : Cultures Marines, avril Renault T. (2001). Reportages La Tremblade (mortalités anormales) : VSD, 20 avril Renault T. (2001). Reportages La Tremblade (mortalités anormales) : Canal + (GlobalMag), 5 mai Renault T. (2001). Interview téléphonique (mortalités anormales), Bloomberg News (France-Japan

oyster connection), 6 avril Renault T. (2001). Interview téléphonique (mortalités anormales), Phare de Ré, 20 mai


NOTES A DPMC, REGIONS, GROUPES DE REFLEXION IFREMER

Benabdelmouna A., Ledu C., Maurouard E., Yonneau C., Nourry M., Dégremont L. (2011). Sélection génétique et polyploïdisation pour l’amélioration de la survie des naissains de C. gigas vis-à-vis de la surmortalité. Première note (juin 2011) à la DPMA et Comité de suivi du plan de sauvegarde 2011.

Benabdelmouna A., Ledu C., Maurouard E., Yonneau C., Nourry M., Dégremont L. (2011). Sélection génétique et polyploïdisation pour l’amélioration de la survie des naissains de Crassostrea gigas vis-à-vis de la surmortalité. Deuxième note (novembre 2011) à la DPMA et au Comité de suivi du plan de sauvegarde (2011).

EXPOSES DANS DES REUNIONS PROFRESSIONNELLES

Benabdelmouna A., Ledu C., Maurouard E. (2011). Réunion annuelle « Bilan de fourniture 2011 des géniteurs tétraploïdes d’huître creuse par l’Ifremer aux écloseries françaises et perspectives pour l’année 2012, 12 décembre 2011, Ifremer, Nantes .

THESE

Buzin F. (2011). Optimisation des conditions hydrobiologiques pour la conservation de l’huître creuse Crassostrea gigas en système re-circulé

Castaing J. B. (2011). Procédés de traitement de l’eau de mer en conchyliculture pour la sauvegarde et le maintien de la qualité des mollusques bivalves. Université de Nantes

JURY DE THESE

Haure J. (2011). Jury de thèse présentée par J. B. Castaing « Procédés de traitement de l’eau de mer en conchyliculture pour la sauvegarde et le maintien de la qualité des mollusques bivalves ». Thèse soutenue le 29 septembre 2011, Université de Nantes.

Haure J. (2011). Jury de thèse présentée par F. Buzin « Optimisation des conditions hydrobiologiques pour la conservation de l’huître creuse Crassostrea gigas en système re-circulé. Thèse soutenue le 28 octobre 2011, Université de Nantes

Renault T., 2011. Réunion du Comité de Pilotage de thèse de Maya Bourjaily, 2 février 2011, Ploufragan, Anses. « Marqueurs de virulence pour le canard (domestique) des influenzavirus aviaires de sous-type H5 (considérés réglementairement faiblement pathogènes) ».

Renault T. (2011). Participation au Jury de thèse de Frédéric Chevalier en tant qu’examinateur, 15 juin 2011, Poitiers. « La symbiose à Wolbachia (α-protéobactéries) : impacts sur le sustème immunitaire et l’immunocompétence de son hôte Armadillidium vulgare (crustacé isopode) ».

Renault T. (2011). Participation au Jury de thèse de Florence Buzin en tant que rapporteur, 28 octobre 2011, Nantes. « Optimisation des conditions hydrobiologiques pour la conservation de l’huître creuse Crassostrea gigas en système re-circulé ».

Renault T. (2011). Participation au Jury de thèse de Laétitia Minguez en tant que rapporteur et président du jury, 14 novembre 2011, Metz. « Etude des interactions hôte parasites environnement chez la moule zébrée, Dreissena polymorpha ».

Renault T. (2011). Participation au Jury de thèse de Morgane Danion en tant qu’examinateur, 16 décembre 2011, Brest. « Impact de pollutions chimiques chroniques (hydrocarbures, pesticides) sur l’état sanitaire et le système immunitaire du poisson ».

Travers M. A. (2011). Jury de thèse présentée par Jeoffroy F. « Production et caractérisation de familles de palourdes japonaises, Ruditapes philippinarum, résistantes à la maladie de l’anneau brun. Thèse soutenue le 19 décembre 2011, Université de Bretagne Occidentale, Brest.


BREVETS FRANÇAIS DEPOSES DANS L’ANNEE

Pépin J.F, Segarra A., Morga B. & T. Renault 2011. Identification of the microVar strain of Ostreid herpesvrius 1 (OsHV-1). European Patent Office. Publication date : 2011-09-09 – Publication info : EP2366804(A1)2011-09-21. WO2011107850 (A1) 2011-09-09.

CUMUL DES BREVETS EN VIGUEUR

Benabdelmouna A. & C. Ledu, 2007. Obtention de moullusques bivalves tétraploïdies à partir de géniteurs diploïdes. 23 mars 2007, n° FR 07 02123

Benabdelmouna A. & C. Ledu, 2007. Obtention de mollusques bivalves tétraploïdes à partir du croisement de femelles diploïdes et de mâles tétraploïdes. 23 mars 2007, n°FR 07 02124

AVIS

Arzul Isabelle, Renault Tristan (2011). Suspicion of perkinsosis and haemocytic neoplasia in Sweden. SVA, National Veterinary Institute, Sweden, Ref. 11-195/LGP/PAT/EURL/IA/TR, 6p.

Arzul Isabelle, Renault Tristan (2011). Examination of flat oysters Ostrea edulis from South Africa. Amanzi Biosecurity, Hermanus, South Africa, Ref. 11-193/LGP/PAT/OIE/IA/TR, 1p.

Arzul Isabelle, Renault Tristan (2011). Suspicion of perkinsosis in South Africa. Amanzi Biosecurity, Hermanus, South Africa, Ref. 11-192/LGP/PAT/OIE/IA/TR, 4p.

Arzul Isabelle, Renault Tristan (2011). Analysis of larvae Crassostrea gigas from Korea. Fish Pathology Division National Fisheries Research & Development Institute (NFRDI), Korea, Ref. 11-194/LGP/PAT/OIE/IA/TR, 6p.

Arzul Isabelle, Renault Tristan (2011). Evaluation de la qualité de lames histologiques (lot 2011FRF157). Institut National des Sciences et Technologies de la Mer (INSTM), Salammbô, Tunisie, Ref. 11-172/LGP/PAT/OIE/IA/TR, 3p.

Arzul Isabelle, Renault Tristan (2011). Suspicion of marteiliosis in United Kingdom. CEFAS, Weymouth, UK, Ref. 11-170/LGP/PAT/EURL/IA/TR, 4p.

Arzul Isabelle, Renault Tristan (2011). Confirmation of infection with Bonamia exitiosa. CEFAS Weymouth, Dorset, UK, Ref. LGP/PAT/LCR/IA/TR/11-028, 1p., 5p.

Arzul Isabelle, Renault Tristan (2011). Suspicion of bonamiosis in Sweden. National veterinary institute, Sweden, Ref. LGP/PAT/EURL/IA/TR-11-017, 1p., 4p.

Francois Cyrille, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyse sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lots 2011FRM182-2011FRM183). DDAM Corse - Direction Départementale du Territoire et de la Mer, Bastia - 22, Ref. 11-197/LGP//PAT/REPAMO/CF/CG/TR, 3p.

Francois Cyrille, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyse sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lots 2011FRP188 et 2011FRP189). DDTM de l'Hérault et du Gard, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Montpellier - 34, Ref. 11-191/LGP/PAT/REPAMO/CG/CF/TR, 4p.

Francois Cyrille, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lots 2011FRM182 et 2011FRM183). DDTM Corse, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Bastia - 20, Ref. 11-190/PAT/REPAMO/CF/CG/TR, 3p.

Francois Cyrille, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRL176). DDTM de la Vendée, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Les Sables d'Olonne - 85, Ref. 11-182/LGP/PAT/REPAMO/CF/CG/TR, 3p.

Francois Cyrille, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRA177). DDTM de la Gironde, Direction Départementale des Territoires et de la Mer, Bordeaux, 33, Ref. 11-181/LGP/REPAMO/CF/CG/TR, 3p.


Francois Cyrille, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des moules (lot 2011FRB161). DDTM de la Manche, Direction Départementale du Territoire et de la Mer, Boulogne-Sur-Mer, 62, Ref. 11-180/LGP/REPAMO/CF/CG/TR, 3p.

Garcia Celine, Guichard Benjamin, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses d'un lot de flions tronqués Donax trunculus présentant une hausse de mortalité (lot 2011FRC089). DDTM du Finistère, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Quimper - 29, Ref. 11-131/LGP/PAT/REPAMO/CG/BG/TR, 6p.

Garcia Celine, Guichard Benjamin, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses Crassostrea gigas (lot 2011FRN104). DDTM de la Manche, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Saint-Lô - 50, Ref. 11-127/LGP/PAT/REPAMO/CG/BG/TR, 6p.

Garcia Celine, Haond Christophe, Guichard Benjamin, Renault Tristan (2011). Caractérisation de Bonamia sp. en France (Repamo). Ministère de l'Agriculture, de l'Alimentation, de la Pêche, de la Ruralité et de l'Aménagement du Territoire, DGAL, Paris 75, Ref. 11-084/LGP/PAT/LNR/CG/CH/BG/TR, 4p.

Garcia Celine, Joly Jean-Pierre, Renault Tristan (2011). Résultats des analyses zoosanitaires (lot 2011FRC160). Professionnel de la conchyliculture, Ref. 11-179/LGP/PAT/LNR/CG/JPJ/TR, 1p.

Garcia Celine, Joly Jean-Pierre, Renault Tristan (2011). Résultats des analyses zoosanitaires (lot 2011FRS167). Professionnel de la conchyliculture, Ref. 11-184 LGP/PAT/LNR/CG/JPJ/TR, 1p.

Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Bilan préliminaire des résultats concernant les analyses portant sur les huîtres creuses (naissain et adultes) originaires du Japon (lots 2010FRF158 et 2010FRF172). Direction Générale de l'Alimentation - Paris 75, Ref. 11-003/LGP/PAT/LNR/CG/TR, 11p.

Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Résultats complémentaires des analyses concernant le naissain et les huîtres creuses adultes originaires du Japon (lots 2010FRF172 et 2010FRF158). Direction Générale de l'Alimentation - Paris 75, Ref. 11-018/LGP/PAT/LNR/CG/TR, 3p.

Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Résultats complémentaires des analyses concernant le naissain et les huîtres creuses adultes originaires du Japon (lot 2010FRF172). Direction Générale de l'Alimentation - Paris 75, Ref. 11-029/LGP/PAT/LNR/CG/TR, 2p.

Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Détection d'un protozoaire du genre Mikrocytos lors de mortalités de flions tronqués, Donax trunculus (lots 2010FRR142-2010FRT138-2010FRC171). Ministère de l'Agriculture, de l'Alimentation, de la Pêche, de la Ruralité et de l'Aménagement du territoire, Direction Générale de l'Alimentation - Paris 75, Ref. 11-031/LGP/PAT/LNR/CG/TR, 9p.

Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses définitif sur lot à hausse de mortalité chez des flions tronqués (11-033 LGP/PAT/LNR/CG/TR). DDTM, Direction Départementale du Territoire et de la Mer - Quimper 29, Ref. 11-033/LGP/PAT/LNR/CG/TR, 1p.

Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses complémentaires sur lot à hausse de mortalité chez des flions tronqués. DDTM, Direction Départementale du Territoire et de la Mer - Lorient 56, Ref. 11-034/LGP/PAT/LNR/CG/TR, 1p.

Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses définitif sur lot à hausse de mortalité chez des flions tronqués. DDTM, Direction Départementale du Territoire et de la Mer - La Rochelle 17, Ref. 11-032/LGP/PAT/LNR/CG/TR, 1p.

Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Résultats des analyses zoosanitaires demandées (lot 2010FRE156). LER Morbihan Pays de Loire, Ref. 11-030/LGP/PAT/LNR/CG/TR, 1p.

Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Résultats des analyses zoosanitaires demandées (lot 2011FRS004). Professionnel de la conchyliculture, Ref. 11-026 LGP/PAT/LNR/CG/TR, 1p.

Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Résultats des analyses zoosanitaires demandées (lot 2011FRS003). Professionnel de la conchyliculture, Ref. 11-020LGP/PAT/LNR/CG/TR, 1p.

Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Résultats des analyses zoosanitaires demandées (lot 2011FRS002). Professionnel de la conchyliculture, Ref. 11-019 LGP/PAT/LNR/CG/TR, 1p.


Guichard Benjamin, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses du lot d'huîtres creuses Crassostrea gigas Repamo 2011FRR139 présentant une anomalie de coloration des branchies. DDTM de la Charente-Maritime, Direction Départementale des Territoires de la Mer, La Rochelle - 17, Ref. 11-163/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses du lot d'huîtres creuses Crassostrea gigas Repamo 2011FRR142 présentant une anomalie de coloration des branchies et de la mortalité. DDTM de la Charente-Maritime, Direction Départementale des Territoires de la Mer, La Rochelle - 17, Ref. 11-164/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 9p.

Guichard Benjamin, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses des lots de moules Mytilus edulis n°2011FRC119 et 2011FRC120 présentant une mortalité anormale. DDTM du Finistère, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Quimper - 29, Ref. 11-160/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 9p.

Guichard Benjamin, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses du lot d'huîtres creuses Crassostrea gigas Repamo 2011FRC136 présentant une mortalité anormale. DDTM du Finistère, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Quimper - 29, Ref. 11-159/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 12p.



Guichard Benjamin, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses d'une mactre coralline Mactra stultorum présentant une hausse de mortalité (lot 2011FRC129). DDTM du Finistère, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Quimper - 29, Ref. 11-154/LGP/PAT/REPAMO/CG/BG/TR, 3p.

Guichard Benjamin, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses d'un lot de flions tronqués Donax trunculus présentant une hausse de mortalité (lot 2011FRC118). DDTM du Finistère, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Quimper - 29, Ref. 11-152/LGP/PAT/REPAMO/CG/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses Crassostrea gigas (lot 2011FRT122). DDTM du Morbihan, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Vannes - 56, Ref. 11-153/LGP/PAT/REPAMO/CG/BG/TR, 8p.

Guichard Benjamin, Garcia Celine, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (LOT 2011FRT131). DDTM du Morbihan, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Vannes - 56, Ref. 11-151/LGP/PAT/REPAMO/CG/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses Crassostrea gigas (lot 2011FRT091). DDTM du Morbihan, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Vannes - 56, Ref. 11-123/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses Crassostrea gigas (lot 2011FRN090). DDTM de Seine-Maritime, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Rouen - 76, Ref. 11-122/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses Crassostrea gigas (lot 2011FRC087). DDTM du Finistère, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Quimper - 29, Ref. 11-119/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.


Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses Crassostrea gigas (lot 2011FRL085). DDTM du Morbihan, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Vannes - 56, Ref. 11-117/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses Crassostrea gigas (lot 2011FRL086). DDTM de la Vendée, Direction Départementale des Territoires de la Mer, La Roche Sur Yon - 85, Ref. 11-118/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses Crassostrea gigas (lot 2011FRP080). DDTM des Pyrénées-Orientales, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Perpignan - 66, Ref. 11-114/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des coques communes Cerastoderma edule (lot 2011FRB079). DDTM Nord-Pas-de-Calais, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Arras - 62, Ref. 11-113/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 7p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses Crassostrea gigas (lot 2011FRL076). DDTM Vendée, Direction Départementale du Territoire et de la Mer - La Roche Sur Yon - 85, Ref. 11-112/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRC054). DDTM Finistère, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Quimper - 29, Ref. 11-111/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRA051). DDTM Pyrénées-Atlantiques, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Pau - 64, Ref. 11-110/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRM050). DDTM de la Haute-Corse, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Bastia - 20, Ref. 11-109/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRN081). DDTM du Calvados, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Caen - 14, Ref. 11-108/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRN047). DDTM du Calvados, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Caen - 14, Ref. 11-107/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRL049). DDTM Charentes Maritime, Direction Départementale des Territoires de la Mer, La Rochelle - 17, Ref. 11-106/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.




Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRV045). DDTM Pays de la Loire, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Nantes - 44, Ref. 11-103/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRV040). DDTM Vendée, Direction Départementale du Territoire et de la Mer, La Roche Sur Yon - 85, Ref. 11-102/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRT078). DDTM Morbihan, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Vannes - 56, Ref. 11-100/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.




Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRS053). DDTM Ile et Vilaine, Direction Départementale du Territoire et de la Mer, Rennes - 35, Ref. 11-091/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRN038). DDTM Manche, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Saint-Lô - 50, Ref. 11-090/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (lot 2011FRR035). DDTM 17, Direction Départementale des Territoires de la Mer, La Rochelle - 17, Ref. 11-089/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Guichard Benjamin, Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses d'un lot de moules communes Mytilus edulis présentant une hausse de mortalité (lot 2011FRC023). DDTM Finistère, Direction Départementale des Territoires de la Mer - Quimper, 29, Ref. LGP/PAT/REPAMO/BG/CH/TR 11-002, 3p., 2p.

Guichard Benjamin, Renault Tristan (2011). Détection d'agents infectieux réglementés (MDO/MRC) chez les mollusques marins en France en 2010. Ministère de l'Agriculture, de l'Alimentation, de la Pêche, de la Ruralité et de l'Aménagement du territoire, Direction Générale de l'Alimentation - Paris 75, Ref. 011-120/LGP/BG/TR, 3p.

Haond Christophe, Guichard Benjamin, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres (lot 2011FRP034). DDTM de l'Hérault et du Gard, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Montpellier - 34, Ref. 11-087/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 4p.

Haond Christophe, Guichard Benjamin, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (2011FRA033). DDTM Gironde, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Bordeaux 33, Ref. 11-082/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.


Haond Christophe, Guichard Benjamin, Renault Tristan (2011). Compte-rendu d'analyses sur lot à hausse de mortalité chez des huîtres creuses (2011FRA032). DDTM Gironde, Direction Départementale des Territoires de la Mer, Bordeaux 33, Ref. 11-081/LGP/PAT/REPAMO/CH/BG/TR, 5p.

Haond Christophe, Renault Tristan (2011). Résultats des analyses zoosanitaires demandées (lot 2011FRR022). Professionnel de la conchyliculture - Plouguerneau, 29, Ref. 11-053/LGP/PAT/LNR/CH/TR, 1p.

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Lapegue Sylvie, Renault Tristan (2011). Diversité génétique d'huîtres creuses provenant du Japon (lots 10-172 et 10-158). Direction Générale de l'Alimentation - Paris 75, Ref. 11-05/LGP/GEN/SL/TR, 2p.

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Renault Tristan, Garcia Celine, Joly Jean-Pierre, Pepin Jean-Francois, Haffner Philippe, Lapegue Sylvie (2011). Rapport final : Analyses réalisées sur les huîtres creuses provenant du Japon - 4 mai 2011. Direction Générale de l'Alimentation - Paris 75, Ref. 2011/05/04/LGP/PAT/GEN/TR/CG/JPJ/JFP/PH/SL, 81p.

Renault Tristan, Pepin Jean-Francois, Haffner Philippe (2011). Caractérisation de la sensibilité à l'infection à OsHV-1 (OsHV-1 µvar) du naissain d'huîtres creuses importé du Japon - Rapport intermédiaire. Direction Générale de l'Alimentation - Paris 75, Ref. 11-03b/LGP/PAT/TR, 8p.

Renault Tristan, Pepin Jean-Francois, Haffner Philippe (2011). Caractérisation de la sensibilité à l'infection à OsHV-1 (OsHV-1 µvar) du naissain d'huîtres creuses importé du Japon - Rapport final. Direction Générale de l'Alimentation - Paris 75, Ref. 11-03/LGP/PAT/TR, 7p.