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Page 1 sur 12 Ronéo 2- UE9 Cours n°14
UE9 Agents Infectieux
Dr. J. LE GOFF
Jeudi 1er Février 2018 16H30-17H30
Ronéotypeur : Clélia COMTE
Ronéoficheur : Hannah BURTIN
COURS n°14 : Les infections respiratoires
virales dont la grippe
Ce cours est de type « inversé » c’est-à-dire qu’il a été présenté par des binômes d’étudiants à l’aide
des diapositives mises à disposition sur Moodle. C’est un cours interactif basé sur les échanges entre
enseignants et étudiants. Le référentiel de Virologie et ce cours sont complémentaires. La ronéo sera
relue par le prof, je vous ferai part des éventuels errata. Enfin, pour toutes questions, voici le mail du
prof [email protected]
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SOMMAIRE
I. Généralités
II. Virus Influenza
III. Autres virus respiratoires
IV. Traitements, Prévention, Diagnostic
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I. GENERALITES
Les virus respiratoires ont pour organe-cible principal l’arbre respiratoire, et non pas seulement les
poumons.
Dans le cadre des infections respiratoires les portes d’entrée des virus sont les organes cibles ainsi
le temps d’incubation est très court. Lorsque le virus entre dans l’organisme, il se multiplie
rapidement au sein de l’organe-cible, ses particules virales sont excrétées dans les sécrétions
respiratoires (lors de la toux, des éternuements…). La transmission se fait par inhalation de ces
sécrétions respiratoires.
Les virus respiratoires sont des virus très contagieux, en effet des individus asymptomatiques porteurs
du virus peuvent transmettre les particules virales, c’est ce qu’on appelle le portage asymptomatique.
De façon moins fréquente, la transmission virale pour être indirecte par contact avec les surfaces ou
les mains.
Les virus respiratoires sont soit des virus à ADN, soit des virus à ARN (plus fragiles). Chacun d’eux
possède un ou plusieurs organes cibles associés à de nombreux symptômes non spécifiques, ce qui
rend le diagnostic étiologique clinique difficile.
Voici un tableau qui résume la symptomatologie en fonction des principaux virus. Ce qu’il faut retenir
ici c’est qu’un symptôme peut évoquer différents virus. Il faut donc utiliser les données :
Epidémiologiques (saison, région)
Populationnelles (enfant, adulte)
Comorbidités (maladie respiratoire type BPCO ou asthme, l’immunodépression)
Infections de l’arbre respiratoire haut -Rhinite
-Pharyngite
-Rhinopharyngite
- Laryngite
Infections de l’arbre respiratoire bas -Bronchite
-Bronchiolite
- Pneumonie
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En effet, la symptomatologie et l’étiologie dépendent de ces paramètres.
II. VIRUS INFLUENZA = virus de la grippe
Le virus influenza fait parti de la famille des Orthomyxoviridae. C’est un virus à ARN enveloppé, son
ARN est segmenté en 8 fragments pour le virus influenza de type A. Les deux protéines majeures à
retenir dans la structure de ce virus sont l’Hémagglutinine HA et la Neuraminidase NA. Ces deux
protéines sont les cibles des antiviraux, de plus plusieurs variations génétiques sont à l’origine des
différents sous-types de la grippe.
Le virus se lie à la membrane plasmique de la cellule à infecter par la liaison entre l’Hémagglutinine
et les acides sialiques. Ensuite la Neuraminidase détruit les acides sialiques tout en libérant les
virions. L’infection déclenche la production d’anticorps anti-HA et anti-NA, ce sont des anticorps
neutralisants utilisés dans la production de vaccins. Il y a des spécificités d’espèce par exemple entre
les aviaires et les humains, certains virus influenza vont se fixer préférentiellement sur les acides
sialiques aviaires (SA-2,3-Gal) ou les acides sialiques humains (SA- 2,6-Gal).
Il existe 3 types de virus grippaux
Type A : retrouvé chez l’Homme et d’autres mammifères terrestres et marins mais aussi
chez les oiseaux, qui sont le réservoir naturel du virus. Ce type du virus influenza fait
l’objet de nombreuses mutations et favorise les transmissions entre les espèces.
Type B : retrouvé chez l’Homme et le phoque
Type C : retrouvé chez l’Homme, le chien et le porc. Il est rarement observé en pathologie
chez l’Homme c’est pour cela qu’on ne le recherche pas.
Comme vu précédemment, le virus influenza est un virus à ARN. L’ARN est plus instable que l’ADN
et les erreurs de l’ARN polymérase sont plus nombreuses entraînant des mutations ponctuelles. De
plus l’ARN viral est segmenté ce qui favorise les échanges de fragments d’ARN entre les différents
virus influenza. Donc les virus grippaux sont sujets à une grande variabilité génétique. C’est donc
pour cela que l’on observe pour le virus influenza A, 17 sous-types différents de l’Hémagglutinine HA
(de H1à H17) et 10 sous-types différents de la Neuraminidase NA (de N1à N10).
Les deux phénomènes à l’origine de cette variabilité génétique sont :
Les glissements antigéniques : ce sont des mutations ponctuelles donnant des souches
épidémiques (nouveaux variants)
Les épidémies saisonnières sont dû à un variant du virus déjà existant ayant muté
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Les échanges de fragments ou « cassure » antigéniques : ce sont des échanges entre les
fragments de différents virus influenza avec l’apparition de nouvelles protéines HA et NA. Ce
phénomène est à l’origine des pandémies mondiales.
Les pandémies mondiales correspondent à une forte augmentation dans l’espace et le temps
des cas de grippe, suite à la circulation d’un virus de composition antigénique nouvelle sans
immunité préexistante de la population. (Rappelez-vous de la pandémie A H1N1 de 2009.Cette
pandémie avait touché une population jeune car les personnes plus âgées avaient déjà au cours de
leur vie rencontré un virus similaire c’était un facteur protecteur).
Exemple :
H2N2 aviaire + H1N1
humainréassortimentH2N2 humain
H2N2 humain + H3 aviaire réassortiment H3N2
humain
Il existe 3 types de transmission du virus de la grippe entre espèces à l’origine de grande pandémie
mondiale :
L’espèce aviaire est l’espèce réservoir naturel de la grippe, dans le phénomène de réassortiment le
canard (sauvage) transmet le virus au coq (domestiqué) qui lui-même le transmet au porc.
Parallèlement l’Homme transmet le virus au porc. Le porc est une espèce ayant la capacité de
s’infecter et répliquer les virus des types aviaire et humain, des réassortiments entre les virus des types
aviaire et humain vont apparaître donnant naissance à un nouveau type de virus transmis à l’Homme.
La transmission directe est un cas assez rare car il y a une limite d’adaptation du virus aviaire pour
infecter l’Homme.
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Dans l’adaptation on observe la même chose que pour la transmission directe à la différence que le
porc est une espèce intermédiaire qui permet l’adaptation des souches virales lors des infections
successives entre les porcs avant d’atteindre l’espèce humaine.
Pour ce qui est des données épidémiologiques, on observe les pics d’infection de la grippe, souvent fin
janvier/début février. D’une année sur l’autre les sous-types du virus ne sont pas les mêmes par
exemple, l’année dernière (saison 2016/2017) le sous-type principal était A H3N2, cette année (saison
2017/2018) on observe trois sous-types A H1N1, B beaucoup plus fréquents que le sous-type A H3N2.
Un réseau de surveillance de médecine générale est mis en place afin de suivre l’évolution de la
fréquence des symptômes grippaux et des infections grippales en médecine de ville. C’est le réseau
Sentinelles basé sur le volontariat des médecins généralistes et certains pédiatres.
Les syndromes grippaux qui motivent une consultation chez le médecin généraliste sont :
- Fièvre >39°C d’apparition brutale
- Myalgies et arthralgies
- Signes respiratoires
Pendant 6 semaines d’épidémie il a été dénombré 1 270 000 consultations chez le médecin généraliste
contre 1 339 000 en 2017 à la même période.
A la semaine 3 on a recensé les informations suivantes :
- Incidence : 270 cas pour 100 000 habitants (seuil épidémique = 175)
- Age médian : 27 ans (le plus jeune : 1 mois, le plus âgé : 92 ans)
- Hospitalisation : 0,6% (0,2% en 2017)
Les données du réseau Sentinelles sont en libre accès sur le site :
https://websenti.u707.jussieu.fr/sentiweb/
L’histoire naturelle de l’infection grippale :
Le virus pénètre dans le corps au niveau des VAS (Voies Aériennes Supérieures). Il se réplique à la
fois dans les VAS et dans les voies respiratoires inférieures. La durée d’incubation du virus est de 2
jours (c’est-à-dire qu’il faut attendre 2 jours avant l’apparition des symptômes). Le portage viral
(période durant laquelle un individu infecté peut transmettre le virus) a lieu 1 à 2 jours avant les
symptômes jusqu’à 4 à 5 jours après le début des symptômes. La contagiosité est maximale pendant
la période de portage.
/!\ Le portage viral est plus important chez l’enfant (environ 10 jours) et de façon encore plus
prolongée chez les patients immunodéprimés (environ 60 jours, peut varier). Cela est dû au fait que
les défenses immunitaires mettent plus de temps à éradiquer le virus.
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Voici la symptomatologie du syndrome grippal :
Les troubles digestifs peuvent être l’unique
symptôme chez l’enfant, le diagnostic peut être
alors très difficile à poser.
/!\ Le syndrome grippal peut être la
conséquence d’une infection au virus de la
grippe mais pas seulement d’où l’importance
du test direct (c.f cours 13). Réciproquement
une infection par le virus de la grippe peut
exister en l’absence de syndrome grippal.
Les complications de la grippe sont :
Chez les patients à risque +++ c’est-à-dire les femmes enceintes, personnes âgées, personnes
obèses…
Les pneumonies virales
Les pneumonies bactériennes (S Pneumoniae, H influenzae, S aureus_ 1 à 10% des infections
symptomatiques)
Les bronchiolites
Les cas d’exacerbation d’asthme ou BPCO
Les cas de pneumothorax, emphysème
l’Encéphalopathie, Syndrome de Reye
- Atteintes hépatique et cérébrale non inflammatoire
- Aspirine non recommandée âge < 16 ans
III. Autres virus respiratoires
PARAMYXOVIRIDAE
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Le Paramyxoviridae est une famille de virus enveloppés. Cette famille se décompose en deux grandes
branches les Paramyxovirinae et les Pneumovirinae à l’origine de nombreux autres virus comme le
VRS, hMPV, la rougeole …
Leur génome est plus stable comparé aux Orthomyxovirus (famille virale de la grippe). Ce sont des
glycoprotéines à leur surface qui leur permettent d’adhérer et de fusionner avec la cellule cible à
infecter.
VRS = Virus Respiratoire Syncitial
La période d’incubation est de 2 à 4 jours en moyenne
Des symptômes de rhinite surviennent durant 1 à 3 jours et peuvent évoluer vers une bronchiolite. La
destruction des cellules ciliées et la réponse inflammatoire risquent de provoquer une obstruction
bronchiolaire.
Les symptômes sont plus sévères chez les enfants de moins de 2 ans :
- Rhume
- Fièvre (modérée)
- Toux sèche
- Dyspnée obstructive, polypnée, tirage, sifflements (signe de gravité)
- Perte d’appétit (signe de gravité)
- Otite, troubles digestifs
Globalement l’infection évolue favorablement en 10 jours
Données épidémiologiques : La bronchiolite est une complication de la rhinite à VRS, on dénombre
environ 450 à 500 000 nouveaux cas/an en France.
La transmission est plus souvent aérienne mais elle peut être indirecte :
Survie de 20 min du virus sur la peau
Survie de 60 min sur les vêtements
Survie de 6h sur les surfaces non poreuses
Au cours d’une infection nosocomiale
Les formes graves de la bronchiolite :
- Représentent 0,5-2% des hospitalisations pour insuffisance respiratoire grave et concernent
essentiellement les prématurés, les enfants de moins de 2-3 ans, les personnes présentant des
co-morbidités (cardiaques, respiratoires, immunodépression)
- La mortalité : 0,005 à 0,2% et 1 à 3% des patients hospitalisés
- Les formes graves sont présentent chez les adultes immunodéprimés ou les personnes atteintes
de pneumonies
- En cas d’exacerbations d’asthme ou de BPCO
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L’épidémie de VRS s’étend de Novembre à Janvier et commence donc plus tôt que celle de la grippe.
Mais aucun lien ni aggravant ni protecteur ne peut être fait entre l’infection au VRS et l’infection au
virus Influenza.
hMPV = Métapneumovirus humain
Ce virus est beaucoup moins fréquent et moins sévère que le VRS.
Donnée épidémiologique : C’est un virus ubiquitaire, que l’on retrouve au cours des épidémies
automno-hivernales. Ce virus touche plus fréquemment les enfants de moins de 5 ans car la
séroprévalence > 90% s’observe chez les enfants de plus de 5 ans.
La clinique :
- Infections respiratoires hautes et basses du nourrisson et du jeune enfant
- Pneumopathies sévères chez les personnes âgées et les patients immunodéprimés
- 5 à 15% des bronchiolites du nourrisson à hMPV sont hospitalisées
Le hMPV représente moins de 5% des prélèvements respiratoires positifs
PIV = Virus Para-Influenza
Ce virus est divisé en 4 sous-types PIV-1, PIV-2, PIV-3 et PIV-4.
Le PIV-3 représente 50% des infections à PIV de l’enfant. Les épidémies surviennent durant la
période de l’automne jusqu’au printemps. Les symptômes sont : bronchiolite, rhinite, laryngite,
pneumonie.
Le PIV-1 représente 20 à 30% des infections à PIV de l’enfant. Les épidémies de PIV-1 et 2 durent
entre 3 et 4 semaines en automne. Les symptômes sont : laryngites, trachéites, rhinopharyngites,
bronchites, pneumonies. Les patients immunodéprimés sont plus sensibles à ce virus et plus à risque
de contracter une pneumonie.
CORONAVIRUS
C’est un virus à ARN enveloppé, il en existe 4 formes ubiquitaires : OC43, HKU1, 229E et NL63.
Données épidémiologiques : les séroprévalences sont élevées dans la population, ce sont des infections
saisonnières des voies respiratoires hautes et basses, elles touchent toutes les tranches d’âge et
peuvent aller du simple rhume à la pneumonie sévère (chez les immunodéprimés). Les symptômes
digestifs sont fréquemment observés au cours de ces infections.
SRAS-Cov : Syndrome respiratoire aigu sévère
Le SRAS-Cov apparaît en Novembre 2002 dans la province de Guangdong puis il se répand dans le
monde entier à partir de Hong Kong. On estime à 8000 le nombre de cas probables et 800 le nombre
de morts. La transmission interhumaine est interrompue en juillet 2003. L’espèce réservoir est la
Chauvesouris et l’hôte intermédiaire est la Civette palmée.
MERS-Cov : Middle East respiratory syndrome coronavirus
Il apparaît pour la première fois en septembre 2012 en Arabie Saoudite et au Qatar sous forme de
pneumonies sévères. Ce virus est très proche du SRAS-Cov. Les symptômes se caractérisent par des
signes respiratoires et de la fièvre entrainant un SDRA (Syndrome Détresse Respiratoire Aigue). La
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durée d’incubation est inférieure à 14 jours. En décembre 2017, on a dénombré 2103 cas avec une
mortalité de 35%. Les cas étaient autochtones principalement dans la Péninsule Arabique. Les
dromadaires représentent un réservoir probable du virus, la transmission à l’Homme se fait par
l’intermédiaire des gouttelettes, des objets contaminés, le lait. La transmission interhumaine s’est
observée sur un cas entre l’Arabie saoudite et la République de Corée qui a connu une forte épidémie.
PICORNAVIRIDAE
C’est un virus à ARN, résistant sur les surfaces il en existe plusieurs types :
- Rhinovirus : 3 sous-types A, B, C et il existe une centaine de sérotypes
- Entérovirus
- Parechovirus
Il est endémique, l’épidémie atteint un pic en automne, les symptômes sont : la rhinite+++, la sinusite,
l’otite moyenne aiguë, la bronchite, la bronchiolite, l’exacerbation de l’asthme et le BPCO. Il existe
une pathogénicité différente entre les espèces A, B et C. Il n’existe pas d’interférence épidémiologique
avec le virus de la grippe.
ADENOVIRUS
C’est un virus nu à ADN, il en existe 7 espèces de A à G avec plus de 68 types différents.
Les espèces B et C sont responsables d’infections respiratoires localisées et sévères surtout chez les
enfants.
Les sérotypes en fonction des espèces :
B 3, 7, 14, 16, 21, 55
C1, 2, 5, 6, 57
E 4
50% des porteurs du virus sont asymptomatiques
La fièvre en est un symptôme principal :
- Rhinopharyngite
- Association Rhinite-conjonctivite
- Otite moyenne aiguë
- Laryngite
- Bronchiolite
- Pneumonie (1 à 3% pneumonies chez l’enfant dont 8% sont hospitalisés)
Il peut provoquer des infections sévères et disséminées chez les patients immunodéprimés en cas de
greffe de cellules souches hématopoïétiques +++
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IV. TRAITEMENTS, PREVENTION, DIAGNOSTIC
Les traitements :
Grippe VRS
Ce sont des inhibiteurs de la neuraminidase :
- Inhibition de la coupure des acides
sialiques
- Absence de relargage des virions
- Oseltamivir = Tamiflu®
- Zanamivir = Relenza®
Il n’y a pas encore de médicaments utilisés pour
ce virus, toutefois, des inhibiteurs de fusion des
glycoprotéines empêchant l’entrée du virus dans
la cellule sont en cours de développement.
Les indications du traitement antiviral :
Concerne les patients avec un syndrome grippal caractérisé ET une forme de grippe sévère ou
compliquée. La situation clinique doit comporter au moins 1 des facteurs de gravité suivant :
- Température < 35°c ou > 38, 5°c malgré les antipyrétiques
- Pulsations > 120 bpm
- Fréquence respiratoire > 30
- Troubles de la vigilance
- Détresse respiratoire
Dans les 48h suivant le début des symptômes il faut donner du TAMIFLU 75mg 1cp matin et
soir pendant 5 jours
La prévention :
Vaccination :
Pour la grippe Vaccin inactivé trivalent
Culture sur œuf embryonné
Composition modifiée tous les ans (2017/ 2018 : A(H1N1) modifié, A(H3N2) et B)
Prévention de la transmission :
- Masque
- Lavage de mains
- Nettoyage des surfaces
Le diagnostic virologique :
Il est indiqué dans les cas de formes graves ou chez les personnes à risque :
- Grippe
- Bronchiolite à VRS du nourrisson
- Pneumonies virales de l’immunodéprimé
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Le diagnostic permet :
- D’adapter le traitement anti-infectieux
- Donner une étiologie
- Mettre en œuvre des mesures d’isolement
Les méthodes utilisées pour le diagnostic sont :
- Détection d’antigènes
L’immunochromatographie (tests rapides) VRS, Grippe
L’immunofluorescence Grippe, VRS, hMPV, PIV
- PCR
Grippe ou Grippe+ VRS
Tous les virus séparément
Tous les virus simultanément = Multiplex
(Ces techniques seront revues et approfondies en ED.)
Les méthodes de prélèvement :
- Concerne les sécrétions nasales en général :
Ecouvillonnage nasopharyngé
L’écouvillon utilisé est spécifique et le tube contient un milieu de transport viral. Sur l’écouvillon le
nylon floqué permet l’absorption des sécrétions. La qualité du prélèvement est primordiale, ainsi il
faut s’assurer de la qualité et du type de matériel utilisé, former le personnel au prélèvement.
(Une courte vidéo disponible sur Moodle vous montre comment réaliser un écouvillonnage
nasopharyngé)
Aspiration nasopharyngée (plus long que l’écouvillonnage)
Ces deux méthodes permettent de faire le diagnostic viral en première intention.
- Eventuellement s’il y a des difficultés à poser le diagnostic, on peut réaliser :
Lavage bronchoalvéolaire
Prélever les sécrétions trachéobronchiques
Pour finir, voici les objectifs du cours :
• Connaître les différents virus respiratoires
• Comprendre la variabilité des virus grippaux
• Définir un syndrome grippal
• Connaître les manifestations associées au VRS
• Connaître les stratégies de diagnostic des infections respiratoires virales
• Connaître les antiviraux disponibles
• Savoir réaliser un prélèvement respiratoire pour un diagnostic virologique
Ciao