UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Mise à jour le: infections respiratoires communautaires ED n° 3

UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux


Mise à jour le:

infections respiratoires communautaires

ED n° 3



Rhinite

Pharyngite/laryngite

Trachéite

Bronchite

Pneumonie

Bronchiolite

Pré-requis 1-Définitions

•Bronchite aigüe: inflammation de la muqueuse bronchique sans atteinte parenchymateuse

•BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive): inflammation chronique des bronches. Les exacerbations peuvent être d’origine bactérienne et aggraver la BPCO

•Bronchiolite: infection des bronchioles

•Pneumonie: infection du parenchyme pulmonaire d’évolution aiguë



Rhinite


Trachéite

Bronchite

Pneumonie

Bronchiolite

Pré-requis 2 – rappels anatomo-cliniques

Voies aériennes supérieures: •flore abondante variable selon l’âge et le terrain.•Bactéries commensales (potentiellement pathogènes) : strepto a, Neisseria spp., Corynebacterium spp., Haemophilus spp. , Staphylococcus spp.… parfois Streptococcus pneumoniae (commensale des voies aériennes supérieures (5-10% de portage chez l’adulte, 20-40% chez l’enfant), Haemophilus influenzae

Voies aériennes inférieures: •Bronches et alvéoles pulmonaires normalement stériles

– Défenses mécaniques: toux, cils– Défense humorale : IgA, lysozyme– Défense cellulaire: macrophages, polynucléaires…



Pré-requis 3 – épidémiologie/classification

• Bronchite aigüe: – 10 millions de cas/ an– le plus souvent virale et contexte épidémique– Diagnostic uniquement clinique– Guérison spontanée – Pas d’antibiotique

• Exacerbations de BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive):

– 2 millions de cas par an– Diagnostic difficile– Etiologie non infectieuse dans 1 cas sur 2– Infection bactérienne probable si crachats purulents

• Bronchiolite: nourrisson, virale



Pré-requis 3 – Epidémiologie/classification

• Pneumonie aigüe:– 400 000 et 600 000 cas par an– Le diagnostic repose sur des critères:

• cliniques: toux, dyspnée, douleur thoracique, expectorations, fièvre, râles crépitants

• radiologiques: image lobaire, infiltrat interstitiel…• Microbiologiques

– Critères de gravité à évaluer: âge, comorbidités, signes vitaux…



Diagnostic microbiologique d’une pneumonie

Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous consulte pour une fièvre à 39°C d’apparition brutale associée à des frissons, une toux, des expectorations purulentes et une douleur thoracique unilatérale. Le patient présente des râles crépitants à l’auscultation et une tachycardie > 100/min. La radio thoracique montre une opacité alvéolaire



1 - Quelles sont les principales étiologies des pneumonies

communautaires ?• pathogènes donnant souvent une pneumopathie franche

lobaire aigüe souvent limitées à un seul lobe :– Streptococcus pneumoniae +++ (= pneumocoque) (50%) – Haemophilus influenzae– S. aureus

• pathogènes donnant souvent une pneumopathie interstitielle constituée d’opacités diffuses : – Dans ce cas, les étiologies virales prédominent. – bactéries de culture difficile dont:

• Mycoplasma pneumoniae

• Tableau mixte:

– Legionella pneumophila (10%)



2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie?

Aucun bilan microbiologique si faibles critères de gravité But de la culture bactérienne: •Identifier la ou les bactéries en cause parmi la flore•Étude de la sensibilité de la bactérie isolée aux antibiotiques

Type de prélèvement:•Variable selon l’importance clinique, le contexte (ambulatoire, intubation, immunodépression)•Transport rapide au laboratoire (germes fragiles et prolifération des bactéries commensales)• Avant toute antibiothérapie




A- Prélèvements respiratoires:•Examen Cytobactériologique des expectorations (ECBC):

– Matin au réveil, rinçage bucco-dentaire, après effort de toux si besoin aide d’un kiné

•Aspiration endo-trachéale (AT) (chez patient souvent intubé):– Aspiration des secrétions broncho-pulmonaires par sonde

d’intubation•Prélèvement des sécrétions respiratoires basses

– Prélèvement Distal Protégé (PDP) et Brossage (BDP)

• Brosse de nylon placée à l’intérieur d’un double cathéter (sous fibroscopie)

– Lavage Broncho-Alvéolaire (LBA)• Injection et ré-aspiration de sérum physiologique (100 à 200 ml)

sous fibroscopie

contaminé par la flore

oropharyngée




Cytologie:•bonne qualité du prélèvement (ECBC, AT) si :

• <10 Cellules épithéliales/ champ• >25 Polynucléairesneutrophiles/champ

• nombre de cellules, formule, % de cellules infectées (LBA)

Gram:présence de germes (description)

Gélose au sang hémolysé(« gélose chocolat »)+ vitamines

dilutions appropriées dénombrement des bactéries

Examen microscopique:

prélèvement

Mise en culture :

Gélose au sang

Incubation à 37°C




Résultat des cultures (J1), significatif si pathogène: •≥107 UFC/ml (ECBC)•≥ 105 CFU/ml (Aspiration endo-trachéale)•≥ 103 CFU/ml (Prélèvement Distal Protégé)

•≥ 104 CFU/ml (Lavage Broncho-Alvéolaire)

Antibiogramme J2

techniques invasives

non systématiques




B- Autres prélèvements • Hémocultures si signes de gravité

rarement positives (Positives dans 30% des pneumopathies à pneumocoques)

• Recherche d’Antigène solubles (urines): Méthode immuno-chomatographique, Facile à réaliser et rapide

– Pneumocoque

Détecte les Ag polyosidiques du Pneumocoque.

Très spécifique

Sensibilité variable (Ag +: portage des < 3 ans, BPCO, excrétion prolongée après infection)

– Legionella pneumophila sérogroupe 1: en cause dans > 90% des cas spécificité ++

• PCR multiplex (dans certains laboratoires): virus + Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia. pneumoniae



4- Quelles sont les spécificités du pneumocoque ?

Diplocoque à gram positifGenre Streptococcus, capsule polyosidique

producteur de pneumolysine: colonies α-hémolytiques (halot vert)

(autres streptocoques commensaux:optochine résistants)

Résistance aux antibiotiques-Sensibilité naturelle à la pénicilline et aux céphalosporines. Depuis quelques années mutation des PLP : pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline (PSDP), variable en fonction de l’âge (60% chez l’enfant) Détection par disque d’oxacilline et/ou CMI à la penicillineG, amoxicilline et cefotaxime. Traitement par Amoxicilline 3 g/j

Très nombreux sérotypes différents (vaccination)



Diagnostic bactériologique d’une pneumopathie à Mycoplasme pneumoniae

• Mycoplasme pneumoniae (bactéries sans paroi)– Adhésion aux cellules respiratoires– Culture longue et difficile

• Diagnostic microbiologique:– Sérologie : IgG, IgM (séroconversion)– PCR à partir de prélèvement nasopharyngé ou respiratoire

• Résistance naturelles aux bétalactamines

• Antibiotiques actifs sont ceux avec bonne pénétration cellulaire : cyclines, macrolides, fluoroquinolones



Diagnostic microbiologique d’une legionellose (Legionella pneumophila)

• bacilles à Gram négatif, origine hydrotellurique

• Contamination par aérosols d’eau contaminée

• Diagnostic: – Recherche d’antigène urinaire

• Legionella pneumophila sérogroupe 1: en cause dans > 90% des cas

– Culture de prélèvement respiratoire sur milieu spécialisé

– Croissance lente (3 à 10 jours)

• Déclaration obligatoire (Enquête épidémiologique)

• Résistance naturelle aux bétalactamines

• Traitement: macrolides ou fluoroquinolones (bonne pénetration intracellulaire)

Préciser sur la feuille de demande la recherche de Legionella +++

Aspect en verre fritté



Démarche de prise en charge globale d’une pneumonie

Le diagnostic repose d’abord sur la clinique et l’imagerie!•Place du diagnostic microbiologique variable:

– PAC sans hospitalisation: pas de prélèvement– Pneumonie avec hospitalisation:

hémocultures + plts respiratoires +/- Ag urinaires Legionella +/-Ag pneumo

Traitement :•Fonction de la sévérité, du terrain, de la bactérie…•Principes de base:

– Antibiothérapie probabiliste instaurée rapidement– Réévaluation à 48h– Adaptation de l’antibiothérapie à la bactérie retrouvée et

antibiogramme



La coqueluche

• Bactérie responsable : Bordetella pertussis ou accessoirement parapertussis

• Très contagieuse• Infection bactérienne localisée à l’arbre

bronchique– Incubation 2-3 semaines– toux persistante de plus de 7 jours par quinte

(« champ du coq »)– peut être sévère chez nourrisson, femmes

enceintes, sujets agés (surinfections pulmonaires)



La coqueluche: physiopathologie

1. Colonisation du tractus bronchique par des adhésines

2. Production de toxines éliminations des cellules ciliées accumulation de mucus et réaction

inflammatoire



La coqueluche

• Diagnostic clinique +++• Confirmation diagnostique:

partir d’une aspiration ou écouvillonage nasopharyngé–1ère semaine de toux: culture (difficile, milieux spécifiques): cocco-BGN –dans les trois premières semaines de toux PCR –Sérologie : 3 semaines après la toux

• Traitement: macrolides• Prévention:

–Vaccination des enfants et adultes non vaccinés–Rappel tous les 10 ans



Evaluez-vous

Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous consulte pour une fièvre à 39°C d’apparition brutale associée à des frissons, une toux, des expectorations purulentes et une douleur thoracique unilatérale. Le patient présente des râles crépitants à l’auscultation et une tachycardie > 100/min. La radio thoracique montre une opacité alvéolaire

• Quel diagnostic doit-on évoquer ? – Pneumopathie à Pneumocoque

•Comment prouver cette hypothèse ? – ECBC , Antigénurie pneumocoque

•Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?– Legionella pneumophila , Haemophilus influenzae

•Quel traitement mettez-vous en place si votre hypothèse diagnostique se confirme Amoxicilline 3g/j



Diagnostic microbiologique d’une pneumopathie

Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, •consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois •Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal systématisée



1) Quel diagnostic évoquez-vous ?

• Votre suspicion de tuberculose est forte devant :

• Terrain :– homme jeune, étranger (pays à forte endémie)– conditions socio-économiques difficiles

• Clinique : – la fièvre prolongée – sueurs nocturnes– amaigrissement– symptomatologie pulmonaire toux +++– résistance aux antibiotiques classiques

• Radiologie : opacité dans apex gauche



Taux d’incidence de la tuberculose dans le monde WHO2011



Incidence, morbidité et mortalité liées à la tuberculose,

France métropolitaine, 1972-2010



Mycobactéries atypiques (environnement):

Mycobacterium complexe tuberculosis

(Bacille de Koch) : Genre Mycobacterium

•M. tuberculosis•M. africanum (patient africain)•M. bovis (bovidés) homme (aliments, lait cru ou contact)

•M. bovis BCG (Bacille de Calmette et Guérin)= souche

vaccinale atténuée non virulente

Mycobacterium Leprae

Bacille de Hansen

Ordre : Actinomycétales

2) Quel est la bactérie responsable de la

tuberculose ?

– Mycobacterium avium (SIDA, hémopathies..)– Mycobacterium xenopi – Mycobacterium marinum (aquariophilie..)...



- Isolement respiratoire du patient

- Chambre seule, porte fermée, pression négative

- Port de masque FFP2 obligatoire pour toute personne entrant dans la chambre

Transmission de la tuberculose est inter-humaine.

. . . .. ...... . . .. . ...

.

.....

.. . . . . ......

.......

. ..

tuberculeux contact

Lésion de

tuberculose

pulmonaire

goutelettes

3) Comment le patient s’est infecté ? Vous décidez de l’hospitaliser quelles mesures

prenez-vous ?

tuberculose pulmonaire= seule forme contagieuse



4) Quel est la physiopathologie de la maladie et le pouvoir pathogène de la bactérie?

Virulence = Capacité de résister à la phagocytose et se multiplier dans les macrophages•Inhalation du bacille tuberculeux puis implantation dans l'alvéole pulmonaire phagocytose par macrophage transformation en cellule épithélioïde formation d’un granulome à cellules épithélioïdes centré par de la nécrose caséeuse = lésion primaire

à partir de la lésion primaire : •soit guérit spontanément •soit s’étend avec nécrose tissulaire et formation d’une caverne = riche en bacille+++Très contagieux Parfois, dissémination par les vaisseaux lymphatiques ou sanguins vers d’autres organes : rein, méninge, os (mal de pott) ganglion…



Maladie = 10%

Infection

(virage IDR)

Infectionlatente

5% (dans les 2 ans)

5% (réactivation)

95%

Décès

en l’absence de traitement

Sujet Contact d’un tuberculeux

Contamination aérienne

Tuberculose infection et tuberculose-maladie



5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer votre diagnostic étiologique?

1/ Diagnostic d ’une tuberculose pulmonaire ( 73% des formes cliniques en France) :

JO

Prélèvement classique : 3 crachats sensibilité +++

expectorations ! pas de salivele matin à jeun, après rinçage de la bouche après effort de toux +++au moins 5 mlAttention si mal prélevé = faux négatif

Autres : à faire si classique est négatif 3 tubages le matin, à jeun, dès le réveilsi négatifs prélèvements invasifs :

– prélèvement respiratoire sous fibroscopie (LBA et/ou AB)– Et 3 crachats post fibroscopie



5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer votre diagnostic étiologique?

Pour les tuberculoses Extra-pulmonaires (26% des cas de tuberculose en France):

Recherche peut être effectuée selon localisation dans :

-Liquides de ponction (LCR, liquide pleural, articulaire)

-Biopsies : ganglion, osseuses, cutanés,

-Moelle osseuse, Sang (immunodéprimé)

- Urines (3 BK urines)



5) Quelle est la place du laboratoire dans le diagnostic à J0?

Travail sous poste de sécurité microbiologique de niveau 3 pour la manipulation du bacille de la Tuberculose

1/ Examen microscopique- après coloration de Ziehl-Neelsen - ou coloration à l’auramine (fluorescence)Les prélèvements non stériles sont décontaminés pour éliminer la

flore commensale.

non spécifique de la tuberculose et + si: - complexe M. tuberculosis, Mycobactéries non tuberculeuses- Nocardia, Rhodococcus, Actinomycetes

Recherche de BAAR Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants

peu sensible : positif seulement chez 50% des tuberculoses pulmonaires



•Paroi riche en acides mycoliques : non colorée par le GRAM •Résiste aux agents chimiques

5) Quelle est la place du laboratoire dans le diagnostic à J0?



Présence de Bacilles Acido-Alcoolo Résistants (BAAR) dans une expectoration

•Coloration à l’auramine Microscope à fluorescence x 100

• Coloration de Ziehl-Neelsen Microscope optique X 100



Mise en culture des prélèvements

croissance très très lente, aérobie, milieux spécifiques, 37° C

Milieux solides en tube :

Milieu de Löwenstein-Jensen et Milieu de Coletsos

culture + dès 3 semaines à 1 mois négatif en 3 mois

Surveillance de la culture est non automatisée

Milieux liquides : - MGIT (Mycobacterial Growth

Indicator Tube) par exemple

Surveillance de la culture est continue et automatisée

- Les cultures sont rendues négatives au bout de 6 semaines

-Les cultures peuvent être positives en 12 Jours en moyenne (cas des prélèvements positifs à l’examen direct)



7) Quels résultats attendez-vous pour confirmer votre diagnostic ?

Culture positive- Milieu solide + en 3s à 1 mois : aspect rugueux des colonies : sèches, eugoniques

- Milieu liquide + en 10 à 12 jours en moyenne

Coloration de ZiehlPrésence de BAAR

Identification du M. tuberculosis complex

par recherche d’antigène MPT64 spécifique ou par PCR



8) Quels vont être les antibiotiques testés ?

•Antibiotiques différents des antibactériens classiques•Une caverne contient environ 108 bacilles et environ 102 à 103 germes sont d’emblée résistants à un antibiotique• il existe des mutants R naturels au sein de la population• l’antibiotique ne tuera pas toute la population, il faut donc au moins 2, 3 voire 4 ATB pour tuer tous les bacilles et éviter l’apparition de résistance secondaire Un antibiotique sera considéré comme efficace lorsqu'il laisse le plus faibles taux de mutants préexistants d’emblée.

5 antituberculeux majeurs testés (*= utilisés en pratique clinique): isoniazide*Rifampicine*Ethambutol*

Pyrazinamide*streptomycine

InhSmRifEmbControl



D. Hilleman et al., J Clin Microbiol, 2005.

PCR hybridation

• Détection de la résistance à 2 anti-tuberculeux majeurs:

– Rifampicine (mutation dans le gène rpoB)

– Isoniazide (mutation gènes katG et inhA)

Détection moléculaire de la résistance aux antituberculeux chez les mycobactéries du

complexe tuberculosis



9) Quel sera le traitement et le suivi ?

Déclaration obligatoire Isolement : malade contagieuxPrécautions : Masque FFP2 ( pour les soignants, visiteurs)Masque chirurgical anti-projection ( pour le patient lors de visites ou déplacements)

- Traitement classique de la tuberculose maladie : isoniazide + rifampicine + éthambutol + pyrazinamide

Quadrithérapie antituberculeuse 2 mois relais 4 mois bithérapie

- Suivi : contrôle 3 BK crachats 3 semaines après la mise sous traitement antituberculeux si - levée de isolement.



Evaluez vous (1)

• Quel diagnostic évoquez vous en priorité ? – Tuberculose pumonaire : origine africaine, conditions socio-économiques

modestes, AEG

•Comment le confirmer ? – mise en évidence de BAAR à l’examen direct des expectorations en

coloration de Ziehl-Nielsen ou Auramine , identifié comme étant Mycobacterium tuberculosis en culture

– Ou uniquement culture positive à M. tuberculosis ( avec un examen direct négatif) : fréquent




Evaluez vous (2)

•Vous décidez d’hospitaliser votre patient, quelles mesures prénez vous ? Quand pouvez-vous lever ces mesures?

– Isolement en chambre seule, masque de type FFP2 pour toute personne entrant dans la pièce

– Durée mal codifiée, classiquement 2/3 semaines de traitement efficace si patient bacillifère initialement (expectorations de contrôle).

– Déclaration obligatoire

•Quel traitement débutez-vous?– INH+RIF+ ETH+ PZA 2 mois puis INH + RIF 4 mois suivants




Le 04 décembre, un patient de 35 ans est hospitalisé pour une fièvre d’apparition brutale, toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48 heures auparavant. L’état du patient est jugé sévère indiquant une admission en réanimation médicale pour pneumopathie.

•Quel diagnostic doit-on évoquer ?•Comment prouver cette hypothèse ?•Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?



Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite est hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007 dans un service de Pédiatrie.

•Quelle est l’étiologie la plus fréquente des bronchiolites hivernales du nourrisson ?•Comment prouver cette hypothèse ?•Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?



Infections virales respiratoires

Virus influenza

Virus respiratoire syncytial (VRS)

Virus parainfluenza (PIV)

Metapneumovirus (hMPV)

Rhinovirus/Entérovirus/Paréchovirus

Coronavirus

Adénovirus

Bocavirus humain

Polyomavirus KI WU

Mais aussi virus Herpesviridae (HSV1, CMV, HHV-6, VZV) - Rougeole

Rhinite


Trachéite

Bronchite

Pneumonie



Associations Virus-symptômes

Rhinite Rhino, CoronaInfluenza, VRS, PIV, Adv, Entéro, hMPV

PharyngiteRhino, Adv, VRS, Influenza A et B

Epstein-Barr virus

Laryngite PIV Influenza, VRS, Adv,

Bronchite Rhino, VRS, PIVInfluenza, VRS, Adv, hMPV, Corona

Bronchiolite VRS, hMPVInfluenza, Adv, Rhino, Corona, Entéro

Pneumonie Influenza, Adv PIV, VRS, hMPV

Syndrome grippal

Influenza Tous

Diagnostic étiologique “clinique” difficile

Etiologie et symptomatologie variables également en fonction deEpidémiologie (saison, région)Population (enfant, adulte)Co-morbidité (maladie respiratoire (asthme, BPCO) – Immunodépression)



Symptomatologie grippe• Fièvre > 38°C• Début brutal• Asthénie• Myalgies• Frissons• Céphalées• Toux

• Rhinite

• Expectoration• Pharyngite• Otite• Troubles digestifs

> 80

60 - 80

40 - 60

< 20

Syndrome grippal = grippe ou autres virusGrippe sans syndrme grippal possible

%



Surveillance épdidémiologique

• Réseau Sentinelles http://websenti.u707.jussieu.fr/sentiweb/

–Surveillance clinique• Fièvre brutale > 39°C, myalgies, signes respiratoires

–1300 médecins généralistes libéraux volontaires

• Réseau GROG – Groupes Régionaux d’Observation de la Grippehttp://www.grog.org/

–Surveillance virologique– Prélèvements (écouvillon nasopharyngé) et tests de détection unitaire (immunochromatographie) par des médecins généralistes et pédiatres



RéseauSentinelles

Semaine 01 2013

Syndromes grippauxNb de cas / 100 000 habitants



Semaine 01 2013

GROG – France Métropole

Analyse régionale



Indications diagnostiques

Formes graves ou chez les personnes à risque Grippe (recommandations du COREB)

Groupement de coordination de la gestion du risque épidémiologique et biologiquehttp://www.infectiologie.com/site/medias/alertes/grippe/COREB-Grippe-urgences-15122010.pdf

Bronchiolite à VRS du nourrisson

Pneumonies virales de l’immunodéprimé

Adapter le traitement anti-infectieux

Mise en œuvre de mesures d’isolement

Infection respiratoire communautaire bégnine = pas de diagnostic virologique



Méthodes de prélèvementMéthodes de prélèvement

• Sécrétions nasalesLieu de réplication initiale des virus respiratoires–Aspiration nasopharyngée (+/- lavage )

• Plus difficile chez l’adulte (moins de sécrétions – charges virales plus faibles)

–Ecouvillonnage nasopharyngé• + simple à réaliser que l’aspiration mais recueil d’une quantité de cellules

plus faible

–Qualité du prélèvement +++ formation du personnel aux pvts

Eventuellement• Sécrétions trachéobronchqiues• Lavage bronchoalvéolaire

Prélèvements non recommandés– Expectorations– Crachats– Ecouvillonage buccal ou pharyngé

Virus = parasite intra-cellulaire




Aspiration nasopharyngée

Prélèvement riche en cellulesMise en œuvre +/- difficileDifficultés extraction des acides nucléiques

Prétraitement / Protéinase délaiTractus respiratoire supérieur



Ecouvillonnage nasopharyngéQualité du pvt – Virus intracellulaire

Mise en œuvre facile et rapide- possible au cabinet médical

Extraction des acides nucléiques + facile

Tractus respiratoire supérieurSensibilité / aspiration nasopharyngée ? Qualité du pvt +++Ecouvillon spécifique ++++ (nylon floqué)




Jérôme Le Goff



Techniques rapides

Biologie moléculaire

Cultures cellulaires ? Sérologie

Diagnostic virologiqueExamens



Grippe A/B

Résultats ~ 15 min

Tests rapides unitairesImmunochromatographie

VRSSensibilité variable en fonction des testsAttention aux nouveaux variantsMoins sensible que la biologie moléculaireAutres virus ?



Ac monoclonaux virus respiratoires « usuels » Influenza A Influenza B Para-influenza 1-3 Adénovirus VRS Métapneumovirus

± Rougeole

Tests rapides Immunofluorescence

Résul

tats

< 3H



Biologie moléculaire

• PCR temps réel ciblée ou duplex- Influenza A/B, VRS, Parainfluenza, Adénovirus, hMPV, Rhinovirus/ Entérovirus, Coronavirus, Bocavirus

- HSV, VZV, CMV, EBV, HHV6 (LBA – Idpé)

- Rougeole

• PCR multiplex 20 pathogènes en 1 ou 2 réactions– Délai technique 1H30 – 9H– Développement de systèmes totalement intégrés – (extraction, amplification, détection, interprétation)

– Coût des techniques multiplex 30 300 euros



Diagnostic intégré Diagnostic intégré Genexpert – Diagnostic de la grippe

Réactifs

Echantillon

Extraction + Amplification = 1H15



RT-PCR multiplex unitaire permettant la détection simultanée de 18 virus et de 3 bactéries

Diagnostic intégré Diagnostic intégré Biofire FilmArray – Diagnostic tous virus respiratoires

Résultats en 75 minutes



Evaluez-vous

Quels sont les examens virologiques utiles au diagnostic de la grippe humaine saisonnière?A.SérologieB.Western-blotC.Test rapide par immunofluorescence, sur aspiration naso-pharyngéeD.Test rapide sur bandelette, sur aspiration naso-pharyngéeE.PCR ciblée sur le gène de la neuraminidase, sur aspiration naso-pharyngée



Evaluez-vous

Quel prélèvement permet le diagnostic virologique d'une bronchiolite du nourrisson ?

A.Prélèvement nasopharyngé B.Prélèvement sanguinC.Prélèvement d'urineD.Prélèvement de sellesE.Prélèvement de LCR



Le 04 décembre, un patient de 35 ans est hospitalisé pour une fièvre d’apparition brutale, toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48 heures auparavant. L’état du patient est jugé sévère indiquant une admission en réanimation médicale pour pneumopathie.

•Quel diagnostic doit-on évoquer ? – Grippe (Influenza)

•Comment prouver cette hypothèse ? – Aspi Nasopharyngée – Ecouvillon endonasal – IF -

PCR•Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?

– Autres virus respiratoires – infection bactérienne



Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite est hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007 dans un service de Pédiatrie.•Quelle est l’étiologie la plus fréquente des bronchiolites hivernales du nourrisson ?

– VRS

•Comment prouver cette hypothèse ? – Aspi Nasopharyngée – IF - PCR

•Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?– Autres virus hMPV, Rhino

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