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UNIVERSITE DE SAINT-ETIENNE FACULTE DE MEDECINE JACQUES LISFRANC

ANNEE 2008 N°2008/17

ELABORATION D’UN GUIDE PRATIQUE

DU JEUNE CHERCHEUR EN MEDECINE GENERALE

IMPORTANT :

Pour des raisons de probable édition à venir, nous nous permettons de ne vous présenter

que des extraits de cette thèse.

THESE

présentée à l’Université de Saint Etienne

et soutenue publiquement le 18 Septembre 2008

pour obtenir le grade de Docteur en Médecine

par

Paul, Marie, Théodore FRAPPE Né le 20/04/1979

A Tours (37)

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REMERCIEMENTS

A Monsieur le Professeur Christian ALEXANDRE, Professeur des Universités de Rhumatologie, Faculté de Médecine de Saint Etienne, Chef du service de Rhumatologie C.H.U. de Saint Etienne, Qui me fait l’honneur de présider le jury et que je remercie tout particulièrement pour les encouragements constants à s’investir toujours plus professionnellement. Qu’il trouve ici le témoignage de ma haute considération et de mon profond respect. A Monsieur le Professeur Eric ALAMARTINE, Professeur des Universités de Néphrologie, Assesseur à la pédagogie, Faculté de Médecine de Saint Etienne, Chef du service de Néphrologie C.H.U. de Saint Etienne, Et Monsieur le Professeur Roger TRAN-MANH-SUNG, Professeur des Universités de Parasitologie, Faculté de Médecine de Saint Etienne, Chef du laboratoire de Parasitologie, C.H.U. de Saint Etienne, Qui ont accepté de juger ce travail à la lumière de leur expertise. Qu’ils reçoivent le témoignage de ma gratitude et de mon profond respect. A Monsieur le Professeur Christophe BOIS, Professeur associé de Médecine Générale, Faculté de Médecine de Saint Etienne, Médecin Généraliste, Saint Etienne, Qui a accepté de diriger officieusement cette thèse, et que je remercie tout particulièrement pour sa confiance, ses conseils avisés, et l’intérêt constant qu’il a témoigné pour ce travail. Qu’il reçoive ici l’expression de ma reconnaissance respectueuse.

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A mes enseignants ; De Lyon-Sud, De Saint-Etienne Du Master 2 ERC Lyon 1, Pour leur sens de la pédagogie, leur disponibilité, et l’amour contagieux du métier que trahi leur investissement. Au Pr. Christiane Broussolle, Pour m’avoir aidé et accompagné dans les moments délicats, témoignant que pédagogie rime plus avec humanisme que sélection. Au Dr. Rodolphe CHARLES, Charismatique conteur de médecine, dont l’ombre abandonnée se cache entre les lignes de ce guide. Aux membres des bureaux de : L’ AFMGS (Association des Futurs Médecins Généralistes Stéphanois), L’ ISNAR-IMG (Inter-Syndicale Nationale des Internes de Médecine Générale), FAYR-GP (French Association of Young Researchers in General Practice), Pour leur accueil, leur confiance, leur convivialité malgré les responsabilités, et pour les milles et une choses qu’ils m’ont apprises sur l’univers de la médecine générale. A tous mes amis, Compagnons joyeux et indulgents des multiples aventures qui m’ont (dés-)inséré socialement. A mes parents, Qui ont ouvert il y a 29 ans le livre de mon existence, et paraphé chaque page de leur bienveillance. A ma fratrie, à ma famille, Parce que c’étaient eux, parce que c’était moi. A Elodie, Cause de mon bonheur quotidien.

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UNIVERSITE DE SAINT-ETIENNE FACULTE DE MEDECINE JACQUES LISFRANC

THESE DE : Paul FRAPPE

COMPOSITION DU JURY

Président : Pr Christian ALEXANDRE Faculté : Saint Etienne Assesseurs : Pr Eric ALAMARTINE Faculté : Saint Etienne

Pr Roger TRAN-MANH-SUNG Faculté : Saint Etienne

Pr Christophe BOIS Faculté : Saint Etienne

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FACULTE DE MEDECINE JACQUES LISFRANC

LISTE DES DIRECTEURS DE THESE

Anatomie M. le Pr. Jean-Michel PRADES PU-PH 2C Anatomie et cytologie pathologiques M. le Pr. Michel PEOC’H PU-PH 2C Anatomie et cytologie pathologiques Mme le Dr Anne GENTIL PERRET MCU-PH 1C Anatomie et cytologie pathologiques Mme le Dr ML CHAMBONNIERE MCU-PH 2C Anesthésiologie et Réanimation Chirurgicale M. le Pr. Christian AUBOYER PU-PH 1C Anesthésiologie et Réanimation Chirurgicale M. le Pr. Serge MOLLIEX PU-PH 1C Bactériologie – Virologie - Hygiène M. le Pr. Bruno POZZETTO PU-PH 1C Bactériologie – Virologie - Hygiène Mme le Dr. Florence GRATTARD MCU-PH 1C Bactériologie – Virologie – Hygiène M. le Dr Thomas BOURLET MCU-PH 2C Bactériologie – Virologie – Hygiène (opt. Hygiène) M. le Pr. Philippe BERTHELOT PU-PH 2C Biochimie et biologie moléculaire M. le Pr. Jacques BORG PU-PH 2C Biochimie et biologie moléculaire Mme le Pr. Annette CHAMSON PU-PH 2C Biologie cellulaire Mme le Pr. Marie Hélène PROUST PU-PH 2C Biophysique et médecine nucléaire M. le Pr. Francis DUBOIS PU-PH 1C Biophysique et médecine nucléaire Mme le Dr Nathalie PREVOT MCU-PH 1C Cancérologie - Radiothérapie (opt. Radiothérapie) M. le Pr. Thierry SCHMITT PU-PH 2C Cancérologie - Radiothérapie (opt. Cancérologie) M. le Pr. Yacine MERROUCHE PU-PH 2C Cardiologie M. le Pr. Karl ISAAZ PU-PH 1C Cardiologie M. le Pr. Antoine DACOSTA PU-PH 2C Chirurgie digestive M. le Pr. Jack PORCHERON PU-PH 2C Chirurgie générale M. le Pr. Olivier TIFFET PU-PH 2C Chirurgie Infantile M. le Pr. François VARLET PU-PH 2C Chirurgie Infantile M. le Pr. Jérôme COTTALORDA PU-PH 2C Chirurgie orthopédique M. le Pr. Frédéric FARIZON PU-PH 2C Chirurgie Vasculaire M. le Pr. Xavier BARRAL PU-PH CE Chirurgie Vasculaire M. le Pr. Jean Pierre FAVRE PU-PH 1C Dermato - vénéréologie M. le Pr. Frédéric CAMBAZARD PU-PH 1C Endocrinologie et Maladies Métaboliques M. le Pr. Bruno ESTOUR PU-PH 1C Epidémiologie- Economie de la Santé et Prévention M. le Pr. Jean-Marie RODRIGUES PU-PH 1C Epidémiologie- Economie de la Santé et Prévention M le Pr. Franck CHAUVIN PU-PH 2C Epidémiologie- Economie de la Santé et Prévention Mme le Dr Béatrice TROMBERT MCU-PH 1C Gynécologie et Obstétrique M. le Pr. Pierre SEFFERT PU-PH 1C Hématologie M. le Pr. Denis GUYOTAT PU-PH 2C Hématologie Mme le Pr. Lydia CAMPOS GUYOTAT PU-PH 2C Hépatologie – Gastro - Entérologie M. le Pr. Jean - Christian AUDIGIER PU-PH 1C Histologie – Embryologie - Cytogénétique Mme le Pr. Michèle COTTIER PU-PH 2C Immunologie M. le Pr. Christian GENIN PU-PH 2C Immunologie M. le Pr. Olivier GARRAUD PU-PH 2C Immunologie M. Stéphane PAUL MCU-PH 2C Maladies Infectieuses - maladies tropicales M. le Pr. Frédéric LUCHT PU-PH 1C Médecine du Travail et des risques professionnels M. le Pr. Christian CABAL PU-PH 2C Médecine du Travail et des risques professionnels M. le Dr. Dominique FAUCON MCU-PH 1C Médecine interne M. le Pr. Pascal CATHEBRAS PU-PH 2C Médecine interne M. le Dr Martial KOENIG MCUPH 2C Médecine Interne (Gériatrie) M. le Pr. Régis GONTHIER PU-PH 1C Médecine Interne (Gériatrie) M. le Dr Olivier BEAUCHET MCU-PH 2C Médecine Légale M. le Pr. Michel DEBOUT PU-PH 1C Médecine Physique et réadaptation M. le Pr. Vincent GAUTHERON PU-PH 1C Médecine Physique et réadaptation M. le Dr Pascal GIRAUX MCU-PH 2C Médecine vasculaire M. le Dr. Christian BOISSIER MCU-PH HC Néphrologie M. le Pr. François BERTHOUX PU-PH CE Néphrologie M. le Pr. Eric ALAMARTINE PU-PH 2C

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Neurochirurgie M. le Pr. Jacques BRUNON PU-PH CE Neurologie M. le Pr. Jean Christophe ANTOINE PU-PH 2C Neurologie M. le Pr. Bernard LAURENT PU-PH 1C Neurologie M. le Pr. Daniel MICHEL Pr émérite* Nutrition M. le Dr. Christian PERIER MCU-PH HC Ophtalmologie M. le Pr. Jean MAUGERY (en surn U) PU-PH 1C Ophtalmologie M. le Pr. Philippe GAIN PU-PH 2C Ophtalmologie M le Dr Gilles THURET MCU-PH 2C Oto - Rhino - Laryngologie M. le Pr. Christian MARTIN PU-PH CE Parasitologie et mycologie M. le Pr. Roger TRAN MANH SUNG PU-PH 2C Parasitologie et mycologie M. le Dr Pierre FLORI MCU-PH 2C Pédiatrie M. le Pr. JL STEPHAN PU-PH 2C Pédiatrie M. le Pr. Georges TEYSSIER PU-PH 1C Pharmacologie Clinique M. le Pr. Patrick MISMETTI PU-PH 2C Pharmacologie Clinique Mme Silvy LAPORTE MCU-PH 1C Pharmacologie Fondamentale M. le Pr. Michel OLLAGNIER PU-PH 1C Physiologie M. le Pr. André GEYSSANT PU-PH 1C Physiologie M. le Pr. Christian DENIS PU-PH 2C Physiologie M. le Dr. Jean Claude BARTHELEMY MCU-PH HC Physiologie M. le Dr. Jean Claude CHATARD MCU-PH 1C Physiologie M. le Dr Frédéric ROCHE MCU-PH 1C Physiologie M. le Dr Léonard FEASSON MCU-PH 2C Pneumologie M. le Pr. André EMONOT PU-PH 2C Pneumologie M. le Pr. Jean-Michel VERGNON PU-PH 1C Psychiatrie d’adultes Mme le Pr. Catherine MASSOUBRE PU-PH 2C Psychiatrie d'Adultes M. le Pr. François LANG PU-PH 2C Psychiatrie d'Adultes M. le Pr. Jacques PELLET Pr émérite* Radiologie et imagerie médicale M. le Pr. Charles VEYRET PU-PH 1C Radiologie et imagerie médicale M. le Pr. Fabrice - Guy BARRAL PU-PH 1C Radiologie et imagerie médicale M. le Dr Fabien SCHNEIDER MCU-PH 2C Réanimation Médicale M. le Pr. Jean-Claude BERTRAND PU-PH CE Réanimation Médicale M. le Pr. Fabrice ZENI PU-PH 2C Réanimation médicale M. le Dr. Yves PAGE MCU-PH 1C Rhumatologie M. le Pr. Christian ALEXANDRE PU-PH CE Rhumatologie M. le Pr. Thierry THOMAS PU PH 2C Stomatologie et Chirurgie Maxillo - Faciale M. le Pr. Pierre SEGUIN PU-PH 2C Thérapeutique M. le Pr. Hervé DECOUSUS PU-PH 1C Thérapeutique M. le Pr. Patrice QUENEAU Pr émérite* Urologie M. le Pr. Jacques TOSTAIN PU-PH 1C

Légende : PU-PH : Professeur des Universités - Praticien Hospitalier MCU-PH : Maître de Conférences des Universités - Praticien Hospitalier 1C 1ère classe 2C 2ème classe CE Classe exceptionnelle HC Hors classe * Pr. émérite jusqu’à l’année universitaire 2009 - 2010 Mise à jour : 1er septembre 2007

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SERMENT D'HIPPOCRATE

"Au moment d'être admis à exercer la médecine, je promets et je jure d'être fidèle aux lois de

l'honneur et de la probité.

Mon premier souci sera de rétablir, de préserver ou de promouvoir la santé dans tous ses

éléments, physiques et mentaux, individuels et sociaux.

Je respecterai toutes les personnes, leur autonomie et leur volonté, sans aucune discrimination

selon leur état ou leurs convictions.

J'interviendrai pour les protéger si elles sont affaiblies, vulnérables ou menacées dans leur

intégrité ou leur dignité.

Même sous la contrainte, je ne ferai pas usage de mes connaissances contre les lois de

l'humanité.

J'informerai les patients des décisions envisagées, de leurs raisons et de leurs conséquences.

Je ne tromperai jamais leur confiance et n'exploiterai pas le pouvoir hérité des circonstances

pour forcer les consciences.

Je donnerai mes soins à l'indigent et à quiconque me les demandera.

Je ne me laisserai pas influencer par la soif du gain ou la recherche de la gloire.

Admis dans l'intimité des personnes, je tairai les secrets qui me seront confiés.

Reçu à l'intérieur des maisons, je respecterai les secrets des foyers et ma conduite ne servira

pas à corrompre les moeurs.

Je ferai tout pour soulager les souffrances. Je ne prolongerai pas abusivement les agonies. Je ne

provoquerai jamais la mort délibérément.

Je préserverai l'indépendance nécessaire à l'accomplissement de ma mission. Je

n'entreprendrai rien qui dépasse mes compétences. Je les entretiendrai et les perfectionnerai

pour assurer au mieux les services qui me seront demandés.

J'apporterai mon aide à mes confrères ainsi qu'à leurs familles dans l'adversité.

Que les hommes et mes confrères m'accordent leur estime si je suis fidèle à mes promesses :

que je sois déshonoré et méprisé si j'y manque."

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Faculté de médecine Jacques Lisfranc Université Jean Monnet

Saint Etienne

Guide pratique du

Jeune Chercheur en Médecine Générale

Paul FRAPPE

Septembre 2008

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Avant-propos La médecine générale française est en pleine mutation : après la création en 2004 d’un Diplôme d’Etudes Spécialisées, seize premiers chefs de clinique ont tracé cette année la voie d’une filière universitaire à l’égal des autres spécialités. Ce contexte favorable place le jeune généraliste en fin d’internat devant de nouvelles perspectives. Mais il révèle aussi les carences accumulées, notamment au niveau de la recherche, par une spécialité longtemps considérée comme un patchwork approximatif de connaissances directement issues des nobles spécialités hospitalières, et reléguée à une discipline choisie par défaut. Car si le corpus théorique de toute spécialité dynamique est mû par une recherche spécifique, capable de le remettre en question et de l’enrichir, la recherche française en soins primaires accuse à ce niveau un retard conséquent. Pour promouvoir cette recherche et concourir à combler ce retard, l’association FAYR-GP (French Association of Young Researchers in General Practice) termine aujourd’hui la rédaction d’un guide pratique pour le jeune chercheur en médecine générale. La création de cet outil se justifie par la nécessité d’une recherche dynamique spécifique à notre discipline, dont les champs d’application font appel à des méthodologies particulièrement variées, et d’un support synthétique qui apporte au jeune chercheur le confort d’une vision transversale de son travail.

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SOMMAIRE

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Introduction Pourquoi la recherche en médecine générale ? 24 Quels domaines pour la recherche en médecine générale ? 25 L’élaboration d’un guide de recherche en médecine générale 27

Typologie des études

Vue d’ensemble des types d’études 30 L’essentiel de chaque type d’étude 31 Les étapes d’une recherche 35

Recherche bibliographique

Méthodologie de la recherche documentaire 38 Les banques de données et leurs interfaces 42 Interroger PubMed 46 Veille documentaire 57 Logiciels de gestion bibliographique 58 BiblioExpress 59

Notions de biostatistiques

Quelques bases 64 Excel 65 EpiInfo 6 68 Lois de distribution 77 Méthodes d’échantillonnage des études quantitatives : le sondage 82 Estimer un paramètre d’une population : l’intervalle de confiance 86

Tests statistiques

Principes des tests 90 Choix du test 92 Fiche pratique de chaque test 94 Tables 148

Epidémiologie

L’épidémiologie 154 Etude de cas / Série de cas 157 Enquête écologique 158 Etude transversale 159 Etude de cohorte 161 Etude cas-témoins 165 Essai clinique 169

Tests diagnostiques

Tests diagnostiques 174

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Etudes qualitatives Etude qualitative 180 Echantillonnage en recherche qualitative 182 Méthodes (techniques) de recherche qualitative 184 Focus groups 186

Etudes médicoéconomiques

Notions de médico-économie 190 Etapes d’une étude médico-économique 191 Analyse décisionnelle 195 Etude de minimisation des coûts 198 Etude coût-efficacité 199 Etude coût-utilité 201 Etude coût-bénéfice 203

Revues de la littérature

Revue générale de la littérature 206 Méta-analyse quantitative 207 Méta-analyse qualitative 210

Lecture critique d’articles

Lecture critique d’une étude épidémiologique 214 Lecture critique d’une méta-analyse quantitative 216

Protocole

Aspects pratiques Elaborer un questionnaire 222 Aspects législatifs 223 Aspects budgétaires 226

Ecrire un article

Règles générales de rédaction 228 Références bibliographiques 232 Rédaction d’un article sur un essai randomisé 235 Rédaction d’un article de recherche qualitative 238 Communication affichée 240 Communication orale 241 Les grandes revues de médecine générale classées par impact factor 242

Pour aller plus loin

Bibliographie

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INTRODUCTION

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Pourquoi la recherche en médecine générale ?

Figure 1. Publications en soins primaires par million d’habitants de 1975 à 2003 D’après Ovhed et al. Suite au travail de la conférence de la WONCA (Organisation mondiale des médecins de famille) de Kingston (Canada) en 2003, Martin Isler suggère plusieurs axes de réponses : - Permettre une conscience de soi : La recherche dans une spécialité est un facteur fort d’identification des médecins avec leur discipline. - Outil de légitimation : Si l’efficacité des soins primaires est parfois décriée, la recherche en soins de premiers recours est la première à même de pouvoir prouver qu’elle est indispensable à la qualité des soins de santé. - Potentiel pour le système de santé : Les systèmes de santé basés sur les soins de premier recours (Angleterre, Danemark,…) sont les systèmes qui jugulent aujourd’hui la croissance galopante de l’offre et la consommation des soins de santé. Une recherche autonome de la médecine de premier recours est indispensable pour développer tout ce potentiel (au moyen par exemple d’études de rapport coût-efficacité). - Pour une médecine fondée sur les preuves applicable au quotidien : La médecine de premier recours doit posséder sa propre épidémiologie pour estimer l’utilité et les coûts de ses stratégies. Car si les médecins de premiers recours ont parfois du mal à intégrer dans leur pratique quotidienne la médecine fondée sur les preuves, c’est précisément parce que la population qu’ils rencontrent n’est pas la même que celle des études qui proposent ces guidelines. - Favoriser la mise en place de réseaux : La recherche facilite l’établissement de réseaux entre cabinets comme au niveau international. 1. Ovhed, Ingar, Van Royen, Paul and Hakansson, Anders (2005). What is the future of primary care research? Scandinavian Journal of Primary Health Care, 23:4,248-253 2. Isler M. Recherche en médecine de premier recours – un défi partout dans le monde. PrimaryCare 2003;3:472-478

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Quels domaines pour la recherche en médecine générale ?

- Le champ spécifique de la médecine générale : A la question « Où l’être humain se fait-il soigner ? », une étude de 1961, confirmée par une nouvelle étude en 2001, a résumé la réponse par le schéma ci-dessous :

Figure 2 : Situation de l’approvisionnement en soins de la population D’après Green et al. De ces deux études, on observe que la médecine générale, de par son recrutement, est amenée à traiter 113 fois plus de situations de soins que les hôpitaux universitaires, alors que l’activité de recherche médicale (qui élabore les stratégies de soin) est cloisonnée dans cette activité restreinte. A partir de ce constat, on peut reprendre l’article de Martin Isler pour tracer les grands domaines de recherche pour lesquels la médecine de premier recours possède une position privilégiée : - L’épidémiologie clinique d’une population spécifique a de nombreuses conséquences. Par exemple, pour la justification de l’application d’un test diagnostique, fortement dépendante de la population d’application de par la prévalence de la maladie. - L’épidémiologie des signes précoces, des facteurs d’accompagnement et des prédispositions. - L’épidémiologie des évolutions à long terme, en tenant compte de l’influence des attitudes, de la mise à contribution, de la gestion de l’incertitude,… - L’influence d’un triple contexte sur le résultat de la rencontre entre médecin et patient est en soi un domaine important de la recherche en de premier recours : le contexte du patient et de sa famille, le contexte du médecin et de son cabinet, et le contexte du système de santé.

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- Le setting de la rencontre médecin patient, c'est-à-dire l’organisation concrète de leur rencontre : les conditions de visite à domicile ou de consultation au cabinet, sur rendez-vous ou non programmé influencent le résultat de la rencontre, et constituent eux aussi un domaine de recherche. - Le processus interactif complexe entre médecin et patient, non prédictif quant à ses effets, nécessite des méthodes de recherche issues des sciences humaines, jusqu’ici peu utilisées par les autres disciplines. 1. Isler M. Recherche en médecine de premier recours – un défi partout dans le monde. PrimaryCare 2003;3:472-478 2. White KL, Williams TF, Greenberg BG. The ecology of medical care. N Engl J Med. 1961;265:885-92. 3. Green LA, Fryer GE Jr, Yawn BP, Lanier D, Dovey SM. The ecology of medical care revisited. N Engl J Med. 2001;344:2021-5

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L’élaboration d’un guide de recherche en médecine générale

Il n’existe pas aujourd’hui de guide transversal exposant les différentes méthodes de recherche auxquelles peut être confronté le médecin généraliste. On trouve des manuels de biostatistiques exigeant parfois des pré-requis conséquents, des guides de bibliographie, des tutoriaux axés chacun sur un logiciel spécifique, des guides de recherche clinique, épidémiologique, ou encore des manuels de médico-économie dont l’abord est rarement aisé. La littérature sur la recherche qualitative est essentiellement anglophone, ou orientée plus vers les sciences humaines que la santé. Ajoutons à cela tous les articles de méthodologie publiés sporadiquement par les revues scientifiques : il en résulte un véritable dédale capable de décourager le néophyte le plus motivé. La création de ce guide, élaboré par des jeunes chercheurs pour des jeunes chercheurs, vient proposer une réponse pour accompagner leurs premiers travaux. Ses auteurs n’ont pas la prétention d’y présenter un travail original, expert et exhaustif : - Non original car il s’inspire essentiellement de livres, articles et supports de cours, sans inventer de nouvelle méthode ou théorie - Non expert, car il est basé sur un travail de thèse : malgré toute leur motivation, les auteurs sont au mieux titulaires d’un Master 2, et ne justifient pas d’une longue expérience en la matière. La relecture et la validation du contenu par des chercheurs reconnus compétents dans le domaine permettront de palier à cette carence. - Non exhaustif, car il ne s’agit pas de rédiger une encyclopédie allant dans les moindres détails, mais de proposer des fiches synthétiques pour chaque outil méthodologique, invitant ensuite le lecteur intéressé à aller consulter les documents sources références.

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TYPOLOGIE DES ETUDES

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Vue d’ensemble des types d’études

� ETUDE QUANTITATIVE EPIDEMIOLOGIQUE

DESCRIPTIVE ANALYTIQUE (pas d’hypothèse) (hypothèse)

Observationnelle Expérimentale Cas rapporté Série de cas Etude de corrélation Transversale Cas-Témoin Cohorte Essai libre Essai comparatif (case report) (écologique) (de prévalence)

Sans témoin Permutation croisée Avec témoin

(cross over) Faible niveau Fort niveau de preuve de preuve

� ETUDE DE TEST DIAGNOSTIQUE

� ETUDE QUALITATIVE

OBSERVATION ENTRETIEN

Indirecte Directe Individuel De groupe

Analyse documentaire Focus groupe

Analyse de conversation Avec questions fermées

Observation non participante Semi-structuré Observation participante Compréhensif

D’information

� ETUDE MEDICO-ECONOMIQUE - Etude de minimisation des coûts - Analyse coût-utilité - Analyse coût-efficacité - Analyse coût-bénéfice

� SYNTHESE DE LA LITTERATURE - Revue de la littérature - Méta-analyse qualitative - Méta-analyse quantitative

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Les étapes d’une recherche

� Poser la bonne question Pour être bon, un projet de recherche doit être pertinent, nouveau, faisable, éthique. La question de recherche doit être simple, spécifique, conçue et rédigée avant le début de l’étude. � Etablir une revue de la littérature : où en sont les connaissances ? Ne pas oublier la littérature grise. � Choisir le type d’étude

Elément recherché : Etude appropriée : Epidémiologie :

Prévalence Etude transversale sur échantillon représentatif Incidence Suivi de cohorte

Registre Causalité Cas-témoin

Suivi de cohorte Diagnostic :

Concordance Etude transversale avec répétition de mesures Sensibilité Transversale comparative avec étalon or Spécificité Transversale comparative avec étalon or Efficacité Essai clinique randomisé

Thérapeutique :

Efficacité / Sécurité Essai clinique randomisé Méta-analyse Suivi de cohorte Pronostic :

Sévérité Suivi de cohorte Profil de réponse Essai clinique randomisé

Sciences humaines : Perceptions et comportements Etude qualitative

Coûts : Efficacité Minimisation des coûts

Analyse coût-efficacité Morbi-mortalité Analyse coût-utilité Allocation des ressources Analyse coût-bénéfice

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� Ecrire le protocole : définir le design de la recherche

- Question de recherche - Justification - Population à étudier - Facteur étudié - Critère de jugement principal - Nature de la comparaison - Plan d’étude

� Etablir un budget � Collecter les données Toutes les études n’exigent pas une collecte prospective des données. Plusieurs sociétés savantes et organismes possèdent des bases de données qui peuvent servir de matière première à de nombreuses recherches. C’est le cas par exemple de l’Observatoire de la Médecine Générale, géré par la SFMG (http://omg.sfmg.org), ou bien du fichier Adeli de l’Assurance Maladie. � Analyser les données Implications, conclusions, recommandations et diffusion

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RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE

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Méthodologie de la recherche documentaire

La recherche documentaire doit être la plus pertinente possible et tendre vers l’exhaustivité. Les sources d’information : - Banques de données bibliographiques :

- signalétiques : indiquent l’auteur, le titre et la source. - analytiques : indiquent la référence et le résumé - critiques : fournissent le résumé, une analyse critique et des commentaires

- Littérature grise : Ce sont les thèses, les rapports, les présentations de congrès, les ouvrages… On peut les trouver via certaines interfaces de banques de données, ou dans les bibliothèques universitaires. - Agences gouvernementales : Haute Autorité de Santé : http://www.has-sante.fr Assurance maladie : http://www.ameli.fr INSERM : http://www.inserm.fr INSEE : http://www.insee.fr INPES (Institut National de Prévention et d’Education pour la Santé) : http://www.cfes.sante.fr INVS (Institut National de Veille Sanitaire) : http://www.invs.sante.fr INED (Institut National d’Etudes Démographiques) : http://www.ined.fr AFSSAPS : http://afssaps.sante.fr OMS : http://www.who.int FDA (Food and Drug Administration): http://www.fda.gov - Sociétés savantes en médecine générale : SFMG (Société Française de Médecine Générale): http://www.sfmg.org SFTG (Société Française de Thérapeutique Généraliste) : http://www.sftg.net CNGE (Collège National des Généralistes Enseignants): http://www.cnge.fr WONCA (World Organization of Family Doctors): http://www.globalfamilydoctor.com

(………)

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Logiciels de gestion bibliographique

Créer et alimenter sa base personnelle de références Par saisie manuelle :

- créer les champs des notices standardisées (titre, auteur, résumé, revue, etc.) - saisir une notice par référence - annoter chaque référence, lui attribuer une critique, des mots-clés, etc.

Par import de références partir d’une banque de données :

- connexion directe - faire une requête dans la banque de données - sauvegarder les résultats - importer les résultats par un filtre d’import

Editer des références de sa base personnelle Choisir le style spécifique à partir des modèles disponibles (Vancouver, Harvard,etc.) :

- pour l’appel dans le texte - pour la référence bibliographique - pour la note en bas de page

Intégrer dans un traitement de texte (type Word) une bibliographie à partir de sa base personnelle Les logiciels Quelques-uns des plus connus : EndNote http://thomsonisiresearchsoft.com ProCite http://thomsonisiresearchsoft.com Reference Manager http://thomsonisiresearchsoft.com Biblioscape http://www.biblioscape.com Quelques-uns des gratuits : BiblioExpress http://www.biblioscape.com/biblioexpress.htm HotReference http://www.hotreference.com JabRef http://jabref.sourceforge.net BibDesk http://bibdesk.sourceforge.net Zotero http://www.zotero.org

(………)

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NOTIONS DE

BIOSTATISTIQUES

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Quelques bases

Les variables C’est le facteur qui varie selon les individus (ou les unités statistiques) étudiés. Les variables quantitatives sont des valeurs numériques. Elles peuvent être :

- continues : il existe une infinité de valeurs théoriques possibles. ex : poids, taille 1 10

- discrètes : elle ne peut prendre que certaines valeurs, le plus souvent des nombres entiers.

ex : parité, nombre de dents 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10

- temporelles : lorsque l’unité de mesure est le temps. ex : âge de la grossesse, date de naissance � � � � � � � � � �

Les variables qualitatives sont réparties par classes. Elles peuvent être :

- ordinales : les classes sont hiérarchisées. ex : niveau d’exposition (modéré, moyen, sévère) do, ré, mi, fa, sol, la, si

- nominales : les classes ne sont pas hiérarchisées.

ex : groupe sanguin (A, B, O, AB) ♠ ♣ ♥ ♦

- binaires : la variable ne peut prendre que deux valeurs. ex : survie (sain, malade) ☺ �

Discrétisation d’une variable : Pour présenter clairement un grand nombre de variables quantitatives continues, on peut être amené à les regrouper par classe, pour en faire des variables quantitatives discrètes. Ce regroupement peut se faire par amplitude (en divisant les valeurs en intervalles égaux), par fréquence (en répartissant en classes d’effectifs égaux), ou selon une échelle de convenance (choix arbitraire des bornes pertinentes de chaque classe). Transformation de variable : Pour faciliter la manipulation des variables quantitatives x, on peut être amené à les transformer en variables x’. Parmi les transformations classiques, on retrouve : x’ = ax lorsque les valeurs brutes sont toutes des multiples d’un nombre de grande ou de faible taille. x’ = x + b lorsque certaines valeurs sont négatives et d’autres positives. x’ = x – b lorsque toutes les valeurs de la variable sont comprises dans un intervalle de petite ou de grande taille par rapport à la valeur. x’ = ax + b combinaison des deux précédentes. x' = 1/x lorsque la valeur brute est une fraction x’ = log (x) lorsque la distribution de la variable est exponentielle etc.

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Paramètres de distribution

Paramètres de position : ���� Médiane : valeur qui partage la série en deux groupe d’effectifs égaux. ���� Quartiles : valeurs qui partagent la distribution en quatre groupes d’effectifs égaux. Le deuxième quartile est donc la médiane. ���� Déciles et percentiles : 9 ou 99 valeurs qui partagent la distribution en 10 ou 100 groupes d’effectifs égaux. Le percentile 25% est donc le 1er quartile, et le percentile 90% le 9ème décile. ���� Mode : valeur qui revient le plus souvent. On l’appelle le pic de distribution. ���� Moyenne : somme algébrique des valeurs observées divisée par l’effectif. ���� Fréquence relative : pour les variables non discrétisées, on peut exprimer pour chaque classe leur fréquence relative en pourcentage.

Paramètres de dispersion : ���� Extrêmes : valeur maximale et minimale de la distribution ���� Etendue : différence entre les deux extrêmes ���� Intervalle interquartile : différence entre les 1er et 3ème quartile. Il s’affranchit donc des extrêmes. ���� Intervalle semi-interquartile : moitié de l’intervalle interquartile. Il est plus adapté lorsque la distribution est dissymétrique. ���� Variance : moyenne des carrés des écarts à la moyenne de chaque valeur. Il résume donc l’ensemble des écarts de chaque valeur par rapport à la moyenne. Si x = chaque valeur, µ = moyenne, N = nombre de sujets, la variance σ2 se calcule :

σ2 = Σ (x - µ )2 /N ���� Ecart-type (= déviation standard = σ) : racine carré de la variance. Plus il est faible, plu la dispersion est resserrée. ���� Coefficient de variation : rapport de l’écart type sur la moyenne. Il s’exprime en pourcentages. Il est utile pour comparer la dispersion de deux variables quantitatives de nature différente.

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TESTS STATISTIQUES

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Test Z de l’écart réduit

Pour comparer la moyenne d’un échantillon à celle d’une population de référence Application : � L’effectif de l’échantillon doit être supérieur ou égal à 30. Sinon, réaliser un test T de Student.

� Variable quantitative Principe : � Etablir l’hypothèse nulle H0 : L’échantillon étudié n’est pas différent de la population de référence ou théorique. La différence observée provient des fluctuations d’échantillonnage. � Proposer l’hypothèse alternative H1 : C’est l’hypothèse que l’on retiendra si le test permet de rejeter H0. Elle peut être bilatérale (on se contente de dire que l’échantillon est différent) ou unilatérale (lorsque l’on peut affirmer préalablement que s’il y a différence, cette différence est forcément dans un sens particulier que l’on peut déterminer). � Calculer la quantité mathématique z0 exprimant l’écart entre les deux moyennes, selon la formule :

z0 = |µe - µ| / (σe / √n)

Avec : µe = moyenne observée dans l’échantillon µ = moyenne théorique connue de la population de référence σe = écart type de l’échantillon n = effectif de l’échantillon � Confronter la valeur absolue |z0| au modèle de distribution théorique : Dans la table Z, on regarde à quel risque α0 correspond le z0 observé. Lorsque la quantité z0 n’est pas écrite dans les z de la table, on prend le z immédiatement inférieur à z0. � Conclure : � Si ce α0 (test bilatéral) ou α0/2 (test unilatéral) est supérieur à 0,05, on ne peut rejeter H0. � Sinon, on rejette H0 avec un degré de signification p < α0 pour un test bilatéral et α0/2 pour un test unilatéral.

TEST.Z(matrice;x;sigma) Avec : matrice = plage de données de l’échantillon x = moyenne de la population de référence sigma = écart-type de la population de référence (s’il est omis, le logiciel se base automatiquement sur l’écart-type de l’échantillon) � Donne la valeur du degré de signification p pour un test bilatéral.

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Calcul de la taille de l’échantillon (nombre de sujets nécessaires) pour ce type de test Z :

n ≥ σ² (Zα + Z2β)² / ∆² Avec : n = taille minimale nécessaire de l’échantillon σ² = variance de la variable dans la population, d’après des études préalables ou une étude pilote. Zα = 1,96 (si le test est bilatéral) ou 1,645 (si le test est unilatéral) pour un risque α classique à 5%. Z2β = 0,842 pour un risque β classique à 20%. ∆ = différence escomptée entre les moyennes

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EPIDEMIOLOGIE

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L’épidémiologie

Définition : L’épidémiologie est la discipline qui a pour but l’étude de la distribution des phénomènes de santé dans une population et des facteurs qui conditionnent leurs fréquences. Elle n’expérimente pas, elle observe, soit au sein d’un échantillon, soit dans la population. Types d’enquêtes épidémiologiques : ���� Descriptive : Elle a pour but de recueillir des données sur l’état d’un phénomène de santé à un moment précis, sa fréquence, sa distribution et son évolution. Elle mesure notamment la prévalence et l’incidence. ���� Analytique : Elle cherche à établir un lien spécifique entre un phénomène de santé et un facteur de risque. Attention : elle n’est pas capable de démontrer une causalité entre les deux (tout au plus elle peut la suggérer). Indicateurs épidémiologiques Prévalence = Nombre de cas / population Incidence cumulée = Nombre de nouveaux cas / population Risque relatif = Risque chez les exposés / risque chez les non exposés Cote = Nombre de malades / Nombre de sains Rapport des cotes (Odds ratio) = Cote chez les exposés / Cote chez les non-exposés. Facteurs de causalité : Lorsqu’une étude étiologique met en évidence une association entre une maladie et un facteur de risque, plusieurs arguments peuvent suggérer plus fortement une causalité dans cette association : - Séquence dans le temps : le facteur de risque doit précéder l’apparition de la maladie - Force de l’association statistique : valeur du RR ou OR - Spécificité de l’association : si parmi de nombreux facteurs testés, un seul facteur de risque est statistiquement relié à la maladie. - Relation dose-effet : si le RR ou OR augmente avec le degré d’exposition au facteur de risque. - Constance et reproductibilité - Plausibilité biologique - Cohérence scientifique - Effet d’une intervention sur le facteur de risque sur la maladie.

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Biais : On appelle biais les sources d’erreurs systématiques qui se glissent lors de la réalisation d’études. Certains sont inévitables et nécessitent d’être mentionnés et discutés dans la présentation de l’étude. D’autres sont évitables ou du moins contrôlables. On distingue :

1- les biais de sélection, lors du recrutement (inclusion) des sujets dans l’enquête : - Réponse / Non réponse : les malades ou exposés répondent plus, ou différemment des non-

malades ou non-exposés. Les non-répondeurs sont, par hypothèse, différents des répondeurs.

- Perdus de vue : plus fréquents chez les exposés malades ou les non-exposés sains - Admission : cas exposés plus à même d’être sélectionnés que les témoins - Surveillance : exposés plus facilement détectés (cas) que les non-exposés - Survie sélective : inclusion de cas survivants moins exposés. - Inclusion / Exclusion : quand le protocole n’est pas assez précis, ou bien que les sujets sont

sélectionnés sur des critères non prévus, - Détection : les malades sont détectés sur un signe lié à un autre - Classement : comment classer les cas et les témoins ? qui sont les témoins ? des

patients hospitalisés ? ou bien des non-hospitalisés ?

2- les biais d’information / de mesure, lors du recueil des donnés : - Mémorisation / souvenir : les cas exposés se souviennent mieux de leur exposition - Enquêteur : il interroge plus longuement les cas non-exposés par exemple - Qualité des données : meilleures chez les cas exposés que chez les témoins - Erreur systématique de mesure - Variabilité - Prévarication : réponses induites, ou suggérées, chez les cas exposés.

3- le biais de confusion : Un facteur de risque découvert peut en cacher un autre. Un tiers facteur peut modifier la mesure de la relation exposition/maladie. Ce tiers facteur peut être un : - Facteur d’interaction : c’est un simple modificateur de l’effet, il ne change pas l’existence du lien de causalité entre les deux variables, mais en modifie la force.

Facteur A ----------------> Facteur B

Facteur d’interaction - Facteur de confusion : un facteur de confusion ne fait pas que modifier le RR ou OR selon sa présence (ou son intensité) : il fausse le calcul du RR ou OR, car il est lié à la maladie indépendamment de l’exposition au facteur de risque étudié, et est lié à l’exposition du facteur de risque sans en être la conséquence. Pour le contrôler, on peut :

- soit, lors de l’inclusion, apparier les sujets selon ce tiers facteur de confusion. - soit, lors de l’analyse, stratifier le calcul de RR ou OR sur ce tiers facteur de confusion.

Facteur A ----------------> Facteur B

Facteur de confusion

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Appariement et ajustement : Pour contrôler un (ou plusieurs) facteur de confusion potentiel, deux options se présentent : - L’appariement sur ce facteur (âge, sexe), qui s’effectue avant le début de l’étude. En pratique, il ne faut pas choisir trop de facteurs d’appariement, car ces facteurs ne pourront pas être étudiés. - L’ajustement sur un facteur, qui s’effectue lors de l’analyse statistique. Cette technique nécessite plus de sujets, mais les facteurs peuvent être étudiés.

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Etude transversale

Définition : Objectif : chercher une association entre un facteur de risque et une maladie. Cette étude relève à un instant donné, sur un échantillon ou une population, l’exposition en même temps que le statut vis-à-vis de la maladie. Elle est comparable à une photographie de la population. Elle ne permet pas de dire si la maladie est apparue avant ou après l’exposition : elle ne fait que suggérer la liaison possible entre facteur d’exposition et maladie, à confirmer ensuite par étude cas-témoins ou cohorte. On peut écrire un tableau du type : Pas à pas : � Calculer la prévalence PE et PĒ de chaque groupe :

PE = a / n1

PĒ = b / n2 � Calculer le rapport de prévalence RP :

RP = PE / PĒ � Calculer l’intervalle de confiance du rapport de prévalence IC95(RP) : Lorsque l’étude transversale porte sur un échantillon (et non sur une population entière), on calcule l’IC(RP) à 95% selon la formule approchée de Miettinen : IC95%(RP) = RP Avec :

N (ad – bc)² χ0² =

n1 n2 t1 t2

1 ± (1,96 / √χ02)

Exposition

kE QĒ Total

Malades �M a b t1

Sains ☺S c d t2

Total n1 n2 N

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Fonction Epitable > Analyse > Etude de cohorte

� Conclure : � Si l’ IC95%(RP) contient 1, on ne peut suggérer qu’il y a un lien entre l’exposition et la maladie. � Sinon, on peut suggérer qu’il existe un lien entre l’exposition et la maladie. � Interpréter L’association suggérée par le calcul peut être : - réelle mais causale ou non causale : seul un essai contrôlé permet de se prononcer sur la causalité. On peut cependant renforcer la présomption de causalité par les critères de causalité (voir plus haut). - due au hasard : on a pris un risque α (classiquement à 5%) - due à un biais : voir plus haut la chasse aux biais.

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TESTS DIAGNOSTIQUES

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Tests diagnostiques

PERFORMANCES DIAGNOSTIQUES � Calculer les qualités intrinsèques du test : Les qualités intrinsèques d’un test sont constituées par sa sensibilité et sa spécificité. Elles sont indépendantes de la prévalence de la maladie à diagnostiquer. Sensibilité : C’est la capacité du test à détecter les cas de la maladie.

Se = VP / (VP + FN)

Spécificité : C’est la capacité du test à identifier correctement les individus sains.

Sp = VN / (VN + FP) � Construire la courbe ROC : Ces deux données fondamentales varient en fonction du seuil de positivité choisi pour le test : plus on élève ce seuil, plus on sera spécifique, mais moins sensible. Dans un échantillon, à partir des résultats bruts donnés par le test, et connaissant le statut réel (malade ou sain) de chaque sujet, on peut calculer pour différents seuils arbitraires la sensibilité et la spécificité qui en résultent. De là, on peut construire la courbe ROC, exprimant la sensibilité en fonction de (1 – Sp)

Résultat du test

� � Total

Malades � VP FN t1

Sains ☺ FP VN t2

Total n1 n2 N

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� Choisir le seuil optimal selon l’objectif du test : Le seuil optimal dans l’absolu (= indépendamment de la stratégie choisie) se situe le plus en haut à gauche de la courbe. Pour un test de dépistage, on privilégie la sensibilité à la spécificité : il vaut mieux en diagnostiquer plus à tort (faible spécificité) plutôt que de laisser passer des malades (faible sensibilité). On choisit donc comme seuil une valeur plus à droite du seuil optimal absolu. Pour un test de diagnostique, on privilégie la spécificité à la sensibilité : il vaut mieux rater quelques diagnostics (augmenter les FN) que de lancer à tort une stratégie thérapeutique lourde d’effets secondaires (augmenter les FP). On choisit donc comme seuil une valeur plus à gauche du seuil optimal absolu. � Calculer les qualités extrinsèques du test Les qualités extrinsèques d’un test sont dépendantes de la population dans laquelle est appliqué le test, et plus précisément de la prévalence de la maladie à diagnostiquer. Ce sont elles qui sont vraiment importantes pour le patient qui subira le test. Valeur prédictive positive : C’est la probabilité d’être malade lorsque le résultat du test est positif.

VPP = VP / (VP + FP) = P (M/T+) = (Se.Pr) / [(Se.Pr) + (1-Sp) (1-Pr)]

Avec : Pr = prévalence de la maladie Se = sensibilité du test Sp = spécificité du test Valeur prédictive négative : C’est la probabilité d’être sain lorsque le résultat du test est négatif.

VPN = VN / (VN + FN) = [Sp (1-Pr)] / [Sp (1-Pr) + Pr (1-Se)]

Avec : Pr = prévalence de la maladie Se = sensibilité du test Sp = spécificité du test � Calculer l’efficacité du test : C’est la capacité du test à répondre de façon juste

E = (VP + VN) / (VP + FP + VN + FN) On distingue l’efficacité (=efficacy = effet trouvé dans un essai), l’effet (= effectivness = bénéfice pour la population) et l’efficience (= efficiency = rapport coût/bénéfice).

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� Estimer la probabilité post-test à partir de la probabilité pré-test : - Odds pré-test : C’est la probabilité d’être malade avant le test. Il est directement lié à la prévalence de la maladie.

= P(M) / P(S) - Rapport de vraisemblance positive : Il estime la précision du test lors pour un résultat positif.

LR+ = Se / (1 – Sp) = P(T+/M) / P(T+/S) - Rapport de vraisemblance négative : Il estime la précision du test lors pour un résultat négatif.

LR- = (1 – Se) / Sp = P(T-/S) / P(T-/M) - Odds post-test :

= Odds pré-test x LR+ = VPP / (1 – VPP) QUALITES TECHNIQUES � Calculer le coefficient de concordance Un test se doit d’être reproductible entre plusieurs séances de travail ou concordant lorsqu’il est appliqué par plusieurs utilisateurs. Pour quantifier cette qualité, on peut calculer le coefficient de concordance entre deux séances de travail (ou deux utilisateurs). On peut résumer les résultats trouvés par chaque utilisateur A et B (ou lors de chaque séance), pour chaque résultat possible i du test, dans un tableau du type :

On calcule ensuite le coefficient de concordance Cc selon la formule :

Cc = nombre d’examens concordants / nombre d’examens comparés = (o11 + o22 + o33 +…+ oii) / N

Utilisateur B :

B1 B2 B3 B4 … Bi Total

Utilisateur A : A1 o11 t1

A2 t2

… …

A i oii ti

Total n1 n2 n3 n4 … ni N

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� Calculer le coefficient Kappa Pour retirer la part due au hasard dans le coefficient de concordance, on calcule le coefficient kappa, plus fiable, à partir de la concordance attendue. Calculer la concordance attendue Ca : Ca = (t1 n1 + t2 n2 + t3 n3 +…+ ti ni) / N² Calcul du coefficient kappa κ :

κ = (Cc – Ca) / (1 – Ca) Conclure : � Un κ proche de -1 signifie une discordance complète. � Un κ proche de zéro signifie une concordance moyenne due au hasard. � Un κ proche de +1 signifie une concordance absolue. En médecine, on estime qu’un coefficient κ doit être supérieur à 0,8. �bis On peut utiliser une autre technique : tester la valeur de κ pat un test Z. La quantité Z0 se calcule par la formule : � Un test Z du kappa significatif (p < 0,05) signifie que le κ est significativement différent de zéro. � Un test Z du kappa non significatif signifie que le κ n’est pas significativement différent de zéro.

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ETUDES QUALITATIVES

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Echantillonnage en recherche qualitative

La représentativité statistique de l’échantillon n’est habituellement pas recherchée (sauf si le choix d’échantillons stratifiés est adapté aux objectifs de l’étude) : l’objectif n’est pas d’avoir une représentation moyenne de la population, mais d’obtenir un échantillon de personnes qui ont une caractéristique, un vécu ou une expérience particulière à analyser. L’échantillon doit inclure autant que possible les individus porteurs de critères pouvant affecter la variabilité des comportements. L’échantillonnage est souvent dynamique (par vagues) : lorsque la recherche progresse, de nouveaux phénomènes apparaissent, nécessitant souvent d’autres observations (par exemple, découverte d’acteurs clés). Echantillonnage intra-cas et inter-cas : Intra-cas : - Identifier les types d’information à obtenir - Echantillonner toutes ces catégories - Choisir les cas principalement en fonction des conditions sous lesquelles une théorie est valable - Prévoir l’effet « boule de neige ». Inter-cas : - Choisir des cas similaires mais ayant une bonne variance pour les variables opératives (explicatives ou à expliquer) - On peut ajouter des cas contrastés (ne couvrant pas forcément le cadre théorique) pour tester la validité externe de l’analyse Nombre de cas nécessaires à une étude qualitative : La taille de l’échantillon est fonction de la durée de l’interview et de la faisabilité. Les grandes études ne portent pas sur plus de 50 à 60 personnes. Pour un travail étudiant, 1 à 3 cas principaux suffisent. Compter 15 à 30 cas au maximum pour une étude en profondeur Stratégies générales d’échantillonnage : Selon Miles et Huberman (1994 :28) (Attention : toutes ne se valent pas) : Les principales : - à variation maximale : pour généraliser ou pour trouver des cas déviants - homogènes : pour mieux focaliser et comparer - selon la théorie : élaboration et examen des questions de recherche (problématiques théoriques) Stratégies de validation : - confirmants et infirmants : pour tester les limites d’une explication - extrêmes ou déviants : tester la limite d’une explication ou/et chercher un nouveau départ. - typiques : pour montrer ce qui est « normal » ou « moyen »

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Stratégies de spécialisation : - intenses : pour étudier l’occurrence d’un phénomène particulier en détail - selon dimension : pour étudier des phénomènes particuliers Stratégies de démarche inductive (plus difficiles): - « boule de neige » : sélection en fonction des informations obtenues avec les autres cas. - « opportuns » : suivre une nouvelle « piste » Stratégies de représentativité : - tous : rarement possible - selon quota : identification de sous-groupes majeurs, puis sélection. - selon réputation : en fonction des recommandations des experts - selon méthode comparée : en fonction des variables opératives - selon critères : en fonction de critères que l’on désire étudier - conveniants : on choisit les cas auxquels on a accès (dangereux) - politiques : exclusion/inclusion en fonction d’impératifs externes.

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ETUDES MEDICO-ECONOMIQUES

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Etapes d’une étude médico-économique

1- Choisir la perspective de l’étude : C'est-à-dire choisir le point de vue. De qui va-t-on évaluer les coûts ? Ce peut être l’assurance maladie, le ministère, l’employeur, la collectivité, le patient, l’hôpital, etc. Le choix de la perspective dépend de l’objectif de l’étude. Il est cependant préférable de privilégier la perspective la plus globale (celle de la collectivité). Le choix entre les méthodes d’étude dépend de la nature des stratégies qui sont comparées, et non de du choix arbitraire du chercheur. 2- Faire une synthèse préliminaire des connaissances Au niveau de la pathologie concernée en termes de santé publique et de dépenses de santé (épidémiologie descriptive et modalités de prise en charge) 3- Préciser la population visée par l’évaluation effectuée C’est à dire la population bénéficiaire du traitement, qui peut être différente de la population qui reçoit le traitement en pratique médicale courante. 4- Préciser les différentes stratégies pouvant être envisagées 5- Choisir l’horizon temporel : Il consiste à se fixer une limite au-delà de laquelle on se désintéressera des effets produits par la stratégie : - court terme (ex : durée d’hospitalisation) - moyen terme (ex : suivi à 1 an) - long terme (ex : durée de vie) Ce choix est souvent restreint par les données disponibles. Il doit être identique pour l’analyse des coûts et des résultats. L’utilisation de la modélisation permet d’estimer les conséquences à long terme au niveau des coûts comme des résultats de santé. Le choix doit être justifié en fonction de l’histoire naturelle de la maladie et de la disponibilité des données. 6- Validité spatiale : Justifier la transposabilité des données d’épidémiologie, d’efficacité ou de ressources consommées si celles-ci proviennent de sources internationales.

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7- Identifier les coûts : Préciser le plan d’analyse : déterministe (sur la littérature) ou stochastique (échantillonnage) Identifier les postes de dépenses (en fonction de la perspective retenue) et en justifier les choix. Exclure les coûts indépendants des stratégies mises en œuvre et de leurs conséquences. Exclure les coûts qui sont identiques entre les différentes options étudiées. 8- Quantifier / recueillir les données : La mesure s’effectue initialement en unités physiques : nombre de boîtes de médicaments, nombre de jours d’hospitalisation, etc. La perspective influence le recueil : - par incidence : recueil des coûts à un moment donné. - par prévalence : recueil cumulé des coûts, depuis le début du traitement jusqu’au décès. Le recueil des données peut être interventionnel prospectif, pragmatique ou libre. 9- Valorisation : Elle consiste à transformer la mesure en unités physiques en une mesure en unités monétaires. - Valorisation des coûts directs : Elle utilise deux méthodes : Le micro-costing (valorisation des coûts réels) : Elle évalue de façon détaillée chaque ressource consommée. C’est une méthode longue, fastidieuse, onéreuse, mais c’est la méthode la plus précise. Les coûts standards (coûts de référence) : Elle évalue les coûts de façon globale, en utilisant notamment les cotations NGAP et CCAM de l’Assurance Maladie. C’est une méthode simple, robuste, validée et reproductible, mais mal adaptées aux techniques émergentes qui ne sont pas toujours intégrées dans la codification de l’Assurance Maladie. - Valorisation des coûts indirects : Elle se base souvent sur les indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie, ou sur le revenu du patient. Cette valorisation ose plusieurs questions : - la perte de productivité est-elle réelle ? Dans la perspective de la société, la vacance d’un poste entraîne l’emploi d’une autre personne… - le temps libre vaut-il le temps travaillé ? - faut-il se baser sur le salaire brut ou sur le salaire net ? - Valorisation des coûts intangibles : Elle utilise des techniques particulières, comme l’utilité, la préférence des patients, ou la disposition à payer.

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Disposition à payer (= DAP = Willingness to pay) : Somme que les individus déclarent être prêts à payer pour bénéficier d’un bien ou d’un service : permet d’exprimer en termes monétaires un jugement global sur le résultat. Cependant, deux types de biais : - biais de réponse : mauvaise spécification du scénario, ancrage de la réponse sur un indice de valeur-seuil ou à un comportement stratégique du répondant. - biais de sélection : non-prise en compte dans l’analyse des non-réponses ou des réponses de contestation. 10- Actualiser les coûts futurs L’actualisation consiste à corriger les montants des dépenses étalées dans le temps pour exprimer leur valeur monétaire actuelle. Son objectif est de prendre en compte la préférence des individus pour le présent, notamment dans le cas d’études portant sur des horizons temporels pluriannuels. Elle se fait en appliquant classiquement un taux de 2,5 à 5% par an. L’actualisation des bénéfices ne fait pas l’unanimité : on les présente donc avec et sans actualisation. Le taux d’actualisation fera ensuite partie des paramètres modulés lors de l’analyse de sensibilité. 11- Résultats : Coût : Coût total, coût moyen, coût marginal, coût différentiel Efficacité : Ratio Coût Efficacité, Ratio Coût Efficacité Différentiel, Rapport d’efficience, RE marginal, Courbes d’acceptabilité des RCED Utilité / qualité de vie : Echelles psychométriques, échelles visuelles analogiques, standard gamble (loteries), time trade-off (arbitrage temporel) QALY (Quality Adjusted Life Years) ou AVAQ (Années de Vie Ajustées par la Qualité) 12- Modélisation Elle consiste à utiliser une représentation simplifiée du phénomène que l’on cherche à analyser lorsque les situations sont trop complexes pour être appréhendées directement et en cas d’information imparfaite. Par exemple : - quand on ne dispose que de données à court terme pour évaluer un processus de longue période. - quand on n’a accès qu’à des données d’efficacité sur des critères intermédiaires pour évaluer un effet final. - quand l’observation ne porte que sur des populations particulières et non sur l’ensemble de la population éligible du traitement. On privilégie les modèles quantitatifs aux modèles qualitatifs. Il est nécessaire de valider le modèle choisi d’un point de vue interne (cohérence avec les données) et externe (adéquation aux évolutions observées).

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13- Analyse de sensibilité Elle permet de vérifier la robustesse des conclusions de l’étude vis-à-vis des choix méthodologiques effectués pour évaluer les coûts. Elle teste la transposabilité des résultats d’une étude à d’autres contextes. Elle comporte trois étapes : - Identifier les paramètres incertains - Choix des intervalles de variation vraisemblables de ces facteurs incertains. - Calcul des résultats selon les différentes variations, et énoncé des résultats allant des estimations les plus probables, puis les plus prudentes puis les moins prudentes. 14- Etude statistique des distributions Elle permet aussi de vérifier la robustesse des conclusions de l’étude, vis-à-vis de l’incertitude créée par l’échantillonnage. Les propriétés statistiques (intervalles de confiance notamment, mais aussi : médiane, moyenne, premiers quartiles et valeurs aberrantes) de la distribution des coûts sont examinées. Plusieurs méthodes de calcul de l’intervalle de confiance existent : rectangle, ellipse, Taylor, Fieller, Bootstrap.

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REVUES DE LA

LITTERATURE

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Méta-analyse quantitative

La méta-analyse quantitative obéit à une méthode statistique reproductible rigoureuse. Elle permet : - d’augmenter la puissance des tests d’hypothèse - d’augmenter la précision de l’estimateur de l’effet d’une intervention - d’extraire des tendances sur des dosages ou des sous-groupes de patients. Le site www.easyMA.net propose un support d’aide méthodologique gratuit et complet. Objectifs : - Faire une synthèse de l’information, - Clarifier les contradictions, - Comprendre la variabilité, - Mettre en rapport une source par rapport aux autres, - Constater les manques. Une règle d’or : Ne pas mélanger des informations différentes (patients différents, traitements différents, critères différentes, qualités différentes). La paradoxe de Simpson montre qu’en regroupant les individus de deux essais non concluants, on peut obtenir une analyse concluante : on ne regroupe donc pas les patients mais les estimations de l’effet du traitement. Rappels Risque Relatif

RR = R groupe ttt / R groupe placebo 1= non concluant 0 à 1 = efficace 1 à +∞ = délétère Odds ratio = rapport des cotes

OR = R groupe ttt / (1- R groupe ttt) < 1 = délétère > 1 = bénéfique Bénéfice absolu = Différence de risque

BA = DR = R groupe ttt – R groupe placebo = nombre d’évènements évités pour 100 patients Nombre de patients à traiter = Number Needed to Treat

NNT = 1 / BA = nombre de patient à traiter pour éviter un évènement.

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Pas à pas : � Rédiger l’objectif en termes précis Critères d’inclusion des études, selon : - le plan des études - la taille des échantillons étudiés - les caractéristiques de la population étudiée - le type de groupes traités ou témoins - les modalités de mesure du critère de jugement � Recherche bibliographique des études : Les stratégies de recherche utilisées seront mentionnées dans le protocole et le rapport de méta-analyse. Il est possible de restreindre la recherche aux articles publiés : il faut alors l’expliciter dans le protocole et le rapport de méta-analyse. � Sélection des études : - Lister les caractéristiques de chaque étude - Saisir ces informations dans une base de données - Appliquer les critères d’inclusion prédéfinis � Biais de publication : Les études ayant des résultats positifs sont plus facilement publiées que les autres : cela conduit à surestimer l’efficacité des traitements. Il est important de réaliser une méta-analyse après une recherche bibliographique exhaustive (notamment dans la littérature grise) et une sélection rigoureuse des essais (focalisée notamment sur l’allocation aléatoire du traitement, le respect de l’aveugle, et le faible nombre de perdus de vue) � Extraction des données : A l’aide d’une grille de lecture reprenant chaque variable nécessaire à la méta-analyse, l’extraction est effectuée par deux chercheurs, indépendamment. � Mesure de la variable d’intérêt : Chaque critère de jugement est évalué sous une forme appropriée. � Méthodes statistiques Choix du modèle :

Modèle à effets fixes : L’ampleur de l’effet de l’intervention étudiée est constante pour chaque étude.

Modèle à effets aléatoires : Il y a entre les études une part fixe de l’effet et une part variable.

Modèle randomisé : L’ensemble des risques observés sont distribués de façon aléatoire Tests statistiques :

Test d’hétérogénéité : Si p < 0,1, on retient l’hypothèse d’hétérogénéité de l’effet moyen d’une étude à l’autre. Cela peut être dû : aux variations aléatoires, à un mauvais choix de modèle d’effet, ou à des interactions entre le traitement et les essais. Ce test est un test de cohérence interne des résultats.

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Test d’association :

Recherche un effet traitement commun en comparant les fréquences des évènements dans les groupes contrôle et traité. Cas d’une méta-analyse sur des variables binaires : Pour chaque étude, on calcule (ou recueille) le RRi Calculer le Log (RRi) et sa variance :

var (log RRi) = (1/x1 – 1/n1) + (1/x0 – 1/n0) Avec : x1 et x0 = nombre d’individus présentant l’évènement dans le groupe intervention et contrôle n1 et n2 = nombre d’individus total dans le groupe intervention et contrôle Calculer le poids relatif de chaque étude :

W = 1 / var (log RRi) De ces données, on calcule le Log du RRcommun, dont on déduit le RRcommun :

Log (RRcommun) = somme pondérée des RR par W = Σ(log RR . W) / ΣW = ∆c RRcommun = e∆c var (log RRc) = 1 / ΣW

Présentation des résultats bruts : Vérification de l’homogénéité : On peut l’exprimer soit par un test χ² de Mantel Haenszel, soit sous forme graphique : Hétérogénéité Homogénéité Résultat global et significativité : Présenté en différence de risque (DR) ou risque relatif (RR), accompagné de son intervalle de confiance et de son niveau de significativité statistique. � Interprétation des résultats : L’importance en santé publique dépend du risque de base chez les témoins : plus il est haut, plus l’intervention épargnera d’évènements (en valeur absolue).

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LECTURE CRITIQUE D’ARTICLES

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PROTOCOLE

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Protocole

La rédaction du protocole permet de pouvoir répondre avant le début de l’essai à toutes les situations susceptibles d’être rencontrées dans son déroulement, pour avoir une emprise sur toutes les phases de l’étude que l’on va mener. - Il établit un compromis entre les objectifs, souvent ambitieux et irréalisables, et les contraintes de temps, d’argent, de faisabilité, d’éthique…. - Il envisage le risque de ne pouvoir mettre en évidence une différence qui existe par manque de sujets nécessaires. - Ne pas perdre d’idée qu’il fait partie intégrante du travail. Sa structure type pourra être adaptée selon le type d’essai : 1- Page de garde : - Le titre résume le problème étudié. Informatif, il doit être court avec des mots signifiants. Il peut comporter le nombre de sujets de l’étude, le type d’enquêtes… - Il est suivi du nom de l’auteur, le cas échéant de l’identification et des coordonnées complètes du promoteur, de l’investigateur principal et des co-investigateurs. Il précise sa date de mise au point. 2- Sommaire 3- Flowchart : Appelé aussi « diagramme des flux », il est détaillé dans le chapitre « Ecrire un article sur un essai randomisé ». 4- Synopsis : Sur une page, il résume les grandes lignes du protocole et sa pertinence scientifique. 5- Justification de l’essai : - par l’importance du problème : en terme de nombre de patients concernés (incidence, prévalence), en terme de gravité, en terme de conséquences pour la santé, pour l’institution… - par une recherche bibliographique complète et actualisée sur le sujet : - par rapport à l’objectif : un décalage entre ce qui semble exister et ce que l’on peut espérer, estimation d’une correction possible. - par des critères de nouveauté, pertinence, faisabilité, éthique 6- Objectifs : - Objectif principal - Objectifs secondaires 7- Type d’essai : Préciser le cas échéant : - Groupes parallèles / essai croisé - Tirage au sort - Insu : ouvert / simple / double / triple aveugle - Contrôlé (contre placebo ou traitement de référence) - Nombre de sujets - Durée prévue de l’essai - Délai d’exclusion de participation à un autre essai - Indemnisation éventuelle des sujets - Lieu de l’étude

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8- Population et échantillon : sélection des sujets : - Critères d’inclusion - Critères de non-inclusion - Critères d’exclusion (interviennent après l’inclusion du sujet dans l’étude) 9- Critères de jugement : Critère principal et critères secondaires. 10- Calcul du nombre de sujets nécessaires : Voir la partie biostatistiques de ce guide, et ne pas hésiter à consulter un biostasticien, pour éviter de se retrouver avec un résultat négatif par manque de puissance… 11- Organisation de l’essai : - Bilan initial de sélection - Déroulement de l’essai (schéma récapitulatif au besoin) - Processus de randomisation - Conditions de levée de l’insu - Méthodes de recueil des prélèvements, des échantillons. 12- Traitements des sujets : - Formulation - Présentation des traitements - Schéma thérapeutique - Traitement de référence ou placebo - Observance du traitement - Traitements associés autorisés et interdits 13- Tolérance : Surveillance des effets indésirables du traitement ou de la technique étudiée, en définissant la conduite à tenir en cas de : - évènements indésirables attendus - évènements indésirables graves ou inattendus 14- Recueil des données : Centralisé par l’investigateur principal. 15- Analyse statistique : Préciser la méthode d’analyse, notamment les tests statistiques utilisés. 16- Budget 17- Modalités administratives : - Conditions de soumission au CPP - Consentement informé écrit des sujets et son mode de recueil - Cahier d’observation - Procédures d’amendement au protocole - Fourniture et gestion des produits et échantillons - Recueil et archivage des données - Clauses de confidentialité - Monitorage de la recherche, prévention des biais à chaque étape - Rédaction du rapport final 18- Annexes : - Formulaire d’information et de consentement - Attestation d’assurance - Avis du CPP

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ASPECTS PRATIQUES

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ECRIRE UN

ARTICLE

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Références bibliographiques

Trois grands systèmes Système Harvard : Appel dans le texte : (Auteurs, Date) Exemple : (Schenvi A, 1986) - Si plusieurs auteurs : (1erAuteur et al., Date) Exemple : (Schenvi A. et al., 1986) - Si plusieurs articles du même auteur et de la même année sont cités, les distinguer par une lettre a, b, c,… à la fin Exemple : (Schenvi A., 1986a) Liste des références : Ordre alphabétique des auteurs

« and » avant le nom du dernier auteur - Si le premier auteur est cité plusieurs fois, on trie par ordre alphabétique du 2ème auteur, puis du 3ème, etc. - Si tous les auteurs sont les mêmes, on trie par ordre chronologique, en commençant par la plus récente. - Si plusieurs références citées sont des mêmes auteurs et de la même année, on les distingue par les lettres a, b, c, … après l’année de publication.

Système Vancouver : Appel dans le texte : (Numéro d’ordre d’apparition dans le texte) Exemple : (4) - Si une référence est à nouveau mentionnée, elle garde le même numéro. - Si plusieurs références sont mentionnées en même temps : séparée d’une virgule dans la même parenthèse. Exemple : (1, 4, 8) - Si plusieurs références consécutives dans la même parenthèse : première et dernière séparées d’un tiret. Exemple : (1-6) Liste des références : Ordre numérique croissant d’apparition dans le texte. Système alpha-numérique : Appel dans le texte : (Numéro d’ordre alphabétique des auteurs) Liste des références : Ordre alphabétique des auteurs, numérotés.

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Mentions selon le type de document : Article de revue scientifique : Attention à la ponctuation à la fin de chaque terme. Nom et initiales du prénom des auteurs (auteurs séparés par une virgule). Titre. Journal selon son abréviation officielle de l’Index medicus . Année ; Volume, (Numéro de fascicule) : Page du début - de fin. Résumé : (rés.) ou (abstr.) Article accepté non encore publié (nécessite l’accord écrit des auteurs) : A la place du journal et avant l’année, noter : In press = sous presse (ou Forthcoming = à paraître) Ouvrage : Attention à la ponctuation à la fin de chaque terme. Nom et initiales du prénom de l’auteur. Titre de l’ouvrage. Numéro d’édition (si il figure sur la première page de l’ouvrage). Ville d’édition (on la trouve au verso de la page de titre) : Nom de l’éditeur ; Année de publication (dans l’ouvrage, elle figure à côté du ©, au verso de la page de titre). Chapitre d’ouvrage : Attention à la ponctuation à la fin de chaque terme. Nom et initiales du prénom de l’auteur du chapitre. Titre du chapitre. In : Nom et initiales du prénom de l’auteur de l’ouvrage. Titre de l’ouvrage. Numéro d’édition (si il figure sur la première page de l’ouvrage). Ville d’édition (on la trouve au verso de la page de titre) : Nom de l’éditeur ; Année de publication (dans l’ouvrage, elle figure à côté du ©, au verso de la page de titre). Page du début - de fin.

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Communication éditée dans les actes d’un congrès : Attention à la ponctuation à la fin de chaque terme. Nom et initiales du prénom de l’auteur de la présentation. Titre de la présentation. In : Nom et initiales de l’éditeur scientifique du congrès. Numéro du congrès (premier, deuxième, …) Nom du congrès ; Année du congrès ; Ville du congrès, Pays du congrès. Ville d’édition : Nom de l’éditeur ; Année de publication. Thèse : Attention à la ponctuation à la fin de chaque terme. Nom et initiales du prénom de l’auteur. Titre de la thèse. Thèse méd. Université de soutenance, Faculté de soutenance, Année de soutenance : n° de thèse Document web : Attention à la ponctuation à la fin de chaque terme. Nom de l’auteur de la page web (ou de l’organisme éditeur). Titre des pages du site [Date de consultation]. URL (adresse internet des pages)

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Les grandes revues scientifiques de médecine générale

classées par impact factor Annals of Family Medicine http://www.annfammed.org/ Gratuité on-line IF 2007 : 4,542 British Journal of General Practice The Royal College of General Practinioners http://www.rcgp.org.uk/publications/bjgp.aspx Gratuité des archives on-line datant de plus de un an sur www.pubmedcentral.nih.gov IF 2007 : 2,229 American Family Physician The American Academy of Family Physicians http://www.aafp.org/afp/ Gratuité des archives on-line datant de plus de un an. IF 2007: 1,918 Scandinavian Journal of Primary Health Care http://www.tandf.no/primhealth Gratuité on-line IF 2007: 1,908 Family Medicine The Society of Teachers of Family Medicine http://stfm.org/fmhub/fmhub.html Gratuité on-line IF 2007: 1,878 Family Practice http://fampra.oupjournals.org/ Gratuité des archives on-line après 6 mois IF 2007: 1,696 Journal of the American Board of Family Medicine http://www.jabfm.org/ Gratuité on-line IF 2007: 1,41 Journal of Family Practice http://www.jfponline.com/ Gratuité des archives on-line datant de plus de 6 mois IF 2007: 1,408

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Biomed Central Family Practice Journal openaccess de Médecine Générale de Biomed Central http://www.biomedcentral.com/bmcfampract/ Gratuité on-line IF 2007 non officiel: 1,07 Canadian Family Physician Collège des Médecins de Famille du Canada Anglais et Français http://www.cfp.ca/ Gratuité on-line IF 2007: 0,933 PrimaryCare The Swiss Society of General Medicine and the College of Primary Care Medicine of Switzerland. Français et Allemand http://www.primary-care.ch/ Gratuité on-line IF 2007: 0,552 Ne pas oublier les grandes revues généralistes, comme : The New England Journal of Medicine http://content.nejm.org IF 2007: 52,59 The Lancet http://www.thelancet.com IF 2007: 28,64 Science http://www.sciencemag.org IF 2007: 26,372 Journal of American Medical Association (JAMA) http://jama.ama-assn.org IF 2007: 25,5 British Medical Journal http://www.bmj.com IF 2007 : 9,723

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POUR ALLER

PLUS LOIN

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La recherche bibliographique en médecine et santé publique Evelyne Mouillet 155 pages Elsevier 2005 (2ème édition) 26 euros Statistique Epidémiologie Thierry Ancelle 300 pages Collection Sciences fondamentales Maloine 2006 (2ème édition) 33,50 euros Manuel de recherche en sciences sociales Raymond Quivy, Luc Van Campenhoudt 256 pages Dunod 2006 (3ème édition) 26 euros L’enquête et ses méthodes : le questionnaire Françoise de Singly 128 pages Armand Colin 2005 (2ème édition) 8,55 euros Cette collection « L’enquête et ses méthodes » propose de nombreux autres

titres : l’entretien collectif, l’observation directe, l’entretien Evaluation en santé. De la pratique aux résultats Hervé Maisonneuve, Yves Matillon 208 pages Médecine Sciences Flammarion 2007 50 euros

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Synthesizing qualitative and quantitative health research : a guide to methods Catherine Pope, NickMays, Jennie Popay 224 pages Open University Press 2007 27,80 euros

Le calcul économique en santé: méthodes et analyses critiques Didier Castiel 176 pages 2004 Editions ENSP 29 euros Méthodes d’évaluation économique des programmes de santé Traduction en français de l’ouvrage de Drummond M. & al. 326 pages Economica 1998 Epuisé Guide pratique de recherche clinique Pierre-Marie Roy & al. 202 pages S Editions / SFMU 2008 28 euros

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BIBLIOGRAPHIE

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1. Ovhed, Ingar, Van Royen, Paul and Hakansson, Anders. What is the future of primary care research? Scandinavian Journal of Primary Health Care. 2005 ; 23(4):248-253 2. Isler M. Recherche en médecine de premier recours – un défi partout dans le monde. PrimaryCare 2003;3:472-478 3. White KL, Williams TF, Greenberg BG. The ecology of medical care. N Engl J Med. 1961;265:885-92. 4. Green LA, Fryer GE Jr, Yawn BP, Lanier D, Dovey SM. The ecology of medical care revisited. N Engl J Med. 2001;344:2021-5 5. Green LA. The research domain of family medicine. Ann Fam Med 2004 ; 2(sup. 2) : 23-29 6. Mouillet E. La recherche bibliographique en médecine et santé publique – Guide d’accès. 1e Ed. Paris : Elsevier ; 2005. 7. Safon MO. Sources d’information et méthodologie de recherche documentaire. Irdes ; Nov. 2006. 8. Malingre ML. Introduction aux logiciels de gestion de références bibliographiques. Ecoles Doctorales - Nantes. URFIST Rennes. Mars 2007. [powerpoint] 9. Chen P. Biblioscape User Community / BiblioExpress. [2008 Aug 12] http://support.biblioscape.com/node/1250 10. Cclin Paris Nord. Initiation au logiciel Epi-info version6. 2004 [2008 Aug 12] http://www.cclinparisnord.org 11. Petit résumé du mode d’emploi d’épi info d’après un travail du Dr Fabienne Passionne. [2008 Aug 12] dmg.medecine.univ-paris7.fr/documents/Divers/epinfo.doc 12. Ancelle T. Statistique Epidémiologie. 2e Ed. Paris :Maloine ;2006 13. Cuggia M. Corrélation et régression linéaire. [Powerpoint] [2008 Aug 12] www.med.univ-rennes1.fr/wkf/stock/RENNES20071118115249cuggiacorrelation2008.pdf 14. Jaye C. Doing qualitative research in general practice: methodological utility and engagement. Family Pratice. 2002; 19: 557-562 15. Roy PM, Calvel L, Dubart AE, Jabre P, Ricard-Hibon A, Thys F. Guide pratique de recherche clinique / SFMU. Milon-La-Chapelle : S-Editions ; 2008. 16. Mays N., Pope C. Qualitative research in health care : assessing quality in qualitative research. BMJ 2000;320:50-52 17. Cote L, Turgeon J. Comment lire de façon critique les articles de recherche qualitative en médecine. Pédagogie Médicale. 2002 ;3 :81-90 18. Hudelson P. La recherche qualitative en médecine de premier recours. Médecine et hygiène. 2004;62:1818-1824. 19. Borges da Silva G. La recherche qualitative : un autre principe d’action et de communication. Rev Med Ass Maladie 2001 ;32 (2) :117-21 20. Schneider D. Balises de méthodologie pour la recherche en sciences sociales. [Powerpoint] [2008 Aug 12] http://tecfa.unige.ch/guides/methodo/IDHEAP 21. Barbour RS. Checklists for improving rigour in qualitative research: a case of the tail wagging in he dog? BMJ 2001;322:1115-1117 22. Moreau A. et al. S’approprier la méthode du focus group. Rev Prat Med Gen. 2004 ; 18 (645) :382-384 23. Méthodologie du focus group. [Word] [2008 Aug 12] www.integration-projects.org/tools/Methodologie_du_focus_group_FR.doc

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24. Collège des Economistes de la Santé. Guide méthodologique pour l’évaluation économique des stratégies de santé. Paris, 2003. [2008 Aug 12] http://www.ces-asso.org 25. Wilson S. et al. Randomised controlled trials in primary care: case study. BMJ. 2000; 321:24-27 Britten N. et al. Using meta-ethnography to synthesise qualitative research: a worked example. J Health Serv Res Policy. 2002;7(4):209-215 26. Matillon Y, Durieux P. L’évaluation médicale, du concept à la pratique. 2e Ed. Paris : Flammarion ; 2000. 27. Giombini S. Comment structurer et rédiger un protocole de recherche [Pdf] [2008 Aug 12] www.chu-nice.fr/site_CHU/site/recherche_clinique/documents/methodologie_fiche_14.pdf 28. Ricordeau P. Rédiger un article scientifique : tout faire pour être lu ! Rev Med Ass Maladie 2001 ;32(2) :105-11 29. Pradeau F, Pradeau MC, Ingrand P, Migeot V. Le résumé ou « abstract ». Règles de bonne pratique. Rev Med Ass Maladie 2001 ;32(2) :113-6 30. Granger B. De l’idée à la présentation. Méthode d’élaboration d’un mémoire. Nantes. 2007. [2008 Aug 12] http://www.reseau-naissance.com/medias/sagefe2006.pdf 31. Moher D, Schulz KF, Altman DG; CONSORT GROUP (Consolidated Standards of Reporting Trials). The CONSORT statement: revised recommendations for improving the quality of reports of parallel-group randomized trials. Ann Intern Med. 2001;134(8):657-62 32. Salmi L-R. Principes de la communication orale scientifique : comment passer d’une bonne étude à une bonne présentation orale. Rev Med Ass Mal. 2001 ;32(2):83-92 33. Pradeau F, Pradeau MG, Chabaud F, Benz-Lemoine E. La communication affichée ou poster. Rev Med Ass Mal 2001 ; 32(2):101-104 34. Levasseur G. Guide de la thèse du résident. Faculté de Médecine de Rennes 34. Ce guide s’est aussi largement inspiré des supports de cours du Master 2 Evaluation Recherche Clinique Parcours Recherche de l’Université Claude Bernard Lyon 1 (Année 2007-2008) ; modules 63, 65, 66, 68, 70 et 72.

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THESE DE MEDECINE - SAINT-ETIENNE

NOM DE L’AUTEUR : Paul FRAPPE N° DE THESE : TITRE DE LA THESE : Elaboration d’un guide pratique du jeune chercheur en médecine générale RESUME :

La création d’un guide de recherche en médecine générale se justifie par la spécificité de cette recherche, la transversalité des méthodes auxquelles elle fait appel, et l’inexistence actuelle d’un document de ce type dans la littérature française. Ce guide propose au sein d’un unique recueil, un tour d’horizon des méthodes de recherche en médecine générale, sous un angle pragmatique et synthétique, à la portée de tout étudiant en médecine. Après avoir présenté les types d’études existants, ce guide aborde la méthodologie bibliographique, quelques notions de biostatistiques, puis les grands axes des études épidémiologiques, des tests diagnostiques, des études qualitatives, des revues de la littérature et des études médico-économiques. Des logiciels gratuits sont présentés par plusieurs tutoriaux. Enfin, le guide s’intéresse aux aspects pratiques de réalisation et de présentation d’une étude. Ainsi, il ambitionne à sa mesure de promouvoir notre spécialité.

MOTS CLES : - Recherche - Méthodologie - Médecine générale - Qualitatif - Médico-économie - Bibliographie JURY : Président : Pr. Christian ALEXANDRE Faculté de : Saint Etienne

Assesseurs : Pr. Eric ALAMARTINE Faculté de : Saint Etienne Pr. Roger TRAN-MANH-SUNG Faculté de : Saint Etienne Pr. Christophe BOIS Faculté de : Saint Etienne DATE DE SOUTENANCE : 18 Septembre 2008 ADRESSE DE L’AUTEUR : 5, rue de la République 42000 Saint Etienne