Rapport d’activité 2009€¦ · marins à leur environnement » (José Zambonino responsable) 6 Département PFOM Rapport d’activité, année 2009 1.3.3 Implication dans la compréhension

Département Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins

Avril 2010

Rapport d’activité 2009

Huître plate (18 mois) en cours de filtration (photo R. Robert)

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Rapport d’activité, année 2009

Sommaire

1 Introduction ....................................... .................................................................. 3 1.1 Présentation du Département..................................................................................................3 1.2 Personnel et excellence scientifique........................................................................................3 1.3 Bilan et faits marquants de l’année..........................................................................................5

2 Moyens et effectifs................................ .............................................................. 9 2.1 Personnels IFREMER..............................................................................................................9 2.2 Correspondants informatiques et plongeurs professionnels .................................................10 2.3 Mouvement de personnel ......................................................................................................10 2.4 Formations reçues .................................................................................................................11 2.5 Nouveaux diplômes des personnels permanents /néant.......................................................12 2.6 Stagiaires ...............................................................................................................................12 2.7 Doctorants..............................................................................................................................13 2.8 Post-doctorants......................................................................................................................14 2.9 Personnels titulaires d’un contrat à durée déterminée (hors post-doc).................................14 2.10 Echanges de Chercheurs, Ingénieurs ou Techniciens avec les laboratoires extérieurs (si

chercheurs étrangers, préciser pays, organismes et cadre de l’opération)...........................15 2.11 Missions à l’étranger ..............................................................................................................16

3 Résultats obtenus en 2009.......................... ..................................................... 17 3.1 Développement des poissons................................................................................................17 3.2 Remplacement des huiles et farines de poisson dans l'alimentation des poissons ..............22 3.3 Microbiologie des élevages de poissons et de mollusques...................................................25 3.4 Obtention de Juvéniles de Qualité.........................................................................................30 3.5 Génomique et physiologie de la reproduction et de la survie estivale chez l'huître creuse ..33 3.6 Ecophysiologie des mollusques filtreurs................................................................................38 3.7 Effet des polluants organiques persistants sur la biologie de la sole SoleBemol .................43

4 Perspectives ....................................... ............................................................... 47 4.1 Evolution du personnel ..........................................................................................................47 4.2 Evolution des laboratoires .....................................................................................................47

5 Publications....................................... ................................................................ 49 5.1 Publications dans revues à comité de lecture .......................................................................49 5.2 Publications sans comité de lecture ......................................................................................51 5.3 Articles dans ouvrages ..........................................................................................................51 5.4 Communications dans colloques avec actes de colloques ...................................................52 5.5 Communications dans colloques sans actes de colloques ...................................................55 5.6 Rapports de contrats CEE, FAO, privés ................................................................................57 5.7 Thèses, HDR .........................................................................................................................58 5.8 Mémoires d’étudiants et de post-docs...................................................................................59 5.9 Activité de diffusion des connaissances ................................................................................60 5.10 Colloques et séminaires organisés par un membre de l’unité...............................................60 5.11 Participation à des conseils nationaux et internationaux à caractère scientifique ou

technique ...............................................................................................................................60 5.12 Activité de soutien aux laboratoires et services de l’Ifremer .................................................61 5.13 Activité de reviewing pour des revues scientifiques ou techniques: 71.................................62 5.14 Activités d’expertise ...............................................................................................................62

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1 Introduction

1.1 Présentation du Département

Le département Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins a été créé le 1er janvier 2005 et il a été reconduit en avril 2009 pour un mandat de 4 ans, Chantal Cahu restant à la direction. Ce département est composé de deux laboratoires:

- Le laboratoire Adaptation Reproduction et Nutrition des poissons. Dans le cadre de l’UMR 1067 NUAGE, ce laboratoire est associé aux équipes de l’INRA de St Pée sur Nivelle et du Laboratoire Génomique et Physiologie des Poissons de l’Université Bordeaux 1. Cette UMR existe depuis 1993. Au moment du renouvellement du département, la direction de ce laboratoire a changé et José Zambonino a succédé à Vincent Buchet.

- Le laboratoire de Physiologie des Invertébrés, constitué en UMR (PE2M) en association avec le laboratoire de Biologie et Biotechnologies Marines de l’Université de Caen. L’UMR 100 existe depuis 2004. Pierre Boudry a succédé à Jean-Louis Nicolas pour la direction du laboratoire.

Le département comptait 35 permanents et accueillait en 2009 18 doctorants et post-doctorants et une dizaine de stagiaires. Il regroupe des compétences en physiologie, zootechnie, nutrition, biochimie, biologie moléculaire, génomique, microbiologie. En plus du partenariat des UMRs, des collaborations avec différentes universités françaises et européennes se sont développées dans de nombreuses disciplines. Il s’agit notamment de collaborations avec l’IUEM (Université de Bretagne Occidentale) et avec la Station Biologique de Roscoff (UMR entre Université Pierre et Marie Curie et CNRS), collaborations renforcées par la création de l’Europole Mer.

1.2 Personnel et excellence scientifique

Marie Françoise Gouillou Coustans a quitté ses fonctions de façon officielle en mai, après plusieurs années de congés maladie. C’est une compétence sur le métabolisme vitaminique qui a été perdue.

Matthieu Garnier, technicien, a réalisé une formation qualifiante, master puis master 2 au terme de laquelle il a rejoint le département BRM, Nantes. Marie Josée Delmas, ingénieur, a rejoint le département pour 18 mois et travaille en microbiologie avec Jean-Louis Nicolas.

Le département comprend actuellement 17 chercheurs dont 8 avec HDR, et plusieurs sont prévues à court terme. Le nombre de publications dans des revues à comité de lecture est de 32 en 2009 (24 en 2006) pour le département, dans des revues d’un facteur d’impact de 1,0 à 4,0.

Deux doctorants ont soutenu leur thèse en 2009 (Yohan Thomas et Benjamin Rico Villa) et trois nouveaux doctorants ont commencé (Eric Guévellou, François Hénaff, Mohammed Aboubaker)

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Département Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins Responsable département: Chantal Cahu (HDR)

Assistante Département: Yvette Lemonnier

Laboratoire ARN Laboratoire LPI Zambonino José RL (HDR) Brest Boudry Pierre RL (HDR) Brest Buchet Vincent C Brest Alunno-Bruscia Marianne C Brest Gatesoupe Joël C (HDR) Brest Brulle Franck Post-D Brest Mazurais David C Brest Corporeau Charlotte C Brest Omnes Marie Hélène C Brest Daniel Jean-Yves I Brest Person Jeannine C (HDR) Brest Delmas Marie Josée I Brest Fly Sainte Marie Jonathan Post-D Brest Huvet Arnaud C (HDR) Brest Miner Philippe I Brest MoaL Jeanne C Brest Nicolas Jean-Louis C (HDR) Brest Normand Julien C-CDD Brest Petton Bruno I Argenton Pouvreau Stéphane C Argenton Robert René C (HDR) Argenton Séguineau Catherine C Brest Suquet Marc C Argenton Lemonnier Yvette A Brest Loiseau Véronique S Brest Desbruyères Elisabeth T Brest Garnier Matthieu T Brest Huelvan Christine T Brest Lebrun Luc T Argenton Le Bayon Nicolas T Brest Le Souchu Pierrick T Argenton Le Delliou Hervé T Brest Mingant Christian T Argenton Le Gall Marie Madeleine T Brest Quillien Virgil T Brest Quazuguel Patrick T Brest Quéau Isabelle T Argenton Sévère Armelle T Brest Quéré Claudie T Brest Trancart Suzanne T Brest Fernandez Ignacio D Brest Azandegbe Afi D Brest Geay Florian D Brest Bernard Ismaël D Argenton Hénaff François D Brest De Decker Sophie D Brest Lamari Faouzi D Brest Emmery Antoine D Argenton Zouiten Dora D Brest Guévélou Eric D Brest

Houmed Aboubaker Mohamed D Brest

RL: responsable laboratoire, S: secrétaire, C: Chercheur, I: Ingénieur, T: technicien, D: Doctorant, Post-D: post-doctorant, HDR: Habilité à diriger des Recherches

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1.3 Bilan et faits marquants de l’année

1.3.1 Evolution des partenariats

l’UMR Nuage a été évaluée en novembre 2009, avec la vague A des universités. Malgré une collaboration très fructueuse, notamment pour l’obtention de projets européens, le laboratoire ARN a décidé de sortir de cette UMR et de ne pas renouveler cette association pour le prochain quadriennal. Cette décision a été argumentée auprès de la direction de la stratégie scientifique de l’Ifremer et a été validée. Le départ non remplacé de plusieurs chercheurs, Jean Robin l’année dernière, représentant une compétence en métabolisme lipidique, le départ de Marie-France Goulliou, représentant une compétence en métabolisme vitaminique fait que ce groupe ne constitue plus une force de proposition par rapport à la masse des chercheurs INRA de l’UMR. Le groupe Ifremer était ainsi entraîné vers des thématiques propres à l’INRA (productions animales), ce qui, en retour, n’engageait pas l’Ifremer à y investir des postes.

L’idée était donc que les effectifs restant de ce laboratoire s’allie à d’autres collègues Ifremer pour constituer un groupe conséquent pouvant entrer dans une UMR(voir la partie ‘Perspectives’ de ce rapport).

1.3.2 Evolution des axes de recherche

Le but du département est de développer des connaissances sur les grandes fonctions physiologiques des poissons et des mollusques, en prenant comme modèle les deux espèces les plus élevées en France, le bar Dicentrarchus labrax et l’huître Crassostrea gigas.

L’effort s’est poursuivi cette année pour élargir nos recherches à d’autres espèces qui apparaissent comme des modèles biologiques intéressants et en outre, permettent d’étendre des collaboration dans un cadre européen ou international. Il s’agit par exemple du mulet (collaboration avec la Tunisie), du wolffish (collaboration avec le Canada), du thon (projet européen), de l’anguille (projet européen) de l’huître plate, de la moule et de la coquille Saint-Jacques (projet européen), la sole (projet ANR). Les connaissances générées peuvent aussi bien être utilisées dans des buts d’aquaculture, de gestion halieutique, ou de préservation de la biodiversité.

En 2009, les recherches du département étaient rattachées à deux programmes et plusieurs projets:

- Aquaculture Durable , projets « Observation, analyse et prévision des performances conchylicoles », « Domestication et sélection », « Sécurisation et obtention des juvéniles de qualité » (René Robert responsable), « développement durable de la pisciculture outre-mer »

- Approche écosytémique de l’halieutique , projet « Processus adaptatifs des organismes marins à leur environnement » (José Zambonino responsable)

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1.3.3 Implication dans la compréhension des mortalités massives d’huîtres

En 2009, la profession ostréicole a subi pour la seconde année consécutive une crise très aiguë de mortalités d’huîtres touchant principalement le naissain. Le LPI s’est impliqué dans la recherche des causes de mortalité en abordant principalement deux aspects:

– Etude des causes environnementales: Implication dans l’observatoire conchylicole, principalement dans le projet Velyger (coordination Stéphane Pouvreau) et le projet ADECOM, en relation avec le LER de Sète (Fabrice Pernet).

Etudes physiologiques: lien de la reproduction avec les mortalités (CDD de Julien Normand et Elodie Fleury) et études de transmissibilité des pathogènes avec des expériences de pathologie expérimentale (CDD de Suzanne Trancard).

Par ailleurs, des expériences réalisées sur l’huître plate, espèce spécialement sensible aux vibrios, ont montré que des vibrios, présents au moment de la ponte, se développaient au cours des élevages. Un traitement préventif des géniteurs, puis un traitement UV tout au long de l’élevage larvaire empêche le développement de ces vibrios. Ces résultats militent pour une meilleure prophylaxie en écloserie et seront transférés au professionnels lors d’une formation prévue au sein de la station expérimentale d’Argenton en 2010. Des expériences seront réalisées pour vérifier dans quelle mesure ces résultats sont transposables à l’herpes virus.

1.3.4 Projets financés en cours

Le projet Européen SELFDOTT, “From captured-based to self sustained aquaculture and domestication of bluefin tuna, Thunnus thynnus production” pour l’étude de la reproduction, du développement larvaire et de la nutrition du thon rouge, les partenaires Ifremer étant les départements BOME et PFOM (D. Coves, C. Cahu). Le meeting de restitution de première année à eu lieu à Bari, en Février, avec environ 50 participants.

Le projet Européen SETTLE, « Bivalve conditionning and settlement- Keys to competitive hatchery production » sur l’amélioration de la production de naissain d’huître plate et de coquille Saint-Jacques (R. Robert). Le meeting de restitution de première année a eu lieu à Nantes, avec une vingtaine de personnes.

Le projet National VELYGER, sur la variabilité de recrutement de l’huître creuse, soutenu par le comité national de la conchyliculture, financé par le FEP (Fond Européen pour la Pêche) (S. Pouvreau). http://wwz.ifremer.fr/velyger/.

Le projet RISCO, étude des mortalités d’huîtres en baie de Quiberon selon la méthodologie développée dans le programme MOREST. Financement INSU (EC2CO) et labellisation en cours auprès du « pôle mer » (J.L. Nicolas).

Le projet ANR Gametogènes, sur la reproduction de l’huître. Coordinateur P. Favrel, UMR PE2M.

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Le projet ANR Hi-Flo: Base génétique et histoire de la différentiation adaptative chez les espèces marines à fort flux génique (coordination Nicolas Bierne).

Quatre projets ont été obtenus pour le département dans le cadre de l’axe 1 du GIS Europole Mer (C. Cahu coordinatrice) . http://www.europolemer.eu/.

– Oxygènes P. Boudry coordinateur, IUEM (Université de Bretagne Occidentale) partenaire: projet sur le coût énergétique de la reproduction chez l’huître, comparaison entre les souches résistantes et les souches sensibles à la mortalité estivale.

– Mitochondries IUEM coordinateur, Ifremer partenaire (J. Moal) Variation de la composition lipidique des membranes des mitochondries des huîtres en relation avec l’environnement.

– Métabolisme lipide D. Mazurais coordinateur, partenariat avec UMR 7144, Station Biologique de Roscoff: Voies de synthèse des acides gras polyinsaturés chez les poissons.

– Virem J-L. Nicolas coordinateur, IUEM partenaire: mécanisme de virulence de vibrios associés aux huîtres, palourdes et ormeaux.

Il est à noter que la plupart de ces projets incluent un financement pour un post-doc.

1.3.5 Nouveaux projets financés

Tois nouveaux projets européens ont été obtenus et un projet financé par le FUI:

KBBE “Reproseed: REsearch to improve PROduction of SEED of established and emerging bivalve species in European hatcheries”. Coordinateur Jean-Louis Nicolas (démarrage mi-2010).

KBBE PRO-EEL: Reproduction of European Eel: Towards a Self-sustained Aquaculture. Coordinateur Jonna Tomkiewisc, Danemark.

Interreg Seafare: Sustainable Environmentally Friendly Aquaculture for the Atlantic Region of Europe), sur les techniques d’écloserie de bivalve et le caractère invasive de l’huître creuse.

Financement FUI (Fonds Uniques Interministériels); VEGEAQUA "Génétique de l'adaptation aux aliments végétaux en aquaculture". projet soutenu par les pôles de compétitivité AQUIMER 2005 1569, Mer BRETAGNE 2005 1963, Mer PACA 2005 3108.

1.3.6 Organisation de congrès et séminaires

Le symposium DEB2009, 1ère manifestation scientifique internationale sur la théorie des Budgets d’Energie Dynamiques (DEB), a été organisée conjointement entre l’Ifremer (Marianne Alunno-Bruscia), l’Université de Bretagne Occidentale, l’Institut Européen de la Mer, et l’INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) pour les acteurs locaux, avec la participation de l’IRD (Institut de Recherche et de Développement), de l'Institut Polytechnique de Lisbonne, de l’Université Livre d’Amsterdam (VUA), l’Institut Royal Néerlandais de la Mer (NIOZ) et l’Institut de Recherches Marines IMARES Wageningen.

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http://wwz.ifremer.fr/deb2009)

Environ 85 scientifiques originaires de 13 pays différents en Europe et dans le reste du monde (Croatie, Danemark, France, Finlande, Italie, Pays-Bas, Portugal, Mexique, Norvège, USA, Nouvelle-Zélande se sont réunis pour discuter pendant trois jours des multiples applications de cette théorie et de ses développements en biologie et en écologie.

1.3.7 Collaborations internationales (autres que celles des projets européens)

La collaboration avec le Canada (ISMER-UQAR) sur l’évaluation de la qualité des naissains, se poursuit (R. Robert et J-L. Nicolas) , ainsi qu’une forte implication dans le Réseau Aquaculture Québec (C. Cahu membre du Conseil Scientifique du RAQ).

Des collaborations se sont renforcées avec des chercheurs mexicains de l’Institut CIBNOR . Après le séjour d’un an d’Ilie Racotta, puis de Dariel Tovar, Clara Galindo est venue de février 2009 à février 2010.

Collaboration avec la Norvège:Accueil d’un chercheur invité Rune Rosland, de l’Université de Bergen, dan le cadre du projet BlueDEB. Un échange est prévu pour 2010 avec Marianne Alunno-Bruscia, qui sera affectée à l’IMR pour plusieurs mois.Personnel et excellence scientifique.

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2 Moyens et effectifs

2.1 Personnels IFREMER

Cadres ARN Répartition des temps agents par projet (heures par an) Nom/Prénom Catégorie Activité (%) PJ0404 PJ0605 PJ0702 PJ0703 PJ0704 PJ0709 PJ0710 PJ4107 PJ4201 PJ5101 PJ5102 PJ5107 PJ5110

Cahu Chantal C3 100 60 28 25 132 49 633 49 128 Buchet Vincent C2 100 1156 135 148 18 13 7 Gatesoupe Joël IR1 100 Mazurais David C1 100 646 379 37 Omnes Marie-Helene C2 100 216 1258 43 11 Person Jeannine C2 100 15 470 192 Zambonino Jose-Luis C2 100 882 342 4

Cadres PI Répartition des temps agents par projet (heures par an) Nom/Prénom Catégorie Activité (%) PJ0004 PJ0510 PJ060 PJ070 PJ0702 PJ0703 PJ0704 PJ0706 PJ0707 PJ4102 PJ4107 PJ4201 PJ5005.1 PJ5101 PJ5103 PJ5110

Alunno-Bruscia Marianne C1 80 38 728 222 221 67 82 11 Boudry Pierre C2 100 185 149 165 735 10 132 8 244 100 Corporeau Charlotte C1 100 573 121 36 Daniel Jean-Yves C1 100 155 266 77 1083 Garet-Delmas Marie-Jose C1 100 1184 422 Huvet Arnaud C1 100 99 395 246 768 Miner Philippe C1 100 1164 12 86 82 153 Moal Jeanne C2 100 20 677 317 269 Nicolas Jean-Louis C2 100 15 512 253 163 Petton Bruno C1 100 194 478 805 Pouvreau Stephane C2A 100 158 1465 20 Robert Rene C2 100 1424 44 Suquet Marc C1 100 1479

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Techniciens/Administratif ARN Répartition des temps agents par projet (heures par an) Nom/Prénom Catégorie Activité (%) PJ0510 PJ0605 PJ0703 PJ0704 PJ4201 PJ4305 PJ5101 PJ5110

Desbruyeres Elisabeth CTA 100 624 561 165 8 Huelvan Christine TP 100 729 537 165 8 Le Bayon Nicolas TP 100 329 5 Le Delliou Herve TS 100 659 450 251 237 Le Gall Marie-Madeleine TP 100 572 503 362 8 4 Lemonnier Yvette AA 100 465 287 770 Quazuguel Patrick TP 100 1198 242 Severe Armelle TP 80 32 1115 32 8

Techniciens/Administratif PI Répartition des temps agents par projet (heures par an) Nom/Prénom Catégorie Activité (%) PJ0605 PJ0701 PJ0702 PJ0703 PJ0704 PJ0706 PJ0710 PJ4107 PJ4201 PJ5101 PJ5110

Garnier Matthieu TS 100 180 130 880 Le Souchu Pierrick TS 100 955 424 20 Lebrun Luc TS 100 132 1357 Loiseau Veronique SD 85 974 Mingant Christian TP 100 370 914 342 Queau Isabelle TS 80 82 1055 Quere Claudie TS 50 269 693 284 Quillien Virgile TS 100 154 221 126 1116 Trancart Suzanne TS 100 918

2.2 Correspondants informatiques et plongeurs professionnels Nom, Prénom Plongeur professionnel Correspondant informatique Le Delliou Hervé X

Mingant Christian X

Le Souchu Pierrick X

2.3 Mouvement de personnel Nom, Prénom Laboratoire Arrivée Départ

Garnier Matthieu PI 01/11/09

Robin Jean ARN 31/05/09

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2.4 Formations reçues Nom Dépt/labo Intitulé Organisme

Alunno-Braschia Marianne PI Quadrige extractions IFREMER centre de Nantes

Boudry Pierre PI Formation management - Mastership AMPLITUDE

Cahu Chantal PFOM Formation management - Mastership AMPLITUDE

Corporeau Charlotte PI Prévention des risques radiologiques - sources non scellées

Centre technique de l’APAVE Nord Ouest

Corporeau Charlotte PI Séparation des protéines par électrophorese bidimensionnelle

CNRS

Desbruyeres Elisabeth ARN Préparation à l'habilitation pour la conduite des appareils à couvercle amovible - autoclave


Gonzales Ricardo PI Les bases en statistiques ENITAA Nantes

Huvet Arnaud PI Recyclage secouriste du travail Ferelloc Daniel

Huvet Arnaud PI EZIWEB IFREMER Centre de Brest

Huvet Arnaud PI Risques liés à la manipulation des produits chimiques Envirogestes - Qualigestes

Le Bayon Nicolas ARN Recyclage secouriste du travail Ferelloc Daniel

Le Delliou Hervé ARN Risques liés à la manipulation des produits chimiques Envirogestes - Qualigestes

Le Delliou Hervé ARN Maintenance CPG niveau 1 Perking Elmer Instruments

Le Gall Marie-Madeleine ARN Risques liés à la manipulation des produits chimiques Envirogestes - Qualigestes

Lebrun Luc PI Recyclage secouriste du travail Ferelloc Daniel

Loiseau Véronique PI EZIWEB IFREMER Centre de Brest

Mazurais David ARN Préparation à l'habilitation pour la conduite des appareils à couvercle amovible - autoclave


Mazurais David ARN Anglais intensif Rond Point Anglais

Miner Philippe PI Les méthodes d'analyses multidimensionnelles des donn2es

ENITAA Nantes

Miner Philippe PI Word perfectionnement IFREMER Centre de Brest

Miner Philippe PI Plans d'experiences ENITAA Nantes

Miner Philippe PI Les bases en statistiques ENITAA Nantes

Pouvreau Stéphane PI Quadrige extractions IFREMER Centre de Nantes

Quere Claudie PI Prévention des risques radiologiques - sources non scellées


Quere Claudie PI Séparation des protéines par électrophorèse bidimensionnelle

CNRS

Quere Claudie PI Création de jouets en bois Association JUNO BRAVO

Quillien Virgile PI Permis côtier Bateau Ecole de l'Iroise

Quillien Virgile PI Séparation des protéines par électrophorèse bidimensionnelle

CNRS

Quillien Virgile PI Analyse du risque chimique en milieu marin IFREMER Centre de Nantes

Robert René PI EZIWEB IFREMER Centre de Brest

Robert René PI Communication Papillon Fabrice

Severe Armelle ARN Recyclage secouriste du travail Ferelloc Daniel

Severe PI Prévention des risques radiologiques - sources non scellées


Zambonino José ARN Anglais conversation niveau intermédiaire 2 EASY ENGLISH

Zambonino José ARN Formation management - Mastership AMPLITUDE

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2.5 Nouveaux diplômes des personnels permanents /néant

2.6 Stagiaires Nom, Prénom Durée Diplôme préparé Etablissement d'origine Sujet Tuteur Berthou Aurore 6/04 au 2/06/09 DUT Génie biologique IUT Quimper Impact des contaminants chimiques organiques sur les physiologies

intestinale et hépatique de la sole. Le travail serait axé sur des dosages enzymatiques et moléculaires.

D. Mazurais J. Zambonino

Bouget Gaetan 14/4 au 12/6/09 DUT IUT Brest Etude des communautés bactériennes du sédiment de la baie de Quiberon J.L. Nicolas Donnart Mathilde 6/04 au- 2/06/09 DUT Génie biologique IUT Quimper analyse de la microflore du sédiment de la Baie de Quiberon par DGGE J.L. Nicolas Grassi Coralie 5/01 au 3/06/09 Master2 Recherche -

Biologie intégrative et Physiologie

P&M Curie, Paris Etude in vitro du fonctionnement de la voie de synthèse des acides gras polyinsaturés chez le bar

J. Zambonino

Guevelou Eric 5/01au 3/07/09 prolongé jusqu'au 31/10/10 (bourse)

Master2 Recherche - Génétique, Génomique et Biotechnologies

Univ. de Brest Etude des proténines impliquées dans la reproduction de l'huître creuse Crassostrea gigas

C. Corporeau

Holbac Marine 5/01 au 5/06/09 Master2 Recherche -Biologie marine

Univ. de Brest Etude du régime alimentaire de l'huître plate Ostrea edulis - comparaison avec l'huître creuse Crassostrea gigas

R. Robert

Kermoysan (de) Goulwen 4/1/09 au 0/6/09 Master I Univ. Bordeaux Suivi de la reproduction de l'huître creuse en Rade de Brest dans le cadre de Velyger.

S. Pouvreau

Lunven Caroline 17 au 28/08/09 Diplôme d'ingénieur en agronomie

Montpellier Stage d'observation dans le domaine de l'aquaculture P. Miner

Maurin Aurélie 16/11 au 8/12/09 Master2 Biologie fondamentale et Appliquée

Univ. Brest Caractérisation des microflores du sédiment en baie de Quiberon par analyses en DGGE de la flore totale (ADN) et de la flore active (ARN)

J.L. Nicolas M.J. Garet-Delmas

Perhirin Antoine 5/01 au 26/6/09 Master2 Recherche - Sciences Chimiques de l'Environnement

Univ. de Brest Mesures des flux énergétiques et du stress oxydatif dans l'interprétation du stress lié au sédiment chez les huîtres creuses Crassostrea gigas

C. Seguineau

Rimon Flore 27/04 au 4/09/09 Tech. Sup. Mer Intechmer, Cherbourg Congélation d'embryons d'huîtres creuses M. Suquet Sevedavy (de) Briac 9/02 au 3/04/09 BTS Industrie Agro-

Alimentaire INITIAA Nantes Dosage de l'acide phytique - application à l'étude de l'effet alimentaire du

phytate sur la composition corporelle et la digestibilité chez le bar Dicentrarchus labrax

M.H. Omnes

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2.7 Doctorants Nom, Prénom Dates Etablissement

d’origine Financement Sujet Tuteur

Azandegbe Afi 12/06 au 12/09 Univ. de Brest Ifremer Etude de l’écologie de Vibrio aesterianus pathogène de l’huître creuse: un modèle d’interaction huître-environnement-pathogène. Comparaison des modalités de l’infection avec des souches pathogènes de Vibrio splendidus.

J.L. Nicolas

Bernard Ismaël 11/08 à 12/2011 Univ. de La Rochelle Ifremer/Poitou-Charente

Déterminisme du recrutement de Crassostrea gigas sur les côtes françaises: peut-on prévoir et fiabiliser le captage?

S. Pouvreau M Alunno-Bruscia

Emmery Antoine 11/08 à 12 2011 Univ Caen Ifremer/Région Basse-Normandie

Expliquer la variabilité de la croissance de l'huître creuse dans différents écosystèmes côtiers: caractérisation de l'environnement abiotique et trophique de Crassostrea gigas par le couplage de l'isotopie et de la modélisation DEB." (Acronyme: IsoDEB)

M. Alunno-Bruscia S. lefevre

Fernandez Monzon Ignacio

9/01 au 4/09 IRTA (Espagne) IRTA Participation au traitement et à l’exploitation des données de transcriptomique issues d’une expérience visant à analyser l’effet de la vitamine A sur le développement larvaire du bar (Dicentrarchus labrax)


Geay Florian 11/07 au 10/10 Univ. de Brest Ifremer Possibilité d'utilisation des huiles végétales dans les aliments pour poissons marins. Fonctionnement et héritabilité de la voie de synthèse des acides gras polyinsaturés chez les poissons

C. Cahu D. Mazurais

Gonzales Ricardo 9/07 au 10/10 Univ.de Brest Minist. Recherche Chilien

Incidence des principaux facteurs de l’environnement sur le conditionnement et le développement larvaire d’Ostrea edulis

R. Robert

Hénaff François 11/09 au 10/12 Univ. Caen Co-financement Ifremer/Région Haute Normandie

Devenir des polybromodiphénylethers chez la sole et effets sur les performances de la reproduction

V. Buchet C. Munschy

Aboudaker Mohamed 12/08 au 11/09 – prolongé jusque octobre 2011

Univ. Brest Bourse djiboutienne Caractérisation de facteurs de virulence spécifiques de vibrions par analyse comparative de deux vibrioses, Vibrio aesturianus-Crassotrea gigas et Vibrio tapetis-Ruditapes philippinarum: approches cellulaires et moléculaires

J.L. Nicolas

Lamari Faouzi 10/09 et 12/09 UBO/ Univ Monastir (Tunisie)

co-tutelle Univ. Monastir (Tunisie) et UBO

Utilisation de bactéries liquides probiotiques en aquaculture pour prévenir et traiter les poissons d'élevage contre des vibrions pathogènes

J. Gatesoupe

Milan Massimo 11/08 au 03/09 Univ. de Florence (Italie)

Etude des protéines impliquées dans les voies de signalisation qui contrôlent la reproduction: validation des outils génomiques obtenus chez l’huître creuse Crassostrea gigas.

C. Corporeau

Normand Julien 11/08 au 03/09 Univ. de La Rochelle Ifremer/Région Poitou-Charentes

Bases génétiques et écophysiologiques de l’allocation à la reproduction chez les huîtres creuses triploïdes (Crassostrea gigas).

P. Boubry

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2.8 Post-doctorants Nom, Prénom Dates Etablissement

d'origne Financement Sujet Tuteur

DAPRA Franco 12/08 au 11/09 Réalisation de recherches Absorption des lipides et développement intestinal chez les jeunes stades de truite arc-en-ciel

J. Zambonino

Fly-Sainte-Marie Jonathan

11/08 au 07/09 Etude et modélisation de la bioénergétique (croissance, reproduction) de la moule bleue Mytilus edulisà l’aide de la théorie des Budgets d’Energie Dynamique

Galindo Sanchez Clara 01 à 12/09 CIBNOR (Mexique) Gouvernement mexicain (CONACYT)

Analyse moléculaire de génotypes contrastés pour l’allocation à la reproduction chez l’huître creuse Crassostrea gigas

Santigosa i Culi Ester 10/07 au 09/09 Fondation Alfonso Martin Escudero

Gouvernement espagnol

Mise en place des cultures d'hépatocytes de bar: intérêt dans l'étude des acteurs et mécanismes impliqués dans le métabolisme des acides gras polyinsaturés chez le bar

D. Mazurais

2.9 Personnels titulaires d’un contrat à durée déterminée (hors post-doc) Nom, Prénom Qualification Sujet Période Responsable

Le Bayon Cécile Secrétaire Remplacement de Véronique Loiseau 22/6 au 7/8/09 J.L. Nicolas

Garet-Delmas Marie-José Ingénieur Surcroît de travail 26/1/09 au 25/7/10 J.L. Nicolas

Trancard Suzanne Technicienne Mortalités d’huîtres 2009 6/7/09 au 31/12/09 J.L. Nicolas

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2.10 Echanges de Chercheurs, Ingénieurs ou Techniciens avec les laboratoires extérieurs (si chercheurs étrangers, préciser pays, organismes et cadre de l’opération)

Nom, Prénom Qualification Organisme Sujet Période Tuteur

Claireaux Guy Accompagnateur d’une délégation internationnale d’étudiants et de professeurs

Professeur Université de Brest Aquaculture 3/06/09 (après-midi)

P. Boudry J. Zambonino

Curnow John Grant King Justin Lawrence

Chercheur Chercheur

Institut gouvernemental australien

Aquaculture 1 jour - 14/09/09 J. Zambonino

Darias Caceras Maria Gisbert Enric Fernandez Monzon Fernandez

Chercheur Chercheur Doctorant

IRTA, San Carles, Espagne Biologie Moléculaire 8/06/09 au 12/06/09


Fliss Ismaël Professeur Université Laval, Québec Aquaculture et probiotiques 2 jours 11-12/07/09 J.L. Nicolas

Jerry Dean Robert Chercheurs School of Marine and Tropical Biology James Cook University, Australie

Aquaculture 1 jour – 27/04/09 P. Boudry

Rosland Rune Chercheur Universite de Bergen (Norvège) Utilisation du modèle DEB et la diversification des espèces de coquillages et des relations coquillage-environnement au sein de divers écosystèmes

22/06/09 au 31/07/09

M. Alunno-Bruscia

Tovar Ramirez Dariel Chercheur CIBNOR, Mexique Etude de l’ontogénèse du système immunitaire induite par la colonisation microbienne de l’intestin, en particulier dans le cadre du projet UE PROMICROBE

1/08/08 au 31/8/09 J. Gatesoupe

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2.11 Missions à l’étranger Alunno-Bruscia Marianne 12-16/11, Vlissingen (Pays-Bas), participation au congres ICSR 2007 Alunno-Bruscia Marianne 27-29/11, Bruxelles (Belgique), stage hyperion Alunno-Bruscia Marianne 5-12/04 , Bergen (Pays-Bas), mission MOMA (financée par EGIDE) Alunno-Bruscia Marianne 13-21/08, Trondheim (Norvège), conférence EAS2009 & groupe Euroshell (14-17) -

réunion Cano & Moma (18-20) Alunno-Bruscia Marianne 17-22/11, Bergen, reunion travail + soutenantce T. Strohmeier Boudry Pierre 19-22/09, Bergen (Norvège), mini Symposium Aquagenome Boudry Pierre 28/02-13/03, Vietnam, participation à l'école franco vietnamiennede recherche "les bio

ressources marines et leurs utilisations Boudry Pierre 29/03-3/04, Gdansk (Pologne), participation à la réunion du groupe "Génétique

(WGAGFM) du CIEM Boudry Pierre 21-22/04, Zandvoort (Pays-Bas) participation à la réunion "LifeWatch" Boudry Pierre 20-28/06, Bangkok, colloque ISAG2009 Boudry Pierre 31/10-8/11, Taiwan, participation à l'international Oyster Symposium Cahu Chantal 2-6/03, Bari (Italie), meeting Selfdott

Cahu Chantal 9-12/11, Rimouski (Canada) - participation au Forum Québécois en Sciences de la Mer 2009

Corporeau Charlotte 3-8/7, Bodo (Norvège), présentation 2 posters au colloque GIA2009 (Genomics In Aquaculture 2009)

Desbryères Elisabeth 8-11/12, San Carlos (Espagne), réunion à l'IRTA projet PICASSO

Fleury Elodie 9-20/01, San Diego, Colloque Plant & Animal Genome XVIII Gatesoupe Joël 16-17-2, Gand (Belgique) - réunion projet UE PROMICROBE

Gatesoupe Joël 14-19/8, Trondheim (Norvège), réunion Promicrobe+modération d'une session d'Aquaculture Europe EAS 2009

Gatesoupe Joël 29/11-1/12, Gand (Belgique), Workshop d'analyse bionumérique

Geay Florian 14-21/2, Seattle (USA), présentation au colloque Aquaculture America 2009

Huelvan Christine 22-25/6, Molde (Norvège), projet OPTIPROD - Expertise

Le Gall Marie-Madeleine 15-18/9, Molde (Norvège), projet OPTIPROD - manip sur saumons - prélèvements Mazurais David 24/9-1/10, Veracruz (Mexique), participation au colloque "World Aquaculture 2009" et

contacts avec collègues scientifiques - présentation orale Mazurais David 5-11/9, Gand (Belgique), participation au colloque LARVI 2009

Mazurais David 9-12/11, Rimouski (Canada), participation au Forum Québécois en Sciences de la mer 2009

Mazurais David '8-11/12, San Carlos (Espagne), réunion à l'IRTA projet PICASSO

Normand Julien 12-19/09, Rimouski (Canada), colloque et rencontre avec R. TREMBLAY Person Jeannine 21-24/4, Faro (Portugal), réunion du projet UE Bénéfish

Person Jeannine 7-8/10, Oslo (Norvège), Panels d'experts sur le programme d'aquaculture The Research Council of Norway

Pouvreau Stéphane 19-22/11, Bergen jury de thèse de Tore Strohmeier Robert René 2-4/02/09, Gant, Réunion EATIP "EUROPEAN AQUACULTURE TECHNOLOGY &

INNOVATION PLATFORM Robert René 13-21/08, Sundalsora (Norvège), colloque European Aquaculture Society et réunion

avecYoav Barr Robert René 7-13/09, Ghent (Belgique), colloque LARVI 2009 Robert René 24-27/09, Yerseke (Pays-Bas), orateur invité au Shellfish Conference Suquet Marc 22/06-4/07, La Valette (Malte), manip Selfdott Suquet Marc 7-12/09, Valence (Espagne), 2nd Int Workshop on Fish Gamete Suquet Marc 30/11-02/12, Prague, contacts équipe O Linhart, Univ sud Boheme Zambonino José 7-9/5, Athènes (Grèce), cours à professionnels (dans le cadre de FineFish)

Zambonino José 26-29/5, Bruxelles (Belgique), réunion préparation futurs projets UE

Zambonino José 22-25/6, Molde (Norvège), projet OPTIPROD - EXPERTISE

Zambonino José 5-11/9, Gand (Belgique), participation au colloque LARVI 2009

Zambonino José 15-18/9, Molde (Norvège), projet OPTIPROD - manip saumon - prélèvements

Zambonino José '8-11/12, San Carlos (Espagne), réunion à l'IRTA projet PICASSO

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3 Résultats obtenus en 2009

3.1 Développement des poissons

3.1.1 Projet Européen FINEFISH (2005-2009) sur les malformations

Responsable J. Zambonino, participation D. Mazurais, C. Cahu Intervenants: E. Desbruyères, C. Huelvan, H. Le Delliou, M.M. Le Gall, P. Quazuguel

Ce projet coordonné par la FEAP (Fédération Européenne des Aquaculteurs), regroupe 9 SME et 8 Universités/Instituts de Recherche. Son objectif est de déterminer les causes des malformations en s’intéressant à 3 paramètres d’élevage: la température, la nutrition et la zootechnie du bassin.

L’équipe de Brest étudie l’impact de certaines vitamines (Vit A, C et D) sur la morphogenèse de la larve de bar, en s’intéressant aux acteurs moléculaires mis en jeu. Au cours de cette année 2009, notre équipe a poursuivi les analyses moléculaires et biochimiques des expériences précédentes (essentiellement l’expérience sur les teneurs en vitamines différentes en fonction du stade de développement). L’ensemble des principaux résultats ont été compilés dans le rapport final du projet UE (16 octobre 2009). Nous avons participé à l’écriture de 2 brochures, sur 1/ la nutrition des larves de bar et daurades et 2/ Recommandations pour limiter les malformations chez les larves de bar et daurades, dans le cadre d’un manuel édité à l’intention des écloseurs « Manual on Control of Malformations in Fish Aquaculture » http://www.aquamedia.org/finefish/manual/manual_en.asp).

Effet de la vitamine C

L’effet de six doses de vitamine C (0, 5, 15, 30, 50 et 400 mg de Vitamine C/kg correspondant aux aliments VC-0, VC-15, VC-30, VC-50 et VC-400) a été évalué pendant les 45 premiers jours du développement des larves de bar. La dose 400 mg/kg correspond à la dose recommandée par le NRC. Un prélèvement intensif (tous les 4 jours) de larves a été effectué afin de pouvoir suivre finement le développement de la zone crânienne (collaboration avec l’Université de Patras): de ce fait, aucune estimation de la survie n’a été possible au cours de cette expérience. Toutefois, les groupes VC0 et VC5 semblaient fortement affectés et très peu d’individus ont survécu au delà de 30 jours. Les meilleures croissances ont été observées pour les groupes VC-50 et VC-400 (Figure 1).

Figure 1: Longueur des larves de bar à 45 jours.

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Les analyses morphométriques montrent que les doses en vitamine C inférieures à 30 et celle de 400 mg/kg d’aliment induisent de nombreuses et sévères malformations, particulièrement sur la nageoire caudale. Les faibles doses de Vit C induisent de plus des atteintes du cartilage, caractérisées par des arches haemiques et des vertèbres cartilagineuses incorrectement ou non formées. La dose la plus élevée VC-400 induit spécifiquement la formation d’une vertèbre supplémentaire, et un fort pourcentage de malformations des nageoires dorsales et anales.

La dose de vitamine C de l’aliment influence aussi le degré d’ossification de la larve de bar. Les faibles doses et la dose 400mg de vitamine C induisent une minéralisation significativement plus faible par rapport à VC-50 (Figure 2), ce qui semble s’accompagner par un plus fort pourcentage de malformations (Figure 3).

Figure 2: Niveau d’ossification (Pixels totaux/larves) des larves à J45 en fonction de la dose en vitamine C.

Figure 3: Pourcentage de malformations des larves à J45 en fonction de la dose en vitamine C.

Le niveau d’expression de TRPV-6, gène codant pour le transporteur intestinal de calcium, est significativement plus faible chez le groupe VC-400 (Figure 4), ce qui pourrait impliquer une plus faible synthèse de ce transporteur, avec pour conséquence une plus faible absorption de calcium intestinal. Ce résultat est intéressant dans la mesure où les ions Ca2+ sont nécessaires pour que SVCT-1 (le transporteur principal de vitamine C) puisse être exprimé, et nous observons effectivement une baisse de l’expression de SVCT-1 à J45 dans ce groupe VC-400.

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Figure 4: Expression de TRPV-6 au cours du développement de la larve de bar nourries avec les différents régimes expérimentaux.

Ce résultat suggère que les fortes supplémentations en vitamine C dans l’aliment ne constituent pas le moyen le plus efficace pour augmenter le pool de vitamine C dans l’organisme, car cette absorption dépend directement de SVCT-1. Les niveaux de SVCT-1 semblent ainsi conditionner la quantité de cartilage à J45, fin de la période larvaire (Figure 5), ce qui est cohérent avec le fait que la vitamine C est directement impliquée dans la formation du cartilage.

Figure 5: Quantité de cartilage (Pixels totaux/larves) des larves à J45 en fonction de la dose en vitamine C.

Nous observons aussi que les faibles doses de vitamine C (< VC-30) influencent négativement l’ontogenèse du squelette ; cet effet semble principalement dû à une interaction entre niveau de vitamine C et expression de VDR qui ne décroit pas au cours du développement dans les groupes de larves recevant de faibles doses en vitamine C, entraînant une cascade d’événements (faible expression d’ostéocalcine combinée avec une forte expression de PPARγ) qui révèlent un mauvais développement du tissu osseux. C’est la première fois qu’une interaction entre les voies de la vitamine C et vitamine D est révélée.

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Effet-doses de vitamines en fonction du stade de dé veloppement

Les expériences réalisées avec les vitamines A et D ont montré qu’une même dose de vitamine influençait différemment le développement des structures osseuses en fonction de la chronologie de celles ci. En particulier, il ressortait que les premières structures à se mettre en place (essentiellement la zone crânienne) étaient affectées par des doses élevées en vitamine A, alors que ces mêmes doses induisaient un meilleur développement de la zone vertébrale. Ces constats nous ont donc conduit à faire varier les doses de vitamines au cours du développement. Nous avons donc testé 4 types de mélange vitaminique: VM1: avec une teneur standard en vitamine C et D, mais contenant 16665 UI de vit A ; VM2, mélange vitaminique standard (vit A: 49995 UI/kg ; vit C: 400mg/kg ; vitamine D: 19200 UI/kg) ; VM3: teneurs standards en vitamine A et C, et 38400 UI de vitamine D ; VM4: teneurs standards en vitamine A et D, et 50 mg de vitamine C. Différentes combinaisons de mélanges vitaminiques ont été testées pendant 45 jours, en fonction du stade de développement des larves (avant et après jour 15) j:

Groupe A: VM1 puis VM2; Groupe B: VM2 (groupe standard); Groupe C: VM1 puis VM3 ; Groupe D: VM1 puis VM4.

Aucune différence de croissance n’a été notée entre les groupes expérimentaux, même si le groupe B montre une tendance à être supérieur aux autres groupes (P<0.07) . Le processus d’ossification est aussi similaire entre les différents groupes. Néanmoins, le groupe B a un pourcentage significativement plus faible de malformations vertébrales (lordoses, scolioses, kyphoses) par rapport aux autres groupes (Figure 6).

Figure 6: Pourcentage des malformations vertébrales.

Ce résultat, à la lumière des données enzymatiques qui révèlent un retard dans la maturation des fonctions digestives dans les groupes C et D, suggèrent que la séquence vitaminique VM2/VM2 est actuellement la plus appropriée pour le développement des larves de bar.

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3.1.2 Projet européen SELFDOTT- Elevage larvaire du thon rouge

L’objectif de l’année 2009 était d’étudier la mise en place et le développement des enzymes digestives des larves de thon élevées en conditions intensives (eau claire, à Palavas), en pseudogreen water (à Mazzaron) ou en mésocosme (à Heraklion).

Les prélèvements ont étés fait sur les trois sites par nos partenaires, les larves ont été placées dans du RNA later, mais très peu de larves étaient présentes par échantillon et parfois mal fixées. Les ARN étaient de qualité variable. Les différents gènes ayant été clonés, l’expression des gènes codant pour la trypsine, l’amylase, la phosphatase alcaline, l’aminopeptidase N, une peptidase cytosolique a été mesurée au cours du développement des larves élevées dans chacun des systèmes.

Il est apparu que:

– il n’y a eu aucune évolution de l’activité enzymatique chez les larves élevées en système intensif jusqu’au jour 12. On peut relier ce résultats a une absence de prise d’aliment et une absence de croissance des larves dans ce système au cours de ces expériences

– Les enzymes mesurées chez les larves élevées en mésocosme présentent le profil de attendu pour des larves en développement. Ceci est aussi cohérent avec la bonne croissance obtenue.

Les enzymes digestives apparaissent bien comme un indicateur de développement chez cette espèce.

Par ailleurs, des enzymes d’antioxydation, telle que la catalase ont été dosées (expression des gènes également). L’expression de la catalase augmente considérablement chez les larves de thon élevées en intensif, cela suggérant un stress important chez ces animaux.

Catalase

0,00

0,50

1,00

1,50

2,00

2,50

3,00

3,50

4,00

0 dph 3 dph 7 dph 10 dph 13 dph

developmental stage

rela

tive

expr

essi

on/E

F1

Palavas

Cr ete

Figure 7: Expression de la catalase chez les larves de thon élevées en intensif et mésocosme.

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Pour l’analyse de la microflore, et l’étude de sa variabilité inter-sites, une méthode d’extraction de l’ADN a été mise au point qui permet une analyse individuelle des larves dès l’ouverture de la bouche. Malgré la faible proportion d’ADN bactérien par rapport à l’ADN de l’hôte à ce stade, il est ainsi possible d’obtenir des produits d’amplification spécifique de fragments du gène codant pour l’ARN 16S des bactéries, qui puissent être analysés par électrophorèse DGGE afin d’étudier la diversité de la microflore, ce qui sera fait en 2010. Des échantillons de larves de thon ont été obtenus à partir de deux conditions très différentes:

(1) un essai d’élevage à Palavas en eau claire, caractérisé par une absence de croissance des larves (en moyenne 12 ng d’ADN génomique par larve 12 jours après l’éclosion, contre 21 au jour 3), et un développement de microflore opportuniste (1.02 de taux d’incidence de l’ADN d’origine bactérienne au jour 12, contre 0.31 au jour 3).

(2) un élevage en eau verte à Mazarron (Murcia, Espagne), avec des conditions de croissance plus satisfaisante (137 ng d’ADN génomique par larve 12 jours après l’éclosion, contre 8 au jour 3), et sans prolifération bactérienne anormale (0.06 de taux d’incidence de l’ADN d’origine bactérienne au jour 12, contre 0.48 au jour 3).

3.2 Remplacement des huiles et farines de poisson dans l'alimentation des poissons

3.2.1 Régulation de la voie de synthèse des acides gras polyinsaturés chez le bar

Intervenants: D. Mazurais, J. Zambonino, C. Cahu, F. Geay (Doctorant), E. Santigosa (2008-2009, Post-Doctorante)

La majorité des poissons marins carnivores d’intérêt aquacole tel que le bar Européen (Dicentrarchus labrax) n’est pas capable de synthétiser des quantités importantes d’AGLPI (acides gras insaturés à longues chaînes carbonées) lorsqu’ils sont alimentés avec un régime enrichi en huiles végétales (pauvres en AGLPI mais riche en précurseurs: acides gras polyinsaturés (AGPI)). Hors, face à la stagnation des ressources liées à la pêche minotière, la substitution des huiles de poissons par des huiles végétales est une solution envisagée pour maintenir et accroître la production piscicole dans les années à venir. Il est important que cette substitution alimentaire ne se répercute pas sur la qualité nutritionnelle du poisson d’élevage et notamment sur ses teneurs en AGLPI (EPA et DHA). Dans ce contexte, le travail réalisé au laboratoire ARN a pour objectif d’étudier la fonctionnalité et la régulation de certains acteurs moléculaires, telle que l’enzyme delta-6-desaturase (FADS2), impliqués dans la conversion des AGPI en AGLPI chez le bar.

Les principaux objectifs du laboratoire sont: (1) Le développement d’outils moléculaires spécifiques au bar (séquences d’ADNc spécifiques d’acteurs de la voie de synthèse des AGLPI: FADS2, SREBP1 ; séquence du promoteur du gène FADS2) et la mise en place des approches méthodologiques (expression de gène en système hétérologue levure, dosage de l’activité de l’enzyme) afin de mieux appréhender la fonctionnalité et la régulation de la FADS2. (2) L’analyse des effets d’une alimentation à base d’huile végétale aux stades précoces (étude d’une éventuelle programmation métabolique) et adultes sur l’expression et/ou l’activité de cette enzyme chez le bar (en relation avec l’origine génétique des poissons).

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Principaux résultats

Après clonage par RACE PCR (Rapid amplification of cDNA-ends by PCR) de l’intégralité de l’ADNc codant la FADS2 de bar, la fonctionnalité de la protéine correspondante a été testée par insertion dans un vecteur d’expression (pYES) en système hétérologue levure Saccharomyces cerevisiae. L’enzyme FADS2 de bar est caractérisée par de faibles taux de bioconversion d’AGPI des voies n-3 et n-6 en AGLPI relativement à d’autres espèces d’eau douce. Par ailleurs, l’enzyme ne présente pas d’activité FADS1 (delta-5 desaturase) comme cela a pu être montré chez le poisson zèbre. Un variant d’épissage codant une protéine tronquée a également pu être mis en évidence. Ce variant, mille fois moins exprimé au niveau transcriptionnel ne présente pas d’activité de désaturation en système hétérologue. Ces résultats ont donné lieu à une publication acceptée dans le journal Marine Biotechnology.

L’activité de cette enzyme FADS2 (par HPLC) ainsi que les taux relatifs de ses messagers (par PCR quantitative) ont été analysés chez des bars adultes, issus d’un plan de croisement contrôlé, alimentés pendant 18 mois avec un aliment témoin ou composé de matières premières 100% d’origine végétale (riche en AGPI et pauvre en AGLPI). L’analyse a été ciblée chez deux demi-familles de bar présentant des taux de croissances similaires en régime témoin mais significativement différents en régime végétal (révélant des capacités d’utilisation du régime végétal différentes entre les deux demi-familles). Les résultats obtenus n’indiquent pas de différence significative d’expression et d’activité de FADS2 pouvant expliquer les capacités différentes entre les deux demi-familles.

En outre, les données obtenues indiquent que le régime végétal induit une augmentation de l’expression des transcrits codants la FADS2 et son principal facteur de transcription (SREBP1) au niveau du foie et de l’intestin dans les deux demi-familles. Cette stimulation de l’expression du gène FADS2 ne semble pas associée à une augmentation de son activité de désaturation contrairement à ce qui a pu être mis en évidence lors de travaux antérieurs chez les espèces de salmonidés. Une régulation post transcriptionnelle de l’expression de FADS2 est très probablement à l’origine de cette caractéristique. En conséquence, l’analyse des profils d’acides gras dans le muscle indique une très forte diminution des taux d’EPA et de DHA chez les poissons alimentés avec le régime végétal.

Perspectives

Une analyse par puce à oligo « bar » va être mise en oeuvre afin de comparer les transcriptomes hépatiques des poissons issus des deux demi-familles ; ceci afin d’essayer de mieux comprendre les déterminants moléculaires à l’origine des capacités d’adaptation au régime végétal différentes.

Des études sont en cours afin de déterminer si les taux d’AGLPI consommés en période larvaire sont capables d’induire des régulations épigénétiques au niveau du gène FADS2. Dans cette optique, une analyse de l’état de méthylation d’une séquence riche en îlots CpG caractérisée dans le promoteur du gène FADS2 va être effectuée.

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3.2.2 Etude de l’effet de l’acide phytique (facteur anti-nutritionnel) sur la croissance, la digestibilité, la minéralisation et le système digestif du bar Européen D. labrax

Intervenants: M.H Omnes, V. Buchet, N. Le Bayon, P. Quazuguel, H. Le Delliou, A. Sévère (Ifremer), M.J. Borthaire (Inra UMR 1067, St Pée/Nivelle) ; NutriPass IRD (34)

Le phosphore est un des éléments les plus importants des organismes de part son rôle biologique (acides nucléiques, nucléoprotéines, membranes cellulaires, phospholipides, tissus osseux) et en tant que source d’énergie. En aquaculture, lorsque la farine de poisson est remplacée par des substituts végétaux, le phosphore phytique constitue une source de phosphore peu disponible pour les poissons, car ceux-ci ne possèdent pas d’enzymes endogènes pour son hydrolyse, ce qui confère au phytate des propriétés anti-nutritionnelles. Par ailleurs, cette molécule a une grande affinité pour les ions métalliques comme le calcium, le zinc et le fer, conduisant à l’interférence de l’absorption de ces minéraux au niveau de l’intestin antérieur et affectant défavorablement divers processus métaboliques. De plus, l’acide phytique est connu pour complexer avec les protéines et l’amidon et il en résulte une faible digestibilité de ces nutriments. Ceci agit sur la croissance et la minéralisation.

L’étude a cherché à mesurer les effets d’un gradient d’acide phytique, apporté sous forme de phytate de sodium dans une base aux taux de 0,2%, 0,5%, 1,0%, 2,0% dans les régimes expérimentaux, comparés à un régime sans phytate, sur quelques paramètres chez le bar. L’expérience est conduite en duplicats, en bacs cylindroconiques de 75L, 40 poissons de poids ini. 18,2g, nourris à satiété 2 fois/jour, après une acclimatation de deux semaines, pendant une durée de cinq semaines, suivie d’une période de digestibilité de deux semaines. L’ingéré, la composition de l’aliment des poissons initiaux et finaux ont été mesurés.

L’aliment présente une composition de 50,5% protéines, 15,6% lipides et 25,1kJ.g-1énergie.

La farine de poisson ne contient que 1,65 de phosphore pour 10,3% mat.min.(brut) ce qui se révèle être faible. L’acide phytique (IP6) suit un gradient dont la teneur s’avère inférieure à l’hypothèse théorique du contenu dans les préparations.

g IP6 / 100 g matière sèche d'aliment

0

0,1

0,2

0,3

0,40,5

0,6

0,7

0,8

0,9

C P1 P2 P3 P4

Figure 8: Molécule d’acide phytique (A) et teneur en IP6 dans les aliments (B).

B A

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En fin d’expérience, les poissons ont doublé leur poids moyen initial. La supplémentation en acide phytique n’a pas influencé significativement la croissance, la prise alimentaire, ni le taux de croissance entre les groupes. Les indices somatiques du foie, rate et des viscères ne sont pas affectés. La composition corporelle montre 17% de protéines et 12,4% de lipides (poids hum). La teneur en phosphore des carcasses très faible a été reconsidérée. L’acquisition des données de digestibilité et l’étude de la minéralisation sont à poursuivre.

3.3 Microbiologie des élevages de poissons et de mollusques

3.3.1 Projet Européen PROMICROBE

Intervenants: J. Gatesoupe, F. Lamari, N. le Bayon, P. Quazuguel

Des larves de bar ont été nourries avec de l’aliment composé soit dès le début de la prise de nourriture, soit après une alimentation sur Artemia jusqu’au jour 30. Au jour 60, il n’y avait pratiquement plus de différence entre les poids moyens des deux groupes. Des échantillons ont été prélevés à ces deux dates afin d’étudier la variabilité individuelle de la microflore avant et après sevrage. Les analyses de biodiversité seront effectuées en 2010 par DGGE sur les produits d’amplification spécifique de fragments du gène codant pour l’ARN 16S des bactéries.

Pour ce même projet, des juvéniles de bar ont été élevés en vue d’étudier la variabilité individuelle de la microflore intestinale au cours du temps, et l’influence possible de l’origine des poissons. Des individus provenant de trois lots différents ont été mélangés de façon homogène dans trois bacs d’élevage. Les poids moyens des trois lots initiaux ont continué d’évoluer de façon différente selon l’origine (Tableau 1). Une analyse préliminaire sur des individus dont le contenu intestinal a été prélevé début mai montre un effet de l’origine du lot sur la microflore (Figure 9). Cette étude sera approfondie en 2010.

Début mai Fin septembre

Origine 1 Origine 2 Origine 3 Moyenne

initiale

Origine 1 Origine 2 Origine 3 Moyenne finale

Bac 1 18,9 21,8 25,1 22,0 59,9 80,8 66,3 69,0

Bac 2 19,1 22,0 27,0 22,7 63,8 81,4 68,7 71,3

Bac 3 20,0 20,5 24,6 21,7 63,9 78,9 66,0 69,6

Moyenne 19,3 21,5 25,6 22,1 62,5 80,4 67,0 70,0

Tableau 1: Poids moyen des bars (g), en fonction du bac d’élevage et du lot d’origine.

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0 3 6 9 12 15 18 2 1 2 4 2 70

0 ,1

0 ,2

0 ,3

0 ,4

0 ,5

0 ,6

0 ,7

0 ,8

0 ,9

1

Sim

ilarit

y

63 72 71 69 68 66 67 65 73 64 76 70 89 88 87 84 85 77 86 83 81 82 79 80 78 75 90 74 62

1

2

3

1

2

3

D ic e s im i la r i ty c lu s te r a n a ly s is

I n i t i a l b a c tc h

Figure 9: Similarité de la microflore intestinale de bars du bac 1, caractérisée début mai par le profil obtenu par DGGE à partir des produits d’amplification spécifique d’un fragment du gène codant pour l’ARN 16S des bactéries. Les individus provenant de l’origine 1 (en rouge) semblent avoir une microflore assez différente de celle des individus provenant des deux autres lots (en vert et bleu).

3.3.2 Thèse franco-tunisienne de Faouzi lamari

Cette thèse sur l’utilisation de bactéries lactiques probiotiques pour prémunir les poissons d'élevage contre des vibrions pathogènes. La sélection des meilleures souches candidates probiotiques a été poursuivie. L’antagonisme de ces souches a été confirmé sur de nouveaux isolats pathogènes de Vibrio alginolyticus et de Vibrio parahaemolyticus, identifiés par PCR multiplexe. L’aptitude à la colonisation des souches candidates, caractérisée par une étude in-vitro sur plaque de polystyrène, a permis de discriminer des souches de Lactobacillus casei à fort pouvoir d'adhérence. La caractérisation phénotypique a également été considérée pour vérifier l’absence d’activité hémolytique, et d'activité enzymatique pouvant être considérée comme un facteur de virulence. La tolérance à une salinité élevée a également été vérifiée.

Des tests de compétition in-vivo ont été pratiqués sur des larves d'Artemia initialement axéniques. Il est nécessaire d'apporter un aliment composé pour maintenir la survie à un niveau maximum pendant 6 jours, mais les souches L. casei X2 et BR51 ont permis de maintenir 20-30% de survivants après 6 jours sans autre apport alimentaire et de maintenir la survie entre 100 et 90% en présence d'aliment composé, la souche X2 donnant les meilleurs résultats de croissance. lorsque V. alginolyticus E3 était ajouté au milieu de culture, les mêmes souches ont permis de maintenir la survie autour de 40%, et ont ainsi confirmé leur effet antagoniste in-vivo (Figure 10).

L’analyse des résultats précédents nous a amenés à choisir la souche L. casei X2, car elle présente la meilleure combinaison de propriétés requises pour un probiotique. Cette souche, ainsi que la souche commerciale de Pediococcus acidilactici MA 18/5M ont été introduites chacune dans un aliment composé expérimental distinct, à raison de 106 ufc/g d’aliment, tout en conservant un conservant un aliment de contrôle sans probiotique. Ces trois aliments ont été testés sur larves de bar. Les résultats sont en cours d’analyse, et une étude par qPCR sera effectuée en 2010.

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Figure 10: Test de survie de larves d’Artemia avec différents apports dans le milieu de culture (VA: V. alginolyticus ; axe: conditions axéniques maintenues sans additif; A: aliment composé ; X2: L. casei).

3.3.3 Mortalités estivales des huîtres

Un protocole d’infection expérimentale a été élaboré afin d’étudier les mécanismes qui mènent à la mortalité et éventuellement de mettre en évidence un autre agent pathogène de type viral. Nous avons injecté à des huîtres un broyat infectieux et un broyat sain filtrés à 0,1µm pour retirer les bactéries et le virus herpès. Cependant le virus contrairement aux années précédentes est passé à travers la membrane.

Ces broyats 0,1 µm infectieux ont provoqué des mortalités relativement modérées. La technique qPCR pour quantifier la charge virale, importée à Brest et validée elle a permis de suivre l’herpès virus chez les huîtres infectées. Les huîtres moribondes présentaient de grandes quantités de virus (>108/g de tissu). Les huîtres qui sont restées saines ont multiplié le virus puis l’ont éliminé au bout de 7 jours. Des analyses sont en cours au niveau physiologique et protéomique pour connaître les réponses en terme d’expression de gènes et de protéines à l’infection (Voir partie physiologie, Charlotte Corporeau). Par ailleurs l’analyse des huîtres moribondes d’un ostréiculteur des abers (Emmanuel Legris) montre un très faible portage de virus.

Conclusion:aucun élément filtrable pathogène autre que l’herpès virus n’a pu être mis en évidence et les observations faites en microscopie électronique n’ont pas été plus concluantes. Cependant il reste des zones d’ombre. Des huîtres meurent avec une charge virale très faible (moins d’une copie par cellule) et sans qu’il y ait de développement de vibrions.

3.3.4 Baie de Quiberon Riscosol

Intervenants: J.L. Nicolas, A.Azangdégbé, M.J. Garret-Delmas, P. Miner

Recherche des causes de mortalités des huîtres en Baie de Quiberon. Projet financé par l’appel d’offre EC2CO (INSU-Ifremer)

Les 2 premières années 2008-2009 d’étude Riscosol ont fourni des informations sur la nature du sédiment (cartographie de la granulométrie et matière organique ; étude approfondie dans quelques stations), sur sa toxicité et sur la réponse des huîtres en termes de physiologie, croissance, mortalité. Des différences mortalité ont été observées, mais sans lien évident avec la croissance et surtout avec le sédiment: en particulier la station 5, l’une des plus envasée,

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montre une bonne croissance et une bonne survie. Il ne semble pas y avoir de production de sulfures ou d’ammoniac à des teneurs toxiques pour les huîtres. Les tests d’anomalies larvaires révèlent d’ailleurs des toxicités assez faibles et pas plus importantes aux stations à plus forte mortalité. Les indices physiologiques montrent également très peu de différences entre les stations et dénotent des huîtres en bonne santé. Par contre, une anomalie de calcification (chambrage à gélatine) a été observée plus fréquemment sur les stations à plus forte mortalité. D’autre part, les prédateurs ont été rencontrés en plus grand nombre sur ces stations.

Bactériologie du sédiment et des huîtres

Le dénombrement des bactéries du sédiment totales (acridine orange) ou cultivables (CFU), sur milieu de culture, montre un rapport de 100 à 1000 entre les deux. Les vibrios représentent moins de 1% de la flore cultivable. Les profils DGGE (gel dénaturant) d’ADN et d’ARN montrent une grande diversité intra-site de la flore bactérienne et une grande uniformité des bactéries actives. Les concentrations bactériennes dans l’hémolymphe des huîtres sont faibles (autour de 103/ml): On note toutefois un gradient croissant de concentration bactérienne entre les stations 5, 2 et 4, dans le même ordre que le gradient de mortalité.

Une dernière campagne est programmée en 2010. Des huîtres vont être mises en place et être protégées des prédateurs. Elles seront suivies avec un pas d’échantillonnage plus resserré au moment de la période supposée de mortalités de type Morest.

1.E+00

1.E+01

1.E+02

1.E+03

1.E+04

1.E+05

5 2 4 5 2 4 5 2 4

mars-09 juin-09 sept-09

vibrions CFU/ml

totales CFU/ml

Figure 11: Concentrations bactériennes dans l’hémolymphe des huîtres. Sur les 3 sites suivis de la Bais de Quiberon.

L’écologie de Vibrio aestuarianus et impact des huîtres sur le sédiment fait l’objet de la thèse de Afi Azangdégbé, dernière année.

La présence de Vibrio aestuarianus dans le sédiment a été confirmée mais l’essentiel des résultats de cette thèse concernent les microflores des sédiments et les flux d’ammoniac et de sulfures tout à fait importants qu’elles génèrent à partir des biodépôts de huîtres.

3 articles ont été rédigés dont 2 ont été soumis. Soutenance de la thèse prévue pour le 9 avril 2010.

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3.3.5 Programme européen REPROSEED

FP7-KBBE-2009-3:Research to improve PROduction of SEED of established and emerging bivalve species in European hatcheries.

Le projet coordonné par Jean-Louis Nicolas en collaboration avec René Robert et Pierre Boudry été accepté et les négociations ont permis une approbation finale le 18 janvier 2010.

Coordination: Organisation d’une rencontre à Nantes le 12 février 09 qui a réuni les acteurs des différentes filières dans ce domaine et mise en place d’un site dédié à des échanges entre les filières sur les aspects de prophylaxie.

En 2009, les travaux sur les élevages de Pecten maximus ont porté principalement sur:

– La résistance de larves vis à vis de Vibrio pectinicida, bactérie pathogène de la coquille St-Jacques dans le cadre d’un challenge bactérien, après une période d’imprégnation avec une bactérie à caractère probiotique Phaeobacter gallaeciensis (X34).

– La recherche de facteurs de « stress » d’élevage, pouvant être à l’origine des différences de performances d’élevage, observées sans couverture antibiotique, au profit de béchers de faibles volumes par rapport à des bacs cylindro-coniques de 150 litres, en retenant l’hypothèse d’une perturbation de l’élevage en grand volume liée à la présence d’un bullage.

Dans les deux cas, la croissance, la mortalité, la compétence à la métamorphose et l’évolution des populations bactériennes associées aux larves ont été suivies. Des prélèvements de larves ont également été organisés afin d’étudier par une approche enzymatique, l’évolution du stress oxydatif des larves dans les deux expériences.

Imprégnation par probiotique et résistance à un pat hogène

L’introduction du pathogène dans les lots témoins non protégés, ni par le probiotique ni par antibiotique a généré une mortalité massive (> à 60%) à l’approche de la métamorphose. Au même stade, les lots non contaminés ou protégés par antibiotiques présentent des mortalités peu différentes entre elles (de 10 à 15%), alors que sur les larves soumises au pathogène et ayant au préalable bénéficié d’une imprégnation par le probiotique, on observe des valeurs de mortalités intermédiaires montrant une action significativement positive du probiotique. Recherche de facteurs de stress d’élevage

Les lots expérimentaux soumis à un bullage ont montré un retard de croissance significatif par rapport aux lots témoins en élevage stagnant, dès le 2ème jour après la mise en place de l’aération. L’évolution des populations bactériennes est très tardive et concomitante voire postérieure à l’observation des mortalités. L’application d’un traitement antibiotique sous aération diffère la mortalité du lot suggérant que l’affaiblissement de l’élevage est d’abord lié à une importante dépense énergétique des larves en direction du facteur de « stress ». L’augmentation des populations bactériennes n’intervenant que secondairement.

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3.4 Obtention de Juvéniles de Qualité Intervenants: R. Robert, M. Suquet, B. Petton, J. Moal, S. Pouvreau, C. Mingant, I. Queau, L. Lebrun, C. Quéré, V. Quillien

Doctorants: Benjamin Rico-Villa, Ricardo Araya González, Julie Marchetti

3.4.1 Contrôle de la reproduction et qualité des gamètes

Dans le cadre de l’étude de la qualité des gamètes, l’effet de la conservation à 4° C de spermatozoïdes de bar a été recherché (projet Cryoaqua). En utilisant un milieu commercial simple pour culture cellulaire pendant 2 à 22 heures, la capacité de conservation des spermatozoïdes a été largement optimisée. La congélation des spermatozoïdes préalablement conservés à 4°C a été testée avec succès.

La mise au point de méthodes de congélation d’embryons d’huître creuse a été opérée à travers le projet Crèche. Les premiers travaux démontraient des taux de mobilité de trochophores de l’ordre de 30% selon les méthodes préconisées de Gwo et Usoki. Une méthode de congélation proche de celle utilisée sur les ovocytes au Cawthron Institute (Adams) conduisait à une survie larvaire de 20% après décongélation puis ultérieurement de 6 et 14% au 12e jour d’élevage en fonction de la température minimale de congélation utilisée (-35°C vs - 196°C). Ces faibles taux de survie sont compensés par des croissances similaires à celles observées chez les témoins frais. Si les performances de survie sont faibles, un cap biologique important a été franchi puisque les larves D semblent se développer normalement.

Le mouvement des larves trochophores d’huîtres creuses a été décrit par analyse d’image (Image J): les pourcentages de cellules mobiles et vitesses de déplacement ont été étudiés en fonction de l’âge des embryons mais aussi de facteurs de l’environnement tels que salinité et pH (stage F. Rimond).

Afin d’appréhender le développement gonadique de l’huître plate O. edulis, sans sacrifice d’animaux, des méthodes non invasives (IRM et anesthésie) ont été appliquées en cours de conditionnement, de février à juillet 2008. L’IRM 1,5 Tesla s’est avéré être adapté à un suivi de la gamétogenèse, en utilisant le paramètre T1 qui met en évidence la gonade en surbrillance. Il semble tout à fait possible, même si les seuils restent à affiner, de pouvoir isoler la gonade du reste de l’animal. On remarque que le volume de celle-ci augmente de façon très significative jusqu’au moment de la ponte avant de décroître rapidement. L’observation de la présence de larves dans les branchies au moment de la ponte est également aisée.

Le meilleur anesthésiant testé est le chlorure de magnésium à la concentration de 50 ou 72 g l1. Des biopsies gonadiques, réalisées mensuellement pendant trois mois, n’ont pas entraîné de mortalités supplémentaires, démontrant l’intérêt de la méthode pour un sexage et un suivi de la gamétogenèse au cours du temps.

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3.4.2 Optimisation des aliments

Cette action s’est traduite par la poursuite de la thèse de J. Marchetti portant sur l’« Intégration de la culture en continu en écloserie commerciale de mollusques » et plus spécifiquement sur l’orientation métabolique de la culture d’Isochrysis affinis galbana (T-ISO). L’influence de la qualité de la lumière (bleue vs blanche) et l’action combinée de l’irradiance et de la température sur les performances de croissance et sur la composition biochimique (Lipides Neutres, Glycolipides, Phospholipides et Acides Gras) de T ISO ont été déterminées. L’ensemble des analyses biochimiques opéré sur CCM et CG au LPI Brest est en cours de traitement.

3.4.3 Maîtrise des phases précoces et post-métamorphose

Les travaux ont porté sur trois espèces d’intérêt économique, l’huître creuse Crassostrea gigas dans le cadre de la thèse de Benjamin Rico-Villa, l’huître plate O. edulis dans le cadre du programme européen Settle et de la thèse de R. Gonzales et Coquille St Jacques, P. maximus, dans le cadre d’une coopération franco-canadienne.

La thèse de Benjamin Rico Villa portant sur les besoins écophysiologiques des larves de C. gigas en conditions contrôlées: effet de la température, de la nourriture et modélisation de la croissance, a été soutenue le 24 juin 2009.

Cette thèse sous articles (trois publiés et un déposé) s’est d’abord intéressée à la détermination d’un régime qualitativement adapté au développement de ces premiers stades de vie. Ainsi, une ration alimentaire composé d’une Haptophycée: Isochrysis affinis galbana (clone T-ISO) et d’une Bacillariophycée: Chaetoceros calcitrans forma pumilum a démontré qu’il pouvait subvenir efficacement aux besoins nutritionnels tout au cours du développement larvaire. Dans un second temps, un système d’élevage larvaire en flux ouvert a été mis au point et couplé à un outil d’acquisition automatique de données hydrobiologiques afin de réaliser des expérimentations fines d’écophysiologie, intégrant différents niveaux trophiques et/ou de température tout au cours d’un élevage larvaire. L’ingestion, la croissance et la métamorphose sont optimales aux températures les plus élevées (27 et 32 °C) et à partir d’une densité phytoplanctonique de 30 cellules µl-1 (équivalent T ISO) dans l’eau d’élevage soit la disponibilité permanente de 1200 µm3 de nourriture. Enfin, un modèle bioénergétique de croissance, sous la théorie Dynamic Energy Budget, a été établi afin de comprendre et hiérarchiser l’effet des conditions environnementales sur la croissance larvaire. Ce premier modèle DEB décrit les flux d’énergie au travers de la larve, de l’assimilation à l’allocation vers la croissance, le développement et la maintenance. Il constitue la première étape d’un modèle intégratif plus complet s’adressant au cycle de vie complet de C. gigas de la larve à l’adulte (thèse d’Ismaël Bernard: chapitre Velyger).

En 2008 des expériences d’ingestion, digestion et assimilation ont été conduites sur l’huître plate afin d’établir, parmi huit microalgues fourrage, celles qui étaient les plus efficaces sur le plan écophysiologique, c’est à dire les mieux assimilées. En 2009 l’allocation biochimique de cette ressource trophique dans quatre tissus (gonade, glande digestive, muscle et branchie) a été déterminée. Sur la base de nos premiers résultats (réponse écophysiologique), deux

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mélanges phytoplanctoniques ont été apportés à des géniteurs d’huître plate de mars à août 2009 et deux autres lots étaient maintenus à jeun. Différents régimes larvaires ont été testés sur la base d’apport d’Isochysis affinis galbana, (T), Pavlova lutheri (P), et Chaetoceros gracilis (Cg) à raison de 1500 µm3 µl-1 (équivalent T ISO) et à 22°C. Les larves issues de géniteurs non nourris sont capables de se développer normalement (Figure 12) avec cependant une plus faible compétence (1,5%) et survie au 9e j (40%). Par ailleurs, quelle que soit la nourriture initiale des géniteurs, les larves maintenues à jeun ont un développement quasiment nul. Lorsque les géniteurs et larves sont alimentées les taux de survie restent importants (>80%) démontrant que malgré de faible croissance les conditions d’hygiène des élevages étaient très satisfaisants.

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Non nourrisRs + Cg Rs + Tw

Figure 12: Incidence de différents régimes nutritionnels constitués d’Isochysis affinis galbana, (T), Pavlova lutheri (P) et Chaetoceros gracilis (Cg) sur la croissance larvaire d’Ostrea edulis dont les géniteurs étaient alimentées (Rs + Cg = Rhodomonas salina + Chaetoceros gracilis) et Rs + Tw = Rhodomonas salina + Thallasiosira weissflogii) ou non au cours du conditionnement.

Les premiers essais d’élevage larvaire de coquille St Jacques en flux ouvert en grand volume ont été tentés avec un succès relatif, une baisse de consommation s’accompagnant de mortalité larvaire ayant entaché la fin de vie pélagique et perturbé la métamorphose. Un suivi des contaminants dans le système d’élevage a clairement relié ces perturbations à une présence de vibrions décelés à l’origine dans les œufs à des teneurs comparables à celle détectées chez des larves d’O. edulis à l’émission pendant une partie de l’année.

3.4.4 Prophylaxie et Biosécurisation des productions

Rappelons que chez O. edulis des mortalités brusques en phase larvaire sont rapportées (dont la cause reste encore mal cernée) et qu’une une transmission verticale de l’adulte à la larve est fortement suspectée. Dans le cadre des expérimentations sur la nutrition des géniteurs des prélèvements de larves ont été réalisées à chaque émission et la teneur en vibrion déterminé sur broyat. Des contaminations originelles fluctuantes étaient décelées au cours du 1er mois de

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conditionnement se traduisant par 10-20% de mortalité à la libération des larves puis des suivies larvaires aléatoire de type tout ou rien lorsque ces lots de larves étaient mises en élevage. Un traitement des géniteurs au chloramphenicol (A) n’a montré qu’une efficacité passagère alors qu’un traitement ciblé (sélection préalable des antibiotiques par antibiogramme: B) accompagné d’un nettoyage quotidien des enceintes de stabulation abat de façon efficace la charge initiale en vibrios des larves à l’émission (Figure 13). Tous les élevages larvaires réalisés à partir de la mi juin ont été conduits jusqu’à métamorphose avec succès démontrant ainsi l’importance cruciale d’une prophylaxie adaptée dès la phase géniteur. Cette approche sera vérifiée en 2010 sur la coquille St Jacques.

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Figure 13: Evolution des teneurs en vibrios dans des larves d’O. edulis récemment émises en fonction du type de traitement opéré.

3.5 Génomique et physiologie de la reproduction et de la survie estivale chez l'huître creuse Paticipants: P. Boudry, C. Corporeau, J.Y. Daniel, E. Fleury, C. Galindo, E. Gevelou, A. Huvet, J. Moal, J. Normand, A. Perhirin, C. Quéré, V. Quillien, C. Séguineau

Dans le contexte d’importantes mortalités du naissain d’huîtres creuses au cours des étés 2008 et 2009, notre travail vise à identifier des déterminants moléculaires des variations observées pour la survie estivale, en relation avec la reproduction. D’un point de vue plus fondamental, il vise à mieux comprendre les déterminants de l’allocation à la reproduction, fonction particulièrement importante du point de vu énergétique chez l’huître. Ces travaux s’appuient notamment sur les études réalisées précédemment dans le cadre du défi ‘Morest’ (2001-2006) et du projet européen « Aquafirst » (2004-2007) et entre aujourd’hui dans le cadre de plusieurs actions, notamment financées par l’ANR (projet « GametoGenes »), l’Europôle Mer (projet « OxyGenes ») et EC2CO (Ecologie Continentale et Côtière , INSU-Ifremer) (projet « Riscosol »).

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3.5.1 Relations entre reproduction et survie estivale

Dans le cadre de la thèse d’E. Fleury (soutenue à Brest en Juin 2009), la comparaison des transcriptomes de lignées d’huîtres sélectionnées pour leur résistance (‘R’) ou leur sensibilité (‘S’) aux mortalités estivales issues du Défi ‘Morest’ a montré qu’un nombre limité de gènes sont apparus systématiquement différentiellement exprimés dans la gonade au cours de la période précédant les mortalités. Ces gènes sont notamment associés aux processus de reproduction et de métabolisme oxydatif, soulignant le coût de la reproduction et l’importance de la défense anti-oxydante dans l’apparition d’une déficience immunitaire avant les mortalités. De plus, une nouvelle analyse de ces données date par date montre que la date précédant l’apparition des mortalités à un profil transcriptomique atypique: 60% des 33 gènes différentiellement exprimées entre huîtres ‘R’ et ‘S’ possèdent une annotation reliée à l’immunité. Ce résultat traduirait une infection et suggère une défaillance des défenses immunitaires des huîtres ‘S’ par rapport aux huîtres ‘R’. Nous disposons donc de quelques dizaines de marqueurs qui sont en cours d’analyse sur les prélèvements faits en 2009.

Parmi ces gènes candidats, l’Oyster gonadal Tranforming growth factor beta (OgTGFB) est présumé jouer un rôle dans la reproduction et l’effort reproducteur. Pour appréhender plus directement sa fonction, nous avons réalisé une expérience d’inhibition de ce gène pour étudier les modifications physiologiques induites. Cette expérience a été reproduite de façon similaire à celle faite précédemment sur le gène Oyvlg (Fabioux et al., 2009) qui nous avait permis de développer - pour la première fois chez un bivalve - cette technologie chez l’huître. L’injection in vivo dans la gonade d’huître de double brin ogTGFB (ogTGFB -dsRNA) provoque une altération de son développement gonadique, avec pas ou peu de prolifération des cellules germinales dans tout l’organe reproducteur, ainsi que la présence très importante d’hémocytes dans l’organe par rapport aux témoins non injectés. Ce travail nécessite encore des analyses complémentaires mais prouve que ce gène a un rôle essentiel, probablement au niveau de la prolifération mitotique et/ou de la méiose des cellules germinales.

Pour renforcer le lien observé entre reproduction et survie estivale, nous avons étudié les caractéristiques de reproduction (stade et aire gonadique estimés par histologie) de lots d’huîtres ayant présentés des variations de survie sur l’estran: les huîtres ‘R’ et ‘S’. L’analyse histologique de 5 lignées ‘R’ et de 5 lignées ‘S’ de quatrième génération, prélevées suite à conditionnement réalisé en 2007 au LGP (La Tremblade), montre que les lignées ‘R’ ont en moyenne une aire gonadique inférieure de 12.5% à celle des lignées S. Des différences significatives entre lignées au sein de chaque groupe sont également observées. Les lignées R montrent également un retard de développement gonadique en comparaison aux lignées S. Le différentiel d’occupation gonadique observé entre lignées ‘R’ et ‘S’ renforce l’hypothèse d’une relation négative entre survie estivale et effort de reproduction, sans pour autant démontrer un lien de cause à effet. L’investissement de l’huître dans sa reproduction est sans doute à considérer comme un affaiblissement physiologique conséquent, et donc une susceptibilité plus importante des animaux aux facteurs causant les mortalités. Quoiqu’il en soit, ces résultats sont particulièrement intéressants car ils corroborent de nombreuses études montrant que l’investissement dans la reproduction peut jouer sur la survie: on parle alors de « trade-offs » entre reproduction et survie (Ernande et al., 2004).

Afin de pouvoir disposer d’huîtres présentant des effort de reproduction contrastés, une sélection divergente pour se caractère a également été initiée au LGP (La Tremblade) dans le

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cadre de la thèse de J. Normand. Les lots issus de cette sélection ont été caractérisés pour leur effort de reproduction en 2008 (Charente-Maritime) puis à deux reprises au cours de l’été 2009 (Morbihan). Les résultats montrent des différences significatives entre lots, confirmant l’existence d’une base génétique pour ce caractère exprimé à la fois chez les diploïdes et les triploïdes, mais des occupations gonadiques variables en fonction de l’âge et/ou du site d’élevage.

Occupation Gonadique: moyenne et écart-type

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LignéeBasse

LignéeHaute

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juil. 2008 juil. 2008 juil. 2008 juin. 2009 juin. 2009 juil. 2009 juil. 2009

2n

3n

En 2009, contrairement à ce qui avait été observé au cours du défi ‘Morest’, les huîtres triploïdes de l’Observatoire Conchylicole ont montré une mortalité supérieure à celle des diploïdes, en dépit de leur développement gonadique réduit. Ceci pose question sur l’avantage en survie précédemment observé chez les triploïdes. Il semble donc qu’à la différence des années précédentes, le coût de la reproduction ne soit pas le facteur principalement impliqué dans les mortalités observées en 2009.

3.5.2 Relations entre métabolisme énergétique et reproduction

Un organisme peut assurer l’ensemble de ses grandes fonctions physiologiques si elles ont lieu pendant une période énergétique favorable, c’est-à-dire si les tissus de réserves peuvent apporter suffisamment d’énergie pour couvrir les besoins liés à cette fonction. La reproduction, une fonction coûteuse en énergie, sera assurée uniquement dans les conditions où les apports nutritionnels et les réserves en nutriments de l’animal couvriront les dépenses énergétiques. Le métabolisme énergétique à la fois est lié et contrôle à la reproduction.

Nos travaux visent donc à déterminer comment est régulée la reproduction chez l’huître. Chez les vertébrés, la voie de signalisation énergétique de type AMPK (AMP-dependent kinase) contrôle la reproduction: AMPK est exprimée dans la gonade mâle et femelle et contrôle la différentiation, la croissance, la maturation et la survie des cellules germinales ou somatiques de la gonade. AMPK est une kinase extrêmement bien conservée au cours de l’évolution, de la levure à l’homme, et est fonctionnelle sous la forme d’un hétérotrimère AMPK α-β-γ. AMPK agit en tant que senseur d’énergie, et maintient l’homéostasie énergétique de la cellule: lors d’une demande accrue en énergie (en ATP), AMPK change le métabolisme cellulaire, AMPK inhibe les voies consommatrices d’ATP (lipogenèse, glycogenèse, synthèse de protéines) et stimule les voies productrices d’ATP (glycolyse, oxydation des lipides). Pour résumer, la voie de signalisation AMPK renseigne les cellules sur l’état des réserves en

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nutriments (lipides, protéines et glucides) et donc sur l’énergie disponible. Si les réserves ne sont pas suffisamment abondantes ou disponibles, AMPK bloque le métabolisme cellulaire afin d’empêcher la reproduction: on parle « d’infertilité nutritionnelle ».

Parmi les EST aujourd’hui disponibles chez l’huître, une EST codant pour la sous-unité AMPKβ a été identifiée. L’analyse de la structure tridimensionnelle de la sous-unité AMPKβ d’huître montre une identité de structure protéique de 70% avec la sous-unité AMPKβ humaine:

AMPK β Crassostrea gigas AMPK β Homo sapiensAMPK β Crassostrea gigas AMPK β Homo sapiens

Chez les vertébrés, le meilleur activateur d’AMPK est l’hypoxie. AMPK est activée quand elle est sous sa forme phosphorylée, en particulier sur le résidu serine 108 de la sous-unité AMPK b. Nous avons montré que, chez l’huître, l’AMPK b a conservé ce site de phosphorylation et qu’elle est activée par l’hypoxie. Après avoir développé les outils nécessaires à quantifier l’activation d’AMPK, nous allons maintenant étudier comment celle-ci est régulée au cours d’un cycle annuel de reproduction afin de déterminer si cette voie de signalisation joue un rôle dans la reproduction de l’huître.

3.5.3 Relations entre qualité du sédiment et métabolismes énergétique et oxydatif

Afin d’étudier le rôle du sédiment dans les mortalités d’huîtres creuses élevées au sol en eau profonde en baie de Quiberon, nous avons évalué la gestion de l’énergie et la régulation du métabolisme oxydatif des animaux en fonction de la qualité du sédiment afin d’identifier d’éventuels stress chroniques et/ou aigus.

Des stations de profondeur et granulométrie différente ont été étudiées (plus une surélevée), des huîtres de 18 mois provenant d’un même lot y ont été semées en février 2008 ; des prélèvements réguliers de sédiment et d’huîtres ont été effectués au cours de 2 années. Le métabolisme énergétique des huîtres a été caractérisé par l’étude des réserves (glucides et lipides). L’utilisation de cette énergie est appréciée par des mesures d’activités enzymatiques la voie de la Pyruvate Kinase, considérée comme la voie donnant les précurseurs du métabolisme aérobie. Le niveau de l’activité métabolique, que l’on peut associer aux besoins en ATP de la cellule, est étudié par les mesures d’activité enzymatique du cycle de Krebs (CS:

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Citrate Synthase) et de la phosphorylation oxydative (CCO: Cytochrome C Oxydase). Les enzymes étudiées la catalase et la superoxyde dismutase ont été retenues pour l’étude du métabolisme oxydatif. La mesure de l’activité de la glutahion réductase permet d’évaluer les besoins en glutathion réduit.

L’activité de la CS est différente entre glande digestive, branchies et muscle mais aucune différence significative entre les stations n’a été observée.

L’activité CCO est significativement plus importante à la fin de l’hiver. Elle paraît être un marqueur intéressant car elle est plus importante dans la station présentant les plus fortes mortalités, notamment juste avant ces mortalités.

De même pour l’activité SOD, les activités spécifiques de la catalase sont plus importantes dans les branchies que dans la glande digestive. Les activités enzymatiques mesurées (SOD, catalase et GR) ne mettent pas en évidence de différences entre les stations étudiées mais un effet saison a été identifié. Globalement, les trois enzymes (SOD,catalase et GR) montrent une faible activité en été 2009 qui mettrait en évidence qu’il n’y a pas de stress oxydatif à cette période.

SOD BRANCHIES

0

100

200

300

400

500

600

mars-09

juin 09 juillet08

sept-09

sept-08

SO

D U

/mg

prot

QB2

QB4

QB5

CATALASE BRANCHIES

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

mars-09 juin 09 juillet 08 sept-09 sept-08

CA

TA

LAS

E U

/mg

prot

QB2

QB4

QB5

Figure 14: Activités Superoxide dismutase SOD et catalase dans les branchies d’huîtres de la Baie de Quiberon pour les stations QB2 QB4 QB5.

L’influence de la proximité du sédiment a été étudiée en comparant des huîtres posées sur le sol et des huîtres surélevées sur table. Aucune différence significative n’est observée en fonction de la proximité du sédiment concernant le métabolisme énergétique. Par contre, pour ce qui concerne le métabolisme oxydatif, des différences significatives entre les huîtres posées sur le sol et les huîtres surélevées ont été mises en évidence en mars 2009 pour la SOD et en juin 2009 pour la GR.

Globalement, la majorité des mesures effectuées en physiologie - ainsi que les analyses microbiologiques ne permettent pas de discriminer de manière significative les différentes stations dans la baie bien que celles-ci présentent des taux de survie différents (entre 10 et 90% de pertes annuelles). La prédation apparaît par contre comme une cause déterminante des les mortalités observées.

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3.6 Ecophysiologie des mollusques filtreurs Intervenants: M. Alunno-Bruscia, B. Petton, P. Le Souchu et S. Pouvreau

FacteursFacteurs

climatiquesclimatiquesFacteursFacteurs

climatiquesclimatiquesFacteursFacteurs

climatiquesclimatiques

FacteursFacteurs

hydrologiqueshydrologiquesFacteursFacteurs

hydrologiqueshydrologiques

Reproduction

Nourriture

Métabolisme

Croissance

Maintenance(& survie)

Reproduction

Nourriture

Métabolisme

Croissance

Maintenance(& survie)

Figure 15: L’écophysiologie consiste à étudier l’effet des facteurs environnementaux (en l’occurrence hydroclimatiques) sur les grandes fonctions physiologiques qui régissent la vie des organismes.

Les mollusques filtreurs et a fortiori l’huître creuse, Crassostrea gigas, sont des organismes dont les traits de vie (Croissance, Reproduction et Survie) sont directement sous la dépendance des facteurs environnementaux tels que la température et la nourriture (Figure 15). La variabilité de la croissance et son déterminisme environnementale peuvent être approchés par le développement d’outils de modélisation, et en particulier le modèle des budgets d’énergie dynamique (Modèle de croissance DEB). La reproduction est aussi une fonction très dépendante des conditions environnementales et l’analyse de cette dépendance est au cœur même de l’action Velyger. Enfin, résultant d’interactions complexes, la survie d’une espèce dépend elle aussi des facteurs environnementaux. L’année 2009, dans la suite de l’année 2008, a été une année marquée fortement par une crise de mortalités, dans laquelle nous sommes intervenus.

3.6.1 Ecophysiologie et croissance: Modèle DEB (bilan de budget d’énergie dynamique)

Après la validation du modèle DEB pour simuler la croissance et la reproduction C. gigas (juvéniles et adultes) à plusieurs sites conchylicoles en France, le modèle DEB a également été validé sur la larve de l’huître creuse C. gigas (Rico Villa et al. accepté), avec certains paramètres qui diffèrent entre la larve et l’adulte de C. gigas. Ce modèle DEB-larve C. gigas a également été utilisé avec succès sur la larve de l’huître perlière (Pinctada margaretifera) pour simuler la croissance des larves en conditions contrôlées ainsi qu’en milieu naturel (Thomas 2009). Ces deux applications sur les larves des deux espèces permettent des comparaisons inter-spécifiques intéressantes de la physiologie des larves vivant dans des

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écosystèmes contrastés, avec notamment la valeur du coefficient de demi-saturation Xk plus faible pour la larve de P. margaretifera que pour la larve de C. gigas et un intervalle de températures optimales plus étroit pour P. margaretifera (Figure 16). Cette comparaison révèle une très bonne adaptation physiologique des larves de l’huître perlière aux conditions environnementales des lagons polynésiens (milieu oligotrophique, faibles amplitudes thermiques ; Thomas 2009).

Enfin, sur la moule bleue (Mytilus edulis), une application « multi-site » du modèle, analogue à celle réalisée sur l’huître creuse, a montré que le modèle DEB permettait de simuler de manière à peu près satisfaisante la variabilité de la croissance et de la reproduction de la moule en fonction de la concentration en chlorophylle a et de la température. En différents pays (Rosland et al. 2009, Alunno-Bruscia et al. 2009). Certains paramètres du modèle DEB-moule (shape, coûts de maintenance) ont également été ré-estimés par méta-analyse de données de la littérature ou par expérimentation (Flye Sainte-Marie et al. 2009, Flye Sainte Marie 2009). La version actualisée du modèle DEB-moule a été insérée dans une version prototype d’un outil SIG (AkvaVis, http://www.akvavis.no/) destiné à simuler la croissance de moules dans des fjords en Norvège et à définir de nouvelles zones d’élevage adaptées à l’installation de fermes mytilicoles.

0

10

20

30

40

50

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0 1000 2000 3000 4000

Ration (µm 3 µl -1)

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(µm

3 j-1 µ

m-2

) C. gigas

P. margaritifera

0.0

0.5

1.0

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2.0

10 20 30 40

Temperature (°C)

Sta

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P. margaritiferaC. gigas

Figure 16: Comparaison entre les larves de Crassostrea gigas et Pinctada margaretifera des taux d’assimilation (µm3.j-1.µm-2) et de croissance standardisée estimée par le biais du modèle DEB.

Une nouvelle étape dans l’utilisation du modèle DEB à l’huître creuse consiste maintenant à coupler le modèle DEB aux traceurs isotopiques (δ13C, δ15N) pour caractériser plus finement les sources trophiques de C. gigas (doctorat IsoDEB, A. Emmery). En 2009, le premier code de modèle DEB-isotope a été développé et a permis de reproduire la dynamique du 13C et du 15N et de leur fractionnement dans les tissus de C. gigas ; la calibration de certains paramètres est encore nécessaire ; elle sera finalisée par une expérience de fractionnement isotopique. A court terme, l’objectif est de développer et de valider un outil opérationnel de caractérisation trophique des bassins conchylicoles associant une approche isotopique et de modélisation, pour expliquer la variabilité observée de la croissance de C. gigas entre sites ou entre années.

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La plupart des résultats de l’application faite du modèle DEB aux bivalves filtreurs au sein du département (e.g. synthèse: Pouvreau et al. 2009), ainsi que sur les poissons (Campeas et al. 2009, Eichinger et al. 2009) ont été présentés à l’occasion du 1er symposium international DEB2009 (http://wwz.ifremer.fr/deb2009), portant sur les développements théoriques et les nombreuses applications de la théorie DEB au cours de ces 30 dernières années. Ce symposium était organisé sur le centre Ifremer de Plouzané.

3.6.2 Ecophysiologie et Reproduction: Action Velyger

Depuis une dizaine d'années en France, le captage de l'huître creuse est très variable: par exemple, sur le Bassin d’Arcachon, à des années de captage nul ou très faible (e.g. 2002, 2005, 2007, 2009) succèdent des années pléthoriques (e.g. 2003, 2006, 2008). Cette forte variabilité inter-annuelle du recrutement associée aux phénomènes des mortalités fragilisent fortement la filière ostréicole. A la demande du Comité National de la Conchyliculture, une action, Velyger, visant à mieux comprendre les causes de cette variabilité a été mis en place en 2008. Cette action se décompose en trois objectifs: Observer - Analyser - Informer. L’objectif « Observer » est assuré par un réseau, qui suit chaque année et sur les 4 bassins français réalisant du captage, plusieurs descripteurs clés de la reproduction de l’huître: (1) la maturation des huîtres adultes au printemps; (2) la ponte et la concentration et le développement des larves en été et (3) l’abondance et la survie du naissain en automne.

En terme de résultat, ce réseau d’observation montre que l’année 2009 a présenté des conditions hydro-climatiques globalement favorables qui ont permis un captage modéré dans la plupart des sites, à l’exception du Bassin d’Arcachon, où le captage faible s’explique probablement en raison d’un effort de reproduction réduit chez les géniteurs (Figure 17). En outre, il faut noter que plusieurs phénomènes de mortalités sur le très jeune naissain ont été identifiés au cours de l’automne réduisant les quantités 2009 de naissain sur les collecteurs.

Adossé à ce réseau d’observation, une action « Analyser » vise à comprendre les causes de cette variabilité. Cette action est assuré dans le cadre de la thèse d’Ismaël Bernard, cette thèse sera soutenue fin 2010.

Enfin, un effort important porte sur l’objectif « Informer » . Sur un site Internet dédié (http://www.ifremer.fr/velyger), différents bulletins d’information sur le déroulement du cycle de reproduction sont émis tout au long de la saison. Un bilan annuel est aussi produit en fin d’année.

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Arcachon (Secteur Est)

Con

cent

ratio

n en

larv

es

(Nb/

1.5m

3 )

1

10

100

1000

10000

100000

1000000

Arcachon (Secteur Ouest)

1

10

100

1000

10000

100000

1000000PetitesEvoluéesMoyennesGrosses

Marennes Oléron (Sud)

15 juin 29 juin 13 juil. 27 juil. 10 août 24 a oût 07 sept. 1

10

100

1000

10000

100000

1000000

Marennes Oléron (Nord)

Baie de Bourgneuf (Nord)

Rade de Brest (Secteur Est)

15-juin 29-juin 13-juil. 27-juil. 10-août 24-août 07-s ept.

PetitesEvoluéesMoyennesGrosses

Figure 17: Abondance larvaire et évolution des cohortes pour chacun des sites ateliers. Selon les secteurs, on observe de 1 à 3 cohortes au cours de l’été, d’abondance plutôt faible à Arcachon et au Sud de Marennes Oléron et plutôt modérée voire forte pour les secteurs du Nord de Marennes Oléron à la Rade de Brest.

3.6.3 Ecophysiologie et Survie: Participation à la gestion de la crise des mortalités d’huîtres creuses

Contribution à la création de l’Observatoire Nation al des Ressources Conchylicoles

En 2008 puis en 2009, la profession ostréicole a subi une crise très aiguë de mortalités d’huîtres touchant principalement le naissain, avec un taux moyen, sur le plan national, de plus de 50% (d’après le réseau d’observation ‘Remora’ de l’Ifremer). Notre laboratoire a été mis à contribution dans la gestion de crise en fournissant une assistance à la création de l’Observatoire national des performances conchylicoles, qui a vu le jour en juin 2009. Adossé à un portail internet temps réel, cet observatoire repose sur un suivi adapté sur 13 sites conchylicoles nationaux des descripteurs suivants:

– Descripteurs climatiques (Température, Pluviométrie, Régime de vents…)

– Descripteurs hydrologiques (Température, Salinité, Phytoplancton…)

– Descripteurs physiologiques (Croissance, Survie, Reproduction…)

Les 13 sites ateliers ont été choisis dans chacun des bassins ostréicoles français, notre laboratoire a en charge la gestion du site national de la Rade de Brest (BR08), situé en Baie de Daoulas à la Pointe du Château. Les résultats sont accessibles sur le site Internet de l’Observatoire: http://wwz.ifremer.fr/observatoire_conchylicole/.

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Expérimentations spécifiques sur le nouveau site de la pointe du Château

En parallèle des suivis standards demandés par l’observatoire national, nous avons voulu aborder une question supplémentaire sur le site de la pointe du Château dont nous avons la gestion. Malgré les fortes mortalités enregistrées sur les stocks cultivés, les bancs sauvages semblent, quant eux, relativement épargnés par le phénomène. C’est pourquoi, en 2009, nous avons commencer à tester l’hypothèse d’une possible fragilisation des huîtres en culture, se traduisant par une moindre résistance des organismes en élevage face aux pathogènes du milieu.

Pour cela, la quantification individualisée de la flore bactérienne (totale et vibrion) de l’hémolymphe a été utilisée pour évaluer l’état physiologique des animaux des lots de C. gigas adultes cultivés et sauvages positionnés en haut et bas de l’estran (coefficient de marée de 45 vs 75). En parallèle, la colonisation bactérienne de la colonne d’eau de mer a été suivie à une fréquence bi-hebdomadaire entre les mois de mars et d’octobre.

Tout au long de ce suivi 2009, les charges bactériennes moyennes relevées dans l’hémolymphe des huîtres sauvages ont été remarquablement faibles et stables dans le temps. De plus, elles ont été systématiquement inférieures à celles des animaux cultivés (Figure. 18). La population d’huîtres cultivées à l’inverse de la sauvage révèle une forte dispersion temporelle de la valeur moyenne de contamination bactérienne. Même au maximum de l’épisode de mortalité 2009 (mi-juin), les huîtres sauvages présentent les valeurs les plus faibles. A l’inverse, la majeure partie des huîtres échantillonnées des lots cultivées (adultes, naissain d’écloserie ou de captage) présentent des charges élevées en vibrions dans l’hémolymphe. Ces différences ont été prédictives de l’évolution de la survie des différents lots. Ainsi, les taux de mortalités cumulées enregistrées lors de cette période de suivi étaient de 34% pour les huîtres cultivées (18 mois obs) et de seulement 0.5% pour les sauvages de roche (Figure 18).

Ces premiers résultats conduisent à l’hypothèse que la population sauvage d’huîtres creuses pourrait être en meilleur santé que les populations cultivées, jouant ainsi le rôle d’un référentiel utile dans la compréhension des mortalités.

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A B

Figure 18: Représentation graphique (boîte à moustache) de l’ensemble des valeurs moyennes de concentration en vibrions relevées dans l’hémolymphe des lots adultes cultivés 18 mois observatoire (n = 9) et adultes sauvages prélevés sur la roche (n = 4). Chaque valeur moyenne correspond à l’analyse (milieu TCBS) de 30 individus prélevés entre les mois de février et août 2009. Les zones supérieures et inférieures à la médiane de chaque boîte représentent 50% des valeurs. Partie B: Mortalités cumulées enregistrées pendant la période allant de février à la fin du mois d’août 2009 pour les lots adultes 18 mois observatoire et adultes sauvages suivis sur la roche.

3.7 Effet des polluants organiques persistants sur la biologie de la sole SoleBemol Responsable: V. Loizeau

Ce projet ANR s’inscrit dans les études de l’effet biologique des polluants organiques persistants présent dans les zones de nourricerie de poissons marins. Le premier objectif est d’étudier les phénomènes de biodisponibilité, de bioaccumulation et de biotransformation de trois familles de contaminants organiques (PCB, HAP et PBDE) chez la sole. Le projet prévoit des études in situ dans 4 zones de nourricerie différentes et, pour évaluer précisément les effets spécifiques d’une substance donnée, une approche expérimentale en milieu contrôlé.

C’est dans ce cadre que notre équipe intervient: participation à la conduite des élevages, analyse des performances de croissance, et caractérisation des perturbations physiologiques et métaboliques (réponse du tractus digestif, effets sur la fonction de reproduction et l’état physiologique) selon le polluant. Les polluants testés sont administrés par voie alimentaire: enrobage d’un aliment commercial avec de l’huile de foie de morue contenant les polluants préalablement dissous dans un solvant. De ce fait, un témoin supplémentaire, témoin« solvant », a donc été considéré.

En 2009 s’est poursuivie la deuxième phase du projet (démarrée en 2008), prévoyant d’évaluer les effets des contaminants sur la fonction de reproduction ; l’expérience prévoit pour chacune des familles de contaminants de suivre les cinétiques de contamination/décontamination, les effets physiologiques sur la croissance, la nutrition, et la maturation des gonades (dosage hormonal et suivi histologique). Les effets écotoxicologiques sont analysés sur les prélèvements réalisés à des pas de temps réguliers.

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4 modalités sont testées PCB , HAP, PBDE, et témoin solvant. Au bout d’un d’an d’exposition, les poissons des différentes modalités ont été scindés en deux groupes. Le premier a été maintenu en condition de contamination de manière à appréhender les effets potentiels sur la reproduction tandis que le second a subi une phase de décontamination de 6 mois. Afin de maîtriser les niveaux de contamination (réalisé par voie orale) le taux de distribution des aliments contaminés correspond à une valeur légèrement inférieure à l’ad libitum. Les animaux sont maintenus à température ambiante et photopériode naturelle (cf. cycle naturel saisonnier).

Croissance et état physiologique Intervenants: V. Buchet, F. Hénaff, N. Le Bayon, J. Person, A. Sévère

Les résultats obtenus ne montrent aucun effets des différents contaminants sur la croissance des animaux ainsi que sur leur état physiologique (hématocrite (Figure 19), mortalité) au bout de 12 mois de contamination. De la même manière aucune différence n’a pu être mise en évidence entre les poissons contaminés et ceux qui sont en phase de décontamination dans la seconde phase de 6 mois qui a suivie la période de contamination.

5

6

7

8

9

10

11

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15

TS PBDE PCB HAP

Hém

atoc

rite

(%)

Figure 19: Taux d‘hématocrite observés en fonction du type de contaminatio.

Influence des différents contaminants sur la foncti on de reproduction.

Le suivi des niveaux circulants de 11-kétotestostérone (11kT) montre des concentrations moyennes, au 12ième mois de contamination, supérieures chez les poissons exposés aux PBDE par rapport aux poissons témoins (Figure 20). Cette plus forte concentration en 11kT observée peut être le signe d'un effet androgène exercé par les PBDE, ce qui est comparable à ce qui est observé chez le turbot. Cependant ces données doivent être confortées, car les résultats présentés sont issus de 5 poissons par condition jusqu’au 6ième mois (M6) et 7 poissons au delà. Aucun effet n’est observé pour les autres contaminations. L’étude histologique des gonades mâles au cours de la maturation doit encore être réalisée. L’analyse portera essentiellement sur la qualité des spermatozoïdes en fonction de l’exposition au contaminant subie.

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0 2 4 6 8

10 12 14 16 18 20 [11

kT] ng.mL-1

TS PBDE

M2

*

0 2 4 6 8

10 12 14 16 18 20

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kT] n

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L-1

TS PBDE

M2 M4 M6 M9 M12

*

Figure 20: Évolution temporelle des concentrations plasmatiques moyennes (+/- erreur type) en 11kT (ng.mL-1) chez les mâles. M2 à M12: date de prélèvement après 2 ,4, 6, 9 et 12 mois d’expérience ; *: différence significative entre les deux conditions.

Le diamètre ovocytaire (corrélé au stade de maturation) a été étudié chez les femelles par histologie au cours des 12 mois de contamination. Un retard de maturation chez les animaux exposés aux PBDE a été ainsi mis en évidence à partir du 6ième mois (Figure 21). Cependant, aucune modification de la concentration en œstradiol, hormone primordiale dans le déroulement de l'ovogenèse, n’a été mise en évidence. Il est donc difficile d'expliquer le retard de maturation observé chez les femelles exposées au PBDE à partir des paramètres suivis. Toutefois, les mécanismes de l'ovogenèse impliquent d'autres voies de contrôle pouvant être touchées par l'action de perturbation endocrine des PBDE ; ces voies seront étudiées dans la suite de ce projet et dans le cadre de la thèse (démarrée fin 2009) portant spécifiquement sur l’influence des PBDE sur la fonction de reproduction.

90

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TS

PBDE

M 1 M 2 M 4 M 6 M 9 M 12

n = 3 - 2 3 - 5 5 - 5 5 -5 9 - 8 10 - 6

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*

*

*

*

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TS

PBDE

M 1 M 2 M 4 M 6 M 9 M 12

n = 3 - 2 3 - 5 5 - 5 5 -5 9 - 8 10 - 6

Dia

mèt

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*

*

*

*

Figure 21: Évolution du diamètre ovocytaire moyen (+/- erreur type) des 30 plus gros ovocytes. M1 à M12: date de prélèvement après 1, 2 ,4, 6, 9 et 12 mois d’expérience ; n= x - y: nombre de soles témoins (x) et contaminées (y) analysées à chaque date.

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Analyses de la réponse du tractus gastro-intestinal aux polluants testés Intervenants: E. Desbruyères, C. Huelvan, H. Le Delliou, M.M. Le Gall, D. Mazurais, A. Sévère, J. Zambonino

Pour atténuer l’impact de la forte variabilité observée au cours de la première expérience, nous avons choisi de prélever 6 pools de 3 poissons. L’expérience est encore en cours. Les prélèvements réalisés concernent les périodes 1, 6, 12 et 15 mois de contamination. Les analyses globalement montrent que les soles réagissent à la contamination assez rapidement: dès le premier mois, nous observons des différences significatives dans les activités des enzymes membranaires de l’intestin ; l’activité de la phosphatase alcaline est significativement inférieure pour les groupes exposés aux HAP, alors que celle de l’Aminopeptidase N est significativement augmentée pour les contaminations aux PCB.

A 6 mois, cet effet n’est plus significatif pour la phosphatase alcaline, alors que l’aminopeptidase N est significativement plus élevée dans les groupes contaminés. A 15 mois, nous notons à nouveau des différences dans la phosphatase alcaline dont l’activité baisse de façon très significative dans le groupe PCB, ce qui pourrait indiquer une atteinte des entérocytes après une longue exposition.

Au cours de cette expérience, les enzymes transaminases hépatiques (GOT et GPT), semblent peu réagir à la présence de polluants. De même la catalase et superoxide dismutase (SOD) du foie semblent peu sensibles à la nature du polluant ; leurs activités sont néanmoins fortement augmentées dès le début de la contamination, et nous notons une baisse régulière au cours de l’expérience, indiquant certainement une adaptation à la présence de polluants.

Globalement, nos résultats indiquent que des différents polluants testés, le PCB paraît influencer spécifiquement le métabolisme protéique (au niveau intestinal et hépatique), avec un effet significatif sur la croissance (plus faible croissance des soles contaminées au PCB à 9 mois).L’expression du gène PCNA (Proliferating Cell Nuclear Antigen) impliqué notamment dans la régulation du cycle cellulaire et utilisé comme marqueur du processus de prolifération cellulaire (associé aux tumeurs) a été analysée par PCR en temps réel dans les différents échantillons d’intestins prélevés en phase de contamination. Ces analyses n’ont pas permis de mettre en évidence de variation significative des quantités de transcrits PCNA entre les différents groupes de poissons exposés, notamment dans la partie postérieure de l’intestin susceptible de développer des cancers induits par les polluants.

Les analyses se poursuivent. Des prélèvements d’intestin ont été réalisés afin de procéder à des études histologiques. Ces analyses permettront éventuellement de révéler une atteinte des structures de la muqueuse intestinale (hauteur des villosités et profondeur des cryptes) chez les poissons exposés aux polluants.

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4 Perspectives

4.1 Evolution du personnel

A l’heure actuelle (mars 2009), une mobilité est affichée pour un poste de technicien-ingénieur en microbiologie en remplacement de Matthieu Garnier, pour travailler sur la transmission des vibrios et herpes chez les huîtres, avec JL Nicolas. Par ailleurs un poste de chercheur en métabolisme lipidique, fléché depuis 2 ans, devrait être affecté au département pour travailler sur des thématiques de nutrition des poissons (dans le cadre du Programme National Piscicole), et de l’accumulation et du métabolisme des polluants lipophiles.

Le problème de la fin de contrat de Marie-Josée Delmas se pose, après 18 mois de CDD, durant lesquels elle a réalisé un travail remarquable.

Une (courte) liste des profils indispensables sera définie avec nos partenaires et soumise à la direction d’Ifremer dans le cadre de la nouvelle GPEC (Gestion Intégrée des Emplois et des Compétences).

4.2 Evolution des laboratoires

Une réflexion a été engagée depuis quelques mois sur l’évolution de nos partenariats. Les UMR constituantes du Département, Nuage et PE2M, ont fait preuve de leur efficacité mais ont évolué vers des thématiques ou/et des configurations qui ne correspondent plus aux orientations d’Ifremer. Il est à l’heure actuelle déjà acté que le laboratoire ARN quittera l’UMR Nuage (de même que les partenaires de l’Université de Bordeaux 1) et l’équipe de l’INRA a présenté un projet à elle seule lors de l’évaluation AERES de novembre. L’association en UMR se poursuit jusqu’à la fin de l’année, puis nous conserverons certains projets en commun, notamment les projets européens engagés. Par ailleurs, Joel Gatesoupe, chercheur INRA, restera chez nous et adhère au nouveau projet de département.

La direction de l’UMR PE2M (Pascal Sourdaine) a proposé en décembre 2009 une nouvelle configuration de l’UMR, intégrant des laboratoires de l’Université du Havre, de Rouen, ainsi que des personnels Ifremer de Port-en-Bessin et de Boulogne. Ce projet, centré sur la Manche, est très cohérent pour ces équipes, mais l’est moins pour nous.

De fortes collaborations existent par ailleurs avec le LEMAR (Laboratoire des Sciences de l’Environnement marin), IUEM, Université de Bretagne Occidentale, et se sont soldées ces dernières années par près de 40 publications communes durant ces 8 dernières années. Ce partenariat a notamment été renforcé avec le financement du GIS Europole Mer. La cohérence d’une UMR avec le LEMAR est apparue très clairement à l’ensemble des personnels du département. Des nombreux échanges scientifiques ont eu lieu, et les 8 et 9 mars, une réunion plénière a réuni les personnels de l’actuel LEMAR et du département PFOM pour essayer de composer un projet scientifique commun, qui serait proposé en évaluation à l’AERES, en septembre 2010, pour constituer une nouvelle UMR.

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Outre l’intérêt scientifique évident, cette UMR constituerait une masse critique (environ 150 personnes) et cela représenterait une force supplémentaire dans le cadre des rapprochements géographiques qui se font actuellement pour une candidature au grand emprunt pour un campus ou un laboratoire d’excellence.

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5 Publications

5.1 Publications dans revues à comité de lecture

Alunno-Bruscia M., van der Veer H.W. & S.A.L.M. Kooijman (2009). The AquaDEB project (phase I): Analysing the physiological flexibility of aquatic species and connecting physiological diversity to ecological and evolutionary processes by using Dynamic Energy Budgets. J. Sea Res. 62, 43-48.

Arias A., Freire R., Boudry P., Heurtebise S., Méndez J. & A. Insua (2009). Single nucleotide polymorphism for population studies in the scallops Aequipecten opercularis and Mimachlamys varia. Conservation Genetics 10, 1491-1495.

Batista F.M., Boudry P., Dos Santos A., Renault T. & F. Ruano (2009). Infestation of the cupped oysters Crassostrea angulata, C. gigas and their first generation hybrids by the copepod Myicola ostreae: differences in susceptibility and host response. Parasitologia 136(5), 537-543.

Bourlès Y., Alunno-Bruscia M., Pouvrea S., Tollu G., Leguay D., Arnaud C., Kooijman S.A.L.M. & P. Goulletquer (2009). Modelling growth and reproduction of the Pacific oyster Crassostrea gigas: Advances in the oyster-DEB model through application to a coastal pond. J. Sea Res. 62(2-3), 62-71.

Cahu C.L., Gisbert E., Villeneuve L.A.N., Morais S., Hamza N., Wold P.A. & J.L. Zambonino-Infante (2009). Influence of dietary phospholipids on early ontogenesis of fish. Aquaculture Research 40, 989-999.

Cannuel R., Beninger P.G., McCombie H. & P. Boudry (2009). Gill development, functional and evolutionary implications in the blue mussel Mytilus edulis (Bivalvia: Mytilidae). Biological Bulletin 217, 173-188.

Couplan E., Le Cann M., Le Foll C., Corporeau C., Blondel M. & J. Delarue (2009). Polyunsaturated fatty acids inhibit PI3K activity in a yeast-based model system. Biotechnology journal 4, 1190-1197.

Davenel A., Pouvreau S., Cambert M., Suquet M. & F. Mariette (2009). NMR relaxometry as a potential non-invasive routine sensor for characterization of phenotype in Crassostrea gigas. Aquaculture 291, 74-77.

Fabioux C., Corporeau C., Quillien V., Favrel P. & A. Huvet (2009). In vivo RNA interference in oyster: vasa silencing inhibits germ cell development. FEBS Journal 276, 2566-2573.

Fernández I., Pimentel M.S., Ortiz-Delgado J.B., Hontoria F., Sarasquete C., Estévez A., Zambonino-Infante J.L. & E. Gisbert (2009). Effect of dietary vitamin A on Senegalese sole (Solea senegalensis) skeletogenesis and larval quality. Aquaculture 295, 250-265.

Fleury E., Huvet A., Lelong C. et al. (2009). Generation and analysis of a 29,745 unique expressed sequence tags form the Pacific oyster Crassostrea gigas assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase. BMC Genomics 1, 341-356.

Geay F., Darias M.J., Santigosa E., Desbruyeres E., Quazuguel P., Zambonino-Infante J.L., Cahu C.L. & D. Mazurais (2009). Cloning of endothelin-1 (ET-1) from European sea bass

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(Dicentrarchus labrax) and its gene expression analysis in larvae with retinoic acid- induced malformations. Aquaculture 287, 169-173.

Hamard A., Mazurais D., Boudry G., Le Huërou-Luron I., Sève B. & N. Le Floc'h (2009). A moderate threonine deficiency affects gene expression profile, paracellular permeability and glucose absorption capacity in the ileum of piglets. J. Nutr. Biochem.

Kjørsvik E., Olsen C., Wold P.A., Hoehne-Reitan K., Cahu C.L., Rainuzzo J., Olsen A.I., Øie G., & Y. Olsen (2009). Comparison of dietary phospholipids and neutral lipids on skeletal development and fatty acid composition in Atlantic cod (Gadus morhua). Aquaculture 294, 246-255.

Lallias D., Gomez-Raya L., Haley C.S., Arzul I., Heurtebise S., Beaumont A.R., Boudry P. & S. Lapègue (2009). Combining two-stage testing and interval mapping strategies to detect QTL for resistance to bonamiosis in the European flat oyster Ostrea edulis. Marine Biotechnology 11, 570-584.

Lallias D., Stockdale R., Boudry P., Beaumont A.R. & S. Lapègue (2009). Characterization of 27 microsatellite loci in the European 1 flat oyster Ostrea edulis. Molecular Ecology Resources 9(3), 960-963.

Lallias D., Stockdale R., Boudry P., Lapègue S. & A. Beaumont (2009). Characterization of ten microsatellite loci in the blue mussel Mytilus edulis. Journal of Shellfish Research 28(3), 547-551.

Le Quéré H., Herpin A., Huvet A., Lelong C. & P. Favrel (2009). Structural and functional characterization of an Activin type II receptor orthologue from the Pacific oyster Crassostrea gigas. Gene 436, 101-107.

Loubière K., Olivo E., Bougaran G., Pruvost J., Robert R. & J. Legrand (2009). A new phobioreactor for continuous microalgal production in hatcheries based on external-loop airlift and swirling flow. Biotechnology & Bioengineering 102 (1), 132-146.

Mazurais D., Glynatsi N., Darias M.J., Christodoulopoulou S., Cahu C.L., Zambonino-Infante J.L. & G. Koumoundouros (2009). Optimal levels of dietary vitamin A for reduced deformity incidence during development of European sea bass larvae (Dicentrarchus labrax) depend on malformation type. Aquaculture 294, 262-270.

Person-Le Ruyet J. & N. Le Bayon (2009). Effects of temperature, stocking density and farming conditions on fin damage in European sea bass (Dicentrarchus labrax). Aquatic Living Resources 22(3), 349-362.

Rico Villa B., Pouvreau S. & R. Robert (2009). Influence of food density and temperature on ingestion, growth and settlement of Pacific oyster larvae Crassostrea gigas. Aquaculture 287, 395-401.

Roque d’Orbcastel E., Person-Le Ruyet J., Le Bayon N. & J.P. Blancheton (2009). Comparative growth and welfare in rainbow trout treared in recirculated and flow through rearing systems. Aquaculture enginering 40, 79-86.

Rosland R., Strand Ø., Alunno-Bruscia M., Bacher C. & T. Strohmeier (2009). Applying Dynamic Energy Budget (DEB) theory to simulate growth and bio-energetics of blue mussels under low seston conditions, J. Sea Res. 62 (2-3), 49-61.

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Sauvage C., Boudry P. & S. Lapègue (2009). Identification and characterization of 18 novel polymorphic microsatellite makers derived from expressed sequence tags in the Pacific oyster Crassostrea gigas. Molecular Ecology Resources 9(3), 853-855.

Sauvage C., Pépin J.F., Lapègue S., Boudry P. & T. Renault (2009). Ostreid herpes virus infection in families of the Pacific oyster, Crassostrea gigas, during a summer mortality outbreak: differences in viral DNA detection and quantification using real-time PCR. Virus Research 142, 181-187.

Song Y.P., Suquet M., Queau I. & L. Lebrun (2009). Setting of a procedure for experimental fertilisation of Pacific oyster (Crassostrea gigas) oocytes. Aquaculture 287, 311-314.

Suquet M., de Kermoysan G., Gonzalez Araya R., Queau I., Lebrun L., Le Souchu P. & C. Mingant (2009). Anesthesia in Pacific oyster, Crassostrea gigas. Aquatic Living Resources 22, 29-34.

Suquet M., Divanach P., Hussenot J., Coves D. & C. Fauvel (2009). Pisciculture marine de "nouvelles espèces" d'élevage pour l'Europe. Cahiers Agriculture 18, 148-156.

Thioub S., Mansourati J., Corporeau C., Heylen E., Delarue J. & F. Guerrero (2009). Effects of n-3 fatty acids and acute exercise on endothelium-dependent vasorelaxation in healthy rat aorta. British Journal of nutrition 101, 829-835.

Vagner M., Robin J.H., Zambonino-Infante J.L., Tocher D.R. & J. Person-Le Ruyet (2009). Ontogenic effects of early feeding of sea bass (Dicentrarchus labrax) larvae with a range of dietary n-3 HUFA levels on the functioning of PUFA desaturation pathways. Br. J. Nutr. 101, 1452-1462.

Wold P.A., Hoehne-Reitan K., Cahu C.L., Zambonino-Infante J.L., Rainuzzo J. & E. Kjørsvik (2009). Comparison of dietary phospholipids and neutral lipids: effects on gut, liver and pancreas histology in Atlantic cod (Gadus morha L.) larvae. Aquaculture Nutrition 15, 73-84.

5.2 Publications sans comité de lecture

Verrier E., Lefèvre F. & P. Boudry P (2009). Contribution à Inra Magazine, dossier « l’évolution en pratique »: http://www.inra.fr/annee_darwin/domestication_et_selection/ressources_genetiques.

Silvain J.F., Le Roux X., Babin D., Barbault R., Bertin P., Bodo B., Boude J.P., Boudry P., Bourgoin T., Boyen C., Cormier-Salem M.C., Courchamp F., Couvet D., David B., Delay B., Doussan I., Jaskulke E., Lavorel S., Leadley P., Lefèvre F., Leriche H., Letourneux F., Los W., Mesleard F., Morand S., Schmidt-Lainé C., Siclet F. & E. Verrier E (2009). Prospective pour la recherche française en biodiversité, Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB). 26p.

5.3 Articles dans ouvrages

Boudry P. (2009). Genetic variation and selective breeding in hatchery-propagated molluscan shellfish. In Burnell G & Geoff A (eds): New technologies in aquaculture: Improving production efficiency, quality and environmental management. Woodhead Publishing Ltd., Cambridge, U.K., 87-108.

Gatesoupe F. J. (2009). Diet and husbandry techniques to improving disease resistance: new technologies and prospects. In: Burnell, G., Allan, G. (eds.) New technologies in aquaculture:

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Improving production efficiency, quality and environmental management, Woodhead Publishing Ltd., Cambridge, U.K., 267-311.

5.4 Communications dans colloques avec actes de colloques

Akcha F., Wessel N., Santos R., Menard D., Buchet V., Le Bayon N., Loizeau V., Burgeot T., Budzinski H. & K. LeMenach (2009). Relationship between PAH biotransformation as mesured by biliary metabolites and epoxyde hydrolase activity, and gennotoxicity in juveniles of sole (Solea solea). 15th International Symposium on Pollutant Responses in Marine Organisms, Bordeaux, 17-20 May 2009.

Alunno-Bruscia M., Bacher C., Strand Ø., Rosland R., Smaal A.C., Cranford P. & J. Grant (2009). Multi-site comparison of the growth of cultured blue mussels (Mytilus edulis) using the Dynamic Energy Budget theory. Oral communication, Aquaculture Europe AE2009, Trondheim (Norvège), 14-17 août 2009.

Batista F.M., Leitão A., Huvet A., Lapègue S., Heurtebise S. & P. Boudry (2009). The taxonomic status and origin of the Portuguese oyster Crassostrea angulata (Lamark, 1819). Oyster research Institute news 24, 5-13.

Bossier P., Dierckens K., Van Delsen B., Defoirdt T., De Schryver P., Vadstein O., Aasen I. A., Gatesoupe F.J., Verreth J., Smidt H., Skjermo J., Verdegem M.J.C., Boon N., Olsen Y., Van Breusegem F. & P. Sorgeloos (2009). The role of microbiota in aquaculture target organisms and their environment. Aquaculture Europe AE2009, Trondheim (Norvège), 14-17 août 2009, 54-58.

Boudry P., Fleury E., Fabioux C., Corporeau C., Moal J., P. Favrel J., Rofritsh A., Sauvage C., Bierne N., Lapègue S. & A. Huvet (2009). Functional genetics and genomics studies in the Pacific oyster Crassostrea gigas:from individual to population approaches. Talk presented at the International oyster symposium, November 2-4, 2009, Taipe, Chine.

Boudry P., Fleury E., Favrel P., Corporeau C., Moal J., Fabioux C., A Huvet C., Rohfritsch A., Sauvage C., Bierne N . & S. Lapègue (2009). Current developments of genomic resources and their applications in physiological and genetical studies in the Pacific oyster, Crassostrea gigas.Talk presented at the European society of Marine Biotechnology, September 1-3, 2009, Concarneau, France.

Bourlès Y., Maurer D., Le Moine O., Geairon P., Mazurié J., Gangnery G., Alunno-Bruscia M., Pouvreau S. & P. Goulletquer (2009). Modelling Crassostrea gigas growth and reproduction in different contrasted ecosystems by using dynamic energy budget theory. Poster, Aquaculture Europe AE2009, Trondheim (Norvège), 14-17 août 2009. Prix du meilleur poster.

Bourlès Y., Maurer D., Le Moine O., Geairon P., Mazurié J., Gangnery A., Alunno-Bruscia M. & S. Pouvreau (2009). Modelling growth and reproduction of the Pacific oyster Crassostrea gigas: application of the oyster-DEB model to various shellfish areas in France. DEB2009 symposium, 19-22 avril, Brest, France.

Cahu C. (2009) L’aquaculture pour l’alimentation humaine. Conférence d’ouverture au Forum Quebecois des Sciences de la Mer. Rimouski. 10-11 Novembre 2009.

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Campeas A., Chatain B., Millot S., Di-Poi C., Lemarié G., Person J., Bégout M.L. & M. Alunno-Bruscia (2009). Bio-energetic modelling of growth of the European sea bass in aquaculture, based on Dynamic Energy Budget theory. DEB2009 symposium, 19-22 avril, Brest, France.

Campeas A., Millot S., Chatain B., Bégout M.L. & M. Alunno-Bruscia (2009). Effects of domestication, selection and stress on the energy balance in Sea bass (Dicentrarchus labrax) Poster, Aquaculture Europe AE2009, Trondheim (Norvège), 14-17 août 2009.

Corporeau C., Cruciani-Guglielmacci C., Le Guen V., Le Foll C., Allain G., Magnan C. & J. Delarue (2009). Fish oil minimizes insulin resistance and decreases food intake in Zucker fa/fa rats. 45th EASD annual meeting, 29 sept-02 october 2009, Vienne, Autriche.

Corporeau C., Groisillet A., Fleury E. & A. Huvet (2009). Functional study of oyster gonadal TGF-beta and its role in reproduction.Genomic in aquaculture, 5-7 juillet 2009, Bodo, Norvège.

Cosson J., Groison A.L., Fauvel C. & M. Suquet (2009). Description of hake (Merlucccius merlucius) spermatozoa: flagellar wave characteristics. 2nd International Workshop on Biology of Fish Gametes, Valence, Espagne, 9-11 septembre 2009 (poster).

Darias M.J., Mazurais D., Koumoundouros G., Cahu C.L. & J.L.Zambonino-Infante (2009). Dietary vitamins C and D affect the skeletal development of European Sea bass (Dicentrarchus labrax) larvae. Larvi’09, Fish and shellfish larviculture symposium . C.I. Hendry, G. Van Stappen, M. Wille, P. Sorgeloos (Eds). European Aquaculture Society, special publication N°38, Oostende, Belgium, 60-61.

Emmery A., Lefebvre S., Alunno-Bruscia M. & S.A.L.M. Kooijman (2009). Modeling isotopes dynamics in soft tissues of Crassostrea gigas in the context of DEB theory to study the trophic ecology of oysters at large spatial scale. 1st DEB Symposium, DEB Theory: 30 years of research for metabolic organization, 19-22 avril 2009, Brest, France.

Fabioux C., Corporeau C., Quillien V., Fleury E., Favrel P. & A. Huvet (2009). RNA interference in Pacific oyster Crassostrea gigas: a new tool to study gene function. 5-7 juillet 2009, Bodo, Norvège (poster).

Fauvel C., Suquet M. & J. Cosson (2009). Evaluation and determinism of fish sperm quality. 2nd International Workshop on Biology of Fish Gametes, Valence, Espagne, 9-11 septembre 2009 12-13 (oral).

Flye-Sainte-Marie J., Alunno-Bruscia M., Gangnery A., Rannou E., Rosland R. & Ø Strand (2009). Individual mussel growth model using DEB (Dynamic Energy Budget) theory: revisiting the DEB parameter values for Mytilus edulis. Poster, Aquaculture Europe AE2009, Trondheim (Norvège), 14-17 août 2009.

Georga I., Glynastsi N., Karamanos D., Baltzois A., Mazurais D., Cahu C.L., Zambonino-Infante J.L. & G. Komoudouros (2009). Effect of vitamin A on the shape of European sea bass. Larvi’09, Fish and shellfish larviculture symposium. C.I. Hendry, G. Van Stappen, M. Wille, P. Sorgeloos (Eds). European Aquaculture Society, special publication N°38, Oostende, Belgium, 119-122.

González-Araya R., Quéré C., Mingant C., Quéau I., Lebrun L. & R. Robert (2009). Ecophysiological and biochemical responses of Ostrea edulis broodstock fed four different single diets during conditioning. Oral communication, Aquaculture Europe AE2009, Trondheim (Norvège), 14-17 août 2009. Book of Abstract, 237-238.

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González-Araya R., Quéré C., Mingant C., Quéau I., Lebrun L. & R. Robert (2009). An ecophysiological and biochemical approach to selecting the ideal diet for Ostrea edulis broodstock conditioning. LARVI ’09 – Fish & shellfish larviculture symposium. 07-10 September 2009, Ghent, Belgium, Book of Abstract, Special Publication EAS, No 38, 132-134 (poster).

Groison A.L., Fauvel C., Suquet M., Cosson J., Le Coz J.R., Bouquet J.M., Mayer I. & O.S. Kjesbu (2009). Characterization of sperm motility in European hake (Merluccius merluccius). 2nd International Workshop on Biology of Fish Gametes, Valence, Espagne, 9-11 septembre 2009, 32-33 (oral).

Hamza N., Silvestre F., Cahu C.L., Mhetli M., Ben Khemis I., Dieu M., Raes M. & P. Kestemont (2009). Dietary phospholipid effects on hepatic metabolism in pikeperch (Sander lucioperca) larvae. Larvi’09, Fish and shellfish larviculture symposium . C.I. Hendry, G. Van Stappen, M. Wille, P. Sorgeloos (Eds). European Aquaculture Society, special publication N°38, Oostende, Belgium, 155-158.

Magnesen T., Christophersen G., Andersen S., Román G., Robert R., Pérez-Parallé L. & L. Sánchez (2009). Presentation of the SETTLE project: bivalve conditioning and settlement – keys to competitive hatchery production. ec, sp4-capacities, fp7-sme-2007-1 grant agreement no 222043. Poster, Aquaculture Europe AE2009, Trondheim (Norvège), 14-17 août 2009. Book of Abstract, 371-371.

Marchetti J., Olivo E., Bougaran G., Rouxel C., Le Dean L., Robert R. & J.P. Cadoret (2009). Optimizing culture conditions for continuous production of Isochrysis affinis galbana in a new commercial hatchery photobioreactor. Oral communication, Aquaculture Europe AE2009, Trondheim (Norvège), 14-17 août 2009. Book of Abstract, 376-377.

Mazurais D. (2009). Etude des profiles d’expressions géniques et des gènes régulés par la vitamine D durant le développement larvaire du Bar Européen (Dicentrarchus labrax). Forum Quebecois des sciences de la mer. Rimouski. 10-11 Novembre 2009.

Mazurais D., Darias M., Reinhardt R., Canario A., Zambonino-Infante J.L. & C.L. Cahu (2009). Gene Expression Profiling And Detection Of Genes Regulated By Dietary Vitamin D Levels During European Sea Bass Development Through cDNA Microarray Technology. World Aquaculture Society. Veracruz, Mexico, September 25-29, 2009.

Mazurais D., Glynatsi N., Christodoulopoulou S., Georgakopoulou E., Karamanos D., Darias M.J., Cahu C.L., Zambonino-Infante J.L., & G. Koumoundouros (2009). Effect of vitamin a on the osteological development of european sea bass. Larvi’09, Fish and shellfish larviculture symposium . C.I. Hendry, G. Van Stappen, M. Wille, P. Sorgeloos (Eds). European Aquaculture Society, special publication N°38, Oostende, Belgium, 257-260.

Milan M., Fleury E., Huvet A., Guevelou E, Boudry P., Moal J. & C. Corporeau (2009). NPY signaling for reproduction in the Pacific oyster: not so far from human! Genomics in Aquaculture. Bodø, Norway, July 5-7 2009 (poster).

Munschy C., Héas-Moisan K., Tixier C., Buchet V. & N. Le Bayon (2009). Debrominated and hydroxylated metabolites of individual polybrominated diphenyl ethers (PBDEs) in juvenile common sole (Solea solea). 29th International Symposium on Halogenated Environmental Organic Pollutants and Persistent Organic Pollutants, Beijing, Chine, 24-28 août 2009.

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Petton B., Le Souchu P., Mingant C. & R. Robert (2009). Determining hydrobiological larval rearing parameters for Crassostrea gigas in small volume flow-through containers. LARVI ’09 – Fish & shellfish larviculture symposium., 07-10 September 2009, Ghent, Belgium, Book of Abstract, Special Publication EAS, No 38, 333-334 (poster).

Petton B., Le Souchu P., Mingant C. & R. Robert (2009). Small volume flow-through containers for bivalve larval rearing. Poster, Aquaculture Europe AE2009, Trondheim (Norvège), 14-17 août 2009. Book of Abstract 491-492.

Pouvreau S., Bourlès Y., Bernard I., Grangeré K., Rico-Villa B., Emmery A., Thomas Y. & M. Alunno-Bruscia (2009). What can the Dynamic Energy Budget theory tell us about the filter feeders eco-physiology? Oral communication, DEB2009 symposium, 19-22 avril, Brest, France.

Robert R. (2009). Review on European hatchery-nursery developments. Oral communication, Aquaculture Europe AE2009, Trondheim (Norvège), 14-17 août 2009. Book of Abstract, 523-524.

Robert R., Chrétiennot-Dinet M.J., Hervé A., Guillou L. & J.P. Cadoret (2009). Contribution à la classification de petites diatomées marines utilisées en aquaculture, appartenant au genre Chaetoceros (Bacillariiophyceae). 28ème Colloque de l'Association des diatomistes de langue française, 7-10 septembre 2009, Banyuls sur Mer, France (communication).

Suquet M., Cosson J., de la Gandara F., Mylonas C., Papadaki M., Lallemant S. & C. Fauvel (2009). Sperm features of Atlantic bluefin tuna (Thunnus thynnus). 2nd International Workshop on Biology of Fish Gametes, Valence, Espagne, 9-11 septembre 2009, 34-35 (oral).

Suquet M., Donval A., Labbé C., Brizard R., Le Coz J.R., Quéré C., Robert R., Benabdelmouna A. & P. Haffray (2009). Sperm quality in diploid and tetraploid Pacific oysters, Crassostrea gigas. Poster, Aquaculture Europe AE2009, Trondheim (Norvège), 14-17 août 2009. Book of Abstract 525-526.

5.5 Communications dans colloques sans actes de colloques

Boudry P., Fleurie E., Fabioux C., Corporeau C., Moal J., Favrel P., Rohfritsch A., Sauvage C., Bierne N., Lapègue S. & A. Huvet (2009). Functional genetics and genomics studies in the Pacific oyster Crassostrea gigas: from individual to population approaches. Talk at the 3rd International Oyster Symposium (IOS3) -Recent Advances, Potentials, Challenges and Problems in Oyster, Taipei, Taiwan, 2-4 November, 2009.

Boudry P., Fleury E., Favrel P., Corporeau C., Moal J., Fabioux C., Huvet A., Rohfritsch A., Sauvage C., Bierne N. & S. Lapègue (2009). Current developments of genomic resources and their applications in physiological and genetical studies in the Pacific oyster, Crassostrea gigas. Talk at the European Society of Marine Biotechnology (ESMB) Conference, 2009, Concarneau, France 1-3 september 2009.

Fabioux C., Moal J., Quillien V., Daniel J.Y., Corporeau C., Boudry P., Favrel P. & A. Huvet (2009). Functional and transcriptomic analysis of oxidative stress in a hightly reproductive allocating species, the oyster Crassostrea gigas. OXYGENE. Europole mer 19/11/ 09 Aberwrach.

Fleury E., Daniel J.Y., Boulo V., Favrel P., Mazurais D., Boudry P., Moal J. & A. Huvet (2009). Identification of genes associated with summer survival in the oyster Crassostrea gigas using

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cDNA microarray. Talk at the Plant & Animal Genome XVII Conference, San Diego, California, USA, January 10-14, 2009.

Fleury E., Fabioux C., Moal J., Quillien V., Daniel J.Y., Corporeau C., Boudry P., Favrel P. & A. Huvet (2009). Exploration des déterminants moléculaires de la survie chez l’huître: comparaison du transcriptome des lignées résistantes et sensibles à la mortalité estivale. Talk at the Ifremer workshop « Mortalité de l’huître creuse » , Nantes, France, 8-9 December, 2009.

Garet M.J., Trancart S., Normand J., Corporeau C., Huvet A., Daniel J.Y., Madec S. & J.L. Nicolas (2009). Recherche d’agents impliqués dans la mortalité des huîtres en 2009. Journées Ifremer « Mortalités huître creuse », Nantes, 8-9 décembre 2009.

Gatesoupe F. (2009). Prebiotics, probiotics, and other ways for improving microbial management in fish culture. Seminar on “Recent Advances in Aquaculture”, 30-31 August, 2009, Indo-French Centre for the Promotion of Advanced Research (IFCPAR), Central Institute of Freshwater Aquaculture (CIFA), Bhubaneswar, Orissa, India.

Genard B., Tremblay R., Nicolas J.L., Moraga D., Boudry P. & F. Pernet (2009). Multidisciplinary study of short term bacterial challenge impact on immunerelated parameter of Pacific oyster (Crassostrea gigas) larvae. Talk at the 12th International Conference on Shellfish restoration (ICSR), Charlottetown, Prince Edward Island, Canada, 15-18 September 2009.

Kraffe E., Soudant P., Moal J. & C. Séguineau (2009). Studing the role membrane lipids structures on mitochondrial functions and oxidative metabolism in bivalves. LIPIDOMITO. Europole mer 19 November, 2009, Aberwrach.

Mazurié J., Bouget J.F., Bédier E., Langlade A., Garret M.J., Moal J. Séguineau C., Quéré C., Perhirin A., Nicolas J.L., Andrieux F., Youenou A., Kerouel R. & G. Thouzeau (2009). Etude des causes de mortalités d’huîtres en baie de Quiberon (Riscosol). Talk at the Ifremer workshop Mortalité de l’huître creuse », Nantes, France, 8-9 December, 2009.

McCombie H., Cornette F., Beaumont A. & P. Boudry (2009). Induced triploid and tetraploid blue mussels Mytilus edulis. Poster presented at the International Conference on Polyploidy, Hybridization and Biodiversity (ICPHB), St Malo, France, May 17-20, 2009.

Meistertzheim A.L., Le Goïc N., Marhic A., Tartu C., Boudry P. & M.T. Thébault (2009). Performances physiologiques et structure génétique des populations d’huîtres sauvages. Présentation à la journée technique « Mortalités estivales d’huîtres creuses: enjeux pour la filière ostréicole » Fouesnant, 21 avril 2009.

Moal J., Quéré C. & C. Seguineau (2009). Les lipides, molécules informatives pour l'aquaculture des bivalves marins. Réunion Rennes. Groupe lipidomique en avril-juin-octobre à Rennes.

Normand J., De Decker S., Fleury E., Quilien V., Fabioux C., Corporeau C., Boudry P. & A. Huvet (2009). Reproduction, survie estivale et triploïdie: où en est-on chez Crassostrea gigas? Journées Ifremer « Mortalités huître creuse », Nantes, 8-9 décembre 2009.

Normand J., Ernande B., Haure J. & P. Boudry (2009). Phenotypic and genetic analysis of the variation in reproductive effort of triploid Pacific oysters (Crassostrea gigas). Talk at the 10th International Symposium on Genetics in Aquaculture (ISGA 2009), Bangkok, Thailand, June 22-26, 2009.

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Normand J., Ernande B., Haure J. & P. Boudry (2009). Phenotypic and genetic analysis of the variation in reproductive effort of triploid Pacific oysters (Crassostrea gigas). Poster presented at the International Conference on Polyploidy, Hybridization and Biodiversity (ICPHB), St Malo, France, May 17-20, 2009.

Normand J., Ernande B., Haure J. & P. Boudry (2009). Phenotypic and genetic analysis of the variation in reproductive effort of triploid Pacific oysters (Crassostrea gigas). Talk at the 12th International Conference on Shellfish restoration (ICSR), Charlottetown, Prince Edward Island, Canada, 15-18 September 2009.

Normand J., Fleury E., Quillien V., Fabioux C,. Corporeau C., Boudry P. & A. Huvet (2009). Conflit entre la reproduction et la survie estivale chez Crassostrea gigas? Talk at the Ifremer workshop « Mortalité de l’huître creuse » , Nantes, France, 8-9 December, 2009.

Omnes M.H., Gatesoupe F.J., Zambonino-Infante J.L. & J.H. Robin (2009). Performance de croissance et fonction digestive chez le bar européen Dicentrarchus labrax alimenté avec un régime enrichi en polyphénols. 2èmes Journées de la Recherche Filière Piscicole, Paris, 1 & 2 juillet, 2009 (Communication orale).

Pernet F., Bédier E., Maurer D., Mazurié J., Ropert M., Soletchnik P., Pouvreau S., Boudry P., Dégremont L. & S. Lapègue (2009). Mortalités d’huîtres 2008: les causes environnementales. Présentation à la journée technique « Mortalités estivales d’huîtres creuses: enjeux pour la filière ostréicole » Fouesnant 21 avril 2009.

Pernet F., Barret J., Le Gall P., Malet N., Pastoureau A., Munaron D., De Lorgeril J., Bachère E., Vaquer A., Huvet A., Corporeau C., Normand J., Boudry P., Moal J., Quéré C., Quillien V, Daniel J.Y. & J.L. Gonzalez (2009). ADECOM: Adaptation et diversification des écosystèmes conchylicoles méditerranéens. Talk at the Ifremer workshop « Mortalité de l’huître creuse » , Nantes, France, 8-9 December, 2009.

Petton B. & R. Robert (2009). Apport de la prophylaxie dans la maîtrise des productions de juvéniles en écloserie de mollusques bivalves. Talk at the Ifremer workshop « Mortalité de l’huître creuse » , Nantes, France, 8-9 December, 2009.

Pouvreau S. (2009) Utilisation des données REPHY en écophysiologie des mollusques:La rencontre du Rephy, des réseaux conchylicoles et des modèles d’écophysiologie. Talk at the Ifremer workshop «Journées REPHY 2009», Nantes, France, 1-2 Avril, 2009.

Pouvreau S., Le Souchu P., Petton B. & E. Bédier (2009) Velyger: Naissance et évolution du réseau national de suivi de la reproduction naturelle et du recrutement de l’huître creuse en France. Talk at the Ifremer workshop « Mortalité de l’huître creuse » , Nantes, France, 8-9 December, 2009.

Robert R. (2009). Oyster farming in France: quality, labelling and efficiency. Second Dutch International shellfish conference, Yerseke 24-25 September 2009 (communication).

5.6 Rapports de contrats CEE, FAO, privés

Boudry P. et al. (2009). First annual report of the project ‘OxyGenes’: Transcriptomic and functional analyses of the impact of reproduction on energetic and oxidative balances in the Pacific oyster Crassostrea gigas. March 2009.

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Nicolas J.L., Robert R., Boudry P. et al. (2009). Appel d’offre Européen: KBBE:REPROSEED. Dépôt le 15 janvier, 2009. DoW transmis le 19 septembre 2009 “REsearch to improve PROduction of SEED of established and emerging bivalve species in European hatcheries: REPROSEED, 90p.

Petton B. et al., 2009. SETTLE Fact sheet O edulis bacterial condition 3.3.2a, 1p.

Petton B. et al., 2009. SETTLE Fact sheet O edulis bacterial condition 3.3.2b, 1p.

Petton B. et al., 2009. SETTLE Fact sheet O edulis bacterial condition 3.3.3, 1p.

Robert et al., 2009. SETTLE Fact sheet O edulis broodstock diet 2.1, 1p.

Robert et al., 2009. SETTLE Fact sheet O edulis larval diet 3.1.1a: mixture diets,1p.

Robert et al., 2009. SETTLE Fact sheet O edulis larval diet metamorphosis 3.1.1b,1p.

Robert et al., 2009. SETTLE Fact sheet O edulis larval diet 3.1.2: single diets,1p.

Robert R. et al. (2009). Proposal of an “ideal” diet for broodstock: deliverable report. SETTLE project, 7p.

Robert R. et al. (2009). Proposal of an “ideal” diet for larvae: deliverable report. SETTLE project, 7p.

Robert R., Mingant C., Petton B., Le Souchu P. & L. Lebrun (2009). Collaboration Ifremer/Cepralmar pour une étude de faisabilité de la relance de l’huître plate en Méditerranée. Production expérimentale de naissain d’Ostrea edulis. Rapport final de contrat N° 07/2.210 173/F, 16p.

Zambonino-Infante J.L. et al. (2009). Project Finefish: Manual on Control of Malformations in Fish Aquaculture, 132p.

Zambonino-Infante J.L. et al. (2009). Projet Européen FineFish, « Improving sustainability of European fish aquaculture by control of malformations”(2005-2009). Final report October 2009. (http://www.aquamedia.org/finefish/manual/manual_en.asp).

5.7 Thèses, HDR

5.7.1 Thèses

Fleury E. (2009). Exploration fonctionnelle de gènes différentiellement exprimés entre les souches d’huître creuse Crassostrea gigas Résistantes et Sensibles à la mortalité estivale. Thèse de doctorat de l’Université de Rennes I, soutenance le 26 février 2009.

Rico-Villa B. (2009). Les besoins écophysiologiques des larves d’huître creuse Crassostrea gigas en conditions contrôlées: effet de la température, de la nourriture et modélisation de la croissance. Thèse de doctorat, Université de Brest, soutenance le 24 juin 2009, 179p.

5.7.2 HDR / néant

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5.8 Mémoires d’étudiants et de post-docs

Berthou A. (2009). Impact des contaminants chimiques organiques sur les physiologies hépatique et intestinale de la sole. Mémoire DUT Génie biologique, IUT de Quimper, 28p. Encadrant: D. Mazurais.

Campeas A. (2009). Modèle individuel bio-énergétique de croissance du bar (Dicentrarchus labrax) en élevage, post-doctorat (18 mois), rapport final remis au CST,septembre 2009. Encadrant Marianne Alunno-Bruscia.

Flye Sainte Marie, J. (2009). Blue mussel bioenergetics in aquaculture as modelled with DEB theory, post-doctorat franco-norvégien (9 mois). Rapport (final) remis au CST/Ifremer (juillet 2009), Encadrant Marianne Alunno-Bruscia.

Grassi C. (2009). Développement et caractérisation d’outils moléculaires et cellulaires pour l’étude de la voie de biosynthèse des acides gras polyinsaturés chez le bar. Mémoire de Master 2 Sciences et technologies, mention Biologie intégrative et physiologie, Université de Paris 6 P&M Curie, 20p. Encadrant: D. Mazurais.

Guevelou E. (2009). Caractérisation de la protéine AMP-dependent kinase (AMPK) chez l’huître creuse Crassostrea gigas. Mémoire de Master 2 Recherche Génétique Génomique et Biotechnologies, Faculté de médecine de Brest, 47p. Encadrant: C. Corporeau.

Henaff F. (2009). Etude des effets d’une exposition aux polybromodiphényléthers (PBDE) sur les performances physiologiques de la reproduction chez la sole commune (Solea solea L.). Mémoire de Master 2 Biologie et Ecologie Marines, Centre d’Océanologie de Marseille, Université Aix-Marseille II, 39p. Encadrants: V. Buchet & C. Munschy.

Holbach M. (2009). Conditionnement d’Ostrea edulis avec Isochrysis affinis galbana: Impact sur l’écophysiologie des géniteurs et le développement larvaire. Mémoire de Master 2, Université de Brest, 23p. Encadrant: R. Robert.

Perhirin A. (2009). Influence du sédiment sur les flux énergétiques et le métabolisme oxydatif chez l’huître creuse Crassostrea gigas. Mémoire de Master 2 Sciences Chimiques Marines, IUEM Brest, 27p. Encadrant: C. Seguineau.

Rimond F. (2009). Description du mouvement et de la morphologie de larves d'huîtres creuses (Crassostrea gigas) par analyse d'image. Application à la cryoconservation. Mémoire Intechmer Cherbourg, 26p. Encadrant: M. Suquet.

Sèvedavy (de) B. (2009). Effet de l’acide phytique sur la croissance et la composition corporelle du bar européen Dicentrarchus labrax. Mémoire BTS 2e année, ENITIAA Nantes, 24p. Encadrant: M.H. Omnes.

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5.9 Activité de diffusion des connaissances Cours dans les Universités

Formateur Intitulé Durée Cadre de la formation Alunno-Bruscia M. TD « Ecophysiologie des mollusques marins:

quels outils de mesure, septembre 2009 4 h Univ. Brest, master 2 t

Alunno-Bruscia M. TD « Ecophysiologie des mollusques marins: quels outils de mesure, septembre 2009

15 h Univ. Caen, DESS

Boudry P. Diversité génétique et amélioration par la sélection chez l’huître creuse Crassostrea gigas

3 h Univ. Paris 6, master 2 génétique et gestion de la biodiversité

Boudry P. Diversité génétique et amélioration par la sélection chez l’huître creuse Crassostrea gigas

3 h Univ. Montpellier 2, module génétique et évolution des organismes marins

Boudry P. Variabilité génétique et « trade-offs » entre caractères liés à la fitness chez les huîtres

4 h Ecole franco-vietnamienne, co-organisé par le CNRS et la Vietnam Academy of Sc. And Tech. (VAST) à Do Son, Vietnam

Boudry P. Variabilité génétique et « trade-offs » entre caractères liés à la fitness chez les huîtres

4 h Univ. P&M. Curie, Roscoff, master 2 océanographie environnement marin

Cahu C. La qualité nutritionnelle des poissons CHU Univ Brest, master Alimentation Droit Santé Nutrition , bac+5

Cahu C. L’aquaculture mondiale- la psiciculture pour l’alimentation humaine

3 h Univ Brest Esmisab, ingénieur, bac+5

Cahu C. Le métabolisme des lipides chez les poissons 2 h Univ. Brest/IUEM, Mater 2, Science de la Mer et du Littoral

Corporeau C. La régulation nutritionnelle des protéines 10 h Univ. Quimper, licence pro aliment-santé 1

Corporeau C. Introduction à la thérapie génique 2 h UFR médecine Brest, master 1 Biochimie, bac+ 4

Corporeau C. Régulation des gènes et des protéines par les nutriments

3 h Univ. Rennes 1, master 2 biologie animale, sciences, production, bac + 5

Corporeau C. Le stress chez les eukaryotes 2h UFR Sciences Brest, master 1 défense, bac + 4

Gatesoupe J. Techniques et méthodologie des expériences en nutrition des poissons

2 h Ecole nationale vétérinaire de Nantes, « formation à l’expérimentation animale », poissons, niveeau 1

Suquet M. Gamètes de poissons et mollusques marins 1 h Univ. Caen, DESS Suquet M. Gamètes de poissons et mollusques marins 1 h Univ. Brest, master 2

5.10 Colloques et séminaires organisés par un membre de l’unité

Alunno-Bruscia M. (2009). Organisation du symposium DEB2009, Brest, 19-22 avril 2009 ; http://www.ifremer.fr/deb2009/ (le compte-rendu n’est disponible que sur la partie extranet du site).

Alunno-Bruscia M. (2009). 6e réunion du GdRE AquaDEB, à Nantes: 5-6 novembre 2009, nombre de participants: 23 personnes. Coordination/organisation: M. Alunno-Bruscia. L’agenda des deux réunions sont disponibles à l’adresse: http://www.ifremer.fr/aquadeb/en/news/meetings.htm (le compte-rendu n’est disponible que sur la partie extranet du site).

5.11 Participation à des conseils nationaux et internationaux à caractère scientifique ou technique

Boudry P. (2009). Membre du Comité d’évaluation de l’appel à projet « Génomique » de l’Agence Nationale de la Recherche (ANR).

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Boudry P. (2009). Membre du comité d’évaluation des projets soumis au projet européen ASSEMBLE pour l’accès aux infrastructures de recherche et collections de la Station Biologique de Roscoff.

Boudry P. (2009). Membre du Conseil Scientifique de la Fondation française de Recherche sur la Biodiversité (FRB).

Boudry P. (2009). Membre du panel d’experts scientifiques de la direction générale de la recherche et de l’innovation (DGRI, Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche).

Boudry P. (2009). Menbre du “Working Group on the Application of Genetics in Fisheries and Mariculture” (WGAGFM), du Conseil International pour l’Exploration de la Mer (CIEM).

Cahu C.L. (2009). Membre du Comité d’évaluation de l’appel à projets « Programme Blanc » de l’Agence Nationale de la Recherche (ANR).

Cahu C.L. (2009). Commission Scientifique Spécialisée INRA, session Physiologie Animale, réunion annuelle.

Cahu C.L. (2009). Membre du Conseil scientifique du GIS Biogenouest, réunion tous les mois.

Cahu C.L. (2009). Coordination de l’axe 1 du GIS Europole mer, Génomique et Chimie Bleue.

Cahu C.L. (2009). Conseil Scientifique du Réseau Aquaculture Québec, réunion annuelle 10-11 novembre, plus 2 réunions téléphonique par an.

Cahu C.L. (2009). Commission de Promotion Cadres Ifremer, réunion Issy, 25-27 novembre 2009.

Omnes M.H. (2009). Participation au Séminaire ‘Domestication en Aquaculture’: Domestication et Durabilité, 25-26 novembre 2009, Cirad, Montpellier.

Suquet M. (2009). Conseil de groupement et conseil scientifique de la Cryobanque nationale, Paris.

Zambonino-Infante J.L. (2009). Commission Scientifique Spécialisée « Nutrition et Toxicologie », INRA, 16-17 novembre 2009.

5.12 Activité de soutien aux laboratoires et services de l’Ifremer

Corporeau C. et al.(2009). Participation au stand des journées portes ouvertes IFREMER Brest, juin 2009.

Le souchu P. et al. (2009). Participation au stand des journées portes ouvertes IFREMER Brest, juin 2009

Omnes M.H. Participation Aux Journées de la Mer - Journées Portes Ouvertes Ifremer Centre de Brest, 13-14 juin 2009.

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5.13 Activité de reviewing pour des revues scientifiques ou techniques: 71 Animal Feed Science and Technology 1 Aquaculture 27 Aquaculture International 5 Aquaculture Nutrition Aquaculture Research 11 Aquatic Living Ressources 1 British Journal of Nutrition 1 Cellular & Molecular Biology Letters 1 Cryobiology 1 Environmental Microbiology and Environmental Microbiology Reports 1 European Journal of Lipid Science and Technology 1 Fish and Shellfish Immunology 1 Fish Physiology and Biochemistry 3 International Research Journal of agricultural Science 1 Journal of Applied Ichthyology 3 Journal of Applied Microbiology 1 Journal of Fish Biology 3 Journal of Heredity 2 Journal of Marine Biology and Ecology 1 Marine Biology 1 Micron 1 Molecular Ecology 1 North American Journal of Aquaculture 1 Theriogenelogy 3

5.14 Activités d’expertise

Alunno-Bruscia M. (2009). Evaluation pour le CRSNG (Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada).

Omnes M.H. (2009). Vue globale de l’utilisation des farines et des huiles de poisson dans les aliments aquacoles composés industriels: tendances et prospectives. Article de Tacon & Metian, 2008, Aquaculture 285, 146-158. In Consommation et marchés ; économie de la production. Bibliomer 45, p.40 (analyse d’article).

Person-Le Ruyet J. (2009). Participation à l’évaluation de projets d’aquaculture pour le Conseil de Recherche de Norvège.

Person-Le Ruyet J. (2009). Participation au conseil de l’Europe sur le bien être des poissons en élevage: préparation des dossiers en cours d’étude et participation à une réunion de bureau en avril et au 50e meeting annuel en décembre (Strasbourg).

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5.14.1 Pour des projets

Boudry P. (2009). Revue d’un projet soumis à l’appel d’offre Séquençage du GIS IbiSA.

Boudry P. (2009). Revue du rapport final d’un projet pour le programme Biodiversité de l’ARN.

Boudry P. (2009). Revue d’un projet pour le Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada, Strategic Project Grants Program.

Boudry P. (2009). Revue de 13 projets de collaborations bilatérales pour la Direction Générale de la Recherche et de l’Innovation (DGRI, Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche).

Gatesoupe F.J. (2009). Expertise pour l’appel à projet ‘UI/WSU Aquaculture Initiative’ (Idaho University, Washington State University).

Huvet A. (2009). Expertises de projet fait pour l'ANR appel blanc

Huvet A. (2009). Expertises de projet fait pour la Fondation pour la Recherche en Biodiversité (FRB)

Huvet A. (2009). Expertise de projet fait pour la Fondation pour la Fondation Marsden en Nouvelle Zélande.

Suquet M. (2009). Expertise de deux projets de recherche pour la Czech Science Foundation

5.14.2 Pour des jurys de thèse et d’HDR

Boudry P. (2009). Membre du jury de thèse de Amine Naimi: Le déterminisme du sexe de l’huître crueuse Crassostrea gigas au cours de son développement et du cycle gamétogénétique adulte: recherche de déterminants moléculaires. Université de Caen Basse-Normandie, soutenance le 4 mai 2009.

Boudry P. (2009). Membre du jury de thèse de Julien Normand: Déterminismes génétiques de l’allocation à la reproduction chez les huîtres creuses (Crassostrea gigas) triploïdes. Université de la Rochelle, soutenance le 30 juin 2009.

Boudry P. (2009). Membre du jury de thèse de Mickaël Dutertre: Invasion des populations férales de l’huître creuse Crassostrea gigas: stratégies d’alimentation et de reproduction dans les habitats turbides. Université de Nantes, soutenance le 20 octobre 2009, p.

Cahu C.L. (2009). Rapporteur pour la HDR de Viviane Boulo: Contribution à l’amélioration des populations d’intérêt aquacole: Prévention des maladies-transfert de gènes-Réponse immunitaire-Capacité osmorégulatrice. Université Montpellier II, soutenance le 7 décembre 2010.

Cahu C.L. (2009). Président du jury de thèse de Mathieu Castex: Evaluation du probiotique bactérien Pediococcus acidilactici MA18/5M chez la crevette pénéide Litopenaeus stylirostris en Nouvelle-Calédonie. Agro Paris Tech, soutenance le 8 avril 2009, 386p.

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Gatesoupe F.J. (2009). Rapporteur de la thèse de Mathieu Castex: Evaluation du probiotique bactérien Pediococcus acidilactici MA18/5M chez la crevette pénéide Litopenaeus stylirostris en Nouvelle-Calédonie. Agro Paris Tech, soutenance le 8 avril 2009, 386p.

Huvet A. (2009). Rapporteur de la thèse de Pierre Olivier de Franco: Etude des glutations S-transférases chez les algues brunes Laminaria digitata et Ectocarpus siliculosus. Université de Rennes I, soutenance le 6 mars 2009.

Robert R. (2009). Membre du jury de thèse de B. Rico Villa pour une thèse intitulée “Les besoins écophysiologiques des larves d’huître creuse Crassostrea gigas en conditions contrôlées: effet de la température, de la nourriture et modélisation de la croissance ». Université de Brest, France, soutenance le 24 juin 2009, 179p.

Documents

Rapport d’activité 2009€¦ · marins à leur environnement » (José Zambonino responsable) 6 Département PFOM Rapport d’activité, année 2009 1.3.3 Implication dans la compréhension